L'objectiu principal d'aquesta tesi és la caracterització de la raça bovina Bruna dels Pirineus per tal de conèixer, per una banda, la variabilitat de la raça en relació a la qualitat de la canal, la qualitat de la carn i les característiques bioquímiques del múscul longissimus thoracis (pigments hemo, percentatge de miosina MHC I mitjançant ELISA i activitats enzimàtiques lactat deshidrogenasa i isocitrat deshidrogenasa) i, per l'altra, l'estudi de les seves relacions amb les variables o atributs de l'anàlisi sensorial (olor de vedella, olor de fetge, flavor de vedella, flavor de fetge, tendresa i sucositat), a fi de poder avaluar objectivament el potencial d'aquesta raça.Un total de 74 vedells mascles de la raça Bruna dels Pirineus (provinents de 22 ramaders i engreixats al llarg dels anys 1996-98) van ser deslletats als 7 mesos de mitjana d'edat i amb un pes mitjà de 268 kg. L'alimentació del període d'engreix (171 dies de mitjana) va ser ad libitum, amb una dieta exclusivament vegetal, a base de pinso concentrat i suplementada amb farratge. El pes viu de sacrifici dels animals fou de 541,3 ±29,6 kg, amb una edat mitjana de 380,6 ±34,4 dies.A més a més, també s'estudia l'efecte raça-sistema de producció sobre el color i les característiques bioquímiques del múscul longissimus thoracis (LT) en set races autòctones espanyoles de vacum de carn amb un total de 478 vedells mascles repartits de la manera següent: 70 de l' Asturiana de los Valles (AV), 70 de l' Asturiana de la Montaña (AM), 55 de la Pirenaica (PI), 74 de la Bruna dels Pirineus (BP), 71 de l' Avileña-Negra Ibérica (A-NI), 70 de la Morucha (MO) i 68 de la Retinta (RE). Els vedells es van criar amb les mares en sistema extensiu fins a l'inici del període d'engreix (entre 5 i 7 mesos), el qual va consistir en una alimentació ad libitum i d'acord amb el sistema de producció característic de cada raça. La mitjana d'edat de sacrifici de les diferents races va oscil·lar entre els 363 i els 541dies, mentre que el pes canal es va moure entre els 250 i 334,5 kg. S'observà un efecte significatiu del raça-sistema de producció sobre el color i les característiques bioquímiques del múscul LT. / The main objective of this study was the characterisation of the Bruna dels Pirineus cattle breed in relation to carcass quality, meat quality and longissimus thoracis (LT) biochemical characteristics variability (haem pigments, myosin MHC I percentage, lactate dehydrogenase and isocitrate dehydrogenase activities), and furthermore, to examine their relationships with the sensory analysis variables (beef and livery odour intensity, beef and livery flavour intensity, tenderness and juiciness), in order to evaluate the potential of this breed.A total of 74 young bulls of the Bruna dels Pirineus Breed (from 22 herds and reared along 1996-98) were used. Calves were weaned at about 7 months old, with an average weaning-weight of 286 kg, and fed ad libitum with an exclusively vegetal diet (concentrate and supplemented with hay) during 171 days, on average. Live weight at sacrifice was 541.3 ±29.6 kg, with an average age of 380.6 ±34.4 days. Additionally, the effect of the breed-production system on the colour and the biochemical characteristics of LT muscle in seven local Spanish beef cattle breeds was studied (478 young bulls): 70 from Asturiana de los Valles (AV), 70 from Asturiana de la Montaña (AM), 55 from Pirenaica (PI), 74 from Bruna dels Pirineus (BP), 71 from Avileña-Negra Ibérica (A-NI), 70 from Morucha (MO) and 68 from Retinta (RE). Calves were reared in an extensive regime together with their mothers and started fattening at about 5 to 7 months old. They were fed a breed-specific diet ad libitum. The ingredients always had a vegetable origin. Age at slaughter was between 363 and 541 days; and carcass weight between 250 and 334.5 kg. Significant differences between breed-production systems were found for all the traits evaluated.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 422673.pdf: 2300017 bytes, checksum: 2442a220c237880099c56943e10dbc17 (MD5) Previous issue date: 2009-03-26 / Estudos filogeogr?ficos comparados s?o ?teis na compreens?o de processos hist?ricos compartilhados que afetam faunas regionais, bem como na identifica??o de padr?es esp?cie-espec?ficos que podem influenciar suas atuais caracter?sticas gen?ticas. Neste estudo, foram realizadas an?lises filogeogr?ficas de dois carn?voros Neotropicais de m?dio porte, o quati de focinho marrom (Nasua nasua) e o m?o pelada (Procyon cancrivorus), usando marcadores mitocondriais e microssat?lites, afim de caracterizar e comparar seus padr?es de diversidade gen?tica e compreender sua hist?ria evolutiva. Adicionalmente, descreve-se o isolamento e a caracteriza??o de oito loci polim?rficos de microssat?lites para Nasua nasua. Ambas as esp?cies s?o bastante comuns na natureza e est?o presentes em uma ampla variedade de habitats, sendo simp?tricas ao longo da maior parte de sua distribui??o. No entanto, diferentes padr?es filogeogr?ficos e de diversidade gen?tica foram encontrados para N. nasua e P. cancrivorus: an?lises de DNA mitocondrial mostraram n?veis de diversidade at? dez vezes superiores para N. nasua com rela??o a P. cancrivorus. Adicionalmente, os mesmos marcadores revelaram a exist?ncia de 6 filogrupos reciprocamente monofil?ticos para N. nasua, os quais tamb?m s?o suportados como popula??es distintas pelas an?lises de microssat?lites. De maneira distinta, as an?lises de DNA mitocondrial para P. cancrivorus indicam a exist?ncia de tr?s unidades populacionais; no entanto, a magnitude desta diferencia??o foi muito menos evidente do que a observada em N. nasua. Al?m disso, os dados de microssat?lites n?o suportaram a exist?ncia de qualquer subdivis?o gen?tica para P. cancrivorus, sugerindo que persiste uma completa conectividade entre todas as ?reas amostradas. Estes resultados demonstram que estas esp?cies apresentam uma historia evolutiva bastante distinta, a qual pelo menos em parte pode ser atribu?da a diferen?as na estrutura social e no padr?o de dispers?o das mesmas. Tais resultados destacam a complexidade evolutiva da biota Neotropical e ressaltam a necessidade de an?lises multi-esp?cies empregando conjuntos de dados compar?veis, de forma que padr?es comuns e contrastantes possam ser adequadamente investigados.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 433349.pdf: 359550 bytes, checksum: e052ef7e8f6b6b30cecbb1a1eee1112e (MD5) Previous issue date: 2011-03-30 / A Am?rica do Sul possui a maior diversidade de can?deos (Mammalia, Carnivora, Canidae) do mundo, contendo representantes de seis g?neros e um total de 10 esp?cies. O registro f?ssil indica que representantes da fam?lia Canidae teriam sa?do da Am?rica do Norte e conquistado a Am?rica do Sul durante o Grande Interc?mbio Americano, h? cerca de 2,5 milh?es de anos. Estima-se que tenham ocorrido desde uma ?nica at? quatro invas?es independentes do continente sul-americano, sendo que o n?mero exato ? ainda motivo de controv?rsias. Diversos estudos morfol?gicos e moleculares buscaram compreender as rela??es filogen?ticas entre os can?deos, por?m ainda h? muitas incertezas, especialmente no que se refere ao clado de raposas da Am?rica do Sul formado pelo g?nero Lycalopex, que conta com seis esp?cies atuais. Estudos recentes indicam que este g?nero sofreu uma radia??o muito r?pida h? aproximadamente um milh?o de anos, o que explica a dificuldade hist?rica em resolver a filogenia destes can?deos. Em virtude disto, este estudo buscou reconstruir as rela??es filogen?ticas e datar a diverg?ncia entre as esp?cies componentes deste g?nero, atrav?s do uso de diferentes segmentos do DNA mitocondrial (mtDNA), perfazendo um total de 6000 pb. Foram utilizados diferentes m?todos de reconstru??o filogen?tica, e todas as an?lises apoiaram a mesma ?rvore. M?ltiplos indiv?duos de cada esp?cie foram inclu?dos, viabilizando a avalia??o da monofilia de cada uma delas (incluindo L. sechurae, testado aqui pela primeira vez). Todas as esp?cies formaram grupos monofil?ticos bem apoiados, corroborando seu reconhecimento como entidades taxon?micas. Uma ?nica exce??o a este padr?o foi a presen?a de dois indiv?duos de L. vetulus provenientes de S?o Paulo portando mtDNA de L. gymnocercus, indicando um potencial caso de expans?o na distribui??o desta ?ltima, ou hibrida??o entre estas esp?cies. As an?lises de data??o molecular indicaram que o g?nero iniciou sua radia??o evolutiva h? cerca de 1 milh?o de anos, corroborando estudos anteriores que reportaram uma origem muito recente para este grupo de can?deos. A esp?cie mais basal foi L. vetulus, seguida de L. sechurae, e o grupo mais interno cont?m L. culpaeus e L. fulvipes, cuja diverg?ncia ocorreu h? apenas cerca de 390 mil anos. A partir dos padr?es filogen?ticos inferidos, discutimos hip?teses sobre a biogeografia hist?rica do g?nero, buscando compreender este r?pido processo de diversifica??o end?mico da regi?o neotropical.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 391707.pdf: 2971609 bytes, checksum: a9216aeb1ce4d126df03778a30c8c0a6 (MD5) Previous issue date: 2007-03-23 / O conhecimento sobre a estrutura??o geogr?fica da diversidade gen?tica em popula??es naturais permite inferir os processos hist?ricos atuantes sobre as esp?cies e ? fundamental para o planejamento de estrat?gias eficazes de conserva??o biol?gica. Neste contexto, o presente estudo ? o primeiro a identificar e caracterizar a variabilidade gen?tica, padr?es de estrutura??o populacional e hist?ria demogr?fica de Lontra longicaudis. Para tanto, foram utilizados tr?s segmentos do DNA mitocondrial (mtDNA; por??o hipervari?vel I da regi?o controladora, gene ATP8 e gene ND5), bem como 12 locos de microssat?lite, em indiv?duos amostrados em diferentes regi?es de sua distribui??o geogr?fica. Ambos os marcadores revelaram moderados a altos n?veis de variabilidade gen?tica e padr?es filogeogr?ficos claros, os quais sugerem que as popula??es brasileiras desta esp?cie encontram-se geneticamente diferenciadas das outras regi?es amostradas a Noroeste da Am?rica do Sul. As an?lises de mtDNA indicam a prov?vel exist?ncia de quatro entidades filogeogr?ficas: Col?mbia, Bol?via, Guiana Francesa/Peru e Brasil. Col?mbia e Bol?via foram representadas por apenas um indiv?duo cada, os quais revelaram grande diverg?ncia gen?tica dos outros indiv?duos amostrados, sugerindo profunda subdivis?o filogeogr?fica envolvendo estas regi?es. A alopatria entre Guiana Francesa e Brasil ? quase completa, sugerindo que a incongru?ncia entre filogenia e geografia possa ser decorrente de um processo de coloniza??o ancestral no sentido Norte-Sul. A infer?ncia de diferencia??o gen?tica entre Brasil e as outras ?reas amostradas na Am?rica do Sul s?o apoiadas pelas an?lises de microssat?lite. Os resultados obtidos a partir das an?lises de mtDNA indicam aus?ncia de estrutura??o gen?tica no Brasil e s?o indicativos de um cen?rio de expans?o populacional recente nesta regi?o. Os padr?es observados neste estudo t?m implica??es para a conserva??o de popula??es naturais de Lontra longicaudis. As quatro entidades filogeogr?ficas reconhecidas demonstram-se suficientemente diferenciadas e deveriam, portanto, ser conservadas e manejadas independentemente. Estudos adicionais s?o necess?rios para melhorar o conhecimento sobre estas popula??es, bem como para investigar a exist?ncia de outras unidades demogr?ficas ao longo da distribui??o da lontra Neotropical

El gen de l'halotà ha estat vinculat a un augment de la qualitat de canal porcina, que s'acompanya, però, d'una disminució de la qualitat de carn i del benestar animal. Per aquest motiu, aquest treball pretenia respondre si existirien alternatives econòmicament viables a l'ús del gen halotà, que permetessin disminuir les seves repercussions negatives a nivell de qualitat de carn i benestar sense afectar els seus avantatges en qualitat de canal.Per tal d'aconseguir aquests objectius, es va fer el seguiment de dos lots d'animals, des de la maternitat fins al sacrifici. Aquests dos lots d'individus es van diferenciar fonamentalment en la línia paterna utilitzada: dues línies heterozigotes pel gen halotà en el primer lot, una de raça Pietrain i l'altra híbrida Large White¥Pietrain, i tres línies Pietrain en el segon lot, dues lliures del gen i una homozigota recessiva. Alhora, es van recollir mostres en dos escorxadors per tal de determinar les freqüències de mortalitat per cada genotip. Els resultats es van agrupar en cinc capítols en funció de la naturalesa dels experiments d'on es van obtenir i dels factors avaluats. En el primer capítol es van agrupar tots els resultats de conducta individual i social, tant de garrins com de porcs d'engreix. El segon i tercer capítol corresponen als resultats de qualitat de carn i canal i fisiologia d'estrès determinats després de sotmetre als animals a tractaments previs al sacrifici diferents. El quart capítol recull les dades obtingudes en el Centre de Control Porcí (centre de l'Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries) sobre productivitat i conducta alimentària. Finalment, el darrer capítol tracta sobre les freqüències de mortalitat estimades per a cada genotip. Aquests capítols estan precedits d'una introducció general i seguits per una breu discussió general dels resultats i conclusions. Les conclusions del treball foren que, en relació a la conducta social i alimentària, el genotip halotà va mostrar un efecte poc consistent al llarg del temps, inferior al d'altres factors estudiats com l'edat dels individus o l'horari d'observació. Contràriament, es van obtenir indicis per suggerir que el genotip podria influir la resposta individual dels porcs a situacions de novetat o en condicions estressants com les plantejades durant un transport a l'escorxador, de manera que els individus heterozigots foren més reactius. Pel què fa a la qualitat, el genotip heterozigot va estar associat a un major contingut de magre de les canals i de pernil, però alhora a una pitjor qualitat de carn i benestar. La mortalitat durant el transport i espera fou clarament superior pels porcs nn i Nn, comparat amb els NN. Contràriament, els efectes de la línia paterna foren significatius sobre la qualitat de canal, conducta alimentària i productivitat, però poc importants pel què fa la qualitat de carn i benestar. La conclusió general fou, per tant, que algunes línies paternes millorades com les de l'estudi podrien representar una bona alternativa al genotip halotà, en la mesura que no disminueixen la qualitat de canal i els seus efectes sobre la qualitat de carn i benestar són molt inferiors. / Halothane gene has been associated with an increase in porcine carcass quality, alongside a negative effect on meat quality and animal welfare. For this reason, the main objective of this work was to determine whether there would be feasible alternatives on economical grounds to the use of the gene that could bring similar positive effects on carcass quality without compromising meat quality and animal welfare. In order to answer this question, two batches of pigs were observed from the farrowing pens to the abattoir. The main difference between these two batches was the terminal sire line used: two heterozygous sire lines in batch 1, a Pietrain and a Large White¥Pietrain, and three Pietrain lines in batch 2, two of them free of the halothane gene and a homozygous recessive. Moreover, samples of pigs which died during transport or at lairage were collected at two abattoirs to determine within genotype frequencies of mortality. The results have been organized in five chapters according to the type of experiments or effects evaluated. The first chapter summarize the results on individual and social behaviour of both piglets and growing pigs. The second and third chapter show the results related to meat and carcass quality and stress physiology obtained after delivering the pigs to the abbatoir under different pre-slaughter treatments. The forth chapter deals with the results obtained at the Pig Testing Centre about performance and feeding behaviour. Finally, the last chapter reflects the mortality rates estimated for each genotype. This chapters are preceded by a general introduction and followed by a brief general discussion of the results and conclusions. The conclusions of this work were that, in relation to social and feeding behaviour, halothane genotype did not show a consistent effect, and it was surpassed by the effect of other factors such as age of pigs or time of day of observation. In contrast, the results suggested that Nn pigs could be more reactive when challenged in a novel situation or when subjected to stressful conditions like transportation to the abattoir. In relation to quality, heterozygous pigs did present carcass with a higher lean content and primal cut yield, but it was associated also with a lower meat quality and poorer animal welfare compared to halothane free pigs. Mortality rates were clearly higher for nn and Nn pigs compared to NN. Conversely, terminal sire line significantly affected those parameters of carcass quality, feeding behaviour and performance, but its effects on meat quality and welfare were less important compared to those of halothane genotype. Therefore, the general conclusion was that improved terminal sire lines, like halothane free Pietrain lines, could bring similar effects than halothane genotype in terms of carcass quality, without compromising meat quality and welfare.

La present Tesi Doctoral s’emmarca en una línia d’investigació del Departament de Producció Animal de la Universitat de Lleida, dedicada a la millora genètica de la qualitat de la carn en bestiar porcí, en particular del contingut i composició del greix intramuscular. La Tesi es composa de quatre estudis, centrant-se el primer d’ells en el desenvolupament d’un mètode per a determinar el contingut i composició del greix intramuscular a partir de biòpsies i mostres post-mortem petites amb les que després es puguin portar a terme estudis en disseny longitudinal. La metodologia proposada ha resultat útil, demostrant-se que, especialment per al contingut de greix intramuscular, els espècimens petits del múscul objectiu són tan informatius com mostres grans d’altres músculs. En el segon estudi s’ha investigat, mitjançant un experiment amb dades longitudinals obtingudes segons la metodologia descrita anteriorment, l’efecte de l’edat sobre el contingut i composició del greix intramuscular i subcutani al llarg del cicle d’engreix en porcs de raça Duroc. Es conclou que un retard en l’edat de sacrifici implica un augment del contingut de greix intramuscular i d’àcid oleic, tot i que això s’aconsegueix a expenses de disminuir la velocitat de creixement magre. Per altra part es demostra que el greix intramuscular i el greix subcutani tenen comportaments diferents de creixement i composició i que la quantitat de greix per si mateix també influeix en la seva composició. El que un porc sigui més gras de l’esperat a una edat determinada és degut, en el cas del greix intramuscular, a que ha augmentat el contingut de greix monoinsaturat, en especial d’olèic, mentre que, en el del greix subcutani a que s’ha incrementat el contingut de saturat. En els dos últims estudis s’examina si la variació al·lèlica en els gens IGF-1 (insulin-like growth factor-1) i LEP (leptina), així com la concentració de IGF-1 i leptina en plasma, s’associen amb el contingut i la composició del greix intramuscular i, en cas que així fos, si aquesta associació és funció de l’edat. Es posa en evidència que els polimorfismes moleculars estudiats no són neutrals en relació al contingut de greix intramuscular, però també que els seus efectes no són constants al llarg del període de creixement. En aquest sentit, tant l’edat com l’estat d’engrassament poden modificar-los. / La presente Tesis Doctoral se emmarca en una línea de investigación del Departamento de Producción Animal de la Universidad de Lleida dedicada a la mejora genética de la calidad de la carne en porcino, en particular del contenido y la composición de la grasa intramuscular. La Tesis se compone de cuatro estudios, centrándose el primero de ellos en el desarrollo de un método para determinar el contenido y la composición de la grasa intramuscular a partir de biopsias y muestras post-mortem pequeñas con las que luego poder realizar estudios mediante diseños longitudinales. La metodología propuesta ha resultado útil, demostrándose que, especialmente para el contenido de grasa intramuscular, los especímenes pequeños del músculo objetivo son tan informativos como muestras grandes de otros músculos. En el segundo estudio se ha investigado mediante un experimento con datos longitudinales, obtenidos según la metodología descrita anteriormente, el efecto de la edad sobre el contenido y la composición de la grasa intramuscular y subcutánea durante el engorde de cerdos Duroc. Se concluye que un retraso en la edad de sacrificio comporta un aumento del contenido de grasa intramuscular y de ácido oleico, aunque ello se consigue a costa de disminuir la velocidad de crecimiento magro. Por otra parte, se demuestra que la grasa intramuscular y la grasa subcutánea tienen patrones distintos de crecimiento y composición y que la cantidad de grasa por sí misma influye en su composición. El que un cerdo sea más graso de lo esperado a una edad determinada es debido, en el caso de la grasa intramuscular, a que ha aumentado el contenido de grasa monoinsaturada, en especial de oleico, mientras que, en el de la subcutánea, a que se ha incrementado el de la saturada. En los dos últimos estudios se examina si la variación alélica en los genes IGF-1 (insulin-like growth factor-1) y LEP (leptina), así como la concentración de IGF-1 y leptina en plasma, se asocian con el contenido y la composición de la grasa intramuscular y, en caso de que así fuera, si tal asociación es función de la edad. Se constata que los polimorfismos moleculares estudiados no son neutrales respecto al contenido de grasa intramuscular, pero, también, que sus efectos no son constantes a lo largo del crecimiento. En este sentido, tanto la edad como el estado de engrasamiento pueden modificarlos. / This PhD is part of a line of research conducted in the Department of Animal Production of the Universitat de Lleida dedicated to the genetic improvement of pig meat quality, with particular reference to intramuscular fat content and composition. The PhD comprises four studies, with the first one focusing on the development of a method to jointly determine the content and composition of intramuscular fat from biopsies and small post-mortem samples and, in this way, to carry out studies with longitudinal data. It has been found that this particular methodology is useful and, in for intramuscular fat, small specimens of the target muscle are as informative as large samples of other muscles. In the second study the effect of age on the content and composition of the intramuscular and subcutaneous fat in the fattening period in Duroc pigs was investigated by an experiment using longitudinal data obtained following the methodology described above. It was concluded that a delay in the age of slaughter of the pig leads to an increase in intramuscular fat and oleic acid, although this comes at the cost of reducing the rate of lean growth. Moreover, it was proved that intramuscular and subcutaneous fat behaved differently in terms of fat accretion and composition and that the amount of fat itself affected composition. Whereas, for the intramuscular fat, values above the expected at a given age were because of increased monounsaturated fatty acid content, especially oleic acid, for the subcutaneous fat, they were due to the increased saturated fatty acid content. The final two studies considered whether allelic variation at the IGF-1 (insuline-like growth factor-1) and LEP (leptin) genes, as well as the concentration of IGF-1 and leptin in plasma, are associated to intramuscular fat content and composition and, if so, whether this is a function of age. It can be seen that the molecular polymorphisms studied are not neutral with regard to the content of intramuscular fat, but that their effects are not constant throughout the growing period. In this sense, both age and fatness can modify them.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 432629.pdf: 1205132 bytes, checksum: 285a03123ae11a282e2fd8cb75c42095 (MD5) Previous issue date: 2011-03-29 / A regi?o Neotropical abriga aproximadamente 30% da diversidade de esp?cies das fam?lias Felidae (subordem Feliformia) e Canidae (subordem Caniformia) (Eisenberg & Redford 1999), as quais migraram para a Am?rica do Sul ap?s a forma??o do istmo do Panam?, h? cerca de 3 milh?es de anos. Devido ao recente processo de especia??o que caracteriza estes grupos, alguns aspectos de sua estrutura filogen?tica permanecem controversos, especialmente no que tange ?s rela??es evolutivas entre esp?cies pertencentes a duas linhagens, o g?nero Leopardus (Feliformia, Felidae) e o g?nero Lycalopex (Caniformia, Canidae). O objetivo do presente estudo ? caracterizar de forma comparativa a hist?ria evolutiva dos g?neros Leopardus e Lycalopex, empregando seq??ncias de m?ltiplos segmentos nucleares e m?ltiplos indiv?duos por esp?cie, avaliando a efic?cia deste tipo abordagem para a resolu??o de processos recentes de diversifica??o atrav?s do programa *BEAST. Para cada um dos genes analisados, observamos a ocorr?ncia de varia??o interespec?fica e intra-espec?fica em ambas as linhagens. Discrep?ncias geneal?gicas consider?veis foram constatadas entre os segmentos, evidenciando a complexidade da tarefa de reconstruir a filogenia destes grupos com marcadores nucleares. As genealogias estimadas demonstraram que em muitos casos as esp?cies n?o se apresentam monofil?ticas, o que ocorre em paralelo com o compartilhamento de hapl?tipos entre esp?cies. N?o obstante, para Leopardus, obtivemos uma species tree com alta resolu??o. Para Lycalopex, entretanto, a maior parte dos n?s internos permaneceu com baixo suporte, indicando que um n?mero maior de genes ser? provavelmente necess?rio para que se busque uma resolu??o consistente da filogenia deste grupo empregando estrat?gias multi-locus. De forma geral, nossos resultados demonstraram de forma emp?rica a ocorr?ncia de discord?ncia geneal?gica em ambas as linhagens, e ilustraram o potencial de an?lises multi-locus na resolu??o de filogenias que envolvam processos recentes de diversifica??o.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2015-11-27T13:31:20Z No. of bitstreams: 1 476493 - Texto Completo.pdf: 10028874 bytes, checksum: 9fa9c4e7c9a4562d60d6d4f21cbd7baa (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-27T13:31:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 476493 - Texto Completo.pdf: 10028874 bytes, checksum: 9fa9c4e7c9a4562d60d6d4f21cbd7baa (MD5) Previous issue date: 2015-03-26 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / The hoary fox (Lycalopex vetulus) is the smallest Brazilian canid and an endemic species of the Cerrado biome, including adjacent transitional areas harboring open habitats. Recent studies reported some evidence suggesting a potential hybridization process between L. vetulus and L. gymnocercus in a contact zone that has likely been formed recently. Using microsatellite and mtDNA markers, we investigated the influence of historical processes on the population structure of L. vetulus, as well as the occurrence of hybridization between this species and L. gymnocercus. For these purposes, tissue and blood samples from animals representing most of the hoary fox distribution were obtained (n = 61), as well as from L. gymnocercus (n = 30) sampled in their contact zone and adjacent areas. Our results showed high levels of genetic diversity for L. vetulus (haplotype diversity: Hd = 0.98 and expected heterozygosity: He = 0.81) and different population scenarios with each of the molecular marker types, suggesting male-mediated gene flow. We also observed a south-north partition, with no haplotype sharing between these regions. This pattern is similar to the one observed in a sympatric canid (Cerdocyon thous) and in various other Atlantic Forest vertebrates, raising the hypothesis that species occurring in open habitats may undergo equivalent vicariant processes. Six individuals caught in the contact zone showed signs of mixing with L. gymnocercus in the composition of their microsatellite genotypes, five of which presenting introgressed mtDNA haplotypes from the same species. These results support the inference of hybridization between these canids, likely induced by anthropogenic effects (i.e. deforestation in the Atlantic Forest). Our study illustrates how the fragmentation and alteration of natural habitats can play an important role in the genetic composition of wild populations, and should provide useful data for the design of conservation strategies on behalf of both species. / A raposinha-do-campo (Lycalopex vetulus) ? o menor dos can?deos brasileiros sendo end?mica do bioma Cerrado, por?m podendo ser encontrada tamb?m em ?reas de transi??o adjacentes. Estudos recentes investigaram as rela??es filogen?ticas entre as esp?cies do g?nero Lycalopex e indicaram que L. vetulus ? a esp?cie mais basal deste grupo, cuja diversifica??o ocorreu h? apenas 1 milh?o de anos. Al?m disso, obtiveram evid?ncias que sugerem a ocorr?ncia de um potencial processo de hibrida??o entre L. vetulus e L. gymnocercus em uma zona de contato rec?m-formada. Usando dados de microssat?lites e DNA mitocondrial, investigamos a influ?ncia dos processos hist?ricos nos padr?es de estrutura populacional de L. vetulus, bem como a ocorr?ncia de hibrida??o entre esta esp?cie e L. gymnocercus. Com este objetivo, foram obtidas amostras de tecido e sangue provenientes de animais que representam a maior parte da distribui??o de L. vetulus (n = 61), bem como amostras de L. gymnocercus (n = 30) oriundas da zona de contato entre ambas as esp?cies e ?reas adjacentes. Nossos resultados mostraram altos n?veis de diversidade gen?tica para L. vetulus (diversidade haplot?pica: Hd = 0,98 e heterozigosidade esperada: He = 0,81) e diferentes cen?rios populacionais de acordo com o marcador molecular utilizado, o que sugere um fluxo g?nico influenciado pelos machos e filopatria das f?meas. Observou-se tamb?m uma parti??o norte-sul entre dois grupos filogeogr?ficos, n?o existindo o compartilhamento de hapl?tipos entre essas regi?es. Este padr?o ? semelhante ao observado em outra esp?cie simp?trica de can?deo (Cerdocyon thous) e em v?rios outros vertebrados da Floresta Atl?ntica, levantando a hip?tese de que tamb?m esp?cies que ocorrem em habitats abertos possam ser afetadas por processos vicariantes equivalentes. Seis indiv?duos capturados na zona de contato mostraram sinais de mistura com L. gymnocercus na composi??o de seu gen?tipo, com cinco destes apresentando hapl?tipos de mtDNA compartilhados. Estes resultados suportam a exist?ncia de hibrida??o entre estas esp?cies, provavelmente induzida por efeitos antropog?nicos (desmatamento na Mata Atl?ntica). Nosso estudo ilustra como a fragmenta??o e a altera??o de habitats naturais pode afetar a constitui??o gen?tica de popula??es nativas, fornecendo dados ?teis para o delineamento de estrat?gias de conserva??o para as duas esp?cies.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 401047.pdf: 2592282 bytes, checksum: e66bbe58a6b50d908b9402f9668879bc (MD5) Previous issue date: 2008-03-23 / A habilidade para detectar e analisar ind?cios de animais na natureza, parte integral da pesquisa e manejo da vida silvestre, se torna fundamental quando a esp?cie em estudo ? um carn?voro. Para as esp?cies desse grupo, geralmente raras e/ou dif?ceis de capturar, a an?lise das fezes ? um dos melhores m?todos n?o-invasivos para a identifica??o, caracteriza??o e monitoramento das popula??es. Contudo, identifica??es de esp?cies a partir de amostras fecais podem ser subjetivas quando baseadas em crit?rios tradicionais. Neste estudo, comparamos a efici?ncia de dois m?todos de identifica??o de esp?cies de carn?voros: an?lise do DNA fecal e microscopia ?ptica de p?los-guarda encontrados em fezes. Ambos foram aplicados a 102 amostras de fezes coletadas em uma ?rea de Mata Atl?ntica no Rio Grande do Sul. Atrav?s da an?lise das seq??ncias de mtDNA obtidas a partir de 70 fezes foi poss?vel identificar 75,7% destas amostras como pertencentes a 3 esp?cies de felinos, 21,3% a uma esp?cie de can?deo silvestre e 3% ao c?o dom?stico. P?los-guarda foram encontrados em 56% das fezes coletadas. Atrav?s da an?lise microsc?pica desses p?los identificou-se 55,6% das amostras em n?vel de esp?cie (tr?s esp?cies de fel?deos) e 44% em n?vel de fam?lia (Canidae ou Felidae). Foram analisadas comparativamente 44 amostras sobrepostas pelos dois m?todos. Desacordos na identifica??o entre os m?todos ocorreram em apenas tr?s amostras. No total, 77 amostras de fezes foram identificadas em n?vel de esp?cie por pelo menos um dos m?todos, permitindo uma caracteriza??o da dieta destes carn?voros. A identifica??o baseada em microscopia de p?los requer poucos gastos ou tecnologia, sendo simples e r?pida para an?lises em campo. Contudo, algumas caracter?sticas morfol?gicas dos p?los-guarda podem influenciar o poder de identifica??o por microscopia, em alguns casos podendo levar a uma interpreta??o err?nea ou incompleta dos padr?es observados. A identifica??o baseada na an?lise do DNA fecal pode ter alto custo e ser tecnicamente dif?cil, mas as informa??es que podem ser obtidas atrav?s deste m?todo superam em quantidade e qualidade outros m?todos. Assim, considerando as vantagens e desvantagens dos m?todos analisados, as diferen?as entre eles permitem que sejam usados de forma a se complementarem mutuamente em diversos estudos, propiciando maior acur?cia na identifica??o de esp?cies a partir de fezes.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 426215.pdf: 1203023 bytes, checksum: a4c95024eb4a04a350ac7a3aeb621944 (MD5) Previous issue date: 2010-02-25 / Atualmente, a redu??o do tamanho populacional constitui um problema real para muitas popula??es selvagens e cativas, e muitos estudos t?m sido realizados nesse contexto com o intuito de identificar ?reas de manejo e prote??o de esp?cies amea?adas. O manejo de popula??es naturais tem como objetivo assegurar h?bitats adequados para manter popula??es em tamanhos vi?veis evitando assim que os efeitos do endocruzamento se pronunciem, al?m de manter corredores para facilitar a dispers?o dos organismos e consequentemente o fluxo g?nico entre popula??es. Os grandes carn?voros, por necessitarem de grandes ?reas de vida e serem usualmente perseguidos por ca?adores, s?o bastante vulner?veis ? fragmenta??o de h?bitats Devido ao fato de serem predadores-topo, sua extin??o local geralmente leva ? altera??o de todo o ecossistema. Desta forma, sua conserva??o afeta, de maneira direta e indireta, muitos outros organismos. Os carn?voros est?o entre os organismos que causam maiores desafios e preocupa??es ?s autoridades referentes ? conserva??o. ?reas consideravelmente grandes s?o necess?rias para englobar a ?rea de vida de um ?nico individuo, e territ?rios ainda maiores s?o necess?rios para abranger uma comunidade inteira deste grupo. A on?a-pintada, o maior fel?deo das Am?ricas, encontra-se atualmente em menos de 50% da sua distribui??o original e muitas ?reas remanescentes n?o apresentam tamanho e disponibilidade suficiente de presas para manter uma popula??o saud?vel em longo prazo. No Brasil, a Bacia Amaz?nica e o Pantanal s?o as maiores ?reas de distribui??o da esp?cie onde ainda se encontra popula??es grandes o suficiente para uma viabilidade por um longo per?odo de tempo. No entanto, pouco se sabe sobre a din?mica das popula??es de on?a-pintada nesses biomas, havendo assim uma extrema necessidade de an?lises em n?vel gen?tico-populacional da esp?cie. O presente trabalho teve como objetivo analisar 52 indiv?duos provenientes do Pantanal brasileiro amostrados no per?odo de 2001 a 2008, e fazer infer?ncias gen?ticas sobre esta popula??o, bem como compar?-la com uma ?rea previamente estudada na Mata Atl?ntica, onde altos n?veis de estrutura??o foram encontrados. Foram analisados ?ndices de diversidade gen?tica intra-populacional e calculados ?ndices de estrutura??o (Fst e Rst) assim como an?lise Bayesiana de estrutura??o no programa STRUCTURE. Os n?veis de variabilidade foram bastante altos e compar?veis com aqueles encontrados para a esp?cie quando analisada de uma forma mais ampla (em escala filogeogr?fica). Quando as amostras do Pantanal foram analisadas em rela??o ? sua estrutura??o, os dados indicaram a presen?a de apenas uma popula??o, sugerindo que a regi?o amostrada (Pantanal sul) consiste de uma s? unidade gen?tica. No entanto, quando as popula??es da Mata Atl?ntica foram inclu?das na an?lise, as amostras do Pantanal foram alocadas em duas unidades gen?ticas incompletamente diferenciadas, devido provavelmente ? influ?ncia de parentesco entre alguns dos indiv?duos desta regi?o, em combina??o ? prov?vel miscigena??o hist?rica com ?reas transicionais entre os dois biomas. Este parece ter sido o caso da popula??o amostrada na ?rea de influ?ncia da UHE Porto Primavera (MS/SP), situada no limite interior do bioma Mata Atl?ntica e que atualmente encontra-se extinta por a??o humana. Os resultados obtidos ap?iam a infer?ncia de que, no passado, havia conectividade gen?tica entre popula??es do Pantanal e da Mata Atl?ntica de Interior, embasando o delineamento de poss?veis a??es de manejo a fim de retomar a conex?o entre estes dois biomas. Al?m disso, os dados do Pantanal representam a primeira amostragem de uma popula??o geneticamente saud?vel de on?as-pintadas, podendo servir como base para a avalia??o e monitoramento da variabilidade observada nesta esp?cie em regi?es fragmentadas.