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Producció d'un inhibidor del VIH-1 en plantes de tabac i d'arròs

Castellet Llerena, Marc 21 July 2006 (has links)
La expressió en plantes transgèniques representa una alternativa interessant per a la producció de proteïnes d'interès terapèutic. Els baixos costos de producció a gran escala, la capacitat de modificació postraduccional dels vegetals y la seguretat biològica del producte final son alguns del atractius d'aquest emergent sistema de producció.El T-20 es un nou fàrmac antiviral contra el VIH-1 que actua inhibint el procés d'entrada del virus dins la cèl·lula diana impedint que les membranes del virus i cèl·lula es fusionin. Actualment, la producció d'aquest pèptid de 36 aminoàcids es realitza per síntesis química en un procés extraordinàriament complex que condiciona el elevat preu del producte final.En aquest treball s'ha adoptat una estratègia per acumular el T-20 a plantes consistent en la seva expressió mitjançant una fusió amb diferents dominis rics en prolina de gamma-zeïna, proteïna de reserva de 27 kDa del blat de moro. Anteriors estudis han demostrat que aquests dominis tenen la capacitat de quedar retinguts dins el reticle endoplàsmic y induir la formació de cossos proteics en plantes transgèniques de tabac.S'ha utilitzat dos espècies vegetals, tabac i arròs, per tal de testar el nivell d'acumulació del T-20 en fusió en diferents teixits. En plantes de tabac s'ha escollit una expressió constitutiva mitjançant el promotor 35S per acumular a fulla el T-20 fusionat amb quatre seqüències riques en prolina diferents (Rx3, R3, P4 i X10), Els resultats han demostrat que, tant per transformació estable com transitòria, la fusió Rx3-T20, que conté tota la regió N-terminal de la gamma-zeïna, és la que s'acumula millor en fulles de tabac. A demés, en una línia transgènica s'ha comprovat que aquesta proteïna de fusió no només es estable enfront la dessecació de la fulla, sinó que la seva expressió s'activa durant aquest procés degut segurament al lloc d'inserció dins el genoma de la planta. També s'han obtingut línies transgèniques d'arròs per tal d'acumular el T-20 específicament a gra, beneficiant d'aquesta forma l'estabilitat y emmagatzemament del fàrmac. Després de comprovar que el promotor de la gamma-zeïna era actiu però no específic en plantes transgèniques d'arròs, es va optar per la utilització d'un promotor endogen, RP5, per tal d'expressar la proteïna de fusió Rx3-T20 específicament a gra d'arròs. Es van assolir alts nivells d'acumulació específica a gra, comparables amb els generats amb un promotor constitutiu 35S.Tant a tabac com a arròs es van portar a terme experiments de fraccionament subcel·lular mitjançant gradients de sacarosa que van mostrar que les proteïnes de fusió s'acumulaven en una fracció densa on sedimenten els cossos proteics de blat de moro. A demés, mitjançant inmunolocalització al microscopi confocal s'ha pogut visualitzar l'acumulació de la proteïna de fusió Rx3-T20 en fulles de tabac en unes estructures esfèriques compatibles amb cossos proteics. En arròs, la localització sota el microscopi electrònic ens ha demostrar l'acumulació d'aquesta proteïna dins els cossos proteics de tipus I naturals de l'arròs.Amb l'objectiu de demostrar que el sistema l'expressió en plantes permetia obtenir el fàrmac T-20 actiu es va desenvolupar un procés de purificació a partir de fulles de tabac consistent en una precipitació amb sulfat d'amoni, cromatografia de bescanvi aniònic, digestió amb proteasa y purificació per HPLC. Es va demostrar que el producte final corresponia per espectrometria de masses al T-20 y que, mitjançant experiments en cultiu cel·lular, presentava la mateixa activitat antiviral que el T-20 produït per síntesis química. D'aquesta manera es conclou que l'expressió en plantes transgèniques representa un sistema de producció de T-20 alternatiu a la síntesis química. / "PRODUCTION OF A HIV-1 FUSION INHIBITOR IN TOBACCO AND RICE PLANTS": Plants provide convenient systems for the production of valuable recombinant proteins. Compared with the traditional production systems (i.e. microbial fermentation and mammalian cell cultures), plants have advantages in terms of cost, scalability and safety. Plants can be grown on an agricultural scale reducing the production costs of the recombinant protein and have similar post-translational pathways to animal. This make plants an interesting system for the heterologous production of human therapeutic proteins (Fischer, 1998). In this work we present the efficient production of the HIV-1 fusion inhibitor T20 in tobacco and rice transgenic plants.T20, a 36 amino acids peptide homologous to HR2 region of HIV-1 gp41 envelop protein, belongs to a new class of anti-HIV drugs known as fusion inhibitors (Wild et al., 1993). It has been proposed that T20 inhibits HIV-1 cell entry in T-cell lines by blocking conformational changes of gp41 (Chan et al., 1998, Liu et al., 2005) (fig.1). T20 was licensed on May 2003 by the FDA for the treatment of HIV-infected individuals.It is known that endoplasmic reticulum (ER) retention of recombinant proteins improves their accumulation and stability. Our approach to accumulate high levels of T20 in transgenic plants is based on the ability of proline-rich domains of γ-zein to self-assemble conferring stability to fusion proteins in the ER. γ-Zein is a maize storage protein that naturally accumulates in ER-derived protein bodies (PB) in endosperm cells. Previous studies demonstrated the ability of N-terminal γ-zein region to induce formation of PB in a heterologous plant system (Geli et al, 1994). Four chimeric genes were constructed coding for praline-rich-domains fused to the T20 sequence.We were interested to test the production of T20 fused to ZERATM domains in two different plant systems: tobacco and rice. The expression of the recombinant protein in tobacco provides large amounts of non-food biomass, whereas the expression in crop seeds using a specific promoter permits large storage periods.
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Demographic insights of human north African populations using genetic data

Rodríguez Botigué, Laura, 1984- 16 November 2012 (has links)
The history of North Africa is extremely complex, and it has been difficult to assess from genetic and archeological data whether early populations were replaced by later migrations or if there has been continuous settlement of the region. To resolve the history of human origin and migrations in North Africa, I have used two main forms of genetic data, the maternally inherited mtDNA and 730,000 genome-wide SNPs from a genotype array in a sample set representative of the region. I have discovered that North Africa is a mosaic of an autochthonous component dating back to the Paleolithic and at least four other ancestries, two recent ancestries from sub-Saharan Africa and the others from Europe and the Near East. We have also discovered extensive North African gene flow to the Iberian Peninsula, and minor proportions in the rest of the Europe. / La història del Nord d’Àfrica és extremadament complexa, i fins ara ha estat molt difícil determinar a partir de la genètica o l’arqueologia si els primers pobladors van ser reempleçats per migracions posteriors, o si el poblament de la regió ha estat continuat al llarg del temps. Per tal d’investigar els orígens i les migracions de l’home al Nord d’Àfrica he fet servir dos marcadors genètics en un grup de poblacions representatives de la regio, el marcador heretat per via materna, el DNA mitocondrial (mtDNA), i 730,000 SNPs de tot el genoma genotipats amb un xip. He descobert que el Nord d’Àfrica és un mosaic format per un component autòcton amb origens en el Paleolític i un mínim de quatre components més, dos d’ells recents d’origen sub-Saharià i els altres Europeu i d’Orient Proper. També hem descobert un flux genic recent d’origen Nord Africà molt elevat a la Península Ibèrica, i en menor quantitat a Europa.
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La recepció d'Alphonse Daudet en llengua catalana. Traduccions en volum

Ribes de Dios, Àngels 16 June 2003 (has links)
En primer lugar, hay una biografía de Daudet haciendo hincapié en la recepción que tuvo su obra cuando se publicó en Francia para compararla así con la recepción de esta obra traducida en el momento de su venta en Cataluña.Hay también una breve biografía de cada traductor donde destaca su vinculación a la lengua y a la literatura francesa y su labor de traductor. En el análisis de cada traducción estudia el paratexto, las divergencias estilísticas y semánticas y la adaptación lingüística y cultural entre el texto original y el catalán. También comento las reseñas de las críticas aparecidas en los diarios y revistas de la época.La conclusión es, por una parte, el papel importante de las traducciones en el momento de estudiar y documentar la recepción de Daudet en catalán así como el papel desempeñado por los diferentes movimientos literarios catalanes a los cuales pertenecen los traductores y que han condicionado la traducción: modernisme, noucentisme, el vacío de la dictadura franquista y el boom editorial de los años ochenta. Por otra parte, se ha averiguado qué parte de la obra de Daudet (la de temática provenzal, las obras de teatro o las novelas realistas) ha sido la más traducida y por qué.
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Toponimia de la Baja Ribagorza Occidental

Rizos Jiménez, Carlos Ángel 08 November 2001 (has links)
DE LA TESIS DOCTORAL DE CARLOS ÁNGEL RIZOS JIMÉNEZ La tesis doctoral Toponimia de la Baja Ribagorza occidental se enmarca dentro del proyecto de investigación "Toponimia de Ribagorza", que depende del Grup de Recerca en Lexicologia i Lingüística Aplicada de la Universitat de Lleida. Consiste en la recogida y estudio histórico y lingüístico de la toponimia oral y documental (y la representación cartográfica de la primera) de una zona geográfica concreta como es la Baja Ribagorza occidental, territorio de gran interés lingüístico desde el punto de vista de la dialectología, en tanto que la Ribagorza es zona de transición lingüística entre el catalán y el aragonés, y muy atractivo para el historiador de las lenguas y las culturas pirenaicas. En la "Introducción" se da una visión general de área geográfica estudiada desde el punto de vista histórico y lingüístico y se presenta la metodología que se ha utilizado. A continuación se ofrece el "Estudio de los topónimos", donde se recoge el corpus toponímico ordenado alfabéticamente en forma de diccionario (lo que en onomástica se ha dado en llamar onomasticon) y se estudia cada topónimo individualmente prestando especial atención a la etiología de cada nombre (para ello me sirvo circunspectivamente de argumentos históricos, lingüísticos, geográficos, antropológicos, etc.) y dando cuenta de la pronunciación popular y de las menciones documentales que se han encontrado. Después doy una "Clasificación lingüística de los topónimos" atendiendo, en primer lugar, a la lengua de que proceden y, después, a los cambios lingüísticos que han experimentado a lo largo de la historia. Finalmente expongo las "Conclusiones" lingüísticas e históricas que he extraído del análisis del corpus. Y a modo de apéndice doy una lista de los nombre de las casas de los pueblos implicados (en tanto que son nombres que se encuentran a caballo entre la antroponimia y la toponimia) y la cartografía de la toponimia oral. / DE LA TESI DOCTORAL DE CARLOS ÁNGEL RIZOS JIMÉNEZ La tesi doctoral Toponimia de la Baja Ribagorza occidental s'emmarca dins el projecte d'investigació "Toponimia de Ribagorza", que depèn del Grup de Recerca en Lexicologia i Lingüística Aplicada de la Universitat de Lleida. L'objectiu principal és la recollida i estudi històric i lingüístic de la toponímia ora i documental (i la representació cartogràfica de la primera) d'una zona geogràfica concreta com és la Baixa Ribagorça occidental, territori de gran interès lingüístic des del punt del vista de la dialectologia, donat que la Ribagorça és una zona de transició lingüística entre el català i l'aragonès, i molt atractiu per a l'historiador de les llengües i les cultures pirinenques. A la "Introducció" es dóna una visió general de l'àrea geogràfica estudiada des del punt de vista històric i lingüístic i es presenta la metodologia que s'ha emprat. Tot seguit s'exposa l'"Estudi dels topònims", on es recull el corpus toponímic ordenat alfabèticament en forma de diccionari (el que en el terreny de l'onomàstica anomenem onomasticon) i s'estudia cada topònim individualment donant una atenció especial a l'etiologia de cada nom (per arribar a aquest fi em serveixo circumspectivament d'arguments històrics, lingüístics, geogràfics, antropològics, etc.) i fent esment de la pronúnia popular i de les mencions documentals que s'han trobat. Després dono una "Classificació lingüística dels topònims" parant atenció, en primer lloc, a la llengua de què procedeixen i, a més a més, als canvis lingüístics que han sofert tot al llarg de la història. Per últim, exposo les "Conclusions" lingüístiques i històriques que he extret de l'anàlisi del corpus. I a manera d'apèndix dono una llista del nom de les cases dels pobles implicats (en la mesura que són noms que es troben a mig camí entre l'antroponímia i la toponímia) i la cartografia de la toponímia oral. / OF CARLOS ÁNGEL RIZOS JIMÉNEZ DOCTORAL THESIS The doctoral thesis Toponimia de la Baja Ribagorza occidental is in the framework of the research project "Toponimia de Ribagorza", which depends on the Grup de Recerca en Lexicologia i Lingüística Aplicada of the Universitat de Lleida. It lies in the collection and analysis of oral and documentary toponymy (and the cartographical representation of the first one) of the geographical area of western Low Ribagorza, territory very interesting from the point of view of dialectology because Ribagorza is an area of linguistic transition between Catalan and Aragonese, and very attractive for historians of Pyrenean languages and cultures. At first I've made an "Introduction" that gives a general view of geographical area that has been researched into from point of view of history and linguistics; I also present here the method that I've emploied. Immediately after I give the "Study of place-names", where toponymic corpus is displaied in alphabetical order like a dictionary (which linguisticians call onomasticon) and every place-name is interpreted individually. This interpretation attends specially to etiology of every name (in this process I make use of historical, linguistic, geographical, anthopological arguments with whole circumspection) and I add popular pronunciation and documental mentions. Then I've given a "Linguistic classification of place-names" where I pay attention, in the first place, to languages where place-names come from and also to linguistical changes that they have suffered. Finally I explain linguistical and historical "Conclusions" that I've extracted from the research of the corpus. Like an appedix I give the list of house-names that are at towns and villages of the area (because these names are between anthoponymy and toponymy) and the cartography of oral place-names.
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Toponimia del Valle Medio del Ésera (Huesca). Estudio lingüístico y cartografía

Selfa Sastre, Moisés 27 January 2000 (has links)
El trabajo que hemos realizado en nuestra tesis doctoral es el fruto de la siguiente actividad: la recogida y representacion cartografica de la toponimia del Valle medio del Esera (Huesca) y el intento de explicar cada uno de los toponimos registrados desde el punto de vista etimologico.La zona geografica sobre la que efectuamos nuestro estudio linguistico ocupa una buena parte de los municipios ubicados a la izquierda y a la derecha de las margenes del rio Esera. Por razones puramente practicas, se ha preferido centrar el estudio solo en una parte de esta ampliz zona geografica, lo que aquí hemos llamado Valle Medio del Esera, sector que puede considerarse, ademas, suficientemente representativo. Los pueblos estudiados son los tres del Ayuntamiento de Campo, los diez del Ayuntamiento de Foradada de Toscar, los tres del Ayuntamiento de Seira, los cinco del Ayuntamiento del Valle de Baradaixin y los siete del ayuntamiento del Valle de Lierp. Entre todos ellos ocupan aproximadamente unos 110 kilometros cuadrados.Para la recogida del material toponimico hemos recurrido tanto a fuentes orales como escritas. Los documentos del monasterio de San Victorian conservados en el Archivo Historico Nacional, los Protocolos Notariales de Pedro de Guart conservados en el Archivo Capitular de lleida y los Amillaramientos con rectificaciones hasta el año 1879 conservados en el Archivo Historico Provincial de Huesca.Para la metodologia y organización de nuestro corpus toponimico, que consta de tres mil cien toponimos aproximadamente, hemos aplicado la metodologia de los campos semanticos propuestas por Maximiano Trapero. Asi, nuestros toponimos pueden ser clasificados en trece campos semanticos. El mas numeroso es el de los toponimos biologicos y el menos numeroso el de las denominaciones de los nucleos administrativos y de población.
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Estudio del gen del canal de sodio (SCN5A) en una población de pacientes con diagnóstico de síndrome de Brugada

García-Molina Sáez, Esperanza 27 July 2011 (has links)
El Síndrome de Brugada (SB) se caracteriza por una elevación del segmento ST en las derivaciones precordiales derechas del ECG. Tiene una base genética estando ligado a mutaciones en el canal de Na+ del corazón (SCN5A) y otros genes recientemente relacionados. El estudio de secuenciación directa del gen SCN5A en nuestra población llevó a la identificación de mutaciones causales o probablemente causales en un 10% de los casos, inferior al publicado en la literatura. En los casos índice en los que no se detectó una variante en su secuencia se realizó el estudio de grandes reordenamientos génicos sin identificarse ninguno mediante la técnica de Multiplex Ligation Probe Amplification. Los pacientes de nuestra cohorte portadores de mutación presentan con mayor frecuencia ECG tipo I espontáneo y más casos de muerte súbita familiar que los pacientes de SB con genotipo negativo. El estudio genético de las familias de los portadores de mutación ha permitido identificar a un grupo significativo de portadores sin expresión fenotípica.
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Importancia biosanitaria de aeromonas: Taxonomia y Epidemiologia

Soler Falgàs, Lara 03 October 2003 (has links)
El género Aeromonas está constituido por bacterias Gram-negativas aisladas frecuentemente en el agua. Adquieren relevancia por estar presentes en alimentos, y ser capaces de ocasionar cuadros diarreicos e infecciones extraintestinales en el hombre, habiéndose demostrado en la presente tesis, que pueden ser las causantes de hasta el 2% de las diarreas del viajero. La taxonomía de Aeromonas es compleja. El género consta de 15 especies difíciles de identificar con métodos bioquímicos, por lo cual en la presente tesis se ha desarrollado un protocolo, basado en los patrones de restricción del gen 16S rRNA, que permite identificar todas las especies aceptadas de Aeromonas. La mayoría de laboratorios clínicos utilizan para la identificación de las especies métodos miniaturizados semiautomáticos u otras pruebas bioquímicas que, como se demuestra en la presente tesis, conducen a identificaciones erróneas tanto a nivel de especies como del género, llegándose a confundir cepas de Aeromonas como pertenecientes a Vibrio. Para evitar esta confusión, se ha diseñado una sonda molecular, basada en el gen que codifica para la glicerofosfolípido-colesterol aciltransferasa, que es capaz de identificar las colonias de Aeromonas en medios de aislamiento primario de una forma rápida y eficaz.La correcta delimitación e identificación de las especies que integran el complejo fenotípico "A. hydrophila" (A. hydrohila, A. bestiarum, A. salmonicida y A. popoffii) constituye uno de los problemas en la taxonomía del género. Por ello, se ha considerado importante investigar las características bioquímicas y genéticas de este grupo de especies, comprobándose que las especies A. bestiarum y A. salmonicida no pueden diferenciarse mediante pruebas bioquímicas ni por métodos genéticos, por lo que sugerimos que se tratan de una única especie.Otro objetivo abordado en la tesis ha sido el estudio de los patrones de resistencia, de las especies de Aeromonas identificadas por métodos genéticos, a los agentes antimicrobianos. Se ha demostrado que las cepas de origen clínico de las especies A. hydrophila, A. caviae y A. veronii son sensibles a las cefalosporinas, aminoglucósidos, y las fluoroquinolonas. Además, se ha evidenciado que las quinolonas o las cefalosporinas de tercera generación deben considerarse como el tratamiento de elección para el tratamiento de las diarreas del viajero causadas por Aeromonas.Para poder avanzar en el conocimiento de la epidemiología de Aeromonas es imprescindible disponer de métodos moleculares de tipado fiables. En esta tesis se han evaluado tres técnicas (RFLP del espaciador intergénico 16S-23S, ERIC-PCR y REP-PCR) para el tipado molecular de Aeromonas, demostrándose que la técnica de ERIC-PCR es la más discriminativa. Sin embargo se ha observado que la combinación simultánea de dos de éstas técnicas (ERIC y REP) mejora el tipado. La virulencia de Aeromonas es compleja y posiblemente multifactorial. Se han descrito numerosos genes que codifican para diversos enzimas (hemolisinas, lipasas, DNasas, proteasas...) en los que se ha demostrado su implicación en virulencia, no obstante no existen estudios que hayan investigado simultáneamente la incidencia de todos ellos en cepas clínicas y ambientales en todas las especies del género. En esta tesis se ha investigado la distribución de los genes que codifican para estos factores de virulencia, así como la actividad enzimática que se les asocia en cepas clínicas y ambientales de todas las especies del género, demostrándose que se encuentran ampliamente presentes en todas ellas. Sin embargo se ha encontrado una asociación estadísticamente significativa entre la presencia de genes que codifican para los factores de virulencia aerolisina/hemolisina y serina proteasa y la actividad ß-hemolítica, lo que sugiere, tal como han indicado otros autores, que la serina proteasa podría actuar como activador de la aerolisina/hemolisina.Por último, hemos considerado de interés el determinar sí las especies de Aeromonas de mayor relevancia en clínica poseen el sistema de secreción tipo III, descrito en otros microorganismos patógenos como Escherichia coli, Yersinia spp. y Salmonella ssp. y, cuya función principal consiste en hacer llegar toxinas directamente al citoplasma de la célula huésped. En la presente tesis se ha demostrado que dicho sistema está presente en la mayoría de cepas clínicas de A. veronii y A. hydrophila, lo cual indica que dichas cepas poseen un potencial virulento comparable al de los patógenos mencionados. / The genus Aeromonas comprises Gram-negative bacteria frequently isolated from water. They are important because they are found in food and can provoke diarrhoea and extraintestinal infections in humans. The present thesis demonstrates that they can be aetiological agents in up to 2% of traveller's diarrhoea.Aeromonas taxonomy is complex. The genus comprises 15 species difficult to identify with classical biochemical methods. Because of this we have developed a technique based on the 16S rRNA restriction patterns that allows the identification of all the accepted species of Aeromonas. Most clinical laboratories use miniaturized semiautomatic systems or other biochemical tests to identify Aeromonas species. As we demonstrate they can give erroneous identifications as Vibrio at both species and genus level. In an attempt to avoid this confusion, we designed a molecular probe, based on the gene that codifies for glycerophospholipid-cholesterol acyltransferase, which can detect Aeromonas colonies in primary isolation media in a fast and reliable manner.The correct delimitation and identification of the species that integrate the phenotypic "A. hydrophila" complex (A. hydrohila, A. bestiarum, A. salmonicida and A. popoffii) constitutes one of the problems in the taxonomy of the genus. For that reason we considered it important to investigate the biochemical and genetic characteristics of this group of species. We have observed that the species A. bestiarum and A. salmonicida cannot be differentiated either with biochemical or with genetic methodology, suggesting that they may be unique species.Another objective was the study of the resistance patterns, in genetically identified Aeromonas species, to the antimicrobial agents. We demonstrate that clinical isolates of A. hydrophila, A. caviae and A. veronii species are susceptible to cephalosporins, aminoglycosides and fluoroquinolones. Moreover, there was evidence that quinolones and third generation cephalosporines should be considered as the treatment of choice of traveller's diarrhoea.In order to improve our knowledge of the epidemiology of Aeromonas, it is essential to have reliable molecular typing methods. We evaluated three techniques (intergenic spacer region 16S-23S RFLP, ERIC-PCR and REP-PCR) for the molecular typing of Aeromonas, and we found ERIC-PCR to be more discriminative. However, we also observed that the simultaneous combination of two of those techniques (ERIC and REP) further improved the typing.The virulence of Aeromonas is complex and possibly multifactorial. Numerous genes codifying for different enzymes (hemolysins, lipases, DNases, proteases.) have been described and their implication in virulence has been demonstrated, but there have been no studies to investigate simultaneously the incidence of all those genes in clinical and environmental isolates of all the species of the genus. In the present thesis we investigate the distribution of the genes codifying for those virulence factors, and their associated enzymatic activity on clinical and environmental isolates of all the species of the genus. We found a large presence of the genes in all the species, regardless of the origin. However, we also found a statistically significant association between the presence of genes codifying for aerolysin/hemolysin and serine protease and ß-hemolitic activity, which suggests that serine protease acts as aerolysin/hemolysin activator.Finally, we considered it of interest to determine whether the Aeromonas species with major clinical relevance possess the type III secretion system, described in other pathogenic micoorganisms, such as Escherichia coli, Yersinia spp. and Salmonella spp. The principal function of this system is to inject toxins directly into the host cell cytoplasm. We demonstrate that this system is present in most of the clinical A. veronii and A. hydrophila isolates, which indicates that those strains possess a virulence potential comparable to that of the other mentioned pathogens.
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Mutation, duplication, and selection in mammalian genomes

Laurie, Steven, 1973- 25 July 2013 (has links)
This thesis comprises comparative genomics analyses primarily focussing on the evolution of mammalian proteins. We concentrate on three species of direct relevance as model organisms, for which high quality genome sequences are available, and human. Having previously investigated protein evolution in terms of substitution rates, here we explored less well studied insertions and deletions (indels). We show that indel and substitution frequencies are correlated at the level of protein sequence, and that indels, and in particular insertions, are elevated in regions of low-complexity and repetitive sequence. Furthermore we observe that selection acts more strongly against the incorporation of insertions than deletions in coding sequence. We also look examine in detail the process of evolution following gene duplication in rodents. We show that in general there is a marked increase in evolutionary rate following duplication, which is restricted to the new copy. We find evidence that this increase is sometimes driven by positive selection, and often accompanied by changes in tissue expression profile. These results lead support to the role of neofuntionalisation following gene duplication. / Aquesta tesi consta d’anàlisis de genòmica comparada centrades principalment en l'evolució de les proteïnes de mamífers. Les anàlisis se centren en humans i en tres espècies de gran rellevància com a organismes model, per les quals les seqüències genòmiques són d’alta qualitat. Després d'haver investigat prèviament l'evolució de proteïnes considerant les taxes de substitució, en aquesta tesi hem explorat les insercions i delecions (indels), menys estudiades. Demostrem que existeix una correlació entre la freqüència d’indels i substitucions en la seqüència proteica, i que els indels, i en particular, les insercions, són habituals en les regions de baixa complexitat i seqüències repetitives. A més, observem que la selecció actua més fortament en contra de la incorporació d'insercions que de delecions en la seqüència codificant. D’altra banda, també pretenem analitzar detalladament el procés evolutiu després d’una duplicació gènica en rosegadors. Demostrem que, en general, hi ha un marcat augment en la taxa d'evolució després de la duplicació, que es limita a la nova còpia. I trobem evidències que aquest augment és, de vegades, impulsat per la selecció positiva, i, sovint acompanyada de canvis en el perfil d'expressió de teixits. Aquests resultats recolzen el procés de neofuncionalització després de la duplicació gènica.
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Registro de gemelos : utilidades, organización y supuestos clave. Registro de gemelos de Murcia.

Sánchez Romera, Juan Francisco 29 July 2013 (has links)
El presente trabajo gira alrededor de los registros de gemelos, y del “Registro de Gemelos de Murcia” (RGM) en particular, como recurso fundamental de investigación, a la hora de profundizar en el conocimiento de la contribución relativa de factores genéticos y ambientales al comportamiento. Los diseños genéticamente informativos y, en particular los estudios de gemelos, constituyen un importante recurso para llegar al conocimiento de las causas de variación fenotípica en humanos. Estos diseños constituyen la metodología más utilizada para separar las causas genéticas de las ambientales en el parecido familiar. Este tipo de estudios tiene, actualmente, una importante implantación y conlleva un alto grado de especialización, acorde con su enorme potencial investigador. Para su desarrollo se basan en la existencia de registros de nacimientos múltiples. Los registros de gemelos que existen actualmente, y que se distribuyen por todo el mundo, surgen como una respuesta metodológica a los diferentes estudios específicos con gemelos que inicia la comunidad científica. La determinación de la cigosidad, la evaluación del supuesto de ambientes idénticos, y la comprobación de la representatividad de la muestra, son cuestiones básicas sobre las que se apoya el método de los estudios de gemelos. Estos tres elementos son claves para asegurar la utilidad de la comparación efectuada y la validez de los resultados obtenidos. Por tanto, parece evidente que la comprobación de estas tres cuestiones es un principio primordial en el establecimiento de la utilidad científica de un registro de gemelos. Esta tesis tiene tres objetivos principales: validar el cuestionario de cigosidad utilizado hasta el momento en el RGM, comparando la clasificación efectuada por el instrumento con los resultados de cigosidad obtenidos a partir de marcadores génicos; analizar la veracidad del supuesto de ambientes idénticos entre los participantes del RGM, comparando los datos disponibles sobre residencia compartida entre gemelos MZ y DZ; y estimar hasta qué punto la muestra de sujetos participantes en el RGM es representativa de la población de referencia, de acuerdo a marco geográfico, sexo y grupo de edad. El diseño para el desarrollo general del RGM consiste en una cohorte de base poblacional, formada por individuos nacidos de partos múltiples residentes en la comunidad autónoma de Murcia, que se incluye en un registro de parejas con participación voluntaria. Este trabajo en particular utiliza tanto la muestra completa de participantes como sub-muestras seleccionadas, en función de los objetivos específicos de cada una de las investigaciones que lo componen. De la misma forma, los procedimientos utilizados, varían y se adaptan a los objetivos concretos de análisis. Finalizado este trabajo se puede concluir que se han cumplido razonablemente los principales objetivos marcados para el mismo. Así, se puede aceptar la validez de la adaptación española del cuestionario de cigosidad utilizado. Se ha comprobado que existe una discordancia importante entre la impresión subjetiva de los gemelos y la clasificación mediante cuestionario y análisis de marcadores genéticos, existiendo una llamativa sobreestimación de la dicigosidad. La proporción de gemelas que viven en el mismo o diferente municipio, a lo largo de su vida, no está influido por el tipo de cigosidad, cumpliéndose en general, y a priori, el supuesto de ambientes idénticos. De la misma forma, el tipo de cigosidad tampoco se relaciona con la proporción de pares que han vivido en el mismo municipio durante los primeros 16 años de vida. Para terminar, tras la estimación de la representatividad de la muestra del RGM respecto a las poblaciones de referencia de Murcia y España, se encuentran resultados que avalan la extrapolación de los datos a la población general. / This doctoral dissertation deals with twin registries and the "Murcia Twin Registry" (MTR) in particular, as a fundamental research resource for in depth understanding of the relative contribution of genetic and environmental factors to behavior. Genetically informative designs, specifically twin studies, are an important resource for the analysis of the causes of human phenotypic variation. These designs are the methodology of choice in order to separate genetic from environmental causes in family resemblance. Currently, such studies are widely implemented and entail a high degree of specialization, in accordance with its enormous research potential. Their development is based on the existence of multiple births records. Nowadays, twin registries are distributed worldwide, and their implantation represent a methodological response to specific twin studies initiated by the scientific community. Zygosity determination, assessment of the equal environment assumption (EEA), and verification of the representativeness of the sample, are core issues of the twin studies methodology. These three elements are the key to ensure the usefulness of the comparisons, and the validity of the results obtained. It therefore seems clear that testing these three questions is an essential principle in establishing the scientific utility of any twin registry. This dissertation has three main objectives: to validate the zygosity questionnaire used so far in the MTR, by means of comparing the classification by this instrument and the zygosity results obtained by genetic markers; to analyze the accuracy of the equal environments assumption among participants of the MTR, comparing the data about periods of shared residence between MZ and DZ twins; and to investigate to what extent the sample of subjects participating in the MTR is representative of the reference population, according to geographical context, sex and age group. The design for the overall development of the MTR is a population-based cohort, consisting of individuals born from multiple births and living in the Region of Murcia. These subjects are included in a twin registry with voluntary participation. This particular work uses the full sample of MTR participants, as well as some selected sub-samples, depending on the specific objectives of each of the investigations that compose it. In the same way, the procedures used vary and adapt to the specific objectives of analysis. The main conclusion of this dissertation is that the general objective of validating the MTR as a research resource has been reasonably achieved. Some of the main findings that contribute to that objective can be highlighted. The validity of the Spanish adaptation of the zygosity questionnaire has been proved. There is a major discrepancy between the subjective zygosity classification of the twins, and the classification by questionnaire and analysis of genetic markers, showing a striking overestimation of dizygosity. The proportion of twins living in the same or different municipality throughout their lives is not influenced by the type of zygosity, fulfilling in general, and a priori, the equal environment assumption. What is more, zygosity is not related to the proportion of pairs who have lived in the same town during the first 16 years of life. Finally, the representativeness of the sample of the MTR in relation to the reference populations of Murcia and Spain has been estimated and the results support the generalizability of the data to the general population.
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Regulation of B cell responses by the innate immune system

Cerutti, Andrea, 1965- 19 July 2013 (has links)
Immunoglobulin (Ig) diversification is essential for the generation of protective immune responses against intruding microbes. B cells require cognate interaction with T cells to generate protective antibodies, although signals from innate cells play also a key role in helping B cell responses. We have characterized that B cells of the human upper respiratory mucosa undergo T cell dependent and T cell independent IgM-to-IgD class switching. In addition to enhancing mucosal immunity, crosslinking of IgD on innate cells including basophils stimulates release of immunoactivating, proinflammatory and antimicrobial mediators, defining IgD as an important immunomodulator. Signals capable of inducing IgM-to-IgD class switching include not only T cell dependent signals, but also BAFF and APRIL, two CD40L-related factors released by innate immune cells. We have studied the signalling pathway of the BAFF and APRIL receptor TACI, which binds the adaptor MyD88 and induces class switching by triggering NF- activation. Overall, we elucidate novel cellular and signaling pathways required for the induction of Ig diversification and production. / La diversificació de les immunoglobulines és essencial per a la generació de respostes immunes protectores contra els patògens. Els limfòcits B requereixen interacció afí amb els limfòcits T per tal de generar anticossos protectors, tot i que les senyals de cèl.lules innates també juguen un paper clau en les respostes dels limfòcits B. Hem caracteritzat que en els limfòcits B de la mucosa del tracte respiratori superior humà tenen lloc respostes tant depenents com independents de limfòcits T que donen lloc al canvi d’isotip de IgM a IgD. A més a més de millorar la immunitat de la mucosa, la unió de la IgD a cèl.lules innates, incloent basòfils, estimula l'alliberament de molècules immunoactivadores i de mediadors proinflamatoris i antibiòtics. Senyals que poden induir el canvi d’isotip de IgM a IgD inclouen no només senyals dependents de limfòcits T, sinó també BAFF i APRIL, dos factors relacionats amb el CD40L produïts per les cèl.lules innates del sistema immunitari. Hem estudiat la via de senyalització de TACI, receptor de BAFF i APRIL, i hem observat que s'uneix l'adaptador MyD88 per induir el canvi d’isotip de les immunoglobulines mitjançant l'activació de NF-. En general, hem dilucidat noves vies cel.lulars de senyalització necessàries per a la inducció de la diversificació i la producció de les immunoglobulines.

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