Phenotypic effects and transmission rates of the extra chromosome in interspecific trisomics of Cucurbita moschata cv. Butternut (2n C. moschata + 1 C. palmata chromosome) were compared with those of a primary trisomic of C. moschata. Based on gross morphological similarities, 17 interspecific trisomic lines were placed in six phenotypic groups, suggesting that six different C. palmata chromosomes were recovered. Fruit from one of the interspecific trisomics exhibited the hard rind of C. palmata, indicating that this is a dominant trait carried on one chromosome. Some phenotypic effects of the extra chromosome were similar in both the interspecific and primary trisomics, showing a chromosomal effect due to genic imbalance. Transmission of the extra chromosome through the female ranged from 15% to 32% for the C. palmata chromosomes, and was 44% in the primary trisomic. None of the extra chromosomes were transmitted through the male parent.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-06-22T15:30:12Z No. of bitstreams: 1 Lidiane de LIma Feitoza.pdf: 2807536 bytes, checksum: 182fbae153ec1cb68e5e28e11003b672 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-22T15:30:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lidiane de LIma Feitoza.pdf: 2807536 bytes, checksum: 182fbae153ec1cb68e5e28e11003b672 (MD5) Previous issue date: 2008-02-22 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The order Alismatales corresponds to one of the basal monocotiledones clads and is found predominantly in habitats aquatic or semiaquatic. The present work aimed to understand the internal taxonomic relations and the karyotype evolution in a monofiletic group of Alismatales of exclusively neotropical occurrence. Five species of Alismataceae and four of Limnocharitaceae were investigated using 2% Giemsa, silver nitrate staining, C-banding, CMA/DAPI fluorochromes staining and fluorescence in situ hybridization (FISH) with probes of ribossomal 45S DNA. One species of Hydrocharitaceae was also staining with Giemsa 2%. In Alismataceae, the Echinodorus species showed 2n=22 and CMA/DAPI and C/CMA/DAPI bands located in the short arm and satellite of two of the smallest acrocentric chromosomes pairs. Fluorescence in situ hybridization with 45S rDNA probe co-localized in general, with the blocks revealed after fluorochromes staining, with exception of E. andrieuxii, for which only three 45S rDNA sites were detected. E. lanceolatus was the only species with DAPI+ bands, which were located in the telomeric regions of seven acrocentric pairs. In Limnocharitaceae, Hydrocleys (2n=16) and Limnocharis (2n=20), the CMA+ regions had corresponded to the RONs and the 45S rDNA sites in Hydrocleys nymphoides and Limnocharis flava. L. laforestiidiffered in relation to the number of 45S rDNA because two sites were observed in the later. In Hydrocleys nymphoides and H. martii the GC-rich in the heterochromatin was associated with the satellite located in the smallest acrocentric pair, and in a metacentric pair of intermediate size in the later. The only representative of Hydrocharitaceae, Limnobium laevigatum showed 2n=28 and an asymmetric bimodal karyotype as well as the other investigated species. In the group examined the refined techniques cytogenetic provided information such as detection of structural chromosome changes important for the karyotype evolution in Alismatales. / A ordem Alismatales corresponde a um dos clados basais de monocotiledôneas e se apresenta predominantemente em hábitats aquático ou semi-aquático. Nesse trabalho, objetivou-se compreender as relações taxonômicas internas e a evolução cariotípica em um grupo de Alismatales de ocorrência exclusivamente neotropical. Para isso, foram realizados estudos citogenéticos em cinco espécies de Alismataceae e quatro de Limnocharitaceae baseados na coloração convencional com uso de Giemsa 2%, marcação das RONs com nitrato de prata, bandeamento cromossômico C, dupla coloração com os fluorocromos CMA/DAPI e hibridização in situ fluorescence (FISH) com sondas de DNA ribossomal 45S. Em Hydrocharitaceae, foi usada apenas a coloração convencional com Giemsa 2%. Na família Alismataceae, as espécies de Echinodorus apresentaram 2n=22 e padrão de bandas CMA/DAPI e C/CMA/DAPI localizadas na região do braço curto e satélite de dois dos menores pares acrocêntricos A hibridização in situ com sondas de DNAr 45S coincidiu em geral, com os blocos observados com uso dos fluorocromos, com exceção de E. andrieuxii que obteve apenas três sítios. E. lanceolatus foi a única espécie que apresentou bandas DAPI+, localizadas nas regiões teloméricas de sete pares acrocêntricos. Em Limnocharitaceae,as regiões marcadas pelos fluorocromos CMA/DAPI e bandeamento C/CMA+ corresponderam às RONs e aos dois sítios de DNAr 45S em Hydrocleys nymphoides (2n=16) e aos quatro em Limnocharis flava (2n=20). Entretanto, L. laforestii diferiu em relação aos sítios de DNAr 45S, que foram apenas dois. As espécies Hydrocleys nymphoides e H. martii tiveram a posição da heterocromatina rica em GC associada ao satélite localizada em um par acrocêntrico pequeno na primeira, e em um par metacêntrico de tamanho intermediário, na segunda. O único representante de Hydrocharitaceae, Limnobium laevigatum, obteve 2n=28 e cariótipo assimétrico do tipo bimodal, assim como as demais espécies. Nesse grupo analisado, técnicas citogenéticas mais refinadas detectaram alterações cromossômicas estruturais importantes para a evolução cariotípica em Alismatales.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-06-29T12:08:44Z No. of bitstreams: 1 Maria Angelica Oliveira Marinho.pdf: 1244176 bytes, checksum: a4eed06c143aee0d8935d6563c9b61a9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-29T12:08:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Maria Angelica Oliveira Marinho.pdf: 1244176 bytes, checksum: a4eed06c143aee0d8935d6563c9b61a9 (MD5) Previous issue date: 2014-02-24 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The Asteraceae family Bercht. & J. Presl has 1,500 genera and about 30,000 species distributed throughout the world. Although cosmopolitan, occurring predominantly in non- forest environments, presenting the main characteristics inflorescences into chapters, inferovariadas flowers and stamens with connate anthers. In Brazil, the Asteraceae family represents approximately 300 genera and 2,000 species. The Vernonieae tribe has great economic, medical and ecological importance. However, their taxonomy is very complex problems of delimitation of species. The karyotype analysis by cytotaxonomy, citoevolutivos assists in understanding the events involved in the modifications of the genome. The parameters used in this type of study represent important tools for taxonomy. Cytotaxonomic studies require, in addition to data such as number and chromosome morphology, the information derived from cytogenetic techniques such as differential staining pattern of distribution and amount of constitutive heterochromatin, cytochemical differentiation of heterochromatin by fluorochromes, the identification of repetitive regions or unique sequences by in situ hybridization, among others. To characterize the karyotype was analyzed CTHC, IC, BC, BL, R, CMC, A1 and A2 of eleven species of Vernonieae tribe (Asteraceae), and a study of the location and distribution of constitutive heterochromatin and 45S rDNA sites in karyotypes of six species of these species. Despite the variation in chromosome number of 2n = 18 to 2n = 60, the morphometric data showed karyotypes for all species with symmetrical predominance of metacentric chromosomes. The chromosome size ranged from 1.0 to 4.09 μm. The total chromosome length ranged from 58.31 μm in Pithecoseris pacourinoides to 192.70 μm in Blanchetia heterotrichia. Although these data showed high similarity between the karyotypes studied with respect to chromosome morphology for several genus was detected polymorphisms of chromosome number and size between species. There was a great diversity in banding patterns between the two species with numbers of CMA positive bands ranging from four to sixteen, while only two species showed DAPI positive bands in the terminal position of the chromosome arms. The 45s rDNA sites varied from two to six. The differences in the size and amounts of heterochromatic bands and 45S rDNA sites revealed may be related to small structural changes involved in the processes of evolution of karyotypes of Vernonieae tribe. / A família Asteraceae Bercht. & J. Presl possui 1.500 gêneros e cerca de 30.000 espécies, distribuídas por todo o mundo. Embora cosmopolitas, ocorrem predominantemente em ambientes não florestais, apresentando como características principais inflorescências em capítulos, flores de ovário ínfero e estames com anteras conatas. No Brasil, a família Asteraceae representa aproximadamente 300 gêneros e 2.000 espécies. A tribo Vernonieae tem grande importância econômica, medicinal e ecológica. Contudo, sua taxonomia é bastante complexa com problemas de delimitação de espécies. A análise cariotípica, através da citotaxonomia, auxilia na compreensão dos eventos citoevolutivos envolvidos nas modificações do genoma. Os parâmetros utilizados neste tipo de estudo representam ferramentas importantes para a taxonomia. Estudos citotaxonômicos necessitam, além de dados como número e morfologia cromossômica, de informações advindas de técnicas citogenéticas de coloração diferencial como o padrão de distribuição e quantidade de heterocromatina constitutiva, a diferenciação citoquímica da heterocromatina por fluorocromos, a identificação de regiões repetitivas ou de sequências únicas por hibridização in situ, entre outros. Para a caracterização do cariótipo foi analisado o CTHC, IC, BC, BL, R, CMC, A1 e A2 de onze espécies da tribo Vernonieae, além de um estudo da localização e distribuição da heterocromatina constitutiva e sítios de DNAr 45S no cariótipo de seis espécies destas tribo. Apesar da variação no número cromossômico de 2n = 18 a 2n = 60, os dados morfométricos evidenciaram para todas as espécies cariótipos simétricos com predominância de cromossomos metacêntricos. O tamanho cromossômico variou de 1,0 a 4,09 μm e o comprimento cromossômico total variou de 58,31 μm em Pithecoseris pacourinoides a 192,70 μm em Blanchetia heterotrichia. Embora esses dados mostraram alta similaridade entre os cariótipos estudados, com relação à morfologia cromossômica para os diversos gêneros estudados, foi detectado polimorfismos de número e tamanho cromossômico entre as espécies. Observou-se uma grande diversidade no padrão de bandas entre as espécies analisadas com números de bandas CMA+ variando de quatro a dezesseis, enquanto que apenas duas espécies apresentaram bandas DAPI+ posição terminal dos braços cromossômicos. Os sítios de DNAr 45s variou de dois a seis. As diferenças no tamanho e quantidades de bandas heterocromáticas e sítios de DNAr 45S reveladas podem estar relacionadas a pequenas alterações estruturais envolvidas nos processos de evolução dos cariótipos da tribo Vernonieae.

Orientador: Eliana Regina Forni Martins / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-24T14:21:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Engel_ThaissaBrogliatoJunqueira_M.pdf: 3058703 bytes, checksum: 0c07b7bfd8295f9d32498e3cb53cd894 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: O gênero Griffinia Ker Gawl pertence à subfamília Amaryllidoideae que, junto às subfamílias Agapanthoideae e Allioideae, compõem a família Amaryllidaceae, com cerca de 73 gêneros e 1605 espécies. As Amaryllidaceae, incluindo as Griffinia, são apreciadas pelas suas flores e cultivadas para a jardinagem e ornamentação. Endêmico do Brasil, esse importante gênero está ameaçado de extinção pela constante degradação de seu ambiente natural, sendo que muitas espécies não foram mais encontradas na natureza e nem em cultivo. A taxonomia de Griffinia é bastante dificultada pela morfologia floral e vegetativa bastante semelhante entre algumas espécies, e pela variação morfológica dentro de uma mesma espécie, ocasionada pelo isolamento entre populações e pela existência de diferentes citótipos. Os objetivos deste trabalho foram obter o cariótipo de diferentes espécies de Griffinia e de espécies proximamente relacionadas, e fornecer à sistemática informações que auxiliem na compreensão das relações filogenéticas e evolutivas das espécies desse gênero. Foram estudadas 10 espécies e duas morfoespécies não identificadas de Griffinia, bem como quatro espécies de gêneros próximos. Pontas de raízes coletadas dessas espécies foram pré-tratadas em colchicina e fixadas em solução Farmer para a produção de lâminas com metáfases mitóticas. Foram determinados número e morfologia cromossômicos e realizados bandamentos com os fluorocromos cromomicina3 (CMA3) e 4',6-diamidino-2-fenilindol (DAPI), e in situ fluorescent hybridization (FISH) com DNA ribossomal (DNAr 5S). Todas as espécies de Griffinia apresentaram 2n=20. Os números cromossômicos para as espécies analisadas de Eithea, Hippeastrum, Tocantinia e Worsleya foram 2n=18, 44, 22, e 42 respectivamente. Foram observadas espécies de Griffinia com duas, quatro, cinco e seis bandas CMA3+. De um a três sítios de DNAr 5S foram observados em dois a seis pares cromossômicos, em posição terminal, subterminal ou pericentromérica. Para cada espécie, foi observado um padrão único de distribuição de sítios de DNAr 5S, sendo assim possível a delimitação de espécies por meio das técnicas citogenéticas aplicadas. As espécies do grupo reportado na literatura como complexo Liboniana apresentaram semelhanças cariotípicas que podem corroborar a proximidade entre espécies: possuem apenas um par cromossômico com banda CMA3+ e dois pares cromossômicos com sítios de DNAr 5S. Variações cariotípicas foram observadas não apenas entre as espécies, mas também entre populações de uma mesma espécie. Casos de variação intraespecífica são conhecidos para plantas. Contudo, essa variação pode não ser uma variação interpopulacional, mas sim, reflexo da dificuldade taxonômica no gênero. Os resultados obtidos nesse estudo, apontam a citogenética como uma ferramenta útil na delimitação dos gêneros e espécies, e no reconhecimento de grupos dentro de Griffinia. / Abstract: The genus Griffinia Ker Gawl belongs to the subfamily Amaryllidoideae which together with the subfamilies Agapanthoideae and Allioideae, forms the Amaryllidaceae family, with about 73 genera and 1605 species. Amaryllidaceae plants, including Griffinia, are aprecciated because of their flowers and cultivated for gardening and ornamentals. Endemic to Brazil, the genus is endangered by the continuous degradation of their natural environment, and many species have not been found in nature. Taxonomy of Griffinia is very complicated because of its vegetative and floral morphology, which are quite similar between some species. There is also some morphological variation within a single species, caused by the isolation between populations and the existence of different cytotypes. The aim of this study was to obtain the karyotype of different species of Griffinia and closely related species, thus providing for systematic studies some information to assist in the understanding of the evolutionary and phylogenetic relationships of the species of this genus. We studied 10 species and two unidentified morphospecies of Griffinia, as well as four species of closely related genera. Root tips collected from these species were pretreated with colchicine and fixed in Farmer solution for the production of slides with metaphasic cells. We determined the number and chromosomal morphology. We performed banding with chromomicin3 (CMA3) and 4',6-diamidino-2-phenilindole (DAPI) fluorochromes and fluorescent in situ hybridization (FISH) with ribosomal DNA (5S rDNA). All Griffinia species presented 20 chromosomes. Chromosome numbers for the analyzed species of Eithea, Hippeastrum, Tocantinia and Worsleya were 2n= 18, 44, 22 and 42 respectively. Griffinia species presented two, four, five or six CMA3+ bands. One to three 5S rDNA sites were observed in two to six chromosome pairs in the terminal, subterminal or pericentromeric position. For each species, there was a unique pattern of distribution of DNAr 5S sites, so it is possible to delimitate species trough this cytogenetic technique. The species of a group reported in the literature as Liboniana complex showed similar karyotypes that can corroborate the closeness among the species of the group: they have only one chromosome pair with a CMA3+ band and two chromosome pairs with 5S rDNA sites. We observed karyotypic variations not only among species but also between populations of the same species. Cases of intraspecific variation are known for plants. However, this variation may be either an interpopulational variation, or a simple reflection of the difficulty in taxonomy of the genus. The data found at this analysis proved cytogenetic studies to be a quite useful tool in the delimitation of genera and species, and recognition of groups within Griffinia. / Mestrado / Biologia Vegetal / Mestra em Biologia Vegetal

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-04-13T14:16:02Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 00 Santelmo Vasconcelos Tese Final.pdf: 5907295 bytes, checksum: f9f2150b754187a5591b2d05cd74670d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-13T14:16:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 00 Santelmo Vasconcelos Tese Final.pdf: 5907295 bytes, checksum: f9f2150b754187a5591b2d05cd74670d (MD5) Previous issue date: 2015-02-13 / CAPES / CNPq / FACEPE / O gênero Philodendron, um dos principais componentes da flora Neotropical, é o segundo maior da família Araceae, contando com aproximadamente 500 espécies e uma enorme diversidade ecológica. Assim como vários outros grupos vegetais da América tropical, ainda há uma grande defasagem de estudos para o gênero, principalmente no que concerne à sistemática filogenética e à evolução cariotípica das espécies de Philodendron. Desta forma, foram realizadas análises de filogenia molecular baseadas em marcadores plastidiais (rpl32-trnL, trnQ-5’-rps16 e trnV-ndhC) e nucleares (ITS), bem como contagens cromossômicas e estimativas do conteúdo de DNA, levando em consideração espécies das principais subdivisões do gênero e dos grupos irmãos. Ao todo, foram realizadas contagens cromossômicas para 48 espécies, sendo 38 novas, assim como uma revisão de todos os números diploides disponíveis, totalizando 69 espécies, onde a maioria (32 spp.) apresentou 2n = 32, seguido de 2n = 34 (20 spp.). Nas análises filogenéticas foi confirmada a hipótese de parentesco dos subgêneros de Philodendron, onde P. subg. Philodendron e P. subg. Pteromischum apareceram como grupos irmãos e P. subg. Meconostigma como a primeira linhagem a divergir, com os três formando um grupo monofilético. Adicionalmente, foram realizadas estimativas de conteúdo de DNA para 163 acessos, incluindo 108 espécies de Philodendron, bem como 17 espécies de grupos relacionados, onde foi observada uma grande diversidade no tamanho genômico no gênero, variando entre 2,48 e 7,58 pg, indicando uma maior importância da amplificação/eliminação de DNA repetitivo para a evolução cariotípica do grupo, em vez das alterações drásticas nos números cromossômicos, como poliploidizações. / Philodendron, one of the most important components of the Neotropical flora, is the second largest genus within Araceae, which presents approximately 500 species and a huge ecologic diversity. As well as it is observed for other plant groups from tropical America, one can still note a remarkable lack of studies on the evolution of the genus, mainly regarding to phylogenetic systematics and karyotype evolution analyses among Philodendron species. Thus, a molecular phylogeny based on chloroplast (rpl32-trnL, trnQ-5’-rps16 e trnV-ndhC) and nuclear (ITS) markers, as well as chromosome counts and DNA C-value estimations were performed, with species from the main subdivisions within the genus and sister groups. Fortyeight chromosome numbers were described herein, from which 38 were new. Besides, all the available diploid numbers were revised, totalizing 69 species with known chromosome numbers, from which the major part (32 spp.) presented 2n = 32, followed by 2n = 34 (20 spp.). In the phylogenetic analyses, the morphological hypothesis of relationship among the subgenera was confirmed, in which P. subg. Philodendron and P. subg. Pteromischum were recovered as sister groups and P. subg. Meconostigma as the first diverging lineage of the monophyletic group. In addition, DNA content estimations were performed for 163 accessions, including 108 species from Philodendron and 17 from related groups, in which a wide variation of genome sizes were observed, ranging from 2.48 to 7.58 pg. Therefore, it was indicated that the mechanisms of amplification/elimination of repetitive DNA might be more important for the karyotype evolution within the group, in comparison to drastic numeric changes in chromosome numbers such as polyploidization.

In this work, the integrative taxonomy approach was performed to understand species limits and patterns of diversification in two genera of orizomyine rodents (Cerradomys and Oligoryzomys). Therefore, molecular markers with distinct evolutionary rates were used with different approaches (phylogeny, coalescent-based species delimitation, DNA barcoding, phylogeography, molecular dating). Classic and molecular cytogenetic analyzes were performed, contributing to cytotaxonomy and revealing chromosomal evolution. This work is divided into four chapters, including a brief introduction (Chapter 1). In Chapter 2, the integrative taxonomy approach was used to study the genus Cerradomys, based on cytogenetic and molecular data. The results revealed that cytogenetics is important in the recognition of all described species (cytotaxonomy). Phylogenetic reconstruction showed that internal relationships are well supported, with the exception of C. subflavus and C. goytaca, which are not reciprocally monophyletic. Following the integrative taxonomy, in which species limits are based on the congruence of methods, this work recognizes and reiterates the eight Cerradomys species described so far. We suggest a taxonomic revision in C. langguthi and C. subflavus, since both may represent species-complex or in process of speciation. Times of divergence show that Cerradomys is a recent genus, with speciation events occurred mainly in the Pleistocene. In Chapter 3, classic and molecular cytogenetics (Fluorescence in situ hybridization - FISH with telomeric and Oligoryzomys moojeni probes) were used to study chromosomal evolution in Cerradomys, based on the molecular phylogeny obtained in Chapter 2. Chromosome painting revealed extensive chromosome reshuffling in Cerradomys. Species with the highest diploid numbers showed exclusively telomeric signals whereas interstitial telomeric signals (ITS) were observed in the species with the lowest diploid numbers. Comparisons of chromosome painting with molecular phylogeny data corroborate the hypothesis that ITS, in this case, are remnants of telomeres. Nevertheless, other chromosomal rearrangements were detected with absence of ITS, indicating that these sequences may have been lost in the process of chromosomal breakages, evidencing that there was both retention and loss of ITS along the karyotypic evolution of the genus. In addition, complex rearrangements were detected between the karyotypes of C. goytaca and C. subflavus, reiterating that these two species are distinct, since hybrids probably would not be viable due to meiotic problems. In Chapter 4, aiming to recover the evolutionary history and species limits of Oligoryzomys, molecular phylogeny studies were integrated into cytogenetic data. The genus was monophyletic, but the internal relations had low support. The compilation of phylogenetic, chromosomal data and geographic distribution (interdisciplinarity) was important to understand species boundaries. Four lineages could not be related to any name and may be new species (Oligoryzomys A-D). Oligoryzomys flavescens was recovered paraphyletic in respect to O. fornesi. Oligoryzomys stramineus, O. microtis and O. nigripes were recovered in two well-structured clades each. In the case of the last two species, the subclades are probably related to exclusive karyotypes. In O. microtis, one subclade is composed of samples from the western Amazon region and the other with samples distributed in southern Amazon region, transition with Cerrado (2n=64, FN=64). In O. nigripes, one of the clades is composed of specimens from northeastern Brazil (2n=62, FN=78) and the other from central-south-southeast Brazil, Argentina, Paraguay and Uruguay (2n=62, FN=80-82). Phylogeographic results corroborate phylogenetic and cytogenetic data, revealing two distinctive phylogroups, consistent with incipient species. Chromosome data corroborate previous work and could be associated to the following names: O. mattogrossae, O. moojeni, O. chacoensis, O. stramineus, O. nigripes and O. flavescens, although the last two species should be reassessed. In addition, an undescribed karyotype is being reported for Oligoryzomys aff. utiaritensis (2n=70, FN=72), as well as new records in Brazil for four species. We suggest a taxonomic revision in O. microtis, O. flavescens and O. nigripes, as these species probably represent incipient or species-complex. In addition, samples related to Oligoryzomys aff. delicatus, Oligoryzomys aff. chacoensis, Oligoryzomys aff. rupestris and Oligoryzomys aff. Utiaritensis should be evaluated morphologically to confirm their identities. The results of this work corroborate the importance of interdisciplinary studies, since the rates of evolution differ according to each character / Neste trabalho, utilizou-se a abordagem de taxonomia integrativa para compreender os limites das espécies e padrão de diversificação em dois gêneros de roedores orizominos (Cerradomys e Oligoryzomys). Para tanto, marcadores moleculares com taxas evolutivas distintas foram utilizados em diferentes abordagens (filogenia, delimitação de espécies baseada em coalescência, DNA barcoding, filogeografia, datação). Análises de citogenética clássica e molecular foram realizadas, contribuindo como um marcador citotaxonômico e revelando padrões de evolução cromossômica. Os dados moleculares e citogenéticos, combinados à dados de distribuição geográfica, tornaram esse trabalho interdisciplinar. Esta tese está dividida em quatro capítulos, incluindo uma breve introdução (Capítulo 1). No capítulo 2, a abordagem de taxonomia integrativa foi utilizada para estudar o gênero Cerradomys, a partir dos dados citogenéticos e moleculares. Os resultados revelaram que a citogenética é importante no reconhecimento de todas as espécies descritas (citotaxonomia). A reconstrução filogenética mostrou que as relações internas são bem suportadas, com exceção de C. subflavus e C. goytaca, que não são reciprocamente monofiléticos. De acordo com a taxonomia integrativa, em que a delimitação de espécies é baseada na congruência entre a maioria dos dados, esse trabalho reconhece e reitera as oito espécies de Cerradomys descritas até o momento. Sugerimos uma revisão taxonômica em C. langguthi e C. subflavus, uma vez que ambas podem representar complexos de espécies ou casos de especiação em curso. Os tempos de divergência mostram que Cerradomys é um gênero recente, cujos eventos de especiação ocorreram preponderantemente no Pleistoceno. No capítulo 3, estudos de citogenética clássica e molecular (hibridação in situ fluorescente - FISH com sondas teloméricas e cromossomo-específicas de Oligoryzomys moojeni) foram realizados para compreender a evolução cromossômica de Cerradomys, com base na filogenia obtida no capítulo anterior. A pintura cromossômica mostrou que um grande número de rearranjos ocorreu ao longo da evolução cariotípica de Cerradomys. As espécies com os maiores números diplóides mostraram sinais exclusivamente teloméricos enquanto que sinais teloméricos intersticiais (ITS) foram observados nas espécies com menores números diplóides. Comparações dos dados de pintura cromossômica com os dados de filogenia molecular corroboram a hipótese de que as ITS, neste caso, são remanescentes de telômeros. No entanto, outros rearranjos cromossômicos foram detectados com ausência de ITS, de modo que essas sequências podem ter sido perdidas no processo das quebras cromossômicas, evidenciando que houve tanto retenção quanto perda das ITS ao longo da evolução cariotípica do gênero. Além disso, rearranjos complexos foram detectados entre os cariótipos de C. goytaca e C. subflavus, reiterando que essas duas espécies são distintas, uma vez que provavelmente os híbridos não seriam viáveis devido a problemas meióticos. No capítulo 4, com o objetivo de recuperar a história evolutiva e os limites das espécies de Oligoryzomys, estudos de filogenia molecular foram integrados a dados citogenéticos. O gênero mostrou-se monofilético, mas as relações internas tiveram baixo suporte. A compilação dos dados filogenéticos, cromossômicos e de distribuição geográfica (interdisciplinaridade) foram importantes para compreender os limites das espécies. Quatro linhagens não puderam ser relacionadas a nenhum nome, sendo prováveis espécies novas (Oligoryzomys A-D). Oligoryzomys flavescens foi recuperado parafilético em relação à O. fornesi. Oligoryzomys stramineus, O. microtis e O. nigripes foram recuperados em dois clados bem estruturados cada. No caso das duas últimas espécies, os subclados provavelmente estão relacionados à cariótipos exclusivos. Em O. microtis, um dos clados é composto por exemplares do oeste da região amazônica e o outro, por exemplares distribuído ao sul da região amazônica, transição com Cerrado (2n=64, NF=64). Em O. nigripes, um dos clados é composto por exemplares do nordeste do Brasil (2n=62, NF=78) e o outro por exemplares da região centro-sul-sudeste do Brasil, Argentina, Paraguai e Uruguai (2n=62, NF=80-82). Os dados filogeográficos suportam os dados filogenéticos e cromossômicos, revelando dois filogrupos em O. nigripes, sugerindo que essas populações estejam em processo de especiação. Os dados cromossômicos corroboram as informações da literatura e puderam ser associados aos seguintes nomes: O. mattogrossae, O. moojeni, O. chacoensis, O. stramineus, O. flavescens e O. nigripes, embora as duas últimas devam ser reavaliadas. Adicionalmente, um novo cariótipo está sendo reportado para Oligoryzomys aff. utiaritensis (2n=70, NF=72), assim como novos dados de distribuição no Brasil para quatro espécies. Sugerimos uma revisão taxonômica em O. microtis, O. flavescens e O. nigripes, pois estas espécies provavelmente representam complexos de espécies ou estão em processo de especiação. Além disso, os exemplares relacionados à Oligoryzomys aff. delicatus, Oligoryzomys aff. chacoensis, Oligoryzomys aff. rupestris e Oligoryzomys aff. utiaritensis devem ser avaliados morfologicamente para confirmar suas identidades. Os resultados desse trabalho corroboram a importância dos estudos interdisciplinares, uma vez que as taxas de evolução para cada caráter são heterogêneas

Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ricardo Oliveira Brito.pdf: 1923139 bytes, checksum: 08b643e5706fe65ed2608e5a4ed4e1e9 (MD5) Previous issue date: 2011-03-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The order Thysanoptera comprises small insects known as thrips, which present different life histories and habits; they reproduce by haplodiploidy, and reached the status of prague by their feeding damage to plants. Their systematics, taxonomy and phylogenetic relationships are complicated, due to the small morphological variation among the taxa. Thus, this study aimed to analyze three species of the family Phlaeothripidae: Gynaikothrips uzeli, Liothrips sp. and Pseudophilothrips gandolfoi through conventional and molecular cytogenetics giving emphasis to the evolutionary processes that have occurred during the differentiation karyotype in the group, reinforcing the importance of cytogenetic studies as a tool for taxonomy of order, in addition to estimate genetic population parameters of G. uzeli. To that end, we analyzed the diploid number, the chromosome morphology, the distribution pattern of the heterochromatic regions, the chromosomes bearing Ag-NORs and performed mapping physical for cístrons of rDNA 18S. In addition, it was estimated the genetic variability and population structure of G. uzeli through the RAPD marker. The results obtained with the probe of 18S rDNA revealed a pair chromosomal bearer of RON in the three species, however, in G. uzeli only one of the elements of chromosomal 13 pair was marked. In addition, the results of cytogenetic analysis indicate that the genera Pseudophilothrips and Liothrips display strong similarities in their chromosomal complements. The low genetic variability, observed with the RAPD marker for G. uzeli, and result of the system of sexual determination haplodiploidy and ecological features. The cytogenetic analysis revealed differences that are difficult to observe the morphological level, demonstrating the importance of this methodology for systematic and taxonomy and clarification of complex evolutionary patterns presented in the order. / A ordem Thysanoptera compreende pequenos insetos conhecidos como tripes, os quais apresentam diversas histórias de vida e hábitos, se reproduzem por haplodiploidia, e alcançaram o status de praga por sua alimentação danificar as plantas. Sua sistemática, taxonomia e relações filogenéticas são complicadas, devido à pequena variação morfológica entre os taxa. Assim, este trabalho teve como objetivo analisar três espécies da família Phlaeothripidae: Gynaikothrips uzeli, Liothrips sp. e Pseudophilothrips gandolfoi através de citogenética convencional e molecular dando ênfase aos processos evolutivos que ocorreram durante a diferenciação cariotípica do grupo, reforçando a importância da citogenética como ferramenta para taxonomia da ordem, além de estimar parâmetros genético populacionais de G. uzeli. Para tal, foi analisado o número diplóide, a morfologia cromossômica, o padrão de distribuição das regiões heterocromáticas, os cromossomos portadores de Ag-RONs e realizado o mapeamento físico dos cístrons de rDNA 18S. Além disso, foi estimada a variabilidade genética e a estrutura populacional de G. uzeli através do marcador RAPD. Os resultados obtidos com a sonda de rDNA 18S revelaram um par cromossômico portador da RON nas três espécies, no entanto, em G. uzeli somente um dos elementos cromossômicos do 13º par foi marcado. Em adição, os resultados da análise citogenética indicam que os gêneros Pseudophilothrips e Liothrips apresentam grandes semelhanças em seus complementos cromossômicos. A Baixa variabilidade genética, observada com o marcador RAPD, para G. uzeli, é resultado do sistema de determinação sexual haplodiplóide e de características ecológicas. As análises citogenéticas revelaram diferenças que são difíceis de observar no nível morfológico, demonstrando a importância desta metodologia para a sistemática e a taxonomia e no esclarecimento dos complexos padrões evolutivos apresentado pela ordem.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3847.pdf: 8121609 bytes, checksum: d085371b9ccbfe0c2017a1ee27231b28 (MD5) Previous issue date: 2011-09-02 / Financiadora de Estudos e Projetos / Conventional and molecular cytogenetic analysis were performed on 15 species of the subfamily Hypostominae, comprising 12 species of the Hypostomini tribe, genus Hypostomus, and three of the Ancistrini tribe, genera Ancistrus and Hemiancistrus. The chromosome number of 2n=52 was observed for Ancistrus multispinis (14m+14sm+24st-a), A. brevipinnis (14m+14sm+24st-a) and Hemiancistrus punctulatus (14m+26sm+12st-a). The nucleolar organizer regions (Ag-NORs) and 18S rDNA sites are simple and terminal for species, A. brevipinnis, A. multispinis and H. punctulatus. In these species, it can be seen that the NORs are also CMA3+/DAPI-. As for the heterochromatin, H. punctulatus showed a small amount of this chromosome component, while A. multispinis and A. brevipinnis showed a larger amount, with large blocks on the long arm of some st-a pairs. In turn, the different species of Hypostomus showed a variation from 64 to 82 chromosomes, exhibiting differences in the karyotype formula between species. The NORs were multiple for most species analyzed, with different phenotypes observed in the number and position, which was also confirmed by FISH analysis, showing an interindividual and interspecific variability. In all species, the NORs were also CMA3+/DAPI _. The heterochromatin pattern distribution was different in each species, being another important chromosome marker. Cytogenetic, molecular, and morphometry analysis were performed in the species Hypostomus albopunctatus (Piracicaba river, SP) and H. heraldoi (Pirapitinga river, GO), including those morphologically similar samples present in the Mogi Guaçu river (SP). All individuals had 2n=74, whereas H. albopunctatus showed 10m+20sm+44st-a and H. heraldoi 8m+20sm+46st-a. These two karyotype formulae were found in the Mogi Guaçu river population. Distinct Ag-NOR phenotypes were observed among the three populations and confirmed by FISH. Regarding the heterochromatin pattern, H. albopunctatus presented terminal bands and an interstitial block. In H. heraldoi, the heterochromatin was found widely distributed in the terminal and interstitial regions of some st-a chromosomes. In these species, the NORs were also CMA3+/DAPI _. RAPD analysis and sequencing of the cytochrome oxidase subunit I (COI) gene were carried out in these two species, in the Mogi Guaçu population and in three more species, H. regani, H. margaritifer, and H. hermanni, obtaining the same dendrogram pattern. All species could be differentiated by their COI sequences, resulting in a total of 16 haplotypes. These analyses, combined with the morphometric data, showed that H. heraldoi and H. albopunctatus are two valid species and the specimens from the Mogi Guaçu river still retain some characteristics of H. albopunctatus, and were provisionally designated as Hypostomus aff. albopunctatus. Due to the large number of species currently included in the Hypostomus genus, along with both the intra and interspecific variability in morphology and color pattern, there are often problems in the taxonomy of this group, which can be assisted by cytogenetic data. This study provided new chromosomal data for Loricariidae, being a valuable cytotaxonomic tool for the Hypostomini tribe. The joint analysis of different characters, such as cytogenetic, molecular, and morphometric, allowed a more precise characterization of different populations of Hypostomus species, helping to clarify their validity as distinct evolutionary units. / Análises citogenéticas convencionais e moleculares foram realizadas em 15 espécies da subfamília Hypostominae, compreendendo 12 espécies da tribo Hypostomini, gênero Hypostomus e três da tribo Ancistrini, gêneros Ancistrus e Hemiancistrus. Foi observado 2n=52 para Ancistrus multispinis (14m+14sm+24st-a), A. brevipinnis (14m+14sm+24st-a) e Hemiancistrus punctulatus (14m+26sm+12st-a). As regiões organizadoras de nucléolos (Ag- RONs) e sítios de DNAr 18S são simples e terminais para as espécies A. brevipinnis, A. multispinis e H. punctulatus. Nestas epécies pode-se constatar que as RONs são também CMA3 +/DAPI-. Quanto à heterocromatina, H. punctulatus apresentou pouca quantidade desse componente cromossômico, enquanto que A. multispinis e A. brevipinnis evidenciaram uma maior quantidade, com grandes blocos no braço longo de alguns pares st-a. Por sua vez, as diferentes espécies de Hypostomus mostraram uma variação de 64 a 82 cromossomos, com diferença na fórmula cariotípica entre as espécies. As RONs foram múltiplas para a maioria das espécies analisadas, sendo observados diferentes fenótipos quanto ao número e posição, o que foi também confirmado pela análise de FISH, evidenciando uma variabilidade interindividual e interespecífica. Em todas as espécies as RONs mostraram-se também CMA3 +/DAPI _. O padrão de distribuição da heterocromatina foi diferente em cada espécie, sendo outro importante marcador cromossômico. Análises citogenéticas, moleculares e de morfometria foram realizadas nas espécies Hypostomus albopunctatus (rio Piracicaba, SP) e H. heraldoi (rio Pirapitinga, GO), assim como em exemplares morfologicamente semelhantes presentes no rio Mogi Guaçu (SP). Todos os indivíduos apresentaram 2n=74, sendo que, H. albopunctatus apresentou 10m+20sm+44st-a e H. heraldoi 8m+20sm+46st-a. As duas fórmulas cariotípicas foram encontradas na população do rio Mogi Guaçu. Fenótipos distintos de Ag-RONs foram observados entre as três populações, confirmadas pela FISH. Quanto ao padrão heterocromático, H. albopunctatus apresentou bandas terminais e um bloco intersticial. Em H. heraldoi, a heterocromatina encontrou-se mais amplamente distribuída, nas regiões terminais e intersticiais de alguns cromossomos st-a. Nessas espécies as RONs mostraram-se também CMA3 +/DAPI _. Análises de RAPD e sequenciamento do gene de Citocromo Oxidase subunidade I (COI) foram realizadas nessas duas espécies, na população do rio Mogi Guacu e em mais três espécies, H. regani, H. margaritifer e H. hermanni, obtendo-se o mesmo padrão de dendrograma. Todas as espécies puderam ser diferenciadas por suas sequências COI, resultando num total de 16 haplótipos. Estas análises, aliadas aos dados de morfometria, evidenciaram que H. heraldoi e H. albopunctatus são duas espécies válidas e que os exemplares do rio Mogi Guaçu ainda conservam algumas características de H. albopunctatus, sendo provisoriamente denominados como Hypostomus aff. albopunctatus. Devido ao elevado número de espécies atualmente incluídas no gênero Hypostomus, juntamente com a variabilidade na morfologia e padrão de coloração tanto intra quanto interespecífica, muitas vezes ocorrem problemas na taxonomia desse grupo, a qual pode ser auxiliada pelos dados citogenéticos. Este estudo forneceu novos dados cromossômicos para os Loricariidae, mostrando-se uma boa ferramenta citotaxonômica para a tribo Hypostomini. A análise conjunta de diferentes caracteres, como citogenéticos, moleculares e morfométricos, possibilitou uma caracterização mais precisa de diferentes populações de espécies de Hypostomus, contribuindo para esclarecer sua validade como unidades evolutivas distintas.