La spécificité d'hôte est le résultat de plusieurs phases d'interaction avec l'hôte : attraction, multiplication, colonisation et transmission. Nous avons émis l'hypothèse que la spécificité d'hôte se dessine dès les étapes précoces d'attraction et d'adhésion. Pour tester cette hypothèse, nous avons sélectionné les gènes codant des senseurs du chimiotactisme (MCPs) et des régulateurs à deux composants, des transporteurs TonBdépendants et des adhésines, et avons déterminé leur distribution dans une collection de 173 souches appartenant à différents pathovars de Xanthomonas spp. ayant des gammes d'hôtes différentes. Les résultats obtenus montrent que la majorité des pathovars (28/34) présente des répertoires uniques et propres de ces gènes candidats, indiquant une corrélation entre le répertoire des gènes candidats et la gamme d'hôte. Six pathovars non individualisés partagent chacun leur répertoire avec seulement un autre pathovar. Ces similarités pourraient refléter des spécificités écologiques communes. Les analyses de séquences des gènes codant les senseurs du chimiotactisme et les adhésines ont révélé la présence de signaux de sélection positive dans la divergence adaptative entre les espèces de Xanthomonas spp. Au sein de l'espèce X. axonopodis, les gènes candidats sont soumis à une pression de sélection positive ou purificatrice. La pression de sélection positive s'exerce sur des sites appartenant à des domaines fonctionnels de ces protéines. Ces résultats suggèrent que la pression de sélection purificatrice agirait sur les gènes impliqués dans la reconnaissance de molécules végétales communes alors que la pression de sélection positive agirait sur les gènes impliqués dans la reconnaissance de molécules spécifiques d'une niche particulière. Ces résultats révèlent que la spécificité d'hôte se dessine dès les étapes précoces d'attraction et d'adhésion à la plante. Les études phylogénétiques et généalogiques menées sur les souches de X. axonopodis confirment l'existence de sous-groupes au sein de cette espèce et indiquent une divergence très ancienne pour certains d'entre eux. Malgré un long isolement de ces sous-groupes, de nombreux échanges de matériel génétique ont été identifiés et associés à des transferts de gènes codant des facteurs de virulence. Les résultats présentés montrent l'importance de la perception de l'environnement et de l'adhésion dans les interactions entre les bactéries phytopathogènes et les leurs plantes hôtes.

Cette thèse a pour objectif d'analyser et de prédire la présence et l'abondance des espèces de sous-bois localement aux facteurs liés à la structure du peuplement (ouverture de la canopée) et selon différents contextes de milieu (pH du sol). Ainsi, cette thèse vise à évaluer si l'impact du pH du sol, de l'ouverture de la canopée et du climat a un effet similaire sur la distribution de présence et d'abondance. A cet effet, nous avons utilisé des relevés floristiques et dendrométriques effectués cinq ans après l'ouverture de la canopée (293 trouées - Nord-est de la France) et sous peuplements fermés (10 996 sites - France). Nous avons modélisé les distributions de présence et d'abondance des espèces (i) premièrement, au niveau régional, en relation avec un facteur local d'ouverture de la canopée et un facteur régional de pH du sol et (ii) deuxièmement, au niveau national, en relation avec un facteur de pH du sol et le climat. Au niveau régional, les résultats indiquent que la prise en compte simultanée d'un facteur local d'ouverture de la canopée et d'un facteur régional de pH du sol permet de déterminer les distributions des espèces cinq ans après son ouverture. Nous avons pu quantifier les conditions optimales des principales essences feuillues au stade juvénile et des espèces herbacées associées à l'ouverture de la canopée et le pH du sol. Au niveau national, nos résultats montrent que les modèles de distribution d'espèces issus de données présence-absence indiquent l'optimum écologique de l'abondance selon les gradients climatiques et le pH du sol, mais désignent des habitats géographique trop importants à cause d'une surestimation de l'amplitude écologique.

La transmission du parasite Echinococcus multilocularis à l'origine d'une zoonose fatale chez l'homme, l'échinococcose alvéolaire, peut être modulée par des perturbations anthropiques de l'écologie des populations de ses hôtes intermédiaires (micro-mammifères) et définitifs (canidés). Nous avons étudié des paramètres écologiques des populations de ces hôtes dans la province du Sichuan, en Chine, où sont observées de fortes prévalences humaines. Sur la base de données de piégeage, la définition d'assemblages d'espèces de micro-mammifères a permis de résumer la grande diversité des habitats échantillonnés et des espèces piégées. Nous avons trouvé que les régressions multiples non-linéaires étaient la méthode la plus performante pour modéliser les distributions des assemblages le long de gradients environnementaux extraits d'images satellites telles que l'altitude, la pente et des indices de végétation. Alors que les modèles locaux n'étaient pas transférables sur des sites distants d'une centaine de km, une classification régionale des groupes de transmission a pu être établie. D'autre part, les analyses des distributions spatiales des fèces de canidés, de leurs contaminations et des trajectoires nocturnes de chiens équipés de colliers GPS ont permis de confirmer et de quantifier le rôle prédominant du chien sur le renard dans la contamination environnementale et de localiser des zones à haut risque de transmission près des habitations. Enfin, des interactions spatiales entre les chiens et les micro-mammifères ont été mises en évidence dans les villages et constituent une estimation préliminaire du taux de contact entre les hôtes requis pour modéliser la transmission.

RESUME Titre : Etudes écologique, floristique, phytosociologique et ethnobotanique de la forêt marécageuse de Lokoli (Zogbodomey – Bénin) Mots clés : forêt marécageuse, écologie, flore, groupements végétaux, PFNL, atouts de conservation, Lokoli, Zogbodomey-Bénin La forêt marécageuse de Lokoli, située dans le sud du Bénin est une formation non protégée, bien qu’elle soit la seule forêt marécageuse avec un cours d’eau permanent connue en Afrique de l’Ouest. Pour envisager une prise de décision de conservation et de protection de cet écosystème forestier, il est important de disposer d’une meilleure connaissance de sa flore, de sa végétation et de son fonctionnement. C’est dans ce cadre que la présente étude a été envisagée. Les données collectées concernent le milieu naturel, la structure de la forêt, la régénération naturelle des espèces et les usages faits des Produits Forestiers Non Ligneux (PFNL). Le milieu naturel se compose d’un substratum acide (pH variant de 3,5 à 5,5) et argilo-sableux. Le cortège floristique de cette forêt est composé de 241 espèces réparties en 185 genres et 70 familles dont des espèces endémiques (Uapaca paludosa) ou en danger (Hallea ledermannii), Nauclea xanthoxylon, etc. Sept groupements végétaux ont été identifiés (forêt primaire inondée à Alstonia congensis et Xylopia rubescens, forêt secondaire inondée à Ficus trichopoda et Spondianthus preussii et raphiale à Raphia hookeri et Anthocleista vogelii en forêt ; forêt ripicole à Alchornea cordifolia et Mitragyna inermis, savane marécageuse à Ficus asperifolia et Paullinia pinnata ; prairie marécageuse à Cyclosorus gongylodes et Polygonum pulchrum et enfin prairie marécageuse à Rhynchospora corymbosa et Ludwigia abyssinica en lisière) avec des précisions sur leurs caractéristiques floristiques, biologiques, phytogéographiques et écosociologiques. Les mésophanérophytes sont abondants en forêt alors qu’en lisière, ce sont les microphanérophytes qui sont les plus nombreux. Ces groupements constituent un refuge pour de nombreuses espèces animales dont Barboides britzi, poisson déterminé pour la première fois en 2006. D’après cette étude, on note une bonne régénération des espèces forestières malgré une recrudescence des trouées liées à l’installation de champs de Colocasia esculenta. Parmi les 75 espèces, source de PFNL recensées, les produits et sous-produits issus de Raphia hookeri sont les plus exploités car ils constituent pour les populations riveraines d’importantes sources de revenus. Ces PFNL sont exploités à Lokoli pour plusieurs usages à savoir l’alimentation, l’emballage, boisson alcoolisée, recettes médicinales, construction, etc. Le nombre de pieds de Raphia hookeri saignés par an est de 15.452 par 320 exploitants dont 148 cueilleurs, 81 transformateurs et 91 commerçants ; ce qui fournit aux exploitants des revenus de l’ordre de 28.000 à 159.000 FCFA (42,7 à 242,4 euros) par mois et par exploitant, sans oublier les autres activités menées par les riverains dans cet écosystème. On note une forte pression anthropique sur cette formation qu’il est donc urgent de protéger. En effet, elle dispose d’importants atouts qui militent en faveur de sa conservation. Elle abrite des espèces végétales et animales rares, endémiques, vulnérables et en danger (inscrites sur la liste rouge de l’UICN), telles que : Hallea ledermannii, Uapaca paludosa, Nauclea xanthoxylon, Cercopithecus erythrogaster erythrogaster, Cercopithecus mona, Colobus vellerosus, Ceriagrion citrinum Campion, Barboides britzi, etc. La forêt marécageuse de Lokoli joue un rôle de refuge pour toutes ces espèces qui y trouvent leur niche écologique. Sur le plan socio-économique, la FML fournit aux populations riveraines des revenus pour leur subsistance. Toutes ces potentialités font d’elle une Forêt à Haute Valeur pour la Conservation (FHVC) et elle pourrait constituer une véritable réserve de biosphère dans le Sud-Bénin. SUMMARY Title: Ecological, floristic, phytosociological and ethnobotanical studies of the swamp forest of Lokoli (Zogbodomey - Benin) Key words: swamp forest, ecology, flora, vegetation classification, NTFP, conservation assessments, Lokoli, Zogbodomey-Benin. The swamp forest of Lokoli, located in the south of Benin, is a non-protected area, although it is the only swamp forest in West Africa accompanied by a river which always contains water. To be able to make decisions concerning the conservation and protection of this forest ecosystem, it is important to have a better knowledge of its flora, its vegetation and its ecology and dynamics. It is within this framework that the present study was considered. The data that were collected relate to the natural environment, the structure of the forest, the natural regeneration of the species and the uses of the Non Timber Forest Products (NTFP). The natural environment is composed of a substratum which is acid (pH varying from 3.5 to 5.5) and loamy-sandy. The floristic composition of this forest is composed of 241 plant species from 185 genera and 70 families. Seven vegetation types were identified: 1. Inundated primary forest with Alstonia congensis and Xylopia rubescens; 2. Inundated secondary forest with Ficus trichopoda and Spondianthus preussii; 3. Raphia forest with Raphia hookeri and Anthocleista vogelii; 4. Riparian forest with Alchornea cordifolia and Mitragyna inermis; 5. Marshy savanna with Ficus asperifolia and Paullinia pinnata; 6. Marshy savanna with Cyclosorus gongylodes and Polygonum pulchrum; and 7. Marshy savanna with Rhynchospora corymbosa and Ludwigia abyssinica. Precise details are given on their floristic, biological, phytogeographical and phytosociological characteristics. The mesophanerophytes are abundant in forest whereas at forest edges the microphanerophytes are most numerous. These vegetation types constitute a refuge for many animal species, for example Barboides britzi, a species of fish first identified in 2006. This study noted a good regeneration of forest species, in spite of disturbance related to the installation of fields of Colocasia esculenta. About 75 investigated NTFP are exploited in Lokoli for many purposes, among which food, packaging, alcoholic drinks, medicines, construction, etc. Among the listed NTFP, the products and by-products made from Raphia hookeri are the most important because they are important sources of revenue for the inhabitants of the area. The number of stems of Raphia used per year for palm wine production is 15.452 by the 320 inhabitants, including 148 gatherers, 81 transformers and 91 tradesmen. This provides to the inhabitants an income of about 28,000 to 159,000 FCFA per month and per inhabitant, without forgetting the other activities undertaken by these inhabitants. This results in a strong human pressure on the vegetation of the area which is therefore in urgent need of protection. The vegetation of the Lokoli forest has important values which indicate its conservation concern. It shelters plant and animal species that are endemic and/or endangered or vulnerable according to the red list of the IUCN, such as: Hallea ledermannii, Uapaca paludosa, Nauclea xanthoxylon, Cercopithecus erythrogaster erythrogaster, Cercopithecus mona, Colobus vellerosus, Ceriagrion citrinum Campion, Barboides britzi, etc. The swamp forest of Lokoli is a refuge for all these species who find here their ecological niche. On the socio-economic level, the Lokoli forest provides to the inhabitants an income for their subsistence. The Lokoli forest in southern Benin is a forest with a high conservation value and it has the potential to become a “biosphere reserve”.

RESUME L’objectif de cette thèse est d’identifier les mécanismes qui concourent à la reconstitution de la végétation initiale et d’établir un ensemble d’indicateurs permettant la caractérisation des différentes séries écologiques de la dynamique post-culturale. Les processus de reconstitution de la végétation sont abordés, en mode synchrone, sur base de relevés phytosociologiques effectués dans des parties des réserves naturelles qui ont connu jadis des défrichements illicites et actuellement mises en défens pour des soucis de la restauration. Dans un premier temps, cette étude revient sur l’intérêt méthodologique de la courbe aire-espèces dans l’approche expérimentale de la surface optimale représentative d’un échantillon floristiquement homogène. Il apparaît que la diversité floristique des jachères est fonction du stade de la succession. L’aire minimale sur laquelle s’effectuent les relevés phytosociologiques varie selon l’âge de la jachère Dans un second temps, cette étude fournit des indicateurs permettant la caractérisation du processus de la reconstitution de la végétation initiale. L’individualisation des groupements montre que les jeunes jachères renferment des groupements culturaux et post-culturaux. La dominance des adventices de cultures, généralement annuelles ou bisannuelles, est confirmée. Les jachères des stades intermédiaires sont dominées par des groupements graminéens presque mono-spécifiques et les jachères des stades avancés par des groupements des forêts secondaires parfois savanicoles susceptibles de reconstituer les forêts denses. L’évolution des traits biologiques le long du gradient successionnel montre que les stades jeunes sont caractérisés par des thérophytes à diaspores sclérochores souvent anémochores contrairement aux stades âgés dominés par des phanérophytes à diaspores sarcochores essentiellement zoochores. De plus, la proportion d’espèces à large distribution diminue avec l’âge de la jachère contrairement aux espèces à distribution régionale. Enfin, l’intégration des indicateurs pertinents dans une seule variable permet la définition d’indices successionnels et de tester leur efficacité. Parmi trois indices définis, l’efficacité de deux indices (Indice successionnel de forme de vie et Indice successionnel de dispersion) s’est révélée significative. L’application de ces deux indices successionnels pertinents dans le suivi-évaluation des projets de restauration écologique permettrait donc de formuler des conclusions satisfaisantes. Leur utilisation dans les suivi de la dynamique post-culturale de nos stations a montré qu’ils permettent (i) de détecter le sens de la succession (régressive ou progressive), (ii) d’orienter le choix du type d’intervention (active ou passive) le mieux approprié, (iii) de fixer le seuil d’irréversibilité d’un écosystème et (iv) d’opérer des comparaisons entre écosystèmes et régions. La restauration écologique des stations de Ruvubu et Kigwena exigent un système de gestion durable et de conservation capable d’assurer la cicatrisation et la reconstitution de la végétation initiale. Les stations de Ruvubu et Rusizi nécessiteraient l’intervention active favorisant le développement d’espèces natives disparues et l’élimination ou le contrôle d’espèces exotiques invasives. Mots clés : écologie de la restauration, succession écologique, indicateurs, indices, traits biologiques, stratégies adaptatives, Burundi.

Cette thèse évalue le risque d’émergence d’un pathogène via l’avifaune sauvage dans une région indemne en combinant deux approches : (1) L’étude de pathogènes partageant des caractéristiques éco-épidémiologiques communes avec le pathogène émergeant ; et (2) L’utilisation de données écologiques disponibles dans la région indemne. Le Chapitre 1 montre que l’étude de la circulation de pathogènes partageant des caractéristiques éco-épidémiologiques communes (Influenza Aviaire Faiblement Pathogène et Maladie de Newcastle) avec un pathogène émergeant (H5N1 HP) permet d’apporter des éléments d’information sur la circulation potentielle de ce pathogène en cas d’émergence. Les principales conclusions de ce chapitre nous permettent de construire les trois hypothèses testées aux chapitres suivants portant respectivement sur les étapes d’une émergence : introduction (Chapitre 2), circulation (Chapitre 3), et transmission à la faune domestique (Chapitre 4). Ces trois chapitres permettent une meilleure évaluation du risque d’émergence d’un pathogène (le H5N1 HP) dans une zone indemne (le DIN) à partir de méthodes basées sur les données écologiques disponibles dans cette zone indemne et obtenues à partir de techniques telles que le comptage aérien, la télémétrie satellitaire, ou la télédétection. Ils permettent notamment d’estimer que le risque d’émergence du H5N1 HP dans le DIN via l’avifaune sauvage est le plus élevé lors des mois de janvier à mars des années de faible crue, et que la Sarcelle d’été et le canard Pilet sont les deux espèces à surveiller en priorité. Cette thèse présente des travaux originaux combinant écologie, épidémiologie, et l’utilisation de nouvelles technologies. Le développement de ce type de méthodes pour d’autres systèmes hôtes-pathogènes permettra une meilleure compréhension dees mécanismes épidémiologiques et un meilleur contrôle de maladies émergentes.

Les bactéries aquatiques tiennent des rôles clés dans les écosystèmes aquatiques, notamment au niveau des flux de carbone et d'énergie, malgré le fait que plusieurs exemples de mixotrophie aient été répertoriés elles demeurent largement divisées en deux groupes; soit les hétérotrophes et les autotrophes. Cependant les bactéries aérobiques anoxygéniques phototrophiques (AAPB) possèdent en plus de leur métabolisme hétérotrophe un système phototrophique, basé sur la bactériochlorophyll a (BChl a) leur permettant d'obtenir un supplément d'énergie considérable. Ce groupe de bactéries, qui génère de plus en plus d'intérêt dans les milieux marins, n'a que très peu été étudier en eaux douces. Pour pallier ce manque nous avons conduit une étude biogéographique comparant l'abondance et la taille des AAPB dans 43 lacs situés dans deux régions tempérées (Cantons de l'Est et Laurentides) et une région Boréal (Eastmain), durant le cours d'une année. Les AAPB étaient présentes non seulement dans tous les lacs, mais aussi durant toute l'année et ce malgré les conditions adverses de l'hiver. L'abondance relative variait entre >1% et 37%, avec une moyenne de 6%, mais étant donnée qu'elles avaient en moyenne le double de la taille des autres bactéries, leur biomasse relative moyenne est de 10%. L'abondance, bien qu'elle suive les patrons généraux de l'ensemble de la communauté, chute durant l'hiver et est très dynamique à courte échelle ce qui indique que plusieurs facteurs de régulations pourraient agir en même temps. Nos données ne supportent pas l'hypothèse voulant que la photohétérotrophie soit avantageuse dans les milieux oligotrophes, plutôt l'abondance est positivement corrélée au carbone organique dissout. De plus, il semble que ce soit la qualité et non seulement la quantité, qui influe sur l'abondance des AAPB; ainsi il semble que leur abondance est maximale dans les milieux à forte teneur en DOC et aussi peu de chlorophylle. Or nous proposons que la photohétérotrophie pourrait agir de façon analogue au co-métabolisme en fournissant une amorce énergétique permettant d'exploiter des sources de carbones récalcitrantes. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Bactérie aérobique anoxygénique phototrophique, bacteriochlorophylle a, écologie aquatique, flux d'énergie, biogéographie.

Afin d'accélérer le retour de peuplements forestiers de haute valeur économique et écologique après l'abandon de l'agriculture, on peut envisager l'afforestation avec les plantations d'arbres à croissance rapide. En plus de leur production ligneuse, ces plantations pourraient amener d'autres avantages, tels que la restauration écologique et/ou la culture de produits forestiers non ligneux en sous-bois. Pourtant, peu d'études ont comparé directement l'habitat créé par les plantations avec l'habitat forestier naturel créé par la succession. Dans une première étude nous avons comparé les effets des plantations avec la succession naturelle en champ abandonné (friches), en termes d'attributs abiotiques et des communautés végétales de sous-bois. Nous avons caractérisé les propriétés chimiques et l'humidité du sol, la lumière, la litière de feuilles, et les communautés végétales de sous-bois dans des plantations expérimentales de deux clones de peuplier hybride, dans des champs abandonnés et des forêts de seconde venue à proximité des plantations à huit sites dans la région des Cantons-de-l'Est, Québec, Canada. Les deux types de plantations n'ont pas eu d'effet significatif sur les propriétés chimiques des sols, comparés aux friches, mais elles avaient des sols plus secs que les friches et les forêts. Nous avons observé plus de litière de feuilles et moins de lumière dans les plantations du clone MxB que les plantations du clone DxN, tandis que les plantations les plus productives des deux clones étaient similaires aux forêts secondaires en terme de ces caractéristiques. Les plantations ont favorisé la colonisation des sites par les arbres, tandis que les communautés d'herbacées et d'arbustes sont demeurées similaires à celles des friches. Nous concluons que les plantations de peuplier hybride ont la capacité d'accélérer la restauration de certains attributs de sous-bois, particulièrement aux sites récemment abandonnés et productifs. Dans une deuxième étude nous avons utilisé des introductions expérimentales de plantes pour évaluer la valeur de l'habitat de sous-bois des plantations de peuplier hybride, en comparaison avec celui des forêts de seconde venue. Nous avons transplanté quatre espèces herbacées indigènes de sous-bois dans six plantations et dans des boisés avoisinants. Nous avons mesuré la survie, la taille, et la fleuraison immédiatement après la transplantation et un an plus tard. Trois espèces sur quatre (Asarum canadense, Sanguinaria canadensis, Maianthemum racemosum) ont eu autant ou plus de succès dans les plantations que dans les boisés, tandis que la tendance était l'inverse pour le trille blanc (Trillium grandiflorum). Bien que ces résultats soient préliminaires, ils suggèrent que la culture d'espèces de sous-bois dans les plantations de peuplier hybride pourrait représenter une alternative intéressante à leur culture dans les boisés, et surtout pour éviter toute récolte dans les populations naturelles. Globalement, ces résultats suggèrent que les changements apportés par les plantations au niveau de la lumière et de la litière sont suffisants pour favoriser la colonisation par les espèces d'arbres et le maintient du stade adulte de certaines espèces forestières herbacées. Par conséquence, le manque de colonisation spontanée des plantations par les espèces de sous-bois refléterait une limitation à un autre stade de leur cycle de vie. En somme, les plantations de peuplier hybride apparaissent prometteuses comme peuplements de transition au cours de l'afforestation, et pourraient être utilisées pour la restauration écologique ou la culture de produits forestiers non ligneux. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : peuplier hybride, friche agricole, lumière, sol, sous-bois, produit forestier non ligneux

Très peu d'études concernant la dynamique des combustibles dans la forêt boréale existent, et encore moins dans les peuplements à fort potentiel de paludification comme dans la pessière à mousse de la ceinture d'argile de l'est du Canada. L'objectif général de ce mémoire est donc d'étudier les interactions entre le TDF, les compositions initiales et plusieurs caractéristiques des combustibles, et de vérifier leurs effets potentiels sur le comportement des feux. Plus précisément, le chapitre 1 vise à comprendre comment s'accumulent et/ou s'arrangent les différentes catégories de combustibles selon le TDF et la composition initiale. De son côté, le chapitre 2 concerne l'analyse du comportement des feux potentiels reliés à ces combustibles avec deux logiciels de prévision des incendies forestiers (FBP - Fire Behavior Prediction et BehavePlus 5.0). Pour atteindre ces objectifs, nous avons inventorié les caractéristiques des combustibles dans 61 sites âgés de 11 à 356 ans et catégorisés dans 4 compositions initiales différentes étant dominées en début de succession par : 1) le peuplier faux-tremble (PTR), 2) le pin gris (PBA), 3) l'épinette issue d'un feu sévère (PMA-S) et issue d'un feu non sévère (PMA-N). Dans le premier chapitre, il est démontré que la composition initiale a un effet important sur les caractéristiques des combustibles, alors que le TDF en a que très peu. Les plus grandes différences sont observées entre les chronoséquences de PTR et de PMA-N. En effet, contrairement à la composition initiale de PTR, celle de PMA-N tend à avoir une charge de matière morte au sol moindre, tout en ayant une meilleure continuité entre les différentes strates de combustibles. Nous montrons aussi, qu'à l'inverse de certains autres biomes forestiers, il y a peu d'accumulation de combustibles avec le TDF. Dans le deuxième chapitre, les résultats se rapportant au comportement du feu associés avec les valeurs de combustibles sont différents selon le modèle de comportement du feu utilisé. Étonnamment, dans les deux modèles, la composition initiale de PMA-N possède la plus grande vitesse de propagation. Dans FBP, l'intensité y était même maximale. De plus, les différences significatives au niveau de la charge en combustible entre les compositions initiales de PTR et des autres compositions initiales se sont traduites en comportements très différents dans les deux modèles. Nos conclusions sont donc que la paludification a un effet indirect sur la dynamique des combustibles en pessière à mousse. Cet effet s'opère lors de la transformation de la composition des forêts avec le TDF, qui elle, a un effet direct sur plusieurs caractéristiques des combustibles. Néanmoins, nous soulignons le fait que les résultats portant sur le comportement du feu proviennent d'outils de prévision qui ne sont pas adaptés à la pessière à mousse en ceinture d'argile et qu'il serait important de les améliorer en implantant un nouveau module de prévision de la combustion lente au sol et/ou un nouveau type de combustible incorporant les modifications en structure des peuplements paludifiés pour le FBP. ______________________________________________________________________________

Les bactéries jouent un rôle important dans le fonctionnement d'un écosystème aquatique et sont les joueurs clés de la boucle microbienne et du cycle du carbone. Le bactérioplancton est très abondant dans les lacs et les rivières et les récentes découvertes en biologie moléculaire ont démontré que ces communautés sont très diverses. Une question primordiale dans le domaine de l'écologie microbienne est comment la diversité de ces microorganismes est connectée à leur capacité métabolique et à leur activité dans l'environnement. Dans une communauté bactérienne, ce ne sont pas toutes les bactéries qui sont actives également et il y a une gamme continue d'activités des cellules mortes aux cellules hautement actives. Il est encore imprécis de dire que les différents états physiologiques sont associés à des taxa spécifiques ou si l'activité est distribuée de façon homogène à travers tous les taxa. Cette étude explore la connexion entre les états physiologiques et la composition taxonomique dans les communautés bactériennes de lacs. Dans cette étude, nous nous sommes concentrés sur les cellules avec un contenu élevé et bas d'acides nucléiques et les cellules avec une membrane intacte ou endommagée. Dans le premier cas, le colorant nucléique Syto 13 permettra de différencier les cellules à haut et bas taux d'acides nucléiques. Pour l'intégrité des membranes cellulaires, celles-ci seront étudiées avec Baclight, un produit composé de deux colorants. Nous avons analysé les fractions en utilisant la cytométrie en flux et le triage cellulaire pour séparer physiquement les fractions bactériennes. Les échantillons ont été ensuite concentrés et l'ADN résultant a été extrait, amplifié et analysé en utilisant la DGGE. Les résultats montrent qu'il y a une différence entre la composition taxonomique et les différents états physiologiques, i.e. ce ne sont pas les mêmes espèces que l'on retrouve entre les cellules avec une membrane intacte et endommagée et entre les bactéries à haut taux ou bas taux d'acides nucléiques. Ces différences sont observées par la présence ou l'absence de bandes (DGGE) et plus souvent dans l'intensité des bandes. Ces résultats tentent de montrer qu'une connexion existe entre les états physiologiques et la composition taxonomique des communautés bactériennes, ce qui pourrait avoir des implications au niveau du fonctionnement et de la régulation de ces communautés. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Triage cellulaire, composition bactérienne, lacs, état physiologique, DGGE, bactérioplancton