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Família Kumaraswamy-G para analisar dados de sobrevivência de longa duração

Eudes, Amanda Morales 25 February 2015 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T20:06:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6689.pdf: 1539030 bytes, checksum: 72c7b3b07f3a78dcc9a7810fd8e09f9e (MD5) Previous issue date: 2015-02-25 / Universidade Federal de Minas Gerais / In survival analysis is studied the time until the occurrence of a particular event of interest and in the literature, the most common approach is parametric, where the data follow a specific probability distribution. Various known distributions maybe used to accommodate failure time data, however, most of these distributions are not able to accommodate non-monotonous hazard functions. Kumaraswamy (1980) proposed a new probability distribution and, based on that, recently Cordeiro and de Castro (2011) proposed a new family of generalized distributions, the so-called Kumaraswamy generalized (Kum-G). In addition to its flexibility, this distribution may also be considered for unimodal and tub shaped hazard functions. The objective of this dissertation is to present the family of Kum-G distributions and their particular cases to analyze lifetime data of individuals at risk, considering that part of the population will never present the event of interest, and considering that covariates may influence the survival function and the cured proportion of the population. Some properties of these models will be discussed as well as appropriate estimation methods, in the classical and Bayesian approaches. Finally, applications of such models are presented to literature data sets. / Em análise de sobrevivência estuda-se o tempo até a ocorrência de um determinado evento de interesse e na literatura, uma abordagem muito utilizada é a paramétrica, em que os dados seguem uma distribuição de probabilidade. Diversas distribuições conhecidas são utilizadas para acomodar dados de tempos de falha, porém, grande parte destas distribuições não é capaz de acomodar funções de risco não monótonas. Kumaraswamy (1980) propôs uma nova distribuição de probabilidade e, baseada nela, mais recentemente Cordeiro e de Castro (2011) propuseram uma nova família de distribuições generalizadas, a Kumaraswamy generalizada (Kum-G). Esta distribuição, além de ser flexível, contém distribuições com funções de risco unimodal e em forma de banheira. O objetivo deste trabalho é apresentar a família de distribuições Kum-G e seus casos particulares para analisar dados de tempo de vida de indivíduos em risco, considerando que uma parcela da população nunca apresentarão evento de interesse, além de considerarmos que covariáveis influenciem na função de sobrevivência e na proporção de curados da população. Algumas propriedades destes modelos serão abordadas, bem como métodos adequados de estimação, tanto na abordagem clássica quanto na bayesiana. Por fim, são apresentadas aplicações de tais modelos a conjuntos de dados existentes na literatura.
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Métodos de adequação e diagnóstico em modelos de sobrevivência dinâmicos / Methods of diagnostic and goodness-of-fit in dynamic survival models

Jaqueline Aparecida Raminelli 29 January 2016 (has links)
A análise de dados de sobrevivência tem sido tradicionalmente baseada no modelo de regressão de Cox (COX, 1972). No entanto, a suposição de taxas de falha proporcionais assumida para esse modelo pode não ser atendida em diversas situações práticas. Essa restrição do modelo de Cox tem gerado interesse em abordagens alternativas, dentre elas os modelos dinâmicos que permitem efeito das covariáveis variando no tempo. Neste trabalho, foram revisados os principais modelos de sobrevivência dinâmicos com estrutura aditiva e multiplicativa nos contextos não paramétrico e semiparamétrico. Métodos gráficos baseados em resíduos foram apresentados com a finalidade de avaliar a qualidade de ajuste desses modelos. Uma versão tempo-dependente da área sob a curva ROC, denotada por AUC(t), foi proposta com a finalidade de avaliar e comparar a qualidade de predição entre modelos de sobrevivência com estruturas aditiva e multiplicativa. O desempenho da AUC(t) foi avaliado por meio de um estudo de simulação. Dados de três estudos descritos na literatura foram também analisados para ilustrar ou complementar os cenários que foram considerados no estudo de simulação. De modo geral, os resultados obtidos indicaram que os métodos gráficos apresentados para avaliar a adequação dos modelos em conjunto com a AUC(t) se constituem em um conjunto de ferramentas estatísticas úteis para o próposito de avaliar modelos de sobrevivência dinâmicos nos contextos não paramétrico e semiparamétrico. Além disso, a aplicação desse conjunto de ferramentas em alguns conjuntos de dados evidenciou que se, por um lado, os modelos dinâmicos são atrativos por permitirem covariáveis tempo-dependentes, por outro lado podem não ser apropriados para todos os conjuntos de dados, tendo em vista que estimação pode apresentar restrições para alguns deles. / Analysis of survival data has been traditionally based on the Cox regression model (COX, 1972). However, the proportionality of the hazards required by this model may not be attended for many practical situations. This restriction of the Cox model has generated interest in alternative approaches, among them dynamic models that allow covariates with time-varying effect. In this work, the main dynamic survival models with additive and multiplicative structures were revised under the nonparametric and semiparametric settings. Graphical methods based on residuals were presented in order to evaluate the goodness-of-fit of these models. A time-dependent version of the area under the ROC curve, denoted by AUC(t), was proposed to evaluate and compare the predictive accuracy of additive and multiplicative survival models. The performance of the AUC(t) was evaluated by means of a simulation study. Data from three studies described in the literature were also analyzed to illustrate or complement the scenarios that were considered in the simulation study. Overall, the results indicate that the graphical methods presented to assess the goodness-of-fit of the models together with the AUC(t) provide a useful set of statistics tools for the purpose of evaluating dynamic survival models in the nonparametric and semiparametric settings. Moreover, applying this set of tools in some data sets showed that on the one hand dynamic models are attractive because they allow time-dependent covariates, but on the other hand they may not be appropriate for all data sets since estimation may present restrictions for some of them.
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Novas distribuições em análise de sobrevivência envolvendo composição e correlação dentre as causas competitivas

Marchi, Vitor Alex Alves de 14 August 2015 (has links)
Submitted by Daniele Amaral (daniee_ni@hotmail.com) on 2016-09-14T19:37:01Z No. of bitstreams: 1 TeseVAAM.pdf: 2213045 bytes, checksum: 7a27583f2dfac9c11da36b29050f4fe4 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-16T19:48:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseVAAM.pdf: 2213045 bytes, checksum: 7a27583f2dfac9c11da36b29050f4fe4 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-16T19:48:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseVAAM.pdf: 2213045 bytes, checksum: 7a27583f2dfac9c11da36b29050f4fe4 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-16T19:48:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseVAAM.pdf: 2213045 bytes, checksum: 7a27583f2dfac9c11da36b29050f4fe4 (MD5) Previous issue date: 2015-08-14 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / In this thesis, we construct distribution functions for analysis of lifetimes with the focus in scenes of latent risks inspired in models of the carcinogenesis process. Some properties of these distribution functions are presented and discussed as well as the viability front the models in literature. In some cases the models were describes as long-time model where a part of population presents infinite lifetime, i.e, on the population in study some objects are not susceptible (or immunes) for the event of interest. Some models present complexity in the maximization and was necessary the implementation of routines of maximization that allows us the control some variables that are not offered in routines in tradicional programs. The implemented routine is available in appendix. / Nesta tese apresentamos novas distribuições para o estudo do tempo de vida com foco no cenário de riscos latentes com interpretações das construções dos modelos direcionados com os estudos da carcinogênese. Várias propriedades das distribuições são apresentadas e discutidas bem como a viabilidade destes novos modelos frente a vários modelos na literatura. Alguns dos modelos são estendidos para modelos de longa duração, que são modelos que permitem que os tempos de vida sejam infinitos ou em outras palavras que existem indivíduos não suscetíveis (ou curados) ao evento de interesse. Pela complexidade de vários modelos obtidos foi necessário a implementação de rotinas de maximização para o controle de variáveis que não são oferecidos nas rotinas de maximização em programas tradicionais e esta rotina está disponibilizada em anexo.
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Modelagem de dados de sobrevivência com eventos recorrentes via fragilidade discreta

Macera, Márcia Aparecida Centanin 02 September 2015 (has links)
Submitted by Izabel Franco (izabel-franco@ufscar.br) on 2016-09-21T19:45:33Z No. of bitstreams: 1 TeseMACM.pdf: 1006551 bytes, checksum: 49a419a1f18e05827f34631564fe431b (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2016-09-28T18:19:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseMACM.pdf: 1006551 bytes, checksum: 49a419a1f18e05827f34631564fe431b (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2016-09-28T18:20:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseMACM.pdf: 1006551 bytes, checksum: 49a419a1f18e05827f34631564fe431b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-28T18:26:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseMACM.pdf: 1006551 bytes, checksum: 49a419a1f18e05827f34631564fe431b (MD5) Previous issue date: 2015-09-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / In this thesis it is proposed alternative methodologies and extensions on models for recurrent event data. Speci cally, we propose a model in which the distribution of the gap time is easily derived from the marginal rate function providing more direct practical interpretation besides to consider the relation between successive gap times for each individual. Another model that extends the frailty models for recurrent event data to allow a Bernoulli, Geometric, Poisson, Discrete Weibull, Negative Binomial or other discrete distribution of the frailty variable has also been proposed. The parameter estimation procedure for both models was conducted considering maximum likelihood methods. Simulation studies were performed in order to examine some frequentist properties of the estimation method and evaluate the maximum likelihood estimates quality. Real data applications demonstrated the use of the proposed models. Overall, the proposed models were suitable for analyzing recurrent event data. / Neste trabalho propomos metodologias alternativas e extensões em modelos para dados de eventos recorrentes. Especificamente, propomos um modelo em que a distribuição condicional do tempo entre sucessivas ocorrências de um evento recorrente e derivada facilmente da função de taxa marginal, proporcionando interpretações praticas mais diretas, além de considerar a relação entre as sucessivas ocorrências para cada indivíduo. O outro modelo, que estende os modelos de fragilidade para dados de eventos recorrentes permitindo o uso de distribuições como Bernoulli, Geométrica, Poisson, Weibull Discreta, Binomial Negativa ou outra distribuição discreta para a variável de fragilidade, também foi proposto. O procedimento de estimação dos parâmetros para ambos modelos foi realizado considerando-se o método de máxima verossimilhança. Estudos de simulação foram realizados com o objetivo de analisar algumas propriedades frequentistas do método de estimação e avaliar a qualidade das estimativas de máxima verossimilhança. Aplicações a conjuntos de dados reais mostraram a aplicabilidade dos modelos propostos. De modo geral, os modelos propostos mostraram-se adequados para a modelagem de dados de eventos recorrentes.
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Defective models for cure rate modeling

Rocha, Ricardo Ferreira da 01 April 2016 (has links)
Submitted by Bruna Rodrigues (bruna92rodrigues@yahoo.com.br) on 2016-10-03T11:30:55Z No. of bitstreams: 1 TeseRFR.pdf: 5229141 bytes, checksum: 6f0e842f89ed4a41892f27532248ba4a (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-10T17:37:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseRFR.pdf: 5229141 bytes, checksum: 6f0e842f89ed4a41892f27532248ba4a (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-10T17:37:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseRFR.pdf: 5229141 bytes, checksum: 6f0e842f89ed4a41892f27532248ba4a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-10T17:37:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseRFR.pdf: 5229141 bytes, checksum: 6f0e842f89ed4a41892f27532248ba4a (MD5) Previous issue date: 2016-04-01 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Modeling of a cure fraction, also known as long-term survivors, is a part of survival analysis. It studies cases where supposedly there are observations not susceptible to the event of interest. Such cases require special theoretical treatment, in a way that the modeling assumes the existence of such observations. We need to use some strategy to make the survival function converge to a value p 2 (0; 1), representing the cure rate. A way to model cure rates is to use defective distributions. These distributions are characterized by having probability density functions which integrate to values less than one when the domain of some of their parameters is di erent from that usually de ned. There is not so much literature about these distributions. There are at least two distributions in the literature that can be used for defective modeling: the Gompertz and inverse Gaussian distribution. The defective models have the advantage of not need the assumption of the presence of immune individuals in the data set. In order to use the defective distributions theory in a competitive way, we need a larger variety of these distributions. Therefore, the main objective of this work is to increase the number of defective distributions that can be used in the cure rate modeling. We investigate how to extend baseline models using some family of distributions. In addition, we derive a property of the Marshall-Olkin family of distributions that allows one to generate new defective models. / A modelagem da fração de cura e uma parte importante da an álise de sobrevivência. Essa área estuda os casos em que, supostamente, existem observa ções não suscetíveis ao evento de interesse. Tais casos requerem um tratamento teórico especial, de forma que a modelagem pressuponha a existência de tais observações. E necessário usar alguma estratégia para tornar a função de sobrevivência convergente para um valor p 2 (0; 1), que represente a taxa de cura. Uma forma de modelar tais frações e por meio de distribui ções defeituosas. Essas distribuições são caracterizadas por possuirem funções de densidade de probabilidade que integram em valores inferiores a um quando o domínio de alguns dos seus parâmetros e diferente daquele em que e usualmente definido. Existem, pelo menos, duas distribuições defeituosas na literatura: a Gompertz e a inversa Gaussiana. Os modelos defeituosos têm a vantagem de não precisar pressupor a presença de indivíduos imunes no conjunto de dados. Para utilizar a teoria de d istribuições defeituosas de forma competitiva e necessário uma maior variedade dessas distribuições. Portanto, o principal objetivo deste trabalho e aumentar o n úmero de distribuições defeituosas que podem ser utilizadas na modelagem de frações de curas. Nós investigamos como estender os modelos defeituosos básicos utilizando certas famílias de distribuições. Além disso, derivamos uma propriedade da famí lia Marshall-Olkin de distribuições que permite gerar uma nova classe de modelos defeituosos.
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Modelos de fração de cura aplicados aos tempos de sobrevivência de pacientes submetidos à ligadura elástica de varizes no esôfago / Cure rate models applied to the patients survival times submitted to endoscopic band ligation of the esophageal varices

Galletti, Agda Jéssica de Freitas 23 February 2018 (has links)
Submitted by AGDA JESSICA DE FREITAS GALLETTI null (aj.mat@hotmail.com) on 2018-03-23T18:26:29Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Agda.pdf: 8703134 bytes, checksum: 38fab95cf6a37646cb9076182d7acefe (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Pizzani null (luciana@btu.unesp.br) on 2018-03-26T17:31:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 galletti_ajf_me_bot.pdf: 8692893 bytes, checksum: 24ce44d5b41a0465faf8c7d5f279a7bb (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-26T17:31:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 galletti_ajf_me_bot.pdf: 8692893 bytes, checksum: 24ce44d5b41a0465faf8c7d5f279a7bb (MD5) Previous issue date: 2018-02-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A cirrose é uma doença hepática assintomática que, muitas vezes, é descoberta quando o quadro é irreversível. Por isso, o tratamento consiste em uma série de medidas para controlar o avanço da enfermidade, visto que a principal consequência da cirrose é o aumento da pressão na veia portal, que por sua vez, acarreta no surgimento de varizes e no seu respectivo rompimento, podendo ser fatal. Estudos relacionados à esta doença são muito importantes, pois a análise estatística é uma ferramenta que permite auxiliar na tomada de decisões nos procedimentos médicos e acompanhamento de pacientes. Um método estatístico bastante explorado nas ciências biomédicas é a análise de sobrevivência, que consiste em descrever o tempo de um evento inicial até a ocorrência de um outro de interesse. No entanto, existem situações em que uma proporção da amostra não vivencia o desfecho de interesse, mesmo que acompanhado por um período longo de tempo. Nestes casos, tais observações são dita imunes ao desfecho de interesse e as metodologias tradicionais de análise de sobrevivência não são indicadas. Logo, os modelos de fração de cura ou de longa duração, desenvolvido a partir do modelo de mistura, são os utilizados nestas situações. Neste trabalho diverso modelos foram considerados para analisar os tempos de vida de pacientes submetidos à Ligadura Elástica de Varizes Esofágicas, ao qual foram anotados os tempos até o óbito durante o acompanhamento de 129 pacientes do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da UNESP, Campus Botucatu (SP), no período de 2006 a 2010. O modelo Weibull Modificado com fração de cura foi considerado adequado, indicando que quanto maior a idade e o grau da doença hepática, se os pacientes não usam o medicamento Beta-Bloqueador e são homens, menor é a chance deles serem sobreviventes de longa duração. / Cirrhosis is an asymptomatic liver disease that is often discovered when the patient's condition is irreversible. Therefore, the treatment consists of a series of measures to control the progression of the disease, since the main consequence of the cirrhosis is the increase of the portal venous pressure, which causes the appearance of varices and their respective rupture may be fatal. Studies related to that disease are very important, so the statistical analysis is a tool that helps to make decisions in medical procedures and patient follow-up. The most applied statistical method in the biomedical sciences is survival analysis, which consists of describing the time of occurrence until the event of interest. However, there are situations in which a proportion of the sample does not experience the interest outcome, even if they are accompanied by a long period of time. In such cases, such observations are said to be immune to the outcome of interest and traditional survival analysis methodologies are not appropriated. Therefore, the care fraction or long duration models can be used in these situations because they incorporate mixtures of models to solve the complexity inherent in the actual study. In this work, some statistical models were considered to analyze the survival times of patients, after surgery of Endoscopic Band Ligation of the Esophageal Varices, such as Exponential, Gamma and Weibull models. The data is related to survival times of 129 patients, who were treated in the Hospital das Clínicas of the Medical School of UNESP, Campus Botucatu (SP), from 2006 to 2010. The Modi ed Weibull distribution with cure rate was considered adequate to the data, indicating that older male patients with higher Child-Pugh score without taking beta blockers medicine are more likely not to be a long-term survivor.
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Desempenho horticultural e tolerância ao huanglongbing de combinações de laranjeira ‘valência’ enxertada em diferentes porta-enxertos / Horticultural performance and huanglongbing tolerance of combinations of orange ‘valência’ grafted in different rootstock

Rodrigues, Jardel Diego Barbosa 23 February 2018 (has links)
Submitted by JARDEL DIEGO BARBOSA RODRIGUES (jardeldiego@hotmail.com) on 2018-04-09T15:00:38Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Jardel_Diego_Barbosa_Rodrigues.pdf: 1693058 bytes, checksum: 79d76748a106ba97655088b9dd23b559 (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2018-04-09T18:04:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 rodrigues_jdb_me_jabo.pdf: 1693058 bytes, checksum: 79d76748a106ba97655088b9dd23b559 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-09T18:04:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 rodrigues_jdb_me_jabo.pdf: 1693058 bytes, checksum: 79d76748a106ba97655088b9dd23b559 (MD5) Previous issue date: 2018-02-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação Amazônia Paraense de Amparo à Pesquisa (FAPESPA) / O Brasil é o maior produtor de laranja no mundo, e o huanglongbing (HLB) é a doença mais importante e devastadora da citricultura mundial. Ela está presente no país, nos estados de São Paulo, Paraná e Minas Gerais e causa sérios prejuízos à citricultura. Até o momento não há medidas curativas eficientes no controle do HLB, portanto a verificação de maior tolerância de combinações copa/porta-enxerto frente ao HLB poderá contribuir para o avanço no manejo da doença. Neste trabalho avaliou-se o desempenho horticultural de laranjeira ‘Valência’ enxertada em 16 porta-enxertos de citros e a tolerância das combinações ao HLB, com o objetivo de selecionar combinações que tolerem o progresso da enfermidade. O experimento foi instalado em 2011 em Bebedouro-SP, no espaçamento de 6,0 x 2,5 m em regime de sequeiro. O delineamento experimental adotado foi o inteiramente casualizado com 16 tratamentos (porta-enxertos) e 30 repetições. Realizaram-se estudos de análise de sobrevivência feitos através de avaliações de sintomas do HLB. O desempenho horticultural das diferentes combinações copa/porta-enxerto foi analisado por meio de variáveis de crescimento das plantas, produção, eficiência produtiva, qualidade dos frutos e tolerância à seca. Foram avaliadas a intensidade de brotação das plantas para correlacionar com a variável intensidade de plantas com sintomas de HLB. Os resultados mostraram que a produção de frutos e crescimento vegetativo para os porta-enxertos citrange ‘Carrizo’ tetraploide, ‘Cleópatra’ x ‘Christian’ foi equivalente aos porta-enxertos limoeiro ‘Cravo’ e citrumelo ‘Swingle’. O porta-enxerto trifoliata ‘Flying Dragon’ apresentou boa aptidão para o cultivo adensado, por ter proporcionado pouco vigor e maior valor de eficiência produtiva. Os híbridos com parental P. trifoliata conferiram as copas de laranjeira ‘Valência’ produção de frutos de maior qualidade. Os porta-enxertos ‘Sunki’ x ‘Benecke’, tangerineira ‘Sunki e ‘Carrizo’ tetraploide induziram média tolerância à seca inferior à ‘Cravo’ tido como padrão de tolerância. O trifoliata ‘Flying Dragon’ induziu baixa intensidade de brotação, menor incidência da doença e alta proporção acumulativa de sobrevivência. Porta-enxertos menos vigorosos que conferiram menor volume às copas apresentaram menor incidência de HLB, resultando em menor exposição ao vetor da bactéria causadora da doença. A capacidade das plantas enxertadas sobre o trifoliata ‘Flying Dragon’ apresentarem sintomas de HLB tardiamente em relação aos demais porta-enxertos estudados, pode constituir um indicativo de maior capacidade desse material tolerar o progresso da doença. / Brazil is the largest producer of oranges in the world, and the huanglongbing (HLB) is the most important and devastating disease of the world citriculture. It is present in the country, more specifically in the States of São Paulo, Paraná, and Minas Gerais and has been causing severe damage to the citriculture. Until now there are no valid curative measures in HLB control, hence verification of greater tolerance of combinations scion/rootstock front HLB may contribute to advancement in the management of the disease. This work evaluated the horticultural performance of 'Valencia' orange tree grafted on 16 citrus rootstocks and tolerance of combinations to HLB, with the objective of selecting combinations that tolerate the progress of the disease. The experiment was installed in 2011 in Bebedouro-SP, at a spacing of 6.0 x 2.5 m in the rainy season. It has a completely randomized design with 16 treatments (rootstock) and 30 replications. Survival analysis studies were performed using HLB symptom assessments The horticultural performance of the different combinations scion/rootstocks was analyzed using variables of plant growth, production, productive efficiency, fruit quality and drought tolerance. The intensity of sprouting of the plants was evaluated to correlate with the variable intensity of plants with HLB symptoms. The results showed that the superiority found for fruit production and vegetative growth for 'Carrizo' tetraploid, ‘Cleopatra’ x ‘Christian’ rootstocks was equivalent to 'Cravo' and 'Swingle' rootstocks. The rootstock trifoliate ‘Flying Dragon’ showed a good aptitude for dense cultivation, introducing low vigor and higher value production efficiency plants. Hybrids with parental P. trifoliata conferred to 'Valencia' sweet orange scion production of higher quality fruits. The ‘Sunki’ x ‘Benecke’, ‘Sunki’ and 'Carrizo tretraploid' rootstocks induced medium tolerance to drought, getting behind only 'Cravo' considered as a tolerance standard. ‘Flying Dragon’ trifoliate obtained low sprouting intensity, lower incidence of the disease and high cumulative proportion of survival. Less vigorous rootstocks that confer lower crown volume had a lower incidence of HLB, resulting in less exposure to the vector of the disease-causing bacteria. The ability of plants grafted on ‘Flying Dragon’ trifoliata to present late HLB symptoms late compared to the other rootstocks studied, may be an indication of the more significant capacity of this material to tolerate the disease progression. / FAPESP: 2016/17480-3
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Modelos de regressão com e sem fração de cura para dados bivariados em análise de sobrevivência / Models with and without fraction of cure for bivariate data in survival analysis

Juliana Betini Fachini 19 August 2011 (has links)
Neste trabalho são reunidos diferentes modelos e técnicas para representar situações experimentais ou observacionais de análise de sobrevivência. Para modelar respostas bivariadas e covariáveis foi proposto o modelo de regressão Kumaraswamy-Weibull bivariado. A presen»ca de indivíduos curados foi considerada sob duas diferentes abordagens, originando o modelo de regressão com fração de cura para dados bivariados por meio de cópulas e o modelo de regressão log-linear bivariado com fração de cura. Os parâmetros dos modelos foram esti- mados pelo método de máxima verossimilhança sujeito a restriçãoo nos parâmetros por meio da função barreira adaptada. Adaptou-se uma análise de sensibilidade de forma a considerar as metodologias de Influência Global, Influência Local e Influência Local Total para verificar vários aspectos que envolvem a formulação e ajuste dos modelos propostos. Utilizou-se um conjunto de dados de insuficiência renal e retinopatia diabética são utilizados para exemplificar a aplicação dos modelos propostos. / This work brought together di®erent models and techniques to represent expe- rimental or observational situations in survival analysis. To model bivariate responses and covariates was proposed Kumaraswamy Weibull bivariate regression model. The presence of cured individuals was considered under two di®erent approaches originating the regression model with a cured fraction for bivariate data through copulas and the log-linear bivariate regression model with cured fraction. The parameters of the models were estimated by ma- ximum likelihood method subject to the restriction on the parameters through the adapted barrier function. A sensitivity analysis was adapted considering the methodologies of Global In°uence, Local In°uence and Total Local In°uence to check various aspects of the formulation and adjustment of the models proposed. Data set of renal failure and diabetic retinopathy are used to exemplify the application of the proposed models.
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Modelos com sobreviventes de longa duração paramétricos e semi-paramétricos aplicados a um ensaio clínico aleatorizado / Parametric and semiparametric long-term survival models applied to a randomized clinical trial

Italo Marcus da Mota Frazão 14 December 2012 (has links)
Diversos modelos têm sido propostos na literatura com o objetivo de analisar dados de sobrevivência em que a população sob estudo é assumida ser uma mistura de indivíduos suscetíveis (em risco) e não suscetíveis a um específico evento de interesse. Tais modelos são usualmente denominados modelos com sobreviventes de longa duração ou modelos com fração de cura. Neste trabalho, diversos desses modelos (nos contextos paramétrico e semi-paramétrico) foram considerados para analisar os dados de um ensaio clínico aleatorizado conduzido com o objetivo de comparar três estratégias terapêuticas (cirurgia, angioplastia e medicamentoso) utilizadas no tratamento de pacientes com doença coronariana multiarterial. Em todos os modelos, as funções de ligação logito e complemento log-log foram utilizadas para modelar a proporção de sobreviventes de longa duração (indivíduos não suscetíveis). Quanto à função de sobrevivência dos indivíduos suscetíveis, foram utilizados os modelos de Weibull e de Cox. Covariáveis foram consideradas tanto na proporção de sobreviventes de longa duração quanto na função de sobrevivência dos indivíduos suscetíveis. De modo geral, os modelos considerados se mostraram adequados para analisar os dados do ensaio clínico aleatorizado, indicando a cirurgia como a estratégia terapêutica mais eficiente. Indicaram também, que as covariáveis idade, hipertensão e diabetes mellitus exercem influência na ocorrência do óbito cardíaco, mas não no tempo até a ocorrência deste óbito nos pacientes suscetíveis. / Several models have been proposed in the literature with the aim of analyzing survival data when the population under study is assumed to be a mixture of susceptible (at risk) and not susceptible individuals to a specific event of interest. Such models are usually called long-term survivors models or cure rate models. In this work, several of these models (under both parametric and semi-parametric approaches) were considered to analyze the data from a randomized clinical trial conducted in order to compare three therapeutic strategies (surgery, angioplasty and medicine) used in the treatment of patients with multivessel coronary artery disease. For all models the logit and complementary log-log link functions were used to model the proportion of long-term survivors (not susceptible individuals). In regards to the survival function of the susceptible individuals, the Weibull and Cox models were used. Covariates were considered both in the proportion of longterm survivors and in the survival function of the susceptible individuals. Overall, the models considered were suitable for analyzing the data from the randomized clinical trial indicating surgery as the most effective therapeutic strategy. They also indicated that the covariates age, hypertension and diabetes mellitus exhibit influence on the occurrence of cardiac death, but not on the time to the occurrence of this death in susceptible patients.
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Variáveis latentes em análise de sobrevivência e curvas de crescimento. / Latent variables in survival analysis and growth curves.

Suely Ruiz Giolo 06 March 2003 (has links)
Em um contexto de analise de dados de sobrevivência univariados ou multivariados, dados de tempos de falha caracterizam-se pela possibilidade de poderem ser censurados. Embora comum na pratica, a censura impede o uso de alguns procedimentos estatisticos covencionais o que vem motivando, em especial apos a publicacao do artigo de Cox (1972), o desenvolvimento de metodos estatisticos nessa area. Uma linha de estudo recente e a de que, em algumas situacoes, a variavel resposta esteja sendo inuenciada por variaveis latentes, variaveis estas que sao usadas, em um sentido estatistico, para descreverem efeitos geneticos ou ambientais compartilhados pelos indivduos ou, ainda, covariaveis nao consideradas no estudo. Nesse trabalho, enfase e dada aos modelos de sobrevivencia que consideram tempos de falha multivariados e variaveis latentes. Esses tempos aparecem quando, por exemplo, cada individuo em estudo esta sujeito a diversos eventos ou, quando existe um agrupamento natural ou artificial o qual induz dependencia entre os tempos dos individuos do mesmo grupo. Modelos com variaveis latentes em que tais tempos de falha ocorrem em intervalos de tempo, ou seja, em um contexto de censura intervalar sao especialmente considerados nesse trabalho. O modelo de fragilidade gama para dados de sobrevivencia com censura intervalar e proposto, nesse trabalho, como um criterio para a selecao de bovinos. Como uma alternativa para esta selecao, o modelo de curvas de crescimento com efeitos aleatorios e tambem considerado. Para a estimacao dos parametros envolvidos em ambos os modelos propostos, programas computacionais sao apresentados. Uma abordagem Bayesiana e considerada no processo de estimação sendo, o metodo de Markov chain Monte Carlo (MCMC) utilizado e as distribuicoes a posteriori obtidas, usando-se o amostrador de Gibbs. O modelo de fragilidade gama com censura intervalar e o de curvas de crescimento com efeitos aleatorios sao comparados por meio de um estudo de simulação. Para ilustrar ambos os modelos propostos, estudos com bovinos das racas Nelore e Canchim são utilizados. / In a context of univariate or multivariate survival data analysis, failure times data are characterized by the possibility to be censored. Although common in practice, censoring precludes the use of some conventional statistical procedures and it has been motivating, specially after the publication of the Cox's paper (1972), the development of statistical methods in this area. A recent topic of study is concerned with some situations where the response variable is in uenced by latent variables which are used in a statistical sense to describe genetic or environmental efects shared by individuals or also covariates not considered in the study. In this work emphasis is given to survival models which consider multivariate failure times and latent variables. Such times occur when, for instance, each individual under study is exposed to several events or when there is a natural or artificial clustering that causes dependence among times of those individuals at the same cluster. Models with latent variables where such failure times lie in intervals of time, i.e. in an interval censored context are specially considered in this work. The gamma frailty interval censored survival model is proposed in this work as a selection criterion for cattle. As an alternative selection criterion the growth curves model with random efects is also considered. To estimate the involved parameters in both proposed models, computational programs are presented. A Bayesian approach is considered in the estimation process so that the Markov chain Monte Carlo (MCMC) method is used and the posterior distributions are obtained using Gibbs sampling. The gamma frailty interval-censored survival model and the growth curves model with random efects are compared using a simulation study. To illustrate both proposed models studies with Nelore and Canchim cattle are used.

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