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Représenter la découverte en sciences naturelles : étude sémiotique sur la médiation scientifique : le cas des publications scientifiques du Muséum national d'histoire naturelle / The representation of discovery in the natural sciences : Semiotic study on scientific mediation : the case of scientific publications of the National Museum of Natural History

Cholet, Céline 11 July 2018 (has links)
Dans le cadre de cette recherche, nous posons la problématique suivante : comment représente-t-on la découverte botanique en sciences naturelles ? Notre démarche sera sémiotique et particulièrement fondée sur la théorie greimassienne. Nous la lierons à une recherche sémantique qui s’appuiera notamment sur les travaux de François Rastier. Et parce que la représentation scientifique articule étroitement le texte linguistique au texte visuel, nous engagerons notre étude dans une perspective qui rendra compte du système visuel. Ce dernier sera interrogé à partir des écrits de Maria Giulia Dondero et Jacques Fontanillle, d’Anne Beyaert-Geslin ou encore de Jean-Marie Klinkenberg. A partir de ces fondements théoriques, cet objectif de recherche nous permettra de comprendre les mécanismes à l’œuvre lorsqu’il s’agit de représenter le vivant « non humain ». Le texte sera au cœur de notre recherche. Il supposera que nous l’abordions du point de vue de l’énoncé, mais aussi de l’énonciation. Pour envisager ce second volet, la théorie de l’énonciation d’Emile Benveniste sera convoquée. Parce que nous voulons mettre à l’épreuve la théorie, notre recherche intégrera une dimension empirique à partir d’un projet expérimental de lecture fondé sur la technique de l’eye-tracking (ou oculométrie). Celle-ci se montrera pertinente pour interroger la signification à partir de nos modes d’expression systématisés qui construisent le discours scientifique de la découverte depuis au moins deux siècles. A partir d’un corpus circonscrit issu des publications scientifiques du Muséum national d’histoire naturelle, nous définirons et expliquerons le parcours de la découverte et ses stratégies monstratives. Cela nous mènera à questionner nos modes de pensée. Pensons en effet que la médiation de nos représentations (le paraître) est le reflet d’une dimension ontologique (l’être). Elle fait de nous des instances connaissantes, conscientes et capables d’agir en conséquence. / As part of this research, we ask the following question: how do we represent the botanical discovery in natural sciences? Our approach will be semiotic and particularly based on Greimassian theory, which we will also link to a semantic analysis derived from the works of François Rastier. As scientific representation closely articulates linguistic text and visual text, this study will engage our object with a perspective that takes into account the visual system. The latter will be questioned in particular through the writings of Maria Giulia Dondero, Jacques Fontanillle, Anne Beyaert-Geslin and Jean-Marie Klinkenberg. With this theoretical foundation, our research objective will allow us to understand the mechanisms at work regarding the representation of non-human life-forms. Text will be at the heart of our research. He will suppose that we approach him from the point of view of the utterance, but also of the enunciation. This second part of our research will rely on the theory of the enunciation developped by Emile Benveniste. As our study aims to test the theory, therefore our research will integrate an empirical dimension based on an experimental reading project that uses eye-tracking. This will allow us to question meaning in the systematized modes of expression that have constructed scientific discourse in discovery for at least two centuries. Within a circumscribed corpus from the scientific publications of the National Museum of Natural History, we will define and explain the course of discovery and its monstrative strategies. This will lead us to question our ways of thinking. Let us think that the mediation of our representations (the appearance) is the reflection of an ontological dimension (being). It makes us knowledgeable, conscious and able to act accordingly.
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Biodiversité et évolution des virus présents dans les métagénomes animaux / Biodiversity and evolution of viruses in animal metagenomes

Bigot, Diane 18 December 2017 (has links)
Les virus font partie des entités les plus abondantes sur Terre, mais la diversité des virus est très peu connue puisque biaisée en faveur d’hôtes animaux d’intérêts sociétal, agronomique et économique. L’apport des nouvelles techniques de séquençage permet actuellement d’obtenir des informations qui étaient tout simplement inaccessibles. Le but de mon travail de thèse a été l’étude de la diversité virale présente au sein d’un grand nombre d’animaux non-modèles. Pour répondre à cette problématique il m’a fallu mettre en place une méthodologie analytique innovante de découverte de nouveaux virus par une approche de méta-transcriptomique. Ce travail i) montre que la méthodologie bioinformatique mise en place est pertinente, ii) permet de découvrir de nouveaux virus ayant des caractéristiques génomiques particulières relevant de nouveaux genres ou familles de virus, iii) révèle de nouveaux hôtes pour des virus appartenant à des familles virales très étudiées et iv) montre que la gamme d’hôte de virus connus peut être plus étendue qu’attendu grâce à un focus sur la diversité des virus d’hyménoptères. D’une manière plus globale, mon travail permet de combler quelques lacunes existantes dans les connaissances liées à l’étude de la diversité virale et met en évidence l’importance de l’étude des animaux non-modèles. / Viruses are among the most abundant entities on Earth, but the viral diversity remains mostly unknown as currently biased in favour of animals of social, agronomic and economic interest. Next Generation Sequencing technologies provide access to so far inaccessible information. The aim of my PhD thesis was the study of the viral diversity within a large range of non-model animals. To address this question I set up an innovative analytical framework to discover new viruses based on a meta-transcriptomic approach. This work i) shows that this bioinformatics method is efficient and powerful, ii) allows the discovery of new viruses with particular genomic organisations suggesting they belong to new virus genera of families, iii) uncovered new viruses from new hosts in well-known viral families and iv) shows wider viral host range than previously expected based on a particular focus on hymenopteran viral diversity. Overall, my work allows to fill some gaps in the knowledge of viral diversity and shows the importance of studying non-model animal species in virology.
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L’instrumentation des processus de « Découverte entrepreneuriale » dans le cadre des Stratégies de Recherche et d’Innovation pour la Spécialisation Intelligente (RIS3) : proposition d’une plateforme collaborative et d’une méthodologie de « matching » entre « Entrepreneurs Régionaux » pour favoriser les échanges dans les zones intermédiaires du système d'innovation régional de la Nouvelle-Aquitaine / The instrumentation of "Entrepreneurial Discovery" processes of "Research and Innovation Strategies for the Smart Specialisation" (RIS3)

Faham, Jérémie 09 January 2018 (has links)
Depuis 2014, la Commission Européenne incite les régions de ses états-membres à établir un nouveau type de stratégies de développement territoriales devant les pousser à se spécialiser dans des domaines qui sont ancrés sur leur territoire afin de dégager des avantages concurrentiels originaux et difficilement imitables : les « Stratégies de Recherche et d’Innovation pour la Spécialisation Intelligente » (RIS3). Depuis 2014, les RIS3 conditionnent également l’obtention des fonds FEDER qui servent à financer le développement de ces régions. Mais la principale originalité des RIS3 réside dans le fait que ces processus de sélection et de priorisation des spécialisations qui s’établissent à l’échelle globale des régions selon une dynamique décisionnelle classique qui va « du haut vers le bas » doivent désormais reposer sur des processus d'identification des domaines à fort potentiel qui doivent être menés « du bas vers le haut » via un processus de Découverte Entrepreneuriale (DE) devant permettre à un maximum d’« Entrepreneurs régionaux » (RE) (de toutes tailles, statuts ou secteurs) de participer à la définition des orientations de leur territoire. Cependant, un certain manque de préconisations méthodologiques se fait ressentir pour instrumenter concrètement ces processus au sein des réalités de chaque système d’innovation régional. Cette thèse présente donc deux prototypes logiciels que nous avons développés pour instrumenter ces mécanismes bidirectionnels au sein du système d’innovation de la Nouvelle-Aquitaine : (1) « WeKeyInnovation, une plateforme collaborative qui doit permettre à tous les RE de partager des informations utiles pour innover, mais aussi de poser les bases d’un véritable observatoire dynamique pour aider la puissance publique régionale à identifier en temps réel les pratiques, les besoins et les initiatives à fort potentiel émanant des acteurs de terrain qui évoluent sur le territoire ; (2) « DialoJ », un outil de matching en ligne reposant sur la résolution de questions dialogiques en amont d’évènements afin d’aider les RE qui entendent y participer à expliciter leurs expectatives et à mieux visualiser celles des autres acteurs dans le but de faciliter les processus d’identification et de correspondance avec des partenaires d’affaires potentiels plus adéquats en tant qu’étape préliminaire à toute démarche d’affaires collaborative. / Since 2014 the European Commission enhanced all member-states regions to establish a new type of territorial development strategies which call them to specialize within areas that are really embedded into their territory in order to push them to build a set of original competitive advantages that are impossible or difficult to imitate. Those new strategies are called: “Research and Innovation Strategies for the Smart Specialization” (RIS3). Since 2014, the formulation of a RIS3 strategy also became the obligation that conditions the possibility for regions to access to the European Regional Development Fund which is one of the main financial resources of regions to finance their development. But the main originality of RIS3 is certainly the fact that the classical “top-down” processes of selection and prioritization of the strategic orientations of territories that will be decided by each public government at regional level will also have to be based now on an “Entrepreneurial Discovery” process: a “bottom-up” process of identification of the domains of strong potential for the region which stresses the need to involve all the “regional entrepreneurs” (RE) (of all size, sectors or status) into the design of their territory orientations. However, it seems that there is a lack of practical recommendations to concretely implement those complex mechanism into the very heterogeneous contexts of each regional innovation system of European regions. Thus, this work present two propositions of tools that we developed to instrument those complex processes within the innovation system of the Nouvelle-Aquitaine: (1) “WeKeyInnovation, a collaborative platform to help RE to share information about innovation supports, and to create also the basis of a dynamic observatory at regional level in order to help policymakers in the design of more suitable territorial strategies; (2) “DialoJ”, a matching tool that will allow to all RE to clarify their needs before to participate to any networking events, in oder to help them to identify and to match with more suitable potential partners before to eventually start any collaborative business process with them.
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Élaboration d'un modèle de découverte et de composition des services web mobiles / Implementation of a mobile web services discovery and composition model

Ben Njima, Cheyma 06 July 2017 (has links)
Au cours des dernières décennies, Internet a connu une révolution et une croissance exponentielle.A la suite de cette croissance, un grand nombre de services web et d’applications ont émergé pour répondre aux différents besoins des consommateurs. En même temps, l’industrie du réseau mobile est devenue omniprésente, ce qui rend la plupart des utilisateurs inséparables de leurs terminaux mobiles. La combinaison de la technologie mobile et des services web fournit un nouveau paradigme appelé services web mobiles. Ainsi, la consommation des services web a` partir des appareils mobiles émerge en proposant plusieurs facilites´ aux utilisateurs et en imposant plus de manipulations de ces services.En effet, afin que les utilisateurs trouvent des services répondant a` leurs besoins, un mécanisme de découverte est nécessaire, par ailleurs, les demandes sont devenues non seulement plus complexes mais aussi plus dynamiques, un service unique qui offre une fonctionnalité simple et primitive est devenu insuffisant pour satisfaire les besoins et les exigences complexes. Par conséquent, la combinaison de multiples services pour fournir un service composite est de plus en plus utilisée demandée. Nous parlons ainsi des mécanismes de découverte et de composition des services web mobiles. Ces deux paradigmes sont mutuellement liés et complémentaires.La découverte et la composition des services web dans un environnement mobile soulèvent plusieurs défis qui n’existent pas dans un environnement classique (non mobile). Parmi ces défis se trouve les contraintes limitées de l’appareil mobile, appelé dans ce travail contexte statique, ainsi que le changement de contexte qui est duˆ principalement a` la mobilité du dispositif, appelé contexte dynamique.Ainsi, l’objet de la présente thèse est de proposer un Framework de composition de services web mobile englobant deux approches complémentaires. Une première approche proposée est consacrée a` la découverte des services web mobiles appelée MobiDisc et une deuxième qui propose une solution a` la problématique de composition dans un contexte dynamique. Notre première approche exploite le contexte statique avec les propriétés de QoS et les préférences´ utilisateurs dans les descriptions sémantiques des services et de la requête utilisateur afin d’augmenter l’exactitude du processus de découverte. Quand a` l’approche de composition, elle met l’accent sur le contexte dynamique qui peut modifier le résultat de la composition. L’objectif est de déterminer la sensibilité des services au contexte dynamique et de générer des plans de composition pour l’utilisateur tries´ selon leurs valeurs de sensibilité globale lui permettant de choisir la meilleure composition. / Over the last two decades, Internet has grown exponentially. causing the emergence of web ser-vices and applications that meet the different needs of the consumers. During the same period, the mobile network industry has become ubiquitous, making most users inseparable from their mobile devices. So the combination of mobile technology and web services provides a new paradigm named mobile web services. Thus, the consumption of web services from mobile devices emerges by offering several facilities to users and requiring greater manipulation of these services such as discovery, composition and execution.Indeed, in order for users to find services that meet their requirements, a discovery mechanism is needed. Since requests have become not only more complex, but also more dynamic, a single service that offers simple and primitive functionality has become insufficient to satisfy the complex requirements. Therefore, the combination of multiple services to provide a composite service is more and more requested. We talk about mobile web service discovery and composition. These two paradigms are mutually linked and complementary.The discovery and composition of web services in a mobile environment raise several challenges that do not exist in a traditional (non-mobile) environment. Among these challenges are the limited constraints of the mobile device, called in this work static context, as well as the change of context which is due mainly to the mobility of the device which called dynamic context.In this thesis we propose a framework for the composition of mobile web services encompassing two complementary approaches. A first proposed approach called MobiDisc, speaking about the discovery of mobile web services and a second that proposes a solution to the problem of composition in a dynamic context. Our first approach uses the static context with QoS properties and user preferences in the semantic descriptions of services and the user query to increase the accuracy of the discovery process. As for the second compositional approach, it focuses on the dynamic context that can modify the composition result. The objective is to determine the sensitivity of the services to the dynamic context and to generate composition plans to the user ordered according to a sensitivity value.
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Using MapReduce to scale event correlation discovery for process mining / Utilisation de MapReduce pour le passage à l'échelle de la corrélation des événements métiers dans le contexte de fouilles de processus

Reguieg, Hicham 19 February 2014 (has links)
Le volume des données relatives à l'exécution des processus métiers augmente de manière significative dans l'entreprise. Beaucoup de sources de données comprennent les événements liés à l'exécution des mêmes processus dans différents systèmes ou applications. La corrélation des événements est la tâche de l'analyse d'un référentiel de journaux d'événements afin de trouver l'ensemble des événements qui appartiennent à la même trace d'exécution du processus métier. Il s'agit d'une étape clé dans la découverte des processus à partir de journaux d'événements d'exécution. La corrélation des événements est une tâche de calcul intensif dans le sens où elle nécessite une analyse approfondie des relations entre les événements dans des dépôts très grande et qui évolue de plus en plus, et l'exploration de différentes relations possibles entre ces événements. Dans cette thèse, nous présentons une technique d'analyse de données évolutives pour soutenir d'une manière efficace la corrélation des événements pour les fouilles des processus métiers. Nous proposons une approche en deux étapes pour calculer les conditions de corrélation et héritier entraîné des instances de processus de journaux d'événements en utilisant la plateforme MapReduce. Les résultats expérimentaux montrent que l'algorithme s'adapte parfaitement à de grands ensembles de données. / The volume of data related to business process execution is increasing significantly in the enterprise. Many of data sources include events related to the execution of the same processes in various systems or applications. Event correlation is the task of analyzing a repository of event logs in order to find out the set of events that belong to the same business process execution instance. This is a key step in the discovery of business processes from event execution logs. Event correlation is a computationally-intensive task in the sense that it requires a deep analysis of very large and growing repositories of event logs, and exploration of various possible relationships among the events. In this dissertation, we present a scalable data analysis technique to support efficient event correlation for mining business processes. We propose a two-stages approach to compute correlation conditions and their entailed process instances from event logs using MapReduce framework. The experimental results show that the algorithm scales well to large datasets.
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Aggregated Search of Data and Services / Recherche agrégée de données et services

Mouhoub, Mohamed Lamine 11 December 2017 (has links)
Ces dernières années ont témoigné du succès du projet Linked Open Data (LOD) et de la croissance du nombre de sources de données sémantiques disponibles sur le web. Cependant, il y a encore beaucoup de données qui ne sont pas encore mises à disposition dans le LOD telles que les données sur demande, les données de capteurs etc. Elles sont néanmoins fournies par des API des services Web. L'intégration de ces données au LOD ou dans des applications de mashups apporterait une forte valeur ajoutée. Cependant, chercher de tels services avec les outils de découverte de services existants nécessite une connaissance préalable des répertoires de services ainsi que des ontologies utilisées pour les décrire.Dans cette thèse, nous proposons de nouvelles approches et des cadres logiciels pour la recherche de services web sémantiques avec une perspective d'intégration de données. Premièrement, nous introduisons LIDSEARCH, un cadre applicatif piloté par SPARQL pour chercher des données et des services web sémantiques.De plus, nous proposons une approche pour enrichir les descriptions sémantiques de services web en décrivant les relations ontologiques entre leurs entrées et leurs sorties afin de faciliter l'automatisation de la découverte et de la composition de services. Afin d'atteindre ce but, nous utilisons des techniques de traitement automatique de la langue et d'appariement de textes basées sur le deep-learning pour mieux comprendre les descriptions des services.Nous validons notre travail avec des preuves de concept et utilisons les services et les ontologies d'OWLS-TC pour évaluer nos approches proposées de sélection et d'enrichissement. / The last years witnessed the success of the Linked Open Data (LOD) project as well as a significantly growing amount of semantic data sources available on the web. However, there are still a lot of data not being published as fully materialized knowledge bases like as sensor data, dynamic data, data with limited access patterns, etc. Such data is in general available through web APIs or web services. Integrating such data to the LOD or in mashups would have a significant added value. However, discovering such services requires a lot of efforts from developers and a good knowledge of the existing service repositories that the current service discovery systems do not efficiently overcome.In this thesis, we propose novel approaches and frameworks to search for semantic web services from a data integration perspective. Firstly, we introduce LIDSEARCH, a SPARQL-driven framework to search for linked data and semantic web services. Moreover, we propose an approach to enrich semantic service descriptions with Input-Output relations from ontologies to facilitate the automation of service discovery and composition. To achieve such a purpose, we apply natural language processing techniques and deep-learning-based text similarity techniques to leverage I/O relations from text to ontologies.We validate our work with proof-of-concept frameworks and use OWLS-TC as a dataset for conducting our experiments on service search and enrichment.
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Découverte de règles d'association multi-relationnelles à partir de bases de connaissances ontologiques pour l'enrichissement d'ontologies / Discovering multi-relational association rules from ontological knowledge bases to enrich ontologies

Tran, Duc Minh 23 July 2018 (has links)
Dans le contexte du Web sémantique, les ontologies OWL représentent des connaissances explicites sur un domaine sur la base d'une conceptualisation des domaines d'intérêt, tandis que la connaissance correspondante sur les individus est donnée par les données RDF qui s'y réfèrent. Dans cette thèse, sur la base d'idées dérivées de l'ILP, nous visons à découvrir des motifs de connaissance cachés sous la forme de règles d'association multi-relationnelles en exploitant l'évidence provenant des assertions contenues dans les bases de connaissances ontologiques. Plus précisément, les règles découvertes sont codées en SWRL pour être facilement intégrées dans l'ontologie, enrichissant ainsi son pouvoir expressif et augmentant les connaissances sur les individus (assertions) qui en peuvent être dérivées. Deux algorithmes appliqués aux bases de connaissances ontologiques peuplées sont proposés pour trouver des règles à forte puissance inductive : (i) un algorithme de génération et test par niveaux et (ii) un algorithme évolutif. Nous avons effectué des expériences sur des ontologies accessibles au public, validant les performances de notre approche et les comparant avec les principaux systèmes de l'état de l'art. En outre, nous effectuons une comparaison des métriques asymétriques les plus répandues, proposées à l'origine pour la notation de règles d'association, comme éléments constitutifs d'une fonction de fitness pour l'algorithme évolutif afin de sélectionner les métriques qui conviennent à la sémantique des données. Afin d'améliorer les performances du système, nous avons proposé de construire un algorithme pour calculer les métriques au lieu d'interroger viaSPARQL-DL. / In the Semantic Web context, OWL ontologies represent explicit domain knowledge based on the conceptualization of domains of interest while the corresponding assertional knowledge is given by RDF data referring to them. In this thesis, based on ideas derived from ILP, we aim at discovering hidden knowledge patterns in the form of multi-relational association rules by exploiting the evidence coming from the assertional data of ontological knowledge bases. Specifically, discovered rules are coded in SWRL to be easily integrated within the ontology, thus enriching its expressive power and augmenting the assertional knowledge that can be derived. Two algorithms applied to populated ontological knowledge bases are proposed for finding rules with a high inductive power: (i) level-wise generated-and-test algorithm and (ii) evolutionary algorithm. We performed experiments on publicly available ontologies, validating the performances of our approach and comparing them with the main state-of-the-art systems. In addition, we carry out a comparison of popular asymmetric metrics, originally proposed for scoring association rules, as building blocks for a fitness function for evolutionary algorithm to select metrics that are suitable with data semantics. In order to improve the system performance, we proposed to build an algorithm to compute metrics instead of querying via SPARQL-DL.
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On Computational Stylistics : mining Literary Texts for the Extraction of Characterizing Stylistic Patterns / De la stylistique computationnelle : fouille de textes littéraires pour l'extraction de motifs stylistiques caractérisants

Boukhaled, Mohamed Amine 13 September 2016 (has links)
Notre thèse se situe dans le domaine interdisciplinaire de la stylistique computationnelle, à savoir l'application des méthodes statistiques et computationnelles à l'étude du style littéraire. Historiquement, la plupart des travaux effectués en stylistique computationnelle se sont concentrés sur les aspects lexicaux. Dans notre thèse, l’accent est mis sur l'aspect syntaxique du style qui est beaucoup plus difficile à analyser étant donné sa nature abstraite. Comme contribution principale, dans cette thèse, nous travaillons sur une approche à l'étude stylistique computationnelle de textes classiques de littérature française d'un point de vue herméneutique, où découvrir des traits linguistiques intéressants se fait sans aucune connaissance préalable. Plus concrètement, nous nous concentrons sur le développement et l'extraction des motifs morphosyntaxiques. Suivant la ligne de pensée herméneutique, nous proposons un processus de découverte de connaissances pour la caractérisation stylistique accentué sur la dimension syntaxique du style et permettant d'extraire des motifs pertinents à partir d'un texte donné. Ce processus proposé consiste en deux étapes principales, une étape d'extraction de motifs séquentiels suivi de l'application de certaines mesures d'intérêt. En particulier, l'extraction de tous les motifs syntaxiques possibles d'une longueur donnée est proposée comme un moyen particulièrement utile pour extraire des caractéristiques intéressantes dans un scénario exploratoire. Nous proposons, évaluons et présentons des résultats sur les trois mesures d'intérêt proposées, basée chacune sur un raisonnement théorique linguistique et statistique différent. / The present thesis locates itself in the interdisciplinary field of computational stylistics, namely the application of statistical and computational methods to the study of literary style. Historically, most of the work done in computational stylistics has been focused on lexical aspects especially in the early decades of the discipline. However, in this thesis, our focus is put on the syntactic aspect of style which is quite much harder to capture and to analyze given its abstract nature. As main contribution, we work on an approach to the computational stylistic study of classic French literary texts based on a hermeneutic point of view, in which discovering interesting linguistic patterns is done without any prior knowledge. More concretely, we focus on the development and the extraction of complex yet computationally feasible stylistic features that are linguistically motivated, namely morpho-syntactic patterns. Following the hermeneutic line of thought, we propose a knowledge discovery process for the stylistic characterization with an emphasis on the syntactic dimension of style by extracting relevant patterns from a given text. This knowledge discovery process consists of two main steps, a sequential pattern mining step followed by the application of some interestingness measures. In particular, the extraction of all possible syntactic patterns of a given length is proposed as a particularly useful way to extract interesting features in an exploratory scenario. We propose, carry out an experimental evaluation and report results on three proposed interestingness measures, each of which is based on a different theoretical linguistic and statistical backgrounds.
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Un générique unique : analyse identitaire, historique et toponymique de la notion de " fleuve " au Québec

Adam, Amélie 03 July 2018 (has links)
Le Québec répertorie officiellement sur son territoire un seul et unique fleuve, le Saint-Laurent. Cependant, la Commission de toponymie du Québec présente une définition qui devrait englober au moins vingt-huit autres rivières. La présente étude tente de rendre compte de cette situation en retraçant les processus évolutifs de l’utilisation du générique « fleuve », par son origine étymologique et son implantation en Amérique. La méthodologie utilisée privilégie une approche comparative de ses définitions sociales et physiques chez les différentes communautés francophones. Le passé et la mentalité des explorateurs et des premiers colons du continent, ainsi que des premiers toponymistes du Québec, seront analysés afin d’illustrer l’impact et le rôle qu’ils ont eus dans les différents processus toponymiques. L’importance du fleuve Saint-Laurent en lien avec l’identité québécoise sera exposée afin de démontrer les raisons pour lesquelles il est le seul cours d’eau possédant le générique « fleuve » dans la province. Le système toponymique québécois sera ensuite analysé afin de comprendre pourquoi un changement tel que l’ajout de vingt-huit fleuves à la nomenclature québécoise serait difficile à effectuer, mais néanmoins souhaitable et quels seraient les impacts d’un tel changement.
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De l'analyse de données d'expression à la reconstruction de réseau de gènes

Agier, Marie 07 December 2006 (has links) (PDF)
Le premier aspect de ce travail concerne le pré-traitement et l'analyse de données d'expression dans le cadre de deux principaux projets dont l'objectif global est d'améliorer le diagnostic et le pronostic du cancer du sein et de mieux cibler les traitements. Un processus de pré-traitement des données d'expression optimisé a été mis en place et plusieurs analyses ont été réalisées et ont permis d'identifier des gènes permettant de mettre en evidence un profil d'expression caractéristique du statut ganglionnaire des patientes et de la réponse thérapeutique à un traitement chimiothérapeutique particulier, le doxétaxel. Une nouvelle technique de reconstruction de réseaux de gènes basée sur la notion de règles entre gènes a ensuite été proposée, l'idée étant d'offrir aux biologistes la possibilité de choisir parmi plusieurs sémantiques, le sens des règles qu'ils souhaitent générer. L'originalité de ce travail est de proposer un cadre global pouvant inclure un grand nombre de sémantiques pour les règles et d'utiliser des méthodes identiques de génération, de post-traitement et de visualisation pour toutes les sémantiques proposées. La notion de sémantiques bien-formées i.e. pour lesquelles les axiomes d'Armstrong sont justes et complets, est introduite. Un résultat est également donné permettant de savoir simplement si une sémantique est ou non bien-formée. Une visualisation des règles sous forme globaux i.e. incluant plusieurs sémantiques est proposée. Finalement, cette approche a été développée sous forme d'un module appelé RG intégré à un logiciel d'analyse de données d'expression de gènes, le logiciel MeV de TIGR. Ce travail s'inscrit dans le contexte émergent de la fouille de données d'expression de gènes. Elle s'est déroulée, dans le cadre d'un contrat CIFRE au sein de trois structures : la société Diagnogène, le LIMOS et le Centre de Lutte contre le Cancer de la Région Auvergne

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