Le vieillissement de la population mondiale s’accompagne de l’augmentation de la prévalence des maladies non transmissibles, dont certaines liées à l’athérosclérose. Les études épidémiologiques sur l’artériopathie oblitérante des membres inférieurs (AOMI) ont été majoritairement menées dans les pays occidentaux. Peu d’entre elles sont conduites dans les pays à faible et moyen revenu, comme les pays africains alors que la rapide transition socio-économique de ces pays entraîne une modification épidémiologique importante. Le programme EPIDEMCA (Épidémiologie des Démences en Afrique Centrale), enquête épidémiologique transversale multicentrique en population générale âgée de 65 ans et plus, a été mené en zones rurales et urbaines de deux pays d’Afrique Centrale: la République Centrafricaine (RCA) et la République du Congo (RDC), entre 2011 et 2012. Durant la première phase, l’enquête épidémiologique a permis de déterminer la prévalence de l’AOMI et d’analyser les facteurs de risque associés. L’AOMI a été définie par un Index de Pression Systolique (IPS) ≤ 0,9. Parmi les 1871 participants évalués sur le plan vasculaire, la prévalence de l’AOMI a été de 14,8% et atteignant 22,2% pour les sujets âgés de 80 ans et plus. Une prévalence plus importante de l’AOMI a été retrouvée dans les zones urbaines en RDC (20,7% versus 14,4% dans la zone rurale, p=0,0114). Cette différence n’a pas été retrouvée en RCA (11,5% urbain versus 12,9%, rural p=NS). Après ajustement à tous les possible facteurs confondants, des facteurs de risque associés avec l’AOMI ont été décrits : l’âge (OR: 1,03 ; p=0,0039), l’hypercholestérolémie (OR: 1,88 ; p=0,0034), le tabac (OR: 1,78 ; p=0,0026). Plus particulièrement, cette première étude en population générale ayant analysé spécifiquement le rôle de la dénutrition (Index de Masse Corporelle <18) dans l’AOMI met en évidence une association significative (OR: 2,09; p=0,0009) et ceci autant chez les hommes que chez les femmes (OR: 2,82; p= 0,0038 et respectivement OR: 1,75; p= 0,0492). Lors de la deuxième phase de l’étude, ayant permis la confirmation de l’atteinte cognitive, nous avons analysé l’association entre l’IPS et la présence des troubles cognitifs. La prévalence des troubles cognitifs s’est avérée être de 13,6%, plus importante chez les sujets avec IPS≤0,9 et IPS≥1,4 que chez les sujets avec 0,9<IPS<1,4 (20,1% et 17% versus 12%, p=0,0024). La présence des troubles cognitifs a été significativement associée avec l’âge (OR: 1,09; p<0,0001), le sexe féminin (OR: 2,36; p<0,0001), la consommation de tabac (OR: 1,78; p=0,0026) et l’IPS <0,90 (OR: 1,52; p=0,0359). Ce travail, s’inscrivant dans le cadre du programme EPIDEMCA, contribue à une meilleure connaissance de l’épidémiologie de l’AOMI sur le continent Africain. Il souligne la haute prévalence de cette pathologie, comparable aux pays occidentaux décrit les facteurs de risque spécifiques associés et met en évidence l’importance des outils de diagnostic de l’athérosclérose (IPS), fiables, peu coûteux et d’utilisation facile dans le dépistage des sujets à risque polyvasculaire. / With the aging of the global population, the prevalence of non-communicable, including cardiovascular, diseases is increasing. While epidemiological studies on peripheral artery disease (PAD) have been mainly conducted in high-income countries, a few have been carried out in low-and middle-income countries, including in Africa. EPIDEMCA (Epidemiology of Dementia in Central Africa) is a cross-sectional population-based study in rural and urban areas of two countries of Central Africa: Central African Republic (CAR) and the Republic of Congo (ROC). Overall, its aim was to investigate the health status in aging population in Central Africa, with a special focus on cognitive disorders, PAD (Ankle-Brachial Index (ABI) ≤0.90). and cardiovascular risk factors as well as their inter-relationship. The EPIDEMCA program was carried out, among people aged 65 years and over, between 2011 and 2012. Among 2002 subjects who agreed to participate, reliable demographic and vascular data were available in 1871 subjects.Overall, the prevalence of PAD was 14.8% reachting 22.2% after the age of 80. The prevalence was higher in ROC than in CAR (17.4% vs. 12.2%, p=0.0071) and in females than males (16.6% vs. 11.9%, p=0.0122). Higher rates of PAD were found in urban area in ROC (20.7% vs. 14.4% in rural area, p=0.0114), not in CAR (11.5% vs. 12.9%, p=ns). In the multivariate analysis, PAD significantly associated factors were described: age (OR: 1.03; p=0.0039), dyslipidemia (OR: 1.88; p=0.0034), smoking (OR: 1.78; p=0.0026), and more specifically undernutrition (OR: 2.09, p=0.0009). Undernutrition was still significantly associated with PAD after adjustment to all potential confounding factors in males as well as in females (OR: 2.82, p= 0.0038 respectively OR: 1.75, p= 0.0492). As epidemiological research on the implication of atherosclerosis in the development of cognitive impairment in general population is lacking in Africa, we focused on the role of ABI as an available marker of atherosclerosis, providing independent and incremental information on subjects’ susceptibility to present cognitive disorders.The prevalence of cognitive impairment among the study participants was 13.6%, higher in subjects with ABI≤0.9 and ABI≥1.4 than those with 0.9<ABI<1.4 (20.1% and 17% vs. 12%, p=0.0024). Cognitive impairment was significantly associated with age (OR: 1.09; p<0.0001), female gender (OR: 2.36; p<0.0001), smoking (OR: 1.78; p=0.0026) and low (≤0.90) ABI (OR: 1.52; p=0.0359). The EPIDEMCA program contributes to a better understanding of PAD in general African population. It highlights the the high prevalence of PAD on the African continent, describes specifically associated risk factors and underlines the importance of an available, inexpensive marker of atherosclerosis in order to detect risk populations in these countries.

Toxoplasma gondii est un parasite intracellulaire obligatoire potentiellement capable d’infecter tous les animaux homéothermes. L’Amérique du Sud, et plus particulièrement le Brésil occupe une place particulière dans l’épidémiologie de ce parasite cosmopolite en raison d’une part de formes cliniques sévères observées chez l’Homme et d’autre part d’une diversité génétique du parasite, sans équivalent jusqu’à présent sur d’autres continents. L’Etat de Rio de Janeiro présente des environnements très contrastés allant d’une ville capitale comportant différents degrés d’urbanisation à des zones isolées de haute altitude, habitat d’une faune très riche.Nous avons cherché à étudier l’influence de facteurs anthropiques et physiques sur l’épidémiologie du parasite dans différents environnements de l’Etat de Rio de Janeiro. Pour cela, nous avons d’une part étudié la séroprévalence chez les chats dans deux environnements avec différents degrés d’urbanisation de la ville de Rio, d’autre part mené des études d’épidémiologie moléculaire à l’aide de prélèvements sur des animaux de la ville de Rio, d’un parc national situé dans les zones de hautes altitudes et des zones rurales avoisinantes.L’étude de séroprévalence chez les chats dans la ville de Rio a permis de montrer l’intérêt de l’utilisation des prélèvements sur papier-filtre pour la réalisation de la technique de Modified-Agglutination-Test (MAT). Elle a révélé une différence significative de prévalence entre les chats errants du quartier résidentiel privé (4/107- 3,74%) et ceux du refuge municipal (32/265-12,08%). La densité des animaux et d’autres facteurs écologiques peuvent expliquer cette différence.La détection d’ADN toxoplasmique a été positive chez 8/16 chats de la ville de Rio, 14/18 animaux domestiques et 23/33 animaux sauvages de la zone d’amortissement du parc, 31/38 petits rongeurs ou marsupiaux piégés dans les zones de haute altitude. La détection a été positive sur les tissus de 3 félidés sauvages de la zone d’amortissement et sur les fèces d’un Puma yagouaroundi retrouvées dans le parc témoignant du rôle de ces félidés sauvages dans la contamination du sol aussi bien en zone préservée que dans les zones rurales proches du parc.Le génotypage par 15 marqueurs microsatellites a été possible pour 6 échantillons (dont une souche viable). Il a révélé une grande diversité génétique, mais aussi la présence aussi bien dans le parc qu’au centre-ville de Rio de souches appartenant aux lignées brésiliennes majeures BRII et BRIII. / Toxoplasma gondii is a protozoan parasite, potentially infecting all warm-blooded animals. In South America, and especially in Brazil, this cosmopolitan parasite presents some peculiarities due to an exceptional genetic diversity and the existence of severe clinical forms in Human, probably linked to the genetic background of some strains. In Brazil, the state of Rio de Janeiro presents highly contrasted environments from the city of Rio de Janeiro with different degrees of urbanizaton to isolated “sky islands”, hosting a rich and endemic fauna.We looked for physical and anthropic factors that may have an impact on the epidemiology of T. gondii in different environments of the state of Rio de Janeiro. We performed a seroprevalence study in cat populations living in 2 districts of Rio de Janeiro city with different degrees of urbanization, and molecular epidemiology studies on tissues of animals collected in Rio city, in a National Park characterized by “sky islands” and in intermediate and rural areas surrounding this park..The seroprevalence study on cats in Rio de Janeiro city allowed to show the value of blood sampling on filter-paper for performing the Modified-Agglutination-Test (MAT) for antibody detection in cats. There was a significant difference between seroprevalence observed in stray-cats from a residential district area with a relatively well-preserved natural environment (4/107- 3.74%) and in cats from a downtown public shelter (32/265-12.08%). Cat population density and other ecological factors may be involved in these differences.T. gondii DNA was detected in tissues of 8/16 cats from Rio city, 14/18 domestic and 23/33 wild animals in the area surrounding the park, and 31/38 small rodents or marsupials captured inside the National Park. DNA detection was positive in 3 tissues from wild felids found in the intermediate area surrounding the park and in feces from a Puma yagouaroundi found inside the park. This showed the role of wild felids in soil contamination in both environments.Genetic characterization using 15 microsatellite markers was successful for 6 samples, including one live strain (full genotyping for 5, and incomplete genotyping for one sample). This small sampling of strains was characterized by a large genetic diversity and revealed the presence of the main brazilian lineages, BRII and BRIII in isolated sky islands as well as in the city center of Rio de Janeiro.

La réduction des inégalités d'accès aux soins a toujours été un axe majeur des politiques de lutte contre le cancer. Alors qu'il existe de nombreuses études en cancérologie solide, peu d'études avec une méthodologie correcte existent en onco-hématologie, notamment chez les patients atteints de Myélome Multiple (MM). Cette maladie a vu son pronostic transformé par l'arrivée de nouvelles thérapeutiques dont l'usage a été rapidement intégré dans les recommandations de la Société Française d'Hématologie. L'objectif de travail intitulé Parcours de Soins des patients atteints d'hémopathie maligne en Poitou Charentes était donc de décrire et d'analyser les écarts aux recommandations, en prenant le MM comme premier exemple. Grâce au registre des Cancers Poitou-Charentes et à l'exhaustivité des cas qu'il assure, notre travail a permis de déterminer des variables associées à une inégalité d'accès aux soins. Ces variables sont démographiques (âge, distance entre le domicile et l'hôpital), liées à la tumeur (maladie symptomatique ou non), mais aussi organisationnelles (niveau de l'hôpital, passage en réunion de concertation pluridisciplinaire). De plus nous avons pu montrer que ces inégalités avaient un impact sur la survie globale des patients, notamment chez les plus âgés. Notre travail se poursuit par une analyse plus fine de la survie globale et l'étude des longs survivants du Myélome Multiple. A plus long terme, nous souhaitons appliquer cette approche à d'autres hémopathies. / French national Cancer plans aimed to reduce health care inequalities. These inequalities are well known in solid cancers but few data with correct methodology exist in Hematology, especially in Multiple Myeloma (MM). The new treatments in this disease have dramatically improved Overall Survival. So guidelines of the Société Française d'Hématologie have quickly recommended the use of these new drugs. The aim of our work: Care Pathway of patients with hematological malignancies in Poitou Charentes area was to describe and analyze non compliance to guidelines. Based on the exhaustivity of the Poitou Charentes Cancer Registry, our work revealed variables associated with healthcare inequalities. They were demographical (age, distance between home and hospital), tumor-related (symptomatic MM or not) but also organizational (level of the hospital, multidisciplinary meeting). Moreover we showed that those inequalities had a negative impact on overall survival, especially in elderly people. Our work continues with more accurate analysis of overall survival and a study on MM long survivors. Longer-term studies would be to transfer this approach to other hemopathies.

Les traitements actuels des lésions osseuses maxillo-faciales ont été éprouvés. La greffe autogène présente les propriétés idéales, mais montre des inconvénients : douleurs chroniques, infection… Certains comblements proposés ne permettent pas une néoformation vasculaire, garante de la viabilité des tissus régénérés pour des lésions importantes. Il faut alors développer des implants avec les caractéristiques recherchées et trouver les moyens de lutter contre le risque infectieux. Ce travail présente les résultats de recherches menées sur la fabrication d’implants nanofibreux mimant la MEC du tissu osseux, dotés d’une porosité favorable à une formation vasculaire et pouvant être fonctionnalisés par des facteurs de croissance / des cellules. Une réflexion éthique est menée sur le développement de ces avancées et sur leurs applications afin de garantir qu’elles constituent un réel progrès pour les patients. Il est aussi montré que l’on peut améliorer la sécurité des soins dans le traitement des lésions osseuses maxillo-faciales en développant des équipements dans le champ de l’hygiène et par la mise en place de procédures visant à évaluer leur efficacité. / Current treatments of maxillofacial bone defects have now been proven. Only the autogenous graft presents the ideal properties but shows complications: chronic pain, infection... Some bone filling techniques that are currently available do not allow the formation of blood vessels, guaranteeing the sustainability of the regenerated tissue for large lesions. It is then necessary to develop implants in that way, and to find ways to fight effectively the risk of infection. This work presents the results of research conducted on the fabrication of nanofibrous implants mimicking the ECM of bone tissue, with a porosity that is favorable to a vascular formation. These implants can be functionalized with growth factors / cells. Ethical considerations are provided on the development of these advances, but also on their applications to ensure that these developments constitute a real progress in the interest of patients. Moreover, this work shows that it is possible to improve the safety of care in the treatment of maxillofacial bone defects, with the development of equipment in the field of hygiene and the establishment of procedures to assess their effectiveness.

Introduction: Le traitement de la rhinite allergique (RA) est maintenant bien établi et la plupart des patients atteints par cette maladie y répondent. Néanmoins, il existe un pourcentage de patients qui ne sont pas contrôlés, malgré un traitement maximal, amenant au concept de SCUAD (Severe Chronic Upper Airway Disease), acronyme anglais pour "atteinte sévère et chronique des voies aériennes supérieures". En Chine, les données concernant la RA non contrôlée et le SCUAD sont insuffisantes. Le test de contrôle de la rhinite allergique (Allergic Rhinitis Control Test, ARCT) est un outil validé pour évaluer le contrôle de la RA et identifier la RA sévère. Néanmoins, l'ARIA (Allergic Rhinitis and its Impact on Asthma, acronyme anglais pour Rhinite Allergique et son Impact sur l'Asthme) n'offre pas de définition claire du contrôle de la RA et, du fait de l'absence de critères uniformes, le choix de la pharmacothérapie varie dans différentes régions et populations. Objectif: La première étude a eu pour objectif d'évaluer la prévalence et les caractéristiques des patients avec RA non contrôlée et SCUAD à Wuhan. A partir de cette étude préliminaire, une autre étude a été mise en oeuvre, pour évaluer le rôle de l'ARCT en tant qu'outil pour guider une pharmacothérapie par paliers, dans le but d'atteindre le contrôle de la RA. Méthode : Dans la première étude, tous les patients consultant pour une RA ont été évalues en prospectif par EVA et ARCT, et mis sous traitement selon le guide ARIA. Au bout de 15 jours (J15), une interview téléphonique a permis de ré-évaluer la RA au moyen d'une échelle numérique et de l'ARCT. La RA non contrôlée était définie par un score ARCT<20. Les patients souffrant de SCUAD étaient définis par un score ≥5 à J15. Dans la 2ème étude prospective, un traitement pharmacologique standard a été proposé aux patients souffrant de RA. Les paliers allaient du palier 1 (antihistaminique H1 à la demande) jusqu'au palier 5 (corticoïde oral). La RA était traitée et évaluée tous les 15 jours par ARCT. Si le score ARCT était ≥20, maintenu pendant 15 jours, le patient terminait l'étude. Si l'ARCT était <20, le patient recevait le prochain palier de traitement, selon une démarché prédéfinie, progressive, jusqu'au palier 5. Résultats: Au total, 252 patients ont été inclus dans la 1ère étude. La RA modérée/sévère était présente en 82,9% des patients, avec un impact sur le sommeil, travail, activités sociales et physique. Les patients avec RA non contrôlée à J15 étaient ceux avec un poids plus important (P=0,042), antécédents d'infections ORL ou de prise d'antibiotiques pour infections respiratoires dans les derniers 12 mois (62,3 vs. 45,6%, P=0,018), de tabagisme (P=0,024) et de dysosmie (P=0,005). Les patients avec SCUAD avaient plus fréquemment des antécédents d'infections ORL ou de prise d'antibiotiques pour infections respiratoires (P=0,014) et de dysosmie (P=0,003) et moins fréquemment de dermatite atopique (P=0,017). 255 patients ont été inclus dans la 2ème étude. Seulement 3,2% sont restés non contrôlés à la fin de l'étude. Les patients avec une RA modérée à sévère selon ARIA, RA persistante, impact modéré à sévère sur la qualité de vie, antécédents d'asthme, rhinorrhée et toux avaient toujours besoin d'un traitement associé, ainsi qu'un traitement prolongé pour atteindre le contrôle. Après ajustement sur chacune des variables, le seul facteur de risque restant significatif était la présence d'un asthme (il était moins probable que ces patients soient contrôlés par les premiers paliers de traitement). Conclusion: Les patients ayant une RA non-contrôlée ou atteints de SCUAD sont nombreux. L'EVA et l'ARCT sont des outils simples qui peuvent être utilisés dans l'évaluation globale de la sévérité et du contrôle de la RA. L'ARCT offre un critère objectif pour guider le traitement par paliers... / Background : The treatment of Allergic rhinitis (AR) is now well established and most patients respond well to the treatment. However, there are still some patients with uncontrolled AR despite optimal maximum treatment, leading to the concept of severe chronic upper airway disease (SCUAD). In China, there are insufficient epidemiological data regarding uncontrolled AR and SCUAD. Allergic Rhinitis Control Test (ARCT) has been validated for assessing AR control and to identify severe AR. However, Allergic Rhinitis and its Impact on Asthma (ARIA) still has no clear definition of AR control, and due to the absence of uniformed criteria, pharmacotherapy adjustment regimens varies in different areas and populations. ObjectiveThe first study aimed to assess the prevalence and the characteristics of patients with uncontrolled AR and SCUAD in Wuhan. On the basis of the preliminary study, a further study is designed to assess ARCT as a questionnaire driven stepwise pharmacological treatment to achieve AR control. Methods : In the first epidemiology study, all patients consulting for AR were prospectively assessed using VAS and ARCT and put on standardized treatment based on ARIA guidelines. After 15 days, they were reevaluated by a telephone interview using a numerical scale and ARCT. A score of ARCT <0 defined uncontrolled AR and a score ≥5 at day-15 defined SCUAD patients.In the second study, a standard pharmacotherapy regimen from step1 (oral second generation H1 antihistamine as needed) to step 5 (oral corticosteroid) was applied prospectively in a Chinese AR population. The AR patients were initiated with ARIA appropriate step treatment and assessed with ARCT every 15 days. If ARCT score was equal or above 20 and maintained for 15 days, the patient would finish the study; if ARCT score was strictly less than 20, the patient would receive higher step treatment according to a predefined open design up to step 5. Results: A total of 252 patients were included in the first study. Moderate/severe AR was diagnosed in 82.9% of the patients and they had an impact on sleep, work life, social activities and physical activities. Patients with uncontrolled ARat day-15 more frequently presented a higher weight (P=0.042), past history of ENT infection or antibiotics intake for respiratory infection in the last 12 months (P=0.018), smoking (P=0.024) and smell disturbance (P=0.005). Patients with SCUAD more frequently presented a past history of ENT infection or antibiotics intake for respiratory infection (P=0.014) and smell disturbance (P=0.003), while less commonly had atopic dermatitis (P=0.017). 255 patients were enrolled in the second study. Only 3.2% patients remained uncontrolled at the endpoint of the study. Patients with ARIA moderate/severe or persistent symptoms, moderate/severe impaired quality of life, asthma history, rhinorrhea and cough symptoms always needed up to step 4 and prolonged treatments to achieve disease control. After adjustment on each of the variables, the only factor that remained significant was asthma (less likely to be in a group controlled by the first steps’ therapies) .Conclusion: Uncontrolled AR and SCUAD patients are numerous. VAS and ARCT are simple and quantitative methods and self-completion questionnaire that can be used for a global evaluation of the severity and control of AR. ARCT offers an objective criterion for the stepwise pharmacotherapy of AR. Risk factor analysis did not reveal strong clinical characteristics that would help the physician to control AR better.

De découverte relativement récente en 1986, Leishmania killicki est un parasite exclusivement décrit au Maghreb. La Tunisie est le premier pays où ce parasite a été identifié, suivi de la Lybie et de l'Algérie. Peu de travaux ont été réalisés sur ce parasite. En conséquence, de nombreux éléments concernant son épidémiologie, sa transmission, sa structure et sa dynamique des populations sont encore méconnus. L'objectif de ce travail est d'étudier la position taxonomique, l'histoire évolutive et la structure des populations de L. killicki pour comprendre son épidémiologie, sa dynamique de transmission et sa distribution restreinte alors que d'autres taxons sont largement dispersés dans le monde. Notre étude a été menée sur le plus important nombre d'isolats de L. killicki étudié jusqu'à présent. Pour atteindre l'objectif de cette thèse, nous avons intégré un échantillon de L. tropica (espèce génétiquement la plus proche de L. killicki) comme élément de comparaison. 198 isolats des deux taxa L. killicki (85) et L. tropica (113) ont été étudiés. Ces échantillons sont constitués de 168 souches isolées de lésions cutanées humaines (Maroc 113; Tunisie 47; Algérie 7; Libye 1), de 27 prélèvements cutanés humains (Tunisie), de deux prélèvements de moelle osseuse de deux Ctenodactylus gundi (Tunisie) et un échantillon d'une femelle de Phlebotomus sergenti (Tunisie). L'étude a été réalisée par la technique isoenzymatique (MLEE), le MLST (MultiLocus Sequence Typing) et le MLMT (MultiLocus Microsatellite Typing). L'étude du statut taxonomique de L. killicki confirme sa position dans le complexe L. tropica. Les analyses génétiques suggèrent qu'un effet fondateur à partir d'une sous population de L. tropica serait à l'origine de L. killicki. Suite à ces résultats, nous proposons de nommer ce taxon L. killicki (syn. L. tropica). Les données montrent clairement que L. killicki (syn. L. tropica) évoluerait maintenant de manière indépendante tout en accumulant des divergences, probablement dues aux barrières écologiques. La comparaison de la structure des populations de L. killicki (syn. L. tropica) et L. tropica au Maghreb révèle une organisation et des dynamiques de populations différentes. L. killicki (syn. L. tropica) apparait peu polymorphe et très structuré dans l'espace et dans le temps, alors que L. tropica est génétiquement hétérogène, peu structuré temporellement et géographiquement. Ces résultats suggèrent une évolution et des cycles épidémiologiques distincts. Différents paramètres peuvent expliquer ces patterns épidémiologiques et génétiques opposés tels que l'écosystème, les vecteurs, les réservoirs ou encore les hôtes. L'ensemble de ces données suggère que la sous population de L. tropica qui a émergé en Tunisie a dû s'adapter à un nouvel écosystème générant des patterns épidémiologiques et évolutifs spécifiques. Dans ce contexte, même si nous proposons aujourd'hui que L. killicki est synonyme de L. tropica, il est possible que dans l'avenir, nous observions des divergences phylogénétiques et épidémiologiques qui justifieraient de reconsidérer sa position taxonomique. / Recently discovered in 1986, Leishmania killicki occurs exclusively in Maghreb. Tunisia is the first country where this parasite was identified, followed by Libya and Algeria. Few studies have been conducted on this parasite. Consequently, many elements on its epidemiology, transmission, population structure and dynamics remain unknown. The objective is to study the taxonomic position, the evolutionary history and the population structure of L. killicki to understand its epidemiology, transmission dynamics and restricted distribution while other taxa are widely dispersed throughout the world. It is worth noting that our study was conducted on the largest number of studied isolates of L. killicki up to now. In order to reach the objective, a sample of L. tropica (species genetically close to L. killicki) was included as a baseline. 198 samples of the two taxa L. killicki (85) and L. tropica (113) were studied. The sample is composed of 168 strains isolated from human skin lesions (Morocco 113, Tunisia 47, Algeria 7, Libya 1), 27 human skin lesions samples (Tunisia), two bone marrow samples of Ctenodactylus gundi (Tunisia) and a sample of a Phlebotomus sergenti female (Tunisia). The study was carried out by the three techniques Multilocus Enzyme Electrophoresis (MLEE), MLST (MultiLocus Sequence Typing) and MLMT MultiLocus Microsatellite Typing.The study of the taxonomic status of L. killicki confirms its position in the L. tropica complex. The genetic analyzes suggest that a founder effect from a subpopulation of L. tropica could be the source of L. killicki. Based on these results, we propose to call this taxon L. killicki (syn. L. tropica). The data show clearly that L. killicki (syn. L. tropica) would now evolve independently accumulating differences, probably due to ecological barriers. The comparison of the population structure of L. killicki (syn. L. tropica) and L. tropica in Maghreb reveals different structure and population dynamics. L. killicki (syn. L. tropica) appears slightly polymorphic and highly structured in space and time, while L. tropica is genetically heterogeneous, little structured geographically and temporally. These results suggest distinct evolution and epidemiological cycles. Different parameters could explain these opposite epidemiological and genetic patterns as ecosystem, vectors, reservoirs or hosts. All these data suggest that the subpopulation of L. tropica that emerged in Tunisia had to adapt to a new ecosystem generating specific epidemiological and evolutionary patterns. In this context, although today we propose that L. killicki is considered as a synonym of L. tropica, it is possible that in the future, we will observe phylogenetic and epidemiological differences that would justify reconsidering its taxonomic position.

Le choléra est une diarrhée hydrique sévère volontiers épidémique causée par des Vibrio cholerae O1 toxinogènes. Ses déterminants environnementaux ont donné naissance à un paradigme influent sur les stratégies de lutte, qui sont se sont avérées peu efficientes en Afrique comme en Haïti. Elles pourraient être améliorées par une meilleure compréhension de la dynamique des épidémies. La synthèse bibliographique des influences de l'environnement sur les épidémies de choléra en Afrique y montre les limites du paradigme environnemental. L'étude multidisciplinaire des origines de l'épidémie de choléra en Guinée en 2012 suggère fortement qu'elle fut importée par voie humaine depuis la Sierra Leone voisine. Une description spatio-temporelle du choléra au Mozambique démontre l'hétérogénéité de sa transmission et amène à questionner le concept d'endémicité du choléra. Depuis son importation en Haïti en octobre 2010, l'épidémie de choléra présente également une répartition spatiale et temporelle très hétérogène. Son importante rétractation en saison sèche et son absence d'enracinement significatif dans l'environnement laissent espérer la possibilité d'une élimination rapide à condition d'apporter une réponse ciblée à tous les foyers épidémiques du pays. Une stratégie d'élimination basée sur nos recommandations y est actuellement menée par le Ministère de la Santé, l'UNICEF et leurs partenaires. Après des résultats spectaculaires en 2013 et au premier semestre 2014, la situation s'est à nouveau dégradée pendant la saison des pluies. Une élimination du choléra dans saison sèche à venir demeure cependant réaliste si nous parvenons à convaincre et remobiliser les acteurs de terrain. / Cholera is an epidemic acute watery diarrhea caused by toxigenic bacteria Vibrio cholerae O1. Its environment determinants have been at the source of a popular paradigm. Many recent control strategies have shown little efficiency in Africa or in Haiti, but they could be improved by a better comprehension of the epidemics dynamic. The bibliographic synthesis of environment influences on cholera in Africa highlights the limits of the environmental paradigm on this continent. A multidisciplinary study of the origin of cholera epidemic in Guinea in 2012 strongly suggests it was humanly imported from nearby Sierra Leone. A space-time description of cholera in Mozambique demonstrates heterogeneous transmission patterns and challenges the concept of cholera endemicity. Since its importation in Haiti in October 2010, cholera transmission also exhibits a marked spatio-temporal heterogeneity. Cholera important retraction during the dry season and its absence of significant establishment in the Haitian environment suggest it may be possible to rapidly eliminate cholera in the country, provided that every outbreak focus receives a targeted response. An elimination strategy based on our recommendations is currently implemented by Haitian Ministry of Health, UNICEF and their partners. After spectacular results in 2013 and during the first half of 2014, the situation has slowly deteriorated during the rainy season. However, cholera elimination during the coming dry season remains realistic provided that we succeed in persuading and remobilizing the partners present on the field.

Par le passé les virus influenza A ont montré leur capacité d’émergence dans la population humaine. En 2009, l’apparition d’un nouveau variant réassortant a provoqué une pandémie. Ces travaux avaient pour objectifs d’étudier la propagation de la pandémie en France et Bolivie. Premièrement en Franve avec l’étude sérologique d’une population hospitalière et la surveillance hebdomadaire mise en place grâce au programme SéroGrippeHebdo. La séroprévalence prépandémique était de plus de 20% (au1/80) chez les plus de 60ans et de moins de 10% dans les autres groupes. Il a été possible de calculer un taux d’attaque d’environ 12% au sein de la population française métropolitaine. Mais aussi d’observer la perte d’anticorps rapide après le pic d’infection. Les taux de séroconversions les plus importants étaient chez les 0-24 ans (23.4%). La deuxième partie de ce travail s’est déroulée à Santa Cruz de la Sierra, en Bolivie. Le programme CoPanFlu international en association avec le CENETROP a permis l’étude de la sérologie sur une cohorte de foyers en 2010. Par ailleurs, nous avons caractérisé les pathogènes respiratoires de 2010 à 2012 à Santa Cruz. La grippe représente entre 40 et 58% des cas chaque années, suivie des rhinovirus, des coronavirus et des VRS. L’épidémiologie moléculaire des virus influenza a mis au jour un cluster de circulation sud américain pour les virus H1N1(2009).Les sérologies pré-pandémiques montrent une séroprévalence de 23% pour les ≥60ans. Après la pandémie la distribution par tranche d’âge est différente entre les villes de haute altitude et les autres.Enfin une estimation de la séroconversion montre que les jeunes adultes entre 20-39 sont les plus touchés. / Influenza viruses A have shown their ability to emerge in the human population and in 2009, the appearance of a new variant has caused a pandemia. The objective of this work was to study the pandemia’s spread in France and in Bolivia.In France, first, with the serological study of a hospital population and the weekly supervision established with SeroGrippeHebdo. The prepandemic seroprevalence was more than 20%(au1/80) for the >sixty years, and less than 10% in the others groups. It was possible to reckon an attack rate for about 12% in the metropolitan French population, and to observe a quick loss of antibody after the infection rate. Most important seroconversion rates concerned the 0-24 years(23.4%).The second part of this work took place in Santa Cruz de la Sierra, in Bolivia, developing country in the tropical zone of South America. The international CoPanFlu in partnership with the CENETROP, has enabled to study serology among a cohort of families in 2010. Moreover, we have characterized etiologies of respiratory pathogenesis from 2010 to 2012, in Santa Cruz. Flu represented about 40 to 58% of the cases each year, followed by rhinoviruses, coronaviruses and SRV. The molecular epidemiology of influenza viruses has shown a South American circulation cluster for the H1N1 viruses(2009). The prepandemic serologies in Santa Cruz show a seroprevalence of 23% for the ≥60. After the pandemia, the distribution by age is different for the towns at high altitude and others. Finally, an estimation of the sero-conversion showed that young adults between 20 and 39 were more affected in Bolivia.

La sécurité alimentaire est basée sur des systèmes de cultures durables. Les agents phytopathogènes présentent un risque sérieux pour la stabilité de l'agriculture mondiale. Dans ce contexte, la biosurveillance des agents phytopathogènes s'avère indispensable afin de connaitre et de comprendre la répartition, les routes et les facteurs de dispersion des populations phytopathogènes, et de prendre les mesures adaptées pour limiter leur propagation. Le genre bactérien Xanthomonas comprend un ensemble d'espèces phytopathogènes-spécifiques s'attaquant a une large gamme d'espèces végétales dont certaines sont importantes pour la production agricole. Les deux espèces d'étude, i.e les pathovars de Xanthomonas oryzae (Xo) et Xanthomonas axonopodis pathovar manihotis (Xam), pathogènes respectivement du riz et du manioc, font partie du « top 10 » des bactéries phytopathogènes d'importance majeure dans le monde. Des travaux portant sur l''épidémiosurveillance de ces bactéries phytopathogenes doivent pouvoir être mis en place en routine. L'objectif est de typer et de relier ces souches bactériennes à différentes échelles géographiques, ainsi que de détecter et caractériser les épidémies de manière précoce. Pour ce faire, plusieurs approches de typage moléculaire à haut niveau de résolution ont été explorées. Des marqueurs moléculaires basés sur les loci VNTR (Variable Number of Tandem repeats) ont été étudiés. Chez X. oryzae, un outil MLVA-25 (Multilocus VNTR Analysis) pour le pathovar Xanthomonas oryzae pv. oryzicola (Xoc) et un outil MLVA-16 pour les trois lignées génétiques de X. oryzae ont été développés. L'étude par le MLVA-16 de populations de X. oryzae a permis de caractériser des complexes clonaux généralement associés à de nouvelles épidémies. La description de nouvelles souches de Xoc en Afrique Centrale et Afrique de l'Est indique une provenance vraisemblablement d'origine asiatique. Chez Xam, la recherche de loci VNTR polymorphiques sur 65 génomes de Xam complets a abouti à la description de seize loci VNTR robustes donc cinq ont été ensuite utilisés pour l'étude de populations de Xam dans les plaines de l'est Colombien. Cette dernière étude met en avant une structuration des populations de Xam selon les régions. Enfin, une méthode de spoligotypage associée aux locus CRISPR-Cas (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) et des marqueurs minisatellites ont été développés chez les souches du pathovar Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo). Les analyses préliminaires ont permis de définir la composition de la cassette CRISPR et de proposer des outils de spoligotypage utiles pour les souches asiatiques de Xoo. D'autre part, 18 marqueurs minisatellites ont indiqué une corrélation significative avec les races des souches et peuvent servir à l'étude plus large de populations Xoo philippines ou asiatiques. En conclusion, des nouvelles approches de typage moléculaire ont été évaluées, mises au point et employées avec succès pour étudier les bactéries pathogènes du riz et du manioc appartenant au genre Xanthomonas. / Food and agriculture safety rely on durable cropping systems. Consequently, phytopathogens pose a serious risk for durable agriculture in the world. In this context, surveillance of phytopathogens is a mandatory prerequisite in order to understand and to predict pathogen repartition, dispersion routes and factors, and to trigger appropriate measures to reduce the pathogen's propagation. The genus Xanthomonas displays a large diversity of host-specific plant-pathogenic species that infect a wide range of plant species, including commercially grown crops. The two studied species, i.e. the rice-pathogenic Xanthomonas oryzae and the cassava-pathogenic Xanthomonas axonopodis pathovar manihotis (Xam), belong to the top-10 of phytopathogenic bacteria and are thus of major interest. Routine epidemiological surveillance of these bacteria has to be achieved in order to type and link strains at different geographic scales as well as to characterize outbreaks and epidemics. For this purpose, several high-resolution molecular typing approaches were explored. Firstly, VNTR (Variable Number of Tandem repeats)-based molecular markers were studied. For X. oryzae, multilocus VNTR analyses (MLVA) were developed: MLVA-25 for the pathovar oryzicola (Xoc) and MLVA- 16 for the three known lineages of X. oryzae. A large population study of X. oryzae by MLVA-16 allowed us to characterize genetic clonal complexes, which were likely associated with new epidemics. Also, the novel description of Xoc strains from central and east Africa indicated their probable Asian provenance. For Xam, the exploration of polymorphic VNTR loci in 65 available genome sequences allowed the description of sixteen robust VNTR loci. Among them, five highly polymorphic loci were further used in a population study of Xam in the eastern plain of Colombia. The results provided evidence of a geographical Xam population structuration. Secondly, CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)-associated spoligotyping and minisatellites markers were explored for a largely divergent set of Philippine strains of Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo). Both approaches were compared to genome-wide SNPs and races. Preliminary studies identified the composition of CRISPR arrays, which could be useful for a spoligotyping approach. On the other hand, 18 minisatellites markers revealed a significant correlation with races and could be used for a larger study of Philippine or Asian Xoo populations. In conclusion, novel molecular typing approaches were successfully evaluated, implemented and used to study rice- and cassava-pathogenic bacteria of the genus Xanthomonas.

Les polyomavirus sont des virus très prévalents dans la population générale. Chez les sujets immunodéprimés, quatre polyomavirus sont associés à des pathologies. Parmi ces virus, le MCPyV est quant à lui responsable du carcinome à cellules de Merkel. Son implication dans un cancer humain a conduit à un regain d’intérêt pour la famille des Polyomaviridae. Au cours de ma thèse, nous nous somme intéressés à l’épidémiologie de six nouveaux polyomavirus humains (MCPyV, HPyV6, HPyV7, TSPyV, HPyV9 et MWPyV). Ces études ont montré que ces virus sont très répandus dans la population générale et que les infections surviennent dès l’enfance. Par ailleurs, nous nous sommes intéressés aux réactivités croisées entre polyomavirus humains et simiens phylogénétiquement proches. Nous avons montré qu’il existe des cross réactions entre le LPyV et l’HPyV9, entre le MCPyV et deux virus de chimpanzé (PtvPyV1 et PtvPyV2). Ces polyomavirus simiens ne circulent donc pas chez l’Homme. D’autre part, afin de mieux comprendre le cycle du MCPyV, nous avons initié l’identification des partenaires cellulaires de l’ensemble de ses protéines. Ce travail a tout d’abord été réalisé sur les protéines mineures de capside VP2/VP3. Des cribles en double hybride en levure ont permis d’identifier les partenaires cellulaires des VP2/3. L’interaction effective entre les protéines virales et cellulaires a ensuite été validée en cellules de mammifères par une approche de complémentation de la luciférase Gaussia princeps. Les partenaires cellulaires des protéines VP2/VP3 identifiés sont impliqués dans les voies de prolifération cellulaire, d’apoptose, NF?B et dans le transport intracellulaire du virus. / Polyomaviruses are ubiquitous in the general population and in immunocompromised patients, and four are associated with disease. 0f these viruses, MCPyV is responsible for Merkel ceil carcinoma, and its involvement in human cancer has led to a renewed interest in the Polyomaviridae family. My thesis work has focused on the epidemiology of six new human polyomaviruses (MCPyV, HPyV6, HPyV7, TSPyV, HPyV9 and MWPyV). These studies have shown that these viruses are widespread in the genera population and that infection occurs in early childhood. We have also focused on cross-reactivity between phylogenetically closely related human and simian polyomaviruses. We have shown that there is cross-reactivity between sirnian virus LPyV and HPyV9 and between MCPyV and two chimpanzee viruses (PtvPyVl and PtvPyV2). However, these simian polyomaviruses do not circulate in humans. Moreover, in order to improve understanding of the cycle of MCPyV, we set out to identify the cellular partners of its proteins. This work was initially performed on minor capsid proteins VP2 and VP3. Screening in yeast two-hybrid identified cellular partners of VP2 and VP3. Interactions between viral and cellular proteins were then validated in mammalian celis by complementation assay using Gaussia princeps luciferase. Cellular patners of VP2 and VP3 are involved in ceil proliferation, apoptosis, NFkB and intracellular transport of the virus.