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71	Protein Coevolution and Coadaptation in the Vertebrate bc1 Complex Baer, Kimberly Kay 16 July 2007 (has links) (PDF) The cytochrome bc1 complex of the mitochondrial electron transport chain accomplishes the enzymatic reaction known as the modified Q-cycle. In the Q-cycle the bc1 complex transports protons from the matrix to the intermembrane space of the mitochondria, creating the proton gradient used to make ATP. The energy to move these protons is obtained by shuttling electrons from the coenzyme ubiquinol (QH2) to coenzyme ubiquinone (Q) and the mobile cytochrome c. This well studied complex is ideal for examining molecular adaptation because it consists of ten different subunits, it functions as a dimer, and it includes at least five different active sites. The program TreeSAAP was used to characterize molecular adaptation in the bc1 complex and identify specific amino acid sites that experienced positive destabilizing (radical) selection. Using this information and three-dimensional structures of the protein complex, selection was characterized in terms of coevolution and coadaptation. Coevolution is described as reciprocal local biochemical shifts based on phylogenetic location and results in overall maintenance. Coadaptation, on the other hand, is more dynamic and is described as coordinated local biochemical shifts based on phylogenetic location which results in overall adaptation. In this study both coevolution and coadaptation were identified in various locations on the protein complex near the active sites. Sites in the pore region of cyt c1 were shown to exhibit coevolution, in other words maintenance, of many biochemical properties, whereas sites on helix H of cyt b, which flanks the active sites Qo and Qi, were shown to exhibit coadaptation, in other words coordinated shifts in the specific properties equilibrium constant and solvent accessible reduction ratio. Also, different domains of the protein exhibited significant shifts in drastically different amino acid properties: the protein imbedded in the membrane demonstrated shifts in mainly functional properties, while the part of the complex in the intermembrane space demonstrated shifts in conformational, structural, and energetic properties. cytochrome bc1 complex protein coadaptation protein coevolution cytochrome b cytochrome c1 rieske iron sulfur protein coenzyme q TreeSAAP physicochemical amino acid properties biochemical adaptation Biology
72	Transformation de Aluthge et vecteurs extrémaux / Aluthge Transform and Extremal Vectors Verliat, Jérôme 21 December 2010 (has links) Cette thèse s'articule autour de deux thèmes : une transformation de B(H) introduite par Aluthge et la méthode d'Ansari-Enflo. La première partie fait l'objet de l'étude de la transformation d’Aluthge qui a eu un impact important ces dernières années en théorie des opérateurs. Des résultats optimaux sur la stabilité d'un certain nombre de classes d'opérateurs, telles que la classe des isométries partielles et les classes associées au comportement asymptotique d'un opérateur, sont fournis. Nous étudions également l'évolution d'invariants opératoriels, tels que le polynôme minimal, la fonction minimum, l'ascente et la descente, sous l'action de la transformation ; nous comparons plus précisément les suites des noyaux et images relatives aux itérés d'un opérateur et de sa transformée de Aluthge. La deuxième partie est l'occasion d'étudier la théorie d'Ansari-Enflo, qui a permis de gros progrès pour le problème du sous-espace hyper-invariant. Nous développons plus particulièrement la notion fondatrice de la méthode, celle de vecteur extrémal. La localisation et une nouvelle caractérisation de ces vecteurs sont données. Leur régularité et leur robustesse, au regard de différents paramètres, sont éprouvées. Enfin, nous comparons les vecteurs extrémaux d'un shift à poids et ceux associés à sa transformée d’Aluthge. Cette étude aboutit à la construction d'une suite de vecteurs extrémaux associés aux itérés de la transformation d’Aluthge, pour laquelle certaines propriétés sont mises en évidence. / This thesis is based on two topics : a transformation of B(H) introduced by Aluthge and the Ansari-Enflo method. In the first part, we study the Aluthge transformation which really had an impact on operator theory in the past ten years. Some optimal results about stability for several operators classes, such as isometries class and classes of operators defined by their asymptotic behaviour, are given. We also study changes generated by Aluthge transform about some usual tools in operator theory like minimum polynomial, minimum function, ascent and descent ; precisely, we compare iterated kernels and iterated ranges sequences related to an operator and to its Aluthge transform. The second part is devoted to the study of the Ansari-Enflo theory, which allowed to make progress in the hyper-invariant subspace problem. We develop the notion of extremal vectors which is the fundamental point of the theory. We clarify their spatial localization and a new caracterisation for these vectors is given. Regularity and robustness with regard to different parameters are tried and tested. Finally, we compare extremal vectors associated with weighted shifts and the one corresponding to their Aluthge transform. This study leads to build a sequence of extremal vectors associated with the iterated Aluthge transform, for which we highlight several properties. Transformation de Aluthge Méthode d'Ansari-Enflo Vecteur extrêmal Vecteur minimal Shift à poids Isométrie partielle Co-isométrie Opérateur stable C0, C1, Ascente Descente Polynôme minimal Fonction minimum Pseudoinverse de Moore-Penrose Aluthge transform Extremal vector Minimal vector Weighted shift Partial isometry Co-isometry Stable operator C0, Asymptotically non-vanishing C1, Ascent Descent Minimal polynomial Minimum function Moore-Penrose pseudo-inverse 510
73	Transformation de Aluthge et vecteurs extrémaux Verliat, Jérôme 21 December 2010 (has links) (PDF) Cette thèse s'articule autour de deux thèmes : une transformation de B(H) introduite par Aluthge et la méthode d'Ansari-Enflo. La première partie fait l'objet de l'étude de la transformation d'Aluthge qui a eu un impact important ces dernières années en théorie des opérateurs. Des résultats optimaux sur la stabilité d'un certain nombre de classes d'opérateurs, telles que la classe des isométries partielles et les classes associées au comportement asymptotique d'un opérateur, sont fournis. Nous étudions également l'évolution d'invariants opératoriels, tels que le polynôme minimal, la fonction minimum, l'ascente et la descente, sous l'action de la transformation ; nous comparons plus précisément les suites des noyaux et images relatives aux itérés d'un opérateur et de sa transformée de Aluthge. La deuxième partie est l'occasion d'étudier la théorie d'Ansari-Enflo, qui a permis de gros progrès pour le problème du sous-espace hyper-invariant. Nous développons plus particulièrement la notion fondatrice de la méthode, celle de vecteur extrémal. La localisation et une nouvelle caractérisation de ces vecteurs sont données. Leur régularité et leur robustesse, au regard de différents paramètres, sont éprouvées. Enfin, nous comparons les vecteurs extrémaux d'un shift à poids et ceux associés à sa transformée d'Aluthge. Cette étude aboutit à la construction d'une suite de vecteurs extrémaux associés aux itérés de la transformation d'Aluthge, pour laquelle certaines propriétés sont mises en évidence. Transformation de Aluthge Méthode d'Ansari-Enflo Vecteur extrêmal Vecteur minimal Shift à poids Isométrie partielle Co-isométrie Opérateur stable C0 C1 Ascente Descente Polynôme minimal Fonction minimum Pseudoinverse de Moore-Penrose
74	Competitive intelligence with specific reference to the challenges facing the Competitive Intelligence Professional in South Africa Odendaal, Bernardus Johannes 09 February 2005 (has links) Natural tension exists between decision-makers and intelligence professionals. The main problems involve control over the gathering, interpretation, presentation, and the use of intelligence products in the decision-making process. Competitive intelligence (CI) professionals are rarely in a management position, and few managers and decision-makers have the necessary understanding of the value of intelligence products and thus intelligence is often misused or discarded. This situation results in intelligence failures and inappropriate strategic decisions by management. The methodology for the study was to determine the perceptions of CI professionals with regard to the current state of affairs of the CI function in the private sector. The study was conducted among members (n=74) of the South African Association of Competitive Intelligence Professionals. An overview of the development of CI within the South African context was also done, and interviews with key personalities practising CI in South Africa were conducted. The results indicated that many issues and challenges still face the CI professional in the South African environment, such as control over intelligence and the way in which it is used. There is a worrying tendency of third parties gathering intelligence, resulting in a situation where plausible denial is possible. Management perception/ignorance of the capabilities of intelligence in the decision-making process still needs to be addressed. There is also a need for recognition among CI professionals with regard to standards and representation. The CI field is still almost exclusively a male-dominated industry, with high barriers of entry in terms of academic qualifications. The conclusions are that a greater understanding of the requirements and needs of decision-makers, with regard to intelligence products, should be created. Decision-makers also need to understand the limits of intelligence products, and that intelligence products can only be compiled from information that has been gathered in a legal and ethical way. CI professionals have the responsibility to develop an indigenous body of knowledge as a means of making CI an accepted business practice and an indispensable tool in management decision-making. / Dissertation (M (Security Studies))--University of Pretoria, 2006. / Political Sciences / unrestricted Intelligence users Intelligence producers Intelligence cycle Industrial espionage Dissemination C1 professional Decision-makers Data collection Counterintelligence Competitive intelligence Analysis UCTD
75	Die pleiotrope Maturation der sauerstofftoleranten [NiFe]-Hydrogenasen aus Ralstonia eutropha Bürstel, Ingmar 06 May 2013 (has links) Hydrogenasen sind komplexe Enzyme, die die reversible Oxidation von molekularem Wasserstoff zu Protonen und Elektronen katalysieren. Diese Enzyme erlauben ihrem Wirtsorganismus das Wachstum unter chemolithoautotrophen Bedingungen. Der Modellorganismus Ralstonia eutropha besitzt drei gut charakterisierte Hydrogenasen der [NiFe]-Klasse, die sich durch ihre Sauerstofftoleranz auszeichnen. Ihr aktives Zentrum besteht aus einer komplexen prosthetischen Gruppe, welche aus einem Nickel- und einem Eisenatom besteht. Letzteres koordiniert drei diatomare Liganden, zwei Cyanide und ein CO. Die Synthese der gesamten Ni(SR)2(µ-SR)2Fe(CN)2(CO)-Gruppe ist ein komplexer Prozess. Die sogenannte Maturation benötigt wenigstens sechs akzessorische Proteine, die sogenannten Hyp-Proteine. Das umfassende Verständnis dieser Maturationsprozesse ermöglicht eine Vielzahl von biotechnologischen Anwendungen. Die vorliegende Arbeit untersucht die Maturation unter verschiedenen Gesichtspunkten. Zentrale, offene Fragen sind die Herkunft des Carbonylliganden sowie die Prozesse, die zur Ligandierung des katalytischen Eisens führen. Dazu wurden molekularbiologische, biochemische und spektroskopische Methoden in Verbindung mit Isotopenmarkierung eingesetzt. Unter anderem konnte dabei gezeigt werden, dass das katalytische Eisen alle seine Liganden bereits im HypCD-Komplex, dem zentralen Element der Maturation, erhält. Ferner konnte in dieser Arbeit, erstmalig für [NiFe]-Hydrogenasen, eine konkrete Biosynthese des seltenen und toxischen diatomaren CO-Liganden beschrieben werden. Ausgehend vom Alpha-Kohlenstoff von Glycin wird der Tetrahydrofolat (THF)-abhängige C1-Metabolismus mit C1-Einheiten versorgt. Durch die enzymatische Aktivität von HypX wird die Formylgruppe von N10-Formyl-THF zu CO umgesetzt. / Hydrogenases are complex enzymes that catalyze the reversible oxidation of molecular hydrogen into protons and electrons. These enzymes allow their host organism to grow under chemolithoautotrophic conditions. The model organism Ralstonia eutropha has three well-characterized [NiFe]-hydrogenases, which exhibit an extraordinary high oxygen tolerance. Its active center is a complex prosthetic group which consists of a nickel and iron atom. The latter coordinates three diatomic ligands, two cyanides and one CO. The biosynthesis of the whole Ni(SR)2(μ-SR)2Fe(CN)2(CO)-group is a complex process. This so-called maturation process needs the activity of at least six accessory proteins, the Hyp-proteins. Understanding the maturation allows a variety of biotechnological applications. The present study examines the maturation of [NiFe]-hydrogenases under different aspects. The major questions concern the origin of the carbonyl ligand as well as the processes that lead to ligandation of the designated catalytic iron. To adress these tasks, molecular biological, biochemical and spectroscopic methods in combination with isotopic labeling were employed. Inter alia, it could be shown that the catalytic iron in the HypCD-complex, the central element of the maturation process, contains all three diatomic ligands. Furthermore, this study describes, for the first time in [NiFe]-hydrogenases, a specific biosynthetic route of the rare and toxic diatomic CO-ligand. Starting from the alpha-carbon of glycine the tetrahydrofolate (THF)-dependent one-carbon metabolism is replenished with one-carbon units. Subsequently the formyl group from N10-formyl-THF is hydrolyzed by the enzymatic activity from HypX and further converted to carbon monoxide as determined by isotopic labeling and infrared spectroscopy. Kohlenmonoxid Hydrogenase Ralstonia eutropha Sauerstofftoleranz Maturation Diatomare Liganden Aktives Zentrum Tetrahydrofolat C1-Metabolismus Ameisensäure Carbonylligand CO-Ligand HypC HypD HypX maturation carbon monoxide Hydrogenase oxygen tolerance Ralstonia eutropha diatomic ligands active site tetrahydrofolate one-carbon metabolism formic acid carbonyl ligand CO-ligand HypC HypD HypX 570 Biowissenschaften, Biologie 32 Biologie WD 5055 ddc:570
76	Optimisation de l'utilisation du gadolinium comme poison consommable dans le combustible nucléaire : Vers un REP sans bore Dario, Pieck 22 October 2013 (has links) (PDF) L'excès de réactivité neutronique dans les centrales nucléaires est compensé par des sys-tèmes actifs de contrôle du réacteur : acide borique et barres de contrôle. L'apport d'antiréactivité peut se faire passivement avec des poisons consommables, c'est-à-dire des absorbants de neutrons, en particulier avec du gadolinium (Gd). Dans le cadre d'une augmentation de l'enrichissement en U²³⁵ et de réduction de l'utilisation d'acide borique, cette thèse a pour objectif d'optimiser la distribution du ga-dolinium dans des céramiques d'UO₂ afin d'obtenir un apport optimisé d'antiréactivité dans un Réacteur à Eau sous Pression. Dans ce sens, le travail est orienté à trouver des nouveaux matériaux riches en gadoli-nium. Le diagramme de phase U-O-Gd a donc été exploré dans le domaine des fortes teneurs en Gd. Deux phases cubiques ont été trouvées et caractérisées : les phases C1 et C2. En vue d'une application industrielle, la phase C1 a été retenue comme candidate pour l'ajout du Gd dans les pastilles d'UO₂. La distribution optimale de cette phase C1 dans les assemblages de combustible nucléaire a été étudiée avec le code de calcul neutronique APOLLO2.8. Des études paramétriques ont été réalisées. Ces études neutroniques ont aboutit à un concept performant de pas-tille empoisonnée. Finalement, des pastilles prototype ont été fabriquées en laboratoire suivant ce concept. L'ensemble des résultats obtenus montre qu'un concept de pastille avec un dépôt super-ficiel neutrophage de phase C1 est une manière d'apporter de l'antiréactivité de manière optimisée dans le cadre de cycles longs. Ceci pourrait potentiellement être appliquée à l'échelle industrielle. Un brevet a été déposé en ce sens. [SPI:MAT] Engineering Sciences/Materials Gadolinium Gd C1 C2 Gd₆UO₁₂ Gd₂O₃ UO₂ U₃O₈ diagramme de phase U-Gd-O antiréactivité acide borique bore poison consommable réacteur nucléaire excès de réactivité brevet EPR™; REP réacteur à eau sous pression MEB EDS DRX barbotine enrobage couples d'interdiffusion diffusion frittage centrale nucléaire
77	Development and Validation of Novel Polymer-based DNA Delivery Systems for Effective and Affordable Non-viral Gene Therapies Zhang, Jun 23 May 2022 (has links) No description available. Animal Diseases Biochemistry Biology Biomedical Engineering Biomedical Research Cellular Biology Developmental Biology Engineering Environmental Health Health Health Sciences Immunology Materials Science Medicine Molecular Biology Molecules Nanoscience Nanotechnology Neurobiology Neurology Neurosciences Organic Chemistry Pharmaceuticals Pharmacy Sciences Polymer Chemistry Polymers Public Health Toxicology Therapy Virology gene therapy gene delivery DNA delivery polymer non-viral nonviral therapeutic polyethylenimine PEI in vitro in vivo C2C12 muscle muscular M17 neuro neural brain transfection cell penetrating peptide neurodegenerative Alzheimer Parkinson prion PrP N1 C1 amyloid-β Aβ Tau α-synuclein αSyn α-cleavage ADAM8 pscAAV

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