Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-22. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:37Z : No. of bitstreams: 1 Publico-046.pdf: 880322 bytes, checksum: 128ded79001d290a9d22d62c499f8d08 (MD5) / OBJETIVO: Avaliar a influência do polimorfismo do CYP17 em mulheres menopausadas em terapia estrogênica. Um total de 130 mulheres foram recrutadas, porém apenas 100 mulheres foram selecionadas seguindo os critérios de inclusão e exclusão; foi administrado 0.3mg/dia de estrogênios conjugados eqüinos. Após um ano, terminamos o estudo com 70 pacientes. Analisamos o Índice Menopausal de Kupperman (IMK) através de cartão diário. Amostras de sangue foram analisadas e as mulheres foram divididas em 2 grupos de acordo com o polimorfismo da 5’ região não traduzida do gene CYP17: GA (selvagem homozigoto e heterozigoto) e GB (mutado homozigoto). RESULTADOS: Os valores do IMK foram similares nos dois grupos no ínicio do estudo. Os sintomas diminuíram nos dois grupos após um ano de tratamento quando comparados ao tempo zero. A taxa de melhora foi de aproximadamente 27.09% e 32.18% no GA e GB, respectivamente. Os níveis de estrogênio após o tratamento foram maiores nos dois grupos quando comparados ao inicio do tratamento. O nível de testosterona aumentou no GB após 1 ano de terapia estrogênica (0.48 ± 0.16) alcançando níveis maiores do que o GA após o término do estudo. O nível de SHBG mostrou um aumento significativo após 1 ano de tratamento no GB ultrapassando os níveis iniciais e o GA (p<0.01). CONCLUSÃO: Nossos dados sugerem que o polimorfismo do CYP17 não influencia a resposta estrogênica após 1 ano de tratamento. A produção extra de androgênio e estrogênio pode ter sido anulada pela elevação da SHBG. / To evaluate the influence of CYP17 polymorphism on menopausal symptoms after estrogen treatment. Design: A total of 130 women were recruited, but only 100 of these were selected according to inclusion and exclusion criteria, and they were treated with 0.3mg/day of conjugated equine estrogens. One year later the study was completed with 70 women. The analysis of the Kuppermann Menopausal Index (KMI) symptoms was made with information provided by the patients on daily diary cards. Blood samples were analyzed and the women were divided into two groups based on the CYP17, 5´ untranslated region: GA (wild-type homozygote and heterozygote) and GB (mutated homozygote). Results: The values of KMI were similar in both groups (GA = 31.11 ± 9.95 and GB= 30.39 ± 7.74) at baseline. The symptoms in both groups decreased after one year of treatment when compared to those at baseline. The improvement rate was approximately 27.09% and 32.18%, in GA and GB, respectively. The levels of estrogen after treatment were higher in both groups in comparison with the baseline values. The testosterone level rose in GB with the one-year treatment (0.48 ± 0.16) reaching a higher level than the GA level after treatment. The SHBG level showed a significant increase after the one-year treatment in GB surpassing both the baseline and the after treatment values of GA (p<0.01). Conclusion: Our data suggest CYP17 polymorphism did not influence the unopposed estrogen during the one-year treatment. The extra production of estrogen and androgen may have been countered by the elevation of SBHG.Key words: Polymorphism; CYP17; estrogen; hot flashes. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:27Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-03-31. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:15Z : No. of bitstreams: 1 Publico-12959.pdf: 1645113 bytes, checksum: 2836abcccc356e427c13763a5a6f708c (MD5) / Objetivo: Analise do fator de crescimento vasculo-endotelial (VEGF) como marcador sorologico no diagnostico da gravidez ectopica. Outrossim, e desiderato deste projeto avaliar se as variantes polimorficas -460 T/C (rs833061), -634 C/G (rs2010963) e +936 C/T (rs3025039) do gene do VEGF podem estar associadas a ocorrencia da gravidez ectopica (GE). Alem disso, procuramos avaliar se os niveis sericos de VEGF estavam correlacionados com o genotipo. Metodo: estudo caso-controle, onde foram selecionadas 35 pacientes com diagnostico de gravidez ectopica, 15 abortamentos e 22 gestacoes intra-uterinas normais. Foram coletados 10 mL de sangue em tubo seco, centrifugados a 2000 rpm e o sobrenadante foi separado em cinco aliquotas de 200 £gL e armazenados a -80 o C, para posterior avaliacao. A dosagem serica do VEGF foi realizada por metodo de ELISA - (human VEGF; R&D systems, Minneapolis). Para a avaliacao dos polimorfismos do gene do VEGF foram incluidas 74 pacientes com historia previa ou em vigencia de GE, em acompanhamento no Ambulatorio de GE da UNIFESP. O grupo controle foi constituido de 134 mulheres na menopausa, com pelo menos duas gestacoes normais, sem abortos ou GE durante a menacme, em seguimento no Ambulatorio de Climaterio da UNIFESP. Foram coletados 10 mL de sangue periferico, retirado buffy-coat, do qual e extraido DNA genomico pela tecnica de DTAB / CTAB. A genotipagem foi realizada digerindo os produtos de PCR com as enzimas de restricao especificas para os polimorfismos do gene de VEGF +936 C/T, -634 C/G e -460 C/T. Os dados foram analisados pelo teste ƒÓ2 ou teste exato de Fisher, sendo considerado significante p<0,05. Resultados: Nos casos estudados a media dos valores sericos do VEGF foi de 297,5 pg/mL na gravidez ectopica, 299,6 pg/mL no abortamento e de 39,9 pg/mL nas gestacoes intra-uterinas normais (p<0,0001). Nao foram identificadas diferencas significantes quanto as frequencias genotipicas e alelicas para os polimorfismos do gene do VEGF +936 C/T (p=0,28), -460 C/T (p=0,70) e -634 G/C (p=0,17). Nao foi identificada relacao entre os valores sericos de VEGF e os genotipos para nenhum dos polimorfismos de VEGF testados. Conclusao: Nossos resultados sugerem que na gravidez ectopica sejam detectados valores sericos mais elevados de VEGF do que na gravidez intra-uterina viável. Por outro lado, quando comparamos os valores de VEGF na gravidez ectópica com os casos de abortamento, não encontramos diferença estatisticamente significante. Não foi identificada associação entre a expressão de polimorfismo +936 C/T, -634 C/G e -460 C/T do gene do VEGF e nem de seus alelos com a ocorrência de gravidez ectópica. Não foi identificada relação entre os níveis séricos de VEGF e os genótipos para nenhum dos polimorfismos de VEGF testados. A produção de VEGF sérico parece não ter correlação com o genótipo. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Tesis para optar al grado académico de Magíster en Bioquímica, área de especialización en Toxicología y Diagnóstico Molecular, y Memoria para optar al Título Profesional de Bioquímico / Esta tesis se enmarca en un proyecto de investigación cuyo objetivo es investigar el poblamiento humano de la Polinesia utilizando marcadores genéticos, con énfasis en la colonización de Isla de Pascua. Los estudios de variación genética en poblaciones humanas modernas presentan diversos inconvenientes para dilucidar los primeros asentamientos humanos y las posteriores migraciones históricas. Por ello, para el estudio de las migraciones humanas en el Pacífico se ha utilizado el análisis de algunas especies estrechamente asociadas a los humanos que sirven como reflejo de sus movimientos colonizadores. En consecuencia, se ha postulado que identificando las relaciones genéticas (filogenia) de estas especies trazadoras, se podría dilucidar las vías de los navegantes que las transportaban. Existen estudios que avalan el uso de trazadores de las migraciones prehistóricas mediante técnicas genéticomoleculares. Una de las especies introducidas a las islas del Pacífico desde el sudeste asiático es Broussonetia papyrifera, que fue llevada desde Asia hacia el este a toda la Polinesia y aún se cultiva abundantemente en muchas islas de Oceanía, incluyendo la Isla de Pascua. En este estudio se evaluó la utilidad de B. papyrifera como un nuevo trazador de migraciones en el Pacífico analizando la variabilidad genética de muestras foliares de esta especie provenientes de la Polinesia mediante AFLP (“Amplified Fragment Length Polymorphisms”). AFLP fue la herramienta de elección debido a su alta capacidad de detectar variabilidad genética, porque no requiere conocimiento previo de la secuencia nucleotídica y permite una rápida generación de datos. Los resultados obtenidos mediante AFLP muestran que esta técnica es capaz de detectar variabilidad genética entre muestras de B. papyrifera de distintas localidades e islas, pese al corto periodo de tiempo transcurrido. El análisis filogenético permite visualizar una clara distinción entre la muestra de B. papyrifera de Taiwán y las de la Polinesia, existiendo una tendencia al agrupamiento de gran parte de las muestras analizadas según regiones insulares. Se concluye que B. papyrifera presenta una variabilidad genética detectable mediante AFLP, por lo cual esta especie podría utilizarse como trazador de migraciones. No obstante, no se logró establecer relaciones de parentesco con un apoyo estadístico fuerte. Este es un primer acercamiento para resolver esta interrogante, por lo que es necesario profundizar en estos estudios para esclarecer las posibles rutas migratorias humanas en el Pacífico / This thesis is part of a research project, related to the human settlement in Polynesia using genetic markers, with emphasis on the colonization of Easter Island. Studies about genetic variability in modern human populations have several disadvantages in establishing the origin of the first settlers and later historical migrations. Therefore, researchers have used some closely related species to humans for the study of migrations in the Pacific, because these species can serve as a mirror of the colonizers’ movements. Accordingly, it has been proposed that the identification of genetic relationships (phylogeny) of these proxy species could elucidate the routes of the sailors who transported them. Several studies endorse the use of prehistoric migration tracers through genetic techniques. One species introduced to the Pacific islands from Southeast Asia is Broussonetia papyrifera, which was carried from Asia to all Polynesia and is still grown amply on many Pacific islands, including Easter Island. In this study we evaluated the usefulness of B. papyrifera as a new migration tracer in the Pacific by analyzing the genetic variability of leaf samples collected in Polynesia using AFLP (“Amplified Fragment Length Polymorphisms”). AFLP was the tool of choice due to its high ability to detect genetic variability, because it requires no prior knowledge of nucleotide sequences and allows rapid data generation. The results obtained by AFLP show that this technique can detect genetic variability between samples of B. papyrifera from different localities and islands, despite the short period of time. The phylogenetic analysis allowed to visualize a clear distinction between the sample of B. papyrifera in Taiwan and those of Polynesia, as well as a tendency to grouping of most of the samples analyzed by islands. We conclude that B. papyrifera presents intra-species genetic variability detectable by AFLP, so this plant can be used as a migration tracer. Nevertheless, it was not possible to establish kinship with strong statistical support. This is a first approach to resolve this question, so it will be necessary to deepen on these studies to clarify the possible colonization routes of the first settlers of Easter Island and contribute to the knowledge on prehistoric migrations in the Pacific

Orientador: Ana Maria Costa Leonardo / Banca: Alexandre Vasconcellos / Banca: Hélida Ferreira da Cunha / Banca: Fabiana Elaine Casarin dos Santos / Banca: Eliana Marques Cancello / Capítulos 1 e 2 estão escritos em ingês e em formato de artigo / Resumo: Os cupins são insetos eussociais que apresentam divisão em castas entre os componentes das colônias. As castas apresentam adaptações morfofisiológicas para o melhor desempenho de determinadas funções e atividades comportamentais. A presente pesquisa objetivou analisar, do ponto morfológico, fisiológico e comportamental, as castas ápteras do cupim Velocitermes heteropterus que participam ativamente do forrageamento. No capítulo 1 deste volume é apresentado o estudo do polimorfismo da casta operária de V. heteropterus com duas subcastas, operários pequenos e grandes, baseado em caracteres morfométricos. Além disso, no capítulo 1 a rede de túneis escavadas por estes insetos foi caracterizada e as redes formadas por operários pequenos comparadas àquelas formadas por operários grandes e por grupos mistos dos dois tipos de operários. No capítulo 2 são apresentados os dados morfométricos dos outros componentes da linhagem áptera, ou seja, larvas e soldados, e também constam os dados de expressão gênica das celulases, os quais foram quantificados para ambos operários (pequenos e grandes) e soldados. Adicionalmente, no capítulo 2 é apresentado o sistema de desenvolvimento pós-embrionário da linhagem áptera de V. heteropterus. No capítulo 3 são apresentados dados sobre a dinâmica das trilhas de forrageamento de V. heteropterus. O fluxo de cupins saindo do ninho e retornando do alimento, a velocidade média individual e o número de colisões, bem como a distribuição espacial dos indivíduos nas trilhas, foram analisados durante as três primeiras horas desde o início do processo de forrageamento. A linhagem áptera de V. heteropterus apresenta um polimorfismo que está intimamente vinculado ao sexo e aos ínstares dos indivíduos. O polimorfismo dos componentes desta linhagem está relacionado... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Termites are eusocial insects that exhibit a division in castes among the members of the colonies. The current research had the aim to analyze, on the morphological, physiological and behavioral points of view, the apterous castes of the termite Velocitermes heteropterus that actively participate in foraging. The castes show morpho-physiological adaptations to develop certain functions and behavioral activities. In the chapter 1 of this volume it is presented the study of the polymorphism in the worker caste of V. heteropterus with two subcastes, major and minor workers, based on morphometric characters. In addition, in the chapter 1, the tunnel network excavated by these insects is characterized and the networks excavated by minor workers are compared to those excavated by major workers and mixed groups containing the two types of workers. In the chapter 2, the morphometric data on the other apterous individuals are presented, i. e., larvae and soldiers, and it is shown the cellulase gene expression, which were quantified for both workers (minors and majors) and soldiers. Additionally, in the chapter 2, the post-embryonic developmental system of the apterous line in V. heteropterus is presented. In the chapter 3, it is exhibit data on foraging trail dynamics of V. heteropterus. The flow of termites leaving the nest and returning from the food, the individual speed and the number of collisions, as well as the spatial distribution of the individuals in the trails, were analyzed for the first three hours from the beginning of the foraging process. The apterous line exhibit a polymorphism intimately related to the sex and instars of the individuals. The polymorphism of the members of this line is related to a differential contribution of the subcastes in tunneling and foraging processes, but does not seem to influence the... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Magíster en farmacología / El carcinoma escamoso de laringe es una enfermedad altamente invalidante ya que puede afectar la capacidad del habla, respiración y deglución del paciente que lo sufre. Los principales factores causales identificados son cigarro y alcohol. Las vías de respuesta inflamatoria, proliferativa y de reparación de ADN pueden contribuir al riesgo de cáncer de laringe. El objetivo de este estudio es determinar asociaciones entre variantes genéticas COX-2 rs20417, COX-2 rs689466, EGF rs4444903, EGFR rs2227983, P53 rs1042522 y el riesgo de cáncer de laringe en la población chilena. Se realizó un estudio casos y controles, con 100 pacientes con cáncer escamoso de laringe y 139 voluntarios adultos sin cáncer. La genotipificación se realizó mediante PCR-RLFP. Se observa que estos polimorfismos son capaces de incrementar el riesgo de cáncer de laringe asociado a la combinación de consumo de tabaco y alcohol en una razón de 0,34 veces para COX-2 rs20417, 0,5 veces para EGF rs4444903, 0,56 veces para P53 rs1042522, 1,72 veces para EGFR rs2227983 y 4,7 veces para COX-2 rs689466. Esto sugiere que las variantes COX-2 rs20417, COX-2 rs689466, EGF rs4444903, EGFR rs2227983 y P53 rs1042522 actúan como modificadores de riesgo de cáncer de laringe. / Laryngeal squamous cell carcinoma is a kind of cancer that can be highly disabling to the patient, affecting speech, swallowing and respiratory skills, and leading to impaired quality of life. Smoking and alcohol abuse are principal risk factors linked to this disease. Inflammation signaling pathways, mitogens and DNA repair genes are factors that can be involved in carcinogenesis. The aim of this research is to assess the effect of COX-2 rs20417, COX-2 rs689466, EGF rs4444903, EGFR rs2227983, P53 rs1042522 single nucleotide polymorphisms in the risk of laryngeal cancer development in Chilean population. For this case control study, we recruited 100 cancer patients and 139 healthy volunteers. SNP genotype was analyzed from genomic DNA by PCR-RFLP. We observed that these SNPs are capable of increase the smoking plus alcohol risk of laryngeal cancer in a ratio of 0,34 fold for COX-2 rs20417 SNP, 0,5 fold for EGF rs4444903 SNP, 0,56 fold for P53 rs1042522 SNP, 1,72 fold for EGFR rs2227983 SNP and 4,7 fold for COX-2 rs689466 SNP. These findings suggest that COX-2 rs20417, COX-2 rs689466, EGF rs4444903, EGFR rs2227983 and P53 rs1042522 single nucleotide polymorphisms acts as risk modifier factors for laryngeal cancer.

Orientador: Deilson Elgui de Oliveria / Banca: Lígia Niéro-Melo / Banca: Daniel Onofre Vidal / Banca: Alexandrona Sartori / Banca: Otávio Cesar Carvalho Guimarães Baiocchi / Resumo: Linfoma de Hodgkin clássico (LHc) é uma neoplasia maligna que apresenta um padrão aberrante de expressão de citocinas, incluindo IL-10 e TNF-a. Polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) nos genes codificadores de IL-10 e TNF-a ou de suas proteínas regulatórias, como NFkB, podem interferir na patobiologia do LHc. No presente estudo, SNPs nas regiões promotoras dos genes de IL-10 (SNP/pIL-10 -592, rs1800872; e SNP/pIL-10 -1082, rs1800896) e TNF-a (SNP/pTNF-a -238, rs361525; e SNP/pTNF-a -862, rs1800630), assim como na região intrônica do gene NFkB1 (SNP/iNFkB1, rs1585215) foram genotipados em 73 pacientes com LHc e avaliados em relação à sua associação com parâmetros prognósticos clínicos e laboratoriais da doença. SNPs/pIL-10 AA foram significativamente associados a maiores contagens de leucócitos e menores valores de linfócitos ao diagnóstico. No caso de TNF-a, SNP/pTNF-a -238 AG foi associado à presença de infecção pelo EBV enquanto SNP/pTNF-a -862 CC apresentou-se mais frequentemente com leucocitose. SNP/iNFkB1 AA associaramse à doença em estádio IV e padrão extranodal de apresentação. Entretanto, nenhum dos SNPs avaliados teve efeito no desfecho do tratamento. Esse estudo mostrou que alguns genótipos de SNPs nos genes de IL-10 e TNF-a estão associados a parâmetros prognósticos no LHc. Adicionalmente, pela primeira vez foram descritas associações entre SNP/iNFkB1 (rs1585215) e aspectos clínicos da doença / Abstract: Classic Hodgkin lymphoma (cHL) is a malignant lymphoid neoplasia that shows aberrant expression of cytokines, including IL-10 and TNF-a. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) in genes encoding IL-10 and TNF-a or their regulatory proteins, such as NFkB, may impact cHL pathobiology. In this study, SNPs in the promoter regions of genes encoding for IL-10 (SNP/pIL-10 -592, rs1800872; and SNP/pIL-10 -1082, rs1800896), and TNF-a (SNP/pTNF-a -238, rs361525; and SNP/pTNF-a -862, rs1800630), as well as in the intronic region of the NFkB1 gene (SNP/iNFkB1, rs1585215) were genotyped in 73 patients with cHL and evaluated against clinical and laboratory prognostic parameters for the disease. SNPs/pIL-10 AA were significantly associated with higher leukocyte and lower lymphocyte counts at diagnosis. In case of TNF-a, SNP/pTNF-a -238 AG was associated with EBV infection while SNP/pTNF-a -862 CC presented more frequently with leukocytosis. SNP/iNFkB1AA generally had stage IV and extranodal disease at diagnosis. Nonetheless, none of the studied SNPs had effect on on treatment outcome. This study shows that some SNPs genotypes for IL-10 and TNF-a genes are associated with prognostic parameters in cHL; furthermore, this is the first time that the SNP/iNFkB1 (rs1585215) was implicated in clinical features of the disease / Doutor

Orientador: Maria Elisabete Jorge Amaral / Coorientador: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Luciane Madureira de Almeida / Resumo: O Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) é uma região do genoma com um denso agrupamento de genes que apresentam alto grau de polimorfismo. Os genes do MHC estão divididos em regiões que apresentam similaridades funcionais, contendo genes da classe I, II e III, sendo que em bovídeos a classe II é subdividida em dois agrupamentos denominados IIa e IIb. Genes da classe II do MHC têm chamado muito a atenção, se tratando de animais de produção, diante da necessidade de melhorar métodos de controle de doenças, por meio do desenvolvimento de novas vacinas e seleção de animais resistentes. Desta forma, o presente trabalho visou à realização de um estudo da diversidade alélica do gene DRB3 em três raças de búfalo de rio criadas no Brasil (Mediterrâneo, Jafarabadi e Murrah) utilizando a técnica de PCR-RFLP. As amostras de DNA foram extraídas de bulbo folicular de 24 animais da raça Mediterrâneo, 23 animais da raça Jafarabadi e 18 animais da raça Murrah. As reações de PCR foram realizadas com volume total de 30 μl e o produto de PCR obtido foi digerido com três enzimas de restrição: RsaI, HaeIII e PstI. Os pares de iniciadores de PCR produziram produto de PCR de aproximadamente 300 bp de tamanho. A digestão com a enzima de restrição RsaI apresentou oito alelos, com tamanhos aproximados: O (300 bp), RsaI-A (230+70 bp), RsaI-B (180+120 bp), RsaI-C (130+90+70 bp), RsaI-D (140+90+70 bp), RsaI-E (120+70+60 bp), RsaI-F (120+110+70 bp) e RsaI-G (110+70+60+55 bp), sendo cinco alelos (O, RsaI-A, RsaI-B, RsaI-C, RsaI-E) na raça Mediterrâneo, quatro alelos (O, RsaI-A, RsaI-F e RsaI-G) na raça Jafarabadi e três alelos (O, RsaI-A e RsaI-D) na raça Murrah. Em todos os produtos de PCR, das três raças, o genótipo homozigoto para o alelo O foi o mais frequente (300bp/300bp). Com a enzima de restrição HaeIII foram observados quatro alelos, com tamanhos aproximados ... / Abstract: The Major Histocompatibility Complex (MHC) is a genome region with have a dense clusters of genes that showing a high degree of polymorphism. The genes of the MHC are divided in regions that show similar functions, and contain genes of the classe I, II and III. The class II, in bovides is subdivided in two clusters called IIa and IIb. Much attention has been given to class II genes, especially to the livestock, because the production animal has a need of more efficient methods to control diseases through the development of vaccines and selection of resistant animals. Therefore, the present work aimed study the allelic diversity of the DRB3 gene in three breeds of river buffaloes raised in Brazil (Mediterranean, Jafarabadi and Murrah) by PCR-RFLP. DNA samples were extracted from follicle bulb of 24 Mediterranean, 23 Jafarabadi and 18 Murrah buffaloes breeds. The PCR reactions have 30 μl of volume and the PCR product was digested with three restriction enzymes: RsaI, HaeIII and PstI. The primers pairs produced a PCR product with 300 bp size proximally. Digestion with the restriction enzyme RsaI presented eight alleles, with proximally sizes: O (300 bp), RsaI-A (230+70 bp), RsaI-B (180+120 bp), RsaI-C (130+90+70 bp), RsaI-D (140+90+70 bp), RsaI-E (120+70+60 bp), RsaI-F (120+110+70 bp) and RsaI-G (110+70+60+55 bp), and were five alleles (O, RsaI-A, RsaI-B, RsaI-C and RsaI-E) in the Mediterranean breed, four alleles (O, RsaI-A, RsaI-F and RsaI-G) in the Jafarabadi breed and three alleles (O, RsaIA and RsaI-D) in the Murrah breed. In all of the PCR products, of the three breeds, the homozygote genotype for the allele O was the most frequent (300bp/300bp). Digestion with the HaeIII restriction enzyme produced four alleles, with proximally sizes: HaeIII-A (220+80 bp), HaeIII-B (170+80+50 bp), HaeIII-C (210+80 bp) and HaeIII-D (170+130 bp), where the Mediterranean breed presented the four alleles ... / Mestre

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Ricardo Vieira Ventura / Coorientador: Roberto Carvalheiro / Banca: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Arione Augusti Boligon / Resumo: Painéis de marcadores genéticos de alta densidade (HD) possuem forte desequilíbrio de ligação, que permite melhores predições de valores genômicos. Entretanto, genotipar animais com estes painéis apresenta custo elevado, tornando-se uma limitação para a genotipagem de todos os candidatos à seleção. Uma alternativa para a redução desses custos é utilizar imputação de genótipos. A imputação é um método em que marcadores de uma população genotipada com painéis de baixa densidade (LD) são inferidos utilizando informações provenientes de uma população referência genotipada com painéis HD. O objetivo deste trabalho foi comparar em diferentes cenários metodologias de imputação de marcadores moleculares de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNP) em bovinos de corte da raça Canchim. Foram utilizadas informações de 285 animais da raça Canchim, 114 do grupo genético "MA" e 1 touro da raça Charolês genotipados com painel Illumina BovineHD BeadChip (786.799 SNP), nascidos entre 1999 e 2005 e provenientes da base de dados genômicos da Embrapa Pecuária Sudeste, São Carlos, SP. A edição dos dados foi realizada no software R e em linguagem C++. Para a frequência mínima de alelos (MAF) foram aplicados 3 diferentes critérios: sem remover MAF (QC1); SNP com MAF menor que 0,0025 (QC2) e menor que 0,10 (QC3) foram excluídos. O painel HD original foi reduzido para painéis de baixa densidade (LD) 3K, 6K, 9K, 50K, 20K, 80K e 90K, selecionando os marcadores em comum entre o painel HD original e os painéis comerciais Illumina Bovine3K (3K), BovineLD (6K), GeneSeek Genomic Profiler (GGP) Beef LD (9K), BovineSNP50 (50K), GGP Indicus LD (20K) ,GGP Beef HD (80K) e GGP Indicus HD (90K). Os animais foram divididos em diferentes cenários, denominados de população referência e imputação, sendo o cenário 1 (C1): População referência formada por animais nascidos ... / Abstract: High-density panels (HD) have strong level linkage disequilibrium among genetic markers (i.e. single nucleotide polymorphism - SNP), which allows better predictions of genomic breeding values. However, HD genotyping still expensive and became a limitation for the quantity of candidate animals used in genomic studies. As an alternative to decrease costs, imputation methods are powerful tools to infer missing marker genotypes from low-density (LD) panels to HD. Imputation uses information from a reference population of animals genotyped with a HD panel to impute variants that are not directly genotyped in LD panels. The objective of this study was to compare different scenarios and methodologies of imputation for the Canchim cattle. Data set was provided by Embrapa Pecuária Sudeste and comprised 285 Canchim animals, 114 MA genetic group animals, and 1 ancestor Charolais bull. Animals born between 1999 and 2005 were genotyped with the Illumina BovineHD panel (786,799 SNP). Data editing was performed in the R software and in C ++ language. Multiple scenarios combining different minor allele frequencies (MAF) thresholds for SNPs were tested: no MAF filter (QC1), and exclusion of SNPs with MAF lower than 0.0025 (QC2) and MAF lower than 0.10 (QC3). LD panels were created by masking SNPs originally present in the HD panel, and then assigning markers into the Illumina Bovine3K (3K), Illumina BovineLD (6K), Beef LD GeneSeek Genomic Profiler (9K), Indicus LD GeneSeek Genomic Profiler (20K), Illumina BovineSNP50 (50K), GeneSeek Genomic Profiler Beef HD (80K) and GeneSeek Genomic Profiler Indicus HD (90K) panels. Reference and target populations were defined as scenario 1 (C1), reference animals were born up until 2004 and target animals were born in 2005; scenario 2A (C2A), reference animals from Canchim breed and target animals from MA genetic group; scenario 2B (C2B), reference animals from MA genetic ... / Mestre

Orientador: Luis Artur Loyola Chardulo / Coorientador: Rogério Abdallah Curi / Banca: Luciana Correia de Almeida Regitano / Banca: Gabriel de Menezes Yazbeck / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Resumo: O objetivo desta pesquisa foi identificar, por meio da utilização e análise de painéis de genotipagem de SNPs de alta densidade e da aplicação das estatísticas homozigose relativa do haplótipo estendido (REHH), uma extensão da análise EHH, e índice de fixação (FST), regiões do genoma selecionadas na linhagem de trabalho da raça Quarto de Milha de forma divergente em relação à de corrida. Foram utilizados 188 cavalos de ambos os sexos, nascidos entre 1985 e 2009, registrados na Associação Brasileira de Criadores de Cavalo Quarto de Milha (ABQM), sendo 68 da linhagem de trabalho e 120 da de corrida. A partir de 36 regiões do genoma, consideradas assinaturas de seleção por ambas as estatísticas utilizadas, foi feita a anotação funcional de genes a fim de identificar aqueles que possam ter sido importantes ao longo do processo de formação da linhagem de trabalho. Quarenta e cinco genes foram identificados em processos biológicos relacionados aos sistemas muscular, esquelético, cardiovascular, respiratório e nervoso, neurotransmissão, metabolismo energético muscular, atividade motora, visão, audição, e função cognitiva. Os genes relacionados aos últimos quatro processos, merecem destaque pelo fato de que, em confluência, podem estar relacionados ao cow sense ou habilidade de apartação, característica de grande importância para a utilização do equino no manejo de bovinos de corte / Abstract: The objective of this study was to identify genomic regions selected in cutting line of Quarter Horses divergently in relation to racing line using high-density SNP genotyping arrays and the relative extended haplotype homozygosity (REHH) test, an extension of EHH analysis, and the fixation index (FST) as statistical methods. A total of 188 horses of both sexes, born between 1985 and 2009 and registered with the Brazilian Association of Quarter Horse Breeders (ABQM), were used. Of these, 68 horses were from the cutting line and 120 from the racing line. On the basis of 36 genomic regions classified as selection signatures by the two statistical methods, functional annotation of genes was performed in order to identify those that might have been important during formation of the cutting line. Forty-five genes were found to be involved in biological processes related to the muscle, skeletal, cardiovascular, respiratory and nervous systems, neurotransmission, muscle energy metabolism, motor activity, vision, hearing, and cognitive function. The genes related to the last four processes are particularly interesting because these genes together may be involved in cow sense or cutting ability, an important characteristic for the management of beef cattle / Doutor

Orientador: Rogério Abdallah Curi / Banca: Luciana Correia de Almeida Regitano / Banca: Mauricio de Alvarenga Mudadu / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Resumo: Caracterizada por sua grande versatilidade em várias modalidades equestres, a raça Quarto de Milha se destaca mundialmente, representando 52% de toda população equina no mundo. Dentro da raça há subdivisão em diferentes segmentos de aptidão, provenientes de distintos objetivos de seleção, consideradas linhagens, entre elas corrida e trabalho. Objetivou-se com este estudo avaliar as diferenças morfológicas e genômicas que ocorrem entre as linhagens de corrida e trabalho como resultado da seleção para diferentes objetivos, a identificação de regiões genômicas que tenham sido alteradas pela seleção na formação da linhagem de corrida em relação à linhagem de trabalho e realizar dois estudos, independentes, de associação ampla do genoma (GWAS) para identificar regiões cromossômicas e genes candidatos posicionais associados com características de desempenho na linhagem de corrida e com características morfométricas na raça como um todo. Para as análises foram utilizados 120 animais de corrida e 64 animais de trabalho de ambos os sexos registrados na Associação Brasileira de Criadores de Cavalo Quarto de Milha. As características morfométricas avaliadas foram: peso, altura à cernelha, comprimentos corporal, da canela, da quartela, da garupa, da cabeça, e do pescoço, perímetros torácico, da canela e do casco e a característica de desempenho índice de velocidade. A análise das diferenças morfológicas foi realizada por meio do procedimento GLM do programa SAS utilizando-se modelo que incluiu os efeitos de sexo e linhagem e a covariável idade à mensuração. Para a análise das diferenças genômicas, 54.602 SNPs foram genotipados utilizando-se o painel de marcadores Illumina Equine SNP50 BeadChip. Os resultados obtidos revelaram mudanças significativas entre as linhagens para todas as características morfométricas avaliadas. Animais de corrida apresentaram maiores pesos, alturas, comprimentos ... / Abstract: Characterized by its versatility in several sporting activities, the Quarter Horse breed excels globally, representing 52% of the entire equine population in the world. The Quarter Horse breed is subdivided into different lines according to skills resulting from distinct selection objectives, including cutting and racing horses. The aims of the present study were to investigate the morphological and genomic difference, between cutting and racing lines as a result of selection for different objectives; identification of the genomic regions divergently selected in racing line in relation to cutting line and to perform two genome-wide association studies, independently, to identify chromosomal regions and positional candidate genes associated with performance trait in the racing line and morphometric traits in the breed as a whole. To perform the analyses 120 racing animals and 64 cutting animals of both sexes and registered at the Brazilian Association of Quarter Horse Breeders were used. The evaluated morphometric traits were: weight; height at withers; length of the body, shank, pastern, rump, head, and neck; circumference of the chest, shank, and hoof and speed index performance trait. Morphological differences analysis was performed using a model that included the fixed effects of sex and line, and age at recording as covariate. The GLM procedure of the SAS program was used for statistical analysis. To perform genomic differences analysis, 54,602 SNPs were genotyped by the Illumina Equine SNP50 BeadChip array. The results showed significant changes in the morphometric traits of the animals. Racing animals were heavier and taller and presented greater body lengths and perimeters than cutting horses. The number of informative SNPs and the SNP density found in the genome of cutting and racing animals suggest that the Equine SNP50 BeadChip can be used for different purposes in the Quarter Horse breed. To identify genomic regions ... / Doutor