Entre avril et juin 2008, le prix des commodités (blé, maïs, riz) a atteint un niveau impressionnant, mais pas exceptionnel. Les populations de 48 pays ont été affectées par une sévère sous-alimentation. La plupart d’entre eux avait déjà été affaiblie par des conflits et des catastrophes naturelles inhabituelles et dramatiques. Ces facteurs ont souvent interagi pour aggraver la situation. Pourtant, si la crise de 2007-2008 a été un «problème extraordinaire», c’est aussi parce que la connaissance scientifique «normale» a échoué face à la complexité de la «poly-crises» alimentaire (Morin, 2011). En réponse, nous avons conçu un cadre épistémologique, méthodologique, et technique, à partir de deux approches face à la complexité, celles de Hayek (1899-1992) et de Simon (1916-2001), avec un objectif, satisfaire au critère de cumulativité, un reproche traditionnellement adressé à ce type d’approche. Ce travail a produit deux enseignements. Premièrement, les fondements épistémologiques de la production de la connaissance en économie doivent être révisés en environnement complexe et incertain: 1) du certain/de l’objectif vers l’incertain/le subjectif; 2) de la prédiction exacte vers la conception; 3) de la causalité linéaire inappropriée, ou pire, menaçant la liberté individuelle, vers une causalité complexe. Deuxièmement, dans le processus d’adaptation, le rôle de la production et du partage de la connaissance «tacite» est central. Pour cette raison, le problème économique n’est plus un problème d’allocation des ressources. Il est de savoir comment des êtres humains aux capacités cognitives «limitées» computent et socialisent (Nonaka et alii, 1994, 2001) la connaissance et l’information disponibles, mais dispersées, pour la convertir en heuristiques ou patterns favorisant l’adaptation. Deux autres hypothèses les renforcent : 1) les dynamiques du changement s’enracinent «dans la pensée et la créativité des gens impliqués dans des situations complexes et dans leur capacité à restructurer leurs propres modèles d’interactions», (Ostrom, 2011) ; 2) l’altruisme réciproque (Simon, 1992, 1993) est un comportement rationnel qui peut être plus efficient dans les interactions sociales en environnement complexe que le comportement maximisateur ou égoïste. Ces résultats ont été synthétisés dans une interface que nous avons créée et qui a pris la forme d’une boucle de la connaissance à deux allèles, une pour la connaissance générique, l’autre, pour la tacite, qui, par récursion, produisent une méta-connaissance. Cette interface est à la fois ouverte et fermée et reflète ainsi la position défendue par Hayek et Simon pour qui la science économique est une «science frontière». Une part de la recherche est consacrée à la création d’outils, par exemple à un indicateur de perception de la contribution des facteurs au déclenchement et/ou à l’aggravation de la crise, à partir : 1) des allocutions des 138 Chefs d’État et de Gouvernement présents à la Conférence de Haut Niveau sur la Sécurité alimentaire mondiale (3-5 juin 2008) ; 2) des analyses des économistes, 3) des témoignages des gens qui ont subi la sous-nutrition ou la hausse des prix des denrées alimentaires (database IRIN). Nous proposons également une typologie actualisée des policy-mix mis en œuvre par 18 pays divisés en 3 groupes : des pays en développement, pour la plupart importateurs nets, sévèrement touchés par la crise et qui ont connu des «émeutes de la faim» (Égypte, Tunisie, Cameroun, Côte d’Ivoire, Sénégal, Mauritanie, Haïti, Bangladesh) ; des pays Membres du groupe de Cairns ayant connu soit des «émeutes de la faim», soit des désordres sociaux (Indonésie, Philippines, Thaïlande, Afrique du Sud) ; enfin, des pays ayant adopté des restrictions et/ou prohibitions aux exportations (Chine, Inde, Indonésie, Égypte, Cambodge, Ukraine, Vietnam) [...]. / Over the April-June 2008 period, prices of the commodities such as wheat, maize, rice and vegetable oils, reached impressive yet not exceptional peaks. By contrast, the populations of 48 countries were stricken by severe under nutrition. Most of them had already been weakened not only by conflicts, social disorders, dramatic and unusual climatic and natural disasters, but also by outbreaks, epizooties, and population displacements. In some cases, all these factors together played a significant role in the worsening situation. However, another important reason could be advanced to explain why the 2008 food crisis was an “extraordinary problem”. This one is that “normal” scientific knowledge was defeated by the complexity of what it appears now as a food “poly-crises” (Morin, 2011). We answered by designing an epistemological, methodological, and technical knowledge base from two very different and alternative economics approaches of facing complexity. The first is the Hayekian approach (1899-1992), and the second, the Simonian approach (1916-2001). The research intends to fulfill cumulativity criteria, traditionally difficult to satisfy with the ones of complexity. From the following analysis we mostly learned two things. First, epistemological grounds of economics needed to be broken in complex environment(s): 1) from certainty/objectivity to uncertainty/subjectivity, 2) from accurate prediction to design, 3) from linear causality deemed inappropriate or, worse, threatening people freedoms, to complex causality. Second, in the adaptation process, the role of “tacit” knowledge production and sharing is central. For that reason, the core of economics problem is not allocation of resources anymore. Now, the main problem for humans whose cognitive capacity are “bounded” is to compute, to “socialize” (Nonaka et alii, 1994, 2001), available but dispersed information and knowledge and to converse them into heuristics or patterns allowing the adaptation to complex and uncertain environment(s). Two others auxiliary hypotheses –E. Ostrom (2011) will endorse them later- can be drawn from that preliminary work: 1) the dynamics of change rooted “in the thinking and in the creativity of people involved in complex situations and their capacity to restructure their own models for interactions”, 2) reciprocal altruism (Simon, 1992, 1993) is a rational behavior which can be more effective in/for the social interactions in complex environment(s) than maximizing or selfish behavior. To present preliminary results in an effective way, we created a very simple interface scheme. It takes the form of a three-dimensional knowledge loop with two strands, “generic” and “tacit” knowledge connected between themselves to produce by recursion a meta-knowledge. We made the choice of the interface because it reflects with the most accuracy the position defended by Hayek and Simon which is that economics is a frontier science. Moreover, the interface has the advantage of being both open and closed. A part of the research is more specifically dedicated to design tools increasing the understanding of the “polyfood” crises. We elaborated a three-level indicator with: 1) perceptions of the contribution of each factor to the outbreak and the worsening of the situation; 2) contributions of actors to the explanation of the food crisis proposed in 2008. It was developed from: 1) a case study comparing and contrasting explanations proposed a) in their statements by 138 Heads of State and Government attended the High Level Conference on World Food Security (3-5 June 2008), b) in their analyses by economists, c) in their testimonies by people hit by under nutrition/rising food prices (database IRIN); 2) a new and more updated typology focused on the responses addressed by 18 countries split into 3 groups [...].

Le comportement de recherche alimentaire varie tout au long de la vie des oiseaux marins selon divers facteurs qui peuvent être liés au cycle de vie ou à l’habitat. Cependant, aucune étude n’avait auparavant abordé ces différents facteurs de variation chez une seule et même espèce. L’objectif de cette thèse était de distinguer la part fixe du comportement de recherche alimentaire de ses différents degrés de plasticité chez un oiseau marin pantropical, le fou à pieds rouges (Sula sula). Pour cela, des adultes et des juvéniles issus de différentes colonies ont été équipés de balises GPS afin d’étudier leurs trajets selon différents facteurs de variation intrinsèques (âge et stade de reproduction) et extrinsèques (forçages physiques, productivité primaire, compétition pour la ressource). Le comportement de recherche alimentaire des adultes variait de façon importante au sein d’une même colonie selon le stade de reproduction. Les trajets étaient plus courts pendant l'élevage du poussin, connu pour être particulièrement contraignant d’un point de vue énergétique, et plus longs pendant l’incubation et la période post-envol. Le suivi pluriannuel d’une des colonies a pu mettre en évidence la flexibilité du comportement lors de conditions environnementales défavorables. Des trajets plus longs étaient observés lors de la saison de reproduction qui présentait une diminution de la productivité et de l’activité tourbillonnaire locale. Une importante plasticité du comportement en fonction de l’habitat a pu être mise en évidence à l’échelle de l’aire de répartition de l’espèce. La durée et le rayon de prospection des trajets des adultes variaient considérablement selon les colonies, allant de trajets strictement diurnes à des trajets beaucoup plus longs qui incluaient plusieurs nuits passées en mer. Les fous à pieds rouges ne semblaient pas cibler des zones particulièrement productives et la compétition intra- et interspécifique semblait expliquer en partie les différences observées entre les colonies. En revanche, tous les trajets possédaient généralement une structure similaire et augmentaient leur effort de recherche alimentaire en adoptant un comportement de recherche en zone restreinte (ARS). Le comportement des juvéniles, encore nourris par leurs parents après leur envol pendant une longue période de transition, a pu être décrit pour la première fois. Avec le temps, les juvéniles augmentaient le rayon de prospection de leurs trajets, qui restait considérablement inférieur à celui des adultes. Des associations en mer avec d’autres juvéniles étaient fréquemment identifiées. Cette longue période d’apprentissage semble permettre l’acquisition progressive de compétences complexes nécessaires à la recherche et à la capture de leurs proies. Si la plasticité comportementale des individus tend généralement à amortir les effets des conditions défavorables sur l'état de santé moyen d’une population, cette flexibilité est tout de même limitée. Dans le contexte actuel de changement global, l’évaluation de la plasticité comportementale s’avère alors nécessaire afin de mieux prévoir les conséquences de ces changements sur les populations. / Seabird foraging behaviour varies through time according to factors that may be related to life cycle stage and/or habitat. However, no study has previously investigated variation in these different factors and how they impact foraging behaviour in a single species simultaneously. The aim of this thesis was to distinguish the fixed part of foraging behaviour from its different degrees of plasticity in a pantropical seabird, the Red-footed booby (Sula sula). Adults and juveniles from different colonies were equipped with GPS tags to track their foraging trips according to several intrinsic (age and breeding stage) and extrinsic factors (physical forcing, primary productivity and competition for resources). Adult foraging behaviour varied significantly within the same colony according to breeding stage. Tracks were shorter during brooding, which is known to be a particularly energy-constraining time period, and longer during incubation and fledging. Multi-year monitoring at one of the colonies revealed flexibility in behaviour under adverse environmental conditions. Longer tracks were observed during breeding seasons with decreased productivity and eddy activity. High plasticity in foraging behaviour according to habitat was observed across the range of the species. The length and range of adult trips varied considerably among colonies, ranging from strictly diurnal to longer trips that included several nights spent at sea. Red-footed boobies did not appear to target particularly productive areas, and intra- and interspecific competition seemed to explain partly the differences observed between colonies. On the other hand, all the individuals showed similar trip structuring and increased searching effort by adopting area-restricted search (ARS) behaviours. The behaviour of juveniles, still fed by their parents after fledging during a long transition period, was described for the first time. Over time, juveniles increased trip ranges, which were considerably lower than that of adults. Associations at sea with other juveniles were frequently identified. This long learning period seems to be an adaptation allowing the gradual acquisition of the skills necessary for the search and capture of prey. While the behavioural plasticity of individuals tends to cushion the effects of unfavourable conditions at the population scale, this flexibility is still limited. In the current context of global change, assessment of behavioural plasticity is necessary in order to better predict the consequences of these changes on populations.

Les stratégies alimentaires peuvent être définies comme la mise en place d'ensembles cohérents de réponses morphologiques, physiologiques, écologiques ou comportementales permettant d’optimiser le succès alimentaire d’une espèce. Le présent travail s'est proposé d'aller au-delà de la simple analyse taxonomique des régimes alimentaires en utilisant les caractéristiques des proies pour explorer certains aspects des stratégies alimentaires et de l’énergétique de la prédation chez les mammifères marins de l’atlantique nord-est. L'objectif majeur était de contribuer à une meilleure compréhension du "pourquoi une proie est une proie ?" La valeur énergétique des proies est apparue comme un élément central des stratégies de prédation. Il en résulte que des coûts d'existence importants chez les mammifères marins doivent être soutenus par une alimentation de qualité élevée et ne peuvent pas être satisfaits simplement par une plus grande quantité de proies de qualité moyenne ou faible. Les résultats obtenus lors de cette thèse ont ainsi permis de progresser de la description des régimes alimentaires vers la compréhension de certaines relations fonctionnelles entre proies et prédateurs. Ainsi, les traits descriptifs de la qualité des proies, comme la teneur en lipides et la valeur énergétique, et les traits descriptifs des coûts d’existence des mammifères marins, comme l’indice mitochondrial et la teneur en lipides des muscles, sont significativement corrélés. Enfin, ce travail souligne que pour comprendre l'écologie alimentaire d'un prédateur, il faut surtout bien connaitre les caractéristiques de ses proies. / Foraging strategies can be defined as the establishment of a consistent set of morphological, physiological, ecological and behavioural responses allowing the optimization of foraging success. Beyond the simple description of the diet, the present work attempted to explore some aspects of foraging strategies and of the energetic of predation among northeast Atlantic marine mammals. The main goal of the study was to contribute to a better understanding of "why a prey is a prey?" Prey energy density appeared to be a key point of predation strategies. Hence, marine mammal species with high existence costs would need high quality prey items, and cannot fulfil their energy requirement just by ingesting more prey items of low to medium quality. The results of this thesis permitted to progress from a taxonomic description of marine mammal diets to the identification of functional relationships between prey and predators. Hence, traits of prey quality such as lipid content or energy density, and traits of predator cost of existence such as muscle mitochondrial density or muscle lipid content, were significantly correlated. Finally, this work underlines that in order to understand the foraging ecology of a predator, its prey characteristics have to be known.

C'est en 1954 que les paysans de la commune rurale d’Imanan, située dans l’Ouest du Niger, ont commencé la pratique de la culture de pomme de terre. D’une simple culture d’appoint associée à d’autres spéculations, la production de pomme de terre fait partie intégrante des systèmes de productions locaux. C’est la principale stratégie adaptative des paysans de l’Imanan pour faire face aux crises alimentaires. Plusieurs facteurs d’ordres économique, social et politique, en lien étroit avec l’évolution et les événements locaux ont contribué à sa diffusion et à son expansion. Culture de rente tournée vers le marché, la pomme de terre permet aux exploitants d’accéder à des revenus contribuant fortement à la subsistance des ménages. Dans un contexte marqué par des différenciations économiques et sociales entre groupes sociaux, la production de pomme de terre, de par les revenus qu’elle procure aux paysans, favorisent l’autonomisation des groupes sociaux défavorisés dont les jeunes et les femmes. Mais seuls les exploitants qui peuvent mobiliser suffisamment de ressources financières peuvent rentabiliser la production. La différence des revenus que tirent les producteurs de la culture de la pomme de terre est notamment liée à l’accès de ceux-ci aux plants, à l’utilisation de la motopompe et à l’emploi d’une main d’œuvre agricole externe. Le manque d’organisation adéquate de la filière pomme de terre conjugué à la faiblesse des alternatives de financement ne permettent pas à certains producteurs de s’en passer des commerçants (Maï Gida) grossistes de la filière pomme de terre. Les producteurs sont contraints de vendre leurs produits aux commerçants du « Petit marché » de Niamey. / It is in 1954 when the farmers of the rural district of Imanan, situated in the West of Niger, began the practice of the culture of potato. Of a simple culture of supplement associated with other speculations, the production of potato is an integral part local systems of productions. It is the main adaptive strategy of the farmers of the Imanan to face food crises. Several factors of economic, social and political orders, in narrow link with the evolution and the local events contributed to his distribution and to its expansion. Culture of pension was turned (shot) to the market; the potato allows the developers to reach income contributing strongly to the subsistence of the households (house works). In a context marked by economic and social differentiations between social groups, the production of potato, due to the income which she (it) gets to the farmers, favor the empowerment of the disadvantaged social groups among which the young people and the women. But only the developers who can mobilize enough financial resources can make profitable the production. The difference of the income which pull the producers of the culture of the potato is bound in particular to the access of these to plants, to use of the motor-pump and to employment of an external agricultural workforce. The lack of adequate organization of the sector apple of earth conjugated to the weakness of the alternatives of financing does not allow certain producers to take place storekeeper (Maï Gida) wholesalers of the sector potato. The producers are forced to sell their products to the storekeepers of the " Small market " of Niamey.

La voie de signalisation mTORC1 hypothalamique (mammalian target of rapamycincomplexe 1) intègre les signaux hormonaux et nutritionnels. La disponibilité des nutrimentsmodule les espèces réactives derivées de l’oxygène (ROS) qui régulent l’activité des neuronesà propiomélanocortine (POMC). La modulation de la prise alimentaire induite par les ROSpourrait impliquer mTORC1.Des souris C57Bl6J et wild-type (WT) ou invalidées pour S6K1 (S6K1-KO), principaleprotéine cible de mTORC1, ou invalidées pour raptor, protéine clé de mTORC1,sélectivement au niveau des neurones anorexigènes POMC (POMC-raptor-KO) ont ététraitées par injections intracérébroventriculaires (ICV) d’H2O2 ou d’honokiol (piégeur deROS), uniques ou combinées avec un inhibiteur de mTOR (rapamycine) ou un activateur demTOR (leptine).L’H2O2 ICV induit une augmentation de l’activité hypothalamique mTORC1, de l’activationneuronale du noyau arqué, de l’expression des ROS dans les neurones POMC, associée à unediminution de la prise alimentaire et du poids. Cet effet anorexigène est diminué chez lessouris S6K1-KO, chez les C57Bl6J après administration de rapamycine, et chez les POMCraptor-KO.L’honokiol ICV bloque l’effet anorexigène de la leptine, suggérant que cet effet soitdépendant des ROS. La leptine ICV entraine une augmentation des ROS dans les neuronesPOMC des souris C57Bl6J et POMC-raptor-WT, mais pas chez les POMC-raptor-KO.Nos résultats montrent que la régulation de la prise alimentaire induite par les ROS nécessiteune voie mTORC1 fonctionnelle et que l’effet anorexigène de la leptine nécessite uneaugmentation de ROS, mTORC1 dépendante, au niveau des neurones POMC. / The mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTORC1) pathway is an importanthypothalamic integrator of nutrients and hormones. Nutrient availability also affects thereactive oxygen species (ROS) in propiomelanocortin (POMC) neurons and regulatesneuronal activity. We hypothesize that modulation of mTORC1 activity mediates ROS effectson food intake.To this purpose, C57Bl6J mice or WT mice and their KO littermates either deficient for themTORC1 downstream target S6K1 or for the mTORC1 component raptor specifically inPOMC neurons (POMC-raptor-KO) were treated with an intracerebroventricular (ICV)injection of the ROS producer H2O2 or the ROS scavenger honokiol, alone or in combinationwith the mTOR inhibitor rapamycin or the mTOR activator leptin.ICV H2O2 induced phosphorylation of S6K1 within the hypothalamus, increased expressionof c-fos, a marker of neuronal activity, in the arcuate nucleus and increased ROS in POMCneurons. These effects were associated with a significant decrease in food intake. Theanorexigenic effect of ICV H2O2 was not seen in S6K1-KO mice, in C57Bl6J mice cotreatedwith rapamycin (an mTOR inhibitor) and in POMC-raptor-KO mice.Similarly, ICV honokiol administration combined with a leptin injection blunted theanorexigenic effect of leptin, suggesting that leptin requires ROS formation to reduce FI. ICVadministration of leptin increased ROS in POMC neurons in C57Bl6J and POMC-raptor-WTmice, but not in POMC-raptor-KO mice.Our results demonstrate that ROS modulators require a functional mTORC1 pathway toregulate food intake and that leptin needs an mTORC1-dependent increase in ROS levels inPOMC neurons to decrease food intake.

La question de la transmission intergénérationnelle du « bien manger » se trouve aujourd’hui au cœur des préoccupations des pouvoirs publics, qui souhaitent promouvoir auprès des jeunes générations une conception de la « bonne » alimentation dépassant le cadre de l’équilibre alimentaire ; or, paradoxalement, la littérature sur le rôle des acteurs familiaux dans le développement des connaissances de l’enfant liées à cette conception élargie de la « bonne » alimentation est assez succincte. A l’appui d’études documentaire, qualitative et quantitative menées auprès de parents et de grands-parents, cette recherche analyse le rôle des grands-parents, et parents, dans l’apprentissage du « bien manger » chez l’enfant. Les contributions de ce travail se situent à plusieurs niveaux (1) définition et conceptualisation du construit du « bien manger » (2) identification du rôle spécifique des grands-parents dans la transmission du « bien manger » à l’enfant (3) comparaison entre les parents et les grands-parents des représentations sociales du « repas où les enfants ont bien mangé » et des pratiques de transmission (4) analyse des variables explicatives des pratiques de transmission intergénérationnelle du « bien manger » (représentations du « bien manger », générativité, centralité du rôle parental et grand-parental, reconnexion au passé personnel). / Recently, the question of how to develop the intergenerational transmission of “eating well“ practices, conceived more broadly than “eating healthy”, has received greater attention from public policy makers. However, quite surprisingly, the academic literature in this area is rather scarce. Adopting different methodological approaches – document content analysis, qualitative analysis and quantitative analysis - , this research sheds light on how the intergenerational transmission contributes to children’s learning of “eating well” within families, and on the particular role of grandparents, in comparison with parents, in this process. Theoretical contributions are provided at different levels (1) we define and conceptualize the “eating well” construct (2) we identify the specific role of grandparents in the intergenerational transfer of “eating well” (3) we compare the structure of social representations of “a meal where children have eaten well”, as well as transmission practices, between grandparents and parents; (4) we measure the influence of relevant variables (representations, generativity, parental and grandparental role centrality and reinvolvement with personal past) on intergenerational transmission of practices related to “eating well”.

Cette thèse décrit les systèmes de production agricole en termes de flux biogéochimiques d’azote (N), de phosphore (P) et de carbone (C) dans les territoires français de 1852 à 2014 suivant une approche socio-écologique qui permet d’appréhender les logiques qui les gouvernent. Les résultats obtenus mettent en lumière à l’échelle des territoires français le lien systémique entre structures de production, bilans N et P et variations des stocks de C organique dans les sols agricoles. Les systèmes agricoles intensifs et spécialisés engendrent les pertes environnementales et les consommations de ressources par unité de surface agricole les plus considérables et accentuent l’ouverture des cycles d’N et de P. Cependant, c’est seulement après la seconde guerre mondiale que certaines régions françaises se sont spécialisées dans la grande culture ou, à partir des années 1980, dans l’élevage intensif. La période des années 1950 à 1980 est marquée par l’accélération des rendements des cultures végétales, de la densité de cheptel et de l’usage des fertilisants minéraux. Les conséquences en ont été une augmentation des bilans N et P et des apports de C aux sols agricoles, causant des pertes considérables d’N vers l’hydrosphère et l’atmosphère et l’augmentation des stocks de P et de C dans les sols. Néanmoins, l’accumulation du C n’a été rendue possible que par le recours aux fertilisants minéraux et au machinisme agricole consommant des énergies fossiles. Ainsi, le stockage du C dans les sols représente un effet secondaire du passage d’un métabolisme énergétique dépendant de l’énergie solaire à un métabolisme fondé sur la combustion d’énergie fossile. / This work investigates agricultural systems from the angle of nitrogen (N), phosphorus (P) and carbon (C) fluxes in French regions from 1852 to 2014, following a socio-metabolic approach stressing out the underlying logic behind these material fluxes. Results brought out by this research highlight the systemic relation between production pattern and N and P balances, and changes in soil organic C stocks in agricultural soil. Intensive specialized agricultural systems generate high environmental losses and resource consumption per unit agricultural surface and present largely open nutrient cycles due to substantial trade flows. Conversely, integrated crop and livestock farming have more limited N and P consumption and lead to lower air and water contamination. Long-term analysis shows that only after the Second World War, under the pressure of strong interventionist policies, some French regions specialized into crop or livestock farming. Particularly, the period from the 1950’s to the 1980’s was marked by a concomitant acceleration in crops yields, livestock production and use of mineral fertilizers. This resulted in increased N and P balances over cropland and grassland and growing C inputs to cropland, causing important losses of N to the hydrosphere and atmosphere, together with the accumulation of P and C stocks in soils. However, C accumulation resulting from increased crop production was permitted by the increased recourse to mineral fertilizers and agricultural machinery which consumes fossil-fuel energy. Therefore, C storage in cropland was a side-effect of the shift from an energy metabolism based on solar energy to one based on fossil-fuel combustion.

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Les Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) O157:H7 sont des agents pathogènes alimentaires entrainant des colites hémorragiques et des syndromes hémolytiques et urémiques (SHU). Depuis le ruminant, le réservoir naturel, les EHEC peuvent contaminer certaines denrées alimentaires et in fine infecter l’Homme. La présence de composants de la matrice extracellulaire (ECM) le long de la chaine alimentaire pourrait participer à leur capacité de colonisation grâce à des protéines de surface bactérienne. Parmi ces protéines, l’antigène 43 (Ag43) est sécrété par le système de sécrétion de Type V, sous-type a (T5aSS) et appartient à la famille des SAAT (self-associating autotransporters). Ces protéines modulaires, composées d’un peptide signal N-terminal clivable, d’un domaine passager central exposé à la surface et d’un translocateur C-terminal membranaire, peuvent s’auto-associer selon un mécanisme de Velcro moléculaire. A l’origine, l’Ag43 était distribué en deux sous-familles SF-I et SF-II mais des analyses phylogénétiques ont révélé pour la première fois qu’il est en réalité distribué en 6 classes différentes nommées C1 à C6, basées sur le réarrangement de différents sous-domaines à l’intérieur du domaine passager de la protéine. Quant à la prévalence et la distribution chez les bactéries, l’agn43 s’est avéré être présent essentiellement chez E. coli avec jusqu’à 5 copies du gène par génome, en différentes combinaisons de classes d’Ag43. Des analyses fonctionnelles des Ag43 C1 à Ag43 C4 ont démontré que des interactions homotypiques survenaient pour toutes les classes mais l’Ag43 C3 présentait des différences significatives de cinétique de sédimentation et d’autoagrégation. L’étude des interactions hétérotypiques entre Ag43 de différentes classes a démontré qu’elles ne se produisaient que dans de rares cas. Chez E. coli O157:H7, l’Ag43 C2 a été démontré comme contribuant à l’adhésion des bactéries aux collagènes I et III et à l’autoagrégation. De plus dans cette souche, ce phénotype s’est avéré être régulé par la méthylase Dam et le régulateur de transcription OxyR. Globalement, ces travaux apportent de nouvelles connaissances concernant la diversité de l’Ag43 et son rôle et sa régulation chez E. coli O157:H7. Ainsi, l’Ag43 pourrait être un important facteur de colonisation de la chaine alimentaire pour les EHEC et les autres E. coli diarrhéiques. / Enterohaemorrhagic Escherichia coli (EHEC) O157:H7 are anthropozoonotic agents leading to haemorrhagic colitis and haemolytic-uremic syndrome (HUS). From the ruminants, their natural reservoir, EHEC can contaminate some foodstuffs and consequently infect humans. The presence of extracellular matrix (ECM) components along the food chain could contribute to the colonisation process. Numerous proteins can be present at the bacterial cell surface in EHEC, among them, antigen 43 (Ag43) is secreted by the Type V, subtype a, secretion system (T5aSS) and belongs to the family of self-associating autotransporters (SAATs). These modular proteins, comprising a cleavable N-terminal signal peptide, a surface-exposed central passenger and an outer membrane C-terminal translocator, self-recognise in a Velcro-like handshake mechanism. Ag43 was originally considered as distributed into two subfamilies, namely SF-I and SF-II but phylogenetic network analyses revealed for the first time that it actually distribute into six distinct classes, namely C1 to C6 based on the shuffling of different subdomains within the Ag43 passengers. Regarding prevalence and distribution in Bacteria, agn43 appeared to be essentially present in E. coli with up to 5 copies of the gene present in a single genome and in different combinations of Ag43 classes. Functional analyses of Ag43 C1 to Ag43 C4 revealed that homotypic interactions occurred for all Ag43 classes but Ag43 C3 induced significant differences in the sedimentation kinetics and autoaggregation state. In contrast, heterotypic interactions occurred in a very limited number of cases. In E. coli O157:H7, Ag43 C2 was shown to contribute to bacterial adhesion to collagens I and III and to the autoaggregation. Furthermore in this strain, the latter phenotype appeared to be regulated by the Dam methylase and the OxyR transcriptional regulator. Taken together, these results provide new insights of the diversity of Ag43 as well as its role and regulation in E. coli O157:H7. Thus, Ag43 may represent an important colonisation factor of the food chain by EHEC and other diarrheagenic E. coli.

Les rythmes biologiques aident les organismes vivants à programmer la plupart des processus comportementaux dans la fenêtre temporelle la plus appropriée. Les données de la littérature sur la rythmicité du chat domestique sont rares et conflictuelles. Pour approfondir nos connaissances sur le sujet, nous avons utilisé de récentes technologies de télémétrie pour enregistrer et caractériser les rythmes journaliers d'activité locomotrice et de prises alimentaire chez des chats en fonction des saisons et des conditions d’hébergement. Les rythmes des chats étaient modifiés par la photopériode et la présence humaine. Suivant une périodicité de 24 heures, ils ont affiché une bimodalité dans leurs rythmes quotidiens, avec des creux d'activité locomotrice et de consommation au milieu de la journée et de la nuit. Les deux périodes principales d'activité/alimentaires correspondaient à l'aube et au crépuscule à chaque saison, indépendamment de leur horaire, confirmant la nature intrinsèque crépusculaire de l'espèce. Le rythme alimentaire des chats était plus variable au cours du cycle que celui de leur activité locomotrice, rappelant ainsi le caractère opportuniste de ce prédateur. Les chats ont présenté une plasticité comportementale caractérisée par des rythmes plus faibles et un comportement d'exploration plus nocturne en milieu extérieur qu’en milieu intérieur, au sein duquel ils étaient plus enclins à la routine. Nos résultats ouvrent la voie au développement de solutions nutritionnelles et des recommandations d’hébergement adaptées aux rythmes du chat en respectant les besoins physiologiques de l’animal. / Biological rhythms are of importance for living organisms as they help to schedule most behavioural processes within the most suitable temporal window. Literature on daily rhythmicity is scarce and conflicting regarding domestic cats. To sharpen our knowledge on the subject, we used advanced telemetry technologies to record and characterise the daily rhythms of locomotor activity and feeding in cats according to the seasons and housing conditions. The cats were sensitive to photoperiod and to human presence. Along 24-hour periodicity, they displayed bimodality in their daily patterns, with mid-day and mid-night troughs of locomotor activity and food consumption. The two main activity/eating periods corresponded to dawn and dusk at each season, regardless of the twilight timings, confirming the crepuscular intrinsic nature of the species. The feeding rhythm of the cats was more variable daily than their locomotor activity one, recalling the opportunistic character of this predator. Cats displayed plasticity in their behaviour, such as weaker daily rhythms and more nocturnal exploratory behaviour outdoors, compared to indoors where they were more prone to routine. Our results open new avenues for developing nutritional and housing guidelines fitted to the rhythms of the cats according to their way of life.