La recombinaison méiotique joue un double rôle de moteur évolutif en participant à la création d'une diversité génétique soumise à la sélection naturelle et de contrôle dans la fabrication des gamètes lors de la méiose. De plus, en association avec certains mécanismes de réparation, la recombinaison, au travers de la conversion génique biaisée manipule les fréquences alléliques au sein des populations. Les connaissances sur le fonctionnement même de ce processus ont considérablement augmenté ces dernières années faisant découvrir un processus complexe, autant dans son fonctionnement que dans son évolution. Le thème général de la thèse est l'analyse, dans un contexte évolutif, des relations entre les différents rôles et caractéristiques fonctionnelles de la recombinaison. Un modèle de la recombinaison prenant en compte des contraintes liées au contrôle de la méiose et le phénomène d'interférence a permis une comparaison entre espèces au sein des vertébrés et des non-vertébrés de même qu'une comparaison entre sexes. Par ailleurs, nous avons montré l'impact de la localisation spécifique aux sexes des points chauds de recombinaison sur l'évolution du contenu en GC des génomes de plusieurs vertébrés. Finalement, nous proposons un modèle à l'échelle de la génétique des populations, permettant d'analyser l'impact de la recombinaison sur la fréquence de mutations délétères dans les populations humaines. Cette thèse, nous l'espérons, apportera sa pierre à l'étude interdisciplinaire de la recombinaison, à la fois au sein de la biologie et par ses relations au travers de la modélisation avec l'informatique et les mathématiques. / Meiotic recombination plays several critical roles in molecular evolution. First, recombination represents a key step in the production and transmission of gametes during meiosis. Second, recombination facilitates the impact of natural selection by shuffling genomic sequences. Furthermore, the action of certain repair mechanisms during recombination affects the frequencies of alleles in populations via biased gene conversion. Lately, the numerous advancements in the study of recombination have unraveled the complexity of this process regarding both its mechanisms and evolution. The main aim of this thesis is to analyze the relationships between the different causes, characteristics, and effects of recombination from an evolutionary perspective. First, we developed a model based on the control mechanisms of meiosis and inter-crossover interference. We further used this model to compare the recombination strategies in multiple vertebrates and invertebrates, as well as between sexes. Second, we studied the impact of the sex-specific localization of recombination hotspots on the evolution of the GC content for several vertebrates. Last, we built a population genetics model to analyze the impact of recombination on the frequency of deleterious mutation in the human population.

L'évolution contemporaine des organismes vivants est de plus en plus dépendante des perturbations d'origine anthropique. En particulier, la pollution amplifie l'intensité des pressions de sélection auxquelles sont soumises les populations. Or ces changements peuvent avoir des effets négatifs sur la vie des individus, la démographie des populations, mais aussi, au cours des générations, sur leurs caractéristiques phénotypiques et génétiques. Ainsi en réponse aux pressions de sélection, des changements microévolutifs sont susceptibles de se manifester. Mais ces phénomènes entraînent en parallèle la mise en place de coûts adaptatifs qui fragilise le maintien des populations. Il est donc indispensable de développer nos connaissances sur l'évolution des populations en milieu pollué. Dans ce contexte, cette étude vise à déterminer les réponses microévolutives de populations de C. elegans, exposées à diverses pollutions et à mesurer les coûts adaptatifs de ces microévolutions. Ces populations ont été exposées expérimentalement, durant 22 générations, à une forte concentration en uranium et/ou en chlorure de sodium. Nous avons mis en évidence une différentiation génétique des populations exposées, associée à augmentation de la résistance, au cours du temps. La vitesse des réponses évolutives était dépendante des conditions d'exposition et de leurs effets sur l'expression de la structure génétique des traits d'histoire de vie. Ces phénomènes ont pu être reliés à des coûts adaptatifs, comme une réduction de la fertilité, dans de nouveaux environnements stressants (ex : augmentation de la température) ou en l'absence de stress. Ce projet nous a permis de mieux identifier comment une exposition à un ou deux polluants peut affecter la réponse évolutive de populations de C. elegans et d'évaluer les conséquences sur leur sensibilité. / The contemporary evolution of organisms is largely dependent on anthropogenic disturbances. In particular, the pollution amplifies the intensity of selection pressures suffered by populations. However, these changes may have negative effects on the life of individuals, the demographics of the populations, and its phenotypic and genetic characteristics over generations. Thus, microevolutionary changes are likely to occur in response to selection pressures. These phenomenon lead to collateral damages: adaptive costs. Populations can be more susceptible to many environmental changes. Hence, it is essential to expand our knowledge on the evolution of populations in polluted environment. In this context, our study aims to determine the microevolutionary response of C. elegans populations exposed to different pollutions, and to measure their costs of adaptation. Populations were experimentally exposed for 22 generations to a high concentration of uranium and/or sodium chloride. We confirmed the genetic differentiation between populations with an increase of resistance in populations exposed to different pollutions. The speed of evolutionary responses depended on exposure conditions and their effects on the expression of the genetic structure of life history traits. Microevolutionary changes were linked to costs of adaptation, such as reduced fertility, in stressful novel environments (e.g. fast temperature raise) or in the absence of stress. This project allowed us to better identify how exposure to one or two pollutants affects the evolutionary response of C. elegans populations and evaluate the impact on their sensitivity to environmental conditions.

La Syrie intérieure est composée d’une mosaïque de milieux et de micromilieux dont les caractéristiques lithologiques, édaphiques et hydrologiques permettent de compenser l’aridité climatique, ou renforcent au contraire les contraintes imposées aux modes de vie et de subsistance, de nos jours comme par le passé. Cette étude multiscalaire – supra-régionale, régionale et microrégionale – de l’environnement des sites PPNA et PPNB (9 500-6 500 av. J.-C.) a permis de comprendre comment ont pu être opérés les choix d’implantation, définies les stratégies de subsistance et l’exploitation des ressources. Au-delà des critères évidents orientant les choix des lieux d’implantation, tel que l’accès à une ressource en eau, il a été démontré que les communautés néolithiques ont très tôt sélectionné des lieux d’installation bénéficiant de milieux propices aux pratiques agricoles et de terroirs complémentaires permettant de mettre en œuvre des stratégies culturales diversifiées. Leur capacité d’adaptation à un milieu contraignant, le développement progressif des activités agro-pastorales ainsi que leur maîtrise croissante de l’eau, leur ont permis de coloniser l’ensemble de la Syrie intérieure aux PPNB récent et final. Les prémices du nomadisme pastoral seraient nées dans ce contexte, et dès lors que l’élevage fut maîtrisé, d’une recherche par les groupes mobiles du mode de vie et de subsistance le plus adapté aux contraintes de la steppe. Cette étude a par ailleurs permis de tester à grande échelle – spatiale et temporelle – une méthode d’analyse microrégionale, s’inspirant de la démarche de type Site Exploitation Territory, et d’en faire l’analyse critique avec comme objectif l’élaboration ultérieure d’un modèle d’analyse plus abouti, si possible en concertation avec les spécialistes des disciplines concernées par ces problématiques / Inland Syria is made up of an environment and microenvironment mosaic with specific lithological, edaphic and hydrological characteristics which compensate climatic aridity or, on the contrary, increase the pressure imposed on settlement and subsistence strategies, nowadays as in the past. This multiangelfish study – supra-regional, regional and microrégional – of PPNA and PPNB (9 500-6 500 BC) sites environment allowed to understand settlement choices, subsistence patters and resources exploitation. Beyond the obvious criteria that have oriented the choices of settlement places, like the access to a water resource, it was demonstrated that the Neolithic communities have early selected settlement places with environment suitable for crop processing and complementary land to conduct varied farming strategies. Their adaptability to a restrictive environment, the progressive development of agro-pastoral activities and also their increasingly water controlling, allowed them to colonize the whole inland Syria during recent and final PPNB. The beginnings of pastoral nomadism could have emerged in this context, since the husbandry is well controlled, from the research by mobile groups of the best adapted settlement and subsistence pattern to the steppe pressure. In addition, this study has allowed us to carry out a large scale test – spatial and temporal – of a microrégional analysis method, based on a Site Exploitation Territory approach, in order to elaborate in the future a complete analysis model, in collaboration with the specialists involve in those kind of study

Je présente dans cette thèse les résultats obtenus à partir de la collaboration Franco Américaine appelée le Dark energy American French Team/ French American DArk energy Team (DAFT/FADA). Le but de la collaboration DAFT/FADA est de mener à bien un sondage sur la tomographie par lentilles faibles de riches amas de galaxies compris entre les redshifts z=0.4 et z=0.9. Contrairement aux autres méthodes comme les supernovae ou les comptages d'amas de galaxies, la tomographie par lentilles faibles est purement basée sur la géométrie et ne dépend pas de la connaissance sur la physique des objets utilisés comme indicateurs de distance. De plus, la raison pour analyser les observations dans la direction des amas est que le signal de cisaillement est augmenté d'un facteur 10 par rapport aux galaxies de champs. Notre travail contiendra les résultats de 91 riches amas de galaxies provenant du HST combiné avec le travail sur des données sol pour obtenir des redshifts photométriques. Cette combinaison de redshifts photométriques et de tomographie avec lentilles minces nous permettra de contraindre les équations d'état avec l'énergie noire, ainsi que l'évolution des propriétés des amas avec le redshift. C'est dans ce cadre que, durant ma thèse, j'ai étudié le comportement et des composants des amas DAFT/FADAS eux-mêmes. Cela s'est traduit par une étude de la lumière diffuse contenue dans 10 amas ainsi qu'une étude dynamique sur une gamme de redshifts allant de z=0.4 _a z=0.8. / I present in this thesis the results obtained from the American French collaboration called the Dark energy American French Team/French American DArk energy Team (DAFT/FADA). The goal of the DAFT/FADA collaboration is to carry out a weak lensing tomography survey of z = 0.4-0.9 rich clusters of galaxies. Unlike supernovae or other methods such as cluster of galaxy counts, weak lensing tomography is purely based on geometry and does not depend on knowledge of the physics of the objects used as distance indicators. In addition, the reason for analyzing observations in the direction of clusters is that the shear signal is enhanced by about 10 over the feld. Our work will contain results obtained on 91 rich clusters from the HST archive combined with ground based work to obtain photo-zs. This combination of photo-z and weak lensing tomography will enable us to constrain the equation of state of dark energy, and the cluster properties evolution with redshift. In this framework, during my PhD, I studied the behaviour and the comnents of the DAFT/FADAS clusters themselves. More precisely, I studied the difuse light contained within 10 clusters of the syrvey as well as their dynamical behaviour on a range of redshifts between z=0.4 and 0.8. indeed, The galaxy clusters themselves are still an important feld of study nowadays, mainly due to the fact they are the largest, at least partially virialized, structures we can observe, allowing us to better understand the history and evolution of our Universe. I present here the latest results obtained so far in my work on the DAFT/FADAS survey.

La viande de volaille et les oeufs constituent une source de protéines bon marché mais la production avicole est menacée par deux maladies virales, la grippe aviaire hautement pathogène et la maladie de Newcastle, ayant des implications économiques et de santé publique à travers le monde. L'introduction du virus de l'influenza aviaire (AIV) hautement pathogène H5N1 en Afrique en 2006 a souligné la nécessité d'une meilleure compréhension d'AIV en Afrique. Grâce à des études de surveillance, nous avons constaté que le virus H5N1 ne circulait plus après 2008 en Afrique subsaharienne. Toutefois, les analyses phylogénétiques réalisées sur le génome de virus faiblement pathogènes H5N2 trouvés chez des oiseaux sauvages au Nigeria ont révélé des caractéristiques de virus réassortants. La similitude d'un gène avec ceux trouvés dans d'autres virus d'Afrique australe renforce l'idée qu'AIV est capable de persister et circuler en Afrique. Nous avons également montré que de nouvelles souches virulentes du virus de la maladie de Newcastle (NDV) constituent la majorité des souches détectées. Leur distance génétique par rapport aux autres souches de NDV connues, leur diversité génétique et leur dispersion géographique suggèrent que ces souches ont probablement évolué localement, circulent depuis un certain temps dans la région et que le commerce et le mouvement d'animaux ont contribué à leur propagation. Nos résultats suggèrent également que la contribution des oiseaux sauvages à la dispersion des souches virulentes du NDV est probablement limitée. Au Luxembourg cependant, les oiseaux sauvages pourraient être un acteur important pour l'introduction du NDV / Poultry meat and eggs constitute one of the cheap sources of protein around the world but poultry production is threatened by two main viral diseases, highly pathogenic avian influenza and Newcastle disease, with economic and public health implications worldwide. The introduction of highly pathogenic avian influenza H5N1 virus in Africa in 2006 highlighted the necessity of a better understanding of avian influenza virus (AIV) in Africa. Through surveillance studies, we found that H5N1 virus was not circulating anymore in sub-Saharan Africa after 2008. However, phylogenetic analyses performed on the genome of low pathogenic H5N2 viruses found in wild birds in Nigeria revealed that they were reassortants. The similarity of one gene to those found in other AIV viruses from Southern Africa strengthened the hypothesis that AIV may actually persist and circulate in Africa. We have shown that new virulent strains of Newcastle disease virus (NDV) constituted the majority of the strains detected. Their genetic distance compared to other NDV strains, their genetic diversity and their geographic dispersion in West and Central Africa suggested that these strains probably evolved locally, that they circulated for some time in the region and that trade and movement of animals likely contributed to their spread. Our findings also suggested that the contribution of wild birds to the dispersion of virulent strains of NDV was probably limited. In Luxembourg however, wild birds may be an important player for the introduction of NDV strains

Le Virus de l’Hépatite C (VHC) infecte 170 millions de personnes dans le monde mais aucun vaccin n’est encore disponible. Le processus d’entrée du VHC dans les hépatocytes représente une cible prometteuse pour le développement de stratégie thérapeutique et est finement régulé par un nombre par les deux glycoprotéines d’envelope du VHC, E1 et E2, assemblé sous la forme d’un hétérodimère incorporé à la surface des particules virales. Cependant, comment E1 et E2 dialoguent, modifient leurs conformations et se coordonnent mutuellement au cours de l’entrée reste encore à être définit. Dans ce travail, nous avons souhaité clarifier l’interrelation entre E1 and E2 au cours de l’entrée afin d’ouvrir la voie à de potentiels stratégies thérapeutiques. Nous avons tout d’abord examiné si une importante divergence génétique entre des hétérodimères E1E2 pouvait être liée à l’existence de fonctions particulières. Nous avons observé une spécialisation des E1E2 isolé des Lymphocytes B pour l’infection de ces mêmes cellules mais pas des hépatocytes, suggérant que de nouvelles fonctions peuvent émerger de la plasticité conformationel de E1E2. Dans un second temps, nous sommes parvenus à identifier un dialogue conservé entre E1 et le domaine III de E2 (E2 DIII), critique pour les processus d’attachement et de fusion du VHC. Nous avons aussi montré grâce à une approche bio-informatique l’existence d’une co-évolution très importante entre E1 et E2. Cette approche a également prédit de potentiel changement de conformations au sein de l’hétérodimère, suggérant que E2 est sans doute une protéine de fusion capable de se replier sur elle-même via le repliement de son domaine III et l’aide de E1. Ainsi, ces différents travaux soulignent l’implication de E1 et E2 au sein de dialogues fins et complexes, qui régulent à la fois les conformations et les fonctions de l’hétérodimère. Ainsi, cela suggère que l’hétérodimère E1E2 représente plutôt une unité fonctionnelle et structurale unique, plutôt que l’association de deux protéines aux fonctions distinctes. / Hepatitis C Virus (HCV) infects more than 170 million people worldwide but no vaccine is available yet. HCV entry may represent a promising target for therapies and is mediated by two envelope glycoproteins, E1 and E2, assembled as heterodimer onto the virus surface. However, how E1 and E2 dialog, structurally rearrange and act together during these steps remain poorly defined. In this work, we aimed to clarify the interrelation of E1E2 during virus entry, thus opening ways to potential new therapeutic strategies. We first investigated whether a strong genetic divergence between E1E2 heterodimers may highlight distinct functions. We observed that B-cell derived E1E2 were specialized for B-cell infection, suggesting that new functions can emerge from the E1E2 conformational plasticity. In a second approach, we identified a conserved dialog between E1 and the domain III of E2 that was critical for virus binding and fusion. Moreover, a computational model predicted a strong co-evolution between E1 and E2 as well as potential structural rearrangements, suggesting that HCV E2 is likely a fusion protein able to fold over via its domain III through the mediation of E1. Altogether, these different works highlight that E1 and E2 are involved in complex dialogs that regulate the heterodimer folding and functions, suggesting that E1E2 heterodimer is more likely a single functional protein entity than an association of two proteins with specific functions.

Le vieillissement de la population nécessite une politique de prévention des chutes efficace chez les personnes âgées. Les chutes ont des conséquences importantes aussi bien en termes de baisse de qualité de vie et de perte d’autonomie, que financiers, occasionnés par leurs soins et leur prise en charge. Cependant, la complexité du mécanisme de la chute et son caractère multifactoriel, rendent le diagnostic et l’évaluation du risque de chute encore difficile, notamment parmi la population des personnes dites « en bonne santé ». Conjointement, bien que les programmes multi-interventionnels commencent à montrer leur efficacité, ces derniers restent peu, sinon mal, évalués. Par ailleurs, la mise en place d’une politique de prévention adaptée et efficace, doit être centrée sur la qualité du soin et la satisfaction du patient. Celles-ci nécessitent le passage vers un mode d’organisation du travail coopératif, en réseau. Toutefois, ce changement conduit à des modifications dans les pratiques et identités professionnelles. Cette thèse a pour objectif d’étudier les conditions de réussite d’une action de prévention, structurée et coordonnée, en santé publique. Nous présentons et proposons tout d’abord les conditions et outils permettant une homogénéisation et une standardisation des pratiques incontournables pour la mutualisation des efforts individuels et permettre ainsi une plus grande efficacité. Nous étudions également les impacts d’une telle intervention, en termes financiers et de risque de chute. Nous analysons ensuite comment conduire le changement pour permettre une évolution et une adaptation des mentalités mais aussi des modes d’organisation de l’activité. / The prevention of falls amongst the elderly population is a major public health concern. Since the elderly live longer and longer, it is crucial to think of efficient measures in order to prevent such falls. Falls amongst the elderly can have dramatic consequences such as a decrease in quality of life, a loss of autonomy as will cause financial difficulty due to high cost of rehabilitation. However, depending upon the complexity of the fall and its multiple determinants, diagnosing and evaluating the risk of a fall remains complicated, particularly amongst those in "good health". While multi interventional programs may exist such as equilibrium coordination and muscular reinforcement, these programs are rarely proved to be efficient in fall prevention. An adapted and efficient method of prevention must be centered on quality and satisfaction of the patient in the offered care. Such method would imply replacement of an older organization with a system defined in a network activity. However, this method would go hand in hand with the modifications in professional practices and identities. In this thesis I will examine the success rate to implement a structured method of health care prevention against falls. To achieve this prevention, we must first present the necessary conditions and tools which will homogenize and standardize these success rates. Next, I will analyze the characteristics of current methods to prevent falls in order to modernize and rationalize the process. In order to be successful, this process needs to be targeted towards a network strategy.

L’approche statique de la notion d’acquéreur, retenue par le Code civil, a été remise en cause par la professionnalisation des vendeurs, suite au renouvellement des méthodes de vente et à la complexification des biens. Au stade de la formation du contrat de vente, l’équilibre postulé par le droit commun s’est progressivement affaibli pour donner naissance à des rapports déséquilibrés entre l’acquéreur et le vendeur. Pour remédier à cette situation, les normes contemporaines, d’inspiration consumériste, ont adopté une approche dynamique de la notion en établissant différentes catégories d’acquéreurs, en vue de leur permettre d’exprimer un consentement réfléchi et éclairé. Les enjeux, théoriques et pratiques, d’une étude confrontant l’acquéreur aux règles de la formation du contrat de vente ont pour objet de déterminer si l’évolution législative a permis de rétablir l’équilibre. L’immixtion du droit de la consommation dans le droit de la vente met en œuvre un dispositif protecteur du consentement de l’acquéreur. Ainsi, les normes consuméristes restaurent-elles l’équilibre pour tous les rapports ? Les règles protectrices du consentement, n’étant pas exclusivement attachée à la qualité de l’acquéreur, autorisent-elles le retour à l’équilibre ou au contraire, donnent-elles naissance à de nouvelles situations déséquilibrées ? La réponse à cette interrogation nécessite d’analyser les dispositions organisant le contrat de vente mais, également, celles relatives au contrat de prêt. Le financement de l’acquisition est, généralement, lié à la conclusion de la vente. / The static approach of the idea of buyer, chosen by the Civil Code, has been challenged by the professionalization of the buyer, following the renewal of sales techniques and the fact that the goods are becoming more complex. On the level of the making of the sales contract, the balance implied by the common-law has gradually weakened to generate unbalanced relationships between the buyer and the seller. To solve this, the contemporary standards based on consumerism have adopted a dynamic approach of the notion by distinguishing different categories of buyers, in order to give them the opportunity to express a well-thought and informed consent. The major issues, both theoretical and practical, of a study which confronts the buyer to the rules of the making of a sales contract, are to determine if the legal evolution allowed to reestablish the balance. The interference of the consumption right in the sales right generates a protective system of the buyer's consent. Can the consumerist standards restore the balance at all levels? Do the protective rules of consent, not being exclusively attached to the quality/ nature of the buyer, allow a way back to the original balance or on the contrary, do they give birth to new unbalanced situations? The answer to this question requires to analyze the rules which organize the sales contract and those connected to the rental contract too. The acquisition financing is currently connected to the sealing of the sale. The diversity of these rules requires to deal with them under the light of the protection of the buyer's consent, in order to allow him to give a well-thought and informed consent.

L'étude de l'évolution de galaxies, et tout particulièrement du phénomène d'évaporation, a été pour la première fois menée à l'aide de modèles physiques, par Chandrasekhar notamment, dans les années 40. Depuis, de nouveaux modèles plus sophistiqués ont été introduits par les physiciens. Ces modèles d'évolution des galaxies sont des modèles cinétiques; bien connus et bien étudiés par les mathématiciens. Cependant, l'aspect évaporation (le fait que des étoiles sortent du système étudié) n'avait pas encore été étudié mathématiquement, à ma connaissance. La galaxie est vue comme un gaz constitué d'étoiles et le modèle consiste en une équation de Vlasov-Poisson, l'interaction étant la gravitation universelle, couplée avec au second membre un terme de collision de type Landau. On rajoute à ce modèle une condition d'évaporation qui consiste à dire que les étoiles dont l'énergie cinétique est suffisamment élevée pour quitter le système sont exclues. Ce modèle étant trop compliqué à étudier tel quel, je propose dans cette thèse plusieurs modèles simplifiés qui sont des premières étapes nécessaires à l'étude du modèle général et qui permettent de mieux comprendre les difficultés à surmonter. Dans une première partie, je m'intéresse au cas homogène en espace, pour lequel le terme de Vlasov-Poisson est remplacé par une simple dérivée en temps. Je fais une étude précise du cas à symétrie radiale en vitesse avec un potentiel Maxwellien, le terme de Landau étant alors remplacé par un terme de type Fokker-Planck, et je montre dans ce cas l'existence et l'unicité d'une solution régulière et l'existence d'un profil asymptotique des solutions. Dans le cas homogène général, je montre l'existence et l'unicité d'une solution régulière tout pendant que la masse ne s'est pas totalement évaporée. J'illustre ces résultats théoriques par des simulations numériques réalisés à l'aide de schéma numériques conservateurs. Dans une seconde partie, je m'intéresse au cas non homogène en espace en dérivant un modèle hydrodynamique pour un modèle de type Vlasov-BGK (plus simple que le modèle Vlasov-Poisson-Landau) avec évaporation. / The study of the evolution of the galaxies, and more specially of the evaporation phenomenon, was for the first time carried out, by Chandrasekhar in particular, in the 40s. Since then, more sophisticated models have been introduced by physicists. These models are kinetics models; well-known and well-studied by mathematicians. However, the evaporation (the fact that stars leave the galaxy) has never been studied before, to my knowledge. The galaxy is seen as a gaz of stars and the model is formed by a Vlasov-Poisson equation, with the gravitational interaction, coupled with Kernel of collision of Landau. A condition of evaporation is added to this model, saying the stars with a large enough kinetic energy are excluded. As this model is too complicated to be studied, I propose in this thesis several simpler models which constitute first steps toward the study of the general model and which inform us about the difficulties implied. In the first part, I am interested in the space-homogeneous model, for which the Vlasov-Poisson term is replaced by a simple time derivative. I make a precise study of the spherically symmetric case with a Maxwellian potential for which the the Landau term is replaced by a Fokker-Planck typed term, and I show the existence of a unique regular solution and the fact that this solution admits an asymptotical profile. In the general homogeneous case, I show the existence of a unique regular solution as long as the mass has not totally disappeared. Theses theoretical results are illustrated with numerical simulations obtained with conservative schemes. In the second part, I am interested in the inhomogeneous case and I derive an hydro-dynamical model for a Vlasov-BGK model (a simpler model than Vlasov-Poisson-Landau) with evaporation.

La phylogénie permet de reconstituer l'histoire évolutive de séquences ainsi que des espèces qui les portent. Les récents progrès des méthodes de séquençage ont permis une inflation du nombre de séquences disponibles et donc du nombre d'arbres de gènes qu'il est possible de construire. La question qui se pose est alors d'optimiser la recherche d'informations dans ces arbres. Cette recherche doit être à la fois exhaustive et efficace. Pour ce faire, mon travail de thèse a consisté en l'écriture puis en l'utilisation d'un ensemble de programmes capables de parcourir et d'annoter les arbres phylogénétiques. Cet ensemble de programmes porte le nom de TPMS (Tree Pattern Matching Suite). Le premier de ces programmes (tpms_query) permet d'effectuer l'interrogation de collections à l'aide d'un formalisme dédie. Les possibilités qu'il offre sont : La détection de transferts horizontaux : Si un arbre de gènes présente une espèce branchée dans un arbre au milieu d'un groupe monophylétique d'espèces avec lesquelles elle n'est pas apparentée, on peut supposer qu'il s'agit d'un transfert horizontal, si ces organismes sont des procaryotes ou des eucaryotes unicellulaires. La détection d'orthologie : Si une partie d'un arbre de gènes correspond exactement à l'arbre des espèces, on peut alors supposer que ces gènes sont un ensemble de gènes d'orthologues. La validation de phylogénies connues : Quand l'arbre des espèces donne lieu à des débats, il peut est possible d'interroger une large collection d'arbres de gènes pour voir combien de familles de gènes correspondent à chaque hypothèse. Un autre programme, tpms_computations, permet d'effectuer des opérations en parallèle sur tous les arbres, et propose notamment l'enracinement automatique des arbres via différents critères, ainsi que l'extraction de sous arbres d'orthologues (séquence unique par espèce). Il propose aussi une méthode de détection automatique d'incongruences. La thèse présente le contexte, les différents algorithmes à la base de ces programmes, ainsi que plusieurs utilisations qui en ont été faites / Phylogeny allows to reconstruct evolutionnary history of sequences and species that carry them. Recent progress in sequencing methods produced a growing number of available sequences, and so of number of gene trees that one can build. One of the consecutive issues is to optimise the extraction of information from the trees. Such an extraction should be complete and efficient. To address this, my thesis consisted in writing and then using a suite of programs which aim to browse and annotate phylogenic trees. This program suite is named TPMS (Tree Pattern Matching Suite). It browses and annotates trees with several algorithms. The first of them, tpms_query consists in querying collections using a dedicated formalism. This allows to: Detect horizontal transfers If, in a gene tree, a species is nested in a monophyletic group of unrelated species, one can infer this is a horizontal transfer, if this organisms are prokaryotic (also concerning some unicellular eukaryotes). Orthology detection: if a part of a gene tree exactly matches to the species tree, one can suppose these genes are set of orthologues. Validating known phylogenies: when controversy exists concerning the species tree, it is possible to query a lange collection of gene trees to perform a count of families matching to each hypothesis. Another program allows to perform parallel operations on all the trees, such as automating rooting of trees via different criterions. It also allows an automatic detection of incongruencies. The thesis introduces the context, different algorithms which the programs are based on, and several using performed with it