Orientador : Ana Maria Lima de Azeredo-Espin / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-31T15:15:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lessinger_AnaClaudia_D.pdf: 7453771 bytes, checksum: 40294f52141b92e9aa0fda0a4579fe88 (MD5) Previous issue date: 2001 / Doutorado

Orientador : Anete Pereira de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-31T18:49:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Siqueira_SuselyFerraz_D.pdf: 5841222 bytes, checksum: ce87f22a7b14048934c4bb496dc6dcc3 (MD5) Previous issue date: 2001 / Doutorado

Orientador : Francisco B. T. Pessine / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-18T16:36:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bariccatti_ReinaldoAparecido_M.pdf: 3820713 bytes, checksum: 0feb163f827230b66ff247053014f767 (MD5) Previous issue date: 1993 / Mestrado

Orientador: Laura M. M. Ottoboni / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-19T20:49:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 SouzaFilho_GoncaloApolinariode_M.pdf: 4023775 bytes, checksum: e56b411d7a4dbe56f49298bfbd3061f5 (MD5) Previous issue date: 1994 / Mestrado / Genetica de Plantas / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador: Ralff Ribeiro / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Medicina Interna / Resumo: O receptor do hormônio tireoideano (TR) e o receptor do retinoide X (RXR) fazem parte de uma superfamília de receptores nucleares, que em resposta aos seus respectivos ligantes, atuam como fatores de transcrição no DNA. Os receptores nucleares possuem uma estrutura modular e a ligação dos mesmos ao DNA se faz como mojQOmeros ou dimeros através do modulo ligador ao DNA (DBD) que se liga a sequencias nucleotidicas especificas do DNA, conhecidas como elementos responsivos hormonais (HRE). TR e RXR se ligam a HREs conhecidos como repetições diretas (DRs) do hexamero AGGTCA (AGGTCAnAGGTCA). T3 e o acido 9cis-retinoico se ligam a porção carboxi-terminal do TR e RXR respectivamente, ativando a transcrição gênica O TR atua principalmente como homodimero ou heterodimero, ligando-se no ultimo caso ao RXR. Nosso estudo analisou a ligação do TR e do RXR a um grupo de DRs separadas por um numero variável de nucleotídeos, de 0 a 6, com o objetivo de estabelecer a importância desses HREs na transcrição gênica destes receptores nucleares. Confirmamos através de cultura de células e eletroforese em gel de poliacrilamida que o espaçamento ideal para a resposta do T3 mediada pelo TR e de 4 nucleotídeos (DR4). A forscolina, um potencializador da proteína cinase A (PKA), foi capaz de potencializar a resposta transicional do TR ao T3. O RXR pode atuar como parceiro silencioso de outros receptores nucleares, ou como homodimero em resposta ao acido 9cis-retinoico. Nossos ensaios de eletroforese demonstraram que o RXR pode se ligar como homodimero nao so ao conhecido elemento responsivo DR1, mas também a DR2, DR3, DR4, DR5 e DR6, numa forma dependente de 9cisRA. Em cultura de celulas a forscolina demonstrou uma evidente acao sinergica do RXR nos elementos DR1 a DR5. Desta forma, demonstramos que homodimeros de RXR podem possuir uma atividade transcricional mais ampla do que se acreditava e verificamos a importância de mecanismos de conversa cruzada entre os receptores nucleares TR e RXR com o sistema de sinalização via AMP cíclico. / Abstract: Thyroid hormone receptor (TR) and retinoid X receptor (RXR) belong to the nuclear receptor superfamily, which in response to their respective ligands, act as transcriptional factors at the DNA level. Nuclear receptors have a modular structure and their binding to DNA occurs as monomers or dimers through the DNA binding domain (DBD), which, in turn, binds to specific nucleotide sequences, known as hormone responsive elements (HREs). TR and RXR bind to HREs known as direct repeats (DRs) of the hexamer AGGTCA (AGGTCAnAGGTCA). Triiodothyronine and 9cis-retinoid acid bind to the carboxi-terminal of TR and RXR respectively, which modifies these receptors to regulate gene transcription. TR acts mainly as a homodimer or heterodimer with RXR. The aim of the present study was to_analyze the binding of TR and RXR to a group of DRs, separated by a variable number of nucleotides, from 0 to 6, in order to determine the importance of these HREs on the transcriptional activity of these receptors. We have confirmed through cell culture and polyacrylamide gel electrophoresis that the ideal spacing for the T3 response mediated by TR is 4 nucleotides (DR4). Forskolin, a protein kinase A (PKA) stimulator, was able to enhance the transcriptional response of TR to T3. RXR can act as a silent partner of other nuclear receptors or as a homodimer in response to 9cis-retinoid acid. Our gel mobility assays showed that RXR can bind as a homodimer not only to the known hormone response element DR1, but also to DR2, DR3, DR4, DR5 and DR-6, in a 9cis-dependent fashion. In cell cultures, forskolin and 9cis activated in a sinergistic fashion RXR on elements DR1 to DR5. From this perspective, we have demonstrated that RXR homodimers have a wider transcriptional activity than previously suggested and that important crosstalks occur between the nuclear receptors TR and RXR with cyclic AMP signaling pathway.

Orientador: Shirlei Maria Recco-Pimentel / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-21T01:15:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Horle_LucianneVieiraVargas_M.pdf: 2359968 bytes, checksum: ff83d55a46d6db19a16ab4879c27d297 (MD5) Previous issue date: 1996 / Resumo: o DNA ribossomal de três dípteros de importância médico-veterinária (Haematobia irritans, Muscina stabulans e Chrysomya putoria) foi analisado através do estudo dos sítios de restrição para as enzimas Eco RI, Bam HI, Hind 111, Pst I, Sal I, BgI 11 e Sma I em digestões simples e duplas. Os plasmídios recombinantes pDm 238, HM 456, HM123 e pc Hi 18 foram marcados pelo método de "random priming" e detectados por quimioluminescência. Os tamanhos estimados das unidades de repetição dos rDNAs de H irritans, M. stabulans e C. putoria são, respectivamente, 9,8; 9,0 e 11,0 kb. Comparando-se os mapas de restrição das três espécies entre si e com o de Drosophila melanogaster e de Calliphora erytrocephala verificou-se que os sítios para as enzimas Eco RI, Hind 111, BgI 11 e Sma I, da região codificadora 18S, e Pst I, na região transcrita interna (ITS), são altamente conservados. Na região do 28S em M stabulans e C. putoria está presente o mesmo número de sítios Hind 111, BgI 11, e Sma I, porém localizamse em pontos diferentes. No rDNA das três espécies estudadas não foi identificado sítio para Bam HI e em C. putoria foi encontrado um segundo sítio Eco RI, localizado na região IGS. Apenas na espécie H irritans foi possível localizar um sítio BgI 11 na região IGS. Os mapas de restrição de C. putoria e C. erytrocephala, que pertencem à família Calliphoridae, são mais semelhantes entre si do que H irritans e M. stabulans, da família Muscidae. A presença de inserções no gene 28S, bem como de variação intraespecífica no tamanho de IGS, a exemplo do que é descrito para outros dípteros, seriam explicações para a presença de fragmentos adicionais, de bandas difusas e de fragmentos com tamanhos maiores ou menores do que os possíveis no mapa de restrição das três espécies. As enzimas Eco RI, BgI 11 e Hind 111 produzem um padrão de bandas, com a utilização da sonda pDm 238, que permite fazer a distinção do rDNA das três espécies entre si. A localização dos sítios de restrição do rDNA destas espécies poderá servir de base para estudos futuros de clonagem e sequenciamento, bem como estudos filogenéticos / Abstract: Three species of flies (Haematabia irritans, Muscina stabulans, and Chrysamya putaria) which present economic and sanitary importance had their rDNA studied and compared. Genomic DNA obtained by phenol/chloroform extraction of proteins and ethanol precipitation of the DNA was digested with the restriction enzymes: Eco RI, Bam HI, Hind lU, Pst I, Sal I, BgI U and Sma I either in simple or double digestions. Probing DNA from each species with the recombinants plasmids pDm 238, HM 123, HM 456 and pcHi 18, identified some conserved sites and a few unique ones on each rDNA. The conserved sites among the three studied species plus two species available from literature, Drasaphila melanagaster and Callyphara erytracephala were: Eco RI, Hind lU, BgI U and Sma I located in the coding region 18S and Pst I Ín the internal transcribed egion (ITS). No Bam HI site was identified in any of the three flies. M stabulans and C. putaria presented the same number of sites Hind lU, BgI U and Sma I in the coding region 28S but they mapped in different regions. Furthermore, C. putaria was the only fly presenting a second Eco RI site located in the intergenic region (IGS). C. putaria had the longest rDNA cistron which was estimated to be 11 Kb, when compared to H irritans (9.8Kb) and to M stabulans (9.0Kb). Restriction maps of the rDNA cistron in C. putaria and the other calliphorid, Calliphara erytracephala, are more similar than maps of the two muscid, H irritans and M stabulans. A number of variant bands detected in some digestions may be explained by the presence of insertions in the 28S region as well as intraspecific variation in the IGS length as described in other Diptera. Species-specific patterns were identified for the three flies when the DNA was igested with each of the following restriction enzymes Eco RI, BgI U and Hind lU (probed with pDm 238) / Mestrado / Biologia Celular / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador: Lauro Tatsuo Kubota / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-08-04T04:12:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Martins_LucileneDornellesMello_D.pdf: 8841041 bytes, checksum: f4618b120bf384d76c695743eb6ce4cc (MD5) Previous issue date: 2005 / Doutorado / Quimica Analitica / Doutor em Quimica

Orientador: Anamarli Nucci / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-07-31T21:00:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pfeilsticker_BeatrizHelenaMiranda_D.pdf: 9060296 bytes, checksum: c1ae170cfd02bcec8dfb7dc969555ffd (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: Na Distrofia Miotônica do tipo 1 (DM1) a gravidade da doença, em seus múltiplos aspectos sistêmicos, tem sido correlacionada com a expansão de tripletos CTG no cromossomo 19. A doença é heterogênea, com expressão clínica muito variável. Foram objetivos do estudo avaliar a eficácia da EMG no diagnóstico de DM1 e os músculos mais significativos para detecção de miotonia elétrica (ME); correlacionar as anormalidades na EMG (grau de ME) com a expansão de tripletos CTG nos leucócitos e com o grau de miopatia clínica; correlacionar o grau de miopatia clínica com a expansão de tripletos CTG nos leucócitos; comparar o grau da expansão do DNA e o grau de miopatia com o tipo de herança (materna ou paterna); avaliar as VCNs sensitivas e motoras e o reflexo H nas populações com DM1 definida e de seus familiares, em relação a dados de normalização da literatura; avaliar a freqüência e as características de neuropatia periférica na DM1. Examinamos 47 indivíduos, com diagnóstico clínico de DM e indivíduos assintomáticos ou com mínimos sinais, pertencentes a famílias de portadores de DM. Foi utilizada uma escala específica para graduação clínica do acometimento muscular, concordante com o gradiente distal-proximal da miopatia na DM1. A ME foi graduada na EMG de acordo com escala específica para esta finalidade. Cinco velocidades de condução sensitivas e cinco motoras e o reflexo H foram estudados em cada paciente. O DNA leucocitário foi analisado em todos os indivíduos pela técnica do PCR longo. Quarenta e cinco sujeitos tiveram o diagnóstico de DM1 ao final da avaliação. Nos dois restantes, o exame clínico, a EMG e a análise do DNA foram normais, porém em um deles foi observado leve aumento da CK. Miopatia miotônica foi diagnosticada na EMG em 44 sujeitos. A EMG deve ser considerada um bom instrumento diagnóstico na DM1, sendo especialmente útil nos indivíduos assintomáticos ou com mínimo acometimento, pertencentes a famílias de portadores da doença. A eficiência diagnóstica da EMG para definição de miopatia miotônica foi igual a 97,7% no grupo estudado. ME foi mais freqüente e intensa nos músculos da mão (presente em 85 a 91% dos pacientes) e no tibial anterior (em 81%). A seleção e número dos músculos examinados são fundamentais para o diagnóstico inequívoco de DM1 e deve incluir músculos proximais e distais dos membros superiores e inferiores e face. Os indivíduos com mínimo acometimento ou assintomáticos, pertencentes a famílias de portadores de DM1, devem ser submetidos a EMG, dosagem de enzimas musculares e exame genético antes de ser afastado este diagnóstico. Não encontramos correlação significativa entre os graus de ME e o número de repetições CTG. Não verificamos também correlação significativa entre o número de repetições CTG e o grau de miopatia clínica. Não houve correlação positiva entre herança materna ou paterna e o tamanho da expansão e não houve correlação entre o grau de miopatia e o tipo de herança. Estas observações devem ser consideradas no aconselhamento genético, não sendo possível predizer o grau de miopatia baseado na análise do DNA. Os graus de ME correlacionaram-se significantemente com a gravidade da miopatia clínica, expressa por escala de disfunção muscular. Não houve significância estatística para o efeito da medicação sobre o grau de ME após o ajuste para as covariáveis idade e grau de miopatia. As medidas de posição e dispersão encontradas no estudo das VCNs sensitivas e motoras e o reflexo H nas populações de DM1 e de seus familiares foram semelhantes às definidas na literatura. Foram mais freqüentes, entretanto, na população estudada, reflexo H anormal (em 53,1% sujeitos) e redução das amplitudes dos PAMCs nos nervos fibulares e/ou medianos (em 23,4% dos indivíduos). Estas observações podem ser secundárias à miopatia e não necessariamente à NP. Neuropatia periférica tem sido relatada como parte do quadro clínico da DM1, expressa sobretudo como PN, de predomínio axonal. No nosso estudo a ENG detectou NP com acometimento difuso em 12 indivíduos (23,5%); na maioria destes casos, observamos axonopatia sensitivo-motora, de grau leve a moderado. Quatro pacientes eram diabéticos, um tinha deficiência de ácido fólico. Nos demais nenhuma outra etiologia evidente de NP foi encontrada. O tipo e a intensidade de NP foi similar à encontrada na literatura. Considerando as limitações clínicas para estabelecer o diagnóstico de NP na DM1, a ENG é um método diagnóstico fundamental para definição de neuropatia nestes doentes / Abstract: In Myotonic Dystrophy (DM1), a relationship between the CTG repeat expansion in chromosome 19 and the disease severity, in its multisystemic aspects, has been reported in several studies. However, the disease is heterogeneous, with clinical variability for a given age and triplet size. The aims of this study were: to evaluate the efficacy of electromyography (EMG) in the diagnosis of DM1 and verify in which muscles electrical myotonia (ME) is more frequent; to verify whether ME correlated with the CTG repeats in leukocytes and with the degree of clinical myopathy; to correlate the CTG repeats with the degree clinical myopathy; to compare the triplet size and the degree of myopathy with parental inheritance; to access the conduction nerve studies parameters in this group and to verify the frequency and the characteristics of peripheral neuropathy in this disease. Fourty seven patients were examined, including those who had clinical diagnosis of DM and asymptomatic individuals or with minimal signs, belonging to DM1 families. We used a specific muscular disability rating scale, based on the clinical muscular involvement and concordant with the usual distal to proximal progression of the muscular involvement in DM1. ME was also scored. Sensory and motor conduction velocity (CV) were studied in five nerves. Leukocyte DNA analysis by PCR technique was done in all subjects. DM1 was diagnosed in fourty five cases by the end of our evaluation. In the other two cases, clinical examination, EMG and DNA analysis were normal, but in one of them, CK was slighthly raised. EMG found myotonic myopathy in 44 cases. EMG demonstrated to be a good tool for diagnosis in DM1, and is specially important in asymptomatic individuals and in those with minimal signs from DM1 families. The efficacy of EMG in the diagnosis was found to be 97,7% in the group of 45 patients that had DM1 diagnosed by the end of evaluation. ME was encountered more frequently in hand muscles (85 to 91%) and in tibialis anterior (81%). The selection and number of muscles examined are fundamental for unequivocal EMG diagnosis, as the sensitivity of diagnosis by EMG may vary according to these parameters and should include proximal and distal muscles of the limbs and facial muscles. The asymptomatic individuals and those with minimal signs from DM1 families should have EMG, creatine kinase blood level and molecular analysis for CTG repeat before the diagnosis is excluded. No significant correlation was found between EM scores and length of CTG expansions. No significant correlation was found between the degree of myopathy and lenght of CTG expansions. There was no significant correlation between maternal or paternal heritage and length of CTG expansions or the degree of myopathy. These observations are important for genetic counselling, since it is not possible to estimate the severity of DM1 myopathy based on DNA analysis. ME scores correlated significantly with the degree of clinical myopathy, expressed by a muscular disability scale. No significant difference was found in ME scores between patients taking or not antimyotonic drugs. The parameters observed on nerve conduction studies in this group were similar to that defined for normals in the literature. However, abnormal H reflex (in 53,1% of subjects) and reduction of PAMCs amplitudes in fibular and/or median nerves (in 23,4% of subjects) were more frequent. These observations may be due to the myopathy. Peripheral neuropathy have been reported as part of the clinical picture of DM1, more usually, as axonal polyneuropathy. Electroneurography (ENG) detected neuropathy in 12 cases (23,5%); most of them presented a mild to moderate sensory-motor axonal polyneuropathy. Four were diabetics and one had folic acid deficiency. In the others, no evident etiology was found. In our patients, the type and intensity of PN was similar to the encountered in the literature. ENG is essential to establish the diagnosis of peripheral neuropathy in DM1, due to the many difficulties of doing it exclusively on clinical basis / Doutorado / Neurologia / Doutor em Ciências Médicas

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-03-10T16:02:42Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1701636 bytes, checksum: 2f4fd161d8e6011e99245129809b6a2c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-10T16:02:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1701636 bytes, checksum: 2f4fd161d8e6011e99245129809b6a2c (MD5) Previous issue date: 2016-08-01 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os estudos de complexos formados com a molécula de DNA normalmente visam obter informações sobre às propriedades fisico-químicas para aplicações biomédicas, como por exemplo, o número de exclusão (quantos sítios de ligação do DNA são ocupados na interação), a constante de ligação ki , etc. Neste trabalho, o enfoque se torna um pouco diferente. Além de realizar a caracterização fisico-química (variação das propriedades mecânicas com a concentração do ligante) analisou-se a influência de forças externas nas propriedades mecânicas dos complexos. Já é sabido que no regime entálpico (altas forças) a estrutura do polímero se altera levando até à desnaturação. Porém, nosso objetivo foi estudar o regime onde as propriedades da molécula de DNA não se alteram, o regime entrópico. Os resultados mostram que os polímeros analisados (complexos formados com intercalantes (Doxorrubicina e Brometo de Etídio) e com a proteína recombinante Sso7d-C8) se comportam de maneira intrigante. Ou seja, as propriedades (principalmente elasticidade) dos complexos dependem da técnica utilizada e da força externa aplicada. Isso fornece a liberdade de sintetizar um polímero específico que modifique suas propriedades dependendo da força aplicada sob o mesmo. Além disso, o comportamento observado por esses polímeros equivale ao de uma mola convencional variando sua constante de força dentro do regime elástico, o que é algo inesperado, já que os cientistas do ramo consideram que forças dentro do regime entrópico não causam alterações nas constantes mecânicas. / The studies performed with DNA molecules usually aim to obtein the physico-chemical properties for biomedical applications. Such as exclusion number (how many DNA si- tes will be ocupped in interaction), the binding constante ki , etc. In this work, the focus is a little different. In addition to perform the physico-chemical caracterization (mechanical properties variation with the binder concentration), we anylized the influ- ence of an external force influence on the mechanical properties of the complex. It is a fact that in the Enthalpic regime (high forces) the polymer structure changes achieving the denaturation. However, our aim was to study the regime in which the properties of the DNA molecule do not change, the Entropic regime. The results show us that the behavior of the analyzed complexes (formed with intercalators (Doxorrubicin and Etiditum Brometo) and with Sso7d-C8) is intriguing. In other words, their properties (manly the elasticity) depend on the technique used and on the external forces applied. This give us the freedom of building an especific polymer that can change their proper- ties depending on the applied force. Beside this, the behavior observed is analogous to a conventional spring modifying its own force constant within the elastic regime, what is something unexpected, as the scientists consider that forces, in the entropic regime, do not modify the complexs properties.

Orientador : Maria Luiza Silveira Mello / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-14T02:17:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Beletti_MarceloEmilio_M.pdf: 1319917 bytes, checksum: 7404c57ad7427e815028374a0d052449 (MD5) Previous issue date: 1992 / Resumo: Esfregaços de sêmen de touros com fertilidade conhecida foram submetidos a variantes metodológicas que visam a identificação de anomalias no complexo DNA-proteína, baseando-se na metacromasia induzida após coloração com azul de toluidina e na diferença de cores de tluorescência após coloração com "acridine orange". Buscou-se estabelecer métodos simples, eficazes e de baixo custo para a evidenciação de espermatozóides de touro com complexos DNA-proteína anomalos, associados a algumas formas de subfertilidade. Dos métodos testados, os tratamentos com 2-mercaptoetanol, solução SSC e HCI 4N antes da coloração mostraram-se eficientes na evidenciação de metacromasia induzida, sendo os dois primeiros mais eficazes que o último. Além disso o HCI4N mostrou-se mais simples e envolvendo menor custo do que os primeiros. Os métodos com "acridine orange" mostraram espermatozóides com maior intensidade de fluorescência em números semelhantes aos espermatozóides metacromáticos observados nos métodos com azul de toluidina. De maneira geral os animais com problemas de fertilidade apresentaram uma maior frequência de espermatozóides metacromaticos e com maior intensidade de fluorescência, porém nem todos esses animais apresentaram esta frequência aumentada / Abstract: Smears of semen of known fertility have heen suhjected to varied methods with the objective of Dentifying chemical anomalíes in the DNA.protein complex, hased on the induced toluidine blue metaehromasy method and on the differenee of t1uorescenee eolors after aeridine orange staining. The main objeetive of this study was to find more efticient, simpler and eheaper methods to deteet the oeeurrenee of ahnormal DNA-protein complexes in buli spermatozoa associated with some types of subfertility. Among the methods tested, those using 2-mereaptoethanol, SSC solutíon and 4N HCI treatments prior to staining were the most efficient to demonstrate indueed metaehromasy. The first two methods were more efficient than the latter, but 4N HCI proved to be simpler aod eheaper than the others. As regards the methods employing aeridine orange as dye, the frequeney of sperm heads exhibitíng higher fluoreseence íntensity resembled that of the metachromatíc spermatozoa highlighted with the toluidíne blue methods. 10 general, the animaIs with fertility defects have a higher frequency of metachromatic spermatozoa and a greater acridíne orange fIuorescence intensity, but this cannot be taken as a rule / Mestrado / Biologia Celular / Mestre em Ciências Biológicas