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Diss. (sammanfattning) Uppsala : Sveriges lantbruksuniversitet, 2008. / Härtill 5 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Sveriges lantbruksuniv. / Härtill 5 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Sveriges lantbruksuniv. / Härtill 4 uppsatser.

Diss. (sammanfattning). Swedish University of Agricultural Sciences : Sveriges lantbruksuniv. / Härtill 5 uppsatser.

Made available in DSpace on 2014-10-09T12:44:40Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2014-10-09T13:57:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 07151.pdf: 11938144 bytes, checksum: de903224eb01dd0d5107eead6b34468a (MD5) / Tese (Doutoramento) / IPEN/T / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN/CNEN-SP

Submitted by Samuel Wallace Boer dos Santos (samuel_wallace_eu@hotmail.com) on 2018-10-05T12:41:08Z No. of bitstreams: 1 Dissertação (compacted).pdf: 1033432 bytes, checksum: 72856099afe05132396d596489c6971b (MD5) / Approved for entry into archive by Neli Silvia Pereira null (nelisps@fcav.unesp.br) on 2018-10-08T17:47:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 santos_swb_me_jabo.pdf: 1033432 bytes, checksum: 72856099afe05132396d596489c6971b (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-08T17:47:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 santos_swb_me_jabo.pdf: 1033432 bytes, checksum: 72856099afe05132396d596489c6971b (MD5) Previous issue date: 2018-07-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Características de eficiência alimentar estão diretamente associadas com a lucratividade e sustentabilidade da bovinocultura de corte. Conversão alimentar, consumo alimentar residual, consumo de matéria seca, eficiência alimentar e ganho em peso, são características importantes para a seleção de animais mais eficientes dentro de um sistema de produção, porém, com exceção do ganho em peso, as demais não vêm sendo consideradas como critérios de seleção devido à dificuldade de obtenção de fenótipos para as mesmas. Com o avanço nas tecnologias de genotipagem e sequenciamento, foram desenvolvidos chips de alta densidade de marcadores do tipo SNP (Single Nucleotide Polymorphism) espalhados pelo genoma. Estas informações moleculares vêm sendo utilizadas em estudos de associação genômica ampla (GWAS) e de seleção genômica (SG). Basicamente, o GWAS permite a identificação de variações genéticas de maior efeito sobre a expressão fenotípica de características de interesse, enquanto a SG visa a predição do valor genômico direto dos candidatos à seleção utilizando apenas a informação molecular, o que tem revolucionado o melhoramento genético por proporcionar a diminuição do intervalo de geração e o aumento da acurácia de predição dos valores genéticos dos animais. Assim sendo, os objetivos do presente trabalho foram: 1) encontrar regiões cromossômicas de maior efeito sobre características de eficiência alimentar em animais Nelore provenientes de dois programas de melhoramento (Instituto de Zootecnia - IZ e Nelore Qualitas), visando encontrar possíveis diferenças/semelhanças entre as populações; 2) avaliar a existência de genes candidatos comum às populações; e 3) avaliar a possibilidade e os benefícios de combinar estas duas populações Nelore em estudos de seleção genômica. Foram utilizadas informações fenotípicas e genotípicas de 1.137 animais do IZ e 817 animais do Qualitas. Os animais foram genotipados com painel de alta densidade (Illumina BovineHD chip) ou tiveram seus genótipos imputados para HD através do software FImpute. Após o controle de qualidade dos genótipos, permaneceram para análise 408.161 SNPs para o IZ e 428.621 SNPs para o Qualitas. O GWAS foi realizado para cada população individualmente, considerando a metodologia GBLUP. Modelos unicaracterísticos foram empregados nas análises, incluindo, além dos efeitos aleatórios de animal e resíduo, os efeitos sistemáticos de grupos de contemporâneos (GC), os quais foram definidos como: sexo, ano de nascimento e instalação (IZ) e ano do teste e baia (Qualitas). Para o IZ também foram incluídos, para todas as características, os efeitos fixos de mês de nascimento, e, como covariáveis, idade do animal (linear), idade da mãe (linear e quadrática) e os dois primeiros componentes principais (obtidos a partir da matriz G). O efeito quadrático da idade do animal foi incluído no modelo apenas para o consumo de matéria seca e ganho médio diário. Para o Qualitas, foi considerado, para todas as características, o efeito linear da idade do animal como covariável. No GWAS, foram encontradas algumas regiões cromossômicas de maior efeito para cada característica nas duas populações, porém, não foram encontradas regiões em comum. No estudo de seleção genômica (SG), foram utilizados dez diferentes abordagens e esquemas envolvendo as duas populações para comparar a acurácia de predição. Em geral, a combinação das populações pode gerar benefícios para a seleção genômica, porém, tais benefícios dependem da característica e do esquema de validação. / Feed efficiency traits are directly associated with the profitability and sustainability of beef cattle. Feed conversion rate, residual feed intake, dry matter intake, feed efficiency and average daily gain are important traits for the selection of more efficiency animals within a production system, but, except for weight gain, the others have not been considered as selection criteria due to the difficulty of obtaining phenotypes. With the advance in genotyping and sequencing technologies, high density chips of SNP (Single Nucleotide Polymorphism) have been developed. This molecular information has been used in genome-wide association (GWAS) and genomic selection (GS) studies. Basically, GWAS allows the identification of genetic variations with major effects on the phenotypic expression of traits of interest, while SG aims at the prediction of direct genomic value for the selection candidates using only their molecular information, which has revolutionized the animal breeding by providing a decrease in generation interval and increases in the prediction accuracies of breeding values. Thus, the objectives of the present study were to: 1) identify chromosomal regions with major effects on feed efficiency traits in animals from two Nellore breeding programs (Instituto de Zootecnia and Nellore Qualitas), in order to find possible differences/similarities between the populations; 2) evaluate the existence of candidate genes in common to populations; and 3) evaluate the possibility and benefits of combining these two Nellore populations in genomic selection studies. Phenotypic and genotypic information of 1,137 animals from IZ and 817 from Qualitas were used. The animals were genotyped with high density panel (Illumina BovineHD chip) or had their genotypes imputed to HD through the FImpute software. After quality control, remained for analysis 408,161 SNPs for IZ and 428.611 SNPs for Qualitas. The GWAS was performed for each population individually, considering the GBLUP methodology. Single-trait models were implemented in the analyzes, including, in addition to the random effects of animal and residual, the systematic effects of contemporary groups (CG), which were defined as: sex, year of birth and pen for the IZ, and year of test and pen for the Qualitas. For IZ, there were also considered, for all traits, the fixed effects of month of birth and, as covariable, age of animal (linear effect), age of dam (linear and quadratic effects) and the first two principal components (calculated based on the G matrix). For ADG and DMI, the quadratic effect of age of animal, as covariable, was added to the model. For Qualitas, it was also included in the model, for all traits, the linear effect of the animal age as covariable. In GWAS, some chromosomal regions of greater effect were found for each trait in both populations. However, no common regions were found. In GS, ten different approach and schemes involving the two Nellore populations were used to compare the accuracy of genomic prediction. In general, genomic predictions combining both populations are feasible, but, the benefits will depend on the trait and validation scheme. / CNPq: 132884/2016-0 / FAPESP: 2016/24228-9 / FAPESP: 2017/13411-0

Resumo: Na bovinocultura de leite, a alta contagem de células somáticas (CCS) é considerada indicativo da condição de mastite. A mastite ainda continua sendo a doença de maior prevalência em gado leiteiro, causando altos custos. Em rebanhos bufalinos no estado de São Paulo, a presença de mastite subclínica e clínica representam 1,5% e 18,77%, respectivamente, das búfalas em lactação. Isto pode levar à diminuição na produção e na qualidade do leite. Considerando-se que não é possível erradicar essa doença devido a sua origem ser multifatorial (fatores genéticos e ambientais), todos os esforços devem ser concentrados no sentido de manter sua prevalência a mais baixa possível. Assim sendo, o objetivo de nosso estudo foi estimar os parâmetros genéticos para a CCS e produção de leite e identificar polimorfismos nos genes B-defensina 1 e 4. Na estimação dos parâmetros genéticos para a CCS e produção de leite (P305) foram utilizadas 4.907 lactações de 1986 búfalas contidas no arquivo zootécnico mantido pelo Departamento de Zootecnia da Faculdade de Ciências Agrárias da UNESP de Jaboticabal, as quais foram analisadas por meio de inferência bayesiana em análises bicaracterística, empregou-se um modelo animal. Para a caracterização dos genes b-defensina 1 e 4 foram utilizadas amostras de DNA genômico de 132 búfalas de diferentes regiões do estado de São Paulo, empregou-se a técnica de PCR/RFLP (Reação em Cadeia da Polimerase/ Polimorfismo do Comprimento dos xiii Fragmentos de Restrição). As estimativas de herdabilidade da CCSt (h2=0.27) e da P305 (h2=0.25) foram... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In dairy cows, high-somatic cell count (CCS) in milk is considered indicative of the mastitis condition of the mammary gland. Mastitis, inflammation of the mammary glands of dairy animals both clinical and subclinical, results in significant economic losses because of lower milk yields and its degraded quality, early culling and loss of genetic potential, higher veterinary expenses and increased labour costs for a farmer. In buffaloes from São Paulo State, the presence of clinical and subclinical mastitis represent losses between 1,5% and 18,77% of dairy milk buffaloes. This fact causes a diminution of production in the milk quality, interfering in mozzarella production, which is to making utilizing this specie milk. We known that is not possible disappear this illness because their multifactorial source (genetics and environmental factors), all effort will be concentrated in the direction of to keep the prevalence as low that possible. Because the importance of the mastitis in animal dairy, in the last year increase the number of study of defensin genes, which are a group of multifunctional peptides, due to the role played by defensins in defending animals from bacterial, viral, or fungal infections, the genes encoding them seem to be potential markers of the genetically determined susceptibility (or resistance) of the mammary gland. Defensins are present not only in the mammary gland, but also in milk, as well as in leukocyte granules and in macrophages which constitute a part of milk cell population. The β-defensins are cationic peptides. It is a group of antimicrobiana peptides with antibiotic and cytotoxic activity against bacterium xv viruses and fungi. Interest in the β-defensins has grown substantially in recent years, because of their antimicrobiana properties and because... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Humberto Tonhati / Coorientadora: Janete Aparecida Desiderio Sena / Banca: Jeffery Frederico Lui / Banca: Fabio Ricardo Pablos de Souza / Banca: Antonio Roberto Otaviano / Banca:Lenira El Faro Zadra / Doutor

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-08-16T14:31:59Z No. of bitstreams: 1 Edivaldo Rosas.pdf: 659763 bytes, checksum: 489e95ded0734db81a8a937256c893d6 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-16T14:31:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Edivaldo Rosas.pdf: 659763 bytes, checksum: 489e95ded0734db81a8a937256c893d6 (MD5) Previous issue date: 2008-02-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The use of molecular biology in animal reproduction to identifying the sex genetic allows the producer has better reproductive planning, facilitating the coordination of actions aimed at rationalizing production and profitability. The objective of this study was to determine methods for the identification of the sex of the goats and sheep, using different concentrations of DNA (150, 100, 50, 1, 0.5, 0.2 and 0.1 ng) extracted from blood of both sexes, as a possibility for application in sexing embryos pre-implantating, sperm and animals pseudo-hermaphrodites. It was performed polymerase chain reaction (PCR) multiplex for the SRY gene (116bp) found in the Y chromosome, the gene for Aml-X (300pb) found on the X chromosome, in addition the sequences corresponding to genes ZFX / ZFY containing 445 and 447bp respectively. The use of these methods presented showed accuracy of 100% in samples of blood goat and sheep, in low concentrations, at least 0.2ng (SRY/Aml-X) and 1.0ng (SRY/ZFXZFY), which suggests the feasibility of the technique for determining sexual in these species. / A utilização de ferramentas moleculares na identificação do sexo genético permite ao produtor um melhor planejamento reprodutivo, elevando o valor dos animais avaliados e facilitando a coordenação de ações que visem racionalizar produção e lucratividade. Objetivou-se com o presente estudo determinar métodos que permitam a identificação do sexo genético das espécies caprina e ovina, utilizando diferentes concentrações de DNA (150, 100, 50, 1, 0,5, 0,2 e 0,1ng) extraído de sangue de ambos os sexos, como uma possibilidade de aplicação em exames embrionários pré-implantacionais, sexagem espermática e identificação do sexo em animais pseudo-hermafrotidas. Foram realizadas reações em cadeia da polimerase (PCR) multiplex para o gene SRY (116pb) encontrado no cromossomo Y, para o gene Aml-X (300pb) encontrado no cromossomo X, além das seqüências correspondentes aos genes ZFX/ZFY que contêm 445 e 447pb respectivamente. A utilização destes métodos apresentou acurácia de 100% nas amostras de sangue caprino e ovino, com eficiência em quantidades de DNA de até 0,2ng (SRY e Aml-X) e 1,0ng (SRY e ZFX/ZFY), o que sugere a viabilidade da técnica para determinação sexual embrionária destas espécies.

Made available in DSpace on 2014-10-09T12:44:40Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2014-10-09T13:57:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 07151.pdf: 11938144 bytes, checksum: de903224eb01dd0d5107eead6b34468a (MD5) / Tese (Doutoramento) / IPEN/T / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN/CNEN-SP