Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-11-28T12:42:51Z No. of bitstreams: 1 Walkiria Alves da Silva.pdf: 874748 bytes, checksum: 5da61c26a69ee185c1ff223877497242 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-28T12:42:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Walkiria Alves da Silva.pdf: 874748 bytes, checksum: 5da61c26a69ee185c1ff223877497242 (MD5) Previous issue date: 2016-07-29 / The onion is the third vegetable in economic importance on the world, with emphasis on Brazil as one of the most economically important vegetable, both by the volume and the income produced. This culture can be affected by various diseases, especially the scale rot, caused by bacteria of the Burkholderia cepacia complex. In an attempt to determine the favorable conditions for the development of epidemics, the knowledge of host-pathogen-environment interaction is essential. Thus, the appropriate inoculum concentration, the temperature range, the period of humidification exposure and the age, which the plant host becomes more susceptible to the establishment of high levels of disease, should be identified for each host-pathogen association. Although these epidemiological characteristics are the key factors for infection and subsequent development of rot in scale, there is no consistent information about the influence of these parameters on the behavior of the disease. Therefore, this study aimed to select and identify six isolates of B. cepacia complex, and determine the in vitro temperature, evaluate the effect of the inoculum concentration, temperature, presence and exposure to moisture chamber and the age of the bulbs in the severity of scale rot onion. Through Bayesian inference, the isolates CRMB31, and CRMB109 CRMB259 were identified as B. cenocepacia, while the isolates CRMB76, and CRMB199 CRMB222 were identified as B. arboris. The optimum temperature for in vitro growth of the isolates B. cenocepacia was 30°C, while for the isolates of B. arboris was 28°C. The conditions that predispose the occurrence of rot severity scale at higher inoculum were load of 108 CFU/mL, together on a wetness of 48 h, temperature between 35 and 40°C and more young tissues. To our knowledge, this is the first study to determine the environmental factors favorable to the development of rot in onion scale. In addition, the information obtained in this study will be useful for understanding the epidemics of the rot in scale and will assist in the implementation of strategies to control the disease. / A cebola é a terceira hortaliça em importância econômica no mundo, tendo destaque no Brasil como uma das hortaliças economicamente mais importantes, tanto pelo volume produzido como pela renda gerada. Esta cultura pode ser acometida por várias doenças, destacando-se a podridão em escama causada por bactérias do complexo Burkholderia cepacia. Na tentativa de determinar as condições favoráveis ao desenvolvimento de epidemias, o conhecimento da interação patógeno-hospedeiro-ambiente é imprescindível. Assim sendo, a concentração de inóculo adequada, a faixa de temperatura, o período de exposição à umidificação e a idade em que a planta hospedeira se torna mais suscetível para o estabelecimento de altos níveis de doença devem ser definidos para cada associação patógeno-hospedeiro. Embora essas características epidemiológicas sejam fatores primordiais para infecção e posterior desenvolvimento da podridão em escama, não existem informações consistentes a respeito da influência desses parâmetros sobre o comportamento da doença. Portanto, o presente trabalho teve como objetivos selecionar e identificar seis isolados do complexo B. cepacia e determinar a temperatura in vitro, avaliar o efeito da concentração de inóculo, temperatura, presença e tempo de exposição à câmara úmida e idade dos bulbos na severidade da podridão em escama da cebola. Por meio de Inferência Bayesiana, os isolados CRMB31, CRMB109 e CRMB259 foram identificados como B. cenocepacia, enquanto os isolados CRMB76, CRMB199 e CRMB222 foram identificados como B. arboris. A temperatura ideal de crescimento in vitro para os isolados de B. cenocepacia foi de 30°C, enquanto para os isolados de B. arboris foi de 28°C. As condições que predispuseram a ocorrência de severidade da podridão em escama mais elevadas foram carga de inóculo de 108 UFC/mL, em conjunto com um período de molhamento de 48 h, temperaturas entre 35 e 40°C e tecidos mais novos. Para o nosso conhecimento, este é o primeiro estudo realizado para determinação dos fatores ambientais favoráveis ao desenvolvimento da podridão em escama da cebola. Além disso, as informações obtidas neste estudo serão úteis para o entendimento de epidemias da podridão em escama e auxiliarão a implementação de estratégias para o controle da doença.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-12-02T12:42:24Z No. of bitstreams: 1 Willams Jose de Oliveira.pdf: 1187273 bytes, checksum: 3d0f4978c0a4ad8c65c3b398bf1ec2aa (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-02T12:42:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Willams Jose de Oliveira.pdf: 1187273 bytes, checksum: 3d0f4978c0a4ad8c65c3b398bf1ec2aa (MD5) Previous issue date: 2015-02-19 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / It was produced approximately 1,601,767 tons of onions in the 2014 harvest in Brazil, and the northeastern region with approximately 23% of this production. The culture of the onion can be affected by various diseases, among them are the bacterial rot. Between the types of decay occurring in onion bulbs stands out the scales rot because it causes significant losses in Brazil. This disease is associated with bacteria from the Burkholderia cepacea complex, Burkholderia gladioli pv. alliicola, Pseudomonas aeruginosa and Serratia marcescens. Given that for the application of efficient management measures it is necessary to understand the etiology of the disease and that it is not known for sure what the genera and species that are associated with the rot of onion scales in the semi-arid northeast, the present study have the following objectives: i) identify the bacteria involved with the disease in this region by sequencing and phylogenetic analysis of 16S rRNA region, ii) evaluate the behavior relatedness of the species identified by rep-PCR, and iii) evaluate the pathological behavior of different species identified. For this purpose, samples were taken in the main producing regions of onion in Pernambuco and Bahia semi-arid region, followed by the isolation and storage of strains in Culture Collection Rosa Mariano (CRM) of the Phytobacteriology Laboratory at the Federal Rural University of Pernambuco. We obtained 45 strains which were grouped into three clades: clade I, containing strains identified as B. cepacia complex (n = 29), clade II containing strains identified as B. gladioli (n = 10) and clade III containing strains identified as P. aeruginosa (n = 6). These strains were submitted to analysis of rep-PCR and were separated into 31 groups with level 70% of similarity. However, it was not possible to identify these three clades by this technique. When artificially inoculated in onion scales, strains of B. cepacia complex and B. gladioli were significantly more aggressive than P. aeruginosa strains. Based on phylogenetic identification performed in this study, it is concluded that the rot of onion bulb scales in the Brazilian semi-arid northeast is caused by the strains of B. cepacia complex, B. gladioli e P. aeruginosa. Moreover, more than one species of the B. cepacia complex may be associated with rot scales in this region. / O Brasil produziu aproximadamente 1.601.767 toneladas de cebola na safra de 2014, sendo a região nordeste responsável por 23% dessa produção. A cultura da cebola pode ser acometida por diversas doenças, destacando-se as podridões bacterianas. Dentre os tipos de podridões que ocorrem em bulbos de cebola destaca-se a podridão de escamas, a qual pode causar perdas de até 50% no Brasil. Essa doença está associada a bactrérias do complexo Burkholderia cepacea, Burkholderia gladioli pv. alliicola, Pseudomonas aeruginosa e Serratia marcescens. Visto que para aplicação de medidas de manejo eficientes faz-se necessário o conhecimento da etiologia da doença e que ainda não se sabe ao certo quais são os gêneros e espécies que estão associadas à podridão de escamas da cebola no semiárido nordestino, o presente estudo teve como objetivos: i) identificar as bactérias envolvidas com a doença nessa região por meio de sequenciamento e análise filogenética da região 16S rRNA, ii) avaliar o comportamento genético das espécies identificadas por meio de rep-PCR, e iii) avaliar o comportamento patológico das diferentes espécies identificadas. Para isto foram realizadas coletas nas principais regiões produtoras de cebola do semiárido Pernambucano e Baiano, seguindo-se o isolamento e depósito dos isolados na Coleção de Culturas Rosa Mariano (CRM) do Laboratório de Fitobacteriologia da Universidade Federal Rural de Pernambuco. Foram obtidos 45 isolados, os quais foram agrupados em três clados: clado I, contendo isolados identificados como sendo do complexo B. cepacia (n= 29), clado II, contendo isolados de identificados como B. gladioli (n=10) e clado III, contendo isolados identificados como P. aeruginosa (n=6). Esses isolados foram submetidos a análises de rep-PCR, sendo separados em 31 grupos ao nível de 70 % de similaridade. No entanto, não foi possível identificar esses três clados por meio desta técnica. Quando artificialmente inoculados em escamas de cebola, os isolados do complexo B. cepacia e de B. gladioli foram significativamente mais agressivos do que os isolados de P. aeruginosa. Com base na identificação filogenética realizada no presente estudo, conclui-se que a podridão de escamas de bulbos de cebola no semiárido nordestino brasileiro é causada por isolados do complexo B. cepacia, B. gladioli e P. aeruginosa. Além disso, mais de uma espécie do complexo B. cepacia pode estar associada à podridão de escamas nessa região.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2017-12-18T13:25:28Z No. of bitstreams: 1 Roberta Rocha Ferreira.pdf: 3077956 bytes, checksum: 0c56b291570f1a18e2eadbd875ae0b1f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-18T13:25:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Roberta Rocha Ferreira.pdf: 3077956 bytes, checksum: 0c56b291570f1a18e2eadbd875ae0b1f (MD5) Previous issue date: 2017-07-27 / In this study was accomplished the identification of cytoplasmic types and genotyping of Ms locus in 59 onion genotypes of the Embrapa germplasm collection, as well as association of molecular observations with pollen viability tests, aiming to reduce time for identification of male-sterile lines („A‟) and their maintainers („B‟), for the development of hybrids adapted to the edafoclimatic conditions of the São Francisco Valley. 5‟cob/orfA501 and orf725 markers were used for cytoplasmic identification, whereas AcSKP1 and AcPMS1 for genotyping of Ms. The pollen viability was estimated with acetocarmine 2%, Alexander‟s staining and in vitro germination. In the molecular identification two types of male-sterile cytoplasmic („S‟ and „T‟), as well as fertile cytoplasmic („N‟) and Ms and ms alleles, both in homozygosity and heterozygosity, were identified in the evaluated genotypes. The frequencies with 5‟cob/orfA501 and orf725 and AcSKP1 and AcPMS1 markers were approximate the evaluated accessions. For Brazilian germplasm, the cytoplasmic frequencies of „N‟, „S‟ and „T‟ were approximately 0,47, 0,28 e 0,25, respectively, while the allelic frequencies were 0,52 and 0,48 for Ms and ms, respectively. The accessions Régia, EHCEB 20146, EHCEB 201427, Alvorada, Serrana, Crioula Mercosul, EHCEB 20142, BRS 367, Rainha, Juporanga and Alfa SF C-XI exhibit potential for identification of „A‟ and „B‟ lines because show mixtures of type of cytoplasmic and different Ms allelic frequencies. The accessions EHCEB 20142040/EHCEB 20141040, EHCEB 20142028/EHCEB 20141028, EHCEB 20112006/EHCEB 20111006, EHCEB 20142027/EHCEB 20141027, EHCEB 20102019/EHCEB 20101019 and Alfa SF „B‟/Alfa SF „A‟ presented all evaluated plants in the Nmsms and Smsms or Tmsms conditions. Molecular selection and pollen viability tests showed complete agreement for Alfa SF (Nmsms), BRS 367 (Tmsms), BRS 367 (Nmsms), Cascuda T7 (Nmsms), Cascuda T5 (Smsms), EHCEB 20102017 and EHCEB 20142027. For Alfa SF (Tmsms), EHCEB 20142028 (Nmsms), EHCEB 20141028 (Smsms), EHCEB 20141027 (Tmsms) and EHCEB 20141017 (Tmsms) there was no validation of molecular selection by pollen viability tests for some plants. The pollen viability evaluation methods did not present sterile and fertile classification agreement for the accessions EHCEB 20142028, EHCEB 20141028, EHCEB 20141027 and EHCEB 20141017. Six pairs of „A‟ and „B‟ lines identified in the present study, Alfa SF (Tmsms ) x Alfa SF (Nmsms), BRS 367 (Tmsms) x BRS 367 (Nmsms), Cascuda T7 (Nmsms) x Cascuda T5 (Smsms), EHCEB 20142027 (Nmsms) x EHCEB 20141027 (Tmsms), EHCEB 20102017 (Nmsms) x EHCEB 20141017 (Tmsms) and EHCEB 20142028 (Nmsms) x EHCEB 20141028 (Smsms) demonstrated potential for the development of hybrids. / No presente trabalho foi realizado a identificação dos tipos citoplasmáticos e a genotipagem do locus Ms presentes em 59 genótipos de cebola do banco de germoplasma da Embrapa, bem como associação das observações moleculares de genótipos com testes de viabilidade polínica, visando diminuir o tempo na identificação de linhas macho-estéreis („A‟) e de suas mantenedoras („B‟), para o desenvolvimento de híbridos adaptados às condições edafoclimáticas do Vale do São Francisco. Os marcadores 5‟cob/orfA501 e orf725 foram usados para identificação de citoplasma, enquanto os marcadores AcSKP1 e AcPMS1 para genotipagem do locus Ms. A viabilidade polínica foi estimada com carmim acético 2%, solução de Alexander e germinação in vitro. Na identificação molecular os dois tipos de citoplasma macho-estéreis („S‟ e „T‟), bem como o citoplasma fértil („N‟), assim como os alelos Ms e ms, tanto em homozigose como em heterozigose foram, detectados nos 59 genótipos avaliados. As frequências com os marcadores 5‟cob/orfA501 e orf725, bem como com os marcadores AcSKP1 e AcPMS1, foram aproximadas nos acessos de cebola avaliados. No germoplasma brasileiro, as frequências dos citoplasmas „N‟, „S‟ e „T‟ foram de 0,47, 0,28 e 0,25, respectivamente, enquanto as frequências alélicas foram de 0,52 e 0,48 para Ms e ms, respectivamente. Os acessos Régia, EHCEB 20146, EHCEB 201427, Alvorada, Serrana, Crioula Mercosul, EHCEB 20142, BRS 367, Rainha, Juporanga e Alfa SF C-XI tem potencial para identificação de linhas „A‟ e „B‟, pois apresentaram misturas para tipo de citoplasma e diferentes frequências alélicas para Ms. Os acessos EHCEB 20142040/EHCEB 20141040, EHCEB 20142028/EHCEB20141028 e EHCEB 20112006/EHCEB20111006, EHCEB 20142027/EHCEB 20141027, EHCEB 20102019/EHCEB 20101019 e Alfa SF „B‟/Alfa SF „A‟ apresentaram todas as plantas avaliadas na condição Nmsms e Smsms ou Tmsms. A seleção molecular e testes de viabilidade polínica apresentaram completa concordância para as linhagens Alfa SF (Nmsms), BRS 367 (Tmsms), BRS 367 (Nmsms), Cascuda T7 (Nmsms), Cascuda T5 (Smsms), EHCEB 20102017 e EHCEB 20142027. Para Alfa SF (Tmsms), EHCEB 20142028 (Nmsms), EHCEB 20141028 (Smsms), EHCEB 20141027 (Tmsms) e EHCEB 20141017 (Tmsms) não houve validação da seleção molecular pelos de testes de viabilidade polínica para algumas plantas. Os métodos de avaliação da viabilidade polínica não apresentaram concordância de classificação estéril e fértil para os acessos EHCEB 20142028, EHCEB 20141028, EHCEB 20141027 e EHCEB 20141017. Seis pares de linhas „A‟ e „B‟ identificados no presente estudo, Alfa SF (Tmsms) x Alfa SF (Nmsms), BRS 367 (Tmsms) x BRS 367 (Nmsms), Cascuda T7 (Nmsms) x Cascuda T5 (Smsms), EHCEB 20142027 (Nmsms) x EHCEB 20141027 (Tmsms), EHCEB 20102017 (Nmsms) x EHCEB 20141017 (Tmsms) e EHCEB 20142028 (Nmsms) x EHCEB 20141028 (Smsms), apresentam potencial para o desenvolvimento de híbridos.

Orientador: Maria Luiza Silveira Mello / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T07:52:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Barberio_Agnes_D.pdf: 1536569 bytes, checksum: b0e9b0bcd32d35ac2c8d2729b86b741b (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Uma das principais fontes de poluição dos ecossistemas de água doce se refere aos resíduos de efluentes industriais e urbanos. Os esgotos não tratados e excrementos humanos são considerados causa importante na deterioração da qualidade da água de países em desenvolvimento. Os poluentes ambientais têm causado uma diminuição da qualidade da água, induzindo efeitos deletérios nos organismos que estão em contato direto ou indireto com os mesmos. O efeito da exposição dos organismos a qualquer substância potencialmente tóxica, depende de sua concentração e do tempo de exposição. Um dos efeitos, freqüentemente observado pelos agentes ambientais é a alteração química do DNA. Tais modificações são prejudiciais às células, uma vez que podem afetar processos vitais, como a duplicação e a transcrição do DNA, a regulação gênica e a divisão celular, e levar ao desenvolvimento de processos patogênicos e/ou à morte celular. Nesse contexto, testes biológicos de toxicidade e genotoxicidade são indispensáveis para a avaliação das reações dos organismos vivos à poluição ambiental, como também para a identificação dos efeitos sinérgicos potenciais de vários poluentes. O rio Paraíba do Sul é um dos integrantes da bacia do rio Paraíba do Sul, de importância para a região sudeste do Brasil, pois serve ao abastecimento urbano, à irrigação, à geração de energia, e à assimilação de despejos urbanos, industriais e agrícolas nessa região. No presente trabalho foram pesquisados efeitos citotóxicos e genotóxicos em raízes de Allium cepa expostas a amostras de água do rio Paraíba do Sul, coletadas em agosto de 2005, 2006 e 2007, em pontos localizados nas cidades de Tremembé e Aparecida (SP). Foram utilizados para investigação parâmetros anátomo-morfológicos (crescimento das raízes), índices mitóticos (IM), índices de fases da divisão celular (IF), freqüência de micronúcleos (MN) e anomalias cromossômicas (AC). O comprimento das raízes de cada bulbo foi acompanhado, diariamente, ao longo de 24 a 120 h. Somente as raízes tratadas com amostras de água coletadas em 2005, na cidade de Tremembé, apresentaram um decréscimo em taxa de crescimento. Entretanto, nesse mesmo ano, houve redução no IM das raízes tratadas com água coletada em Tremembé e Aparecida. Considerando-se os dados de crescimento de raiz e especialmente os valores de IM, admite-se que em 2005 a água do rio Paraíba do Sul nas regiões de Tremembé e Aparecida tenha tido potencial citotóxico. Por outro lado, ainda nesse mesmo ano, a freqüência de MN não se mostrou alterada, o que indica que a água do rio, nos pontos mencionados, não apresentaria potencial genotóxico. Em 2007 não houve diferença no crescimento das raízes assim como os valores de IM nas raízes tratadas com água de ambos os pontos de coleta não diferiram dos valores do controle negativo. As freqüências das fases da mitose (IF) diferiram de modo significativo dos respectivos controles; as freqüências de prófase e anáfase das raízes tratadas com as águas coletadas em Tremembé e em Aparecida foram maiores e a freqüência de telófases menor do que as dos controles negativos. As freqüências de metáfase foram maiores para as raízes tratadas por água coletada em Aparecida. Foram constatados aumentos significativos de MN e de AC em raízes tratadas com água das duas regiões de coleta. A freqüência de c-mitose foi significantemente maior após tratamento com a água proveniente de Tremembé, enquanto a freqüência de pontes cromossômicas foi maior para as raízes tratadas por água coletada em Aparecida. Considerando-se a freqüência de MN, AC e IF, admite-se efeito citotóxico e genotóxico para A. cepa tratada com as amostras de água do rio Paraíba do Sul das regiões de Tremembé e Aparecida, no ano de 2007. O teste Allium mostrou ser uma ferramenta sensível na detecção de citotoxicidade e genotoxicidade promovidas pela água do rio Paraíba do Sul nos pontos nomeados. / Abstract: One of the main sources of pollution of fresh water ecosystems refers to the discharge of industrial and urban wastes. Untreated sewage is considered an important cause to the deterioration of water quality in developing countries. Environmental pollutants have caused a decrease in water quality, inducing harmful effects in organisms which are in direct or indirect contact with them. The effect of exposure of organisms to any potentially toxic substance depends on its concentration as well as exposure time. One of the effects frequently observed by environmental agents is the chemical alteration of the DNA affecting vital processes, like DNA duplication and transcription, gene regulation and cell division, and leading cells to pathologic processes and/or cell death. In this context, toxicity and genotoxicity biological tests are mandatory for the evaluation of reactions of living organisms to environmental pollution, as well as for the identification of potential synergetic effects of several pollutants. The Paraíba do Sul river is one of the components of the Paraíba do Sul basin, of importance to the southeast region of Brazil, as it serves for urban supply, irrigation, generation of energy, and assimilation of urban, industrial and agricultural discharges in the mentioned region. This work aimed at researching cytotoxic and genotoxic effects in Allium cepa roots exposed to water samples collected from the Paraíba do Sul river in August 2005, 2006 and 2007, at sites located in the cities of Tremembé and Aparecida. Anatomo-morphologic parameters (root growth), mitotic indices (MI), cell division phase indices (PI), frequency of micronuclei (MN) and chromosome anomalies (CA) were investigated. Root lengths from each bulb were evaluated daily along 24 to 120 h. Only in the roots treated with the water samples collected at Tremembé in 2005, a decrease in root growth rate was found. However, in the same year, there was reduction in the MI of the roots treated with water collected at Tremembé and Aparecida. Considering the root growth data and especially the MI values, it is assumed that the water of the Paraíba do Sul river in the regions of Tremembé and Aparecida had a cytotoxic potential in 2005. On the other hand, still in the same year, no change in MN frequency was detected, which indicates that the water at the mentioned river points had probably no genotoxic potential. In 2007, there was no difference in root growth, as the MI values for roots treated with the water collected at both sites did not differ from the values of the negative control. The frequencies of the mitosis phases differed significantly from the respective controls; the frequencies of prophases and anaphases for roots treated with water collected at Tremembé and Aparecida were higher and the frequency of telophases were lower than those of the negative controls. Frequencies of metaphases were higher for roots treated with water collected in Aparecida. A significant increase in MN and CA was found for the roots treated with water collected from both sites. The frequency of c-mitosis significantly increased after treatment with the river water collected at Tremembé, whereas the frequency of chromosome bridges increased for roots treated with water collected at Aparecida. By considering the frequencies of MN, CA and PI, a cytotoxic and genotoxic effect is supposed for A. cepa treated with the water collected from the river Paraíba do Sul at sites of Tremembé and Aparecida, in 2007. The Allium test has proved to be a sensitive tool for detecting cytotoxicity and genotoxicity effects promoted by the Paraíba do Sul water in the mentioned sites. / Doutorado / Biologia Celular / Doutor em Biologia Celular e Estrutural

Título original: Avaliação do potencial antigenotóxico e antimutagênico de Lycium barbarum (goji berry), nutracêutico usado como citoprotetor e antioxidante / Orientador: Maria Aparecida Marin-Morales / Coorientadora: Maria Tereza Pamplona da Silva / Banca: Daniela Morais Leme / Banca: Edson Luis Maistro / Resumo: O L. barbarum, popularmente conhecido goji berry, tem despertado o interesse da comunidade científica ocidental, devido a sua riqueza nutritiva e a ação antioxidante que promovem efeitos benéficos para a saúde humana. Entretanto, há poucos relatos na literatura sobre sua possível ação tóxica ou comprovação do seu potencial protetor. Sendo assim, o presente trabalho teve como objetivo avaliar os efeitos citotóxicos (pelo MMT), genotóxicos e antigenotóxicos (pelo ensaio do cometa), mutagênicos, e antimutagênicos (pelo teste do micronúcleo com bloqueio de citocinese - MN), de estresse oxidativo (pela quantificação dos níveis de GSH e TBARS e pela atividade das enzimas SOD e GST), de potencial antioxidante, do teor de polifenóis totais e da fitoquímica qualitativa de 3 diferentes concentrações recomendadas para o uso diário do extrato de L. barbarum (0,2; 0,4 e 0,6 g/L), por meio de ensaios realizados com sistemas-teste in vitro e in vivo. Neste estudo foram utilizados o organismo teste Allium cepa e culturas de duas linhagens celulares: células de hepatocarcinoma humano (HepG2) e adenocarcinoma de mama humano (MCF-7). Para A. cepa, foram aplicados os testes de aberrações cromossômicas e de micronúcleos em células meristemáticas e dos micronúcleos em células F1. As análises de antigenotoxicidade e antimutagenicidade realizada com esse organismo seguiram protocolos convencionais de pré-tratamento, pós-tratamento e tratamento simultâneo simples. Os resultados destes testes mostrara... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The L. barbarum, popularly known as goji berry, has aroused the interest of the Western scientific community because of its nutritional richness and antioxidant action that promote beneficial effects on human health. However, there are few reports in the literature about its possible toxic action or proof of its protective potential. The present work aimed to evaluate the cytotoxic (by MMT test), genotoxic and antigenotoxic (by comet assay), mutagenic and antimutagenic effects (by micronucleus test with cytokinesis-block - MN), oxidative stress (quantification of GSH and TBARS levels and the activity of SOD and GST enzymes), antioxidant potential, total polyphenol content and qualitative phytochemical of 3 different concentrations recommended for daily use of L. barbarum extract (0.2; 0.4 and 0.6 g / L) by assays performed with in vitro and in vivo test systems. In this study, the test organism Allium cepa and cultures of two cell lines were used: human hepatocarcinoma cells (HepG2) and human breast adenocarcinoma (MCF-7). For A. cepa, the chromosomal aberrations and micronucleus tests wereapplied in meristematic cells and the micronuclei in F1 cells. The antigenotoxicity and antimutagenicity analyzes performed with this organism followed conventional protocols for pretreatment, post-treatment and simple simultaneous treatment. The results of these tests showed that L. barbarum did not present genotoxic or mutagenic potential for A.cepa, but presented positive responses to an... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

A distribuição espacial de insetos e doenças em campos comerciais é importante, por exemplo, para aplicação racional de pesticidas. Entretanto, não tem sido considerada nas recomendações de manejo da cultura, planejamento de experimentos e estudos amostrais, sendo escassa literatura a esse respeito. Os artigos apresentados nessa tese foram motivados por duas situações diferentes, uma envolvendo dados de contagem e a outra, dados binários. Os dois modelos diferem em relação às estratégias da descrição da estrutura de dependência espacial. No primeiro artigo, a variável resposta é contagem. Para caracterizar o padrão espacial da dispersão do tripes do prateamento da cebola foi feito um levantamento anotando-se o número de insetos por fase de desenvolvimento em folhas de plantas de cebola, em diferentes datas e pontos amostrais dentro de quatro propriedades com fazendas vizinhas apresentando diferentes níveis de infestação e métodos de plantio. O teste de aleatorização de Mantel foi utilizado para testar a presença de padrão espacial, que quando detectado foi descrito por um modelo de Poisson misto espacial com componente aleatório geoestatístico. Tal modelo possibilitou a caracterização do padrão espacial bem como a obtenção de mapas de predição dos níveis de susceptibilidade à infestação na área. No segundo artigo a variável resposta é binária e foi feito um estudo de simulação para verificar o comportamento dos estimadores de pseudo-verossimilhança dos parâmetros do modelo autologístico, considerando diferentes estruturas de covariáveis e de vizinhança, três intensidades de infestação de uma praga e cinco valores para o parâmetro de correlação entre os vizinhos. Uma aplicação dos modelos considerados no estudo de simulação é feita a um conjunto de dados provenientes de um experimento com pimentão. Mostra-se que o método de estimação por pseudo-verossimilhança pode ser usado, com certa cautela, quando o interesse está na contribuição das covariáveis, mas não deve ser usado quando o interesse está na estimação da correlação espacial. Um estudo com diferentes porcentagens de dados faltantes foi feito para verificar a influência na estimação do parâmetro. / The spatial distribution of insects and diseases in commercial fields is important for the efficient application of pesticides. However, in the past this has not been considered in crop management recommendations, experiment planning and sampling plans. The papers presented in this thesis were motivated by two different situation, one envolving count data and the other binary data. The two models used differ in relation to the strategies of the description of the spatial dependence structure. In the the first paper the response variable is a count. In order to characterize the spatial distribution pattern of the onion thrips a survey was carried out to record the number of insects in each development phase on onion plant leaves, on different dates and sample locations, in four rural properties with neighboring farms with different infestation levels and planting methods. The Mantel randomization test was used to test for spatial correlation, and when detected this was modelled by a mixed spatial Poisson model with a geostatistic random component. This model has allowed a spatial pattern characterization as well as the production of prediction maps of susceptibility to levels of infestation in the area. In the second paper the response variable is binary. In this paper a simulation study on pseudo-likelihood estimators of autologistic parameters to verify the effect of different covariate and neighbouring structures is described, with three pest infestation levels and five different spatial correlation coefficient values. An application of the methodology is presented using a bell pepper data set. It is shown that the pseudo-likelihood method can be used when a researcher is interested in the effect of covariates, but should not be used for the estimation of the spatial correlation. A study with different percentages of missing data is made to verify the influency on parameter estimation.

Orientador: Maria Aparecida Marin Morales / Coorientador: Paula Suares Rocha / Banca: Thaís Cristina Casimiro Fernandes / Banca: Grasiela Dias de Campos Severi Aguiar / Resumo: Os ecossistemas aquáticos são os ambientes mais comprometidos pela poluição derivada de emissões de substâncias tóxicas presentes em efluentes industriais e domésticos e em resíduos agrícolas. Essa contaminação pode atingir tanto a água quanto os sedimentos dos ambientes aquáticos e induzir diversos efeitos adversos aos organismos vivos expostos. A bacia do rio Corumbataí, localizada no interior do estado de São Paulo (Brasil), apresenta grande importância econômica e ambiental para estado. As águas deste rio sofrem diversos impactos ambientais caracterizados pelo descarte de efluentes urbanos e industriais das cidades localizadas próximas à sua margem, bem como da ação de atividades agrícolas, principalmente da cultura de cana-de-açúcar. Sendo assim, este rio recebe uma quantidade considerável de substâncias potencialmente tóxicas, que vêm comprometendo a qualidade de suas águas e de seus sedimentos. O presente estudo teve como objetivo avaliar a citotoxicidade, genotoxicidade e mutagenicidade de amostras de águas e de sedimentos do rio Corumbataí - SP, em pontos situados entre as cidades de Rio Claro e Piracicaba. Foram realizadas duas coletas, uma na estação chuvosa e quente e outra na estação seca e fria, em quatro pontos distintos do rio: P1) à montante da cidade de Rio Claro; P2) à jusante da cidade de Rio Claro; P3) à jusante de Santa Gertrudes e da confluência do rio Corumbataí com o Ribeirão Claro; P4) à montante da cidade de Piracicaba. As avaliações foram realizadas por meio de bioensaios desenvolvidos com os organismos testes Allium cepa e com cultura de hepatócitos de truta arco-íris da linhagem RTL-W1. Para os bioensaios realizados com A. cepa, foram realizados testes de índice mitótico (IM), de aberrações cromossômicas (AC) e de indução de micronúcleos (MN), em células meristemáticas e testes de indução de MN em células F1. Para os bioensaios realizados com cultura de... / Abstract: Aquatic ecosystems are the most affected by pollution from toxic waste emissions of industrial, domestic and agricultural effluents. This contamination may occur in both water and sediments of aquatic environments and induce many adverse effects to the living organisms. The Corumbataí river basin, located within the state of São Paulo (Brazil), has great economic and environmental importance to the state. The waters of this river suffer from various environmental impacts characterized by the disposal of municipal and industrial effluents from cities located close to its border. Thus, this river receives a considerable amount of potentially toxic substances. Due to its importance for public water supply in the region this study aimed to evaluated the cytotoxic, genotoxic and mutagenic effects of water and sediments samples from this water resource, by means of bioassays. For this study, two sampling campaigns were performed, one in the warm and rainy season and the other in the cold and dry season. Samples were collected in Corumbataí River, in four different sites: P1) upstream the municipality of Rio Claro, P2) downstream the municipality of Rio Claro; P3) downstream the confluence of Corumbataí River and Ribeirão Claro; P4) upstream the municipality of Piracicaba. The evaluations were performed through bioassay with the Allium cepa test organisms and culture of hepatocytes from rainbow trout RTL - W1. According to obtained results in this work, it was possible to observed that water and sediments Corumbataí have genotoxic and mutagenic characteristics. The most significant results were recorded for the points P2 and P3, located near the cities of Rio Claro and Santa Gertrudes. Our results also indicated that samples collected at P3 were more affected, probably due to influence of discharges of industrial and domestic effluents from the city of St. Gertrudes , which is considered the largest ceramic hub of America / Mestre

A produção de resíduos pelas indústrias alimentícias têm se tornado um problema ambiental. Esses subprodutos sem o devido descarte se acumulam no meio ambiente causando poluição que leva a contaminações que podem provocar danos ao organismo humano. A sustentabilidade deve ser prioritária para o setor de processamento alimentício, realizando o aproveitamento de qualquer despejo industrial que possa se transformar em foco de contaminação ambiental. A cebola (Allium cepa L.) é um dos vegetais mais consumidos mundialmente, e em consequência disso, seu processamento gera uma grande quantidade de resíduos. A casca desse alimento apresenta teores consideráveis de flavonoides, compostos bioativos de elevada capacidade antioxidante. A transformação desse resíduo em um produto de fácil utilização e que possa agregar valor à matrizes alimentares torna-se uma alternativa para utilização desse resíduo que até então não apresenta um aproveitamento valioso para o setor alimentício. Três variedades de casca de cebola foram processadas na forma de pós e analisadas quanto a sua composição química e quanto à sua ação antioxidante. O produto elaborado que apresentou maior capacidade antioxidante foi o pó de casca de cebola roxa que em seguida foi adicionado ao produto cárneo de frango para avaliar seu potencial frente à oxidação lipídica. Houve o controle na estabilidade oxidativa do produto, porém a adição do conservante natural alterou os parâmetros de cor das almôndegas de frango, tornando mais escura a coloração do produto. Diante do exposto, a elaboração do produto a partir do resíduo da cebola pode se constituir em uma alternativa viável aos produtos sintéticos utilizados para fins da conservação em produtos cárneos uma vez que mostrou-se um potencial antioxidante. / Waste production by food industries have become a serious environmental problem. These by-products without proper disposal may accumulate in the environment causing pollution or contamination that may cause damage to the human body. Sustainability should be a priority in processing food sector, realizing use of any industrial dump it can become the focus of environmental contamination. The onion (Allium cepa l.) is one of the most consumed vegetable worldwide, and as a consequence, its processing generates a large amount of waste. The peel of this food has considerable amounts of flavonoids, bioactive compounds of high antioxidant capacity. The transformation of this waste in an easy-to-use product that can add value to food matrices becomes an alternative to the use of this waste that does not present a valuable use for the food industry. Three varieties of onion peel were processed as into powders and their chemical composition, mainly antioxidant activity were analysed. In the present study, the elaborated product that showed the highest antioxidant capacity was the purple onion peel powder which was added to the meat product processed chicken to assess its potential against lipid oxidation. There was the fat decay control of the product, however the addition of natural preservative caused differences in the color parameters of chicken meatballs, making the darker the color of the product. Therefore, the elaboration of a product from the onion waste was a viable alternative to synthetic products used for conservation purposes in meat products and proved to be a potential antioxidant.

Muitos genes bacterianos são regulados pelo mecanismo de comunicação denominado quorum sensing (QS). Neste sistema, moléculas sinalizadoras ativam um comportamento de grupo, conforme a densidade celular, permitindo o controle da expressão gênica. Estudos sugerem o potencial de compostos extraídos de plantas sobre o QS, a exemplo da quercetina, um flavonol presente em concentrações elevadas em algumas frutas e hortaliças. Este composto é o flavonoide majoritário presente em cebola (Allium cepa), mas não existem estudos que mostrem a atividade anti-QS de extratos orgânicos deste vegetal. Este trabalho avaliou o potencial antimicrobiano e anti-QS de extratos orgânicos de cebola branca e cebola roxa, assim como de alguns de seus componentes majoritários identificados, em fenótipos regulados pelo QS como a produção de violaceína em Chrormobacterium violaceum ATCC 12472, a motilidade tipo swarming e a formação de biofilmes em Pseudomonas aeruginosa PAO1 e Serratia marcescens MG1. Extratos de cebola branca e roxa foram obtidos por extração em fase sólida utilizando coluna de poliamida e seus compostos identificados e quantificados pelas técnicas de Cromatografia líquida- ionização por elétron spray-espectrometria de massas e cromatografia líquida de alta eficiência acoplada a detector de arranjo de diodo. A atividade antimicrobiana foi avaliada pelas curvas de multiplicação de cada micro-organismo. O efeito dos compostos quercetina aglicona (inibidor do QS já relatado na literatura e encontrado no extrato de cebola roxa) e quercetina-3-β-D-glicosideo (um dos compostos majoritários encontrados em ambos extratos) sobre os micro-organismos utilizados neste estudo foi também avaliado. Foram obtidos três extratos: cebola branca em metanol (CB-MeOH), cebola branca em metanol amônia (CBMeOH/ NH4) e cebola roxa em metanol (CR-MeOH). Os compostos quercetina 3,4\'- diglicosídeio, quercetina-4-glicosídeo, quercetina-3-β-D-glicosideo e quercetina aglicona foram os predominantes nos extratos das duas variedades de cebola. Cianidina-3-O-glicosideo também foi identificada no extrato de cebola roxa. A concentração inibitória mínima (MIC) dos extratos foi igual ou superior a 125 µg/ml (p/v) de extrato seco. Não foi observada inibição significativa da produção de violaceína em C. violaceum pelos extratos orgânicos de cebola e nem pela quercetina-3-β-D-glicosideo, nas concentrações sub-inibitórias avaliadas. No entanto, a quercetina aglicona inibiu significativamente a produção de violaceína em todas as concentrações. A glicosilação da quercetina pode ter afetado sua atividade sobre a inibição da produção de violaceina, já que estudos mostram menor atividade biológica deste composto quando glicosilado. Para a motilidade tipo swarming em P. aeruginosa PAO1 houve inibição significativa pelo extrato de cebola roxa, em todas as concentrações estudadas. Os demais extratos não apresentaram inibição contra este micro-organismo. Para S. marcescens MG1, foi observada inibição da motilidade swarming somente na concentração de 125 µg/ml de CBMeOH/ NH4. As análises de comparação entre os dois tipos de quercetina revelaram que, embora para as duas bactérias testadas os dois compostos apresentaram atividade inibitória sobre a motilidade tipo swarming, a quercetina-3-β-D-glicosideo foi menos eficiente que a quercetina aglicona na concentração de 125 µg/ml. A formação de biofilmes não foi influenciada pelos extratos e, inesperadamente, não se detectou inibição da formação de biofilmes por ambos tipos de quercetina avaliados. De forma geral, os extratos orgânicos de cebola mostraram pouco efeito sobre os fenótipos controlados pelo quorum sensing e a glicosilação da quercetina provavelmente explica a baixa atividade antimicrobiana e anti-QS dos extratos. / Many bacterial genes are regulated by a communication mechanism called quorum sensing (QS). In this system, signaling molecules activate a group behavior according to cell density, allowing the control of gene expression. Studies suggest the inhibitory potential of compounds extracted from plants on the QS system, like quercetin, a flavonol present in high concentrations in some fruits and vegetables. This compound is the main flavonoid found in onion (Allium cepa); however, there are no studies showing the anti-QS activity of organic extracts of this plant. The objective of this work was to evaluate the antimicrobial and anti-QS potential of organic extracts of white and red onions, and their major components studied in QS-regulated phenotypes such as violacein production in Chromobacterium violaceum, swarming motility and biofilm formation in Pseudomonas aeruginosa PAO1 and Serratia marcescens MG1.White and red onion extracts were obtained by solid phase extraction using a polyamide column and its compounds were identified and quantified by Liquid Chromatography - Electron Spray-Mass Spectrometry and high performance liquid chromatography coupled to diode array detector. O The antimicrobial activity was evaluated by growth curves of each microorganism. The effect of non-glycosylated quercetin (a QS inhibitor already reported in the literature and found in red onion extract) and quercetin-3-β-D-glycoside (one of the major compounds found in both extracts) on the microorganisms used in this study was also evaluated. Three extracts were obtained: white onion in methanol (CB-MeOH), white onion in methanol ammonia (CB-MeOH / NH4) and red onion in methanol (CR-MeOH). Our results showed that quercetin 3,4\'- diglycoside, quercetin-4-glycoside, quercetin-3-β-D-glycoside and non-glycosylated quercetin were predominant in the extracts of the two onion varieties. Cyanidin-3-O-glycoside has also been identified in the purple onion extract. The minimum inhibitory concentration (MIC) of extracts was equal or greater than 125 µg / ml (w / v) of dry extract. There was no significant inhibition of violacein production in C. violaceum by organic onion extracts or by quercetin-3-β- D-glycoside at the sub-inhibitory concentrations evaluated. However, non-glycosylated quercetin showed a significant inhibition of violacein production in all tested concentrations. The glycosylation of Quercetin could have altered its inhibition activity towards violacein production, and in fact, some studies have shown less biological activity of some phenolic compounds when they have been glycosylated. For swarming motility in P. aeruginosa PAO1 there was significant inhibition by red onion extract, in all studied concentrations. The other extracts did not present inhibition against this microorganism. For S. marcescens MG1, inhibition of swarming motility was observed only at the concentration of 125 µg / ml of CB-MeOH / NH4. Comparative analyses between the two types of quercetin showed that, although for the two bacteria tested the two compounds showed inhibitory activity on swarming motility, quercetin-3-β-D-glycoside was less efficient than non-glycosylated quercetin in the concentration of 125 µg / ml. Biofilm formation was not influenced by the extracts and unexpectedly, both types of quercetin evaluated did not show inhibition towards biofilm formation. In general, organic onion extracts showed little effect on quorum sensing controlled phenotypes and glycosylation of quercetin probably explains the low antimicrobial and anti-QS activity of the extracts.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:32:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 915073 bytes, checksum: b935760049a0fd3e2afd0852f0a37275 (MD5) Previous issue date: 2013-03-21 / The study of the productivity curves compared with the amount of nitrogen absorbed by the onion crop is fundamentally important for the elaboration of a more efficient fertilization plan in technical terms as well as in economic terms. Many statistical techniques have been proposed, tested, and improved in order to help boost research in this direction. The justification for this research is the need to assess and improve new statistical techniques that help in obtaining accurate information in order to assist in decision making for improving productivity. For this case, this study aimed to use and evaluate two statistical methods with different specific objectives with respect to the evaluation of nitrogen application in the production of onion cultivars. In the first evaluation, statistical techniques based on regression models were used for adjusting curves for some nitrogen levels related to productivity, performing a survey with four onion cultivars in different locations, and then to carry out the evaluation of the grouping possibility of these statistical models using the models identity test. In this step, it was tried to estimate a curve that could represent together the fertilization response pattern in all four evaluated sites. In the second study, the goal was to verify the techniques efficiency based on neural networks. So, the proposal was to see the possibility of using safely this new concept based on artificial neural networks in research related to the onion cultivars response to nitrogen fertilization. In general, this study describes the successful use of new statistical techniques with emphasis on neural networks that help improve the onion productivity and thereafter to implement and disseminate techniques based on computational intelligence for purposes of study prediction and modeling. / O estudo das curvas de produtividade comparadas com a quantidade de nitrogênio absorvido pela cultura da cebola é de fundamental importância para a formulação de um plano de adubação que seja mais eficiente tanto em termos técnicos quanto econômicos. Diversas técnicas estatísticas têm sido propostas, testadas e aprimoradas com o intuito de contribuir para alavancar pesquisas nesta direção. A justificativa para este trabalho de pesquisa está na necessidade de avaliar e aprimorar novas técnicas estatísticas que ajudem na obtenção de informações precisas com a finalidade de auxiliar na tomada de decisão visando melhorar a produtividade. Para isso, este estudo teve como objetivo empregar e avaliar duas metodologias de auxílio à estatística, mas com objetivos específicos distintos com respeito à avaliação da aplicação de nitrogênio na produção dos cultivares da cebola. Na primeira avaliação, objetivou-se utilizar técnicas estatísticas baseadas em modelos de regressão e ajustar curvas para alguns níveis de doses de nitrogênio, relacionadas à produtividade, para uma pesquisa realizada com quatro cultivares em locais distintos de cebola e, em seguida, avaliar a possibilidade de agrupamento desses modelos estatísticos obtidos, utilizando o teste de identidade de modelos. Nesta etapa, procurou-se estimar uma curva que representasse, em conjunto, o padrão de resposta à adubação em todos os quatro locais avaliados. No segundo estudo, a meta era verificar a eficiência de técnicas baseadas em redes neurais. Assim, a proposta foi constatar se já é possível utilizar, com segurança, esse novo conceito baseado em redes neurais artificiais em pesquisas relacionadas à resposta de cultivares de cebola à adubação nitrogenada. De uma maneira geral, o trabalho descreve o êxito da utilização de novas técnicas estatísticas com ênfase em redes neurais que ajudem melhorar a produtividade da cebola para, a partir daí, permitir aplicar e difundir técnicas baseadas em inteligência computacional para fins de estudos de predição e modelagem.