Salmonella enterica sorovar (S.) Enteritidis é uma das principais bactérias envolvidas em surtos de infecção alimentar em humanos decorrentes do consumo de produtos de origem animal. Nas investigações epidemiológicas, a subtipificação fenotípica e genotípica permitem verificar diferenças ou similaridades entre linhagens, as quais podem indicar sua origem, auxiliando os programas de controle e prevenção do patógeno. No presente trabalho, foram analisados os padrões de resistência a antimicrobianos, fagotipificação, macrorestrição de DNA seguida de eletroforese em campo pulsado (PFGE) e polimorfismo de comprimento do fragmento amplificado utilizando uma única enzima de restrição (SEAFLP) de 107 linhagens de S. Enteritidis, sendo 53 isoladas de aves e seus produtos (carcaças, carne, vísceras e ambiente) e uma de origem suína. Foram ainda analisadas 29 linhagens isoladas de alimentos e 14 isoladas de humanos envolvidos em surtos de salmonelose notificados no Rio Grande do Sul, uma amostra de referência (ATCC 13076), além de 9 linhagens isoladas na Europa e África. Na comparação entre amostras isoladas de aves e de surtos de salmonelose, as linhagens de origem avícola foram significativamente mais resistentes a antimicrobianos do que as isoladas de humanos e, embora não tenha sido encontrada relação entre os genótipos de PFGE e os padrões de resistência, a associação de ambas as técnicas possibilitou uma melhor caracterização de S. Enteritidis, podendo ser úteis como marcadores epidemiológicos. Por outro lado, SE-AFLP agrupou a maioria das linhagens de S. Enteritidis num padrão principal. Paralelamente, na comparação de técnicas genotípicas com base em PCR, SE-AFLP apresentou maior capacidade de discriminação, embora inferior à verificada pela fagotipificação e perfil de resistência a antimicrobianos. Assim, foi recomendado que esta técnica deve ser utilizada em associação com outras metodologias na tipificação de S. Enteritidis. Posteriormente, na caracterização do conjunto de linhagens de S. Enteritidis, foram identificados 13 diferentes padrões de resistência a antimicrobianos, além de 12 padrões de PFGE e 3 de SE-AFLP. As técnicas genotípicas demonstraram que existe um genótipo predominante de S. Enteritidis no Rio Grande do Sul, o qual está presente em aves e produtos relacionados, além de alimentos e humanos envolvidos em surtos de salmonelose, sugerindo que estas linhagens possam derivar de uma fonte comum, tendo provável relação clonal. Embora havendo um genótipo predominante de S. Enteritidis, a associação das técnicas propostas possibilitou a melhor caracterização do patógeno. / Salmonella enterica subsp. enterica (S.) serovar Enteritidis is one of the main pathogens involved in food-borne diseases worldwide. Subtyping is crucial to differentiate strains, as well to study its origin and major infection route, which can direct preventive and control measures in epidemiological investigations of food-related salmonellosis. In order to investigate phenotypic and genotypic characterization in S. Enteritidis, the aim of this study was analyze the antimicrobial resistance, phage types, pulsed-field gel elecrophoresis (PFGE) and single-enzyme amplified-fragment length polymorphism (SEAFLP patterns of 107 S. Enteritidis strains isolated from poultry (53 isolates from carcass, meat, viscera and environmental swab) and one from swine. We also analyzed 29 strains from food and 14 from humans involved in salmonellosis outbreaks in Rio Grande do Sul, one reference strain (ATCC 13076) and 9 strains isolated from African and European countries. Resistance rates found in poultry-related strains were significantly higher than that observed in strains isolated from humans. Since identical PFGE profiles were identified in antimicrobial resistant and susceptible strains, it was not possible to find relationship between the PFGE genotypes and the antimicrobial resistance patterns found. However, both approaches were able to improve S. Enteritidis characterization. On the other hand, SE-AFLP clustered most of the S. Enteritidis strains in a major pattern. In a comparison between based-PCR approaches, SE-AFLP showed a higher discriminatory power, although it was lower than that displayed by antimicrobial resistance and phage type patterns. Thus, SE-AFLP might be used associated to other approaches for S. Enteritidis characterization. In contrast, 13 different antimicrobial resistance patterns, 12 PFGE genotypes and 3 SE-AFLP genotypes were identified in the S. Enteritidis strains. Genotypic approaches showed that the strains isolated from poultry, poultry-related products, food and humans involved in salmonelosis outbreaks shared a major pattern. These results suggest that the strains have a close relationship and the association of the different approaches improved S. Enteritidis characterization.

Orientador: Humberto Márcio Santos Milagre / Banca: Paulo José Samenho Moran / Banca: José Augusto Rosário Rodrigues / Resumo: As cianobactérias são bactérias fotossintetizantes que podem ser encontradas nos mais variados ambientes. Algumas espécies de cianobactérias produzem toxinas denominadas cianotoxinas. As cianotoxinas denominadas microcistinas (MCs) são heptapeptídeos cíclicos hepatotóxicos produzidas durante florações de cianobactérias. Sua detecção e quantificação em mananciais são de grande importância devido aos danos a saúde humana que essas microcistinas podem causar. Atualmente, a técnica MALDI-TOF-MS tem se mostrado uma eficiente ferramenta para a análise de microcistinas, e recentes estudos tem reportado seu uso na quantificação destas. Diante do exposto, o objetivo desta dissertação foi a avaliação de diferentes matrizes e diferentes métodos de preparo de amostra para MALDI-MS visando a detecção e quantificação das microcistinas. Com a finalidade de alcançar o melhor método de quantificação das microcistinas, nove matrizes para MALDI, onze métodos de preparo de amostra mais um método que foi adaptado por nosso grupo de pesquisa, o método Vacuum drying adaptado, e dois padrões comerciais de microcistinas, MC-LR e MC-RR, foram utilizados. A avaliação dos métodos de preparo de amostra foi realizada utilizando como matriz o ácido α-ciano-4-hidroxicinâmico (HCCA) e o peptídeo angiotensina I como padrão interno. Os métodos foram avaliados com relação aos seus coeficientes de variação (CV), suas cristalizações e espectros obtidos, utilizando a MC-RR como amostra. O método Vacuum drying adaptado apresentou os melhores resultados e sua curva analítica foi construída utilizando ambas as variantes de microcistinas. O limite de detecção (MLD) e o limite de quantificação (LDQ) também foram calculados. Cada curva da variante de microcistina apresentou excelente linearidade e os valores de r variaram entre 0,98-99, demonstrando que o método é adequado para a quantificação destas. Após as análises dos... / Abstract: Cyanobacteria are photosynthetic bacteria that can be found in diverse environments. Some species of cyanobacteria produce toxins denominated cyanotoxins. The cyanotoxins called microcystins (MCs) are hepatotoxic cyclic heptapeptides produced during cyanobacterial blooms. Its detection and quantification in springs are of great importance due to damage to human health that these microcystins can cause. Currently, MALDI-TOF-MS technique has been shown to be an efficient tool for the analysis of microcystins, and recent studies have reported its use in the quantification of these. On the exposed, the aim of this thesis was to evaluate the different matrices and different methods of sample preparation for MALDI-MS aimed at the detection and quantification of microcystins. With the aim of achieving the best method of quantification of microcystins nine matrices for MALDI eleven methods of sample preparation over a method that was adapted by our research group, the adapted vacuum drying method, and two commercial standards of microcystins, MC-LR, and MC-RR, are used. The evaluation methods of sample preparation was performed using as matrix the α- cyano-4-hydroxycinnamic acid (CHCA) and the angiotensin I as internal standard. The methods were evaluated with respect to their coefficients of variation (CV), their crystallization and spectra obtained using the MC-RR as a sample. The adapted vacuum drying method showed the best results and their analytical curve was constructed using both variants of microcystins. The limit of detection (MDL) and the limit of quantification (LOQ) were also calculated. Each curve variant of microcystin showed excellent linearity and r values ranged from 0.98 to 99, showing that the method is suitable for quantifying these. After analysis of the methods of sample preparation, the nine matrices were evaluated with respect to CV, crystallization and spectra, using the MC-RR as a sample. The best results were obtained... / Mestre

Salmonella enterica sorovar (S.) Enteritidis é uma das principais bactérias envolvidas em surtos de infecção alimentar em humanos decorrentes do consumo de produtos de origem animal. Nas investigações epidemiológicas, a subtipificação fenotípica e genotípica permitem verificar diferenças ou similaridades entre linhagens, as quais podem indicar sua origem, auxiliando os programas de controle e prevenção do patógeno. No presente trabalho, foram analisados os padrões de resistência a antimicrobianos, fagotipificação, macrorestrição de DNA seguida de eletroforese em campo pulsado (PFGE) e polimorfismo de comprimento do fragmento amplificado utilizando uma única enzima de restrição (SEAFLP) de 107 linhagens de S. Enteritidis, sendo 53 isoladas de aves e seus produtos (carcaças, carne, vísceras e ambiente) e uma de origem suína. Foram ainda analisadas 29 linhagens isoladas de alimentos e 14 isoladas de humanos envolvidos em surtos de salmonelose notificados no Rio Grande do Sul, uma amostra de referência (ATCC 13076), além de 9 linhagens isoladas na Europa e África. Na comparação entre amostras isoladas de aves e de surtos de salmonelose, as linhagens de origem avícola foram significativamente mais resistentes a antimicrobianos do que as isoladas de humanos e, embora não tenha sido encontrada relação entre os genótipos de PFGE e os padrões de resistência, a associação de ambas as técnicas possibilitou uma melhor caracterização de S. Enteritidis, podendo ser úteis como marcadores epidemiológicos. Por outro lado, SE-AFLP agrupou a maioria das linhagens de S. Enteritidis num padrão principal. Paralelamente, na comparação de técnicas genotípicas com base em PCR, SE-AFLP apresentou maior capacidade de discriminação, embora inferior à verificada pela fagotipificação e perfil de resistência a antimicrobianos. Assim, foi recomendado que esta técnica deve ser utilizada em associação com outras metodologias na tipificação de S. Enteritidis. Posteriormente, na caracterização do conjunto de linhagens de S. Enteritidis, foram identificados 13 diferentes padrões de resistência a antimicrobianos, além de 12 padrões de PFGE e 3 de SE-AFLP. As técnicas genotípicas demonstraram que existe um genótipo predominante de S. Enteritidis no Rio Grande do Sul, o qual está presente em aves e produtos relacionados, além de alimentos e humanos envolvidos em surtos de salmonelose, sugerindo que estas linhagens possam derivar de uma fonte comum, tendo provável relação clonal. Embora havendo um genótipo predominante de S. Enteritidis, a associação das técnicas propostas possibilitou a melhor caracterização do patógeno. / Salmonella enterica subsp. enterica (S.) serovar Enteritidis is one of the main pathogens involved in food-borne diseases worldwide. Subtyping is crucial to differentiate strains, as well to study its origin and major infection route, which can direct preventive and control measures in epidemiological investigations of food-related salmonellosis. In order to investigate phenotypic and genotypic characterization in S. Enteritidis, the aim of this study was analyze the antimicrobial resistance, phage types, pulsed-field gel elecrophoresis (PFGE) and single-enzyme amplified-fragment length polymorphism (SEAFLP patterns of 107 S. Enteritidis strains isolated from poultry (53 isolates from carcass, meat, viscera and environmental swab) and one from swine. We also analyzed 29 strains from food and 14 from humans involved in salmonellosis outbreaks in Rio Grande do Sul, one reference strain (ATCC 13076) and 9 strains isolated from African and European countries. Resistance rates found in poultry-related strains were significantly higher than that observed in strains isolated from humans. Since identical PFGE profiles were identified in antimicrobial resistant and susceptible strains, it was not possible to find relationship between the PFGE genotypes and the antimicrobial resistance patterns found. However, both approaches were able to improve S. Enteritidis characterization. On the other hand, SE-AFLP clustered most of the S. Enteritidis strains in a major pattern. In a comparison between based-PCR approaches, SE-AFLP showed a higher discriminatory power, although it was lower than that displayed by antimicrobial resistance and phage type patterns. Thus, SE-AFLP might be used associated to other approaches for S. Enteritidis characterization. In contrast, 13 different antimicrobial resistance patterns, 12 PFGE genotypes and 3 SE-AFLP genotypes were identified in the S. Enteritidis strains. Genotypic approaches showed that the strains isolated from poultry, poultry-related products, food and humans involved in salmonelosis outbreaks shared a major pattern. These results suggest that the strains have a close relationship and the association of the different approaches improved S. Enteritidis characterization.

Os abscessos pulmonares em suínos causam severas perdas econômicas à indústria de alimentos, tanto no que se refere à redução do ganho de peso dos animais na granja, como à rejeição total ou parcial de carcaças inadequadas para o consumo humano. O presente trabalho objetivou determinar, através de uma metodologia de observação lesional detalhada, a ocorrência de abscessos pulmonares no abate, relacionando-a com diferentes portas de entrada para essas infecções. Visou ainda a comparar com os índices de ocorrência registrados no nosso meio, que são considerados baixos. As coletas foram realizadas em três matadouros-frigoríficos, junto ao Serviço de Inspeção Federal (SIF) do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (MAPA), no período de março a junho 2003. Os matadouros-frigoríficos estudados localizavam-se respectivamente: Frigorífico A no Oeste do Estado de Santa Catarina (SC); Frigoríficos B e C na Região do Alto Uruguai, Estado do Rio Grande do Sul (RS). As amostras pulmonares foram provenientes de um total de 17.738 carcaças de suínos de terminação em sua maioria, além de matrizes de descarte, machos não castrados e leitões refugos. Nessas carcaças, foram detectadas 105 lesões sugestivas de abscessos, que foram encaminhadas para exames bacteriológicos e histopatológicos. A inclusão de análise histopatológica e bacteriológica buscou definir com precisão o tipo de lesão e os agentes presentes no intuito de permitir a diferenciação entre abscessos de origem bacteriana ou não, como tumores, nódulos parasíticos, mineralizações ou por fungos. No presente trabalho, as carcaças inspecionadas apresentavam diferentes lesões indicativas de portas de entrada para infecções, detectadas na linha de inspeção, que justificaram o desvio dessas para o DIF (Departamento de Inspeção Final): lesões de cauda; lesões de casco; artrites dos membros anteriores e posteriores, abscessos subcutâneos e castração mal feita. Um achado inesperado foi a ocorrência de pneumonia por aspiração de corpo estranho, baseado na presença de células gigantes multinucleares e de corpo estranho visualizados ao exame histopatológico. Abscessos pulmonares estavam presentes em 105 pulmões entre 17.738 examinados (0,59%). Os abscessos pulmonares acompanhados de lesões sugestivas de pneumonia enzoótica, sugeriram que as complicações bacterianas desse tipo de pneumonia foram as principais fontes de infecção para os agentes causadores de abscessos. A P. multocida foi a bactéria mais freqüentemente isolada em dois Frigoríficos e o A. pyogenes no terceiro. A ocorrência de mais de uma porta de entrada aumentou proporcionalmente a possibilidade de invasão bacteriana e conseqüentemente a ocorrência de abscessos pulmonares. As portas de entrada para os agentes causadores de abscessos que apareceram em maior número, no total ou de forma isolada, foram as artrites, as lesões de casco e as lesões de cauda e os abscessos subcutâneos. A partir da identificação apropriada das portas de entrada para infecções, bem como das infecções bacterianas secundárias subseqüentes às aderências pleurais e às pneumonias complicadas, pode-se estabelecer medidas preventivas e terapêuticas, no intuito de diminuir a incidência de doenças pulmonares e as perdas econômicas no âmbito da indústria de alimentos.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-12-01T09:36:03Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 952888 bytes, checksum: a42bb80ca7c4df75831f9091e5f57a7a (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-01T09:36:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 952888 bytes, checksum: a42bb80ca7c4df75831f9091e5f57a7a (MD5) Previous issue date: 2015-07-28 / O arroz é um alimento amplamente consumido pela população mundial, que devido a sua composição nutricional pode ser um meio de cultura para bactérias. Diferentes publicações internacionais tem assinalado a Bacillus cereus como o micro-organismo que tem maior prevalência no arroz. Esporos desta bactéria podem contaminá-lo sendo capazes de sobreviver aos processos térmicos e, dependendo de fatores intrínsecos e eivtrínsecos, podem produzir toxinas causadoras de doenças. Pesquisas avaliaram as condições microbiológicas do arroz, mas pouco foi estudado da multiplicação de B. cereus em arroz vitaminado, assim o principal objetivo nesta pesquisa foi avaliar a ocorrência de B. cereus em arroz branco e enriquecido com minerais e vitaminas, além de determinar a influência do enriquecimento do arroz, na multiplicação bacteriana. A ocorrência de B. cereus em um total de 90 amostras de arroz cru, distribuídas entre arroz branco, Ultra Rice® e vitaminado, foi avaliada conforme a Resolução n° 12 de 2001, da ANVISA (Agência Nacional de Vigilância Sanitária). As contagens do patógeno variaram entre 1,0 x 102 e 9,6 x 102 UFC/g, inferiores ao limite máximo de 3,0 x 10 3 UFC/g exigidos pela legislação. Vinte e seis amostras apresentaram isolados típicos de B. cereus em meio MYP (Manitol-Egg Yolk-Polymixyn) e 24 isolados foram confirmados pelos testes morfológicos, bioquímicos e, também, pela identificação genética, realizada pela técnica de PCR convencional para a detecção do gene 16S ribossomal do B. cereus, o que corresponde a prevalência de 29% de B. cereus. O arroz Ultra Rice® apresentou o maior número de amostras (11) contendo isolados de B. cereus, seguido do arroz vitaminado (9) e do arroz branco (4). A multiplicação de B. cereus foi avaliada em arroz branco e vitaminado, ambos inoculados com cerca de 1,0 x 10 3 UFC/g de esporos, antes da cocção, sob condições domésticas. O arroz cozido foi armazenado às temperaturas de 10 °C e 25 °C e nos tempos de 24 h, 48 h, 72 h, 96 h e 120 h. Quanto ao tempo de armazenamento, verificou-se que os valores de μ para o arroz branco e para o arroz vitaminado ambos adicionados de esporos de B. cereus não diferiram (p>0,05) entre si. Por outro lado, houve diferença (p<0,05) entre esses tipos de arroz e o arroz controle não adicionado de esporos. Entretanto, constatou-se que os valores μ para os tipos de arroz adicionados de esporos de B. cereus diferiram (p< 0,05) entre si, para as temperaturas de armazenamento, de 10 °C e 25 °C. O mesmo se constatou para o arroz controle não adicionado de esporos bacterianos. Concluiu-se que a adição de arroz Ultra Rice® (contendo vitaminas e minerais) na proporção de 1:99 no Arroz Branco não favoreceu a multiplicação de B. cereus. Esse fato foi evidenciada pelos resultados das contagens e das taxas de crescimento, nas quais os dois tipos de arroz apresentam comportamentos similares sendo as temperaturas de estocagem o fator determinante na multiplicação de B. cereus. A 25 °C, considerando a dose infecciosa de 1,0 x 10 5 UFC/g de B. cereus, a partir das regressões lineares da multiplicação do micro-organismo, estima-se que a produção de toxinas poderia ocorrer a partir de 43,1 h, 44,9 h e 106,3 h, no Arroz Vitaminado, Arroz Branco e Arroz Controle, respectivamente. / The rice is a food widely consumed by the world population, due to their nutritional composition may be a culture medium for bacteria. Bacillus cereus is the microorganism that is most prevalent in rice, spores of this bacterium can contaminate it being able to survive the thermal process and depending on intrinsic and extrinsic factors can produce toxins that cause illness. Several research evaluated the microbiological conditions of the rice, but little has been studied the multiplication of B. cereus in rice added of vitamins and minerals, so the main objective of this research was to evaluate the occurrence of B. cereus in white rice and rice enriched with minerals and vitamins, and determine the influence of rice enriched in bacterial multiplication. Occurrence of B. cereus in a total 90 samples of raw rice, distributed among white rice, Ultra Rice® and added of vitamins and minerals was assessed, according to Resolution No. 12 of 2001 ANVISA (National Health Surveillance Agency). Pathogen counts ranged between 1.0 x 102 and 9.6 x 102 CFU/g, below of 1.0 x 103 CFU/g as required by Brazilian legislation. Twenty-six samples of raw rice showed typical isolates of B. cereus in MYP medium (Mannitol-Egg-yolk Polymixyn) and 24 isolates were confirmed as of B. cereus by morphological, biochemical tests and also by genetic identification, by conventional PCR for detection of 16S ribosomal RNA, which corresponds a prevalence of B. cereus of 29%. Ultra Rice® had the highest number of samples (11) containing isolates of B. cereus, followed by rice added of vitamins and minerals (9) and white Rice (4). The growth of B. cereus was evaluated in white rice and rice added of vitamins and minerals, both inoculated with about 1.0 x 103 CFU/g of spores before cooking under domestic conditions. The boiled rice was stored at temperatures of 10 °C and 25 °C and stored at 24 h, 48 h, 72 h, 96 h and 120 h. According to the time of storage, it was found that the μ value for white rice and the rice added of vitamins and minerals, both inoculated with B. cereus spores, was not different (p<0.05) between them. On the other hand, there was significant differences (p> 0.05) between these types of rice and control the white rice not added spores. However, it was found that the μ values for the types of rice added spores B. cereus showed difference (p <0.05) between them, for storage temperatures of 10 °C and 25 °C. The same was found for the control or white rice is not added bacterial spores. It was concluded that the addition of Ultra Rice® (containing vitamins and minerals) in the ratio of 1:99 in the white rice was not favorable to the growth of B. cereus. This fact was evidenced by the results of the counts and the growth rates, in which the two types of rice have similar behaviors and the storage temperatures was the determining factor in the multiplication of B. cereus. At 25 °C, considering the infectious dose 1.0 x 105 CFU/g of B. cereus and based in the linear regressions of the micro-organism growth, it is estimated that the production of toxins could occur from 43.1 h, 44.9 h and 106.3 h in rice added of vitamins and minerals, white rice and rice Control, respectively.

Made available in DSpace on 2016-02-05T18:29:50Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-05-06. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-05T18:33:55Z : No. of bitstreams: 1 000856518_20170619.pdf: 389927 bytes, checksum: 4be3b8327beb9325c295271ea9eaffa2 (MD5) Bitstreams deleted on 2017-06-19T16:12:33Z: 000856518_20170619.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-06-19T16:13:18Z : No. of bitstreams: 1 000856518.pdf: 1255973 bytes, checksum: 911854ad6a713ea1a328b649f79c9d4d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Xanthomonas. citri subsp. citri (Xac) é o agente causal do cancro cítrico, uma das doenças mais graves que afetam plantas cítricas de importância comercial em todo o mundo. O controle eficaz para o cancro cítrico constitui na eliminação de plantas infectadas em programas rigorosos para conter a propagação da bactéria. No entanto, o relaxamento recente nas políticas para combater cancro cítrico em áreas como o estado de São Paulo - Brasil, está a contribuir para a propagação da doença. O conhecimento da biologia deste patógeno de plantas e também dos mecanismos envolvidos na interação planta-patógeno são de grande importância para apoiar o desenvolvimento de estratégias para lidar com o cancro cítrico. Um trabalho recente de nosso grupo demonstrou que os mutantes X. citri com disrupção do gene parB são comprometidos na segregação cromossômica e na capacidade de produzir os sintomas da doença na planta. No presente trabalho, nós estendemos nossas caracterizações, avaliando os efeitos da falta de parB em mutantes X. citri através de uma deleção limpa. ParB é uma proteína de ligação ao DNA e está envolvida no processo de segregação cromossômica através de interação com outras proteínas. Devido à dificuldade de deleção de genes envolvidos neste processo em X. citri, o nocaute de parB foi realizado numa variante abrigando um plasmídeo replicativo capaz de expressar cópias extras de ParB (ParB-TAP) sob o controle de para (promotor de arabinose). A viabilidade de X. citri parB nocaute (XacΔparB-pLAC2) foi avaliada em experimentos de curva de crescimento e em comparação com a estirpe do tipo selvagem, em condições de repressão ou de indução de parB-tap ligado a este promotor; O objetivo foi explorar as condições de depleção e superexpressão de ParB e seus efeitos através da caracterização do referido promotor. Em seguida, X. citri parB nocaute foi visualizado por microscopia de... / Xanthomonas citri ssp. citri (Xac) is the causal agent of citrus canker, one of the most severe diseases that affect citrus plants of commercial importance around the world. An effective control for citrus canker constitutes the elimination of infected plants in rigorous programs to contain the spread of the bacteria. However, recent relaxation in the policies to combat citrus canker in areas such as the state of São Paulo, Brazil, the major orange juice producer in the world, are contributing to the spread of the disease. Therefore, knowledge of the biology of this plant pathogen and also of the mechanisms involved in plant-pathogen interaction are of great importance to support the development of strategies to deal with citrus canker. Recent work from our group demonstrated that X. citri mutants disrupted for parB are compromised in chromosome segregation and are unable to produce disease symptoms in plant. In the present work, we extended our characterizations by evaluating the effects of a lack of ParB in X. citri mutants carrying a clean deletion of its coding DNA. ParB is a DNA binding protein and is involved in chromosome segregation process through interaction with other proteins. Because of difficult in genes deletion involved this process in X. citri, the parB gene was deleted in a X. citri variant harboring a replicative plasmid able to express extra copies of ParB (ParB-TAP) under the control of the para (arabinose promoter). The viability of the X. citri parB knockout was assessed in growth curve experiments and compared with the wild type strain under different conditions of parB-tap repression or induction. The aim was to explore the conditions depletion and overexpression of ParB and its effects through the characterization of para in X. citri Thus, the X. citri parB knockout was visualized under differential interference contrast (DIC) microscopy in order to detect morphological alterations normally expected from ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-04-27Bitstream added on 2014-06-13T19:22:36Z : No. of bitstreams: 1 rabelo_rn_dr_jabo.pdf: 419029 bytes, checksum: 56edeae338cf6c261ac2c73378a0f5ac (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A contagem de células somáticas (CCS) do leite de tanques de expansão está relacionada com os índices de mastite no rebanho, enquanto a contagem bacteriana total (CBT) demonstra a higiene de ordenha e do ambiente em que os animais são alojados, além dos procedimentos de limpeza dos equipamentos de ordenha. Partindo dessa premissa, foram caracterizadas as qualidades celulares, microbiológicas, físicas e químicas de leites procedentes de tanques de expansão individuais no período de 2007 a 2011. Os resultados mostraram que para o ano de 2007, das 850 amostras analisadas, as CCS variaram de 5,3x105 céls.mL-1 (maio) a 1,1x106 céls.mL-1 (novembro) e para CBT variaram de 5,2x105 UFC.mL-1 (abril) a 1.,6x106 UFC.mL-1. Para 2008, das 892 amostras analisadas, as CCS variaram de 7,0x105 céls.mL-1 (abril) a 1,1x106 céls.mL-1 (outubro) e, para CBT variaram de 9,0x105 UFC.mL-1 (junho) a 1,8x106 UFC.mL-1 (abril). No ano de 2009 as CCS variaram de 6,7x105 céls.mL-1 (março) a 1,0x106 céls.mL-1 (fevereiro) e, para CBT variaram de 3,8x105 UFC.mL-1 (abril) a 1,7x106 UFC.mL-1 (janeiro). Para o ano de 2010, as CCS variaram de 5,6x105 céls.mL-1 (setembro) a 8,8x105 céls.mL-1 (novembro) e para CBT, variaram de 5,0x105 UFC.mL-1 (agosto) a 1,4x106 UFC.mL-1 (fevereiro). No ano de 2011, as variações foram de 5,1x105 céls.mL-1 (agosto) a 8,7x105 céls.mL-1 (janeiro) para CCS e para CBT essas variações foram de 4,6x105 UFC.mL-1 (maio) a 1,2x106 UFC.mL-1 (fevereiro). As CCS e CBT variaram na série histórica, com tendência à redução; o período de chuvas influenciou a incidência de CCS e CBT fora dos padrões da IN 51 e o período de chuvas e seca não interferiu nos parâmetros físicos e químicos em todos os anos pesquisados, com variações mínimas, mas dentro dos padrões estabelecidos pela legislação... / Bulk tank somatic cell count (SCC), milk tanks expansion is related to the indices of mastitis in the herd, while the total bacterial count (CBT) demonstrates the hygiene of milking and the environment in which animals are housed, in addition to procedures for cleaning of the equipment of milking. From this premise, we characterized the cellular, microbiological and physical-chemical quality properties of milk coming from individual bulk tanks in the period 2008 to 2010. The results showed that for the year 2007, the 850 samples analyzed, the CCS ranged from 526x10³ cels.mL-1 (May) to 1,065x10³ cels.mL-1 (November) and CBT varied from 517x10³ UFC.mL-1 (April) to 1,643x10³ UFC.mL-1. The results showed that for the year 2008, of 892 samples analyzed, SCC ranged from 696x10³ cells.mL-1 (April) to 1,102x10³ cells.mL-1 (october), and for TBC varied from 896x10³ CUF.mL-1 (June) to 1,781x10³ CUF.mL-1 (april). In 2009 the SCC ranged from 667x10³ cells.mL-1 (march) the 1,026x10³ cells.mL-1 (February) and for TBC ranging from 377x10³ CUF/ mL (april) to 1,746x10³ CUF.mL-1 (january). For the year 2010, the SCC ranged from 561x10³ cells.mL-1 (september) to 883x10³ cells.mL-1 (november) and TBC, ranged from 503x10³ UFC.mL-1 (august) 1,395x10³ CUF.mL-1 (february). In the year 2011, the variations were 5.1 x105 cels.mL-1 (August) the 8.7x105 cels.mL-1 (January) to SCC and for TBC these variations were 4.6x105 CFU.ml-1 (may) the 1.2x106 CFU.ml-1 (February). The SCC and TBC varied in historical series, with a tendency toward reduction; the rainy period influenced the incidence of SCC and TBC outside of the patterns of IN 51, and rain and dry period did not interfere with physical and chemical parameters in all the years surveyed, with minimal changes, but within the standards established by current legislation. The individual results... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-02-16Bitstream added on 2014-06-13T20:44:56Z : No. of bitstreams: 1 gama_nmsq_dr_jab.pdf: 724899 bytes, checksum: 04590f244015497a275594b6f685ba26 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Para as aves, a água é o nutriente essencial mais importante, sendo responsável pela maioria das funções do organismo. Em 2004 avaliou-se a qualidade da água utilizada em 20 granjas de postura comercial de Bastos/SP, Brasil, colhendo-se amostras dos poços, reservatórios e galpões. Nas amostras dos poços determinou-se a concentração de alumínio, cálcio, chumbo, cloro, cobre, enxofre, ferro, fósforo, magnésio, nitrito, potássio, selênio, sódio, sulfatos, zinco, pH e dureza. Nas amostras colhidas nos períodos de chuva e estiagem, realizaram-se as contagens de coliformes totais e fecais, estreptococos fecais, Pseudomonas aeruginosa e pesquisou-se Escherichia coli , Salmonella sp e Pasteurella multocida. A dureza da água de 35% das propriedades apresentou valores entre 60 - 110 mg CaCO3/L, em 45% o pH foi =6 e nenhuma apresentou pH >8. Entre as propriedades 50% apresentaram níveis de NO3-N =3 mg/L. Para todos os microrganismos pesquisados, o galpão de aves apresentou as maiores taxas de amostras positivas nos períodos de chuva e estiagem, ocorrendo a diminuição da % de isolamento no período de estiagem. A contagem bacteriana foi maior nas amostras de água do galpão, nos dois períodos de colheita. No reservatório, após a adição de cloro à água, o número de coliformes totais diminuiu e não houve detecção de coliformes fecais, estreptococos fecais e Pseudomonas aeruginosa. Em nenhuma das 440 amostras de água analisadas, nos períodos de chuva e estiagem, foram detectadas Salmonella sp e Pasteurella multocida. / Water is considered the most important essential nutrient, for chickens, being responsible for most of the organism functions. In 2004, the quality of the water used in 20 laying hens farms from Bastos/SP, Brazil, was tested, picking samples from wells, water tanks and laying hens house. It was determinated in the well-water samples the concentration of aluminum, calcium, lead, chlorine, copper, iron, phosphorus, magnesium, nitrate, nitrite, potassium, selenium, sodium sulfate, zinc, pH and strength. In the water samples, collected in the rainy and dry seasons, were counted the total coliforms, fecal coliforms, fecal streptococci, Pseudomonas aeruginosa and was done the research of Escherichia coli , Salmonella sp e Pasteurella multocida. The strengths values of 35% of the farms was between 60-110 mg CaCO3/L, in 45%, the pH was =6 and no farms presented pH >8. Among the farms 50% presented levels of NO3-N =3. For all microorganism researched, the laying hens house presented the higher taxes of positives samples during the rainy or dry seasons, occurring a reduction of isolation taxes in the dry season. Both periods of collection the number of total coliforms; fecal coliforms; streptococci and Pseudomonas aeruginosa was higher in the samples from the laying hens houses. In the water tank, after chlorine addiction to the water, the number of total and fecal coliforms decreased and there wasn't detection of fecal streptococci and Pseudomonas aeruginosa. In none of the 440 water samples analyzed, in the rainy nor in the dry seasons, Salmonella sp and Pasteurella multocida were detected.

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:18Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-03-12. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:49:05Z : No. of bitstreams: 1 000832493.pdf: 1769807 bytes, checksum: e6c5bb7d9bcec2a173427a67060a8dce (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As cianobactérias são bactérias fotossintetizantes que podem ser encontradas nos mais variados ambientes. Algumas espécies de cianobactérias produzem toxinas denominadas cianotoxinas. As cianotoxinas denominadas microcistinas (MCs) são heptapeptídeos cíclicos hepatotóxicos produzidas durante florações de cianobactérias. Sua detecção e quantificação em mananciais são de grande importância devido aos danos a saúde humana que essas microcistinas podem causar. Atualmente, a técnica MALDI-TOF-MS tem se mostrado uma eficiente ferramenta para a análise de microcistinas, e recentes estudos tem reportado seu uso na quantificação destas. Diante do exposto, o objetivo desta dissertação foi a avaliação de diferentes matrizes e diferentes métodos de preparo de amostra para MALDI-MS visando a detecção e quantificação das microcistinas. Com a finalidade de alcançar o melhor método de quantificação das microcistinas, nove matrizes para MALDI, onze métodos de preparo de amostra mais um método que foi adaptado por nosso grupo de pesquisa, o método Vacuum drying adaptado, e dois padrões comerciais de microcistinas, MC-LR e MC-RR, foram utilizados. A avaliação dos métodos de preparo de amostra foi realizada utilizando como matriz o ácido α-ciano-4-hidroxicinâmico (HCCA) e o peptídeo angiotensina I como padrão interno. Os métodos foram avaliados com relação aos seus coeficientes de variação (CV), suas cristalizações e espectros obtidos, utilizando a MC-RR como amostra. O método Vacuum drying adaptado apresentou os melhores resultados e sua curva analítica foi construída utilizando ambas as variantes de microcistinas. O limite de detecção (MLD) e o limite de quantificação (LDQ) também foram calculados. Cada curva da variante de microcistina apresentou excelente linearidade e os valores de r variaram entre 0,98-99, demonstrando que o método é adequado para a quantificação destas. Após as análises dos... / Cyanobacteria are photosynthetic bacteria that can be found in diverse environments. Some species of cyanobacteria produce toxins denominated cyanotoxins. The cyanotoxins called microcystins (MCs) are hepatotoxic cyclic heptapeptides produced during cyanobacterial blooms. Its detection and quantification in springs are of great importance due to damage to human health that these microcystins can cause. Currently, MALDI-TOF-MS technique has been shown to be an efficient tool for the analysis of microcystins, and recent studies have reported its use in the quantification of these. On the exposed, the aim of this thesis was to evaluate the different matrices and different methods of sample preparation for MALDI-MS aimed at the detection and quantification of microcystins. With the aim of achieving the best method of quantification of microcystins nine matrices for MALDI eleven methods of sample preparation over a method that was adapted by our research group, the adapted vacuum drying method, and two commercial standards of microcystins, MC-LR, and MC-RR, are used. The evaluation methods of sample preparation was performed using as matrix the α- cyano-4-hydroxycinnamic acid (CHCA) and the angiotensin I as internal standard. The methods were evaluated with respect to their coefficients of variation (CV), their crystallization and spectra obtained using the MC-RR as a sample. The adapted vacuum drying method showed the best results and their analytical curve was constructed using both variants of microcystins. The limit of detection (MDL) and the limit of quantification (LOQ) were also calculated. Each curve variant of microcystin showed excellent linearity and r values ranged from 0.98 to 99, showing that the method is suitable for quantifying these. After analysis of the methods of sample preparation, the nine matrices were evaluated with respect to CV, crystallization and spectra, using the MC-RR as a sample. The best results were obtained... / FAPESP: 2012/03663-8

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:19Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-27Bitstream added on 2015-01-26T13:30:40Z : No. of bitstreams: 1 000797018.pdf: 979811 bytes, checksum: d1c6e8376b7684ecf71b56da793dd4b3 (MD5) / Os estabelecimentos de saúde e as superfícies inanimadas que cercam o paciente guardam íntima relação com as infecções relacionadas a assistência e a saúde, sendo importantes focos de contato e de transmissão de agentes patogênicos e podem ser transferidos para as mais diversas superfícies através do contato direto e indireto. Existem inúmeras pesquisas que retratam que os artigos hospitalares podem se tornar veículos de disseminação, comprometendo a segurança do paciente. Diante desta problemática, este estudo objetivou-se em analisar as condições bacteriológicas de superficie de poltronas hematológicas para hemodiálise. Após aprovação do Comitê de Ética em pesquisa foi realizada a randomização das poltronas, duplo cego e iniciou a amostragem das quatro cadeira nos sete procedimentos em cinco locais diferentes na poltrona. O produto utilizado para higienização de rotina na unidade foi o álcool a 70% com compressa hospitalar composta de tecido 100% algodão em dimensão de 30 x 30 cm, umedecida com 40 ml de álcool 70%. Para amostragem bacteriológica utilizou-se campo estéril fenestrado para garantir coleta sempre no mesmo local utilizando Swab. O Swab foi transportado para o laboratório em meio de cultura gel Stuart para identificação. Após foi realizado teste de antibiograma das bactérias isoladas e teste de sensibilidade “in vitro” utilizando método de Kirby e Bauer com modificações conforme descrito por Corrêa (1988). Para o teste “in vitro” utilizou-se três desinfetantes frente as bactérias isoladas das poltronas que são consideradas de grande importância no controle de infecção hospitalar. O resultado demostrou que a maior unidade formadora de colônia foi em relação ao Staphilococcus sp, seguido de bacilus Gram positivo, Staphilococcus aureus, Pseudomonas, Enterobacter cloacae e Acinetobacter, com predominância do Staphilococcus sp em todas as ... / Health facilities and inanimate surfaces surrounding the patient keep close relation with infections related to care and health, with important centers of contact and transmission of pathogens and can be transferred to many different surfaces through direct and indirect contact. There are numerous studies that show that the hospital items can become vehicles of dissemination, compromising patient safety. Faced with this problem, this study aimed to analyze the bacteriological conditions in the surface of hematologic arm for hemodialysis. After approval by the Research Ethics Committee of the randomization arm, double- blind trial was performed and started sampling the four chair the seven procedures in five different locations in the chair. The product used for routine cleaning of the unit was 70% alcohol with hospital pad composed of 100% cotton in size 30 x 30cm, moistened with 40 ml of 70% ethanol. Bacteriological sampling was used to ensure fenestrated sterile field in the same site collection using Swab. The swab was transported to the laboratory in culture medium gel Stuart for identification. After testing, was performed antibiogram of isolates and sensitivity test in vitro using Kirby and Bauer method with modifications as described by Cooke (1988). For in vitro test used three disinfectants front seats of the isolated bacteria that are considered of great importance in the control of hospital infection. The result demonstrated that the largest colony-forming unit was compared to Staphylococcus sp, followed by Gram-positive bacillus, Staphylococcus aureus, Pseudomonas, Enterobacter cloacae, and Acinetobacter, predominantly Staphylococcus sp on all surfaces of the chair, with predominance in the left arm armchair coinciding with the arm of the patient who has an arteriovenous fistula (70%). Regarding sensitivity, Acinetobacter were sensitive to all antibiotics tested, whereas Pseudomonas were sensitive to sulfa / trimethoprim, ...