Le virus Nipah (NiV) est un paramyxovirus zoonotique du genre Henipavirus, qui a émergé en 1998. NiV infecte l'homme et cause des troubles respiratoires et des encéphalites avec une forte létalité. A l’inverse, chez les hôtes naturels de NiV, les chauves-souris de la famille des Pteropodidae, l’infection est asymptomatique. Cependant, les mécanismes permettant aux Pteropodidae de contrôler l’infection sont inconnus à ce jour. NiV produit des protéines non structurales, V, W et C, qui sont des facteurs de virulence. V, W et C inhibent les voies de l’interféron de type 1. De plus, la protéine W inhibe la production de chimiokines in vitro et module la réponse inflammatoire in vivo, mais son mécanisme d’action reste inconnu. La voie NF-κB étant le principal régulateur de la réponse inflammatoire, nous avons émis l’hypothèse que W pourrait moduler la voie NF-κB. Nous avons démontré que la protéine W inhibe l'activation de la voie canonique de NF-κB induite par TNFα et IL-1β, effet pour lequel sa région C-terminale spécifique est nécessaire. Nous avons également identifié quels signaux d’import et d’export nucléaires de W sont nécessaires à son effet inhibiteur et ainsi mis en évidence l’importance du trafic nucléo-cytoplasmique de W pour l’inhibition de NF-κB. L’étude des interactions de W avec les protéines cellulaires nous a permis d’identifier un partenaire prometteur connu pour son rôle dans le rétrocontrôle négatif de NF-κB. Enfin, le rôle de W dans l'inhibition de la voie NF-κB a été démontré pendant l'infection par NiV. Les résultats obtenus ouvrent la voie à la compréhension du mécanisme par lequel W module la réponse inflammatoire. Finalement, afin de mieux comprendre le contrôle de l’infection de NiV par son hôte naturel, nous avons généré des lignées cellulaires primaires et immortalisées de chauve-souris Pteropus giganteus. Ces cellules devraient permettre de mieux comprendre les mécanismes par lesquels ces chauves-souris contrôlent l’infection virale. / Nipah virus (NiV), from Henipavirus genus, is a zoonotic paramyxovirus, which emerged in 1998. In humans, it causes acute respiratory distress and encephalitis with a high lethality. Conversely, the natural hosts of NiV, bats from the Pteropodidae family, are asymptomatic. The mechanisms by which the Pteropodidae control infection are unknown to date. NiV produces non-structural proteins, V, W and C, which are virulence factors. V, W and C inhibit the type 1 interferon pathways. Moreover, W inhibits the production of chemokines in vitro and modulates the inflammatory response in vivo, but its mechanism remains unknown. The NF-κB pathway being the main regulator of the inflammatory response, we hypothesized that W could modulate the NF-κB pathway. We demonstrated that protein W inhibits the activation of the NF-κB canonical pathway induced by TNFα and IL-1β. The specific C-terminal region of W is necessary for this effect. We have also identified which nuclear import and export signals of W are necessary for its inhibitory effect and thus highlight the importance of the nucleo-cytoplasmic trafficking of W for the inhibition of NF-κB. The study of the interactions of W with the cellular proteins allowed us to identify a promising partner known for its role in the negative feedback of NF-κB. Finally, the role of W in the inhibition of the NF-κB pathway was demonstrated during the infection with NiV. The results obtained open the way to understanding the mechanism by which W modulates the inflammatory response. Finally, to better understand the control of the infection of NiV by its natural host, we generated primary and immortalized cell lines of Pteropus giganteus bat. These cells should provide a better understanding of the mechanisms by which these bats control viral infection.

The fragmentation of the landscape provides, among others, the occurrence of edge habitats, implying different responses of bats in this condition. We aimed in this study to analyze the community structure of bats in edge and interior of forest environments and to characterize the activity of frugivorous species in an Atlantic Forest fragment of Sergipe, northeastern Brazil. The study was done at Refúgio de Vida Silvestre Mata do Junco (RVSMJ), municipality of Capela. The sampling occurred between November 2012 and October 2013, with monthly samples in the edge and inside the forest in two areas for three consecutive nights in each area between 1800 to 2400 p.m., using ten mist nets. With a sampling effort of 116,640 h.m² we captured 96 bats belonging to 12 species, of which Lophostoma brasiliense and Micronycteris schmidtorum represent new records to the RVSMJ and Atlantic Forest area in Sergipe. The parameters of richness, abundance and diversity did not show differences between the edge and interior. However the species composition differed between these environments and the bats had different edge-sensitivity, indicating that bats are affected by the formation of edge in the locality. Regarding the activity, the species were already active in the first hour of sampling and remained in continuous activity during the sample period. There was a high temporal overlap in activity between A. lituratus and D. cinerea (Øjk = 0,813) and between C. perspicillata and D. cinerea (Øjk = 0,734). The temporal activity pattern of the bat community at the RVSMJ showed relatively common characteristics to the activity of fruit bats, but the absence of differences between schedules and between species activities can be a reflex of the small sample size. / A fragmentação da paisagem proporciona, entre outros, a ocorrência de borda nos habitats, inferindo em respostas diferenciadas dos morcegos a essa condição. O presente estudo analisou a estrutura da comunidade de morcegos em ambientes de borda e interior e caracterizou a atividade das espécies frugívoras em um fragmento de Mata Atlântica de Sergipe, no nordeste brasileiro. O estudo foi realizado no Refúgio de Vida Silvestre Mata do Junco (RVSMJ), município de Capela. As coletas ocorreram entre novembro de 2012 a outubro de 2013, sendo amostrados mensalmente a borda e o interior da mata em duas áreas na localidade, durante três noites consecutivas em cada área entre as 18:00 e 24:00 hs, utilizando-se dez redes de neblina. Com um esforço amostral de 116.640 h.m² foram capturados 96 morcegos pertencentes a 12 espécies, das quais Lophostoma brasiliense e Micronycteris schmidtorum correspondem a novos registros para o RVSMJ e para área de Mata Atlântica em Sergipe. Os parâmetros de riqueza, abundância e diversidade não exibiram diferenças entre a borda e o interior. No entanto, a composição de espécies diferiu entre esses ambientes e os representantes deste grupo apresentaram distintas sensibilidades à borda, indicando que os morcegos são afetados pela formação de bordas na localidade. Com relação à atividade, as espécies foram ativas já na primeira hora de coleta e permaneceram com a atividade contínua durante o período amostrado. Houve uma alta sobreposição no padrão de atividade entre A. lituratus e D. cinerea (Øjk = 0,813) e entre C. perspicillata e D. cinerea (Øjk = 0,734). O padrão de atividade da quiropterofauna do RVSMJ apresentou características relativamente comuns à relatada para morcegos frugívoros, porém a ausência de diferenças entre os horários e entre a atividade das espécies pode ser reflexo do baixo número amostral.

Orientador: Paulo Roberto Guimarães Júnior / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-18T07:48:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marquitti_FlaviaMariaDarcie_M.pdf: 1225354 bytes, checksum: 120811efd17809715c9eb6454a6b9c34 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Os mutualismos são interações importantes do ponto de vista ecológico e evolutivo, uma vez que influenciam a sobrevivência de diversos organismos, podendo determinar a organização da comunidade. Dada a importância ecológica e evolutiva das interações mutualísticas, é importante estudar quais fatores influenciam a sua organização. Como organismos aparentados compartilham características fenotípicas similares, é comum que espécies filogeneticamente próximas interajam com um conjunto de espécies similar, levando a um padrão conhecido por conservação filogenética do nicho. Apesar de este padrão ocorrer com frequencia, condições bióticas e abióticas locais podem levar à variação geográfica nas interações. A presença ou ausência de potenciais parceiros mutualísticos também podem alterar o padrão local de interações de uma espécie. Estudando interações entre morcegos frugívoros e plantas, investiguei como os padrões de interação de espécies em dez redes mutualísticas variavam conforme a distribuição geográfica. Nesse sentido, duas hipóteses principais guiaram este trabalho: a hipótese da conservação de nicho das interações e a hipótese da variação geográfica das interações. Caracterizei o padrão de interação das espécies de morcegos nas redes por meio de diferentes métricas usadas no estudo de redes ecológicas. Analisei a conservação de nicho das interações e a variação geográfica de espécies de morcego que ocorreram em um maior número de redes. Espécies filogeneticamente próximas não tenderam a apresentar padrões de interação mais parecidos entre si. Algumas das espécies mais frequentes apresentaram características dos padrões de interação em gradiente ou mosaico ao longo de sua distribuição geográfica. Estes resultados evidenciam que algumas características do padrão de interação de morcegos frugívoros, como grau de generalismo e o grau padronizado dentro do módulo são conservadas pela filogenia. No entanto algumas espécies apresentaram o grau de generalismo e o papel em relação aos módulos da rede variando ao longo da geografia, seguindo previsões da teoria do mosaico geográfico coevolutivo / Abstract: Mutualisms are important interactions to ecology and evolution because they affect the survivorship of many organisms and may shape community organization. Therefore, it is important to study which factors affect their organization. As related organisms share similar phenotypic traits, it is common that close phylogenetic species interact with a similar set of species, resulting in a pattern known as phylogenetic niche conservatism. Although this pattern frequently occurs, biotic and abiotic local conditions may lead to geographic variation of the interactions. The presence or absence of potential mutualistic partners may also change local interactions of a species. I studied interactions between frugivorous bats and plants and I investigated how species interactions patterns varied geographically across ten mutualistic networks. Two main hypotheses guided this work: the interaction niche conservatism hypothesis and the geographical variation hypothesis. I delineated the interaction patterns of bat species in the networks through different metrics used in ecological network studies. I analyzed the niche conservatism and geographical variation of bat species which occurred frequently in the networks. Related species did not tend to have similar patterns of interaction. Within their geographical range, some species vary markedly in their patterns of interaction and this variation often occurs as mosaics or, less frequently, as gradients. These results point out that some patterns of interaction of frugivorous bats, as the specialization degree and the standardized within-module degree, are conserved by phylogeny. However, some species showed variations through geography both in the specialization degree and in their role regarding the network modules, leading to a geographic mosaic of coevolution with potential implications to ecology and coevolution / Mestrado / Ecologia / Mestre em Ecologia

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Caatinga is the only endemic Brazilian biome, and covers part of eight Brazilian states, mainly in the Northeast, with a total area of 735,000 km2. Its principal characteristics include a high mean annual temperatures and evapotranspiration, and a low annual precipitation, between approximately 240 mm and 1500 mm, with low relative humidity. The vegetation is composed mainly of dense, spiny shrubs adapted to the region s semi-arid conditions. The difficulties of conducting research under these conditions led to the traditional view of the Caatinga as a biome of low species diversity and endemism. However, a number of recent studies have demonstrated a relatively rich fauna and flora, including 143 species of mammals, more than half of them bats. While these animals represent three-quarters of the mammalian fauna of the Caatinga, only one species is considered to be endemic. While there have been considerable advances in the scientific knowledge on the bats of Caatinga, only 7% of its area can be considered minimally surveyed, with many data gapsfor thatregion. Data on the reproduction, systematic, diet, and distribution of bats are available for a small number of localities. In Sergipe, a total of 37 species are known to occur, although few sites have been surveyed up to now. The present study aimed to provide data on a bat community of the Caatinga in Sergipe, analyzing aspects of the ecology of this group in a relatively well-preserved habitat, with unique characteristics that have a major potential for the conservation of the region s flora and fauna. / A Caatinga é o único bioma exclusivamente brasileiro e estende-se por oito estados do nordeste e um do sudeste, cobrindo 735.000 km2. Apresenta como uma de suas principais características a alta temperatura média anual e evapotranspiração, baixa precipitação, em torno de 240 e 1500 mm, e baixa umidade relativa. A vegetação desse bioma é composta por plantas arbustivas, ramificadas e espinhosas, sendo adaptadas às condições adversas presentes nessa região. Devido a essas características estudos pretéritos apontavam a Caatinga como sendo uma área de baixa diversidade de espécies e endemismo. Entretanto, diversos estudos foram realizados e demonstraram uma alta diversidade em relação a fauna e flora. Estudos recentes reportam 143 espécies de mamíferos na Caatinga, onde mais da metade dessa riqueza é composta por morcegos. Esses animais representam 65% da mastofauna presente na Caatinga, e apenas uma espécie é considerada endêmica. Apesar do crescente avanço nos estudos com quirópteros nesse bioma, apenas 7% dessas áreas podem ser consideradas como minimamente inventariadas, havendo diversas lacunas no conhecimento desse grupo nessa área. Alguns dados relativos à reprodução, sistemática, dieta e distribuição dos morcegos foram fornecidos para poucas localidades. Em Sergipe são conhecidas 37 espécies de morcegos, onde poucas áreas foram estudadas. O presente trabalho visa contribuir com conhecimento da comunidade de morcegos na Caatinga de Sergipe, analisando aspectos ecológicos desse grupo em uma região relativamente pouco alterada, com características únicas e que apresenta um grande potencial para a conservação.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:13:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE LEONARDO.pdf: 953129 bytes, checksum: 80378ef8a7e8845d83910caee588d89f (MD5) Previous issue date: 2009-10-06 / Rabies is viral lethal encephalitis that causes annual spoil of hundreds million dollars to the livestock and the public health. Starting from the 90 s bats became the main transmitters of this zoonose in Brazil. In spite of the unquestionable participation of these encourage in the transmission of the illness, studies that it relate them to the distribution of the animal rage are still scarce. In this context, the present paper aimed at to study epidemiologic aspects related to the aerial cycle of the rabies and it space-temporal development in the Porangatu s microregion of through bats capture in natural and artificial shelters from Niquelândia and Barro Alto; besides the analysis of the results for rabies laboratorial exams (IFD and ICC) in the nineteen municipal districts in the historical series 1999 -2008. From May of 2007 to April of 2008 four expeditions were accomplished to four Cerrado ranches in the two cities with 402 bats captured in eleven natural and artificial shelters. Desmodus rotundus was the single hematophagous species captured and just found at grottos in the Barro Alto municipal district. Their colonies were composed predominantly by females. The sexual reason between males and females was of 1:1,43 and the largest number of pregnant concentrated on the rainy period. Five species were found sharing shelter of D. rotundus. The chiropterofauna was shown quite several, with prevalence of frugivorous species. The rabies space-temporal analysis in the microregion demonstrated the disease was hight or smaller intensity diagnosed in all of the municipal districts. The number of samples sent for laboratory oscillated during the historical series with tendency of accumulation of positive results in the month of November. The results indicated although and that the surveillance of the rabies needs to be intensified in the whole microregion / A raiva é uma encefalite viral letal que causa prejuízo anual de centenas de milhões de dólares à pecuária e à saúde pública. A partir da década de 90 os morcegos tornaram-se os principais transmissores da zoonose no Brasil. Apesar da indiscutível participação destes animais na transmissão da enfermidade, estudos que os relacionam à distribuição da raiva animal ainda são escassos. Neste contexto, o presente trabalho objetivou estudar aspectos epidemiológicos relacionados ao ciclo aéreo da raiva e sua evolução espaço-temporal na microrregião de Porangatu através da captura de morcegos em abrigos naturais e artificiais em Niquelândia e Barro Alto; além da análise dos resultados de exames laboratoriais (IFD e ICC) para a raiva animal nos dezenove municípios integrantes na série histórica 1999-2008. No período de maio de 2007 a abril de 2008 foram realizadas quatro expedições a quatro sítios de cerrado nas duas cidades com 402 morcegos capturados em onze abrigos naturais e artificiais. Desmodus rotundus foi a única espécie hematófaga capturada e encontrada apenas em grutas no município de Barro Alto. Suas colônias foram compostas predominantemente por fêmeas. A razão sexual entre machos e fêmeas foi de 1:1,43 e o maior número de grávidas concentrou-se no período chuvoso. Cinco espécies foram encontradas compartilhando abrigo do D. rotundus. A quiropterofauna da região se mostrou bastante diversa, com predomínio de espécies frugívoras. A análise espaço-temporal da raiva na microrregião demonstrou que a doença foi dignosticada com maior ou menor intensidade em todos os municípios. O número de amostras enviadas para laboratório oscilou durante a série histórica e com tendência de acúmulo de resultados positivos no mês de novembro. Os resultados indicaram ainda que e que a vigilância da raiva precisa ser intensificada em toda a microrregião de Porangatu

Este estudo teve como objetivo detectar a presença do vírus da raiva em diferentes órgãos de morcegos do gênero Artibeus empregando as técnicas moleculares como RT-PCR, hnRT-PCR e Real Time RT-PCR. De aproximadamente 4000 espécimes de morcegos recebidas no Instituto Pasteur para o diagnóstico da raiva, foram selecionados 30 morcegos do gênero Artibeus, com resultados positivos para raiva pelas técnicas tradicionais de IFD e inoculação em células N2A utilizando suspensões feitas a partir do SNC. Para as técnicas moleculares, foram retirados glândulas salivares, bexigas urinárias, rins, pulmões e conteúdos fecais e ainda foram lavadas as calotas cranianas dos espécimes. Os órgãos e conteúdos fecais foram diluídos a 1:10 (P/V) e as bexigas urinárias a 1:20 (P/V). As suspensões foram inoculadas em células N2A para o isolamento viral. Foi realizada a extração do RNA total usando o TRIzol®, foram realizadas a transcrição reversa seguida da PCR e hnRT-PCR com utilização de primers específicos para o gene codificante da proteína N. A partir do produto da transcrição reversa foi realizada a técnica de Real Time RT-PCR, utilizando primers e sonda específicos para variante antigênica 3. Das 30 suspensões de lavado cerebral, 28 (93,33%) resultaram positivos, na inoculação em cultura de células, seguido de glândulas salivares (36,67%), bexigas (16,67%) e conteúdos fecais (3,33%). Os resultados encontrados da sensibilidade nas técnicas de RT-PCR, hnRT-PCR e Real Time RT-PCR foram 56,25%, 82,57% e 82,19% quando avaliadas as 180 amostras analisadas. A comparação das técnicas de hnRT-PCR e Real Time RT-PCR feita pelo teste exato de Fisher quanto a proporção de positivos detectados mostrou que para o lavado cerebral, órgãos e conteúdos fecais a proporção foi igual (P>0,05). Em relação à positividade os resultados encontrados nas técnicas de hnRT-PCR e Real Time RT-PCR foram 100% em lavado cerebral; 90% e 93,33% em glândulas salivares; 83,33% e 90% em bexigas; 80% e 93,33% em rins; 76,67% e 50% em pulmões e 43,33% em ambas as técnicas em conteúdos fecais. Esses resultados sugerem que tanto as técnicas de hnRT-PCR como Real Time RT-PCR podem ser utilizadas como métodos complementares para o diagnóstico da raiva e são sensíveis o bastante para o uso em estudos de patogênese. A técnica de Real Time RT-PCR realizada neste estudo se mostrou eficiente em detectar o RABV em diferentes órgãos e tecidos extraneurais com a vantagem de ser uma técnica mais rápida e sensível. / This study was aimed to detect the presence of rabies virus in different organs of the genus Artibeus bats using molecular techniques such as RT-PCR, hnRT-PCR, and the Real Time RT-PCR. From about 4,000 specimens of bats received for rabies diagnosis at the Pasteur Institute, 30 bats of the genus Artibeus were then selected. The selected bats presented positive results by the traditional DFA and N2A-cells inoculation test using brain tissue suspensions. Samples of salivary glands, urinary bladders, kidneys, lungs, and fecal contents and washings of the skulls were collected for the molecular techniques testing. The organs and the fecal contents were diluted at 1:10 (w/v) and the urinary bladder, at 1:20 (w/v) and these suspensions were inoculated into N2A cells for viral isolation. The extraction of the total RNA was performed by using TRIzol® and followed by the reverse transcription and the PCR and the hnRT-PCR were performed by using specific primers for the gene encoding the protein N. The product obtained by the reverse transcription technique was submitted to the Real Time RT-PCR technique, using primers and probe specific for antigenic variant 3 of the rabies virus. Of the 30 suspensions of the brain washings, 28 (93.33%) were positive in N2A cell culture inoculation, followed by the suspensions of the salivary glands (36.67%), bladders (16.67%) and fecal contents (3.33%). For the 180 samples evaluated, the results of sensitivity found for the RT-PCR, hnRT-PCR and Real Time RT-PCR techniques were 56.25%, 82.57%, and 82.19%, respectively. A comparison of hnRT-PCR and Real Time RT-PCR techniques performed by Fisher\'s exact test showed that the proportion of positives detected by the brain washings, organs and of the fecal content was non-significant (P> 0.05). Regarding the results found in hnRT-PCR and Real Time RT-PCR techniques, 100% positives were in brain washing, 90% and 93.33% in salivary glands, 83.33% and 90% in bladders, 80% and 93.33% in kidneys, 76.67% and 50% in lungs and 43.33% for both techniques on fecal contents. These results suggest that both hnRT-PCR and Real-Time PCR techniques can be used as complementary methods for the diagnosis of rabies and are sensitive enough for use in pathogenesis studies. The Real Time RT-PCR technique performed in this study proved to be faster and more sensitive and effective in detecting RABV in different organs and extra neural tissues of bats.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-04-06T18:38:52Z No. of bitstreams: 1 franciscocarlosrodriguescoelho.pdf: 4497321 bytes, checksum: 84c61f06bc2ac3aae79f57fc04d6cb0f (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-04-24T03:52:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 franciscocarlosrodriguescoelho.pdf: 4497321 bytes, checksum: 84c61f06bc2ac3aae79f57fc04d6cb0f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-24T03:52:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 franciscocarlosrodriguescoelho.pdf: 4497321 bytes, checksum: 84c61f06bc2ac3aae79f57fc04d6cb0f (MD5) Previous issue date: 2013-08-16 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A alocação de geração distribuída em sistemas de distribuição de energia elétrica consiste em definir a localização ótima para instalação de centrais geradoras distribuídas no sistema e a quantidade de potência que deverá ser injetada por estas centrais, de modo a minimizar as perdas técnicas inerentes aos sistemas de distribuição. Este é um problema de otimização de difícil solução e que apresenta implicações ambientais e econômicas. A técnica de otimização empregada nesta pesquisa para determinar a alocação dos geradores distribuídos é recente, sendo a mesma bioinspirada. Ela se baseia na ecolocalização de morcegos e foi desenvolvida em 2010 pelo pesquisador Xin-She Yang. Esta técnica de otimização agrega em sua constituição conhecimento prévio adquirido por outras técnicas de otimização, como enxame de partículas e busca harmônica, utilizando assim, as vantagens inerentes a cada uma destas ferramentas. Esta característica confere à otimização via ecolocalização uma expectativa de sucesso em problemas de difícil solução, com características combinatórias, que é o caso do problema em estudo. Com o intuito de melhorar o desempenho da técnica de otimização em questão, foi proposta uma etapa adicional em sua constituição. Esta alteração no algoritmo original se mostrou eficiente nas simulações realizadas, pois o mecanismo de busca modificado alcançou resultados de melhor qualidade com maior frequência, tanto em sua validação, onde foram utilizadas funções matemáticas não convexas, como na aplicação do método ao problema referente à alocação de geração distribuída em sistemas de distribuição de energia elétrica. Utilizando-se três sistemas teste, de trinta e três, de cinquenta e de sessenta e nove barras, foram realizados testes com alocação exclusiva de potência ativa e reativa, e também alocação simultânea destes dois tipos de potência, sendo que os resultados obtidos foram comparados com resultados presentes na literatura especializada. Além das perdas, fatores como perfil de tensão resultante nas barras e trajetória de convergência do algoritmo inspirado na ecolocalização de morcegos foram analisados para a avaliação da metodologia de otimização empregada nesta pesquisa. / The optimal distributed generation placement in electrical power systems is a complex problem involving environmental and economical issues. The solution to this problem consists of choosing the optimum location of distributed power plants, and to define the amount of power that must be injected by these plants in order to minimize technical losses in electrical distribution systems. The optimization technique utilized in this work to determine the placement of distributed generators is recent. It was developed in 2010 by Xin-She Yang. The optimization procedure is inspired by the echolocation of bats phenomenon, and uses some previous knowledge from others techniques, like Particle Swarm Optimization and Harmony Search, combining their advantages. This feature gives the Bat-Inspired Algorithm an expectation of success on difficult problems, such as the combinatorial problem under study. In order to improve the performance of the optimization technique an additional step was proposed in its search engine. Endowed with this change, the algorithm has achieved better results more frequently. Nonconvex benchmark mathematical functions were used, as well as in its application on distributed generation placement. Using three different bus systems (33, 50 and 69 busses), simulations were performed placing real and reactive Power separately, and those two kind of Power together. The produced results were compared to specialized literature. Real power losses, bus voltage and convergence trajectory indicates the level of success reached by the optimization technique utilized in this research work.

M.Sc. / The grassland biome of South Africa harbours rich ecosystem diversity. Some of the distinctive features of grassland biodiversity in South Africa include globally significant centres of plant endemism, half of the country's endemic mammal species, a third of its endangered butterfly species and 10 of 14 of its globally threatened bird species. Grassland is one of the most inadequately maintained biomes in Southern Africa because 23% is under cultivation, 60% is irreversibly transformed and most of the remaining natural area is used as rangeland for livestock. Only 2% of the grassland biome is currently protected. Grasslands provide essential ecosystem services for economic development, but this biome also supports a large human population whose resource demands have serious environmental implications that threaten the grasslands‘ biodiversity. Urbanisation is possibly one of the major immediate threats to the grassland ecology in South Africa. This is also the case in the Cradle of Humankind World Heritage Site (COHWHS) and adjacent areas. New housing complexes and informal housing are encroaching on the COHWHS. Indigenous fauna and flora are being affected by ecologically insensitive urban development. This poses a major threat to the fauna of this region including the insects that occur in grassland habitats. The insects play a vital role as pollinators in grassland habitats and form an essential food source to a range of predators, including grass owls, shrews, bull frogs, lizards and bats. In order to conserve the insects and therefore the food web of which they form part, it is necessary to understand the diversity of the insects in the grassland in the dolomitic areas. The COHWHS is a world renowned heritage site devoted to the origin of humankind and is characterised by dolomitic caves. These caves are also the home of a large population of bats consisting of several species. The negative impact on the grasslands in the COHWHS and surroundings pose a threat to the survival of these bat populations if the food source they depend on is negatively affected. For this reason it is important to determine which flying nocturnal insect species are available in the grasslands surrounding bat roosts in the COHWHS and surroundings. 3 The choice of location for the primary trap site was made on the basis of its proximity to known bat roosts and the fact that it is situated in a nature reserve that, although the river is polluted, contains an otherwise relatively unspoilt grassland habitat. Sampling took place over a period of 14 months during which fluctuations in the insect population was observed. The fluctuations can be ascribed to seasonal climate changes and the three veld fires that occurred during this period. This fluctuation was most evident in the representatives of the Orders Lepidoptera and Coleoptera sampled.

Le petit rhinolophe Rhinolophus hipposideros autrefois largement répandu dans le nord-ouest de l’Europe a connu une réduction drastique de ses effectifs au cours de la seconde moitié du XX ème siècle. La destruction et la fragmentation des habitats favorables à cette espèce font partie des principales causes de ce déclin. Une des hypothèses testées ici est que la connectivité de ces habitats influencerait la distribution spatiale des gîtes de maternité. Dans un premier temps nous avons estimé la connectivité fonctionnelle de l’habitat de l’espèce et modélisé la distribution des colonies de maternité en Franche-Comté. La méthode des graphes paysagers a été appliquée afin d’extraire plusieurs métriques représentant la connectivité fonctionnelle paysagère à différentes échelles spatiales. Ces métriques ont été retenues dans un modèle prédictif de la présence de gîte de maternité en fonction du contexte paysager, ce qui confirme l’hypothèse du rôle de la connectivité dans la distribution de l’espèce. Les résultats montrent qu’à l’échelle locale de la colonie, la présence de gîte dépend de la disponibilité en forêt à proximité de petites surfaces de bâti. À un niveau régional, la présence de gîte dépend de leur intégration à un réseau de connectivité à large échelle permettant les échanges d’individus entre gîtes. La deuxième hypothèse testée est que la réduction des flux de gènes entre colonies due à des variations de connectivité fonctionnelle entre gites pourrait conduire à la différentiation génétique des colonies distantes. Pour la tester, nous avons analysé à partir de l’échantillonnage de guano et à l’aide de huit microsatellites la différentiation et la structure génétique des colonies de maternité en relation avec la structure paysagère dans l’ensemble de la région. Malgré l’importante philo patrie des femelles, nos résultats révèlent une faible différentiation génétique entre les colonies cependant structurée. Cette structure génétique n’est ni expliquée par un isolement par la distance ni corrélée aux distances paysagères. Nous pouvons donc conclure que l’habitat du petit rhinolophe est bien connecté en Franche-Comté. Nos résultats suggèrent également que les échanges génétiques se produisent entre colonies proches possiblement via la dispersion des mâles. Ces flux de gènes interviendraient alors en automne juste avant que les mâles et femelles se rejoignent dans le gîte d’hivernage. / The lesser horseshoe bat, Rhinolophus hipposideros was formerly widespread and quite common in north-westernEurope, but has undergone a dramatic decline from the 1960s. Habitat reduction and fragmentation have beensuggested as main factors explaining the decline of this species. Following this assumption, we expected habitatconnectivity to influence the spatial distribution of the maternity roosts. We firstly estimated the functionalconnectivity of the bat’s habitat and modeled the distribution of its colonies in Franche-Comté region (France). Weapplied a landscape graph-based approach to extract several patch-level metrics representing the functionalconnectivity of the landscape at different spatial scales. Those metrics were integrated in a predictive model of thematernity roosts presence according to the landscape context which confirms the role of landscape connectivity in thespecies distribution. Results showed that, at the colony local scale, roost’s presence depends on the availability ofwooded elements near small built areas. At the regional scale, roost’s presence depends on their spatial integration intoa connected network allowing exchanges of individuals among them. The second assumption is that restricted geneflows among colonies due to variations of functional connectivity among maternity roosts may lead to geneticdifferentiation between distant colonies. Based on bat droppings sampling and using eight microsatellite loci, wetested this hypothesis by examining the genetic differentiation of maternity colony at regional scale according tolandscape structure. Despite strong female philopatry our results emphasized a weak but structured geneticdifferentiation within maternity colonies. This genetic structure was neither related to isolation by distance nor tolandscape measures. We could conclude that the Franche-Comté region presents a good overall connectivity for thelesser horseshoe bat. Our results also suggest that genetic exchanges occurred between geographically closed colonies,probably due to male dispersal events. Inter-colony gene flows might occur during mating in the fall, just before malesand females gathering in winter roosts.

MSc (Zoology) / Department of Zoology / See the attached abstract below