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Rizobact?rias Streptomyces no crescimento e na defesa de plantas de Solanum lycopersicum (L.)

Leite, Andressa Von Wurmb Helrighel 25 August 2017 (has links)
Submitted by PPG Biologia Celular e Molecular (bcm@pucrs.br) on 2018-03-06T18:10:51Z No. of bitstreams: 1 ANDRESSA_VON_WURMB_HELRIGUEL_LEITE_DIS.pdf: 1584575 bytes, checksum: 5f9a44ec42089e160df54cc84eaadb9a (MD5) / Approved for entry into archive by Caroline Xavier (caroline.xavier@pucrs.br) on 2018-03-07T14:04:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ANDRESSA_VON_WURMB_HELRIGUEL_LEITE_DIS.pdf: 1584575 bytes, checksum: 5f9a44ec42089e160df54cc84eaadb9a (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-07T14:11:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ANDRESSA_VON_WURMB_HELRIGUEL_LEITE_DIS.pdf: 1584575 bytes, checksum: 5f9a44ec42089e160df54cc84eaadb9a (MD5) Previous issue date: 2017-08-25 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Tomato (Solanum lycopersicum) cultures are frequently attacked by many pathogens, leading to yield losses. Among the pathogens, the fungus Alternaria solani (?Early blight? disease) can cause significant yield reductions and decreases the fruit quality. Due to the high susceptibility of tomato to fungal pathogens, the agricultural practices include the intensive use of agrochemicals, which may result in fruits with high levels of residual pesticides and higher production costs. The promotion of plant defense system represents an additional tool for disease control and plant growth management. Some rhizobacteria have been shown the ability to affect plant development and modulate plant defense against pathogens. Among those bacteria, the genus Streptomyces is able to synthesize molecules that directly interfere with growth, through auxin and ACC deaminase production, and indirectly, through antibiotics and siderophores synthesis. The aim of this work was to select Streptomyces (CLV04, CLV05 and CLV07) with the ability to promote seed germination and plant growth, as well as improve tomato plant resistance against A. solani. Results showed that CLV07 delayed the initial seed germination, but it did not impair the final germination process. However, CLV04, CLV05 and CLV07 reduced the early root and shoot growth. All these rhizobacteria produced high auxin levels. CLV07 was efficient for inducing plant resistance against A. solani. Furthermore, all CLVs showed antagonism by competition, decreasing the A. solani growth. Taking together all results, Streptomyces tested were deleterious for seed and initial plant growth, but CLV07 showed a potential to be used for inducing plant resistance. However, the inoculation of these rhizobacteria on seeds is not recommended. / O tomateiro (Solanum lycopersicum) ? constantemente atacado por diversos pat?genos, levando a perdas de produtividade. Dentre os principais pat?genos, destaca-se o fungo Alternaria solani que causa a doen?a ?pinta-preta? (?Early blight?), capaz de reduzir a produ??o e/ou levar ? forma??o de frutos de baixa qualidade. Devido ? grande susceptibilidade do tomateiro a pat?genos, as pr?ticas agr?colas incluem o uso intensivo de agroqu?micos que resultam, frequentemente, em tomates com altos n?veis residuais de pesticidas. A promo??o do crescimento e da defesa vegetal utilizando microrganismos representa uma ferramenta para o manejo do tomateiro. Dentre as diversas rizobact?rias com capacidade de modular o crescimento e a defesa vegetal, o g?nero Streptomyces vem se destacando. Estas bact?rias s?o capazes de sintetizar mol?culas que interferem tanto diretamente no crescimento, como a auxina e a ACC desaminase, quanto indiretamente, atrav?s da produ??o de antibi?ticos e sider?foros. Pretendeu-se, neste trabalho, selecionar isolados de Streptomyces (CLV04, CLV05 e CLV07) com capacidade de promover a germina??o e o crescimento de plantas de tomate, al?m de aumentar a resist?ncia vegetal contra A. solani. Os resultados demonstram que o CLV07 causou retardo na germina??o, mas n?o reduziu a taxa final de germina??o. Apesar das rizobact?rias CLV04, CLV05 e CLV07 produzirem elevados n?veis de auxina, elas causaram a redu??o do crescimento tanto da raiz quanto da parte a?rea de pl?ntulas de tomate cultivadas in vitro. O CLV07 foi eficiente na promo??o da defesa de plantas de tomate contra A. solani. Todas as rizobact?rias apresentaram antagonismo por competi??o, reduzindo o crescimento do mic?lio do fungo A. solani. Considerando todos os resultados, as diferentes bact?rias Streptomyces foram prejudiciais ? germina??o e ao crescimento inicial de pl?ntulas de tomate. Desta forma, n?o ? recomend?vel a utiliza??o destas bact?rias em sementes e pl?ntulas jovens. Contudo, o CLV07 apresenta potencial para ser utilizado para a indu??o de resist?ncia de plantas de tomate contra o pat?geno A. solani.
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Avalia??o do crescimento e da imunidade de plantas de Solanum tuberosum (L.) tratadas com rizobact?rias

Vilches, Patr?cia Fernanda da Silva 30 March 2017 (has links)
Submitted by PPG Biologia Celular e Molecular (bcm@pucrs.br) on 2018-03-15T13:05:33Z No. of bitstreams: 1 PATRICIA_FERNANDA_DASILVA_VILCHES_DIS.pdf: 1829625 bytes, checksum: d4b53df7fed69d5202d5bafec96aaa13 (MD5) / Approved for entry into archive by Tatiana Lopes (tatiana.lopes@pucrs.br) on 2018-03-23T12:17:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PATRICIA_FERNANDA_DASILVA_VILCHES_DIS.pdf: 1829625 bytes, checksum: d4b53df7fed69d5202d5bafec96aaa13 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-23T12:22:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PATRICIA_FERNANDA_DASILVA_VILCHES_DIS.pdf: 1829625 bytes, checksum: d4b53df7fed69d5202d5bafec96aaa13 (MD5) Previous issue date: 2017-03-30 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Potatoes (Solanum tuberosum L.) are the third most consumed crop in the world, after rice and wheat. Among the diseases affecting potato, the blackleg and tuber soft rot, caused by phytobacteria Pectobacterium spp., lead to significant losses in the yield crop. Several studies have been exploring the use of plant defense inducers as a strategy to control plant diseases. The use of plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR) in agriculture can lead to plant growth and enhancement of plant defense through the promotion of induced systemic resistance (ISR). However, the mechanisms involved in promoting ISR are still poorly understood. This study aimed to screen rhizobacteria of the genus Streptomyces with capacity to promote plant growth and induce Solanum tuberosum innate immunity. To achieve these objectives, we evaluated: i) the ability of Streptomyces isolates to produce auxin (3-indoleacetic acid), ACC deaminase (1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid deaminase) and siderophores; ii) their capacity to promote the growth of potato plants; iii) the induction of resistance in potato plants challenged with Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis and iv) the expression of genes related to defense pathways in S. tuberosum, promoted by Streptomyces and P. carotovorum. Results indicated that the CLV163 isolate presents PGPR features, such as high auxin and siderophores production, and promoted plant defense against P. carotovorum. Although CLV145 showed the highest auxin and siderophores production, it reduced the shoot dry mass and was inefficient in promoting plant defense. Moreover, the ability of Streptomyces in producing ACC deaminase was not critical for promoting plant growth. The CLV163 isolate induced a priming state in potato plants that has occurred through the activation of the AS and ET pathways, and its interaction with S. tuberosum plants did not impair the plant growth. / A batata (Solanum tuberosum L.) ? a terceira cultura agr?cola mais consumida no mundo, ficando atr?s somente do arroz e do trigo. Dentre as diversas doen?as que afetam esta cultura, a canela-preta e a podrid?o-mole, causadas pela fitobact?ria Pectobacterium spp., levam a importantes perdas na produ??o. Neste contexto, v?rios trabalhos v?m explorando o uso de indutores da defesa vegetal como estrat?gia para o controle de doen?as. O uso de rizobact?rias promotoras do crescimento vegetal (PGPR) na agricultura pode promover tanto o crescimento quanto o aumento da defesa das plantas atrav?s da indu??o da resist?ncia sist?mica induzida (ISR). Contudo, ainda s?o pouco conhecidos os mecanismos envolvidos na promo??o da ISR. Este estudo visou selecionar rizobact?rias do g?nero Streptomyces com caracter?sticas de promotoras de crescimento e indutoras da imunidade inata de Solanum tuberosum. Para tanto, foram avaliadas: i) a capacidade de isolados de Streptomyces produzirem auxina (?cido 3- indolac?tico), ACC desaminase (?cido 1-aminociclopropano-1-carbox?lico desaminase) e sider?foros; ii) a capacidade destas rizobact?rias em promover o crescimento das plantas; iii) a promo??o da resist?ncia em plantas de batata desafiadas com Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis e iv) a express?o de genes relacionados a vias de sinaliza??o de respostas de defesa em S. tuberosum, promovida por Streptomyces sp e a fitobact?ria P. carotovorum. Os resultados indicam que o isolado CLV163 apresenta caracter?sticas de PGPR, sendo capaz de produzir auxina e sider?foros, al?m de promover o aumento da resist?ncia das plantas contra P. carotovorum. Contudo, a rizobact?ria CLV145, com a maior produ??o de auxina e sider?foros, causou a diminui??o da mat?ria seca de parte a?rea e n?o promoveu a defesa das plantas. A capacidade dos Streptomyces em produzirem ACC desaminase n?o foi determinante para a promo??o de crescimento vegetal. O isolado CLV163 induziu um estado de priming nas plantas de S. tuberosum L. atrav?s da ativa??o das vias do AS e ET e a sua intera??o com as plantas de batata n?o comprometeu o crescimento vegetal.
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Avaliação do efeito do plasma rico em plaquetas na cicatrização de feridas cutâneas induzidas em ratos

MENDONÇA, Andréa Aparecida dos Santos 10 February 2014 (has links)
O reparo de tecidos lesionados pode se dar por regeneração ou cicatrização, sendo que o início desse processo de cura ocorre pela ação de fatores de crescimento que atuam no sítio da lesão estimulando a quimiotaxia, fibroplasia e angiogênese tecidual. A utilização do Plasma Rico em Plaquetas (PRP) em lesões teciduais possui grande potencial terapêutico, pois estimula a cicatrização e a regeneração, desenvolve a neovascularização, reduz o processo inflamatório e o risco de infecções, além de fornecer uma rápida hemostasia ao local. Por meio da indução de feridas na região dorsal dos ratos, o presente trabalho avaliou o efeito do PRP na cicatrização de feridas cutâneas, mediante avaliação histológica. Foram utilizados 36 ratos albinos Wistar, no qual duas feridas foram feitas, no mesmo animal, na região mediana dorsal. Nada foi aplicado a uma ferida e a mesma foi preenchida apenas com o coágulo (Grupo Controle), enquanto que na outra aplicou-se o PRP (Grupo Experimental). Os animais foram eutanasiados no 2º dia (nove animais), no 4º dia (nove animais), no 7º dia (nove animais) e no 14º dia (nove animais) após o procedimento cirúrgico, e os espécimes foram processados para analise microscópica. Os resultados mostraram que nos períodos avaliados não houve diferenças histomorfológicas relevantes entre as feridas tratadas com o PRP e as controle e não houve diferenças estatísticas em relação às variáveis estudadas nos dois grupos. / The repair of injured tissues can occur by regeneration or healing, and the beginning of this healing process takes place by the activity of growth factors at the injury site stimulating chemotaxis, angiogenesis and tissue fibroplasia. The use of Platelet Rich Plasma (PRP) in tissue lesions has great therapeutic potential because it stimulates healing and regeneration, promotes neovascularization, reduce inflammation and the risk of infection, as well as to provide rapid hemostasis at the injury site. Through the induction of wounds on the dorsal region of rats, we evaluated, by histological approaches, the effect of PRP on wound healing. We used 36 albino Wistar rats in which two incisions were made on the dorsal medial region. Nothing was applied to one of the wounds, and thus, it was only filled with the blood clot (Control Group); while the other wound received PRP (Experimental Group). Animals were euthanized on day 2 (nine animals), 4 (nine animals), 7 (nine animals), and 14 (nine animals) after the surgery procedure, and tissue samples were processed for macroscopic and microscopic analyses. Results failed to show significant morphometric differences between PRP-treated and control wounds.
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Responsividade das Células Natural Killer Uterinas DBA+ e alterações comportamentais frente ao Tratamento com Ciclofosfamida

HORVATH, Renato de Oliveira 29 July 2015 (has links)
Durante a gestação, observamos um influxo de linfócitos para a região mesometrial de camundongos denominados de células Natural Killer Uterinas (uNK). Estas células desempenham funções importantes no início da gestação, como a manutenção da tolerância materna ao feto, angiogênese e remodelação das artérias espiraladas. Sua capacidade citolítica é reduzida podendo ser ativada caso haja algum desequilíbrio entre citocinas pró e anti-inflamatórias durante a gestação. A ciclofosfamida é um medicamento usado no tratamento de doenças autoimunes e câncer. Trata-se de um teratógeno, sendo que seu uso pode levar a alterações macroscópicas e microscópicas, bem como, a redução da viabilidade gestacional em camundongos. O objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos da ciclofosfamida no útero e nas células uNK de camundongos no 10° ddg, por meio da análise morfológica, citoquímica e estereológica concomitantemente a análise da viabilidade gestacional e no comportamento destes animais nos parâmetros de depressão e ansiedade. Nossos resultados mostraram que a ciclofosfamida provoca rapidamente o aumento de células uNK no útero, bem como, diminuição na expressão de N-acetil-D-galactosamina em seus grânulos e superfície, atingindo primeiramente células uNK menos diferenciadas próximas ao mesométrio, e posteriormente células mais diferenciadas em regiões mais próximas ao embrião. Seu efeito drástico na gestação provocou ainda diminuição no número de células uNK após 48h de sua administração, concomitante ao aparecimento de muitos sítios em reabsorção, diminuindo a viabilidade gestacional, bem como, estabelecimento de comportamento semelhante ao doentio nesses animais, causando 100% de perda embrionária diagnosticada em nosso estudo da prenhez a termo / During pregnancy, we observed an influx of lymphocytes into the region of mice mesometrial decidua. These cells are natural killer cells (NK), presenting different behavior and phenotype of circulating NK cells. Uterine Natural Killer Cells (uNK) play important roles in early pregnancy, such as maintaining maternal tolerance to the fetus, angiogenesis and remodeling of the spiral arteries. Their cytolytic capacity is reduced during pregnancy and can be activated if there is an imbalance between pro and anti-inflammatory cytokines. Cyclophosphamide is a drug used in treating autoimmune diseases and cancer. It is known that it is a teratogen, and its use can lead to macroscopic and microscopic changes, as well as the reduction of viability pregnancy in mice. The objective of this study was to evaluate the effects of cyclophosphamide in the uterus and in cells uNK (morphological analysis, cytochemistry and stereological) on the 10th ddg, as well as its effects on behavior related to depression and anxiety. Our results showed that cyclophosphamide rapidly increased uNK cells number in the uterus as well as decreased expression of N-acetyl-D-galactosamine in their granules and surface, early reaching less differentiated uNK cells near the mesometrium, and latter more differentiated uNK cells closer to the embryo. His dramatic effect on pregnancy still caused a decreasing in the number of uNK cells 48 after the drug administration, concomitant with the appearance of many resorption implantation sites, decreasing of gestational viability, as well as, establishment of sickness-like behavior, causing 100% of embryo loss diagnosed in the pregnancy to term. / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES
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Avaliação da expressão e do papel dos microRNAs mmu-miR-155-5p e mmu-miR-146b-5p durante a infecção pulmonar causada pela bactéria Pseudomonas aeruginosa

TANA, Fernanda de Lima 26 April 2017 (has links)
Pseudomonas aeruginosa é um importante patógeno humano oportunista capaz de causar severas infecções em pacientes imunodeprimidos e em pacientes que apresentam fibrose cística. Para desencadear uma resposta efetiva contra a infecção pela P. aeruginosa é necessário uma primeira linha de reconhecimento desta bactéria pelo sistema imunológico inato. Apesar do desencadeamento da resposta imune inata ser benéfica no controle da infecção pela P. aeruginosa, esta resposta deve ser controlada. Estudos recentes têm começado a esclarecer como os miRNAs desempenham papéis fundamentais na regulação de processos como infecção, resposta imune e inflamação participando da modulação da resposta imune. Dada a relevância da bactéria P. aeruginosa nos processos infecciosos em humanos e estimulados pela necessidade de desvendar os mecanismos de regulação da reposta imune contra esta bactéria, o objetivo deste trabalho foi avaliar o papel do mmu-miR-155-5p e mmu-miR-146b-5p expressos em camundongos infectados pelas cepas ATCC 27853 e PA14 da bactéria P. aeruginosa. Para avaliar o nível de expressão dos mmu-miR-155-5p e mmu-miR-146b-5p e das citocinas IL-1β, IL-6 e IL-12 in vitro, o RNA total foi extraído de células Raw 264.7, macrófagos derivados da medula óssea (BMDM) e de células dendríticas derivadas da medula óssea (BMDC) para análise de PCR em tempo real. Após a infecção das células Raw 264.7, BMDMs e BMDCs foi possível observar que a expressão dos miRNAs e das citocinas ocorreu de forma dependente em cada tipo celular infectado. Para as análises in vivo camundongos C57BL/6 foram infectados via intratraqueal com as cepas ATCC 27853 e PA14 de P. aeruginosa para análises de UFCs, RT-qPCR, histopatologia e estereologia. Apenas a cepa PA14 foi recuperada no pulmão e baço dos animais, onde não foi observado variação na expressão do mmu-miR-155-5p nem aumento significativo de uma série de citocinas efetoras. As análises histopatológicas demostraram intenso processo inflamatório difuso apresentando número maior de células inflamatórias, diminuição no número de alvéolos e do volume da estrela quando comparados aos animais não infectados e animais infectados pela cepa avirulenta. No pulmão dos animais infectados com a cepa ATCC 27853, observou-se aumento de expressão de mmu-miR-155-5p e mmu-miR-146b-5p, das citocinas inflamatórias. A identificação das redes de regulação dos miRNAs em estudo mostrou importantes alvos diretos e indiretos associados à resposta imune inata que podem estar comprometidas durante a expressão diferencial de mmu-miR-155-5p e mmu-miR-146b-5p em favorecimento ou em detrimento da resolução da infecção pela P. aeruginosa. Os resultados obtidos até o momento permitem sugerir que a infecção pela P. aeruginosa exerce uma modulação na expressão de miRNAs e consequentemente na resposta imune contra esta bactéria e que a virulência de diferentes cepas de P. aeruginosa influenciam na expressão dos miRNAs mmu-miR-155-5p e mmu-miR-146b-5p, de citocinas pró-inflamatórias e na patologia. Mais estudos são necessários para desvendar os mecanismos pelos quais cepas virulentas da P. aeruginosa conseguem subverter a resposta imune e garantir a sua replicação no hospedeiro. / Pseudomonas aeruginosa is an important opportunistic human pathogen capable of causing severe infections in immunocompromised patients and in patients with cystic fibrosis. To trigger an effective response against infection by P. aeruginosa is required a first line of recognition of this bacterium by the innate immune system. Although the innate immune response is beneficial in the control of P. aeruginosa infection, this response should be controlled. Recent studies have begun to clarify how miRNAs play key roles in regulating processes such as infection, immune response and inflammation by participating in the immune response modulation. Due to the importance of the P. aeruginosa bacterium in infectious processes in humans and stimulated by the need to uncover the mechanisms of regulation of the immune response against this bacterium, the objective of this study was to evaluate the role of mmu-miR-155-5p and mmu-miR-146b -5p expressed in mice infected with strains ATCC 27853 and PA14 of the bacterium P. aeruginosa. To assess the level of expression of mmu-miR-155-5p and mmu-miR-146b-5p and the cytokines IL-1β, IL-6 and IL-12 in vitro, the total RNA was extracted from Raw 264.7 cells, bone marrow derived macrophages (BMDM) and bone marrow-derived dendritic cells (BMDC) for real-time PCR analysis. After infection of the Raw 264.7, BMDMs and BMDCs cells, it was possible to observe that the expression of miRNAs and cytokines occurred in a dependent manner in each infected cell type. For the in vivo analyzes C57BL / 6 mice were infected intratracheally with the strains ATCC 27853 and PA14 of P. aeruginosa for analysis of CFU, RT-qPCR, histopathology and stereology. Only the PA14 strain was recovered in the lungs and spleens of the animals, where no variation in the expression of mmu-miR-155-5p or a significant increase in a series of effector cytokines was observed. Histopathological analyzes demonstrated an intense diffuse inflammatory process, presenting a larger number of inflammatory cells, a decrease in the number of alveoli and the volume of the star when compared to uninfected animals and animals infected by the avirulent strain. In the lung of animals infected with ATCC 27853 strain, increased expression of mmu-miR-155-5p and mmu-miR-146b-5p, of inflammatory cytokines was observed. The identification of regulatory networks of the miRNAs under study showed important direct and indirect targets associated with the innate immune response that may be compromised during the differential expression of mmu-miR-155-5p and mmu-miR-146b-5p in favor or detriment of P. aeruginosa infection. The results obtained to date suggest that the infection by P. aeruginosa exerts a modulation in the expression of miRNAs and consequently in the immune response against this bacterium and that the virulence of different strains of P. aeruginosa influence the expression of miRNAs mmu-miR- 155-5p and mmu-miR-146b-5p, of proinflammatory cytokines and in pathology. Further studies are needed to uncover the mechanisms by which virulent P. aeruginosa strains can subvert the immune response and ensure replication in its host. / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - FAPEMIG
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Desenvolvimento de software para análises computacionais de genomas e metagenomas marinhos / Software development for computational analyses of marine genomes and metagenomes

Vieira, Náyra Menezes 14 June 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-04T18:57:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Nayra.pdf: 2967499 bytes, checksum: a3fbc3f85195a8b2ca04057e9efda7af (MD5) Previous issue date: 2013-06-14 / The study of the diversity and microbial taxonomy is very important to better understand of the micro-organisms ecology. The microbial taxonomy has undergone important changes with the advent of genomic. Until recently the taxonomy exclusively depended of the DNA-DNA hybridization for define species and to describe new species. From the analysis of the genomic signatures (Average Amino Acid Identity (AAI) e Karlin signature) is possible to determine the similarity between microbial genomes. However, the calculations of those signatures requires time. The automation those calculations using a software was the objective of this dissertation. For develop the software was chosen, for its multiplatform characteristics, the Java language, which allows the use of the software in operational systems Windows, Linux and iOS. For develop was used Eclipse VE and batch files for integrate with Blast 2.2.25+ used for comparison of the identity between genomes. The new software performs calculations AAI and Karlin signature for multiple genomes and metagenomes in real time. It s allowed studies about the genus Mycoplasma and the species Phrochlorococcus marinus. This species comprises 10 species according to the analysis of Karlin and AAI and indicates the need for taxonomy review. The Mycoplasma genus is polyphyletic and possibly comprises different genera. This study advances the taxonomic knowledge about relevant groups in marine habitats, besides create a useful tool for analyses of genome and metagenome. / O estudo da diversidade e taxonomia microbiana é de suma importância para o melhor entendimento da ecologia de microrganismos. A taxonomia microbiana tem passado por importantes transformações com o advento da genômica. Até recentemente a taxonomia dependia exclusivamente da hibridização de DNA-DNA para determinação de espécies e descrição de espécies novas. A partir da análise de assinaturas genômicas (Identidade Média de Aminoácidos (AAI) e Assinatura de Karlin) é possível agora determinar a similaridade entre genomas microbianos. Porém, o cálculo destas assinaturas também consome tempo. A automatização destes cálculos por meio de um software foi o objetivo desta dissertação de mestrado. Para a construção do software foi escolhida a linguagem Java por sua característica multiplataforma, que permite utilização em sistemas operacionais Windows, Linux e iOS. Para o desenvolvimento foi utilizado o software Eclipse VE e arquivos batch para integração com o Blast versão 2.2.25+ utilizado para comparação de identidade entre genomas. O novo software realiza os cálculos de AAI e assinatura de Karlin para múltiplos genomas e metagenomas em tempo real. O novo software permitiu o estudo da taxonomia do gênero Mycoplasma e da espécie Phrochlorococcus marinus. De acordo com as análises da assinatura e AAI esta espécie compreenderia 10 outras espécies, o que indica a necessidade de revisão taxonômica. Já o gênero Mycoplasma é polifilético e compreende possivelmente diferentes gêneros. O presente estudo avança o conhecimento taxonômico de grupos relevantes no meio marinho, além de criar uma ferramenta útil para análise de genomas e metagenomas.
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Composição e abundância do fitoplâncton do sudoeste da reserva biológica do lago Piratuba (Amapá, Brasil)

Dias, Maxley Barbosa 10 January 2007 (has links)
Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-01-26T18:05:05Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Maxley Barbosa Dias.pdf: 8346880 bytes, checksum: e5cebd420d314628157970f54d13eeec (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-26T18:05:05Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Maxley Barbosa Dias.pdf: 8346880 bytes, checksum: e5cebd420d314628157970f54d13eeec (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2007-01-10 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The present study was done on the southwest of the Lago Piratuba Biological Reserve, on Araguari river floodplain, Amapá coast region, Brazil. The environments were the lakes Comprido de Cima, Bacia, Lodão, Ventos, Grande and Comprido de Baixo and the Araguari River downstream. This region is submitted to an influence of the semidiurnal tide from the Amazon River sediments plume and the periodical local rain regime. The ecological characterization of the phytoplankton community was done by to seasonal samples (rainy and less rainy season). Information from physical and chemical factors (pH, electrical conductivity, turbidity, water transparency, water temperature, salinity), climatological (precipitation) and hydrological (hydrometric level and river discharge). Phytoplankton was represented by 178 taxa. Although, these ecosystems are located in a great ecotone, they present a low specific diversity in contrast to the high specific diversity from other Amazonian environments. Lakes presented higher specific richness and diversity than the River. On both seasonal periods, lakes and Araguari River presented low phytoplankton composition complexity, described by C-strategists species, represented predominantly by cryptophytes and chrysophytes. These species are characteristic of shallow and turbid environments. The presence of estuarine species increases the diversity in some lakes and in Araguari River. They also contribute to the complexity increase of the phytoplanktonic community. The spatial uniformity between lakes probably is related to the low variation between the physical and chemical conditions. However, the river phytoplankton composition changed with the horizontal gradient observed for the physical and chemical factors when it comes near the delta. The environmental characteristics favoured the dominance of species form the functional groups S, X 1 , X 3 and Y in distinct points of the lakes and the Araguari River. They were also linked with the low significant incidence of desmids. The relevant regulatory factors on the phytoplankton population composition and abundance on these environments were the conspicuous variation on the water column between both seasonal periods, the water from the daily tide in the river and some lakes estudied, the presence of currents on lakes, the constant mixture on the water column and the low water transparency, especially on the less rainy season. / O presente estudo foi desenvolvido a sudoeste da Reserva Biológica do Lago Piratuba, na planície de inundação do rio Araguari, região costeira do estado do Amapá, Brasil. Os ambientes estudados compreendem os lagos Comprido de Cima, Bacia, Lodão, Ventos, Grande e Comprido de Baixo e o baixo curso do rio Araguari. Esta região localiza-se em área de intenso hidrodinamismo, sofrendo influência de maré semidiurna, da pluma de sedimentos do rio Amazonas e da freqüência e periodicidade das chuvas locais. A caracterização ecológica da comunidade fitoplanctônica desses ecossistemas foi feita a partir de duas amostragens sazonais (chuvoso e menos chuvoso). Foram realizadas análises físicas e químicas (pH, condutividade elétrica, turbidez, transparência da água, temperatura da água, salinidade), climatológicas (pluviosidade) e hidrológicas (nível hidrométrico e vazão do rio). As populações fitoplanctônicas foram quantificadas pelo método da sedimentação em microscópio invertido. O fitoplâncton esteve representado por 178 táxons. Apesar dos sistemas encontrarem-se em uma grande área de ecótono, do ponto de vista do fitoplâncton a diversidade específica foi baixa em comparação com a alta diversidade específica registrada para o fitoplâncton de outros ambientes amazônicos. Os lagos apresentaram maior riqueza específica e diversidade do que o trecho rio estudado. Nos dois períodos sazonais os lagos e o rio Araguari apresentaram baixa complexidade em a composição florística, marcada por espécies C-estrategistas, representadas principalmente por criptofíceas e crisofíceas características de ambientes rasos, turbulentos e com elevada turbidez. No entanto, a presença de algas mixohalinas, além de aumentar a diversidade do rio Araguari e de alguns lagos, principalmente no período menos chuvoso, também contribuíram para o relativo aumento da complexidade da comunidade fitoplanctônica em certos lagos. A uniformidade espacial entre os lagos provavelmente está relacionada à baixa variabilidade das condições abióticas. Já no rio, a composição fitoplanctônica acompanhou o gradiente horizontal observado para as variáveis físicas e químicas, à medida que se aproximava da foz. As características do ambiente favoreceram a dominância de espécies dos grupos funcionais S, X 1 , X 3 e Y em pontos distintos dos lagos e do rio Araguari e a presença pouco significativa das desmídias. A marcante variação da coluna d’água entre os dois períodos sazonais, a entrada da maré diária no rio e em alguns lagos estudados, a presença de corrente nos lagos, mistura constante da coluna d’água e a baixa transparência, principalmente no período menos chuvoso configuraram-se como fatores reguladores relevantes na composição e abundância das populações fitoplanctônicas desses ambientes.
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Efeitos da poluição crônica e aguda sobre a composição da ictiofauna do Rio dos Sinos, RS, BRASIL

Costa, Patrícia Fernandes da 30 October 2009 (has links)
Submitted by Nara Lays Domingues Viana Oliveira (naradv) on 2015-06-16T13:52:54Z No. of bitstreams: 1 PatriciaCostaBiologia.pdf: 61233 bytes, checksum: 22d13bd6e3b6610817a793613276d93b (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-16T13:52:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PatriciaCostaBiologia.pdf: 61233 bytes, checksum: 22d13bd6e3b6610817a793613276d93b (MD5) Previous issue date: 2009-10 / UNISINOS - Universidade do Vale do Rio dos Sinos / O escoamento de efluentes domésticos e industriais nos sistemas hídricos pode afetar a composição das espécies de peixes nas comunidades. No Rio Grande do Sul, o Rio dos Sinos concentra, na região da planície, uma grande quantidade de indústrias coureiro calçadistas, metalúrgicas, têxteis e petroquímicas. Considerando a descarga contínua de efluentes no Rio dos Sinos e a ausência de conhecimentos das respostas das comunidades ictiícas diante de impactos dessa proporção, os objetivos do presente estudo foram: (1) Verificar os efeitos da poluição crônica sobre a composição e a diversidade das comunidades em uma escala temporal de aproximadamente dez anos (2) Averiguar os efeitos da poluição aguda em uma escala espacial, comparando um trecho afetado com outro não afetado pela mortalidade de aproximadamente 100 toneladas de peixes em outubro de 2006. As amostragens foram realizadas sazonalmente no período de setembro de 2007 a março de 2009, em seis locais do Rio dos Sinos: Fraga, Caraá, Parobé, São Leopoldo, Sapucaia do Sul e Canoas. Nas localidades de Fraga, Caraá, Parobé e São Leopoldo as coletas foram realizadas nos pontos idênticos aos do levantamento histórico de dez anos atrás. A metodologia aplicada consistiu em uma bateria de sete redes de espera e pesca elétrica. Um total de 8481 foi amostrado no presente estudo, pertencentes a sete ordens, 21 famílias e 68 espécies. A riqueza e a CPUE apresentaram diferenças significativas entre o estudo atual e o histórico. O trecho afetado pela mortalidade de peixes apresentou valores significativamente mais elevados de riqueza e de CPUE do que, o trecho não afetado. Em virtude dos resultados obtidos no presente estudo foi verificado que o aumento da riqueza e a diminuição da CPUE dos pontos em comum com o estudo histórico não estiveram relacionados com a proporção de espécies resistentes e sensíveis, mas sim com interações ecológicas. A poluição aguda e a crônica influenciaram temporal e espacialmente, respectivamente a composição das espécies. Entretanto, o Rio dos Sinos, após anos de exposição a poluentes de diversas origens ainda consegue manter condições favoráveis ao estabelecimento de muitas espécies. Entretanto, devido à descarga contínua de efluentes, muitas destas espécies poderão ser eliminadas, acarretando em uma diminuição profunda em sua diversidade.
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Dinâmica e conservação de peixes anuais (cyprinodontiformes: rivulidae) no parque nacional da Lagoa do Peixe

Lanés, Luis Esteban Krause 22 February 2011 (has links)
Submitted by Silvana Teresinha Dornelles Studzinski (sstudzinski) on 2015-07-08T17:48:10Z No. of bitstreams: 1 LuisEstebanKrauseLanes.pdf: 1292266 bytes, checksum: 9f6d1b4b7cd37962c7ff6c1f5affdb5e (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-08T17:48:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LuisEstebanKrauseLanes.pdf: 1292266 bytes, checksum: 9f6d1b4b7cd37962c7ff6c1f5affdb5e (MD5) Previous issue date: 2011 / CNPQ – Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Os peixes anuais incluem um diversificado grupo de pequenos peixes da ordem Cyprinodontiformes, divididos em duas famílias taxonômicas, e distribuídos na África e nas Américas. O ciclo de vida dessas espécies está intimamente limitado e relacionado à dinâmica temporal das áreas úmidas temporárias. As características de seu ciclo de vida tornam os peixes anuais modelos biológicos excelentes para estudos de laboratório e desenvolvimento de teorias ecológicas. Na América do Sul este grupo está representado pela família Rivulidae e a maioria das suas espécies é encontrada no Brasil. No Rio Grande do Sul (RS) são encontrados os gêneros Austrolebias e Cynopoecilus e a alta representatividade de suas espécies demonstram a importância do Estado como um centro de endemismo desse grupo. A combinação de seu ciclo de vida especializado com seus tamanhos corporais reduzidos, área de distribuição restrita, limitada capacidade de dispersão, e a ampla destruição das áreas úmidas fazem com que inúmeras espécies da família Rivulidae se encontrem ameaçadas de extinção. As áreas úmidas apesar de serem ecossistemas de alta produtividade e diversidade biológica são um dos ecossistemas mais ameaçados e vulneráveis, e no Rio Grande do Sul se estima que mais de 90% dessas áreas já foram perdidas em função da agricultura e urbanização. Nesse sentido as Unidades de Conservação (UC’s) podem ser peça fundamental para a conservação desses ecossistemas e dos peixes anuais endêmicos e ameaçados. Entretanto o total de área protegida é insuficiente para conservar sua alta diversidade, e registros de peixes anuais em UC’s são escassos. A ausência de informações ecológicas sobre as populações de peixes anuais em áreas protegidas é um dos principais fatores limitantes para subsidiar a adoção de estratégias de conservação e manejo para as espécies desse grupo. Nesse sentido, nós analisamos a variação da abundância e tamanho corporal de Austrolebias minuano e Cynopoecilus fulgens, duas espécies endêmicas da Planície Costeira do Rio Grande do Sul em áreas úmidas temporárias do Parque Nacional da Lagoa do Peixe, uma importante Unidade de Conservação, considerada um sítio Ramsar. Essas espécies não têm registro em nenhuma outra área protegida e nosso estudo demonstrou que elas são encontradas em maiores densidades no início de seu ciclo de vida, quando apresentam tamanhos reduzidos. A espécie ameaçada de extinção, A. minuano apresentou uma baixa densidade, demonstrando a importância de planos específicos para sua conservação. / Annual fish includes a diverse group of small fishes of the order Cyprinodontiformes, divided into two taxonomic families, and distributed in Africa and the Americas. The life cycle of these species is closely related to the temporal dynamics of temporary wetlands. The characteristic of their life cycle makes the annual fish excellent biological models for laboratory studies and development of ecological theories. In South America, this group is represented by the family Rivulidae, and most of its species are found in Brazil. In Rio Grande do Sul State (RS) are found the genera Austrolebias and Cynopoecilus, and highly representative of their species demonstrate the importance of this region as a center of endemism of this group. The combination of its specialized life cycle, with their small sizes, restricted range, limited dispersal ability, and the widespread destruction of wetlands make numerous species of the family Rivulidae are threatened of extinction. Despite their high productivity and biological diversity, wetlands are one of the most threatened and vulnerable ecosystems. In Rio Grande do Sul, 90% of these areas have been lost due to agriculture and urbanization. In this sense Conservation Units can be a key to the conservation of these ecosystems and the annual fish endemic and threatened. However the total protected area is insufficient to maintain its high diversity and records of annual fish in protected areas are scarce. The lack of ecological information on annual fish populations in protected areas is one of the key constraints to support the adoption of conservation strategies and management plans for the species of this group. Accordingly, we analyze the variation in abundance and body size of Austrolebias minuano and Cynopoecilus fulgens, two species endemic to the Coastal Plain of Rio Grande do Sul, in temporary wetlands of the Lagoa do Peixe National Park, an important conservation area, considered a Ramsar site. These species have no record in any other protected area and our study showed that they are found in higher densities at the beginning of its life cycle, when they have small sizes. The endangered species, A. minuano showed a low density, demonstrating the importance of specific plans for their conservation.
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Fator neurotr?fico derivado do c?rebro na s?ndrome da fibromialgia

Haas, Lisete 10 January 2008 (has links)
Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 402410.pdf: 337072 bytes, checksum: a89df55bf78f636fd8b33da66f57d8e4 (MD5) Previous issue date: 2008-01-10 / O fator neurotr?fico derivado do c?rebro (BDNF) ? uma prote?na end?gena respons?vel por regular a sobreviv?ncia neuronal e a plasticidade sin?ptica do sistema nervoso perif?rico e central, O BDNF tem sido estudado em situa??es patol?gicas incluindo condi??es como a depress?o e a dor cr?nica, e tem sido citado nos est?mulos sensoriais nociceptivos e na hipersensibilidade ? dor. Resultados recentes da literatura mostraram aumento do BDNF no soro e l?quor de pacientes com fibromialgia (FM). Neste estudo mensuramos os n?veis s?ricos do BDNF em 30 pacientes com FM e 30 controles saud?veis pareados por sexo e idade analisados por enzima imunoensaio. Os pacientes com FM apresentaram n?veis numericamente superiores do BDNF (FM= 167,1 ? 171,2 ng/ml) quando comparados com o grupo controle (Controles= 113,8 ? 149,6 ng/ml), chegando perto do limite de signific?ncia estat?stica (p=0.056; teste de Mann-Whitney). No entanto, somente 6 dos 30 controles apresentaram valores superiores ? mediana (15/15) dos pacientes com fibromialgia (129 ng/ml) (p= 0,029, teste exato de Fisher bi-caudal). N?o houve correla??o entre os n?veis de BDNF no soro e idade, tempo de doen?a, escore de dor, pontos de dor e escore da HAM-D. Quanto ao tratamento com antidepressivos n?o encontramos diferen?as significativas entre os grupos. Os nossos resultados confirmaram os achados de estudos recentes do aumento dos n?veis s?ricos do BDNF em pacientes com FM, sugerindo que o BDNF pode estar envolvido na fisiopatologia da FM, mesmo com elevados n?veis de depress?o.

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