Orientador: Claudio de Oliveira / Banca: Angela Maria Zanata / Banca: Alexandre Wagner Hilsdorf / Banca: Daniel C. Carvalho / Banca: Ricardo Cardoso Benine / Resumo: A família Characidae é a mais especiosa entre os peixes da ordem Characiformes. Um desses especiosos gêneros, com muitos conflitos taxonômicos é Astyanax, o qual é composto por, atualmente, 142 espécies, das quais 52 foram descritas nos últimos dez anos. Nesse estudo apresentamos um extenso trabalho de amostragem geográfica do gênero Astyanax, com exemplares provenientes da América do Sul e Central, cobrindo em sua maioria a distribuição do gênero. Neste contexto foram analisados espécimes do gênero em duas abordagens, uma acerca da diversidade de espécies e outra com foco nas relações filogenéticas do grupo. O estudo de diversidade foi baseado em sequencias barcode, do qual a porção 5' do gene Citocromo Oxidase subunidade I, proposta como capaz de separar espécies em nível molecular, auxiliando assim os estudos taxonômicos e a descoberta de novas espécies. O uso de diferentes abordagens para a clusterização de sequências (análises ABGD, GMYC e BIN) mostram uma consistência dos resultados obtidos com o valor inicial de corte de 2%, mas GMYC tende a identificar um número maior de grupos do que as demais análises. Os resultados apontam para a existência de quatro grandes grupos no gênero, totalizando 122 grupos de espécies, mas, em muitos casos, diversas espécies estão agrupadas em único cluster, tornando a identificação por DNA barcode praticamente impossível. Para a filogenia do gênero a análise baseada em dados moleculares multilocus apontam que Astyanax é polifilético e com pelo menos quatro linhagens, as quais são formadas pelos complexos de espécies A. scabripinnis e A. fasciatus, outro pelo complexo A. bimaculatus, uma linhagem com os exemplares da América Central e outra com espécies de regiões costeiras do leste do Brasil. Além disso, algumas espécies de Astyanax estão relacionadas com gêneros como Moenkhausia e Jupiaba, conhecidamente similares ao gênero em estudo. Todos os Astyanax... / Abstract: The Characidae family is the most species rich between the order Characiformes. One such species rich genera, with many taxonomic conflicts is Astyanax, which comprises currently 142 species, of which 52 were described in the last ten years. In this study we present an extensive geographic sampling of the genus Astyanax with specimens from South and Central America, covering almost the entire distribution of the genus. In this context, the genus was examined by two approaches, one about the diversity of species and another focusing on the phylogenetic relationships of the group. The diversity study was based on barcode sequences, of which the 5' portion of Cytochrome Oxidase subunit I gene, proposed as standard tool to separate species at the molecular level, thus helping the taxonomic studies and the discovery of new species. The use of different approaches to clustering sequences (ABGD, GMYC and BIN analysis) show a consistency of results obtained with the initial cutoff value of 2%, but GMYC tends to identify a larger number of groups than other analyzes. The results point to the existence of four major groups in the genus, comprising 122 species groups, but in many cases, several species are grouped into a single cluster, making identification by DNA barcode virtually impossible. For the phylogeny analysis of the genus based on multilocus molecular, data shows that Astyanax is polyphyletic and at least four lineages, which are formed by the species complexes A. scabripinnis and A. fasciatus, other by complex A. bimaculatus, a lineage with specimens from Central America and other with species from coastal regions of South America. In addition, some species of Astyanax are related with genera such as Moenkhausia and Jupiaba, known to be morpholgical similar. All Astyanax are present in Clade C, with only exception of A. festae, who was in Clade A, and then we propose its review. Final data from this study point to a very complex ... / Doutor

Orientador: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Banca: Sandra Aparecida Drigo Linde / Banca: Deilson Elgui de Oliveira / Resumo: O câncer de mama é a forma mais comum de câncer e a segundo causa mais comum de morte por uma doença neoplásica afetando mulheres. Há uma série de fatores de risco reconhecidos para o desenvolvimento do câncer de mama incluindo fatores hereditários, hormonais, reprodutivos e história menstrual, idade, falta de exercício, álcool, radiação, doença benigna da mama, e obesidade. Embora aproximadamente 10% a 30% dos casos de câncer de mama sejam atribuídos a fatores hereditários, apenas 5% a 10% dos casos são identificados com um componente hereditário forte, e apenas uma pequena fração desses (4% a 5%) são explicados por mutações em genes de alta penetrância em uma herança autossômica dominante. Grande parte dos casos de câncer de mama hereditário são atribuídos a mutações germinativas nos genes de alta penetrância BRCA1 e BRCA2, responsáveis pela Síndrome de Câncer de Mama o Ovário Hereditários. Vários estudos têm identificado outros genes de susceptibilidade para o câncer de mama com alta penetrância, mas alguns casos de forte indício para uma síndrome hereditária como causa dos tumores de mama o resultado é negativo para mutações nestes genes. Recentemente, outros genes e marcadores polimórficos comuns também foram associados com aumento pequeno ou moderado no risco para câncer de mama. O sequenciamento de nova geração (NGS) permite analisar múltiplos genes simultaneamente em testes no formato de painéis, a um custo reduzido em comparação com o sequenciamento pela metodologia de Sanger. No entanto, informações clínicas relevantes sobre as variantes encontradas nestes testes estendidos não mantiveram o mesmo ritmo da tecnologia de sequenciamento. Faltam informações importantes como a penetrância das variantes genéticas (em particular, de variantes missense) e o manejo clínico adequado dos portadores destas mutações. O objetivo do presente estudo foi avaliar a ocorrência de... / Abstract: Breast cancer is the most common form of cancer and the second most common cause of death from a neoplastic disease affecting women. There are a number of recognized risk factors for the development of breast cancer including hereditary factors, hormonal, reproductive and menstrual history, age, lack of exercise, alcohol, radiation, benign breast disease, and obesity. Although approximately 10% to 30% of breast cancer cases are attributed to hereditary factors, only 5% to 10% of cases are identified with a strong genetic component, and only a small fraction of these (4% to 5%) are explained by mutations in high penetrance genes in an autosomal dominant inheritance. Most cases of hereditary breast cancer are attributed to germline mutations in high penetrance genes BRCA1 and BRCA2 that are responsible for Breast Cancer Ovary Syndrome the hereditary. Several studies have identified other susceptibility genes for breast cancer with high penetrance, but some cases of strong evidence for a hereditary syndrome as a cause of breast tumors the result is negative for mutations in these genes. Recently, other genes and common polymorphic markers were also associated with small or moderate increase in risk for breast cancer. The next generation sequencing (NGS) allows the analysis of multiple genes simultaneously in tests on panels format whit a reduced cost compared to sequencing by the Sanger methodology. However, relevant clinical information about variants found in these extended tests have not kept the same pace of sequencing technology. Important information such as penetrance genetic variants (in particular, missense variants) and the appropriate clinical management of carriers of these mutations are not availabe. The aim of this study was to evaluate the occurrence of genetic changes in 17 breast cancer predisposition genes in Brazilian risk patients, suitable for genetic testing. Genetic testing included analysis of the DNA of patients using... / Mestre

Orientador: Maria Luiza Moretti, Rogerio de Jesus Pedro / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-05T09:30:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Padoveze_MariaClara_D.pdf: 5321715 bytes, checksum: 9f035f988b4d968c0058fa69239476fb (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: Pacientes com HIV/Aids são potencialmente uma população de maior risco para aquisição de Infecções Hospitalares (IH) quando comparados a outros grupos de pacientes hospitalizados. Dados da literatura indicam que a infecção mais comum nestes pacientes é a Infecção da Corrente Sanguínea (ICS) e o principal agente etiológico é o Staphylococcus aureus. O presente estudo desenvolveu-se em duas fases. Na primeira fase foi realizada uma avaliação das IH ocorridas em pacientes HIV-positivos comparando com pacientes HIV-negativos internados na Enfermaria de Moléstias Infecciosas (MI) do Hospital das Clínicas (HC) da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Na segunda fase foi realizada a pesquisa de colonização por S. aureus em pacientes HIV-positivos atendidos ambulatorialmente na Unidade de Pesquisa Clínica (UPC) da Disciplina de Moléstias Infecciosas da Faculdade de Ciências Médicas da UNICAMP. Foram coletadas três amostras de swab nasal em dias diferentes em pacientes sem história de internação prévia por até 2 anos antes do início do seguimento. As amostras de S. aureus obtidas da pesquisa de colonização nasal foram genotipadas utilizando-se a técnica de "Pulsed-Fiel Gel Electrophoresis" (PFGE). Potenciais fatores associados com a colonização nasal por S. aureus foram avaliados. Os resultados da Fase I revelaram que os pacientes HIV-positivos apresentaram maiores taxas de IH quando comparados com o grupo de controle. Os pacientes HIV-positivos foram submetidos a maior número de cateteres venosos centrais-dia e sondagens vesicais de demora-dia do que os pacientes HIVnegativos internados na mesma unidade. A localização topográfica mais freqüente foi a ICS e o principal agente etiológico identificado foi o S. aureus. A aquisição de S. aureus em pacientes HIV-positivos foi significantemente maior do que nos demais pacientes. Os resultados da Fase II demonstraram uma taxa de colonização nasal por S. aureus de 63,1% nos pacientes incluídos na pesquisa (70 em 111). Os padrões de colonização identificados foram: a) colonização ausente, com três amostras negativas (36%); b) colonização transitória, com apenas uma amostra positiva (25%) e c) colonização persistente, com duas ou três amostras positivas (39%). Utilizando técnica de PFGE, a colonização persistente foi subcategorizada em: c1) persistente simples, que apresenta o mesmo perfil genômico entre as amostras (24%); c2) persistente múltipla, que apresenta diferentes perfis genômicos entre as amostras (7%) e c3) persistente combinada, que apresenta duas amostras com perfil genômico idêntico e uma amostra com perfil genômico diferente (8%). O fator de risco associado com a colonização nasal por S. aureus foi a classificação clínica e laboratorial de Aids, segundo os critérios do Centers for Disease Control and Prevention (CDC). O uso de antimicrobianos no momento da coleta ou até 6 meses antes foi associado com resultados negativos para a pesquisa de S. aureus. Não foram identificados fatores especificamente associados com os diferentes tipos de Colonização identificados / Abstract: Patients with HIV/AIDS have potentially higher risk for Nosocomial Infection (NI) acquisition comparing other hospitalized groups of patients. In reviewing literature, the most common infection in these patients is the Blood Stream Infection (BSI) and the Staphylococcus aureus is the principal etiologic agent. The present study was developed in two phases. Phase I was developed at the Infectious Diseases Ward (IDW) in the Hospital das Clínicas (HC) from Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) evaluating NI developed among patients who were HIV-positive and comparing to NI developed among patients who were HIV-negative. Phase II objective was to study the S. aureus nasal colonization from HIV-positive outpatients without history of hospitalization within two years before the beginning of the follow-up of this study and was developed at the Unidade de Pesquisa Clínica (UPC) of de Infectious Diseases Department from UNICAMP. Three samples of nares swabs were collected in different days. The DNA profiles of the samples of S. aureus obtained from patients were analyzed by using Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE). Potential risk factors associated to the nasal colonization for S. aureus were accessed. Phase I results showed that HIV-positive patients had higher rates of NI than HIV-negative patients. The HIV-patients were more likely to have a central venous catheter or urinary catheter than HIV-negative patients cared for in the same ward. The most frequent NI site was the BSI and the S. aureus was the principal identified etiologic agent. HIV-positive patients were more likely to have S. aureus infection compared to the HIV-negative patients. Results from Phase II detected the presence of S. aureus nasal colonization in 70 of 111 enrolled HIV-patients (63,1%). Nasal colonization for S. aureus were classified as: a) absent: patients having three negative results, in 36% of the cases; b) transient: patients having one positive results, in 25% of the cases; and c) persistent: patients having two or three positive results, in 39% of the cases. By using PFGE, the last category were subdivided into: c1) simple persistent, patients having two or three positive samples with the same DNA profile, in 24% of cases; c2) multiple persistent, patients having positive samples with different profiles, in 7% of cases, and, c3) combined persistent, patients having two positive samples with the same profile and one positive sample with different profile, in 8% of cases. Clinical and laboratorial classification of AIDS, using Centers for Disease Control and Prevention (CDC) criteria, was identified as the risk factor for S. aureus nasal colonization. The antibiotics use at the moment of collection of nasal swab or 6 months before were associated with negative results for S. aureus. No specific risk factors were associated with different types of colonization / Doutorado / Ciencias Basicas / Doutor em Clínica Médica

Submitted by MARCOS LEANDRO TEIXEIRA DE OLIVEIRA (marcosteixeira@ufv.br) on 2018-11-01T11:22:07Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 993827 bytes, checksum: 8498e005f6e2efc67c76122e44845c7f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-01T11:22:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 993827 bytes, checksum: 8498e005f6e2efc67c76122e44845c7f (MD5) Previous issue date: 2018-07-06 / O mal das folhas da seringueira (MDF) é uma doença destrutiva causada pelo fungo Pseudocercospora ulei que pode afetar severamente a seringueira em monocultura na América tropical. O agente causal da doença é um patógeno hemibiotrófico que apresenta crescimento lento in vitro. O isolamento de DNA de boa qualidade em quantidades adequadas não é uma tarefa fácil devido à falta de um protocolo padrão e a dificuldade de cultivar P. ulei em condições de laboratório. Embora o MDF seja conhecido por mais de um século, informações sobre a estrutura genética na região amazônica, seu centro de origem, permanecem desconhecidas. Neste trabalho foram avaliados protocolos adequados para a extração de DNA e a estrutura genética da população de P. ulei na região amazônica. Foram comparados seis protocolos de extração em relação a pureza e ao rendimento do DNA. Um total de 61 isolados foram amostrados ao longo das bacias hidrográficas Madeira, Purus e Juruá localizadas na região amazônica e genotipados para 12 locos SSR. O protocolo de extração de DNA de Doyle e Doyle foi o único que apresentou concentração consistente e melhor qualidade do DNA extraído. Houve desequilíbrio de ligação entre os alelos e diferenciação genética entre populações geograficamente distantes foi detectada. A análise de componentes principais revelou agrupamento dos isolados de acordo com os limites das bacias hidrográficas. Foram formados dois grupos, um constituído pelos indivíduos da bacia do rio Madeira e o outro composto por indivíduos dos rios Purus e Juruá. / South American leaf blight (SALB) is a destructive disease caused by the fungus Pseudocercospora ulei that can severely affect rubber tree in monoculture in tropical America. The causal agent of the disease is a hemibiotrophic pathogen, that grows slowly under in vitro conditions. Isolation of good quality DNA in proper quantities is not an easy task due to the difficulties in the handling of P. ulei under laboratory conditions and the lack of a standard protocol. Although SALB has been known for nearly a century, information on the genetic structure of P. ulei in the Amazon region, its center of origin, remains unknown. In this work, adequate protocols for DNA extraction were assessed and the population genetic structure of P. ulei in the Amazon region was determined using 12 microsatellite loci (SSR). Six extraction protocols were compared regarding yield and purity of the DNA. A total of 61 isolates were sampled along the Madeira, Purus and Juruá watersheds located in the Amazon region and SSR genotyped. The Doyle and Doyle DNA extraction protocol was the one that presented consistent and better quality extracted DNA. There was linkage disequilibrium between alleles and genetic differentiation between geographically distant populations was detected. Principal component analysis revealed clustering of the isolates according to the watershed boundaries. Two groups were formed, one comprised by individuals from the Madeira river and the other comprised of individuals from the Purus and Juruá rivers.

Made available in DSpace on 2012-09-06T01:12:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 157.pdf: 1283280 bytes, checksum: 5a67dedd4e379d7321d874f0d661ce18 (MD5) Previous issue date: 1998 / Durante os anos 50, houve uma epidemia de peste bubônica no Brasil. Em busca do reservatório, cerca de 60.000 roedores foram coletados, examinados e taxidermizados. Todos os animais foram arquivados no Museu Nacional do Rio de Janeiro. Como muitos roedores eram de áreas onde a leishmaniose e a peste eram concomitantes, decidimos investigar se esses animais poderiam ser reservatório de Leishmania. Examinamos um total de 20 animais de Baturité, Ceará, e 19 da Ilha Grande, Rio de Janeiro. Essas duas áreas foram escolhidas por terem história de leishmaniose epidemiologicamente bem estudada. Fragmentos de pele de 1mm3 foram coletados de orelha, cauda e pés de cada animal. Fragmentos de lesao cutânea, presente em três roedores, também foram coletados. O DNA genômico foi isolado, usando-se um kit para isolamento de DNA tecidual. Oligonucleotídeos que se associam à origem de replicaçao das duas fitas das moléculas de minicírculo foram usados em hot start PCR, amplificando a regiao conservada do minicírculo de kDNA. Os produtos amplificados foram analisados pela eletroforese em gel de agarose corado pelo brometo de etídio e visualizados sob luz UV. Todos os produtos foram aplicados em membrana de nylon usando-se aparelho de dot blot e hibridizados com sonda de L. Braziliensis M2903 e L.amazonensis L575. Pela PCR, Leishmania amazonensis foi encontrada L575. Pela PCR, Leismania amazonensis foi encontrada na orelha de dois animais, um Oryzomys subflavus e um Thrichomys apereoides. A hibridaçao com sonda de L. braziliensis foi negativa em todos os casos. Ambos os roedores positivos eram de Baturité. A infecçao por L. amazonenesis é, primariamente, uma zoonose, e pode ser encontrada em grande variedade de hospedeiros entre animais silvestres, inclusive roedores, marsupiais e raposas. Indica a viabilidade de reconstruir a história das leishmanioses pela PCR, o que pode favorecer o entendimento dos eventos históricos que influenciaram a leishmaniose tegumentar americana no Brasil. / During the fifities there was an epidemics of plague in Brazil. Seeking for reservoirs, around 60000 rodents were colected, examined and taxidermized. All animals were stored in the archives of the Nacional Museum of Rio de Janeiro, Brazil. Since many of the rodents were from areas where leishmaniasis was concomitant, we decided to investigate if these animals would be a reservoir for Leishmania. We examined 20 animals from Baturité, Ceará, and 19 from Ilha Grande, Rio de Janeiro. These two areas were chosen because there had been a previous epidemiological study of leishmaniasis. Skin fragments of 1 mm3 from the ear, tail and foot from each animal were collected. In addition, a fragment from a cutaneous lesion, present in three of the animals, was also collected. Genomic DNA was isolated by using the QIAmp tissue kit. Oligonucleotides that anneal to the origin of replication of both strands of the minicircle molecules were used in a hot start PCR, amplifying the conserved region of the minicircle kDNA. The amplified products were analysed by agarose gel eletrophoresis, ethidium bromide staining, and were visualized under UV light. All products were applied to a nylon membrane using a dot-blot apparatus and hybridized with a preamplified product of L. braziliensis M2903 strain or L. amazonensis L575 as probe. Leishmania amazonensis was found by PCR in the ear of two animals, one Oryzomys subflavus and one Thrichomys apereoides. Hybridization with the L. braziliensis probe was negative in all cases. Both animals were from Baturité. L amazonensis infection is primarily a zoonosis, found in a wide range of hosts among wild animals, including rodents, marsupials and foxes. The results of this study indicate that it is likely to reconstruct the history of leishmaniasis by PCR and that it might be possible to understand the historical events that have influenced American leishmaniasis in Brazil.

Orientador: Zanoni Dias / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-08T07:27:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Baudet_Christian_M.pdf: 13612079 bytes, checksum: 648d18039dc13dcd5a2f422cc7863666 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: O sequenciamento de ESTs (Expressed Sequence Tag) [2] e uma tecnica que trabalha com bibliotecas de cDNAs tendo como objetivo a obtençao de uma boa aproximaçao para o ?ndice genico, que e a listagem de genes existentes no genoma do organismo estudado. Antes da serem analisadas, as sequencias obtidas do sequenciamento dos ESTs devem ser processadas para eliminaçao de artefatos. Artefatos sao trechos que nao pertencem ao organismo ou que possuem baixa qualidade ou baixa complexidade. Trechos de vetores, adaptadores e caudas poli-A podem ser citados como exemplos de artefatos. A eliminaçao dos artefatos deve ser feita para que a an'alise das sequencias produzidas no projeto nao seja prejudicada por estes ?ru?dos?. Por exemplo, artefatos presentes em sequencias freq¨uentemente produzem erros em processos de clusterizaçao, pois eles podem determinar se sequencias serao unidas em um mesmo cluster ou separadas em clusters diferentes. Observando a importancia da realizaçao de um bom processo de limpeza das sequencias, o trabalho desenvolvido nesta dissertaçao teve como principal objetivo a obtençao de um conjunto eficiente de procedimentos de detecçao e remoçao de artefatos. Este conjunto foi produzido a partir de uma nova estrategia de deteçao de artefatos. Normalmente, cada projeto de seq¨uenciamento possui seu proprio conjunto de procedimentos dividido em varias etapas. Estas etapas sao, em geral, ligadas entre si e o resultado de uma pode influenciar o resultado de outra. A nossa estrategia visa a realizaçao destas etapas de forma totalmente independente. Alem da avaliaçao desta nova estrategia, o trabalho tambem realizou um estudo mais detalhado sobre dois tipos de artefatos: baixa qualidade e derrapagem. Para cada um deles, algoritmos foram propostos e validados atraves de testes com conjuntos de seq¨u?encias produzidas em projetos reais de sequenciamento. O conjunto final de procedimentos, baseado nos estudos desenvolvidos durante a escrita deste texto, foi testado com as sequencias do projeto SUCEST [100, 103, 113] e mostrou bons resultados. O clustering produzido com as sequencias processadas por nossos metodos apresentou melhores consistencia interna e externa e menores taxas de redundancia quando comparado ao clustering original do projeto / Abstract: Expressed Sequence Tag (EST) Sequencing [2] is one technique that works with cDNA libraries. It aims to achieve a good approximation for the gene index of an organism. Before analyzing the sequences obtained by sequencing ESTs, they must be processed for artifact removal. An artifact is a sequence that does not belong to the studied organism or that has low quality or low complexity. As example of artifacts, we have adapters, poly- A tails, vectors, etc. Artifacts removal must be performed because their presence can produce ?noises? in the sequencing project data analysis. For example, artifact can join two sequences in a same cluster inappropriately or separate them in two different clusters when they should be put together. Motivated by the sequence cleaning process importance, our main objective in this work was to develop an efficient set of procedures to detect and to remove sequence artifacts. Usually, each EST sequencing project has its own procedure set divided in many steps. These steps are, in general, linked and the result of one given step might influence the result of the next one. Our strategy was to perform each step independently assuring that any execution order of those steps would lead to the same result. Additionally to the new strategy evaluation, this work also studied detailedly two type of artifacts: low quality and slippage. For each one, algorithms were proposed and validated through tests with sequences of real sequencing projects. The final set of procedure, developed in this work, was evaluated using the sequences of the SUCEST project [100, 103, 113] and produced good results. The resulting clustering from our method has better external and internal consistency and lower redundacy rate than those produced by the SUCEST project clustering / Mestrado / Ciência da Computação / Mestre em Ciência da Computação

Neste trabalho apresenta-se uma revisão da metodologia de experimentos de microarray relativas a sua instalação e análise estatística dos dados obtidos. A seguir, aplica-se essa metodologia na análise de dados de expressão gênica em citros, gerados por um experimento de macroarray, utilizando modelos lineares de efeitos fixos considerando a inclusão ou não de diferentes efeitos e considerando ajustes de modelos para cada gene separadamente e para todos os genes simultaneamente. Os experimentos de macroarray são similares aos experimentos de microarray, porém utilizam um menor número de genes. Em geral, são utilizados devido a restrições econômicas. Devido ao fato de terem sido utilizados poucos arrays no experimento analisado neste trabalho foi utilizada uma abordagem bayesiana empírica que utiliza estimativas de variância mais estáveis e que leva em consideração a correlação entre as repetições do gene dentro do array. Também foi utilizado um método de análise não paramétrico para contornar o problema da falta de normalidade para alguns genes. Os resultados obtidos em cada um dos métodos de análise descritos foram então comparados. / This paper presents a review of the methodology of microarray experiments for its installation and statistical analysis of data obtained. Then this methodology is applied in data analysis of gene expression in citrus, generated by a macroarray experiment, using linear models with fixed effects considering the inclusion or exclusion of different effects and considering adjustments of models for each gene separately and for all genes simultaneously. The macroarray experiments are similar to the microarray experiments, but use a smaller number of genes. In general, are used due to economic restrictions. Because they have been used a few arrays in the experiment analyzed in this study it was used a empirical Bayes approach that uses estimates of variance more stable and that takes into account the correlation among replicates of the gene within array. A non parametric analysis method was also used to outline the problem of the non normality for some genes. The results obtained in each of the described methods of analysis were then compared.

Orientadora: Regina Maria Barreto Cicarelli / Banca: Raquel Mantuaneli Scarel Caminaga / Banca: João Aristeu da Rosa / Banca: Leonor Gusmão / Banca: Rodrigo Rodenbusch / Resumo: A análise dos polimorfismos do DNA é a melhor ferramenta encontrada para resolução de casos de identificação humana, sendo os marcadores STRs (short tandem repeat) localizados em regiões autossômicas os principais e mais utilizados para esta finalidade. Apesar da indiscutível reprodutibilidade destes marcadores, quando são analisados em amostras degradadas podem não apresentar bons resultados, o que dificulta a resolução dos casos. Assim, há a necessidade de uma alternativa e, atualmente, a mais indicada é a utilização dos polimorfismos bialélicos. A análise do cromossomo sexual X também vem ganhando importância significativa no contexto forense, devido ao seu padrão de transmissão entre os genitores. Neste trabalho, caracterizamos as populações brasileiras do estado do Mato Grosso e do Distrito Federal pela análise de 32 polimorfismos de inserção/deleção no cromossomo X (X-InDels), tendo em vista que os dados destes polimorfismos nestas populações são ainda inéditos, e para que esses marcadores também possam no futuro auxiliar a resolução de casos forenses em nosso país. Para identificar a diversidade genética foram analisados os perfis genotípicos de 303 indivíduos não aparentados nascidos no estado do Mato Grosso e 179 indivíduos não aparentados e residentes em Brasília. Os resultados indicam que o painel dos 32 X-Indels é bastante eficiente para a sua finalidade, sendo que praticamente todos os marcadores se mostraram altamente informativos para as populações estudadas. O... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The analysis of DNA polymorphisms is the best tool found for solving cases of human identification, and the Short Tandem Repeat (STR) markers used in the autosomal regions are the main and most marker used for this purpose. Despite the undeniable reproducibility of these markers, when analyzed in degraded samples they may not present good results, which makes it difficult to solve the cases. Because of this, there is a need for an alternative tool and currently the most indicated is the use of the biallelic polymorphisms. In this way, the analysis of the sex chromosome X has gained significant importance in the forensic context, due to its pattern of transmission between the parents. In this work, we characterize the Brazilian populations of the state of Mato Grosso and the Federal District by the analysis of 32 insertion/deletion polymorphisms on the X chromosome (X-InDels), considering that the data of this polymorphism in these populations are still unpublished, and for that these markers may also in the future help the resolution of forensic cases in our country. To identify the genetic diversity, the genotypic profiles of 303 unrelated individuals born in the state of Mato Grosso and 179 unrelated individuals living in Brasília were analyzed. The results shows that the 32 X-Indels panel is very efficient to its purpose, being almost all markers highly informative for the studied populations. The Hardy-Weinberg equilibrium test was performed on the female samples from bot... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Neste trabalho apresenta-se uma revisão da metodologia de experimentos de microarray relativas a sua instalação e análise estatística dos dados obtidos. A seguir, aplica-se essa metodologia na análise de dados de expressão gênica em citros, gerados por um experimento de macroarray, utilizando modelos lineares de efeitos fixos considerando a inclusão ou não de diferentes efeitos e considerando ajustes de modelos para cada gene separadamente e para todos os genes simultaneamente. Os experimentos de macroarray são similares aos experimentos de microarray, porém utilizam um menor número de genes. Em geral, são utilizados devido a restrições econômicas. Devido ao fato de terem sido utilizados poucos arrays no experimento analisado neste trabalho foi utilizada uma abordagem bayesiana empírica que utiliza estimativas de variância mais estáveis e que leva em consideração a correlação entre as repetições do gene dentro do array. Também foi utilizado um método de análise não paramétrico para contornar o problema da falta de normalidade para alguns genes. Os resultados obtidos em cada um dos métodos de análise descritos foram então comparados. / This paper presents a review of the methodology of microarray experiments for its installation and statistical analysis of data obtained. Then this methodology is applied in data analysis of gene expression in citrus, generated by a macroarray experiment, using linear models with fixed effects considering the inclusion or exclusion of different effects and considering adjustments of models for each gene separately and for all genes simultaneously. The macroarray experiments are similar to the microarray experiments, but use a smaller number of genes. In general, are used due to economic restrictions. Because they have been used a few arrays in the experiment analyzed in this study it was used a empirical Bayes approach that uses estimates of variance more stable and that takes into account the correlation among replicates of the gene within array. A non parametric analysis method was also used to outline the problem of the non normality for some genes. The results obtained in each of the described methods of analysis were then compared.

Neste estudo, foi avaliada a relação entre polimorfismos dos genes da leptina (LEP) e receptores da leptina (LEPR) e parâmetros antropométricos, leptinemia glicemia e lipídeos séricos, em indivíduos da população brasileira. Foram incluídos 238 indivíduos com idade entre 30 e 80 anos. Foram medidos o índice de massa corporal (IMC), a cintura abdominal (CA) e a razão cintura quadril (RCQ). Amostras de sangue periférico foram obtidas para análise do perfil bioquímico e extração de DNA. Os polimorfismos de nuleotideo único (SNPs) LEP G-2548A e LEPR Lys109Arg, Gln223Arg e Lys656Asn foram detectados por PCR-RFLP. Os SNPs LEPR Lys109Arg e Gln223Arg foram associados com obesidade e com IMC e CA aumentados (p<0.05). Estes polimorfismos também foram associados com leptina e glicose elevada (p<0,05). O perfil lipídico sérico foi influenciado pelo polimorfismo LEPR Lys109Arg (p<0.05). A relação entre os SNPs LEPR Lys109Arg e Gln223Arg e o perfil lipídico foi modificada pelo gênero. Os haplótipos LEP G-2548/ LEPR Lys109Arg foram relacionados com diferenças no IMC de obesos. Os haplotipos LEPR Lys109Arg/Gln223Arg foram associados com diferenças na CA e glicemia e lipídeos séricos. Em conclusão, os polimorfismos LEPR Lys109Arg e Gln223Arg estão associados com obesidade e alterações de leptina, glicose e lipídeos circulantes de forma dependente do gênero. / We have assessed the relationship between polymorphisms of the leptin (LEP) and the leptin receptor (LEPR) genes and anthropometric parameters, plasma leptin and glucose and serum lipids in individuals of the Brazilian population. We included 238 individuais with 30 to 80 years. Body mass index (BMI), abdominal circumference (AC) and waist-to-hip ratio (WHR) were measured. Peripheral blood samples were collected for analysis of the biochemical profile and DNA extraction. The single nucleotide polymorphisms (SNP) LEP G-2548A and LEPR Lys109Arg, Gln223Arg and Lys656Asn were detected by PCR-RFLP. The SNPs LEPR Lys109Arg and Gln223Arg were associated with obesity and with increased BMI and AC (p <0.05). These polymorphisms were also associated with increase leptin and glucose (p<0,05). The serum lipid profile was influenced by the LEPR Lys 1 09Arg (p<0.05). The relationship between the SNPs LEPR Lys 1 09Arg and Gln223Arg and the lipid profile was modified by gender. The haplotypes LEP G-2548A1 LEPR Lys109Arg were related with differences on BMI in obese group. The haplotypes LEPR Lys109Arg/Gln223Arg were associated with differences on AC, glucose and serum lipids. In conclusion, the LEPR Lys109Arg and Gln223Arg polymorphisms are associated with obesity and alterations in blood leptin, glucose and lipids in a gender-dependent manner.