En réponse aux opérations futures d’assainissement des installations nucléaires, la décontamination par ablation laser de surfaces métalliques apparait comme une technique adaptée aux enjeux sanitaires et économiques actuels. L’objectif est d’ablater par un faisceau laser de façon préférentielle la surface oxydée contenant des radioéléments et de récupérer les éléments vaporisés pour pouvoir isoler la contamination radioactive en vue de son stockage. A la différence des techniques existantes comme le ponçage ou le traitement chimique par gel ou mousse, le traitement laser permet de ne pas produire de déchets secondaires et de pouvoir être effectué à distance en diminuant considérablement la dose reçue par les opérateurs. Le retour d’expérience a montré la nécessité d’optimiser le procédé en vue de limiter la contamination résiduelle. Les phénomènes responsables de cette limitation et identifiés dans la littérature sont la pénétration des contaminants dans le substrat métallique par effet thermiques induits par laser et le piégeage des radionucléides dans des défauts de surface micrométriques. Les travaux de thèse auront donc comme objectifs d’étudier et d’optimiser la décontamination de surfaces métalliques avec des couches d’oxydes contaminées de façon volumique avec un simulant de radionucléide (Eu) par ablation laser, en vue dans un second temps d’améliorer de l’efficacité de la technique au niveau des défauts surfaciques. Enfin, au-delà de la démarche expérimentale, cette thèse vise à contribuer à la compréhension de l’interaction laser/matière dans le cadre de notre étude via la simulation du chauffage de surface métallique par modélisation multi physique. / The preparation of future decommissioning of nuclear installations is currently facing economical and sanitary challenges. The metallic-surface decontamination by laser ablation is here studied as an appropriate and efficient technique, which involves ejection of surface contamination by subjecting the surface to high-energy laser pulses followed by subsequent trapping to avoid environmental dispersion. This process has many advantages such as the minimization of secondary waste, no production of effluents and the reduction of the exposition of workers by the automation of the process. Previous studies highlighted the need to optimize the process in order to limit the residual contamination. The identified reasons for this limitation are the contamination penetration into the metal bulk induced by the laser treatment and the entrapment of the radionuclides in surface defects like micro cracks. The aim of this work is the study and the cleaning optimization of metallic surfaces with an oxide layer implemented with a non-radioactive contamination (Eu). Secondly, the cleaning efficiency has been improved in case of damaged surfaces with defects such as cracks. Beyond an experimental study, The ablation of a metallic substrate with a submicrometric oxide layer is currently modeled using a numerical and multiphysics approach in order to determine the mechanism involved during the process.

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Cette étude s'inscrit dans le cadre d'un programme de recherche destiné à évaluer le potentiel de la biodésinfection anaérobie (BDA) pour lutter contre les champignons phytopathogènes du sol dans les fraisières. Elle avait pour objectifs de (1) caractériser les profils d'acides gras volatils (AGVs) obtenus suite à la BDA réalisée avec différentes matières organiques et (2) déterminer la fongitoxicité et la phytotoxicité des AGVs. La BDA du sol a été réalisée in vitro avec comme amendements organiques une variété de résidus lignocellulosiques et de sous-produits de l'industrie agroalimentaire largement disponibles dans la province de Québec. Les sols amendés en matière organique ont généralement présenté des valeurs négatives de potentiel redox après deux semaines de BDA. Les concentrations du sol en AGVs (acide acétique, butyrique, isobutyrique, propionique, valérique et isovalérique) et la concentration totale en AGVs ont varié selon l'amendement organique utilisé. Les concentrations totales en AGVs les plus élevées furent obtenues dans les sols amendés avec la mélasse, la drêche de brasserie ou le marc de pomme. L'exposition à l'acide acétique et à l'acide butyrique, aux concentrations obtenues dans les sols soumis à la BDA, fut létale pour Verticillium dahliae et Neopestalotiopsis rosae. Des plantules de fraisier (Fragaria × ananassa) transplantées dans le sol après la BDA ont développé des symptômes de phytotoxicité au niveau des feuilles et des racines. Les symptômes les plus intenses ont été observés dans les sols dont les concentrations totales en AGVs étaient les plus élevées. L'acide butyrique et l'acide acétique seraient responsables, à tout le moins en partie, des symptômes foliaires de phytotoxicité. Cette étude démontre que le type de matière organique incorporé dans le sol influence les profils d'AGVs obtenus suivant un traitement de BDA et que l'acide acétique et l'acide butyrique, les AGVs produits en plus grande quantité, sont fongitoxiques et phytotoxiques.

Le charbon activé est l'agent le plus fréquemment recommandé pour la décontamination gastro-intestinale des enfants empoisonnés en Amérique du Nord. Pourtant, ses risques et bénéfices dans la population pédiatrique sont insuffisamment documentés dans les écrits scientifiques, et son efficacité est incertaine. À défaut de données probantes, nous avons réalisé trois études pour évaluer l'usage du charbon activé dans une population pédiatrique empoisonnée. 1. La première étude visait à valider l'utilisation du *Poisoning Severity Score* pour évaluer la gravité de l'intoxication et la progression de la toxicité dans une population pédiatrique empoisonnée par une substance carbo-adsorbable ; 2. La seconde étude avait pour objectifs de décrire la fréquence d'utilisation du charbon activé, d'évaluer les déterminants potentiels de son administration, et d'estimer l'association entre la décontamination par charbon activé et les issues cliniques des enfants empoisonnés par une substance carbo-adsorbable, telles que la progression de la toxicité ; 3. La troisième étude visait à synthétiser les connaissances sur l'effets des additifs de goût pour améliorer la palatabilité du charbon activé. Les deux premières études rétrospectives multicentriques utilisaient des données de patients pédiatriques ayant consulté à l'urgence de trois centres hospitaliers du Québec entre 2013 et 2016 dans les douze heures suivant l'ingestion d'une dose potentiellement toxique d'une substance carbo-adsorbable. La première étude observationnelle rétrospective menée chez les 0 à 17 ans a permis de valider l'utilisation du *Poisoning Severity Score* à des fins de recherche en toxicologie clinique, avec une bonne fiabilité inter-évaluateurs. Des modèles de régression logistique ont permis d'étudier sa capacité discriminante et sa calibration. La comparaison de la performance du *Poisoning Severity Score* à celle du *Pediatric Logistic Organ Dysfunction Score* (PELODS) suggère que le PSS est plus adapté que le PELODS pour caractériser la gravité de l'intoxication et la progression de la toxicité dans notre population d'étude. La seconde étude de cohorte rétrospective multicentrique, effectuée chez les 0-5 ans, nous a permis de mesurer que le charbon activé a été utilisé pour décontaminer 24% (IC 95% 19 à 29%) des enfants empoisonnés par une substance carbo-adsorbable au Québec. Majoritairement, ces enfants se sont présentés à l'urgence en étant pas ou peu symptomatiques. La plupart d'entre eux n'ont pas expérimenté de progression de la toxicité majeure, comme le reflètent les mesures du *Poisoning Severity Score*. Dans les trois centres hospitaliers québécois où notre population d'étude a consulté, un délai post-ingestion court (< 90 minutes) était l'indication privilégiée pour l'administration du charbon. La présence de comorbidités et d'un score PELODS intermédiaire ou élevé étaient également associés à une probabilité plus grande de décontamination par charbon activé. Les enfants traités par charbon présentaient une diminution de 30% du risque d'augmentation de la toxicité durant les 12 premières heures, mais une probabilité deux fois plus élevée d'être admis à l'hôpital ou aux soins intensifs, et d'avoir une durée de séjour de 12 heures et plus. Cependant, ces différences avec les enfants non décontaminés n'étaient pas statistiquement significatives dans notre cohorte, rendant les résultats de cette comparaison non concluants. Finalement, notre troisième étude était une revue systématique de la littérature, qui nous a permis d'observer que peu d'études de bonne qualité méthodologique ont été consacrées à l'effet des additifs de goût sur la palatabilité du charbon. Cette pratique est pourtant largement répandue dans les milieux de soins pour optimiser la décontamination gastrointestinale par charbon activé. L'utilisation d'additifs de goût tels que le cola ou le chocolat pourrait être une solution facilement accessible pour optimiser la décontamination par charbon activé chez les enfants empoisonnés, mais les connaissances actuelles sont insuffisantes pour soutenir cette pratique. En conclusion, cette thèse a permis de collecter des informations sur les pratiques d'utilisation du charbon activé dans une population pédiatrique empoisonnée par une substance carbo-adsorbable. Nos résultats contribueront à l'élaboration du protocole d'un essai clinique randomisé multicentrique pancanadien visant à évaluer l'efficacité du charbon activé dans cette population. / Activated charcoal is the most frequently recommended agent for gastrointestinal decontamination of poisoned children in North America. However, itsrisks and benefits in the pediatric population are insufficiently documented in the scientific literature, and its effectiveness is uncertain. In the absence of evidence, we conducted three studies to evaluate the use of activated charcoal in a pediatric poisoned population. 1. The first study aimed to validate the use of the Poisoning Severity Score to assess the severity of intoxication and the toxicity progression in a pediatric population poisoned by a carbo-adsorbable substance; 2. The objectives of the second study were to describe the frequency of use of activated charcoal, to assess potential determinants of its administration, and to estimate the association between activated charcoal decontamination and clinical outcomes of children poisoned by a carbo-adsorbable substance, such as the toxicity progression; 3. The third study aimed to synthesize knowledge on the effects of taste additives to improve the palatability of activated charcoal. The first two retrospective multicenter studies used data from pediatric patients who visited the Emergency Department of three Québec hospital centers between 2013 and 2016 within twelve hours after ingesting a potentially toxic dose of a carbo-adsorbable substance. The first retrospective observational study conducted in children aged 0- to 17-years validated the use of the Poisoning Severity Score for clinical toxicology research purposes, with good inter-rater reliability. Logistic regression models were used to study its discrimination and calibration. Comparison of the performances of the Poisoning Severity Score with that of the Pediatric Logistic Organ Dysfunction Score (PELODS) showed that the PSS is better suited than the PELODSto predict the severity of intoxication and the toxicity progression in our study population. The second retrospective multicenter cohort study, conducted in children aged 0 to 5 years, allowed us to measure that activated charcoal was used to decontaminate24% (95% CI 19 to 29%) of children poisoned by a carbo-adsorbable substance in Québec. Most of these children presented to the Emergency Department with little or no symptoms. They did not experience a significant toxicity progression, as reflected by the Poisoning Severity Score measures. In the three Québec hospital centers where our study population consulted, a short post-ingestion time (<90 minutes) was the preferred indication for activated charcoal administration. The presence of comorbidities and an intermediate or high PELODS were also associated with a greater likelihood of decontamination with activated charcoal. Charcoal-treated children had a 30% lower risk of increased toxicityin the first 12 hours, but twice the likelihood of being admitted to the hospital or intensive care unit, and of having a length of stay of 12 hours or more. However, these differences with non-decontaminated children were not statistically significant in our cohort, making the results of this comparison inconclusive. Finally, our third study was a systematic review of the literature, which allowed us to observe that few studies of good methodological quality have addressed the effect of taste additives on activated charcoal’s palatability. However, this practice is widely used to optimize gastrointestinal decontamination with oral activated charcoal in clinical care. The use of taste additives such as cola or chocolate could be a readily available solution to optimize activated charcoal decontamination in poisoned children. Still, current knowledge is insufficient to support this practice.In conclusion, this thesis has collected information on the use of activated charcoal in a pediatric population poisoned by a carbo-adsorbable substance. Our results will contribute to developing a protocol for a pan-Canadian multicenter randomized controlled trial to evaluate the efficacy of activated charcoal in this population.

Cette étude visait à étudier la capacité d’un biodéchet calcitique seul ou en mélange avec de matériaux chimiques alcalins ainsi que l’efficacité du procédé d’électro-activation dans la neutralisation de l’acidité et le maintien de conditions alcalines dans un résidu minier sulfuré (RMS). Dans une première série d'expériences, l’évolution du pH du RMS traité avec divers amendements a été suivie en fonction de doses croissantes de coquilles d'œufs de poule (COP) ajoutées seules (2, 4, 6, 8 et 10%) ou en mélange avec 1 et 2% de ciment Portland, 1 et 2% d’oxyde de magnésium (MgO), 1 et 2% de chaux calcique et 1 et 2% de chaux dolomitique. La plus forte dose de COP (10 %) a augmenté la valeur de pH de 2,61 (sans ajout d’amendement) à 7,24. Cependant, les échantillons de RMS mélangés avec COP + ciment (1 – 2%) ou COP + MgO (1 – 2%) avaient un pH très élevé (≥ 8). Les résultats suggèrent que les composés de magnésium ou les produits calcaires riches en oxydes, en hydroxydes et en carbonates, présents dans les RMS chaulés, fournissent une protection à longue terme contre l’acidification anthropique des RMS chaulés. Dans une deuxième série d'expériences, plusieurs essais ont été effectués pour évaluer l’efficacité du procédé d’électro-activation utilisant deux compartiments, l’anode et la cathode, et certains paramètres géométriques, électriques, qualitatifs et quantitatifs, dans la neutralisation de l’acidité des suspensions de RMS introduites dans le compartiment cathodique. Tous les traitements ont influencé de façon significative les valeurs de pHcatholyte. Les résultats ont démontré que l’électro-activation permettait de neutraliser efficacement l’acidité du RMS seul ou en mélange avec COP et également d’obtenir des valeurs de pH fortement alcalines (pHcatholyte 8,0 – 10,0). En outre, l’électro-activation utilisant trois compartiments a permis d’éliminer 80% du fer ferreux d’une solution de FeSO4·7H2O. / This study aimed to investigate the capacity of a calcite biowaste alone or mixed with alkaline chemical materials and the efficiency of the electro-activation process in neutralizing acidity and maintaining alkaline conditions in a sulfide mine tailing (SMT). In a first set of experiments, chicken eggshell residue (CES) alone (2, 4, 6, 8 and 10%) or mixed with cement concrete (1 – 2%), MgO (1 – 2%), calcitic limestone (1 – 2%) or dolomitic limestone (1 – 2%) was used to neutralize sulfide mine tailing (SMT) acidity and to precipitate trace metallic elements. The highest rate of CES (10%) increased the initial tailing pH value from 2.61 (without amendment) to 7.24, indicating that CES had sufficient lime value to increase the pH of acid SMT. However, the SMT samples mixed with either CES + cement (1 – 2%) or CES + MgO (1 – 2%) had a high pH (≥ 8). The results suggested that magnesium compounds and calcareous products rich in hydroxides, oxides and carbonates present in limed SMT would provide long-term protection against acid deposition or re-acidification of limed SMT. In a second set of experiments, several trials were carried out to assess the effectiveness of electro-activation process composed by two compartments, anode and cathode, under different electric, geometrical, quantitative and qualitative parameters, in neutralizing acidity and maintaining alkaline conditions in a SMT alone or mixed with CES introduced into the cathode compartment. All treatments significantly influenced the pHcatholyte. The results demonstrated that electro-activation process is capable of neutralizing the acidity of RMS alone or mixed with COP and also to achieve alkaline pH conditions (pHcatholyte 8.0 – 10.0). In addition, the electro- activation process using three compartments can remove up to 80% of ferrous iron from an aqueous FeSO4·7H2O solution.

Les tourbières exploitées et occasionnellement inondées par de l'eau de mer présentent un ensemble de facteurs qui compliquent leur restauration ou leurs réhabilitation, incluant la toxicité du sel, le soulèvement gélival, les inondations par les eaux pluviales et, peut être le facteur le plus difficile à gérer, le manque de graines adaptées. Cette étude a eu pour objectif de tester différentes techniques de réhabilitation sur une tourbière exploitée et inondée par l'eau de mer, située sur l'île de Pokesudie au Nouveau-Brunswick. Lors d'une tempête en janvier 2000, une partie de la zone d'exploitation de cette tourbière a été inondée par de l'eau de mer. En dépit des efforts de mitigation, la tourbe est restée trop salée pour pouvoir être utilisée en horticulture. Des recherches ont alors été menées pour trouver des techniques de réhabilitation. Ces techniques de restauration visent à stabiliser le substrat par le biais du développement d'un couvert végétal important. Pour cela des espèces typiques des marais salés ont été utilisées. Deux techniques d'introduction ont été testées : le transfert par carottes de densités différentes et le transfert de foin. L'utilisation de fertilisant a également été testée. Le recouvrement végétal le plus important a été obtenu en utilisant le transfert de foin récolté dans des zones dominées par Juncus bufonius et dans des communautés végétales des marais salés dominées par Spartina pectinata. L'utilisation de fertilisant n'a pas accéléré le développement du recouvrement végétal. Cette étude pourrait être intéressante pour d'autres projets de réhabilitation des tourbières côtieres.

Le nématode doré, Globodera rostochiensis, est un nématode phytoparasite qui peut infecter des plantes agricoles telles la pomme de terre, la tomate et l’aubergine. En raison des pertes de rendement considérables associées à cet organisme, il est justifiable de quarantaine dans plusieurs pays, dont le Canada. Les kystes du nématode doré protègent les œufs qu’ils contiennent, leur permettant de survivre (en état de dormance) jusqu’à 20 ans dans le sol. L’éclosion des œufs n’aura lieu qu’en présence d’exsudats racinaires d’une plante hôte compatible à proximité. Malheureusement, très peu de connaissances sont disponibles sur les mécanismes moléculaires liés à cette étape-clé du cycle vital du nématode doré. Dans cet ouvrage, nous avons utilisé la technique RNA-seq pour séquencer tous les ARNm d’un échantillon de kystes du nématode doré afin d’assembler un transcriptome de novo (sans référence) et d’identifier des gènes jouant un rôle dans les mécanismes de survie et d’éclosion. Cette méthode nous a permis de constater que les processus d’éclosion et de parasitisme sont étroitement reliés. Plusieurs effecteurs impliqués dans le mouvement vers la plante hôte et la pénétration de la racine sont induits dès que le kyste est hydraté (avant même le déclenchement de l’éclosion). Avec l’aide du génome de référence du nématode doré, nous avons pu constater que la majorité des transcrits du transcriptome ne provenaient pas du nématode doré. En effet, les kystes échantillonnés au champ peuvent contenir des contaminants (bactéries, champignons, etc.) sur leur paroi et même à l’intérieur du kyste. Ces contaminants seront donc séquencés et assemblés avec le transcriptome de novo. Ces transcrits augmentent la taille du transcriptome et induisent des erreurs lors des analyses post-assemblages. Les méthodes de décontamination actuelles utilisent des alignements sur des bases de données d’organismes connus pour identifier ces séquences provenant de contaminants. Ces méthodes sont efficaces lorsque le ou les contaminants sont connus (possède un génome de référence) comme la contamination humaine. Par contre, lorsque le ou les contaminants sont inconnus, ces méthodes deviennent insuffisantes pour produire un transcriptome décontaminé de qualité. Nous avons donc conçu une méthode qui utilise un algorithme de regroupement hiérarchique des séquences. Cette méthode produit, de façon récursive, des sous-groupes de séquences homogènes en fonction des patrons fréquents présents dans les séquences. Une fois les groupes créés, ils sont étiquetés comme contaminants ou non en fonction des résultats d’alignements du sous-groupe. Les séquences ambiguës ayant aucun ou plusieurs alignements différents sont donc facilement classées en fonction de l’étiquette de leur groupe. Notre méthode a été efficace pour décontaminer le transcriptome du nématode doré ainsi que d’autres cas de contamination. Cette méthode fonctionne pour décontaminer un transcriptome, mais nous avons aussi démontré qu’elle a le potentiel de décontaminer de courtes séquences brutes. Décontaminer directement les séquences brutes serait la méthode de décontamination optimale, car elle minimiserait les erreurs d’assemblage.

Des études dans le domaine plasma-biologie ont démontré l'effet biocide des jets plasma à pression atmosphérique (JPPAs), faisant de ces dispositifs une alternative aux traitements classiques de décontamination microbiologique. Le gaz (ou mélange de gaz) utilisé et la puissance injectée dans le plasma ont été identifiés comme des paramètres importants influençant l'efficacité biocide des jets plasmas. Récemment, il a été rapporté qu'un autre facteur pouvait influencer l'effet biocide des jets plasmas : la nature de la cible en interaction avec le jet. Cette thèse propose d'étudier l'influence de la nature d'une cible sur les propriétés physiques et biocides des jets plasmas. Dans un premier temps, le jet plasma a été caractérisé en l'absence de cible à l'aide d'outils de diagnostics électriques (sonde de tension, sonde de courant, oscilloscope) et optiques (caméra ICCD, spectromètre optique). Ainsi, la caméra ICCD a permis l'observation de la propagation d'une onde d'ionisation à des vitesses très élevées (de l'ordre du km.s-1). Dans un second temps, la caractérisation a porté sur l'interaction du jet plasma avec d'une part une cible diélectrique (10-10 S.m-1) et d'autre part une cible conductrice (6.0 107 S.m-1). Les résultats montrent que lorsque l'onde d'ionisation atteint la cible diélectrique, celle-ci se propage de manière radiale sur la surface de la cible formant une onde d'ionisation surfacique. Pour la cible conductrice, un canal s'établit entre la source plasma et la surface de la cible, suivi éventuellement par la propagation d'une onde d'ionisation secondaire de la surface de la cible en direction de la sortie de la source plasma. Enfin, afin d'évaluer l'influence de la nature de la cible sur l'efficacité biocide du jet plasma, des suspensions d'endospores de Bacillus atrophaeus et de bactéries Escherichia Coli ont été utilisées comme indicateur biologique. Les endospores et les bactéries ont été inoculées sur la surface des cibles diélectriques et conductrices, puis exposées au jet plasma. Les résultats montrent des modifications différentes sur le manteau des spores et une efficacité biocide plus élevée pour la cible conductrice comparée à la cible diélectrique. En résumé, cette thèse montre que les effets biocides des jets plasmas doivent être évalués dans les conditions expérimentales qui correspondent à l'application envisagée. / Studies in the plasma-biology field have demonstrated the biocidal effect of atmospheric pressure plasma jets (JPPAs), making these devices an alternative to conventional biological decontamination treatments. The gas (or gas mixture) used and the power injected into the plasma were identified as the parameters influencing the biocidal efficacy of plasma jets. Recently, it has been reported that another factor may influence the biocidal effect of plasma jets: the nature of the target in interaction with the jet. This thesis proposes to study the influence of the nature of a target on the biocidal properties of plasma jets. Initially, the plasma jet was characterized in the absence of a target using electrical (voltage probe, current probe, oscilloscope) and optical (ICCD camera, optical spectrometer) diagnostic tools. The ICCD camera allowed the observation of the propagation of an ionization wave at very high velocities (of the order of km.s-1). Secondly, the characterization focused on the interaction of the plasma jet with a dielectric target (10-10 S.m-1) and a conductive target (6.0 107 S.m-1). The results show that when the ionization wave reaches the dielectric target, it propagates radially on the surface of the target forming a surface ionization wave. For the conductive target, a channel is established between the plasma source and the target surface, possibly followed by propagation of a secondary ionization wave from the target surface towards the plasma source outlet. Finally, the influence of the target nature on the biocidal efficacy of the plasma jet was studied. Endospores suspensions of Bacillus atrophaeus and Escherichia coli bacteria were used as biological indicator. Endospores and bacteria were inoculated on the surface of the dielectric and conductive target and exposed to the plasma jet. The results show different changes on the spores coat's and higher biocidal efficiency for the conductive target compared to the dielectric target. In summary, this thesis shows that the biocide effects of plasma jets should be evaluated under the experimental conditions corresponding to the intended applications.

Un gel fortement acide et oxydant, à matrice purement organique, a été formulé dans l'objectif de l'appliquer sur des parois métalliques contaminées par des radioéléments. Les propriétés rhéologiques pertinentes au regard de l'application envisagée (caractère rhéofluidifiant, thixotropie, seuil d'écoulement...) ont été analysées dans différents milieux : purement aqueux, acide (HNO3 2 mol/kg), acide et cérique ( (NH4)2Ce(NO3)6 1 mol/kg). La matrice organique utilisée, le xanthane, présente pour de faibles concentrations massiques (1 à 2 %) des caractéristiques exceptionnelles dans de tels milieux, même si sa résistance à l'oxydation est limitée à quelques heures. La complexation des sites polaires du polymère par les espèces cériques nous a ensuite amené à explorer les propriétés acido-basiques du xanthane par potentiométrie et RMN du proton. Enfin, un dispositif d'ozonolyse a été mis en œuvre afin d'éliminer la matière organique résiduelle contenue dans les effluents issus du traitement décontaminant. Cette technique s'est révélé efficace en milieu acide mais limitée en milieu acide et cérique. Ce dernier aspect mérite d'être approfondi en vue d'une utilisation dans l'industrie nucléaire.

Les productions fermières représentent un enjeu socio-économique important, néanmoins l'hygiène dans les ateliers fermiers est encore peu ou mal maîtrisée, ce qui peut conduire à une perte de produit pouvant atteindre 25% à certaines périodes de l'année.<br /><br />Notre étude réalisée dans le cadre de 2 programmes, régional et européen, avait pour objectif d'étudier l'écosystème microbien d'un atelier fermier de salaison n'utilisant pas de ferment et de proposer des solutions pour améliorer la qualité hygiénique et technologique du saucisson sec, sans affecter sa typicité.<br /><br />La description quantitative et qualitative de l'écosystème microbien de cet atelier fermier a montré une faible maîtrise de l'hygiène, une mise en œuvre de procédures de nettoyage et de désinfection non appropriées, ainsi qu'une faible acidité du produit (pH 6,2 – 6,5). A partir de la souchothèque constituée au cours de cette première étape, nous avons identifié et caractérisé la flore lactique, en vue de développer un ferment lactique et une « flore barrière » à partir de la flore endogène à l'atelier.<br /><br />Les identifications de 88 isolats de la flore lactique par approche phénotypique, génotypique et spectroscopique ont montré qu'Enterococcus faecium (25%) et Vagococcus carniphilus (12,5%) étaient les espèces dominantes au niveau des surfaces et des équipements de l'atelier, alors que Lactococcus garvieae (18,2%) et Lactobacillus sakei (40,9%) étaient, respectivement, les espèces dominantes au niveau de la mêlée et du saucisson.<br /><br />Les 36 souches de Lb. sakei identifiées ont été caractérisées par rapport à leur potentiel d'utilisation comme ferments. Une analyse multivariée des résultats obtenus a permis de sélectionner 2 souches pouvant être utilisées dans le développement d'un ferment spécifique à cet atelier. En outre, 5 Vc. carniphilus, 3 Ec. faecium, 1 Lb. sakei et 1 Enterococcus sp. ont été testées pour leur effet antibactérien à l'encontre de Listeria innocua, Staphylococcus aureus et/ou Hafnia alvei en conditions de biofilms bi-espèces. Deux souches d'Ec. faecium ont été caractérisées comme pouvant jouer le rôle de « flore barrière » au niveau des surfaces et des équipements de l'atelier.<br /><br />Par ailleurs, dans une perspective de mise en place de procédures de décontamination appropriées à cet atelier, différentes solutions de désinfection ont été testées pour leur effet bactéricide sélectif sur des bactéries d'intérêt technologique, d'altération et pathogène, isolées de cet atelier et cultivées en biofilms. Le désinfectant utilisé dans cet atelier s'est avéré non sélectif détruisant la flore d'intérêt technologique. Par contre, la solution d'acide acétique à pH 5,4 contenant 0,075% p/v de monolaurine s'est montrée sélective, inhibant la flore indésirable à des niveaux pouvant atteindre 4 log10 u.f.c/ml alors que la flore d'intérêt technologique n'a été que peu affectée.<br /><br />L'ensemble de ces résultats suggère la possibilité d'améliorer la qualité des saucissons secs fermiers en adoptant une approche de type écologie microbienne dirigée dans les ateliers fermiers.