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Le virus du Nil occidental (VNO) est un arbovirus principalement transmis par les moustiques. Le cycle de transmission enzootique implique généralement une variété d’espèces d’oiseaux sur lesquelles se nourrissent de façon préférentielle divers moustiques, les principaux vecteurs enzootiques au Québec étant les moustiques du genre Culex (c’est-à-dire Culex pipiens et Cx. restuans). Des cas d’infection humaine par le VNO surviennent sporadiquement chaque année au Québec et on sait peu de choses sur les facteurs qui déterminent l’ampleur des éclosions chez les humains. Malgré l’existence de nombreuses études sur le virus du Nil occidental (VNO) aux États-Unis, y compris sur le rôle de réservoir des espèces d’oiseaux, et sur les changements alimentaires du moustique Culex (des oiseaux vers les mammifères), peu d'études équivalentes existent dans les régions voisines du Canada où le VNO est endémique. Ce travail vise à déterminer l’importance relative des différentes espèces d’oiseaux dans la transmission du VNO dans le sud du Québec. Nous nous sommes concentrés sur les espèces aviaires du corridor de migration de l’Atlantique Est (selon la base de données Avibase). Les espèces d’oiseaux ont ensuite été triées et sélectionnées en fonction de ce qui suit : 1) les taux de mortalité aviaire dus au VNO signalés dans les données de surveillance locale du Réseau canadien pour la santé de la faune, 2) la séroprévalence et la compétence des réservoirs du VNO en Amérique du Nord (d’après la littérature), 3) les estimations locales de la densité des oiseaux (d’après les données ebird) et 4) les données d’une étude sur les repas sanguins de Culex pipiens / Cx. restuans saisies entre 2008 et 2013 chez des moustiques de la région de Montréal. L’analyse a généré une liste de 67 espèces d’oiseaux potentiellement impliquées dans la circulation du VNO dans notre zone d’étude et nous avons émis des hypothèses quant à la contribution relative à l’amplification du VNO. Cette étude permettra de mieux comprendre les facteurs susceptibles d’influencer la circulation du VNO dans le sud du Québec et sera utile aux futures études de modélisation de la transmission enzootique du VNO. / West Nile virus (WNV) is an arbovirus that is primarily transmitted by mosquitoes. The enzootic transmission cycle typically involves a variety of bird species and mosquitoes that preferentially feed upon them. The main enzootic vectors in Québec are mosquitoes in the genus Culex (i.e., Culex pipiens and Cx. restuans). Cases of WNV occur sporadically each year in Québec and little is known about the factors that drive the magnitude of human outbreaks. Despite many studies on West Nile Virus (WNV) in the US, including the reservoir role of bird species and the summer shifts of the Culex mosquito, feeding from birds to mammals, there have been few equivalent studies in the neighboring regions of Canada where WNV is endemic. Birds are considered the main hosts of WNV amplification and dispersion. In this study, we aim to determine the relative importance of different bird species in WNV transmission in southern Quebec. We focused on the East Atlantic migration corridor of different avian species (according to the Avibase database). Bird species were then sorted and selected according to : 1) rates of avian mortality from WNV reported in local surveillance data from the Canadian Wildlife Health Cooperative; 2) seroprevalence and reservoir competence for WNV in North America (from the literature); 3) local bird density estimates (from ebird data), and 4) data from a blood meal analysis study on Culex pipiens/Cx.restuans mosquitoes captured between 2008 and 2013 in Montreal region. The analysis generated a list of 67 bird species potentially involved in the circulation of WNV in our study area and hypotheses were generated regarding the relative contribution to WNV amplificationThis study will improve our understanding of the factors that may impact WNV circulation in southern Québec and will be useful to future modelling studies of enzootic WNV transmission.

Cette thèse est une investigation de l'écologie et de l'épidémiologie spatiale fine de la tique à pattes noires (Ixodes scapularis) et du risque associé aux pathogènes transmis par cette tique dans une forêt du sud du Québec, au Canada. Sous l’influence de changements climatiques et environnementaux, la répartition spatiale de cette tique s’étend actuellement à travers la province, et son abondance augmente dans la plupart des régions. Il en résulte une préoccupation croissante en matière de santé publique liée à l'émergence de maladies transmises par les tiques (MTT) dans la province. Ainsi, plusieurs besoins de recherche ont vu le jour, y compris l’amélioration de la compréhension des facteurs dictant où et quand le risque émergera, et l’identification des composantes sur lesquelles les autorités régionales, locales et les individus pourraient agir afin réduire ce risque. Le site d’étude pour ce projet était le parc National du Mont-Saint-Bruno. De 2016 à 2018, à 32 sites répartis dans les habitats forestiers du parc, les tiques ont été collectées par la technique de la flanelle, la communauté d’hôtes de la tique a été inventoriée (grands et petits mammifères, et oiseaux nicheurs) et les micro-habitats ont été caractérisés (en termes de structure, de composition et de conditions microclimatiques). La densité des tiques dans la zone d’étude était particulièrement élevée par rapport aux autres régions environnantes. Les analyses spatiales ont montré des patrons d’abondance des tiques, persistants sur trois ans, avec un effet significatif des conditions locales de températures et d’humidité relatives. Un effet significatif de la densité du stade de développement précédent lors de l’année précédente a également été noté, suggérant une dispersion lente des tiques par les hôtes et une dynamique d’invasion caractérisée par plusieurs évènements d’introduction et d’expansion opérant à une échelle locale. En 2017 et 2018, un dispositif d’échantillonnage plus extensif a visé la communauté d’hôtes des stades immatures d’I. scapularis, afin de documenter le rôle de ces espèces dans la circulation des agents pathogènes. 849 oiseaux nicheurs appartenant à 50 espèces et 694 petits mammifères appartenant à 4 espèces ont été examinés pour la présence des tiques et des pathogènes. Les souris à pattes blanches (Peromyscus leucopus) contribuaient à la majorité (80%) des cas d’infection des nymphes par Borrelia burgdorferi dans l’échantillon, alors que les 20% restants étaient attribuables à des oiseaux. Ce résultat confirme la proposition de certains auteurs à savoir que l’importance des hôtes alternatifs (autres que P. leucopus) aient été sous-estimée dans les études précédentes, et souligne l’importance de poursuivre les travaux pour documenter l’impact de ces hôtes dans l’épidémiologie des MTT. Finalement, la caractérisation des patrons de risque associés aux MTT dans la zone d’étude a été complétée par un échantillonnage de l’intensité d’utilisation des sentiers par les visiteurs du parc en 2017 et 2018. D’abord, les prélèvements de tiques dans l’environnement et sur les hôtes ont permis de détecter la présence de trois pathogènes représentant un risque de santé publique pour la population locale, soit en ordre du plus au moins prévalent : B. burgdorferi, Anaplasma phagocytophyllum et Borrelia miyamotoi. Ensuite, l’intégration des patrons spatiaux de l’utilisation du parc par les visiteurs a mis en évidence le rôle des facteurs comportementaux des utilisateurs et des attributs du paysage local dans la détermination des patrons de risque de contacts entre les visiteurs et les nymphes infectées par B. burgdorferi. Le risque de contact était associé à certaines périodes et zones de forte fréquentation du parc, mais pas aux indicateurs locaux de fragmentation de l'habitat, comme le suggèrent d'autres études. En outre, les zones où la densité de la couverture forestière et des points d'intérêt (infrastructures) étaient les plus élevés présentaient les niveaux de risque les plus élevés. Cette thèse contribue à l’avancement des connaissances fondamentales reliées à la biologie des tiques, aux relations écologiques entre ces ectoparasites et leurs hôtes et à l’écologie des pathogènes qu’elles transmettent. Ces connaissances trouveront de multiples applications concrètes, principalement dans le domaine de la santé publique où elles permettront notamment de parfaire les outils existants d’évaluation du risque et de prévention des MTT. En reliant l’écologie à la santé publique, cette thèse répond à un besoin de recherche et de développement d’expertise qui devient de plus en plus important dans le contexte actuel des changements climatiques et de l’émergence des maladies zoonotiques qui s’en trouvent facilitées au Canada. / This thesis is an investigation of the ecology and fine-scale spatial epidemiology of the blacklegged tick (Ixodes scapularis) and the risk associated with pathogens transmitted by this tick in a forest of southern Quebec, Canada. Under the influence of climate and environmental changes, the spatial distribution of this tick is currently expanding across the province, and its abundance is increasing in most regions. This has resulted in a growing public health threat associated with the emergence of tick-borne diseases (TBDs) in the province. Thus, several research needs have emerged, including improving understanding of the factors determining where and when risk will arise, and identifying what regional and local health authorities and individuals can do to reduce that risk. The study site for this project was Mont-Saint-Bruno National Park. From 2016 to 2018, at 32 sites distributed in the park's forest habitats, ticks were collected by drag sampling, the host community was inventoried (large and small mammals, and nesting birds), and microhabitats were characterized (in terms of structure, composition, and microclimatic conditions). The density of ticks in the study area was particularly high compared to other surrounding areas. Spatial analyses showed patterns of tick abundance, persistent over three years, with a significant effect of local microclimatic conditions (relative temperature and humidity). A significant effect of the density of the previous developmental stage in the previous year was also noted, suggesting slow host dispersal of ticks and invasion dynamics characterized by several introduction and expansion events operating at a local scale. In 2017 and 2018, a more extensive sampling scheme targeted the host community of immature stages of I. scapularis, to document the role of these species in pathogen circulation. 849 breeding birds belonging to 50 species and 694 small mammals belonging to 4 species were examined for the presence of ticks and pathogens. White-footed mice (Peromyscus leucopus) contributed to the majority (80%) of Borrelia burgdorferi nymph infections in the sample, while the remaining 20% were attributable to birds. This result confirms the suggestion by some authors that the importance of alternative hosts (other than P. leucopus) may have been underestimated in previous studies and underscores the importance of further work to document the impact of these hosts in the epidemiology of TBDs. Finally, characterization of risk patterns associated with TBDs in the study area was completed by sampling trail use by park visitors in 2017 and 2018. First, the analysis of ticks collected from the environment and on hosts demonstrated the presence of three pathogens representing a public health risk to the local population, in order from the most to the least prevalent: B. burgdorferi, Anaplasma phagocytophyllum and Borrelia miyamotoi. Second, integration of spatial patterns of visitor use of the park highlighted the role of visitor behaviour and local landscape attributes in determining patterns of risk of contact between visitors and B. burgdorferi-infected nymphs. Risk was associated with certain times and areas of increased park use, but not with local indicators of habitat fragmentation, in contrast with the results of previous studies. In addition, areas with the highest densities of forest cover and points of interest (infrastructure) had the highest levels of risk. This thesis contributes to the advancement of fundamental knowledge related to the biology of ticks, the ecological relationships between these ectoparasites and their hosts, and the ecology of the pathogens they transmit. This knowledge will have multiple applications, mainly in the field of public health, where it will allow the refinement of existing tools for risk assessment and prevention of TBDs. By linking ecology to public health, this thesis responds to a need for research and development of expertise that is becoming increasingly important in the current context of climate change and the emergence of zoonotic diseases that it facilitates in Canada.

Le virus du Nil occidental (VNO) est un flavivirus présent au Canada depuis 2001, affectant principalement les oiseaux, les chevaux et les humains. En 2003, l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA) a inscrit le VNO sur la liste des maladies à notification immédiate (MANI) et depuis, les cas chez les animaux domestiques sont rapportés dès l’obtention d’un résultat positif à l’autorité fédérale. Aucune étude au Canada n’a encore colligé tous les cas de VNO chez une espèce animale afin d’améliorer la compréhension de la distribution du VNO au pays et de formuler des recommandations pour la prévention de futures infections. Dans le cadre de cette étude, tous les cas de VNO rapportés à l’ACIA chez les chevaux ont été analysés afin de décrire, dans un premier temps, l’incidence des cas rapportés de VNO au Canada (2003 à 2019) et les caractéristiques principales des cas récents (2015 à 2019). Dans un second temps, une analyse géospatiale a été effectuée afin de décrire les patrons spatiotemporels de la distribution des cas de VNO rapportés de 2003 à 2020 chez les chevaux. Au cours de la période d’étude, 848 cas de VNO chez les chevaux ont été rapportés à l’ACIA. Ces cas étaient répartis dans toutes les provinces, à l’exception des quatre provinces de l’Atlantique (Nouveau-Brunswick, Nouvelle-Écosse, Île-du-Prince-Édouard, Terre-Neuve-et-Labrador). La région de l’Ouest (Colombie-Britannique, Alberta, Saskatchewan, Manitoba) a déclaré un plus haut taux d’incidence (15,4 cas/100 000 chevaux-année) que la région de l’Est (8,3 cas/100 000 chevaux-année) (Ontario, Québec, Atlantique). Les taux d’incidence étaient particulièrement élevés en Saskatchewan avec en moyenne 33,2 cas/100 000 chevaux-année entre 2003 et 2019. L’analyse descriptive des caractéristiques des cas a démontré que 96 % de ceux-ci n’étaient pas vaccinés et que le taux de létalité était de 31,9 %. La distribution spatiotemporelle des cas a été décrite par région en analysant d’abord la récurrence annuelle des cas dans les divisions de recensement et ensuite la présence d’agrégats spatiotemporels pour investiguer les excès de risque. L’analyse des patrons spatiotemporels a révélé une dispersion vaste et rapide ainsi qu’une récurrence élevée du VNO dans la région de l’Ouest. En revanche, pour la région de l’Est, la dispersion du VNO a été plus lente et graduelle. Les agrégats spatiotemporels identifiés ont permis de démontrer que, malgré la présence répétée des cas dans certaines divisions de recensement, des excès de risque spatiotemporels peuvent être observés. Ces patrons indiquent que les cas de fièvre du VNO peuvent être anticipés dans les endroits où la récurrence annuelle est plus élevée et, parfois, conduire à des éclosions de la maladie. En somme, cette étude a mis en évidence l’importance de la surveillance du VNO chez les chevaux en décrivant notamment la saisonnalité du VNO et en délimitant des zones avec une forte récurrence de cas. Ces caractéristiques illustrent l’apport considérable de la surveillance chez les chevaux à un système de surveillance intégrée. Les résultats pourront aussi aider les autorités sanitaires et les médecins vétérinaires praticiens à cibler leurs efforts de prévention et de contrôle dans les zones les plus touchées. / West Nile virus (WNV) is a flavivirus which has been present in Canada since 2001, affecting mostly birds, horses and humans. In 2003, the Canadian Food Inspection Agency (CFIA) included WNV on its list of immediately notifiable diseases (INDs), and since then, cases in domestic animals are reported to the federal authority as soon as positive samples are obtained from diagnostic laboratories. To date, no study in Canada has compiled all reported WNV cases in an animal species to describe the distribution of this virus in the country and formulate recommendations for future prevention strategies. In this study, all WNV cases reported to the CFIA in horses were analyzed to describe their incidence in Canada (2003 to 2019) and the main characteristics of the recent ones (2015 to 2019). A geospatial analysis was also conducted to describe the spatiotemporal patterns of reported WNV cases in horses from 2003 to 2020. Over the study period, 848 cases of WNV in horses were reported to the CFIA. These cases were distributed in all provinces, except for the Atlantic provinces (New Brunswick, Nova Scotia, Prince Edward Island, Newfoundland and Labrador). The western region of Canada (British Columbia, Alberta, Saskatchewan, Manitoba) reported a higher incidence rate (15.4 cases/100,000 horse-year) than the eastern region (8.3 cases/100,000 horse-year) (Ontario, Quebec, Atlantic). The reported incidence rates were particularly high in Saskatchewan, with an average of 33.2 cases/100,000 horse-year between 2003 and 2019. The descriptive analysis of case characteristics showed that 96% of cases were not vaccinated, and the case fatality rate was 31.9%. The regional spatiotemporal distribution of cases was described by first analyzing the annual recurrence of cases in census divisions and then the presence of spatiotemporal high-risk clusters. The analysis of spatiotemporal patterns revealed a swift spread and a high recurrence of WNV cases in the western region. In contrast, in the eastern region, the dispersion was slower and more gradual. The identified clusters showed that, despite the repeated presence of cases in some census divisions, excess in spatiotemporal risk can be observed. These patterns indicate that cases of WNV fever can be anticipated in areas with higher annual recurrence, and in some instances, can result in disease outbreaks. This study highlights the importance of WNV surveillance in horses, enabling a better understanding of the seasonality of WNV in horses and the identification of areas with a high recurrence of cases. The findings are a considerable contribution in an integrated surveillance system. The results can also assist health authorities and veterinary practitioners in targeting prevention and control efforts to the most affected areas.

Contexte: Les agents de nettoyage sont des substances qui aident l'eau dans le processus de nettoyage. Les biocides comprennent les substances utilisées pour désinfecter, désodoriser, stériliser et assainir. L'utilisation d'agents de nettoyage, de biocides et d'autres produits liés au nettoyage est omniprésente. Certaines études suggèrent que l'exposition professionnelle à des substances liées au nettoyage peut être associée au cancer du poumon. Objectif: Examiner l'association entre le risque de cancer du poumon et l'exposition professionnelle aux agents de nettoyage, aux biocides et à d'autres agents de nettoyage. Méthodes: Cette étude utilise les données de deux études cas-témoins basées sur la population sur le cancer du poumon (étude 1: 1979-1986; étude 2: 1996-2001) menées à Montréal. Dans les deux études, les cas comprenaient des hommes ayant reçu un diagnostic de cancer du poumon confirmé histologiquement dans 18 hôpitaux métropolitains de Montréal. Dans les deux études, un ensemble de témoins de population sélectionnés au hasard à partir de la liste électorale du Québec a été établi (étude 2: 762 cas et 899 témoins); tandis que dans l'étude 1, un groupe témoin de cancer supplémentaire a été sélectionné à partir d'un groupe d'autres patients diagnostiqués avec un autre cancer incident (857 cas, 533 témoins de population, 1349 témoins de cancer). Dans les deux études, des antécédents professionnels détaillés ont été recueillis au cours des entretiens; une équipe de chimistes et d'hygiénistes industriels a ensuite évalué l'exposition professionnelle à de nombreuses substances professionnelles, notamment des agents de nettoyage, des biocides, des alcools aliphatiques, de l'ammoniac, de la soude caustique, des cires et des produits de polissage. Une régression logistique multivariée nonconditionnelle a été utilisée pour estimer les ratios des côtes et les intervalles de confiance à 95% du risque de cancer du poumon associé à diverses mesures de l'exposition professionnelle à ces six agents, tout en ajustant pour les facteurs de risque établis. Les interactions selon l'intensité du tabagisme et l'état d'asthme ont été explorées avec l'inclusion de termes de produits croisés. Résultats: Dans l'ensemble, il n'y avait pas d'association cohérente soutenant le rôle de l'exposition professionnelle aux agents de nettoyage, aux biocides et à d'autres agents de nettoyage dans l'étiologie du cancer du poumon. Bien qu'il y ait eu des preuves que l'intensité du tabagisme peut modifier l'association entre la soude caustique et le risque de cancer du poumon dans l'étude 1; où, chez les fumeurs de faible intensité, une augmentation du risque par trois a été observée par rapport à une association nulle observée chez les fumeurs d'intensité moyenne à forte (pInteraction=0,03). Alors que, dans l'étude 2, les personnes exposées professionnellement à des alcools aliphatiques et qui ont déjà souffert d'asthme ont connu quatre fois du risque de cancer du poumon par rapport à une association nulle observée chez ceux qui n'ont jamais eu d'asthme (pInteraction = 0,04). Conclusion: Pris ensemble, les résultats de cette étude ne soutiennent pas le rôle de l'exposition professionnelle aux agents de nettoyage, aux biocides et à d'autres produits de nettoyage dans l'étiologie du cancer du poumon. / Background: Cleaning agents are materials that aid water in the cleaning process. Biocides include materials used to disinfect, deodorize, sterilize, and sanitize. The use of cleaning agents, biocides, and other cleaning-related agents is ubiquitous. Some studies suggest that occupational exposure to cleaning-related substances may be associated with lung cancer. Objective: To examine the association between lung cancer risk and occupational exposure to cleaning-related agents. Methods: This study uses data from two population-based case-control studies on lung cancer (Study 1: 1979-1986; Study 2: 1996-2001) carried out in Montreal. In both studies, cases included men diagnosed with incident histologically confirmed lung cancer identified across 18 Montreal metropolitan hospitals. In both studies, a set of population-based controls randomly selected from the Quebec electoral list was established (Study 2: 762 cases and 899 controls); while in Study 1, an additional cancer control group was selected from a pool of other patients diagnosed with incident cancer (857 cases, 533 population controls, 1349 cancer controls). In both studies, detailed lifetime job histories were collected during interviews; a team of chemists and industrial hygienists then evaluated occupational exposure to many occupational substances including cleaning agents, biocides, aliphatic alcohols, ammonia, caustic soda, and waxes and polishes. Unconditional multivariate logistic regression was used to estimate odds ratios and 95% confidence intervals for lung cancer risk associated with various metrics of occupational exposure to these six agents, while adjusting for established risk factors. Interactions by smoking intensity and asthma status were explored with the inclusion of cross-product terms. Results: Overall, there was no consistent association supporting a role of occupational exposure to cleaning agents, biocides, and other cleaning-related agents in lung cancer etiology. Though there was some evidence that smoking intensity may modify the association between caustic soda and lung cancer risk in Study 1, where, among never-low intensity smokers, a threefold increase in risk was observed in comparison to a null association observed among medium-heavy intensity smokers (pInteraction=0.03). While, in Study 2, those occupationally exposed to aliphatic alcohols and who have ever had asthma experienced a four-fold increase in lung cancer risk in comparison to a null association observed among those who have never had asthma (pInteraction = 0.04). Conclusion: Taken together, the results of this study do not support the role of occupational exposure to cleaning agents, biocides, and other cleaning-related agents in lung cancer etiology.

Objectif Estimer les associations entre les expositions professionnelles aux fibres/poussières textiles et le risque de cancer du sein post-ménopausique. Méthodes Une étude cas-témoins populationnelle menée à Montréal (20082011) a identifié les cas incidents (N=695) dans les hôpitaux et les témoins (appariés par groupe d’âge) sur la liste électorale provinciale (N=608). Les renseignements sur leurs facteurs de risque personnels et leurs antécédents professionnels ont été recueillis lors d’entrevues. Des hygiénistes du travail ont évalué ces antécédents afin d’attribuer des expositions professionnelles à plusieurs fibres naturelles et synthétiques. Les indices d'exposition calculés comprenaient: toute exposition antérieure (exposée/non-exposée), intensité cumulative moyenne d’exposition et exposition cumulative moyenne. Pour l’ensemble des tumeurs et selon leur classification biomoléculaire, une régression logistique a été utilisée pour calculer les rapports de cotes (RC) et les intervalles de confiance à 95% (IC95%), avec différents modèles incluant divers facteurs de confusion. Des analyses de sensibilité ont permis d’évaluer la robustesse des estimations. Résultats Une association a été trouvée pour toute exposition antérieure au polyester (RCmodèle8=0,55; IC95%:0,33-0,91). Quelques tendances ont été trouvées pour le même indice d’exposition avec les fibres synthétiques (RCmodèle8=0,63; IC95%:0,38-1,05) et le coton (RCmodèle8=1,42; IC95%:0,95-2,16), et, dans une analyse de sensibilité n’incluant que les expositions avant l'âge de 36 ans ou la première grossesse à terme, avec les fibres naturelles (RCmodèle8=1,59; IC95%:0,95-2,74) et les fibres traitées (RCmodèle2=1,39; IC95%:0,97-2,01). L’analyse par sous-type biomoléculaire n’a révélé aucune tendance. Conclusion Notre étude suggère la possibilité d’associations entre l’exposition professionnelle à certaines fibres textiles et le risque de cancer du sein post-ménopausique. / Objective To estimate the associations between occupational exposures to textile fibers/dusts, and postmenopausal breast cancer risk. Methods A population-based case-control study conducted in Montreal (20082011) identified incident cases (N = 695) in hospitals and frequency age-matched controls from the provincial electoral list (N = 608). Information on subjects’ personal risk factors and occupational history were collected through interviews. Occupational hygienists assessed these histories to attribute occupational exposures to several natural and synthetic fibers. Exposure indices included: any previous exposure (exposed/unexposed), average cumulative intensity of exposure and average cumulative exposure, among others. For all tumors and according to their biomolecular classification, logistic regression was used to calculate odds ratios (OR) and 95% confidence intervals (95%CI), with different models including various confounders. Sensitivity analyses were used to assess the robustness of the estimates. Results An association was found for any previous exposure to polyester (ORmodel8=0.55; 95%CI: 0.33-0.91). Some trends were found for the same exposure index with synthetic fibers (ORmodel8=0.63; 95%CI: 0.38-1.05) and cotton (ORmodel8=1.42, 95%CI: 0.95-2.16), and, in the sensitivity analysis including only exposures before the age of 36 or before the first full-term pregnancy, with natural fibers (ORmodel8=1.59; 95%CI: 0.95-2.74) and treated textile fibers (ORmodel2=1.39; 95%CI: 0.97-2.01). Analysis by tumor biomolecular subtype revealed no differences. Conclusion Our study suggests possible associations between occupational exposure to certain textile fibers and postmenopausal breast cancer risk.

Les maladies vectorielles sont en processus d’émergence à travers le monde. Au Canada, la maladie de Lyme (ML) a été identifiée comme une maladie infectieuse émergente prioritaire. La surveillance, si elle est efficace, peut suivre le portrait d’une maladie en évolution afin d'informer les autorités de santé publique; toutefois, en raison de ressources limitées, elle doit être optimisée. La surveillance sentinelle permet de réduire les coûts, car un nombre limité d'unités statistiques sont mesurées de manière répétée dans le temps. Néanmoins, ces unités sentinelles doivent être représentatives du portrait épidémiologique de la maladie pour assurer l'efficacité du système de surveillance. Le premier objectif de cette thèse était d'évaluer la représentativité de la surveillance sentinelle pour décrire le risque de ML au Québec, Canada. Deux types de systèmes de surveillance active acarologique sont déjà en place au Québec : 1) un système sentinelle, où les sites de terrain sentinelles sont maintenus constants et visités à chaque saison de terrain, et 2) un système de surveillance basé sur le risque où les sites accessoires sont priorisés en fonction de leur profil de risque. Des mesures de danger acarologique, en termes d'estimations de la densité de nymphes, ont été dérivées des sites sentinelles entre 2015 et 2019 et comparées à celles obtenues dans les sites accessoires. Les mesures de danger acarologique dérivées des sites sentinelles ont également été corrélées avec le nombre de cas humains rapportés à l'échelle municipale pour déterminer si elles étaient représentatives du risque de ML pour la population humaine. Il a été démontré que le système de surveillance sentinelle était capable de suivre les tendances spatio-temporelles d’incidence de ML dans les populations humaines de la zone d'étude et fournissait un meilleur indicateur de l’incidence de ML par rapport au système de surveillance basé sur le risque. Cependant, bien que les modèles aient pu prédire le risque de maladie de Lyme, les sites sentinelles n'ayant pas été choisis selon une approche validée, on peut émettre l’hypothèse que l’utilisation d'une approche holistique standardisée pour la sélection de sites sentinelles pourrait optimiser le design spatial du système de surveillance. Le deuxième objectif de cette thèse était de développer une telle approche et de l'appliquer à une étude de cas : la surveillance acarologique sentinelle pour le risque de ML à travers le Canada. Une revue de la portée a été utilisée pour inventorier les initiatives précédentes de surveillance sentinelle pour les maladies vectorielles, et pour cataloguer les critères qui ont été utilisés pour sélectionner les emplacements des unités sentinelles dans la zone d'étude. Les articles pertinents ont ensuite été analysés à l'aide d'une revue du type réaliste afin de créer un outil décisionnel permettant de sélectionner des critères pertinents pour la planification du design spatial d'un système de surveillance sentinelle pour les maladies vectorielles. Enfin, l'outil a été utilisé lors de la création d'un nouveau réseau de surveillance sentinelle pour le risque de ML au Canada; les critères retenus ont été incorporés dans une analyse multi-critères spatiale afin de sélectionner les régions sentinelles pour le réseau de surveillance acarologique active. Dans l'ensemble, cette thèse a exploré la surveillance sentinelle pour les maladies vectorielles, et a développé et testé une approche pour optimiser et standardiser la planification du design spatial des systèmes de surveillance sentinelle pour les maladies vectorielles. Dans de futurs travaux, cette approche devrait être mise en œuvre, évaluée et validée pour d’autres maladies et contextes épidémiologiques. / Vector-borne diseases are emerging all over the globe. In Canada, Lyme disease (LD) has been identified as a priority emerging infectious disease. Public health surveillance, if effective, can track disease risk to inform public health authorities; however, due to finite resources, it must be optimized. Sentinel surveillance can cut costs, since a limited number of statistical units are measured repeatedly through time. Nonetheless, these sentinel units must be representative of the risk landscape to ensure an effective surveillance system. The first objective of this thesis was to evaluate the representativeness of sentinel tick surveillance for the risk of LD in Québec, Canada. Two types of tick-based active surveillance systems are already in place in Québec: 1) a sentinel system, where sentinel field sites are kept constant and visited every field season, and 2) a risk-based surveillance system where accessory sites are prioritized according to their risk profile. Acarological hazard measures, in the form of nymph density estimates, were derived from sentinel sites between 2015 and 2019 and compared with those obtained from accessory sites. Hazard measures derived from sentinel sites were also correlated with LD incidence at the municipal scale to see if they were representative of LD risk to human populations. It was shown that the sentinel tick-based surveillance system was able to follow spatiotemporal LD incidence trends in human populations across the study zone and provided a better indicator of LD incidence in comparison with the risk-based surveillance system. However, as sentinel sites were not chosen using a validated approach, it can be hypothesized that the spatial design for the system could be optimized through the development of a standardized, holistic approach for sentinel site selection. The second objective of this thesis was therefore to develop such an approach and apply it to a case example: sentinel surveillance of LD across Canada. A scoping review was used to inventory previous sentinel surveillance initiatives for vector-borne diseases, and catalogue criteria which had been used to select sentinel unit locations across the study zone. Relevant papers were subsequently analyzed using a realist-type review to create a decision tool to select relevant criteria for planning the spatial design of a sentinel surveillance system for vector-borne diseases. Finally, the tool was applied to guide the creation of a new sentinel tick-based surveillance network for LD risk in Canada; the retained criteria were incorporated into a spatial multi-criteria decision analysis to select sentinel regions for the active surveillance network. Overall, this thesis has explored sentinel surveillance for vector-borne disease and has developed and applied an approach to optimize and standardize spatial design planning for vector-borne sentinel surveillance systems. In future work, this approach should be implemented, evaluated, and validated for other types of diseases and epidemiological contexts.

Notre travail porte sur tous les cas UB enregistrés entre 1997 et 2003 au Centre Sanitaire Nutritionnel Gbemoten (CSNG) de Zagnanado dans la région du Zou au Bénin. Une base de données a été créée et a permis d’analyser divers aspects de l’UB. Ces analyses ont donné lieu à diverses publications dont les résultats essentiels sont repris ci-dessous. Une première publication porte sur 1700 cas consécutifs admis au CSNG entre 1997 et 2001. Ces données nous ont permis d’illustrer l’évolution du nombre des cas d’UB au cours des années, par département et par sous-préfecture. Le nombre de patients UB qui se présentent au centre est fonction de différents facteurs comme par exemple l’ouverture d’autres centres de traitement, l’organisation de campagnes d’information sur l’UB mais aussi de changements dans l’environnement. Au niveau des formes de la maladie, nous avons montré que les formes non ulcérées sont aussi fréquentes que les formes ulcérées. La forme de la maladie est liée au délai à consulter le CSNG. Les atteintes osseuses sont fréquentes et sont présentes chez plus de 13% des cas. Au fil des années, le délai à consulter le CSNG ainsi que la durée de l’hospitalisation ont été fortement réduits, passant de 4 mois à 1 mois dans le premier cas et de 9 mois à 1 mois en ce qui concerne l’hospitalisation. Les personnes ressources à cibler lors des campagnes de sensibilisation sur la maladie ont été identifiées. Il s’agit des anciens malades, qui dans 68% des cas, réfèrent les nouveaux malades au CSNG. Une deuxième publication, portant sur la même période, nous a permis de mettre en évidence pour la première fois des taux d’UB élevés chez les sujets de 60 ans et plus, probablement du fait d’une diminution de leur immunité. Chez les 60 ans et plus, les hommes sont plus à risque de développer un UB que les femmes. Par contre aucune différence dans le risque d’UB en fonction du sexe n’est trouvée chez les moins de 60 ans. Les lésions d’UB prédominent au niveau des membres inférieurs pour tous les groupes d’âge. Du fait de leur petite stature, les enfants ont une répartition des lésions qui touchent tout le corps. Chez les adultes, les femmes présentent plus de lésions que les hommes au niveau de la tête, du cou et du tronc. Les sujets de moins de 15 ans développent souvent des lésions multifocales, associées à des atteintes osseuses. Ces atteintes osseuses constituent les formes graves de la maladie. Notre troisième publication porte sur le suivi des malades au niveau des villages, entre mars 2000 et février 2001, afin de déterminer les taux de récurrences de l’UB. Le taux de récurrence de la maladie est faible (6.1%) pour un temps de suivi des malades allant jusqu’à 7 ans. La majorité des malades soignés au CSNG étaient en bonne santé. Nous n’avons néanmoins pu retrouver qu’un nombre limité de malades. Dans notre quatrième publication, nous avons pu mettre en évidence le développement d’un UB sur le site d’une morsure humaine. La surface de la peau du malade a pu être contaminée par M. ulcerans et la morsure (= traumatisme) a occasionné l’entrée de M. ulcerans dans le derme. Une autre explication plausible est que la morsure ait réactivé un foyer latent de M. ulcerans au niveau du site de la morsure. Notre base de données nous a également permis de contribuer à d’autres études, notamment celles sur l’influence du BCG et de la schistosomiase sur l’UB. Dans les deux cas, nous trouvons une association significative avec les formes graves de l’UB, l’absence de vaccination BCG et la schistosomiase favorisant le développement de formes osseuses. Aucun lien n’a pu être établi entre la présence ou l’absence de l’infection à Schistosoma haematobium et l’UB. Dans la dernière partie de notre travail, nous nous sommes attachés à l’étude de quelques facteurs de risque de l’UB. Nous avons montré que l’UB est essentiellement associé à l’âge, le lieu de résidence et le type d’eau utilisé. Pour les sujets de 5 ans et plus, le risque d’UB est plus élevé chez les sujets vaccinés à la naissance avec le BCG. L’analyse par strate d’âge des sujets âgés de 5 ans et plus, nous a permis de voir que dans le groupe des 50 ans et plus l’influence du type d’eau utilisé est moindre que dans les autres groupes d’âge, laissant envisager qu’un autre facteur entre en jeu : une réactivation de la maladie à la faveur d’une baisse d’immunité. Notre étude démontre que la prise en charge de l’UB doit être pluridisciplinaire et doit pouvoir englober diverses interventions telles que : - les campagnes d’information à la population, - la formation du personnel sanitaire ainsi qu’une implication de l’état, - une bonne prise en charge des malades au niveau des centres de traitement de l’UB en collaboration avec les laboratoires régionaux et internationaux, - la confirmation microbiologique des cas, - la mise en place d’un suivi des malades en s’appuyant sur les structures déjà mises en place pour d’autres maladies, - la mise à disposition des populations de sources d’eau potable (puits, pompes) qui par la même occasion permettront de limiter/diminuer d’autres affections liées à la consommation d’eau non potable, - la poursuite des activités de recherche sur un éventuel vaccin ou une médication appropriée, ainsi que sur le réservoir de M. ulcerans afin de pouvoir mettre en place des stratégies de prévention de la maladie.

Cette thèse a pour objectif l'étude épidémiologique de zoonoses chez le sanglier en Corse afin d'éclairer l'analyse et la gestion du risque zoonotique. La première partie décrit la démarche d'analyse du risque et les données nécessaires à son estimation, met en évidence que le sanglier, porteur potentiel de nombreux agents pathogènes, est un modèle biologique intéressant pour le suivi de maladies transmissibles à l'Homme par ingestion ou manipulation de carcasses, et décrit le contexte d'étude, la Corse, notamment sur le plan cynégétique et de l'élevage. La seconde partie présente le dispositif mis en place pour la collecte des données, un réseau d'épidémiosurveillance active à l'échelle de la région insulaire, puis l'étude épidémiologique de trois agents zoonotiques (respectivement maladies) : Trichinella britovi (trichinellose), Toxoplasma gondii (toxoplasmose) et Mycobacterium bovis (tuberculose bovine). A l'issue de nos travaux, le risque de trichinellose, avéré en 2004, demeure difficile à évaluer mais plausible, nécessitant le maintien des consignes de prévention (cuisson de la viande, test des carcasses commercialisées). Le risque de toxoplasmose est fort sur l'ensemble de l'île et davantage encore dans les zones à forte densité d'exploitations agricoles. Le risque de tuberculose apparaît majeur à considérer, le bacille étant présent à la fois chez les sangliers et chez des porcs ou bovins de quatre régions corses. Nos travaux concluent en l'importance d'une meilleure gestion des carcasses et viscères d'animaux sanvages et domestiques, et la nécessité d'une coordination pérenne du dispositif mis en place pour le suivi des zoonoses en Corse.

La maladie des raies noires (MRN), causée par le champignon ascomycète Mycosphaerella fijiensis, est l'une des maladies les plus dévastatrices du bananier (Musa spp.). Elle constitue une contrainte majeure à sa production, particulièrement dans les pays des tropiques humides où le bananier est une culture alimentaire de base. L'objectif de cette thèse a été de caractériser les populations de M. fijiensis et d'étudier l'épidémiologie de la MRN dans la région de Kisangani (RDC) en vue d'évaluer les stratégies de protection intégrée à développer dans les cultures de bananiers et bananiers plantains. La particularité de notre approche réside en la combinaison d'études en laboratoire, selon des approches classique et moléculaire, et des expérimentations sur le terrain pour mieux connaître les caractéristiques épidémiologiques de la maladie selon les saisons et les systèmes de cultures. Les caractéristiques phénotypiques des souches isolées de Kisangani sur milieu PDA étaient typiques de l'espèce M. fijiensis. Cette identification a été confirmée selon une approche moléculaire sur base du séquençage d'une partie de l'ADN ribosomal incluant les régions ITS (internal transcribed spacers) et le gène 5,8S. L'existence des deux types de croisement Mat1-1 et Ma1-2 au sein de la population a été révélée mais un déséquilibre entre les deux idiomorphes a été remarqué. L'évaluation de la pathogénicité des souches a montré que toutes les souches testées ont un pouvoir pathogène vis-à-vis du cultivar Cavendish " Grande Naine ". Notre étude a aussi permis de ressortir des différences de virulence selon les souches. Les tests de sensibilité aux fongicides ont montré que les souches de la RDC sont sensibles aux triazoles et au carbendazime, mais certaines souches seraient résistantes à l'azoxystrobine. Sur le plan épidémiologique, notre étude a révélé que les deux formes fongiques (anamorphe et téléomorphe) sont présentes non seulement en saison des pluies mais également en saison subsèche. Elles jouent donc un rôle important dans l'épidémiologie de la maladie. L'incidence de la maladie 6 Résumé a été légèrement moindre en saison subsèche qu'en saison humide. Une comparaison de la progression de la maladie pendant les deux saisons selon le système de culture a révélé que le développement de la MRN a été plus lent en forêt secondaire qu'en jachère et en jardin de case et l'incidence et la sévérité ont été plus grandes sur les plantains que sur les bananes. La meilleure tolérance du cultivar Yangambi Km5 a été confirmée. Ces résultats ont apporté des éléments nouveaux sur l'épidémiologie de la maladie dans la région de Kisangani et sur les caractéristiques de la population en présence. Ils ont été exploités pour établir une liste de recommandations visant à mieux gérer les dégâts de M. fijiensis, un pathogène au potentiel évolutif important.