Les fournisseurs de services logistiques (3PLs) possèdent des potentialités pour activer les pratiques de développement durables entre les différents partenaires d’une chaîne logistique (Supply Chain SC). Il existe un niveau optimal d'intégration des 3PLs en tant que fournisseurs, pour s’attendre à des performances opérationnelles élevées au sein de toute la SC. Ce niveau se traduit par la distinction des activités logistiques à externaliser de celles à effectuer en interne. Une fois que les activités logistiques externalisés sont stratégiquement identifiées, et tactiquement dimensionnées, elles doivent être effectuées par des 3PLs appropriés afin d’endurer les performances économiques ; sociales ; et environnementales de la SC. La présente thèse développe une approche holistique pour concevoir une SC durable intégrant les 3PLs, dans un contexte incertain d’affaires et politique de carbone. Premièrement, une approche de modélisation stochastique en deux étapes est suggérée pour optimiser à la fois le niveau d'intégration des 3PLs, et le niveau d'investissement en technologies sobres au carbone, et ce dans le contexte d’une SC résiliente aux changements climatiques. Notre SC est structurée de façon à capturer trois principales préoccupations du Supply Chain Management d’une entreprise focale FC (e. g. le fabricant) : Sécurité d’approvisionnement, Segmentation de distribution, et Responsabilité élargie des producteurs. La première étape de l'approche de modélisation suggère un plan stochastique basé sur des scenarios plus probables, afin de capturer les incertitudes inhérentes à tout environnement d’affaires (e. g. la fluctuation de la demande des différents produits ; la qualité et la quantité de retour des produits déjà utilisés ; et l’évolution des différents coûts logistiques en fonction du temps). Puis, elle propose un modèle de programmation stochastique bi-objectif, multi-période, et multi-produit. Le modèle de programmation quadratique, et non linéaire consiste à minimiser simultanément le coût logistique total espéré, et les émissions de Gaz à effet de Serre de la SC fermée. L'exécution du modèle au moyen d'un algorithme basé sur la méthode Epsilon-contraint conduit à un ensemble de configurations Pareto optimales d’une SC dé- carbonisée, avant tout investissement en technologie sobre au carbone. Chacune de ces configurations sépare les activités logistiques à externaliser de celles à effectuer en interne. La deuxième étape de l'approche de modélisation permet aux décideurs de choisir la meilleure configuration de la SC parmi les configurations Pareto optimales identifiées. Le concept de Prix du Carbone Interne est utilisé pour établir un plan stochastique du prix de carbone, dans le cadre d'un régime de déclaration volontaire du carbone. Nous proposons un ensemble des technologies sobres au carbone, dans le domaine de transport des marchandises, disposées à concourir pour contrer les politiques incertaines de carbone. Un modèle stochastique combinatoire, et linéaire est développé pour minimiser le coût total espéré, sous contraintes de l’abattement du carbone; limitation du budget, et la priorité attribuée pour chaque Technologie Réductrice de carbone (Low Carbone Reduction LCR). L'injection de chaque solution Pareto dans le modèle, et la résolution du modèle conduisent à sélectionner la configuration de la SC, la plus résiliente aux changements climatiques. Cette configuration définit non seulement le plan d'investissement optimal en LCR, mais aussi le niveau optimal d’externalisation de la logistique dans la SC. Deuxièmement, une fois que les activités logistiques à externaliser sont stratégiquement définies et tactiquement dimensionnées, elles ont besoin d’être effectuées par des 3PL appropriées, afin de soutenir la FC à construire une SC durable et résiliente. Nous suggérons DEA-QFD / Fuzzy AHP- Conception robuste de Taguchi : Une approche intégrée & robuste, pour sélectionner les 3PL candidats les plus efficients. Les critères durables et les risques liés à l’environnement d’affaires, sont identifiés, classés et ordonnés. Le Déploiement de la Fonction Qualité (QFD) est renforcé par le Processus Hiérarchique Analytique (AHP), et par la logique floue pour déterminer avec consistance l'importance relative de chaque facteur de décision, et ce, conformément aux besoins logistiques réels, et stratégies d'affaires de la FC. L’Analyse d’Enveloppement des Données (DEA) Data Envelopment Analysis conduit à limiter la liste des candidats, uniquement à ceux d’efficiences comparables, et donc excluant tout candidat moins efficient. La technique de conception robuste Taguchi permet de réaliser un plan d'expérience qui détermine un candidat idéal nommé 'optimum de Taguchi' ; un Benchmark pour comparer les 3PLs candidats. Par suite, le 3PL le plus efficient est celui le plus proche de cet optimum. Nous conduisons actuellement une étude de cas d’une entreprise qui fabrique et commercialise les fours à micro-ondes pour valider la modélisation stochastique en deux étapes. Certains aspects concernant l’application de l’approche sont reportés. Enfin, un exemple de sélection d’un 3PL durable pour s’occuper de la logistique inverse est fourni, pour démontrer l'applicabilité de l'approche intégrée & robuste, et montrer sa puissance par rapport aux approches populaires de sélection. / The Third-Party Logistics service providers (3PLs) have the potentialities to activate sustainable practices between different partners of a Supply Chain (SC). There exists an optimal level of integrating 3PLs as suppliers of a Focal Company within the SC, to expect for high operational performances. This level leads to distinguish all the logistics activities to outsource from those to perform in-house. Once the outsourced logistics activities are strategically identified, and tactically dimensioned, they need to be performed by appropriate 3PLs to sustain economic, social and environmental performances of the SC. The present thesis develops a holistic approach to design a sustainable supply chain integrating 3PLs, in the context of business and carbon policy uncertainties. First, a two-stage stochastic modelling approach is suggested to optimize both the level of 3PL integration, and of Low Carbon Reduction LCR investment within a climate change resilient SC. Our SC is structured to capture three main SC management issues of the Focal Company FC (e.g. The manufacturer) : Security of Supplies; Distribution Segmentation; and Extended Producer Responsibility. The first-stage of the modelling approach suggests a stochastic plan based scenarios capturing business uncertainties, and proposes a two-objective, multi-period, and multi-product programming model, for minimizing simultaneously, the expected logistics total cost, and the Green House Gas GHG emissions of the whole SC. The run of the model by means of a suggested Epsilon-constraint algorithm leads to a set of Pareto optimal decarbonized SC configurations, before any LCR investment. Each one of these configurations distinguishes the logistics activities to be outsourced, from those to be performed in-house. The second-stage of the modelling approach helps the decision makers to select the best Pareto optimal SC configuration. The concept of internal carbon price is used to establish a stochastic plan of carbon price in the context of a voluntary carbon disclosure regime, and we propose a set of LCR technologies in the freight transportation domain ready to compete for counteracting the uncertain carbon policies. A combinatory model is developed to minimize the total expected cost, under the constraints of; carbon abatement, budget limitation, and LCR investment priorities. The injection of each Pareto optimal solution in the model, and the resolution lead to select the most efficient climate resilient SC configuration, which defines not only the optimal plan of LCR investment, but the optimal level of logistics outsourcing within the SC as well. Secondly, once the outsourced logistics are strategically defined they need to be performed by appropriate 3PLs for supporting the FC to build a Sustainable SC. We suggest the DEA-QFD/Fuzzy AHP-Taguchi Robust Design: a robust integrated selection approach to select the most efficient 3PL candidates. Sustainable criteria, and risks related to business environment are identified, categorized, and ordered. Quality Function Deployment (QFD) is reinforced by Analytic Hierarchic Process (AHP), and Fuzzy logic, to consistently determine the relative importance of each decision factor according to the real logistics needs, and business strategies of the FC. Data Envelopment Analysis leads to shorten the list of candidates to only those of comparative efficiencies. The Taguchi Robust Design technique allows to perform a plan of experiment, for determining an ideal candidate named ‘optimum of Taguchi’. This benchmark is used to compare the remainder 3Pls candidates, and the most efficient 3PL is the closest one to this optimum.We are currently conducting a case study of a company that manufactures and markets microwave ovens for validating the two-stage stochastic approach, and certain aspects of its implementation are provided. Finally, an example of selecting a sustainable 3PL, to handle reverse logistics is given for demonstrating the applicability of the integrated & robust approach, and showing its power compared to popular selection approaches. Keywords:Third Party Logistics; Green Supply Chain design; Stochastic Multi-Objective Optimization; Carbon Pricing; Taguchi Robust Design.

Les ovocytes bovins incubés in vitro reprennent la méiose alors que ceux incubés en présence de mono-couches de cellules de la thèque demeurent au stade de vésicule germinale (GV). Les présentes expériences ont été menées sur des ovocytes bovins afin de mieux comprendre les facteurs impliqués dans le contrôle de la maturation des ovocytes. Les objectives étaient 1) de déterminer si la morphologie du complexe ovocyte-cumulus (COCs) est corrélée avec les cinétiques de la reprise méiotique suivant une période d’arrêt méiotique induite. 2) Étudier la fonction des inhibiteurs de phosphodiesterase (PDE) spécifiques seuls ou en présence de une monocouche des cellules de la thèque sur l’arrêt méiotique des ovocytes bovins. 3) Étudier le rôle de la voie de signalisation de la protéine kinase A et de la protéine kinase C dans la modulation de la reprise méiotique des ovocytes bovins. 4) Faire une caractérisation plus poussée du facteur d’inhibition sécrété par les cellules de la thèque. Ces études démontrent que les COCs bovins reprennent la méiose plus rapidement après une courte période d’arrêt méiotique que les COCs non traités. Les ovocytes atrésiques ou dénudés sont donc moins nombreux au stage de GV au début de la maturation que les COCs sains ou légèrement atrésiques. Les inhibiteurs de phosphodiesterase (PDE) de type 3 ont maintenu les ovocytes bovins en arrêt méiotique alors que les inhibiteurs de type 4 n’ont eu aucun effet. De plus, la combinaison des inhibiteurs PDE et des cellules de la thèque montre un effet additif. Les COCs incubés avec des cellules de la thèque sont restés en arrêt méiotique alors que ceux incubés en présence de cellules de granulosa ont repris la méiose. Les cellules de la granulosa non traitées ont annulé l’effet inhibiteur des cellules de la thèque sur la maturation des COCs bovins. Par ailleurs, les COCs sont restés en arrêt méiotique lorsque des analogues d’AMPc ont été utilisés en conjonction avec des cellules de granulosa et de la thèque. Finalement, le facteur inhibiteur sécrété par les cellules de la thèque dans le milieu conditionné est (a) insensible à la chaleur, aux enzymes protéolytiques et à un traitement au charbon, (b) sensible à un traitement au chloroforme, (c) concentré dans la fraction plus petite que 1000 daltons du milieu conditionné et (d) les patrons de pics chromatographiques sont différents entre le milieu conditionné et le milieu frais. D’autres études seront nécessaires pour l’isolation complète du facteur(s) inhibiteur(s) sécrété(s) par les cellules de la thèque responsable du maintien de l’arrêt méiotique des ovocytes bovins. / Bovine oocytes incubated in vitro resume meiosis, whereas most of those incubated with theca cell monolayers remain at the germinal vesicle (GV) stage. Experiments were carried out using bovine oocytes to understand the factors involved in the control of oocyte maturation. The objectives were 1) to determine whether or not the morphology of cumulus oocyte complexes (COC) is correlated with the kinetics of meiotic resumption following a period of induced meiotic arrest. 2) To investigate the role of type-specific phosphodiesterase (PDE) inhibitors alone or in conjunction with theca cell monolayers on meiotic arrest of bovine oocytes. 3) To study the role of the protein kinase A and protein kinase C signaling pathways in the control of meiotic resumption of bovine oocytes incubated with granulosa cells, theca cell monolayers or both cell types. 4) To further characterize the inhibitory factor secreted by the theca cell monolayers. These studies show that bovine COCs resume meiosis faster following a short period of induced meiotic arrest than untreated COCs. Atretic or denuded oocytes have fewer oocytes at the GV stage at the onset of maturation compared to healthy or slightly atretic COCs. Type 3 phosphodiesterase (PDE) inhibitors maintained bovine oocytes in meiotic arrest, whereas type 4 PDE inhibitors did not have an effect. Furthermore, PDE inhibitors and the theca cell monolayers show an additive effect. COCs incubated with the theca cell monolayer remained in meiotic arrest, whereas those incubated with granulosa cells resumed meiosis. Untreated granulosa cell abrogate the inhibitory effect of the theca cell monolayers on the maturation of COCs. However, COCs remain in meiotic arrest when cAMP analogs are used in conjunction with both granulosa and theca cells. The inhibitory factor(s) secreted by the theca cell monolayers is (a) not sensitive to heat, proteolytic enzymes and charcoal treatment, (b) sensitive to chloroform treatment, (c) has a Mr less than 1000 daltons and (d) the patterns of chromatographic peaks are different in conditioned medium and fresh medium. Further work is needed to fully isolate and identify the factor produced by the theca cells responsible for maintaining bovine oocytes in meiotic arrest.

Le maintien des contacts parent-enfant suite au placement est au centre de litiges complexes et les données empiriques actuelles ne nous permettent pas de se prononcer sur les modalités de contacts les plus favorables au développement de l’enfant placé et à la stabilité de sa trajectoire de placement. Dans un premier article théorique, nous recensons la littérature scientifique ayant mesuré les liens entre les contacts parent-enfant et le développement global de l’enfant placé. De cette recension émerge le constat que, malgré l’importance juridique et développementale des contacts parent-enfant suivant un placement, les difficultés méthodologiques et les résultats mitigés qui ressortent de ces travaux nous empêchent de tirer des conclusions pouvant servir de balises pratiques. Dans un premier article empirique, nous exposons les résultats d’une étude portant sur les liens entre les contacts parent-enfant, le développement global, la sécurité d’attachement et le fonctionnement comportemental. Enfin, un deuxième article empirique décrit les liens entre les contacts parent-enfant et les indices de stabilité du placement. Les études empiriques portent sur un échantillon de 43 enfants âgés de 12 à 42 mois, vivant des contacts avec leurs parents suite au placement en famille substitut. La première étude examine les liens entre les contacts parent-enfant, le développement global, l’externalisation et la sécurité d’attachement. Il ressort que les contacts parent-enfant sont associés à l’externalisation et cette relation se maintient même en considérant les caractéristiques de la trajectoire de placement, de l’enfant, du milieu familial biologique et substitut. Or, la relation entre les contacts et l’externalisation est modérée par la durée du placement. La deuxième étude examine les liens entre les contacts parent-enfant et les caractéristiques de la trajectoire de placement, soit les perspectives de réunification familiale, le nombre de milieux substituts où l’enfant a été placé et l’échec d’une réunification familiale. Il ressort que les contacts sont associés ou tendent à être associés aux perspectives de réunification familiale et ce, en contrôlant pour les caractéristiques de la trajectoire de placement, du développement de l’enfant et celles du milieu familial biologique et d’accueil. Il ressort également que l’engagement du parent biologique est un facteur plus important dans la compréhension de la trajectoire de placement. / Maintaining parent-child contact following foster placement is at the center of complex litigations. Presently, the available empirical evidence does not allow us to make informed decisions regarding contacts between biological parents and their children placed in foster care that would favor developmental outcome. This dissertation is composed of three articles. In the first, we conducted a systematic review of the literature to document the relation between the frequency of contacts between biological parents and children placed in foster families, and foster children developmental outcome. This review illustrates that, in spite of its legal and developmental implications, methodological problems and mixed results across studies preclude the possibility of drawing helpful guidelines in matters involving parent-child visits following foster placement. In the second, empirical article, we present the results of a study on the relationship between parent-child contacts, cognitive, language and motor development, attachment security and behavior problem symptoms. Finally, in the third, empirical article, we provide a description of the relationship between contacts between biological parents and foster children and placement stability. Both empirical studies are based on a sample of 43 children placed in foster care, aged of 12-42 months and who experience contact with their biological parents. The first study examines the relation between meetings with biological parents and the development of 43 young children, assessed during a home visit to their foster family. Results showed that controlling for placement trajectory factors and foster parent sensitivity, contact with biological parents are positively correlated with externalized behaviors. Length of placement in the last foster family does act as a moderator in the relationship between contacts and externalization. The second study examines the relation between contacts between biological parents and the foster child and three aspects of placement stability: The possibility of an eventual parent-child reunification; the presence of unsuccessful past reunification attempts; and the number of foster placements experienced by the child. Results show either marginal or significant relations between contacts and the prognosis for family reunification, even after controlling for potentially confounding ecological characteristics.

Le développement récent des prime editors (PE) a introduit un nouvel outil de modification génomique précis, qui permet un large éventail de modifications génétiques ciblées sans nécessité de modèles d'ADN donneur. L'édition primaire utilise la transcription inverse amorcée par la cible pour inscrire des séquences modifiées dans le génome. Cette approche permet l'installation de toutes les variantes de nucléotides uniques ainsi que de courtes insertions et délétions, offrant la méthode la plus polyvalente et précise d'édition génomique à ce jour. Cependant, les PE sont actuellement limités par une faible efficacité. Dans le cadre du premier chapitre de cette thèse, nous avons développé une méthode à haut débit, l'essai de séquençage Peptide Self-Editing sequencing assay (PepSEq), pour mesurer comment la fusion de 12 000 peptides de 85 acides aminés influence l'efficacité de PE. Nos résultats démontrent que l'intégration de la fusion de peptides augmente significativement les capacités de PE. Spécifiquement, nous avons identifié que les peptides améliorant l'édition, lorsqu'ils sont combinés de manière synergique, conduisent à des améliorations substantielles de l'édition dans une variété de lignées cellulaires et sur de nombreux sites cibles génomiques. Notamment, la configuration la plus efficace de double peptide-éditeur primaire a considérablement augmenté l'efficacité de PE. Le mécanisme sous-jacent de cette construction semble être une amélioration de l'efficacité de la traduction, les établissant comme des outils universellement applicables pour optimiser l'édition primaire. Dans le cadre du deuxième chapitre de cette thèse, nous avons décrit une approche de mutagenèse saturante utilisant les PE. Nous exploitons le système PE en conjonction avec une plateforme de criblage à haut débit qui incorpore un rapporteur intégré pour mesurer les résultats d'édition et leurs ramifications phénotypiques afin d'évaluer efficacement les variants associés aux maladies. Ensuite, nous appliquons cette stratégie dans un essai de captation de LDL fluorescent, pour une interprétation fonctionnelle précise de variants complexes, tels que ceux affectant la captation de LDL. Ce travail établit un nouveau référentiel pour l'évaluation fonctionnelle des variants génétiques en fournissant une compréhension plus nuancée de la pathogénicité des variants et de ses mécanismes structurels. / The recent development of prime editors (PE) has introduced a novel, precise genome editing tool that enables a broad array of targeted genetic modifications without the need for donor DNA templates. Prime editing uses target-primed reverse transcription to write altered sequences into the genome. This approach allows for the installation of all single-nucleotide variants as well as short insertions and deletions, offering the most versatile and precise method for genome editing to date. However, PEs are currently limited by low efficiency. As part of the first chapter of this thesis, we developed a high-throughput method, Peptide Self-Editing sequencing assay (PepSEq), to measure how fusion of 12,000 85-amino acid peptides influences prime editing efficiency. Our findings demonstrate that the integration of peptide fusion significantly augments prime editing capabilities. We identified that prime-enhancing peptides, when synergistically combined, lead to substantial improvements in prime editing across a variety of cell lines and at numerous genomic target sites. Notably, the most effective dual peptide-prime editor configuration substantially elevated prime editing efficiency. The underlying mechanism of this construct appears to be an enhancement of translation efficiency, establishing them as universally applicable tools for optimizing prime editing. As part of the second chapter of this thesis, we describe a saturation mutagenesis approach using PEs. We leverage the PE system in conjunction with a high-throughput screening platform that incorporates an integrated reporter for measuring editing outcomes and their phenotypic ramifications to efficiently evaluate disease-associated variants. Then, we apply this strategy in a fluorescent LDL uptake assay for precise functional interpretation of complex variants, such as those affecting LDL uptake. This work sets a new benchmark for the functional assessment of genetic variants by providing a more nuanced understanding of variant pathogenicity and its structural mechanisms.

Thèse ou mémoire avec insertion d'articles. / La leishmaniose est la maladie parasitaire la plus mortelle après le paludisme et il n'existe pas de vaccin chez l'homme. Des traitements sont actuellement disponibles, mais ils sont coûteux, présentent des effets secondaires non négligeables, sont peu spécifiques et des résistances émergent. Les principales molécules utilisées sont les dérivés d'antimoine pentavalent, l'amphotéricine B, la miltefosine et la paromomycine. Découvrir de nouvelles molécules, préciser le mécanisme d'action des molécules anti-leishmania connues et plus généralement étudier la résistance est donc essentiel dans la lutte contre la leishmaniose. Ceci permettra d'améliorer l'utilisation des drogues, de minimiser l'apparition de résistances et de préciser les mécanismes employés par les parasites. Dans la cadre de cette thèse, mes objectifs étaient de déterminer le potentiel thérapeutique de molécules en développement ainsi que d'élucider les mécanismes de résistance et les cibles de médicaments connus ou en développement chez Leishmania. Dans le Chapitre 1 j'ai étudié le potentiel thérapeutique de trente-huit nouveaux composés thiophène. Une sélection de mutants couplée au séquençage haut débit (Sel-seq) criblée avec le candidat GC1-19, ayant une activité plus spécifique contre L. infantum JPCM5, a permis de mettre en évidence une conversion génique au niveau du locus ABCG2, impliquée dans la résistance. L'étude de cette molécule par clonage fonctionnel couplé au séquençage haut débit (Cos-seq) a démontré que la surexpression d'une tryparédoxine peroxydase est responsable d'une faible résistance au composé GC1-19. Les dérivés thiophènes sont donc des constructions d'intérêt pour le développement de médicaments contre la leishmaniose et les criblages Sel-seq et Cos-seq sont efficaces pour déterminer quels sont les gènes impliqués dans la résistance. Afin de mieux comprendre le métabolisme des folates, j'ai réalisé une mutagenèse chimique couplée au séquençage haut débit (Mut-seq) de L. major Friedlin avec une sélection au méthotrexate (MTX) (Chapitre 2). Vingt clones ayant une diminution de la susceptibilité au MTX de 2 à 400 fois ont été séquencés. Des mutations récurrentes ont été observés dans des gènes connus pour être impliqués dans le métabolisme des folates, dont les gènes FT1, DHFR-TS et PTR1, ou dans des gènes qui n'avaient jamais été associés au métabolisme des folates comme la L-galactolactone oxidase et une méthyltransférase. Pour la première fois, j'ai mis en évidence des mutations ponctuelles et des évènements de conversion géniques dans FT1, ainsi que des mutations ponctuelles dans DHFR-TS qui confèrent de la résistance au MTX. J'ai également démontré un effet dominant positif de deux mutations dans PTR1 ainsi que d'une mutation dans DHFR-TS. La sur-expression des versions sauvages de la L-galactolactone oxidase et d'une méthyltransférase dans les mutants appropriés les resensibilise au MTX. Le Mut-seq a également montré son efficacité lorsqu'il est couplé à une sélection avec du SbIII (Chapitre 4). Il a permis de mettre en évidence la kinase CDPK1, impliquée à la fois dans la résistance à la PMM et au SbIII. Son inactivation partielle confère de la résistance au SbIII et il reste à déterminer si les mutations ponctuelles retrouvées sont responsables de la résistance observée. Ces études montrent l'importance de l'utilisation de nouveaux criblages fonctionnels, ici le Mut-seq, pour découvrir de nouveaux gènes ayant un lien avec la résistance ainsi que de nouveaux mécanismes employés par le parasite au niveau de gènes déjà associés à la résistance. Le transporteur AdoMet et les transporteurs de folate FT1 et FT5, des transporteurs membranaires de la famille des FBTs localisés sur le chromosome 10, ont été caractérisé fonctionnellement. Dans le Chapitre 3, la totalité de ce locus ainsi qu'un FBT sur le chromosome 19 ont été étudié par délétion génique et expériences de localisation cellulaire. La délétion du locus du chromosome 10, contenant 7 gènes FBT, confère de la résistance à la sinefungine et au MTX. Six de ces protéines sont situées au niveau de la membrane plasmique, tout comme le FBT présent sur le chromosome 19. La délétion de ce dernier n'impacte pas la susceptibilité au MTX. Ensemble, ces travaux de recherche montrent l'efficacité et la complémentarité des criblages génomiques Sel-seq, Mut-seq et Cos-seq pour découvrir de nouveaux mécanismes de résistance et des cibles cellulaires. Ces criblages ont montré leur utilité aussi bien en réalisant la sélection avec un médicament utilisé contre la leishmaniose en thérapie, les antimoniés, mais aussi avec un médicament utilisé contre d'autres maladies, le MTX, ou encore lors de sélections avec des composés en développement comme les dérivés thiophènes. / Leishmaniasis is the deadliest parasitic disease after malaria and there is no vaccine for humans. Treatments are currently available, but they are expensive, have significant side effects, are not very specific, and resistance is emerging. The main molecules used are pentavalent antimony derivatives, amphotericin B, miltefosine and paromomycin. Discovering new molecules, clarifying the mechanism of action of known anti-leishmanial molecules and more generally studying resistance are therefore essential in the fight against leishmaniasis. This will make it possible to improve the use of drugs, reduce the appearance of resistance and clarify the mechanisms deployed by the parasites. As part of this thesis, my objectives were to determine the therapeutic potential of molecules in development as well as to elucidate the resistance mechanisms and targets of drugs known or in development against Leishmania. In Chapter 1, I studied the therapeutic potential of thirty-eight new thiophene compounds. A Sel-seq screen with the candidate GC1-19, being more active against L. infantum JPCM5, made it possible to highlight a gene conversion event at the ABCG2 locus, involved in resistance. The study of this molecule by Cos-seq screening demonstrated that the overexpression of a tryparedoxin peroxidase is responsible for low resistance to the compound GC1-19. Thiophene derivatives are therefore scaffolds of interest for the development of drugs against leishmaniasis and Sel-seq and Cos-seq screens are effective in determining which genes are involved in resistance. In order to better understand folate metabolism, I performed a Mut-seq screen coupled with methotrexate (MTX) selection in L. major Friedlin (Chapter 2). Twenty clones with a 2- to 400-fold decrease in MTX susceptibility were sequenced. Recurrent mutations have been observed in genes known to be involved in folate metabolism, including the FT1, DHFR-TS and PTR1 genes, or in genes previously not associated with folate metabolism such as L-galactolactone oxidase and a methyltransferase. For the first time, I demonstrated point mutations and gene conversion events in FT1, as well as point mutations in DHFR-TS that confer resistance to MTX. I also demonstrated a dominant positive effect of two mutations in PTR1 as well as one mutation in DHFR-TS. Overexpression of wild-type versions of L-galactolactone oxidase and a methyltransferase in the appropriate mutants resensitize them to MTX. Mut-seq has also shown its effectiveness when coupled with selection with SbIII (Chapter 4). It made it possible to highlight the CDPK1 kinase, involved in both resistance to paromomycin and SbIII. Its partial inactivation confers resistance to SbIII and it remains to be determined whether the point mutations found are responsible for the observed phenotype. These studies show the importance of using new functional screens, here Mut-seq, to discover new genes linked to resistance as well as new mechanisms used by the parasite at the level of genes already associated with resistance. The AdoMet transporter and the folate transporters FT1 and FT5, as well as other membrane transporters of the FBT family located on chromosome 10, were functionally characterized. In Chapter 3, this entire locus as well as an FBT on chromosome 19 were studied by gene deletion and cellular localization experiments. Deletion of the chromosome 10 locus, containing 7 FBT genes, confers resistance to sinefungin and MTX. Six of these proteins are located at the plasma membrane, similarly to the FBT gene product encoded on chromosome 19. Deletion of the latter does not impact susceptibility to MTX. Together, this research shows the effectiveness and complementarity of Sel-seq, Mut-seq and Cos-seq genomic screens to discover new resistance mechanisms and cellular targets. These screenings have shown their usefulness both by carrying out selection with a drug used against leishmaniasis in therapy, antimonials, but also with a drug used against other diseases, MTX, or even during selections with compounds in development such as thiophene derivatives.

Après le déclenchement des révoltes arabes en 2010, la Tunisie est le seul pays arabe à s'être démocratisé avec succès, dans une région où un repli autoritaire est en train de sévir. Les chercheurs ont étudié la transition démocratique tunisienne en se concentrant principalement sur ses facteurs internes, alors qu'ils ont accordé peu d'attention à l'impact des facteurs internationaux et des influences externes sur le processus de transition. S'appuyant sur une analyse qualitative, cette étude examine la dimension internationale de la transition de la Tunisie vers la démocratie et soutient que les facteurs et influences internationaux ont joué un rôle important dans le processus de démocratisation. Cette recherche se concentre sur l'impact que l'agence des promoteurs internationaux de la démocratie a eu sur la structure nationale tunisienne. Il met en évidence la façon dont l'interaction entre les acteurs internationaux et les groupes nationaux tunisiens a contribué au processus de démocratisation, sans soutenir que les facteurs externes ont imposé les choix et des acteurs politiques et sociaux tunisiens. L'étude expose trois résultats théoriques qui contribuent au débat sur la dimension internationale de la démocratisation. Premièrement, cette recherche suggère que lorsque les promoteurs internationaux de la démocratie soutiennent les oppositions nationales à développer une confiance mutuelle à renforcer leurs liens, et de combler les divisions, il favorise l'émergence des nouveaux ‘centres de pouvoir’. Les données empiriques fournies par cette étude démontrent que les programmes d'aide à la démocratie et les influences libérales internationales ont favorisé la création d'une coalition tunisienne pro-démocratie d'opposition au régime de Ben Ali. Deuxièmement, cette étude avance que le faible niveau de la bataille étrangère pour l'influence en Tunisie a facilité le processus de négociation entre les élites de transition pendant le processus de démocratisation. Troisièmement, cette étude soutient que lors de la transition tunisienne vers la démocratie, les promoteurs internationaux de la démocratie ont aidé les partis politiques tunisiens à passer d'un consensus initial sur la mise en place d'un système politique démocratique à une concurrence au sein du système démocratique mis en place. Bien que cette étude se concentre uniquement sur le cas de la Tunisie, tous les chapitres fournissent des preuves comparatives avec d'autres contextes régionaux. / Following the outbreak of the Arab revolts in late 2010, Tunisia is the only Arab country that has democratized successfully in a region where authoritarian retrenchment prevails. Scholars have studied the Tunisian transition to democracy focusing mainly on domestic factors, devoting little attention to the role international factors and external influences played in the transitional process. Relying on qualitative analysis, this study investigates the international dimension of Tunisia’s transition to democracy and argues that international factors and influences played a relevant role in the democratization process. This research focuses on the impact the agency of international democracy promoters had on Tunisian national structure during the transition to democracy, without downplaying the agency of Tunisian political and social actors. It highlights how the interplay between international actors and Tunisia domestic groups contributed to the making of the democratization process. The study lays out three theoretical findings that contribute to the debates on the international dimension of democratization and democracy promotion. First, it suggests that when international democracy promoters support domestic oppositions in developing mutual trust, strengthening ties and bridging divisions, they enhance the emergence of new alternative ‘centres of power’ to the regime. Second, this study argues that the low level of foreign squabbling for influence in Tunisia facilitated the bargaining process among transitional elites during the democratization process. Third, this study suggests that during the Tunisian transition to democracy, international democracy promoters helped Tunisian transition elites to move from the initial consensus over democracy to competition within the democracy. While this study focuses only on the Tunisia’s case, all the chapters provide comparative evidence with other countries in the Middle East and North Africa to back up the empirical findings and the theoretical reflections.

L’objectif principal de cette thèse est de vérifier l’influence des facteurs prénataux sur le développement de l’enfant et d’explorer les mécanismes par lesquels cette influence survient. Dans un premier temps, une méta-analyse a été effectuée afin de vérifier l’association entre divers facteurs prénataux et la sécrétion de cortisol des enfants âgés de moins de 5 ans. Les variables prénatales considérées sont le stress maternel prénatal, ainsi que la consommation prénatale d’alcool, de tabac ou de drogues. Dix-neuf études ont été retenues et les résultats démontrent un lien significatif entre les facteurs prénataux et la sécrétion de cortisol chez l’enfant (d = .36, p < .001). Les analyses de modération révèlent que cette association est plus élevée en ce qui concerne la consommation prénatale d’alcool, la sécrétion de cortisol basal et l’utilisation de devis de recherche rétrospectifs. Les effets de modération obtenus suggèrent entre autres que des mécanismes d’action différents pourraient être en cause selon le type d’exposition prénatale étudié. Dans un deuxième temps, une étude empirique a été réalisée afin d’explorer les mécanismes qui pourraient expliquer l’association entre les facteurs prénataux et le développement de l’enfant. Plusieurs études suggèrent que la sécrétion de cortisol de l’enfant et la sensibilité maternelle puissent agir comme médiateurs dans l’association entre le stress maternel prénatal et le développement cognitif de l’enfant. Cette étude empirique a donc pour objectif de tester ces modèles de médiation et de vérifier la présence d’effets directs du stress maternel prénatal, de la sécrétion de cortisol de l’enfant et de la sensibilité maternelle sur le développement cognitif de l’enfant. Les résultats obtenus documentent la présence d’effets directs et indépendants du stress maternel prénatal, de la sécrétion de cortisol de l’enfant et de la sensibilité maternelle afin de prédire le développement cognitif de l’enfant à 3 mois. De plus, aucune relation de médiation n’est documentée. Les résultats soutiennent ainsi à la fois l’influence des facteurs de l’environnement prénatal, celle de l’environnement postnatal et une contribution des facteurs propres à la physiologie de l’enfant dans la prédiction du développement cognitif en bas âge. / The purpose of the present doctoral thesis is to examine the association between prenatal environment and early human development and to investigate mechanisms by which fetal programming can occur. To clarify this association, we conducted two different studies. First, we did a meta-analysis to examine the relation between various prenatal variables and child cortisol secretion. Prenatal variables considered were maternal prenatal stress and maternal prenatal use of alcohol, tobacco and drugs. Nineteen studies were included in the analysis and results reveal and significant and moderate association between prenatal variables and child cortisol secretion (d = .36, p < .001). Moderator analyses reveal that greater effect sizes can be traced to maternal alcohol use, to the use of retrospective research methodology, where mothers are questioned after child birth regarding programming variables, and to the use of baseline measures of cortisol secretion, as opposed to recovery measures. Moderation effects suggest that different mechanisms could be involved when different prenatal variables are considered. Secondly, an empirical study was conducted in order to examine mechanisms that could explain the association between prenatal environment and early human development. The purpose of this empirical study is to test the possibility that early differences in cortisol secretion and maternal interactive sensitivity may mediate the link between maternal prenatal stress and infant cognitive development. The results reveal independent effects of maternal prenatal stress, infant cortisol secretion and maternal sensitivity to predict infant cognitive development. However, the results do not reveal mediation neither for infant cortisol secretion nor for maternal interactive sensitivity in the association between maternal prenatal stress and infant cognitive development. Together, these results provide support for a contribution of prenatal environment, postnatal environment and of infant’s physiological characteristics to predict infant cognitive development.

La présente recherche s'intéresse au phénomène de la prise de conscience du corps dans le processus de développement de la personne. Le problème s'est d'abord posé de manière intuitive par l'observation d'expériences vécues auprès de personnes en développement. Les premières intuitions ont orienté vers la conception organique de l'éducation ouverte afin de comprendre les fondements d'une approche éducative préoccupée du développement intégral de la personne. Cependant, certaines questions importantes n'ont pas trouvé de réponse satisfaisante ni dans l'expérience vécue, ni dans la littérature de la psychologie humaniste explorée alors. Ces questions concernaient la dimension corporelle du processus de connaissance. Le premier chapitre relate les premiers pas du cheminement de recherches. Les questions, d'abord globales, se sont précisées pour engendrer trois questions spécifiques. La première interroge la condition interne expérienciée dans un moment de prise de conscience (corporelle). La seconde cherche à comprendre la structure de l'expérience de la prise de conscience corporelle. Enfin, la dernière questionne le type de connaissance à laquelle la personne accède dans un tel moment. L'objectif de cette recherche est de comprendre et de décrire le processus interne qui se ri épi ni p dans un moment où la personne est présente à l'expérience corporelle. Ce processus est nommé le mouvement organismique". Le deuxième chapitre présente la méthodologie de recherche qui s'inspire aussi de la conception organique de l'éducation. La recherche est envisagée comme une activité éducative ouverte, source de connaissance organismique (qui s'intègre à tout l'être). L'exploration du phénomène du mouvement organismique est avant tout expérientielle et inductive. Elle se réalise par une dialectique interactive entre des données expérientiels, tel les témoignages d'expériences vécues, et une réflexion méditative axée sur la recherche de concepts-clefs qui articulent la compréhension du phénomène. La pensée de certains auteurs vient contribuer à la réflexion en proposant des pistes et des intuitions d'une part, et en permettant, d'autre part, de situer la compréhension dans le champ de connaissance relié à la prise de conscience du corps et au processus de développement de la personne. Les troisième et sixième chapitres présentent les points de vue de penseurs consultés sur les questions posées à l'intérieur de la recherche. Les données expérientielles sont recueillies sous la forme de témoignages écrits relatant un moment de prise de conscience et sont complétées par une entrevue individuelle. Les témoignages individuels des douze personnes participantes sont décrits et analysés dans le quatrième chapitre de ce travail. L'analyse individuelle de chacun des témoignages fait ressortir des éléments perceptuels et apporte un premier éclairage face aux questions posées. Une discussion globale propose, dans le cinquième chapitre, la compréhension qui se dégage de l'analyse méditative de l'ensemble des données. Des réflexions sur la condition interne, la structure de l'expérience et la connaissance organismique sont soumises à la discussion. Le sixième chapitre effectue un retour dialectique à la littérature contemporaine pour confronter les réflexions issues de l'analyse aux réflexions posées par certains penseurs. C 'est ainsi que s'articule la compréhension du phénomène. D'une part, plusieurs approches corporelles sont apparues ces dernières années. Les conceptions du développement de la personne qu'elles sous-tendent ne sont pas toujours clairement énoncées et elles sont parfois contradictoires. L'observation de l'expérience vécue permettra de mieux se situer dans la discussion au sujet du processus de développement de la personne. D'autre part, il apparaît pertinent de poser de telles questions fondamentales au moment où le monde de l'éducation cherche sa direction. Plusieurs intervenants ont peine à saisir "le sens" de leur intervention, en ce temps où de nouvelles valeurs éducatives s'affirment, où de nouveaux programmes, de nouvelles approches, de nouvelles technologies sont suggérées. Il semble difficile de ne pas "perdre pied" dans cette vague qui a pris forme en éducation avec le renouveau pédagogique des années soixante. L'ouverture à l'expérience corporelle peut s'avérer déterminante dans le processus éducatif. L'objectif ultime de cette recherche est de proposer une vision unifiée du phénomène qui puisse éveiller une certaine résonance dans l'expérience subjective d'autres personnes. Celles-ci, à leur tour, pourront chercher à approfondir la compréhension proposée. / Québec Université Laval, Bibliothèque 2015

Parmi les théories évolutives du vieillissement, la théorie du soma-jetable (SJ) de Thomas B.L. Kirkwood (1977) et Robin Holliday (Kirkwood et Holliday 1979) propose l'hypothèse d'un compromis optimal de l'allocation énergétique entre les différentes fonctions de l'organisme, conformément à la signature adaptative pour la survie de l'espèce. Le compromis est celui d'un maintien des processus reproductifs au détriment de la régénérescence des cellules somatiques. Cela occasionne au niveau moléculaire une perte de fidélité de la réplication des cellules, d'où s'ensuit une accumulation des dommages dont l'explication requiert la considération de plusieurs mécanismes. Dans cette perspective, le vieillissement est conçu comme un produit dérivé de l'évolution des organismes multicellulaires et non comme un trait adaptatif. Parallèlement, les recherches en sciences de la nutrition ont permis d'observer que les effets métaboliques obtenus par la restriction calorique (RC) sont des facteurs conséquents sur le ralentissement des mécanismes promoteurs des dommages et des effets du vieillissement. Ce mémoire a pour objectif d'examiner les implications épistémologiques de la conciliation des hypothèses de la restriction calorique et des régimes diététiques avec les théories du vieillissement. Un examen détaillé s'appuyant sur la construction d'un modèle d'histoire de vie d'une espèce permettra de comprendre comment il est possible d'intégrer l'hypothèse de la restriction calorique au sein de la théorie du soma-jetable (Shanley et Kirkwood, 2000). Cependant, nous soulignerons les limites épistémiques du modèle d'histoire de vie basé sur l'allocation énergétique à partir d'observations en laboratoire, considérant la complexité du vieillissement d'un point de vue phylogénétique et de l'alimentation de l'organisme en milieu naturel. L'analyse de l'intégration des modèles explicatifs des effets nutritionnels sur la longévité dans une théorie évolutive nous permet de mettre en lumière l'importance d'articuler les explications en biologie fonctionnelle et évolutive, de même qu'un pluralisme intégratif pour l'intelligibilité du phénomène du vieillissement. / Among the evolutionary theories of aging, the Disposable Soma Theory (DST) of Thomas BL Kirkwood (1977) and Robin Holliday (Kirkwood and Holliday 1979) proposes the hypothesis of an optimal trade-off of the energy allocation between the different functions of the organism, in accordance with the adaptive signature for the survival of the species. The trade-off is that of maintaining reproductive processes to the detriment of the regeneration of somatic cells. At the molecular level, this causes a loss of fidelity in cell replication, resulting in an accumulation of damage, the explanation of which requires the consideration of several mechanisms. In this perspective, aging is conceived as a by-product of the evolution of multicellular organisms and not as an adaptive trait. At the same time, research in nutritional sciences has made it possible to observe that the metabolic effects obtained by caloric restriction (CR) are significant factors in slowing down the mechanisms of aging. This thesis aims to examine the epistemological implications of hypotheses considering caloric restriction and dietary regimes in theories of aging. A detailed examination based on the construction of a life history model of a species will make it possible to understand how we can integrate the caloric restriction hypothesis within the disposable soma theory (Shanley and Kirkwood, 2000). However, we will underline the epistemic limits of the life history model based on energy allocation from laboratory observations, considering the double complexity of aging from a phylogenetic point of view and the feeding of the organism in wild environment. The analysis of the integration of explanatory models of nutritional effects on longevity in an evolutionary theory allows us to highlight the importance of articulating explanations in functional and evolutionary biology, as well as an integrative pluralism for the intelligibility of the phenomenon of aging.

Introduction: Le développement pré-implantatoire et particulièrement la formation d'un blastocyste de qualité constitue l'un des événements les plus importants pour l'implantation et l'induction de la grossesse. In vitro, 30% à 40% seulement des ovocytes aboutissent à la formation de blastocystes et juste une faible proportion de ces derniers, supposés morphologiquement être "en bonne santé" sont capables de réussir le développement post-implantation. Cette limitation pose un grand problème pour les technologies de fécondation in Vitro (FIV) ce qui nécessite le développement d'une bonne approche permettant de se prononcer sur la compétence embryonnaire. La notion de compétence demeure difficile à définir sur des bases morphologiques et cinétiques. Considérant que la sélection d'un blastocyste de qualité est l'un des objectifs majeurs de la FIV chez l'humain et que le bovin représente un très bon modèle pour telle une étude, nous nous sommes fixés comme objectif d'analyser le profil d'expression génique du blastocyste bovin à trois stades de développement (début cavité, en expansion et éclos). Cette étude nous renseignera non seulement sur la régulation moléculaire de l'expansion et l'éclosion du blastocyste mais nous permettra également de définir des marqueurs potentiels de la compétence au développement et d'avoir un outil utile pour caractériser les différentes étapes de ces changements morphologiques (classification) Méthodes: Les blastocystes sont produits in vitro et collectés au stade début cavité (apparition d'une petite cavité), en expansion (diamètre supérieur à une zone pellucide normale) et éclos (sans zone pellucide). Pour procéder à notre étude transcriptomique, l'ARN est extrait, amplifié, marqué puis hybride en "loop design experiment" (biopuce maison ADNc, BlueChip). Pour valider les résultats des biopuces, certains gènes candidats ont été sélectionnés et confirmés par Q-RT-PCR. Résultats: À l'issue de l'analyse des données de biopuces, différents gènes impliqués par exemple dans l'implantation, l'adhésion cellulaire et la digestion de la matrice extracellulaire ont été trouvés comme sur-exprimés au stade éclos. Les blastocystes au stade début cavité, ont été en contre partie plutôt enrichis en gènes dont les produits sont impliqués dans le contrôle du cycle cellulaire, la traduction et la transcription. Les résultats de la Q-RT-PCR ont positivement validé les résultats de biopuce à un taux de 87,5% (7/8). Certains de ces gènes candidats confirmés par Q-RT-PCR (IFNT, PLAC8, SSLP1, AKR1B1, HNRNPA2B1, ARGFX, NANOS et CCNB1) s'avèrent particulièrement intéressants comme marqueurs potentiels de la compétence embryonnaire surtout qu'on a détecté leur expression aussi tôt que le stade blastocyste. Conclusions: Notre étude procure de nouvelles connaissances sur la régulation moléculaire de la formation du blastocyste. D'autres part, la liste des gènes différentiellement exprimés pourra faciliter dans lefutur, le choix et l'étude de marqueurs éventuels de la compétence ainsi que la classification des blastocystes lorsqu'il s'agirait d'investiguer l'effet du traitement sur le développement embryonnaire.