O Actinobaculum suis é um dos principais micro-organismos relacionados a infecções de trato urinário em fêmeas suínas. As características de crescimento deste agente dificultam o isolamento bacteriano tradicional, o que pode tornar a sua prevalência subestimada. Este estudo teve por objetivos desenvolver a reação em cadeia pela polimerase (PCR) para detecção do A. suis, avaliar a sensibilidade e especificidade desta técnica e comparar seu desempenho com o isolamento bacteriano. Além disso, as cepas isoladas foram caracterizadas através do polimorfismo de comprimento de fragmentos amplificados (AFLP) e submetidas à determinação da concentração inibitória mínima para caracterização dos perfis de susceptibilidade antimicrobiana. Foram analisados 45 suabes prepuciais de machos e 192 urinas de fêmeas suínas provenientes de três granjas. Os resultados indicaram que a PCR desenvolvida foi específica para o A. suis e apresentou limiar de detecção entre 1,0 X 101 UF/mL e 1,0 X 102 UFC/mL. A frequência de A. suis encontrada através da PCR foi de 82,2% (37/45) nos suabes prepuciais e de 8,9% (17/192) nas urinas de fêmeas. No que se refere ao isolamento, nenhuma das amostras de urina foi positiva para o agente, enquanto 31,1% (14/45) dos suabes foram positivos. A partir das amostras positivas isoladas dos suabes prepuciais foram selecionadas 20 cepas de A. suis. Os perfis de susceptibilidade entre estas cepas foram semelhantes, no entanto diferiram dos isolados utilizados como controle e provenientes de uma fêmea com infecção urinária. A técnica de PCR foi mais eficiente que o isolamento na identificação de amostras positivas para A. suis. Através do AFLP com uma única enzima foi possível caracterizar todos os isolados e relacionar os dados obtidos com a origem das cepas e o perfil de resistência. Até o presente não há relatos na literatura de caracterização genotípica de A. suis através do AFLP ou detecção do agente através da PCR. / Actinobaculum suis is an important agent related to urinary infection in swine females. The growth characteristics of this agent hamper the traditional bacterial isolation, which can make their prevalence underestimated. The purpose of this study was to develop the polymerase chain reaction (PCR) for Actinobaculum suis detection, to evaluate the sensitivity and specificity of this technique and compare the results with bacterial isolation. Moreover, the isolates were characterized by amplified fragment length polymorphism (AFLP) and subjected to determination of minimum inhibitory concentration for characterization of the antimicrobial susceptibility profiles. Forty-five preputial swabs from boars and a hundred and ninety-two urine samples from sows of three herds were analyzed. The results indicate that the developed PCR was specific for A. suis, presenting a limit detection between 1.0 X 101 UFC/ml and 1.0 X 102 UFC/ml. A.suis frequency by PCR was 82.2% (37/45) in male preputial swabs and 8.9% (17/192) in females urine. Through traditional isolation, none of the urine samples were positive, while A.suis growing was observed in 31.1% (14/45) of the swabs. From the positive samples of the preputial swabs were selected 20 A.suis strains. The susceptibility profiles among these strains were similar, but differed from the female isolates used as control. The PCR technique was more effective than isolation for the A.suis detection. The AFLP with a single enzyme was able to characterize all isolates and relate the data obtained with the strains origin and resistance profile. Until present, there are no reports of genotypic characterization of A. suis strains through AFLP or agent detection by PCR.

A Mata Atlântica é considerada mundialmente um dos biomas prioritários para conservação, devido à elevada riqueza de sua biodiversidade. A preservação da vegetação natural deve estar associada à restauração florestal, de modo que se possa assegurar a continuidade desta rica biota. No Brasil, grande parte dos projetos de restauração florestal realizados até agora tem se preocupado apenas em buscar diversidade florística, contemplando uma baixa diversidade genética em sua implantação, o que têm criado muitos problemas relativos à viabilidade biológica de suas comunidades. O presente trabalho se propôs a realizar um estudo comparando a diversidade genética (utilizando marcadores SSR, cpSSR e AFLP) da espécie arbórea Piptadenia gonoacantha (Mart.) J. F. Macbr. em duas áreas em processo de restauração florestal e dois remanescentes naturais de floresta estacional semidecidual da Mata Atlântica do estado de São Paulo, Brasil. A partir da biblioteca genômica construída, foram obtidos 12 locos SSR. A heterozigosidade média esperada no equilíbrio de Hardy Weinberg (HE = 0,494) foi maior do que a heterozigosidade observada (HO = 0,251) em todas as populações, indicando taxa relativamente alta de endogamia (FIS = 0,342). Os resultados obtidos com os locos cpSSR mostraram, ao todo, 16 haplótipos, dos quais 10 foram encontrados nos remanescentes de floresta nativa e oito nas áreas restauradas. As análises realizadas com os marcadores AFLP resultaram em 303 marcas polimórficas. Uma estrutura genética muito forte foi encontrada relativa às quatro populações, valores de FST foram 0,283, 0,83 e 0,177 em SSR, cpSSR e AFLP, respectivamente. Dez locos de AFLP que podem estar sujeitos a seleção foram encontrados. As análises de agrupamento delimitam claramente as amostras das quarto populações, evidenciando que não existe fluxo gênico significativo entre elas. P. gonoacantha apresentou auto correlação espacial nas quatro populações. Os três tipos de marcadores detectaram maior diversidade genética nos remanescentes naturais do que nas áreas restauradas. Apesar da menor diversidade apresentada pelas áreas restauradas em comparação com as áreas de remanescentes florestais, o tamanho efetivo populacional estimado para essas áreas permite a manutenção da variabilidade existente a curto prazo. As informações obtidas poderão servir para o manejo sustentado desta espécie, bem como para o planejamento de sua conservação. / The Atlantic Forest is considered one of the world biomes for conservation priority due to the high richness of its biodiversity. The preservation of natural vegetation should be associated to forest restoration, so that the continuity of this rich biota can be ensured. Recent studies and practices of reforestation in degraded areas have taken population genetics as a great ally. Several of the forest restoration projects carried out in Brazil so far has been concerned just with floristic diversity, contemplating low genetic diversity. This fact has created many problems related to the biological viability of their communities. The present project proposes to carry out a study on the diversity genetic structure of the arboreal species Piptadenia gonoacantha (Mart.) J. F. Macbr. In this study, we used six chloroplast simple-sequence repeats (cpSSRs), AFLP markers and the construction of an enriched SSR DNA library to investigate the genetic diversity of P. gonoacantha. This species was evaluated in two areas that are under forest restoration process and compared then with two natural remnants of semideciduous seasonal Atlantic Forest. 12 SSR markers were obtained and the average HO=0.251 was smaller than the average HE=0.494, evidencing a heterozygote deficit (average FIS= 0.342). The samples shows a strong structure with a significant differentiation. FST values were 0.283, 0.83 and 0.177 for SSR, cpSSR and AFLP respectively. The cluster analyzes clearly demarcating the samples of the four populations. cpSSR markers showed 16 haplotypes, ten of them were found in the remaining native forest and eight in the restored areas. Ten AFLP outliers loci were found. The three types of markers detected a higher genetic diversity in natural remnant than in restored areas. Despite the lower diversity presented by the restored areas compared with areas of forest remaining, the effective population size estimated for these areas allows the maintenance of existing variability. The results of this study prove that there is greater genetic diversity in the remaining natural areas than in the areas undergoing a reforestation process. The information obtained may be used for the sustainable management of this species, as well as for conservation planning.

Existem poucas informações relacionadas com a comparação de populações de soja derivadas de cruzamentos com diferentes níveis de divergência genética (DG). Os objetivos deste trabalho foram comparar o desempenho de duas populações de soja derivadas de genitores com baixa e alta DG. Foram realizados dois cruzamentos com genitores diferindo quanto à divergência genética baseada em marcadores moleculares AFLP: baixa DG (IAC-12 x IAC-100) e alta DG (EMBRAPA-60 x EMGOPA-315). Para cada cruzamento foram obtidas 100 progênies F2:3, que foram avaliadas experimentalmente em três ambientes e, posteriormente, selecionadas as 25 progênies mais produtivas. Em seguida foram obtidas 10 linhas puras F5:7 de cada uma das 25 progênies, originando aproximadamente 250 linha puras de cada cruzamento. No ano agrícola 2012/13 foram conduzidos os experimentos de avaliação, utilizando um delineamento em parcelas subdivididas, onde as progênies foram alocadas nas parcelas e as linhas puras dentro de progênies nas subparcelas, e as parcelas arranjadas em um látice balanceado 5x5 (seis repetições). As subparcelas foram constituídas de linhas de 2 m, espaçadas de 0,5 m, contendo 30 plantas após o desbaste. Os caracteres avaliados foram: número de dias para a maturação (DM), altura das plantas na maturação (AM), acamamento (AC) e produção de grãos (PG). A partir da análise de variância foram estimados os seguintes parâmetros para cada cruzamento: média geral, amplitude de variação das médias das linhas puras dentro de progênies, variância genética entre linhas puras dentro de progênies (?^2l/p ), variância fenotípica entre médias de linhas puras dentro de progênies (?^2/ F (l/p) ), coeficiente de herdabilidade entre médias de linhas puras (h ^2/X(l/p) ) e resposta esperada com seleção (Rs). Para todos os caracteres, as médias gerais foram maiores para o cruzamento de maior DG. Para PG, AM e DM as estimativas das variâncias genéticas entre linhas puras dentro de progênies F5:7 foram maiores no cruzamento de maior DG, bem como as amplitudes de variação das médias das linhas puras. Consequentemente, a resposta esperada com seleção entre médias de linhas puras dentro de progênies para PG foi 47,6% maior, em média, bem como a proporção de linhas puras de alta produção, para o cruzamento de maior DG. Os resultados deste trabalho indicam que o uso das medidas de divergência baseada em marcadores moleculares AFLP na escolha de genitores para cruzamentos pode ser uma ferramenta útil para reduzir o número de cruzamentos e, consequentemente, aumentar a eficiência da seleção para produção de grãos em soja. / There is limited information in relation to comparison of populations derived from crosses with different levels of genetic divergence (DG) in soybeans. This work was carried out to compare the performance of two soybean populations derived from parents with low and high DG. From two two-way crosses of soybeans with different levels of AFLP molecular marker genetic divergence (DG): low DG (IAC-12 x IAC-100) and high DG (EMBRAPA-60 x EMGOPA-315), one hundred F2:3 progenies were evaluated in three environments and then selected the 25 high yielding progenies. Ten inbred lines were derived in the generation F5:7 from each of 25 high yielding progeny giving rise to approximately 250 inbred lines for each cross. Evaluation trials were carried out in the 2012/13 growing season, using a split plot design, where progenies were allocated in the plots and inbred lines within progenies in the subplots, and plots arranged according to a 5x5 balanced lattice (six replications). Subplots consisted of 2 m rows spaced by 0.5 m, with 30 plants after thinning. The following traits were recorded: number of days to maturity (DM), plant height at maturity (AM), lodging (AC) and grain yield (PG). The following parameters were estimated: general mean, amplitude of variation of inbred lines within progenies means, genetic variance of inbred lines within progenies ( ?^2 l/p ), phenotypic variance on inbred lines within progenies mean basis ( ?^ 2 F(l/p) ), heritability coefficients on inbred line mean basis ( h ^2 X(l/p) ) and expected response to selection (Rs) on inbred line mean basis. For all traits, general means were higher for the high DG cross. For PG, AM and DM, genetic variance among inbred lines within F5:7 progenies were higher for the high DG cross, as well as the amplitude of variation of inbred line means. As a result, expected response to selection for grain yield (PG) was 47.6% higher, on average, as well as the proportion of high yielding inbred lines for the high DG cross. General results indicate that the use of genetically divergent parents based on AFLP molecular markers for choosing parents for crossings can be useful to reduce the number of crossings, and thus, to improve the efficiency of selection for grain yield in soybeans.

Haemophilus parasuis é um dos agentes bacterianos que tem assumido grande importância na indústria suinícola nos últimos anos. Por muitos anos foi considerada uma doença esporádica de suínos jovens, no entanto, com o surgimento de doenças imunossupressoras ou com o aumento da criação de suínos com alto status sanitário, sua freqüência vem assumindo proporções cada vez maiores. A caracterização das cepas através de métodos fenotípicos como a sorotipagem não tem sido suficiente para os estudos epidemiológicos sobre esta bactéria, uma vez que muitos isolados não são sorotipificáveis. Os objetivos deste estudo foram caracterizar os isolados através da sorotipagem, do Polimorfismo do Comprimento de Fragmentos Amplificados (AFLP) e da Eletroforese em Gel de Campo Pulsado (PFGE), comparando os resultados obtidos. Dentre as 51 cepas de Haemophilus parasuis avaliadas uma foi classificada como sorotipo 2, doze como sorotipo 4, seis como sorotipo 5, quatro como 13 e sete como sorotipo 14, sendo que vinte e uma amostras não foram sorotipificáveis. Através do AFLP foi possível caracterizar todos os isolados, com um índice discriminatório de 0,98, porém esta técnica não demonstrou uma boa reprodutibilidade. Através da PFGE utilizando a enzima Sma I apenas 14 cepas foram genotipadas, porém com a enzima Not I, todas apresentaram padrões de bandas e o índice discriminatório obtido foi de 0,95. Os perfis obtidos através da PFGE com a enzima Not I apresentaram a melhor correlação com os dados de origem das cepas e seus sorotipos, indicando que a técnica possui um bom potencial para aplicação em estudos epidemiológicos. / In recent years, Haemophilus parasuis has had a growing impact on the swine industry. In the past, Haemophilus parasuis infections were considered to be sporadic in young pigs. However, the incidence is increasing due to immunosuppressive diseases and the increase in the production of pigs with high sanitary status. Characterization of strains using methods based on phenotype identification is not enough to perform epidemiological studies on thebacterium, since a large percentage of isolates are nontypeable). The aim of this study was to characterize isolates according to serotyping, Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP), and Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), and to compare characterization results. Out of the 51 strains of Haemophilus parasuis evaluated in this study: one was serotype 2; twelve serotype 4; six serotype 5; four serotype 13; and seven serotype 14. Serotyping could not be performed on the remaining 21 samples. All isolates were characterized using AFLP, with a discriminatory index of 0.98, but reproducibility of this technique is not good. Regarding PFGE, 14 strains were genotyped using enzyme Sma I; yet, with enzyme Not I, all strains presented band size and discriminatory index power of 0.95. The profiles obtained using PFGE with Not I presented better correlation with the origin and serotype of the strains, suggesting that this technique could be used in epidemiological studies with promising results.

Camarea St.-Hil. (Malpighiaceae) é um gênero endêmico da América do Sul, constituído por nove espécies. O objetivo do trabalho foi a reconstrução da filogenia do gênero, por meio de evidências químicas e moleculares. Foram avaliados nove terminais, sete dos quais são espécies correntemente reconhecidas, um é uma espécie que entrou em sinonímia (C. triphylla = C. axillaris) e outro é um suposto híbrido. Como grupos externos, foram utilizadas as espécies Peixotoa reticulata e Janusia guaranitica. Foram analisados os n-alcanos das ceras epicuticulares e os flavonóides de todas as espécies. Os n-alcanos principais foram C29, C31 e C33, todos da série normal. Como flavonóides característicos de Camarea, foram identificados glicosídeos de apigenina, luteolina, crisoeriol, campferol e quercetina. A análise de agrupamentos baseada na distribuição de alcanos, usando UPGMA e distâncias euclideanas, resultou em dois grupos principais, um com C29 como homólogo principal, constituído por C. hirsuta, C. affinis x C. hirsuta, C. affinis e C. ericoides. O outro grupo caracteriza-se por homólogos principais C31 ou C33, e é formado por C. elongata, C. humifusa, C. sericea, C. axillaris e C. triphylla (= C. axillaris). Esses dois principais agrupamentos contêm grupos internos menores. Uma análise de UPGMA usando coeficiente de DICE e baseada na distribuição de agliconas de flavonóides forneceu um dendrograma com alguns agrupamentos coerentes com as afinidades reveladas pela distribuição de alcanos, como as associações: 1) C. hirsuta, C. affinis e C. affinis x hirsuta; 2) C. elongata e C. axillaris; 3) C. sericea e C. humifusa. Uma inferência filogenética molecular foi obtida com seqüências de duas regiões do cloroplasto (trnL-F e rps16) e uma nuclear (ITS). Dentre as análises com um só marcador, resultados mais consistentes foram conseguidos com ITS, que forneceu 49 caracteres filogeneticamente informativos, enquanto trnL-F e rps16 forneceram 10 e 18 caracteres informativos, respectivamente. A análise de consenso estrito de quatro árvores mais parcimoniosas de uma análise combinando-se as três seqüências resultou em um cladograma em que Camarea é um grupo monofilético, com \"bootstrap\" (BS) 100, várias politomias e clados com baixa consistência. Foi realizada análise por AFLP utilizando quatro combinações de iniciadores seletivos, obtendo-se 217 fragmentos polimórficos. Uma análise combinando as evidências moleculares resultantes de seqüências de DNA e marcadores AFLP forneceu uma única árvore mais parcimoniosa com uma politomia agrupando C. affinis, C. ericoides, C. hirsuta e C. affinis x C. hirsuta, mas boa resolução e elevada sustentação em outros clados. A combinação de todas as evidências moleculares e químicas (estas compreendendo três caracteres derivados da análise de alcanos e cinco de flavonóides) resultou numa única árvore mais parcimoniosa completamente resolvida. Os resultados apóiam a fusão de C. triphylla em sinonímia com C. axillaris e indicam forte associação entre: 1) C. humifusa e C. sericea (BS 94); 2) C. affinis, C. affinis x hirsuta, C. hirsuta e C. ericoides (BS 83); 3) C. axillaris e C. elongata (BS 100). C. affinis, C. hirsuta e C. affinis x C. hirsuta compartilham a presença crisoeriol. C. affinis e C. affinis x C. hirsuta, compartilham também luteolina e formam um clado com BS 70. O presente trabalho demonstra a utilidade de caracteres químicos para melhorar a resolução de filogenias e elevar a sustentação de clados. / Camarea St.-Hil. (Malpighiaceae) is a genus with eight species endemic in South America. The purpose of the present work was the attainment of a phylogenetic inference of the genus by means of chemical and molecular evidences. Nine accessions were analyzed: seven correspond to currently recognized species; one is a species sunk into synonymy (C. triphylla = C. axillaris); and a last one is a hypothesized hybrid. Peixotoa reticulata and Janusia guaranitica were used as out-groups. n-Alkanes from epicuticular waxes and flavonoids were analyzed from all species. The main alkanes of all distributions were either C29 or C31 or C33, all from the normal series. The characteristic flavonoids of Camarea were shown to be apigenin, luteolin, chrysoeriol, kaempferol and quercetin. A cluster analysis based on the alkane distribution using UPGMA and Euclidean distances provided two main clusters. One cluster is characterized by C29 as main homologue and is formed by C. hirsuta, C. affinis, C. affinis x hirsuta and C. ericoides. The other cluster has species with either C31 or C33 as main homologue and is formed by C. elongata, C. humifusa, C. sericea, C. axillaris and C. triphylla (= C. axillaris). These two main clusters contain smaller inner clusters. An analysis using UPGMA and DICE coefficients and based on the distribution of flavonoid aglycones provided a dendrogram with clusters congruent with affinities revealed by the alkane evidence, such as the groupings: 1) C. hirsuta, C. affinis and C. affinis x hirsuta; 2) C. elongata and C. axillaris; 3) C. sericea and C. humifusa. A phylogenetic molecular inference was obtained with sequences from two chloroplast (trnL-F and rps16) and one nuclear (ITS) DNA regions. Among the analyses based on a single marker, more consistent results were obtained with ITS, which provided 49 informative phylogenetic characters, while trnL-F and rps16 provided 10 and 18 informative characters, respectively. A strict consensus analysis based on four more parsimonious trees from an analysis combining sequences of the three DNA regions gave a cladogram showing Camarea as a monophyletic group with bootstrap support (BS) 100. The cladogram contains several polytomies and clades with low support. An AFLP analysis, using four combinations of selective primers, provided 217 polymorphic fragments. Data from sequencing and AFLP were combined in a phylogenetic analysis. A sole more parsimonious tree was obtained, with most clades completely resolved with and high support. A polytomy remained, grouping C. affinis, C. ericoides, C. hirsuta and C. affinis x hirsuta. The combination of all molecular and chemical evidences (the latter comprising three alkane and five flavonoid characters) was used for a phylogenetic analysis. A sole more parsimonious tree was obtained, completely resolved and with clades highly supported. The results support sinking C. triphylla into synonymy of C. axillaris and indicate strong kinship: 1) between C. humifusa and C. sericea (BS 94); 2) among C. affinis, C. affinis x C. hirsuta, C. hirsuta and C. ericoides (BS 83); 3) between C. axillaris and C. elongata (BS 100). C. affinis, C. hirsuta and C. affinis x C. hirsuta share the possession of chrysoeriol. C. affinis and C. affinis x C. hirsuta share the possession also of luteolin and form a clade with BS 70. The present work reveals the utility of chemical characters to improve resolution of phylogenies and increment clade support.

O projeto abordou a detecção de polimorfismos genéticos num Complexo formado por algumas espécies de ampla ocorrência no Sudeste-Sul do Brasil, cuja delimitação ainda não está muito bem estabelecida, por apresentar grande polimorfismo morfológico que suscita dúvidas quanto a se tratar de uma única ou de várias espécies. Foram estudadas as seguintes espécies: C. ceanothifolius, C. dichrous, C. erythroxyloides, C. aff. erythroxyloides, C. myrianthus, C. pallidulus var. pallidulus, C. pallidulus var. glabrus e C. splendidus. A proposta do presente trabalho foi avaliar a consistência das espécies estudadas, por meio de análise filogenética baseada em sequências de ITS e duas regiões do DNA do cloroplasto (trnL-F e rps16), e por meio de marcadores AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism). Como grupo externo foi utilizado C. urucurana. Como objetivo adicional procurou-se estudar filogeograficamente as espécies do Complexo, por meio de análises de populações disjuntas, distribuídas desde o Sudeste até o Sul do país. Inferências filogenéticas foram realizadas a partir das seqüências de DNA, realizadas através dos critérios de máxima parcimônia e probabilidades posteriores (análise bayesiana). Os resultados foram uma grande união da maioria das espécies do Complexo em uma politomia; as populações de C. Dichrous e C. aff. Erythroxyloides surgiu separadamente em um clado, assim como duas populações de C. Pallidulus var. glabrus com C. Myrianthus, além de três populações de C. Pallidulus var. pallidulus e outras espécies do Complexo emergirem em outro clado. Pela técnica de AFLP, obtiveram-se fragmentos polimórficos, utilizados como caracteres nas relações de afinidade genética através da análise Neighbor-Joining (realizada no programa PAUP). Observou-se que as duas variedades de C. pallidulus emergem em clados diferentes, enquanto as duas populações de C. pallidulus var. glabrus emergem em um mesmo clado. C. pallidulus var. pallidulus apresentou-se como táxon parafilético, na medida em que aparece agrupada com diferentes espécies, resultado este que confirma a natureza distinta destas duas variedades. C. erythroxyloides e C. aff. erythroxyloides mostraram, através dos dois métodos de análises moleculares, ser espécies distintas. C. splendidus, C. ceanothifolius e C. myrianthus não estão bem resolvidas, misturando-se, muitas vezes com C. pallidulus var. pallidulus. Por fim, foi verificada a congruência entre as topologias obtidas com a análise baseada na combinação dos dados de sequenciamento com aquela obtida por AFLP. O estudo de biogeografia indicou que a área de distribuição ancestral do grupo provavelmente é ampla, localizando-se entre Minas Gerais e Santa Catarina, uma vez que a distribuição das espécies do complexo se dá preferencialmente nestes estados / The project addressed the detection of genetic polymorphisms in a Complex formed by some species of widespread occurrence in southeast of Brazil, whose limits are not yet well established, by presenting great morphological polymorphism that raises doubts as to whether it is a single or various species. The following species were studied: C. ceanothifolius, C. dichrous, C. erythroxyloides, C. aff. erythroxyloides, C. myrianthus, C. pallidulus var. pallidulus, C. pallidulus var. glabrus and C. splendidus. The purpose of this study was to evaluate the consistency of the species studied by means of phylogenetic analysis based on sequences of ITS and two chloroplast DNA regions (trnL-F and rps16), and by AFLP markers (Amplified Fragment Length Polymorphism). Was used as outgroup C. urucurana. As additional objectives, we tried to study the phylogeography of the species complex, through analysis of disjunct populations distributed from the Southeast to the South. Phylogenetic inferences were made from DNA sequences, performed by the criteria of maximum parsimony and posterior probabilities (Bayesian analysis). The results were a great union of most species of the Complex in a polytomy; the populations of C. dichrous and C. aff. erythroxyloides emerged separately in a clade, apart from two populations of C. pallidulus var. glabrus with C. myrianthus, besides the three populations of C. pallidulus var. pallidulus and other species of Complex emerging in another clade. For the AFLP technique, we obtained polymorphic fragments used as characters in the genetic affinity relationships through the neighbor-joining analysis (performed using the PAUP). It was observed that the two varieties of C. pallidulus emerge in different clades, while the two populations of C. pallidulus var. glabrus emerge in the same clade, C. pallidulus var. pallidulus appeared as a paraphyletic taxon, as it appears grouped with different species, a result that confirms the distinct nature of these two varieties. C. erythroxyloides and C. aff. erythroxyloides shown by the two methods of molecular analysis, to be distinct species. C. splendidus, C. ceanothifolius and C. myrianthus are not well resolved, blending, often with C. pallidulus var. pallidulus. Finally, there was congruence between the topologies obtained with the analysis based on combined sequencing data with that obtained by AFLP. The study of biogeography indicated that the distribution area of the ancestral group is probably wide, situated between Minas Gerais and Santa Catarina, since the distribution of species of the complex occurs preferentially in those states

O projeto abordou a detecção de polimorfismos genéticos num Complexo formado por algumas espécies de ampla ocorrência no Sudeste-Sul do Brasil, cuja delimitação ainda não está muito bem estabelecida, por apresentar grande polimorfismo morfológico que suscita dúvidas quanto a se tratar de uma única ou de várias espécies. Foram estudadas as seguintes espécies: C. ceanothifolius, C. dichrous, C. erythroxyloides, C. aff. erythroxyloides, C. myrianthus, C. pallidulus var. pallidulus, C. pallidulus var. glabrus e C. splendidus. A proposta do presente trabalho foi avaliar a consistência das espécies estudadas, por meio de análise filogenética baseada em sequências de ITS e duas regiões do DNA do cloroplasto (trnL-F e rps16), e por meio de marcadores AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism). Como grupo externo foi utilizado C. urucurana. Como objetivo adicional procurou-se estudar filogeograficamente as espécies do Complexo, por meio de análises de populações disjuntas, distribuídas desde o Sudeste até o Sul do país. Inferências filogenéticas foram realizadas a partir das seqüências de DNA, realizadas através dos critérios de máxima parcimônia e probabilidades posteriores (análise bayesiana). Os resultados foram uma grande união da maioria das espécies do Complexo em uma politomia; as populações de C. Dichrous e C. aff. Erythroxyloides surgiu separadamente em um clado, assim como duas populações de C. Pallidulus var. glabrus com C. Myrianthus, além de três populações de C. Pallidulus var. pallidulus e outras espécies do Complexo emergirem em outro clado. Pela técnica de AFLP, obtiveram-se fragmentos polimórficos, utilizados como caracteres nas relações de afinidade genética através da análise Neighbor-Joining (realizada no programa PAUP). Observou-se que as duas variedades de C. pallidulus emergem em clados diferentes, enquanto as duas populações de C. pallidulus var. glabrus emergem em um mesmo clado. C. pallidulus var. pallidulus apresentou-se como táxon parafilético, na medida em que aparece agrupada com diferentes espécies, resultado este que confirma a natureza distinta destas duas variedades. C. erythroxyloides e C. aff. erythroxyloides mostraram, através dos dois métodos de análises moleculares, ser espécies distintas. C. splendidus, C. ceanothifolius e C. myrianthus não estão bem resolvidas, misturando-se, muitas vezes com C. pallidulus var. pallidulus. Por fim, foi verificada a congruência entre as topologias obtidas com a análise baseada na combinação dos dados de sequenciamento com aquela obtida por AFLP. O estudo de biogeografia indicou que a área de distribuição ancestral do grupo provavelmente é ampla, localizando-se entre Minas Gerais e Santa Catarina, uma vez que a distribuição das espécies do complexo se dá preferencialmente nestes estados / The project addressed the detection of genetic polymorphisms in a Complex formed by some species of widespread occurrence in southeast of Brazil, whose limits are not yet well established, by presenting great morphological polymorphism that raises doubts as to whether it is a single or various species. The following species were studied: C. ceanothifolius, C. dichrous, C. erythroxyloides, C. aff. erythroxyloides, C. myrianthus, C. pallidulus var. pallidulus, C. pallidulus var. glabrus and C. splendidus. The purpose of this study was to evaluate the consistency of the species studied by means of phylogenetic analysis based on sequences of ITS and two chloroplast DNA regions (trnL-F and rps16), and by AFLP markers (Amplified Fragment Length Polymorphism). Was used as outgroup C. urucurana. As additional objectives, we tried to study the phylogeography of the species complex, through analysis of disjunct populations distributed from the Southeast to the South. Phylogenetic inferences were made from DNA sequences, performed by the criteria of maximum parsimony and posterior probabilities (Bayesian analysis). The results were a great union of most species of the Complex in a polytomy; the populations of C. dichrous and C. aff. erythroxyloides emerged separately in a clade, apart from two populations of C. pallidulus var. glabrus with C. myrianthus, besides the three populations of C. pallidulus var. pallidulus and other species of Complex emerging in another clade. For the AFLP technique, we obtained polymorphic fragments used as characters in the genetic affinity relationships through the neighbor-joining analysis (performed using the PAUP). It was observed that the two varieties of C. pallidulus emerge in different clades, while the two populations of C. pallidulus var. glabrus emerge in the same clade, C. pallidulus var. pallidulus appeared as a paraphyletic taxon, as it appears grouped with different species, a result that confirms the distinct nature of these two varieties. C. erythroxyloides and C. aff. erythroxyloides shown by the two methods of molecular analysis, to be distinct species. C. splendidus, C. ceanothifolius and C. myrianthus are not well resolved, blending, often with C. pallidulus var. pallidulus. Finally, there was congruence between the topologies obtained with the analysis based on combined sequencing data with that obtained by AFLP. The study of biogeography indicated that the distribution area of the ancestral group is probably wide, situated between Minas Gerais and Santa Catarina, since the distribution of species of the complex occurs preferentially in those states

Genetic analyses of increasing power are now regularly incorporated into wildlife management assessments of threatened and endangered species. Genetic data provide valuable information regarding taxonomy, kinship, and population size and structure. Recently transformed by the advent of powerful technologies that expand our view from single genes to the entire genome, the field of conservation may be on the verge of another revolution with the emergence of epigenetics as a promising means of surveying environmental response in natural populations. In this dissertation, I present my doctoral research upon population genetics and epigenetics of pronghorn (Antilocapra americana). Considerable effort has been undertaken to conserve pronghorn, particularly in the periphery of its range in the southwestern United States and northwestern Mexico. Translocation is regularly used to supplement and re-establish populations of the wide-ranging A. a. americana subspecies while captive breeding has been established for two endangered pronghorn subspecies, A. a. sonoriensis found in Arizona and Sonora, Mexico and A. a. peninsularis of the Baja Peninsula. The primary goal of my doctoral work was to provide pronghorn managers with current estimates of genetic diversity, relatedness, and structure within and between pronghorn subspecies in the desert southwest. My work shows that conservation measures for A. a. sonoriensis have successfully maintained genetic diversity within this endangered subspecies. My estimates of population structure within A. a. americana in northern Arizona reveal the influence of translocation and habitat fragmentation and demonstrate the successful reestablishment of gene flow following the removal of highway fences. With the purpose of guiding future release of captive pronghorn, I explored the subspecies status of pronghorn extirpated from a portion of their range in southern California and northern Baja California. My analyses of museum specimens indicate that the historical range of A. a. peninsularis may have extended as far north as the international border while specimens collected just north of the border share more genetic identity with A. a. sonoriensis. To follow my interests in epigenetics, I also conducted the first ever conservation epigenetics study with Arizona pronghorn. I found that pronghorn are more epigenetically than genetically diverse and this is an indicator that further epigenetic study will reveal the signature of response to environmental factors, as it has with other species demonstrating this pattern.

Phylogeography of temperate plant species with the focus on Central Europe Ph.D. Thesis Hana Daneck Charles University Prague Faculty of Science Department of Botany Supervisor: Prof. RNDr. Karol Marhold, CSc. Consultant: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D. Praha 2012 2 Summary This thesis presents contribution to clarification of postglacial history of temperate plant taxa in Europe with the focus on especially interesting region of Central Europe, for which diverse roles in postglacial plant histories were suggested. The first part of the thesis summarises general phylogeographical views and methodological approaches with the respect to species history after the last ice age in Europe. Further, the most important aspects of phylogeography of European temperate plant taxa are discussed. The second part contains a set of papers dealing with selected European temperate plant species, for which phylogeographical patterns throughout their present distribution area were inferred, including assumptions on the origin of their contemporary Central European populations and comparisons with another previously studied species. Paper 1: Phylogeographic pattern of the European forest grass species Hordelymus europaeus: cpDNA evidence. This paper presents phylogeographical pattern based on chloroplast haplotype variation covering the...

The thesis deals with evolutionary and ecological consequences of edaphic speciation (adaptation to different soil types) and genome duplication (polyploidization), acting in concert. Using a wide range of ecological, karyological and molecular approaches, several hypotheses of general importance have been examined in three model angiosperm systems (ploidy variable species or species aggregates occurring both on and off specific substrates, including serpentines and calcareous soils). In the Knautia arvensis group (Caprifoliaceae) a unique cryptic diploid lineage in central Europe was identified to be restricted to serpentine and limestone outcrops, which served as refugia during environmental changes (forest spread, human impact) in the Holocene. These refugial populations exhibited strong evolutionary potential because they were able to polyploidize and escape beyond the borders of their original edaphically-conditioned refugia owing to hybridization with surrounding widespread homoploid genotypes. Survival of both Knautia cytotypes on serpentine soils was facilitated by their high tolerance to chemical stress factors such as high Ni concentrations and low Ca/Mg ratios. In the Galium pusillum group (Rubiaceae), a striking cytological, ecological, and taxonomic, diversity was revealed in northern and...