Submitted by Maike Costa (maiksebas@gmail.com) on 2017-02-20T12:58:51Z No. of bitstreams: 1 arquivo total.pdf: 3143926 bytes, checksum: 1b6066b277e97a061f24508876369e5e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-20T12:58:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivo total.pdf: 3143926 bytes, checksum: 1b6066b277e97a061f24508876369e5e (MD5) Previous issue date: 2016-11-01 / Dengue belongs to the Flaviviridae family, genus Flavivirus and is a mosquito-borne viral infection. Dengue can be originated by any of the four DENV serotypes that can be categorized into: DENV-1, DENV-2, DENV-3, and DENV-4. The major vector is Aedes aegypti alongside with Aedes albopictus, and the spreading of dengue is attributed to the expansion in the niche of the vectors as well as by the global trade and travel increase, unplanned urbanization, and bad management of waste and water. Consequently, climate is considered an important factor in the temporal and spatial distribution of vector borne diseases. Despite being the most prevalent arbovirus disease worldwide, dengue has been neglected in the last years. Only through recent epidemic profile outbreaks of different arboviruses, such as zika (ZIKV) and chikungunya (CHIKV) all around the world promoted an alert to health authorities towards those diseases. Thus, this study evaluated the clinical characteristics and classification obtained from Information System for Notifiable Diseases (SINAN) reporting files. The monthly incidence of dengue cases was calculated by year/100,000 inhabitants. The detection and genotyping of DENV was done using nested RT–PCR, between 2007-2015, and in 2016 differentiation diagnostic was performed with real time PCR (qPCR) for ZIKV and CHIKV. Besides, this study evaluated the correlation between rainfall precipitation and dengue cases from 2007 to 2015, in João Pessoa-PB, Brazil Northeast. Data of rainfall were collected monthly through TRMM probe. In order to identify the influence of rainfall and dengue cases different distributed lag models were considered. Concerning the period of 2007 to 2015, results showed 55680 confirmed cases of dengue were reported in Paraiba. There was a higher prevalence of infection in patients aged between 15-34 years in all studied years. Our results demonstrated that the correlation (r ˃0.50) between rainfall and dengue cases occurrence increased in the first months after the rainy season, presenting more significant results considering a lag of three months. DENV 1 was the most identified virus (80.48%) in all studied years and co-circulation of the four DENV serotypes was observed in 2010, 2013 and 2014. Furthermore, we observed the simultaneous circulation of dengue, zika and chikungunya cases in 2016, and demonstrated a predominance of zika cases followed by chikungunya cases. Therefore, molecular characterization and correlation of dengue cases and rainfall data analyses may be useful for the future development of prediction technology towards dengue cases as well as others arboviruses, such as zika and chikungunya. / A dengue pertence à família Flaviviridae, gênero Flavivírus e é uma infecção viral transmitida por mosquitos. A doença pode ser originada por qualquer um dos quatro sorotipos DENV que podem ser categorizados em: DENV-1, DENV-2, DENV-3, e DEN-4. O principal vetor é o Aedes aegypti, seguido pelo Aedes albopictus, sendo a propagação da dengue atribuída à expansão de nichos dos vetores, bem como, pelo comércio global e aumento de viagens, a urbanização não planejada, e má gestão de resíduos e água. Dessa forma, o clima é considerado um fator importante na distribuição temporal e espacial das doenças transmitidas por vetores. Apesar de ser a arbovirose mais prevalente em todo o mundo, a dengue tem sido negligenciada nos últimos anos. Devido a recentes surtos epidêmicos de diferentes arbovírus, como zika (ZIKV) e chikungunya (CHIKV) em todo o mundo, houve um alerta para as autoridades de saúde em relação a transmissão e propagação das arboviroses. Assim, este estudo avaliou a classificação e as características clínicas dos casos de dengue, obtidas a partir das fichas de notificação do Sistema de Informação de Agravos de Notificação (SINAN). A incidência mensal de casos de dengue foi calculada pela população do ano/100.000 habitantes. A detecção e genotipagem dos sorotipos DENV utilizou a técnica nested RT-PCR, entre 2007-2015, e em 2016 para diagnóstico diferencial foi realizada a técnica PCR em tempo real (qPCR) para ZIKV e CHIKV. Além disso, este trabalho analisou a correlação entre a precipitação pluviométrica e casos de dengue entre 2007 e 2015, na cidade de João Pessoa - PB, Nordeste do Brasil. Os dados de precipitação foram coletados mensalmente através da sonda TRMM. A fim de identificar a influência dos casos de chuva e dengue, foram considerados diferentes modelos de defasagem distribuída. Os resultados mostraram que, em relação ao período de 2007 a 2015, foram notificados 55680 casos confirmados de dengue na Paraíba. Houve uma maior prevalência de infecção em indivíduos com idade entre 15-34 anos, em todos os anos estudados. Nossos resultados demonstraram a ocorrência da correlação (r ˃0.50) entre a precipitação e casos de dengue, esses apresentaram um aumento nos primeiros meses após o período chuvoso, demonstrando, pois resultados mais significativos ao considerar um lag de três meses. O DENV-1 foi o vírus mais prevalente (80,48%) em todos os anos estudados e a co-circulação dos quatro sorotipos DENV foi observada em 2010, 2013 e 2014. Além disso, observou-se a circulação simultânea de casos de dengue, zika e chikungunya em 2016, demonstrando a predominância dos casos de zika, seguido dos casos de chikungunya. Portanto, a caracterização molecular e a análise de correlação entre número de casos de dengue e precipitação pluviométrica são ferramentas importantes no futuro desenvolvimento de predição não só de casos de dengue, como também das arboviroses emergentes no estado da Paraíba, como a zika e a chikungunya.

Os Flavivirus são transmitidos por mosquitos (Diptera: Culicidae) que se refugiam em remanesctentes de Mata Atlântica. Essas áreas verdes correspondem às Unidades de Conservação e parques urbanos, que estão espalhados pela região metropolitana de São Paulo. Este estudo foi realizado com o intuito de conhecer as espécies de culicídeos que circulam na Área de Proteção Ambiental (APA) Capivari-Monos, na zona Sul do município de São Paulo, e no Parque Estadual da Cantareira (PEC), na zona Norte do mesmo município, e de investigar infecção natural por Flavivirus na fauna de culicídeos amostrada. Também foi proposto relacionar a variedade, a quantidade e identidade dos Flavivirus detectados com os padrões de riqueza, abundância e diversidade das assembleias de mosquitos. Foram realizadas 14 coletas, mensalmente, em quatro pontos de coleta na APA e três no PEC, todos com diferentes níveis de intervenção antrópica, no período de março de 2016 a abril de 2017. Armadilhas automáticas luminosastipo CDC (com atração de CO2 e ácido lático) foram instaladas na copa das árvores e no nível do solo. O esforço amostral foi equivalente para os todos os pontos, sendo que foram instaladas duas armadilhas em cada ponto (uma na copa e outra no solo), com 18 horas de coleta, permitindo amostragem de culicídeos de hábitos diurnos, crepusculares e noturnos. Os espécimes foram transportados com vida para o Laboratório de Saúde Pública da Faculdade de Saúde Pública da Universidade de São Paulo, criopreservados a temperatura -70ºC, identificados morfologicamente e agrupados em pools (com até 10 indivíduos). Os pools foram submetidos à técnica de isolamento viral em cultura de células (C6/36), seguida do teste de imunofluorescência indireta. Os pools positivos foram submetidos à reação de RT-qPCR e, posteriormente, sequenciados. Duas árvores de similaridade foram construídas para confirmação dos Flavivirus. No total, 1216 exemplares de culicídeos foram amostrados (13 gêneros), cuja riqueza foi de 42 táxons. A APA registrou a maior abundância (878 espécimes) e maior riqueza (37 táxons). A Cachoeira foi o ponto de coleta na APA que amostrou a maior riqueza e abundância, contudo, com a mais baixa diversidade. Entretanto, a Borracharia obteve alta riqueza, baixa abundância e a maior diversidade. O PEC amostrou 338 indivíduos e a riqueza foi de 23 táxons. Dentre os pontos do PEC, a Trilha do Pinheirinho amostrou a maior riqueza e abundância. An. (Ker.) cruzii, Cx. (Cux.) sp, Cx. (Mel.) vaxus, Li. durhami, Wy. (Prl.) confusa e Wy. (Pho.) theobaldi foram detectadas com infecção natural por Flavivirus. O sequenciamento revelou infecção por ZIKV em An. (Ker.) cruzii, Li. durhami e Wy. (Prl.) confusa, e infecção por DENV-2 em Cx. (Cux.) sp e Cx. (Mel.) vaxus. Concluiu-se que a riqueza, abundância e diversidade estão relacionadas entre si e, juntas, influenciaram na detecção de espécies de culicídeos naturalmente infectadas por Flavivirus, sendo que estes foram detectados em espécies provenientes de pontos de coleta cuja riqueza e abundância foram altas, e a diversidade baixa. A quantidade e a variedade dos Flavivirus também foram influenciadas por esses três fatores, para ocorrer na natureza. Não foi possível correlacionar a identidade dos Flavivirus com os três fatores uma vez que as espécies detectadas com infecção natural por esses vírus não são apontadas como potenciais vetoras. Além disso, a abundância e a diversidade pareceram ter uma relação inversa entre si. / Flaviviruses are transmitted by mosquitoes (Diptera: Culicidae) that take refuge in remnants of the Atlantic Forest. These green areas correspond to Conservation Units and urban parks which are spread throughout the metropolitan region of São Paulo. This study was carried out in order to identify the Culicidae fauna that circulate in Capivari-Monos Environmental Protection Area (APA), located in the South area of the city of São Paulo, and in Cantareira State Park (PEC), North area of the same municipality and to investigate natural Flaviviruses infection in this sampled Culicidae fauna. It was also proposed to relate the variety, quantity and identity of the Flaviviruses detected with patterns of richness, abundance and diversity of mosquito assemblages. Fourteen collections were carried out monthly at four collection sites in the APA and three in the PEC, all sites with different levels of anthropogenic intervention, during March 2016 to April 2017. CDC automatic traps (with attraction of CO2 and lactic acid) were installed in the canopy and on ground. The sampling effort was equivalent for all the points, and two traps were installed at each point (one in the canopy and the other on ground), with 18 hours of sampling, allowing sampling culicidae of daytime, morning and evening twilight, and nightlyl habits. The specimens were carried alive to the Public Health Laboratory of the School of Public Health of the University of São Paulo, were cryopreserved at a -70ºC temperature, identified morphologically and grouped in pools (with up to 10 individuals). The pools were submitted to the virus isolation technique in cell culture tissue (C6 / 36), followed by the indirect immunofluorescence test. The positive pools were submitted to the RT-qPCR reaction and, subsequently, sequenced. Two similarity trees were made only to confirm Flaviviruses infection. In total, 1216 specimens of culicidae were sampled (13 genera), and the richness was 42 taxa. In addition to APA recorded the highest abundance (878 specimens) and also highest richness (37 taxa). Cachoeira was the collection site in APA that showed the greatest richness and abundance as well, however, with the lowest diversity. In addition, Borracharia obtained high richness, low abundance and highest diversity. PEC sampled 338 specimens and the richness was 23 taxa. Among the collection sites of the PEC, Pinheirinho Trail showed the highest richness and also abundance. An. (Ker.) cruzii, Cx. (Cux.) sp, Cx. (Mel.) vaxus, Li. durhami, Wy. (Prl.) confusa and Wy. (Pho.) theobaldi were detected with natural Flaviviruses infection. The sequencing analyzes revealed ZIKV infection in An. (Ker.) cruzii, Li. durhami and Wy. (Prl.) confusa, and DENV-2 infection in Cx. (Cux.) sp and Cx. (Mel.) vaxus. It has concluded that the richness, abundance and also diversity are related to each other and, together, influenced the detection of species of culicidae naturally infected by Flaviviruses, which were detected in species from collection sites whose richness and abundance were high. About quantity and variety of Flaviviruses, these were also influenced by the three factors on nature. It was not possible to correlate the identity of the Flaviviruses with the three factors since the species detected with natural infection by these viruses are not indicated as potential vectors. Moreover, abundance and diversity appeared to have an inverse relation.

A dengue é a arbovirose (doença viral transmitida por artrópodes) mais difundida em países tropicais e subtropicais. Segundo a Organização Mundial da Saúde, estima-se que mais de 100 milhões de casos ocorrem anualmente em todo o mundo. Com base em testes sorológicos, os vírus da dengue são classificados em quatro sorotipos antigenicamente distintos (DENV-1, DENV-2, DENV-3 e DENV-4). A infecção de humanos com qualquer um dos quatro sorotipos de dengue pode levar ao desenvolvimento de três formas clínicas principais; doença febril indiferenciada, febre clássica da dengue (FD) e dengue hemorrágica com ou sem choque (DHF/DSS). Trabalhos anteriores ao usarem a linhagem de camundongos C57black/6 obtiveram resultados como hemorragia intraperitoneal e injuria ao fígado dos animais infectados, portanto foi de interesse estudar como se desenvolve a infecção por DENV-1 nestes animais. Então o objetivo principal foi estudar a infecção pelo DENV-1 em camundongos C57BL/6 inoculados via intraperitoneal. Foi analisada a presença do vírus DENV-1 em diferentes órgãos cérebro, Baco, fígado e rim além do soro dos animais C57 Black/6 imunologicamente competentes, pois trabalhos realizados anteriormente por diversos grupos de pesquisa da área tem resultados controversos mostrando que a detecção posterior do DENV seria dependente de fatores como carga viral, tipo de animal infectado e principalmente da cepa viral utilizada. Como principais conclusões de nosso trabalho os animais C57BL/6 selvagem infectados com o DENV-1 mochisuki apresentaram carga viral detectável até o décimo sexto dia, alem de plaquetopenia, aumento do Hematócrito e dos níveis de IL-10, IFN- e TNF- a partir do sétimo dia de infecção. Portanto o animal C57BL/6 selvagem pode ser usado como modelo experimental para infecção com DENV. 8 / Dengue is the arbovirus (arthropod-borne viral disease) more widespread in tropical and subtropical countries. According to World Health Organization estimates that more than 100 million cases occur annually worldwide. Based on serologic tests of dengue viruses are classified into four antigenically distinct serotypes (DENV-1, DENV-2, DENV-3 and DENV-4). The infection of humans with any of the four dengue serotypes can lead to the development of three main clinical forms, undifferentiated febrile illness, classic dengue fever (DF) and dengue hemorrhagic fever with or without shock (DHF / DSS). Previous work to use the strain of mice C57black / 6 obtained results as intraperitoneal hemorrhage and injury to the liver of infected animals, so it was of interest to study how it develops the DENV-1 infection in these animals. So the main objective was to study the DENV-1 infection in C57BL / 6 mice inoculated intraperitoneally. We analyzed the presence of DENV-1 in different organs brain, spleen, liver, kidney and serum from animals C57 Black/6 immunologically competent, as previous work by several research groups in the area is controversial results showing that the subsequent detection of DENV would depend on factors such as viral load, type of infected animals and especially the viral strain used. he main conclusions of our work, the C57BL / 6 infected with DENV-1 mochisuki had detectable viral load until the sixteenth day, in addition to thrombocytopenia, increased hematocrit and levels of IL-10, IFN- and TNF - from the seventh day of infection. So the animal C57BL / 6 wild can be used as an experimental model for infection with DENV

A dengue é a arbovirose (doença viral transmitida por artrópodes) mais difundida em países tropicais e subtropicais. Segundo a Organização Mundial da Saúde, estima-se que mais de 100 milhões de casos ocorrem anualmente em todo o mundo. Com base em testes sorológicos, os vírus da dengue são classificados em quatro sorotipos antigenicamente distintos (DENV-1, DENV-2, DENV-3 e DENV-4). A infecção de humanos com qualquer um dos quatro sorotipos de dengue pode levar ao desenvolvimento de três formas clínicas principais; doença febril indiferenciada, febre clássica da dengue (FD) e dengue hemorrágica com ou sem choque (DHF/DSS). Trabalhos anteriores ao usarem a linhagem de camundongos C57black/6 obtiveram resultados como hemorragia intraperitoneal e injuria ao fígado dos animais infectados, portanto foi de interesse estudar como se desenvolve a infecção por DENV-1 nestes animais. Então o objetivo principal foi estudar a infecção pelo DENV-1 em camundongos C57BL/6 inoculados via intraperitoneal. Foi analisada a presença do vírus DENV-1 em diferentes órgãos cérebro, Baco, fígado e rim além do soro dos animais C57 Black/6 imunologicamente competentes, pois trabalhos realizados anteriormente por diversos grupos de pesquisa da área tem resultados controversos mostrando que a detecção posterior do DENV seria dependente de fatores como carga viral, tipo de animal infectado e principalmente da cepa viral utilizada. Como principais conclusões de nosso trabalho os animais C57BL/6 selvagem infectados com o DENV-1 mochisuki apresentaram carga viral detectável até o décimo sexto dia, alem de plaquetopenia, aumento do Hematócrito e dos níveis de IL-10, IFN- e TNF- a partir do sétimo dia de infecção. Portanto o animal C57BL/6 selvagem pode ser usado como modelo experimental para infecção com DENV. 8 / Dengue is the arbovirus (arthropod-borne viral disease) more widespread in tropical and subtropical countries. According to World Health Organization estimates that more than 100 million cases occur annually worldwide. Based on serologic tests of dengue viruses are classified into four antigenically distinct serotypes (DENV-1, DENV-2, DENV-3 and DENV-4). The infection of humans with any of the four dengue serotypes can lead to the development of three main clinical forms, undifferentiated febrile illness, classic dengue fever (DF) and dengue hemorrhagic fever with or without shock (DHF / DSS). Previous work to use the strain of mice C57black / 6 obtained results as intraperitoneal hemorrhage and injury to the liver of infected animals, so it was of interest to study how it develops the DENV-1 infection in these animals. So the main objective was to study the DENV-1 infection in C57BL / 6 mice inoculated intraperitoneally. We analyzed the presence of DENV-1 in different organs brain, spleen, liver, kidney and serum from animals C57 Black/6 immunologically competent, as previous work by several research groups in the area is controversial results showing that the subsequent detection of DENV would depend on factors such as viral load, type of infected animals and especially the viral strain used. he main conclusions of our work, the C57BL / 6 infected with DENV-1 mochisuki had detectable viral load until the sixteenth day, in addition to thrombocytopenia, increased hematocrit and levels of IL-10, IFN- and TNF - from the seventh day of infection. So the animal C57BL / 6 wild can be used as an experimental model for infection with DENV

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-09-06T19:54:37Z No. of bitstreams: 1 CamilaAlvesDeOliveira_DISSERT.pdf: 1420080 bytes, checksum: e6f27dff39e067038e0d74ec4380a92c (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-09-06T21:49:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 CamilaAlvesDeOliveira_DISSERT.pdf: 1420080 bytes, checksum: e6f27dff39e067038e0d74ec4380a92c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-06T21:49:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CamilaAlvesDeOliveira_DISSERT.pdf: 1420080 bytes, checksum: e6f27dff39e067038e0d74ec4380a92c (MD5) Previous issue date: 2015-10-23 / A dengue ? uma doen?a infecciosa causada por um arbov?rus (g?nero Flavivirus, fam?lia Flaviviridae), transmitido pela picada de artr?podes, principalmente por mosquitos da esp?cie Aedes aegypti. Existem quatro tipos diferentes de v?rus da dengue: (DENV-1, DENV-2, DENV-3 e DENV-4), que ocorre principalmente em ?reas tropicais e subtropicais do mundo, inclusive no Brasil. A infec??o por dengue atualmente ? considerada um grave problema de sa?de p?blico mundial. Segundo a Organiza??o Mundial de Sa?de, cerca de 50-100 milh?es de pessoas se infectam anualmente em mais de 100 pa?ses do mundo. O objetivo deste estudo foi descrever o perfil epidemiol?gico da dengue no estado da Para?ba no per?odo entre os anos de 2011 a 2014. Uma pesquisa descritiva foi realizada, a qual utilizou dados secund?rios registrados no SINAN da Para?ba, onde foram analisados os casos notificados de acordo com vari?veis como g?nero, faixa et?ria, escolaridade, sorotipo, meses de notifica??o, classifica??o cl?nica e evolu??o da doen?a. De 2011 a 2014 na Para?ba foram notificados 53.373 casos suspeitos de dengue, dos quais 52,4% (28.020) foram confirmados. Em 2011 foram confirmados 53% (8.646) dos casos, em 2012 os confirmados foram equivalente a 58% (6.867), o ano de 2013 registrou 48% (8.827), e em 2014 com 49,5% (3.680). Houve predomin?ncia do sexo feminino (58%) dos casos. A m?dia de idade dos confirmados foi de 18-60 anos representando 64,2%, quando considerados os anos de estudo. Quando analisado a evolu??o da doen?a, observou-se que 89% dos indiv?duos confirmados com dengue evolu?ram para a cura. Foram registrados 48 ?bitos nesse per?odo. O sorotipo DENV-1 foi predominante de 2011 a 2013, seguido do DENV-4. A classifica??o dengue cl?ssico foi equivalente a 97% dos casos, dengue com complica??es foi de apenas 0,1%, febre hemorr?gica da dengue foi de 0,5% e por ?ltimo a s?ndrome do choque da dengue. Os meses de maior notifica??o da doen?a foram no primeiro semestre do ano, com maior incid?ncia entre os meses de mar?o a junho. Conclui-se que as epidemias de dengue na Para?ba apresentaram diferen?as importantes, e um diagn?stico imediato da infec??o aliado a um diagn?stico molecular dos sorotipos circulantes na comunidade poderiam ser medidas de preven??o e controle para riscos potenciais de formas graves da doen?a na popula??o. / Dengue is an infectious disease caused by an arbovirus (genus Flavivirus, family Flaviviridae), mainly transmitted by mosquitoes of the species Aedes aegypti. There are four different serotypes of dengue virus: (DENV-1, DENV-2, DENV-3 and DENV-4), which occurs mostly in tropical and subtropical areas of the world, including Brazil. Dengue infection is now considered a serious public health problem worldwide. According to the World Health Organization, about 50-100 million people are infected annually in more than 100 countries worldwide. The objective of this study was to analyze the epidemiology of dengue in the state of Paraiba, in the 2011 to 2014 period. A descriptive study was conducted, which used secondary data recorded in the SINAN of Paraiba, where the reported cases were analyzed according to variables such as gender, age, education, serotype involved viruses, months of notification, clinical classification and evolution of disease. From 2011 to 2014 in Paraiba were reported 53 373 suspected cases of dengue, of which 52.5% (28,020) were confirmed. In 2011 have been confirmed 53.4% (8,646) of cases in 2012 confirmed cases were equivalent to 60% (6867), the year 2013 recorded 48% (8827) and in 2014 with 49.6% (3,680). There was a predominance of infection in females, which was equivalent to 58% of cases. The age of patients with confirmed diagnosis ranged from 1 to 60, average age 35, in which the age group between 18-60 years accounted for 64.2% of cases. When analyzing the evolution of the disease, it was observed that 89% of patients with confirmed diagnosis of dengue develop to cure. There were 48 deaths in this period. The DENV-1 serotype was predominant from 2011 to 2013, followed by DENV-4. The classic dengue classification was equivalent to 86.4% of cases. The complication rate was recorded in only 1.3% of cases, these 0.5% were classified as dengue hemorrhagic fever and 0.06% as of dengue shock syndrome. The months of notification of the disease were higher in the first half of the year, with higher incidence during the months from March to June. Our findings offer insights into the understanding the dengue problem in the state of Paraiba, Brazil.

Submitted by Programa de Pós-graduação em Biotecnologia (mebiotec.ufba@gmail.com) on 2017-04-06T12:53:22Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Final - Adriana Andrade.pdf: 2860120 bytes, checksum: 9c25748f97bf9e85c8b9bcc05e3f32d5 (MD5) / Approved for entry into archive by Delba Rosa (delba@ufba.br) on 2017-06-29T14:41:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação Final - Adriana Andrade.pdf: 2860120 bytes, checksum: 9c25748f97bf9e85c8b9bcc05e3f32d5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-29T14:41:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação Final - Adriana Andrade.pdf: 2860120 bytes, checksum: 9c25748f97bf9e85c8b9bcc05e3f32d5 (MD5) / CAPES / O vírus da dengue (DENV) é um arbovírus pertencente à família Flaviviridae, gênero Flavivirus, apresentando quatro sorotipos denominados DENV-1, DENV-2, DENV-3 e DENV-4. No Brasil, a infecção pelo DENV-4 ressurgiu em 2010, após 31 anos, expondo a população ao alto risco de desenvolvimento da dengue grave, devido à co-circulação dos quatro sorotipos. Nesse contexto, os anticorpos monoclonais (AcM) apresentam-se como uma ferramenta importante devido à sua potencial aplicação como ferramenta biotecnológica. O objetivo deste trabalho foi a produção e caracterização de AcM contra DENV-4. A metodologia para a produção de AcM foi desenvolvida por Köhler e Milstein (1975). Resumidamente, os animais de experimentação foram hiperimunizados com antígeno viral DENV-4, obtidos a partir da multiplicação do vírus em células de cultura C6/36, e subsequente concentração e precipitação com polietilenoglicol 8000. A triagem dos sobrenadantes dos hibridomas para reatividade ao DENV-4 foi realizada pelo Ensaio Imunoenzimático (ELISA), e a caracterização dos AcM foi realizada pelas técnicas de ELISA, Dot-Blot, Imunofluorescência Indireta (IFI), Western-Blot. Um total de dez hibridomas foram obtidos e os AcM produzidos foram denominados A2, B1, B4, C11, D2, E4, F10, F12, H1, H12. Os AcM apresentaram diferentes perfis de reatividade frente aos diversos testes de detecção antigênica, demonstrando um reconhecimento direcionado principalmente para prM. Em conclusão, este estudo mostra o potencial de utilização dos AcM produzidos como insumo biotecnológico; sejam em estudos a respeito do vírus e sua patogênese, sejam em uma possível aplicação como ferramenta imunodiagnóstica. / Dengue virus (DV) is an arbovirus belonging to family Flaviviridae, genus Flavivirus, with four serotypes named DENV-1, DENV-2, DENV-3 and DENV-4. In Brazil, the infection by DENV-4 reemerged in 2010 after 31 years, exposing the population at high risk for developing severe diseases because of the co-circulation of the four serotypes. The monoclonal antibodies (AcM) are important tools due to its potential application in biotechnology. The aim of this work was to produce and to characterize of AcM against DENV-4. The methodology to produce AcM was developed by Köhler and Milstein (1975). Briefly, experimental animals were hyperimmunized with DENV-4 viral antigen obtained to virus multiplication in C6/36 culture cells and subsequent concentration and precipitation with polyethylene glycol 8000. ELISA test was performed to screen hybridoma supernatants for reactivity to DENV-4, and the characterization of AcM was performed by ELISA, Indirect Immunofluorescence (IFI), Dot-Blot and Western-Blot techniques. A total of ten hybridomas were obtained producing AcM named A2, B1, B4, C11, D2, E4, F10, F12, H1 and H12. AcM showed different reactivity profiles in the tests, showing a dominant recognition to prM. In conclusion, this study shows the potential use of AcM produced as biotechnology tool; to study the virus and its pathogenesis, or a possible application in immunodiagnostic assays.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2015-12-09T14:33:14Z No. of bitstreams: 1 tatianeribeirodesiqueira.pdf: 1746220 bytes, checksum: 01a239ee1ea9876e3d413b78f8f1446b (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2015-12-09T14:56:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 tatianeribeirodesiqueira.pdf: 1746220 bytes, checksum: 01a239ee1ea9876e3d413b78f8f1446b (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-09T14:56:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tatianeribeirodesiqueira.pdf: 1746220 bytes, checksum: 01a239ee1ea9876e3d413b78f8f1446b (MD5) Previous issue date: 2015-02-26 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A infecção por dengue vírus (DENV) tem sido considerada atualmente a mais importante arbovirose no mundo. Até o presente momento foram descritos quatro diferentes sorotipos do DENV: DENV-1, DENV-2, DENV-3 e DENV-4. A infecção pelo DENV pode produzir uma ampla variedade de distúrbios a febre do dengue ou formas graves da doença, como a febre hemorrágica do dengue (FHD) e síndrome do choque do dengue (SCD), onde os quatro sorotipos de DENV podem causar desde uma infecção assintomática até FHD e SCD. A patogênese da FHD/SCD é multifatorial e vários estudos mostram algumas hipóteses para explicar as manifestações mais graves na infecção por DENV: (i) fatores virais, (ii) associação entre FHD/SCD em casos de infecção heterotípica pelo DENV e (iii) fatores do próprio hospedeiro, que poderiam estar relacionados à resposta imune. Estudos que buscam entender o porquê de pacientes com dengue apresentarem diferentes prognósticos são de grande importância para a Saúde Pública. Embora a doença causada por DENV seja considerada um grande problema de saúde pública, ainda não estão disponíveis drogas antivirais e vacinas a fim de tratar ou prevenir a infecção. O combate do vetor tem sido ineficiente, permitindo o aparecimento de novas epidemias. A cidade de Juiz de Fora vem passando por diversas epidemias de dengue nos últimos anos, com o registro de casos graves e óbitos. Diante deste contexto, este trabalho visou investigar os fatores sorológicos e genéticos relacionados com a predisposição ao desenvolvimento das formas graves de dengue em Juiz de Fora. Em setembro e outubro de 2013 e fevereiro e maio de 2014, amostras de sangue total foram coletadas. As amostras foram estudas para estudos de SNPs, pequisa de anticorpos e do DENV. No grupo estudado, foi observada uma soroprevalência de 16,1%. Foram detectados genótipos predisponentes e genótipos protetores de FHD, nos genes FCRIIa, JAK-1 e DCSIGN, em moradores de Juiz de Fora, entretanto, não foi observada associação desses genótipos individualmente e/ou em combinação com a distribuição de gênero, diferentes regiões de Juiz de Fora onde os participantes residiam e relato de apresentação de sintomas de dengue pelos pacientes. Foram detectados três pacientes que apresentaram material genético de DENV. O conhecimento de áreas e pessoas predispostas à FHD constituem informações valiosas do ponto de vista epidemiológico e na estruturação de políticas públicas que visem o controle da dengue. / Dengue virus infection (DENV) is considered the most important arbovirose in the world and the greatest impact on public health. Four different serotypes of DENV: DENV-1, DENV-2, DENV-3 and DENV-4 have been described. DENV infection may produce a wide variety of disorders, dengue fever or severe disease, such as dengue hemorrhagic fever (DHF) and dengue shock syndrome (SCD). Any of the four DENV can cause asymptomatic infection from one to DHF and DSS. The pathogenesis of DHF / DSS is multifactorial and several studies showed some hypotheses to explain the most serious manifestations of infection by DENV: (i) viral factors (ii) secondary infection DENV and (iii) the host factors could be related to exaggerated immune response. Studies trying to understand why dengue patients have different prognoses are of great importance for public health. Although dengue is considered one major public health problem, there are not available antiviral drugs and vaccines to treat or prevent the infection. The vector control has been inefficient, allowing the emergence of new outbreaks. The city of Juiz de Fora has experienced several dengue epidemics in recent years, with the record of serious cases and deaths. Given this context, this study aimed to investigate the serological and genetic factors related to the predisposition to severe forms of dengue in Juiz de Fora. In September/ October 2013 and February to May 14 342 samples of whole blood were collected were collected. Samples were used to investigate the immune response do dengue, SNPs and DENV. In the study group, a seroprevalence of 16.1% was observed. Predisponent and protector genotypes were detected genes FCyRIIa, JAK-1 and DCSIGN in Juiz de Fora residents, however, there was no association of these genotypes individually and / or in combination with the gender distribution, different Juiz de Fora regions where the participants lived and report presentation of dengue symptoms by patients. Three patients were detected with DENV infection, by the time of sample collection.The knowledge of areas and persons who are more prone to have FHD is a valuable information from the epidemiological point of view and the structuring of public policies aimed at controlling dengue.

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2016-10-20T16:57:25Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rívia Aparecida Reinalda Arruda - 2016.pdf: 3000238 bytes, checksum: 221f622157672c4f34ee32f2aed12d0b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2016-10-21T19:20:24Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rívia Aparecida Reinalda Arruda - 2016.pdf: 3000238 bytes, checksum: 221f622157672c4f34ee32f2aed12d0b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-21T19:20:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rívia Aparecida Reinalda Arruda - 2016.pdf: 3000238 bytes, checksum: 221f622157672c4f34ee32f2aed12d0b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-09-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The main purpose of this study was to assess conformational changes in preselected aptamers A03 and C10 against untranslated regions present in the genome of the dengue virus (DENV), by means of molecular biology and physics assays. Aptamers are nucleic acid molecules with potential theranostic applications. In this context, dengue was the target chosen for study because is an important infectious viral disease presenting high rates of morbidity and mortality in the worldwide, especially in tropical and subtropical areas, where there are high incidences of the mosquito vector Aedes aegypti. These aptamers showed, by dot-blot and magnetic beads ligand capture and subsequent qPCR detection, similar affinities and specificities to binding to the DENV 5'UTR. Probably, the analogy of the motifs and secondary structures presented in these ligands, identified by in silico studies, are responsible for these similarities. Data obtained by using Fluorescence Resonance Energy Transfer Assays (FRET) confirmed the affinity of A03 as DENV ligand by conformational changes in the double labeled aptamer (5’-FAM, 3’-TAMRA). Aptamer conformacional changes resulting from its interaction with the target were detected by the modifications in the fluorescence intensities between FAM and TAMRA fluorophores. These conformational changes results in donor-acceptor distance modification that has an effect on FRET efficiency and on fluorescence intensity of these molecules. The ionic strength of the buffer used in the trials had significant influence on the conformation of the aptamer, allowing the detection of interactions between A03 and DENV. The ions in the buffer lead an effect in the conformation of the aptamer, increasing its thermal stability, and the Mg2+ ion has led to major conformational changes on A03 compared to Na+ ion. The data presented herein demonstrated the importance of the studies of oligonucleotides binding affinity and specificity to Dengue virus. It can be concluded that the A03 and C10 aptamers have potential in application for diagnostic and/or therapeutic purposes, considering the diluent buffer, since different salts have influence on the secondary and tertiary conformational structures of aptamers, and on bioavailability of interaction with the target. / O objetivo principal desse trabalho foi avaliar alterações conformacionais nos aptâmeros A03 e C10 previamente selecionados contra regiões não traduzidas presentes no genoma do vírus da dengue (DENV), por meio de testes de biologia e física molecular. Os aptâmeros são moléculas de ácidos nucleicos com potencial aplicação na teranóstica das mais diversas doenças. Nesse contexto, destaca-se a dengue, uma doença infecciosa viral com altos índices de morbi-mortalidade em um cenário mundial, principalmente em regiões tropicais e subtropicais, onde são altas as incidências do mosquito vetor Aedes aegypti. Esses aptâmeros demonstraram, por meio de dot blot e de captura de ligantes por beads magnéticos com detecção por PCR em Tempo Real, afinidades e especificidades semelhantes de ligação à 5’UTR do DENV. Provavelmente, essas semelhanças se deram em função dos motivos e das estruturas secundárias análogas apresentadas por esses ligantes, obtidas por ensaios in silico. Os ensaios de Transferência Ressonante de Energia de Fluorescência (FRET) permitiram a confirmação dessa afinidade de ligação entre A03:DENV, devido às alterações estruturais ocorridas no aptâmero duplamente marcado em sua sequência (5’-FAM; 3’-TAMRA). As alterações conformacionais no aptâmero resultantes de sua interação com o alvo foram detectadas pelas mudanças nas intensidades de fluorescência do FAM e do TAMRA, decorrentes de alterações nas distâncias entre o doador e o aceitador que afetam a eficiência FRET e por conseguinte as intensidades de fluorescência destas moléculas. A força iônica do tampão utilizado nos ensaios apresentou importante influência na conformação do aptâmero, permitindo a detecção das interações entre A03 e o DENV. Os íons presentes na solução tampão afetaram a conformação estrutural do aptâmero e aumentaram sua estabilidade térmica, sendo que o íon Mg2+ levou a maiores alterações estruturais sobre o A03 comparado ao íon Na+. Os dados aqui apresentados demostraram a importância dos estudos de afinidade e especificidade dos oligonucleotídeos ligantes ao vírus da dengue. É possível concluir que os aptâmeros A03 e C10 apresentam potencial de aplicação para fins diagnósticos e/ou terapêuticos, considerando o tampão diluente, uma vez que os diferentes sais presentes exercem influência sobre as estruturas conformacionais secundárias e terciárias dos aptâmeros, e em sua biodisponibilidade de interação com o alvo.

Advances in next-generation sequencing platforms during the past decade have resulted in exponential increases in biological data generation. Besides applications in determining the sequences of genomes and other DNA elements, these platforms have allowed the characterization of cell-wide mRNA pools under different conditions and in different tissues. In 2009, Ingolia and colleagues developed an extension of high-throughput sequencing that provides a snapshot of all cellular mRNA fragments protected by translating ribosomes, dubbed ribosome profiling. This approach allows detection of differential translation activity, annotation of novel protein coding sequences and variants, identification of ribosome pause sites and estimates of de novo protein synthesis. As with other sequencing based methodologies, a major challenge of ribosome profiling has been sorting, filtering and interpreting the gigabytes of data produced during the course of a typical experiment. In this thesis, I developed and applied computational pipelines to interrogate ribosome profiling data in relation to gene expression in several viruses and eukaryotic species, as well as to identify sites of ribosomal pausing and sites of non-canonical translation activity. Specifically, I applied various control analyses for characterizing the quality of profiling data and developed scripts for visualizing genome-based (exon-by-exon) rather than transcript-based ribosome footprint alignments. I also examined the challenge of mapping footprints to repetitive sequences in the genome and propose ways to mitigate the associated problems. I performed differential expression analyses on data from coronavirus-infected murine cells, retrovirus-infected human cells and temperature-stressed Arabidopsis thaliana plants. Dissection of translational responses in Arabidopsis thaliana during heat shock or cold shock revealed several groups of genes that were highly upregulated within 10 minutes of temperature challenge. Analysis of the branches of the unfolded protein and integrated stress responses during coronavirus infection allowed for deconvolution of transcriptional and translational contributions. During the course of these analyses, I identified errors in a recently publicized algorithm for detection of differential translation, and wrote corrections that have now been pulled into the repository for this package. Comparison of the translational kinetics of the dengue virus infection in mosquito and human cell lines revealed host-specific sites of ribosome pausing and RNA accumulation. Analysis of HIV profiling data revealed footprint peaks which were in agreement with previously proposed models of peptide or RNA mediated ribosome stalling. I also developed a simulation to identify transcripts that are prone to generating RPFs with multiple alignments during the read mapping process. Together, the scripts and pipelines developed during the course of this work will serve to expedite future analyses of ribosome profiling data, and the results will inform future studies of several important pathogens and temperature stress in plants.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-04-25T23:51:26Z No. of bitstreams: 1 RenatoFerreiraDeAlmeidaJunior_DISSERT.pdf: 1495100 bytes, checksum: f007a8b773603ddf1cf491e66172e839 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-04-28T20:17:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 RenatoFerreiraDeAlmeidaJunior_DISSERT.pdf: 1495100 bytes, checksum: f007a8b773603ddf1cf491e66172e839 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-28T20:17:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RenatoFerreiraDeAlmeidaJunior_DISSERT.pdf: 1495100 bytes, checksum: f007a8b773603ddf1cf491e66172e839 (MD5) Previous issue date: 2015-03-16 / Os v?rus dengue pertence ? fam?lia Flaviviridae e ao g?nero Flavivirus, sendo composto por 4 sorotipos antigenicamente distintos, s?o considerados os arbov?rus mais importantes no mundo por causar altas taxas de morbidade e mortalidade em regi?es tropicais e subtropicais do planeta, colocando em risco at? 3,6 bilh?es de pessoas em mais de 100 pa?ses. Por ser uma doen?a com amplo espectro cl?nico e por n?o possuir vacina ou tratamento eficaz, o estudo de poss?veis antivirais que visam diminuir a viremia do paciente ? de suma import?ncia, j? que este ? um dos fatores que pode levar a febre hemorr?gica da dengue e a s?ndrome do choque da dengue que s?o as formas grave da doen?a. No presente estudo foi avaliado o potencial antiviral do extrato da folhada planta Caesalpinia echinata contra o v?rus dengue-2 (DENV-2) em cultura de c?lulas C6/36 e Vero e a a??o antiviral da Rifampicina em c?lulas Vero. A escolha da Caesalpinia echinata se deve ao fato de que j? foi observada sua a??o antiinflamat?ria e antimal?rica, al?m de n?o ter sido encontrado nenhum trabalho que tenha avaliado seu potencial de a??o frente a v?rus. A Rifampicina foi escolhida por demonstrado a??o antiviral, principalmente contra os poxvirus, por?m poucos s?os os relatos da utiliza??o deste f?rmaco contra v?rus de RNA. O resultado foi obtido atrav?s da quantifica??o da carga viral pela t?cnica da qRT-PCR em Tempo Real. As c?lulas infectadas por DENV-2 foram submetidas ao tratamento pelo per?odo de 7 dias em diferentes concentra??es do extrato da planta Caesalpinia echinataque variou entre 0,68 a 0,0068mg/mL. N?o foi poss?vel observar neste estudo, evid?ncias de inibi??o significativa da replica??o do v?rus DENV-2 em ambas as culturas celulares. ARifampicina foi utilizada em diferentes condi??es de tratamento, no qual foi avaliado ao longo de 72 horas a carga viral produzida nas c?lulas Vero.Nas condi??es de tratamento p?s-infec??o e no ensaio virucida o f?rmaco apresentou atividade antiviral, reduzindo a taxa de replica??o em 100 vezes em rela??o ao controle. De acordo com os nossos resultados conclui-se que a Rifampicina mostrou-se eficaz no combate a infec??o do DENV-2 em cultura de c?lulas Vero. / The dengue virus belongs to the Flaviviridae family and the Flavivirus genus, consisting of four serotypes antigenically distinct, are considered the most important arbovirus in the world to cause high rates of morbidity and mortality in tropical and subtropical regions of the world, threatening to 3, 6 billion people in over 100 countries. Because it is a disease with a wide clinical spectrum and has no vaccine or effective treatment, the study of possible antiviral drugs aimed at reducing viremia of patients is of paramount importance, since this is one of the factors which can lead to dengue hemorrhagic fever and dengue shock syndrome that are severe forms of the disease. In the present study we evaluated the antiviral potential of the leaf extract of the plant Caesalpinia echinata against dengue-2 virus (DENV-2) in cultured C6/36 and Vero cells and the antiviral action of Rifampicin on Vero cells. The choice of Caesalpinia echinata is due to the fact that has been observed its action anti-inflammatory and antimalarial , and not have been found no study evaluated its antiviral effect. Rifampin was chosen was chosen for demonstrated antiviral action, especially against poxviruses, but few sane reports usage of this drug against RNA viruses. The result was obtained by quantifying the viral load bythe technique of Real-time qRT-PCR. Cells infected with DENV-2 were subjected to treatment for 7 days in different concentrations of plant extract Caesalpinia echinata (0.68 - 0,0068mg / ml). As a result, we could not observe a inhibition significant of virus replication in both cell cultures. The Rifampicin was used for different treatment condition,which were evaluated over 72 hours the amount of viral load produced in Vero cells, In the conditions treatment and the test virucidal theantiviral activity, which is capable of reducing the rate of 100X replication as compared to control. According to our results we can conclude that Rifampicin was effective in action against to infection DENV-2 in Vero cell culture.