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The application of real-time PCR to investigate the effect of the arbuscular mycorrhizal fungus Glomus intraradices on the plant pathogen Fusarium solani f. sp. phaseoli /

Filion, Martin January 2002 (has links)
The effect of the arbuscular mycorrhizal symbiosis at reducing the incidence of root diseases has received considerable attention. However, information on the role of mycorrhizae in reducing disease incidence of Fusarium root rot of beans (Phaseolus vulgaris), caused by the root pathogen Fusarium solani f. sp. phaseoli, is scarce. A study was undertaken to investigate how the arbuscular mycorrhizal fungus (AMF) Glomus intraradices affects disease development and population number of F. solani f. sp. phaseoli in the mycorhizosphere of bean plants growing in an experimental microcosm unit. This newly designed unit facilitated the spatial monitoring and quantification of both the symbiont and pathogen in different ecological soil regions of the mycorrhizosphere using compartmentation based on a physical segregation of roots, colonized or not by AMF (rhizosphere), AMF mycelium alone (mycosphere), or none (bulk soil). To study the interaction between both organisms, the experimental set-up consisted of a randomized complete block design using bean seedlings pre-colonized or not for 28 days by G. intraradices and infected or not for 6 days with F. solani f. sp. phaseoli. Monitoring of population number of the symbiont and the pathogen in bean plants and in the different mycorrhizosphere soil compartments was achieved with quantitative real-time PCR using specific molecular probes for each fungus, and with cultivation-dependant or morphological based methods. The results of this study indicated that non-mycorrhizal bean plants infected with the pathogen had typical root rot symptoms while infected plants that were pre-colonized by G. intraradices remained free of disease. The population number of F. solani f. sp. phaseoli was significantly reduced in the root system and in each of the mycorrhizosphere soil compartments of mycorrhizal infected plants. The mycorrhizosphere population of G. intraradices was not significantly modified, although the p
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Evaluation of Nicaraguan common bean (Phaseolus vulgaris L.) landraces /

Gómez, Oscar, January 2004 (has links) (PDF)
Diss. (sammanfattning) Uppsala : Sveriges lantbruksuniversitet, 2004. / Härtill 4 uppsatser.
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Development of new tools for the application of biotechnology to agricultural improvement and assessing risks of biotechnology and its products

Cook, Meridith Ayn. January 2008 (has links)
Thesis (Ph. D.)--Michigan State University. Dept. of Plant Biology, 2008. / Title from PDF t.p. (viewed on Mar. 27, 2009). Includes bibliographical references (p. 120-135). Also issued in print.
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Critérios para o estabelecimento dos períodos de interferência das plantas daninhas em cultivares de feijão e uso de glyphosate na pré-colheita /

Parreira, Mariana Casari. January 2013 (has links)
Orientador: Pedro Luis da Costa Aguiar Alves / Coorientador: João Martim Portugal e Vasconcelos Fernandes / Coorientador: Leandro Borges Lemos / Banca: Mariluce Nepomuceno / Banca: Núbia Maria Correia / Banca: Tiago Pereira Salgado / Banca: Orivaldo Arf / Resumo: Os objetivos gerais desta pesquisa foram determinar os períodos de interferência das plantas daninhas na cultura do feijão de acordo com a cultivar, critérios de estabelecimento desses períodos e efeitos da deficiência hídrica, e também verificar os efeitos do uso de glyphosate como dessecante de plantas daninhas em pré-colheita para essa cultura. Para isso, foram realizados experimentos na FCAV-UNESP, Câmpus de Jaboticabal, SP e no Instituto Politécnico de Beja - Portugal. Em maio de 2012, na FCAV, a cultura do feijoeiro foi semeada com o objetivo determinar o período anterior a interferência (PAI) em feijoeiros de hábitos de crescimento indeterminados, usando-se distintos critérios de caracterização de interferência: usando o nível de 5% de perda aceitável na produtividade, o nível de tolerância (NT) e com o período anterior ao dano no rendimento econômico (PADRE). Os tratamentos experimentais foram constituídos de dez períodos de convivência da cultura com as plantas daninhas: 0-7, 0-14, 0-21, 0-28, 0-35, 0-42, 0-49, 0-56, 0-97 (colheita) dias após a emergência (DAE) e mais uma testemunha sem convívio com as plantas daninhas, em três cultivares de feijão: Pérola, BRS Pontal e IPR Juriti. Foi adotado o delineamento experimental de blocos casualizados, com quatro repetições. Foi verificado que determinar o PAI segundo critérios econômicos tem vantagens, contudo o nível arbitrário de 5% na perda de produtividade ainda se mostra prático, pois dispensa cálculos e sua diferença em relação ao NT foi pequena. Em julho de 2012, também na FCAV, foi desenvolvido experimento com a finalidade de avaliar o efeito do herbicida glyphosate em dessecação das plantas daninhas em pré-colheita na cultura do feijão, visando a qualidade fisiológica e tecnológica do produto colhido. Os tratamentos constaram de quatro doses do glyphosate ... / Abstract: The general objectives of this study was to determine interference periods of weeds on bean crop according to the cultivar used, interference period establishment critters and the effects of hydric deficiency, and also to analyze the viability of glyphosate usage as dessicant for this crop. For these several experiments were conducted at FCAV-UNESP, Jaboticabal Campus - São Paulo and at the Instituto Politécnico de Beja - Portugal. At May 2012, Jaboticabal, bean crop was sown aiming to determine the Period Prior to Interference (PPI) on indeterminate growth bean, using different approaches of interference, such as 5% loss level, Tolerance Level (TL) and Weed Period Prior to Economic Loss (WEEPPEL). Experimental treatments were constituted of 10 periods of weed-crop co-existence: 0-7; 0-14; 0-21; 0-28; 0-35; 0-42; 0-49; 0-56; and 0-97 (harvesting) days after emergency (DAE), as well as a control plot, without weed co-existence, on three bean cultivars: Perola, BRS Pontal and IPR Juriti. Experimental design was of randomized blocks, using four replications. Through this, PPI determination by economic critters has its advantages, however, as 5% loss level, still proves to be more practical, dispensing calculating and because its difference from TL is minimum. At July, 2012, Jaboticabal, aiming to evaluate the usage of glyphosate as a bean pre-harvest weed dessicant, and its effects upon physiological and technological aspects of harvested material, four doses of glyphosate were used as weed dessicant: 180, 360, 720 and 1,080 g. a.e. ha-1, ammonium gluphosinate at 360g a.i ha-1 and a control plot with no application were tested for two cultivars (Pérola and IPR Juriti). It was used a random block design, with four replications. Usage of glyphosate as weed dessicant was verified as possible for grain commerce, if this product do not residue. However, as for seed production for new crop ... / Doutor
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Selektion von Stangenbohnensorten (Phaseolus vulgaris L.) für den Mischanbau mit Mais / Selection of climbing bean varieties (Phaseolus vulgaris L.) for mixed cropping with maize

Starke, Mathias 10 July 2018 (has links)
No description available.
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Qualidade física, fisiológica e sanitária de sementes de feijão-caupi (Vigna unguiculata L. Walp.) utilizadas no Rio Grande do Norte / Physical, physiological and sanitary quality of cowpea seeds (Vigna unguiculata L. Walp.) used in Rio Grande do Norte

Silva, Fernando Henrique Alves da 27 February 2015 (has links)
Made available in DSpace on 2016-08-12T19:15:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FernandoHAS_DISSERT.pdf: 927133 bytes, checksum: 31a3f9eaa59b472b9b7070f875947e0e (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The objective of this paper was to evaluate the physical, physiological and sanitary quality of 40 samples of cowpea seeds (Vigna unguiculata L. Walp.), which 37 samples was from saved seeds reused by producers from Rio Grande do Norte and two varieties of basic seeds, being a batch of BRS Pujante and two lots of BRS Guariba. The experiments were conducted at the Seed Analysis Laboratory and Microbiology and Phytopathology of the Universidade Federaldo Semi-Árido (UFERSA), Mossoró, RN from November 2013 to August 2014. The design used was in randomized block design for field emergence and entirely randomized to the analyzes performed in the laboratory. The data were submitted to analysis of variance and for the comparisons of means it was used the Scott Knott test, at 5% probability. The percentage data were transformed to arc sin √x / 100. The software used was ASSISTAT 7.7. For the physical analyzes the hectoliter weight tests were performed, thousand seeds weight, purity and seeds from other crops, in addition to determining the moisture content of the seeds; for physiological analyzes, germination tests were applied, first count, field emergence, speed of emergence index, seedling dry matter, accelerated aging and electrical conductivity; and for the sanitary quality tests of infested seeds and frequency and incidence of microorganisms were performed. The initial moisture content of the seeds oscillated from 8.9 to 21.3%; the hectoliter weight varied from 163 to 206 kg/hL; while the thousand seeds weight was from 159 to 352 g. For physical seed purity, it was observed values from 97.1 to 100%, wherein 5% of the samples were outside the standard (98%). Regarding the presence of other seeds, 45% of the samples were contaminated by seeds of other crops of the same species. For the germination test, 97% of the samples were above the minimum established by the law (70%). In the field emergence test it was verified that 95% of the samples obtained superior result to the minimum required (70%). 40% of the samples obtained inferior results of seedling emergence to those observed for the basic seed samples (control). For the accelerated aging it was verified that (29%) of the samples showed inferior results of the controls. And, 27% of the samples presented the lowest electrical conductivities are statistically equal to Pujante control. For the sanitary analysis it was verified the frequency of Alternaria sp. (10%), Aspergillus sp. (60%), Bipolaris spp. (8%), Colletotrichum sp. (5%), Fusarium sp. (53%), Macrophomina sp. (60%), Penicillium sp. (13%), Pleurophagminum sp. (5%), Rhizopus sp. (73%), Rhizoctonia sp. (70%), Rhizobium sp. (100%) and Pantoea sp. (3%). The bean weevil (Callosobruchus maculatus) appeared in 94% of samples. Therefore, it was concluded that the commercial seeds of cowpea, produced in accordance with the technical production recommendations, present superior physical, physiological and sanitary attributes to the saved or own seeds. On the other hand, the saved or own seeds show to be inadequate for seeding and/or marketing due to the low physical, physiological and sanitary quality / O objetivo deste trabalho visou avaliar a qualidade física, fisiológica e sanitária de 40 amostras de sementes de feijão-caupi (Vigna unguiculata L. Walp.), sendo 37 amostras de sementes salvas reutilizadas pelos produtores do Rio Grande do Norte e duas variedades de sementes básicas, sendo um lote da BRS Pujante e dois lotes da BRS Guariba. Os experimentos foram conduzidos no Laboratório de Análise Sementes e Microbiologia e de Fitopatologia da Universidade Federal do Semi-Árido (UFERSA), Mossoró, RN no período de novembro de 2013 a Agosto de 2014. O delineamento utilizado foi em blocos casualizados para emergência em campo e o inteiramente casualizado para as análises realizadas em laboratório. Os dados foram submetidos às análises de variância e para as comparações das médias utilizou-se o teste de Scott Knott, a 5% de probabilidade. Os dados de porcentagem foram transformados para arc sen √x/100. O programa utilizado foi ASSISTAT 7.7. Para as análises físicas foram realizados os testes de peso hectolítrico, peso de mil sementes, pureza e sementes de outras culturas, além da determinação do grau de umidade das sementes; para análises fisiológicas, empregou-se os testes de germinação, primeira contagem, emergência em campo, índice de velocidade de emergência, matéria seca de plântulas, envelhecimento acelerado e condutividade elétrica; e para a qualidade sanitária foram executados os testes de sementes infestadas e frequência e incidência de microrganismos. O grau de umidade inicial das sementes oscilou de 8,9 a 21,3%; o peso hectolítrico variou de 163 a 206 kg/hL; enquanto o peso de mil sementes foi de 159 a 352 g. Para pureza física das sementes, foram observados valores de 97,1 a 100%, sendo que 5% das amostras encontravam-se fora do padrão (98%). No tocante a presença de outras sementes, 45% das amostras apresentaram-se contaminadas por sementes de outras cultivares da mesma espécie. Para o teste de germinação, 97% das amostras estavam acima do mínimo estabelecido pela legislação (70%). No teste de emergência em campo verificou-se que 95% das amostras obtiveram resultado superior ao mínimo exigido (70%). 40% das amostras obtiveram resultados de emergência de plântulas inferiores aos verificados para as amostras de sementes básicas (controle). Para o envelhecimento acelerado verificou-se que (29%) das amostras apresentaram resultados inferiores os controles. E, 27% das amostras apresentaram as menores condutividades elétricas estão iguais estatisticamente ao controle Pujante. Para a analise sanitária verificou-se a frequência de Alternaria sp. (10%), Aspergillus sp. (60%), Bipolaris sp. (8%), Colletotrichum sp. (5%), Fusarium sp. (53%), Macrophomina sp. (60%), Penicillium sp. (13%), Pleurophagminum sp. (5%), Rhizopus sp. (73%), Rizoctonia sp. (70%), Rhizobium sp. (100%) e Pantoea sp. (3%). O gorgulho do feijoeiro (Callosobruchus maculatus) apresentou-se em 94% das amostras. Sendo assim, conclui-se que as sementes comerciais de feijão-caupi, produzidas de acordo com as recomendações técnicas de produção, apresentam atributos físicos, fisiológicos e sanitários superiores às sementes salvas ou próprias. Por outro lado, as sementes salvas ou próprias mostram-se inadequadas para semeadura e/ou comercialização por conta da baixa qualidade física, fisiológica e sanitária
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Qualidade física, fisiológica e sanitária de sementes de feijão-caupi (Vigna unguiculata L. Walp.) utilizadas no Rio Grande do Norte / Physical, physiological and sanitary quality of cowpea seeds (Vigna unguiculata L. Walp.) used in Rio Grande do Norte

Silva, Fernando Henrique Alves da 27 February 2015 (has links)
Made available in DSpace on 2016-08-12T19:18:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FernandoHAS_DISSERT.pdf: 927133 bytes, checksum: 31a3f9eaa59b472b9b7070f875947e0e (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The objective of this paper was to evaluate the physical, physiological and sanitary quality of 40 samples of cowpea seeds (Vigna unguiculata L. Walp.), which 37 samples was from saved seeds reused by producers from Rio Grande do Norte and two varieties of basic seeds, being a batch of BRS Pujante and two lots of BRS Guariba. The experiments were conducted at the Seed Analysis Laboratory and Microbiology and Phytopathology of the Universidade Federaldo Semi-Árido (UFERSA), Mossoró, RN from November 2013 to August 2014. The design used was in randomized block design for field emergence and entirely randomized to the analyzes performed in the laboratory. The data were submitted to analysis of variance and for the comparisons of means it was used the Scott Knott test, at 5% probability. The percentage data were transformed to arc sin √x / 100. The software used was ASSISTAT 7.7. For the physical analyzes the hectoliter weight tests were performed, thousand seeds weight, purity and seeds from other crops, in addition to determining the moisture content of the seeds; for physiological analyzes, germination tests were applied, first count, field emergence, speed of emergence index, seedling dry matter, accelerated aging and electrical conductivity; and for the sanitary quality tests of infested seeds and frequency and incidence of microorganisms were performed. The initial moisture content of the seeds oscillated from 8.9 to 21.3%; the hectoliter weight varied from 163 to 206 kg/hL; while the thousand seeds weight was from 159 to 352 g. For physical seed purity, it was observed values from 97.1 to 100%, wherein 5% of the samples were outside the standard (98%). Regarding the presence of other seeds, 45% of the samples were contaminated by seeds of other crops of the same species. For the germination test, 97% of the samples were above the minimum established by the law (70%). In the field emergence test it was verified that 95% of the samples obtained superior result to the minimum required (70%). 40% of the samples obtained inferior results of seedling emergence to those observed for the basic seed samples (control). For the accelerated aging it was verified that (29%) of the samples showed inferior results of the controls. And, 27% of the samples presented the lowest electrical conductivities are statistically equal to Pujante control. For the sanitary analysis it was verified the frequency of Alternaria sp. (10%), Aspergillus sp. (60%), Bipolaris spp. (8%), Colletotrichum sp. (5%), Fusarium sp. (53%), Macrophomina sp. (60%), Penicillium sp. (13%), Pleurophagminum sp. (5%), Rhizopus sp. (73%), Rhizoctonia sp. (70%), Rhizobium sp. (100%) and Pantoea sp. (3%). The bean weevil (Callosobruchus maculatus) appeared in 94% of samples. Therefore, it was concluded that the commercial seeds of cowpea, produced in accordance with the technical production recommendations, present superior physical, physiological and sanitary attributes to the saved or own seeds. On the other hand, the saved or own seeds show to be inadequate for seeding and/or marketing due to the low physical, physiological and sanitary quality / O objetivo deste trabalho visou avaliar a qualidade física, fisiológica e sanitária de 40 amostras de sementes de feijão-caupi (Vigna unguiculata L. Walp.), sendo 37 amostras de sementes salvas reutilizadas pelos produtores do Rio Grande do Norte e duas variedades de sementes básicas, sendo um lote da BRS Pujante e dois lotes da BRS Guariba. Os experimentos foram conduzidos no Laboratório de Análise Sementes e Microbiologia e de Fitopatologia da Universidade Federal do Semi-Árido (UFERSA), Mossoró, RN no período de novembro de 2013 a Agosto de 2014. O delineamento utilizado foi em blocos casualizados para emergência em campo e o inteiramente casualizado para as análises realizadas em laboratório. Os dados foram submetidos às análises de variância e para as comparações das médias utilizou-se o teste de Scott Knott, a 5% de probabilidade. Os dados de porcentagem foram transformados para arc sen √x/100. O programa utilizado foi ASSISTAT 7.7. Para as análises físicas foram realizados os testes de peso hectolítrico, peso de mil sementes, pureza e sementes de outras culturas, além da determinação do grau de umidade das sementes; para análises fisiológicas, empregou-se os testes de germinação, primeira contagem, emergência em campo, índice de velocidade de emergência, matéria seca de plântulas, envelhecimento acelerado e condutividade elétrica; e para a qualidade sanitária foram executados os testes de sementes infestadas e frequência e incidência de microrganismos. O grau de umidade inicial das sementes oscilou de 8,9 a 21,3%; o peso hectolítrico variou de 163 a 206 kg/hL; enquanto o peso de mil sementes foi de 159 a 352 g. Para pureza física das sementes, foram observados valores de 97,1 a 100%, sendo que 5% das amostras encontravam-se fora do padrão (98%). No tocante a presença de outras sementes, 45% das amostras apresentaram-se contaminadas por sementes de outras cultivares da mesma espécie. Para o teste de germinação, 97% das amostras estavam acima do mínimo estabelecido pela legislação (70%). No teste de emergência em campo verificou-se que 95% das amostras obtiveram resultado superior ao mínimo exigido (70%). 40% das amostras obtiveram resultados de emergência de plântulas inferiores aos verificados para as amostras de sementes básicas (controle). Para o envelhecimento acelerado verificou-se que (29%) das amostras apresentaram resultados inferiores os controles. E, 27% das amostras apresentaram as menores condutividades elétricas estão iguais estatisticamente ao controle Pujante. Para a analise sanitária verificou-se a frequência de Alternaria sp. (10%), Aspergillus sp. (60%), Bipolaris sp. (8%), Colletotrichum sp. (5%), Fusarium sp. (53%), Macrophomina sp. (60%), Penicillium sp. (13%), Pleurophagminum sp. (5%), Rhizopus sp. (73%), Rizoctonia sp. (70%), Rhizobium sp. (100%) e Pantoea sp. (3%). O gorgulho do feijoeiro (Callosobruchus maculatus) apresentou-se em 94% das amostras. Sendo assim, conclui-se que as sementes comerciais de feijão-caupi, produzidas de acordo com as recomendações técnicas de produção, apresentam atributos físicos, fisiológicos e sanitários superiores às sementes salvas ou próprias. Por outro lado, as sementes salvas ou próprias mostram-se inadequadas para semeadura e/ou comercialização por conta da baixa qualidade física, fisiológica e sanitária
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Cruzamentos dialélicos visando a escolha de genitores no melhoramento de feijão preto / Diallel aimed at improving parental choice in black bean

Moura, Lisandra Magna 26 July 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 581223 bytes, checksum: 48f92fffa70cb8c813c4cf6aea635f38 (MD5) Previous issue date: 2013-07-26 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / This objective of this work was to evaluate the potential of 12 lines of beans in order to obtain segregating populations with potential for extracting lines with high grain yield, resistance to major pathogens that attack the culture, erect plant architecture and black grains accepted commercially. Thus, these 12 lines were placed into two groups (G1 and G2 ) to compose a partial diallel in a 5 x7 design. Group 1 was composed of black grain and erect plant architecture while the second group was composed of Carioca bean lines and resistant to the main fungal diseases that occur in beans crop. The thirtyfive F1 hybrids and 12 parents were assessed in the 2012 winter harvest. A randomized block design with three replications and three 1-metter row plot were used. Severity of angular leaf spot (in the field), the plant architecture and grain yield were all evaluated. Data were analyzed according to the partial diallel model proposed by Geraldi and Miranda Filho (1988) using parents and F1's. Regarding severity of angular leaf spot, significant effects were observed in both overall combining ability of groups 1 (OCA1) and 2 (OCA2) and specific combining ability (SCA) of hybrids between the groups. Three lines of Group 1 and three lines of Group 2 stood out for frequency of angular spot resistant alleles: Xamego , BRS Valente and TB 94-01 and BRS Estilo, VC 20 and CNFC 10720, respectively. Considering the architecture of plants, only CGC of Group 1 had a significant effect, especially TB 94-01, L 20 and BRS Valente. As for grain yield, significant effects of overall combining ability of group 2 (OCA2) and specific combining ability (SCA) were found. Lines BRS Estilo and CNFC 10720 stood out for frequency of favorable alleles. Additive effects were predominant in the genetic control of three characters. The crossings BRS Valente / BRS Estilo and BRS Valente / CNFC 10720 stand out in obtaining potential populations for extracting of promising lines for resistance to angular leaf spot, erect plant architecture and grain yield. / Este trabalho teve como objetivo avaliar o potencial de 12 linhagens de feijão visando a obtenção de populações segregantes com potencial para a extração de linhagens que associem alta produtividade de grãos, resistência aos principais patógenos que assolam a cultura, arquitetura ereta de planta e grãos tipo preto aceitos comercialmente. Para tal, essas 12 linhagens foram dispostas em dois grupos (G1 e G2) para compor um dialelo parcial num esquema (5 x 7). O grupo 1 foi composto por linhagens de grãos preto e arquitetura ereta de planta enquanto o grupo 2 de linhagens de grãos carioca e resistentes às principais doenças fúngicas que ocorrem na cultura do feijoeiro. Os 35 híbridos F1 s e os 12 genitores foram avaliados na safra do inverno de 2012. Utilizou-se o delineamento em blocos casualizados com três repetições e parcelas de três linhas de um metro. Foram avaliadas a severidade de mancha-angular (no campo), a arquitetura de plantas e a produtividade de grãos. Os dados foram analisados de acordo com o modelo de dialelo parcial proposto por Geraldi e Miranda Filho (1988) utilizando pais e F1 s. Para a severidade de mancha-angular foram observados efeitos significativos tanto para a capacidade geral de combinação dos grupos 1 (CGC1) e 2 (CGC2) quanto para a capacidade específica de combinação (CEC) dos híbridos entre os grupos. Em relação à freqüência de alelos de resistência à mancha-angular destacaram-se três linhagens do grupo 1 (Xamego, BRS Valente e TB 94-01) e três do grupo 2 (BRS Estilo, VC 20 e CNFC 10720). Considerando a arquitetura de plantas, apenas a CGC do grupo 1 apresentou efeito significativo, com destaque para as linhagens TB 94-01, L 20 e BRS Valente. Já para produtividade de grãos, foram observados efeitos significativos da capacidade geral de combinação do grupo 2 (CGC2) e específica de combinação (CEC). Neste grupo destacaram-se as linhagens BRS Estilo e CNFC 10720 quanto à freqüência de alelos favoráveis. Houve predominância de efeitos aditivos no controle genético dos três caracteres. Os cruzamentos BRS Valente / BRS Estilo e BRS Valente / CNFC 10720 se destacam na obtenção de potenciais populações para a extração de linhagens promissoras quanto à resistência à mancha-angular, arquitetura ereta de plantas e produtividade de grãos.
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Quitinase de Classe I de feijão-de-corda (Vigna unguiculata): Estudo preliminar da expressão do gene, clonagem, expressão e purificação em Escherichia coli BL21(λ)DE3 e determinação da estrutura através da modelagem por homologia / Chitinase of Classroom I of beans-of-rope (Vigna unguiculata): Preliminary study of the expression of the gene, clonagem, expression and purificação in Escherichia coli BL21 (λ) DE3 and determination of the structure through the modeling for homologia

Correia, Tuana Oliveira January 2007 (has links)
CORREIA, Tuana Oliveira. Quitinase de Classe I de feijão-de-corda (Vigna unguiculata): Estudo preliminar da expressão do gene, clonagem, expressão e purificação em Escherichia coli BL21(λ)DE3 e determinação da estrutura através da modelagem por homologia. 2007. 90 f.Dissertação (Mestrado em Bioquímica)-Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2007. / Submitted by Eric Santiago (erichhcl@gmail.com) on 2016-07-13T14:28:51Z No. of bitstreams: 1 2007_dis_tocorreia.pdf: 4501880 bytes, checksum: 7e0762a6def00c394cbdb56fc9fe2389 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-07-13T23:35:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_dis_tocorreia.pdf: 4501880 bytes, checksum: 7e0762a6def00c394cbdb56fc9fe2389 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-13T23:35:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_dis_tocorreia.pdf: 4501880 bytes, checksum: 7e0762a6def00c394cbdb56fc9fe2389 (MD5) Previous issue date: 2007 / In this work we have made a preliminary study on the expression of a class I chitinase gene from cowpea (Vigna unguiculata L.Walp), cloning and expression of this gene in Escherichia coli BL21(λ)DE3 cells and, through homology modeling, we determined the three­ dimensional structure of this protein. The expression of the class I quitinase gene from cowpea was performed by RT­PCR from the total RNA, with specific primers, from seeds and pods in distinct stages of development (2, 4, 6, 8 , 10, 12, 14, 16 and 18 days), belonging to two contrasting genotypes regarding to infection by Callosobruchus maculatus, IT81D­1053 (resistant) e TE97­419­07F (susceptible). The gene expression in leaves, roots, epicotyls and hipocotyls from two contrasting genotypes considering the infection by the nematoid Meloidogyne incongnita, CE­31(resistant) e TE97­411­1F (susceptible). The VuChiI gene cloning was accomplished from the amplified product on RT­PCR with IT81D­1053 seeds, and the amplified product from the genomic DNA of MONTEIRO. Eleven clones were obtained, from which nine were sequenced. The cloning of R7 clone was accomplished in pET15b vector and the expression of the recombinant protein was induced in the presence of IPTG 1mM. The protein, with 30 kDa, was visualized through a SDS­PAGE. The protein purified through an affinity chromatography in Sepharose column with immobilized Nickel did not had a significative hydrolytic activity. The models generated for the clones and for the native chitinase, have indicated that mutations that occurred did not changed the molecule's active sites. Thus, the class I chitinase gene from feijão­ de­ corda seems to present constitutive expression in all parts of the plant. The recombinant chitinase obtained was inactive. The specific mutations in the resulting clones suggests the occurrence of isoforms of this protein, what should be elucidated in the future. / No presente trabalho, foi realizado um estudo preliminar sobre a expressão de um gene de quitinase de classe I de feijão-de-corda (Vigna unguiculata L.Walp), a clonagem e expressão desse gene em células de Escherichia coli BL21(λ)DE3 e a determinação via modelagem por homologia da estrutura tridimensional dessa proteína. A expressão do gene da quitinase de classe I de feijão-de-corda foi obtida a partir de RT-PCR com oligonucleotídeos iniciadores específicos. Nessas reações, foram usadas amostras de RNA total de sementes e vagens em diferentes estágios de crescimento (2, 4, 6, 8 , 10, 12, 14, 16 e 18 dias), pertencentes a dois genótipos contrastantes quanto a infecção pelo Callosobruchus maculatus, IT81D-1053 (resistente) e TE97-419-07F (suscetível). A expressão foi avaliada também em folhas, raízes, epicótilo e hipocótilo de dois genótipos contrastantes quanto a infecção pelo nematóide das galhas Meloidogyne incongnita, CE-31 (resistente) e TE97-411-1F (suscetível). A clonagem do gene VuChiI foi realizada a partir do produto amplificado da RT-PCR de sementes de IT81D-1053, e do produto amplificado a partir do DNA genômico de MONTEIRO. Foram obtidos 11 clones confirmados, dos quais 9 foram seqüenciados. A subclonagem do clone R7 foi realizada em pET15b e a expressão da proteína recombinante foi induzida na presença de IPTG 1mM. A proteína recombinante, com aproximadamente 30 kDa, foi visualizada através de um SDS-PAGE. A proteína purificada através de uma cromatografia de afinidade em coluna de Sepharose com Níquel imobilizado não apresentou atividade quitinásica significativa. Os modelos gerados para os clones obtidos e para a quitinase nativa, indicam que as mutações ocorridas não alteram os sítios ativos das moléculas. Dessa forma, a quitinase de classe I do feijão-de-corda parece apresentar expressão constitutiva em todas as partes da planta. A quitinase recombinante obtida foi pouco ativa. As mutações pontuais nos clones obtidos sugerem a ocorrência de isoformas dessa proteína, o que ainda deve ser elucidado no futuro.
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Reuso de águas residuárias no cultivo da mamona: um estudo de caso para o município de Pacatuba-CE / Reuse wastewater castor in farming: a case study for the city of Pacatuba-CE

Cisias, Francisco Carlos Andrade January 2009 (has links)
CISIAS, Francisco Carlos Andrade. Reuso de águas residuárias no cultivo da mamona: um estudo de caso para o município de Pacatuba-CE. 2009. 83 f. : Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Ceará, Programa de Pós-Graduação em Desenvolvimento e Meio Ambiente-(PRODEMA), Fortaleza-CE, 2009. / Submitted by guaracy araujo (guaraa3355@gmail.com) on 2016-04-06T17:51:11Z No. of bitstreams: 1 2009_dis_fcacisias.pdf: 1970923 bytes, checksum: 95d9891cbcfa5607610484f7732c4a00 (MD5) / Approved for entry into archive by guaracy araujo(guaraa3355@gmail.com) on 2016-04-06T17:52:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_dis_fcacisias.pdf: 1970923 bytes, checksum: 95d9891cbcfa5607610484f7732c4a00 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-06T17:52:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_dis_fcacisias.pdf: 1970923 bytes, checksum: 95d9891cbcfa5607610484f7732c4a00 (MD5) Previous issue date: 2009 / The demand of water for farming in Brazil is currently approximately 70% of the total consumed, projected to reach close to 80% before the end of this decade. The growing demand for fresh water, related to the currently accelerated population growth and with the requirements of the various economic activities, has made the reuse of wastewater a current topic of great importance, also in the Brazilian state of Ceará, where water is scarce. Water scarcity adds interest to drought resistant crops, such as the castor-oil plant (Ricinus communis Linn), whose beans are raw material for the manufacture of biodiesel. Considering this, we could ask: is it possible to increase the economic, social and environmental benefit of wastewater reuse in the cultivation of the castor oil plant, for the State Sanitation Company (Companhia de Água e Esgoto do Ceará - CAGECE) and for the farmers, using the Integrated Resource Management (IRM)? The overall objective of this research is to make a case study using the IRM model to simulate the production of castor beans by reusing wastewater in Pacatuba, Ceará, Brazil, simulating the integration of the process of wastewater stabilization ponds and the use of the outflow in the cultivation of the castor oil plant. To achieve this, a mapping with the data provided by CAGECE was achieved considering the Wastewater Treatment Plants (WWTPs). After this step, we performed a case study for the city of Pacatuba, applying analysis to the (isolated and combined) resources needed for the production of castor beans, especially for the farmers and for CAGECE applying the IRM to castor oil plant cultivation. We also evaluated operating costs (for the farmers) of castor oil plant cultivation, such as electricity and irrigation system. For CAGECE, we considered the costs of setting up the Wastewater Treatment Plant (WWTP) of Pacatuba. We observed that, when acting in integration with the farmer, the CAGECE increases its revenue from the sale of reused water to the farmers. In this case, revenue would increase by 9%, which implies an increase in gross margin, which would be about 11%. Therefore, for the farmer, the cost of water would be reduced, because the bulk water would be replaced by reuse water, which would represent a decrease in water cost of 50%, with a consequent increase in gross margin by approximately 0.5%. / A crescente demanda por água doce relacionada com o crescimento populacional cada vez mais acelerado, e no atendimento às diversas atividades econômicas exercidas pelo homem, tem feito do reuso de águas residuárias um tema atual de grande importância, sobretudo no Estado do Ceará, onde este bem é escasso. A demanda de água para fins agrícolas no Brasil é cerca de 70% do total consumido atualmente, podendo chegar próximo dos 80% antes do término desta década. A mamona (Ricinus communis Linn) apresenta-se como uma alternativa de cultivo para a produção de biodiesel. Perante esta situação cabe o seguinte questionamento: é possível tornar mais vantajoso do ponto de vista econômico, social e ambiental, a prática do reuso de águas residuárias no cultivo da mamona, para a Companhia de Água e Esgoto do Ceará (CAGECE) e para o produtor agrícola, utilizando a Gestão Integrada de Recursos (GIR)? O objetivo geral da presente pesquisa consiste em fazer um estudo de caso aplicando o modelo GIR para a simulação do cultivo da mamona mediante o reuso de efluentes em Pacatuba-Ce. Utilizou-se como metodologia este modelo para simular a integração entre as vazões das lagoas de estabilização e seu emprego no campo. Para isto, realizou-se mapeamento com dados fornecidos pela CAGECE das Estações de Tratamento de Esgotos (ETEs) compostas por lagoas de estabilização. Concluída esta etapa, foi realizado um estudo de caso para o município de Pacatuba utilizando-se da análise isolada e conjunta dos recursos necessários à produção de mamona, por meio do modelo GIR para a CAGECE e para o produtor agrícola. Foram avaliados ainda para o produtor agrícola os custos operacionais da mamona; os custos com energia elétrica e com o sistema de irrigação. Para a CAGECE, foram considerados os custos de implantação da Estação de Tratamento de Esgotos (ETE) de Pacatuba. Como resultado observa-se que, ao atuar de forma integrada com o produtor agrícola, a CAGECE aumenta a sua receita com a venda da água de reuso ao produtor interessado. Neste caso, a receita aumentaria em nove por cento, o que mostra consequente aumento da margem bruta, que seria de 11%. Consequentemente, para o produtor agrícola, o custo da água tornar-se-ia menor, pois a água bruta seria substituída por água de reuso, o que representaria um decréscimo de 50% com consequente aumento da margem bruta, cerca de meio por cento.A crescente demanda por água doce relacionada com o crescimento populacional cada vez mais acelerado, e no atendimento às diversas atividades econômicas exercidas pelo homem, tem feito do reuso de águas residuárias um tema atual de grande importância, sobretudo no Estado do Ceará, onde este bem é escasso. A demanda de água para fins agrícolas no Brasil é cerca de 70% do total consumido atualmente, podendo chegar próximo dos 80% antes do término desta década. A mamona (Ricinus communis Linn) apresenta-se como uma alternativa de cultivo para a produção de biodiesel. Perante esta situação cabe o seguinte questionamento: é possível tornar mais vantajoso do ponto de vista econômico, social e ambiental, a prática do reuso de águas residuárias no cultivo da mamona, para a Companhia de Água e Esgoto do Ceará (CAGECE) e para o produtor agrícola, utilizando a Gestão Integrada de Recursos (GIR)? O objetivo geral da presente pesquisa consiste em fazer um estudo de caso aplicando o modelo GIR para a simulação do cultivo da mamona mediante o reuso de efluentes em Pacatuba-Ce. Utilizou-se como metodologia este modelo para simular a integração entre as vazões das lagoas de estabilização e seu emprego no campo. Para isto, realizou-se mapeamento com dados fornecidos pela CAGECE das Estações de Tratamento de Esgotos (ETEs) compostas por lagoas de estabilização. Concluída esta etapa, foi realizado um estudo de caso para o município de Pacatuba utilizando-se da análise isolada e conjunta dos recursos necessários à produção de mamona, por meio do modelo GIR para a CAGECE e para o produtor agrícola. Foram avaliados ainda para o produtor agrícola os custos operacionais da mamona; os custos com energia elétrica e com o sistema de irrigação. Para a CAGECE, foram considerados os custos de implantação da Estação de Tratamento de Esgotos (ETE) de Pacatuba. Como resultado observa-se que, ao atuar de forma integrada com o produtor agrícola, a CAGECE aumenta a sua receita com a venda da água de reuso ao produtor interessado. Neste caso, a receita aumentaria em nove por cento, o que mostra consequente aumento da margem bruta, que seria de 11%. Consequentemente, para o produtor agrícola, o custo da água tornar-se-ia menor, pois a água bruta seria substituída por água de reuso, o que representaria um decréscimo de 50% com consequente aumento da margem bruta, cerca de meio por cento.

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