Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-03-01Bitstream added on 2014-06-13T19:26:38Z : No. of bitstreams: 1 prado_rp_dr_botfm.pdf: 1768816 bytes, checksum: 9cf30006e86899d47a461a8d33e92140 (MD5) / É crescente o número de estudos que demonstram a importância de micronutrientes e compostos bioativos presentes nos alimentos na prevenção de diversas doenças degenerativas crônicas. Entretanto vários estudos moleculares epidemiológicos têm demonstrado que além de fatores ambientais, como a dieta, essas doenças degenerativas podem ser modulada por genes envolvidos no biometabolismo de xenobióticos, metabolismo do carbono e no reparo de DNA. Portanto, o presente estudo avaliou a possível influência do padrão alimentar e dos polimorfismos dos genes GSTP1, CYP1A1, XRCC1 e MTHFR sobre os níveis de danos oxidativos no DNA, uracilas incorporadas no DNA e eficiência do sistema de reparo de DNA em dois grupos de indivíduos residentes em Botucatu com diferentes padrões alimentares. Grupo I (GI): 87 indivíduos com alimentação rica em produtos orgânicos, grãos integrais, frutas e vegetais, e baixa ingestão de produtos industrializados; Grupo II (GII): 97 indivíduos com alimentação rica em produtos industrializados e pobres em frutas e vegetais. A quantificação do nível de danos oxidativos no DNA, uracilas incorporadas ao DNA e a eficiência do sistema reparo de DNA em linfócitos de sangue periférico, foi analisada utilizando-se o Teste do Ensaio Cometa. Os polimorfismos dos genes GSTP1, CYP1A1, XRCC1 e MTHFR foram analisados por realtime PCR. Também foi realizada a análise dos níveis de luteína, criptoxantina, -caroteno, -caroteno, licopeno, retinol e -tocoferol no plasma, pela técnica de cromatografia líquida de alta pressão (HPLC). Os indivíduos do GI apresentaram menores níveis de danos oxidativos no DNA e menores níveis de dano no DNA induzidos pela H2O2 quando comparados aos indivíduos do GII. Quanto aos subgrupos de micronutrientes: Indivíduos do subgrupo percentil 75 para todos os micronutrientes tiveram maior nível de danos no DNA do que os indivíduos... / Not available

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-10-12Bitstream added on 2014-06-13T19:25:07Z : No. of bitstreams: 1 ferreiraneto_m_dr_botib.pdf: 962499 bytes, checksum: 9be614144aaf9c5c40be6a9ceca1908b (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Neste estudo, espécimens de Astyanax fasciatus capturados no ribeirão Água de Madalena (bacia do alto rio Paraná) foram analisados citogeneticamente, revelando diferentes números diplóides em indivíduos convivendo em simpatria e sintopia, com números cromossômicos de 46, 48 e 50 cromossomos, sendo identificado ainda um cromossomo B acessório em todos os exemplares portadores da fórmula cariotípica com 46 cromossomos. Os exemplares analisados desta espécie foram submetidos às técnicas citogenéticas básicas de coloração com Giemsa, bandamento C e impregnação por nitrato de Prata e técnicas de citogenética molecular, com marcação por fluorocromos base-específicos, hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 18S, 5S e As51, com sondas teloméricas (TTAGGG)n e também com a microdissecção cromossômica, que resultou da hibridação in situ fluorescente (FISH) utilizando sondas produzidas a partir dos cromossomos B. A região organizadora de nucléolo (NOR) e os sítios de rDNA 18S e 5S mostraram uma distribuição conservada entre os citótipos 2n=46 e 2n=48 cromossomos, sendo que o citótipo de 2n=50 cromossomos apresentou-se de forma diferente com relação aos sítios de rDNA 18S, os quais se apresentaram localizados em cromossomos diferentes. A distribuição da heterocromatina foi pouco variável entre os três citótipos e a região da NOR mostrou-se CG rica quando submetida ao tratamento com Cromomicina A3. Os resultados obtidos com os marcadores moleculares e de citogenética básica mostraram que parece não ocorrer intercruzamentos envolvendo os exemplares dos diferentes citótipos, uma vez que não foram encontradas fórmulas cromossômicas híbridas entre estes citótipos até o presente. Porém, se estes citótipos compartilham uma série de homologias, como evidenciado na análise dos marcadores cromossômicos, também são encontradas diferenças... / In this study, specimens of Astyanax fasciatus were collected at Água da Madalena stream (Botucatu, São Paulo, Brazil) and analyzed cytogenetically, revealing different diploid numbers of individuals living in sympatry and sintopy with chromosome numbers of 46, 48 and 50 chromosomes, still being identified a chromosome B accessory on all copies bearing the karyotype formula with 46 chromosomes. The specimens of this species analyzed were submitted to cytogenetic techniques basic of Giemsa staining, C-banding and Silver nitrate impregnation and molecular cytogenetic techniques, marked by base-specific fluorochromes, fluorescence in situ hybridization with probes 18S rDNA and 5S As51, telomeric probe (TTAGGG)n and also with the chromosome microdissection, resulting in fluorescence in situ hybridization (FISH) using probes generated from chromosome B. The nucleolus organizer regions (NOR) and sites of 5S and 18S rDNA showed a distribution conserved between cytotypes 2n = 46 and 2n = 48 chromosomes, and the cytotype of 2n = 50 chromosomes presented differently with respect to 18S rDNA sites, which are located on different chromosomes presented. The distribution of heterochromatin was somewhat variable among the three cytotypes and NOR region proved CG rich when subjected to treatment with chromomycin A3. The results obtained with the markers and molecular cytogenetics basic showed that appears not to occur intercrosses involving specimens of different cytotypes since it was not found among these formulas chromosomal hybrid cytotypes to the present. However, if these cytotypes share a number of homologies, as evidenced in the analysis of chromosomal markers are also differences that could be a consequence of chromosomal rearrangements complementary, providing new locations of rDNA sites and causing a consequent differentiation and speciation among copies of different cytotypes... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:33:34Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-02. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:23Z : No. of bitstreams: 1 000834199_20160202.pdf: 110591 bytes, checksum: 9b4d763896b837f183fbb81b557d4619 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-02-03T15:35:13Z: 000834199_20160202.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-03T15:35:54Z : No. of bitstreams: 1 000834199.pdf: 1278335 bytes, checksum: 9ed66d4ca576eca0681d0113a356d68a (MD5) / Dentre as proteínas do leite, as caseínas (alfa-s1, alfa-s2, beta- e kapa-caseína) assumem papel de destaque devido ao alto valor nutritivo e às características físico-químicas que favorecem a fabricação de derivados do leite. Essas proteínas são codificadas pelos genes CSN1S1, CSN1S2, CSN2 e CSN3. A fim de realizar análise comparativa dos genes das caseínas de búfalo, o presente trabalho teve como objetivo a identificação, caracterização e sequenciamento de clones da biblioteca genômica de búfalo, visando analisar a estrutura molecular de genes das caseínas. Dentre os 33.792 clones avaliados, foram identificados dois clones positivos para genes das caseínas, um para o gene CSN1S1 (clone A/2) e outro para o gene CSN3 (clone L/8). Na sequência de DNA obtida a partir do clone A/2, foram identificados os genes CSN1S1 inteiro e CSN2 parcial, enquanto que nas sequências de DNA do clone L/8 identificou-se o gene CSN3 partial. O gene CSN1S1 apresentou 17.008 bp organizados em 19 éxons com tamanhos variando de 24 bp a 380 bp e 18 íntrons com tamanhos de 90 bp a 1.710 bp. As análises comparativas revelaram que os éxons e íntrons desse gene apresentaram conservação acima de 85% entre búfalo e boi. As porções do gene CSN2 identificadas incluíram o éxon 9 e parte do íntron 8, os quais mostraram conservação acima de 98% com as sequências correspondentes em boi. Já as sequências parciais do gene CSN3 abrangeram parte dos íntrons 2 e 3 e o íntron 4 completo, além dos éxons 3, 4 e 5. Estas sequências apresentaram conservação acima de 94% com as correspondentes em boi. As análises de identificação de sequências repetitivas mostraram que 43,83% e 44,98% das sequências de DNA do clone A/2 e L/8, respectivamente, são representadas por elementos retrotransposons. Nas análises comparativas, tanto o gene CSN1S1 quanto o gene CSN3 parcial apresentaram sequências repetitivas búfalo específicas. A sequência ... / Among milk proteins, the caseins (alpha-s1, alpha-s2, beta- and kappa-casein) play a crucial role considering their high nutritional value and physicochemical characteristics which contribute to the manufacture of dairy products. These proteins are encoded by the CSN1S1, CSN1S2, CSN2 and CSN3 genes, respectively. In order to analyze the buffalo casein genes and compare the sequences with other species, the goal of the present study was to identify, characterize and sequence clones from a buffalo genomic library. A total of 33,792 clones were evaluated, and two clones were identified as positive, one for the CSN1S1 gene (clone A/2) and other for the CSN3 gene (clone L/8). The DNA sequence from clone A/2 identified the whole CSN1S1 and a partial sequence from the CSN2 genes. The DNA sequence from clone L/8 revealed a partial sequence from the CSN3 gene. The CSN1S1 gene presented a total of 17,008 bp organized in 19 exons ranging from 24 bp to 380 bp and 18 introns ranging from 90 bp to 1,710 bp. Comparative analysis showed sequence conservation higher than 85% on exons and introns of the CSN1S1 gene when compared with the cattle gene sequence. The partial sequence from the CSN2 gene included exon 9 and part of intron 8, with conservation higher than 98% when compared with the cattle sequence. The partial sequences of the CSN3 gene included parts of the introns 2 and 3, the whole sequence of intron 4 and exons 3, 4 and 5. These sequences showed conservation higher than 94% with cattle. The identification of repetitive sequences showed that 43.83% of DNA sequence from clone A/2 and 44,98% from clone L/8 were represented by retrotransposable elements. Further comparative analysis showed buffalo specific repetitive sequences in the CSN1S1 gene and the partial CSN3 gene with when compared with other bovids species. The coding sequence of the buffalo CSN1S1 gene showed 98%, 93%, and 90% of identity with the correspondent sequences in cattle ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-27. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:59Z : No. of bitstreams: 1 000834512.pdf: 473043 bytes, checksum: 44d24e6dcb2fb5220f4b7b5945c123fe (MD5) / CNVs (copy number variation - variação no número de cópias) são segmentos de DNA de tamanho igual ou maior a 1 Kb e estão presentes em número variável de cópias em comparação com um genoma referência e podem estar associadas com a expressão gênica e variâncias fenotípicas. Assim, esse trabalho teve como objetivo identificar regiões com variações no número de cópias nos segmentos de DNA em um total de 366 indivíduos de 5 raças bovinas autóctones de corte espanholas, distribuídos em 25 famílias formadas por pai-mãe-progênie, denominados trios. Os animais pertencentes às raças Asturiana de los Valles (75 indivíduos, 25 trios), Avileña-Negra Ibérica (74 indivíduos, 24 trios completos, um trio com pai repetido), Morucha (Mo, 75 indivíduos, 25 trios), Pirenaica (74 indivíduos, 24 trios completos, um trio com pai repetido) e Retinta (68 indivíduos, 18 trios completos, 7 trios com pais repetidos) foram genotipados com o painel Illumina BovineHD Beadchip de 777K A identificação das CNVs foi realizada por meio do modelo das cadeias ocultas de Markov implementado no software PennCNV. As regiões de CNV (copy number variation region - CNVR) foram determinadas pela sobreposição de agrupamentos das CNVs identificados em diferentes animais. Genes candidatos localizados nas CNVR encontradas foram investigados por meio de análises nas plataformas NCBI e Ensembl. Foram detectadas 8061 CNVs, sendo 2852 cópias e 5592 deleções e 1293 regiões, sendo 876 deleções e 314 cópias, cobrindo 3,6% do genoma autossômico bovino. Foram encontrados dentro dessas regiões 1.263 genes, com alguns deles fazendo parte de processos biológicos como crescimento e sistema imune. Encontrou-se um grande número de CNVs sendo compartilhadas entre as raças Asturiana de los Valles e Morucha, o que sugere proximidade entre essas raças durante seu... / Copy number variation (CNV) are DNA segments that are present at variable copy number compared to a reference genome. Classes of CNVs include insertions, deletions, duplications and inversions. CNVs can be associated with gene expression and phenotypic variation, providing genetic variability among individuals and, thus, are an important tool to production and healthy traits selection. The goal of this study was to identify regions with copy number variation in a total of 366 individuals from 5 autochthonous Spanish breeds of beef cattle, distributed into 25 families for breed, composed of sire-dam-offspring, called trios. The animals belonged to Asturiana de los Valles (75 individuals, 25 trios), Avileña-Negra Ibérica (74 individuals, 24 complete trios, one sire-repeated trio), Morucha (Mo, 75 individuals, 25 trios), Pirenaica (74 individuals, 24 24 complete trios, one sire-repeated trio) e Retinta (68 individuals, 18 complete trios, 7 sire-repeated trios) and were genotyped with the Illumina BovineHD Beadchip. The PennCNV software performed the CNVs identification. The CNV regions (CNVR) were determined by the overlapping of the CNVs. Candidates genes placed within the found CNVRs were investigated by analysis into the NCBI and Ensembl data platform. It has been detected a total of 8,061 CNV, which 2852 are gain and 5592 are loss of a DNA segment. A great amount of sharing CNVs between Asturiana de los Valles and Morucha breeds had been observed, which suggests a proximity during their formation process. We found also 1,293 regions of CNVs, spanning 3.6% of the autosomal bovine genome and 1,263 genes were present within these regions, and were involved in biological processes such as growth and immune system

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:24:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-12-17. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:48:17Z : No. of bitstreams: 1 000846655.pdf: 1588788 bytes, checksum: ca68d5412270b7e10f44b091129d9d94 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / D. melanogaster e D. simulans são espécies irmãs nativas da África tropical que divergiram de um ancestral comum a cerca de dois Myr. Estas espécies têm sido comparadas em vários traços, incluindo a morfologia, fisiologia, comportamento sexual, aloenzimas e outras proteínas, inversões cromossômicas, DNA nuclear e mitocondrial, elementos transponíveis, infecção por Wolbachia entre outros. Entretanto, estudos em populações da América do Sul, inclusive do Brasil, são escassos. O objetivo principal do trabalho foi comparar linhagens geográficas de D. melanogaster e D. simulans do Brasil, África e França, quanto à suscetibilidade ao inseticida DDT, ao padrão de beta e alfa esterases, principalmente em relação à frequência do polimorfismo da esterase- 6 em indivíduos fenotipados como resistentes e suscetíveis, e a atividade da glutationa S-transferase. Ambas as espécies mostraram uma ampla variabilidade nos valores da CL50 obtidos. Os maiores valores foram observados nas linhagens africanas de D. melanogaster e D. simulans, TANA (447,89 μg/mL), e TANA-4 (920 μg/mL). A linhagem Canton-S de D. melanogaster foi a que apresentou o menor valor de CL50 = 2,99 μg/mL. Comparando as populações de mesma localidade de ambas as espécies verifica-se que as linhagens de D. melanogaster mostraram valores de CL50 maiores que os de D. simulans, com exceção da linhagem FLO onde D. simulans apresentou um valor de CL50 (94,60) ligeiramente superior ao de D. melanogaster (81,82). Foram analisadas duas bandas α-esterásicas, denominadas de α-1 e α-2, sendo que a banda α-2 foi observada em 100% de todos os indivíduos analisados de ambas as espécies. Os dados mostram maior variabilidade genética para D. melanogaster em relação à resistência ao DDT, alta resistência para as linhagens africanas de ambas as espécies, indicando que estas populações continuam sendo selecionadas por este... / D. melanogaster and D. simulans are sister species native to tropical Africa which diverged from a common ancestor about two Myr. These species have been compared in several traits, including morphology, physiology, sexual behavior, allozymes and other proteins, chromosomal inversions, nuclear and mitochondrial DNA, transposable elements, Wolbachia infection among others. However, studies in populations of South America, including Brazil, are scarce. The main objective of the study was to compare geographic strains of D. melanogaster and D. simulans from Brazil, Africa and France, for susceptibility to the insecticide DDT, the pattern of α and β esterases, especially in relation to the frequency of the polymorphism of esterase-6 in individuals phenotyped as resistant and susceptible, and the activity of glutathione-S-transferase . Both species showed a wide variability in LC50 values obtained. The highest values were observed in African strains of D. melanogaster and D. simulans, TANA (447.89 mg / mL), and TANA-4 (920 / mL). The Canton-S strain of D. melanogaster was the one with the lowest LC50 = 2.99 mg / mL. Comparing populations from the same location of both species the strains of D. melanogaster showed LC50 values larger than D. simulans, except FLO D. simulans strain had a LC50 (94.60) slightly higher than D. melanogaster (81.82). We analyzed two bands α-esterases, which we call α-1 and α-2, and the band α-2 was observed in 100% of all individuals analyzed in both species. The data show greater genetic variability for D. melanogaster for resistance to DDT, high resistance to African strains of both species, indicating that these populations continue to be selected by this or another insecticide, the lack of a cline for the F and S alleles in strains of both species, suggest that treatment with DDT may have selected individuals heterozygous for some strains, which may have masked the...

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:25:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-18. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:49:11Z : No. of bitstreams: 1 000845666_20160326.pdf: 104852 bytes, checksum: 4ffda9827d2a02d6fd93c8b2864ec2f2 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-03-28T13:37:43Z: 000845666_20160326.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-03-28T13:38:47Z : No. of bitstreams: 1 000845666.pdf: 859287 bytes, checksum: 2d08325891b29c4e02f7534921c2c16a (MD5)

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:25:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-23. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:49:04Z : No. of bitstreams: 1 000844399_20160223.pdf: 224797 bytes, checksum: eac9ea801964c01cce92113640cd3a45 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-02-24T11:27:46Z: 000844399_20160223.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-24T11:28:32Z : No. of bitstreams: 1 000844399.pdf: 789622 bytes, checksum: 305923b9824e29cd4093940a21443c11 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Síndromes Mielodisplásicas (SMD) ou mielodisplasias compreendem um conjunto heterogêneo de doenças hematopoéticas caracterizadas por hematopoese ineficaz, que geralmente apresentam citopenias no sangue periférico, diferenciação celular displásica e propensão ao desenvolvimento de leucemia mielóide aguda. São classificadas em vários tipos e a incidência anual é estimada entre quatro casos por 100.000 pessoas da população em geral, e em até 50 casos por 100.000 indivíduos com idades avançadas. A análise cromossômica das células da medula óssea (MO) ao diagnóstico detecta alterações relacionadas com diagnóstico e prognóstico, mas alguns genes também já foram relacionados à etiologia das mielodisplasias, por apresentarem mutações e alterações epigenéticas que podem resultar em alterações na hematopoese. O gene FOXO3, um supressor de tumor, é um dos genes que mais se expressa no tecido hematopoético normal, o que faz dele um possível candidato ao envolvimento na etiopatogenia das doenças da MO. Entretanto, não foram encontrados estudos sobre FOXO3 em SMD. Alterações neste gene poderiam resultar em hematopoese anormal. O objetivo deste trabalho foi estudar células da MO de 100 indivíduos com SMD de qualquer tipo, ao diagnóstico, para investigar mutações no éxon 1 e o padrão de metilação da região promotora do FOXO3, além da presença de alterações cromossômicas. Para a análise molecular foi extraído o DNA, realizada à amplificação gênica por PCR e realizado o sequenciamento direto do éxon 1; para o estudo epigenético, foi feita a conversão do DNA por bissulfito e a MSP-PCR, e a análise citogenética foi realizada em metáfases submetidas ao bandamento GTG. No éxon 1 foi observado o polimorfismo 159C>T em 26% pacientes e em 16% controles, o que não diferiu estatisticamente (p>0,05). O estudo do padrão de metilação da ilha CpG estudada da... / Myelodysplastic syndromes (MDS) or myelodysplasia constitute a heterogeneous group of hematopoietic diseases characterized by ineffective hematopoiesis usually withperipheral bloodcytopenias, dysplastic cell differentiationanda tendency to evolve toacute myeloid leukemia. They are classified invarious typesand the annual incidence is estimated at between four cases per 100,000 individualsin the general population and up to 50 cases per 100,000 with advanced ages. A chromosomal analysis of bone marrow cells at diagnosis identifie schanges related with diagnosis and prognosis, but some genes are also associated to the etiology of myelodysplasia, for presenting mutations and epigenetic changes that may result in alteration in hematopoiesis. The FOXO3 gene, tumor suppressor, isone of the most commonly expressed genesin normal hematopoietic tissue, which makes it a possible candidate for involvement in the pathogenesis of diseases of the bone marrow. However, no studies were found on FOXO3in MDS. The changesin this genecould there for eresultina b normalhe matopoiesis. The aim of this work was to study bone marrow cells from 100 patients diagnosed with anytypeof MDS, to investigate mutations in exon 1 and the methylation pattern of FOXO3 promoter region, and the presence of chromosomal alterations. For molecular analysis, DNA was extracted, gene amplification was achieved bypolymerase chain reaction and direct sequencing of exon 1 was performed, for epigenetic study, the bisulfite conversion of DNA, and subsequently carrying out the MSP -PCR was performed, and cytogenetic analysis was performed on metaphases submitted to GTG banding. Inexon 1 was observed the 159C > Tpolymorphismin 26% patients andin 16% healthy controls, wich not statistically significant (p>0,05)...

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-21Bitstream added on 2014-11-10T11:58:40Z : No. of bitstreams: 1 000789670.pdf: 5329509 bytes, checksum: a3824c4502c72a77d4e53b53fdea327f (MD5) / Dentre os peixes da região Neotropical, temos a família Characidae, cujo gênero Astyanax é o mais comum e diversificado, contando com 141 espécies validadas. Estudos com diversas espécies do grupo têm demonstrado um dinamismo populacional particular, que leva à formação de populações geneticamente muito variáveis, além da ocorrência de cromossomos B, que neste gênero apresentam intensos polimorfismos. Estes cromossomos são classificados como elementos adicionais e dispensáveis, e estão presentes em plantas, fungos e animais, de diferentes morfologias e frequência variada. Frente a isso, foram analisadas seis populações distintas de Astyanax bockmanni coletadas nas bacias do rio Tietê e Paranapanema, além de exemplares das espécies A. fasciatus e A. paranae portadores de cromossomos supranumerários. Os estudos se basearam em técnicas citogenéticas clássicas (coloração com Giemsa, impregnação com nitrato de Prata, e bandamento C) e moleculares (hibridação in situ fluorescente e Zoo-FISH, por meio de sondas de DNAr 5S e 18S; genes para as histonas H1, H3; e elementos transponíveis Rex1, Rex3 e Rex6). Também realizamos a microdissecção, amplificação, marcação e hibridação de uma sonda B-específica do cromossomo B acrocêntrico de A. bockmanni, nomeada Babock. Os resultados indicaram que todos os exemplares de A. bockmanni e A. paranae apresentaram de 2n=50 cromossomos. Já A. fasciatus evidenciou 2n=46 cromossomos padrão. Todos os cariótipos das três espécies foram constituídos de cromossomos dos tipos metacêntricos, submetacêntricos, subtelocêntricos e acrocêntricos. Na espécie A. bockmanni (população Alambari), foram observados microcromossomos B acro e metacêntricos. Supranumerários meta, acro e subtelocêntricos observados na espécie A. fasciatus, e cromossomos B do tipo metacêntricos em A. paranae. As seis populações de A. bockmanni apresentaram divergências da heterocromatina ... / Among the fish of the Neotropical region, we have the Characidae family whose genus Astyanax is the most common and diverse, with 141 species validated. Studies with several species of the group have shown a particular population dynamics, leading to the formation of genetically variable populations, besides the occurrence of B chromosomes, which in this genus exhibit intense polymorphisms. These chromosomes are classified as additional elements dispensable, and are present in plants, fungi and animals of varying frequencies and morphologies. So, six distinct populations of Astyanax bockmanni collected in the basins of the Tietê and Paranapanema were analyzed, beyond samples of the species A. fasciatus and A. paranae carriers of supernumerary chromosomes. The studies were based on classical cytogenetic techniques (Giemsa staining, impregnation with silver nitrate, and C-banding), and molecular (fluorescence in situ hybridization FISH and animal by means of 18S and 5S rRNA probes; genes for histones H1, H3, and transposable elements Rex1, Rex3 and Rex6). We also performed microdissection, amplification, marking and hybridization of a B-specific probe acrocentric B chromosome of A. bockmanni, named Babock. The results indicated that all specimens of A. bockmanni and A. paranae presented 2n=50 chromosomes. A. fasciatus showed 2n=46 chromosomes default. All karyotypes of the three species were made up of chromosomes metacentric, submetacentric, subtelocentric and acrocentric types. The species A. bockmanni (Alambari population) were observed B microchromosomes metacentric and acro Supernumerary, were acro and subtelocentric observed in the species A. fasciatus, and the metacentric B chromosomes in type A. paranae. The six populations of A. bockmanni showed differences in the constitutive heterochromatin and multiple NOR except the population Capivara river, which indicated a simple NOR system. Additionally, the 18S rRNA gene revealed ...

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-19Bitstream added on 2014-11-10T11:57:52Z : No. of bitstreams: 1 000791334.pdf: 1246832 bytes, checksum: a218fc15109d0f914149e0a8bee3fbf4 (MD5) / Painéis de marcadores genéticos de alta densidade (HD) possuem forte desequilíbrio de ligação, que permite melhores predições de valores genômicos. Entretanto, genotipar animais com estes painéis apresenta custo elevado, tornando-se uma limitação para a genotipagem de todos os candidatos à seleção. Uma alternativa para a redução desses custos é utilizar imputação de genótipos. A imputação é um método em que marcadores de uma população genotipada com painéis de baixa densidade (LD) são inferidos utilizando informações provenientes de uma população referência genotipada com painéis HD. O objetivo deste trabalho foi comparar em diferentes cenários metodologias de imputação de marcadores moleculares de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNP) em bovinos de corte da raça Canchim. Foram utilizadas informações de 285 animais da raça Canchim, 114 do grupo genético “MA” e 1 touro da raça Charolês genotipados com painel Illumina BovineHD BeadChip (786.799 SNP), nascidos entre 1999 e 2005 e provenientes da base de dados genômicos da Embrapa Pecuária Sudeste, São Carlos, SP. A edição dos dados foi realizada no software R e em linguagem C++. Para a frequência mínima de alelos (MAF) foram aplicados 3 diferentes critérios: sem remover MAF (QC1); SNP com MAF menor que 0,0025 (QC2) e menor que 0,10 (QC3) foram excluídos. O painel HD original foi reduzido para painéis de baixa densidade (LD) 3K, 6K, 9K, 50K, 20K, 80K e 90K, selecionando os marcadores em comum entre o painel HD original e os painéis comerciais Illumina Bovine3K (3K), BovineLD (6K), GeneSeek Genomic Profiler (GGP) Beef LD (9K), BovineSNP50 (50K), GGP Indicus LD (20K) ,GGP Beef HD (80K) e GGP Indicus HD (90K). Os animais foram divididos em diferentes cenários, denominados de população referência e imputação, sendo o cenário 1 (C1): População referência formada por animais nascidos ... / High-density panels (HD) have strong level linkage disequilibrium among genetic markers (i.e. single nucleotide polymorphism - SNP), which allows better predictions of genomic breeding values. However, HD genotyping still expensive and became a limitation for the quantity of candidate animals used in genomic studies. As an alternative to decrease costs, imputation methods are powerful tools to infer missing marker genotypes from low-density (LD) panels to HD. Imputation uses information from a reference population of animals genotyped with a HD panel to impute variants that are not directly genotyped in LD panels. The objective of this study was to compare different scenarios and methodologies of imputation for the Canchim cattle. Data set was provided by Embrapa Pecuária Sudeste and comprised 285 Canchim animals, 114 MA genetic group animals, and 1 ancestor Charolais bull. Animals born between 1999 and 2005 were genotyped with the Illumina BovineHD panel (786,799 SNP). Data editing was performed in the R software and in C ++ language. Multiple scenarios combining different minor allele frequencies (MAF) thresholds for SNPs were tested: no MAF filter (QC1), and exclusion of SNPs with MAF lower than 0.0025 (QC2) and MAF lower than 0.10 (QC3). LD panels were created by masking SNPs originally present in the HD panel, and then assigning markers into the Illumina Bovine3K (3K), Illumina BovineLD (6K), Beef LD GeneSeek Genomic Profiler (9K), Indicus LD GeneSeek Genomic Profiler (20K), Illumina BovineSNP50 (50K), GeneSeek Genomic Profiler Beef HD (80K) and GeneSeek Genomic Profiler Indicus HD (90K) panels. Reference and target populations were defined as scenario 1 (C1), reference animals were born up until 2004 and target animals were born in 2005; scenario 2A (C2A), reference animals from Canchim breed and target animals from MA genetic group; scenario 2B (C2B), reference animals from MA genetic ...

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:19Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-24Bitstream added on 2015-01-26T13:30:41Z : No. of bitstreams: 1 000798810.pdf: 329287 bytes, checksum: 3e99adb1cba11dc2c94f724555c20b94 (MD5) / O estresse oxidativo, é reconhecido como característica fundamental no choque séptico. Além disso, em pacientes com resposta inflamatória sistêmica, a concentração de selênio no plasma diminui independentemente do seu estado nutricional. No entanto, o papel fisiopatológico da concentração de selênio em pacientes com choque séptico permanece desconhecido. Portanto, o objetivo deste estudo foi avaliar a associação da concentração de selênio no plasma e eritrócito com a atividade da glutationa peroxidase (GPx1), o polimorfismo Pro198Leu da GPx1 e a mortalidade na unidade de terapia intensiva (UTI) e hospitalar em pacientes com choque séptico. Trata-se de um estudo clínico observacional e prospectivo realizado em três unidades de terapia intensiva em um hospital universitário. Foram avaliados 110 pacientes consecutivos, maiores de 18 anos (57,6 ± 15,9 anos; 63,6% homens), com choque séptico na admissão ou durante sua internação na UTI, entre Janeiro a Agosto de 2012. No momento da coleta dos pacientes, foram registrados os dados demográficos. Amostras de sangue foram coletadas nas primeiras 72 horas após a admissão do paciente ou dentro de 72 horas do diagnóstico de choque séptico para determinação do estado nutricional de selênio, concentração de grupos carbonila, atividade da GPx1 e a genotipagem do polimorfismo Pro198Leu. Em relação ao estado nutricional de selênio, somente a concentração de selênio no eritrócito foi menor nos pacientes que evoluíram ao óbito durante a internação na UTI e hospitalar. A frequência dos genótipos para o polimorfismo Pro198Leu foram 55%, 38% e 7% para os alelos Pro/Pro, Pro/Leu e Leu/Leu, respectivamente. A atividade da GPx1 foi diferente entre os grupos e maior no genótipo Leu/Leu. No modelo de regressão de Cox, a concentração de selênio no eritrócito foi associada com a mortalidade na UTI (HR:0,965; 95%CI:0,943-0,988; p: 0,002) e hospitalar ... / The oxidative stress is recognized as a key feature of septic shock. In addition, in patients with systemic inflammatory response, plasma selenium concentration falls independently of selenium status. However, the pathophysiologic role of selenium concentration in patients with septic shock remains unknown. Therefore, the objective of this study was to evaluate the association of erythrocyte and plasma selenium concentration with glutathione peroxidase (GPx1) activity, GPx1 polymorphisms and with intensive care unit (ICU) and hospital mortality in septic shock patients. This is an prospective, observational clinical study held in three intensive care units in a university hospital. A total of 110 consecutive patients older than 18 y (57,6 ± 15,9 y; 63,6% males) with septic shock on admission or septic shock during their ICU stay who were admitted to the ICU between January and August 2012 were evaluated. At the time of the patients’ enrollment, demographic information was recorded. Blood samples were taken within the first 72 h of the patient’s admission or within 72 h of the septic shock diagnosis for determination of selenium status, protein carbonyl concentration, GPx1 activity and GPx1 Pro198Leu polymorphism genotyping. Regarding selenium status, only erythrocyte selenium concentration was lower in septic patients who died in ICU and hospital. The genotype frequencies for GPx1 Pro198Leu polymorphism were 55%, 38% and 7% for Pro/Pro, Pro/Leu and Leu/Leu, respectively. GPx1 activity was different between groups and was higher in the Leu/Leu genotype. In the Cox regression models, erythrocyte selenium concentration was associated with ICU (HR:0.965; 95%CI:0.943-0.988; p: 0.002) and hospital mortality (HR: 0.968; 95%CI: 0.948-0.989; p: 0.003) in patients with septic shock even after adjustment for age, gender and APACHE II. Erythrocyte selenium concentration was a predictor of ICU and hospital mortality in patients with septic ...