Toxoplasma gondii est un protozoaire zoonotique ubiquiste capable d’infecter tous les homéothermes dont l’homme. Un contraste géographique marqué a été relevé à l’échelle globale concernant la diversité génétique et la pathogénicité chez l’homme des souches de ce parasite. Un nombre croissant d’études montre l’importance de considérer l’influence du facteur souche parasitaire dans l’étude de l’épidémiologie de la toxoplasmose humaine. Cependant, les données de diversité génétique demeurent très limitées pour de larges régions du monde dont l’Asie et l’Afrique. Egalement, les déterminants de la structure spatiale des populations de T. gondii dans le monde demeurent mal compris. Au cours de ce travail, nous nous sommes intéressés à l’influence des échanges humains sur l’évolution des populations du parasite en Afrique, et plus particulièrement au Sénégal. Nos résultats soutiennent un rôle important des rongeurs invasifs qui accompagnent les échanges humains dans l’introduction de souches au niveau des zones portuaires du pays par voie maritime.Nos résultats suggèrent également un rôle de la souris invasive Mus musculus domesticus dans la contre-sélection de la lignée clonale Africa 1, la lignée prédominante de T. gondii en Afrique de l’Ouest. Ces nouveaux éléments éclairent sur une partie des mécanismes qui régissent le fonctionnement des populations de T. gondii. D’autres études réalisées dans différents contextes épidémiologiques, alliées à des études expérimentales, seront nécessaires pour donner une juste mesure de l’influence de ces interactions hôtes-parasites sur l’épidémiologie de la toxoplasmose. / Toxoplasma gondii is a ubiquitous zoonotic protozoan capable of infecting all homeotherms including humans. A marked geographical contrast has been noted at the global scale concerning the genetic diversity and pathogenicity in humans of strains of this parasite. A growing number of studies show the importance of considering the influence of strain factor in the study of the epidemiology of human toxoplasmosis. However, genetic diversity data remain very limited for large regions of the world including Asia and Africa. Also, the determinants of the spatial structure of T. gondii populations worldwide remain poorly understood. During this work, we were interested in the influence of human exchanges on the evolution of parasite populations in Africa, and more particularly in Senegal. Our results support an important role of invasive rodents that accompany human exchanges in the introduction of strains at the port areas of the country through maritime trade. Our results also suggest a role of the invasive mouse Mus musculus domesticus in the counterselection of the clonal lineage Africa 1, the predominant lineage of T. gondii in West Africa. These new elements shed light on some of the mechanisms that shape T. gondii populations. Further studies in different epidemiological situations, combined with experimental studies, will be needed to accurately measure the influence of these host parasite interactions on the epidemiology of toxoplasmosis.

Les entérovirus (EV) sont des Picornavirus (virus nus à génome ARN positif), caractérisés par une grande diversité génétique et antigénique (116 types classés en 4 espèces taxonomiques EV-A à D) et une évolution rapide. Les infections humaines sont très fréquentes, hautement contagieuses à partir des selles et épidémiques. La plupart des infections sont asymptomatiques ou bénignes ; elles peuvent être graves voire mortelles, en particulier chez les jeunes enfants. La poliomyélite, modèle d’infection à EV, est en voie d’éradication grâce aux programmes de vaccination et de surveillance sous l’égide de l’OMS. La détection de poliovirus sauvages dans des pays déclarés exempts de polio depuis plusieurs années et l’émergence récente de plusieurs EV non poliomyélitiques (EV-A71, EV-D68) associés à des manifestations cliniques sévères dans plusieurs régions du monde montrent l’importance de surveiller la circulation des EV dans la population humaine. Le but de la thèse était de rechercher et caractériser les EV dans les eaux usées de l’agglomération de Clermont-Ferrand et de comparer les données à celles de la surveillance clinique pour avoir une image plus complète de la circulation virale dans la population générale. Une méthode de concentration virale à partir des eaux usées prélevées en entrée (eaux usées brutes) et sortie (eaux usées traitées) de station d’épuration a été mise au point, permettant la détection moléculaire des EV et de 6 autres virus entériques humains. La présence de génomes viraux a été détectée dans tous les échantillons d’octobre 2014 à octobre 2015, avec une médiane de 6 virus différents en entrée de station et de 4 virus en sortie. L’analyse phylogénétique des séquences d’EV et des virus des hépatites A et E présents dans les eaux usées et les prélèvements cliniques des patients hospitalisés au CHU de Clermont-Ferrand pendant la même période, a validé l’approche mise en place pour surveiller la circulation communautaire d’un virus entérique. La diversité des EV présents dans les eaux usées brutes a été analysée par séquençage d’amplicons avec une technique haut débit Illumina (metabarcoding). Les résultats montrent la présence d’une grande diversité d’EV et la circulation silencieuse de 25 types (notamment 9 EV-C, dont des séquences de poliovirus 1 vaccinal) dans la population générale. L’analyse phylogénétique des variants intra-typiques a mis en évidence plusieurs profils épidémiques parmi les principaux types ayant circulé pendant la période d’étude. Les données obtenues montrent la faisabilité et la sensibilité de la stratégie développée pour détecter et caractériser les EV présents dans les eaux usées. Ils permettent de discuter la place de la surveillance environnementale dans la surveillance des infections à EV non polio (études épidémiologiques, prévention des épidémies, alertes sanitaires). Surveiller conjointement les virus entériques dans l’environnement et chez les patients permet une meilleure compréhension de leur prévalence. Cette approche globale de la circulation virale et de l’écologie de la santé représente un engagement important de la part des laboratoires et nécessitera une intégration dans des réseaux structurés de collaboration nationales et internationales dépassant la seule surveillance des EV. / Enterovirus (EV) are Picornaviruses (non-enveloped, positive-sense RNA viruses), characterized by a large genetic and antigenic diversity (116 types classified within 4 taxonomic species EV-A to D) and rapid evolution. Human infections are frequent, highly contagious from stools and occur as outbreaks. The infections are mainly asymptomatic or benign but severe or fatal cases can be reported in young children. Poliomyelitis is the model EV infection. Combined with clinical and virological surveillance, mass vaccination is closer than ever to achieve the WHO program of the Global Polio Eradication Initiative. However, the detection of wild type polioviruses in polio-free countries and the recent worldwide emergence of non-polio enteroviruses (EV-A71, EV-D68) associated with severe clinical manifestations underscore the importance of surveilling EV circulation in the general population. The aim of the PhD thesis was the detection and identification of EV strains in wastewater treated in the sewage treatment plant at Clermont-Ferrand (France). The viral data were compared with those reported through clinical surveillance to obtain a comprehensive picture of the viral circulation in the local population. A method was developed to concentrate viruses from raw and treated wastewater and molecular assays were used to detect EVs and 6 other human enteric viruses. The viral genomes were detected in all samples from October 2014 to October 2015, with a median of 6 and 4 different viruses in raw and treated wastewater respectively. Phylogenetic analysis of viral sequences (EV, hepatitis A and E viruses) determined in wastewater and reported in patients during the sampling period, showed the efficiency of the method for surveilling enteric viruses in the community. The EV diversity in raw wastewater was analyzed by sequencing of amplicons with the Illumina high throughput technology (metabarcoding). The analysis revealed a large viral diversity and the silent circulation of 25 types not detected from hospital data (in particular 9 EV-C, of which sequences of vaccine poliovirus 1). The phylogenetic analyses of intra-typic variants showed different epidemic patterns in the predominant EV types circulating over the study period. The data demonstrate the feasibility and sensitivity of the strategy developed for the detection and characterization of EV in wastewater and provide a future prospect for the implementation of environmental surveillance of non-polio EV infections in epidemiological studies, epidemic prevention, and for health alert. Combining the surveillance of enteric viruses in the environment and in the clinical setting allows a better understanding of their prevalence. This global approach of virus circulation and ecological health represents an important investment for laboratories, which will require integration in national and international collaboration networks beyond the scope of enterovirus surveillance.

L'analyse multivariée des données chez 7138 sujets a montré que l'âge, dans tous les cas, prévenirle contact des mouches avec les aliments, chez les éleveurs, le nombre de chiens par famille, résider dans le Comté de Ganzi et posséder des peaux de renards, chez les agriculteurs, le sexe féminin, l'habitude de jouer avec les chiens et de boire de l'eau des ruisseaux, chez les urbains, étaient des facteurs de risque. Par des questionnaires sur les pratiques d'élevage, des transects pour détecter les indices de présence de petits mammifères et mesurer les surfaces encloses, et la recherche du parasite dansles fèces des chiens, l'hypothèse de travail a été confirmée: le surpâturage des communaux était significativement associé à la surface des pâtures encloses ainsi qu'aux densités élevées de petits mammifères dans les communaux, elles-mêmes corrélées au niveau d'infection des chiens, susceptible d'expliquer les hautes prévalences de la maladie dans ces communautés pastoralesTibétaines

La menace du bioterrorisme, l'émergence de nouveaux pathogènes et la crainte d'une pandémie grippale ont favorisé, ces dix dernières années, la recherche de nouveaux outils et de nouvelles données pour la surveillance des maladies infectieuses. Dans cette thèse, ce problème est abordé d'une part avec des modèles statistiques pour la détection des épidémies à partir de données temporelles de surveillance (modèles de régression périodique), puis par l'évaluation de deux sources de données non cliniques (ventes de médicaments et recherches sur Internet) potentiellement intéressantes pour la surveillance des maladies infectieuses. Les modèles de régression périodique permettent la détection et la quantification des épidémies à partir de séries temporelles de surveillance, pour des maladies telles que la grippe ou la gastroentérite, où l'enjeu est d'extraire un signal en présence d'un niveau de base périodique. Nous avons déterminé les paramètres clés de ces modèles en effectuant une revue de la littérature. Une interface Internet autorisant la modification de ces paramètres clés a été construite pour permettre l'analyse de données temporelles et la comparaison de modèles. Ainsi, ce site Internet permet de tester rapidement des hypothèses d'analyse, de comparer des modèles et d'en choisir un, pour mettre en place une surveillance ou évaluer l'impact des épidémies. Nous avons ensuite construit et évalué un indicateur basé sur les ventes de médicaments pour la détection des épidémies de gastroentérite. Pour déterminer les classes thérapeutiques les plus informatives pour cette surveillance, une large base de ventes pharmaceutiques a été analysée par classification hiérarchique. L'indicateur obtenu a permis de détecter avec de très bonnes sensibilité, spécificité et rapidité, les épidémies de gastroentérite déclarées par le Réseau Sentinelles sur la base de la surveillance des diarrhées aiguës en médecine générale. Enfin, le nombre de requêtes effectuées sur le moteur de recherche Google au sujet de trois maladies infectieuses a été comparé aux données cliniques de surveillance fournies par le Réseau Sentinelles. Une corrélation élevée a été mise en évidence entre certaines requêtes et l'incidence des syndromes grippaux, des diarrhées aiguës et de la varicelle entre 2004 et 2008. Des modèles de régression multiple construits sur ces requêtes ont permis d'estimer, avec une bonne précision, les incidences de ces trois maladies sur cette période. Toutefois, ces mêmes modèles ont donné des prédictions erronées pour les syndromes grippaux durant la pandémie de grippe A/H1N1 de 2009.

Est-il possible, de nos jours, de parler de santé des citoyens sans faire référence au territoire qu'ils occupent ? Ceci est fort peu probable, et le gouvernement français en a pris conscience et pour cela a créé et mis en place les " Agences Régionales de Santé " (ARS) permettant de définir et gérer la stratégie de la santé sur son territoire régional. Mais avant d'en arriver là, le système de santé a dû se réformer, pendant près de quatre siècles, afin d'évoluer du concept de santé au concept de système de santé. De plus, pour mener à bien ces réformes, il a fallut que les différents organismes décideurs puissent s'appuyer sur des éléments concrets, et, de fait, des indicateurs particuliers, appelés " déterminants de santé " ont été mis en place. Ainsi, tout ceci a amené le gouvernement français à créer les ARS organisés autour d'un territoire de santé et dont le cadre légal est défini à travers la loi HPST (Hôpital Patient Santé Territoire). Dès lors, en s'intéressant de plus près à la mission des ARS, il apparait qu'elle est clairement liée à la notion de performance durable, d'où l'importance de définir les concepts sous jacents à savoir : " Performance ", " Performance durable " et bien sur " Performance durable en santé ". Ainsi, pour pouvoir appliquer des principes de performance durable en santé, les ARS vont devoir s'appliquer à comprendre les mécanismes favorisant ou pénalisant une telle performance. Dès lors, les notions de " risque " et de " vulnérabilité " sont devenus des éléments clés d'une telle approche. De fait, en regardant, une fois de plus, d'un peu plus près, il apparait que la vulnérabilité est liée au risque, et que le risque est essentiellement lié à une inadéquation, ou déséquilibre, entre " l'offre " la " demande " et les " besoins " du citoyen. De fait, en intégrant ces éléments, les ARS vont devenir un véritable vecteur de performance durable en santé au niveau d'un territoire, grâce à un nouveau pilotage, à une meilleure gestion des risques et l'utilisation de la mesure de performance comme d'un outil de régulation des dépenses de santé sur le dit territoire. De part ces propos, on comprend bien que les ARS vont être au cœur de la réforme et du pilotage du système de santé en région. Or, et cela est vrai dans tous les secteurs (aussi bien privés que publics), la gestion d'un tel système ne peux s'effectuer sans un système d'information adapté. Ainsi va se poser la question de ce qu'est un système d'information pour un système de santé, mais aussi comment faire en sorte que ce système d'information consomme et produise des informations de qualité. De fait, et pour mieux comprendre tout cela, il est nécessaire d'appréhender la définition de tous les types de systèmes d'information existants, mais aussi leurs rôles dans le domaine de la santé et comment cela va bénéficier au citoyen et patient. Fort de cette approche théorique, il est maintenant intéressant de s'attarder sur l'état du système d'information en santé, et de comprendre pourquoi, en l'état actuel, il a échoué dans sa mission de service public, et ce afin de mieux comprendre comment à travers la nouvelle gouvernance des ARS, il sera possible d'avoir un système d'information en santé permettant d'atteindre des objectifs de performance durable. Le constat d'échec, ainsi que la volonté de sortir le système de santé français de l'ornière dans laquelle elle s'est enfoncée est réel. Cependant, force est de constater que pour mener à bien cette mission, et notamment en regard des systèmes d'information, il sera nécessaire d'utiliser une méthodologie adaptée. Or, après investigation, il apparait qu'une telle méthode ou approche n'existe pas, d'où la nécessité d'en définir une nouvelle, afin de satisfaire les besoins des professionnels de la santé, des citoyens et patients, et ce pour permettre au système de santé français d'atteindre des objectifs de performance durable en santé par la compréhension et la résolution de problèmes métiers issue de la demande, connue et comprise en temps et en lieu, des citoyens. Il est clair que ceci ne peut se réaliser que par une meilleure compréhension de l'environnement humain, géographique, politique, social et médical qui peut mieux être appréhendé au travers des nouvelles technologies. Ainsi, il sera possible de mettre en œuvre un certain nombre de ces technologies facilitant cette approche, soit en garantissant un accès global aux données, soit en simplifiant l'intégration d'applicatifs au sein d'un processus métier complexe, soit en fournissant des outils d'analyse et d'audit permettant des prises de décision " préventives " (temps réel) ou " correctives " (après analyse des faits passés). Le tout, évidemment, en garantissant un niveau de sécurité et d'intégrité maximum. Ainsi, cette réflexion a amené à la définition de la méthode MAEVA qui se situe au milieu d'un contexte bien particulier, composé d'acteurs (professionnels, citoyens, politiques, patients, etc.), de perturbants (connus ou inconnus, donc maitrisés ou non), du système de santé en soit (sur lequel la méthode s'applique) et des résultantes (résultat de la méthode appliquée sur l'accroissement de la performance du système de santé). Pour se faire, il a été nécessaire de bâtir la méthode en deux " couches ". La première couche, composée d'éléments appelés " fondamentaux ", permet de définir les fondations du projet à implémenter selon MAEVA. Ces fondamentaux, au nombre de quatre (plus un), permettent de définir un consensus global, pour le projet et pour la communauté de pratique associée afin de mener à bien ce projet. Le " cinquième " fondamental permettant lui de définir les éléments de poursuite vers une nouvelle version ou d'arrêt du projet si les conditions nécessaires ne sont pas atteintes pour reconduire une nouvelle version du projet. Une fois ces fondements posés, la méthode offre la possibilité de définir cinq actions qui vont permettre de gérer le projet du début à la fin. Il s'agit de : " l'Intégration ", qui permet d'intégrer les sources de données nécessaires à la réalisation du projet ; la " Détection ", qui permet de définir les éléments " déclencheurs " amenant à des situations à risque ; " l'Anticipation ", qui permet de définir des mécanismes d'auto défense vis-à-vis des " déclencheurs " ; " l'Action ", qui permet de réaliser la mission pour laquelle le projet a été défini, et enfin " l'Evaluation " qui va offrir les éléments pour analyser le projet et de fait fournir des éléments factuels au fondamental " Décider ". Tout ces éléments, étant relié au sein de la méthode à travers deux " outils " : l'itération, qui permet de compléter une phase amont avec des éléments issus d'une phase aval ; et la Zone Active de Mémorisation (ZAM) qui sert de mémoire au projet et permet non seulement d'entreposer des données de traçabilité, mais aussi de garder la mémoire des décisions prises. Cette méthode ainsi définie n'a pas été établie de façon théorique en quelques mois, mais a été issu de l'analyse d'expériences vécues au fil de cinq ans de labeur dans le domaine de la performance du système de santé. Il est à noter que l'approche consensuelle proposée par MAEVA sera d'une grande utilité pour les ARS qui vont devoir, dès le début de leur existence, travailler avec du personnel, des processus et des informations issus de divers horizons jusqu'à présent plutôt compétitifs que collaboratifs. Mais tout ceci ne constitue que la première version de la méthode, et déjà, compte tenu des publications lues ces derniers temps, il est apparut que certains travaux de recherche tels que le " Design Thinking " devraient pouvoir être intégrés partiellement ou totalement dans une prochaine " release " de MAEVA.

L'une des spécificités des pays d'Afrique sub-saharienne comme le Bénin est leur climat subtropical, chaud et humide. Ces caractéristiques climatiques permettent l'existence d'une transmission endémique du paludisme. Cependant, à très fine échelle, les individus ne sont pas tous exposés de la même manière à ce risque sanitaire. On a ainsi voulu comprendre quelles caractéristiques de l'environnement au sens large déterminent la transmission palustre à micro-échelle. L'étude a été menée dans une commune rurale du sud du Bénin composée de neuf villages, Tori-Bossito. Un diagnostic territorial, couplé au suivi épidémiologique d'une cohorte de 600 nouveau-nés, et à des captures d'anophèles vecteurs pendant les trois années de l'étude (2007-2010) a permis d'identifier d'une part les zones où le vecteur est le plus présent, et d'autre part les facteurs de vulnérabilité des individus. Le travail de terrain a consisté à collecter des indicateurs environnementaux multi-échelles (région, village, maison), et à mener une analyse de géographie humaine sur les pratiques d'utilisation des moyens de protection (moustiquaires, insecticides...), la structure de l'habitat, et l'occupation du sol à proximité des lieux de vie. La modélisation finale de ces variables dans un SIG (Système d'Information Géographique) a permis de mettre en évidence à Tori-Bossito une territorialisation du risque qui fait écho à des conditions ethniques, culturelles et socio-économiques diverses. Une ségrégation spatiale liée aux modes de vie qui pose la question de la vulnérabilité des individus dans un contexte de migrations et d'exode rural vers les villes.

Les victimes d'accident de la route sont recensées par les forces de l'ordre, en France, et dans la plupart des pays. L'enregistrement des blessés non-décédés est incomplet et biaisé (biais de sélection et de classement de la gravité). Un registre médical couvre le département du Rhône. La coexistence des recensements policier et médical permet par capture-recapture d'estimer un bilan exhaustif au niveau rhodanien, et ainsi d'estimer les facteurs de correction des données policières. En faisant l'hypothèse d'homogénéité, sur le territoire national, des pratiques policières d'enregistrement des blessés, nous appliquons les coefficients de correction aux données policières nationales, en redressant sur les facteurs de biais. Les effectifs annuels moyens sur 1996-2004 sont alors estimés à 514 000 blessés dont 61 000 blessés graves, soit 3,7 et 2,2 fois les décomptes des forces de l'ordre. Les blessés avec séquelles lourdes sont estimés à 8000 annuellement, soit autant que les tués.

Ce travail porte sur le développement d'un cadre théorique (conceptualisation et formalisation) qui cherche à modéliser l'obésité comme un processus de transformation du corps de l'individu obèse, déterminé par des facteurs individuels, inter-individuels, sociaux et culturels. J'ai d'abord pris en compte ces facteurs indissociables, pour analyser l'impact dans le temps d'une telle transformation individuelle sur la structure sociale. Pour ce faire, j'ai développé un modèle de réseau, dans lequel une partie des interactions individuelles sont dues à une sélection/désélection homophilique, consistant en un détachement et un attachement préférentiels de liens, selon les propriétés des individus. Deuxièmement, et réciproquement, j'étudie le rôle que pourrait jouer la structure du tissu social dans l'actuel développement de l'obésité. J'utilise pour cela deux modèles stochastiques : un modèle épidémiologique à compartiments et un modèle de réseau individu-centré considérant deux types d'influences : exogène (environnement-individu) et endogène (individu-individu).

Nous avons étudié les effets de l'exposition à de multiples polluants de l'air intérieur sur la santé allergique et respiratoire. Les éléments à considérer pour étudier ce phénomène étaient, d'une part, les corrélations entre polluants et d'autre part leurs effets potentiellement additifs et synergiques. Les analyses menées chez les adultes ont montré que les prévalences des symptômes allergiques et respiratoires étaient plus élevées dans les logements les plus multi-pollués, notamment par les composés organiques volatils (COV). En particulier, les effets sanitaires des COV étaient plus importants lorsque dans le logement il y avait aussi des allergènes d'animaux en excès. Les analyses menées chez les enfants ont montré qu'il était difficile de séparer les effets des différents polluants. Cependant, une mauvaise qualité d'air dans les écoles était associée à une augmentation du risque de symptômes respiratoires. Des analyses prenant en compte l'exposition totale à la pollution ont mis en cause des effets combinés des polluants physico-chimique sur la fonction respiratoire des enfants. Au total, la prise en compte de la pollution multiple a permis de mettre en avant l'effet délétère de certains polluants combinés à d'autres substances, alors que leurs effets isolés n'étaient pas détectés. Nos études ont montré que des associations étaient observées à des concentrations plus faibles que celles observées dans les études toxicologiques, impliquant les effets additifs et synergiques entre les polluants. En conclusion, nos résultats ont mis en évidence des effets combinés entre des polluants variés sur la santé allergique et respiratoire des adultes et des enfants.

L'encéphalopathie spongiforme bovine (ESB) est une maladie neuro-dégénérative fatale affectant les bovins ; elle est également une zoonose à l'origine du variant de la maladie de Creutzfeldt-Jakob. Identifiée pour la première fois au Royaume-Uni en 1986, cette maladie s'est rapidement étendue en Europe, malgré la mise en place de mesures de contrôle. En raison des particularités épidémiologiques de l'ESB (longue période d'incubation, âge précoce à l'infection et diagnostic post-mortem possible uniquement en fin d'incubation), l'évolution temporelle de l'exposition des bovins à l'ESB ne peut être appréhendée qu'à partir de la modélisation. Nous avons utilisé le modèle Age-Période-Cohorte afin de (ré)évaluer, en relation avec les principales mesures de contrôle, l'évolution de l'épizootie d'ESB à la lumière des données de surveillance les plus récente, en France, et dans six autres pays européens : Allemagne, Irlande, Italie, Pays-Bas, Pologne et Royaume-Uni.