Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:40Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-19Bitstream added on 2014-11-10T11:58:48Z : No. of bitstreams: 1 000785493.pdf: 9856113 bytes, checksum: a3e8c750ee3226471acfee170c95654e (MD5) / Infecções hospitalares são infecções clinicamente detectáveis que geralmente aparecem até 48 horas após a admissão do paciente. Uma das bactérias causadoras de infecção em ambiente hospitalar é a Acinetobacter baumannii, que é a quarta bactéria Gram-Negativa mais frequente em Unidades de Terapia Intensiva (UTIs) brasileiras. A ausência de estratégias de controle prolonga a estadia dos pacientes e aumenta o custo do tratamento, tornando medidas de intervenção e o controle extremamente importante. A aplicação de modelos matemáticos à epidemiologiaé uma área de pesquisa em crescente desenvolvimento e pode ser usada para auxiliar nas tomadas de decisões. Sendo assim, neste trabalho foi proposto um modelo matemático compartimental em tempo discreto para descrever a transmissão de A. baumannii em uma UTI brasileira, onde os parâmetros foram estimados da literatura. Considerou-se que a contaminação ocorreu através do ambiente (dispositivos invasivos, técnicas cirúrgicas ou móveis) ou pelo contato entre paciente e equipe de trabalho, deste modo a equipe de trabalho atua como vetor da doença. Optou-se pela modelagem em tempo discreto devido ao fato de que as coletas das culturas de vigilância são feitas em intervalos de dias. Na versão determinística, analisou-se a estabilidade e a sensibilidade do ponto de equilíbrio aos parâmetros do modelo em três cenários, onde variou-se a probabilidade de isolamento de pacientes colonizados, supondo que o hospital realiza busca ativa por pacientes colonizados através de swab de orofaringe, swab de orofaringe + swab de axila e sem a realização de busca ativa, supondo o ambiente com maior colonização. Na versão estocástica, utilizou-se cadeia de Markov em tempo discreto (CMTD) para simular e avaliar a efetividade de algumas medidas de controle, como a higienização do ambiente, a precaução no contato e o isolamento de pacientes positivos à bactérias. Observou-se ... / Nosocomial infections are detectable infections that generally occur 48 hours after patient admission. Acinetobacter baumannii is a bacteria related to nosocomial infections, which is the fourth Gram-negative bacteria frequently in brazilian ICUs. The absence of control strategies increases the permanence of patients and the cost of treatment, therefore intervention and control measures have become extremely important. Mathematical models approach for epidemiology has been growing and can be used to support decisions. Thus, in this work we proposed a compartimental mathematical model in discrete time to describe A. baumannii transmission in a brazilian ICU with parameters from the literature. We considered that contamination occured because of either the environment (e.g. invasive methods, surgical techniques) or contact between patient and health care workers that play the role of disease vectors. We chose a discrete mathematical model since surveillance cultures are collected per day. In deterministic version we analysed stability and sensitivity of equilibrium points to model parameters in two situations in which probability of isolation for colonized patients was varyied, supposing the hospital accomplishes a active search to identify colonized patients by using oropharynx swab and oropharynx swab plus axillae swab, without active search, supposing a more colonized environment. In stochastic version, we used Discrete Time Markov Chains to simulate and assess the effectiveness of some control measures like colonization by the environment and contact and isolation probabilities. We verified the great importance of the hygienization of hospital environment and the identification of patient colonization

Acinetobacter baumannii é um patógeno oportunista envolvido em um amplo espectro de infecções hospitalares, incluindo bacteremia, meningite secundária e infecção do trato urinário, mas sua maior prevalência é como agente de pneumonia hospitalar, particularmente pneumonia associada à ventilação mecânica em pacientes internados em unidades de terapia intensiva. Os antimicrobianos carbapenêmicos são normalmente os tratamentos de escolha dessas infecções, principalmente a partir do advento da emergência de resistência a outros antimicrobianos -lactâmicos, aminoglicosídeos e fluoroquinolonas. A resistência específica aos carbapenêmicos pode estar relacionada à perda de porinas, mas de forma mais significativa, à produção de -lactamases da classe B (metalo--lactamases- MBL) e da classe D (OXA-carbapenemases) Em Porto Alegre, uma cidade com 1,4 milhões de habitantes e 7223 leitos situados em 25 hospitais, o primeiro caso de A. baumannii resistente aos carbapenêmicos (CRAb) foi identificado somente em 2004. A partir de julho de 2007 o Departamento de Saúde Local instituiu uma notificação obrigatória de casos de infecção/colonização. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar as características epidemiológicas e moleculares dos isolados de Acinetobacter baumannii resistentes aos carbapenêmicos coletados na cidade de Porto Alegre entre 2007 e 2008. Dezoito hospitais notificaram 1260 casos de colonização/infecção por CRAb entre julho de 2007 e dezembro de 2008, sendo 609 casos considerados como infecção. A maioria (61,8%) dos pacientes era do sexo masculino e tinha mais de 50 anos (66,5%). Foi constatado que 85,2%, 85,3% e 72,4% dos pacientes foram submetidos ao uso de cateter venoso central, sonda vesical e ventilação mecânica, respectivamente. Carbapenemases do tipo MBL e OXA foram pesquisadas em 584 isolados coletados entre julho de 2007 e julho de 2008 de pacientes infectados/colonizados em 5 diferentes hospitais. O gene blaOXA-23 foi identificado em 95% dos isolados e nenhum isolado foi positivo para MBL na reação de PCR com os primers utilizados (IMP-1, VIM-2 e SPM-1). Para avaliar a relação genética entre os isolados de CRAb dos diferentes hospitais, 240 isolados de pacientes admitidos nas UTIs de cinco hospitais entre julho de 2007 e julho de 2008 foram analisados através dos métodos de REP-PCR e PFGE. Oito grupos clonais majoritários foram obtidos e foi constatada a disseminação de 3 grupos clonais distintos em todos os hospitais, evidenciando a disseminação inter-institucional. Além disso, com o uso da técnica de PFGE foi possível constatar a similaridade genética entre isolados recuperados do ambiente, de equipamentos de RX, das mãos de profissionais da saúde e de materiais clínicos de pacientes, evidenciando a importância do ambiente na disseminação de CRAb. / The species of Acinetobacter, particularly Acinetobacter baumannii, are involved in a wide spectrum of infections, including bacteremia, secondary meningitis and urinary tract infection, nevertheless its prevalence is higher as an agent of nosocomial pneumonia, particularly pneumonia associated with mechanical ventilation in hospitalized patients in intensive care units. The carbapenem antibiotics are usually the treatment of choice for Acinetobacter infections, since the advent of the emergence of resistance to other antimicrobials -lactams, aminoglycosides and fluoroquinolones. The resistance to carbapenems may be related to the loss of porins, but more significantly, the production of -lactamases of class B (metallo--lactamase- MBL) and class D (OXA-type carbapenemases). In Porto Alegre, a city with 1,4 million and 7223 beds located in 25 hospitals, the first case of A. baumannii resistant to carbapenems (CRAb) was identified only in 2004. Since July 2007 the Department of Health Local determined that all cases of infection/colonization by CRAb shoud be informed. Thus, the objective of this study was to evaluate the epidemiological and molecular characteristics of isolates of Acinetobacter sp. resistant to carbapenems collected in the city of Porto Alegre in 2007 and 2008. Eighteen hospitals reported 1260 cases of colonization / infection by CRAb between July 2007 and December 2008, with 609 cases considered to infection. Most patients (61.8%) were men and (66.5%) were more 50 years old range. It was showed that 85.2%, 85.3% and 72.4% of patients used central venous catheter, urinary catheter and they were submitted to mechanical ventilation, respectively. MBL and OXA carbapenemases were investigated in 584 isolates from 7 different hospitals collected between July 2007 and July 2008 from patients infected / colonized. The blaOXA-23 gene was identified in 95% of the isolates but none isolate were positive for MBL by PCR with primers used (IMP-1, VIM-2 and SPM-1). To assess the genetic relationship among isolates of CRAb the different hospitals, 240 isolates from patients admitted to ICUs of five hospitals between July 2007 and July 2008 were analyzed using the methods of REP-PCR and PFGE. Eight majority clonal groups were obtained and it was found the spread of 3 clonal groups distinct in all hospitals, showing the spread of inter-institutional. Furthermore, using the technique of PFGE, we determined the genetic similarity among isolates recovered from the environment, equipment RX, the hands of health professionals and clinical materials of patients, indicating the importance of environment in the spread of CRAb.

Medidas restritivas de controle de antimicrobianos têm sido propostas para controlar surtos epidêmicos de infecção por germes multirresistentes em hospitais, mas são escassas as publicações a respeito de sua eficácia. Em um estudo quaseexperimental com controles históricos, avaliou-se a efetividade de uma intervenção restritiva ao uso de antimicrobianos para controlar a emergência de germes multirresistentes em uma unidade de cuidados intensivos (UTI) de um hospital geral. Os Serviços de Controle de Infecção e Comissão de Medicamentos restringiu o uso de drogas antimicrobianas em pacientes hospitalizados na UTI a não mais que dois agentes simultaneamente, exceto em casos autorizados por aqueles serviços. A incidência de eventos clínicos e bacteriológicos foi comparada entre o ano que precedeu a intervenção e o ano que a seguiu. No total, 225 pacientes com idade igual ou maior de 15 anos , com infecção, internados na UTI por pelo menos 48 horas, foram estudados no ano precedente a intervenção e 263 no ano seguinte a ela. No ano seguinte à intervenção, um percentual menor de pacientes foi tratado simultaneamente com mais de dois antimicrobianos, mas não houve modificação no número total de antimicrobianos prescritos, na duração e no custo do tratamento. Mortalidade e tempo de internação foram similares nos dois períodos de observação. O número de culturas positivas aumentou depois da intervenção, tanto para germes Gram positivos, quanto para germes Gram negativos, principalmente devido ao aumento do número de isolados do trato respiratório. A maioria dos isolados foi Staphylococcus aureus dentre os Gram positivos e Acinetobacter sp dentre os germes Gram negativos. No ano seguinte à intervenção, a sensibilidade dos microorganismos Gram negativos para carbenicilina, ceftazidima e ceftriaxona aumentou, e para o imipenem diminuiu. A ausência de resposta dessa intervenção sobre desfechos clínicos pode ser em conseqüência da insuficiente aderência ou a sua relativa ineficácia. A melhora da sensibilidade microbiana de alguns germes, semaumento de custos ou a incidência de efeitos adversos, encoraja o uso de protocolos similares de restrição de drogas antimicrobianas para reduzir a taxa de resistência bacteriana na UTI. / Restrictive policies of the use of antimicrobial drugs have been proposed to prevent the occurrence of outbreaks of infection by multiresistant germs in hospitals, but assessments of their effectiveness have been scarcely reported. In a quasiexperimental study with historical controls, we evaluate the effectiveness of a policy of restriction in the use of antimicrobial drugs to control the emergence of multiresistant strains in an Intensive Care Unit of a general hospital. The Services of Infection Control and Intensive Care and of the Committee of Pharmacy restricted the use of antimicrobial drugs in patients hospitalized in the ICU a no more than two agents simultaneously, excepted in cases authorized by those Services. Clinical and bacteriological outcomes were compared in the year preceding the intervention with the year following the restriction. In the total, 225 patients with 15 years of age or more, with infection, hospitalized in the Intensive Care Unit for at least 48 hours, were studied in the year preceding the intervention and 263 in the year following it. In the year following the intervention fewer patients were treated simultaneously with more than two antimicrobial drugs, but the total number of drugs used, the duration of use and expenses with antimicrobial drugs did not change. Mortality rates and length of hospitalization in the Intensive Care Unit and in the Hospital were also similar in both periods of observation. The number of positive cultures increased after the intervention, both for Gram positive and Gram negative germs, mainly due to the increase of isolates from the respiratory tract. Most isolates were Staphylococcus aureus among Gram positive germs and Acinetobacter sp among Gram negative germs. In the year following the intervention the sensibility of Gram negative microorganisms to carbenecillin, ceftazidime and ceftriaxone increased and to imipenem decreased. The absence of efficacy of this intervention on clinical outcomes may be due to the insufficient adherence by the clinical staff it or to its inefficacy. The improvement in the antimicrobial sensitivity of some germs, without increasing in costs and in the incidence of adverse events, encourages the use of this or similar rules of restriction of antimicrobial drugs to reduce the resistance rates of bacterial strains in intensive care units.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:24:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-02Bitstream added on 2014-06-13T18:51:59Z : No. of bitstreams: 1 000749221.pdf: 6598265 bytes, checksum: f3ea8b6c7b5316028539f3dcc741df58 (MD5) / Estudos recentes identificaram comportamento sazonal de alguns microrganismos implicados na etiologia das Infecções Hospitalares ou Relacionadas à Assistência em Saúde (IH/IRAS). A maior parte desses estudos foi conduzida em países de clima temperado. Para identificar a sazonalidade de patógenos hospitalares em uma região tropical, nós conduzimos um estudo ecológico e um caso-controle, envolvendo hemoculturas positivas de presumível origem hospitalar (colhidas após o terceiro dia de internação) do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu no período de 2005 a 2010. O estudo foi realizado em duas fases. No estudo ecológico, foram realizadas: (a) comparações de incidência de bacteremias por microrganimos ou grupos específicos em meses “quentes/úmidos” (outubro-março) e “frios/secos” (abril a setembro); (b) análise de regressão para identificar relação entre temperatura e umidade médias e incidência mensal de bacteremias; (c) análise de séries temporais para identificação de sazonalidade.No “casocontrole”, foram abordados fatores climáticos (temperatura e umidade médias dos sete dias que precederam a coleta de cada hemocultura) para identificar preditores do isolamento de microrganismos e grupos específicos, em modelo de regressão logística. Os resultados demonstraram consistência entre as diversas abordagens, identificando para três grupos (Gram-negativos como um todo, Acinetobacter baumannii e Enterobacter spp) um aumento de incidência nos meses “quentes/úmidos”, relação significante entre temperatura média mensal e incidência e sazonalidade em modelos estocásticos. Neste último teste, também se detectou sazonalidade para estafilococos coagulase-negativa, aparentemente não relacionada a fatores climáticos. No estudo de base individual (“caso-controle”) identificamos correlação entre temperaturas elevadas na semana anterior... / Recent studies identified seasonal behavior of some microorganisms implicated in the etiology of Healthcare-associated Infections (HAIs). Most of these studies were conducted in developed countries with temperate climate. In order to identify the seasonality of nosocomial pathogens in a tropical region, we conducted an ecological study involving positive blood cultures of suspected nosocomial origin (collected after the third day of hospitalization) in the Hospital das Clinicas from Faculdade de Medicina de Botucatu in the period 2005-2010. The study was conducted in two phases. In the first (“ecologic study”) we performed: (a) comparisons of the incidence of bacteremia caused by specific organisms or groups during “warm” (October to March) and cold” (April to September) months; (b) regression analysis, aimed at identifying the association between temperature and humidity and the average monthly incidence of bacteremia, (c) time series analysis. In the second phase, (“casecontrol”), weather factors (temperature and humidity averages of the seven days preceding the collection of each blood cultures) were addressed in order to identify predictors of isolation of specific microorganisms and groups in the logistic regression model. The results showed consistency between the various approaches. Three groups (Gram-negative as a whole, Acinetobacter baumannii and Enterobacter spp) presented increased incidence in “warm” months, significant relation between mean temperature and monthly incidence and seasonality in stochastic models. Those models also detected seasonality for coagulase-negative staphylococci, apparently not related to climatic factors. In individualbased analysis (case-control) we identified correlation between high temperatures in the past week and recovery of Gram-negatives in general, and among these, A. baumannii. The findings are consistent with the literature, showing ...

Orientador: Claudia Pio Ferreira / Banca: Carlos Magno Branco Fortaleza / Banca: Hyun Mo Hang / Resumo: Infecções hospitalares são infecções clinicamente detectáveis que geralmente aparecem até 48 horas após a admissão do paciente. Uma das bactérias causadoras de infecção em ambiente hospitalar é a Acinetobacter baumannii, que é a quarta bactéria Gram-Negativa mais frequente em Unidades de Terapia Intensiva (UTIs) brasileiras. A ausência de estratégias de controle prolonga a estadia dos pacientes e aumenta o custo do tratamento, tornando medidas de intervenção e o controle extremamente importante. A aplicação de modelos matemáticos à epidemiologiaé uma área de pesquisa em crescente desenvolvimento e pode ser usada para auxiliar nas tomadas de decisões. Sendo assim, neste trabalho foi proposto um modelo matemático compartimental em tempo discreto para descrever a transmissão de A. baumannii em uma UTI brasileira, onde os parâmetros foram estimados da literatura. Considerou-se que a contaminação ocorreu através do ambiente (dispositivos invasivos, técnicas cirúrgicas ou móveis) ou pelo contato entre paciente e equipe de trabalho, deste modo a equipe de trabalho atua como vetor da doença. Optou-se pela modelagem em tempo discreto devido ao fato de que as coletas das culturas de vigilância são feitas em intervalos de dias. Na versão determinística, analisou-se a estabilidade e a sensibilidade do ponto de equilíbrio aos parâmetros do modelo em três cenários, onde variou-se a probabilidade de isolamento de pacientes colonizados, supondo que o hospital realiza busca ativa por pacientes colonizados através de swab de orofaringe, swab de orofaringe + swab de axila e sem a realização de busca ativa, supondo o ambiente com maior colonização. Na versão estocástica, utilizou-se cadeia de Markov em tempo discreto (CMTD) para simular e avaliar a efetividade de algumas medidas de controle, como a higienização do ambiente, a precaução no contato e o isolamento de pacientes positivos à bactérias. Observou-se ... / Abstract: Nosocomial infections are detectable infections that generally occur 48 hours after patient admission. Acinetobacter baumannii is a bacteria related to nosocomial infections, which is the fourth Gram-negative bacteria frequently in brazilian ICUs. The absence of control strategies increases the permanence of patients and the cost of treatment, therefore intervention and control measures have become extremely important. Mathematical models approach for epidemiology has been growing and can be used to support decisions. Thus, in this work we proposed a compartimental mathematical model in discrete time to describe A. baumannii transmission in a brazilian ICU with parameters from the literature. We considered that contamination occured because of either the environment (e.g. invasive methods, surgical techniques) or contact between patient and health care workers that play the role of disease vectors. We chose a discrete mathematical model since surveillance cultures are collected per day. In deterministic version we analysed stability and sensitivity of equilibrium points to model parameters in two situations in which probability of isolation for colonized patients was varyied, supposing the hospital accomplishes a active search to identify colonized patients by using oropharynx swab and oropharynx swab plus axillae swab, without active search, supposing a more colonized environment. In stochastic version, we used Discrete Time Markov Chains to simulate and assess the effectiveness of some control measures like colonization by the environment and contact and isolation probabilities. We verified the great importance of the hygienization of hospital environment and the identification of patient colonization / Mestre

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-05-10T22:31:41Z No. of bitstreams: 1 MariaCarolinaSoaresLopes_DISSERT.pdf: 2639801 bytes, checksum: ec2e4bc4eef612ece59848a3c3979ea1 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-05-17T20:06:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 MariaCarolinaSoaresLopes_DISSERT.pdf: 2639801 bytes, checksum: ec2e4bc4eef612ece59848a3c3979ea1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-17T20:06:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MariaCarolinaSoaresLopes_DISSERT.pdf: 2639801 bytes, checksum: ec2e4bc4eef612ece59848a3c3979ea1 (MD5) Previous issue date: 2015-05-14 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / As Infec??es Hospitalares (IH) se constituem na principal causa de morbidade e mortalidade em pacientes hospitalizados. Relatos de isolamentos de Acinetobacter multirresistentes a partir de esp?cimes cl?nicos obtidos de pacientes internados bem como do ambiente hospitalar s?o cada vez mais frequentes. Assim, esse projeto tem como objetivo caracterizar fenotipica e molecularmente, isolados de Acinetobacter spp. quanto ? susceptibilidade aos antimicrobianos. Os isolados de Acinetobacter foram coletados em quatro hospitais localizados na cidade do Natal-RN, no per?odo de 2013 a 2014. A identifica??o dos isolados foi realizada atrav?s de provas laboratoriais convencionais, atrav?s do sistema MALDI-TOF e atrav?s da pesquisa do gene blaOXA51. A susceptibilidade aos antimicrobianos foi avaliada pela metodologia de disco-difus?o. Para a droga tigeciclina, a concentra??o inibit?ria m?nima (CIM) foi determinada atrav?s do E-test . Al?m disso, foram realizados testes de triagem para as enzimas AmpC, ESBL e Carbapanemases e pesquisa dos genes para as carbapenemases (IMP-1, VIM-1, NDM-1, KPC-2, OXA-23,OXA-24,OXA-58,OXA-143), atrav?s da t?cnica da Rea??o em Cadeia da Polimerase (PCR). N?o houve 100% de concord?ncia entre os resultados obtidos pelas t?cnicas utilizadas para a identifica??o dos isolados. 90% e 81,8% das amostras foram identificadas como A.baumannii pelos testes convencionais e MALDI-TOF, respectivamente e a positividade do blaOXA51 aconteceu em 97,1% das amostras . No ambiente hospitalar, os locais mais contaminados por essa esp?cie foi a bancada de procedimentos e o piso. A maioria (58,2%) das cepas de Acinetobacter apresentaram resist?ncia ? tr?s ou mais classes de antibi?ticos. A positividade no teste para detec??o de AmpC foi de 5,8%, no Teste de Hodge foi de 61,1% e para o teste de detec??o de Metallo-?-lactamase foi de 78,5%. Nenhuma amostra se mostrou produtora de ESBL. Os genes mais encontrados, al?m do blaOXA51 foram o blaOXA23 e blaOXA143. A m?dia da preval?ncia de Acinetobacter nos hospitais estudados foi de 7,6% em amostra cl?nicas e de 12,8% nas amostras do ambiente hospitalar, a sazonalidade foi demonstrada e v?rios fatores relacionados com a multirresist?ncia foram estatisticamente relevantes. O elevado n?mero de Acinetobacter multirresistente aos antimicrobianos, isolados a partir de pacientes e sobretudo das superf?cies inanimadas dos hospitais ? preocupante. Esse cen?rio pode comprometer tanto os tratamentos emp?ricos de pacientes em estado grave quanto ?s estrat?gias de controle de infec??o hospitalar. / The Hospital Infections are the main cause of morbidity and mortality in hospitalized patients. Isolations reports of multidrug-resistant Acinetobacter from clinical specimens obtained from hospitalized patients and the hospital are more frequent. Thus, this study aimed to characterize molecular and phenotypic isolated from Acinetobacter sp. for susceptibility to antimicrobials, with emphasis on ?-lactams. Clinical isolates and hospital surfaces isolates of Acinetobacter sp. were collected in four hospitals located in the city of Natal-RN, from March 2013 to March 2014. The identification of the isolates was carried out by standard laboratory tests, the MALDI-TOF system and research blaOXA-51 gene. The antimicrobial susceptibility was evaluated by disk diffusion method. For tigecycline drug, the minimum inhibitory concentration (MIC) was determined by the E-test. Furthermore, screening tests were performed for AmpC enzymes, and ESBL Carbapanemases and research of genes for carbapenemases (IMP-1, VIM-1, NDM-1, KPC-2, OXA-23, OXA-24, OXA- 58, OXA-143) by technique of polymerase chain reaction (PCR). Factors associated with the presence of multidrug resistance were also studied. 242 samples were studied, with 155 clinical samples and 87 samples of hospital surfaces. The mean occurrence of Acinetobacter sp. in the hospitals studied was 7.6% in clinical sample and 12.8% in samples of hospital surfaces. In this, the sites most contaminated by this bacterium was the bench procedures and the floor. Two hundred and thirty seven samples (97.9%) and 198 (81.8%) of the samples were identified as A.baumannii by conventional tests and MALDI-TOF, respectively, and the positivity of blaOXA-51 gene occurred in 235( 97.1%) samples. Most, 141 (58.2%) of the strains of Acinetobacter sp. They were resistant to three or more classes of antibiotics. A positive test for the detection of enzyme AmpC were 5.8% in Test Hodge was 61.1% and the ?-lactamase Metallo was 78.5% detection test. No samples proved producing ESBL. The genes most commonly found were the blaOXA-23 and blaOXA-143. The use of invasive devices (p = 0.001), the amount of antimicrobials used (p = 0.01), the ICU stay (p = 0.008) and hospitalization in a public hospital (p = 0.05) presented themselves as factors associated with the acquisition of Acinetobacter sp. strains MDR. Death was the most frequent clinical outcome (p <0.001) in patients with infection by these strains. The high number of multidrug-resistant Acinetobacter antimicrobial, isolated from patients and especially of inanimate surfaces in hospitals is disturbing. This scenario may compromise both the empirical treatment of seriously ill patients as the hospital infection control strategies.

Espécies do gênero Acinetobacter são patógenos oportunistas que têm sido associados a várias infecções relacionadas à assistência em saúde acometendo principalmente, pacientes hospitalizados em centros de tratamento intensivo. A. baumannii , Acinetobacter genoespécie 3 e Acinetobacter genoespécie 13TU constituem o complexo A. baumannii e são consideradas as espécies de maior importância clínica. O objetivo deste trabalho foi identificar em nível de espécie, avaliar o perfil de resistência e analisar a diversidade genética de 102 amostras de Acinetobacter spp. isoladas de hemoculturas de pacientes internados em quatro hospitais do estado do Rio de Janeiro. Após a utilização de duas técnicas moleculares, 87 (85,3%) amostras foram identificadas como A. baumannii, sete (6,9%) como A. genoespécie 3, duas (1,9%) A. genoespécie 13TU e seis (5,9%) não foram identificadas em nível de espécie. A maioria das amostras de A. baumannii apresentou caráter multirresistente mostrando percentuais de resistência acima de 70% para ceftazidima, cefotaxima e ciprofloxacina. A resistência aos carbapenêmicos variou de 59% a 91%. Foi encontrada uma grande variedade de antibiotipos entre as amostras de A. baumannii, sendo prevalente dois multirresistentes. Um deles, caracterizado pela sensibilidade apenas aos aminoglicosídeos, ocorreu em 20,7% das amostras e o outro observado em 14,9% das amostras , foi caracterizado pela resistência a todos os antimicrobianos testados. Através da PCR, foi observado que 77% das amostras de A. baumannii apresentaram produto de amplificação compatível com gene blaOXA-23-like e destas, 64 mostraram-se resistentes tanto a imipenem quanto a meropenem. Em contrapartida, todas as amostras de A. baumannii OXA-23 negativas mostraram-se sensíveis aos carbapenens. Em relação às amostras de A. genoespécie 3 e 13TU, foram observados baixos percentuais de resistência frente aos antimicrobianos testados e apenas uma amostra de Acinetobacter genoespécie 3 apresentou produto de amplificação compatível com gene blaOXA-23-like, sendo esta sensível aos carbapenens. Não foram detectados os genes blaOXA-40-like e blaOXA-58-like nas 102 amostras de Acinetobacter spp.. A análise do polimorfismo genético das amostras de A. baumannii por PFGE mostrou a presença de 35 clones distribuídos entre os hospitais. Um clone (designado A), presente em 32 amostras (36,9%), foi encontrado nos quatro hospitais, sendo prevalente em três. Em 93,8% das amostras do clone A foi detectado o gene blaOXA-23-like. A disseminação de um clone de A. baumannii multirresistente produtor de OXA-23 entre os hospitais estudados evidencia a importância de medidas de controle de infecções mais eficazes, visando minimizar a morbidade e a mortalidade causadas por este importante patógeno. Além disso, como outras espécies também podem estar associadas a infecções, destacamos a importância da identificação correta das amostras em nível de espécie, visando o conhecimento da patogenicidade, do perfil de resistência e dados epidemiológicos des outras espécies, principalmente as pertencentes ao complexo A. baumannii / Acinetobacter species are opportunistic pathogens that have been associated with wide variety infections related to health care affects mainly patients hospitalized in intensive care units. A. baumannii and its phenotypically related species (Acinetobacter genoespécie 3 and genoespécie 13TU), together forming the A.baumannii complex and are considered species of greatestclinical importance. The objective of this study was to identify at the species level, to know the resistance profile and analyze the genetic diversity of 102 samples of Acinetobacter spp. isolated from blood cultures of patients admitted to four hospitals in the state of Rio de Janeiro. After using two molecular techniques, 87 (85.3%) were identified as A. baumannii, seven (6.9%) as A. genoespécie 3, two (1.9%) A. genoespécie 13TU and six (5.9%) were not identified at the species level. The most specimens of A. baumannii presented multidrug resistance, showing resistance rates above 70% for ceftazidime, cefotaxime and ciprofloxacin. The carbapenem resistance ranged from 59% to 91%. There was a wide variety of antibiotype between samples of A. baumannii, with two prevalent multiresistant antibiotypes. One, characterized by sensitivity only to aminoglycosides occurred in 20.7% of the samples and the other (14.9% of the samples) characterized by resistance to all antimicrobials tested. By PCR, we observed that 77% of the samples of A. baumannii showed amplification product consistent with gene blaOXA-23-like and of these, 64 were resistant to both imipenem and meropenem. In contrast, all samples of A. baumannii OXA-23 negative were sensitive to carbapenems. In samples of A. genoespécie 3 and 13TU were observed low percentages of resistance against the tested antimicrobials and only a sample of Acinetobacter genoespécie 3 showed amplification product consistent with blaOXA-23-like, which was sensitive to carbapenens. The genes blaOXA-40-like and blaOXA-58-like were not detected in 102 samples of Acinetobacter spp.. Analysis of genetic polymorphism of the samples of A. baumannii by PFGE showed the presence of 35 clones distributed among the hospitals. A clone (designated A), present in 32 samples (36.9%) was found in four hospitals. In 93.8% of the samples inclued clone A were detected the gene blaOXA-23-like. The spread of a clone multidrug-resistant A. baumannii producing the OXA-23 enzyme in the four hospitals showed the importance of infections control measures more effective, in order to minimize morbidity and mortality caused by this important pathogen. Moreover, as other species may also can be associated with infections, we showed the importance of correct identification of the samples at the species level, for the knowledge of the pathogenicity.The resistance profile and epidemiological study of species of Acinetobacter other than A. baumannii, especially those belonging to the Complex A. baumannii

Acinetobacter baumannii é um patógeno oportunista, geralmente resistente a muitos antimicrobianos, que causa surtos de infecções hospitalares. Assim, a sua habilidade de formar biofilme pode explicar a capacidade de sobreviver no ambiente hospitalar e em utensílios médicos. O objetivo desse estudo foi avaliar a capacidade de duas cepas clínicas de A. baumannii obtido de hospitais de Porto Alegre, Brasil (abC e abH) e uma cepa controle ATCC 19606 (abA) formar biofilme e realizar a análise transcricional dos genes possivelmente envolvidos na produção e manutenção do biofilme: bap, abaI, ompA, bfmRS, csuAB, pgaA, pilZ, wspR, eal, eagg, IscRSU e csdA. A capacidade de formação de biofilme foi avaliada pelo método cristal violeta em superfície plástica a 25°C e 37°C nos meios LB, LB + 1% glicose, urina pura e LB + 10% sangue de carneiro. A análise transcricional foi feita por real time PCR. A cepas AbH, AbC e AbA foram fortes formadoras de biofileme em LB e LB+glicose à 25 e 37°C. Em LB+sangue, as cepas AbH e AbA foram fortes formadoras e AbC foi fraca formadora de biofilme. Em urina, a cepa AbH foi moderadamente formadora, AbC e AbA foram fracas formadoras de biofilme. Os genes wspR, pgaA, ompA, bap, abaI de AbA, csdA de AbH e o operon IscRSU foram superexpressos em biofilme; os genes eagg de AbH, pilZ e csuAB foram inibidos e os genes bfmRS, eal, eagg de AbA, csdA de AbA e abaI de AbH não possuíram uma variação significativa na expressão durante o biofilme. Portantanto, a regulação positiva dos genes wspR, pgaA, ompA, bap, csdA e do operon IscRSU é um indício de sua importância na formação e manutenção do biofilme por esse patógeno. / Acinetobacter baumannii is an opportunistic pathogen which causes a wide range of nosocomial infections, being usually multirresistent to drugs. Their ability to form biofilm can explain the feature of surviving inside hospital environment and on medical devices. The aim of the present study was to evaluate the ability of two clinically isolated MDR A. baumannii strain, obtained from a general hospital of Porto Alegre, RS, Brazil (AbH and AbC), and the reference ATCC 19606 strain (AbA), to form biofilm and to analyze the relative expression of genes putatively involved in biofilm formation: bap, abaI, ompA, bfmRS, csuAB, pgaA, pilZ, wspR, eal, eagg, IscRSU e csdA. The biofilm formation capability was evaluated by the crystal-violet staining method on plastic surfaces at 25°C and 37°C using the broth LB, LB + 1% glucose, pure urine and LB + 10% sheep blood. The trancritional profiling of the genes was analyzed through real time PCR methodologies. The strains AbH, AbC e AbA were strong biofilm producers in LB e LB+glucose at 25 and 37°C. In the broth LB+blood, the strains AbH and AbA were strong biofilm producers and AbC was week biofilm producer. In urine, the strain AbH was moderated producer, AbC and AbA were week biofilm producers. The genes wspR, pgaA, ompA, bap, abaI from AbA, csdA from AbH and the operon IscRSU were overexpressed in biofilm; the genes eagg de AbH, pilZ e csuAB were suppressed and the genes bfmRS, eal, eagg from AbA, csdA from AbA e abaI from AbH did not vary their expression significantly during the biofilm condition. In conclusion, the factors wspR, pgaA, ompA, bap, csdA and of the operon IscRSU, that were positively regulated, appear to have an important role during the process of biofilm formation by A. baumannii.

A.baumannii é um importante patógeno em infecções nosocomiais principalmente por sua capacidade de se tornar resistente aos antimicrobianos. Surtos de A.baumannii resistente aos carbapenêmicos (ABRC) têm sido descritos em todo mundo. Devido à emergência de resistência aos antimicrobianos e ausência de novas opções de tratamento, as polimixinas reemergiram como opção de terapia contra infecções causadas por A.baumannii. O uso de polimixina é associado a maior mortalidade e menor eficácia comparada a outros antimicrobianos. Alguns estudos in vitro têm avaliado a combinação de polimixina com outros antimicrobianos a fim de aumentar a eficácia dos tratamentos. O objetivo deste estudo foi avaliar o sinergismo entre a polimixina B com outros antimicrobianos em isolados de ABRC, pelo método de Curvas Tempo-Morte bacteriana (Time- Kill Curves). Os isolados foram provenientes de banco de amostras e foram avaliadas as combinações de polimixina B com carbapenêmicos (imipenem e meropenem), tigeciclina, rifampicina, amicacina e ceftazidima. As combinações foram testadas nos tempo 0, 30’, 1,4,12 e 24 h. Sinergismo entre polimixina B foi demonstrado contra todos antimicrobianos para ambos isolados, exceto para ceftazidima e imipenem no isolado 1. Nosso estudo mostrou que tigeciclina, amicacina e rifampicina são agentes mais ativos combinados com polimixina B, sendo assim estes agentes podem apresentar efeito benéfico em combinação com a polimixina no tratamento de ABRC. / A.baumannii is an important pathogen in nosocomial infections primarily for its ability to become resistant to antimicrobials. Outbreaks carbapenem- resistant A.baumannii (CRAB) has been described worldwide. Due to the emergence of antimicrobial resistance and the absence of new treatment options, the polymyxins reemerged as an option therapy against infections caused by A.baumannii. The use of polymyxin is associated with higher mortality and lower effectiveness compared to other antimicrobials. In vitro studies have evaluated the combination of polymyxin with other antimicrobial agents to enhance the effectiveness of the treatments. This study was to evaluate the synergy between polymyxin B with other antimicrobials in isolates from ABRC, by Time-Kill Curves. The isolates were from stool samples and were evaluated combinations of polymyxin B with carbapenems (imipenem and meropenem), tigecycline, rifampin, amikacin and ceftazidime. The combinations were tested at time 0, 30 ', 1,4,12 and 24 h. Synergism between polymyxin B was demonstrated against all antimicrobials for both isolates, except for ceftazidime and imipenem in isolated 2. Our study showed that tigecycline, amikacin and rifampicin more active agents are combined with polymyxin B, and thus these agents may have a beneficial effect in combination with a polymyxin in treating CRAB.

Introdução: O Acinetobacter spp. é um cocobacilo gram-negativo de grande importância nas infecções hospitalares, especialmente em pacientes internados em unidades de terapia intensiva (UTI); podendo levar a um aumento na morbidade e mortalidade desses pacientes. Há evidências sustentando associação entre infecção por Acinetobacter baumannii e aumento das taxas de mortalidade bruta e atribuível. Contudo, o papel desse agente como causa direta de mortalidade ainda não está suficientemente caracterizado. Dentre os fatores relacionados com o aumento da mortalidade estão: gravidade do paciente, infecção relacionada à A. baumannii multirresistente, tratamento com antimicrobiano inadequado, tempo de hospitalização com alta permanência, choque séptico e imunossupressão. Objetivos: Estimar a mortalidade bruta e atribuível às infecções hospitalares causadas pelo Acinetobacter baumannii resistente a antimicrobianos carbapenêmicos (CRAB) por meio de revisão sistemática e metanálise de estudos observacionais. Métodos: Foi desenvolvida uma revisão sistemática e metanálise de estudos observacionais publicados nas bases de dados: MEDLINE/Pubmed, CENTRAL/Cochrane Library, EMBASE/Elsevier, SCOPUS/Elsevier, Web of Science/Thomson Reuters e LILACS/BVS, para estimar a mortalidade bruta e atribuível à infecção hospitalar causada pela bactéria A. baumannii resistente a antimicrobianos carbapenêmicos em pacientes adultos e pediátricos internados em unidades de tratamento intensivo e nãointensivo. Os estudos incluídos caracterizaram fatores preditores de mortalidade associada à infecção por CRAB, comparando com pacientes infectados por A. baumannii sensível a carbapenêmicos (CSAB). Primeiramente, foi estimado um modelo de efeitos aleatórios para a medida agregada de mortalidade atribuível não ajustado a fim de avaliar a contribuição direta das infecções na morte. Na sequência, foram avaliados descritivamente os principais aspectos metodológicos necessários aos estudos observacionais, para a análise dos fatores de risco relacionados a mortalidade atribuível em pacientes infectados por CRAB, por meio de instrumento elaborado conforme recomendações internacionais - ORION, TREND, STROBE e CONSORT. Resultados: Com base nos 29 estudos incluídos na metanálise, observou-se um risco atribuível aumentado na mortalidade bruta em pacientes com infecção por CRAB comparativamente aos pacientes com infecção por CSAB (RA = 0,19 (IC95% = 0,14-0,24) com elevada heterogeneidade (I2 = 66,4%, p-valor < 0,001). Como fontes de heterogeneidade investigou-se o tempo de internação, sítio de infecção, gravidade da doença e uso de terapia inapropriada. Entre os estudos que avaliaram exclusivamente pacientes com bacteremia, o risco de mortalidade atribuível foi maior (RA = 0,27; IC95% = 0,19-0,34). Utilizando-se metarregressão foi observada relação linear positiva entre o risco atribuível de mortalidade e a diferença da média padronizada do escore de APACHE II. Para a investigação da presença de risco de viés e confundimento avaliou-se descritivamente os principais aspectos metodológicos necessários aos estudos observacionais que identificam os fatores de risco associados com a mortalidade atribuível em pacientes com infecções por CRAB. Observou-se nesta revisão que os estudos estão sujeitos a confundimento, incluindo a forma inadequada do ajuste para fatores de confusão de variáveis importantes (ex.: seleção de grupo controle, exposição prévia aos antimicrobianos, mensuração do tempo em risco e a gravidade), além da grande heterogeneidade entre os estudos, devido aos desenhos, unidades de análise e abordagens na medida de exposição e desfecho, tornando difícil a comparação e a sumarização das informações. Conclusões: Os dados dessa revisão sistemática fornecem evidências que a mortalidade atribuível relacionada à presença de infecção por CRAB é maior que em pacientes com infecção por CSAB. Contudo, a investigação da mortalidade atribuível apresenta muitas limitações e ainda não é conclusiva em razão da adequação do desenho do estudo aos seus objetivos; definições de medidas de exposição e desfecho; métricas utilizadas na aferição dos resultados; seleção de grupo controle e fatores de confusão. A consciência de todos esses elementos para a interpretação epidemiológica é vital na análise da mortalidade bruta e atribuível. / Introduction: Acinetobacter spp. is a gram-negative coccobacillus of great importance in hospital infections, especially in patients in intensive care units (ICUs); may lead to an increase in morbidity and mortality of these patients. There is evidence supporting association between infection by Acinetobacter baumannii and the increase in crude and attributable mortality rates. However, the role of this agent as a direct cause of death is not sufficiently characterized yet. Among the factors related to the increase of mortality are: severity of the patient, infection related to A. baumannii multidrug-resistant, inappropriate antimicrobial treatment, hospital stay with high permanence, septic shock and immunosuppression. Objectives: To estimate the crude and attributable mortality to hospital-acquired infections caused by carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii through systematic review and meta-analysis of observational studies. Methods: A systematic review and metaanalysis of observational studies published in the databases has been developed: MEDLINE/PubMed, CENTRAL/Cochrane Library, EMBASE/Elsevier, SCOPUS/Elsevier, Web of Science/Thomson Reuters and LILACS/BVS to estimate the crude and attributable mortality to hospital infection caused by the bacterium carbapenem-resistant A. baumannii (CRAB) in adult and pediatric patients in intensive and non-intensive care units. The studies included characterized predictors of mortality associated to infection with CRAB, compared to patients infected with carbapenem-susceptible A. baumannii (CSAB). First, a random effects model was estimated for the aggregate measure of non-adjusted attributable mortality in order to assess the direct contribution of infections in death. Following were descriptively assessed the main methodological aspects necessary to observational studies for the evaluation of risk factors related to attributable mortality in patients infected with carbapenem-resistant A. baumannii through instrument designed according to international recommendations - ORION, TREND, STROBE and CONSORT. Results: Through the 29 studies included in the meta-analysis, there was an increased attributable risk in the crude mortality in patients with infections by CRAB compared to patients with infections by CSAB (RA = 0.19 (95% CI = 0.14 to 0.24) with high heterogeneity (I2 = 66.4%, p <0.001). As sources of heterogeneity, it was investigated the length of stay, the site of infection, disease severity and use of inappropriate therapy. Among the studies that evaluated only patients with bacteremia, the risk of attributable mortality was higher (RA = 0.27; 95% CI = 0.19 to 0.34). Using meta-regression was observed a positive linear relationship between the attributable mortality risk and the standardized mean difference of APACHE II score. For investigating the presence of bias and confounding risk was evaluated descriptively the main methodological aspects necessary to observational studies evaluating the risk factors associated with attributable mortality in patients with infections caused by carbapenem-resistant A. baumannii. It was observed in this review that these studies are subject to pitfalls, including the inappropriate mode for adjustment for confounding factors of important variables (eg.: control group selection, previous exposure to antimicrobials, measurement of time in risk and gravity); besides the great heterogeneity between studies due the drawings, units of analysis and approaches to the extent of exposure and outcome, making it difficult comparison and summarization of information. Conclusions: The data of this systematic review provide evidence that attributable mortality related to the presence of infection by CRAB is higher than in patients with infection by CSAB. However, the investigation of attributable mortality has many limitations and is not conclusive yet because of the design adequacy of the study to their goals, definitions of exposure and outcome measures, metrics used in measuring results, control group selection and confounding factors. The awareness of all these elements is vital in analyzing the crude and attributable mortality.