Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-10-18Bitstream added on 2014-06-13T18:29:25Z : No. of bitstreams: 1 tomazella_im_me_jabo.pdf: 1956408 bytes, checksum: e74110eecf03b6849e3577dfb0d203f0 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O processo de evolução cariotípica dos cervídeos a partir de um ancestral comum e hipotético, que possuía cariótipo com número diplóide e fundamental igual a 70, foi marcado por complexos rearranjos cromossômicos. Este cariótipo foi retido e pode ser encontrado na espécie Neotropical Mazama gouazoubira, que apresenta variação cromossômica e esta por sua vez, pode ser explicada pela fragilidade cromossômica. Este trabalho teve como finalidade identificar os cromossomos portadores de aberrações cromossômicas induzidas pela doxorrubicina, e localizar as regiões de quebras desses cromossomos. Foram analisados citogeneticamente 6 animais por meio da coloração convencional para a identificação e quantificação de 9 diferentes tipos de aberrações cromossômicas (anel, dicêntrico, gap cromatídico, gap cromossômico, quebra cromatídica, quebra cromossômica, forma trirradial, forma quadrirradial e rearranjo) e pelo bandamento G para a identificação precisa dos cromossomos portadores das aberrações e localização das regiões de quebras desses cromossomos. Os pares cromossômicos 1, 2, 4, 5, 6, 7, 15, 16 e o cromossomo sexual X apresentaram aberrações cromossômicas em todos os animais analisados. Entre os cromossomos que apresentaram aberrações cromossômicas, as regiões em que estas se concentraram com maior frequência foram as regiões mediana e distal em relação ao centrômero. Tais dados sugerem que estas regiões dos cromossomos podem estar mais suscetíveis à fragilidade cromossômica e consequentemente, poderiam estar envolvidas com a diferenciação cariotípica das espécies / The process of karyotype evolution of deer from a hypothetical common ancestor with diploid and fundamental numbers equal to 70 was characterized by complex chromosomal rearrangements. This ancestral karyotype was retained and it is considered to be standard for the current Neotropical species, Mazama gouazoubira. Several animals of this species, analyzed in different studies, showed karyotype variation that can be explained by chromosomal fragility. This study aimed to identify the chromosomes carrying doxorubicin-induced aberrations and to locate the regions of chromosome breaks (proximal, middle or distal). Six animals were analyzed by conventional staining for the identification and quantification of nine different types of chromosomal aberrations (ring, dicentric, chromatid gap, chromosomal gap, chromatid break, chromosomal break, triradials form, quadriradials form and rearrangements) and by G-banding for the precise identification of the chromosomes that carry aberrations and the regions where the breaks occur. The 1, 2, 4, 5, 6, 7, 15 and 16 chromosome pairs and the X sex chromosome showed chromosomal aberrations in all analyzed animals. Among all chromosomes that presented chromosomal aberrations, most of them were located in the middle and distal regions. These data suggest that the middle and distal regions of the chromosome may be more susceptible to chromosomal fragility and, consequently, could be involved in the karyotype differentiation of Mazama species

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-02Bitstream added on 2014-06-13T18:43:23Z : No. of bitstreams: 1 celestino_fma_dr_jabo.pdf: 1374304 bytes, checksum: 7550c94032b9f784eb1980b8abaaa6c0 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A suplementação de vitaminas e minerais pode melhorar a fertilidade do sêmen de suínos. No entanto, os resultados têm se mostrado contraditórios, pois as avaliações do sêmen normalmente são subjetivas. A avaliação mais precisa poderia ser obtida pela análise de transcritos relacionados a fertilidade dos espermatozoides. O objetivo do presente trabalho foi avaliar o efeito de suplementação intramuscular de vitaminas e minerais sobre a qualidade de sêmen e analisar a expressão de alguns transcritos pelo método de qPCR. Para tal, coletas de sêmen de nove machos foram avaliadas segundo a motilidade, concentração e resistência ao resfriamento e submetidas à extração do RNA. Após 60 dias, seis machos sofreram a aplicação de suplementos minerais-vitamínicos comerciais (Selenphós® e Zimag®). Outros três machos não receberam a suplementação e foram utilizados como controle. Os 60 dias foram considerados para respeitar o ciclo espermatogênico. Após este período, outras coletas de sêmen de cada macho foram realizadas e submetidas aos mesmos procedimentos. Os genes alvo escolhidos para acessar a qualidade dos espermatozoides foram: Bcl-2l que é um gene anti apoptótico; gene ativador da proteína de proteção ao choque térmico (HSP 90); gene da enzima peroxiredoxina 5, protetora contra danos oxidativos e gene inibidor da acrosina, relacionado a capacitação espermática. Os resultados mostraram aumento do número de dias em que as amostras de sêmen diluídas com diluente comercial, resfriadas a 15-18ºC, permaneciam com motilidade acima de 70% após a suplementação com vitaminas e minerais. A concentração dos espermatozoides e volume dos ejaculados, após a suplementação, também melhorou, atingindo taxas de 52 e 57%, respectivamente. Porém, os transcritos para os genes estudados não apresentaram diferença de expressão antes e depois do tratamento com as vitaminas e minerais / Vitamin and mineral supplementation could improve the swine semen fertility. However, the results, until now, are controversial because of the subjectivity of the analyses. A precise evaluation could be achieved by the analyses of the spermatozoa transcripts important for the boar fertility. The present work proposes to evaluate the effect of intramuscular vitamin and mineral supplementation on semen quality by analyzing some spermatozoa transcripts, using qPCR methodology. The semen collection of nine boars were evaluated for motility, concentration and resistance to cold, and then, submitted to RNA extraction. After this period, six of these boars received an intramuscular supplement of vitamins and minerals (Zimag® and Selenphos®). Another three animals did not receive the supplementation for control. After 60 days, other semen collections were done and submitted to the same processes of analyses and RNA extraction. The target genes to access spermatozoa quality was

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-26. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:59Z : No. of bitstreams: 1 000834610.pdf: 293273 bytes, checksum: f51e9e2ae4c1980ea4f071c64c0122ff (MD5) / Em programas de melhoramento de frangos de corte, as aves são selecionadas principalmente para características de desempenho e carcaça, acarretando em mudanças no tamanho, forma e função dos órgãos, o que implica em alterações fisiológicas importantes durante o desenvolvimento das aves. A seleção intensa dos frangos de corte resultou em problemas locomotores, diminuição da resistência óssea dos animais e aumento da mortalidade. Com isso, técnicas de biologia molecular podem ser utilizadas na seleção assistida por marcadores com o intuito de identificar genes candidatos para auxiliar no processo de seleção de características relacionadas às desordens ósseas. Os objetivos do presente trabalho foram estimar os parâmetros genéticos para características relacionadas à integridade óssea do fêmur e peso aos 42 dias de idade e estudar as associações dos genes RUNX2 (Runt-related transcription factor 2) e TNFSF11 (Tumor necrosis fator (ligand) superfamily, member 11) com características de importância econômica em frangos de corte no intuito de fornecer suporte para o programa de melhoramento genético de aves e direcionar o processo de seleção visando a redução dos problemas relacionadas às desordens ósseas. Estimativas de parâmetros genéticos, fenotípicos e ambientais foram obtidas para características associadas à integridade óssea do fêmur e peso aos 42 dias de idade (P42) pelo método de máxima verossimilhança restrita utilizando modelo animal multicaracterística, com efeito fixo de grupo (sexo e incubação) e os efeitos aleatórios genéticos aditivos e residuais. Análises de associações genéticas entre o SNP g.57.397A>G (RUNX2) e SNP g.14.614A>G (TNFSF11) com características de desempenho, composição de carcaça, órgãos e integridade óssea do fêmur foram realizadas com o propósito de avaliar os efeitos desses polimorfismos sobre esse grupo de características, por ... / In the broiler breeding programs, the broilers are selected primarily for performance and carcass traits, resulting in changes in the size, shape and function of organs which implies important physiological changes during the development of the broilers. Intense selection of broilers resulted in locomotors problems, decreased bone strength of animals and increased mortality. Thus, molecular screening techniques began to be used in order to identify candidate genes to assist in the selection of related traits to bone disorders. The objective of this study was estimate genetic parameters for traits related to femoral integrity bone and weight at 42 days and association study of RUNX2 (Runt-related transcription factor 2) and TNFSF11 (Tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 11) genes with economical traits in broilers in order to provide support for the broiler breeding program and direct the selection process to reduce problems related to bone disorders. Estimates of genetic parameters were obtained for traits associated with the femur bone integrity and weight at 42 days of age by the restricted maximum likelihood method using multi-trait animal model with the fixed group effect (sex and incubation), and the random effects and additives residuals. The investigation of polymorphisms in association RUNX2 genes and TNFSF11 and the association study of polymorphisms found and their respective SNPs (Nucleotide single polymorphism) of RUNX2 genes (SNP g.57.397A>G) and TNFSF11 (SNP g.14.614A> g) with the performance, carcass composition, parts and femoral bone integrity in order to evaluate the effects of these polymorphisms about this group of traits to maximum likelihood method. We used the TT reference population database with about 1,500 broilers belonging to Embrapa Swine and Poultry Breeding Program in Concordia/SC, Brazil. Heritability coefficients estimated for weight at 42 days of age (W42) and the related traits to ...

Made available in DSpace on 2015-08-20T17:09:40Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-10. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-20T17:26:41Z : No. of bitstreams: 1 000843813.pdf: 1500567 bytes, checksum: 2816e72bf804aaefb588c0028a1aa523 (MD5) / Para o crescimento placentário e a nutrição fetal, altas taxas de crescimento e diferenciação celular são necessárias para um balanço adequado entre proliferação e morte celular das células placentárias. Estas células possuem propriedades específicas em relação a suas funções metabólicas, endócrinas e angiogênicas, sendo fundamentais para o desenvolvimento do concepto ao longo da prenhez. Neste estudo, foi avaliada a ocorrência de proliferação celular em placentônios provenientes de conceptos bovinos transgênicos clonados (n=5) e de inseminação artificial (IA) (n=18), nos períodos de 60 e 90 dias de gestação, que tiveram seu desenvolvimento interrompido e houve a recuperação do útero gestante. As amostras de placentônio foram recortadas e fixadas em solução aquosa de paraformoldeído a 4% em tampão fosfato de sódio (PBS) a 0,1M pH 7.4, para verificação da morfologia, e realização da técnica de imuno-histoquímica. Os resultados obtidos foram comparados entre bovinos clonados transgênicos e de IA. Em todos os grupos e períodos gestacionais, o epitélio fetal apresentou marcação positiva para proliferação celular. Aos 60 dias a marcação positiva no epitélio uterino das gestações manipuladas foi pouco evidente em relação às de gestações naturais. Por sua vez aos 90 dias a imunorreatividade dos placentônios dos conceptos clonados, foi muito intensa não só no epitélio, mas também no tecido conjuntivo fetal, fato não observado na gestação natural, onde a reação positiva foi pouco evidente no tecido conjuntivo fetal. Neste estudo foi demonstrado um possível desequilíbrio nos padrões de proliferação celular nos conceptos bovinos clonados transgênicos, pois no início da gestação (60 dias) apresentaram menor atividade proliferativa e aos 90 dias um aumento, podendo ser este fato um dos fatores que levam às anormalidades placentárias. Desse modo os resultados da verificação.. / For the placental growth and fetal nutrition, high rates of growth and differentiation are necessary for a proper balance between proliferation and cell death of placental cells. These cells have specific properties in relation to its metabolic, endocrine and angiogenic function and they are fundamental to the development of the fetus throughout pregnancy. In this study, the occurrence of cell proliferation was assessed in placentomes by cloned transgenic bovine conceptuses (n=5) and by artificial insemination (AI), in the 60 and 90 days of gestation, and they development were interrupted and recovering the pregnant uterus. The samples were cut and fixed in paraformaldehyde 4% aqueous solution in sodium phosphate buffer (PBS) 0.1M at pH 7.4, for verification of the morphology and performing immunohistochemistry. The results were compared with bovine cloned and AI. The reults obtained were compared between transgenic cloned bovine conceptuses and AI. In all groups and gestational periods, the fetal epithelium presents positive labeling to cell proliferation. In 60 days gestation the positive labeling of the manipulated gestations was less evident in relation to the natural gestations. On the other hand, in 90 days gestation the immunoreactivity of the placentomes of the cloned conceptuses was more intense, not just in the epithelium, but also in the fetal connective tissue, fact not observed in the natural gestation, were the positive reaction was less evident in the fetal connective tissue. In this study was noted a possible imbalance in the patterns of the cell proliferation in the transgenic cloned bovine conceptuses, because in the early gestation (60 days) they presented a lesser proliferative activity, and in the 90 days a increase, may be this fact one of the factors leading to placental abnormalities. Therefore, the results of verification of cell proliferation and understanding are important for the understanding of possible fails...

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-04-23Bitstream added on 2015-01-26T13:30:32Z : No. of bitstreams: 1 000797009.pdf: 866532 bytes, checksum: b5f097eddd5228ec546977ffbbc583aa (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Populações pequenas são mais susceptíveis aos efeitos causados por deriva genética e endocruzamento o que, geralmente, está associado à perda de variabilidade genética. Baixos níveis de diversidade genética podem resultar em drásticas consequências nos indivíduos, como alterações nas taxas de fertilidade e capacidade de se adaptar a mudanças ambientais. Embora estes fatores possam elevar o risco de extinção, o fluxo gênico pode balancear estes efeitos, mantendo a variabilidade genética e diminuindo a divergência entre populações. Deste modo, conhecer as características genéticas intra e interpopulacionais é essencial quando se trata da conservação de espécies ameaçadas. Marcadores moleculares, como microssatélites e SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), são importantes ferramentas para acessar níveis de variabilidade genética e padrões de fluxo gênico em populações e vêm sendo amplamente utilizados em espécies alvo de programas de conservação. O bicudinho-do-brejo-paulista (Formicivora paludicola) é uma pequena ave restrita a brejos da Mata Atlântica que foi recentemente descrita na região metropolitana da cidade de São Paulo. Ocorre em 15 localidades isoladas situadas nas bacias do Alto Tietê e do rio Paraíba do Sul e, especialmente devido à destruição do seu hábitat, já está classificada como “Criticamente em Perigo” no estado de São Paulo. Ações prioritárias para a conservação da espécie incluem estudos genéticos para estabelecer o monitoramento e o manejo das populações naturais. Visto isso, o presente trabalho teve como objetivo avaliar os níveis de variabilidade genética e os padrões de fluxo gênico de duas populações de bicudinho-do-brejo-paulista, visando fornecer subsídios para futuras estratégias de conservação a serem desenvolvidas para a espécie. Para tanto, foram analisados 9 loci de microssatélites espécie-específicos e ... / Small populations are more susceptible to genetic drift and inbreeding effects which, generally, can be associated to loss of genetic variability. Low levels of genetic diversity can result in severe effects in the individuals, as fertility alterations and capability of adaption to environmental changes. Although these factors can, in turn, increase the risk of extinction, gene flow may balance these effects, maintaining the genetic variability and reducing genetic divergences among populations. Therefore, it is essential to understand intra and inter population genetic data, in order to conserve threatened species. Molecular markers, such as microsatellites and SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), are reliable tools for assessing levels of genetic variability and patterns of gene flow in populations and have been widely used to analyze target species on conservation programs. The São Paulo marsh antwren (Formicivora paludicola) is a small bird restricted to marshes of Atlantic Forest that was recently described in the metropolitan region of São Paulo city. It occurs in 15 isolated localities spread on High Tietê and Paraíba do Sul River basins and, especially due to its habitat destruction, it is already considered as Critically Endangered in São Paulo State. Priorities actions for this species' conservation include genetic studies to establish the monitoring and management of natural populations. Therefore, the present study aimed to evaluate the genetic variability levels and the gene flow patterns of two populations of F. paludicola in order to support future conservation strategies for the species. As so, we analyzed 9 species-specific microsatellite loci and 8 additional heterologous loci, and also 1.227 SNPs loci that were developed by a RAD-seq (Restriction-site Associated DNA sequencing) approach. A total of 44 animals were collected in two marsh areas near Mogi das Cruzes city (MC) (N = 26) and Salesópolis city (SL) ... / FAPESP: 12/09105-7

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-09-11Bitstream added on 2015-03-03T12:07:17Z : No. of bitstreams: 1 000811067.pdf: 431259 bytes, checksum: 206c446cb69b7b8e503762b00534df55 (MD5) / O objetivo desta pesquisa foi identificar, por meio da utilização e análise de painéis de genotipagem de SNPs de alta densidade e da aplicação das estatísticas homozigose relativa do haplótipo estendido (REHH), uma extensão da análise EHH, e índice de fixação (FST), regiões do genoma selecionadas na linhagem de trabalho da raça Quarto de Milha de forma divergente em relação à de corrida. Foram utilizados 188 cavalos de ambos os sexos, nascidos entre 1985 e 2009, registrados na Associação Brasileira de Criadores de Cavalo Quarto de Milha (ABQM), sendo 68 da linhagem de trabalho e 120 da de corrida. A partir de 36 regiões do genoma, consideradas assinaturas de seleção por ambas as estatísticas utilizadas, foi feita a anotação funcional de genes a fim de identificar aqueles que possam ter sido importantes ao longo do processo de formação da linhagem de trabalho. Quarenta e cinco genes foram identificados em processos biológicos relacionados aos sistemas muscular, esquelético, cardiovascular, respiratório e nervoso, neurotransmissão, metabolismo energético muscular, atividade motora, visão, audição, e função cognitiva. Os genes relacionados aos últimos quatro processos, merecem destaque pelo fato de que, em confluência, podem estar relacionados ao cow sense ou habilidade de apartação, característica de grande importância para a utilização do equino no manejo de bovinos de corte / The objective of this study was to identify genomic regions selected in cutting line of Quarter Horses divergently in relation to racing line using high-density SNP genotyping arrays and the relative extended haplotype homozygosity (REHH) test, an extension of EHH analysis, and the fixation index (FST) as statistical methods. A total of 188 horses of both sexes, born between 1985 and 2009 and registered with the Brazilian Association of Quarter Horse Breeders (ABQM), were used. Of these, 68 horses were from the cutting line and 120 from the racing line. On the basis of 36 genomic regions classified as selection signatures by the two statistical methods, functional annotation of genes was performed in order to identify those that might have been important during formation of the cutting line. Forty-five genes were found to be involved in biological processes related to the muscle, skeletal, cardiovascular, respiratory and nervous systems, neurotransmission, muscle energy metabolism, motor activity, vision, hearing, and cognitive function. The genes related to the last four processes are particularly interesting because these genes together may be involved in cow sense or cutting ability, an important characteristic for the management of beef cattle

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-30. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:14Z : No. of bitstreams: 1 000868604.pdf: 7511265 bytes, checksum: 93f9743b585a8a25ab439536efae28dd (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Até poucas décadas atrás, a captura de tubarões era considerada apenas como incidental e sem efeitos significativos para as suas populações. No entanto, principalmente devido ao grande aumento no valor das nadadeiras e ao declínio das populações de peixes mais tradicionais para o consumo humano, os tubarões passaram a serem alvos das pescarias em praticamente todo o mundo. Destes, o tubarão galha-branca Carcharhinus longimanus apresenta fortes sinais de esgotamento populacional, estando listado atualmente como globalmente Vulnerável na Lista Vermelha de Espécies Ameaçadas da União Internacional para a Conservação da Natureza. Entre os parâmetros básicos para a definição de planos de conservação eficientes, a aquisição de conhecimentos sobre a estrutura genética populacional das espécies é um passo fundamental para o estabelecimento de políticas de conservação eficazes. Dessa maneira, considerando a urgente necessidade de ações para a preservação de diversas espécies de elasmobrânquios e o ainda o restrito conhecimento a respeito de sua biodiversidade e distribuição, sobretudo de seu ponto de vista molecular, este estudo teve como objetivo caracterizar a estrutura genética populacional do tubarão galha-branca Carcharhinus longimanus no Oceano Atlântico e em regiões do Oceano Índico, utilizando sequencias nucleotídicas da região controladora do DNA mitocondrial (D-loop). A partir de 215 espécimes de C. longimanus, foram obtidos 724 pares de bases analisáveis, identificando nove sítios polimórficos que resultaram em 12 haplótipos distintos. A diversidade nucleotídica total foi de π = 0.0013 e a diversidade haplotípica de h = 0.5953. Estes resultados mostram uma variabilidade genética ligeiramente abaixo da média observada entre outras espécies de tubarões pelágicos. A análise de variância molecular (AMOVA) evidenciou níveis moderados de estrutura populacional (FST = 0.1039, P<0.001)... / Until few decades ago, shark catching was considered to be only incidental and with no significant effects on their populations. However, the great increase in the fins market value combined with declining levels of traditional fish population for human consumption, sharks have become targets of the fisheries worldwide. Among these, the whitetip shark Carcharhinus longimanus shows strong signs of population depletion, and is currently listed as globally Vulnerable according to the Red List of Threatened Species of the International Union for Conservation of Nature. Regarding conservation plans, acquiring knowledge about the population genetic structure of the species is a fundamental step towards establishing effective conservation policies. Considering the limited information about population dynamics of the oceanic whitetip shark, were used partial sequences of the mitochondrial DNA (mtDNA) control region to determine its population genetic structure across the Atlantic Ocean and the Indian Ocean. Were sampled 215 specimens of C. longimanus and obtained 724 base pairs (bp), identifying nine polymorphic sites, which resulted in 12 distinct haplotypes. The total nucleotide diversity was π = 0.0013 and haplotype diversity h = 0.5953. These results show a genetic variability slightly below the observed average among other species of pelagic sharks. The Analysis of Molecular Variance (AMOVA) evidenced moderate levels of population structure (FST = 0.1039, P<0.001) with restriction of gene flow between the Western and Eastern Atlantic Ocean with a strong relationship of this latter with the Indian Ocean. Thus, for the expansion of conservation plans of the species, also for the maintenance of their genetic stocks, should be considered at least two populations in the Atlantic Ocean and more attention to areas where the greatest genetic diversity indexes were found. As the acquisition of information about the environmental causes that are...

Orientador: José Maurício Barbanti Duarte / Coorientador: Vanessa Veltrini Abril / Banca: Jeffrey Frederico Lui / Banca: Diogo Cavalcanti Cabral de Mello / Resumo: As espécies Mazama gouazoubira e Mazama nemorivaga, por muito tempo trouxeram dúvidas quanto à sua classificação e atualmente são descritas como espécies diferentes. A constituição cariotípica de M. gouazoubira (2n=70 e NF=70) é similar à de M. nemorivaga (2n=67 a 69 e NF=69 a 72), o que as difere são o número de cromossomos B e o cromossomo X. O objetivo deste trabalho foi analisar as diferenças cariotípicas, identificando os rearranjos cromossômicos que diferenciaram as espécies. Amostras de sangue e pele foram coletadas de 23 animais (15 M. gouazoubira e 08 M. nemorivaga) e as preparações cromossômicas foram submetidas aos bandamentos (C, G e coloração Ag-RON) e a hibridização in situ fluorescente. Dos 15 M. gouazoubira 02 foram variantes e dos 8 M. nemorivaga 4 foram variantes. A banda C mostrou que nas duas espécies as regiões centroméricas e pericentroméricas de todos os cromossomos são heterocromáticas, exceto o Y que é eucromático. As regiões organizadoras do nucléolo ativas foram localizadas nos mesmos pares cromossômicos (1 e 2) nas duas espécies. Sinais teloméricos foram localizados nas extremidades de todos os cromossomos e na região mediana do X nas duas espécies foi detectado um sinal telomérico intersticial. Os machos M. nemorivaga apresentaram um cromossomo sem par homólogo a metade distal do braço q do cromossomo X. A pintura cromossômica mostrou total homeologia da sonda do cromossomo X de M. gouazoubira com o braço p e com a metade proximal do braço q do X de M. nemorivaga. A metade distal do cromossomo X não apresentou sinal de hibridização e foi originada por uma fusão em tandem de um autossomo acrocêntrico, diferenciando o sistema sexual de M. nemorivaga / Abstract: The taxonomic classification of Mazama gouazoubira and Mazama nemorivaga has been uncertain, but nowadays they are described as distinct species. The standard karyotype constitution of M. gouazoubira (2n=70 and FN=70) is similar to M. nemorivaga (2n=68 and FN=70) and the differences between them are the number of B chromosomes and the morphology of X chromosome. This study aimed to analyze the karyotypic differences between M. gouazoubira and M. nemorivaga species identifying the chromosomal rearrangements that distinguished them. Blood and skin samples were collected from 23 animals (15 M. gouazoubira and 08 M. nemorivaga) and chromosomal preparations were submitted to G and C banding, Ag-NOR staining and to fluorescent hybridization in situ. From 15 M. gouazoubira analyzed here, two of them showed variants karyotypes while from eight M. nemorivaga, 4 of them were variants. The analysis of C-bands showed all centromeric and pericetromeric regions were heterochromatic, except the Y chromosome. In both species the actives nucleolar organizer regions were observed in the terminal position of chromosome pairs 1 and 2. The telomeric sites were located at all the chromosomes ends and at the half of X-chromosome q arm in both species. The males of M. nemorivaga showed one acrocentric chromosome without its corresponding pair, but it was homologous to distal half of q arm of X-chromosome. The chromosome painting analysis showed total homeology of the X-chromosome M. gouazoubira probe with the whole p arm and proximal half of q arm of X-chromosome from M. nemorivaga. The distal half of X-chromosome did not show hybridization signal and it was originated by tandem fusion of a small acrocentric, resulting in a different sexual system for M. nemorivaga / Mestre

Oligoryzomys é o gênero mais especioso da tribo Oryzomyini e está amplamente distribuído na região Neotropical. O objetivo deste trabalho é contribuir para a citotaxonomia e investigar a evolução cromossômica no gênero. Foram analisados 117 exemplares pertencentes às espécies: O. flavescens (2n=64-66, NF=66), O. fornesi (2n=62, NF=64), O. microtis (2n=64, NF=64), O. moojeni (2n=70, NF=72), O. nigripes (2n=62, NF=78-82), O. stramineus (2n=52, NF=68) e Oligoryzomys sp. A (2n=70, NF=72). As seis primeiras possuem cariótipos espécie-específicos e, dessa forma, reiteramos a importância da informação citogenética para a citotaxonomia. A pintura cromossômica comparativa (Zoo-FISH) com sondas de O. moojeni revelou hibridação em 29 segmentos autossômicos em O. fornesi; 30 em O. microtis; 31 em O. nigripes; e 32 em O. rupestris e Oligoryzomys sp. 2. Os resultados mostraram uma extensa reorganização genômica na evolução cromossômica do gênero, decorrente de fissões, fusões em tandem, rearranjos Robertsonianos e perda/inativação, surgimento ou reposicionamento de centrômero. / Oligoryzomys is the most specious genus within the tribe Oryzomyini and it is distributed throughout Neotropical region. This work aims to contribute to citotaxonomy and to investigate the chromosomal evolution of the genus. A total of 117 individuals were cytogenetically analysed, and they belong to the species: O. flavescens (2n=64-66, FN=66), O. fornesi (2n=62, FN=64), O. microtis (2n=64, FN=64), O. moojeni (2n=70, FN=72), O. nigripes (2n=62, FN=78-82), O. stramineus (2n=52, FN=68), and Oligoryzomys sp. A (2n=70, FN=72). The first six species possess species-specific karyotypes, and therefore we emphasize the importance of cytogenetic studies for citotaxonomy. Comparative chromosome painting (Zoo-FISH) with O. moojeni probes hybridized to 29 segments on metaphases of O. fornesi, 30 on O. microtis, 31 on O. nigripes, and 32 on O. rupestris and Oligoryzomys sp. 2. The results showed an extensive genomic reshuffling, due to fissions, tandem and Robertsonian fusions, loss/inactivation or repositioning of centromeres.

The power of microsatellite markers lies in their ability to identify. Whether it is the identification of genes and associating them with known phenotypes or identifying and discerning individuals from one another, the role they play in the genetic field has been immense. Parentage testing of horses today is done via molecular means as opposed to serology. Microsatellite marker panels are decided upon by bodies such as the International Society for Animal Genetics (ISAG) in order to uphold international genotyping standards. The current horse microsatellite marker panel is not fully characterized and many markers are amplified by primers originally designed for linkage studies and were never intended for multiplex PCR analysis. The aim of this study was to refine and validate the current marker panel used for horses through sequencing of the repeat elements and flanking regions as well as the design of new primers for the setup of a marker panel incorporating more microsatellites and better primers. Sequencing of microsatellite flanking regions revealed that much variation lies within the regions flanking a microsatellite repeat element. Sequencing of the repeat element showed that not all markers are simple repeats, as was previously thought. The primers used to amplify microsatellite markers for horses were re-designed in the course of this study, utilizing knowledge gained from flanking region variation and repeat element length. New primers and known allele sizes allowed for the implementation of a nomenclature system in horses based on repeat element length as opposed to alphabet letters. By incorporating more markers into the panel it was hoped that a greater discriminatory power would be achieved. Measures of genetic diversity such as Observed Heterozygosity and Polymorphism Information Content showed negligible differences between the two panels however genotyping data from the old ISAG panel of nine markers showed that the probability of excluding an individual in a parentage test was better when using more markers. / Dissertation (MSc)--University of Pretoria, 2010. / Production Animal Studies / unrestricted