Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Daniel Gustavo Mansan Gordo / Banca: Arione Augusti Boligon / Banca: Fernando Sebastian Baldi Rey / Resumo: A análise de componentes principais (PCA) e análise de fatores (FA) são amplamen-te utilizadas no processamento de dados visando a redução da dimensionalidade. No entanto, poucos são os estudos que empregou estes métodos em um conjunto de características importantes em bovinos da raça nelore com a finalidade de mode-lar a estrutura de (co)variância dos dados. O objetivo deste estudo foi estimar pa-râmetros genéticos para as características de crescimento, carcaça e qualidade da carne em machos Nelore, utilizando diferentes modelos multi-características visando a redução da dimensionalidade dos dados. Um total de 3.865; 4.121; 4.109; 4.188; 4.213; 3.320 e 16.575 registros de peso da carcaça quente (PCQ), área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EGS), escore de marmorização (MARM), maciez, mensurada pela força de cisalhamento (SF), lipídios (LP) e peso ao sobreano (PS), respectivamente, foram usados. As análises foram realizadas por meio de cinco modelos: multi-característica padrão, três modelos de posto reduzido ajustando os primeiros três (PC3), quatro (PC4) e cinco (PC5) componentes princi-pais genéticos e um modelo utilizando análise de fatores com três (FA3) fatores. Os modelos foram comparados pelo Critério de Informação de Akaike (AIC) e Critério Bayesiano de Schwarz (BIC), levando em consideração o número de parâmetros. Foram considerados para todos os modelos os efeitos aleatórios genético aditivo direto e residual, e os efeitos fixos do grupo de ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Principal component (PCA) and factor analysis (FA) are widely used in data processing to reduce dimensionality. However, few studies have used these methods in a set of important traits in Nelore cattle for the purpose of modeling the covariance structure data. The aim of this study was to estimate genetic parameters for growth, carcass and meat quality traits in Nellore males, using different multivariate models to reduce the dimensionality data. A total of 3.865; 4.121; 4.109; 4.188; 4.123 3.320 and 16.575 records, hot carcass weight (HCW), 12-13th rib eye area (REA), backfat thickness (BF), marbling score (MS), warner-wraztler wear force (WBSF), lipid content (LC), and weight at 550 days (W550), respectively, were used. The analyzes were performed using five models: standard multi-characteristic, three reduced-rank models, and adjusted the first three (PC3), four (PC4) and five (PC5) genetic main components, and a model using factor analysis with three (FA3) factors. The models were compared by the Akaike Information Criterion (AIC) and Schwarz Bayesian Criterion (BIC), taking into account the parameters number. The random effects of the direct and residual additive genetic and the fixed effects of the contemporaneous group and the linear effect of animal age on slaughter were considered as covariate, except for yearling weight. The analysis models of genetic factors and main components selected by both selection criteria were PC3 (BIC), PC4 (AIC) and FA3 (AIC and BIC), with 46, 50 and 53 parameters, respectively. However, the model that most approached the standard multi-characteristic model was PC4, and is therefore most appropriate due to the similarity of covariance estimates. Estimates of heritability ranged from 0.06 (LP) to 0.31 (AOL) with MV and 0.04 (LP) to 0.30 (AOL) with PC4. The highest est... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Daniel Gustavo Mansan Gordo / Coorientador:Gerardo Alves Fernandes Júnior / Coorientador: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Ana Fabrícia Braga Magalhães / Banca: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Resumo: Características de eficiência alimentar estão diretamente associadas com a lucratividade e sustentabilidade da bovinocultura de corte. Conversão alimentar, consumo alimentar residual, consumo de matéria seca, eficiência alimentar e ganho em peso, são características importantes para a seleção de animais mais eficientes dentro de um sistema de produção, porém, com exceção do ganho em peso, as demais não vêm sendo consideradas como critérios de seleção devido à dificuldade de obtenção de fenótipos para as mesmas. Com o avanço nas tecnologias de genotipagem e sequenciamento, foram desenvolvidos chips de alta densidade de marcadores do tipo SNP (Single Nucleotide Polymorphism) espalhados pelo genoma. Estas informações moleculares vêm sendo utilizadas em estudos de associação genômica ampla (GWAS) e de seleção genômica (SG). Basicamente, o GWAS permite a identificação de variações genéticas de maior efeito sobre a expressão fenotípica de características de interesse, enquanto a SG visa a predição do valor genômico direto dos candidatos à seleção utilizando apenas a informação molecular, o que tem revolucionado o melhoramento genético por proporcionar a diminuição do intervalo de geração e o aumento da acurácia de predição dos valores genéticos dos animais. Assim sendo, os objetivos do presente trabalho foram: 1) encontrar regiões cromossômicas de maior efeito sobre características de eficiência alimentar em animais Nelore provenientes de dois programas de melhoramento (Instituto d... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Feed efficiency traits are directly associated with the profitability and sustainability of beef cattle. Feed conversion rate, residual feed intake, dry matter intake, feed efficiency and average daily gain are important traits for the selection of more efficiency animals within a production system, but, except for weight gain, the others have not been considered as selection criteria due to the difficulty of obtaining phenotypes. With the advance in genotyping and sequencing technologies, high density chips of SNP (Single Nucleotide Polymorphism) have been developed. This molecular information has been used in genome-wide association (GWAS) and genomic selection (GS) studies. Basically, GWAS allows the identification of genetic variations with major effects on the phenotypic expression of traits of interest, while SG aims at the prediction of direct genomic value for the selection candidates using only their molecular information, which has revolutionized the animal breeding by providing a decrease in generation interval and increases in the prediction accuracies of breeding values. Thus, the objectives of the present study were to: 1) identify chromosomal regions with major effects on feed efficiency traits in animals from two Nellore breeding programs (Instituto de Zootecnia and Nellore Qualitas), in order to find possible differences/similarities between the populations; 2) evaluate the existence of candidate genes in common to populations; and 3) evaluate the possibility... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-08-01Bitstream added on 2014-06-13T19:25:20Z : No. of bitstreams: 1 bocchi_al_dr_botfmvz.pdf: 486157 bytes, checksum: a2166e71337056d5b24c8e775b2b208b (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Os compostos são formados pelo cruzamento de várias raças tendo como objetivo a manutenção dOs compostos são formados pelo cruzamento de várias raças tendo como objetivo a manutenção de níveis heteróticos elevados e exploração das diferenças genéticas aditivas entre os diferentes recursos genéticos utilizados nas suas formações. A dificuldade na avaliação genética destes animais é a grande variedade de composições genéticas dentro de um mesmo rebanho. Novos modelos têm sido estudados com a inclusão de efeitos aditivos e não aditivos, entretanto, poucos trabalhos com raças tropicais. O objetivo do trabalho foi estudar modelos com efeitos não-aditivos diretos e maternos em uma população composta em clima tropical, tentando minimizar esses efeitos para obtenção dos valores genéticos dos animais avaliados. Foram utilizados dados de animais de uma população composta. Foram comparados três modelos que incluíram os efeitos fixos de grupo contemporâneo, ordem de parto e heterose direta e materna e os efeitos aleatórios de efeito genético aditivo direto e materno. As análises foram realizadas em duas etapas, na primeira foram estudadas as estimativas dos efeitos raciais e de heterose indiviual e materna e na segunda etapa calculadas as variâncias, herdabilidades e os valores genéticos dos animais. Quando o efeito materno não foi considerado no modelo pareceu superestimar o efeito aditivo racial. Os efeitos aditivos raciais, racial materno e de heterose individual e materna influenciaram significativamente o ganho médio diário no pré-desmame, obtendo diferentes estimativas entre os tipos biológicos. Considerando o arquivo de dados corrigidos para os efeitos não-aditivos diretos e maternos, a herdabilidade direta foi de 0,22 e a materna de 0,20. O efeito racial materno e de heterose individual e materna foram importantes fontes de... / The composite are formed by the crossing of several breeds as objective the maintenance of high heteróticos levels and exploration of the addictive genetic differences among the different genetic resources used in their formations. The difficulty in the genetic evaluation of these animals is the great variety of genetic compositions inside of a same flock. New models have been studied with the inclusion of addictive effects and non-addictive, however, few works with tropical breeds. The objective of the work was to study models with direct and maternal non-addictive effects in a population composed in tropical climate, trying to minimize those effects for obtaining the genetic values of the analysed animals. There were used data of composite population. They were compared three models that included the fixed effects of contemporary group, birth order and direct and maternal heterosis and the random effects of direct and maternal addictive genetic effect. The analyses were accomplished in two stages, in the first they were studied the estimates of the racial effects and individual and maternal heterosis; and in the second stage calculated the variances, heritability and the genetic values of the animals. When the maternal effect was not considered in the model seemed to overestimate the racial addictive effect. The racial addictive, maternal racial and individual and maternal heterosis effects significantly influenced the preweaning daily gain, obtaining different estimates among the biological types. Considering the data file corrected for the direct and maternal non-addictive effects, the direct herdabilidade was 0.22 and the maternal was 0.20. The maternal racial effect and individual and maternal heterosis were important variation sources for the preening daily gain and they should be considered during the genetic evaluation of a multiracial population.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-16Bitstream added on 2014-06-13T18:54:00Z : No. of bitstreams: 1 pessoa_mc_me_jabo.pdf: 827062 bytes, checksum: 8c25855980377e802529f8cbf88c8ec4 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O Objetivo deste trabalho foi avaliar o valor adaptativo anual para possível utilização como critério de seleção para a eficiência reprodutiva de fêmeas da raça Nelore. Foram estudadas medidas de valor adaptativo do 4º ao 13º ano de permanência no rebanho de 21.610 fêmeas. Os valores adaptativos anuais foram calculados com base na capacidade de sobrevivência e no número de crias deixado ano após ano. O modelo de melhor ajuste aos dados, segundo os critérios adotados, foi o de 5ª ordem para a tendência média da população, 5ª ordem para o efeito genético aditivo direto e 3ª ordem para efeito de ambiente permanente de animal. O modelo heterogêneo com 10 classes foi o mais adequado na modelagem da das variâncias residuais. As herdabilidades para valor adaptativo anual aumentaram com a idade dos animais (0,05 a 0,55). As correlações entre os valores adaptativos em diferentes idades foram baixas nas idades menores e altas entre as idades adultas. A tendência genética para valor adaptativo anual foi realizada com base nos valores genéticos preditos referentes às medidas adaptativas do 4º (Pti4), 8º(Pti8) e 13º(Pti13) ano de idade. Como critério de comparação foram utilizadas as características idade ao primeiro parto (Ipp) e stayability (Stay). As associações entre os valores genéticos preditos das características foram feitas utilizando a correlação de Pearson e porcentagem de touros coincidentes. Estimativas de herdabilidade para Ipp, Stay1 e Stay2 foram respectivamente 0,12, 0,33 e 0,40. As tendências genéticas indicaram que houve ganhos para Pti4 e Pti13 e, para Pti8 as médias dos valores genéticos se mantiveram quase que constantes com o passar dos anos. As associações entre os valores genéticos indicaram maior associação entre valores genéticos preditos para valor adaptativo medido no 4º ano e valores genéticos preditos para as características Ipp e Stay / The objective of this study was to evaluate the annual Fitness as selection criteria for reproductive performance of Nelore cows. We studied measures of fitness of the 4th to the 13th year of stayability of 21,610 females. The annual fitness was calculated based on survivability and the number of offspring left year after year. The most appropriate model, according to criteria adopted, was a 5th order for the average trend of the population, 5th order for the direct genetic effect and 3th order for the permanent environmental effect of animal. The heterogeneous model with 10 classes was the most appropriated in modeling of residual variances. Heritability estimates for annual fitness increased with age of animals (0.05 to 0.55). The correlations between fitness at ages different were lower in younger ages, and high among the adult ages. The genetic trend for annual fitness was based on predicted breeding values to adaptive measures relating to the 4th (Pti4), 8th (Pti8) and 13th (Pti13) years of age. As criterion for comparison were used the traits age at first calving (IPP) and stayability (Stay). The associations between predicted breeding values of traits were made using Pearson correlation and percentage of bulls coincide. Heritability estimates for Ipp, and Stay1 Stay2 were respectively 0.12, 0.33 and 0.40. The genetic trends indicated that there were gains for Pti4 and Pti13, however for Pti8, the average genetic values remained almost constant over the years. The associations between breeding values indicate greater association between breeding values for annual fitness measured in year 4th year and the breeding values for the traits Ipp and Stay

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-28Bitstream added on 2014-06-13T18:29:27Z : No. of bitstreams: 1 fernandes_afa_me_jabo.pdf: 322816 bytes, checksum: d60d045e58509fb91c9a8dc47345094d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / No Brasil, são escassos os estudos referentes ao escore de condição corporal (ECC) de vacas de corte que, quando associado ao peso, têm impacto na produção de bezerros e na reprodução, pois reflete o balanço energético do corpo animal. Assim, o objetivo deste trabalho foi associar ECC com a prenhez de vacas Nelore e com o desempenho de seus produtos a desmama, bem como verificar se esta característica pode ser incluída nos critérios de seleção da raça Nelore. O ECC das vacas foi atribuído no diagnóstico de gestação ou no desmame, variando de 1 a 5. Por regressão logística, utilizando o método de seleção Stepwise, foram analisados os seguintes efeitos sobre o ECC: grupo de contemporâneos a desmama, peso e altura de garupa da vaca, ordem de parto, diagnóstico de gestação, histórico reprodutivo anterior à coleta do ECC, presença de bezerro ao pé e escores de C e P dos produtos a desmama. Na análise genética, elaborada usando-se inferência baeysiana, foram incluídos os mesmos efeitos anteriores, com peso e altura de garupa da vaca como co-variáveis, e acrescidos do efeito genético aditivo da vaca. Os resultados mostraram que vacas com ECC elevado emprenharam mais do que as de pior ECC, porém o desempenho dos seus bezerros foi inferior. Vacas multíparas foram mais pesadas e de escores mais magros (ECC 1 e 2). As correlações de Spearman entre ECC e suas fontes de variação foram, em sua maioria, de baixa magnitude. Os efeitos que mais explicaram a variação do ECC foram peso, grupo de contemporâneos e altura da garupa. A estimativa de herdabilidade do ECC foi igual a 0,22, com intervalo de credibilidade entre 0,13 e 0,31, valor de magnitude moderada, demonstrando a presença de ação gênica aditiva na determinação do ECC e que este pode ser utilizado como critério de seleção de vacas / In Brazil few studies have been done on the body condition score (BCS) of beef cows. The knowledge of this score associated with body weight can produce an impact on calf production and cow´s reproduction, because it reflects the energy balance of the animal body. The objective of this study was to associate BSC with pregnancy of cows and the performance of their calves at weaning, and to verify if this trait could be included as selection criteria. The BCS was recorded on pregnancy diagnosis or at weaning and ranged from 1 to 5. Applying logistic regression, using the Stepwise selection method, we analyzed the following effects on BSC: contemporary group at weaning, classes of weight and hip height of the cow, number of calvings, pregnancy diagnosis, reproductive history prior to collection BSC, the presence of calf and C and P score of calves at weaning. For the genetic analysis, performed using Baesyan inference, the same effects were considered, with weight and hip height as covariate, and also the genetic direct effect of the cow. The results showed that cows with higher BCS had better pregnancy rate than those with lower BSC, but the performance of their calves was worse. Multiparous cows were heavier and had leaner scores (BCS 1 and 2) than the primiparous ones. The Spearman rank correlation between BSC and their sources of variation were generally of low magnitude. Contemporary group, body weight and height of the cow were the effects that accounted for most of the variation of BSC. The heritability estimate of BCS was equal to 0.22 with credible interval ranging from 0.13 to 0.31, a moderate magnitude value that indicates the presence of additive genetic variation and that BSC can be used as selection criterion for cows

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-08-21Bitstream added on 2014-06-13T20:54:00Z : No. of bitstreams: 1 giusti_j_me_jabo.pdf: 404389 bytes, checksum: 4ca4ff97dca68401b3e43806b72f5f85 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Todas as características de um organismo vivo são controladas pela expressão de genes específicos, e na qualidade da carne não é diferente. O presente estudo teve como objetivo correlacionar a expressão dos genes μ-Calpaína (CALP 1), m-Calpaína (CALP 2), Calpastatina (CAST), Tireoglobulina (TG), Diacilglicerol aciltransferase 1 (DGAT1) e a Leptina (LEP) com a qualidade da carne do Longissimus dorsi em dois grupos genéticos: Nelore (Bos indicus) e Canchim (5/8 de Bos taurus x 3/8 Bos indicus) em dois períodos (carne não maturada e com sete dias de maturação), e utilizá-la como marcador genético. Foram analisados 30 touros jovens, 15 Nelore e 15 Canchim, todos mantidos nas instalações do confinamento experimental da FMVZ-UNESP Botucatu, recebendo a mesma dieta e mesmo manejo. Alcançando peso de 370 kg e espessura de gordura de cobertura de 4 mm, foram abatidos e amostras do músculo Longissimus dorsi foram coletadas para análises de: lipídeos totais (LT), força de cisalhamento (FC), índice de fragmentação miofibrilar (MFI) e análise da expressão gênica por RT-qPCR. Entre as características de qualidade da carne, LT e MFI0 apresentaram diferença entre as raças (P<0,01), sendo MFI0 superior no Canchim e LT no Nelore. Quanto à expressão gênica, as CALPs não mostraram expressão diferencial entre os grupos (P>0,05), assim como DGAT1, TG e LEP. CAST foi mais expresso na raça Nelore (P<0,05). Quanto às correlações, foi observada apenas uma positiva entre DGAT1 e MFI0 (r=0,79, P<0,01) no Canchim. Diante dos resultados, sugere-se que a maior expressão de CAST no Nelore propiciou aos animais uma carne mais dura, quando comparados ao Canchim, e que a expressão gênica não pode ser usada como um marcador genético / All the features of a living organism are controlled by the expression of specific genes, and the quality of the meat is no different. The present study was performed to correlate gene expression μ-calpain (CALP 1), m-calpain (CALP 2), calpastatin (CAST), thyroglobulin (TG), Diacylglycerol acyltransferase 1 (DGTA1) and leptin (LEP) with the meat quality of Longissimus dorsi muscle in two genetic groups: Nellore (Bos indicus) and Canchim (5/8 Bos taurus x 3/8 Bos indicus) in two periods, and use it as a genetic marker. We analyzed 30 young bulls, 15 and 15 Canchim Nellore. The animals were kept on the installation of the experimental confinement FMVZ-UNESP-Botucatu, receiving the same diet and management. When reached a weight of approximately 370 kg and a subcutaneous fat thickness of 4 mm, they were slaughtered and samples of the Longissimus dorsi muscle were collected for analysis of the: total lipids (TL), shear force (SF), myofibrillar fragmentation index (MFI) and analysis of gene expression by RT-qPCR. Among the characteristics of meat quality, LT and MFI0 showed differences between breeds (P<0,01), higher MFI0 in Canchim and LT higher in Nellore. Regarding gene expression, the CALPs showed no differential expression between groups (P>0.05), as well as DGAT1, TG, and LEP. CAST was more expressed in Nellore (P<0.05). Regarding the correlation was only observed a positive relationship between DGAT1 and MFI0 (r = 0.79, P <0.01) in Canchim. Considering the results, it is suggested that the increased expression of CAST in Nellore animals led to a tougher meat compared to Canchim, and that gene expression can not be used as a genetic marker

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-27Bitstream added on 2014-06-13T20:54:07Z : No. of bitstreams: 1 silva_mlp_me_jabo.pdf: 588157 bytes, checksum: 88d40d78834e16d673ac291d1d45d248 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Com a crescente demanda por carne de qualidade, a utilização de cruzamentos entre raças torna-se uma ferramenta importante na pecuária brasileira. O objetivo neste trabalho foi avaliar o desempenho de bovinos cruzados terminados em confinamento. Foram utilizados 136 animais, machos castrados e fêmeas, filhos de vacas Nelore, 1/2 Angus + 1/2 Nelore e 1/2 Senepol + 1/2 Nelore e de touros das raças Canchim, Hereford e Pardo Suíço tipo carne. Os animais foram confinados aos 16 meses de idade aproximadamente e abatidos quando atingiram 5 mm de espessura de gordura externa medidas por ultra-sonografia. Os dados de desempenho no confinamento foram submetidos a análises de variância, pelo método dos quadrados mínimos, considerando-se no modelo estatístico os efeitos da raça do touro, grupo genético da vaca, sexo dos animais e suas interações. Os filhos de touros Hereford foram superiores quanto ao peso final ao abate (502 kg), ao ganho médio diário (1,5 kg/dia), à eficiência alimentar (0,13 kg/kg) e à espessura de gordura (11,9 mm) em relação aos filhos dos touros Canchim (482 kg, 1,3 kg/dia, 0,11 kg/kg e 7,4 mm, respectivamente), entretanto eles não diferiram dos filhos dos touros Pardo Suiço (495 kg, 1,5 kg/dia, 0,12 kg/kg e 7,9 mm, respectivamente). Animais filhos de touros Canchim apresentam maior rendimento de carcaça quente (56,1%) e peso de gordura perirrenal (4,33 kg), e os filhos de touros Pardo-Suíço maior área de olho de lombo (66,9 cm2) e peso do coração (1,89 kg), quando as mães são Nelore, ½ Senepol + ½ Nelore e ½ Angus + ½ Nelore. Quanto ao grupo genético da vaca, os filhos de vacas ½ Angus + ½ Nelore apresentaram maior peso final ao abate (510 kg), maior ganho de peso total durante... / With the growing demand for high quality beef, crossbreeding becomes an important tool to the Brazilian beef production system. The objective of this work was to evaluate the performance of crossbred cattle in feedlot. One hundred and thirty six animals, the offspring of Nellore (NE), 1/2 Angus + 1/2 Nellore (AN) and 1/2 Senepol + 1/2 Nellore (SN) cows and Canchim (CA), Hereford (HF) and Brownvieh (BR) bulls were confined at 18 months of age and slaughtered at 5 mm back fat thickness measured by ultrasound. The data were analyzed by the least squares method with a model that included the effects of breed of sire, genetic group of dam, sex of animal and their interactions. The offspring of the Hereford bulls were superior for slaughter weight(502 kg), average daily gain (1.5 kg/day), feed efficiency (0.13 kg/kg), and back fat thickness (11.9 mm) compared to the Canchim offspring (482 kg, 1.3 kg/day, 0.11 kg/kg and 7.4 mm, respectively), but did not differ with the Brownvieh offspring (495 kg, 1.5 kg/day, 0.12 kg/kg and 7.9 mm, respectively). The offspring of the Canchim bulls showed greater carcass cutability (56.1%) and kidney fat (4.33 kg), and the offspring of the Brownvieh bulls showed greater rid eye area (66.9 cm2) and heart weight (1.89 kg), when the dams are Nellore, 1/2 Angus + 1/2 Nellore and 1/2 Senepol + 1/2 Nellore. The offspring of the 1/2 Angus + 1/2 Nellore cows showed higher slaughter weight (510 kg), total weight gain (142 kg), average daily gain (1.6 kg/day), feed efficiency (0.13 kg/kg), and carcass cutability (55.8%). The females showed higher rib eye area (10.3 mm vs. 7.8 mm) kidney fat (4.07 kg vs. 3.25 kg), marbling (5.7 vs. 4.5) and water retention capacity (83.0% vs. 81.6%) than the males, while the males were superior for slaughter weight (511 kg vs. 472 kg), total... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2004-02-18Bitstream added on 2014-06-13T20:14:40Z : No. of bitstreams: 1 pimentel_ecg_me_jabo_prot.pdf: 1045293 bytes, checksum: 7125db7c779353ee29e1494c9a78d178 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O problema da multicolinearidade em análises de regressão foi abordado. A técnica da regressão de cumeeira foi empregada na estimação de parâmetros de efeitos genéticos sobre o desempenho de animais cruzados, por meio de dois modelos: um contendo apenas efeitos de ação aditiva e dominância (AD); e outro incluindo, além desses, efeitos de epistasia e complementariedade (ADEC). Um programa foi desenvolvido, em linguagem Fortran 90, para implementação de cinco versões da regressão de cumeeira: o método proposto originalmente; o implementado pelo SAS; e três formas de ponderação do coeficiente ë. Três critérios matemáticos para escolha de ë foram testados: a soma e a média harmônica dos valores absolutos da estatística t de Student, e o valor de ë a partir do qual os valores dos fatores de inflação de variância passavam a ser todos menores que trezentos. As comparações entre os cinco métodos e os três critérios foram feitas, usando-se o modelo ADEC, pelo exame de superfícies de predição obtidas a partir dos coeficientes estimados. Superfícies de predição também foram usadas para comparação entre os dois modelos, para cada método. Com o conjunto de dados utilizado, superfícies de predição biologicamente coerentes puderam ser obtidas em todos os métodos de implementação, usando-se o critério com base nos valores de FIV para determinação de ë. Recomenda-se que um critério matemático seja usado como ferramenta auxiliar para escolha de ë, não dispensando o exame dos sinais e valores das estimativas e um bom conhecimento do fenômeno em estudo. A inclusão de parâmetros para efeitos de epistasia e complementariedade em modelos de avaliação de efeitos genéticos em animais cruzados pôde representar um ganho tanto em termos de ajuste do modelo quanto de capacidade de predição de desempenho de genótipos não testados. / The problem of multicollinearity in regression analysis was studied. Ridge regression techniques were used to estimate genetic parameters affecting performance of crossbred animals, using two models: the additive-dominance model; and an alternative model including additive, dominance, complementarity and epistatic effects. A software was developed, in Fortran 90, to perform five variant types of ridge regression: the originally proposed method; the one implemented by SAS; and three forms of weighting the ridge coefficient ë. Three mathematical criteria were tested with the aim of choosing a value for the ë coefficient: the sum and the harmonic mean of absolute Student t-values, and the value of ë from which all variance inflation factors (VIFs) became lower than 300. Prediction surfaces, obtained from estimated coefficients, were used to compare the five methods and three criteria, using the alternative model. Prediction surfaces were also used to compare the two models, for each method. In this study (and this particular data structure), prediction surfaces showed quite acceptable biological interpretation, for all five methods, when criterion based on VIF values was used to choose the ë coefficient. A mathematical criterion to choose ë is recommended as an indicator tool, without excluding an exam of signs and values of estimated coefficients, and a good understanding of the phenomenon under study. Inclusion of complementarity and epistatic effects, in models for genetic effects evaluation in crossbred animals, represented a better fit of the model, and an improvement in its ability to predict performance of untested genotypes.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-09-24Bitstream added on 2014-06-13T18:54:05Z : No. of bitstreams: 1 vechetini_me_me_jabo.pdf: 579041 bytes, checksum: 90bdfc2c0590f6beb86275f97fa9a321 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Este estudo foi conduzido com 125 novilhas da raça Nelore de três rebanhos: Nelore Seleção (NeS), Nelore Tradicional (NeT), ambos selecionados para peso ao sobreano, e Nelore Controle (NeC), selecionado para a média deste peso, com o objetivo de avaliar polimorfismos do tipo PCR-RFLP's nos genes OGA T1 e LEPTlNA. Os rebanhos analisados pertencem ao Programa de Melhoramento Genético das Raças Zebuínas, da Estação Experimental de Zootecnia de Sertãozinho - SP - Brasil. O DNA genômico foi extraído de leucócitos pelo método salino. Para a amplificação dos fragmentos de gene foram utilizados oligonucleotídeos iniciadores previamente descritos na literatura. Os produtos de PCR foram digeridos com enzimas de restrição para a detecção dos polimorfismos OGAT1 - Eael e LEPTlNA - BsaAI, e submetidos a eletroforese em gel de agarose. O OGAT1K (Iisina) foi o alelo que apresentou maior freqüência n nos rebanhos. As maiores freqüências do genótipo OGA T1KK foram encontradas nos rebanhos selecionados NeS e NeT, respectivamente, seguido pelo heterozigoto OGAT1KA. Nenhum animal apresentou o genótipo OGAT1AA (alanina). As freqüências alélicas e genotípicas do OGA T1 não diferiram entre NeS e NeT, mas foram estatisticamente diferentes (p<0,05) entre esses e o rebanho controle NeC. Em relação ao hormônio Leptina, as freqüências dos alelos foram LEP A = LEP G = 0,50 em toda a população. O heterozigoto LEP AG foi o genótipo que apresentou maior freqüência para os três rebanhos A maior freqüência do genótipo LEP GG foi observada no rebanho controle (NeC), mas as freqüências alélicas e genotípicas entre os rebanhos não foram estatisticamente diferentes. / This study was conducted with 125 Nelore heifers from three different herds: selection (NeS), traditional (NeT), both selected for yearling weight, and contrai (NeC), selected for mean yearling weight, and had the objective of looking for PCR-RFLP's polymorphisms in DGA T1 and LEPTlN genes. The herds analysed belong to the Zebu Breeding Pragram, of the Animal B:-8eding Experiment Station of Sertãozinho - SP - Brazil. The DNA was extracted fram leukocytes by the saline protocol, and to amplify the gene fragments primers previously described were used. The PCR products were digested by restriction enzymes to detect the DGA T1 - Eael e LEPTlNA - BsaAI polymorphisms, and were submitted to electraphoresis. The DGAT1K allele (Iisine) presented the larger frequency in the population. The highest frequencies of the DGA T1KK were found in the NeS e NeT herds, respectively, followed by the DGA T1KA. Neither animal presented the DGA T1AA genotype (alanine). Selected herds (NeS and NeT) allelic and genotypic frequencies for this locus were not significanttly different. Howerver, significant differences (p<0.05) were detected between the selected (NeS and NeT) and the control herds (NeC). In respect of the Leptin hormone, the allele frequencies were LEP A = LEP G = 0,50 in all the population. The LEP AG was the most frequent genotype in all the three herds. The control group (NeC) presented the LEP GG largest frequency, however, no significant differences were observed among the three herds for this locus.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-12-20Bitstream added on 2014-06-13T18:54:05Z : No. of bitstreams: 1 grossi_da_me_jabo.pdf: 379246 bytes, checksum: 621b0adcdace905a3bdad7c39ee9ad99 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A idade ao primeiro parto (IPP) e a produtividade acumulada (PAC) são características utilizadas para avaliar o desempenho reprodutivo dos bovinos de corte. Com o objetivo de estudar a variação fenotípica destas características e as associações genéticas existentes com outras de interesse econômico, dados de animais do Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN - Nelore Brasil) foram utilizados para estimar, pelo método de máxima verossimilhança restrita, parâmetros genéticos e tendências genéticas de IPP e PAC. Análises bi-característica foram efetuadas entre IPP e PAC e entre estas e peso corporal das fêmeas corrigido para 365 (P365) e 450 (P450) dias de idade, e perímetro escrotal dos machos corrigidos para 365 (PE365), 450 (PE450), 550 (PE550) e 730 (PE730) dias de idade. As tendências genéticas de PAC e IPP foram favoráveis indicando que os critérios de seleção adotados nestas fazendas estão favorecendo estas características. As médias de herdabilidades estimadas para IPP e PAC foram de 0,03 e 0,19, respectivamente. A seleção baseada no P365 ou P450 visando melhorar a IPP seria mais eficiente do que a seleção direta para esta característica. A seleção com base na PAC poderá favorecer as fêmeas com maiores P365, P450 e menores IPP. Nestes rebanhos, o perímetro escrotal não está associado geneticamente a IPP e ao índice PAC. / Age at First Calving (AFC) and Accumulated Productivity (ACP) are traits used to evaluate the reproductive performance of the beef cattle. The knowledge of the existing genetic relationships between these traits and those that respond to the selection can aid the selective process. Data of a Brazilian Nelore cattle breeding program were used to estimate via REML the genetic, phenotypic and environmental parameters as well as the genetic trends of AFC and ACP. Bi-trait analyses were performed between AFC and ACP and between these traits and the heifers body weight adjusted to 365 (W365) and 450 (W450) days of age, and the males scrotal circumference adjusted to 365 (P365), 450 (P450), 550 (P550) and 730 (P730) days of age. The genetic trends of the AFC and ACP were favorable, indicating genetic gains of -0.011 days per year for AFC and 0.1655 kg of weaned calves per year for ACP. The means of estimated heritabilities for AFC and ACP were 0.03 and 0.19, respectively. The indirect selection for AFC by W365 and W450 is more efficient than the direct selection. The estimated genetic correlations indicated that the heavier heifers at these ages were the ones that produced more kilograms of weaned calves per year and had earlier AFC. In these herds, the males scrotal circumference was not genetically associated with AFC and ACP.