Évaluer la sécurité des patients hospitalisés constitue un enjeu majeur de la gestion des risques pour les services de santé. Le développement d'indicateurs destinés à mesurer les événements indésirables liés aux soins (EIS) est une étape cruciale dont le défi principal repose sur la performance des données utilisées. Le développement d'indicateurs de la sécurité des patients - les Patient Safety Indicators (PSIs) - par l'Agency for Healthcare Research and Quality (AHRQ) aux Etats Unis, utilisant des codes de la 9ème révision (cliniquement modifiée) de la Classification Internationale des Maladies (CIM) présente des perspectives intéressantes. Nos travaux ont abordé cinq questions fondamentales liées au développement de ces indicateurs : la définition du cadre nosologique, la faisabilité de calcul des algorithmes et leur validité, la qualité des données pour coder les diagnostics médicaux à partir de la CIM et leur performance pour comparer plusieurs pays, et la possibilité d'établir une valeur de référence pour comparer ces indicateurs. Certaines questions demeurent cependant et nous proposons des pistes de recherche pour améliorer les PSIs : une meilleure définition des algorithmes et l'utilisation d'autres sources de données pour les valider (i.e., données de registre), ainsi que l'utilisation de modèles d'ajustement utilisant l'index de Charlson, le nombre moyen de diagnostics codés et une variable de la valeur prédictive positive, afin de contrôler les variations du case-mix et les différences de qualité du codage entre hôpitaux et pays.

L'objectif de cette thèse est de contribuer à l'estimation des risques radio-induits aux faibles débits dedose. Ce travail s'appuie sur la cohorte des travailleurs du nucléaire CEA-AREVA NC aprèsprolongation du suivi jusqu'en 2004. Une revue études épidémiologiques chez les travailleurs dunucléaire a été réalisée durant la première année de thèse. Une quantification de la relation doseréponsea été effectuée pour le risque de pathologies cancéreuses et non cancéreuses par différentesméthodes statistiques. Les facteurs modifiants la relation dose-réponse pour le risque de leucémieassocié à la dose ont été étudiés. Combinée à d'autres cohortes de travailleurs du nucléaire, cette étudepermettra de quantifier plus précisément les risques associés à de faibles doses chroniques, afin devalider les hypothèses actuelles du système de radioprotection.

La maladie de Parkinson est l'une des principales pathologies neurodégénératives, mais il existe peu de données françaises sur sa fréquence. Des études antérieures suggèrent que l'exposition aux pesticides est un facteur de risque de maladie de Parkinson ; la population agricole représente donc une population particulièrement intéressante. Nous avons étudié l'intérêt d'une méthode utilisant les remboursements de médicaments antiparkinsoniens pour identifier les patients parkinsoniens parmi les affiliés de la Mutualité Sociale Agricole dans cinq départements en 2007 en développant, à partir de 1 114 consommateurs de médicaments antiparkinsoniens, un modèle prédictif dont nous avons estimé les performances (sensibilité =92,5 %, spécificité = 86,4 %, statistique c = 0,953 %). A partir de ce modèle, nous estimons que la prévalence de la maladie de Parkinson dans les cinq départements est de 6,20 ‰ après18 ans et de 2,76 ‰ après standardisation sur l'âge et le sexe (population française de 2007comme référence). La prévalence est 1,3 fois plus élevée dans les cantons où la densité en exploitations spécialisées en vergers et autres cultures permanentes est la plus élevée ; ce typed'exploitation est caractérisé par une utilisation intensive de pesticides, notamment d'insecticides. Des informations détaillées sur l'utilisation professionnelle de pesticides ont été recueillies dans une étude cas-témoins (331 cas, 660 témoins). Nous observons une association entre la maladie de Parkinson et l'utilisation intensive (nombre élevéd'applications par an) de fongicides et d'insecticides. Parmi les différents types d'exploitations, une association avec la maladie de Parkinson est uniquement retrouvée pour l'utilisation de pesticides dans les exploitations viticoles. Enfin, l'association avec l'exposition professionnelle aux pesticides semble plus marquée pour la présentation clinique de la maladie caractérisée par la présence d'un tremblement de repos

L'objectif général de l'étude est d'examiner, à titre exploratoire, les effets d'interaction entre la relation parent-enfant et des caractéristiques personnelles, familiales et socio-dérnographiques du jeune (âge, sexe, position dans la fratrie, compétence sociale, psychopathologie parentale, structure familiale, soutien social, revenu, etc.) dans leur pouvoir de prédiction des troubles intériorisés des jeunes adolescents. À notre connaissance, très peu d'études ont examiné les effets d'interaction entre la relation parent-adolescent et d'autres variables associées dans la prédiction des troubles intériorisés à l'adolescence, et ce, à partir d'un échantillon populationnel représentatif. L'échantillon de la présente étude est un sous-échantillon de l'Enquête québécoise sur la santé mentale des jeunes (EQSMJ, 1992, n=2400) et comporte 825 jeunes de 12 à 14 ans. Les troubles mentaux intériorisés considérés ici regroupent: (1) la phobie simple + difficulté d'adaptation, (2) l'angoisse de séparation (3) l'hyperanxiété / l'anxiété généralisée, (5) la dépression majeure / dysthymie. La définition des troubles mentaux s'appuie sur la classification proposée dans la troisième édition révisée du Manuel diagnostique et statistique des troubles mentaux (DSM-III-R) de l'Association Américaine de Psychiatrie (APA, 1987). Pour déterminer s'il y a présence ou non d'un trouble mental, on s'appuie sur les réponses fournies par deux informateurs indépendants: le parent et le jeune adolescent lui-même. Les catégories de caractéristiques (variables associées) incluses sont: individuelles, familiales et sociodémographiques. Deux modèles de régression logistiques sont construits. La variable dépendante est la présence d'au moins un trouble mental intériorisé (Modèle 1: selon l'informateur adolescent; Modèle 2: selon l'informateur parent). Les variables indépendantes sont des caractéristiques individuelles, familiales, et sociodémographiques, ainsi que les interactions de ces variables avec la relation parent-adolescent. Les résultats du Modèle 1 (au moins un trouble mental intériorisé selon le jeune) révèlent des effets d'interaction entre des composantes de la relation parent-enfant et les variables suivantes: la structure familiale, la position dans la fratIie et le revenu familial. Le Modèle 1 démontre également des effets principaux pour le sexe, la scolarité de la mère et les comportements punitifs du père. Les résultats du Modèle 2 (présence d'au moins un trouble mental intériorisé selon l'informateur parent) appuient l'hypothèse que la relation parent-enfant interagit avec les variables suivantes: l'âge, le sexe, la compétence sociale du jeune adolescent et, finalement, la scolarité de la mère dans la prédiction des troubles mentaux intériorisés. Le modèle 2 démontre également des effets principaux pour la position dans la fratrie, la psychopathologie parentale et les comportements punitifs du père. Les résultats indiquent que les comportements punitifs du père sont directement associés (effet principal) à la présence d'un trouble intériorisé chez le jeune adolescent, tant dans le Modèle 1 que le Modèle 2. Les autres composantes de la relation parent-enfant qui ont été évaluées interagissent avec les variables associées aux troubles intériorisés. Par exemple, les filles sont non seulement plus à risque de présenter un trouble intériorisé, mais ce risque augmente lorsqu'elles perçoivent un manque de soins de la part de leur mère. Le fait d'analyser les variables associées aux troubles intériorisés en tenant compte de l'informateur apporte beaucoup de richesse aux résultats. Les variables associées varient selon l'informateur et, sans l'informateur adolescent, les résultats auraient été moins révélateurs. Des recherches futures, avec des devis différents de celui de notre étude, seront nécessaires pour approfondir la compréhension de l'étiologie des troubles mentaux intériorisés chez les jeunes adolescents et, plus spécifiquement, du rôle de la relation parent-enfant dans l'émergence de ces troubles. Plusieurs implications pour la pratique clinique découlent de l'étude. Il faudrait sensibiliser les parents d'adolescents des effets potentiellement négatifs associés à une fréquence élevée de comportements punitifs, de même que leur recommander de viser à un équilibre concernant les comportements de soins (ex. : soutien, encouragements) et ceux visant le soutien de l'autonomie de leur jeune adolescent. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Épidémiologie, Troubles mentaux intériorisés, Adolescents (12-14 ans), Relation parent-enfant, Variables associées, Effets d'interaction, DSM-III-R.

Les avancées en Biologie Moléculaire ont accéléré le développement de techniques de génotypage haut-débit et ainsi permis le lancement des premières études génétiques d'association à grande échelle. La dimension et la complexité des données issues de ce nouveau type d'étude posent aujourd'hui de nouvelles perspectives statistiques et informatiques nécessaires à leur analyse, constituant le principal axe de recherche de cette thèse.<br />Après une description introductive des principales problématiques liées aux études d'association à grande échelle, nous abordons plus particulièrement les approches simple-marqueur avec une étude de puissance des principaux tests d'association, ainsi que de leur combinaisons. Nous considérons ensuite l'utilisation d'approches multi-marqueurs avec le développement d'une méthode d'analyse fondée à partir de la statistique du Score Local. Celle-ci permet d'identifier des associations statistiques à partir de régions génomiques complètes, et non plus des marqueurs pris individuellement. Il s'agit d'une méthode simple, rapide et flexible pour laquelle nous évaluons les performances sur des données d'association à grande échelle simulées et réelles. Enfin ce travail traite également du problème du test-multiple, lié aux nombre de tests à réaliser lors de l'analyse de données génétiques ou génomiques haut-débit. La méthode que nous proposons à partir du Score Local prend en compte ce problème. Nous évoquons par ailleurs l'estimation du Local False Discovery Rate à travers un simple modèle de mélange gaussien.<br />L'ensemble des méthodes décrites dans ce manuscrit ont été implémentées à travers trois logiciels disponibles sur le site du laboratoire Statistique et Génome : fueatest, LHiSA et kerfdr.

La problématique de l’observance de la biosécurité est présente dans tous les types de production. Il est essentiel de définir des stratégies pour améliorer l’application des mesures de biosécurité. Cette étude décrit l’application des mesures de biosécurité à l’entrée et à la sortie de 24 bâtiments d’élevages avicoles au Québec, Canada. L’effet des audits et de caméras visibles sur l’observance a été étudié, de même que les déterminants de l’observance. De plus, la relation entre l’observance et les profils de personnalité, l’expérience et l’éducation a été décrite. L’application des mesures de biosécurité a été évaluée à l’aide de caméras cachées. L’observance à court terme (deux premières semaines) et à moyen terme (six mois plus tard) a été déterminée. Basés sur les résultats du groupe contrôle, 44 différentes erreurs lors de l’application des mesures de biosécurité ont été observées à l’entrée et la sortie des bâtiments. La plupart étaient reliées à la délimitation des zones (propre versus contaminée). La nature et la fréquence des erreurs suggèrent un manque de compréhension des principes associés aux mesures de biosécurité. Le visionnement des vidéos a révélé 3055 visites par 277 individus différents (136 employés, 123 visiteurs, 3 superviseurs et 15 éleveurs). Les résultats ont démontré que les audits n’avaient pas d’impact sur l’observance des employés. Les caméras visibles ont eu un impact, à court terme, sur le port de bottes et le respect des zones durant la visite. Par contre, six mois plus tard, l’observance avait significativement diminué, au point de ne plus être statistiquement plus élevée que le groupe contrôle. La durée et le moment de la visite, la présence de l’éleveur ou d’un observateur, la conception de l’entrée, le nombre de bâtiments, le nombre de mesures de biosécurité exigé, le type de bottes, le genre et être membre de la famille de l’éleveur étaient significativement associés à l’observance de certaines mesures. Finalement, trois traits de la personnalité étaient associés à l’observance: responsabilité, orienté vers l’action et complexité, de même que le nombre d’années d’expérience et le niveau d’éducation. Il est nécessaire d’améliorer la formation en matière de biosécurité en fournissant du matériel de formation à tous les intervenants qui démontrent pourquoi et comment appliquer les mesures de biosécurité. La formation continue devrait également aborder les problématiques reliées aux caractéristiques de visites et de fermes. Améliorer la conception des entrées de bâtiments devrait contribuer à augmenter et à maintenir l’observance. L’identification de traits de personnalité associés à l’observance peut avoir des implications sur la sélection des candidats à l’embauche ou sur l’attribution de tâches et sur la planification des programmes de formation. / Biosecurity compliance issue is present in all types of animal productions, Therefore, it is essential to define strategies to improve the implementation of biosecurity measures. This study described the application of biosecurity measures when entering and exiting 24 poultry barns in Québec, Canada. The effect of audits and visible cameras on compliance was investigated, as well as determinants of compliance. Also, the relationship between compliance and personality profiles, experience and education has been described. Application of biosecurity measures was evaluated using hidden cameras. Short term (first two weeks) and medium term (six months later) compliance were determined. Based on the control group, 44 different biosecurity breaches were observed when getting in and out of poultry barns. Most were related to area delimitation (clean versus contaminated). The nature and frequency of errors suggest a lack of understanding of biosecurity principles. Overall, video viewing revealed 3055 visits done by 277 different individuals (136 employees, 123 visitors, 3 supervisors and 15 growers). Results showed that audits did not have any impact on employee compliance. Visible cameras had a significant impact on changing boots and respecting areas during the visit for the short term period. However, six months later, compliance significantly declined and was no longer statistically higher compared to the control group. Duration and moment of the visit, presence of the grower or an observer, barn entrance design, number of barns, number of biosecurity measures requested, type of boots, gender and being a member of a grower’s family were significantly associated with compliance with some biosecurity measures. Finally, three personality traits were significantly associated with compliance: responsibility, action-oriented and complexity, as well as the number of years of experience and the level of education. There is a need to improve biosecurity training by making training material available to all poultry personnel demonstrating why and how to apply biosecurity measures. Educational meetings should also address issues related to visit and farm characteristics. Improving barn entrance design should contribute to enhance and maintain compliance. The identification of personality traits associated with compliance may have implications for the selection of job applicants or task attribution, and for developing educational materials and training programs.

INTRODUCTION La production biologique contribue de façon significative aux défis du développement durable. Les infections à Mycobacterium avium sous-espèce paratuberculosis (MAP), Neospora caninum (NC), au virus de la diarrhée virale bovine (BVD) et au virus de la rhinotrachéite infectieuse bovine (IBR) sont bien reconnues pour affecter de manière significative la production dans les élevages laitiers. Il n’existe toutefois aucune donnée sur l’importance de ces pathogènes dans les troupeaux biologiques. HYPOTHESE Ces quatre pathogènes sont présents dans les troupeaux laitiers biologiques, mais leur prévalence est moindre par rapport à l’élevage conventionnel. OBJECTIFS Estimer les séroprévalences de NC, MAP, BVD, IBR dans les troupeaux laitiers biologiques québécois. MÉTHODOLOGIE Dans la province du Québec, 60 troupeaux laitiers biologiques ont été sélectionnés aléatoirement. Un échantillon sanguin a été prélevé sur 30 vaches adultes, pour l’évaluation de NC et MAP, et sur 5 animaux plus de 6 mois non vaccinés, pour l’évaluation de BVD et IBR. Une détection d’anticorps par ELISA, pour NC et MAP, et par séroneutralisation pour BVD et IBR a été réalisée sur les sérums obtenus. Un questionnaire a été rempli par chaque éleveur. RÉSULTATS La séroprévalence individuelle de NC et MAP, avec un intervalle de confiance de 95%, étaient de 4.1% (3.2%-5.2%) et 0.8% respectivement (0.0%-1.3%). La séroprévalence de troupeau de NC, MAP, BVD, IBR, si au moins un animal est positif dans un troupeau étaient de 50.8%, 20.3%, 37.3%, 31.0% respectivement. Ces séroprévalences étaient de 30.5%, 3.4%, 28.8% et 18.9%, respectivement, si au moins deux animaux sont positifs. La taille du troupeau a un effet significatif sur le statut de BVD (p=0.02) et il y a une bonne corrélation entre le statut BVD et IBR (Kappa-0.54). DISCUSSION/CONCLUSION La séroprévalence individuelle de NC, MAP, IBR semblent être moindre dans les troupeaux laitiers biologiques comparativement au conventionnel. Il ne semble pas y avoir de grandes différences entre la séroprévalence du BVD des troupeaux biologiques et celle des conventionnels. / INTRODUCTION Organic herds are important component of sustainable development. Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (MAP), Neospora caninum (NC), bovine viral diarrhoea (BVD) virus and infectious bovine rhinotracheitis (IBR) virus infections are well known to have major impact on dairy production. However, there are actually no data on the prevalence of these pathogens in organic dairy herds. HYPOTHESIS These four pathogens are present among cattle organic herds but their prevalence is less than among conventional cattle herds. OBJECTIVE To evaluate the seroprevalence of NC, MAP, BVD, IBR in cattle organic herds in Québec province. METHODOLOGY In the province of Québec, 60 organic herds were randomly sampled. Thirty adult cows, to estimate NC and MAP, and 5 unvaccinated animals more than 6 months old, for BVD and IBR, were bled. An ELISA test, for NC and MAP, and seroneutralisation test for BVD and IBR were used to analyse the serum. A questionnaire was filled in by farmers. RESULTS Individual prevalence of NC and MAP (IC=95%) were 4.1% (3.2%-5.2%) and 0.8% (0.0%-1.3%) respectively. Herd level prevalence of NC, MAP, BVD, IBR, based on a herd-test cut point of 1 positive animal, were 50.8%, 20.3%, 37.3%, and 31.0% respectively. Based on a herd-test cut point of 2 positive animals, these prevalence were 30.5%, 3.4%, 28.8% and 18.9% respectively. Herd size was significantly associated with BVD herd prevalence (p=0.02).... There was a good correlation between herd prevalence of BVD and herd prevalence of IBR (Kappa=0.54). DISCUSSION/CONCLUSION Prevalence of NC, MAP, and IBR seem to be less among cattle organic herds than in cattle conventional herds. It seems that there is no difference between prevalence of BVD among organic herds and conventional herds.

En Amérique du Nord, Mycoplasma bovis est le plus pathogène des mycoplasmes retrouvés chez les bovins. Les principales maladies qu’on lui associe (maladies respiratoires, mammites, arthrites septiques et otites moyennes et/ou internes) constituent un défi à l’industrie laitière à cause de la difficulté à les traiter et à les prévenir par une vaccination. L’objectif principal de ce projet était d’étudier l’excrétion nasale et la réponse sérologique à M. bovis chez les génisses de remplacement, entre la naissance et 7 mois d’âge, dans 4 troupeaux laitiers au Québec. Quatre-vingt-trois paires mère/génisse provenant de 4 cohortes de bovins laitiers étaient prélevées mensuellement (génisses : 0 à 7 mois ; mères : 0, 1 et 5 mois après vêlage). Écouvillons nasaux et échantillons de lait étaient analysés par culture bactériologique et par immunofluorescence indirecte. Les anticorps circulants étaient détectés par le test ELISA. À la naissance, la prévalence sérologique des génisses était supérieure à celle des mères (P = 0,01). La transmission de M. bovis aux génisses par le lait et par l’excrétion nasale des mères était faible. L’âge moyen (jour) d’une génisse à sa 1ère excrétion nasale et sa 1ère séroconversion à M. bovis était loin de la période néonatale: 77,5 ± 11,2 (n = 22) et 96,8 ± 7,4 (n = 36) respectivement. Conclusion, les vaches adultes n’ont constitué qu’une voie mineure de transmission de M. bovis aux génisses, la principale voie de transmission était fort probablement le contact direct ou indirect avec d’autres génisses excrétrices nasales de M. bovis. / In North America, Mycoplasma bovis is the most pathogenic mycoplasma found in cattle. The main diseases associated with it (respiratory disease, mastitis, septic arthritis and otitis median and/or internal) are a challenge to the dairy industry because of the difficulty to treat them and to prevent them by vaccination. The principal objective of this project was to study nasal shedding and serological response to M. bovis in replacement heifers, between birth and 7 months of age, in four dairy herds in Quebec. Eighty three pairs cow/heifer in 4 cohorts of dairy cattle were sampled monthly (heifers: 0 to 7 months; cows: 0, 1 and 5 months after calving). Nasal swabs and milk samples were analyzed by bacteriological culture and by indirect immunofluorescence. Circulating antibodies were detected by ELISA test. At birth, the serologic prevalence of heifers was significantly higher than the serologic prevalence of cows (P = 0,01). Transmission of M. bovis to heifers in milk and nasal shedding from cows was low. The average age (days) of a heifer for first nasal shedding and first seroconversion to M. bovis was far from the neonatal period: 77,5 ± 11,2 days (n = 22) and 96,8 ± 7,4 days (n = 36) respectively. Conclusion, cows were only a minor route of transmission of M. bovis to heifers, the main route of transmission was most likely the direct or indirect contact with other heifers shedding M. bovis in their upper respiratory tract.

A synthesis of all results of researches done by the author on arboviruses cycles and bioecology of their vectors in French Guiana, Central African Republic and Brazil, from 1975 to 1996. Emphasis is put on the ecoepidemiology of yellow fever and dengue viruses. Studies are also reported on the impacts of environmental changes on the transmission of arboviruses in Brazilian Amazonia.<br />An exhaustive list of publications and communications of the author is presented.

L'amélioration du bien-être des vaches laitières est un réel enjeu face aux attentes sociétales. Cette thèse a pour objectifs d'identifier (i) les aspects les plus dégradés du bien-être des vaches, (ii)les indicateurs de risque et (iii) les facteurs associés à l'atteinte de la relation homme-animal. Ce projet repose sur une étude épidémiologique utilisant la méthode Welfare Quality R pour évaluer le bien-être des vaches. En général, les boiteries étaient peu fréquentes et les animaux avaient une bonne liberté de mouvement. L'absence de faim et de soif et l'expression des comportements étaient bien respectés mais variables entre élevages. Le confort de couchage, l'absence de blessures et de maladies, le comportement social, l'état émotionnel et la relation homme-animal étaient dégradés et variables. L'écornage était souvent réalisé sans antidouleurs. Les principaux indicateurs de risque pour le bien-être des vaches sont la localisation géographique (pour la soif), la race (faim,comportement social), le logement (confort de couchage, blessures), l'interaction logement-race (état émotionnel) et localisation géographique-système de traite (expression des comportements propres à l'espèce). La mise en place de plan d'actions doit donc tenir compte du type d'élevage. Aucune association entre le système d'élevage et la relation homme animal n'a été trouvée. Les conditions de vêlage, les représentations des éleveurs et le comportement social des vaches étaient par contre associés à ce critère. De plus, de fortes variations entre vaches ont été relevées, suggérant que le tempérament des animaux joue un rôle important.