"Thèse présentée à la Faculté des études supérieures en vue de l'obtention du grade de docteur en droit (LL.D.)". Cette thèse a été acceptée à l'unanimité et classée parmi les 10% des thèses de la discipline. / La liberté de tester au Québec a longtemps été qualifiée de « illimitée ». Dans les faits, une telle liberté signifiait que le de cujus pouvait ne rien laisser à son ou sa conjointe ni à ses enfants. Or, depuis l'introduction des dispositions législatives sur la prestation compensatoire et, plus particulièrement, de celles sur le patrimoine familial et sur la survie de l'obligation alimentaire, l'étendue de cette liberté n'est plus la même. Bien que les Québécois soient toujours libres de déterminer par testament à qui ils souhaitent léguer leurs biens, leur liberté est désormais limitée par ces dispositions législatives impératives qui permettent au conjoint survivant et à la famille immédiate du défunt de réclamer certaines sommes à la succession, et ce, quelles que soient les dernières volontés du de cujus. Ainsi, le patrimoine sur lequel s'exerce la liberté du testateur n'est plus forcément celui sur lequel le défunt pouvait exercer sa volonté pendant sa vie et son mariage. Il n'est donc plus possible de parler de liberté « illimitée» de tester des Québécois. Ce constat quant à l'émergence de restrictions à la liberté testamentaire dans le Code civil nous conduit à nous interroger sur les raisons et les fondements de cette transformation de la liberté de tester et, incidemment, sur la question plus générale de la production et de l'évolution du droit de la famille dans la société. Pour répondre à ce questionnement, cette thèse repose sur une approche socio-juridique selon laquelle il faut rechercher les fondements de l'évolution du droit à l'intérieur des représentations sociales valorisées dans une société et une époque données. Partant du postulat que ce sont les changements dans les représentations sociales qui contribuent à expliquer le passage d'une rationalité sociale à une rationalité juridique, cette thèse dégage par quels acteurs, suivant quelles logiques et dans quels buts ces restrictions à la liberté de tester ont été introduites dans le droit québécois. Une telle façon d'aborder l'évolution du droit à partir de l'évolution des représentations sociales contribue ainsi à « éclairer» l'idée communément véhiculée selon laquelle le droit reflète l'évolution des moeurs. Grâce à une étude des représentations sociales inscrites et retracées dans le discours des acteurs sociaux - mémoires déposés à l'Assemblée nationale, Journal des débats, commissions parlementaires, jurisprudence, doctrine, textes de loi - cette thèse montre que les changements qui ont conduit à restreindre la liberté de tester au Québec ne dépendent pas que des perceptions relatives à la famille et au patrimoine, tel qu'on le rapporte généralement. L'introduction de restrictions à la liberté de tester dans le Code civil semble plutôt résulter d'un compromis entre l'évolution des représentations sociales sur les rapports familiaux et l'évolution des représentations sociales sur le droit, plus précisément quant aux fonctions du droit dans la société et aux conditions de sa cohérence. L'analyse de cette évolution permet enfin d'observer que si le droit des successions a longtemps été une « composante » du droit des biens, il constitue désormais, surtout, une « composante» du droit de la famille. / Formerly the freedom of wiIling in Quebec was considered to be "unlimited", which meant that its scope was such that the deceased could refrain from bequeathing any property at aIl to his or her spouse or children. Following the introduction of legal measures on compensatory allowance and, more particularly, provisions concerning the family patrimony and the survival of the obligation of support, the scope of this freedom is no longer as alI-inclusive as it once was. Although Quebeckers remain free to determine via their last wiIls and testaments to whom they wish to bequeath their property, henceforth their margin of freedom is limited by the preceding legislative changes which entitle the surviving spouse and immediate family of the deceased to claim to certain amounts from the succession, whatever the last will of the deceased may have been. As such, the patrimony upon which the testator now exercises freedom has ceased necessarily to be that which the deceased had control over during his or her life and marriage. It is thus no longer possible to refer to Quebeckers' "unlimited freedom" of wiIling. The emergence of limitations in testamentary freedom in the Civil Code invites us to question the reasons and foundations for this shift in the freedom of willing and, incidentaIly, the more general issue of the reform and evolution offamily law in society. To address these issues, this thesis is founded upon a socio-Iegal approach according to which it is essential to seek out the basis of the evolution of law from within the social representations valued in a society at a given time in its history. Beginning from the postulate that it is the changes in social representations that help to explain the transition from a social rationality to a legal rationality, this thesis illustrates by what actors, foIlowing which lines of logic and to what end these limitations in the freedom of wiIling were introduced into Quebec law. Such an approach to the evolution of the law on the basis of social representations thereby helps "to enlighten" the commonly expressed idea whereby law is a mirror image of mores. Based upon an analysis of social representations recorded and retrieved in the discourse of different social actors, including briefs tabled before the National Assembly and proceedings in the Journal of Debates, parliamentary committees, as weIl as decided cases, doctrine and statutory texts, this thesis seeks to demonstrate how the changes which led to the restriction in testamentary freedom in Quebec extend far beyond perceptions evoking family and patrimony as is generaIly claimed. The introduction of limitations in the freedom of willing in the Civil Code seems rather to result from a compromise between the evolution in social representations regarding family relationships and the evolution in social representations regarding law, more specifically with regard to the functions of law in society and the conditions underlying the law's systemic coherence. Lastly the analysis of this evolution makes it possible to observe that while the law governing successions was for a long time a "component" of property law, henceforth it has specifically gravitated to being a "component" of family law.

Les cadriciels et les bibliothèques sont indispensables aux systèmes logiciels d'aujourd'hui. Quand ils évoluent, il est souvent fastidieux et coûteux pour les développeurs de faire la mise à jour de leur code. Par conséquent, des approches ont été proposées pour aider les développeurs à migrer leur code. Généralement, ces approches ne peuvent identifier automatiquement les règles de modification une-remplacée-par-plusieurs méthodes et plusieurs-remplacées-par-une méthode. De plus, elles font souvent un compromis entre rappel et précision dans leur résultats en utilisant un ou plusieurs seuils expérimentaux. Nous présentons AURA (AUtomatic change Rule Assistant), une nouvelle approche hybride qui combine call dependency analysis et text similarity analysis pour surmonter ces limitations. Nous avons implanté AURA en Java et comparé ses résultats sur cinq cadriciels avec trois approches précédentes par Dagenais et Robillard, M. Kim et al., et Schäfer et al. Les résultats de cette comparaison montrent que, en moyenne, le rappel de AURA est 53,07% plus que celui des autre approches avec une précision similaire (0,10% en moins). / Software frameworks and libraries are indispensable to today's software systems. As they evolve, it is often time-consuming for developers to keep their code up-to-date. Approaches have been proposed to facilitate this. Usually, these approaches cannot automatically identify change rules for one-replaced-by-many and many-replaced-by-one methods, and they trade off recall for higher precision using one or more experimentally-evaluated thresholds. We introduce AURA (AUtomatic change Rule Assistant), a novel hybrid approach that combines call dependency and text similarity analyses to overcome these limitations. We implement it in a Java system and compare it on five frameworks with three previous approaches by Dagenais and Robillard, M. Kim et al., and Schäfer et al. The comparison shows that, on average, the recall of AURA is 53.07% higher while its precision is similar (0.10% lower).

L’évolution des protéines est un domaine important de la recherche en bioinformatique et catalyse l'intérêt de trouver des outils d'alignement qui peuvent être utilisés de manière fiable et modéliser avec précision l'évolution d'une famille de protéines. TM-Align (Zhang and Skolnick, 2005) est considéré comme l'outil idéal pour une telle tâche, en termes de rapidité et de précision. Par conséquent, dans cette étude, TM-Align a été utilisé comme point de référence pour faciliter la détection des autres outils d'alignement qui sont en mesure de préciser l'évolution des protéines. En parallèle, nous avons élargi l'actuel outil d'exploration de structures secondaires de protéines, Helix Explorer (Marrakchi, 2006), afin qu'il puisse également être utilisé comme un outil pour la modélisation de l'évolution des protéines. / Protein evolution is an important field of research in bioinformatics and catalyzes the requirement of finding alignment tools that can be used to reliably and accurately model the evolution of a protein family. TM-Align (Zhang and Skolnick, 2005) is considered to be the ideal tool for such a task, in terms of both speed and accuracy. Therefore in this study, TM-Align has been used as a point of reference to facilitate the detection of other alignment tools that are able to accurately model protein evolution. In parallel, we expand the existing protein secondary structure explorer tool, Helix Explorer (Marrakchi, 2006), so that it can also be used as a tool to model protein evolution.

Le développement du logiciel actuel doit faire face de plus en plus à la complexité de programmes gigantesques, élaborés et maintenus par de grandes équipes réparties dans divers lieux. Dans ses tâches régulières, chaque intervenant peut avoir à répondre à des questions variées en tirant des informations de sources diverses. Pour améliorer le rendement global du développement, nous proposons d'intégrer dans un IDE populaire (Eclipse) notre nouvel outil de visualisation (VERSO) qui calcule, organise, affiche et permet de naviguer dans les informations de façon cohérente, efficace et intuitive, afin de bénéficier du système visuel humain dans l'exploration de données variées. Nous proposons une structuration des informations selon trois axes : (1) le contexte (qualité, contrôle de version, bogues, etc.) détermine le type des informations ; (2) le niveau de granularité (ligne de code, méthode, classe, paquetage) dérive les informations au niveau de détails adéquat ; et (3) l'évolution extrait les informations de la version du logiciel désirée. Chaque vue du logiciel correspond à une coordonnée discrète selon ces trois axes, et nous portons une attention toute particulière à la cohérence en naviguant entre des vues adjacentes seulement, et ce, afin de diminuer la charge cognitive de recherches pour répondre aux questions des utilisateurs. Deux expériences valident l'intérêt de notre approche intégrée dans des tâches représentatives. Elles permettent de croire qu'un accès à diverses informations présentées de façon graphique et cohérente devrait grandement aider le développement du logiciel contemporain. / Nowadays, software development has to deal more and more with huge complex programs, constructed and maintained by large teams working in different locations. During their daily tasks, each developer may have to answer varied questions using information coming from different sources. In order to improve global performance during software development, we propose to integrate into a popular integrated development environment (Eclipse) our new visualization tool (VERSO), which computes, organizes, displays and allows navigation through information in a coherent, effective, and intuitive way in order to benefit from the human visual system when exploring complex data. We propose to structure information along three axes: (1) context (quality, version control, etc.) determines the type of information; (2) granularity level (code line, method, class, and package) determines the appropriate level of detail; and (3) evolution extracts information from the desired software version. Each software view corresponds to a discrete coordinate according to these three axes. Coherence is maintained by navigating only between adjacent views, which reduces cognitive effort as users search information to answer their questions. Two experiments involving representative tasks have validated the utility of our integrated approach. The results lead us to believe that an access to varied information represented graphically and coherently should be highly beneficial to the development of modern software.

Le but de cette thèse est de raffiner et de mieux comprendre l'utilisation de la méthode spectroscopique, qui compare des spectres visibles de naines blanches à atmosphère riche en hydrogène (DA) à des spectres synthétiques pour en déterminer les paramètres atmosphériques (température effective et gravité de surface). Notre approche repose principalement sur le développement de modèles de spectres améliorés, qui proviennent eux-mêmes de modèles d'atmosphère de naines blanches de type DA. Nous présentons une nouvelle grille de spectres synthétiques de DA avec la première implémentation cohérente de la théorie du gaz non-idéal de Hummer & Mihalas et de la théorie unifiée de l'élargissement Stark de Vidal, Cooper & Smith. Cela permet un traitement adéquat du chevauchement des raies de la série de Balmer, sans la nécessité d'un paramètre libre. Nous montrons que ces spectres améliorés prédisent des gravités de surface qui sont plus stables en fonction de la température effective. Nous étudions ensuite le problème de longue date des gravités élevées pour les DA froides. L'hypothèse de Bergeron et al., selon laquelle les atmosphères sont contaminées par de l'hélium, est confrontée aux observations. À l'aide de spectres haute résolution récoltés au télescope Keck à Hawaii, nous trouvons des limites supérieures sur la quantité d'hélium dans les atmosphères de près de 10 fois moindres que celles requises par le scénario de Bergeron et al. La grille de spectres conçue dans ces travaux est ensuite appliquée à une nouvelle analyse spectroscopique de l'échantillon de DA du SDSS. Notre approche minutieuse permet de définir un échantillon plus propre et d'identifier un nombre important de naines blanches binaires. Nous déterminons qu'une coupure à un rapport signal-sur-bruit S/N > 15 optimise la grandeur et la qualité de l'échantillon pour calculer la masse moyenne, pour laquelle nous trouvons une valeur de 0.613 masse solaire. Finalement, huit nouveaux modèles 3D de naines blanches utilisant un traitement d'hydrodynamique radiative de la convection sont présentés. Nous avons également calculé des modèles avec la même physique, mais avec une traitement standard 1D de la convection avec la théorie de la longueur de mélange. Un analyse différentielle entre ces deux séries de modèles montre que les modèles 3D prédisent des gravités considérablement plus basses. Nous concluons que le problème des gravités élevées dans les naines blanches DA froides est fort probablement causé par une faiblesse dans la théorie de la longueur de mélange. / The goal of this thesis is to refine and to understand better the spectroscopic method, which compares optical spectra of hydrogen-atmosphere white dwarfs (DA) with synthetic spectra to determine the atmospheric parameters (effective temperature and surface gravity). Our approach rests mainly on the development of improved model spectra, which come themselves from DA model atmospheres. We present a new grid of DA synthetic spectra with the first consistent implementation of the non-ideal gas theory of Hummer & Mihalas and the unified theory of Stark broadening from Vidal, Cooper & Smith. This allows for an adequate treatment of the quenching effects in Balmer lines, without the need of a free parameter. We show that these improved spectra predict surface gravities that are much more stable as a function of the effective temperature. We then study the long-standing problem that surface gravities in cool DA stars are significantly higher than those found in hotter DA white dwarfs. The hypothesis of Bergeron et al., according to which the atmospheres are contaminated by small amounts of helium, is constrained with observations. Using high-resolution spectra collected at the Keck in Hawaii, we find superior limits on the helium abundances in the atmospheres that are nearly 10 times lower than those required to sustain the Bergeron et al. scenario. The grid of spectra calculated in this work is then applied to a new spectroscopic analysis of the DA in the SDSS. Our careful analysis allows us to define a cleaner sample and to identify a large number of double degenerates. We find that a cutoff at a signal-to-noise ratio S/N > 15 optimizes the size and quality of the sample for computing the average mass, for which we find a value of 0.613 solar mass. Finally, eight new 3D white dwarf models with a radiative-hydrodynamics treatment of the convection are presented. We also calculated models with the same physics, except for a treatment of the convection with the standard mixing-length theory. A differential analysis between these two sets of models shows that the 3D models predict considerably lower surface gravities. We conclude that the high-log g problem in cool DA white dwarfs is caused by a weakness in the mixing-length theory.

Selon la théorie de la double hérédité, les processus de transmission sociale des connaissances permettraient aux cultures humaines d'évoluer de manière darwinienne. On parvient à cette conclusion en inférant que, étant donné qu'une analogie profonde peut être établie entre les mécanismes de transmission génétique et ceux de transmission sociale, on devrait non seulement concevoir que les processus cognitifs d'apprentissage social constituent bel et bien un système d'hérédité distinct du système d'hérédité génétique, mais qu’il est aussi légitime, sur la base de cette même analogie, de transférer les concepts explicatifs et outils formels issus de la biologie évolutionnaire et de les adapter à l'étude des cultures humaines en vue de constituer une théorie darwinienne de l'évolution culturelle. Cette analogie de l’hérédité culturelle fait depuis longtemps l'objet de controverses tant au sein de la littérature scientifique que dans les discussions philosophiques. On ne semble pas s'entendre sur la nature même de cette analogie ni non plus sur la force de justification épistémique qu'une telle analogie donnerait à la mise en place d'une théorie darwinienne de l'évolution culturelle. Néanmoins, à travers plus de quarante années de débats, la structure de cette analogie n'a jamais été examinée en détail et on a rarement examiné l'épistémologie des inférences par analogie dans un tel contexte. L'objectif principal de la présente thèse consistera à offrir une première analyse systématique de la nature, de la structure, de la fonction et de la justification épistémique de l'analogie de l'hérédité culturelle, fondement conceptuel de la théorie de la double hérédité. En portant ici une attention particulière à la structure logique de cette analogie, on pourra constater l'ampleur de sa complexité, complexité passant souvent inaperçue dans les critiques de la théorie de la double hérédité. On défendra ici la thèse selon laquelle l'analogie de l'hérédité culturelle est en fait composée de deux analogies constitutives qui, conjointement, ouvrent la voie à la mise en place et à l’organisation d’un programme de recherche visant à mettre au point une théorie darwinienne de l’évolution culturelle. / According to the dual-inheritance theory, processes of social transmission of ideas should allow human cultures to evolve in a Darwinian fashion. This conclusion is obtained by an explanatory inference according to which a profound analogy can be established between the cognitive processes of social learning and those of genetic transmission mechanisms. Not only should we understand social learning as a genuine cultural inheritance system, distinct although complementary to the genetic inheritance system, but, on the basis of the very same analogy, it would also be legitimate to transfer and adapt the theoretical concepts, explanatory formats and formal tools of evolutionary biology to the study of cultural dynamics so as to constitute a Darwinian theory of cultural evolution. The cultural inheritance analogy has been controversial since it was first suggested. A lack of consensus amongst scientists and philosophers about the proper meaning and epistemic reach of such an analogy has impeded the acceptance that human cultures might evolve. Nonetheless, through the forty years of controversy, the structure of the cultural inheritance analogy has never been systematically scrutinized and its relevance as an epistemic foundation for theory construction seldom examined. The main objective of this dissertation is to offer a first systematic analysis of the nature, structure, function and epistemic reach of the cultural inheritance analogy as the conceptual foundation of the dual-inheritance theory. By insisting on its logical structure, it is argued here that it is a complex analogy, the complexity of which is often misunderstood by the criticisms levelled against the dual-inheritance theory. It is argued here that the cultural inheritance analogy is in fact composed of two constitutive analogies that conjointly justify and organize a Darwinian research program of cultural evolution.

Les processus Markoviens continus en temps sont largement utilisés pour tenter d’expliquer l’évolution des séquences protéiques et nucléotidiques le long des phylogénies. Des modèles probabilistes reposant sur de telles hypothèses sont conçus pour satisfaire la non-homogénéité spatiale des contraintes fonctionnelles et environnementales agissant sur celles-ci. Récemment, des modèles Markov-modulés ont été introduits pour décrire les changements temporels dans les taux d’évolution site-spécifiques (hétérotachie). Des études ont d’autre part démontré que non seulement la force mais également la nature de la contrainte sélective agissant sur un site peut varier à travers le temps. Ici nous proposons de prendre en charge cette réalité évolutive avec un modèle Markov-modulé pour les protéines sous lequel les sites sont autorisés à modifier leurs préférences en acides aminés au cours du temps. L’estimation a posteriori des différents paramètres modulants du noyau stochastique avec les méthodes de Monte Carlo est un défi de taille que nous avons su relever partiellement grâce à la programmation parallèle. Des réglages computationnels sont par ailleurs envisagés pour accélérer la convergence vers l’optimum global de ce paysage multidimensionnel relativement complexe. Qualitativement, notre modèle semble être capable de saisir des signaux d’hétérogénéité temporelle à partir d’un jeu de données dont l’histoire évolutive est reconnue pour être riche en changements de régimes substitutionnels. Des tests de performance suggèrent de plus qu’il serait mieux ajusté aux données qu’un modèle équivalent homogène en temps. Néanmoins, les histoires substitutionnelles tirées de la distribution postérieure sont bruitées et restent difficilement interprétables du point de vue biologique. / Time-continuous Markovian process are widely used to understand the mechanism of nucleotidic acids and proteins evolution along phylogeny. Already existing probabilistic models based on such hypothesis are designed to satisfy the non-homogeneity of functional and environmental constraints acting across those biological sequences. Recently, Markov-modulated models have been introduced to describe site-specific temporal rate variation (heterotachy). Moreover, studies have demonstrated that not only strength but also the nature of the constraint acting on a specific site can vary over time. Here we propose to accommodate this evolutionary reality with a Markov-modulated model for proteins under which sites are authorized to change their amino acids propensities across time. Posterior estimation of the stochastic kernel hidden parameters with Monte Carlo methods is a challenging approach that we partially overcome with parallel computing. Fine-tuning are otherwise planned to accelerate convergence toward the target posterior stationnary distribution. Qualitatively, our model seems to be able to capture temporal heterogeneity from real sequences data sets whose evolutionary history is assumed to be rich in substitutional switch events. Furthermore, evaluation of the model performance suggest that he provides a better fit to the data set than the time-homogeneous equivalent model. Nonetheless, substitutional histories sampled from the posterior distribution are quite noisy and remain difficult to interpret biologically.

Ce mémoire propose une étude de la théorie de l’individualité biologique développée par Turner, des problèmes inhérents à celle-ci ainsi qu’une approche qui permet de surmonter les problèmes de la théorie de Turner tout en prenant en compte les aspects importants de cette dernière. Nous montrerons en premier lieu pourquoi, selon Turner, l’individualité est une question écologique et que l’individu ne peut être compris sans ses parties abiotiques si celles-ci jouent un rôle dans la fonctionnalité de l’individu. Par la suite, nous démontrerons que l’approche de Turner est sujette au problème du paradigme développé par Haber. Enfin, en s’inspirant de la théorie de l’individualité de Dupré et O’Malley et de leurs études sur les bactéries, nous forgerons une nouvelle théorie portée sur la fonctionnalité, qualifiée d’approche méréologique, qui surmonte les problèmes exposés tout en prenant en compte le rôle que les parties abiotiques jouent dans le fonctionnement de l’individu. / This master’s thesis consists in a study of the theory of biological individuality developed by Turner, its problems, as well as an approach of individuality that allows us to overcome Turner’s problems while also taking into account the important aspects of his theory. We will start off by showing that, according to Turner, individuality is an ecological matter since an individual cannot be understood without its abiotic parts if the latter play a role in the individual’s functionality. Afterwards we will demonstrate that Turner’s theory is subject to Haber’s problem of the paradigm. Lastly, by building upon Dupré and O’Malley’s theory of individuality and their studies on bacteria, we will develop a new approach focused on functionality, named mereological approach, which overcomes the problems we find in Turner’s theory while also taking into account the role that abiotic parts play in the functionality of individuals.

La problématique de la neutralisation par les anticorps constitue un enjeu majeur dans la perspective de la conception d’un vaccin efficace contre le VIH et les connaissances récemment acquises conforte NT l’absolue nécessité de maintenir une recherche cognitive fondamentale sur le sujet. L’un des objectifs de ce travail de thèse a été de documenter les propriétés biologiques en terme de sensibilité à la neutralisation de variants présents chez certains patients asymptomatiques à long terme (ALT) et présentant des caractéristiques particulières. Nous avons pu identifié certains déterminants moléculaires associés à la sensibilité ou à la résistance à l’anticorps monoclonal 2G12 tels le site potentiel de glycosylation (PNGS) en position N302 et la longueur de la boucle V1V2 du gène env. Nous avons ensuite caractérisé la relation entre l’évolution du gène env et la sensibilité à la neutralisation dans un contexte d’évolution tardive chez un patient ALT. Ces travaux ont permis de mettre en évidence une poursuite de l’évolution du gène env plus de 10 ans après l’infection et ceci malgré la présence d’anticorps largement neutralisants et d’une réponse autologue croissante au cours du temps. Le contexte de la transmission mère enfant (TME) constitue un modèle de choix afin d’étudier le rôle des anticorps neutralisants. Afin d’identifier d’éventuels corrélats de protection, mon travail a consisté à étudier la réponse neutralisante dans une population de 114 couples mères-enfants. Nous avons pu confirmer que le spectre de neutralisation des sérums maternels n’était pas associé à une moindre TME du VIH-1, mais que les anticorps neutralisant certains isolats pourraient constituer des indicateurs d’intérêt associé à un moindre risque de transmission. L’ensemble de ces travaux souligne à nouveau la complexité et la pertinence à poursuivre les investigations relatives à l’identification d’éventuels corrélats de protection. / Basic research on neutralizing antibodies. still remains relevant in term of HIV vacccine development. One of the aim of this thesis was to document the neutralization sensitivity of particular HIV-1variants from long term non progressor (LTNP) patients. We first identified molecular signatures associated with sensitivity to 2G12, such as a potential N-linked glycosylation site (PNGS) at N302 and a longer V1V2 loop of gp120. We also studied the relationship between long-term evolution of the virus and neutralization sensitivity in a LTNP patient. We showed that HIV-1 may continue to evolve in presence of both broadly neutralizing antibodies and increasing autologous neutralizing activity more than 10 years post-infection. Mother-to-child transmission provides a natural model for studying the role of neutralizing antibodies. In previous studies, we showed that the presence or high titers of neutralizing antibodies against a CRF01_AE strain, MBA, was associated with a lower rate of HIV-1 intrapartum transmission in Thailand (Barin et al., 2006; Samleerat et al., 2009). In order to confirm this observation and to identify potential correlates of protection in the MTCT context, we examined the breadth and levels of neutralizing antibodies in 57 transmitting and 57 non-transmitting untreated HIV-1 infected mothers. Our study confirmed that the breadth of maternal neutralizing antibodies was not associated with protection of infants from infection, but that neutralizing antibodies to particular strains might be associated with a lower rate of MTCT of HIV-1.

Cette thèse présente les résultats d'une étude du Haut Zagros, la partie la plus interne du Zagros plissé. Sur les cartes, le Haut Zagros est présent dans deux régions séparées l'une de l'autre, le Haut Zagros Occidental et Oriental respectivement, et partiellement masqué comme un domaine sous-plaqué sous la Zone de Sanandaj-Sirjan. Le Haut Zagros est l'unique endroit du Zagros où les roches paléozoïques affleurent largement.Un premier objectif était de réévaluer le style tectonique et l'évolution cinématique du Haut Zagros. Il est montré que la caractéristique structurale principale de cette zone est l'existence de plis de décollement faillés, associés à un réseau complexe de chevauchements et de failles décrochantes. Ce travail suggère que l'existence de niveaux de décollement au sein des couches ordoviciennes et/ou silurienne a permis le développement de duplex aux cœurs des anticlinaux. Un scénario tectonique en deux étapes, identique à celui proposé ailleurs dans la chaîne, est mis en avant. Une première phase en tectonique de couverture a permis la formation d'un train de plis de décollement au dessus du sel précambrien d'Hormuz. Le socle est impliqué dans la déformation dans un second tempspermettant l'exhumation des roches du Paléozoïque Inférieur. Après cette présentation du contexte tectonique du Haut Zagros, la thèse se concentre sur la signification tectonique de la discordance pré-permienne dont la manifestation la plus évidente est l'existence d'un très important hiatus sédimentaire allant du Cambro-Ordovicien au Permien dans le Zagros Occidental et du Dévonien terminal au Permien dans le Zagros Oriental. Il est montré que : (1) le Haut Zagros présente sous la discordance une géométrie générale en Arche et Bassin et que (2) seules des structures extensives comme des failles normales et des blocs basculés sont présentes sous la discordance, sans aucune trace de structures compressives. Un soulèvement thermique d'âge possible fini-dévonien est proposé comme mécanisme expliquant à la fois le mouvement vertical et l'extension diffuse. Cette hypothèse modifie considérablement l'interprétation classique associant le hiatus pré-permien à un effet lointain de l'orogenèse varisque.Des modélisations thermiques basées sur des données de maturité de la matière organique provenant des roches-mères potentielles du Haut Zagros ont été réalisé. Le modèle le plus probable suggère un flux de chaleur important pendant le Dévonien et l'érosion de ~3900m de sédiments avant le dépôt du Permien. Ce résultat est en accord avec l'hypothèse d'un soulèvement thermique évoqué plus haut. Par ailleurs, des mesures d'âges (U-Th)/He sur zircon montrent une remise à zéro partielle. Ces deux gammes de résultats sont en accord avec les données publiées suggérant l'existence d'un événement thermo-mécanique majeur au cours du Dévonien terminal et du Carbonifère Inférieur dans l'Arche du Levant (Israël, Jordanie). Un mécanisme commun est suggéré à l'échelle de la Plaque Arabe. / This Thesis presents the results of a study of the “High Zagros”, the most internal part of the Zagros-Fold-Thrust-Belt (ZFTB). On map view, the High Zagros is exposed in two separated domains (Western and Eastern High Zagros respectively) and partly hidden as an under-plated region beneath the Sanandaj-Sirjan Domain. The High Zagros is the only place in the ZFTB where the Paleozoic rocks are widely exposed.A primary objective was to reevaluate the structural style and kinematic evolution of the High Zagros. It is shown that the most significant geological elements within this area are large scale faulted detachment folds, associated with a complex system of thrust faults segmented by strike-slip faults. This work suggests that the existence of active Ordovician and/or Silurian décollements led to the development of duplex structures which are confined in the core of the anticlines. A two-step kinematic scenario, similar to the one already proposed elsewhere in the belt, is proposed for the High Zagros. Firstly, a thin-skinned phase led to establish detachment folding over the basal Hormuz salt. Then, a thick-skinned phase resulted in the basement thrusting and allowed the exhumation of Lower Paleozoic succession.After this presentation of the tectonic context of the High Zagros, the thesis focuses on the tectonic significance of the pre-Permian unconformity, which was known through a major hiatus between Cambro-Ordovicien to Early Permian and between Devonian to Permian rocks in the western and eastern High Zagros respectively. It is shown that (1) the High Zagros presents below the unconformity a large “Arch-and-Basin” geometry; and that (2) only extensional features such as normal faults and rotated blocks, without evidence of contractional deformation, can be observed below the unconformity. Thermal uplift of possible Late Devonian is proposed as a probable mechanism explaining both the uplift and the diffuse extensional deformation. This proposal strongly modifies the “classical” interpretation of the pre-Permian hiatus as a far effect of the Variscan Orogeny.Thermal modeling based on maturity data from potential source rocks cropping out in the High Zagros has been performed. The most probable modeled scenario suggests an important heat flow during the Devonian and the erosion of ~3900m of the sedimentary pile prior to the deposition of Permian sequence. This outcome reinforces our interpretation of a thermal uplift scenario responsible for pre-Permian vertical movements. On the other hand, a set of new (U-Th)/He ages obtained from the Lower Paleozoic, Devonian and early Permian clastic rocks show a partial reset of zircon grains. These two results are fairly consistent with the published data describing a major thermo-tectonic event during Late Devonian-Early Carboniferous in the Levant Arch (Israel, Jordan) and suggest a common mechanism at the scale of the Arabian Plate.