O conceito de homologia similaridade entre partes com ancestralidade comum é um dos mais importantes conceitos dentro das análises evolutivas. Desde a sua origem, muitas definições que diferem na definição e na aplicação foram propostas. A presente dissertação tem como objetivo reconstruir a história da homologia para esclarecer teoricamente os debates modernos. Após esta historiografia, foi feita uma análise filomemética dos principais autores que discutiram a teoria e a prática do conceito. E, por último, foi feita uma discussão teórica do papel da homologia dentro da sistemática filogenética, abordando as principais discussões atuais. Os resultados demonstram que é possível esclarecer algumas discussões através da análise histórica do conceito sob a perspectiva da teoria da evolução. A análise filomemética reconstruiu os grupos de autores de acordo com suas escolas e propostas sobre a homologia. A análise teórica do conceito na metodologia filogenética evidencia que o conceito de homologia é equivalente ao conceito de sinapomorfia e uma nova visão sobre a relação de ausências, homoplasias e homologias é proposta. A discussão sobre as nomenclaturas e definição do conceito de homologia demonstra que as terminologias homologia primária e secundária são as melhores propostas para representar a relação da origem e legitimação de homólogos. Uma crítica às análises filomeméticas conceituais é feita. / The concept of homology similarity between parts due to common ancestrality is one of the most important concept in evolutionary analysis. Since it origin, many definitions which differ on definition and application were proposed. This dissertation has as the main goal reconstruct the history of homology to clarify theoretically the modern debates. After this historiography, was made a phylomemetic analysis of main authors that discussed the theory and pratics of homology concept. Lastly, was made a discussion on the importance of the role of homology in phylogenetic systematics, approaching actual discussions. The results support that is possible to clarify some discussions through historical analysis of this concept with an evolutionary background. The phylomemetic analysis reconstruct groups of author accordingly to their methodological schools and propositions. The historical analysis of the concept in phylogenetic analysis evidence that homology concept is equivalent to synapomorphy and a new look into the relation of absence, homoplasy and homology is proposed. The discussion on nomenclatures and definition of the concept of homology support that primary and secondary homology are the best proposition to represent the relation of origin and legitimation of homologs. A criticism to phylomemetic analysis is pointed.

Esta tese de doutorado versa sobre relações filogenéticas, evolução e biogeografia das espécies do gênero Ramphastos, representado pelos tucanos. / This PhD thesis is about phylogenetics, evolution and biogeography of the species of the genus Ramphastos (toucans).

A integração morfológica refere-se à organização modular das relações e conexões entre os caracteres, a qual influencia a direção e velocidade da mudança evolutiva, seja restringindo ou facilitando esta ao longo das diferentes direções do morfoespaço. Desta forma, a descrição de padrões e magnitudes de integração e a análise de suas conseqüências evolutivas são aspectos centrais do estudo da evolução de morfologias complexas. Aqui analisamos a integração morfológica no crânio de diferentes famílias de mamíferos, abordando as seguintes questões. Existem padrões de integração comuns a todos os grupos? Seriam esses padrões compatíveis com hipóteses a priori baseadas em ontogenia e função compartilhadas? Que tipos de respostas evolutivas á seleção poderiam ser produzidas por estes padrões? Para isso, digitalizamos representantes de 20 ordens e 40 famílias de mamíferos e então estimamos as matrizes de correlação e variância/covariância correspondentes, comparando-as entre si. Também comparamos cada um dos padrões de integração estimados a hipóteses a priori baseadas em ontogenia e função compartilhadas. Por fim, analisamos as repostas de cada uma das matrizes V/CV a vetores de seleção simulados. Nossos resultados apontam para um padrão de integração amplamente compartilhado entre todas as famílias, indicando que a diversidade morfológica deste grupo foi produzida usando uma estrutura de covariação compartilhada, a qual se manteve similar durante pelo menos 65 milhões de anos. Comparações com uma matriz V/CV genética de roedores sugerem que esta similaridade se estende aos fatores genéticos subjacentes à variação fenotípica. Diversos módulos funcionais/ontogenéticos foram detectados nos táxons amostrados. A principal diferença entre os grupos foram observadas nas magnitudes de integração: as famílias de metatérios e duas das famílias de roedores apresentaram alto nível de integração geral e módulos pouco distintos, enquanto as famílias de primatas e quirópteros apresentaram o padrão de inverso. Nossos dados fornecem evidência de que a evolução da morfologia craniana em mamíferos pode ser vista como marcada por alterações no nível de integração entre caracteres, na qual os módulos ficaram mais evidentes. A consequência evolutiva retirada destas observações foi a de que as linhagens e famílias com menor integração são menos restritas, do ponto de vista evolutivo, e capazes de lidar com pressões seletivas com maior flexibilidade. / Morphological integration refers to the modular structuring of intertrait relationships in an organism, which could bias the direction and rate of morphological change, either constraining or facilitating evolution along certain dimensions of the morphospace. Therefore, the description of morphological integration patterns and its magnitude and the analysis of their evolutionary consequences are central to understand the evolution of complex traits. Here we analyze morphological integration in the skull of several mammalian orders, addressing the following questions: are there common patterns of inter-trait relationships? Are these patterns compatible with hypotheses based on shared development and function? What kind of responses to evolutionary forces could be generated by these patterns? We digitized more than 2000 specimens in 20 mammalian orders and 40 families. We then estimated the correspondent correlation and covariance matrices among traits and compared those matrices among the families. We also compared observed patterns of integration to theoretical expectations based on common development and function. Finally, we analyzed the responses of each covariance matrix to simulated selection vectors. Our results pointed to a largely shared pattern of inter-trait correlations, implying that mammalian skull diversity has been produced using a common covariance structure that remained similar for at least 65 million years. Comparisons with a rodent genetic variance/covariance matrix suggest that this broad similarity extends also to the genetic factors underlying phenotypic variation. Several morphological modules expected from shared development and function were detected in the mammalian taxa studied. The main differences among groups were found for the magnitudes of integration: metatherians and two rodent families presented higher overall levels of integration and reduced modular distinctiveness ,while primates and chiropterans exhibited the opposite pattern. Our data constitute evidence that the broad picture of mammalian skull evolution could be regarded as a history of inter-module disintegration, while the modules themselves became more clearly marked. The evolutionary implication of these findings is that groups with lower overall integration are less evolutionarily constrained, and are able to cope with selection with more flexibility.

Um dos maiores desafios em estudos de genética de populações é a diferenciação entre os sinais de diversidade genética resultantes de efeitos estocásticos dos sinais de seleção natural. Neste trabalho, o objetivo central foi inferir a história evolutiva, em termos de demografia e seleção natural, do MHC e alguns de seus genes HLA de classe II (HLA-DRB1, -DQB1 e -DPB1). A primeira estratégia usada foi sequenciar os referidos genes em 14 populações ameríndias e, em conjunto com dados já publicados em outras populações ameríndias e não ameríndias, contrastou-se sua distribuição de alelos, diversidade genética intra e interpopulacional e testes de neutralidade com as mesmas estatísticas obtidas a partir de 54 STR genômicos genotipados para estas mesmas populações. Em nossos resultados verificamos: a) a maior variabilidade dos genes HLA em relação aos STR, b) a menor variabilidade de ameríndios se comparados com não ameríndios e c) correlação das estimativas de FST obtidas de STR com as obtidas dos genes HLA. Esses resultados indicam a ação da demografia como principal responsável pelos padrões encontrados. No entanto, outras evidências sugerem um padrão de diversidade genética que não pode ser explicado por mera ação do acaso, como por exemplo: a) o grande número e dispersão geográfica de alelos privados e/ou mais prevalentes em ameríndios (vinte vezes mais frequentes) para HLA-DRB1, b) a não correlação das estimativas de diversidade genética intrapopulacional obtidas de genes HLA com as obtidas de STR, c) os maiores valores de FST para genes HLA em comparação com o FST de STR e a d) ausência de correlação dos valores de D de Tajima (para HLA) com a estimativa &beta; (para STR). Assim, apesar da grande influência de fatores estocásticos, os sinais de seleção natural são perceptíveis. A segunda abordagem investigou sinais de seleção recente na região do MHC na população miscigenada de Belém do Pará (n=202), utilizando como ferramenta a comparação entre os componentes de ancestralidade estimados para a região do MHC (com sete STR) com os observados no restante do genoma (54 STR) para detecção de desvios na ancestralidade das populações parentais. As proporções de ancestralidade média para os STR em Belém (africana= 0,19, europeia= 0,51 e ameríndia=0,30), foram diferentes das estimadas para os marcadores do MHC (africana= 0,23, europeia= 0,67 e ameríndia=0,11), sendo as diferenças entre as estimativas ameríndia e europeia significativa (Wilcoxon; p<0,0001). Além disso, os valores de FST observados eram maiores entre Belém e Ameríndios, considerando-se os STR do MHC. É possível concluir, portanto, que foi observada uma perda de componente genético ameríndio na região do MHC durante o processo de miscigenação, quando contrastarmos com as estimativas genômicas, sugerindo ação de seleção natural recente. Em conjunto, nossos resultados mostram que tanto a seleção natural como a demografia moldaram a variação genética em genes HLA, e que usando métodos apropriados, incluindo o mapeamento por miscigenação, eventos de seleção natural que ocorreram em escalas de tempo recentes podem ser detectados / One of the greatest challenges on the Genetics Populations Studies is the differentiation among the resulting genetic signs of diversity from the stochastic signs of natural selection. On the present study, the main objective was inferring the evolutive history, in terms of demography and natural selection, from the MHC and some of its HLA class II genes (HLA-DRB1, -DQB1 e -DPB1). The first strategy used was sequentiating the referred genes in 14 Amerindian populations and, in conjunction with data already published in other Amerindian and non-Amerindian populations, we have contrasted its distribution in alleles, intra and inter-populational genetic diversity and neutrality tests with the same statistics obtained from 54 STR genomics genotyped for these same populations. In our results we have verified: a) greater variability of the HLA genes in relation to the STR, b) greater variability of Amerindians, if compared to non-Amerindians and c) correlation of the estimates of FST obtained from STR with the ones obtained from the HLA genes. These results indicate the demography action as the main responsible for the found patterns. However, other evidences suggest a pattern of genetic diversity that can\'t be explained only by chance, as for example: a) the great number and geographic dispersion of the private alleles and/or more prevalent in the Amerindians (twenty times more frequent) for HLA-DRB1, b) a non-correlation of the estimates on interpopulational genetic diversity obtained from HLA genes with the ones obtained from STR, c) greater values of FST for the HLA genes, in comparison with the FST of STR and d) absence of correlation on the D values of Tajima (for HLA) with &beta; estimates (for STR). So, despite the great influence of stochastic factors, the signs of natural selection are perceptible. The second approach investigated signs of recent selection in the MHC region of the admixture population of Belém do Pará (n=202), using as tool the comparison between the ancestrality components estimated for the MHC region (with seven STR) with the ones observed on the remaining genome (54 STR) for the detection of deviations on the ancestrality of the parental populations. The medium ancestrality proportions for the STR in Belém (African=0,19, European=0,51 and Amerindian=0,30), was different from the estimates for the MHC markers (African=0,23, European=0,67 and Amerindian=0,11), being significative the differences between Amerindian and European estimates (Wilcoxon; p<0,0001). Furthermore, the FST values observed were greater between Belém and the Amerindians, considering the STR from the MHC. It\'s then possible to get to the conclusion that a loss in Amerindian genetic component was observed in the MHC region during the miscegenation process, when contrasted with the genomic estimates, suggesting recent action of natural selection. In whole, our data show that even natural selection as demography have molded the genetic variation in the HLA genes, and by using the appropriated methods, including the miscegenation mapping, natural selection events occurred in recent time scales can be detected

Inicialmente, expusemos como feições geomorfológicas e medições visuais de onda, apresentadas em trabalhos anteriores, apontam para a possível existência de gradientes de energia de onda ao longo da costa sobre a Plataforma Continental Sul (PCS). Examinamos também as condições atmosféricas da PCS e encontramos que oscilações intrasazonais podem não somente modular diretamente os ventos e a pressão como também indiretamente modular o período e amplitude dos eventos de escala sinótica. Uma boa correlação entre a pressão e o índice da oscilação sul foi encontrada em escala de tempo interanual, atestando a modulação pelo ENSO. Em seguida, após descrever os dois modelos utilizados, as grades e as configurações, o presente estudo avaliou a validação dos resultados do modelo em escala de bacia versus a altimetria orbital e a validação dos resultados do modelo regional versus os dois dados de ondógrafo disponíveis sobre a PCS, discutindo o quanto o modelo reproduz a realidade local. Excluindo-se os erros localizados, os resultados de altura sig. do modelo WW3 na grade global e na grade do Atlântico Sul pode ser considerado como em muito boa concordância com as observações, apresentando semelhanças notáveis com os dados de altimetria. Em relação à modelagem regional, tanto a altura sig. quanto os períodos de pico como obtidos na grade de plataforma foram considerados como em boa concordância com as observações. As direções de pico, no entanto, foram classificados como pobre concordância. No entanto, as ondas de S ou SSE foram bem reproduzidas e são as ondas de ESE que foram erradamente representadas como E ou ENE pelo modelo. Os resultados na grade costeira também foram considerados como em muito bom acordo com observações para altura sig. e períodos de pico, mas apresentaram os mesmos conflitos sobre direções de pico. Acreditamos que essas ondas E ou ENE já foram produzidas de forma incorreta pelo modelo WW3 e em seguida transferidas através das condições de contorno. O aumento da resolução certamente desempenhou um papel e não pode ser descartada, uma vez que mostra melhores estatísticas e maior variabilidade dos resultados, mas foi a redução de atrito que representou a maior melhoria nas simulações da grade costeira. Por fim, utilizamos nossos resultados do modelo para mostrar como o bloqueio das ondas geradas pelos ventos de oeste pela América do Sul, caracterizando as plataformas do oeste do Atlântico Sul com um clima de ondas de baixa energia. Períodos de pico médios mais baixos foram encontrados sobre a PCS indicando duas regiões de geração de ondas. Em seguida, mostramos exemplos de ondas extremas induzidas por ciclones. Condições pré e pós-frontais particulares também foram mostradas para caracterizar as mudanças nas direções de onda em escala sinótica. Os espectros médios costa afora mostraram uma predominância das ondas S/SSW com um pico de energia secundária composta por ondas ENE/E, corroborando com a afirmação de que a PCS é essencialmente bimodal em direções de onda. A potência das ondas S/SSW diminui para o norte e das ondas ENE/E secundariamente diminui para o sul, o que nos permite afirmar que a PCS esta localizada entre a influência dos ventos de oeste e ciclones e a influência da Alta do Atlântico Sul. A distribuição interanual mostrou períodos distintos de ascensões da energia das ondas ENE/E e ESE, que são moduladas pelo ENSO. A distribuição intra-anual mostrou um núcleo de ondas S/SSW ocorrendo centrado no inverno entre abril e setembro. Há também um núcleo ENE/E que ocorre durante as primaveras em oposição as potências mais baixas encontradas durante o inverno. Máximas ondas de SE ocorrem durante abril e maio e, secundariamente, durante a primavera e estão associadas com os ciclones. Gradientes de energia de ondas junto à costa já são vistos na grade de plataforma, com maior energia localizada ao largo de ambos os cabos e da projeção costeira norte e apenas secundariamente ao largo da projeção costeira sul. Por outro lado, mínimo de energia é encontrado entre as projeções costeiras em Rio Grande e, secundariamente, entre os cabos e projeções costeiras. As declividades da plataforma média e externa não são refletidas nesse padrão de energia. Mais perto da costa, no entanto, em profundidades menores de 40 m o padrão de energia segue os contornos batimétricos após uma queda considerável da energia causada por atrito. Com base nestes resultados, sugere-se a profundidade de 40 m como o nível base de ondas dos dias de hoje e, consequentemente, o limite inferior da antepraia. O aumento da resolução na grade costeira permitiu-nos reconhecer que a energia das ondas possui uma relação mais direta com a largura da antepraia. Além disso, permitiu uma separação geomorfológica clara entre a enorme antepraia inferior e as maiores declividades da pequena antepraia superior e banco do Albardão. A energia das ondas na antepraia superior varia abruptamente ao longo da costa, diminuindo da metade norte para a metade sul, em uma relação clara com as declividades da plataforma média. Assim, a herança geológica expressa através da largura da antepraia e das declividades da plataforma média poderia ser mais importante para gerar variabilidade de onda do que as próprias variações de onda costa afora ao longo da costa. Uma refração quase completa é observada entre os espectros bimodais costa afora e os espectros na antepraia superior que foram encontrados principalmente como ondas ESE/SSE com maior importância da onda SE e em um espectro quase unimodal. Esses resultados mostram como a grande e rasa antepraia da PCS é responsável por uma refração intensa das ondas, forçando-as a aproximar-se do sistema praial com pequenos ângulos de ataque. Além disso, a semelhança entre os espectros na antepraia superior indicou o efeito de abrigo causado pelos cabos e projeções costeiras e uma “janela de refração” sobre a propagação de ondas até a costa, uma vez que ondas normais à costa chegam com energia maior do que ondas em ângulo. Entre cabos e projeções costeiras, onde as energias de onda mais baixas foram encontradas, há uma assimetria norte/sul notável com energias superiores para o norte por causa dessas janelas de refração, a qual se ajusta perfeitamente a posição relativa dos diferentes tipos de barreiras costeiras do Holoceno. Com isso, é possível afirmar que o atrito desempenha papel importante na diferenciação de onda ao longo da antepraia da PCS seja agindo sobre diferentes quantidades de refração ou agindo sobre as diferentes larguras da antepraia. Neste sentido, estes resultados permitem-nos definir que a orientação da linha de costa, a largura da antepraia e as declividades da plataforma média como os principais fatores que determinam o espectro de energia das ondas que chegam à costa da PCS. Os padrões gerais do clima de ondas da PCS puderam ser determinados aqui com a utilização de modelos numéricos, permitindo a quantificação dos gradientes de energia das ondas sobre a PCS e a argumentação sobre as razões de sua existência. / We initially expounded how geomorphologic features and sparse visual wave measurements, presented in previous works, point out to the possible existence of alongshore wave energy gradients over the Southern Brazilian Shelf (SBS).We have also examined the atmospheric conditions of the SBS, finding that intraseasonal oscillations can not only directly modulate the surface winds and sea level pressure but also indirectly modulate the period and amplitudes of synoptic-scale events. A good correlation between sea level pressure and the southern oscillation index on interannual timescales was also found, which attested the ENSO modulation. Then, after briefly describe the two models utilized and the model grids and settings, the present study evaluated the proposed validation of the basin-scale model results against orbital altimetry and the validation of the regional-scale model results against the two available wavebuoy data over the SBS, discussing the extent to which the model reproduced local reality. Excluding localized errors, the WW3 model results of sig wave height on the Global and on the S. Atlantic grid could be considered as in very good agreement with observations, presenting remarkable similarities with observed altimetry data. Regarding the regional-scale modeling, both sig. height and peak periods as obtained on the Shelf grid were considered as in a very good agreement with observations. The peak directions, however, were classified as in poor agreement with observations. Nevertheless, the S or SSE waves were closely reproduced and it is only the ESE wave that was erroneously represented as approximately E or ENE by the model. The model results on the curvilinear Coastal grid were also considered as in very good agreement with observations for sig. height and peak periods but presented the same conflicting results regarding peak directions. We believe that these E or ENE waves were already incorrectly produced by the basin-scale model WW3, which then transferred this error downwards through the boundaries conditions. Increased spatial resolution certainly played a role and cannot be discarded, once it shows overall better statistics and greater variability of results, but it was the lowering of bottom friction that represented the major improvement in the curvilinear grid simulations. Finally, we used our model results to show how the S. America blocks the waves generated by the westerlies, characterizing the western and southwestern S. Atlantic shelves with a general low energy mean wave climate. Lower mean peak periods were also found over the SBS indicating two important wave generation regions. We then showed examples of the extreme wave patterns induced by the presence of cyclones. Particular pre and post frontal conditions were also shown to fully characterize the synoptic-scale changes in the wave directions. The long-term mean offshore spectra showed predominance of S/SSW waves with secondary power peak composed by ENE/E waves, corroborating with the statement that SBS is essentially bimodal in wave directions. The power of S/SSW waves diminish northward and the power of ENE/E waves secondarily diminish southward, allowing us to state that SBS is located in the encounter between the influence of the westerlies and cyclones and the influence of the SAH. The interannual distribution as annual means showed distinctive rises periods in ENE/E wave power and secondarily in the ESE wave power, which are modulated by ENSO. The six-hourly intraxiannual distribution showed a core of S/SSW waves occurring centered in wintertime between April and September. There is also an ENE/E core that occurs mainly during the springs in opposition to the lower powers found during wintertime. Highest SE waves occur mainly during April and May and secondarily during the spring and are associated with the cyclones. Along-shelf wave energy gradients near the coast are already seen on the 2 km resolution shelf grid, with higher energy located off both capes and off the northern coastal projection and only secondarily off the southern coastal projection. On the other hand, energy minimum is found between coastal projections off Rio Grande and secondarily between capes and coastal projections. The outer and mid-shelf declivities are not reflected on this energy pattern. Nearer to the coast, however, over depths shallower than 40 m the energy pattern does follow the bathymetric contours after a considerable drop of wave energy caused by bottom friction. Based on these results, we suggest the 40 m depth as the present day mean wave base and consequently the lower limit of the present SBS shoreface. The increased resolution of the Coastal grid allowed us to recognize that mean wave energy is in a more direct relation with the local shoreface width. It also permitted a clear geomorphological separation between the huge lower shoreface and the greater declivities of the tiny upper shoreface and the Albardão ridge. The upper shoreface mean wave power varies abruptly, decreasing from the half north to the half south points, in a clear response to large-scale mid-shelf declivities. Thus, the geological inheritance expressed through the shoreface width and mid-shelf declivities might indeed most times be more important to generate wave variability than the offshore wave power along-shelf variations itself. Almost full refraction is observed between the bimodal offshore spectra and the upper shoreface spectra that were mostly found as ESE/SSE waves with increased SE wave importance and in an almost unimodal spectra. These results showed how the large and shallow SBS shoreface is responsible for an intense refraction of the waves, thus forcing them to approach the beach system with very small angles of attack. Additionally, the similarity between the mean power spectra of upper shoreface points indicated the sheltering effect caused by the capes and coastal projections and a windowing on the wave propagation until the shore, once shore normal waves reach the coast with higher energy than angled incoming waves. At between capes and coastal projections, where lower wave energies were found, there is a remarkable north/south asymmetry with higher energies to the north because of this refraction windowing, which closely fits the relative positioning of the different types of Holocene coastal barriers. Altogether, it is possible to state that bottom friction plays a major role on wave differentiation along the SBS shoreface either by acting over different amounts of refraction or by acting over the different shoreface widths. In this sense, these results allow us to define the shoreline orientation, the shoreface width and the mid-shelf declivities as the key factors determining the wave power spectra that ultimately reach the shore of the SBS. The general patterns of the SBS wave climate could indeed be successfully determined here with the use of numerical models, allowing the quantification of the wave energy gradients over the SBS and the argumentation about the reasons of their existence.

A presença de depósitos fossilíferos na antepraia e plataforma continental interna foi atribuída às oscilações do nível do mar durante o Quaternário. Hoje em dia, esses depósitos estão sendo erodidos por ondas e correntes e transportados para a praia. O presente trabalho teve como objetivo comparar o setor central e sul da Planície Costeira do Rio Grande do Sul, quantificando e qualificando quanto sua tafonomia, taxonomia e representatividade dos restos esqueletais. Foi coletado um total de 2.820 fósseis, dentre os quais 95% foram coletados no setor sul e apenas 5% foram coletados no setor central. A principal hipótese para essa diferença é a disponibilidade de fósseis na antepraia e plataforma interna. A presença de vários parceis e elevações e depressões submersas na antepraia e plataforma interna do setor sul indica, provavelmente as áreas-fonte de onde os fósseis são erodidos. Em ambos os setores foram identificados duas populações de bioclastos: fósseis nãoidentificados (85%) e fósseis identificados (15%), indicando maior e menor retrabalhamento pelas ondas, respectivamente. As mesmas ordens e restos esqueletais foram identificados em ambos os setores, com exceção de alguns que foram encontrados somente no setor sul. Na fauna marinha, a ordem mais comum foi a Perciformes representada principalmente por tumores ósseos da espécie Pogonias cromis. Dentes de tubarões (Lamniformes e Carcharhiniformes) e raias (Myliobatiformes) foram encontrados apenas no setor sul, devido à presença da espessa konzentrat-lagerstätte de conchas marinhas fósseis, chamada de "Concheiros". Na fauna terrestre, a ordem mais comum foi a Cingulata (principalmente gliptodontídeos do gênero Glyptodon). Os elementos acessórios representados por osteoderms de cingulados foram os restos esqueletais mais abundantes, devido ao grande número de osteodermos que cobre o esqueleto de cingulates e ao pequeno tamanho e forma compacta das osteodermos que favorecem o transporte. Elementos de tamanho pequeno (32-64 mm) e de forma compacta, como osteoderms, dentes e vértebras, são encontrados em maior quantidade e são facilmente transportados. Elementos de tamanho grande (maior que 128 mm) e de forma de lâmina/disco, como ossos longos e elementos cranianos, são encontrados em menor quantidade e são dificilmente transportados. / The presence of fossiliferous deposits in the shoreface and inner continental shelf was attributed to the sea-level oscillations during the Quaternary. Nowadays, these deposits are being eroded by waves and currents and transported onto the beach. The present work aimed to compare the central and southern sectors of the Coastal Plain of Rio Grande do Sul, quantifying and qualifying as its taphonomy, taxonomy and skeletal remains representativeness. A total of 2.820 fossils was collected, among which 95% were collected in the southern sector and only 5% were collected in the central sector. The hypothesis for this difference is the availability of fossils in the shoreface and inner continental shelf. The presence of several sedimentary submerged rocks and submerged elevations and depressions in the shoreface and inner continental shelf of the southern sector indicates probably the source-areas where the fossils are eroded from. In both sectors were identified two populations of bioclasts: non-identified fossils (85%) and identified fossils (15%), indicating greater and less waves reworking, respectively. The same orders and skeletal remains were identified in both sectors, except for some that were only found in the southern sector. In the marine fauna, the most common order was the Perciformes represented mainly by bone tumors of the species Pogonias cromis. Teeth of sharks (Lamniformes and Carcharhiniformes) and rays (Myliobatiformes) were only found in the southern sector due to the presence of the thick konzentrat-lagerstätte of fossil marine shells, called “Concheiros”. In the terrestrial fauna, the most common order was the Cingulata (mostly glyptodontids especially the genre Glyptodon). The accessory elements represented by osteoderms of cingulates were the most abundant skeletal remains, due to the large number of osteoderms that covers the skeleton of cingulates and the small size and compact shape of the osteoderms which favour the transport. Small-size (32-64 mm) and compact-shape elements such as osteoderms, teeth and vertebrae are found in greater quantity and are easily transported. Bigger-sizes (exceeding 128 mm) and blade/disc-shape elements such as long bones and cranial elements are found in less quantity and are hardly transported.

Este trabalho aborda o estudo de gerenciamento costeiro feito na área do Manguezal do Itacorubi, na Ilha de Santa Catarina, Estado de Santa Catarina, sul do Brasil. São apresentados dois enfoques, o primeiro discute o comportamento do ecossistema ao longo do século XX diante de diferentes fatores de estresse, concluindo que o manguezal, em 1998, havia perdido 13,32% de área em relação a 1938, porém, nesse mesmo período, progradou aproximadamente 80 m sobre a plataforma continental adjacente, o que indica que o manguezal, apesar de sitiado por uma vizinhança densamente povoada, tem capacidade regenerativa e de avançar em direção do oceano. O segundo enfoque aborda os aspectos geológicos, relacionando os depósitos sedimentares encontrados nesse embaiamento costeiro e as variações holocênicas do nível do mar, constatando que o mar já cobriu essa área em tempos recentes, deixando como testemunho espessos pacotes sedimentares que se apóiam diretamente sobre o embasamento cristalino da região. Dados de testemunhos de sondagem auxiliaram no mapeamento de subsuperfície, indicando a ocorrência de um vale inciso no embasamento, o qual teria servido de acesso preferencial durante o evento transgressivo, guardando os sedimentos de maior granulometria, associados a uma região de maior dinâmica, enquanto nas áreas adjacentes, mais rasas, as granulometrias tendem para as frações mais finas. Sobre esse pacote essencialmente clástico estabeleceu-se a sedimentação carbonosa do manguezal. As variações sedimentares laterais são muito notáveis mesmo naqueles furos relativamente próximos (menos de 20 m), evidenciando a dificuldade que seria a construção de um mapa defácies de uma área de pântano parálico. O bosque de mangue existe nessa área há pelo menos 4,5 Ka, afirmação apoiada sobre os resultados obtidos com a datação de 14C sobre amostra de sedimentos carbonosos.

Submitted by Felipe Lapenda (felipe.lapenda@ufpe.br) on 2015-03-06T13:52:59Z No. of bitstreams: 2 TESE Jonas Otaviano Pessoa de Souza.pdf: 17205189 bytes, checksum: bda2fc72221d48dd3671685fd3a97f3d (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-06T13:52:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE Jonas Otaviano Pessoa de Souza.pdf: 17205189 bytes, checksum: bda2fc72221d48dd3671685fd3a97f3d (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014-02-27 / Fundação de Amparo à Ciência e Tecnologia de Pernambuco / Devido o déficit hídrico do ambiente seco nordestino, foi construída uma estrutura de gerenciamento de recursos hídricos sustentada por pulsos de disponibilidade hídrica e estocagem de água superficial. Contudo esse gerenciamento, normalmente, ignora a elementos da dinâmica do sistema fluvial, em especial do comportamento do transporte de água e sedimentos pelo sistema, característica que vai controlar a estrutura fluvial, a estocagem de sedimento e a disponibilidade de água superficial e subsuperficial rasa e profunda. Deste modo, o presente trabalho visou analisar a evolução da dinâmica fluvial em ambiente semiárido, focado na dinâmica de transporte de sedimentos pelo sistema fluvial, tendo como base a conectividade da paisagem e analisando a bacia do riacho do Saco, Serra Talhada, Pernambuco. Por fim, a metodologia foi aplicada para avaliar a resposta do comportamento da transmissão a modificações naturais e/ou antrópicas no sistema, podendo gerar mudanças processuais e/ou estruturais na bacia. Para isto, foi detalhado o comportamento hidrológico da área, tal como a distribuição da precipitação por faixa altimétrica, e o comportamento do escoamento superficial, a partir do detalhamento de tipos de solo e tipos de uso. Para a análise sobre a transporte de sedimento foi utilizado à proposta de Conectividade da Paisagem e de Área de Captação Efetiva; e para a construção de cenários de mudança coerentes foi utilizado a proposta da Sensitividade da Paisagem e dos Estilos Fluviais. A bacia do riacho do Saco apresenta pontos de forte desconectividade que geram áreas virtualmente isoladas para o transporte de sedimento de fundo e suas áreas mais altas apresentam os valores máximos para o volume médio escoado por Km², devido ao maior volume de precipitação e retirada da vegetação natural. Em relação aos cenários de mudança pode-se destacar o cenário de degradação de vegetação, que aumenta o escoamento e as incisões fluviais, e o cenário de mudança climática, que diminui o escoamento e potencializa o processo de preenchimento. Por fim, a metodologia proposta se mostrou adequada para a análise inicial das respostas de transmissão hidrossedimentológica para cenários de mudanças processuais e/ou estruturais antrópicas e/ou naturais.

Submitted by Chaylane Marques (chaylane.marques@ufpe.br) on 2015-03-10T19:04:33Z No. of bitstreams: 2 Tese_Luiz_Gustavo_R_Souza.pdf: 7771003 bytes, checksum: 8d90a791d6be10e6fea340893dbfdaab (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-10T19:04:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese_Luiz_Gustavo_R_Souza.pdf: 7771003 bytes, checksum: 8d90a791d6be10e6fea340893dbfdaab (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012 / CAPES; FACEPE; CNPQ / A subfamília Gilliesioideae (Alliaceae) está dividida em duas tribos, Ipheieae e Gilliesieae, que apresentam fortes diferenças morfológicas, biogeográficas e filogenéticas. O presente trabalho objetivou realizar uma análise citotaxonômica e filogenética nessa subfamília, por meio da comparação de número e morfologia cromossômica, dupla coloração com os fluorocromos cromomicina A3 (CMA) e 4’,6-diamidino-2-fenilindol (DAPI), localização do DNA telomérico e dos sítios de DNAr 5S e 45S por hibridização in situ fluorescente (FISH) juntamente com uma análise filogenética de alguns gêneros a partir de sequências de DNA nuclear ITS e DNA plastidiais trnG, trnL-trnF, entre outras. A tribo Ipheieae é formada pelos gêneros Ipheion, Leucocoryne, Nothoscordum, Tristagma e Zoellnerallium. Desses, Nothoscordum é cariotipicamente mais diversificado, com dois números cromossômicos básicos, x = 4 e x = 5, recorrentes eventos de translocações Robertsonianas e poliploidia. Nesse gênero foram analisados dois complexos taxonômicos, Inodorum e Bivalve, onde as análises de hibridização genômica in situ (GISH) e filogenia molecular permitiram caracterizar a origem híbrida de N. gracile e N. bonariense, respectivamente, bem como de suas relações com as espécies afins. A análise das espécies de Leucocoryne, também com x = 5, trouxe novas evidências sobre a relação evolutiva entre as espécies que possuem três estames funcionais e aquelas que conservam os seis estames férteis, comum nas demais Alliaceae. As análises filogenéticas permitiram validar o gênero Zoellnerallium, que apresenta um cariótipo único na tribo com 2n = 24 (8M + 16A) e cromossomos menores do que as demais espécies da tribo. No caso das três espécies de Ipheion as análises citogenéticas mostraram cromossomos menores que os demais da tribo, cariótipos predominantemente formados por acrocêntricos e um número cromossômico único para cada espécie do gênero (2n = 12, 14 e 20). A tribo Gilliesieae é formada pelos gêneros Gethyum, Gilliesia, Miersia, Speea e Solaria, todos com o mesmo número fundamental NF = 11 mas com diferentes números cromossômicos. A evolução cariotípica da tribo foi moldada principalmente por disploidia ascendente, partindo do cariótipo ancestral 2n = 12, presente em Miersia e Speea, e em linhagens independentes dando origem a 2n = 14, presente em Gethyum, Gilliesia e Solaria, e 2n = 20 presente em Miersia. De uma maneira geral, todas as espécies da subfamília Gilliesioideae apresentaram um par de sítios de DNAr 5S por conjunto monoploide, exceto a secção Nothoscordum do gênero Nothoscordum que apresentou uma amplificação desses sítios. Os sítios de DNAr 45S foram localizados preferencialmente nos braços curtos dos cromossomos acrocêntricos, sugerindo uma correlação entre as fissões cêntricas e este tipo de DNAr. Embora os dados sugiram que as fusões/fissões cêntricas tenham sido a principal mudança cromossômica envolvida na evolução da subfamília Gilliesioideae, as análises do DNA telomérico em Nothoscordum e Ipheion não revelaram nenhuma relação aparente entre fusões cêntricas e sítios ectópicos de DNA telomérico.

Submitted by João Arthur Martins (joao.arthur@ufpe.br) on 2015-03-11T18:35:13Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertaçao Leonardo Nunes.pdf: 3841505 bytes, checksum: 1971eadeabcf335795578860374911aa (MD5) / Approved for entry into archive by Daniella Sodre (daniella.sodre@ufpe.br) on 2015-03-13T13:10:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertaçao Leonardo Nunes.pdf: 3841505 bytes, checksum: 1971eadeabcf335795578860374911aa (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T13:10:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertaçao Leonardo Nunes.pdf: 3841505 bytes, checksum: 1971eadeabcf335795578860374911aa (MD5) Previous issue date: 2013-08-29 / Impulsionado pelo crescimento do mercado de dispositivos móveis, diversos estudos têm sido realizados com o intuito de diminuir a energia consumida destes dispositivos. No entanto, aplicações que exigem alto poder de processamento estão sendo cada vez mais utilizadas nestes tipos de dispositivos. Logo, encontrar o melhor compromisso entre capacidade de processamento e energia consumida tem se tornado um desafio em projetos de hardware. Este trabalho apresenta uma nova metodologia para avaliar a energia consumida e o desempenho de hierarquias de memória com três níveis de cache. Adicionalmente, uma adaptação do algoritmo de evolução diferencial para otimização multiobjetivo no domínio discreto é proposta para o problema de exploração de hierarquias de memória cache, visando reduzir a energia consumida e aumentar o desempenho para processar uma aplicação embarcada. A exploração de arquiteturas foi baseada em ajustes de parâmetros das caches presentes em hierarquias compostas por três níveis de memórias cache. Um modelo de memória DDR3L foi adotado para simular a memória principal, e um modelo de memória cache recente baseado na tecnologia de transistores de 32n foi utilizado. Para a realização dos experimentos, o algoritmo proposto foi aplicado a nove diferentes aplicações dos benchmarks Mibench e MediaBenchII. Além disto, o desempenho da técnica proposta foi comparada com as técnicas de otimização SPEA2 e NSGAII. As métricas selecionadas para comparar a qualidade das frentes de Pareto encontrados por cada um destes algoritmos foram os indicadores de hipervolume e de distância generacional. Os resultados mostraram que a estratégia de otimização proposta, baseada no algoritmo de evolução diferencial, aplicada ao problema de exploração de hierarquias de memória, obteve melhores resultados para ambos os indicadores, alcançando uma melhoria de 100% e 78% dos casos estudados para ambas as métricas de hipervolume e distância generacional.