Atualmente, a campilobacteriose representa uma importante zoonose tanto em países desenvolvidos quanto em países em desenvolvimento. No Brasil, vários estudos relatam a alta frequência de suínos eliminando o agente nas fezes, porém, a contaminação da carne suína comercializada tem sido pouco avaliada, principalmente no que diz respeito à presença de Campylobacter spp. A incidência deste agente em cortes de carne de aves é mais descrita, porém ainda faltam estudos que esclareçam a epidemiologia da doença. Os objetivos principais do presente estudo foram avaliar a presença de Campylobacter spp. em cortes de carne de frangos e suínos vendidos em mercados municipais, açougues e mercados de pequeno porte distribuídos nas cinco regiões do município de São Paulo. Das 115 amostras de origem suína avaliadas sete se mostraram positivas ao isolamento de Campylobacter coli e, das 105 amostras de carne de frango, 31 estavam contaminadas por Campylobacter jejuni ou Campylobacter coli. Dentre as 38 amostras de carne de frango e suíno positivas foram selecionadas 60 estirpes, as quais foram caracterizadas quanto à espécie, utilizando a reação em cadeia pela polimerase e a espectrometria de massa MALDI-TOF, foram ainda avaliadas quanto ao perfil de resistência a antimicrobianos e foram submetidas a genotipagem pelo polimorfismo de comprimento de fragmentos amplificados (AFLP). A partir dos resultados obtidos seis estirpes foram selecionadas para realização do sequenciamento do genoma completo e a partir da análise dos genomas foram identificados os STs, os genes de resistência e genes de virulência. / Currently, Campylobacteriosis represents an important zoonosis in both developed and developing countries. In Brazil, several studies report a high frequency of pigs excreting the agent in the feces, but the contamination of marketed pork has been insufficiently evaluated, especially with regard to the presence of Campylobacter spp. The incidence of this agent in cuts of poultry meat is more detailed; however, there are still studies lacking that clarify the epidemiology of the disease. The main aims of the present study were to evaluate the presence of Campylobacter spp. in chicken and pork cuts sold in municipal markets, butchers and small markets distributed in the five regions of the city of São Paulo. Of the 115 pork samples evaluated, seven were Campylobacter coli isolation positive and 31 of the 105 chicken samples were contaminated with Campylobacter jejuni or Campylobacter coli. Of the 38 chicken and pork positive samples, 60 strains were selected, which were characterized by species using polymerase chain reaction and MALDI-TOF mass spectrometry. They were also assessed for antimicrobial resistance profile and were genotyped by amplified fragment length polymorphism (AFLP). From the results obtained six strains were selected to carry out the complete genome sequencing and from the genome analysis the STs, the resistance genes and the virulence genes were identified.

Entre os microrganismos relevantes para a segurança alimentar, bactérias do gênero Salmonella tem se destacado como causadoras de toxinfecções, sendo motivo de preocupação constante para a cadeia de produção de aves e suínos. Os objetivos deste trabalho foram estudar a ocorrência de Salmonella spp. em suínos sadios ao abate e em animais apresentando sinais clínicos de salmonelose, tipificação dos isolados através da sorotipagem, polimorfismo do comprimento de fragmentos amplificados (AFLP) e eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Foram examinados 50 animais com sintomatologia sugestiva de salmonelose de 12 granjas dos Estados de São Paulo, Paraná e Rio Grande do Sul e analisadas amostras de fezes, linfonodos e suabes de carcaças de 124 animais de quatro frigoríficos do Estado de São Paulo. Dos suínos com sintomatologia clínica, 38% dos animais foram positivos para o isolamento de Salmonella spp., sendo selecionadas 45 cepas, classificadas como S.Typhimurium (29/45), S. Choleraesuis (9/45), S. Infantis (3/45) e S. enterica subsp. enterica (4/45). Dos 124 suínos sadios, 16,12% foram positivos para o agente, sendo isoladas 39 cepas que foram classificadas como S. London (11/39), S. Anatum (11/39), S. Typhimurium (8/39), S. Agona (2/39), S. Enteritidis (2/39) e S. enterica subsp. enterica (5/39). Através do AFLP, a caracterização genética dos isolados revelou índice discriminatório igual a 0,85 e gerou 12 perfis distintos. O índice discriminatório do PFGE foi 0,96 apresentando 31 padrões distintos. Ambas as técnicas possibilitaram uma boa correlação entre isolados, seus sorotipos e locais de isolamento, sugerindo grande potencial para sua aplicação na genotipagem de Salmonella spp. / Among relevant microorganisms to food security, Salmonella has been highlighted as a major cause of food borne diseases, being a constant concern for poultry and pig production chain. The goal of this study was to investigate the Salmonella spp incidence in healthy pigs at slaughter, as well as in pigs showing salmonellosis clinical signs, characterize strains by serotyping, Amplified fragment length polymorphism (AFLP) and Pulsed field gel electrophoresis (PFGE). Fifty animals, presenting salmonelosis suggestive clinical symptoms, from 12 swine herds from Sao Paulo, Parana and Rio Grande do Sul states were examined and clinical materials such as stool samples, lymph nodes and carcass swab from 124 animals from four Slaughterhouses in Sao Paulo state were analyzed. Among the pigs with clinical symptoms, 38% of the animals were positive for the Salmonella spp. isolation. Forty five strains were selected and classified as S.Typhimurium (29/45), S. Choleraesuis (9/45), S. Infantis (3/45) and S. enterica subsp. enterica (4/45). From the 124 healthy pigs studied, 16.12% were positive for the agent. Thirty nine strains were isolated and classified, by serotyping, as S. London (11/39), S. Anatum (11/39), S. Typhimurium (8/39), S. Agona (2/39), S. Enteritidis (2/39) and S. enterica subsp. enterica (5/39). Through AFLP, genetic characterization of isolates showed discriminatory index of 0.85 and generated 12 distinct profiles. The PFGE discriminatory index was 0.96, showing 31 distinct patterns. Both techniques allowed a good correlation between the isolates, its serotypes and isolation locations, suggesting great potential of its application in genotyping of Salmonella spp.

A doença do edema afeta os leitões desmamados e é causada por cepas de Escherichia coli adaptadas ao hospedeiro e produtoras da toxina Stx2e. A doença do edema é caracterizada por edema de pálpebras, ataxia, pedalagem, dificuldade locomotora, e morte súbita. No presente estudo foram avaliadas 158 cepas de E. coli positivas para presença do gene codificador da toxina Stx2e isoladas de 62 animais provenientes de 13 granjas localizadas nos Estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Mato Grosso, Paraná, São Paulo, Goiás e Minas Gerais. As cepas foram submetidas a determinação do perfil de resistência, caracterização dos genes de virulência, determinação do grupo filogenético, expressão da toxina em cultivos de célula Vero, caracterização genotípica através da eletroforese em campo pulsado (PFGE) e polimorfismo do comprimento de fragmentos amplificados com uma única enzima (SE-AFLP). Dentre as 158 cepas stx2e+ foram identificadas 83,5% (132/158) apresentando resistência a três classes de antimicrobianos ou mais. Altos níveis de resistência forma identificados contra tetraciclina, sulfonamidas e florfenicol. A frequência dos genes de virulência associados a doença do edema como a fímbria F18, por exemplo, foi baixa em relação a outros estudos. Todas as 158 cepas testadas apresentaram a expressão da toxina e efeito citotóxico em células Vero. A caracterização dos grupos filogenéticos permitiu a distribuição das cepas nos quatro grupos descritos a seguir: grupo A 27,2% (43/158), grupo B1 3,8% (6/158), grupo B2 39,2% (62/158) e grupo D 29,8% (47/158). As cepas foram caracterizadas através da PFGE e do SE-AFLP e ambas as técnicas apresentaram altos índices discriminatórios (0,98 e 0,99 respectivamente). A associação mais frequente nas duas técnicas genotípicas foi observada em relação ao animal e a granja de origem. Apesar de pertencerem a um patotipo definido (STEC) e de serem altamente especializadas em relação ao hospedeiro, o suíno, foi observada uma grande variabilidade genética e de perfis de resistência entre as cepas de E. coli estudadas. / Edema disease affects weaning piglets and is caused by a host adapted Escherichia coli and producer of Stx2e toxin. The edema disease is characterized by swollen eyelids, ataxia, recumbence, convulsions, paralysis, or sudden death. In the present study were evaluated 158 E. coli strains Stx2e toxin gene positive isolated from 62 animals, from 13 swine herds located at Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Mato Grosso, Paraná, São Paulo, Goiás and Minas Gerais States. Strains were submitted to resistance profile determination, virulence genes detection, phylogenetic group characterization, toxin expression in Vero cell culture, genotypic characterization through pulsed field gel electrophoresis (PFGE) and single enzyme amplified fragments length polymorphism (SEAFLP). Among the 158 strains stx2e+ were identified 83.5% (132/158) resistant to more than three or more classes of antimicrobials, High levels of resistance were found against tetracycline, sulfonamide and florfenicol. The frequency of virulence genes associated to edema disease as F18 fimbriae, for example, was low in relation to other studies. All 158 tested strains presented Stx2e toxin expression and cytotoxic effect in Vero cell culture. The characterization of phylogenetic groups permitted the distribution of strains in four groups described as follow: group A 27.2% (43/158), group B1 3.8% (6/158), group B2 39.2% (62/158) and group D 29.8% (47/158). The strains were characterized through PFGE and the SE-AFLP, and both techniques presented high discriminatory index (0.98 and 0.99 respectively). The association more frequently in both techniques was observed in relation to animal and herd origin. Despite to belong to one defined pathotype (STEC) and to be highly specialized in relation to host, the swine, it was observed a high variability of genetic and resistance profile among tested E. coli.

Salmonella Choleraesuis é o agente causador de um quadro septicêmico em suínos que pode apresentar altas taxas de mortalidade nos animais infectados. No presente estudo foram avaliadas 93 estirpes de S. Choleraesuis provenientes de suínos com sinais clínicos de infecção. Foram avaliadas estirpes originadas de sete granjas localizadas nos Estados de São Paulo, Paraná, Santa Catarina e Minas Gerais obtidas durantes os anos de 2015, 2016 e 2017. As estirpes de Salmonella foram submetidas a reação em cadeia pela polimerase para confirmação do sorovar pela amplificação do gene fliC, em seguida foram caracterizadas quanto ao perfil de resistência a antimicrobianos e a caracterização genotípica pelo polimorfismo do comprimento de fragmentos amplificados (AFLP). A determinação do perfil de resistência a antimicrobianos revelou que as 93 estirpes foram resistentes a penicilina, doxiciclina, sulfadimetoxina, clindamicina, tilosina, tilmicosina e tiamulina, sendo, portanto, todas multirresistentes. Os antimicrobianos com menores taxas de resistência foram cefitiofur (0%), marbofloxacina (1,1%), neomicina (10,8%) e enrofloxacina (18,3%). As estirpes foram discriminadas em 17 perfis de resistência diferentes, o perfil mais frequente reuniu 39 estirpes (42%) resistentes a penicilina, ampicilina, doxiciclina, oxitetraciclina, florfenicol, sulfadimetoxina, gentamicina, tulatromicina, tilosina, tilmicosina, tiamulina e clindamicina. A análise das estirpes pelo AFLP indicou todas as 93 estirpes foram agrupadas em um único perfil com mais de 94% de similaridade. A partir dos dados obtidos é possível verificar que as estirpes de S. Choleraesuis isoladas de suínos apresentaram baixa variabilidade genética e alta frequência de resistência aos antimicrobianos mais usados em suinocultura. / Salmonella Choleraesuis is the causative agent of septicemia in pigs and may present high mortality rates in infected animals. In the present study, 93 strains of S. choleraesuis from pigs with clinical signs of infection were evaluated. Strains from seven farms located in the states of São Paulo, Paraná, Santa Catarina and Minas Gerais obtained during the years 2015, 2016 and 2017 were evaluated. Salmonella strains were submitted to polymerase chain reaction for confirmation of serovar by amplification of the fliC gene were then characterized for antimicrobial resistance profile and genotype characterization by amplified fragment length polymorphism (AFLP). The determination of the antimicrobial resistance profile revealed that the 93 strains were resistant to penicillin, doxycycline, sulfadimethoxine, clindamycin, tylosin, tilmicosin and tiamulin, and were therefore multiresistant. The antimicrobials with the lowest resistance rates were cefitiofur (0%), marbofloxacin (1.1%), neomycin (10.8%) and enrofloxacin (18.3%). The strains were discriminated in 17 different resistance profiles, the most frequent profile consisted of 39 strains (42%) resistant to penicillin, ampicillin, doxycycline, oxytetracycline, florfenicol, sulfadimetoxin, gentamicin, tulathromycin, tylosin, tilmicosin, tiamulin and clindamycin. Analysis of the strains by AFLP indicated that all 93 strains were grouped into a single profile with more than 94% similarity. From the data obtained it is possible to verify that the strains of S. Choleraesuis isolated from pigs presented low genetic variability and high frequency of resistance to the antimicrobials most used in swine production systems.

Haemophilus parasuis é um dos agentes bacterianos que tem assumido grande importância na indústria suinícola nos últimos anos. Por muitos anos foi considerada uma doença esporádica de suínos jovens, no entanto, com o surgimento de doenças imunossupressoras ou com o aumento da criação de suínos com alto status sanitário, sua freqüência vem assumindo proporções cada vez maiores. A caracterização das cepas através de métodos fenotípicos como a sorotipagem não tem sido suficiente para os estudos epidemiológicos sobre esta bactéria, uma vez que muitos isolados não são sorotipificáveis. Os objetivos deste estudo foram caracterizar os isolados através da sorotipagem, do Polimorfismo do Comprimento de Fragmentos Amplificados (AFLP) e da Eletroforese em Gel de Campo Pulsado (PFGE), comparando os resultados obtidos. Dentre as 51 cepas de Haemophilus parasuis avaliadas uma foi classificada como sorotipo 2, doze como sorotipo 4, seis como sorotipo 5, quatro como 13 e sete como sorotipo 14, sendo que vinte e uma amostras não foram sorotipificáveis. Através do AFLP foi possível caracterizar todos os isolados, com um índice discriminatório de 0,98, porém esta técnica não demonstrou uma boa reprodutibilidade. Através da PFGE utilizando a enzima Sma I apenas 14 cepas foram genotipadas, porém com a enzima Not I, todas apresentaram padrões de bandas e o índice discriminatório obtido foi de 0,95. Os perfis obtidos através da PFGE com a enzima Not I apresentaram a melhor correlação com os dados de origem das cepas e seus sorotipos, indicando que a técnica possui um bom potencial para aplicação em estudos epidemiológicos. / In recent years, Haemophilus parasuis has had a growing impact on the swine industry. In the past, Haemophilus parasuis infections were considered to be sporadic in young pigs. However, the incidence is increasing due to immunosuppressive diseases and the increase in the production of pigs with high sanitary status. Characterization of strains using methods based on phenotype identification is not enough to perform epidemiological studies on thebacterium, since a large percentage of isolates are nontypeable). The aim of this study was to characterize isolates according to serotyping, Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP), and Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), and to compare characterization results. Out of the 51 strains of Haemophilus parasuis evaluated in this study: one was serotype 2; twelve serotype 4; six serotype 5; four serotype 13; and seven serotype 14. Serotyping could not be performed on the remaining 21 samples. All isolates were characterized using AFLP, with a discriminatory index of 0.98, but reproducibility of this technique is not good. Regarding PFGE, 14 strains were genotyped using enzyme Sma I; yet, with enzyme Not I, all strains presented band size and discriminatory index power of 0.95. The profiles obtained using PFGE with Not I presented better correlation with the origin and serotype of the strains, suggesting that this technique could be used in epidemiological studies with promising results.

Existem poucas informações relacionadas com a comparação de populações de soja derivadas de cruzamentos com diferentes níveis de divergência genética (DG). Os objetivos deste trabalho foram comparar o desempenho de duas populações de soja derivadas de genitores com baixa e alta DG. Foram realizados dois cruzamentos com genitores diferindo quanto à divergência genética baseada em marcadores moleculares AFLP: baixa DG (IAC-12 x IAC-100) e alta DG (EMBRAPA-60 x EMGOPA-315). Para cada cruzamento foram obtidas 100 progênies F2:3, que foram avaliadas experimentalmente em três ambientes e, posteriormente, selecionadas as 25 progênies mais produtivas. Em seguida foram obtidas 10 linhas puras F5:7 de cada uma das 25 progênies, originando aproximadamente 250 linha puras de cada cruzamento. No ano agrícola 2012/13 foram conduzidos os experimentos de avaliação, utilizando um delineamento em parcelas subdivididas, onde as progênies foram alocadas nas parcelas e as linhas puras dentro de progênies nas subparcelas, e as parcelas arranjadas em um látice balanceado 5x5 (seis repetições). As subparcelas foram constituídas de linhas de 2 m, espaçadas de 0,5 m, contendo 30 plantas após o desbaste. Os caracteres avaliados foram: número de dias para a maturação (DM), altura das plantas na maturação (AM), acamamento (AC) e produção de grãos (PG). A partir da análise de variância foram estimados os seguintes parâmetros para cada cruzamento: média geral, amplitude de variação das médias das linhas puras dentro de progênies, variância genética entre linhas puras dentro de progênies (?^2l/p ), variância fenotípica entre médias de linhas puras dentro de progênies (?^2/ F (l/p) ), coeficiente de herdabilidade entre médias de linhas puras (h ^2/X(l/p) ) e resposta esperada com seleção (Rs). Para todos os caracteres, as médias gerais foram maiores para o cruzamento de maior DG. Para PG, AM e DM as estimativas das variâncias genéticas entre linhas puras dentro de progênies F5:7 foram maiores no cruzamento de maior DG, bem como as amplitudes de variação das médias das linhas puras. Consequentemente, a resposta esperada com seleção entre médias de linhas puras dentro de progênies para PG foi 47,6% maior, em média, bem como a proporção de linhas puras de alta produção, para o cruzamento de maior DG. Os resultados deste trabalho indicam que o uso das medidas de divergência baseada em marcadores moleculares AFLP na escolha de genitores para cruzamentos pode ser uma ferramenta útil para reduzir o número de cruzamentos e, consequentemente, aumentar a eficiência da seleção para produção de grãos em soja. / There is limited information in relation to comparison of populations derived from crosses with different levels of genetic divergence (DG) in soybeans. This work was carried out to compare the performance of two soybean populations derived from parents with low and high DG. From two two-way crosses of soybeans with different levels of AFLP molecular marker genetic divergence (DG): low DG (IAC-12 x IAC-100) and high DG (EMBRAPA-60 x EMGOPA-315), one hundred F2:3 progenies were evaluated in three environments and then selected the 25 high yielding progenies. Ten inbred lines were derived in the generation F5:7 from each of 25 high yielding progeny giving rise to approximately 250 inbred lines for each cross. Evaluation trials were carried out in the 2012/13 growing season, using a split plot design, where progenies were allocated in the plots and inbred lines within progenies in the subplots, and plots arranged according to a 5x5 balanced lattice (six replications). Subplots consisted of 2 m rows spaced by 0.5 m, with 30 plants after thinning. The following traits were recorded: number of days to maturity (DM), plant height at maturity (AM), lodging (AC) and grain yield (PG). The following parameters were estimated: general mean, amplitude of variation of inbred lines within progenies means, genetic variance of inbred lines within progenies ( ?^2 l/p ), phenotypic variance on inbred lines within progenies mean basis ( ?^ 2 F(l/p) ), heritability coefficients on inbred line mean basis ( h ^2 X(l/p) ) and expected response to selection (Rs) on inbred line mean basis. For all traits, general means were higher for the high DG cross. For PG, AM and DM, genetic variance among inbred lines within F5:7 progenies were higher for the high DG cross, as well as the amplitude of variation of inbred line means. As a result, expected response to selection for grain yield (PG) was 47.6% higher, on average, as well as the proportion of high yielding inbred lines for the high DG cross. General results indicate that the use of genetically divergent parents based on AFLP molecular markers for choosing parents for crossings can be useful to reduce the number of crossings, and thus, to improve the efficiency of selection for grain yield in soybeans.

Dentre as espécies conhecidas do gênero Arcobacter, as espécies A. butzleri, A. cryaerophilus e A. skirrowii são consideradas potecialmente zoonóticas, podendo ser transmitidas por alimentos de origem animal. O presente estudo teve como objetivos isolar e caracterizar fenotipica e genotipicamente cepas de Arcobacter spp. provenientes de carcaças de suínos e amostras de ambiente de abatedouro localizado no Estado de São Paulo. As cepas isoladas foram submetidas a reação em cadeia pela polimerase para a identificação e detecção de um grupo de genes de virulência. A concentração inibitória mínima frente a nove antimicrobianos usados para o controle da infecção pelo agente foi determinada e as cepas foram analisadas através do PFGE e pelo AFLP. Dentre as 30 carcaças avaliadas, 25 foram positivas para o agente e 70 cepas foram selecionadas e identificadas como Arcobacter spp. As espécies isoladas foram A. butzleri (n=61), A. cryaerophilus (n=7) e A. skirrowii (n=2). A frequência dos possíveis genes de virulência encontrada variou de 71,4% a 100% para os genes tlyA, pldA, cj1349, ciaB, cadF e mviN. Não foram detectados os genes hecA, hecB e irgA. O perfil de virulência ciaB/ cj1349/ mviN/ cadF/ pldA/ tlyA foi o mais frequente e detectado em 66% das cepas. Todas as cepas foram sensíveis à gentamicina e tetraciclina e 77,1% foram multirresistentes, dentre estas o perfil mais frequente foi de resistência a azitromicina/ florfenicol/ ácido nalidíxico/ telitromicina/ clindamicina Houve grande diversidade genotípica entre as cepas através do PFGE e do AFLP, e ambas a técnicas apresentaram o mesmo poder discriminatório na análise das cepas isoladas. / Among the known species of the genus Arcobacter, the species A. butzleri, A. cryaerophilus and A. skirrowii are considered potentially zoonotic and can be transmitted by food of animal origin. This study aimed to isolate and characterize phenotypically and genotypically strains of Arcobacter spp from swine carcasses and slaughterhouse environment samples located in the State of São Paulo. The isolated strains were subjected to polymerase chain reaction for identification and detection of a group of putative virulence genes. The minimum inhibitory concentration was determined against nine antimicrobials indicated for the control of infection by the agent and the strains were analyzed by PFGE and by AFLP. Among the 30 carcasses evaluated, 25 were positive for the agent and 70 strains were selected and identified as Arcobacter spp. The isolated species were A. butzleri (n = 61), A. cryaerophilus (n = 7) and A. skirrowii (n = 2). The frequency of virulence genes found ranged from 71.4 % to 100 % for genes tlyA , pldA , cj1349 , ciaB , cadF and mviN . The genes hecA, hecB and irgA were not detected. The virulence profile ciaB/ cj1349/ mviN/ cadF/ pldA/ tlyA was the most frequent and detected in 66 % of the strains. All strains were susceptible to gentamicin and tetracycline and 77.1% were multirresistant, among these the most common profile of resistance was azithromycin/ florfenicol/ nalidixic acid/ telithromycin/ clindamycin There were large genotypic diversity among strains by PFGE and AFLP and both techniques showed the same discriminatory power in the analysis of the isolated strains.

Diversas características interferem na aceitabilidade de variedades de feijoeiro (Phaseolus vulgaris L.) no mercado consumidor, como o brilho do tegumento. Geralmente, o feijão com brilho é rejeitado para consumo, pois apresenta difícil cozimento. No entanto, o brilho pode conferir resistência ao ataque de insetos e patógenos à semente, podendo constituir uma vantagem para o melhoramento do feijão. A presença de brilho é devida à expressão do gene Asp (Asper) na forma alélica dominante. Genótipos aspasp, portanto, apresentam tegumento opaco. Outro gene, J (Joker), interfere na expressão da característica, de modo que o alelo recessivo j diminui a intensidade do brilho e altera a coloração do tegumento. J é considerado o precursor de polifenois denominados pró-antocianidinas. Na presença j estes compostos não são sintetizados. No presente trabalho foram genotipadas variedades de feijoeiro crioulas [Serro Azul Brilhante (SAB - tegumento brilhante) e Fosco (SAF - tegumento opaco) e Puebla-152 (P-152 - brilhante)] e a cultivar Diamante Negro (DN - opaco), contrastantes para o brilho do tegumento. Análises fenotípicas, morfológicas e bioquímicas permitiram inferir os genótipos das variedades e avaliar a segregação do brilho em populações derivadas de cruzamentos entre contrastantes: SAF x SAB e P-152 x DN. Os resultados mostraram que as variedades não variam para J, apenas para Asp, sendo que SAB e P-152 carregam Asp e SAF e DN o alelo asp. Em todos os cruzamentos a segregação foi de três brilhantes (Asp) para um opaco (asp) na geração F2 e de cinco brilhantes para três opacos em F3. A partir dos resultados, as variedades foram contrastadas por meio de marcadores de AFLP, analisando-se a similaridade genética e identificando-se bandas diferenciadoras entre as mesmas. A partir disso, foi empregada a metodologia de Bulk Segregant Analysis na população F2 de P-152 x DN, para encontrar marcadores AFLP candidatos ao mapeamento do brilho. Foram encontrados marcadores associados que, no entanto, revelaram serem falsos positivos. Análises utilizando marcadores microssatélites ou análises bioinformáticas de sintenia com a soja poderiam ser realizadas, visando detectar marcadores precisamente ligados à característica / Several characteristics interfere in acceptability of common bean varieties (Phaseolus vulgaris L.) by consumers, like seed coat shininess. Generally, varieties with shiny seed coat are rejected by consumers due to their difficult cooking. However, shininess could confer resistance to insects attak and also pathogens to the seed, giving an advantage for this trait in common bean breeding. The presence of shininess is due the expression of the Asp (Asper) gene in the dominant allelic form. Other gene, J (Joker), interferes on the expression of this characteristic, with j conditioning a less shiny seed coat and changing seed coat color. J is considered the precursor of a class of polyfenols called pro-anthocyanidins. In the presence of j these compounds are not synthesized. In the present work we genotyped common bean landraces [Shiny Serro Azul (SAB shiny seed coat) and Dull Serro Azul (SAF dull seed coat) and Puebla-152 (P-152 shiny)] and the cultivar Diamante Negro (DN dull), contrasting for seed coat shininess. Phenotypic, morphological and biochemical analyses allowed to genotype all varieties and evaluate the segregation of shinines in populations derived from crosses between contrasting genotypes: SAF x SAB and P-152 x DN. Results showed that varieties do not vary for J, only for Asp. SAB and P-152 carry Asp and SAF and DN carry asp. In all crosses segregation was of three shiny (Asp) for one opaque (asp) in F2 and of five shiny for three dull in F3. Based on the results, all varities were contrasted by AFLP markers, analyzing genetic similarity and identifying differencial bands among all of them. Further it was used the Bulk Segregant Analysis method in population F2 of the cross P-152 x DN, aiming to find candidate AFLP markers for shininess mapping. We found markers associated but they revealed to be false positives. Further analyses using microsatellite markers or sinteny comparisons with soybean genome could be done, aiming to find specific markers linked to this trait

Camarea St.-Hil. (Malpighiaceae) é um gênero endêmico da América do Sul, constituído por nove espécies. O objetivo do trabalho foi a reconstrução da filogenia do gênero, por meio de evidências químicas e moleculares. Foram avaliados nove terminais, sete dos quais são espécies correntemente reconhecidas, um é uma espécie que entrou em sinonímia (C. triphylla = C. axillaris) e outro é um suposto híbrido. Como grupos externos, foram utilizadas as espécies Peixotoa reticulata e Janusia guaranitica. Foram analisados os n-alcanos das ceras epicuticulares e os flavonóides de todas as espécies. Os n-alcanos principais foram C29, C31 e C33, todos da série normal. Como flavonóides característicos de Camarea, foram identificados glicosídeos de apigenina, luteolina, crisoeriol, campferol e quercetina. A análise de agrupamentos baseada na distribuição de alcanos, usando UPGMA e distâncias euclideanas, resultou em dois grupos principais, um com C29 como homólogo principal, constituído por C. hirsuta, C. affinis x C. hirsuta, C. affinis e C. ericoides. O outro grupo caracteriza-se por homólogos principais C31 ou C33, e é formado por C. elongata, C. humifusa, C. sericea, C. axillaris e C. triphylla (= C. axillaris). Esses dois principais agrupamentos contêm grupos internos menores. Uma análise de UPGMA usando coeficiente de DICE e baseada na distribuição de agliconas de flavonóides forneceu um dendrograma com alguns agrupamentos coerentes com as afinidades reveladas pela distribuição de alcanos, como as associações: 1) C. hirsuta, C. affinis e C. affinis x hirsuta; 2) C. elongata e C. axillaris; 3) C. sericea e C. humifusa. Uma inferência filogenética molecular foi obtida com seqüências de duas regiões do cloroplasto (trnL-F e rps16) e uma nuclear (ITS). Dentre as análises com um só marcador, resultados mais consistentes foram conseguidos com ITS, que forneceu 49 caracteres filogeneticamente informativos, enquanto trnL-F e rps16 forneceram 10 e 18 caracteres informativos, respectivamente. A análise de consenso estrito de quatro árvores mais parcimoniosas de uma análise combinando-se as três seqüências resultou em um cladograma em que Camarea é um grupo monofilético, com \"bootstrap\" (BS) 100, várias politomias e clados com baixa consistência. Foi realizada análise por AFLP utilizando quatro combinações de iniciadores seletivos, obtendo-se 217 fragmentos polimórficos. Uma análise combinando as evidências moleculares resultantes de seqüências de DNA e marcadores AFLP forneceu uma única árvore mais parcimoniosa com uma politomia agrupando C. affinis, C. ericoides, C. hirsuta e C. affinis x C. hirsuta, mas boa resolução e elevada sustentação em outros clados. A combinação de todas as evidências moleculares e químicas (estas compreendendo três caracteres derivados da análise de alcanos e cinco de flavonóides) resultou numa única árvore mais parcimoniosa completamente resolvida. Os resultados apóiam a fusão de C. triphylla em sinonímia com C. axillaris e indicam forte associação entre: 1) C. humifusa e C. sericea (BS 94); 2) C. affinis, C. affinis x hirsuta, C. hirsuta e C. ericoides (BS 83); 3) C. axillaris e C. elongata (BS 100). C. affinis, C. hirsuta e C. affinis x C. hirsuta compartilham a presença crisoeriol. C. affinis e C. affinis x C. hirsuta, compartilham também luteolina e formam um clado com BS 70. O presente trabalho demonstra a utilidade de caracteres químicos para melhorar a resolução de filogenias e elevar a sustentação de clados. / Camarea St.-Hil. (Malpighiaceae) is a genus with eight species endemic in South America. The purpose of the present work was the attainment of a phylogenetic inference of the genus by means of chemical and molecular evidences. Nine accessions were analyzed: seven correspond to currently recognized species; one is a species sunk into synonymy (C. triphylla = C. axillaris); and a last one is a hypothesized hybrid. Peixotoa reticulata and Janusia guaranitica were used as out-groups. n-Alkanes from epicuticular waxes and flavonoids were analyzed from all species. The main alkanes of all distributions were either C29 or C31 or C33, all from the normal series. The characteristic flavonoids of Camarea were shown to be apigenin, luteolin, chrysoeriol, kaempferol and quercetin. A cluster analysis based on the alkane distribution using UPGMA and Euclidean distances provided two main clusters. One cluster is characterized by C29 as main homologue and is formed by C. hirsuta, C. affinis, C. affinis x hirsuta and C. ericoides. The other cluster has species with either C31 or C33 as main homologue and is formed by C. elongata, C. humifusa, C. sericea, C. axillaris and C. triphylla (= C. axillaris). These two main clusters contain smaller inner clusters. An analysis using UPGMA and DICE coefficients and based on the distribution of flavonoid aglycones provided a dendrogram with clusters congruent with affinities revealed by the alkane evidence, such as the groupings: 1) C. hirsuta, C. affinis and C. affinis x hirsuta; 2) C. elongata and C. axillaris; 3) C. sericea and C. humifusa. A phylogenetic molecular inference was obtained with sequences from two chloroplast (trnL-F and rps16) and one nuclear (ITS) DNA regions. Among the analyses based on a single marker, more consistent results were obtained with ITS, which provided 49 informative phylogenetic characters, while trnL-F and rps16 provided 10 and 18 informative characters, respectively. A strict consensus analysis based on four more parsimonious trees from an analysis combining sequences of the three DNA regions gave a cladogram showing Camarea as a monophyletic group with bootstrap support (BS) 100. The cladogram contains several polytomies and clades with low support. An AFLP analysis, using four combinations of selective primers, provided 217 polymorphic fragments. Data from sequencing and AFLP were combined in a phylogenetic analysis. A sole more parsimonious tree was obtained, with most clades completely resolved with and high support. A polytomy remained, grouping C. affinis, C. ericoides, C. hirsuta and C. affinis x hirsuta. The combination of all molecular and chemical evidences (the latter comprising three alkane and five flavonoid characters) was used for a phylogenetic analysis. A sole more parsimonious tree was obtained, completely resolved and with clades highly supported. The results support sinking C. triphylla into synonymy of C. axillaris and indicate strong kinship: 1) between C. humifusa and C. sericea (BS 94); 2) among C. affinis, C. affinis x C. hirsuta, C. hirsuta and C. ericoides (BS 83); 3) between C. axillaris and C. elongata (BS 100). C. affinis, C. hirsuta and C. affinis x C. hirsuta share the possession of chrysoeriol. C. affinis and C. affinis x C. hirsuta share the possession also of luteolin and form a clade with BS 70. The present work reveals the utility of chemical characters to improve resolution of phylogenies and increment clade support.

A Mata Atlântica é considerada mundialmente um dos biomas prioritários para conservação, devido à elevada riqueza de sua biodiversidade. A preservação da vegetação natural deve estar associada à restauração florestal, de modo que se possa assegurar a continuidade desta rica biota. No Brasil, grande parte dos projetos de restauração florestal realizados até agora tem se preocupado apenas em buscar diversidade florística, contemplando uma baixa diversidade genética em sua implantação, o que têm criado muitos problemas relativos à viabilidade biológica de suas comunidades. O presente trabalho se propôs a realizar um estudo comparando a diversidade genética (utilizando marcadores SSR, cpSSR e AFLP) da espécie arbórea Piptadenia gonoacantha (Mart.) J. F. Macbr. em duas áreas em processo de restauração florestal e dois remanescentes naturais de floresta estacional semidecidual da Mata Atlântica do estado de São Paulo, Brasil. A partir da biblioteca genômica construída, foram obtidos 12 locos SSR. A heterozigosidade média esperada no equilíbrio de Hardy Weinberg (HE = 0,494) foi maior do que a heterozigosidade observada (HO = 0,251) em todas as populações, indicando taxa relativamente alta de endogamia (FIS = 0,342). Os resultados obtidos com os locos cpSSR mostraram, ao todo, 16 haplótipos, dos quais 10 foram encontrados nos remanescentes de floresta nativa e oito nas áreas restauradas. As análises realizadas com os marcadores AFLP resultaram em 303 marcas polimórficas. Uma estrutura genética muito forte foi encontrada relativa às quatro populações, valores de FST foram 0,283, 0,83 e 0,177 em SSR, cpSSR e AFLP, respectivamente. Dez locos de AFLP que podem estar sujeitos a seleção foram encontrados. As análises de agrupamento delimitam claramente as amostras das quarto populações, evidenciando que não existe fluxo gênico significativo entre elas. P. gonoacantha apresentou auto correlação espacial nas quatro populações. Os três tipos de marcadores detectaram maior diversidade genética nos remanescentes naturais do que nas áreas restauradas. Apesar da menor diversidade apresentada pelas áreas restauradas em comparação com as áreas de remanescentes florestais, o tamanho efetivo populacional estimado para essas áreas permite a manutenção da variabilidade existente a curto prazo. As informações obtidas poderão servir para o manejo sustentado desta espécie, bem como para o planejamento de sua conservação. / The Atlantic Forest is considered one of the world biomes for conservation priority due to the high richness of its biodiversity. The preservation of natural vegetation should be associated to forest restoration, so that the continuity of this rich biota can be ensured. Recent studies and practices of reforestation in degraded areas have taken population genetics as a great ally. Several of the forest restoration projects carried out in Brazil so far has been concerned just with floristic diversity, contemplating low genetic diversity. This fact has created many problems related to the biological viability of their communities. The present project proposes to carry out a study on the diversity genetic structure of the arboreal species Piptadenia gonoacantha (Mart.) J. F. Macbr. In this study, we used six chloroplast simple-sequence repeats (cpSSRs), AFLP markers and the construction of an enriched SSR DNA library to investigate the genetic diversity of P. gonoacantha. This species was evaluated in two areas that are under forest restoration process and compared then with two natural remnants of semideciduous seasonal Atlantic Forest. 12 SSR markers were obtained and the average HO=0.251 was smaller than the average HE=0.494, evidencing a heterozygote deficit (average FIS= 0.342). The samples shows a strong structure with a significant differentiation. FST values were 0.283, 0.83 and 0.177 for SSR, cpSSR and AFLP respectively. The cluster analyzes clearly demarcating the samples of the four populations. cpSSR markers showed 16 haplotypes, ten of them were found in the remaining native forest and eight in the restored areas. Ten AFLP outliers loci were found. The three types of markers detected a higher genetic diversity in natural remnant than in restored areas. Despite the lower diversity presented by the restored areas compared with areas of forest remaining, the effective population size estimated for these areas allows the maintenance of existing variability. The results of this study prove that there is greater genetic diversity in the remaining natural areas than in the areas undergoing a reforestation process. The information obtained may be used for the sustainable management of this species, as well as for conservation planning.