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Detección de QTLs de importancia económica y análisis de genes candidatos en poblaciones porcinas comerciales españolas

Dávalos Aranda, Guillermo 10 December 2002 (has links)
El presente estudio se desarrolló bajo el marco del proyecto europeo PigQTech cuyoobjetivo es investigar si QTLs de importancia económica en la industria productoraporcina, previamente descritos en cruces de razas divergentes, se encuentransegregando en poblaciones comerciales. En el presente estudio se analizaron dospoblaciones porcinas de tipo comercial Pietrain y Large White, donde fue analizada lapresencia de QTLs, búsqueda y análisis de genes candidatos. La búsqueda de QTLs seefectuó mediante el análisis de la segregación alelica de microsatélites y su relación conlos caracteres productivos medidos. Se analizaron 10 regiones de los cromosomas 1, 2,3, 4, 6, 7, 8, 9, 10, 13, tres de las cuales fueron utilizadas como regiones control (1, 6, 9)por no haber QTLs descritos previamente en ellas. Los resultados muestran segregaciónde QTLs para los cromosomas 2, 3, 4, 7 y para las regiones control 1 y 9 en la poblaciónLarge White, mientras en la población Pietrain se detectaron QTL en los cromosomas 7y 8. En resumen, se observó que los QTLs descritos en cruces de razas divergentes estánpresentes en poblaciones comerciales, sin embargo no segregan por igual entre lasdistintas poblaciones.Adicionalmente se realizó un estudio de asociación de los genes candidatos H-FABP,receptor de leptina (LEPR) y la piruvato carboxilasa (PC). El gen H-FABP reveló laexistencia de asociación entre los distintos genotipos para los caracteres de grasa dorsal,longitud de canal y pH, sin embargo estas asociaciones no se presentan por igual en lasdistintas poblaciones. El análisis de asociación del gen receptor de leptina reveló laexistencia de asociación entre sus distintos genotipos con un menor pH a las 24 horaspostmortem, sin embargo esta asociación se presentó solo en la población Large White.La secuenciación del cDNA del gen de la piruvato carboxilasa reveló una alta similitudnucleotídica con la de otras especies de mamíferos, y que además es polimórfica. Asímismo el mapeo mediante el panel de células somáticas híbridas irradiadas reveló que elgen de la PC está localizado en el cromosoma 2 en el brazo p entre los microsatélites SW2623 (9.8 cM) y el SW256 (19 cM). / The present study was developped under the framework of the European PigQTechproject, whose objective was to investigate the segregation of economically importantQTLs previously described in divergent pig crosses in commercial populations. In thepresent study, we analysed the segregation of QTL and candidate genes in Pietrain andLarge White. The search of QTLs was made by the analysis of the microsatellite allelicsegregation and its influence on the recorded commercial traits. Ten regions onchromosomes 1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 9, 10 and 13 were analysed. As not QTL had beenpreviously described in the regions located in chromosomes 1, 6 and 9, we used thesesegments as control regions. In Large White, results showed segregation of QTLs inchromosomes 2, 3, 4 and 7 as well as in the Ssc1 and Ssc9 control regions. The analysisin Pietrain indicated the presence of QTL in chromosomes 7 and 8. In summary, weobserved that QTLs described in experimental pig crosses are also present incommercial breeds. However these QTLs do not show the same segregation patternamong different populations.Additionally, we carried out an association analysis of the heart fatty acid bindingprotein (H-FABP), leptin receptor (LEPR) and pyruvate carboxylase (PC) candidategenes. The association analysis between H-FABP and the recorded traits, revealed theinfluence of this gene on back fat thickness, carcass length and pH in some of ourpopulations. Influence of LEPR on the pH at 24 hours postmortem was detected inLarge White. The analysis of the nucleotidic sequence of the PC cDNA, revealed both ahigh similarity between other mammal species, and the existence of sequencepolymorphism in our populations. Furthermore, we allocated PC in the short arm ofchromosome 2 (2p), between the markers SW2623 (9.8 cM) and SW256 (19 cM) in anRH panel.
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Dèficit de vitamina d entre la gent gran. Estudi epidemiològic i conseqüències clíniques associades

Vaqueiro Subirats, Montserrat 28 June 2012 (has links)
La tesi titulada “Dèficit de vitamina D entre la gent gran. Estudi epidemiològic i conseqüències clíniques associades”, es presenta estructurada en tres articles originals dins la mateixa línea, realitzats en una mostra representativa de la població ambulatòria major de 64 anys de la nostra àrea. En el primer s’analitza el llindar de 25[OH]D sèrica a partir del qual es produeixen la majoria dels increments dels valors de parathormona (PTH), donat el consens en que l’estat òptim és el que manté la PTH en intervals de normalitat, per evitar un hiperparatiroïdisme secundari que contribueix a la fragilitat de l’os i al risc de fractures. El 95% de les elevacions de la PTH es van observar per concentracions de 25[OH]D < 25ng/ml. Considerant aquest punt de tall es va estimar la prevalença d’hipovitaminosi D (87%), diferenciant les categories d’insuficiència (70,3%) i deficiència (16,7%), pel risc associat a cadascuna. La concentració mitjana de 25[OH]D, 17(7,5), va resultar molt inferior a la recomanada. Es corrobora la correlació negativa entre la PTH i els valors de vitamina D (VD). El llindar de normalitat podria correspondre a valors de 25[OH]D ≥ 25 ng / ml. En el segon treball s’analitzen els possibles factors relacionats amb la hipovitaminosi D en aquesta població sense factors de risc coneguts. El perfil de la població correspon a persones sense incapacitat funcional, amb estudis bàsics, que viuen pisos i en parella. El 69,3% declaren escassa exposició al sol. La mitjana de consum de calci i VD és molt inferior a la recomanada, més en els de major edat. La edat mitjana de les persones amb deficiència va ser lleugerament superior. El 92,5% de les persones amb deficiència van declarar escassa exposició al sol. El valor mig de PTH va ser especialment elevat en el grup amb deficiència. Dels paràmetres analítics estudiats, la PTH i la fosfatasa alcalina mostraven una associació negativa i estadísticament significativa amb l’estat de VD. En l’anàlisi multivariant, les úniques variables associades de forma independent i significativa amb la situació de deficiència són un índex de Barthel ≤ 90, l’exposició solar escassa i viure en un pis. Es confirma una situació de risc per la salut en les persones grans de la nostra àrea i que la poca exposició al sol està associada a una probabilitat de dèficit de vitamina D. Finalment, en el tercer treball, dins el concepte actual de la importància de la VD com a modulador de diversos sistemes biològics (el receptor de la VD s’ha identificat en més de 50 teixits diferents), s’analitza la relació dels nivells de VD amb les xifres de tensió arterial (TA) en aquesta població, tenint en compte la seva importància com a factor de risc cardiovascular. El 46% dels participants estaven en tractament. Es va observar una associació negativa significativa entre els valors de 25[OH]D i els nivells de TA sistòlica i diastòlica. Com que el tractament antihipertensiu modifica la TA, es va introduir aquesta variable observant que es mantenia la correlació en ambdós grups, encara que de manera menys clara en el grup no tractat. En l’anàlisi multivariant, els nivells baixos de 25[OH]D es van associar de forma independent i significativa amb un augment de 6,6 mm Hg en la tensió sistòlica desprès de controlar per les altres variables. Aquesta associació es va perdre en relació a la TA diastòlica. Tot i que l’estudi es de tipus tranversal i per tant les conclusions tan sols poden referir-se a una associació, es demostra una relació inversa entre els nivells deficitaris de VD i xifres més elevades de TA. / The thesis entitled "Vitamin D deficiency among the elderly. Epidemiological and clinical consequences associated ", is organized in three original and related articles, carried on in a representative sample of the patient population over age 64 in our area. In the first study we analysed of the threshold of 25[OH]D serum from which most increases values parathormona (PTH) occurring, given the consensus that the optimal state is what keeps the PTH intervals normal, to prevent secondary hyperparathyroidism that contributes to bone fragility and fracture risk. 95% of the elevation of PTH were observed for concentrations of 25[OH]D < 25ng/ml. At this cut off point, a prevalence of hypovitaminosis D (87%), differentiating insufficiency (70.3%) and deficiency (16.7%), given the risk associated with each. The average concentration of 25[OH]D was much lower than the recommended 17(7.5). These results confirm the negative correlation between the Intact PTH and the values of vitamin D (VD). The normal threshold would correspond to values of 25[OH]D ≥ 25 ng / ml. In the second study, the possible factors associated with hypovitaminosis D in this population without known risk factors were analyzed. The profile of the population corresponds to people without functional disability, with only basic education, living in flats and partner. 69.3% show low sun exposure. The average calcium intake and VD was much lower than recommended, especially in older age. The age of people with deficiency was slightly higher. 92.5% of people with deficiency reported little exposure to sunlight. The average value of PTH was particularly high in the deficient group. Analytical parameters studied, PTH and alkaline phosphatase showed an inverse and significant association with the state of VD. The only variables independently and significantly associated with the situation of deficiency were a Barthel index ≤ 90, the low sun exposure and living in a flat. A risk profile exists in the elderly in our area and the low sun exposure was associated with a probability of vitamin D deficiency. Finally, in the third study, within the current concept of the importance of VD as a modulator of several biological systems (the vitamin D receptor has been identified in 50 different tissues), the relationship of VD levels with the blood pressure (BP) in this population was studied, considering its importance as a cardiovascular risk factor. 46% of participants were receiving treatment. There was a significant negative association between the values of 25 [OH] D and systolic and diastolic BP levels that persisted after controlling for potential confounders in multivariate analysis. As antihypertensive treatment modifies the BP, this variable was introduced in the analysis but the correlation was maintained in both groups, albeit less clearly in the untreated group. In multivariate analysis, low levels of 25[OH]D were significantly and independently associated with an increase of 6.6 mm Hg in systolic blood pressure after controlling for other variables. This association did not exist in relation to diastolic BP. Although this is a cross-sectional design and therefore the conclusions can only refer to an association, we demonstrate an inverse relationship between levels of VD and high levels of BP.
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El funcionamiento familiar, los estilos parentales y el estímulo al desarrollo de la teoría de la mente: Efectos en criaturas sordas y oyentes

Rivadeneira Valenzuela, Joucelyn 18 April 2013 (has links)
El objetivo de este estudio es explorar el impacto que pueden tener determinadas variables del contexto familiar en el desarrollo de la teoría de la mente (TM), en participantes con desarrollo típico y en participantes con problemas derivados de la pérdida auditiva. La influencia de las condiciones familiares en el desarrollo de la TM ha sido estudiada hasta ahora en aspectos muy delimitados, tales como el uso del lenguaje mentalista dirigido a los hijos/as. Este estudio parte de una nueva perspectiva escasamente explorada que contempla la relación de este tipo de variables con otras referentes a los estilos educativos familiares y, también, la influencia de este conjunto de variables en el desarrollo de la TM en 56 criaturas sordas y 56 criaturas oyentes de 2 a 9 años. Las familias fueron evaluadas en su funcionamiento familiar, en los estilos parentales y el uso de términos mentalistas. Del contexto familiar se encontraron algunos factores relacionados con el uso de términos mentalistas y algunas asociaciones con el desarrollo de la teoría de la mente de las criaturas, cuyas aportaciones permiten actualizar el conocimiento en el campo de investigación de las familias con criaturas sordas, en especial en lo relativo a los estilos parentales y el uso de términos mentalistas. Por otro lado y, coincidiendo con estudios anteriores, los resultados muestran que el desarrollo de la teoría de la mente se relaciona con la edad de las criaturas y con el desarrollo del lenguaje y que las criaturas sordas presentan un menor desempeño en esta prueba en comparación a las criaturas oyentes. / The goal of this study is to explore the potential effect of certain variables from the family context on the development of the theory of mind (ToM) on typically developing participants and participants with hearing loss derived problems. The influence of family conditions on the development of the ToM has been studied so far in limited aspects, such as the use of mental language addressed to children. This study takes on a new perspective that has been scarcely analysed, including the relation between these variables and others regarding parental educational styles, and also the influence of this group of factors on the development of the ToM in 56 deaf children and 56 hearing children from 3 to 9 years old. The families were analysed in their family functioning, parental styles, and use of mental input. From the family contexts some factors related with the use of mental input and associations with the development of the ToM in deaf children were found. These results allow for a more comprehensive knowledge in the research field of families with deaf children, especially concerning parental styles and the use of mental input. On the other hand, and in agreement with other previous studies, the results show that the development of the ToM is related with children’s age and language development, and that the performance of deaf children in this test is lower than that of hearing children.
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Estudi de cèl.lules t reguladores en limfomes malt gàstrics: influència en la resposta al tractament i en l’evolució

Garcia Garcia, Mar 30 September 2013 (has links)
Las células T reguladoras FOXP3+ (Treg) desempeñan un papel esencial en la modulación de las respuestas del huésped a tumores e infecciones. Debido a que la función de estas células en la patogénesis de los linfomas MALT sigue siendo desconocida, los objetivos del presente estudio fueron, por un lado, cuantificar el número de células CD3+ y FOXP3+ en el microambiente del tumor en pacientes con linfoma MALT gástrico en el momento del diagnóstico, y por el otro, estudiar la cinética de estas células y de las células tumorales CD20+ después del tratamiento y durante el seguimiento. Para ello, muestras de 35 pacientes con linfoma MALT gástrico correspondientes al momento del diagnóstico y después del tratamiento fueron incluidas en el estudio. Además, también se analizaron, para comparación, casos de gastritis crónica y de linfomas difusos de célula B grande (LDCBG) del estómago. En todas las muestras, se realizó un estudio inmunohistoquímico para FOXP3, CD3 y CD20, y el número de cada uno de estos componentes celulares fue cuantificado usando un ocular micrométrico. En cuanto a los resultados, la mediana (rango) de células FOXP3+ intratumorales fue superior (27 (1-110) células/mm2) en los casos de linfoma MALT gástrico que en casos de LDCBG (10 (1-22); p=0.162), pero similar a los números observados en los casos de gastritis crónica (20 (1-133); p=0.605). Además, no observamos ningún patrón de distribución característico de estas células en relación a las células tumorales. Por otro lado, los pacientes respondedores a terapia erradicadora mostraron un mayor número de células FOXP3 + al comienzo del estudio. En cuánto al segundo objetivo del estudio, el tipo de tratamiento tubo un fuerte impacto en la cinética de las células CD20+ y FOXP3+. En conclusión, los linfomas de MALT gástricos tienen un número de células Treg más similares a los casos de gastritis crónica que a los casos de LDCBG. Los pacientes con mayor número de células FOXP3 + en el microambiente tumoral al inicio del estudio parece tener una mejor respuesta a los antibióticos. Por último, la cinética de las células tumorales y células Treg se ve influida por el tipo de tratamiento administrado. / FOXP3+ regulatory T cells (Treg) play an essential role in modulating host responses to tumors and infections. Because of the role of these cells in the pathogenesis of MALT lymphomas remains unknown, the aims of the study were to quantify the number of infiltrating FOXP3+ and CD3+ cells in patients with gastric MALT lymphoma at diagnosis and to study kinetics of these cells and CD20+ tumor cells after treatment and during long-term follow-up. For this purpose, FOXP3+, CD3+ and CD20+ cells were analyzed by immunohistochemistry and the number of cells was quantified using a micrometric ocular. Samples of 35 patients with gastric MALT lymphoma at diagnosis and after treatment were included. Diagnostic samples were compared to 19 cases of chronic gastritis and diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) of the stomach. Regarding the results, the median number of FOXP3+ infiltrating cells was higher (27 cells/cm2) in gastric MALT patients than in DLBCL (10 cells; p=0.162) but similar to chronic gastritis (20 cells; p=0.605). No characteristic or specific distribution pattern of infiltrating FOXP3+ cells was found. Gastric MALT lymphoma patients responding to bacterial eradication therapy had higher number of FOXP3+ cells at study entry. Kinetics of both infiltrating FOXP3+ cells and tumor CD20+ cells were strongly dependent on the treatment administered. In conclusion, gastric MALT lymphomas have a number of Treg cells more similar to chronic gastritis than to DLBCL. Patients with higher number of tumor infiltrating FOXP3+ cells at study entry seem to have better response to antibiotics. Kinetics of Treg and tumor cells are influenced by type of treatment.
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Trasplante de progenitores hematopoyéticos con acondicionamiento de intensidad reducida: aplicabilidad en leucemia mieloide aguda y síndromes mielodisplásicos

Valcarcel Ferreiras, David 09 April 2014 (has links)
El trasplante alogénico (Alo-TPH) es la única opción curativa en la mayoría de pacientes con leucemia mieloide aguda (LMA) y síndrome mielodisplásico (SMD) así como en otras enfermedades hematológicas neoplásicas y no neoplásicas. Sin embargo su aplicabilidad ha sido reducida por la toxicidad inherente al uso de dosis altas de quimioradioterapia utilizadas durante el acondicionamiento. El desarrollo de esquemas de acondicionamiento de menor intensidad, conocidos como acondicionamientos de intensidad reducida permiten la aplicación del Alo-TPH a pacientes que hasta ahora se han considerado no candidatos al mismo debido a un elevado riesgo de toxicidad utilizando los acondicionamientos convencionales con dosis altas. En la presente tesis doctoral se presentan los resultados de tres estudios sucesivos realizados para analizar la aplicabilidad y efectividad de un esquema de acondicionamiento de intensidad reducida en pacientes con LMA y SMD. El primero de los trabajos demuestra la reducción de la mortalidad asociada al trasplante con la utilización del esquema de acondicionamiento de intensidad reducida. El segundo paso consistió en analizar los resultados a largo plazo en cuanto a efectividad y analizar los factores asociados a mejores resultados, en donde se puso de evidencia que el desarrollo de enfermedad injerto contra huésped es un factor asociado a mejor supervivencia. Finalmente se realizó un estudio comparativo con otra estrategia encaminada a reducir la toxicidad del trasplante mediante la selección de células CD34 positivas con acondicionamiento convencional y se pudo documentar que el acondicionamiento de intensidad reducida presenta unos resultados similares, posiblemente superiores en pacientes de edad avanzada. Como conclusiones de estos trabajos se demuestra que: 1) el esquema de acondicionamiento de intensidad reducida es capaz de lograr un injerto estable en el tiempo, 2) logra reducir la mortalidad asociada al trasplante en comparación con los esquemas de acondicionamiento convencionales, 3) obtiene su máximo beneficio en pacientes que desarrollan enfermedad injerto contra receptor crónica y 4) obtiene unos resultados similares a los obtenidos en pacientes más jóvenes con un procedimiento de selección de células CD34 positivas y acondicionamiento estándar. En definitiva es confirma que el trasplante alogénico con acondicionamiento de intensidad reducida ofrece una opción curativa a pacientes con elevado riesgo de mortalidad relacionada con el trasplante y que el beneficio fundamente se ofrece mediante el desarrollo del efecto injerto contra tumor. / Allogeneic stem cell transplantation (Alo-SCT) is the only curative option for most patients diagnosed of acute myeloid leukemia (AML) or myelodysplastic syndrome (MDS) and in some other neoplastic and non-neoplastic hematological disorders. Nevertheless its applicability is reduced because of the high toxicity associated with the use of high dose chemo-radiotherapy used in the conditioning. The development of conditioning regimens with lower toxicity, known as reduced intensity conditionings allow to offer the transplant procedure to those patients previously considered non-candidates because of high risk of toxicity with conventional transplant based on the use of high dose conditioning. This doctoral thesis shows the result of three consecutive studies performed to analyze the feasibility and efficacy of a reduced intensity conditioning regimen in patients with AML and MDS. The first study demonstrates that the reduced intensity conditioning regimen is associated with lower than expected non-relapse mortality. The second study presents the long term results and analyzes the factors associated with better results, showing that the development of chronic graft versus host disease is associated with improved survival. The last study is a comparison between reduced intensity conditioning and other strategy aimed to reduce transplant related mortality as the transplant of CD34 positive cells selection graft that shows that reduced intensity conditioning show similar results, and possibly better in older patients. As conclusions, the present doctoral thesis demonstrates: 1) The reduced intensity conditioning scheme used was able to achieve stable long term engraftment, 2) it is associated with lower transplant related mortality compared with conventional conditioning 3)obtaining the highest benefit in term of survival in patients developing chronic graft versus host disease and 4) with a global results similar to those obtained in younger patients using conventional conditioning regimens and CD 34 positive selected grafts. It ultimately confirms that reduced intensity conditioning regimen offers a curative option to those patients with risk of mortality with conventional approach and identifies the graft versus tumor effect as the main mechanism of action of this approach.
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Avances en la profilaxis antifúngica primaria en la fase precoz del trasplante alogénico

Sánchez-Ortega, Isabel 24 July 2014 (has links)
En el trasplante alogénico (alo-TPH), las infecciones fúngicas invasivas (IFI) siguen teniendo un gran impacto sobre la morbi-mortalidad. La profilaxis primaria, es la única estrategia farmacológica de manejo de las infecciones fúngicas que ha demostrado disminuir la mortalidad global y la mortalidad relacionada con la IFI en el alo-TPH y en base a una revisión sistemática y metaanálisis de 64 estudios randomizados [Robenshtok E et al. J Clin Oncol 2007; 25: 5471-5489], debe administrarse profilaxis antifúngica a todos los pacientes alotrasplantados. Posaconazol es el único antifúngico recomendado con máxima evidencia por las guías internacionales [National Comprehensive Cancer Network (http://nccn.org), ECIL 3-2009 Update (Maertens J et al. Bone Marrow Transplant. 2011; 46: 709-718), Infectious Diseases Society of America (Walsh TJ et al. Clin Infect Dis 2008; 46: 327-60)] como profilaxis primaria para los pacientes con neutropenia prolongada tras quimioterapia para leucemia aguda mieloide y síndrome mielodisplásico y para los pacientes alotrasplantados con enfermedad injerto contra huésped (EICH); sin embargo, el potencial beneficio de Posaconazol en la fase precoz del alo-TPH sin EICH no había sido analizado. En la presente tesis se presentan los primeros datos de eficacia clínica, seguridad e interacciones medicamentosas de la profilaxis antifúngica primaria con Posaconazol en la fase precoz del alo-TPH. En el primer manuscrito se recoge un estudio observacional, monocéntrico, prospectivo y retrospectivo para evaluar la eficacia clínica y seguridad de la profilaxis antifúngica primaria con Posaconazol versus Itraconazol en la fase precoz del alo-TPH. La principal conclusión del estudio es que la profilaxis con Posaconazol reduce la incidencia de IFI (0% vs 12.5%, p=0.04) y se asocia a una mejor supervivencia global (91 vs 63%; p=0.011) y libre de infección fúngica (91 vs 56%; p=0.003) en la fase precoz del alo-TPH en comparación con Itraconazol. En el segundo manuscrito, se presenta un estudio que analiza el impacto de Posaconazol sobre el manejo de Ciclosporina A (CsA) en el post alo-TPH inmediato. Los resultados confirman que Posaconazol aumenta los niveles de CsA en sangre (p=0.011). Sin embargo, a pesar de que el aumento de los niveles ya es significativo desde la primera semana de tratamiento combinado (desde 225.8ng/ml a día 0 hasta 293.1ng/ml a día 7; p=0.028), no es necesario reducir la dosis de CsA antes de iniciar Posaconazol (p=0.857), sino hasta pasadas las dos semanas del tratamiento combinado (p<0.001). Por ello, nuestra recomendación es que la dosis de CsA no debe disminuirse al inicio del tratamiento combinado con Posaconazol, sino que debe ajustarse en función de la monitorización de sus niveles y de la toxicidad. En el post trasplante inmediato, esta estrategia demostró ser eficaz y segura. Finalmente, en el anexo 1 y como parte no fundamental de la tesis se presentan datos de coste-efectividad de la profilaxis antifúngica con Posaconazol frente a Itraconazol en la fase precoz del alo-TPH. La población a estudio y los datos clínicos y de seguridad se obtuvieron del estudio clínico presentado en el primer manuscrito y del estudio se concluye que el uso de Posaconazol en la fase precoz del alo-TPH es coste-efectivo, comparado con Itraconazol. / Invasive fungal infections (IFI) are recognized as the leading infectious cause of mortality in allogeneic blood and marrow transplant (allo-BMT) recipients. As a general antifungal strategy, primary prophylaxis reduces all-cause mortality and IFI-related mortality in allo-BMT, and should be used for all allo-BMT recipients according to a systematic review and meta-analysis of 64 randomized controlled trials [Robenshtok E et al. J Clin Oncol 2007; 25: 5471-5489]. Posaconazole is the only antifungal drug recommended with the maximum evidence by international guidelines [National Comprehensive Cancer Network (http://nccn.org), ECIL 3-2009 Update (Maertens et al. Bone Marrow Transplant. 2011; 46: 709-718), Infectious Diseases Society of America (Walsh TJ et al. Clin Infect Dis 2008; 46: 327-60)] as primary antifungal prophylaxis in prolonged neutropenia after intensive chemotherapy for acute myeloid leukemia or myelodisplastic syndrome and allo-BMT recipients with graft-versus-host disease (GVHD). However, we had no data on whether this experience would translate onto the use of posaconazole for antifungal prophylaxis in the early phase of allo-BMT in the absence of GVHD. In this thesis, we present the first studies analysing clinical efficacy, safety and drug interactions of primary antifungal prophylaxis with posaconazole in the early phase of allo-BMT. In the first article, we present an observational single-centre prospective and retrospective study analysing clinical efficacy and safety of primary antifungal prophylaxis with posaconazole versus itraconazole in the early phase of allo-BMT. The main conclusion of the study was that antifungal prophylaxis with posaconazole, as compared with itraconazole, may reduce the incidence of IFI (0% vs 12.5%, p=0.04) and improve fungal-free survival (91 vs 56%; p=0.003) and overall survival (91 vs 63%; p=0.011) in allo-BMT recipients. In the second article, we present an analysis of the impact of posaconazole prophylaxis on Cyclosporine A (CsA) management in the early post allo-BMT period. Our results confirm that posaconazole increases CsA blood-levels in allo-BMT recipients (p=0.011). However, despite a significant effect can already be detected within the first week of combined treatment (from 225.8ng/ml at day 0 up to 293.1ng/ml at day 7; p=0.028), the CsA dose-reduction is not required before starting posaconazole (p=0.857), but until more than two weeks after combined treatment (p<0.001). Therefore, our recommendation would be to maintain CsA at initiation of combined treatment with posaconazole and to subsequently adjust CsA-dose based on individualized patient results from a close monitorization of blood-levels and clinical toxicity. In our study, such strategy has shown to be safe and effective in the early phase of allo-BMT. Finally, as an annex and a non-essential part of the thesis, we present data on cost-effectiveness of antifungal prophylaxis with posaconazole versus itraconazole in the early phase of allo-BMT. Clinical and safety data were obtained from the clinical study presented in the first article and our data suggest that antifungal prophylaxis with posaconazole during the early phase of allo-BMT is cost-effective compared to itraconazole.
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Estudio de nuevas técnicas de imagen en la evaluación y seguimiento de la neumopatía intersticial en las enfermedades autoinmunes sistémicas

Pinal Fernández, Iago 07 November 2014 (has links)
La tomografía computarizada de alta resolución (TCAR) es la prueba de referencia para la valoración de las alteraciones estructurales del parénquima pulmonar en la enfermedad pulmonar intersticial (EPI) de las enfermedades autoinmunes sistémicas, también denominadas enfermedades del tejido conectivo (ETC). Junto con las pruebas de función respiratoria (PFRs), esenciales para el estudio del funcionalismo pulmonar de estos pacientes, la TCAR es la herramienta más útil para el diagnóstico y seguimiento de la EPI en estos pacientes. Muchos de los pacientes que presentan ETC son jóvenes, algunos incluso niños o mujeres gestantes, y las radiaciones ionizantes de la TCAR son potencialmente oncogénicas, lo que es motivo de preocupación y limita la generalización de su uso. Son pues necesarias técnicas de imagen, como la ecografía o la resonancia magnética pulmonar, que no utilicen radiaciones ionizantes y que puedan sustituir con garantías a las ya existentes en la ayuda al diagnóstico y seguimiento de la neumopatía intersticial en los pacientes con enfermedades autoinmunes sistémicas. Esta tesis doctoral pretende arrojar algo más de luz sobre la posible utilidad en la práctica clínica de exploraciones que no utilicen radiaciones ionizantes en la EPI que acompaña a las ETCs. Entre las enfermedades autoinmunes sistémicas, son aquellas del espectro de la esclerodermia (SSc) y la miopatía inflamatoria, especialmente el síndrome por anticuerpos antisintetasa (SAA), las que con mayor frecuencia presentan EPI. Así pues, la población a estudio se circunscribirá a estos grupos de pacientes. Los objetivos de esta tesis doctoral fueron analizar la utilidad de la ecografía pulmonar en el estudio de la neumopatía intersticial en pacientes con miositis y esclerodermia, identificar nuevos signos ecográficos que ayuden a definir mejor las alteraciones del parénquima pulmonar secundarias al SAA y a la SSc y determinar la validez de la resonancia magnética pulmonar en comparación con la TCAR como prueba diagnóstica para el estudio de la extensión de la afectación pulmonar intersticial en la SSc. Para lograr estos objetivos se realizaron tres trabajos independientes que estudiaron respectivamente la correlación de las líneas B ecográficas con la TCAR y las PFRs en el SAA, la irregularidad pleural como nuevo signo ecográfico de EPI en la SSc y el SAA y compararon una secuencia rápida de resonancia magnética torácica de 1.5T con la TCAR para la valoración de la extensión de la EPI en pacientes con esclerodermia. Con estos estudios se concluyó que (1) la presencia de irregularidades pleurales, pero no la de líneas B ecográficas, permite el diagnóstico de EPI en los pacientes con neumopatía intersticial estudiados (SAA y SSc); (2) En pacientes con SAA las líneas B ecográficas se correlacionan con la extensión de condensaciones en vidrio esmerilado y la irregularidad pleural con la extensión de imágenes “panal de abeja”; (3) la irregularidad pleural es más útil para el estudio de la EPI en pacientes con SSc que en pacientes con SAA; (4) la TACAR y la ecografía pulmonar presentan una mala correlación con las PFRs en pacientes con ETCs y que (5) tanto la presencia de irregularidades pleurales como la cuantificación del área afecta por RM parecen ser alternativas útiles al TACAR en la toma de decisiones terapéuticas en la EPI de los pacientes con SSc. / High-resolution computed tomography (HRCT) is the gold standard to assess the structural involvement of interstitial lung disease (ILD) secondary to autoimmune and systemic disorders, also called connective tissue diseases (CTD). HRCT is the most useful tool for the diagnosis and follow-up of ILD over time, along with respiratory function tests (PFTs), essential for the study of lung function in these patients. Patients with CTDs are frequently young, some even children or pregnant women, and ionizing radiations due to HRCT are potentially oncogenic, which is a matter of concern and limits its extensive use. Imaging techniques lacking ionizing radiation, such as lung ultrasound or magnetic resonance, could replace HRCT in the diagnosis and follow-up of interstitial lung disease due to autoimmune and systemic diseases. This doctoral thesis seeks to deepen in the usefulness of examinations without ionizing radiations for the study of ILD accompanying CTDs. Among autoimmune and systemic diseases, scleroderma (SSc) and inflammatory myopathies, especially antisynthetase syndrome (ASS), are those with higher frequencies of ILD. Thus, the study population will be limited to these patient groups. The objectives of this doctoral thesis were to analyze the usefulness of lung ultrasound in the evaluation of ILD in patients with myositis and scleroderma, identify new sonographic signs to study the involvement of lung parenchyma secondary to ASS and SSc and compare MRI with HRCT for the study of the extent of interstitial lung disease in SSc. To achieve these objectives, we designed three separate projects studying respectively the correlation of ultrasound B-lines with HRCT and PFTs in the ASS, the pleural irregularity as a new sonographic sign of ILD in SSc and ASS and finally compared lung MRI with HRCT to assess the extent of ILD secondary to systemic sclerosis. With these studies we concluded that (1) pleural irregularities, but not ultrasound B lines, are able to diagnose ILD in patients with ASS and SSc; (2) B-lines correlate with the extent of ground-glass opacities and pleural irregularities with the extent of honeycombing in patients with ASS; (3) pleural irregularity is more useful in patients with ILD secondary to SSc than in ASS; (4) HRCT and lung ultrasound have a poor correlation with PFTs in patients with CTDs and (5) both the presence of pleural irregularities and the extent of ILD assessed by MRI seem to be useful alternatives to HRCT in the therapeutic decision-making process of ILD in patients with SSc.
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Caracterización molecular de células tumorales circulantes en sangre periférica de pacientes con cáncer de mama

Nadal Rios, Rosa 23 January 2015 (has links)
Existe evidencia creciente de que las células tumorales circulantes en sangre periférica de pacientes con cáncer de mama no-metastático se asocian a peor supervivencia libre de progresión y supervivencia global. Mientras que la detección de CTCs antes del inicio de un tratamiento sistémico se ha asociado a un peor pronóstico, la enumeración de CTCs después del inicio de un tratamiento también aporta información adicional con respecto a los resultados clínicos. Las decisiones terapéuticas en la actualidad se basan en el análisis del tumor primario, aunque el re- estadiage de lesiones metastáticas que pueden ocurrir muchos años después del diagnóstico primario, han empezado a ser más aceptables. Sin embargo, biopsiar lesiones metastáticas en general es un procedimiento invasivo y por lo tanto, el análisis de CTCs (biopsia liquida) podría ser una buena alternativa que además permitiría la evaluación de resistencia a los tratamientos en tiempo real. En el caso de la enfermedad no metastática nos permitiría el estudio de la enfermedad mínima residual a la que van dirigidos los tratamientos adyuvantes. Mutaciones o alteraciones en dianas terapéuticas o proteínas en la vía de señalización pueden influir la eficacia de las frogas que van contra estos agentes. Por ejemplo, la alteración del oncogene HER2, el cual esta amplificado en un 20% de los canceres de mama y es una diana para tratamientos con anticuerpos e inhibidores de la tirosina quinasa. Otra importante diana biológica es el receptor de estrógeno (RE). Solamente 1 % de las células tumorales en el tumor primario necesitan expresar RE para que este tumor se considere RE+. Por lo tanto, es esperable que los tumores RE+ siembren células RE-, las cuales serían la fuente de metástasis que pueden formarse después de años de tratamiento endocrino. El objetivo de la primera parte de la tesis fue analizar un grupo de 5 marcadores en CTCs de pacientes con cáncer de mama no metastática. Estos marcadores incluyeron la expresión del RE, receptor de progesterona (RP) y la amplificación del den HER2 y la Topoisomerasa 2α (TOP2A). Recogimos 30 mililitors de sangre baseles y después del tratamiento sistémico. Observamos heterogeneidad en la expresión de estos marcadores en CTCs en muestras de un mismo paciente. Además, se observó discordancia entre el estado de la expresión de estos marcadores en las CTCs y sus correspondientes tumores primarios de origen. Menos del 35% de pacientes cambiaros el estado de las CTCs después de recibir un tratamiento sistémico. Curiosamente, aquellas CTCs con expresión positiva para el EGFR se asociaron de forma significativa a los tumores luminales – caracterizados por el RE y/o RP positivos y HER2-negativo. Nuestro estudio sugiere que el perfil de biomarcadores en CTCs podría ser útil como marcador surrogado para la selección y monitorización- dado la heterogeneidad de la distribución de marcadores en CTCs y la falta de correlación con el estado de estos biomarcadores en el tumor primario. EL segundo objetivo de la Tesis fue caracterizar la expresión de CD133 en CTC en la misma población de pacientes. Las CTc CD133 positivas fueron identificadas en el 65% de las pacientes en las muestras basales y en el 47.8% después de un tratamiento sistémico. Aquellas pacientes HER2-normal y con bajo índice Ki67 se correlacionaron positivamente con la presencia de CTCs positivas para CD133. Antes de ningún tratamiento, Las CTCS CD133 positivas fueron más frecuentemente aisladas en pacientes con cáncer de mama subtipo luminal. No se observaron diferencias estadísticamente significativas entre la proporción de CTCS CD133 positivas y los subtipos de cáncer de mama después del tratamiento sistémico, lo que sugiere un enriquecimiento de CTCS CD133 positivas en pacientes con tumores triple negativos y HER2-amplificados. Mientras que las CTCs disminuyeron después de quimioterapia cuando se analizó la población completa, CTCS CD133 positivas fueron más abundantes en muestras post-tratamiento en aquellas pacientes con tumores no luminales. Estos hallazgos sugieren que CD133 podria tener un papel importante como marcador de quimioresistencia en pacientes con tumores no-luminales. / Increasing evidence suggests that circulating tumor cells (CTCs) in the peripheral blood are associated with reduced progression-free survival and overall survival in non-metastatic breast cancer patients. Whereas the detection of CTCs before the start of a new treatment has been associated with poor prognosis, the enumeration of CTCs shortly after the initiation of therapy provides additional information regarding clinical outcomes. Current therapy decision-making is based on the analysis of the primary tumor, although restaging of metastatic lesions that occur many years after the diagnosis of the primary tumor has started to become more acceptable. However, biopsies of metastatic lesions are invasive procedures and, therefore, the analysis of CTCs as representatives of metastatic lesions (liquid biopsy) might be a good alternative that also allows for an assessment of resistance to therapy in real-time. In the case of non-metastatic disease, the assessment of CTCs would allow the study of the minimal residual disease which is the target of systemic treatments. Mutations in therapeutic targets or proteins downstream of the target can affect the efficacy of drugs against these targets. For example, alterations in the HER2 oncogene, which is amplified in approximately 20% of primary breast cancers and has become a key target for therapies with antibodies and tyrosine kinase inhibitors. Another important biological target in breast cancer is the estrogen receptor (ER). Interestingly, only 1% of tumor cells need express ER to be considered ER+. Thus, it is conceivable that ER+ tumors shed ER− CTCs, which are the source of ER− metastases that may arise after years of ER-targeting therapies. The aim of the first part of this thesis was to analyze a set of 5 markers in CTCs of patients with non-metastatic breast cancer. These markers included expression of ER, progesterone receptor and EGFR and amplification of HER2 and Topoisomerase 2α (TOP2A). We collected 30 ml of blood at baseline and after a systemic chemotherapy. Heterogeneity was found in the expression of these markers in samples from the same patients. In addition, discordances between the status of these markers in CTCs and corresponding primary tumors were found. Less than 35% of the patients switched their CTC status after receiving chemotherapy. Interestingly, EGFR+ CTCs were significantly associated with Luminal tumors- characterized by ER and/or PR positive expression and HER2-negative. Our study suggests that CTC biomarkers profiles might be useful as a surrogate marker for therapeutic selection and monitoring since heterogeneity of the biomarker distribution in CTCs and the lack of correlation with the primary tumor biomarker status were found. The second aim of this Thesis was to characterize CD133 expression in CTCs in the same patient population. CD133 positive CTCs were identified in 65% of patients at baseline and 47.8% after systemic therapy. Those patients HER2 wild type and with low KI67 index were positively correlated with presence of CD133 positive CTCs. Before any treatment, CD133 positive CTCs were more frequently isolated in patients with luminal BC subtype. No statistically significant differences were found between proportion of CD133 positive CTCs and breast cancer subtypes after systemic therapy, implying a relative enrichment of CD133 positive CTCs in triple negative and HER2-amplified tumors. While CTCs decreases after chemotherapy when analyzing the whole population, CD133 positive CTCs were enriched in post-treatment samples in nonluminal BC subtypes. These findings suggest the potential roleof CD133 as a promising marker of chemoresistance in nonluminal BC patients.
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Factores determinantes de la monitorización en ventilación mecánica no invasiva

Sogo Sagardía, Ana Isabel 02 June 2015 (has links)
En los últimos años la ventilación mecánica no invasiva (VMNI) ha adquirido un gran protagonismo y la aparición de nuevos modelos de ventiladores ha ido acompañado del desarrollo de herramientas de monitorización para facilitar la adaptación del ventilador al paciente. Sin embargo, la evidencia acerca de la fiabilidad de los datos aportados por el software de los ventiladores es escasa y merece ser contrastada. La información que proporciona el ventilador debería ser un fiel reflejo de lo que sucede en la entrada de la vía aérea del paciente. En este sentido, hay que tener en cuenta que en VMNI hay una serie de factores, principalmente relacionados con las fugas por mal ajuste de la interfase, que pueden interferir en la fiabilidad de la determinación de parámetros de importancia clínica como el volumen corriente (VC) o las fugas. Por este motivo, la señal que se captura a nivel del ventilador ha de ser tratada mediante algoritmos matemáticos que tengan en cuenta todos estos factores. El presente proyecto se centra en el análisis de las consecuencias que las fugas tienen sobre la fiabilidad de los algoritmos matemáticos que utilizan los ventiladores de uso más común. Los tres trabajos se han desarrollado en un entorno de laboratorio de simulación en VMNI y se ha analizado el comportamiento de diferentes modelos de ventiladores en presencia de fugas, tanto lineales como no lineales, y la repercusión que la presencia de estas fugas tiene sobre la estimación del VC. Para ello se han comparado los datos obtenidos a partir del software de estos ventiladores con un sistema externo de adquisición de señales.También se ha evaluado el efecto de estas fugas no lineales sobre el funcionamiento y fiabilidad de una modalidad ventilatoria reciente, la presión soporte con volumen asegurado. En el primer estudio se analizaron cinco ventiladores en diferentes condiciones de mecánica pulmonar, presión soporte y nivel creciente de fuga intencional, observándose que todos los ventiladores estudiados menos uno infraestimaron el VC real de una forma directamente proporcional al nivel de fuga.La particularidad del ventilador con menor desviación es que incorpora un algoritmo corrector del valor de VC en función de la fuga por la válvula. En el segundo estudio se evaluó la fiabilidad de la estimación del VC y de las fugas no intencionales en un modelo con fugas aleatorias o no lineales solo durante una fase del ciclo. Se compararon los valores estimados por cinco software (cuatro comerciales y uno de diseño propio, que analiza de forma separada las fugas durante la inspiración y la espiración) con los obtenidos mediante sistema externo. En el modelo con exceso de fuga inspiratoria, el VC fue sobreestimado por cuatro ventiladores comerciales. La menor desviación se obtuvo con el software propio. En el modelo con fuga no intencional espiratoria el VC fue infraestimado por tres software de manera significativa y cuatro software sobreestimaron los valores de fuga. Es decir, la presencia de fugas no intencionales no lineales puede ser una fuente de error en la estimación del VC y de las fugas no intencionales. En el tercer estudio se evaluó la influencia de las fugas no lineales en el funcionamiento de la modalidad de presión soporte con volumen asegurado. Para ello se estudiaron seis ventiladores comerciales y se programó un VC predeterminado de 550 mL con un amplio rango de valores de presión soporte. Se observó que tanto en el modelo con fuga no intencional inspiratoria como en el modelo con fuga no intencional espiratoria la capacidad de estos ventiladores para garantizar un VC mínimo se ve alterada por la presencia de error en la determinación del VC / In recent years, noninvasive ventilation (NIV) has taken a leading role and the emergence of new models of ventilators has been accompanied by the development of monitoring tools in order to facilitate patient ventilator synchrony. However, evidence about the reliability of data provided by the ventilator software is scarce and should be tested. The information provided by buil-in software should be a true reflection of what happens at the entrance of the patient's airway. In this sense, it should be taken into account that in noninvasive ventilation there are some factors, mainly related with leaks due to poor fited interfaces, that may interfere in reliability of tidal volume (TV) and leakage measures. Therefore, the signal captured at the ventilator needs to be treated by mathematical algorithms that take in mind all these factors. This project focuses on the analysis of the consequences that leaks have on the reliability of mathematical algorithms that most common ventilators use. The three studies were conduced in a noninvasive mechanical ventilation laboratory under simulation conditions and the behavior of different models of ventilators was analyzed in presence of leaks (both linear and nonlinear) and it was also analyzed the impact that these leaks have on tidal volume estimation. For this purpuse, values provided by the built-in software of each ventilator were compared with values monitored through an external signal acquisition system. It was also evaluated the effect of nonlinear leaks on the performance and reliability of a recent ventilatory mode, volume-targeted pressure support mode . In the first study five ventilators were tested under different conditions of mechanic respiratory pattern, pressure support and increasing level of intentional leak. It was observed that all ventilators but one underestimated real TV and this underestimation was directly proporcional to the level of leakage. The particularity of the ventilator with less deviation was that it included an algorithm that computes the pressure loss through the tube as a function of the flow exiting the ventilator In the second study the reliability of the estimation of TV and unintentional leakage was assesed in a model with random leaks (or nonlinear) only during a phase of the cycle. The estimated values provided by five software (four commercial and a fifth ventilator-independent ad hoc designed external software tool which analyzes separately leaks during inspiration and expiration) were compared with those obtained by the external signal acquisition system . In the model with excess of inspiratory leaks, TV was overestimated by all four commercial software tools whereas the ventilator independent software gave the smaller difference. In the model with excess of expiratory leaks VT was significantly underestimated by three software and four software significantly overestimated the values of leakage. So the presence of nonlinear unintentional leakage can be a source of error in the estimation of TV and unintentional leakage. In the third study influence of random leaks in volume-targeted pressure support mode was assessed. Six commercial ventilators were studied for this purpose, and a pre-set VT of 550 mL was programmed with a wide range of pressure support values. It was observed that both in unintentional inspiratory or expiratory leakage model the capacity of these ventilators to ensure a minimum delivered TV is altered by the presence of an error in the determination of TV.
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Biomarcadores farmacodinámicos y predictivos de respuesta en la toma de decisiones en ensayos clínicos Fase I de terapias dirigidas contra el cáncer

Rodón Ahnert, Jordi 30 June 2015 (has links)
Este trabajo se centra en el papel de los biomarcadores en el desarrollo temprano de fármacos en Oncología, e introduce un concepto nuevo como es la implementación precoz de marcadores predictivos de respuesta en estudios fase I como estrategia para acelerar la toma de decisiones en el desarrollo de un fármaco experimental. Tras validar la plataforma multiplexada de MassARRAY, se usó para detectar la mutación del gen PIK3CA en nuestros de pacientes, facilitando el probar el poder predictivo de la mutación de PIK3CA respecto a la sensibilidad a inhibidores de PI3K. En la primera parte, describimos los resultados de los dos ensayos clínicos Fase I de Pilaralisib y Buparlisib, dos inhibidores de las cuatro isoformas de PI3K (pan-Pi3K). Según estos, pudimos demostrar que el tratamiento ya sea con Pilaralisib o con Buparlisib es seguro y tolerable a dosis suficientes para inhibir la vía de señalización PI3K. También observamos que los inhibidores de PI3K tienen una considerable actividad antitumoral, más ésta, no se correlaciona claramente con mutaciones en PIK3CA. Estas observaciones, permitieron seguir investigando con inhibidores de PI3K en estudio de fase Ib, II y III con múltiples histologías, mas dado que nuestros datos clínicos contradecían multitud de datos preclínicos publicados, nuestra observación precoz desencadenó un importante cambio en la estrategia aplicada en el desarrollo de fármacos inhibidores de PI3K. El desarrollo clínico precoz de Sonidegib y sobretodo la determinación de qué pacientes pueden obtener beneficio, fue también foco de nuestra atención. Sonidegib bloquea la vía Sonic hedgehog mediante la selección selectiva de los receptores Smoothened, mostrando una inhibición de la diana dependiente de la dosis. Tal y como describimos, los pacientes presentaron buena tolerancia al tratamiento con Sonidegib, que mostró actividad preliminar en pacientes con cáncer avanzado, especialmente en el caso del carcinoma basocelular y el meduloblastoma. Mediante las observaciones de este estudio y usando muestras de pacientes con meduloblastoma que participaron en el ensayo, pudimos desarrollar un test que permite evaluar, mediante la determinación de una firma de cinco genes, la activación de la vía Hh. Esta observación permitió pasar rápidamente de un estudio de fase I a un estudio de fase III donde actualmente se están evaluando tanto la prueba como la actividad del fármaco en el meduloblastoma (NCT01708174). El desarrollo clínico de Buparlisib y Sonidegib se aceleró gracias a los datos obtenidos. Actualmente Buparlisib está siendo explorado en un ensayo de registro para pacientes con cáncer de mama (sin ser preseleccionados en base a mutaciones en PIK3CA como inicialmente estaba pensado), y Sonidegib está siendo explorado en carcinoma basocelular y meduloblastoma (este último en pacientes preseleccionados en base a la firma genética descrita en este trabajo). El desarrollo de Pilaralisib, sin embargo, fue discontinuado poco después del estudio descrito aquí, en parte, por nuestra observación de la inhibición de la vía MAPK (lo que hizo sospechar que el fármaco no es tan selectivo sobre la vía de PI3K, como inicialmente se esperaba). La experiencia del programa de preselección molecular mediante MassArray, así como con el desarrollo de ambos tipos de inhibidores (de PI3K y SHH) resultaron clave a la hora de adaptar las nuevas plataformas de secuenciación de próxima generación en nuestro programa de prescrening molecular. El desarrollo de un programa de prescreening molecular y la capacidad de una Institución de genotipar a los pacientes de cara a decidir el mejor tratamiento (aprobado o en desarrollo) ha acelerado el desarrollo de muchos otros fármacos y el desarrollo de proyectos de Medicina de Precisión. / This work focuses on the role of biomarkers in the early development of drugs in oncology, and introduces a new concept such as the early implementation of predictive markers of response in phase I studies as a strategy to accelerate decision-making in the development of an experimental drug. After validation of the multiplexed MassARRAY platform, it was used to detect PIK3CA gene mutation in our patients. Patients whose tumors had a mutation in this gene allowed testing the predictive power of PIK3CA mutation for sensitivity to PI3K inhibitors. In the first part, we describe the results of the two Phase I trials with Pilaralisib and Buparlisib, two inhibitors of the four isoforms of PI3K (pan-PI3K). According to these, we demonstrated that treatment with either Buparlisib or Pilaralisib was safe and tolerable at doses sufficient to inhibit PI3K. We also note that PI3K inhibitors had considerable antitumor activity, but this was not clearly correlated with mutations in PIK3CA. These observations allowed further research with PI3K inhibitors in study phase Ib, II and III with multiple histologies, but, as our clinical data contradicted multitude of published preclinical data,, we triggered a major change in the strategy applied in the development of PI3K inhibitor drugs. Early clinical development of Sonidegib and the determination of which patients can get benefit was also the focus of our attention. Sonidegib blocks the Sonic Hedgehog (SHH) pathway by selective selection of the Smoothened receptor, showing dose-dependent inhibition of the target. As described, patients showed good tolerance to treatment with Sonidegib, and preliminary activity was observed in patients with advanced cancer, especially in the case of basal cell carcinoma and medulloblastoma. Based on the observations of this study and using samples of patients with medulloblastoma who participated in the trial, we were able to develop a test that evaluates the activation of SHH pathway by determining a signature of five genes. This observation allowed moving quickly from a Phase I to Phase III study which is currently evaluation the clinical utility of both the test and the drug in medulloblastoma (NCT01708174). The clinical development of Sonidegib and Buparlisib was accelerated thanks to our data. Currently Buparlisib is being explored in a registration trial for patients with breast cancer (without being selected based on mutations in PIK3CA as initially was considered), and Sonidegib is being explored in basal cell carcinoma and medulloblastoma (the latter in patients preselected based on the genetic signature described in this paper). The development of Pilaralisib, however, was discontinued shortly after the study described here, in part based on our observation of inhibition of the MAPK pathway (which led to the suspicion that the drug is not as selective on PI3K, as initially expected). The experience of our Molecular Prescreening Program gained with MassArray as well as the development of both types of inhibitors (PI3K and SHH) was key in adapting our program with the new platforms of Next Generation Sequencing for genotyping patients. The development of a Molecular Prescreening Program and the ability of an institution for genotyping patients for assisting treatment decisions (with approved drugs or in development) has accelerated the development of many other experimental drugs as well as the implementation of projects in Precision Medicine.

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