Les victimes d'accident de la route sont recensées par les forces de l'ordre, en France, et dans la plupart des pays. L'enregistrement des blessés non-décédés est incomplet et biaisé (biais de sélection et de classement de la gravité). Un registre médical couvre le département du Rhône. La coexistence des recensements policier et médical permet par capture-recapture d'estimer un bilan exhaustif au niveau rhodanien, et ainsi d'estimer les facteurs de correction des données policières. En faisant l'hypothèse d'homogénéité, sur le territoire national, des pratiques policières d'enregistrement des blessés, nous appliquons les coefficients de correction aux données policières nationales, en redressant sur les facteurs de biais. Les effectifs annuels moyens sur 1996-2004 sont alors estimés à 514 000 blessés dont 61 000 blessés graves, soit 3,7 et 2,2 fois les décomptes des forces de l'ordre. Les blessés avec séquelles lourdes sont estimés à 8000 annuellement, soit autant que les tués.

Les taux de réponse des enquêtes ménages déplacements tendent à décroître dans le temps, et il semble peu probable que cette tendance s'inverse à l'avenir. Ces dernières années, les méthodes utilisées pour recueillir les données de mobilité ont évolué, afin de prendre en compte d'une part la nécessité d'obtenir des informations fiables et suffisamment précises pour nourrir des modèles de plus en plus complexes et d'autre part l'intégration des nouvelles technologies dans les protocoles d'enquête (web, GPS...). La combinaison de différents médias s'est imposée comme un moyen d'améliorer la qualité des données produites à moindre coût, en permettant une augmentation du taux de réponse global. Mais la question de la comparabilité des données dans le temps et entre les différents modes reste entière. Nous avons proposé de mener une enquête web en parallèle de l'enquête ménages déplacements réalisée à Lyon en face-à-face en 2006. Le but était de demander aux individus qui ont refusé de recevoir un enquêteur à leur domicile ou qu'il n'a pas été possible de joindre durant la première vague d'interviews de répondre en ligne. Les deux principaux objectifs de cette recherche sont de tester la faisabilité d'une enquête web auprès des non-répondants et de comparer les données de mobilité des deux échantillons web et face-à-face. L'analyse montre que les internautes sont moins mobiles que les individus qui répondent en face-à-face (3,00 vs. 3,63 déplacements quotidiens), avec des différences plus ou moins marquées selon les modes et les motifs. Si les différences socio-économiques des répondants peuvent expliquer en partie cet écart (les internautes ont un profil particulier), l'hypothèse d'une sous-déclaration imputable au média web n'est pas à exclure. Pour approfondir l'analyse, il est nécessaire de mobiliser des techniques économétriques. Le modèle du biais de sélection, dont les paramètres sont estimés à l'aide de la procédure en deux étapes développée par Heckman semble prometteur, puisqu'il nous permet par exemple d'isoler l'effet des différences socio-économiques de celui lié au mode d'enquête sur la mobilité quotidienne.

Les récents progrès, dans les domaines de la biologie computationnelle et des techniques de biologie moléculaire, ont conduit à l'émergence d'une nouvelle discipline appelée génomique des populations, et dont l'un des objectifs principaux est l'étude de la structure spatiale de la diversité génétique. Cette structure est déterminée à la fois par des forces neutres, comme la migration et la dérive, et des forces adaptatives comme la sélection naturelle, et trouve des applications importantes dans de nombreux domaines comme la génétique médicale ou la biologie de la conservation. Nous développons ici de nouvelles méthodes statistiques pour évaluer le rôle de la sélection naturelle et de l'environnement dans cette structure spatiale. Le modèle bayésien Dirichlet-multinomial de différenciation génétique est utilisé comme base à ces différentes méthodes. Dans un premier temps, nous proposons d'inclure des variables environnementales dans l'estimation de la structure génétique afin d'identifier les facteurs biotiques et abiotiques qui la déterminent. Ensuite, nous étudions la possibilité d'étendre le modèle Dirichlet-multinomial aux marqueurs dominants, devenus très populaires ces dernières années, mais affectés par différents biais de recrutement. Enfin, nous cherchons à séparer les effets neutres des effets de la sélection naturelle, afin, en particulier, d'identifier les régions du génome qui y sont soumis. Trois bases de données ont été analysées pour illustrer l'utilisation de ces nouvelles méthodes : des données humaines, des données de l'arganier du Maroc et des données de littorine. Finalement, nous avons développé trois logiciels implémentant ces différents modèles.

Cette thèse regroupe des travaux concernant le biais d'usage de codons et son rôle chez les bactéries et leurs phages, en particulier sur les processus de traduction et l'organisation des génomes bactériens. Après une introduction portant sur i) la traduction chez les procaryotes, et ii) les techniques de classification et leurs liens avec la théorie de l'information, un nouvel algorithme de partition d'un ensemble de gènes en fonction de leur usage de codons est présenté. Son application aux génomes d'E. coli et de B. subtilis permet de mettre en évidence plusieurs phénomènes. Le génome de ces organismes se décompose respectivement en 4 et 5 groupes de gènes ayant des usages de codons distincts. Les gènes du même groupe tendent à partager des fonctions similaires, et sont organisés sur le chromosome en domaines cohérents d'une longueur de 10 à 15 gènes. Cette organisation non triviale pourrait permettre une régulation de la vitesse de traduction des gènes en fonction de leur similarité avec leur environnement génétique. <br />Dans la seconde partie le biais de codons et le contenu en ARN de transfert (ARNt) de bactériophages sont analysés, comparativement à ceux de leurs hôtes. L'étude statistique montre que le contenu en ARNt des phages n'est pas aléatoire, mais biaisé en faveur d'ARNt complémentaires aux codons fréquents dans le génome du phage. Un modèle d'équation maîtresse montre que cette distribution des ARNt au sein des génomes de phages pourrait être le résultat de deux processus : l'acquisition aléatoire par le phage d'ARNt, parmi ceux de l'hôte, et la perte préférentielle des ARNt correspondants à des codons moins utilisés par le phage que par son hôte. Un tel mécanisme permettrait au phage de s'adapter en ne conservant au final que les ARNt présents en quantité insuffisante chez son hôte pendant l'infection. Finalement, on observe plus d'ARNt chez les phages lytiques que chez les tempérés, laissant supposer que les processus de traduction sont soumis à une plus forte pression de sélection chez eux.

L'objectif général de la thèse est d'examiner le rôle de l'utilisation du langage dans la perpétuation des biais intergroupes. Plus spécifiquement, il s'agit d'étudier les conséquences du Biais Linguistique Intergroupe (Linguistic Intergroup Bias, LIB,Maass, Salvi, Arcuri, & Semin, 1989). Le LIB est une manifestation subtile du biais de favoritisme endogroupe au niveau langagier. Ce biais se traduit par l'utilisation préférentielle de termes abstraits, i.e. des adjectifs, pour décrire les comportements positifs des membres de l'endogroupe et négatifs des membres de l'exogroupe, et à l'inverse par l'utilisation de termes concrets, i.e. des verbes d'action, pour décrire les comportements négatifs des membres de l'endogroupe et positifs des membres de l'exogroupe. Il est généralement admis que le LIB participe au maintien et à latransmission des croyances sur les groupes (Wigboldus & Douglas, 2007), cependant les processus sous-jacents restent relativement peu étudiés. Cette thèse propose une approche normative des conséquences du LIB, en examinant l'évaluation de l'usage de l'abstraction linguistique en contexte intergroupe. Le programme de recherche se décline en huit études. Trois études portent sur les liens entre usage de l'abstraction linguistique et évaluation des biais du locuteurà l'égard du groupe décrit. Quatre études examinent ensuite les liens entre utilisation de l'abstraction et évaluation de la valeur du locuteur en tant que membre de son groupe. Enfin, la dernière étude porte sur les conséquences des réactions sociales envers l'utilisation du LIB sur la perception des normes et sur l'expression explicite des biais intergroupes. Globalement, les résultats soutiennent l'idée que l'usage de l'abstraction linguistique en contexte intergroupe, et donc leLIB, peut faire l'objet de régulations normatives. Les implications pour le rôle du LIB dans la perpétuation des biais intergroupes sont discutées

La question du bien-être de l'animal ne se pose que si on lui reconnaît le statut d'être sensible, capable de ressentir des émotions. Les émotions dépendent de processus cognitifs qu'entreprend l'animal pour évaluer son environnement. Pour comprendre le passage des émotions à un état de bien-être, nous avons étudié si ces processus cognitifs peuvent être biaisés par les émotions, lesquelles en retour seraient modulées durablement. Un modèle de stress chronique a été développé sur ovins : des agnelles sont exposées de manière répétée à des évènements aversifs, imprévisibles et incontrôlables. L'altération des systèmes neuroendocriniens et la potentialisation de la réactivité émotionnelle confirment que les agnelles ont développé un stress. Ensuite, l'effet de ce stress chronique sur les processus d'évaluation a été exploré : les agnelles stressées montrent une évaluation négative et des déficits d'apprentissage. Enfin, nous avons cherché à savoir si l'induction répétée d'émotions positives chez des agnelles stressées peut contrecarrer les biais d'évaluation négative induits par le stress. Elles évaluent de manière plus positive les événements ambigus que les agnelles uniquement stressées. L'accumulation d'émotions négatives peut conduire l'animal à développer une perception pessimiste de son environnement et une anhédonie, qui contribuent à auto-entretenir l'état de stress. La réduction d'anhédonie après induction répétée d'émotions positives montre que des stratégies cognitivo-comportementales sont envisageables pour corriger un stress. Bien qu'analytiques, ces travaux contribuent à la conception de pratiques d'élevage innovantes améliorant la qualité de vie des animaux.

L'objectif de la thèse est de montrer non seulement que le changement technologique est un déterminant de la croissance économique, mais aussi d'analyser la relation qu'il entretient avec les inégalités.Cette piste, qui est la ligne directrice de ce travail, est exploitée à partir de modèles théoriques de croissance et d'applications empiriques suivant nombreux champs d'investigation. L'intérêt est double : étudier l'impact des inégalités des revenus sur les changements technologiques ; vérifier l'hypothèse des changements technologiques biaisés en faveur des compétences et étudier l'impact des changements technologiques sur l'inégalité d'accès à l'emploi.Dans cette optique, le premier chapitre s'intéresse à la relation entre capital humain, recherche et développement, technologie et croissance. Ce changement technologique stimulant la croissance économique entraîne des inégalités de salaires.Le deuxième chapitre analyse l'impact des inégalités sur la croissance passant par les changements technologiques. Un premier courant de pensée suggère une relation positive entre l'inégalité et la croissance, un deuxième courant suggère une relation négative. La validation empirique consiste à évaluer le rôle des inégalités de revenus pour la croissance économique et par suite pour les changements technologiques. La technique utilisée est celle du Panel statique et dynamique pour un échantillon de pays en développement. Le troisième chapitre étudie l'impact du progrès technique sur les inégalités. Il s'intéresse à la notion de biais technologique et au rôle des inégalités entre travailleurs qualifiés et non qualifiés. La validation empirique se base aussi sur l'économétrie des données de panel. Le premier modèle teste l'impact du changement technologique et du capital sur l'inégalité d'accès à l'emploi. Dans un second modèle, la validité de l'hypothèse de Kuznets relative au changement technologique est testée

Dans le contexte actuel de crise de biodiversité, il est primordial de comprendre où et comment se distribuent les êtres vivants. En utilisant les données de biodiversité gérées par le GBIF (> 640 millions d'occurrences) et couvrant 24 classes taxonomiques, j'ai étudié un patron de biodiversité remarquable, le gradient latitudinal de diversité (LDG). Cet objectif m'a d'abord amené à produire des outils informatiques afin de manipuler ces données de biodiversité (Big Data), puis à évaluer la qualité des données. J’ai alors mis en évidence deux phénomènes importants. Premièrement, un fort biais taxonomique existe dans les données d'occurrences de biodiversité. Certains taxons sont plus étudiés que d'autres, créant un déficit de connaissance pour certains groupes et se révélant problématique pour notre compréhension globale de la biodiversité. Ce biais semble s'expliquer en partie par l'impact des préférences sociétales. Deuxièmement, un changement radical dans la production de ces données: de plus en plus de données primaires de biodiversité sont de simples observations et non plus des spécimens récoltés et mis en collection. Les dangers et avantages liés à ce changement de pratique sont discutés, le rôle de spécimens vouchers est rappelé et la nécessité d'acquérir des données supplémentaires est soulignée. Enfin, fort de cette analyse critique des données primaires de biodiversité, six hypothèses pouvant expliquer le LDG sont testées sur un jeu de données nettoyées couvrant huit classes taxonomiques. Ce test permet de réfuter une hypothèse de contrainte géométrique récente mais jamais testée pour finalement révéler que l'hypothèse de productivité est la mieux soutenue. / In the current context of biodiversity crisis, it is essential to understand where and how life is distributed. Using biodiversity data managed by the GBIF (>640 million occurrences) covering 24 taxonomic classes, I investigated one of the best-known biodiversity patterns: the latitudinal diversity gradient (LDG), which is characterized by an increase in specific richness as we approach the equator. This objective first led me to produce informatics tools for handling large amount of data (Big data paradigm), before evaluating the quality of primary biodiversity data. Two important outcomes resulted from this evaluation. First, I highlight that a strong taxonomic bias exists in biodiversity occurrences. This bias implies that some taxa are more studied than others, creating a knowledge gap detrimental to our understanding of biodiversity as a whole. This bias is strongly impacted by societal preferences rather than research activity. Second, a radical change in biodiversity data gathering practices is happening: primary biodiversity data are now mostly observation-based and not specimen-based. Assets and liabilities of this shift are discussed, while the role of voucher specimens is reiterated and, for observations, the need for ancillary data is underlined. Finally, six hypotheses proposed to explain the LDG are tested on a cleaned dataset encompassing eight taxonomic classes. A recent, but never tested, version of the geometric constraint hypothesis is refuted, while the productivity hypothesis is strongly supported.

Les digues de protection contre les inondations sont d’une importance stratégique incontournable pour la sécurité des personnes et des biens. Une meilleure connaissance de leur fiabilité structurelle constitue un enjeu majeur pour les ingénieurs et pour les gestionnaires de ces ouvrages afin de répondre aux réglementations en vigueur et potentiellement les faire évoluer. La réglementation en France relative à la sûreté des ouvrages hydrauliques exige la réalisation d’études de dangers, au sein desquelles les démarches probabilistes d’évaluation de la sécurité prennent une place de plus en plus importante. De par la complexité de leurs mécanismes de rupture et l’absence de condition d’état-limite précis pour certains mécanismes de défaillance tels que l’érosion interne, la surverse ou l’affouillement, le calcul d’une probabilité de défaillance par des approches quantitatives demeure à ce jour impossible. Les digues induisent des problématiques particulières pour l’évaluation de leur fiabilité structurelle où l’intervention d’experts s’avère nécessaire et centrale. Ceux-ci doivent procéder à l’interprétation des données disponibles et la prise en compte de leurs incertitudes, pour pouvoir ensuite évaluer la fiabilité structurelle de digues en termes de probabilité de défaillance. L’objectif de la thèse est l’élaboration d’une démarche complète d’aide à l’évaluation probabiliste de la fiabilité structurelle des digues à partir du jugement expert. Une démarche scientifiquement justifiée pour le recueil et l’exploitation des évaluations expertes, incertaines mais quantitatives, de la fiabilité structurelle des ouvrages, sous la forme d’une probabilité de défaillance ou d’un coefficient de sécurité, assorti(e) d’une marge d’incertitude probabiliste. Afin de répondre à cet objectif, deux démarches ont été développée, « EiCAD » et « EiDA », toutes reposant (dans des ordres différents) sur les phases suivantes :- Une phase d’élicitation individuelle des avis experts (Ei) permettant le recueil des évaluations expertes probabilistes par la construction d’un formulaire de questionnement ;- Une phase de calibration (C) permettant de pondérer les évaluations expertes en fonction des degrés de précision et de justesse ;- Une phase d’agrégation (A) permettant une prise en compte simultanée de plusieurs évaluations expertes probabilistes ;- Une phase de débiaisage (D) permettant de traiter les biais susceptibles d’entacher les évaluations expertes probabilistes. Les démarches développées ont été mises en œuvre sur des cas de digues du Drac, dans l’agglomération grenobloise, pour évaluer la probabilité de défaillance, par jugement expert, vis-à-vis de mécanisme de rupture par glissement et par érosion interne / River levees as protective measures against flooding are a matter of utmost strategic importance for the security of people and property. A better knowledge of their structural reliability is a major challenge for engineers and managers of these structures in order to meet current regulations and potentially develop them. In France, the regulations relating to the safety of hydraulic structures require the realization of hazard studies, in which probabilistic safety evaluation procedures take on a more and more important role. Due to the complexity of their failure mechanisms and the lack of a specific condition of limit-state for some failure mechanisms such as internal erosion and overtopping or scour, calculating a probability of failure by quantitative approaches remains impossible to this day. Levees induce specific problems in evaluating their structural reliability where expert intervention is necessary and pivotal. They must interpret the available data and take into account the uncertainties in their analysis, in order to evaluate the structural reliability of levees in terms of probability of failure. The aim of the thesis is to develop and elaborate a complete approach for supporting probabilistic evaluation of structural reliability of levees based on expert judgments. It is designed as a scientifically justified approach to collect and use uncertain but quantitative expert evaluations of structural reliability, in the form of a failure probability or a safety factor, accompanied by a margin of probabilistic uncertainty. To meet this goal, two approaches have been developed, "EiCAD" and "EiDA" composed of the following phases (in different orders):- individual elicitation phase of expert judgment (Ei) allowing the collection of probabilistic expert evaluations by a constricted questionnaire ;- calibration phase (C) to weigh the probabilistic expert evaluations elicited depending on the degrees of precision and accuracy that can be provided;- aggregation phase (A) during which the probabilistic expert evaluations elicited by several experts are taken into account ;- debiasing phase (D) during which biases that may affect the probabilistic expert evaluations are removed. The developed approaches have been implemented for the cases of Drac levees, located in the Grenoble agglomeration, to assess the probability of failure, by expert judgment, with regard to sliding and internal erosion mechanism of failure

Le problème de la duperie de soi constitue un défi majeur pour toute théorie de la rationalité, attendu que le sujet qui se dupe lui-même semble adhérer à une croyance illusoire tout en étant conscient de son caractère illusoire. C’est en tout cas ce que prétend la tradition « intentionnaliste » qui domine parmi les philosophes (Sartre, Davidson, Pears, Talbott, Scott-Kakures, Bermudez), qui tend à décrire la duperie de soi comme un acte intentionnel dont l’agent serait entièrement responsable. Nous soutenons au contraire une conception dite « émotionnaliste » selon laquelle la duperie de soi est un phénomène sub-intentionnel et involontaire d’illusion cognitive qui trouve son explication dans l’influence des émotions sur notre faculté de juger. Cela nous amène à développer une théorie « cognitivo-hédonique » des émotions qui vise à rendre compte du rôle que jouent ces dernières non seulement dans la naissance des croyances irrationnelles, mais même des actions irrationnelles (acrasia). / Self-deception poses a notable challenge for any theory of rationality, given that the self-deceiver appears to embrace a deceptive belief knowing of it’s deceptive nature. This is at least what is claimed by those who hold an « intentionalist » account (Sartre, Davidson, Pears, Talbott, Scott-Kakures, Bermudez), who tend to portray self-deception as an intentional act for which the self-deceiver should be held accountable. Instead, I hold a so-called « emotionalist » account according to which self-deception is a sub-intentional and involuntary process of cognitive illusion which stems from the influence our emotions may insidiously exert on our cognitive faculties, and thereby on our judgments. That leads me to develop a « cognitive-hedonic » theory of emotions with the purpose of showing how exactly our emotions are capable of inducing not only irrational beliefs, but even irrational actions (acrasia).