A Mata Atlântica é reconhecida internacionalmente como um dos 25 hotspots do planeta englobando áreas com elevada biodiversidade de espécies, elevado endemismo e fortes pressões antrópicas, constituindo a segunda floresta mais ameaçada do planeta que abriga muitas espécies ameaçadas de extinção. Anfíbios e répteis são animais abundantes e funcionalmente importantes em muitos hábitats terrestres e aquáticos. Sua maior diversidade ocorre em florestas tropicais úmidas, onde o processo de fragmentação pode causar diversos efeitos negativos como a remoção e a redução de populações. O presente estudo foi desenvolvido no Residencial Reserva Ibirapitanga, município de Santa Isabel, Estado de São Paulo. Trata-se de um projeto urbanístico, onde o proprietário de cada lote se torna sócio e responsável pela RPPN (Reserva Particular do Patrimônio Natural) Rio dos Pilões. Este é um modelo inédito no Brasil, pois os lotes foram planejados apenas em áreas desmatadas no passado onde ocorrem atualmente pastagens abandonadas. O trabalho teve como objetivos levantar as espécies da herpetofauna que ocorrem em quatro diferentes ambientes do Residencial Reserva Ibirapitanga: Mata Secundária ou Capoeirão, Capoeira, Capoeirinha e Campo Antrópico, através de dois métodos distintos (Armadilhas de Interceptação e Queda e Procura Ativa), além de caracterizar esses ambientes quanto à composição e abundância da herpetofauna e de identificar as espécies endêmicas, raras e ameaçadas de extinção. Dessa forma, o presente estudo pôde contribuir para a elaboração do Plano de Manejo da RPPN Rio dos Pilões. Durante o período de Setembro de 2005 e Julho de 2006 foram registradas 25 espécies de anfíbios anuros e 3 de répteis. A utilização de dois métodos de amostragem teve relevante importância, pois algumas espécies foram encontradas somente através de um ou outro método. No entanto, a Procura Ativa foi considerada o método mais eficiente, já que amostrou 23 das 28 espécies encontradas. Já através das armadilhas de interceptação e queda foi possível determinar as abundâncias relativas de espécies encontradas por este método. Assim, a espécie mais abundante na Mata Secundária e na Capoeira foi Chaunus ornatus; em Capoeirinha, Physalaemus cuvieri e em Campo Antrópico, a maior abundância relativa foi de Leptodactylus cf. bokermanni. Hypsiboas cf polytaenius e Physalaemus cuvieri apresentaram distribuição espacial mais ampla, ocorrendo em todos os ambientes amostrados. Um maior número de espécies foi encontrado na Mata Secundária, ambiente menos perturbado que apresentou então, 23 espécies. A Capoeira apresentou 15 espécies, Capoeirinha, 6 e Campo Antrópico 4 espécies apenas. Foram realizadas comparações com taxocenoses de outras localidades, escolhidas de acordo com o método de coleta utilizado. Espécies como Aplastodiscus leucopygius, Proceratophrys boiei e Enyalius perditus, associadas a ambientes de mata, foram encontrados na área de estudo, enfatizando a importância da conservação deste remanescente florestal localizado na Serra da Mantiqueira. / Atlantic Forest is internationally recognized as one of the 25 hotspots on the planet which embodies high diversity and high endemism areas over strong anthropic influence, composing the second most threatened forest on the planet, representing an unique shelter for many endangered species. Amphibians and Reptiles are animals abundant and play an important role on many terrestrial and aquatic habitats. Its diversity occurs mainly within rain forests, where fragmentation processes may result on severe negative effects such as removal and population reduction. This study was developed at Ibirapitanga Residential Reserve, Santa Isabel municipal district, Sao Paulo State. The study deals about an urban project, where every plot owner becomes an associate responsible for the "Rio dos Pilões" RPPN (Particular Reserve of the Natural Patrimony) maintainance. This is a pioneer model in Brazil, since the residential plots were located within past devastaded areas, which are actually occupied by abandoned pastures. Herpetofauna species assesment was made at Ibirapitanga Residential Reserve within four different environments (Advanced Secondary Forest, Secondary Forest, Early Secondary Forest and Anthropic Field) using two distinct methods: pitfall traps and drift fences and active search. Environmental characterization was observed regarding herpetofauna species composition and abundance, besides the endemic, rare or threatened species occurrence. For this matter, this study contributes on the elaboration of the management plan for the "Rio dos Pilões" RPPN (Particular Reserve of the Natural Patrimony). From September 2005 to July 2006, 25 anuran amphibian species and 3 reptilian species were registered. The distinct sampling methods presented relevant differences, since some species were sampled exclusively by one or other method. However, active search was considered the best sampling method, since it sampled 23 out of the 28 studied species. Through pitfall traps and drift fences method it was possible to determine species relative abundance. The most abundant species found on Advanced Secondary Forest and Secondary Forest was Chaunus ornatus; on Early Secondary Forest it was Physalaemus cuvieri and on Anthropic Field the higher relative abundance was found for Leptodactylus cf. bokermanni. Species with enlarged distribution, occuring within every sampled environment, were represented by Hypsiboas cf. polytaenius and Physalaemus cuvieri. A higher number of species was found within Advanced Secondary Forest, which represent the less disturbed areas, with 23 different species. Secondary Forest presented 15 species, Early Secondary Forest 6 species and Anthropic Field only 4 species. Comparisons were made to assemblages from other localities, chosen accordingly to the sampling method applied. Species like Aplastodiscus leucopygius, Proceratophrys boiei and Enyalius perditus, commonly associated with forest environment, were found within the studied areas, pointing out the importance of this forest remnant conservation, located at Mantiqueira mountain range.

Encholirium é um gênero de Bromeliaceae de distribuição restrita ao território brasileiro, ocorrendo exclusivamente em afloramentos rochosos nos domínios do Cerrado, Caatinga e Floresta Atlântica, e com centro de diversidade na Cadeia do Espinhaço de Minas Gerais. Possui 23 espécies, das qua is 12 não estão protegidas por nenhuma Unidade de Conservação. O objetivo deste trabalho foi gerar informações úteis para a conservação de três espécies deste gênero, endêmicas da porção mineira da Cadeia do Espinhaço, através da análise da estrutura genética de suas populações. O conhecimento da distribuição da variabilidade genética existente em populações naturais de espécies ameaçadas é fundamental para o planejamento de sua conservação. E. pedicellatum e E. biflorum são espécies conhecidas por apenas uma população cada, ambas ocorrendo fora de Unidades de Conservação, e, desta forma, criticamente ameaçadas de extinção. E. subsecundum é mais bem distribuída, apresentando algumas populações protegidas. As três espécies apresentam propagação vegetativa e aparentemente o estabelecimento de plântulas nas populações é um evento raro. Foram amostradas quatro populações de E. subsecundum ao longo de 200 km, além das populações de E. biflorum e E. pedicellatum. Toda a amostragem foi estruturada em nível de agrupamentos de plantas dentro de populações, respeitando a distribuição espacial dos indivíduos. Utilizaram-se cinco primers RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) para gerar aproximadamente 60 bandas polimórficas para cada espécie. A técnica permitiu observar que cada indivíduo amostrado apresenta um genótipo diferente (com exceção de um clone encontrado para E. biflorum), evidenciando uma variabilidade anteriormente subestimada pelo hábito clonal das plantas, pela sua morfologia uniforme e pelo tamanho reduzido das populações. A porcentagem de bandas polimórficas, bem como o Índice de Diversidade de Shannon- Wiener, indicam que a espécie E. subsecundum, de distribuição mais ampla, apresenta maior diversidade genética molecular, seguida de E. biflorum. Através da Análise de Variância Molecular, AMOVA, observou-se que o padrão de distribuição da variabilidade genética molecular varia de espécie para espécie. Forte estruturação genética em nível de agrupamentos de plantas foi detectada para E. biflorum e E. pedicellatum. E. biflorum apresenta 16,06% da variância genética molecular entre agrupamentos (Fst= 0,16), que distam em média 11,6 m entre si, enquanto E. pedicellatum apresenta 8,44% da variância entre agrupamentos distando em média 88 m entre si (Fst = 0,08). Já a espécie E. subsecundum apresenta 14,52% da variância entre populações distantes em média 116,6 km umas das outras (Fst = 0,15). Nas três espécies, as diferenças genéticas moleculares existentes entre os indivíduos do mesmo agrupamento são responsáveis pela maior parte da variabilidade genética molecular total (maior do que 80% da variabilidade nos três casos). Tais resultados têm implicação direta para a conservação, sendo especialmente úteis para a otimização de coletas para a formação de bancos de germoplasma ex situ. / Encholirium is a Brazilian genus of Bromeliaceae which occurs exclusively in rocky landscapes in areas of Cerrado, Caatinga and Atlantic Forest. It’s diversity center is located at Cadeia do Espinhaço, Minas Gerais State, Brazil. Of the 23 species of Encholirium, 12 are not protected by any Conservation Unit, occurring only in non-protected territories. The aim of this work was to generate baseline information to the conservation of three Encholirium species, endemic to the rocky mountains of “Cadeia do Espinhaço” in Minas Gerais state, through its populations genetic analyses. Information on genetic diversity and its distribution has a great potential in devising conservation strategies. E. pedicellatum and E. biflorum are known by only one population, both occurring in non-protected territories, being critically endangered. E. subsecundum is more widespread, and some of its populations are protected by Conservation Units. These three species reproduces clonally and seedling recruitment is apparently a rare event in natural populations. Samples of E. subsecundum were collected in four populations along 200 km. E. biflorum and E. pedicellatum were collected in the only known populations. The sampling process was made carefully in order to respect the natural distribution of individuals in “patches” or “colonies” within populations. Five Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) primers generated approximately 60 polymorphic bands for each species. This technique demonstrated that there is a single genotype for every individual sampled (except for one clone found in E. biflorum). High levels of genetic variability were not expected, due to the clonal growth, homogeneous morphology of the plants, and small populations size. The percentage of polymorphic bands and the Shannon-Wiener diversity index showed that E. subsecundum has higher levels of genetic diversity, followed by E. biflorum. The results of an Analysis of Molecular Variance (AMOVA) showed that the populations of E. biflorum and E. pedicellatum are strongly struturated at the patches level. In E. biflorum, 16.06% (Fst= 0.16) of the total genetic diversity resided among the patches of the population, which are, on the average, 11.6 m separated, whereas in E. pedicellatum 8.44% (Fst = 0.08) of the total genetic diversity was attributable to the differences among patches, which are, on the average, 88 m apart. In E. subsecundum, 14.52% (Fst = 0.15) of the total genetic diversity resided among populations, which are, on the average, 116.6 km separated. The results are valuable to the development of conservation strategies, in particular to guide future samplings to compose germoplasm banks.

Roads can affect animal movement, dispersal and population aspects (i.e., increasing non-natural mortality) of wild species. Direct road mortality and the barrier effect of roads are typically identified as one of the greatest threats to wildlife. In addition, collisions with large mammals are also a threat to human safety and represent an economic cost to society. Road ecologists worldwide, have used available georeferenced locations of wildlife-vehicle collisions to determine spatial distribution patterns along and the outcomes demonstrates that wildlife-vehicle collisions are not at random, but they are spatially clustered for vertebrate species. Researcher also have used new modelling tools, such as the Species Distribution Modelling (SDM), to orient decision processes on biological conservation as predictive roadkill models (RPM) to determine variables (e.g. landscape, road design, road traffic), that could explain the collisions of specific species. I analyzed roadkill data from toll road companies in São Paulo state during 2005 to 2014. In Chapter 1, I investigated whether maintenance personnel from toll roads companies correctly identified the species of the roadkilled wild mammals on these roads. In Chapter 2, I estimated the roadkill numbers of wild medium and large sized mammals for paved roads (~6,500 km) in São Paulo, based on roadkill data from toll road companies. In Chapter 3, I used SDM approach to generate RPM for eight mammal species on all paved roads in São Paulo state, and I ran roadkill hotspot analysis to identify critical road sections for specific species or animal groups. In Chapter 4, I explored, for the first time in Brazil, the effects of animal-vehicle crashes on human safety on paved roads in São Paulo State, and I estimated the costs of these animal-vehicle crashes to society, and summarized the legal perspectives with regard to liability and associated financial compensation for animal-vehicle collisions. The chapters were specifically planned and designed to understand, in a broad perspective, the different implications related to mammal- vehicle collisions: biological conservation, human safety and economics. The outcomes from each chapter show practical recommendations so that environmental and transportation agencies in São Paulo state can work with planning and priority to reduce mammal-vehicle collisions. This should ultimately result in a road system with improved human safety, reduced unnatural mortality for both domestic and wild animal species, safe crossing opportunities for wildlife, and reduced monetary costs to society. / As rodovias e o tráfego podem afetar o movimento, a capacidade de dispersão dos indivíduos e aspectos populacionais (e.g. aumento de mortalidade não natural). A mortalidade direta causada por atropelamento e o efeito de barreira nas rodovias são tipicamente identificados como uma das maiores ameaças à vida selvagem. Além disso, as colisões com mamíferos de grande porte também são uma ameaça à segurança humana e representam um custo econômico para a sociedade. Os pesquisadores especializados em Ecologia de Estradas de todo o mundo utilizam locais georreferenciados das colisões envolvendo animais para compreender os padrões de distribuição espacial. Os resultados demonstram que as colisões envolvendo animais não são aleatórias, mas são espacialmente agrupadas para espécies de vertebrados. Os pesquisadores também usam novas ferramentas de modelagem, como a Modelagem de Distribuição de Espécie (MDE), para orientar processos de decisão sobre conservação biológica como modelagem preditiva de atropelamentos para determinar variáveis (por exemplo, paisagem, design de rodovias, volume de tráfego), que poderiam explicar os atropelamentos. Nesta tese, eu analisei dados sobre atropelamentos oriundos de diferentes concessionárias de rodovias no estado de São Paulo durante o período de 2005 à 2014. No Capítulo 1, investiguei se os inspetores de tráfego das concessionárias identificavam corretamente as espécies de mamíferos silvestres atropelados nessas rodovias. No Capítulo 2, eu estimei o número de atropelamentos de mamíferos silvestres de médio e grande porte para todas as rodovias pavimentadas em São Paulo, com base em dados de atropelamentos de concessionárias (~6.500 km). No Capítulo 3, usei a abordagem MDE para gerar modelos de predição de atropelamentos para oito espécies de mamíferos silvestres em todas as rodovias pavimentadas no estado de São Paulo, e executei análise de pontos críticos de atropelamentos para identificar seções críticas de rodovias para espécies específicas ou grupos de animais. No Capítulo 4, explorei, pela primeira vez no Brasil, os efeitos de acidentes envolvendo animais na segurança humana em rodovias pavimentadas no Estado de São Paulo, bem como calculei os custos desses acidentes para a sociedade e resumi as perspectivas legais em matéria de responsabilidade civil e compensação financeira associada às colisões envolvendo animais em rodovias. Os capítulos foram especificamente planejados e executados para entender, em uma perspectiva ampla, as diferentes implicações relacionadas às colisões envolvendo veículos- automotores e mamíferos em rodovias: i) conservação biológica, ii) segurança humana e, iii) economia. Os resultados de cada capítulo apresentam recomendações práticas para que as agências ambientais e de transporte no estado de São Paulo possam trabalhar com planejamento e prioridade para reduzir colisões envolvendo mamíferos. Isso deve resultar em um sistema rodoviário mais seguro para os usuários, com menores índices de mortalidade de animais, implementação de oportunidades seguras de travessias para a fauna e redução dos custos financeiros para a sociedade.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-05-21Bitstream added on 2014-06-13T20:26:46Z : No. of bitstreams: 1 bernardo_css_dr_rcla.pdf: 3228470 bytes, checksum: 414867adb71129f9f2d1098a358ca26e (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A reintrodução de indivíduos em locais adequados e uma ferramenta importante para o restabelecimento de populações ameaçadas, em áreas onde previamente ocorriam. Contudo, populações recém-reintroduzidas frequentemente sofrem alta mortalidade. Assim, uma espécie reintroduzida deve ser monitorada, a obtenção de dados relevantes que evidenciem sucesso ou falha do projeto, para melhorar as estratégias futuras de reintrodução. O mutum-do-sudeste Crax blumenbachii (Galliformes, Cracidae) é endêmico da parte sudeste da Mata Atlântica brasileira. Atualmente é considerado em perigo de extinção, devido principalmente à caça e à destruição do habitat. Programas de reintrodução da espécie foram realizados na década de 1990, mas atualmente poucos dados publicados existem sobre o sucesso ou falha destes projetos. Os objetivos foram 1) identificar causas de mortalidade de mutuns-do-sudeste reintroduzidos, durante a fase de adaptação no viveiro e após a liberação; (2) detectar o período de maior vulnerabilidade dos animais após a liberação; (3) analisar possíveis diferenças na probabilidade de sobrevivência entre sexos, grupos de liberação e comportamento manso/arisco; (4) estimar o tamanho de área de vida de mutuns-do-sudeste reintroduzidos, levando em consideração alguns fatores como o sexo, idade, dominância/ submissão, comportamento manso/arisco e tempo de monitoramento; (5) analisar padrões na fidelidade à area de vida; (6) verificar se houve interação social entre mutuns-do­sudeste e (7) identificar padrões no uso de habitats. Entre agosto de 2006 e outubro de 2008, 53 mutuns-do-sudeste nascidos em cativeiro (CRAX, Contagem, MG, Brasil), portando rádio-transmissor VHF do tipo mochila, foram transferidos para a Reserva Ecológica de Guapiaçu (REGUA, Cachoeiras de Macacu, RJ, Brasil) . Durante o período de adaptação, cinco aves morreram no viveiro... (Resumo completo clicar acesso eletrônico abaixo / Reintroduction of individuals into suitable habitat is an important technique for the restoration of endangered species populations in areas where they once existed. However, newly re-established populations often experience significantly higher mortality probability following reintroduction. Careful considerations must therefore be given to the release and monitoring of individuals to obtain relevant data on the success and failure of reintroduction projects to improve future reintroduction strategies. The Red-billed Curassow Crax blumenbachii (Galliformes, Cracidae) is an endemic bird species restricted to the southeast Atlantic rainforest. The species is currently endangered due to severe hunting and habitat loss. Reintroduction programs are currently underway to help restore wild populations, but to date, few data exist regarding the success of failure of these reintroductions. The aims of this research are: 1) to identify principal causes of mortality of reintroduced birds during the adaptation period in the release pen, and post-release; (2) to identify periods of vulnerability for birds post-release; (3) to analyze variations in survival probabilities between gender, different reintroduced groups, and between individuals exhibiting dominant or submissive behavioral traits; (4) to assess factors influencing variation in , home range size estimation; (5) to identify patterns of home range fidelity; (6) to quantify social interaction between individuals; (7) to identify patterns of habitat usage. Between August 2006 and October 2008, 53 birds were transport from the CRAX breeding center at Contagem to the Reserva Ecológica de Guapiaçu (REGUA), and were fitted with backpack transmitters. During the adaptation period in the release pen, five birds died due to dominance behavior of some individuals. There was annual survival probability post-release of 76%... (Complete abstract click electronic access below)

Resumo: A reintrodução de indivíduos em locais adequados e uma ferramenta importante para o restabelecimento de populações ameaçadas, em áreas onde previamente ocorriam. Contudo, populações recém-reintroduzidas frequentemente sofrem alta mortalidade. Assim, uma espécie reintroduzida deve ser monitorada, a obtenção de dados relevantes que evidenciem sucesso ou falha do projeto, para melhorar as estratégias futuras de reintrodução. O mutum-do-sudeste Crax blumenbachii (Galliformes, Cracidae) é endêmico da parte sudeste da Mata Atlântica brasileira. Atualmente é considerado "em perigo" de extinção, devido principalmente à caça e à destruição do habitat. Programas de reintrodução da espécie foram realizados na década de 1990, mas atualmente poucos dados publicados existem sobre o sucesso ou falha destes projetos. Os objetivos foram 1) identificar causas de mortalidade de mutuns-do-sudeste reintroduzidos, durante a fase de adaptação no viveiro e após a liberação; (2) detectar o período de maior vulnerabilidade dos animais após a liberação; (3) analisar possíveis diferenças na probabilidade de sobrevivência entre sexos, grupos de liberação e comportamento manso/arisco; (4) estimar o tamanho de área de vida de mutuns-do-sudeste reintroduzidos, levando em consideração alguns fatores como o sexo, idade, dominância/ submissão, comportamento manso/arisco e tempo de monitoramento; (5) analisar padrões na fidelidade à area de vida; (6) verificar se houve interação social entre mutuns-do­sudeste e (7) identificar padrões no uso de habitats. Entre agosto de 2006 e outubro de 2008, 53 mutuns-do-sudeste nascidos em cativeiro (CRAX, Contagem, MG, Brasil), portando rádio-transmissor VHF do tipo mochila, foram transferidos para a Reserva Ecológica de Guapiaçu (REGUA, Cachoeiras de Macacu, RJ, Brasil) . Durante o período de adaptação, cinco aves morreram no viveiro... (Resumo completo clicar acesso eletrônico abaixo / Abstract: Reintroduction of individuals into suitable habitat is an important technique for the restoration of endangered species populations in areas where they once existed. However, newly re-established populations often experience significantly higher mortality probability following reintroduction. Careful considerations must therefore be given to the release and monitoring of individuals to obtain relevant data on the success and failure of reintroduction projects to improve future reintroduction strategies. The Red-billed Curassow Crax blumenbachii (Galliformes, Cracidae) is an endemic bird species restricted to the southeast Atlantic rainforest. The species is currently endangered due to severe hunting and habitat loss. Reintroduction programs are currently underway to help restore wild populations, but to date, few data exist regarding the success of failure of these reintroductions. The aims of this research are: 1) to identify principal causes of mortality of reintroduced birds during the adaptation period in the release pen, and post-release; (2) to identify periods of vulnerability for birds post-release; (3) to analyze variations in survival probabilities between gender, different reintroduced groups, and between individuals exhibiting dominant or submissive behavioral traits; (4) to assess factors influencing variation in , home range size estimation; (5) to identify patterns of home range fidelity; (6) to quantify social interaction between individuals; (7) to identify patterns of habitat usage. Between August 2006 and October 2008, 53 birds were transport from the CRAX breeding center at Contagem to the Reserva Ecológica de Guapiaçu (REGUA), and were fitted with backpack transmitters. During the adaptation period in the release pen, five birds died due to dominance behavior of some individuals. There was annual survival probability post-release of 76%... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Mauro Galetti Rodrigues / Coorientador: Fabio Olmos / Banca: Fernando Antonio dos Santos Fernandez / Banca: Marco Aurelio Pizo Ferreira / Banca: Luis Fabio Silveira / Banca: Fernanda Michalski / Doutor

Novos marcadores genéticos foram caracterizados para jacaré-de-papo-amarelo (Caiman latirostris) pela construção de bibliotecas enriquecidas de DNA microssatélite. Um microssatélite foi desenvolvido a partir de uma biblioteca enriquecida de DNA microssatélite (ACC/TGG)n e 12 a partir de uma biblioteca enriquecida de DNA microssatélite (AC/TG)n. Esses marcadores foram testados em indivíduos da espécie Caiman latirostris e resultaram em sete novos microssatélites polimórficos. Adicionalmente quatro marcadores microssatélites de Alligator mississipiensis previamente transferidos para Caiman latirostris foram utilizados. Amostras de sangue jacarés-de-papo-amarelo originárias de várzeas associadas ao Rio Piracicaba e alguns de seus tributários no estado de São Paulo, Brasil, foram avaliadas quanto à variação genética entre populações e o parentesco entre indivíduos. Foi detectada variabilidade entre indivíduos originários de sitos diferentes, mesmo entre aqueles com pequena distância geográfica. Os resultados sugerem que os grupos amostrados em cada sítio são compostos predominantemente por indivíduos aparentados. Uma possível combinação de alta taxa de mortalidade e baixa taxa de natalidade pode ser a explicação do baixo número de indivíduos dispersos com sucesso por geração entre os sítios estudados. Esses marcadores podem auxiliar na compreensão dos processos metapopulacionais que aparentemente ocorrem na espécie. / New genetic markers were characterized for the broad-snouted caiman (Caiman latirostris) by constructing libraries enriched for microsatellite DNA. One microsatellite was developed from a (ACC/TGG)n enriched microsatellite DNA library and 12 from a (AC/TG)n enriched microsatellite DNA library. These markers were tested in Caiman latirostris individuals and resulted in seven new polymorphic microsatellites for the specie. Additionally four Alligator mississipiensis microsatellite markers previously transferred for Caiman latirostris were used. Samples from broad-snouted caimans from small wetlands associated with the Piracicaba River and some of its tributaries in the state of São Paulo, Brazil were used to study the genetic variation between populations and parentage between individuals. Genetic variability was detected among individuals from different sites, even those within a small geographic distance. The results suggest that the groups sampled at each site are composed predominantly of related individuals. A possible combination of high mortality and low natality rates in the fragmented Caiman latirostris populations may explain the low number of successfully dispersed individuals per generation observed between the sites studied. These markers might help to understand the metapopulation processes that are occurring within this species.

Este trabalho objetivou estudar a reprodução da tartaruga-da-Amazônia (Podocnemis expansa) através dos resultados obtidos em 25 anos de manejo executados pelo Projeto Quelônios da Amazônia. Para tanto foi descrito um capítulo introdutório que situa o histórico e atual situação da espécie na Amazônia brasileira destacando a importância do manejo de quelônios para a conservação e alternativas de uso sustentável. No capitulo dois, o Projeto é apresentado e analisado, tendo como objetivo a proteção e manejo da reprodução dos quelônios amazônicos, principalmente da tartaruga. Neste trabalho apresentamos os resultados obtidos do manejo nos rios Purus (AC e AM), Juruá e Uatumã (AM), Amazonas (AP, PA), Araguaia (GO, TO), Crixás- Açú (GO), das Mortes (MT), Xingú, Trombetas e Tapajós (PA), Guaporé (RO) e Branco (RR). Os resultados de 52 milhões de filhotes mostram os principais incrementos no recrutamento de fêmeas e no manejo da produção de filhotes tendo como referências os rios Tapajós (PA), Xingu (PA), Branco (RR), das Mortes (MT), Purus (AM) e Amazonas (AP). No capitulo três foi estudada alometria reprodutiva em P. expansa em três praias nos rios Branco (RR), Trombetas (PA) e Araguaia (GO), entre setembro de 2002 a fevereiro de 2003. Relações alométricas foram obtidas através de regressão linear. As fêmeas com classe de massa corpórea entre 25 e 30 kg produziram mais ovos. As classes de massa corpórea das fêmeas variando de 20 a 30 kg para o Araguaia, 25 a 40 kg para Roraima, e 25 a 35 kg para Trombetas, produziram mais filhotes. Os resultados subsidiarão planos de manejo com a espécie, possibilitando ajustes em programas de ranching e farming existentes. / This study aimed to analyze the reproduction of Giant Amazon Turtle (Podocnemis expansa) based on the results from 25 years of management carried out by the Projeto Quelônios da Amazônia (Project of Chelonian species in the Amazon). The historic process and the situation in nowadays of the species in the Brazilian Amazon, pointing out the importance of chelonian management for their conservation and sustainable use is presented in the introductory chapter. The objectives of the Project related to the protection and management of the reproduction of Chelonian species in the Amazon, specially the Giant Amazon, is presented and analyzed in the chapter two. The results obtained from the management of the turtle in the Purus River (AC, AM), Juruá and Uatumã Rivers (AM), Amazonas River (AP, PA), Araguaia River (GO, TO), Crixás-Açú River (GO), das Mortes River (MT), Xingú, Trombetas and Tapajós Rivers (PA), Guaporé River (RO) and Branco River (RR) are presented in this chapter. The results from the 52 millions of young turtles showed the main increments in the females recruitment and in the management of the production of young turtles in the Tapajós River (PA), Xingu River (PA), Branco River (RR), das Mortes River (MT), Purus River (AM) and in the Amazonas River (AP). The allometry of reproduction of P. expansa in the three beaches in the Branco River (RR), Trombetas River (PA) and Araguaia River (GO) between December 2002 and December 2003 is presented in the chapter three. Allometric relationships were obtained by linear regression. The females with body mass varying from 25 to 30 kg produced more eggs. The classes of females varying from 20 to 30 kg in the Araguaia, from 25 to 40 kg in the Roraima, and from 25 to 35 kg in the Trombetas produced more young turtles. The results could be used as a basis for the species management plan, allowing the improvement of ranching and farming programs.

O projeto BIOTA “Diversidade, dinâmica e conservação de florestas do Estado de São Paulo: 40 ha de parcelas permanentes” vem sendo conduzido para o conhecimento dos processos geradores, mantenedores e reguladores da biodiversidade nas principais formações vegetacionais do Estado. Uma parcela permanente de 10 ha foi instalada na unidade de conservação correspondente à Floresta Ombrófila Densa (Mata Atlântica) para a caracterização completa do ecossistema. A investigação de elementos químicos nesse ecossistema altamente ameaçado foi desenvolvida nesta Tese de Doutoramento. Diversos processos são responsáveis pela manutenção de ecossistemas naturais. À ciclagem mineral corresponde o caminhamento dos elementos químicos, que fluem entre os compartimentos bióticos (folha e serrapilheira) e abióticos (atmosfera e solo). A complexidade desse mecanismo regulatório está relacionada com a deficiência, a toxicidade, a fitodisponibilidade e as interações dos elementos químicos, além das condições ambientais de crescimento como luminosidade, temperatura e umidade. Devido à sua adaptabilidade, as plantas absorvem elementos químicos, acumulando-os nos seus tecidos. A acumulação é ativa, ou seja, independentemente do meio, as plantas mantêm as concentrações de determinados elementos. Essa característica corrobora o uso desses organismos para a quantificação da qualidade do ambiente a partir dos estudos de biomonitoração de poluição atmosférica. A análise por ativação neutrônica instrumental – INAA foi a técnica analítica empregada para a biomonitoração devido ao seu nível metrológico elevado e sua capacidade de determinação simultânea de diversos elementos. Para a comparabilidade dos resultados gerados, a qualidade do procedimento analítico, a representatividade das amostras e o efeito da contaminação com particulados de terra aderida à superfície das folhas foram também estudados. Os compartimentos solo, serrapilheira e folha tiveram sua composição química avaliada por INAA. De modo geral, foram detectadas concentrações totais de elementos químicos mais elevadas nos solos de vales (baixa altitude) do que nas regiões de alta altitude (solos mais desenvolvidos). Essa variabilidade não foi determinante das concentrações encontradas nas folhas, indicando a composição química elementar intrínseca das plantas. As concentrações nas folhas também não se alteraram significativamente (nível de 95% de confiança) de acordo com os resultados provenientes de quatro épocas de coleta diferenciadas. Foram identificadas espécies acumuladoras dos nutrientes Ca, Co, K, Na, Se e Zn, dos elementos traços Br, Ba, Cs, Hg, Rb, Sc, Sr e dos lantanídeos Ce, La e Sm. A utilização das espécies arbóreas para a biomonitoração da parcela permanente proporcionou o conhecimento das concentrações naturais dos elementos químicos. O trecho de Mata Atlântica avaliado foi considerado de baixo nível de poluição, pois a maior parte das espécies estudadas apresentou concentrações dos elementos químicos dentro da faixa esperada, com exceção das espécies naturalmente acumuladoras. Elementos traços como As, Cd, Cr e Ni ficaram abaixo dos limites de detecção. O trabalho concentrou esforços para o estabelecimento de padrões de referência para estudos de impacto ambiental considerando a composição química da parcela permanente da Mata Atlântica. O reservatório de elementos químicos no ecossistema foi estimado, evidenciando-se a importância desse conhecimento para a conservação da biodiversidade. / The BIOTA Project “Diversity, dynamic and conservation of forests from the São Paulo State: 40 ha of permanent parcels” has been conducted to provide the knowledge on the generation, sustainability and regulation processes of the biodiversity of the State. A long-term plot (permanent parcel) was installed in the conservation unit corresponding to the Dense Ombrophilous Forest (Atlantic Forest) for the environmental characterization of the ecosystem. The investigation of chemical elements in this highly threatened forest was performed in this Doctorate Thesis. Several processes are responsible for the sustainability of the natural ecosystems. Mineral cycling defines the pathway of chemical elements from non-biotic compartments (soil and atmosphere) to biotic compartments (leaf and litter). The complexity of this regulatory mechanism is related to the deficiency, toxicity, phytoavailability and the interactions of the chemical elements, in addition to environmental growth conditions like luminosity, temperature and humidity. Due to its adaptability, plants are able to uptake and accumulate chemical elements in their tissues. This accumulation is an active process in which the plants tend to maintain the concentrations of some chemical elements independently of the environmental conditions. Such characteristic corroborates the use of these organisms for quantifying the environmental quality by biomonitoring studies of atmospheric pollution. Instrumental neutron activation analysis – INAA was the analytical technique employed for biomonitoring due to its high metrological level and its capability for simultaneous determination of several chemical elements. For the comparability of the results, the quality of analytical procedure, the representativeness of samples and the effect of contamination with earth particles adhered to the leaf surface were also studied. The chemical composition of the soil, litter and leaf compartments was evaluated by INAA. The concentrations of some elements were higher for the soils of the valleys and considerably lower for the soils at higher altitudes. Such variability was not observed for the concentrations found in leaves, indicating the intrinsic chemical composition in plants. The concentrations in leaf did not change significantly (at the 95% confidence level) as demonstrated by the results from four different periods of sampling. Some tree species were able to accumulate the nutrients Ca, Co, K, Na, Se and Zn, the trace elements Br, Ba, Cs, Rb, Sc and Sr and the lanthanides Ce, Eu, La, Sm, Tb and Yb. The use of plants species for biomonitoring the long-term plot provided knowledge on the background concentrations of chemical elements. The Atlantic Forest can be considered to have a low status of pollution since most plants have shown concentrations within the expected range with exception of the accumulator species. Concentrations of some trace elements like As, Cd, Cr and Ni were below the detection limits. This work concentrated efforts to establish reference standards for studies on environmental impact considering the chemical composition in the long-term plot of the Atlantic Forest. The reservoir of chemical elements in the ecosystem was estimated, evidencing the importance of such knowledge for the biodiversity conservation.

A predação de bovinos (Bos sp.) por onças-pardas (Puma concolor) e onçaspintadas (Panthera onca) foi registrada durante seis anos em uma propriedade rural no Norte do Estado de Goiás, Centro-Oeste do Brasil. A pesquisa teve os objetivos de verificar: (1) quanto bovinos são predados por onças; (2) qual a faixa etária mais predada; (3) se existe sazonalidade na ocorrência da predação e (4) qual sua distribuição espacial em relação aos elementos constituintes da paisagem. A predação foi registrada e quantificada com auxílio dos retireiros e responsáveis pelo manejo dos bovinos, que forneceram em uma ficha o nome do observador, data, retiro, número do pasto, causa da morte, idade e sexo. A predação representou 21,7% (n=309) da mortalidade total de bovinos. Os bovinos predados representaram uma biomassa média anual de 63,8 kg/km², que foi equivalente a 0,4% do estoque médio anual de bovinos. A categoria mais predada foi o bezerro. A predação se associou fortemente à idade dos animais predados, ocorrendo mais com bezerros de até 2 meses e diminuindo gradativamente com o aumento da idade. A predação foi influenciada pela categoria de bovinos (idade e sexo), local e período de nascimentos. Ficou evidente que a predação foi diferente espacial e temporalmente. Dessa forma, um conjunto de medidas preventivas foi sugerido para reduzir a predação de bovinos e garantir a conservação das onças. / Data on cattle predation by pumas (Puma concolor) and jaguars (Panthera onca) has been recorded for six years in a farm in Northern Goiás, Mid-Western Brazil. This research’s main objectives were to determine: (1) the actual proportion of cattle killed by big cats; (2) whether there was a certain age class targeted by those predators; (3) whether the predation fluctuated along the year and (4) the spatial distribution of cattle predation. Data were recorded by employees and cattle managers using forms with the following information (observer’s name, date, id numbers, cause of mortality, age and sex). Predation represented 21,7% (n=309) of the overall cattle mortality. In biomass, kills represented 0,4 % of the farm’ annual stock with 63,8 kg/km². Predation was strongly correlated with cattle’s age with most attacks occurring on calves younger than 2 months old then gradually decreasing the animals get older. Predation was mainly associated with cattle’s age class and location along with the time of the births it occurred. It clearly appeared that cattle predation varied spatially and temporally. We recommended several preventive techniques to be used in order to limit cattle predation in rural farming contexts so as to reduce the conflict between villagers and large felids and thus enhance the last big cats’ conservation.

A Bacia do Corumbataí é usada como principal fonte de abastecimento de água para os municípios de Piracicaba e Rio Claro, sendo o Rio Passa-Cinco seu principal tributário. A Bacia do Passa-Cinco pode ser considerada um modelo conveniente para o estudo de conservação de biodiversidade por conter os principais agroecossistemas existentes no estado de São Paulo. Para que sejam estabelecidas estratégias conservacionistas, são necessárias informações de como a biodiversidade é afetada e quais estratégias as populações de espécie silvestres lançam mão para se manter em remanescentes florestais alterados. Pequenos mamíferos tais como roedores e marsupiais, podem ser considerados um bom grupo para ajudar a responder essas questões, pois esse grupo desenvolve um importante papel ecológico em ambientes florestais, através da predação e dispersão de sementes. De agosto de 2003 a janeiro de 2005 foram realizados levantamentos de pequenos mamíferos utilizando 160 armadilhas do tipo Sherman distribuídas em linhas, em 16 sítios amostrais, sendo 4 em cada tipo de ambiente predominante na paisagem: floresta nativa, plantações de Eucalyptus, plantações de cana-de-açúcar e pastagens. Durante esse período, foram capturados 177 indivíduos de roedores e marsupiais distribuídos em oito espécies, com um sucesso de captura de 0.77%. Houve diferença significativa entre os ambientes estudados em termos de abundância, mas não em termos de riqueza de espécies, podendo-se observar uma clara separação entre habitats florestais e não-florestais. Os remanescentes florestais nativos da região, aparentemente, perderam as espécies mais exigentes com relação à qualidade do habitat, de forma que a comunidade atual é formada basicamente de espécies generalistas e características de áreas degradadas. A perda de espécies florestais não somente altera a comunidade de pequenos mamíferos, como favorece o aparecimento de espécies de áreas não-florestais que podem trazer, entre outras coisas, problemas de saúde pública. Ainda assim, a comunidade de pequenos mamíferos da bacia do Rio Passa-Cinco é meritória de esforços conservacionistas, que devem priorizar estudos relacionando o cumprimento das leis ambientais com as alterações que isto possa gerar na comunidade de pequenos mamíferos. / The Corumbataí Basin is used as the main source of water supply for the municipal districts of Piracicaba and Rio Claro, being the Passa-Cinco River its main tributary. The Passa-Cinco river basin can be considered as a convenient model for the study of the conservation of biodiversity for it contains the main existing agroecosystems in the state of São Paulo. So that conservationist strategies can be established, some information is required, such as how biodiversity is affected, and which strategies the population of wild species use to keep themselves in the altered forest remainings. Small mammals, such as rodends and marsupials can be considered a good group to help answer these questions, for this group develops an important ecological role in forest environments, through the predation and dispersion of seeds. From August 2003 to January 2005 surveys on small mammals were carried out using 160 Sherman type traps distributed in lines, in 16 sample country properties, being 4 in each type of environment that is predominant in the landscape: native forest, Eucalyptus plantation, sugar-cane plantation and pastures. In this period, 177 rodend and marsupial individuals were captured, which were distributed in 8 species, with a 0,77% rate of success in capture. There was significative difference among the studied environments in terms of abundance, but not in terms of the richness of the species. Also, we could observe a clear distinction between forest and non-forest habitats. Apparently, the native forest remainings in the region lost their species which are the most demanding in relation to the quality of habitat, in such a way that the current community is basically formed of generalists, which are a characteristic of degraded areas. The loss of forest species not only alters the community of small mammals, but also favors the occurrence of species from non-forest areas which can bring, among other things, problems related to public health. Eventhough, the small mammal community from the Passa-Cinco river basin is worth conservationist efforts which must give priority to studies relating the environmental law enforcement to the changes this might generate to the community of small mammals.