Made available in DSpace on 2016-06-07T17:12:18Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-07. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-07T17:16:55Z : No. of bitstreams: 1 000863864_20160807.pdf: 296663 bytes, checksum: f6c5464b2330e2afaba569827f6906a0 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-08-08T11:56:01Z: 000863864_20160807.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-08-08T11:56:34Z : No. of bitstreams: 1 000863864.pdf: 2766913 bytes, checksum: 44454b35efef4dafd66781371dc31685 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A história evolutiva das angiospermas é marcada por rápida e ampla diversificação, cujo background deve-se à ação de numerosos fatores; dentre esses, os elementos de transposição (TEs) têm sido considerados como um dos agentes mais importantes. TEs podem compor grandes porções do genoma de plantas e, dessa forma, desempenhar um papel importante na promoção da diversidade genética. O objetivo deste estudo foi investigar a dinâmica evolutiva de TEs ativos em espécies do gênero Coffea. Uma ampla análise da distribuição e evolução de um retrotransposon com LTR (LTR-RT), o elemento Copia25, foi realizada em genomas de plantas. Copia25 é amplamente distribuído na família Rubiaceae, e, está presente em espécies distantemente relacionadas pertencentes às subclasses Asteridae e Rosidae, e à classe das monocotiledôneas. Em particular, foi observada uma incongruência envolvendo sequências Copia25 de espécies do gênero Musa, uma monocotiledônea, e do gênero Ixora, uma dicotiledônea (Rubiaceae), que seria devido a um evento de transferência horizontal (HT) entre essas espécies ou entre suas linhagens ancestrais. Copia25 apresenta dinâmica evolutiva complexa em angiospermas, cuja história incluiria conservação de sequências, perdas estocásticas e HT. Dez LTR-RTs foram anotados no genoma de C. canephora e tiveram seus perfis insercionais obtidos, usando os métodos de IRAP e REMAP, em genótipos das espécies progenitoras, C. canephora e C. eugenioides, e do alotetraploide, C. arabica. Perdas de inserções teriam ocorrido no alotetraploide, sendo essas mais significativas em cinco das dez famílias investigadas, e observou-se, ainda, a ocorrência de alterações direcionais nos subgenomas, sendo mais frequentes as ocorridas no subgenoma maternal, C. eugenioides. O presente trabalho contribui para o entendimento da evolução dos LTR-RTs nos genomas, da colonização de novos genomas por esses elementos,... / The evolutionary history of the angiosperms is characterized by its rapid and broad diversification, whose background is due to the action of numerous factors; among them, the transposable elements (TEs) have been considered as one of the most important agents. TEs might compose large portions of the plant genomes, and play an important role in promoting genetic diversity. The aim of this study was to investigate the evolutionary dynamics of active TEs in the Coffea species. In the first chapter, are presented the results of an extensive analysis of the distribution and evolution in plant genomes of a retrotransposon with LTR (LTR-RT), the Copia25. Copia25 is widely distributed in the Rubiaceae family, and is present in distantly related species belonging to the Rosidae and Asteridae subclasses, and the class of monocotyledons. In particular, it was observed an incongruity involving Copia25 sequences of Musa species, a monocot, and Ixora species, a dicot (Rubiaceae), which could be due to horizontal transfer (HT) between these species or their ancestral lineages. Copia25 has a complex evolutionary dynamics in angiosperms, whose history could include conservation sequences, stochastic loss and HT. Ten LTR-RTs were annotated in C. canephora genome and had their insertional profiles obtained, using IRAP and REMAP methods, in genotypes of the parental species, C. canephora and C. eugenioides, and the allotetraploid, C. arabica. Losses of insertions could have occurred in the allotetraploid, these being more significant in five out of ten families studied, and also was observed the occurrence of directional changes in progenitors subgenomes, being more frequent those occurred in maternal subgenome, C. eugenioides. This study contributes to the understanding of the evolution of LTR-RTs within genomes, the colonization of new genomes for these elements as well as its evolutionary dynamics in a newly originated genome / FAPESP: 2011/18226-0 / CAPES: 9127-11-9

Submitted by FLAVIA MARCORIN DE OLIVEIRA null (flaviamarcorindeoliveira@gmail.com) on 2016-06-30T18:11:11Z No. of bitstreams: 1 Flávia Marcorin versão final.pdf: 2914788 bytes, checksum: da4eb36add8e9d52d25649b86df175e1 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-07-04T18:08:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 oliveira_fm_me_rcla.pdf: 2914788 bytes, checksum: da4eb36add8e9d52d25649b86df175e1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-04T18:08:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 oliveira_fm_me_rcla.pdf: 2914788 bytes, checksum: da4eb36add8e9d52d25649b86df175e1 (MD5) Previous issue date: 2016-06-16 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A família Loricariidae é uma das mais diversificadas da ordem Siluriformes, com espécies distribuídas entre sete subfamílias: Hypoptopomatinae, Loricariinae, Hypostominae, Neoplecostominae, Lithogeninae, Delturinae e Ancistrinae. As espécies do gênero Ancistrus Kner, 1854, pertencem à subfamília Ancistrinae, têm mostrado grande variação cariotípica, além de características interessantes do ponto de vista citogenético como a presença de cromossomos sexuais e polimorfismos cromossômicos. Desta forma o objetivo do presente trabalho foi caracterizar os cromossomos de quatro espécies do gênero Ancistrus (Ancistrus sp. 1 “cupim”, Ancistrus sp. 2 “cupim”, Ancistrus sp. “mutuca” e Ancistrus sp. “soberbo”) pertencentes à bacia do Paraguai utilizando técnicas de citogenética clássica e molecular para melhor compreensão da evolução cariotípica dessas espécies. As espécies estudadas apresentaram número diploide variando de 2n=42 a 2n=54, NOR localizadas em regiões pericentroméricas e terminais, além de heteromorfismo de tamanho dessas regiões (NOR) em um dos homólogos nas quatro espécies estudadas. O bandamento C mostrou presença de pouca heterocromatina com exceção das espécies Ancistrus sp. 2 “cupim” e Ancistrus sp. “soberbo” que apresentaram dois blocos grandes de heterocromatina em um par de cromossomos, tanto nos machos quanto nas fêmeas. Um exemplar fêmea da espécie Ancistrus sp. 1 “cupim” também apresentou um bloco grande de heterocromatina em um dos homólogos do par 7, sendo esses resultados indicativos de provável relação entre esses blocos de heterocromatina e a diferenciação de cromossomos sexuais. Os resultados obtidos pela técnica de FISH utilizando sondas de DNAr 18S e 5S mostraram que o DNAr 18S está localizado na mesma região da NOR, o DNAr 5S está distribuído em quatro e cinco pares cromossômicos e o double FISH não mostrou co-localização desses genes. No entanto as espécies Ancistrus sp. 2 “cupim” e Ancistrus sp. “soberbo” mostraram variação nos resultados com marcações de DNAr em blocos de heterocromatina. O uso de sonda telomérica mostrou marcações nos telômeros dos cromossomos das quatro espécies estudadas e marcação pericentromérica em um par de cromossomos da espécie Ancistrus sp. 2 “cupim”. Nossos resultados evidenciam possíveis rearranjos cromossômicos do tipo fusão cêntrica, contribuindo com a redução do número diploide e inversões pericêntricas e paracêntricas resultando na localização dos sítios de DNAr. / The Loricariidae family is one of the most diversified of the Siluriformes order, with species distributed in seven subfamilies: Hypoptopomatinae, Loricariinae, Hypostominae, Neoplecostominae, Lithogeninae, Delturinae and Ancistrinae. The species of the genus Ancistrus Kner, 1854, belong to the subfamily Ancistrinae, have shown great karyotype variation, and interesting features of the cytogenetic point of view as the presence of sex chromosomes and chromosome polymorphisms. Thus the aim of this study was to characterize the chromosomes of four species of Ancistrus genus (Ancistrus sp. 1 "cupim", Ancistrus sp. 2 "cupim", Ancistrus sp. "mutuca" and Ancistrus sp. "soberbo") belonging to Paraguay basin using techniques of classical and molecular cytogenetics to better understand the karyotype evolution of these species. The species showed diploid number ranging from 2n = 42 to 2n = 54, NOR located in pericentomeric and terminal regions, and these regions size heteromorphism (NOR) in one of the homologous in the four species. The C-banding showed the presence of few heterochromatin with the exception of species Ancistrus sp. 2 "cupim" and Ancistrus sp. "soberbo" that had two large blocks of heterochromatin in a pair of chromosomes in both males and females. An exemplary female of the species Ancistrus sp. 1 "cupim" also presented a large block of heterochromatin in one of the pair of 7 homologous, and these results indicating probable relationship between these heterochromatin blocks and differentiation of sex chromosomes. The results obtained by FISH technique using probes 18S rDNA and 5S showed that the 18S rDNA is located in the same region of NOR, the 5S rDNA is distributed in four and five chromosome pairs and double FISH showed colocalization of these genes. However of Ancistrus species sp. 2 "cupim" and Ancistrus sp. "soberbo" showed variation in results with rDNA markings in heterochromatin blocks. The use of telomeric probe showed markings on the telomeres of the chromosomes of four species studied and pericentromeric marking on a pair of chromosomes of the species Ancistrus sp. 2 "cupim". Our results indicate possible chromosomal rearrangements type fusion centric, contributing to the reduction of the diploid number and pericentric inversions and paracentric resulting in the location of rDNA sites. / FAPESP: 2015/05993-3

Submitted by Luis Henrique Souza Aquaroli null (lhsaquaroli@hotmail.com) on 2017-05-18T19:42:26Z No. of bitstreams: 1 Aquaroli_mestrado.pdf: 37441644 bytes, checksum: 5b0142542dce87c70ba479aad34ef4ae (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-05-19T13:31:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 aquaroli_lhs_me_rcla.pdf: 37441644 bytes, checksum: 5b0142542dce87c70ba479aad34ef4ae (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-19T13:31:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 aquaroli_lhs_me_rcla.pdf: 37441644 bytes, checksum: 5b0142542dce87c70ba479aad34ef4ae (MD5) Previous issue date: 2017-03-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Estudos estruturais realizados na região de Laguna, no litoral sul de Santa Catarina, levaram ao reconhecimento de importantes episódios de deformação rúptil tardios a posteriores ao quadro mesozoico de evolução regional. Na região afloram rochas do domínio geológico do Escudo Catarinense, granitos com ocorrência de grande quantidade de diques básicos derivados do magmatismo Serra Geral que afetou a Bacia do Paraná no Juro-Cretáceo, precursores da quebra do supercontinente Gondwana. Os diques são associados a um dos ramos de uma junção tríplice, de direção NNE-SSW, intrusivos em rochas graníticas pré-cambrianas do Batólito Florianópolis e marcados na paisagem por cristas alinhadas nesta direção e paralelos à linha de costa local. Com o auxílio de imagens de SRTM e Landsat 7 ETM+, foram reconhecidos os principais lineamentos estruturais e quatro direções principais de fraturamento NNE-SSW, NW-NE, NE-NW e E-W. Estes lineamentos formam feixes alinhados ou constituem limites de compartimentos geomorfológicos marcados no relevo e na drenagem. Foram caracterizados, através de informações de campo, sistemas de falhas transcorrentes sinistrais e destrais, secundariamente falhas normais com alto ângulo de mergulho, além de algumas falhas inversas localizadas. Apresentam direções principais NNE, NW, NE e E-W, e cortam todo o conjunto rochoso, deformando tanto granitos e quanto diques de diabásio. Pela análise estrutural dos conjuntos de falhas e pela reconstrução de eixos de paleotensões, foram identificados quatro eventos deformacionais rúpteis distintos. O primeiro estágio, interpretado como desenvolvido entre o Neocretáceo e o Paleoceno, originou falhas transcorrentes sinistrais E-W com σ1 na direção NE-SW. Em sequência, foi estabelecido um evento distensivo com σ3 NE/SW, interpretado como associado ao evento distensivo das bacias cenozoicas do Sudeste do Brasil, entre o Paleoceno e o Oligoceno/Mioceno. O terceiro evento formou estruturas transcorrentes sinistrais N-S e Destrais E-W com σ1 posicionado NW-SE, entre o Neógeno e o Quaternário e, por último um evento transpressivo com σ1 na direção próxima a E-W até ENE/WNW, desenvolvido no Quaternário. Esses eventos estão relacionados às fases deformacionais que afetaram toda a borda leste do Brasil no Cenozoico, sendo os dois primeiros eventos relacionados ao desenvolvimento do Sistema de Riftes do Sudeste do Brasil, com distensão NW-SE bem caracterizada entre o Paraná e o Rio de Janeiro, e os últimos eventos relacionados com a deriva e rotação da Placa Sul-Americana e o ajuste desta em relação à Placa de Nazca, apontando para um quadro associado ao regime neotectônico. Feição de destaque local é a grande importância dos sistemas transcorrentes em relação às falhas normais, principalmente considerando que na região o processo de abertura do Oceano Atlântico e de formação da Bacia de Santos foi condicionado por falhas normais distensivas orientadas NNE-SSW. / Structural studies carried out in the region of Laguna, on the southern coast of Santa Catarina, led to the recognition of important episodes of brittle deformation pointing to late to post-Mesozoic regional evolution. In the region outcrop rocks of the Catarinense Shield geological domain, with a great number of basic dykes derived from the Serra Geral magmatism that affected the Paraná Basin in the Jurassic-Cretaceous times, precursors of the supercontinent Gondwana break-up. The dikes are associated to the NNE-SSW branch of a regional triple junction, they are intrusive in Precambrian granitic rocks of the Florianópolis Batolith and they are marked in the landscape by aligned ridges in this direction and parallel to the local coastline. With the use of SRTM and Landsat images, the principal structural lineaments and four main directions of NNE, NW, NE and E-W fracture were recognized. These lineaments form aligned clusters or constitute limits between geomorphological compartments marked in the relief and drainage patterns. Through field information, sinistral and destral transcurrent fault systems were characterized, secondly accompanied by steep normal faults as well as some localized inverse faults.They present the main directions NNE, NW, NE and E-W and cut the whole rocky set, deforming both granites and diabase dikes. By the structural analysis of the fault sets and by the paleostress reconstructions, four different deformational events were identified. The first stage, interpreted as developed between the Neocretaceous and the Paleocene, originated E-W sinistral transcurrent faults with σ1 in the NE-SW direction. In sequence, a distensive event was established with σ3 NE / SW, interpreted as associated to the distensive event of the Cenozoic basins of Southeastern Brazil, between the Paleocene and the Oligocene / Miocene. The third event formed sinistral N-S and dextral E-W structures with σ1 positioned NW-SE, during Neogene and Quaternary, and finally a transpressive event with σ1 in the direction close to E-W to ENE/WNW developed in the Quaternary. These events are related to the deformational phases that affected the entire eastern border of Brazil in the Cenozoic, being the first two events related to the development of the Riftes System of the Southeast of Brazil, with a well characterized NW-SE distensive event between Paraná and Rio de Janeiro, and the last events are related to the drift and rotation of the South American Plate and the its adjustment in relation to the Nasca Plate, pointing to a brittle framework associated with the neotectonic regime. Local highligth for the great importance of transcurrent systems in relation to normal faults, especially considering that in the region the process of opening of the Atlantic Ocean and formation of the Santos Basin was conditioned by NNE-SSW oriented distensive normal faults.

Orientador: Diogo Cavalcanti Cabral de Mello / Coorientador: Vilma Loreto da Silva / Banca: Dardo Andrea Martí / Banca: Cesar Martins / Resumo: O spliceossomo é responsável pela maturação do RNAm através da remoção dos íntrons. Essa maquinaria é formada por um conjunto de proteínas associadas aos pequenos RNAs nucleares (RNAsn). Entre os genes de RNAsn, o U1 RNAsn é uma sequência conservada de 165 pb repetidas em tandem. A fim de contribuir para o entendimento da dinâmica cromossômica e genômica das famílias multigênicas em gafanhotos os genes de RNAsn U1 foram mapeados através da hibridização in situ fluorescente (FISH) em 71 espécies de gafanhotos pertencentes as famílias Proscopiidae, Pyrgomorphidae, Ommexechidae, Romaleidae e Acrididae. Além disso, a organização genômica dessa sequencia foi analisada usando como referência o genoma de Eyprepocnemis plorans sequenciado através do método 454. Foi observada uma grande conservação de clusters de DNAsn U1 localizados principalmente em pares de autossomos (nº 3 ou 4) nas primeiras quatro famílias. Em contraste, extensiva variação foi observada nas espécies de Acrididae, com um único par de cromossomos carregando DNAsn U1 a todos os pares de cromossomos portando a sequência, com a ocorrência de dois ou múltiplos clusters no mesmo cromossomo. No genoma de E. plorans cinco distintas linhagens foram observadas com distintos padrões de variação além da associação de DNAsn U1 com elementos de transposição e DNAr 5S. Esses resultados são discutidos focando os possíveis mecanismos de dispersão dos clusters desse gene, que aparentemente seguiu distintos caminhos de dispersão nas várias famílias e subfamílias analisadas. Este é o estudo mais abrangente sobe mapeamento por FISH até então realizado em gafanhotos e outros organismos, estudando 71 espécies pertencentes a cinco famílias, fornecendo assim importantes informações lançando luz na evolução cromossômica/genômica dessa família gênica pelo uso combinado de dados cromossômicos e genômicos / Abstract: The spliceosome is responsible for mRNA maturation through intron removal. This machinery is formed by a protein set associated to small nuclear RNA (snRNA). Among the snRNA genes, the U1 snRNA is, in general, a conserved 165 bp tandemly arrayed repetitive sequence. Aiming to contribute to the understanding of chromosome and genome dynamics of multigene families in grasshoppers we mapped the U1 snRNA genes by Fluorescent in situ Hybridization (FISH) in 71 grasshopper species belonging to the families Proscopiidae, Pyrgomorphidae, Ommexechidae, Romaleidae and Acrididae. Moreover we analyzed the genomic organization for this sequence using as reference the sequenced genome through 454 of Eyprepocnemis plorans. High conservation of snDNA clusters mainly located on autosome pairs (no. 3 or 4) was observed in the first four families. In contrast, extensive variation was observed in Acrididae species, from a single chromosome pair carrying U1 snDNA to all chromosome pairs carrying them, with occurrence of two or multiple clusters in the same chromosomes. In the genome of E. plorans five distinct lineages were observed with distinct patterns of variability and association of U1 snDNA with transposable elements and 5S rDNA was also noticed. These results are discussed focusing the possible mechanisms of spread of this gene cluster, which apparently seems to have followed different ways of dispersion in the several families and subfamilies analyzed in here. This is the most comprehensive study on FISH mapping hitherto performed in grasshoppers and other organisms by studying 71 species from five families and has thus provided valuable information shedding light in the chromosomal/genomic evolution of this gene family by combined use of chromosomal and genomic data / Mestre

Orientador: Carmem Maria Andreazza / Banca: Amaury Augusto de Almeida / Banca: Emanuel Fernandes de Lima / Resumo: Compostos contendo alumínio foram observados em envelopes de estrelas em estágios avançados de evolução. Os principais processos químicos responsáveis pela formação dessas espécies em tais ambientes são pobremente conhecidos. Um dos possíveis mecanismos de formação é a associação radiativa, cujos coeficientes de taxa de formação são desconhecidos. Nesse sentido, foram calculados os coeficientes de taxa de formação dos compostos AlO, AlF, AlCl e AlN. Para tanto, foi utilizado o método semi-clássico de Bates, aplicado a colisões que envolvem reagentes pesados. Dentre os compostos analisados, a formação do AlF por associação radiativa tende a ser mais rápido que a dos demais, enquanto que a formação do AlN é a mais lenta / Abstract: Aluminum-containing compounds were observed in envelopes of stars in advanced stages of evolution. The main chemical processes responsible for formation of these species in such environments are poorly known. One possible formation mechanism is the radiative association, whose rate coefficients of formation are unknown. Accordingly, we calculated the rate coefficients of formation of AlO, AlF, AlCl and AlN compounds. For this purpose, we used Bates semi-classical method, applied to collisions involving heavy reagents. Among the compounds analyzed, the formation of AlF by radiative association tends to be faster than the others, while the formation of AlN is the slowest / Mestre

Orientador: Tadashi Yokoyama / Banca: Rodney da Silva Gomes / Banca: Nelson Callegari Junior / Resumo: Segundo Tsiganis et al (2005), no modelo de Nice os satélites regulares dos planetas gigantes seriam imunes aos efeitos da migraçãao sendo que os irregulares em geral seriam ejetados. Uma demonstraçãao clara e os cálculos que levam a isso, não são conhecidos. Neste trabalho estudaremos este problema, em especial para os casos dos sistemas de Urano e Saturno. Usamos o código de Gomes et al (2005) e tal com em Yokoyama et al (2008), o efeito do Sol e do achatamento do planeta será tomado, incluindo agora o disco planetesimal e a interação mútua dos satélites regulares. Os encontros próximos entre os satélites e planetesimais são tratados tal como em Nogueira (2008). Investigamos a possibilidade de existência de uma distância limite tal que satélites interiores a este limite resistam às instabilidades da migração. Neste sentido observa-se que Oberon e Titan, em geral, são os mais distantes (últimos) satélites que resistem á migração. Assim, em geral os objetos irregulares não resistem à migração. Por outro lado, as simulações mostram que embora os atuais satélites regulares sejam de fato primordiais, eventualmente podem ocorrer significativas instabilidades nesta região, que poderiam causar ejeção de algum satélite regular. Como resultado natural dos vários encontros, algumas capturas de satélites irregulares ocorrem. Neste sentido, um breve estudo de satélites capturados é mostrado / Abstract: According to Tsiganis et al (2005), in the Nice model, the regular satellites of the giant planets would be immune under the effects of the migration while the irregular ones would be ejected. A clear demonstration and the simulations showing that are not known. In this work we study this problem, in special for the cases of Uranus' and Saturn's systems. We use Gomes' code (GOMES et al,2005) and as in Yokoyama et al(2008), the effect of the Sun and of the oblateness of the planet are taken, but now including the planetesimal disk and the mutual interaction of the regular satellites. The close encounters between the satellites and the planetesimals are taken as in Nogueira (2008). We investigate the possibility of the existence of a limit distance such that satellites within this limit, resist the instabilities of the migration. In this sense we observe that, in general, Oberon and Titan are the outermost (last) that resist to the migration. Therefore, in general the irregular objects do not resist the migration. On the other hand, the simulations also show that although the current regular satellites are indeed primordial, eventually, some significant instabilities can occur in their region, leading to a possible ejection of some regular satellite. As a natural result of the several encounters, some captures of the irregular satellites occur. In this sense, a brief study of the captured satellites is shown / Mestre

Orientador: Claudia Marcia Aparecida Carareto / Orientador: Alexandre de Kochko / Coorientador: Romain Guyot / Banca: Maura Helena Manfrin / Banca: Diana Fernandez / Banca: Gustavo Kuhn / Banca Maria Pilar Garcia Guerreiro / Resumo: A história evolutiva das angiospermas é marcada por rápida e ampla diversificação, cujo background deve-se à ação de numerosos fatores; dentre esses, os elementos de transposição (TEs) têm sido considerados como um dos agentes mais importantes. TEs podem compor grandes porções do genoma de plantas e, dessa forma, desempenhar um papel importante na promoção da diversidade genética. O objetivo deste estudo foi investigar a dinâmica evolutiva de TEs ativos em espécies do gênero Coffea. Uma ampla análise da distribuição e evolução de um retrotransposon com LTR (LTR-RT), o elemento Copia25, foi realizada em genomas de plantas. Copia25 é amplamente distribuído na família Rubiaceae, e, está presente em espécies distantemente relacionadas pertencentes às subclasses Asteridae e Rosidae, e à classe das monocotiledôneas. Em particular, foi observada uma incongruência envolvendo sequências Copia25 de espécies do gênero Musa, uma monocotiledônea, e do gênero Ixora, uma dicotiledônea (Rubiaceae), que seria devido a um evento de transferência horizontal (HT) entre essas espécies ou entre suas linhagens ancestrais. Copia25 apresenta dinâmica evolutiva complexa em angiospermas, cuja história incluiria conservação de sequências, perdas estocásticas e HT. Dez LTR-RTs foram anotados no genoma de C. canephora e tiveram seus perfis insercionais obtidos, usando os métodos de IRAP e REMAP, em genótipos das espécies progenitoras, C. canephora e C. eugenioides, e do alotetraploide, C. arabica. Perdas de inserções teriam ocorrido no alotetraploide, sendo essas mais significativas em cinco das dez famílias investigadas, e observou-se, ainda, a ocorrência de alterações direcionais nos subgenomas, sendo mais frequentes as ocorridas no subgenoma maternal, C. eugenioides. O presente trabalho contribui para o entendimento da evolução dos LTR-RTs nos genomas, da colonização de novos genomas por esses elementos,... / Abstract: The evolutionary history of the angiosperms is characterized by its rapid and broad diversification, whose background is due to the action of numerous factors; among them, the transposable elements (TEs) have been considered as one of the most important agents. TEs might compose large portions of the plant genomes, and play an important role in promoting genetic diversity. The aim of this study was to investigate the evolutionary dynamics of active TEs in the Coffea species. In the first chapter, are presented the results of an extensive analysis of the distribution and evolution in plant genomes of a retrotransposon with LTR (LTR-RT), the Copia25. Copia25 is widely distributed in the Rubiaceae family, and is present in distantly related species belonging to the Rosidae and Asteridae subclasses, and the class of monocotyledons. In particular, it was observed an incongruity involving Copia25 sequences of Musa species, a monocot, and Ixora species, a dicot (Rubiaceae), which could be due to horizontal transfer (HT) between these species or their ancestral lineages. Copia25 has a complex evolutionary dynamics in angiosperms, whose history could include conservation sequences, stochastic loss and HT. Ten LTR-RTs were annotated in C. canephora genome and had their insertional profiles obtained, using IRAP and REMAP methods, in genotypes of the parental species, C. canephora and C. eugenioides, and the allotetraploid, C. arabica. Losses of insertions could have occurred in the allotetraploid, these being more significant in five out of ten families studied, and also was observed the occurrence of directional changes in progenitors subgenomes, being more frequent those occurred in maternal subgenome, C. eugenioides. This study contributes to the understanding of the evolution of LTR-RTs within genomes, the colonization of new genomes for these elements as well as its evolutionary dynamics in a newly originated genome / Doutor

Made available in DSpace on 2015-01-10T01:01:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000464432-Texto+Completo-0.pdf: 2383067 bytes, checksum: cc128c43cda8d1c90dce72a6e6ddab11 (MD5) Previous issue date: 2014 / Evolutionary materialism is a proposal for a naturalistic metaphysics that seeks to combine the immanent teleology of Hegelian dialectics with non-teleological historicity of Darwinian evolution. Drawing upon more in biology than in physics to develop a general ontology, it discards the postulates of classical atomistic materialism to produce a new image of nature, one that is compatible with the objective existence of normativity and intentionality, facilitating an articulation between image manifest and scientific image. Evolutionary materialism attempts to understand subjectivity as natural reality, and to think how it is possible that it evolved over time out of a non-mental physical world. It seeks to understand the intelligence and rationality as a result, not as principles - as late and contingent products of a natural history. In order to do that, we mobilize theoretical tools from dialectical philosophy and from contemporary biology, and thus build a conceptual framework rich enough to allow for the naturalization of agency. Our goals are: 1) to argue that it is no longer possible to make progress on some classic questions of philosophy without a serious engagement with the natural sciences, 2) to show that there is a continuous historical line from Kant, through Hegel and the dialectical materialism, to recent scientific proposals that characterize life by its circular organization, and 3) to demonstrate that the formula Hegel + Darwin remains relevant and fruitful as the basis for a creative materialism, a research program seeking to naturalize the subject without eliminating it. / O materialismo evolutivo é uma proposta de metafísica naturalista que busca combinar a teleologia imanente da dialética hegeliana com a historicidade não-teleológica da evolução darwiniana. Inspirando-se mais na biologia do que na física para desenvolver uma ontologia geral, descarta os postulados atomistas do materialismo clássico para produzir uma nova imagem da natureza, uma que seja compatível com a existência objetiva da normatividade e da intencionalidade, facilitando a articulação entre imagem manifesta e imagem científica. O materialismo evolutivo se propõe a compreender a subjetividade como realidade natural, e como é possível que ela tenha evoluído ao longo do tempo a partir do mundo físico não-mental. Procura-se compreender a inteligência e a racionalidade como resultados, não como princípios – como produtos tardios e contingentes de uma história natural. Para tanto, são mobilizados os instrumentos teóricos da filosofia dialética e da biologia contemporânea para montar um quadro conceitual rico o suficiente para permitir a naturalização da agência. Nossos objetivos aqui são: 1) defender que não é mais possível progredir em algumas questões clássicas da filosofia sem um engajamento sério com as ciências naturais, 2) mostrar que há uma linha histórica contínua que vai de Kant, passando por Hegel e pelo materialismo dialético, até às recentes propostas científicas de caracterizar a vida por sua organização circular, 3) demonstrar que a fórmula Hegel + Darwin permanece atual e frutífera como base de um materialismo criativo, um programa de pesquisa que pretenda naturalizar o sujeito sem eliminá-lo.

Made available in DSpace on 2013-08-07T18:49:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000426902-Texto+Completo-0.pdf: 558822 bytes, checksum: ccb81b605bdf2a475483dbf53f1e1b1d (MD5) Previous issue date: 2010 / The goal of those two papers is to show some aspects of the debate about the variables and the mechanism that determine and improves the countries‘ economic growth. The attention about this topic is justified because the economic growth may improve the welfare the long run. The first paper makes a retrospective of this talk since the preclassical era of Economics and the second one shows an evolutionary view of this subject. It was identified that more and more the question of knowledge becomes relevant in understanding the mechanisms that drive economic growth and that, using the evolutionary perspective, growth crucially depends on the capabilities of each country to innovate and transform continuously. It is shown that there are convergence and continuity in certain points, while there are divergence and rupture in others, between the evolutionary economics and other approaches. / O objetivo dos dois ensaios que fazem parte desta dissertação é apresentar parte do debate sobre as variáveis e os mecanismos que determinam e dinamizam o crescimento econômico dos países. A atenção sobre este tema se justifica porque o crescimento econômico no longo prazo possibilita melhorias no bem estar da população. O primeiro artigo faz uma retrospectiva desta discussão desde fase pré-clássica da economia e o segundo mostra a visão evolucionária do tema. Foi identificado que cada vez mais a questão do conhecimento ganha relevância na compreensão dos mecanismos que impulsionam o crescimento econômico e que na perspectiva evolucionária o crescimento dependeria crucialmente das condições de cada país de inovar e se transformar continuamente. Na conclusão são mostrados certos pontos onde existe convergência ou continuidade, e outros onde há divergência ou ruptura entre a economia evolucionária e outras abordagens.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-07-16Bitstream added on 2014-06-13T20:20:38Z : No. of bitstreams: 1 araujo_ogs_me_rcla.pdf: 3426864 bytes, checksum: d4e6ef0b83f1afba0b03382faceed554 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O estudo comparativo da ontogenia fornece dados que podem servir tanto para elucidar alguns dos mecanismos de evolução, como para realizar reconstruções filogenética, principalmente porque permite a observação da diferenciação morfológica e temporal durante o desenvolvimento. O estudo das modificações do processo de ontogenia também fornece dados relativos aos processos de especiação. Neste sentido, os anfíbios podem ser considerados os melhores modelos para o estudo de ontogenia. Como eles têm embriões geralmente de vida livre, a aquisição da série de desenvolvimento necessário é relativamente fácil, quando comparado com qualquer outro animal vertebrado. Entre os anuros, por causa da diversidade de modos reprodutivos (que inclui desenvolvimento direto), os pipídeos oferecem uma rara oportunidade de investigar como o cuidado parental pode ter influenciado o desenvolvimento geral e, em particular, as rotas de desenvolvimento do esqueleto. Além disso, a família Pipidae também é um ramo que se diferenciou relativamente cedo na árvore de vida dos anfíbios anuros. Esta família apresenta uma combinação única de características plesiomórficas e exclusivamente derivadas, algumas das quais parecem representar adaptações a um estilo de vida aquático. O presente estudo descreve o desenvolvimento do crânio de Pipa arrabali e compara os dados disponíveis para outras espécies do grupo, incluindo outros Pipidae e Xenoanura. Para as análises morfológicas, foram utilizados 51 embriões em diferentes estágios de desenvolvimento. Para observar as estruturas esqueléticas os espécimes foram diafanizados e corados com uma técnica de dupla coloração para diferenciação de cartilagem e osso. O condrocrânio desta espécie é caracterizado pela redução ou ausência de várias estruturas, com uma concentração destas modificações nas regiões etmoidal e anterior. Quando comparado com outras espécies, parece óbvio / The study of comparative ontogeny provides data that can serve both, to elucidate some of the mechanisms of evolution and phylogenetic reconstruction, mainly because it allows for the observation of morphological and temporal differentiation during development. The study of modifications of ontogenic process also permits that data relating to the process of speciation be observed. In this regard, frogs may be considered the best models for the study of ontogeny. As they generally have free living embryos, the acquisition of the necessary developmental series is relatively easy, when compared with many other vertebrates. Amongst frogs, because of the diversity of reproductive modes (which includes direct developers), pipids offer a rare opportunity to investigate how parental care may have influenced development in general and skeletal developmental pathways in particular. Besides, the family Pipidae is also a relatively early offshoot of the anuran tree of life, presenting a unique combination of plesiomorfic characteristics and exclusive derived characteristics, some of which seems to represent adaptations to an aquatic lifestyle. Here in, I describe the development of the cranium of Pipa arrabali and compare the data available to other species in the group, including other Pipidae and Xenoanura. For the morphological analyses, I used 51 embryos in different developmental stages. To observe the skeletal structures the specimens were cleared and double stained for cartilage and bone differentiation. The chondrocranium of this species is characterized by several reductions or absence of structures, with a concentration of these modifications in the ethmoidal and anterior regions. When compared to other species, it seems obvious that heterocrony is a pervasive mechanism for the ontogenetic modifications observed