As a response to digitalisation and new niche competitors, incumbent banks tries to increase their flexibility by adopting agile principles at their development departments. However, the flexibility of the agile departments is constrained by the flexibility of the rest of the organisation, which are still working according to the waterfall method. To address this problem, several incumbent banks are focusing towards scaling their agile work to the entire organisation. The case company for this study is a bank trying to scale their agile work by using the Scaled Agile Framework (SAFe). Nonetheless, there is scepticism within the bank whether Weighted Shortest Job First (WSJF), the prioritisation model used in SAFe, is applicable in financial software development. The available case studies are often conducted by consultancy firms implementing the framework and are focused towards the positive effects, excluding challenges or adaptions made for specific industrial contexts. This study contributes to this gap in the literature with empirical findings by assessing the adaptability of WSJF and its ability to satisfy the prioritisation needs of financial software development. Moreover, empirical data is used to formulate recommendations for how WSJF can be adapted and integrated with the current processes of financial software development. To operationalise the study, the following research question was formulated: "How could WSJF be modified to better suit financial software development?". To answer upon this, a qualitative case study employing semi-structured interviews was conducted. The semi-structured interviews were used to identify the prioritisation needs at a selected case department. The needs were used to formulate prioritisation requirements that were structured according to an analytical framework. The framework was used to evaluate how many of the requirements WSJF were able to satisfy. Moreover, the analytical framework was used as a guideline in formulating the recommendations of modifications to better satisfy the prioritisation needs. The results showed that no single set of needs is able to conclude the prioritisation needs of all organisational levels. Employees on an operational level have a more practical approach towards prioritisation and requires a model that is easy to use and time efficient. Meanwhile, the strategic level requires a model with high precision that could estimate the value of deliveries monetarily, allowing them to track the realisation of deliveries in the financial figures. WSJF are able to satisfy the needs of the operational level but fails to satisfy the needs of the strategic level. Derived from the obtained needs of both levels, the following two modifications are recommended: Establish a uniform value definition that are used by the entire organisation and Implement a prioritisation model that can combine monetarily CoD at a strategic level with relative CoD at an operational level. By implementing these changes the percentage of satisfied requirements increased from 50% to 89% on a strategic level and from 85% to 90% on an operational level. Resulting from this, the conclusion is that WSJF can be modified to better suit financial software development by implementing the recommended changes formulated in this report. / De traditionella storbankerna försöker implementera agila arbetssätt inom deras utvecklingsavdelningar för att öka flexibiliteten. Detta är ett svar på en ökad digitalisering och nya nischade konkurrenter. Dock är flexibiliteten av de agila arbetssätten begränsad av flexibiliteten av den övriga organisationen, som fortfarande jobbar enligt vattenfallsmodellen. För att adressera denna begränsning fokuserar bankerna på att skala upp det agila arbetet så att det täcker hela organisationen. I denna studie studeras en av dessa banker, som har valt att använda sig av det agila skalningsramverket Scaled Agile Framework (SAFe). Trots valet av SAFe finns en viss skepticism huruvida den medföljande prioriteringsmodellen Weighted Shortest Job First (WSJF) lämpar sig för finansiell mjukvaruutveckling. De studier som finns tillgängliga kring SAFe och WSJF är till stor del framtagna av konsultfirmor vars uppgift är att implementera SAFe. Således är dessa rapporter fokuserade på de positiva effekter som uppnås, samtidigt som utmaningar och anpassningar för det specifika industriella kontexten utelämnas. Detta skapar ett gap inom litteraturen, till vilket denna studie ämnar att bidra med empiriska resultat från en undersökning av WSJFs förmåga att tillfredsställa och anpassas efter prioriteringsbehoven inom finansiell mjukvaruutveckling. Därutöver ligger de empiriska resultaten till grund för rekommendationer gällande hur WSJF bättre kan anpassas och integreras inom finansiell mjukvaruutveckling. För att operationalisera studien formulerades följande forskningsfråga: "Kan WSJF modifieras för att lämpa sig bättre inom finansiell mjukvaruutveckling?". För att besvara detta genomfördes en kvalitativ fallstudie där semi-strukturerade intervjuer användes för att identifiera prioriteringsbehoven av en utvecklingsavdelning hos den undersökta banken. Behoven användes för att populera ett analytiskt ramverk, som sedan användes för att utvärdera hur många prioriteringskrav som WSJF lyckas tillfredsställa. Dessutom agerade ramverket som guide i framtagandet av rekommenderade modifikationer, för att öka antalet krav som WSJF tillfredsställer. Resultatet indikerar att ingen enskild uppsättning av behov täcker samtliga prioriteringsbehov i organisationen. Anställda på en operationell nivå har en praktisk syn på prioritering och efterfrågar en modell som är tidseffektiv och enkel att använda. Anställda på en strategisk nivå kräver en prioriteringsmodell med hög precision som kan uppskatta värdet av en leverans monetärt, då detta möjliggör en uppföljning av hur leveransvärdet realiserats genom de finansiella siffrorna. WSJF tillfredsställer prioriteringskraven från den operationella nivån medan den misslyckas med att tillfredsställa hälften av kraven från den strategiska nivån. Utifrån de prioriteringskrav som samlats in rekommenderas följande två modifikationer: Fastställ en gemensam värdedefinition som används i hela organisationen och Implementera en prioriteringsmodell som kombinerar monetärt värde på en strategisk nivå med relativt värde på en operationell nivå. Genom att implementera dessa modifikationer ökar antalet tillfredsställda krav från 50% till 89% på en strategisk nivå och från 85% till 90% på en operationell nivå. Utifrån detta är slutsatsen att WSJF kan modifieras för att bättre lämpa sig för finansiell mjukvaruutveckling.

Les Leucémies Aigues Lymphoblastiques T (LAL-T) sont des hémopathies malignes causées par la prolifération de cellules immatures T bloquées à un stade donné de leur différenciation. Leur oncogenèse est multigénique. Une anomalie de type A (à l’origine du blocage de différenciation) ainsi que des anomalies de type B (gains de fonctions de type prolifération, métabolisme, résistance à l’apoptose…) sont souvent retrouvées chez le même patient. Ces leucémies reproduisent individuellement les différentes étapes de la maturation thymique humaine. En fonction de l’immunogénétique (phénotype et réarrangement des loci des TCR), 3 groupes de LAL-T sont ainsi identifiables : les LAL-T immatures (correspondant aux formes non T-restreintes), les LAL-T corticales (bloquées autour de la b-sélection) et les LAL-T matures TCR/CD3+. Mon travail de thèse a consisté à déterminer à quel point l’activation et la signalisation du TCR pouvaient être impliquées dans la biologie de cette hémopathie. Nous avons utilisé le modèle transgénique Marilyn TCR-HY et montré in vitro (lignée TLX+) et in vivo (modèle de leucémogénèse TEL-JAK2) que l’activation du TCR par la reconnaissance de son peptide spécifique (DBY, peptide présent uniquement dans les souris mâles) empêche le développement et le maintien de la leucémie. L'induction de la signalisation du TCR par des anticorps monoclonaux dirigés contre la chaîne de signalisation CD3e (anti-CD3e humain, OKT3 ; anti-CD3e murin, 145-2C11) entraîne également une mort massive des cellules leucémiques en induisant un programme d'expression génique et de phosphoproteomique ressemblant à la sélection négative thymique. In vitro dans des LAL-T primaires, la stimulation du complexe CD3/TCR par un anticorps anti-CD3 entraîne la mort cellulaire des LAL-T CD3/TCR+ et non des TCR/CD3- quelque soit leur mécanisme oncogénétique sous-jacent. Finalement, le traitement anti-CD3 in vivo empêche la leucémogenèse chez les souris transplantées avec des LAL-T murines et humaines. Ces données fournissent un fort rationnel en faveur d’une thérapie ciblée, basée sur le traitement anti-CD3 des LAL-T matures CD3/TCR+. Ce travail démontre aussi que des étapes-clés du développement (comme la sélection négative) peuvent être des cibles thérapeutiques et sont actionnables malgré l’accumulation d’altérations géniques et épigénétiques dans les cellules cancéreuses. Par ailleurs, j’ai étudié la fréquence et l’impact pronostique des anomalies de la signalisation du TCR/pré-TCR dans une grande série protocolaire de LAL-T de l’adulte (GRAALL-2003 et -2005). Les voies de prolifération RAS/MAPK et PI3K/PTEN/AKT participent à la signalisation du TCR/pré-TCR et ont été rapportées comme dérégulées dans des séries de LAL-T pédiatriques. Dans notre série, j’ai identifié des délétions/mutations perte de fonction de PTEN (12 %) ou des mutations activatrices de KRAS/N-RAS (11%) montrant que les anomalies du pré-TCR/TCR sont fréquentes dans les LAL-T puisqu’elles sont retrouvées dans 23% des cas. Les anomalies de RAS/PTEN sont associées à un pronostic défavorable. Leur impact pronostique en fonction du statut mutationnel NOTCH1/FBXW7 (N/F) a également été étudié et montre que les anomalies de RAS/PTEN abrogent le bon pronostic des mutations N/F. Ce travail permet de proposer une classification oncogénétique basée sur les anomalies de N/F et RAS/PTEN. Cette classification définit les patients de bas risque comme ceux ayant N/F muté mais sans anomalie de RAS et PTEN (51 %) et les hauts risques qui regroupent tous les autres patients (49 %). Cette classification oncogénétique est dorénavant utilisée dans le nouveau protocole GRAALL-2014 des LAL-T de l’adulte. / T-cell acute lymphoblastic leukemias (T-ALL) are rare lymphoid neoplasms characterized by the proliferation of T lymphoblasts arrested at specific stages of maturation. Leukemic transformation of maturating thymocytes is caused by a multistep pathogenesis involving numerous genetic abnormalities that drive normal T cells into uncontrolled cell growth and clonal expansion. Depending on immunogenetic, T-ALLs are classified in 3 groups: immature, cortical (blocked around b-selection) and mature (CD3/TCR+) T-ALL. My work was to determine if activation and TCR signalling are involved in the biology of this disease. We demonstrate in T-ALL that, irrespective of the complex oncogenic abnormalities underlying tumor progression, experimentally induced, persistent TCR signalling has anti-leukemic properties and enforces a molecular and phosphoproteomic program resembling thymic negative selection, a major developmental event in normal T cell development. Using mouse models of T-ALL, we show that induction of TCR signalling by high affinity self-peptide/MHC or treatment with monoclonal antibodies to the CD3e chain (anti-CD3) causes massive leukemic cell death. Importantly, anti-CD3 treatment hampered leukemogenesis in mice transplanted with either mouse or patient-derived T-ALLs. These data provide a strong rationale for targeted therapy based on anti-CD3 treatment of TCR-expressing T-ALL patients and demonstrate that endogenous developmental checkpoint pathways are amenable to therapeutic intervention in cancer cells. Besides, I studied frequency and prognostic impact of anomalies concerning pre-TCR/TCR signalling in a large cohort of adult T-ALL included in GRAALL trials. RAS/MAPK and PI3K/PTEN/AKT pathways are involved in pre-TCR/TCR signalling and are reported as deregulated in pediatric T-ALL. I identified deletion/mutation loss-of-function of PTEN (12%) and activating mutations of KRAS/N-RAS (11%) in 23% of patients. These anomalies predict poor outcome and abrogate the good prognosis of NOTCH1/FBXW7 mutations. We proposed a purely genetic stratification of patients based on N/F/RAS/PTEN status, identifying low-risk patients (51%) with N/F mutations without RAS/PTEN anomalies and high-risk patients (49%) composed by the remaining cohort. This stratification will be used for the next protocol of adult-T-ALL.

Les Leucémies Aigues Lymphoblastiques T (LAL-T) sont des hémopathies malignes causées par la prolifération de cellules immatures T bloquées à un stade donné de leur différenciation. Leur oncogenèse est multigénique. Une anomalie de type A (à l’origine du blocage de différenciation) ainsi que des anomalies de type B (gains de fonctions de type prolifération, métabolisme, résistance à l’apoptose…) sont souvent retrouvées chez le même patient. Ces leucémies reproduisent individuellement les différentes étapes de la maturation thymique humaine. En fonction de l’immunogénétique (phénotype et réarrangement des loci des TCR), 3 groupes de LAL-T sont ainsi identifiables : les LAL-T immatures (correspondant aux formes non T-restreintes), les LAL-T corticales (bloquées autour de la b-sélection) et les LAL-T matures TCR/CD3+. Mon travail de thèse a consisté à déterminer à quel point l’activation et la signalisation du TCR pouvaient être impliquées dans la biologie de cette hémopathie. Nous avons utilisé le modèle transgénique Marilyn TCR-HY et montré in vitro (lignée TLX+) et in vivo (modèle de leucémogénèse TEL-JAK2) que l’activation du TCR par la reconnaissance de son peptide spécifique (DBY, peptide présent uniquement dans les souris mâles) empêche le développement et le maintien de la leucémie. L'induction de la signalisation du TCR par des anticorps monoclonaux dirigés contre la chaîne de signalisation CD3e (anti-CD3e humain, OKT3 ; anti-CD3e murin, 145-2C11) entraîne également une mort massive des cellules leucémiques en induisant un programme d'expression génique et de phosphoproteomique ressemblant à la sélection négative thymique. In vitro dans des LAL-T primaires, la stimulation du complexe CD3/TCR par un anticorps anti-CD3 entraîne la mort cellulaire des LAL-T CD3/TCR+ et non des TCR/CD3- quelque soit leur mécanisme oncogénétique sous-jacent. Finalement, le traitement anti-CD3 in vivo empêche la leucémogenèse chez les souris transplantées avec des LAL-T murines et humaines. Ces données fournissent un fort rationnel en faveur d’une thérapie ciblée, basée sur le traitement anti-CD3 des LAL-T matures CD3/TCR+. Ce travail démontre aussi que des étapes-clés du développement (comme la sélection négative) peuvent être des cibles thérapeutiques et sont actionnables malgré l’accumulation d’altérations géniques et épigénétiques dans les cellules cancéreuses. Par ailleurs, j’ai étudié la fréquence et l’impact pronostique des anomalies de la signalisation du TCR/pré-TCR dans une grande série protocolaire de LAL-T de l’adulte (GRAALL-2003 et -2005). Les voies de prolifération RAS/MAPK et PI3K/PTEN/AKT participent à la signalisation du TCR/pré-TCR et ont été rapportées comme dérégulées dans des séries de LAL-T pédiatriques. Dans notre série, j’ai identifié des délétions/mutations perte de fonction de PTEN (12 %) ou des mutations activatrices de KRAS/N-RAS (11%) montrant que les anomalies du pré-TCR/TCR sont fréquentes dans les LAL-T puisqu’elles sont retrouvées dans 23% des cas. Les anomalies de RAS/PTEN sont associées à un pronostic défavorable. Leur impact pronostique en fonction du statut mutationnel NOTCH1/FBXW7 (N/F) a également été étudié et montre que les anomalies de RAS/PTEN abrogent le bon pronostic des mutations N/F. Ce travail permet de proposer une classification oncogénétique basée sur les anomalies de N/F et RAS/PTEN. Cette classification définit les patients de bas risque comme ceux ayant N/F muté mais sans anomalie de RAS et PTEN (51 %) et les hauts risques qui regroupent tous les autres patients (49 %). Cette classification oncogénétique est dorénavant utilisée dans le nouveau protocole GRAALL-2014 des LAL-T de l’adulte. / T-cell acute lymphoblastic leukemias (T-ALL) are rare lymphoid neoplasms characterized by the proliferation of T lymphoblasts arrested at specific stages of maturation. Leukemic transformation of maturating thymocytes is caused by a multistep pathogenesis involving numerous genetic abnormalities that drive normal T cells into uncontrolled cell growth and clonal expansion. Depending on immunogenetic, T-ALLs are classified in 3 groups: immature, cortical (blocked around b-selection) and mature (CD3/TCR+) T-ALL. My work was to determine if activation and TCR signalling are involved in the biology of this disease. We demonstrate in T-ALL that, irrespective of the complex oncogenic abnormalities underlying tumor progression, experimentally induced, persistent TCR signalling has anti-leukemic properties and enforces a molecular and phosphoproteomic program resembling thymic negative selection, a major developmental event in normal T cell development. Using mouse models of T-ALL, we show that induction of TCR signalling by high affinity self-peptide/MHC or treatment with monoclonal antibodies to the CD3e chain (anti-CD3) causes massive leukemic cell death. Importantly, anti-CD3 treatment hampered leukemogenesis in mice transplanted with either mouse or patient-derived T-ALLs. These data provide a strong rationale for targeted therapy based on anti-CD3 treatment of TCR-expressing T-ALL patients and demonstrate that endogenous developmental checkpoint pathways are amenable to therapeutic intervention in cancer cells. Besides, I studied frequency and prognostic impact of anomalies concerning pre-TCR/TCR signalling in a large cohort of adult T-ALL included in GRAALL trials. RAS/MAPK and PI3K/PTEN/AKT pathways are involved in pre-TCR/TCR signalling and are reported as deregulated in pediatric T-ALL. I identified deletion/mutation loss-of-function of PTEN (12%) and activating mutations of KRAS/N-RAS (11%) in 23% of patients. These anomalies predict poor outcome and abrogate the good prognosis of NOTCH1/FBXW7 mutations. We proposed a purely genetic stratification of patients based on N/F/RAS/PTEN status, identifying low-risk patients (51%) with N/F mutations without RAS/PTEN anomalies and high-risk patients (49%) composed by the remaining cohort. This stratification will be used for the next protocol of adult-T-ALL.

Les Leucémies Aigues Lymphoblastiques T (LAL-T) sont des hémopathies malignes causées par la prolifération de cellules immatures T bloquées à un stade donné de leur différenciation. Leur oncogenèse est multigénique. Une anomalie de type A (à l’origine du blocage de différenciation) ainsi que des anomalies de type B (gains de fonctions de type prolifération, métabolisme, résistance à l’apoptose…) sont souvent retrouvées chez le même patient. Ces leucémies reproduisent individuellement les différentes étapes de la maturation thymique humaine. En fonction de l’immunogénétique (phénotype et réarrangement des loci des TCR), 3 groupes de LAL-T sont ainsi identifiables : les LAL-T immatures (correspondant aux formes non T-restreintes), les LAL-T corticales (bloquées autour de la b-sélection) et les LAL-T matures TCR/CD3+. Mon travail de thèse a consisté à déterminer à quel point l’activation et la signalisation du TCR pouvaient être impliquées dans la biologie de cette hémopathie. Nous avons utilisé le modèle transgénique Marilyn TCR-HY et montré in vitro (lignée TLX+) et in vivo (modèle de leucémogénèse TEL-JAK2) que l’activation du TCR par la reconnaissance de son peptide spécifique (DBY, peptide présent uniquement dans les souris mâles) empêche le développement et le maintien de la leucémie. L'induction de la signalisation du TCR par des anticorps monoclonaux dirigés contre la chaîne de signalisation CD3e (anti-CD3e humain, OKT3 ; anti-CD3e murin, 145-2C11) entraîne également une mort massive des cellules leucémiques en induisant un programme d'expression génique et de phosphoproteomique ressemblant à la sélection négative thymique. In vitro dans des LAL-T primaires, la stimulation du complexe CD3/TCR par un anticorps anti-CD3 entraîne la mort cellulaire des LAL-T CD3/TCR+ et non des TCR/CD3- quelque soit leur mécanisme oncogénétique sous-jacent. Finalement, le traitement anti-CD3 in vivo empêche la leucémogenèse chez les souris transplantées avec des LAL-T murines et humaines. Ces données fournissent un fort rationnel en faveur d’une thérapie ciblée, basée sur le traitement anti-CD3 des LAL-T matures CD3/TCR+. Ce travail démontre aussi que des étapes-clés du développement (comme la sélection négative) peuvent être des cibles thérapeutiques et sont actionnables malgré l’accumulation d’altérations géniques et épigénétiques dans les cellules cancéreuses. Par ailleurs, j’ai étudié la fréquence et l’impact pronostique des anomalies de la signalisation du TCR/pré-TCR dans une grande série protocolaire de LAL-T de l’adulte (GRAALL-2003 et -2005). Les voies de prolifération RAS/MAPK et PI3K/PTEN/AKT participent à la signalisation du TCR/pré-TCR et ont été rapportées comme dérégulées dans des séries de LAL-T pédiatriques. Dans notre série, j’ai identifié des délétions/mutations perte de fonction de PTEN (12 %) ou des mutations activatrices de KRAS/N-RAS (11%) montrant que les anomalies du pré-TCR/TCR sont fréquentes dans les LAL-T puisqu’elles sont retrouvées dans 23% des cas. Les anomalies de RAS/PTEN sont associées à un pronostic défavorable. Leur impact pronostique en fonction du statut mutationnel NOTCH1/FBXW7 (N/F) a également été étudié et montre que les anomalies de RAS/PTEN abrogent le bon pronostic des mutations N/F. Ce travail permet de proposer une classification oncogénétique basée sur les anomalies de N/F et RAS/PTEN. Cette classification définit les patients de bas risque comme ceux ayant N/F muté mais sans anomalie de RAS et PTEN (51 %) et les hauts risques qui regroupent tous les autres patients (49 %). Cette classification oncogénétique est dorénavant utilisée dans le nouveau protocole GRAALL-2014 des LAL-T de l’adulte. / T-cell acute lymphoblastic leukemias (T-ALL) are rare lymphoid neoplasms characterized by the proliferation of T lymphoblasts arrested at specific stages of maturation. Leukemic transformation of maturating thymocytes is caused by a multistep pathogenesis involving numerous genetic abnormalities that drive normal T cells into uncontrolled cell growth and clonal expansion. Depending on immunogenetic, T-ALLs are classified in 3 groups: immature, cortical (blocked around b-selection) and mature (CD3/TCR+) T-ALL. My work was to determine if activation and TCR signalling are involved in the biology of this disease. We demonstrate in T-ALL that, irrespective of the complex oncogenic abnormalities underlying tumor progression, experimentally induced, persistent TCR signalling has anti-leukemic properties and enforces a molecular and phosphoproteomic program resembling thymic negative selection, a major developmental event in normal T cell development. Using mouse models of T-ALL, we show that induction of TCR signalling by high affinity self-peptide/MHC or treatment with monoclonal antibodies to the CD3e chain (anti-CD3) causes massive leukemic cell death. Importantly, anti-CD3 treatment hampered leukemogenesis in mice transplanted with either mouse or patient-derived T-ALLs. These data provide a strong rationale for targeted therapy based on anti-CD3 treatment of TCR-expressing T-ALL patients and demonstrate that endogenous developmental checkpoint pathways are amenable to therapeutic intervention in cancer cells. Besides, I studied frequency and prognostic impact of anomalies concerning pre-TCR/TCR signalling in a large cohort of adult T-ALL included in GRAALL trials. RAS/MAPK and PI3K/PTEN/AKT pathways are involved in pre-TCR/TCR signalling and are reported as deregulated in pediatric T-ALL. I identified deletion/mutation loss-of-function of PTEN (12%) and activating mutations of KRAS/N-RAS (11%) in 23% of patients. These anomalies predict poor outcome and abrogate the good prognosis of NOTCH1/FBXW7 mutations. We proposed a purely genetic stratification of patients based on N/F/RAS/PTEN status, identifying low-risk patients (51%) with N/F mutations without RAS/PTEN anomalies and high-risk patients (49%) composed by the remaining cohort. This stratification will be used for the next protocol of adult-T-ALL.

La variante lymphocytaire du syndrome hyperéosinophilique (L-SHE) est une pathologie extrêmement rare caractérisée par une prolifération monoclonale de lymphocytes T surproduisant l’interleukine IL-5, responsable d’une hyperéosinophilie persistante. En outre, un immunophénotype aberrant CD3−CD4+ est fréquemment observé à la surface des cellules T clonales. Cette pathologie se distingue par une lymphoprolifération chronique indolente habituellement révélée par une hyperéosinophilie sanguine et une infiltration éosinophilique des tissus cutanés. Toutefois, l’évolution vers un lymphome T observée chez certains patients suggère la présence d’un potentiel malin des cellules T. Ce modèle représente donc une rare opportunité d’identifier les changements moléculaires liés aux différentes étapes du processus transformant lymphoïde T. Dans le cadre de ce travail, nous avons cherché à établir les caractéristiques cytogénétiques et moléculaires des cellules T CD3−CD4+ d’une cohorte de patients L-SHE. L’analyse cytogénétique de cellules T CD3−CD4+ isolées au moment du diagnostic chez deux patientes (P1 et P2) a révélé la présence d’une délétion similaire 6q13-q22.1. En étudiant les stades cliniques successifs de P1 et P2, nous avons montré la persistance des cellules porteuses de la délétion 6q au cours de la progression chronique et leur prédominance lors du développement d’un lymphome T chez P1. Ces résultats suggèrent l’implication précoce et potentiellement critique de la délétion 6q dans cette pathologie lymphoproliférative T. L’analyse des dérégulations transcriptionnelles résultant de ce remaniement a montré une réduction de l’expression des gènes pro-apototiques BACH2 et PA26 dans les cellules T CD3−CD4+ de P1 et P2. En particulier, BACH2, dont l’expression diminue continuellement au cours de l’évolution de P1, jouerait un rôle oncosuppresseur dans la lymphogenèse T. Afin d’identifier les modifications moléculaires des cellules T clonales, nous avons analysé l’expression de 95% des gènes humains dans les cellules T CD3−CD4+ de trois patients en phase chronique (P1, P2 et P3). La grande homologie des changements transcriptionnels chez les trois patients indique une altération des mêmes mécanismes moléculaires. Ainsi, un profil immunophénotypique exhaustif, validé chez trois patients supplémentaires, a pu être établi. En outre, les dérégulations des voies apoptotiques, TGFβ ou 9 encore de signalisation intracellulaire altèrent l’homéostasie des cellules T CD3−CD4+ pouvant favoriser la perte de la capacité apoptotique et/ou la croissance cellulaire. Cette signature moléculaire a été étendue par l’identification de 20 microARNs dont l’expression est dérégulée dans les cellules T CD3−CD4+ d’une cohorte de 6 patients. Par ailleurs, la modification de l’expression des récepteurs impliqués dans la migration leucocytaire au cours de l’évolution de P1 pourrait expliquer l’infiltration ganglionnaire des cellules T clonales et la progression du lymphome. La caractérisation des désordres cytogénétiques et moléculaires des cellules T CD3−CD4+ chez les patients L-SHE permettrait à terme d’identifier de nouveaux marqueurs diagnostiques et contribuer ainsi au développement de nouvelles cibles thérapeutiques dans une grande diversité de pathologies lymphoprolifératives de type Th2.

Le sujet de ce travail de thèse a concerné l'analyse de l’immunogénicité de progéniteurs cardiaques issus de cellules souches embryonnaires humaines. Le but a été double. D’une part, comprendre les mécanismes cellulaires et moléculaires qui sous-tendent cette immunogénicité et, d’autre part, mettre en place des stratégies d’immuno-intervention permettant de la surmonter.Le travail a comporté deux volets, l’un in vitro et l’autre in vivo utilisant des modèles expérimentaux murins. Les analyses in vitro, ont utilisé une méthode de culture lymphocytaire mixte où des progéniteurs cardiaques humains ont été mis en culture avec des lymphocytes allogéniques. Les résultats ont montré que les progéniteurs cardiaques sont effectivement immunogènes et que la réponse immunitaire qu’ils suscitent peut-être modulée efficacement par des cellules mésenchymateuses dérivées du tissu adipeux. De plus, nous avons confirmé l’expression des molécules d’histocompatibilité de classe I à la surface de progéniteurs cardiaques, une expression qui semble modulée au cours de la culture.Les modèles in vivo que nous avons utilisés ont consisté en l’implantation de corps embryoïdes et des progéniteurs cardiaques de souris dans un contexte allogénique. Divers sites d’implantation ont été utilisés (myocarde, capsule rénale, muscle gastrocnemius) chez des souris immunocompétentes. Les résultats ont montré qu’à la fois les corps embryoïdes et les progéniteurs cardiaques sont rejetés chez les receveurs immunocompétents non traités, avec une cinétique différente en fonction du site d’implantation. Par ailleurs, l’utilisation d’un traitement par anticorps anti-CD3, appliqué à différents temps suivant l’implantation nous a permis de prolonger la survie des cellules implantées en induisant, en fonction de la fenêtre thérapeutique, soit une immunosuppression soit une tolérance immunitaire. / The present work concerned the analysis of the immunogenicity of cardiac progenitors derived from human embryonic stem cells. Our aim was to understand the cellular and molecular mechanisms which underlie this immunogenicity and to surmount it by setting up strategies of immune-intervention. The study consisted in two major components, one in vitro and the other in vivo using experimental mice models. The in vitro analyses were assessed by the mixed leukocyte reaction method, where human cardiac progenitors were cultured with allogeneic lymphocytes. The results showed that the cardiac progenitors are indeed immunogenic and that the immune response that they induce could be modulated by mesenchymal stromal cells derived from adipose tissue. Moreover, we confirmed the expression of class I histocompatibility molecules on the surface of cardiac progenitors, an expression which seems modulated during the culture. The in vivo models that we used consisted of the grafting of embryoïdes bodies and cardiac progenitors derived from mouse embryonic stem cells in an allogeneic context. Cells were grafted in different sites of immunocompetent mice (myocardium, renal capsule, muscle gastrocnemius). The results showed highlighted that at the same time both embryoïdes bodies and cardiac progenitors are rejected among untreated immunocompetents hosts, whereas their survival is extended by anti-CD3 treatments, In addition, anti-CD3 treatment prolongs the survival of grafted cells, either by immunosuppression or by inducing immune tolerance according to the timing when it is applied.

Les cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDC) sont spécialisées dans la lutte antivirale, notamment grâce à leur capacité à sécréter des IFN de type I. Néanmoins, elles sont aussi impliquées dans Pactivation des réponses immunitaires adaptatives, et des lymphocytes T (LT) en particulier. C'est pourquoi, lors d'épisodes inflammatoires chroniques ou incontrôlés, les pDC sont à l'origine de l'initiation ou du maintien de syndromes inflammatoires et du développement de pathologies auto-immunes. Il doit donc exister des mécanismes permettant de contrôler l'activité de ces cellules. À l'aide d'un modèle in vivo d'inflammation non virale induite par l'injection d'un anticorps anti-CD3 (Ac aCD3), nous avons observé une apoptose des pDC dans différents organes lymphoïdes, et ce de façon dépendante de l'activation des lymphocytes T. De plus, nous avons pu observer que la diminution de la survie des pDC dans ce contexte inflammatoire n'était pas associée à l'orage cytokinique induit par l'efièt mitogénique de l'Ac aCD3. En revanche nos résultats montrent que les LT CD8* et la voie cytotoxique de la perforine dans ce contexte inflammatoire aigu sont responsables de la déplétion des pDC. Nous avons également étendu ces résultats à d'autres situations inflammatoires stériles comme lors de la maladie du greffon contre l'hôte. Ces données suggèrent que cette voie de régulation pourrait être utilisée à des fins thérapeutiques, afin de contrôler la survie des pDC impliquées dans la physiopathologie de syndromes auto-immuns comme le lupus érythémateux disséminé, le psoriasis, la sclérose en plaques ou encore le diabète de type I. / Plasmacytoid dendritic cells (pDC) are specialized in type I interferons (IFN-I) secretion to control viral infections. However, these cells can also activate adaptive immune responses, and polarize T cells. Indeed, during chronic or uncontrolled inflammatory episodes, pDC can induce or maintain inflammatory syndromes and autoimmune diseases. So some mechanisms should exist to control the fonction of these cells. In an in vivo modcl of non viral inflammation induced by the injection a CD3-specific antibody (aCD3 Ab), we could observed pDC's apoptosis dependent of T cell activation in different lymphoid organs. Moreover, we could observe that this depletion of pDC was not associated with the cytokinic storm induced by the mitogenic effect after aCD3 Ab treatment. On the other hand our data shovved that CD8+ T cells and the perforin pathway in this acute inflammatory context are responsible for pDC depletion We also obtained the same results in other non viral inflammation settings such as graft versus host disease. Overall, these data suggesi that this regulation pathway could be used for therapeutic purposes, to control pDC survival and avoid their involvement in the physiopathology of autoimmune disorders like systemic lupus erythematosus, psoriasis, multiple sclerosis or type I diabetes.

<p>The most important prognostic factor in breast cancer is the axillary lymph node status. The sentinel node biopsy (SNB) is reported to stage the axilla with an accuracy > 95 % in early breast cancer. Tumour-related perturbation of T-cell function has been observed in patients with malignancies, including breast cancer. The down-regulation of the important T-cell activation molecules CD3-ζ and CD28 may cause T-cell dysfunction, anergy, tolerance and deletion.</p><p>The expression of CD3-ζ and CD28 was evaluated in 25 sentinel node biopsies. The most pronounced down-regulation was seen in the paracortical area, where the best agreement between both parameters was observed. CD28 expression was significantly more suppressed in CD4+ than in CD8+ T-cells.</p><p>From the Swedish sentinel node database, 109 patients with breast cancer > 3 cm planned for both SNB and a subsequent axillary dissection were identified. The false negative rate (FNR) was 12.5%. Thirteen cases of tumour multifocality were detected on postoperative pathology. The FNR in this subgroup was higher (30.8%) than in patients with unifocal disease (7.8%; P = 0.012).</p><p>From the Swedish SNB multicentre cohort trial, 2246 sentinel node-negative patients who had not undergone further axillary surgery were selected for analysis. After a median follow-up time of 37 months (range 0-75), 13 isolated axillary recurrences (13/2246; 0.6%) were found. In another 14 cases, local or distant failure preceded or coincided with axillary relapse (27/2246; 1.2%). </p><p>In conclusion, the immunological analysis of the sentinel node might provide valuable prognostic information and aid selection of patients for immunotherapy. SNB is encouraged in breast cancer larger than 3 cm, if no multifocal growth pattern is present. The axillary recurrence rate after a negative SNB in Sweden is in accordance with international figures. However, a longer follow-up is mandatory before the true failure rate of the SNB can be determined.</p>

Manfouo Foutsop Germain (2010). Etude de lexpression des gènes cellulaires dérégulés dans des cellules T CD4+ exprimant Tat de HIV-1 : Focalisation sur la voie de signalisation TCR/CD3 (thèse de doctorat). Université de Liège-Gembloux Agro-Bio Tech, 157 pages, 11 tables, 29 figures. Résumé Nos travaux précédents ont suggéré que les gènes nef (negative factor) et tat (transactivateur de la transcription) du virus de limmunodéficience humaine de type 1 (HIV-1) pourraient induire la perte du récepteur des cellules T (TCR)/CD3 à la surface des lymphocytes T CD4+ infectés par le HIV-1, mais la contribution de tat dans cette perte navait pas été prouvée. Dans la première partie de ce travail nous avons utilisé un vecteur lentiviral exprimant les formes natives [1exon (72aa) ou 2exons (101aa)] ou des formes mutées du gène tat de HIV-1 pour transduire les cellules T CD4+. Ceci nous a permis de montrer que la production de la protéine Tat72aa ou Tat101aa entraîne une perte progressive du complexe TCR/CD3 en surface des cellules T CD4+. Nous avons constaté que cette perte de TCR/CD3 serait due à une diminution du taux des transcrits de CD3γ. Par ailleurs, nous avons montré que certains mutants du gène tat ont perdu leur activité transactivatrice et sont incapables dinduire la perte de TCR/CD3. Dans la deuxième partie des travaux, nous avons identifié par microarray, les gènes cellulaires dont les expressions sont communément altérées dans les cellules T CD4+ infectées par le HIV-1 ou transduites avec le gène tat-1exon ou tat-2exons. Plusieurs de ces gènes sont impliqués dans la voie de signalisation TCR/CD3. Nos travaux nous ont donc permis de montrer limplication du gène tat dans la dérégulation de la voie de signalisation TCR/CD3. Par conséquent, Tat pourrait induire une altération de la réponse immunitaire favorisant ainsi la progression de linfection par le HIV-1/SIDA. Manfouo Foutsop Germain (2010). A study of altered cellular gene expression in CD4+ T cells expressing HIV-1 Tat: Focus on the T cell receptor/CD3-directed pathway (PhD thesis). Université de Liège-Gembloux Agro-Bio Tech, 157 pages, 11 tables, 29 figures. Summary Our previous work has suggested that nef (negative factor) and tat (transactivator of transcription) are responsible for T cell receptor (TCR)/CD3 downmodulation on CD4+ T cells after infection with human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1). However, the contribution of tat to this phenomenon has not been investigated. In the first part of this study we used lentiviral vector expressing the native tat gene [1exon (72aa) or two exon (101aa)] and various mutants to transduce CD4+ T cells. We found that Tat expression alone could provoke the progressive downmodulation of surface TCR/CD3 complexes due to the decrease of CD3γ transcripts. We also demonstrated that the majority of mutants lost their transactivation capability and their ability to downregulate the TCR/CD3 complex. In the second part of this work, we used gene expression arrays to identify cellular genes whose expression was altered in CD4+ T cells infected with HIV-1 or transduced with tat at different stages of receptor downregulation. We found progressive alteration of cellular gene expression in parallel with TCR/CD3 downregulation in the tat-transduced cells, which represented a subset of the changes detected in the HIV-1 infected cells, with significant number genes known to play a role in the TCR/CD3 signaling pathway. Our data demonstrate that tat deregulates the TCR/CD3 expression and signaling leading to altered immune function that likely favor HIV-1/AIDS disease progression. Copyright: Aux termes de la loi belge du 30 juin 1994, sur le droit dauteur et les droits voisins, seul lauteur a le droit de reproduire partiellement ou complètement cet ouvrage de quelque façon que ce soit ou dautoriser la reproduction partielle ou complète de quelque manière et sous quelque forme que ce soit. Toute photocopie ou reproduction sous autre forme est donc faite en violation de ladite loi et des modifications ultérieures.

The most important prognostic factor in breast cancer is the axillary lymph node status. The sentinel node biopsy (SNB) is reported to stage the axilla with an accuracy &gt; 95 % in early breast cancer. Tumour-related perturbation of T-cell function has been observed in patients with malignancies, including breast cancer. The down-regulation of the important T-cell activation molecules CD3-ζ and CD28 may cause T-cell dysfunction, anergy, tolerance and deletion. The expression of CD3-ζ and CD28 was evaluated in 25 sentinel node biopsies. The most pronounced down-regulation was seen in the paracortical area, where the best agreement between both parameters was observed. CD28 expression was significantly more suppressed in CD4+ than in CD8+ T-cells. From the Swedish sentinel node database, 109 patients with breast cancer &gt; 3 cm planned for both SNB and a subsequent axillary dissection were identified. The false negative rate (FNR) was 12.5%. Thirteen cases of tumour multifocality were detected on postoperative pathology. The FNR in this subgroup was higher (30.8%) than in patients with unifocal disease (7.8%; P = 0.012). From the Swedish SNB multicentre cohort trial, 2246 sentinel node-negative patients who had not undergone further axillary surgery were selected for analysis. After a median follow-up time of 37 months (range 0-75), 13 isolated axillary recurrences (13/2246; 0.6%) were found. In another 14 cases, local or distant failure preceded or coincided with axillary relapse (27/2246; 1.2%). In conclusion, the immunological analysis of the sentinel node might provide valuable prognostic information and aid selection of patients for immunotherapy. SNB is encouraged in breast cancer larger than 3 cm, if no multifocal growth pattern is present. The axillary recurrence rate after a negative SNB in Sweden is in accordance with international figures. However, a longer follow-up is mandatory before the true failure rate of the SNB can be determined.