Thesis (Ph. D.)--Chemistry and Biochemistry, Georgia Institute of Technology, 2008. / Committee Chair: Doyle, Donald; Committee Member: Bommarius, Andreas; Committee Member: Harvey, Stephen; Committee Member: Hud, Nicholas; Committee Member: Kubanek, Julia. Part of the SMARTech Electronic Thesis and Dissertation Collection.

Magister Scientiae (Biodiversity and Conservation Biology) - MSc (Biodiv & Cons Biol) / Salicornia tegetaria is an endemic salt marsh macrophyte that is widely distributed in estuaries along the South African coast. The aims of the study were to understand the phylogeography of the species, compare the biomass allocation in two regions and to determine phenological patterns of S. tegetaria between the warm and cool temperate biogeographical regions. The phylogeography of S. tegetaria was studied using the noncoding chloroplast DNA region rpS16 and nuclear rDNA ITS region. Five samples each were collected from eighteen estuaries stretching from Orange River in the Northern Cape to Mngazana Estuary in the Eastern Cape. Above- and belowground biomass was collected and physico-chemical conditions measured at Olifants, Berg and Langebaan Estuaries in the cool temperate, and Heuningnes, Nahoon and Kwelera Estuaries in the warm temperate biogeographical regions. The growth and flowering phenology of S. tegetaria in relation to environmental conditions was investigated in the cool temperate Langebaan Estuarine Embayment and compared to findings in the warm temperate, permanently open Kowie Estuary. The physico-chemical gradient found between the cool and warm temperate biogeographical regions may be useful to study climate change effects on plant species. The comparison of similar habitats in each region may provide insight into how different climate regimes may affect biomass allocation and phenology.

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Submitted by Katiane Souza (katyane.souza@gmail.com) on 2016-06-05T16:57:52Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2970217 bytes, checksum: d54e4990a98e77a7f5d22ad2384ffdd3 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-05T16:57:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2970217 bytes, checksum: d54e4990a98e77a7f5d22ad2384ffdd3 (MD5) Previous issue date: 2015-12-10 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The subtribe Laeliinae comprises about 2000 species in 38 genera, exclusively neotropical and is considered the third largest family of subtribe. Cytological features most species with basic chromosome number x = 20 and karyotype evolution mainly associated with polyploidy. This study aimed performed a comparative cytogenetic analysis in 42 species of Laeliinae subtribe based on banding fluorochromes with CMA/DAPI, and estimate the nuclear DNA content of many of these species through citmetria of flow. All species presented 2n = 40 except Cattleya nobilior with 2n = 42 and the polyploid C. elongata, C. crispata, Encyclia alboxanthina, E. jenischiana, E. seidelii, Laelia gouldiana and Prosthechea faresiana (2n = 80). We observed two blocks CMA+/DAPI terminals in all species. The DNA content of species ranged from 2C = 3.45 pg in Brassavola nodosa to 2C = 7.96 pg in C. guttata. The leaf tissues of the analyzed representatives presented endoreduplication cycles in most species. Our data suggest that although it occurs an apparent macrostructural stable karyotype (2n = 40) in the species of the subtribe Laeliinae as well as the genus Cattleya studied, they present a pattern of diversification of heterochromatin consistent with the phylogenetic clusters and identify possible sinapomorphies that allow better understanding of taxonomically complex species. / A subtribo Laeliinae compreende cerca de 2000 espécies distribuídas em 38 gêneros, exclusivamente neotropical, sendo considerada a terceira maior subtribo da família. Citologicamente apresenta a maioria das espécies com número cromossômico básico x = 20 e evolução cariotípica principalmente associada a poliploidia. O presente trabalho objetivou realizada uma análise citogenética comparativa em 42 espécies da subtribo Laeliinae com base em bandeamento com fluorocromos, CMA/DAPI, além de estimar o conteúdo de DNA nuclear de várias dessas espécies através de citometria de fluxo. Todas as espécies apresentaram 2n = 40, exceto Cattleya nobilior com 2n = 42 e os poliploides C. elongata, C. crispata, Encyclia alboxanthina, E. jenischiana, E. seidelii, Laelia gouldiana e Prosthechea faresiana (2n = 80). Foram observados pelo menos dois blocos CMA+/DAPI terminais em todas as espécies, além de bandas DAPI+/CMA– proximais ou terminais em várias outras espécies. O conteúdo de DNA das espécies variou de 2C = 3,45 pg em Brassavola nodosa até 2C = 7,96 pg em C. guttata, com ciclos de endoreduplicação na maioria das espécies. Nossos dados sugerem que embora ocorra uma aparente estabilidade cariotípica macroestrutural (2n = 40) nas espécies da subtribo Laeliinae e no gênero Cattleya como um todo, em geral, o padrão de diversificação da heterocromatina foi compatível com os agrupamentos filogenéticos, identificando possíveis sinapomorfias que permitem um melhor entendimento de espécies taxonomicamente complexas.

Submitted by Sandra Pereira (srpereira@ufrrj.br) on 2017-01-11T12:09:07Z No. of bitstreams: 1 2016 - Joao Bosco Varela.pdf: 1890246 bytes, checksum: 359c15e2f52f2ea873d394cbbfa5479c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-11T12:09:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016 - Joao Bosco Varela.pdf: 1890246 bytes, checksum: 359c15e2f52f2ea873d394cbbfa5479c (MD5) Previous issue date: 2016-02-24 / The study of ticks and tick-borne disease is increasingly dependent upon the use of molecular biological techniques that are employed in pathogen detection and for the accurate identification of ticks, particularly immature stages. The successful application of molecular methods, principally the polymerase chain reaction (PCR), can only be achieved if the DNA present in the tick was effectively preserved and could be extracted efficiently. The current study compared three fixatives (RNAlater, zinc salts (ZN) and isopropanol) for the ability to preserve the nuclear and mitochondrial (mt) DNA of larvae and nymphs of Amblyomma parvum and larvae of Amblyomma scultptum. DNA was extracted from ticks at times between 72h to 12 months post fixation using a phenol-chloroform procedure and examined using PCR assays for nuclear (internal transcribed spacer 2; ITS2) and mitochondrial (12S rDNA, subunit 1 of cytochrome c oxidase (COI) and D-loop) sequences. The efficiency of amplification was analyzed quantitatively (number of samples which produced amplicon) and qualitatively (relative intensity of bands observed on agarose gels). It was observed that the ITS2 sequence could be amplified in the majority (93,39%, n= 283/303) of the samples, in each of the three fixatives, although qualitative differences were observed, particularly with A. sculptum preserved in ZN. In contrast, fixation in isopropanol effectively abolished the ability to amplify the mitochondrial marker sequences of A. parvum and also resulted in inferior amplification (qualitative), of the D-loop target with A. sculptum. Those effects were observed in samples fixed for as little as 72h. The detrimental effects of isopropanol were also observed in samples extracted using an alkaline lysis method (Hotshot). Samples of A. parvum larvae preserved in RNAlater for 30 months showed an amplification efficacy of 100% in the ITS2 and COI assays, irrespective of the extraction method. Mitochondrial sequences are a central component of the majority of molecular studies of ticks. The findings of this study indicate that isopropanol should be avoided as a fixative for immature stages of ticks. Instead, the use of RNAlater is recommended in order to permit the consistent recovery of amplifiable mtDNA / O estudo de carrapatos e doen?as transmitidas por eles ? cada vez mais dependente da utiliza??o de t?cnicas de biologia molecular que s?o empregadas na detec??o de pat?genos, e a acurada identifica??o desses artr?podes, em particular os est?gios imaturos. A aplica??o bem-sucedida dos m?todos moleculares, principalmente, a rea??o em cadeia da polimerase (PCR), s? pode ser alcan?ada se o DNA presente no carrapato foi eficazmente preservado e extra?do de forma eficiente. O estudo comparou tr?s fixadores (RNAlater, sais de zinco (ZN) e isopropanol) avaliando a sua capacidade de preservar DNA mitocondrial (mtDNA) e nuclear de larvas e ninfas de Amblyomma parvum e larvas de Amblyomma scultptum. O DNA foi extra?do dos carrapatos, em tempos entre 72h e 12 meses ap?s a fixa??o por meio da t?cnica de fenol-clorof?rmio e lise alcalina (?Hot Shot?) e examinadas usando ensaios de PCR para sequ?ncias nucleares (espa?ador interno transcrito 2; ITS2) e mitocondriais (12S rDNA, subunidade 1 do citocromo c oxidase (COI) e D-loop). A efici?ncia de amplifica??o foi analisada quantitativamente (n?mero de amostras que produziram ?amplicon?) e qualitativamente (intensidade relativa das bandas observadas em g?is de agarose). Foi observado que a sequ?ncia ITS2 foi amplificada na maioria (93,39%, n= 283/303) das amostras em cada um dos tr?s fixadores, embora tenham sido observadas diferen?as qualitativas, particularmente com A. sculptum preservado em ZN. Em contraste, a fixa??o em isopropanol afetou negativamente a capacidade de amplificar as sequ?ncias dos marcadores mitocondriais de A. parvum e tamb?m resultou na amplifica??o inferior (qualitativa), do alvo D-loop com A. sculptum. Esses efeitos foram observados em amostras fixadas por apenas 72 horas. Os efeitos prejudiciais de isopropanol tamb?m foram observados igualmente em amostras extra?das usando um m?todo de lise alcalina (?HotShot?). As amostras de larvas de A. parvum preservadas em RNAlater durante 30 meses, mostrou uma efic?cia de amplifica??o de 100% nos ensaios para ITS2 e COI, independentemente do m?todo de extra??o usado. Sequ?ncias mitocondriais s?o um componente central da maioria das pesquisas moleculares com carrapatos. Os resultados deste estudo indicam que isopropanol deve ser evitado como um fixador para fases imaturas de carrapatos. Em vez disso, o uso de RNAlater ? recomendado, a fim de permitir a recupera??o consistente de mtDNA amplific?ve

Submitted by ANALORENA CIFUENTES RINCÓN null (lorenacifuentesmvz@gmail.com) on 2016-12-05T19:02:32Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Lorena (Versão final)2.pdf: 4872200 bytes, checksum: 6e585a9162115d6ddb21dc9ffd88b0ee (MD5) Dissertação Lorena (Versão final)2.pdf: 4872200 bytes, checksum: 6e585a9162115d6ddb21dc9ffd88b0ee (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-12-06T15:42:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 cifuentesrincon_a_me_jabo.pdf: 4872200 bytes, checksum: 6e585a9162115d6ddb21dc9ffd88b0ee (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-06T15:42:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 cifuentesrincon_a_me_jabo.pdf: 4872200 bytes, checksum: 6e585a9162115d6ddb21dc9ffd88b0ee (MD5) Previous issue date: 2016-08-05 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A espécie Mazama americana (veado-mateiro) é conhecida como a maior espécie pertencente ao gênero Mazama, e também um dos cervídeos mais abundantes e amplamente distribuídos na floresta Neotropical. A espécie já passou por diferentes classificações taxonômicas ao longo do tempo devido a potencial existência de diversas espécies dentro do que hoje é conhecido como M. americana. É considerada um complexo de espécies crípticas, pois apresenta alta taxa de paralelismo morfológico entre indivíduos com uma variação cromossômica coerente em termos geográficos, sugerindo a existência de unidades evolutivamente distintas. Assim, o objetivo do trabalho foi propor um neótipo para M. americana a partir da caracterização morfológica, citogenética e molecular de um topótipo, no sentido de fazer uma descrição emendada da espécie a partir de uma visão integrativa, permitindo assim a comparação com outros padrões já descritos na literatura considerados M. americana. Para tanto, um indivíduo foi coletado na localidade tipo da espécie (Guiana Francesa), e caracterizado por técnicas de morfologia tradicional (medidas cranianas, coloração da pele, biometria corporal) e morfometria geométrica, assim como por análises citogenéticas (banda C, banda G, coloração Ag-NOR, coloração convencional de Giemsa) e moleculares (análises filogenéticas de genes mitocondriais e nucleares). Os resultados corroboram evidências da existência de um complexo de espécies dentro do que hoje se considera M. americana, já que, segundo os seus padrões citogenéticos, o topótipo não se enquadra em nenhuma variante da espécie até agora conhecida. Molecularmente, as análises indicam a existência de pelo menos duas espécies diferentes dentro deste táxon. A similaridade morfológica é clara dentro de todas as variantes, comprovando mais uma vez que as unidades taxonômicas do veado-mateiro são muito difíceis de se diferenciar só pelos caracteres morfológicos. Deste modo, no presente trabalho, é proposto um neótipo o qual é o ponto de partida para a descrição de novas espécies e possível mudança completa na nomenclatura do gênero Mazama. / The red brocket deer species, Mazama americana, is known as the largest species of the genus Mazama, and also one of the most abundant deer and widely distributed in Neotropical forests. This species has undergone different taxonomic classifications over time due to the potential existence of several species within what is currently known as M. americana, which is considered as a complex of cryptic species. Individuals included in this species show a high morphological convergence between them with a consistent chromosomal variation in geographical terms, suggesting the existence of different evolutionary units. The objective of this study, therefore, was to obtain the morphological, cytogenetic and molecular profile of a M. americana topotype to gain an exact description of the species and be able to compare them with other standards already described in the literature for M. americana. For this purpose, an individual was collected at the type locality of this species (French Guiana) and characterized by traditional morphological techniques (cranial measurements, skin color, body biometrics), geometric morphometry, cytogenetic analysis (Band C, Band G Ag-NOR staining, conventional Giemsa staining) as well as molecular analysis (phylogenetic analyzes of mitochondrial and nuclear genes). Among highlights of the results, cytogenetic analysis showed a pattern that does not fit into any of the Mazama americana variants until now known. Similarly, the molecular analysis revealed the existence of, at least, two different species within this taxon, being clear the morphological similarity in all variants, proving once again that the red brocket variants are impossible to differentiate only by morphological characters. All these results, therefore, corroborate the existence of several species within M. americana species, contributing largely to the taxonomy of this species, as well as to the description of new species within the genus Mazama and the generation of a new holotype.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-26Bitstream added on 2014-06-13T20:03:31Z : No. of bitstreams: 1 cavalcanteneto_a_dr_jabo.pdf: 4939501 bytes, checksum: 3f74c1d904d705f2ad4cef0bc2ccbc70 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Com os objetivos de elucidar a origem genética do suíno casco-de-burro e de contribuir para sua conservação, realizou-se uma caracterização genética em 110 animais, oriundos das regiões Nordeste (NE), Centro-Oeste (CO) e Sudeste (SE), usando-se duas classes de marcador molecular e análises citogenéticas. Foram encontrados 13 haplótipos mitocondriais entre os cascos-de-burro, sendo que apenas um foi comum às três subpopulações (NE, CO e SE). O valor médio da diversidade haplotípica e o da nucleotídica na população total foram 0,61 e 0,05 respectivamente. Por meio do DNA mitocondrial, as subpopulações de casco-de-burro apresentaram menor distância genética da população da raça portuguesa bísara. No entanto o haplótipo mais frequente nos cascos-de-burro e o único comum a todas as subpopulações pertence à raça ibérica. A variabilidade genética média obtida por meio dos 25 microssatélites na população total foi: número de alelo = 9,8; conteúdo de informação polimórfica = 0,73; heterozigose esperada = 0,69; heterozigose observada = 0,58; consaguinidade (Fis) = 0,15; e apenas seis loci apresentaram-se em equilíbrio de Hardy-Weinberg. Considerando-se a divisão da população nas três subpopulações que, por meio do DNA nuclear, estiveram mais próximas da população duroc e da bísara , os valores observados para os índices de fixação foram: 0,10 para Fis, 0,09 para Fst e 0,18 para Fit. Os cascos-de-burro possuem o número diploide 2n = 38, não sendo verificado miscigenação com o javali. Os resultados demonstram origem genética ibérica para os cascos-de-burro, com posterior introgressão alélica das raças internacionais importadas no século passado / With the purpose of elucidating the genetic origin of Brazilian Mulefoot pigs and to contribute to their conservation, 110 animals from Northeast (NE), Central- West (CW), and Southeast (SE) Brazil were characterized using two molecular marker classes and cytogenetic analysis. A total of 13 mitochondrial haplotypes was found, but only one was common to the three subpopulations (NE, CW, SE) of Brazilian Mulefoot pigs. The total population presented mean haplotype and nucleotide diversity values of 0.61 and 0.05, respectively. Mitochondrial DNA analysis showed that the Brazilian Mulefoot pig subpopulations presented the shortest genetic distance from the Portuguese Bísara breed. However, the most frequent haplotype found in the Brazilian Mulefoot population, and the only one common to all subpopulations belongs to the Ibérica breed. The mean genetic variability of the total population, obtained using 25 microsatellites, was: allele number = 9.8; polymorphic information content = 0.73; expected heterozygosity = 0.69; observed heterozygosity = 0.58; inbreeding = 0.15; and only six loci displayed Hardy-Weinberg equilibrium. Considering the three studied subpopulations which were closer to the Bísara and Duroc populations, based on nuclear DNA the values observed for the fixation indexes were: 0.09 for Fis, 0.10 for Fst, and 0.18 for Fit. Brazilian Mulefoot pigs have a diploid number of 2n = 38, which indicates that there is no interbreeding with wild boars. The results demonstrate that the genetic origin of Brazilian Mulefoot pigs is Iberian, with later allele introgression from foreign breeds imported during the 20th century

Made available in DSpace on 2016-12-23T14:37:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sara Coser Morra.pdf: 1157047 bytes, checksum: ca26cc99cfaca69da596f91375dc0dcb (MD5) Previous issue date: 2012-07-12 / A goiabeira (Psidium guajava L.) é uma das fruteiras de maior importância econômica da família Myrtaceae. O Brasil é um dos maiores produtores de goiaba do mundo, sendo esta uma cultura potencial em expansão e rentabilidade. A polinização cruzada da espécie e a existência de pomares heterogêneos de propagação seminal resultam em variabilidade, permitindo a seleção de genótipos para o melhoramento da cultura. O objetivo deste trabalho foi estudar a diversidade genética em genótipos de P. guajava selecionados em pomar de origem seminal e cultivares por características morfológicas e químicas de qualidade de fruto, também associar dados de conteúdo de DNA nuclear (2C), cariótipo, morfológicos e de marcadores moleculares microssatélites. Verificou-se a existência de divergência entre as Cortibel com relação às características de fruto, com genótipos apresentando performance superior e genótipos com desempenho semelhante à cultivares, potenciais para uso em hibridações ou como cultivares. As análises cariotípica e de conteúdo de DNA nuclear (2C) mostraram que os genótipos possuem um genoma estável, pequeno e diplóide e características cariotípicas relacionadas a grupos ancestrais de angiospermas. O dendrograma UPGMA baseado em dados morfológicos e SSR evidenciaram diversidade entre os genótipos, com melhor discriminação pelos dados de SSR. Como a maioria dos genótipos mostraram similaridade morfológica para as características de frutos, aliada a dissimilaridade molecular, estes se mostraram interessantes para o uso em hibridações em programas de melhoramento. O conjunto de dados gerados contribuiu para expandir o conhecimento sobre o genoma e a diversidade genética em P. guajava. Também é importante na estruturação de programas de melhoramento para a cultura, além de contribuir para estudos evolutivos / Guava (Psidium guajava L.) is one of the most economically important fruit crop from Myrtaceae family. Brazil is one of the largest producers of guava in the world, which is a potential crop in growth and profitability. Cross-pollination of the species and the existence of heterogeneous seminal propagation orchards result in variability, allowing the selection of genotypes for crop improvement. The aim of this study was to evaluate genetic diversity between P. guajava L genotypes selected from seminal origin orchard and cultivars, by morphological and fruit quality chemical characteristics, also associate data from nuclear 2C-value, karyotypic, morphological and simple sequence repeat (SSR) marker. There were divergences between Cortibel selections by fruit characteristics, with genotypes showing superior and similar performance when compared with cultivated genotypes, potential for use in hibridation and as cultivars. Karyotype and nuclear 2C-value analyses showed that all genotypes have a stable and very small diploid genome (2n = 2X = 22; 2C = 0.95 pg), and karyotypic characteristics related to ancestral angiosperm groups. UPGMA dendrogram based on morphological and SSR data evidenced diversity among the genotypes, with better discrimination by SSR data. Since most genotypes showed morphological similarity for fruit characteristics, combined with molecular dissimilarity, the use of these genotypes in hybridation breeding programs could be of interest. The obtained data set contributed to expand the knowledge about genome and genetic diversity of P. guajava. Also are important to structure crop improvement programs and contribute to evolutionary approaches