Submitted by Luiz Felipe Barbosa (luiz.fbabreu2@ufpe.br) on 2015-03-13T14:36:26Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação_Tyago_Eufrásio_de_Souza.pdf: 1734818 bytes, checksum: b0cd86fb8616eb74b44913092c3b337f (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T14:36:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação_Tyago_Eufrásio_de_Souza.pdf: 1734818 bytes, checksum: b0cd86fb8616eb74b44913092c3b337f (MD5) Previous issue date: 2012-02-29 / FACEPE / As espécies de gafanhotos Ommexecha virens (Ommexechidae), Xyleus discoideus angulatus, Tropidacris collaris (Romaleidae) e Schistocerca pallens (Acrididae) ocorrem na região do Nordeste do Brasil. Apresentam seus cariótipos simétricos com número cromossômico, 2n=23 (X0, machos) e 2n=24 (XX, fêmeas), porém T. collaris, S. pallens e X. d. angulatus apresentam os cromossomos com morfologia acrocêntrica, enquanto que O. virens apresenta o par cromossômico G1 submetacêntrico. Variações rítmicas no comportamento apresentadas por diversos organismos são pertencentes ao ciclo circadiano. Com o uso da técnica de Hibridização in situ Permanente (PISH), foi mapeada a posição do gene de cópia única Per, um dos genes do relógio circadiano, em cromossomos meióticos das espécies O. virens, X. d. angulatus, T. collaris e S. pallens. Os cromossomos meióticos destas espécies foram obtidos através da técnica clássica de esmagamento de folículos testiculares. As sondas utilizadas foram obtidas de plasmídeos carregando fragmentos do gene Per originários do genoma do drosofilídio Zaprionus indianus. Após a hibridização in situ, o material foi fotografado usando contraste de fase. Nas quatro espécies de gafanhotos citadas anteriormente, o gene Per foi mapeado no maior par autossômico, G1. Analisados conjuntamente os resultados de mapeamento do gene Per nestas espécies com a localização de outros genes de cópia única e de cópia repetitiva, observa-se uma localização preferencial dos genes de cópia única nos pares autossômicos grandes e, genes de cópia repetitiva, nos pares médios e pequenos. Estes resultados também apontam para uma conservação molecular deste gene nos Orthoptera, como observado em Díptera e Lepdoptera; possívelmente a conservação na localização cromossômica seja um reflexo da conservação molecular. Localizações cromossômicas de diversos genes constitutivos em representantes das famílias Ommexechidae, Romaleidae e Acrididae são informações relevantes para o entendimento das relações evolutivas entre estes gafanhotos, além disso, fornecem marcadores para o sequenciamento do genoma destas espécies.

Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-04-08T14:28:46Z No. of bitstreams: 2 TESE_PPGCB_CCB_UFPE_Silvokleio da Costa Silva.pdf: 2416257 bytes, checksum: 816b850e0c404efe1ff888b803d05780 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-08T14:28:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE_PPGCB_CCB_UFPE_Silvokleio da Costa Silva.pdf: 2416257 bytes, checksum: 816b850e0c404efe1ff888b803d05780 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012 / CNPq / Recentemente, um mapa citogenético estabelecido para Poncirus trifoliata disponibilizou marcadores cromossomo-específicos para estudos evolutivos das espécies cítricas. Objetivando reconhecer as homeologias cromossômicas e entender as alterações cariotípicas existente entre os gêneros Poncirus e Citrus e entre os principais representantes dos citros, os mapas citogenéticos de P. trifoliata cv. Flying Dragon, C. reticulata cv. Cravo (tangerina) e C. maxima cv. Pink (toranja) foram construídos e comparados entre si e com o mapa previamente estabelecido para C. medica var. Etrog (cidra). Os cromossomos marcadores de P. trifoliata também foram mapeados em C. sinensis (L.) cv. Valencia (laranjeira doce), o principal híbrido de interesse econômico do grupo. Metáfases mitóticas destas espécies foram coradas com os fluorocromos CMA e DAPI e submetidas a hibridização in situ fluorescente (FISH) empregando sondas de cromossomos artificiais de bactérias (BACs) e de DNAr 5S e 45S. As fórmulas cariotípicas encontradas para as cultivares analisadas de P. trifoliata (4B+8D+6F), C. reticulata (2C+10D+6F), C. maxima (4A+2C+4D+8F) e C. sinensis (2B+2C+7D+7F) corroboram com as anteriormente reportadas na literatura, entretanto, um pequeno sítio proximal adicional de DNAr 45S foi detectado em C. reticulata. Apenas os cromossomos 1, 4 e 8 foram conservados quanto ao tipo cromossômico e localização dos BACs entre as espécies estudadas. Nos demais casos, as posições dos BACs foram conservadas, mas não os tipos cromossômicos. Quebra de colinearidade foi observada apenas no par 3, entre BACs e um sítio de DNAr 45S, sugerindo que inversões ou transposições também podem ter ocorrido. Os resultados aqui reportados indicam uma alta sintenia no grupo. As principais divergências cariotípicas observadas provavelmente estão relacionadas a eventos de amplificação e/ou desamplificação de sequências repetitivas que compõem os blocos CMA+. Essas alterações foram mais frequentes em C. medica que nas demais espécies, porém, considerando a variabilidade encontrada, as semelhanças cariotípicas observadas entre espécies filogeneticamente distantes podem ser fruto de reversões e não da conservação de um cariótipo ancestral. Os dados de mapeamento dos BACs nos pares cromossômicos 2 e 3 de C. sinensis, associados aos seus tipos cromossômicos, corroboram toranja e tangerina como os prováveis parentais deste híbrido.

Submitted by Luiz Felipe Barbosa (luiz.fbabreu2@ufpe.br) on 2015-04-17T14:31:52Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese Geyner Cruz.pdf: 5016989 bytes, checksum: 78d1b845e0b795a59bd6c983e8a3c635 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-17T14:31:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese Geyner Cruz.pdf: 5016989 bytes, checksum: 78d1b845e0b795a59bd6c983e8a3c635 (MD5) Previous issue date: 2013-03-04 / Cryptanthus Otto & Dietr. é endêmico do Brasil e composto por 67 espécies distribuídas em floresta Atlântica, restingas, campos rupestres e Caatinga. Apresenta espécies terrícolas endêmicas e em sua maioria ameaçadas de extinção, devido à perda do habitat natural. O presente trabalho teve como objetivo reconstituir a filogenia molecular do gênero, medir e associar o tamanho genômico com a história evolutiva do grupo e estabelecer marcadores microssatélites para estudos populacionais. No primeiro capítulo utilizando 104 espécimes de Cryptanthus, foi reconstruída a filogenia molecular para o grupo a partir de AFLP, e realizada análise do estado de caracter ancestral para flores andromonóicas e hermafroditas. Foi observado que os subgêneros Cryptanthus e Hoplocryptanthus Mez. não são monofiléticos. Além disso, os grupos morfológicos previamente propostos para o gênero, apresentaram caracteres homoplásicos, exceto larcedae. Em relação à biogeografia, a colonização da floresta Atlântica parece ter surgido dentro do grupo múltiplas vezes, sendo predominante no subgênero Cryptanthus. Em Hoplocryptanthus, as espécies de Campos Rupestres e de floresta Atlântica apresentam uma separação bem definida, consistindo em mais um indício da condição polifilética deste grupo. A análise de estado de caracter ancestral, mostrou a importância das flores andromonóicas na diversificação do gênero especialmente na floresta Atlântica. No segundo capítulo, o tamanho genômico de 47 espécies de Cryptanthus foi estimado e comparado com o estado de caracter ancestral de diferentes tipos de habitats em que o gênero ocorre, a partir de uma filogenia molecular pré-estabelecida. Foi observado diferenciação significativa entre os dois subgêneros em relação à variação do tamanho genômico e as relações filogenéticas. Adicionalmente, diferenças significativas entre tamanho genômico e preferência por diferentes habitas, também foram observadas. Contudo, as espécies que ocorrem em floresta Atlântica não se diferenciam em relação apenas a preferência por habitats, assim sugerindo que às relações filogenéticas provavelmente são os fatores mais determinantes na variação observada do tamanho genômico de Cryptanthus. O terceiro capítulo abordou a avaliação de 34 loci de microssatélite plastidial (cpSSR) da espécie Dyckia marnier-lapostollei L.B. Smith., permitindo o estabelecimento de 29 loci, dos quais sete foram genotipados em três populações da espécie C. schwackeanus Mez e três da espécie C. warrenloosei Leme. Seis loci apresentaram polimorfismo entre as populações, assim demonstrando que os cpSSR estabelecidos são uma boa ferramenta para estudos populacionais no gênero. No conjunto os dados representam os primeiros passos para o entendimento da evolução e das relações do grupo com ferramentas moleculares.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:49:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo1523_1.pdf: 1857150 bytes, checksum: a14e48a77fbb5925257d7f1d2ffb6e8c (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O estudo da diversidade genética entre acessos de bancos de germoplasma fornece importantes subsídios aos programas de melhoramento vegetal. Com a finalidade de caracterizar a diversidade genética inter e intra-específica do gênero Vigna, as técnicas de DAF (DNA Amplification Fingerprinting), ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) e SSR (Simple Sequence Repeat) foram aplicadas no presente estudo. Vinte e nove acessos de Vigna foram selecionados para a análise, incluindo um acesso de cada uma das quatro espécies V. aconitifolia, V. angularis, V. mungo e V. radiata, bem como 23 acessos cultivados de V. unguiculata (feijão-caupi) e duas subespécies nativas (V. unguiculata ssp. cylindrica e V. unguiculata ssp. sesquipedalis) usando-se como grupo externo duas cultivares de Phaseolus vulgaris ssp. vulgaris (cv. Neckarkönigin e cv. Delinel ). No total foram geradas 1065 bandas polimórficas para a montagem da matriz de dados a partir de 46 primers, sendo quatro DAF, 22 ISSR e 20 pares SSR. Os resultados obtidos foram analisados pelos métodos de neighbor-joining (programa MEGA) e de UPGMA (programa NTSYs 2.1). Nos dendrogramas gerados, o feijão-caupi mostrou-se mais proximamente relacionado com as duas subespécies silvestres de V. unguiculata. As espécies do subgênero Ceratotropis agruparam-se em um clado distinto no qual a espécie V. aconitifolia (considerada primitiva no grupo) aparece em uma posição basal da qual emergem dois subclados incluindo as espécies V. radiata e V. mungo no primeiro e a espécie V. angularis no segundo. Os genótipos de feijão-caupi permaneceram unidos com altos valores de bootstrap (99%), formando dois subclados principais e subgrupos, vários compreendendo acessos com características agronômicas similares. Cultivares com características fenotípicas contrastantes, tais como imunidade (BR14 Mulato e TVU 382) e suscetibilidade (IT 85F-2687) a viroses; resistência (BR17-Gurguéia) e suscetibilidade (CE31) ao nematóide de galhas (Meloidogyne incognita); resistência (IT81D-1053) e suscetibilidade (CNC 0434) ao caruncho (Callosobruchus malucatus); resistência (Pitiúba) e suscetibilidade (Canapu Amarelo) a seca/salinidade, foram agrupados em clusters distintos, demonstrando desta forma haver suficiente divergência genética para seu uso como parentais em cruzamentos de mapeamento. As implicações dos resultados obtidos, especialmente no que se refere ao melhoramento do feijão-caupi são discutidas no presente trabalho

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:59:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo5031_1.pdf: 3343228 bytes, checksum: 5473b22f6502ccef2e12e259b590641d (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2002 / Atualmente o mercado das comunicações móveis está sendo dirigido pela necessidade dos serviços de dados. Entre os sistemas da primeira e segunda geração (1G e 2G), o GSM (Global System Mobile) é indiscutivelmente o mais utilizado no mundo para aplicações de voz, porém, continua oferecendo serviços de dados com baixas taxas de transmissão, as quais em paralelo com as baixas capacidades dos sistemas, são os principais problemas do progresso da multimídia móvel. Além disso, os serviços de dados são caracterizados pela necessidade de grandes larguras de banda. Sendo assim, o GSM que originalmente foi desenvolvido para transmissão de voz e serviços de dados com baixas taxas, está rapidamente sendo atualizado para incorporar novos serviços multimídia. Na sua geração intermediária 2,5G, com o HSCSD (High Speed Circuit Switching Service Data) e o GPRS (General Packet Radio Service), possuirão suas taxas de dados aumentadas em três vezes com a introdução de suas versões melhoradas, ECSD (Enhanced Circuit Switched Data) e EGPRS (Enhanced GPRS), juntos esses dois sistemas são denominados de EDGE (Enhanced Data Rate for Global Evolution). O EDGE utilizará uma modulação de alto nível denominada 8PSK (8 Phase Shift Keying) em conjunto com a GMSK (Gaussian Minimum Shift Keying), utilizada pelo GPRS, também usará esquemas de codificação mais eficientes e mecanismos de controle de qualidade do link, IR (Incremental Redundancy) e LA (Link Adaptation), os quais trazem benefícios quando utilizados em boas condições de propagação. Este trabalho trata da evolução dos serviços de dados, em especial da 2,5G, concentrando-se no estudo do EDGE, mais especificamente do EGPRS, com a abordagem dos seus principais aspectos e características. Foram realizados estudos considerando as alocações single e multislot, suas especificações, para a transmissão de diferentes modelos de dados, Funet, Railway e Mobitex, entre PCU (Packet Control Unit) e MSs (Mobile Stations). Desenvolveu-se um protótipo com o objetivo de simular esse nível de abstração e testar um algoritmo para a otimização das alocações, de forma a permitir o melhor estudo e a análise do desempenho do sistema

Submitted by Caroline Falcao (caroline.rfalcao@ufpe.br) on 2017-04-10T16:55:55Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Dissertação-TyagoEufrásioSouza.pdf: 1735075 bytes, checksum: 71d298cc88578885aa679bda01ec12e1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-10T16:55:55Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Dissertação-TyagoEufrásioSouza.pdf: 1735075 bytes, checksum: 71d298cc88578885aa679bda01ec12e1 (MD5) Previous issue date: 2012-02-29 / As espécies de gafanhotos Ommexecha virens(Ommexechidae),Xyleus discoideus angulatus,Tropidacris collaris(Romaleidae) eSchistocerca pallens(Acrididae)ocorrem na região do Nordeste do Brasil. Apresentam seus cariótipos simétricos com número cromossômico, 2n=23 (X0, machos) e 2n=24 (XX, fêmeas), porém T. collaris, S.pallense X.d.angulatus apresentam os cromossomos com morfologia acrocêntrica, enquanto que O. virens apresenta o par cromossômico G1submetacêntrico. Variaçõesrítmicasnocomportamentoapresentadaspordiversosorganismossão pertencentes ao ciclo circadiano.Com o uso da técnica de Hibridização in situ Permanente (PISH), foi mapeada a posição do gene de cópia única Per, um dos genes do relógio circadiano,em cromossomos meióticos das espécies O. virens,X.d.angulatus,T. collariseS.pallens.Os cromossomos meióticos destas espécies foram obtidos através da técnica clássica de esmagamento de folículos testiculares. As sondas utilizadas foram obtidas de plasmídeos carregando fragmentos do gene Per originários do genoma do drosofilídioZaprionus indianus. Após a hibridizaçãoin situ, o material foi fotografado usando contraste de fase. Nasquatroespéciesde gafanhotos citadas anteriormente, o gene Perfoi mapeado no maior par autossômico, G1.Analisados conjuntamente os resultados de mapeamento do genePer nestasespéciescom a localização de outros genes de cópia única e de cópia repetitiva, observa-se uma localização preferencial dos genes decópia única nos pares autossômicos grandes e, genes de cópia repetitiva, nos pares médios e pequenos. Estesresultadostambémapontam paraumaconservação molecular deste gene nos Orthoptera, como observado em Dípterae Lepdoptera; possívelmente a conservaçãona localização cromossômicasejaum reflexodaconservaçãomolecular.Localizações cromossômicas dediversosgenes constitutivos em representantes das famílias Ommexechidae, Romaleidae e Acrididaesão informações relevantes para o entendimento das relações evolutivas entre estesgafanhotos, além disso,fornecemmarcadores para o sequenciamento do genoma destas espécies. / The species of grasshoppers Ommexecha virens(Ommexechidae) Xyleus discoideus angulatus, Tropidacris collaris(Romaleidae) and Schistocerca pallens(Acrididae) occur in the Northeast region of Brazil. Present theirsymmetricalkaryotypeswithchromosome numbers, 2n = 23 (X0, males) and 2n = 24 (XX, females), butT. collaris, S. pallensand X. d. angulatuspresent the acrocentric chromosome morphology, while O. virensshows the submetacentric L1chromosome pair.Rhythmic variationsin behaviorpresented byvarious organimsare belongingto the circadian cycle.Using the technique of Permanent insituhybridization (PISH), has mapped the position of thesingle-copy genePer, one of the clock genes, in meiotic chromosomes of the species O. virens, T. collaris, S. pallensand X. d. angulatus. The meiotic chromosomes of these species were obtained by the classical technique of crushing testicular follicles. The probe used was obtained from plasmids carrying the gene Perfragments originating from the genome of drosofilid Zaprionusindianus. After in situ hybridization, the material was photographed using phase contrast. In thegrasshoppersspecies mentioned above, the Pergene was mapped in largest autosomal pair, L1. Taken together the results of Pergene mapping in these species with the location of other single-copy genes and repetitive copy, there is a preferential localization of single copy genes in large autosomal pairs and copy repetitive genes, the couplepairsand small. These results also point to a molecular conservation of this gene in the Orthoptera, as observed in Diptera and Lepdoptera, possible conservation in chromosomal location is a reflection of molecular conservation. Chromosomal locations of severalconstituentgenes in representatives of the families constituting Ommexechidae, RomaleidaeandAcrididae are relevant information for understanding the evolutionary relationships in the locusts, and provides markers for mapping the genome of these species.

Orientador: Hebe de Azevedo Biagioni / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matematica,Estatistica e Computação Cientifica / Made available in DSpace on 2018-07-22T00:16:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Melo_MauricioMarcio_D.pdf: 2360136 bytes, checksum: 473d69700adfe1d27f32b94dd107016a (MD5) Previous issue date: 1997 / Resumo: Neste trabalho apresentamos um resultado de existência e de unicidade de soluções para o problema de Cauchy envolvendo as equações da hierarquia de Lax...Observação: O resumo, na integra, podera ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: Não informado / Doutorado / Doutor em Matemática

Orientador: Hilario Fracalanza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Educação / Made available in DSpace on 2018-07-22T01:52:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cicillini_GracaAparecida_D.pdf: 19108177 bytes, checksum: 0609af339d494e6a82d665a42c6e3c01 (MD5) Previous issue date: 1997 / Resumo: Considerando a complexidade de relações entre as diferentes formas de saber que envolvem a cultura escolar, podemos afirmar que existe um distanciamento entre o conhecimento cientificamente produzido e o conhecimento divulgado pela escola como conseqüência da ação educativa. O presente trabalho tem por objetivos verificar a produção do conhecimento biológico em escolas públicas do ensino médio bem como elucidar alguns aspectos das condições de construção desse conhecimento. Nesse sentido, utilizamos como foco de análise os conteúdos relacionados à Teoria da Evolução. Através da observação direta das aulas de três professores de Biologia de duas escolas, de entrevistas e de análise de documentos escolares verificamos as diferentes fonnas de representação que esses professores possuem sobre os conteúdos de Evolução e Seres Vivos. Para tanto, selecionamos como parâmetros de análise a Seleção de Conteúdos e suas Formas de Abordagem. Constatamos que o Ensino de Biologia é apresentado nessas escolas de modo fragmentado, bem como impregnado de conotações ideológicas. Estas características foram evidenciadas principalmente pelo processo de exclusão de partes do conhecimento evolutivo, da forma de apresentação desse conhecimento aos alunos, como também pelas características da linguagem dos professores utilizada em aula. Embora reconheçamos a diferença entre o conhecimento científico e o conhecimento construí do pelo professor durante as aulas, verificamos que a organização da escola - seja como sistema ou unidade de ensino - e a formação dos professores são condições determinantes que acentuam esse processo de diferenciação. Nesse sentido, notamos, algumas vezes, que além das características que diferenciam as duas fonnas de conhecimento aconteceram também problemas de distorção dos conteúdos evolutivos / Doutorado / Metodologia de Ensino / Doutor em Educação

The family Caulimoviridae comprises viruses with semicircular double-stranded DNA genomes encapsulated into isometric or bacilliform particles, being divided into eight genera. The genus Badnavirus is the most important due to its high number of species reported infecting cultivated plants worldwide. The present study aimed to evaluate the taxonomic/phylogenetic positioning and population genetic variability into the genus Badnavirus. Initially, a data set comprising badnavirus full-length genome sequences was obtained from the non-redundant GenBank database. Multiple nucleotide sequence alignments were obtained for the data sets: complete genome; ORF III; full (1020pb) and partial (579pb) RT/RNaseH. Pairwise sequence comparisons, phylogenetic and recombination analyses were performed for all data sets. A total of 127 isolates were obtained, representing 53 badnavirus species. Nucleotide pairwise comparisons for the data sets RT/RNaseH and ORF III showed that a number of distinct badnavirus species shared up to 82,5% of identity, higher than the 80% threshold currently used for species demarcation in the genus. Bayesian phylogenetic trees showed four well supported clusters, with clusters 1 and 3 being sister groups comprising predominantly isolates infecting sugarcane and banana. Non-tree-like evolution evidenced a complex pattern of recombination, and at least 23 independent events were detected with recombination breakpoints occurring predominantly in the ORF III and in the intergenic region. By the analysis of nucleotide diversity of the partial RT/RNaseH region in 12 badnavirus population, a high genetic variability was observed. These results showed that mutation and recombination are important evolutionary mechanisms acting on the diversification of badnaviruses, and that the partial RT/RNaseH sequence is sufficient to determine the taxonomic placement of most viral species described in this genus. / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A família Caulimoviridae compreende fitovírus com genomas semicirculares de DNA de fita dupla encapsidados em partículas isométricas ou baciliformes, sendo dividida em oito gêneros. O gênero Badnavirus é o mais importante devido ao seu alto número de espécies relatadas infectando plantas cultivadas em todo o mundo. O presente estudo teve como objetivo avaliar a variabilidade genética de populações e o posicionamento taxonômico/filogenético de espécies de badnavírus. Inicialmente, sequências completas para o genoma das espécies de badnavírus foram obtidas a partir do banco de dados não-redundante GenBank. Alinhamentos múltiplos das sequências nucleotídicas foram obtidos para os seguintes conjuntos de dados: genoma completo, ORFIII, RT/RNaseH completa (1020nt) e parcial (579nt). Comparações pareadas de sequências, análises filogenéticas, de recombinação e variabilidade genética foram realizadas para os conjuntos de dados. Um total de 127 isolados foram obtidos, representando 53 espécies de badnavírus. As comparações de sequências de nucleotídeos para o conjunto de dados RT/RnaseH (completa e parcial) mostraram que algumas espécies de badnavírus relatadas como distintas apresentam entre 57,1-82,5% de identidade, superior ao limite de 80,0% atualmente utilizado para a demarcação de espécies em Badnavirus. Resultados similares foram observados para os dados da ORFIII e genoma completo, reforçando que sequências parciais do domínio RT/RNaseH são suficiente para determinar o posicionamento taxonômico da maioria das espécies descritas neste gênero. Quatro grupos (clusters 1-4) bem suportados foram observados nas árvores filogenéticas para genoma completo e ORFIII, com os cluster 1 e 3 formando grupos irmãos compreendendo espécies/isolados infectando predominantemente cana-de-açúcar (Saccharum spp.) e banana (Musa spp.). Análise de evolução em rede evidenciou alguns possíveis eventos de recombinação afetando a diversificação de espécies de badnavírus, com pelo menos 23 eventos independentes sendo detectados com pontos de recombinação ocorrendo predominantemente na ORFIII e região intergênica. Finalmente, altos índices de diversidade nucleotídica foram observados para a região RT/RnaseH parcial em populações de 12 espécies distintas de badnavírus. Estes resultados mostram que mutação e recombinação são mecanismos importantes atuando na evolução dos badnavírus.

Orientador: João Meidanis / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-08T13:34:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Almeida_AndreAtanasioMaranhao_M.pdf: 3188069 bytes, checksum: b0743bc208c47e2d263f7d5503c22c07 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: Nas últimas décadas presenciamos grandes avanços na biologia molecular que levaram ao acúmulo de um grande volume de dados acerca de moléculas, tais como DNAs e proteínas, essenciais para a vida e para seu entendimento.O estágio atual é de busca por ferramentas que permitam extrair informações com relevância biológica destes dados. Neste contexto, a comparação de genomas surge como uma das ferramentas e nesta categoria incluímos rearranjo de genomas. Em rearranjo, o genoma é representado por uma seqüência de blocos conservados e, dados dois genomas e um conjunto de operações, busca-se pela que transformem um genoma no outro. Em 1995, Hannenhallie Pevzner apresentaram o primeiro algoritmo polinomial para o problema da ordenação por reversões orientadas. Tal algoritmo executa em tempo O(n4) e foi o primeiro algoritmo polinomial para um modelo realístico de rearranjo de genomas. Desde então, surgiram algoritmos que apresentam desempenho assintoticamente melhor. O melhor deles, apresentado por Tannier e Sagot em 2004, é capaz de executar em tempo O (n(n log n)1/2). Há um algoritmo linear, desenvolvido por Bader e colegas[2], mas este capaz de determinar a seqüência de reversões, apenas calcula a distância. Motivado pela carência de uma derivação algébrica mais formal da teoria desenvolvida em rearranjo de genomas, desenvolvemos uma solução formal para o problema da distância de reversão com sinal. Utilizamos, em tal solução, um formalismo algébrico para rearranjo de genomas que relaciona a recente teoria de rearranjo de genomas ?basicamente fundamentada no trabalho de Hannenhalli e Pevzner ? e a teoria de grupos de permutação de uma nova forma. Pretendemos criar a base para grandes avanços na área através de um formalismo algébrico forte / Abstract: In the last decades we have seen a great progress in molecular biology. That lead to a large volume of data on molecules, DNA and proteins, essential for life.The current stage of research lies in the pursuit of tools to extract information with biological relevance from this data. In this context, comparison of genomes is an important tool and genome rearrangements is a way of doing that comparison. In rearrangement analysis the genome is represented by a sequence of conserved blocks. The aim is to ?nd a minimum sequence of operations that transform a genome into another given as input two genomes and a set of allowed operations. In 1995, Hannenhalli and Pevzner presented the ?rst polinomial algorithm for sorting signed permutations by reversals. This algorithm has complexity O(n4) in time and was the ?rst polinomial algorithm for a realistic model of genome rearrangement. Since then, new algorithms with better asintotic performance had appeared. The fastest algorithm, with complexity O(n?n logn), was developed byTannier and Sagot in 2004. Motivated by a lack of a more formal derivation in the genome rearrangement developed theory, we developed a formal solution for the signed reversal distance problem. We use an algebraic formalism that relates the recent genome rearrangement theory ? basically based on a work of Hannenhalli and Pevzner ? to permutation group theory in a new form. We intend to build a solid theoretical base for further advances in the area through strong algebraic formalism / Mestrado / Teoria da Computação / Mestre em Ciência da Computação