Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2141668 bytes, checksum: b7f9269723d229ff78c781b127e1558b (MD5) Previous issue date: 2011-07-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Data from the herd of goat industry, Federal University of Viçosa were used to evaluate the factors that influence milk production on the control (PLDC) and content of the Milk constituents (percentages of protein, fat, lactose and total solids in days of collection) in dairy goats fitness, define the best model of random regression using Legendre polynomials orthogonal to the first lactation in Alpine goats and check the effect of different control intervals (7, 14, 21 and 28 days) on genetic evaluation of Alpine goats. The editing of the data was performed using the SAS program, recoding and correction of the pedigree was made using the program RENPED. The program WOMBAT was used in all genetic evaluations. The program RENPED was used to calculate the area under the curve of breeding values for ranges from 7 to 210 and 7 to 290 days of production, resulting accumulated genetic values, A210 and A290 respectively. The Pearson and Spearman correlations were obtained using the SAS program. It was concluded that there is variation in the factors that significantly influenced each trait studied and each race. In genetic evaluation using random regression models, it is recommended to use only the covariate age of dam at kidding, avoiding the use of fixed effect of birth order. The random regression model using orthogonal Legendre polynomials more suitable for genetic evaluation of Alpine goat breed used was fixed regression of order 4, the regression of additive genetic effects of order 2, the regression of permanent environmental effects of order 7 and at least Five classes of residual variance. The prior study of the best model for genetic evaluation of a herd is very important to increase the precision and accuracy of the analysis. Range of controls to evaluate the milk production of Alpine goat breed using random regression models, must be seven days for breeding and improvement programs with high technical level. / Dados do rebanho do setor de caprinocultura da Universidade Federal de Viçosa foram utilizados para avaliar os fatores que influenciam a produção de leite no dia do controle (PLDC) e teor dos constituintes do leite (porcentagens de proteína, gordura, lactose e extrato seco total no dia da coleta) em caprinos de aptidão leiteira, definir o melhor modelo de regressão aleatória, utilizando polinômios ortogonais de Legendre, para primeira lactação de cabras Alpinas e verificar o efeito de diferentes intervalos de controle (7, 14, 21 e 28 dias) sobre a avaliação genética de cabras Alpinas. A edição dos dados foi feita utilizando o programa SAS, a recodificação e correção de erros do pedigree foi feita utilizando o programa RENPED. O programa WOMBAT foi utilizado em todas as avaliações genéticas. O programa RENPED foi utilizado para calcular a área abaixo da curva de valores genéticos dos animais para intervalos de 7 a 210 e 7 a 290 dias de produção, gerando os valores genéticos acumulados, a210 e a290 respectivamente. As correlações de Pearson e Spearman foram obtidas utilizando o programa SAS. Concluiu-se que existe variação quanto aos fatores que influenciaram significativamente cada característica estudada e cada raça. Em avaliações genéticas, utilizando modelos de regressão aleatória, recomenda-se a utilização apenas da covariável idade da cabra ao parto, evitando o uso do efeito fixo de ordem de parto. O modelo de regressão aleatória utilizando polinômios ortogonais de Legendre mais indicado para avaliação genética dos caprinos da raça Alpina utilizados, foi regressão fixa de ordem 4, a regressão de efeitos genéticos aditivos de ordem 2, a regressão de efeitos de ambiente permanente de ordem 7 e ao menos 5 classes de variância residual. O estudo do melhor modelo de análise previamente à avaliação genética de um rebanho é imprescindível para aumentar a precisão e acurácia das análises. Intervalos de controles para avaliar a produção de leite de caprinos da raça alpina utilizando modelos de regressão aleatória, devem ser de sete dias para programas de melhoramento e criatórios com alto nível de tecnificação.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1302431 bytes, checksum: 423efed36ee1ee36acf46de912cb536b (MD5) Previous issue date: 2011-12-02 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Infestations by cattle tick Rhipicephalus microplus can lead to considerable production losses in cattle. The methods currently used to control these ectoparasites are not the ideal, whether because of low effectiveness or cause risk to the environment and human health. In general, animals of Zebu breeds are more resistant to ticks than taurine breeds, but greater understanding of these differences are necessary both for the development of more efficient methods and to assist in cattle breeding. The objective of this study was to enumerate differences of gene expression in peripheral blood and skin of resistant and susceptible animals infested with ticks. It was used, for this work, bovine extremes in resistance and susceptibility to tick from a population of F2 animals crossbred (Gir x Holstein) that showed a wide phenotypic variation. The samples of blood and skin were collected prior to infestation, 24 and 48 hours after infestation. In peripheral blood it was studied the genes CD25, CXCL8, CXCL10, FOXP3, IL10 e TNFα by qRT-PCR and at skin it was studied the global gene expression by using the technique of DNA microarrays. It was observed in the blood increased expression of genes that indicate an increased activity of γδ lymphocytes as regulatory cells in resistant animais, and in the skin it was observed greater expression of genes related to immune response, coagulation and complement cascades, adaptive immune response and component of tight junctions also in resistant animals. Thus, one could assume that part of the resistance to the tick is related to the prevention, by the host, of the flow of food to the hematophagous ectoparasites. Finally, some genes such as those encoding the protein claudin-1, coagulation factor FXIII, phospholipase I enzyme, and factors B, P and C4BP of complement system could be considered candidate genes related to tick resistance. / Infestações pelo carrapato bovino Rhipicephalus microplus podem levar a consideráveis perdas de produção na bovinocultura. Os métodos atualmente utilizados para o controle do ectoparasitismo não são os ideais, seja por baixa efetividade ou por causarem risco ao ambiente e à saúde humana. Em geral, animais de raças zebuínas são mais resistentes ao carrapato do que os de raças taurinas, porém maiores entendimentos dessas diferenças tornam-se necessários tanto para a elaboração de métodos antiparasitários mais eficientes quanto para auxiliar no melhoramento genético bovino. O objetivo deste estudo foi enumerar diferenças de expressão gênica na pele e no sangue periférico de animais resistentes e susceptíveis frente a infestação com carrapatos. Foram utilizados para este trabalho bovinos extremos em resistência e susceptibilidade ao carrapato provenientes de uma população de animais F2 cruzados (Gir x Holandês) que apresentaram ampla variação fenotípica. As amostras foram coletadas antes da infestação, 24 e 48 horas após a infestação. No sangue periférico foi avaliada a expressão de genes CD25, CXCL8, CXCL10, FOXP3, IL10 e TNFα por qRT-PCR e, na pele foi estudada a expressão gênica global pela utilização da técnica de microarranjos de DNA. Foi observada no sangue maior expressão de genes que indicam maior atividade de linfócitos γδ nos animais resistentes e, na pele foi observada maior expressão de genes relacionados com a resposta imune, cascatas de coagulação e do complemento, resposta imune adaptativa e componente das zônulas de oclusão, também nos animais resistentes. Assim, pôde-se supor que parte da resistência ao carrapato está relacionada com o impedimento, por parte do hospedeiro, do fluxo de alimento para o ectoparasita hematófago. Por fim, alguns genes como os codificantes da proteína claudina-1, do fator de coagulação FXIII, da enzima fosfolipase I, dos fatores B, P e de C4BP do sistema complemento, puderam ser considerados genes candidatos a resistência ao carrapato bovino.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1374116 bytes, checksum: ec67cf5421d0b5a96e6d3df6a4e026a0 (MD5) Previous issue date: 2012-07-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A total of 17,356 test-day records from 642 first lactations of Alpine goats and 13,278 records of 470 Saanen goats from the herd of Universidade Federal de Viçosa were used in this study. The objective was to model variations in test-day milk yield during the first lactation of Alpine and Saanen goats by random regression model (RRM), using orthogonal Legendre polynomials and B-splines in order to obtain adequate and parsimonious models for the estimation of genetic parameters. The analyses were performed using a single-trait RRM, including the direct additive, permanent environmental and residual random effects. In addition, contemporary group, type of kidding, genetic grouping, kidding order and linear and quadratic effects of the age of goat at calving were included as fixed effects. The mean trend of milk yield, and the additive genetic and permanent environmental covariance functions were estimated by random regression using different orders of orthogonal Legendre polynomial (3 to 6) and on B-spline functions (linear, quadratic and cubic, with 3 to 6 knots) and was evaluated different number of classes of residual variances. The criteria for selection of the models were the logarithm of restricted maximum likelihood function, Akaike information criterion, Bayesian information criterion and the Likelihood Ratio Test (LRT). The covariance components and the genetic parameters were estimated by the restricted maximum likelihood method. The program WOMBAT was used in all genetic analysis. Heritability estimates presented similar trends for the both functions and the estimates were different for Alpine and Saanen breeds. RRM s with a higher number of parameters were more useful to describe the genetic variation of test-day milk yield throughout the lactation. The most suitable RRM for genetic evaluation of PLDC of Alpine goat breed is a quadratic B-spline function, with six knots, to the mean trend and curves of additive genetic effects, permanent environmental effects and five classes of residual variance. The most recommendable RRM for genetic evaluation of PLDC Saanen goat breed is a cubic B-spline function, with six knots, to all curves and five classes of residual variances. / Foram analisados 17.356 registros de produção de leite no dia do controle (PLDC) de 642 primeiras lactações de cabras da raça Alpina e 13.278 registros de 470 cabras da raça Saanen do rebanho da Universidade Federal de Viçosa. O objetivo foi modelar variações na PLDC durante a primeira lactação de cabras das raças Alpina e Saanen através de modelos de regressão aleatória (MRA), usando polinômios ortogonais de Legendre e B-splines para a obtenção de modelos mais parcimoniosos e adequados para a estimativa de parâmetros genéticos. As análises foram realizadas usando um MRA unicaracterístico, incluindo os efeitos aleatórios aditivo direto, ambiente permanente e residual. Além disso, o grupo contemporâneo, tipo de parto, agrupamento genético, e os efeitos linear e quadrático da idade da cabra ao parto foram incluídos como efeitos fixos. A curva média de produção de leite, e as funções de covariâncias dos efeitos genético aditivo e de ambiente permanente foram estimados por regressão aleatória utilizando polinômios ortogonais de Legendre de várias ordens (3 a 6) e funções B-spline (linear, quadrática e cúbica, com 3 a 6 nós). Além disso, foram avaliados números diferentes de classes de variâncias residuais. Os critérios para seleção dos modelos foram o logaritmo da função de máxima verossimilhança restrita, critério de informação de Akaike, critério de informação Bayesiano e o Teste da Razão de Verossimilhança (TRV). Os componentes de covariância e os parâmetros genéticos foram estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita. O programa WOMBAT foi utilizado em todas as análises genéticas. As estimativas de herdabilidade apresentaram tendências semelhantes para ambas as funções e as estimativas foram diferentes para as raças Alpina e Saanen. Os modelos com um maior número de parâmetros foram mais eficazes para descrever a variação genética de PLDC ao longo da lactação. O MRA mais adequado para avaliação genética da PLDC de caprinos da raça Alpina é uma função B-spline quadrática, com seis nós, para a curva média e para as curvas de efeitos genéticos aditivos e de ambiente permanente e cinco classes de variância residual. O MRA mais recomendável para a avaliação genética da PLDC de caprinos da raça Saanen é uma função B-spline cúbica, com seis nós e cinco classes de variância residual, para todas as curvas.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 736869 bytes, checksum: 413ced1b32a07615b7f853dfb708691e (MD5) Previous issue date: 2014-02-26 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The aim of this study was to genetically evaluate litter traits in Landrace pigs using bi-trait, multi-trait and repeatability models and to estimate the dominance effect with and without the inclusion of polygenic effect for growth and carcass traits in a F2 pig population. For Landrace pigs, the following traits were evaluated: number of piglets born at first (NLN1), second (NLN2) and third (NLN3) farrowings; number of piglets weaned at first (NLD1), second (NLD2) and third (NLD3) farrowings; litter weight at birth at first (PLN1), second (PLN2) and third (PLN3) farrowings; litter weight at weaning at first (PLD1), second (PLD2) and third (PLD3) farrowings; average piglets weight at birth at first (PMLN1), second (PMLN2) and third (PMLN3) farrowings; average piglets weight at weaning at first (PMLD1), second (PMLD2) and third (PMLD3) farrowings. The analysis among farrowings using multi-trait and repeatability models showed that the additive genetic variance and heritability for the first farrowing were lower than those estimated in the other farrowings, indicating that the expression of the studied traits at first farrowing is propably controlled by different genes or differents genes combinations from those that regulate the expression of the second and third farrowings. The genetics correlations among the three farrowings, using multi-trait model for average piglets weight at birth (0.9809 to 0.9970) and average piglets weight at weaning (0.9610 to 0.9800), were high, but different from the unit. The other traits showed correlations with lower magnitude. These results are insufficient to consider these traits in the three farrowing orders as being genetically the same trait. We conclude that the multi-trait model is recommended for genetic evaluation of these traits in different farrowings, considering different farrowings as different traits. The traits were also analyzed within each farrowing with a bi-trait animal model. These analyses showed that the genetic correlations between birth and weaning traits were positive and high in all farrowings, which indicates that selection for improving the traits at birth results in genetic gain of the same traits at weaning. However, these traits at birth should be included in the analyses due to negative genetic correlations between litter size and average piglet weight at birth and at weaning, number of piglets weaned and average piglet weight at birth and at weaning and between litter weight at birth and number of weaned piglets. We conclude that methods that consider the correlations among these traits in this population should be used for genetic evaluation of the traits. In another approach, the combination of genomic data and pedigree was used to study the importance of additive and dominance genetic variances of growth and carcass traits in a F2 pig population. Two GBLUP models were used, a model without inclusion of the polygenic effect (ADM) and a model with the polygenic effect (ADMP). Additive effects showed a greater contribution towards the control of growth and carcass traits. Moreover, the dominance effect was important for all traits, showing a more relevant role in backfat thickness. The narrow-sense and broad-sense heritability estimates for growth (0.06 to 0.42; 0.10 to 0.51, respectively) and carcass (0.07 to 0.37; 0.10 to 0.76, respectively) traits showed wide variation. The inclusion of the polygenic effect in the ADMP model changed the broad-sense heritability estimates only for birth weight and weight at 21 days of age. / O objetivo deste estudo foi avaliar geneticamente características de leitegada em suínos da raça Landrace e estimar via análise genômica o efeito de dominância com e sem a inclusão do efeito poligênico em suínos F2. Foram avaliadas as seguintes características em animais da raça Landrace, utilizando modelos bicaracteristico, multicaracterístico e de repetibilidade: número de leitões nascidos no primeiro (NLN1), segundo (NLN2) e terceiro (NLN3) partos; número de leitões desmamados no primeiro (NLD1), segundo (NLD2) e terceiro (NLD3) partos; peso da leitegada ao nascimento no primeiro (PLN1), segundo (PLN2) e terceiro (PLN3) partos; peso da leitegada ao desmame no primeiro (PLD1), segundo (PLD2) e terceiro (PLD3) partos; peso médio dos leitões ao nascimento no primeiro (PMLN1), segundo (PMLN2) e terceiro (PMLN3) partos; peso médio dos leitões ao desmame no primeiro (PMLD1), segundo (PMLD2) e terceiro (PMLD3) partos. As análises entre partos com os modelos multicaracterístico e de repetibilidade, via REML, mostraram que a variância genética aditiva e a herdabilidade para a primeira ordem de parto foram menores que as estimadas nas demais ordens de parto, o que indica que, provavelmente, a expressão dessas características estudadas no primeiro parto é controlada por genes ou combinações gênicas diferentes daquelas que regulam a expressão das mesmas no segundo e no terceiro parto. correlações genéticas entre as três ordens de parto no As modelo multicaracterístico para as características peso médio do leitão ao nascimento (PMLN) e peso médio do leitão ao desmame (PMLD) foram altas variando de 0,9809 a 0,9970 para PMLN e de 0,9610 a 0,9800 para PMLD, mas diferente da unidade, as demais características apresentaram correlações de menor magnitude. Esses resultados são insuficientes para considerar estas características nas três ordens de parto como sendo, geneticamente, a mesma característica. Conclui-se que o modelo multicaracterístico é recomendado para avaliações genéticas das características número de leitões nascidos e desmamados, peso da leitegada e peso médio do leitão ao nascimento e a desmama nas diferentes parições, tratando diferentes parições como características diferentes. As características foram analisadas também dentro de cada parto com o modelo animal bicaracterístico. Nestas análises observou- se que as correlações genéticas entre as características de nascimento e de desmama foram positivas e altas no primeiro, segundo e terceiro parto para a maioria das características, o que indica que a seleção para aumento número de leitões nascidos, peso da leitegada e peso médio do leitão ao nascimento resultará em ganho genético das mesmas características a desmama, porém as três características devem ser incluídas nas análises devido às correlações genéticas negativas entre número de leitões nascidos e peso médio do leitão ao nascimento e ao desmame, número de leitões desmamados e peso médio do leitão ao nascimento e ao desmame e entre peso da leitegada ao nascimento e número de leitões desmamados. Conclui-se que devem ser utilizadas para avaliação genéticas destas características metodologias que não desprezem as correlações existentes entre elas na população em questão. Foi utilizada a combinação de dados genômicos e pedigree para estudar a importância das variâncias genéticas aditivas e de dominância de características de crescimento e de carcaça em uma população de suínos F2. Foram utilizados dois modelos GBLUP, um modelo sem a inclusão do efeito poligênico (ADM) e um modelo com o efeito poligênico (ADMP). Efeitos aditivos apresentaram maior contribuição para o controle de características de crescimento e de carcaça. Além disso, o efeito de dominância foi importante para todas as características, mostrando um papel mais relevante na espessura de toucinho. As herdabilidades no sentido restrito e no sentido amplo para as características de crescimento variaram de 0,06 a 0,42 e de 0,10 a 0,51, respectivamente e para as características de carcaça de 0,07 a 0,37 no sentido restrito e de 0,10 a 0,76 no sentido amplo, mostrando grande variação. A inclusão do efeito poligênico no modelo ADMP mudou as estimativas de herdabilidade no sentido amplo apenas para peso ao nascimento e peso aos 21 dias de idade.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 9480742 bytes, checksum: f87c9b2653b911e326eef4b5a0dd87ce (MD5) Previous issue date: 2014-07-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The aim of this study was to evaluate the quality of relationship information over genetic parameters estimates and accuracies of breeding values. Thus, we evaluated the quality by making corrections based on SNPs markers. Variance components were estimated under Bayesian approach via Gibbs sampling. The evaluation of the correct relationship was performed using markers of 3,591 individuals in a population consisting of 12,668 animals. Mendelian conflicts were deflned as conflicts between the progeny and parents markers. Thus, 460 changes were performed, which 54% had a buII or cow on pedigree. We observed, on average, match parent were defined with 75 markers, whiIe no- match parent n was performed with 2,700 markers. Annealing algorithm Molecular coancestry program provided 2,174 new haIf-sibs relationships. We observed that higher quality on pedigree information provided increase in accuracy of breeding values and higher heritability estimates (0.22 i 0.0286), suggesting the possibility of direct selection for tick resistance. We used a 5-fold cross-validation strategy using K-means and random methods to group the animals. The results of cross-validation indicate that higher quality of the pedigree relationships provide higher accuracy. The weaning weight was used to evaluate muItipIe sires progeny (MS) and embryo transfer and in vitro fertilization animals (TEF). We used three strategies to include MS information: genetic groups (GG), bayesian hierarchical method (HIER) and the average numerator relationship matrix (ANRM). The deviance information criteria (DIC) was used as Bayesian measure of fIt, which suggested that HIER strategy provided better fIt when MS information is consider. However, ANRM provided best fit to include TEF animals. We use foster dam information to estimate the maternal genetic and maternal permanent environmental effects when considering TEF animals. We didn't observed statistical difference in variance components and genetic parameters considering information TEF animals, but breeding values showed greater values. Spearman correlations between breeding values were higher for base, animals with certain paternity and MS progeny. However, the use of TEF animals information significantly changed the predicted breeding values. The use of appropriate methodologies to include the information of MS progeny and TEF animals provide most accurate prediction of breeding values and assist in higher rates of genetic gain. / O objetivo desse estudo foi verificar o reflexo da qualidade das informações de parentesco sobre as estimativas de parâmetros genéticos e acurácias das predições de valor genética Dessa forma, foi avaliada a qualidade dessas informações ao realizar correções no pedigree baseadas em marcadores do tipo SNPs. Os componentes de variância foram estimados sob enforque Bayesiano por amostragem de Gibbs. A avaliação da correta definição de parentesco foi realizada utilizando-se informações de marcadores SNPs de 3.591 indivíduos em uma população constituída de 12.668 animais. Os conflitos mendelianos entre as marcas da progênie e dos pais foram utilizados como critério de avaliação de parentesco. Dessa forma, foram realizadas 460 mudanças no pedigree, dentre os quais 54% possuíam um touro ou vaca identificado. Foi observado que, em média, novos relacionamentos genéticos foram definidos com 75 marcas em conflito, enquanto que a rejeição do parentesco foi realizada com 2.700 marcas. O uso do programa Molecular Coancestry para inferência de parentesco a partir de informações de marcadores moleculares proporcionou a definição de 2.174 novos relacionamentos de meio-irmãos. Foi possível observar que as correções de parentesco proporcionaram aumento da acurácia média dos valores genéticos preditos. O aumento na qualidade das informações de pedigree proporcionou a estimação de herdabilidade de maior magnitude (0,22 i 0,0286), sugerindo a possibilidade de seleção direta para a resistência a carrapatos. Foi utilizada uma estratégia de validação cruzada pelo método K-médias e também de forma aleatória, no qual cinco grupos de treinamento foram formados. Os resultados da validação cruzada indicam que maior qualidade nos relacionamentos do pedigree proporcionam maior valor de acurácia. O peso padronizado aos 205 dias foi utilizado para avaliar a inclusão de informações de filhos de reprodutores múltiplos (RM) e de animais oriundos de biotécnicas da reprodução (TEF). Foram avaliadas três estratégias de inclusão dessas informações: grupos genéticos (GG), método hierárquico bayesiano (HIER) e matriz da média dos numeradores dos coeficientes de parentesco (ANRM). O critério de informação da deviance (DIC) foi utilizado como avaliador da qualidade de ajuste e sugeriu que a estratégia HIER proporcionou melhor ajuste ao considerar as informações de RM. Entretanto, o método ANRM apresentou melhor ajuste ao incluir informações dos animais TEF. A inclusão das informações de animais TEF foi realizada pelo uso da informação da receptora para estimação do efeito genético materno e de ambiente permanente materno. Não foi observada diferença estatística nas estimativas de componentes de variância e de parâmetros genéticos ao considerar informações de animais TEF, porém os valores genéticos preditos apresentaram maior magnitude. As correlações de Spearman entre os valores genéticos foram de elevadas magnitudes para os animais fundadores, animais com certeza no parentesco e para os fiIhos de RM. Entretanto, o uso das informações dos animais TEF modificou de forma significativa as predições dos valores genéticos. O uso de metodologias adequadas para incluir a informação de animais com incerteza de paternidade e animais oriundos de transferência de embriões e fertilização in vitro proporcionam a predição de valores genéticos mais acurados e auxiliam em maiores taxas de ganho genético.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 566480 bytes, checksum: ec7963fd634f205e34b49003fe8588c0 (MD5) Previous issue date: 2007-03-06 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The genomic era came to transform science as a whole. The intention of this work was to evaluate different significance levels on the identification of the molecular markers, related with its quantitative characteristics of low, medium and high heritability (h²), aiming genetic improvement. A comparison between the significance levels of 1%, 5%, 10% and 20% was accomplished through a computer system of genetic simulation (Genesys), used for the simulation of three genomes, where each was constituted by only one low, medium or high h² characteristic, respectively. First from each of these genomes, was simulated a base population of 1000 animals (500 males and 500 females). Next, it was obtained an initial population for each one of the base population, totalizing three initial populations of 1000 animals each (10 males, 10 female/males and 10 son/female/males). After obtaining this population, was initiated the evaluation process of the four significance levels considered, using the selection assisted by markers (MAS), where the markers were identified by a linear regression analysis, admitting a minimum significance level for it. A total of four selection processes based on the initial population, according to the significance level adopted, was conducted through 20 consecutive generation, repeating each one 10 times to minimize the genetic oscillation effects. The analysis of the four significance level s differences was performed individually for each of the three characters, through a medium phenotype gain, looking forward to, besides checking the existence of gain distinction, if this difference will also appear simultaneously in the low, medium and high heritability characteristics. To complement and better explain the phenotype results obtained, other genetic parameters were considered, such as the endogamy coefficient, the number of markers used in the selection, the number of set alleles, the favorable and adverse allele setting and the selection s limit. The results obtained, indicated superiority in the significance level of higher magnitude ( 10% and 20%) related to the lower values ones (1% and 5%), and the phenotypic gains obtained after the assisted selection by the molecular marker, besides its benefits on the genetic parameter (lower endogamy coefficient; higher number of markers used, lower markers setting, lower percentage of adverse alleles set, and lower selection limits) for all three characteristics, although in an more expressive way for the low heritability character, and less for the high h². That way, even if the lower levels (1% and 5%) present a higher precision on the markers detection - QTLs ( quantitative trait loci), they are not satisfying enough related to the genetic benefits, resulting in a lower phenotypic and genotypic gain, making the choice of a certain statistic significance acceptable according to its aim and to the interdisciplinary research in question. It is notorious the relevance of statistics association on the identification of markers related to the QTLs and, consequently on the optimization of genomic improvement-programs. / A era genômica veio para transformar a ciência como um todo. Objetivou-se com esse trabalho avaliar diferentes níveis de significância na identificação de marcadores moleculares relacionados com características quantitativas de baixa, média e alta herdabilidade (h2) de interesse no melhoramento genético. Uma comparação entre os níveis de significância de 1%, 5%, 10% e 20% foi realizada por meio de um sistema computacional de simulação genética (Genesys), utilizado para a simulação de três genomas, onde cada qual era constituído de uma única característica de baixa, média ou alta h2, respectivamente. A partir de cada um dos genomas, simulou-se uma população base de 1000 animais (500 machos e 500 fêmeas). Em seguida, foi obtida uma população inicial para cada uma das populações base, totalizando três populações iniciais com 1000 animais cada (10 machos, 10 fêmeas/macho e 10 filhos/fêmea/macho). Após a obtenção desta população, iniciou-se o processo de avaliação dos quatro níveis de significância considerados, utilizando a seleção assistida por marcadores (MAS), onde os marcadores eram identificados por uma análise de regressão linear admitindo-se um nível mínimo de significância para a análise. Um total de quatro processos de seleção a partir da população inicial, de acordo com a significância adotada, foi conduzido por 20 gerações consecutivas, repetindo-se cada qual por 10 vezes para minimizar os efeitos da oscilação genética. A análise da diferença dos quatro níveis de significância foi realizada individualmente para cada um dos três caracteres através do ganho fenotípico médio, buscando, além de verificar a existência de distinção nos ganhos, se esta diferença também se apresenta simultaneamente nas características de baixa, média e alta herdabilidade. Para complementar e melhor esclarecer os resultados fenotípicos obtidos, outros parâmetros genéticos foram considerados, tais como o coeficiente de endogamia, o número de marcadores usados na seleção, o número de marcadores fixados, a fixação de alelos favoráveis e desfavoráveis e o limite da seleção. Os resultados observados indicaram superioridade dos níveis de significância de maior magnitude (10% e 20%) em relação aos de menores valores (1% e 5%), quanto aos ganhos fenotípicos obtidos após a seleção assistida por marcadores moleculares além de benefícios nos parâmetros genéticos (menor coeficiente endogâmico; maior número de marcadores utilizados; menor fixação de marcadores; menor porcentagem de alelos desfavoráveis fixados; e menores limites de seleção) para todas as três características, embora de forma mais expressiva para o caráter de baixa herdabilidade e menos para o de alta h2. Assim, mesmo que os níveis menores (1% e 5%) apresentem uma maior precisão na detecção de marcadores - QTLs (quantitative trait loci), eles deixam a desejar no que diz respeito às melhorias genéticas, resultando em ganhos fenotípicos e genéticos inferiores, fazendo com que a escolha de uma determinada significância estatística seja aceitável de acordo com o objetivo e a interdisciplinaridade da pesquisa em questão. É notório a relevância de associações estatísticas na identificação de marcadores ligados a QTLs e, consequentemente, na otimização de programas de melhoramento genômico.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 209546 bytes, checksum: d5ff785c114b2b115999b7a4b5ade9bd (MD5) Previous issue date: 2007-07-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Among the productive traits, the number of the piglets is essential for success in swine production. The ovulation rate is one of the key factors that determine the litter size in pigs and the study of gene expression in the ovary follicles, more precisely in the follicular cells, might cause a big advance in the comprehension of this characteristic. Thus, the objective in this work was to identify the differential expression of the STAR (Steroidogenic Acute Regulator-STAR), GATA (GATA binding protein 4), PGF2α (Prostaglandin F2α), P4R (Progesterone Receptor), FSHR (Follicle Stimulating Hormone Receptor) and CYP19 (Cytochrome Aromatase P450) genes in follicular cells, colleted during the follicular phase in the estrous cycle of three sows with high and three sows with low litter size which comes from a tricross of the Landrace, Large White and Pietrain breeds, throughout the semi quantitative real time PCR (qPCR). In the hyperprolific sows, analyzed in this study, the average of the number of the piglets were 8,51 and for the hypoprolific sows the average was 12,03. For examination if any one related genes above were affecting the ovulation rate in the prolificity rate in the animals studied, the total RNA of the follicular liquid was extracted and than was made two pools with the total RNA of the hypo and hyperprolific sows groups. The total RNA of each pool was used for the first strand cDNA synthesis. The PCR reactions were accomplished using as an endogenous control the β-Actina gene. The primers were generated by sequences in the Pig ESTs data base. The major expression difference was observed for P4R gene, who express 7,73 turns mostly in the animals with low prolificity. The PGF2α gene displayed differential expression of 2,84 times as a large in the hypoprolific animals. The STAR gene expression, that codes for the protein regulating hormone steroids synthesis, was 2.32 turns mostly in the animals with low prolificity sows. The GATA gene expression was 2.31 times as a large in the hypoprolific sows. This gene codes for the GATA binding protein 4 belonging a transcription group factors that are responsible for too many gene expression and diverse cell differentiation types. The CYP19 gene expression taken the enzyme production that is the key factor in the estrogens biosynthesis, the Cytochrome Aromatase P450 (P450aro), for this gene was observed the relative expression of the 2.30 turns mostly in the sows with low prolificity. The FSHR gene expression hasn t achieved the threshold difference established in this study (1.5 times).The STAR, GATA, PGF2α, FSHR, P4R and CYP19 gene expression in the follicular cells has enabled identify difference of expression between sows with low and high prolificity, where the largest difference of expression in relation to the studied genes was verify in the hypoprolific sows, except for the FSHR gene that wasn t considerate differentially express in this work. With views the best agreement about the reproductive phenotypes in swine, it s necessary yet, studies to examine the expression in these and other genes related to female reproductive cycle, in as much as gene expression is dependent, in the midst of another factors, the stage of development of the tissue and the animal age. / Dentre as características produtivas, o número de leitões é fundamental para o sucesso na produção de suínos. A taxa de ovulação é um dos principais fatores que determinam o tamanho da leitegada. Deste modo, o estudo da expressão gênica nos folículos ovarianos, mais precisamente nas células foliculares, pode causar grande avanço no entendimento desta característica. Portanto o presente trabalho foi realizado com o objetivo de identificar a expressão diferencial dos genes STAR (Proteína esteroidogênica regulatória aguda), GATA (Proteína de ligação GATA-4), PGF2α (Prostaglandina F2α), P4R (Receptor de progesterona 4), FSHR (Receptor do hormônio folículo estimulante) e CYP19 (Citocromo aromatase P450) em células foliculares, coletadas durante a fase folicular do ciclo estral de três fêmeas suínas de alta e três de baixa prolificidade, provenientes de um tricross das raças Landrace, Large White e Pietrain, por meio da metodologia de PCR quantitativo em tempo real (qPCR). Nas fêmeas com alta prolificidade, utilizadas neste estudo, a média do número de leitões por leitegada foi 8,51 enquanto para as fêmeas com baixa prolificidade foi de 12,03. Para examinar se algum dos genes relacionados acima afetava as taxas de prolicifidade nos animais deste estudo, o RNA total do líquido folicular foi extraído e, em seguida, fez-se dois pools com o RNA total, sendo um do grupo de fêmeas com alta prolificidade e o outro do grupo com baixa prolificidade. O RNA total de cada um dos pools foi usado na confecção da primeira fita de cDNA. As reações de qPCR foram realizadas usando-se o gene β-Actina como controle endógeno. Os primers foram gerados a partir de seqüências obtidas nos bancos de ESTs de suínos. A maior diferença de expressão foi observada para o gene P4R, que foi expresso 7,73 vezes a mais nos animais com baixa prolificidade. O gene PGF2α apresentou expressão diferencial de 2,84 vezes a mais nas fêmeas hipoprolíficas. A expressão do gene STAR, que codifica para uma proteína reguladora da síntese de hormônios esteróides, foi 2,32 vezes maior nos animais com baixa prolificidade. A expressão do gene GATA foi 2,31 vezes maior nas fêmeas hipoprolíficas. Esse gene codifica para a proteína de ligação GATA-4, pertencente a um grupo de fatores de transcrição responsáveis pela expressão de vários genes e a diferenciação de diversos tipos celulares. A expressão do CYP19 leva à produção de uma enzima chave na biossíntese de estrogênio, a Citocromo aromatase P450 (P450aro), sendo que, para este gene, foi observada uma expressão relativa de 2,30 vezes a mais nas fêmeas de baixa prolificidade. O gene FSHR não atingiu o limiar de diferença de expressão, estabelecido neste estudo (1,5 vezes). A expressão dos genes STAR, GATA, PGF2α, FSHR, P4R e CYP19 nas células foliculares possibilitou a identificação de diferenças de expressão entre as fêmeas com alta e baixa prolificidade, sendo que a maior diferença de expressão para os genes estudados foi verificada nos animais de baixa prolificidade, exceto para o gene FSHR, que não foi considerado diferencialmente expresso nesse trabalho. Com vistas ao melhor entendimento dos fenótipos reprodutivos em suínos, é necessário que estudos sejam conduzifos no sentido de examinar a expressão desses e de outros genes relacionados, durante todo do ciclo reprodutivo das fêmeas, pois, a expressão de um gene depende, dentre outros fatores, do estádio do desenvolvimento do tecido e da idade do animal.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:54:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 779211 bytes, checksum: 4a3374e8dbdb8acc4c76f3d67ff07495 (MD5) Previous issue date: 2008-02-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Among health problems in livestock production, infectious contagious diseases are those that stand out most being mastitis one of the main disease conditions. One of the most promising ways to reduce problems caused by infectious contagious diseases, besides sanitary control, is the selection of resistant animals, in order to incorporate this trait within the herd. The candidate gene strategy might be used as a tool for the selection of best adapted and more productive animals, whereas for the selection of the best animals, characterization of genetic expression from susceptible and resistant cows is important. Therefore, the objective of the present study was to characterize the expression of genes that can be related with mastitis resistance/susceptibility phenotype. Thus, an investigation was made on IL-2, IL-4, IL-6, IL-8, IL-10, IFN- g and TNF- a&#305; gene expression on milk cells from Dairy Gyr and Holstein black-white (BW) cows with and without clinical mastitis, throughout real-time quantitative PCR (qPCR) technique. Six animals from each breed were evaluated three with mastitis and three without it. The total RNA was extracted from milk cells in order to synthesize the cDNA s first strand. For qPCR reactions, the GAPDH gene was used as endogenous control. Five comparisons for each gene expression analysis were made: Non-mastitis cows vs Mastitis cows from both breeds; Non- mastitis Holstein cows vs Mastitis Holstein cows; Non-mastitis Dairy Gyr cows vs Mastitis Dairy Gyr cows; Non-mastitis Holstein cows vs Non-mastitis Dairy Gyr cows; Mastitis Holstein cows vs Mastitis Dairy Gyr cows. Within Dairy Holstein BW animals, the IL-10 gene had the highest expression in mastitis animals (p<0.001), and on both breeds the IL-10 also had a higher expression on mastitis animals (p<0.05). It was also possible to identify in the healthy group a higher expression of all genes on the Holstein breed (p>0.5), being the expression of the genes IL-2 and IFN-y significantly different (p<0.001). It was possible to verify a difference, between the two breeds, on the gene expression profile of mastitis resistance/susceptibility phenotype. However, mastitis is a multifatorial disease and is affected by a large number of genes, so more genes and animals under different infection stages must be used on further studies to a better understanding of the immune response mechanism and design of more efficient strategies for control and eradication of mastitis. / Na produção animal, dentre os problemas de sanidade, as doenças infecto-contagiosas são as que mais se destacam, sendo a mastite uma das principais doenças. Uma das opções mais promissora para a redução dos problemas causados pelas doenças infecto-contagiosas, além dos cuidados sanitários, é a seleção de animais resistentes e a incorporação desta característica aos rebanhos. Como ferramenta para a seleção de animais melhores adaptados e mais produtivos pode ser utilizada a estratégia de genes candidatos, e para sua escolha é importante caracterizar a expressão gênica em animais resistentes e susceptíveis às doenças. Desta forma, o objetivo do presente trabalho foi caracterizar a expressão de genes que podem estar relacionados com o fenótipo de resistência/susceptibilidade à mastite. Para tanto, foi investigada a expressão dos genes IL-2, IL-4, IL-6, IL-8, IL- 10, IFN- g e TNF- a&#305; em células presentes no leite de fêmeas bovinas com e sem mastite, por meio da técnica de PCR quantitativo em tempo real (qPCR). Foram avaliados seis animais da raça Holandesa Preto e Branco (PB) e seis animais da raça Gir Leiteiro, sendo três com mastite e três sem mastite dentro de cada raça. O RNA total extraído a partir de células presentes no leite de cada animal, foi usado na confecção da primeira fita de cDNA e as reações de qPCR foram realizadas usando-se o gene GAPDH como controle endógeno. Ao todo, cinco comparações foram feitas na análise de expressão de cada gene: vacas sem mastite vs vacas com mastite de ambas as raças; vacas da raça Holandesa sem mastite vs vacas da raça Holandesa com mastite; vacas da raça Gir sem mastite vs vacas da raça Gir com mastite; vacas da raça Holandesa sem mastite vs vacas da raça Gir sem mastite; vacas da raça Holandesa com mastite vs vacas da raça Gir com mastite. Dentre os animais da raça Holandesa PB, aqueles que apresentaram mastite clínica expressaram mais IL-10 (p<0,001). O gene IL-10 também foi mais expresso (p<0,05) nas vacas com mastite em comparação às vacas sem mastite quando consideradas ambas as raças. Dentre as vacas hígidas (sem mastite), as da raça Holandesa PB tenderam a expressar em maior quantidade todos os genes considerados neste estudo, sendo a expressão dos genes IL-2 e IFN-y significativamente diferente (p<0,001). Foi possível verificar diferença no perfil de expressão dos genes considerados no presente trabalho em relação ao fenótipo resistência/susceptibilidade à mastite entre as duas raças estudadas. Porém, a mastite é uma doença multifatorial e afetada por muitos genes, portanto são necessários mais estudos que incluam outros genes e maior número de animais em diferentes fases de infecção, de modo que o mecanismo de resposta imune relacionado à mastite seja melhor compreendido e venha gerar estratégias mais eficientes de controle e erradicação da mastite.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:54:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 256039 bytes, checksum: edbe984f43e7b349a38086c87c1ebcb2 (MD5) Previous issue date: 2008-07-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Heritability and genetic and phenotypic correlations estimates to morphologic, handling and milk yield traits were obtained by REML method, using data from Associação Brasileira de Criadores de Gado Gir Leiteiro (ABCGIL). The software REMLF90 was utilized for such objective. The morphologic and handling traits were analysed for a model that differ of the utilized to the milk yield. The fixed effects used in the model of morphologic and handling traits were: contemporary group of herd, year and season of classification (RAEC); classifier; lactation phase and animal age on evaluation. For the milk yield was included in the model the fixed effects of cow age at calving and the contemporary group RAEP, shaped by combination herd, year and season of calving. The animal model was adopted in both analyses, which consider the random effect of repeatability, due to the fact that it was used more than one information per trait. The estimates of the heritability varied of 0.03 to 0.54, being the majority their larger than 0.15. Teat length and rump height were the traits that presented the largest coefficients of heritability (0.44 and 0.54, respectively), and backside view of rear legs, rear udder width, and foot angle, the least (0.03; 0.04; and 0.09, respectively). On practice, the additive genetic variability of the majority of traits was sufficient in order to reach significative annual genetic gain with the selection process. Rear udder width, fore udder insertion, backside view of rear legs, and side view of rear legs were the traits that presented the largest genetics correlations with milk yield (0.53; - 0.50; 0.42; and 0.30, respectively). The genetic antagonism between milk yield and fore udder insertion, associated to moderate heritability and direct influence of this trait on productive life of the cow, suggest that on formation of the selection index for milk yield, special attention must be given to it. The phenotypic correlations among milk yield and morphologic and handling traits were, in many cases, lower than the correspondent genetic correlations. Among the morphologic traits, the most expressive phenotypic correlations involved only the traits related to cow size. Genetic correlations among some morphologic traits were high, enabling the exclusion of some traits of the linear classification program adopted for the Gir breed in Brazil. / Estimativas de herdabilidade e correlações genéticas e fenotípicas para características morfológicas, de manejo e produção de leite em 305 dias de lactação foram obtidas pelo Método da Máxima Verossimilhança Restrita (REML), a partir de dados da Associação Brasileira de Criadores de Gado Gir Leiteiro (ABCGIL). O aplicativo REMLF90 foi utilizado para tal propósito. As características morfológicas e de manejo foram analisadas por um modelo que diferiu do utilizado para produção de leite. Os efeitos fixos usados no modelo das características morfológicas e de manejo foram: grupo contemporâneo de rebanho, ano e estação da classificação (RAEC), classificador, estádio da lactação e idade do animal na avaliação. No caso da produção de leite, incluí-se no modelo os efeitos fixos de idade da vaca ao parto e do grupo contemporâneo RAEP, formado pela combinação rebanho, ano e estação de parição. O modelo animal foi adotado em ambas as análises, que consideraram o efeito aleatório de repetibilidade, uma vez que foi utilizada mais de uma informação por característica. As estimativas de herdabilidade variaram de 0,03 a 0,54, sendo a maioria delas superiores a 0,15. Comprimento das tetas e altura da garupa foram as características que apresentaram os maiores coeficientes de herdabilidade (0,44 e 0,54, respectivamente), e vista traseira das pernas posteriores, largura do úbere posterior e ângulo dos cascos, os menores (0,03; 0,04; e 0,09, respectivamente). Na prática, a variabilidade genética aditiva da maioria das características foi suficiente para que, com o processo seleção, se possa atingir significativo ganho genético anual. Dentre as características morfológicas e de manejo, as que apresentaram maiores correlações genéticas com produção de leite foram: largura do úbere posterior (0,53); inserção do úbere anterior (-0,50); vista traseira das penas posteriores (0,42); e vista lateral das pernas posteriores (0,30). O antagonismo genético entre produção de leite e inserção do úbere anterior, associada à moderada herdabilidade e influência direta desta característica na vida produtiva da vaca, sugere que na formação de índices de seleção para produção de leite, atenção especial deve ser dada à mesma. As correlações fenotípicas entre produção de leite e as características morfológicas e de manejo foram, em muitos casos, menores do que as correlações genéticas correspondentes. Entre as características morfológicas, as correlações fenotípicas mais expressivas envolveram apenas as relacionadas ao tamanho da vaca. Correlações genéticas entre algumas características morfológicas foram altas, possibilitando a exclusão de algumas delas do programa de classificação linear adotado para a raça Gir no Brasil.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:54:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1599543 bytes, checksum: a46bc51dcb3cebc37a269bed333e6b65 (MD5) Previous issue date: 2009-02-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The goats were introduced in Brazil by the Portuguese colonizers. Today it is difficult to accurately identify the origin of the Brazilian domestic animals and it is unknown the entire extent of its diversity. The conservation and breeding of domestic animals depend on diversity in the species concerned. Theobjectives of this study were 1. compare different multivariate techniques in the study of genetic diversity among and inside goats populations through morphometric characters; 2. phenotypically characterize the goats populations; 3. establish groups according to racial or geographical affiliation of individuals, for conservation or genetic improvement programs; 4. identify the most suitable crossbreeding for formation of compounds; 5. markers indicate the most discriminant. The biometric markers were used: shoulder height (AC), chest height (AP) ear length (CO), thorax depth (AC-AP) and indexes with two bodily measures. The morphological characteristics of known genetic inheritance were used for the presence or absence of reduced ears, horns, long hair, wattles, beard, roan color, brown eumelanin and eumelanic standard pigmentation. Biometric characters were sampled for 796 Brazilian and Moroccan goats. For phenotypic traits it was showed 21 different populations (n = 2938) goats in Brazil, Africa, Continental Europe, Mediterranean islands. The results for the morphological traits allowed grouped populations for its phenotypic similarities that for its history. The genetic distance for alelleque morphogical traits, applying the method developed by Nei (1972), was: least between goats from Saanen and Marota (0,0014), Boer and Azul (0,0069); and greatest between populations Sardinia and Nambi (0.5458). The SRD of Ceará and Piauí are similar to each other (D = 0,0532). In the dendrogram was the emergence of four branches. A composed exclusively of Nambi, the other goats in Sardinia and Malta. The third class was composed (83% of bootstrap) by exotic dairy breeds and the other ecotypes of Piauí. The fourth branch was formed by types Moroccan and other Mediterranean populations. The results (using the biometric measures) are in agreement with the historical and the geographical distribution of the populations. The junctions obtained in the dendrograms from the average Euclidean distance and e Mahalanobis of distance, is indicative of high similarity among dairy breeds of European and Drâa (Moroccan population). The cluster the Moroccan populations Zagora and Rhâali in the dendrograms denote that the geographical proximity of the two was more important than the relationship supposed between Drâa and Zagora populations. The goats Azul and SRD first grouped with the Zagora and Rhâali, and all those with the Anglo-Nubian and Boer. Nambi and Marota are types the part, Azul and SRD are next between itself . The inclusion of other genetic groups for comparative analysis, the use of more number markers and individuals will give greater accuracy in the study of genetic diversity. Through the analysis of principal components showed that the groups were partially consistent with the origin and history of populations. The spatial distribution of individuals, the main components, the genetic groups identified the most similar / dissimilar. Allowed, also show the degree of uniformity / imbalance between individuals within each population, therefore the type showed lower Blue standardization among the populations considered. / Os caprinos foram introduzidos no Brasil pelos colonizadores portugueses. Hoje é difícil identificar com exatidão a origem dos animais domésticos brasileiros, bem como se desconhece toda a extensão de sua diversidade. A conservação e o melhoramento genético de animais domésticos dependem da diversidade na espécie considerada. Os objetivos deste trabalho foram 1. comparar diferentes técnicas multivariadas no estudo da diversidade genética nter e intra as populações caprinas através de caracteres morfométricos; 2. caracterizar fenotipicamente as populações caprinas; 3. estabelecer agrupamentos segundo a filiação racial ou geográfica dos indivíduos, para programas de conservação ou melhoramento genético; 4. identificar os cruzamentos mais indicados para formação de compostos; 5. indicar os marcadores os mais discriminantes. Os marcadores biométricos utilizados foram: altura de cernelha (AC), altura da maçã do peito ao chão (AP), comprimento de orelha (CO), profundidade torácica (calculada pela diferença entre AC e AP) e índices entre duas medidas corporais. Os caracteres morfológicos de herança genética conhecida utilizados foram para a presença ou ausência de orelhas reduzidas, chifres, pêlos longos, brincos, barba, pelagem ruão, eumelanina marrom e padrão pigmentar eumelânico. Para caracteres biométricos foram amostradas 796 cabras brasileiras e marroquinas. Já para traços morfológicos amostrou-se 21 diferentes populações (n=2938) caprinas no Brasil, África, Europa continental e ilhas mediterrâneas. Os resultados para os traços morfológicos permitiram agrupar populações mais por suas similaridades fenotípicas que por seus históricos. As distâncias genéticas para freqüências alélicas de caracteres morfológicos segundo o método de Nei (1972) foram: as menores entre as cabras Saanen e Marota (0,0014); e Boer e Azul (0,0069); as maiores distâncias entre as populações Sardenha e Nambi (0,5458). As SRD do Ceará e Piauí são similares entre si (D=0,0532). No dendrograma houve o surgimento de quatro ramos. Um composto exclusivamente de Nambi, outro de cabras da Sardenha e Malta. O terceiro ramo foi composto (83% de bootstrap) pelas raças exóticas leiteiras e os demais ecótipos do Piauí. O quarto ramo foi formado pelos demais tipos marroquinos e demais populações mediterrâneas. Já os resultados com base nas medidas biométricas estão parcialmente de acordo com o histórico e a distribuição geográfica das populações. Com as junções obtidas nos dendrogramas a partir da distância Euclidiana média e da distância de Mahalanobis, há indicativos de alta similaridade entre as populações européias leiteiras e a população marroquina Drâa. O agrupamento das populações marroquinas Zagora e Rhâali nos dendrogramas denota que a proximidade geográfica de ambas foi mais importante que a suposta relação de parentesco entre as populações Zagora e Drâa. As cabras Azul e SRD agruparam primeiramente com as populações marroquinas Zagora e Rhâali e depois com as raças Anglo-nubiana e Boer. Nambi e Marota são tipos a parte, e Azul e SRD são as mais próximas entre si. A inclusão de outros grupos genéticos para análise comparativa, o emprego de maior número de marcadores e de indivíduos darão maior acurácia no estudo da diversidade genética. Por meio da análise de componentes principais observou-se que os agrupamentos foram parcialmente coerentes com a origem e histórico das populações. A distribuição espacial dos indivíduos, pelos componentes principais, permitiram identificar os grupos genéticos os mais similares/ dissimilares. Permitiu, ainda, visualizar o grau de uniformidade/ desuniformidade entre indivíduos dentro de cada população, portanto, o tipo Azul apresentou menor padronização dentre as populações consideradas.