Submitted by MELISSA REMLINGER null (melissa.remlinger@yahoo.com.br) on 2017-05-15T18:49:13Z No. of bitstreams: 1 DissertacaoMestradoMelissaRemlinger.pdf: 6915267 bytes, checksum: 6abcf69dca1b6149f3cab02b71fbd6e3 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-05-16T14:48:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 remlinger_m_me_araiq.pdf: 6915267 bytes, checksum: 6abcf69dca1b6149f3cab02b71fbd6e3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-16T14:48:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 remlinger_m_me_araiq.pdf: 6915267 bytes, checksum: 6abcf69dca1b6149f3cab02b71fbd6e3 (MD5) Previous issue date: 2017-04-24 / Triterpenos são produtos naturais de plantas estruturalmente complexos com numerosas aplicações medicinais. Como exemplo, friedelina é um triterpeno pentacíclico com atividade gastroprotetora, enquanto que seus derivados quinonametídicos maitenina e pristimerina apresentam promissoras atividades antiinflamatória, antitumoral, antimicrobiana, antimalárica, espermicida e antioxidante. O único triterpeno pentacíclico cetônico formado diretamente na ciclização do oxidoesqualeno é a friedelina. Sua produção se dá a partir da enzima friedelina sintase, uma oxidoesqueleno ciclase que se difere das demais oxidoesqualeno ciclases por estabilizar a ciclização promovida pelo carbocátion formado no sítio catalítico produzindo uma cetona. As oxidoesqualeno ciclases têm o mesmo substrato, porém se diferenciam pela especificidade de seus produtos formados e, por isto, a análise da estrutura primária da friedelina sintase permite estudar sua especificidade pela produção de friedelina. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo realizar o estudo da especificidade da friedelina sintase clonada de Maytenus ilicifolia por meio de mutantes desta enzima. Por meio de análises de docking da molécula de friedelina no sítio ativo da enzima foram observados resíduos de aminoácidos cuja interação poderia se relacionar à produção singular de friedelina. Os mutantes destes resíduos foram então gerados por mutagênese sítiodirigida para avaliar tais interações de acordo com o produto formado heterologamente pelos mutantes expressos em Saccharomyces cerevisiae. Os resíduos estudados e gerados por mutação sítio-dirigida foram: F183L, C369A, W417H, D484E e W612F. Os produtos assim diferencialmente produzidos foram avaliados por cromatografia gasosa acoplada a espectrometria de massas (CG-EM). Assim, foi possível observar que os resíduos D484 e W417 são essenciais para a atividade da enzima, enquanto que os resíduos C369, W612 e F183 são importantes para a especificidade de produto, uma vez que a troca levou a produção de outros compostos terpênicos e/ou também a friedelina. Tais resultados permitiram avaliar resíduos importantes para a biossíntese de friedelina, contribuindo para o entendimento desta singular oxidoesqualeno ciclase. / Triterpenes are natural plant products structurally complex with numerous medicinal applications. As an example, friedelin is a pentacyclic triterpene with gastroprotective activity whereas its quinone methide derivates maytenin and pristimerin present promising anti-inflammatory, antitumor, antimicrobial, antimalarial, spermicidal and antioxidant activities. Friedelin is the only pentacyclic ketone triterpene obtained directly from ciclization of oxidosqualene. Its production occurs from the enzyme friedelin synthase, an oxidosquelene cyclase, which differs from the other oxidosqualene cyclases by stabilizing the cyclization promoted by the carbocation formed at the catalytic site forming a ketone. The oxidosqualene cyclases have the same substrate, but are differentiated by the specificity of their products formed and, therefore, the analysis of the primary structure of friedelin synthase allows to study its specificity by the production of friedelin. Thus, the present work aimed to study the specificity of the friedelin synthase cloned from Maytenus ilicifolia using mutants of the enzyme. Through the analysis of docking of the molecule friedelin in the active site of the enzyme, it was observed amino acids residues whose interation could be related to the unique production of friedelin. Mutants of these residues were generated by site-directed mutagenesis to evaluate such interactions according to the product formed heterologously by the mutants expressed in Saccharomyces cerevisiae. Residues studied and generated by site-directed mutation were: F183L, C369A, W417H, D484E and W612F. The products thus differentially produced were evaluated by gas chromatography coupled to mass spectrometry (GC-MS) from the expression and production of the mutants using the heterologous S. cerevisiae system. Thus, the residues D484 and W417 are essential for enzyme activity, whereas residues C369, W612 and F183 are important for product specificity, since the exchange led to the production of other terpene compounds and / or also friedelin. These results allowed the evaluation of important residues for the biosynthesis of friedelin, contributing to the understanding of this unique oxidoesqualene cyclase.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-08-20Bitstream added on 2014-06-13T20:59:17Z : No. of bitstreams: 1 carnevaleneto_f_me_araiq.pdf: 2909237 bytes, checksum: d5dbb04db98f4d6c5f87cfc6ae4bfcca (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Neste trabalho foi desenvolvida uma metodologia de desreplicação bioguiada para Qualea grandiflora e Q. cordata, duas espécies da família Vochysiaceae presentes no Cerrado Brasileiro com potencial etnofarmacológico, através dos bioensaios in vitro de inibição da polimerização da β-hematina bovina (compostos antimaláricos), redução do radical estável DPPH (antioxidante), bioautografia para avaliação da inibição da enzima acetilcolinesterase, avaliação citotóxica em linhagens celulares, avaliação de atividade antifúngica por microdiluição em placa e avaliação tripanocida frente à cepas Y de epimastigotas de Tripanosoma cruzi e, da detecção in silico dos constituintes moleculares majoritários a partir da técnica hifenada de HPLC-DAD-HRMS(ESI). As folhas e os ramos secos de Q.grandiflora e Q.cordata foram extraídos por maceração com etanol:água (8:2) e posteriormente fracionados em extração líquido-líquido com os solventes hexano, AcOEt e n-butanol. Entre os bioensaios realizados, a avaliação de inibição do radical DPPH apresentou valores significativos para as frações AcOEt dos ramos de Q.grandiflora e das folhas de Q. cordata. A partir disto, estas frações foram analisadas através da técnica hifenada HPLC-DAD-HRMS(ESI) e permitiram a detecção das flavanonas: 4',5,7-triidroxi-3'-metoxi-6,8-dimetilflavanona e 5,6,7-triidroxi-3',4'-dimetoxi-8-metilflavanona e dos diidroflavonóis: 4',7-diidroxi-5-metoxi-6-metildiidroflavonol e 3',4'-dimetoxi-5,7-diidroxi-6,8-dimetildiidroflavonol na fração AcOEt nas folhas de Q.cordata, e das flavanonas: 8-metilnaringenina e 4',5,7-triidroxi-3',6-dimetoxi-8-metilflavanona; benzofenona: Bis(2-hidroxi-4,6-dimetoxi-3-metilfenil)metanona e diidroflavonol: 3',4',5,6,7-pentaidroxi-8-metildiidroflavonol da fração AcOEt dos ramos de Q.grandiflora. Também realizou-se a análise in silico por RMN da fração... / In this work the bioguided phytochemical studies of Qualea grandiflora and Q. cordata, two species of Vochysiaceae greatly represented in the Brazilian Cerrado and with ethnopharmacology potential, were perfomed according to in vitro bioassays from antioxidant capacity and inhibition of ß-hematin polymerization (antimalarial compounds), scavenging activity of DPPH (antioxidant capacity), inhibition of acetyl cholinesterase (anti-Alzheimer), citotoxic activity against tumoral cell lines (anticancer), antifungal activity using a microdilution assay and tripanocidal activity performed with the Y-strain epimastigote forms of Tripanosoma cruzi, as well as in silico dereplication by means of HPLC-DAD-HRMS(ESI). The leaves and stem of Q.grandiflora and Q.cordata were extracted by maceration in etanol:water (8:2) and fractionated by liquid-liquid using hexane, AcOEt and n-butanol. The bioassays showed that AcOEt stem fraction of Q.grandiflora and AcOEt leaves fraction of Q. cordata are significantly activity in DPPH reduction. According to this results, the AcOEt fraction of the stem of Q.grandiflora and the leaves of Q.cordata were evaluated using HPLC-DAD-HRMS(ESI) and allowed the detection of two flavanones: 4',5,7-trihydroxy-3-methoxy-6,8-dimethylflavanone and 5,6,7-trihydroxy-3',4'-dimethoxy-8-methylflavanone, and the dihydroflavonols: 4',7-dihydroxy-5-methoxy-6-methyldihydroflavonol and 3',4'-dimethoxy-5,7-dihydroxy-6,8-dimethyldihydroflavonol from AcOEt leaves fraction of Q.cordata, and the flavanones: 8-methyl-naringenine and 4',5,7-trihydroxy-3',6-dimethoxy-8-methylflavanone, the benzophenone: bis (2-hydroxy-4,6-dimethoxy-3-methylphenyl) metanone, and the dihydroflavonol: 3',4',5,6,7-pentahydroxy-8-methyldihydroflavonol from AcOEt stem fraction of Q. grandiflora. The AcOEt stem fraction of Q. grandiflora was analyzed through in silico NMR, comparing virtual 1H NMR standards spectra... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by Luiz Felipe Barbosa (luiz.fbabreu2@ufpe.br) on 2015-03-13T13:17:33Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Biblioteca.pdf: 708752 bytes, checksum: df7cba1e43069bfc51896d1a153c8993 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T13:17:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Biblioteca.pdf: 708752 bytes, checksum: df7cba1e43069bfc51896d1a153c8993 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012 / O bagaço da cana-de-açúcar é constituído por celulose, hemicelulose e lignina. A celulose, quando hidrolisada, é transformada em celobiose que por sua vez pode ser hidrolisada em duas moléculas de glicose. A enzima ß-glucosidase é a proteína responsável pela hidrolise de celobiose em glicose. Entretanto, o bagaço é, na maioria das vezes, queimado para a produção de energia elétrica para ser utilizada no processo industrial não sendo utilizado para a produção de etanol. Por ter um crescimento mais rápido do que a levedura Saccharomyces cerevisiae em condições industriais de fermentação alcoólica apresentando uma maior resistências a altas concentrações de etanol, altas temperaturas e baixo pH têm feito da Dekkera bruxellensis alvo de pesquisas e melhoramentos genéticos. O presente trabalho teve como objetivo identificar e analisar in silico o gene codificante da ß-glucosidase no genoma da levedura D. bruxellensis através das ferramentas de bioinformática. Os resultados mostraram que a partir do alinhamento BLASTp, uma seqüência curta da levedura D. bruxellensis apresentou similaridade com seqüências codificantes para a enzima ß-glucosidase de espécies da divisão ascomiceto. A seqüência da espécie Kluyveromyces marxianus obteve o maior percentual de similaridade com a seqüência de D. bruxellensis. Foram identificados no alinhamento múltiplo, através de conhecimento prévio da literatura, os resíduos do sitio ativo da enzima ß-glucosidase presentes na seqüência de D. bruxellensis mostrando ser sítios bastante conservados

Submitted by Caroline Falcao (caroline.rfalcao@ufpe.br) on 2017-04-10T16:51:06Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Dissertação-RochaneTorres.pdf: 692913 bytes, checksum: 7cd4864091015b6ca287e445f2eb5c7a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-10T16:51:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Dissertação-RochaneTorres.pdf: 692913 bytes, checksum: 7cd4864091015b6ca287e445f2eb5c7a (MD5) Previous issue date: 2012 / O bagaço da cana-de-açúcar é constituído por celulose, hemicelulose e lignina. A celulose, quando hidrolisada, é transformada em celobiose que por sua vez pode ser hidrolisada em duas moléculas de glicose. A enzima ß-glucosidase é a proteína responsável pela hidrolise de celobiose em glicose. Entretanto, o bagaço é, na maioria das vezes, queimado para a produção de energia elétrica para ser utilizada no processo industrial não sendo utilizado para a produção de etanol. Por ter um crescimento mais rápido do que a levedura Saccharomyces cerevisiae em condições industriais de fermentação alcoólica apresentando uma maior resistências a altas concentrações de etanol, altas temperaturas e baixo pH têm feito da Dekkera bruxellensis alvo de pesquisas e melhoramentos genéticos. O presente trabalho teve como objetivo identificar e analisar in silico o gene codificante da ß-glucosidase no genoma da levedura D. bruxellensis através das ferramentas de bioinformática. Os resultados mostraram que a partir do alinhamento BLASTp, uma seqüência curta da levedura D. bruxellensis apresentou similaridade com seqüências codificantes para a enzima ß-glucosidase de espécies da divisão ascomiceto. A seqüência da espécie Kluyveromyces marxianus obteve o maior percentual de similaridade com a seqüência de D. bruxellensis. Foram identificados no alinhamento múltiplo, através de conhecimento prévio da literatura, os resíduos do sitio ativo da enzima ß-glucosidase presentes na seqüência de D. bruxellensis mostrando ser sítios bastante conservados. / Bagasse of cane sugar is composed of cellulose, hemicellulose and lignin. Cellulose, when hydrolyzed, is transformed into cellobiose which can be hydrolyzed to two glucose molecules. The enzyme ß-glucosidase is the protein responsible for the hydrolysis of cellobiose to glucose. However, the bagasse is, in most cases, burned to produce electricity to be used in the industrial process and it is not used for ethanol production. Due to have a faster growth than Saccharomyces cerevisiae yeast in industrial fermentation conditions and presenting a greater resistance to high concentrations of ethanol, low pH and high temperatures have made the Dekkera bruxellensis subject of research and genetic manipulations. This study aimed to identify and analyze in silico gene encoding ß-glucosidase in the D. bruxellensis yeast genome through the computational tools of bioinformatics. The results showed that in the blastp alignment, a short sequence of D. bruxellensis yeast showed similarity with sequences coding for the ß-glucosidase enzyme in the ascomycete division species. The Kluyveromyces marxianus sequence had the highest percentage in similarity with D. bruxellensis sequence. The multiple alignment tool was able to identify, using prior knowledge of the literature, the active site residues of the ß-glucosidase enzyme in the sequence of D. bruxellensis. Sites showed to be very conserved.

OLIVEIRA, Antônio Edson Rocha. Perfil de expressão e análise filogenética dos genes da proteína desacopladora mitocondrial durante o desenvolvimento e estresse em soja [Glycine max (L.) Merr.]. 2015. 185 f. Dissertação (Mestrado em bioquímica)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2015. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-09-01T19:11:22Z No. of bitstreams: 1 2015_dis_aeroliveira.pdf: 4201041 bytes, checksum: ccb8c82104b3b19d3f225dd39473e820 (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2016-09-02T17:44:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_dis_aeroliveira.pdf: 4201041 bytes, checksum: ccb8c82104b3b19d3f225dd39473e820 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-02T17:44:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_dis_aeroliveira.pdf: 4201041 bytes, checksum: ccb8c82104b3b19d3f225dd39473e820 (MD5) Previous issue date: 2015 / Several studies have evidenced that the main function of the mitochondrial uncoupling protein in plants (pUCP) is related to reactive oxygen species (ROS) regulation. In silico analysis suggests the existence of multigenic families to pUCPs codification, however further studies are yet needed to establish the pUCPs genetic expression profile, just like the gene amount in each species and their phylogenetic relations. The current work had as objective to characterize, analyze phylogeneticly and evaluate the expression profile of the pUCP multigenic family in different tissues during the soybean development [Glycine max (L.) MERR.] and in stress conditions. It has been performed an in silico analysis on the soybean genome and on other legumes available in the database WGS, revealing a codifier multigenic family for pUCP, UCP1 and 2 with 9 exons, UCP3 with 2 exons, and UCP4 and 5 with only 1 exon. Amongst the legumes analyzed, the soybean stood out with the greater number of genes, 10 genes in total, giving four GmUCP1 genes, one GmUCP2, one GmUCP3, two GmUCP4 and two GmUCP5, along with the presence of an alternative splicing on GmUCP1b1 gene. Specific primers have been designed for each GmUCP member in order to analize the expression profiles in different tissues (dry and doused seed, flowers, pods, cotyledons, unifoliate and trifoliate leaves, roots, hypocotyl and epicotyl) during the soybean development. For the assays in stress conditions have been used soybean leaves and roots with thirteen days after sowing (DAS) which have been subjected to osmotic stress caused by the application of polyethylene glycol (PEG) and biotic stress caused by salicylic acid (SA). The total RNA from each sample has been extracted in order to perform the RT-qPCR. The ct values have been obtained through the realplex program and analyzed through the GeNorm program. The genetic expression profile has shown that all genes were expressed in every tissue/organ analyzed during the soybean development, with the exception on some genes in dry seeds and epicotyl. The different expression profiles of each gene during the development of each tissue/organ suggest that occurs a spatial/temporal gene regulation among the GmUCP members. The expression profiles of the GmUCP genes in soybean during the stress conditions have varied, once 2 genes have shown steady expression in both tissues/ stress, 7 genes have shown a drop in the expression profile, while only 4 genes have shown an increase of the transcript levels. / Diversos estudos têm evidenciado que a principal função da proteína desacopladora mitocondrial de plantas (pUCP) está relacionada a regulação de espécies reativas de oxigênio (EROs). Análises in silico sugerem a existência de famílias multigênicas para a codificação de pUCPs, porém novos estudos ainda são necessários para estabelecer o perfil de expressão gênica das pUCPs, assim como a quantidade de genes em cada espécie e suas relações filogenéticas. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar, analisar filogeneticamente e avaliar o perfil de expressão da família multigênica da pUCP em diferentes tecidos durante o desenvolvimento da soja [Glycine max (L.) MERR.] e em condições de estresse. Foi realizada uma análise in silico no genoma da soja e de outras leguminosas disponíveis no banco de dados WGS, revelando uma família multigênica codificadora da pUCP, UCP1 e 2 com nove éxons, UCP 3 com 2 éxons, e UCP 4 e 5 com apenas um éxon. Dentre as leguminosas analisadas a soja se destacou com o maior número de genes, 10 genes no total, sendo quatro genes GmUCP1, uma GmUCP2, uma GmUCP3, dois GmUCP4 e dois GmUCP5, além da presença de um splicing alternativo no gene GmUCP1b1. Primers específicos foram desenhados para cada membro da GmUCP a fim de analisar os perfis de expressão em diferentes tecidos (semente seca e embebida, flores, vagens, cotilédones, folhas unifolioladas e trifolioladas, raízes, hipocótilos e epicótilos) durante o desenvolvimento da soja. Para os ensaios em condições de estresse foram utilizadas folhas e raízes de soja com treze dias após a semeadura (DAS) que foram submetidas a estresse osmótico promovido pela aplicação de polietileno glicol (PEG) e estresse biótico através de ácido salicílico (AS). O RNA total de cada amostra foi extraído para a realização de RT-qPCR. Os valores de ct foram obtidos pelo programa realplex e analisados pelo programa GeNorm. O perfil de expressão gênica mostrou que todos os genes GmUCP foram expressos em todos os tecidos/órgãos analisados durante o desenvolvimento da soja, com exceção de alguns genes em semente seca e epicótilo. Os diferentes perfis de expressão de cada gene durante o desenvolvimento de cada tecido/órgão sugerem que ocorra uma regulação gênica espacial/temporal entre os membros da GmUCP. Os perfis de expressão dos genes GmUCP em soja durante as condições de estresses foi diversificado, visto que 2 genes apresentaram expressão estável em ambos tecidos/estresse, 7 genes apresentaram queda do perfil de expressão, enquanto apenas 4 genes apresentaram aumento dos níveis de transcritos.

Submitted by Morgana Andrade (morgana.andrade@ufes.br) on 2016-04-08T20:24:35Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) tese_6676_Dissertao_Christine Facco_2013.pdf: 1315436 bytes, checksum: 39ff1bc59d15b9b7a17e711efee2949b (MD5) / Approved for entry into archive by Patricia Barros (patricia.barros@ufes.br) on 2016-05-13T14:04:33Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) tese_6676_Dissertao_Christine Facco_2013.pdf: 1315436 bytes, checksum: 39ff1bc59d15b9b7a17e711efee2949b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-13T14:04:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) tese_6676_Dissertao_Christine Facco_2013.pdf: 1315436 bytes, checksum: 39ff1bc59d15b9b7a17e711efee2949b (MD5) / Essa dissertação teve o apoio financeiro do Edital Universal 14/2011 CNPq (nº processo: 483036/2011-0) e do Edital PROEX nº 04/2011. / Na tentativa de obter novas substâncias com atividade antibacteriana, o objetivo desse trabalho foi avaliar o potencial antibacteriano de quatro peptídeos sintetizados, dos quais dois possuem sequência derivada da fragmentação in silico do G-CSF humano, enquanto os outros dois foram planejados teoricamente, verificando, assim, seu interesse como novos agentes terapêuticos na saúde humana. A avaliação foi realizada em duas etapas: análise in silico, que consistiu em predições de propriedades e parâmetros associados à ação antibacteriana, por meio de ferramentas computacionais; e o experimento in vitro para a determinação da concentração inibitória mínima (MIC) dos peptídeos contra bactérias Gram positivas e negativas. A maioria das predições foi favorável para os quatro peptídeos, pois os resultados determinados para hidrofobicidade, anfipaticidade, tamanho, estrutura secundária, carga líquida, potencial de ligação em membrana, meia-vida e índice de Boman encontram-se dentro de valores desejados para o potencial antibacteriano. Na análise in silico, apenas a predição algorítmica da atividade antimicrobiana gerou resultados desfavoráveis para os peptídeos com sequências derivadas do G-CSF (peptídeos 1 e 2), porém essa mesma predição foi positiva para os outros dois. O ensaio in vitro demonstrou que até a concentração mais alta utilizada dos quatro peptídeos (500 μg/mL) foi insuficiente para a determinação de sua concentração inibitória mínima, porém, observou-se considerável diminuição no crescimento de E. coli (58,7%) pelo peptídeo 4 e de E. fecalis (86,1%) e E. coli (54,9%) pelo peptídeo 3, em comparação com o controle de viabilidade. Esses valores indicam a presença de ação antibacteriana por parte dos peptídeos planejados teoricamente (peptídeos 3 e 4), corroborando com as predições computacionais. Dessa forma, é possível concluir que a análise in silico foi de suma importância para a seleção dos peptídeos a serem sintetizados, os quais apresentaram nos ensaios in vitro resultados em concordância com a predição computacional de atividade antimicrobiana. / In attempt to obtain new substances with antibacterial activity, the aim of this study was to evaluate the antibacterial potential of four synthesized peptides, where two of them have sequence derived from human G-CSF in silico fragmentation, while the other two were theoretically planned, allowing the verification of their interest as new therapeutic agents at human health. The evaluation was performed in two stages: in silico analysis, consisting of predictions of properties and parameters associated with antibacterial effect, through computational tools; and the in vitro experiment for determination of the minimum inhibitory concentration (MIC) of the peptides against Gram positive and negative bacteria. Most predictions was favorable for all four peptides, showed by determined results of hydrophobicity, amphipathicity, size, secondary structure, net charge, membrane binding potential, half-life and Boman Index, considered as desirable values for antibacterial potential. In the in silico analysis, only algorithmic prediction of antimicrobial activity revealed unfavorable results for peptides with sequences derived from G-CSF (peptides 1 and 2), nonetheless, the predictions were positive for the other two. The in vitro assay showed that up to the highest concentration used of the four peptides (500 μg/mL) was insufficient for determination of minimum inhibitory concentration, however it was possible to observe significant growing decrease of E. coli (58.7%) by peptide 4 and E. fecalis (86.1%) and E. coli (54.9%) by peptide 3, when compared with the viability control. These values indicate the presence of antibacterial activity in the theoretically planned peptides (peptides 3 and 4), confirming the computational predictions. Thus, it is possible to conclude that the in silico analysis was very important for the selection of the peptides to be synthesized, which showed results of in vitro assays in agreement with the computational prediction of antimicrobial activity.

Submitted by Cristhiane Guerra (cristhiane.guerra@gmail.com) on 2017-02-01T13:46:41Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2056832 bytes, checksum: dd1f04e5a02bdef6bb3220514f057563 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-01T13:46:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2056832 bytes, checksum: dd1f04e5a02bdef6bb3220514f057563 (MD5) Previous issue date: 2016-10-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The incidence of vulvovaginal fungal infections has increased dramatically over the last decades, therefore being the second most common cause of vulvovaginal candidiasis (VVC) placed after bacterial vaginosis diagnosed in 40% of the women with vaginal discharge. The increasing resistance of micro-oganismos pathogens to existing antimicrobial market has driven the search for new therapeutic alternatives, such as natural herbal products belonging to various families of the plant kingdom, such as Poaceae and Myrtaceae, which are presented as a viable solution due to the low cost and easy access of the population. Highlighted, the genus Cymbopogon and the Eucalyptus plants is one of the main sources of biologically active molecules, among them the monoterpenes holds a huge biological potential of human interest. However, the research of plant-derived compounds with pharmacological properties must always be attached to toxicity studies in order to show the absence of these substances harm to the human body. Given this context, it has studied the biological activity of enantiomers (R)-(+)- and (S)-(-)-citronellal against C. albicans and C. tropicalis strains derived from in vitro vulvovaginal secretions, as well as the parameters toxicological to predict the theoretical oral toxicity in silico. To achieve the antimicrobial in vitro studies; determination of minimum inhibitory concentration (MIC) and minimum fungicidal concentration (MFC) was used microdilution test. Also it was applied to disk diffusion technique on solid medium for comparative study of antifungal resistance/sensitivity profile used in the treatment of vulvovaginal candidiasis isolated and associated with monoterpenes studieds. The MIC's and MFC's of the (R)-(+)- and (S)-(-)-citronellal to 90% of fungal strains were respectively (R)MIC90% 16μg/mL and (R)MFC90% 32μg/mL; (S)MIC90% 64μg/mL and (S)MFC90% 128μg/mL (Strong antifungal activity against C. albicans and C. tropicalis). Were observed high resistance of C. albicans to fluconazole and itraconazole 12 (92.30%) strains. However, this resistance was reversed in 9 (75%) and 7 (58.33%) respectively, when combined with (R)-(+)-citronellal and 6 (50%) in combination with (S)-(-)-citronellal. Furthermore, it was also observed C. tropicalis high resistance to amphotericin B, itraconazole and miconazole. However, the resistance was reversed to amphotericin B and itraconazole, as a result of the synergistic effect in 2 (66.65%) of yeast. For miconazole resistance was reversed in 3 (100%) of the strains for both enantiomers. In the in silico analysis, both enantiomers have good oral bioavailability theoretically, however, a potential irritant was observed as possible toxic effect on these monoterpenes. In conclusion, these results suggest that the (R)-(+)- and (S)-(-)-citronellal have antimicrobial effect, and which also exert effect modifier activity when antifungal agents in combination. However, although presenting good oral bioavailability theoretically, the varied toxicological profile suggests the need to assess the risk-benefit of this compound in the production of a new antifungal drug, by conducting in vivo trials. / A incidência de infecções fúngicas vulvovaginais aumentou dramaticamente ao longo das últimas décadas, constituindo assim a segunda causa mais comum de candidíase vulvovaginal (CVV) após a vaginose bacteriana diagnosticada em 40% das mulheres com corrimento vaginal. O aumento da resistência dos micro-organismos patógenos aos antimicrobianos existentes no mercado tem impulsionado a busca de novas alternativas terapêuticas, como os produtos naturais a base de plantas pertencentes a várias famílias do reino vegetal, como por exemplo a Poaceae e a Myrtaceae, que se apresentam como uma solução viável devido ao baixo custo e fácil acesso da população. Em destaque, as plantas do gênero Cymbopogon e Eucalyptus constitui uma das principais fontes de moléculas biologicamente ativas, dentre elas os monoterpenos são detentores de um enorme potencial biológico de interesse humano. No entanto, as pesquisas de compostos derivados de plantas com propriedades farmacológicas devem sempre ser unida aos estudos toxicológicos, afim de se comprovar a ausência de malefícios destas substâncias ao organismo humano. Diante deste contexto, foi estudado a atividade biológica dos enantiômeros (R)-(+)- e (S)-(-)-citronelal contra cepas de C. albicans e C. tropicalis oriundas de secreções vulvovaginais in vitro, bem como os parâmetros toxicológicos para a previsão da toxicidade oral teórica in silico. Para a realização dos estudos antimicrobianos in vitro; determinação da concentração inibitória mínima (CIM) bem como da concentração fungicida mínima (CFM), utilizou-se o teste de microdiluição. Também foi aplicada a técnica de disco-difusão em meio sólido para estudo comparativo do perfil de resistência/sensibilidade a antifúngicos utilizados na terapêutica da candidíase vulvovaginal isolados e associados aos monoterpenos em estudo. As CIM’s e as CFM’s dos enantiômeros (R)-(+)- e (S)-(-)-citronelal para 90% das cepas fúngicas foram respectivamente (R)CIM90% 16μg/mL e (R)CFM90% 32 μg/mL; (S)CIM90% 64μg/mL e (S)CFM90% 128 μg/mL (forte atividade antifúngica contra C. albicans e C. tropicalis). Foram constatados alta resistência de C. albicans ao fluconazol e ao itraconazol 12 (92.30%) das cepas testadas. Mas, essa resistência foi revertida em 9 (75%) e 7 (58.33%) respectivamente, quando em associação com o (R)-(+)-citronelal e em 6 (50%) em combinação com o (S)-(-)-citronelal. Além disso, também foi observado alta resistência de C. tropicalis a anfotericina B, itraconazol e miconazol. Porém a resistência foi revertida para a anfotericina B e para o itraconazol, resultado do efeito sinérgico em 2 (66.65%) das leveduras. Para o miconazol a resistência foi revertida em 3 (100%) das cepas para ambos os enantiômeros. Na análise in silico, ambos os enantiômeros apresentaram boa biodisponibilidade oral teórica, no entanto, um potencial irritante foi observado como possível efeito tóxico para estes monoterpenos. Em conclusão, estes resultados sugerem que os enantiômeros (R)-(+)- e (S)-(-)-citronelal apresentam efeito antimicrobiano, e que também exercem efeito modificador de atividade aos agentes antifúngicos quando em combinação. No entanto, embora tenha apresentado boa biodisponibilidade oral teórica, o perfil toxicológico variado sugere a necessidade em avaliar o risco-benefício desse composto na produção de um novo medicamento antifúngico, por realização de ensaios in vivo.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:42:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Joceani_Dal_Cero.pdf: 1522635 bytes, checksum: 6a5a31f6f6667ef5f524442ba0bb1e72 (MD5) Previous issue date: 2010-02-26 / Regulatory molecules, such as transcription factors, have been thoroughly investigated, especially in hormone-mediated responses that involve gene expression modulation. Frequently, the main determinant of gene expression is its transcriptional rate. Thus, molecular mechanisms underlying transcription regulation have become an important topic in genetic studies of ethylene signaling. The present work aimed to investigate the ERF (Ethylene Response Factor) family employing bioinformatic tools, integrating publicly available datasets from the model species Arabidopsis thaliana and phylogenetic analyses to help elucidating the biological roles of the family in apple. The preliminary survey of the ERF sequences in Malus has provided basic information to be incorporated in further studies of the functional role of ERFs in this perennial species. Expression analyses of MdERF1 and MdERF in apple fruits suggest that other factors, besides ethylene, are involved in their transcriptional regulation in Malus. The second chapter reports the investigation of the transcriptional profiling of those ERF genes in response to pathogen attack, using a biological assay of in vitro propagated plants inoculated with the fungus Venturia inaequalis (apple scab disease). The study has provided evidences of the involvement of MdERF1 in eliciting the plant response; whereas, MdERF2 does not appear to be participate in the pathogenesis. / Moléculas que participam dos processos regulatórios, como os fatores de transcrição, têm recebido atenção especial, pois uma das principais ações dos estímulos hormonais é a modulação da expressão gênica. Como a taxa de transcrição de um gene é o maior determinante da sua expressão, os mecanismos moleculares pelos quais a transcrição gênica é regulada têm se tornado um dos tópicos principais de estudos em genética molecular envolvendo o hormônio etileno. O objetivo deste trabalho foi realizar análises de bioinformática para a família ERF (Ethylene Response Factors), integrar bases de dados existentes na internet no modelo Arabidopsis, bem como análise filogenética que permitam avaliar os papéis dos diferentes membros da família. Este levantamento preliminar das seqüências ERF em Malus forneceu informação básica para estudos posteriores mais aprofundados, com relação aos mecanismos moleculares da família nesta importante cultura perene. A análise da expressão de MdERF1 e MdERF2 em frutos de maçã indica que outros fatores além do etileno estão envolvidos na regulação da transcrição dos ERF em Malus. O segundo capítulo refere-se à resposta dos ERF frente ao ataque de patógenos. Para isso, foram infectadas plantas de macieira provenientes de cutivo in vitro com o fungo Venturia inaequalis (sarna da maçã). As evidências desses estudos sugerem o envolvimento do gene MdERF1 no processo de patogênese, enquanto que o gene MdERF2 parece não estar envolvido no processo.