Nemertodermatida is a group of microscopic marine worm-like animals that live as part of the marine meiofauna in sandy or muddy sediments; one species lives commensally in a holothurian. These benthic worms were thought to disperse passively with ocean currents, resulting in little speciation and thus wide or even cosmopolitan distributions. Individuals occur in low abundance and have few light microscopically available characters, which altogether may explain why only eight species had been described between the discovery of the taxon in 1930 and this thesis. We used molecular methods to address the diversity and phylogeny of this group for the first time. In a study of two nominal species with samples from all around the world, a high degree of cryptic speciation was discovered and several new species described. Diagnoses were based on molecular data complemented by morphological characters, where available. Given the patchy geographical record it can be assumed that the majority of the biodiversity of Nemertodermatida is yet to be described. A phylogenetic study including all but three known species revealed a deep divergence between the two families of Nemertodermatida but non-monophyly of the taxon was rejected by an Approximately Unbiased test. Confocal laser scanning microscopic studies of several species show that the pattern of the body-wall musculature and the nervous system are specific for different genera. The muscular system of all species consists of a basic orthogonal grid with specific diagonal musculature and specialized muscles associated with body openings. The mouth appears to be transient feature in Nemertodermatida, developing only after hatching and being reduced again in mature worms. The nervous system is highly variable with very different ground patterns between the genera, such as an epidermal net, a centralized neuropile or a commissural brain. / <p>At the time of the doctoral defense, the following papers were unpublished and had a status as follows: Paper 3: Manuscript. Paper 4. Manuscript.</p>

ABSTRACT " Once it was said that the law followed the flag. Now, international law is everywhere. Its influence increases. " Sovereignty is no longer an intra-national concept within International Law. It now involves a greater consideration of issues concerning the global community. This thesis develops a practical methodology for the determination of sovereignty over maritime natural resources. Customary international law regarding the use of resources within the maritime zones of islands on the high seas is rapidly developing. Traditional tests, such as the discovery and occupation of islands, are no longer the primary focus of the determination of sovereignty. The methodology expressed in this thesis is an application and adaptation of the current state of the international laws regarding islands within the high seas. This argument has its foundation in the new international treaties, recent decisions of the International Court of Justice, the Permanent Court of Arbitration and the International Tribunal for the Law of the Sea. It unifies the latest determinations and theoretical legal perspectives of these bodies to produce a single methodology. This work provides an original and substantial contribution to the knowledge and understanding of sovereignty issues within International Law. The Chapters of this thesis and their sub-headings progressively illuminate the individual elements of a distinctive formula for determining the sovereignty of islands within the high seas. The Chapters form a template for this methodology, which is applied to the Falkland Islands. Thus, each chapter is a step towards the determination of sovereignty. This modus operandi can be applied to new disputes in this realm, such as those filed with the International Court of Justice. Since 1982, the definitive ownership of the Falkland Islands proper has been determined, if not by International Law, then by warfare. However, conflict over the use of natural resources in the maritime zones continues.

A delimitação de espécies é um aspecto de fundamental importância dentro da Biologia Evolutiva, bem como para a conservação da biodiversidade. No entanto, delimitar espécies com base em morfologia é extremamente complicado, especialmente em grupos que tiveram uma radiação recente e que apresentam pouca descontinuidade morfológica entre os táxons, como a tribo Andropogoneae (Poaceae). A presente tese utiliza sequências de DNA, como genes nucleares de cópia-única (low-copy nuclear loci) e sequenciamento completo do plastoma, para resolver a circunscrição de complexos de espécies em Andropogoneae, particularmente dos gêneros Saccharum e Eriochrysis, bem como para investigar o posicionamento filogenético dos mesmos em relação aos demais gêneros da tribo. Aspectos filogenéticos, taxonômicos e nomenclaturais foram investigados. Do ponto de vista nomenclatural, foi possível esclarecer que Andropogoneae Dumortier é o nome correto para a tribo, e não Sacchareae Martinov, como recentemente sugerido por diversos autores. As análises filogenéticas realizadas corroboram a hipótese de uma diversificação inicial rápida em Andropogoneae e a não monofilia da subtribo Saccharinae. A origem alopoliploide do gênero Saccharum foi demonstrada a partir de evidências de genes nucleares. Saccharum s.l. é polifilético e Tripidium deve ser reconhecido como um gênero distinto. As análises filogenéticas também foram capazes de resolver a circunscrição interna de Saccharum s.l., confirmando a ocorrência de três espécies nativas na América do Sul: S. angustifolium, S. asperum e S. villosum. A ocorrência de híbridos naturais entre S. villosum e S. angustifolium foi documentada. As análises filogenéticas de Eriochrysis confirmaram a monofilia do gênero e resolveram a circunscrição de suas espécies: E. villosa é um táxon distinto de E. cayennensis, bem como E. laxa é uma espécie distinta de E. warmingiana. Híbridos naturais entre E. laxa e E. villosa também foram documentados. Eriochrysis villosa é citada pela primeira vez para o Uruguai e E. laxa para o estado do Rio Grande do Sul. A presente tese demonstrou a eficiência dos genes nucleares de cópia única na delimitação de espécies e gêneros da tribo Andropogoneae, mesmo na presença de poliploidia, evolução reticulada e radiação recente. O sequenciamento completo do plastoma também se mostrou uma ferramenta extremamente promissora para inferências filogenéticas em Andropogoneae. / Species delimitation is a vital issue concerning evolutionary biology and conservation of biodiversity. However, delimiting species based on morphology is a difficult task especially in plant groups with an evolutionary history involving rapid radiation and little morphological discontinuity between taxa, as the tribe Andropogoneae (Poaceae). The present thesis uses DNA sequences, such as low-copy nuclear genes and complete plastome sequencing, to resolve the taxonomic circumscriptions of species complexes in Andropogoneae, particularly from genera Saccharum and Eriochrysis, and to investigate their phylogenetic affinities to other genera of the tribe. Phylogenetic, taxonomic, and nomenclatural aspects were investigated. We clarified that Andropogoneae Dumortier is the correct name for the tribe, rather than Sacchareae Martinov, as recently suggested by several authors. The present phylogenetic analyses support the hypothesis of an initial rapid diversification in Andropogoneae and the non-monophyly of subtribe Saccharinae. The allopolyploid origin of Saccharum was demonstrated using evidence from nuclear genes. Saccharum s.l. is polyphyletic and Tripidium should be recognized as a distinct genus. The phylogenetic analyses were also able to define the circumscriptions of the species of Saccharum s.l., confirming the occurrence of three native species in South America: S. angustifolium, S. asperum and S. villosum. The occurrence of natural hybrids between S. villosum and S. angustifolium was documented. The phylogenetic analyses of Eriochrysis confirmed the monophyly of the genus and resolved the circumscriptions of its species: E. villosa is distinct from E. cayennensis, and E. laxa is distinct from E. warmingiana. Natural hybrids between E. laxa and E. villosa were also documented. Eriochrysis villosa is reported here for the first time for Uruguay and E. laxa for the State of Rio Grande do Sul. The present thesis has demonstrated the efficiency of low-copy nuclear genes in the delimitation of species and genera from tribe Andropogoneae, even in presence of polyploidy, reticulate evolution and recent radiation. The complete plastome sequencing is also a promising tool for phylogenetic inferences in Andropogoneae.

Made available in DSpace on 2016-12-23T13:51:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marcelo Dan Scardua - Parte 1.pdf: 3346625 bytes, checksum: b6eec28c5e4cef4dda824006bb5d8c34 (MD5) Previous issue date: 2013-08-29 / O presente trabalho teve por objetivo a avaliação de Modelos Digitais de Elevação (MDEs) para análise espacial de Bacias Hidrográficas (BHs), visando identificar os que apresentam melhor desempenho para a delimitação de bacias hidrográficas. Foram utilizados três tipos de fontes de dados de MDEs, sendo: a) MDEI: proveniente de dados do IBGE, obtido por meio do interpolador Topo To Raster do ArcGIS; b) MDEA: proveniente do sensor GDEM ASTER da National Aeronautics and Space Administration (NASA); e c) MDET: proveniente do projeto Topodata, resultante de um refinamento do SRTM realizado pelo Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (INPE); todos com resolução espacial de 30 metros. Os MDEA e MDET foram adquiridos diretamente da internet. O MDEI foi elaborado a partir de dados cartográficos do IBGE, na escala de 1:50.000, contendo Curvas de Nível (CN) com equidistância vertical de 20 metros e hidrografia. Os MDEs foram utilizados em suas formas originais e refinados, visando a obtenção de MDEs com maior consistência hidrológica. Os MDEs originais (MDEI, MDEA e MDET) foram utilizados diretamente para a delimitação das BHs, usando a extensão ArcHydro (AH) no ArcGIS® 10.1, enquanto os MDEs refinados (MDEIr, MDEAr e MDETr) foram pré-processados usando o algoritmo Agree, para posterior delimitação das bacias utilizando o AH. Realizou-se uma delimitação de referência para fins de comparação com as delimitações automáticas obtidas com as seis opções de MDEs estudadas. A delimitação de referência foi realizada manualmente, em ambiente SIG (ArcGIS), utilizando as referidas cartas do IBGE, contendo CN, hidrografia e pontos cotados. A avaliação das delimitações foi realizada de forma qualitativa, por meio de análise visual, e de forma quantitativa, pelo método das áreas divergentes, ou seja, pelos acréscimos e decréscimos de áreas em relação à delimitação de referência. Foram comparadas também as Hidrografias Numéricas (HN) geradas com e sem refinamento, tendo-se comprovado a eficácia do algoritmo Agree, notandose uma alta semelhança entre as hidrografias refinadas e a de referência. Na comparação das HN sem refinamento, verificou-se que a obtida do MDET apresentou melhor desempenho que a do MDEA, fato que contribuiu para uma melhor eficiência na delimitação das bacias. Das delimitações sem refinamento, a derivada do MDEI foi a que mais se aproximou da delimitação de referência, seguida pelo MDET e MDEA. Quando comparadas as delimitações dos MDEs refinados, o melhor foi o MDEIr; porém, a segunda e a terceira colocação se inverteram, sendo o MDEAr melhor que o MDETr. A consistência hidrológica relativa às alterações na delimitação de bacias pode ser melhor evidenciada quando analisada em microbacias localizadas no interior da bacia hidrográfica / This study aimed to assess digital elevation models (DEMs) from different database in order to identify the ones that best perform watersheds delineation. We used three types of data sources of DEMs: a) DEMI: from the IBGE, obtained by the interpolator Top To Raster in ArcGIS b) DEMA: from ASTER GDEM, a Sensor from the National Aeronautics and Space Administration (NASA), and c) DEMT: from the Topodata project, a result of the refinement of SRTM, conducted by the National Institute for Space Research (INPE), all with a spatial resolution of 30 meters. The DEMA and DEMT were acquired directly from the internet. The DEMI was elaborate from cartographic data of IBGE, at 1:50,000 scale, using the contours lines (CN) with vertical intervals of 20 meters and the hydrography map. The DEMs were used in their original forms and refined to obtain DEMs with greater hidrological consistency. The original DEMs (DEMI, DEMA and DEMT) were used directly for the delimitation of BHs, using the extension ArcHydro (AH) in ArcGIS® 10.1, while the refined DEMs (DEMIr, DEMAr and DEMTr) were pre-processed using the algorithm Agree, for further watershed delineation using. A reference watershed delimitation reference was made to compare with the automatic delimitation obtained with the six options of DEMs studied. The reference delimitation was performed manually in GIS (ArcGIS), using IBGE maps, containing CN, hydrography and elevation points. The assessment of the delimitations was performed qualitatively through visual analysis, and quantitatively, by the method of divergent areas. In other words, the increase and decreases of areas in relation to the reference delimitation. Also it was compared the numerical hydrography (HN) generated with and without refinement. It showed the effectiveness of the algorithm Agree, observing a high similarity between the refined hydrography and the reference hydrography. In the comparison of HN without refinement, it was verified that the one obtained from the DEMT showed better performance than that obtained from the DEMA. At of the delimitations without refinement, the one derived from the DEMI was the closest to the reference delimitation, followed by the derived from DEMT and DEMA. When comparing the delimitations of the refined DEMs, the best one was the DEMIr; however, the second and third position were inverted, being the DEMAr better than DEMTr. Consistency hydrological changes concerning the delimitation of basins can be better evidenced when analyzed in watersheds located within the watershed

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Morro Gaúcho, located between the cities of Arroio do Meio and Capitão (RS), is characterized by its remnants from the Mata Atlântica biome besides being a regional touristic spot. As a way to have environmental protection, in 2002 and 2010, there were discussions about the creation of a Conservation Unit (CU) on site. However, conflicts with the local population and lack of knowledge about the concepts, categories and boundaries caused the abandonment of the municipal government to continue negotiations. However, despite the withdrawal, creating a CU in Morro Gaucho is relevant for the effective protection and maintenance of the remaining forests. Thus, the need for the development of this research is indispensable. Providing information and the necessary limits, this study seeks to strengthen a new attempt to create the CU. Therefore, one of the main objectives was to identify which category is most appropriate to define a territorial limit for the future of the CU Morro Gaucho. The categorization and definition of CU are important since many CUs were framed in improper categories when created, regarding their environmental characteristics and management objectives. As a consequence of inadequate limits, ineffective and negative results emerged regarding the protection of the attributes present in the area. In order to get the results, a wide part of the study area was environmentally characterized aiming to find out about physical, biological and man-made attributes of the landscape through thematic mapping and field work; analyze the objectives, features and specifications of the categories of CUs present in the National System of Nature Conservation Units (SNUC) and State System of Conservation Units (SEUC) was another goal and assisted in the process of choosing the best category, taking into account the results of previous goals; and finally, the study aimed to define the perimeter of the proposed CU, being the vegetation the main element to be analyzed. From the results of the environmental characterization and analysis of the CU categories, two protected areas emerged, an Area of Ecological Interest and an Area of Environmental Protection, aiming that both areas of environmental protection act complementarily in Morro Gaucho. The results of this research are important for strengthening the process of creating the CU site since previously there was the lack of information and limitations; the future protected area hampered the negotiations about the creation of a CU. / O Morro Gaúcho, localizado entre os municípios de Arroio do Meio e Capitão (RS), é caracterizado por seus remanescentes do bioma Mata Atlântica e por ser um ponto turístico regional. Como forma de buscar a proteção ambiental do mesmo, nos anos de 2002 e 2010, ocorreram discussões acerca da criação de uma Unidade de Conservação (UC) no local. Porém, conflitos com a população local e desconhecimento acerca de conceitos, categorias e limites provocaram a desistência do poder público municipal em prosseguir nas tratativas de criação. Entretanto, apesar da desistência, criar uma UC no Morro Gaúcho é relevante para sua efetiva proteção e manutenção de seus remanescentes florestais. Deste modo, a necessidade do desenvolvimento desta pesquisa torna-se indispensável. Fornecendo as informações e limites necessários, visa-se fortalecer uma nova tentativa de criação da UC. Assim, teve-se como objetivo principal identificar qual a categoria e o limite territorial mais adequados à futura UC do Morro Gaúcho. A categorização e delimitação da UC são importantes visto que muitas UCs, quando criadas, foram enquadradas em categorias impróprias às suas características ambientais, objetivos de manejo e limites inadequados, apresentando resultados negativos e inefetividade em relação à proteção dos atributos presentes na área. Assim, para chegar aos resultados, visou-se caracterizar ambientalmente um recorte amplo da área de estudo procurando conhecer os atributos físicos, biológicos e antrópicos da paisagem através de mapeamentos temáticos e trabalhos de campo; analisar os objetivos, características e especificações das categorias de UCs presente no Sistema Nacional de Unidades de Conservação da Natureza (SNUC) e no Sistema Estadual de Unidades de Conservação (SEUC) foi outro objetivo e auxiliou no processo de escolha da melhor categoria, levando em consideração os resultados dos objetivos anteriores; e, por fim, buscar a definição do perímetro desta proposta de UC, tendo como principal elemento a ser analisado a vegetação. A partir dos resultados da caracterização ambiental e da análise das categorias de UCs, chegou-se à proposta de duas áreas protegidas, uma Área de Relevante Interesse Ecológico e uma Área de Proteção Ambiental, visando que ambas atuem complementarmente na proteção ambiental do Morro Gaúcho. Os resultados dessa pesquisa são importantes para o fortalecimento do processo de criação da UC no local, visto que, anteriormente, a falta de informações e limites da futura área protegida prejudicaram as tratativas acerca da criação de uma UC.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3664.pdf: 2255481 bytes, checksum: 8606405322631d7b23133954708544a6 (MD5) Previous issue date: 2011-03-01 / Financiadora de Estudos e Projetos / The family Threskiornithidae includes 13 genera and 32 species, but the relationships among genera, species or subspecies have been little studied. This family is traditionally divided into two subfamilies: Plataleinae and Threskiornithinae. One of the more interesting taxonomical questions within this group is the case of the species Eudocimus ruber and Eudocimus albus. They are usually considered as separate species, but they show similar behavior and there are also records of hybridization in nature. This study aims to reconstruct the phylogenetic relationships within the family Threskiornithidae as well as assess the level of genetic differentiation between Eudocimus albus and E. rubber, using mitochondrial and nuclear gene sequences. DNA was extracted from blood and tissue samples from 13 species of Threskiornithidae (seven genera) and two outgroups. For the Eudocimus study were extracted 10 individuals of each species. We sequenced the 16S rRNA and the intron 7 of &#946;- Fibrinogen for all species. For Eudocimus Cytochrome B, Cytochrome Oxidase I, intron 11 of Glyceraldehyde-3-Phosphate Desidrogenase, intron 4 of the Myelin Proteolipid Protein and intron 2 of Myoglobin were also sequenced. Sequences for other five species of the family were obtained from GenBank. Phylogenetic trees were constructed using Neighbor-Joining, Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian inference and Bayesian inference of species tree. Networks and genetic distances were determined for Eudocimus haplotypes. Several approaches for species delimitation using multilocus data were applied. All analyses strongly supported the family Threskiornithidae (18 species) as a monophyletic group. However, the current classification of two subfamilies was not supported by our data: Plataleinae formed a monophyletic group, but nested within Threskiornithinae (a paraphyletic group). Tests of monophyly rejected the hypothesis of monophyly of Threskiornithinae. The family Threskiornithidae also showed a division into two groups: one with only genera endemic to the American continent (Theristicus and Eudocimus) and another with the remaining species. Within the latter clade, species of genus Plegadis are observed in a basal position, while subfamily Plataleinae was grouped with the remaining species. This pattern of species distribution suggests an initial Gondwana division and subsequent colonization by species from the Old to the New World. The divergence within the family was estimated at 35-40 million years, which is before the separation between America and Antarctica. Mitochondrial genetic analysis showed Eudocimus species as two different lineages. Multilocus analysis based on nuclear genes revealed a strong signal of speciation despite the polyphyly found in three of the four markers. / A família Threskiornithidae inclui 13 gêneros e 32 espécies e suas relações interespecíficas, assim como as designações dos gêneros, espécies ou subespécies foram pouco estudadas. A família tem sido dividida em duas subfamílias: Plataleinae e Threskiornithinae. O caso de Eudocimus ruber e Eudocimus albus é uma das questões interessantes da taxonomia do grupo, pois têm sido consideradas como espécies, mas mostram similaridades no comportamento e há registros de hibridização na natureza. Os objetivos do presente estudo foram reconstruir as relações filogenéticas dentro da família Threskiornithidae e avaliar o nível de diferenciação genética entre Eudocimus albus e E. ruber, baseando-se nos dados de sequências de genes mitocondriais e nucleares. DNA foi extraído de amostras de sangue e de tecidos de 13 espécies de Threskiornithidae, representantes de sete gêneros da família e de dois grupos externos. Para o estudo do caso de Eudocimus foram analisadas amostras de 10 indivíduos de cada espécie. Foram sequenciados os genes 16S rRNA e o íntron 7 do &#946;-fibrinogênio para todas as espécies. Nos indivíduos de Eudocimus foram sequenciados também os genes Citocromo B, Citocromo Oxidase I, o íntron 11 da Gliceraldeído-3-Fosfato Desidrogenase, o íntron 4 da Proteína Proteolipídica da Mielina e o íntron 2 da Mioglobina. Sequências para outras cinco espécies da família foram obtidas do GenBank. Árvores filogenéticas foram construídas pelos métodos de inferência de Neighbor-Joining, Máxima Parcimônia, Máxima Verossimilhança, Análise Bayesiana e Estimativa Bayesiana de árvore de espécies. Redes de haplótipos e distâncias genéticas foram determinadas para as sequências de Eudocimus. Diversas abordagens de delimitação de espécies usando informação multilocus foram realizadas. A família Threskiornithidae com 18 espécies se apresentou como grupo monofilético fortemente sustentado em todas as análises. A classificação atual das duas subfamílias não foi corroborada: Plataleinae se apresentou como grupo monofilético, mas agrupada dentro dos Threskiornithinae, sendo este último um grupo parafilético. Os testes de monofilia rejeitaram a hipótese de Threskiornithinae ser um grupo monofilético. A família Threskiornithidae pode ser dividida em dois grupos: o primeiro agrupando somente gêneros endêmicos do continente americano (Theristicus e Eudocimus) e o outro com as demais espécies. Dentro deste ultimo clado, observa-se em posição basal as espécies do gênero Plegadis e a subfamília Plataleinae agrupada com o restante das espécies. Este padrão de distribuição de espécies concorda com uma divisão inicial Gondwânica e uma posterior colonização por espécies do velho ao novo mundo. A divergência da família foi estimada em 35 40 milhões de anos, data anterior à separação do continente Americano da Antártica. As análises genéticas mitocondriais mostraram as espécies de Eudocimus como duas linhagens diferentes. Nas análises multilocus baseadas nos genes nucleares foi possível recuperar um forte sinal de especiação apesar da polifilia encontrada em três dos quatro marcadores.

Submitted by Maria de Lourdes Mariano (lmariano@ufscar.br) on 2017-03-21T19:02:17Z No. of bitstreams: 1 FEGIES_Ana_Claudia_2014.pdf: 53292518 bytes, checksum: 185c39de601cf0257dadd521e8f16898 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria de Lourdes Mariano (lmariano@ufscar.br) on 2017-03-21T19:02:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 FEGIES_Ana_Claudia_2014.pdf: 53292518 bytes, checksum: 185c39de601cf0257dadd521e8f16898 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria de Lourdes Mariano (lmariano@ufscar.br) on 2017-03-21T19:02:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 FEGIES_Ana_Claudia_2014.pdf: 53292518 bytes, checksum: 185c39de601cf0257dadd521e8f16898 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-21T19:02:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FEGIES_Ana_Claudia_2014.pdf: 53292518 bytes, checksum: 185c39de601cf0257dadd521e8f16898 (MD5) Previous issue date: 2014-03-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / The Cryptonanus genus, in Didelphidae family, is currently constituted by five recognized species restricted to the open vegetation areas of South America: C. agricolai, C. chacoensis, C. guahybae, C. ignitus e C. unduaviensis. Morphological analyses on specimens from Cerrado, Caatinga and Pantanal, indicate the need of taxonomic revision for this group, especially considering its wide range of phenotypic variation and geographic distribution. This study aims to contribute in Cryptonanus species delimitation by evaluating possible patterns of intra and interspecific genetic variation, by the analysis of the phylogenetic relationships from the genetic lineages and their geographic distribution. Combined analysis using mtDNA potentially informative sequences, from cytochrome b (cytb) and subunit I of cytochrome oxidase c (coI) genes, were performed for 51 Cryptonanus specimens, in addition to independent analysis of each marker, 64 specimens for cytb and 54 for coI, sampling a total of 42 localities in South America. Genetic distances were estimated based on a DNA barcode approach. Phylogenetic relationships were retrieved from the results of Maximum Parsimony, Maximum Likelihood and Bayesian Inference methods. The topologies recovered were congruent relative to the position of the genus Cryptonanus as a monophyletic cluster, subdivided in nine clades. Regarding species delimitation, two evolutionary hypotheses were tested: 1- the maintenance of four from five valid taxa (except C. ignitus, since this species was not included in the analyses), based on the characterization of intraspecific genetic variation ranged from 0 to 5,3% (cytb) and from 0 to 5,1% (coI), while interspecific variation ranging from 4,1 to 13,2% (cytb) and from 4,7 to 9,6% (coI), related with genetically structured populations in C. agricolai and C. chacoensis clusters; 2- extended biological diversity, related with the identification of five new species besides the five currently recognized. On this scenario, intraspecific genetic variation ranges from 0 to 2,4% (cytb) and from 0 to 3% (coI), while interespecific variation ranges from 2,1 to 13,2% for cytb and 1,6 to 9,6% for coI. The hypothesis 2 is argued to provide a better picture for species delimitation in Cryptonanus, based on the congruence between geographic structure, intra and interspecific genetic variation ranges and the recovery of reciprocal monophyletic genetic lineages in every phylogenetic analyses. / O gênero Cryptonanus, pertencente à família Didelphidae, é composto por cinco espécies válidas, restritas às formações abertas da América do Sul: C. agricolai, C. chacoensis, C. guahybae, C. ignitus e C. unduaviensis. De acordo com análises morfológicas de espécimes do Cerrado, Caatinga e Pantanal, é necessária uma revisão taxonômica do grupo, considerando todo o espectro de variação morfológica encontrada e a amplitude da distribuição geográfica. Este estudo tem como objetivo auxiliar na delimitação das espécies de Cryptonanus a partir da avaliação de possíveis padrões de distribuição da variação genética intra e interespecífica, da análise das relações filogenéticas obtidas entre as diferentes linhagens genéticas e da distribuição geográfica destas linhagens. Devido ao seu potencial informativo em estudos de delimitação taxonômica, foram realizadas análises combinadas de sequências dos genes citocromo b (cytb, 781 pb) e subunidade I da citocromo oxidase c (coI, 743 pb) do DNA mitocondrial para um conjunto de 51 espécimes de Cryptonanus, além de análises em separado para cada marcador, 64 espécimes para o cytb e 54 para o coI, amostrando 42 localidades da America do Sul. As estimativas de distância genética foram realizadas em análises utilizando a estratégia de DNA barcode. As relações filogenéticas foram analisadas com base nas inferências resultantes dos métodos de Máxima Parcimônia, Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana. As topologias obtidas apresentaram resultados congruentes em relação ao posicionamento do gênero Cryptonanus em um agrupamento monofilético, o qual foi subdividido em nove clados. Em relação à delimitação de espécies, foram investigadas duas hipóteses evolutivas: 1- a manutenção de quatro dos cinco táxons válidos (excluindo-se C. ignitus, que não integra este estudo), a partir da caracterização de intervalos de variação genética intraespecífica entre 0 a 5,3% (cytb) e entre 0 a 5,1% (coI) e de variação interespecífica entre 4,1 a 13,2% (cytb) e 4,7 a 9,6% (coI), com estruturação genética nas populações de C. agricolai e C. chacoensis; 2- ampliação da diversidade do gênero com a identificação de cinco novas espécies, além das cinco espécies atualmente válidas, caracterizado por valores de variação intraespecífica entre 0 a 2,4% (cytb) e entre 0 a 3% (coI) e valores de variação interespecífica nos intervalos de 2,1 a 13,2% para cytb e 1,6 a 9,6% para coI. A hipótese 2 é defendida como sendo a condição que melhor representa a delimitação das espécies de Cryptonanus com base na congruência entre a estruturação geográfica, os intervalos de variação genética intra e interespecíficos válidos para outras espécies e a recuperação de linhagens genéticas reciprocamente monofiléticas em todas as análises filogenéticas.

A delimitação de espécies é um aspecto de fundamental importância dentro da Biologia Evolutiva, bem como para a conservação da biodiversidade. No entanto, delimitar espécies com base em morfologia é extremamente complicado, especialmente em grupos que tiveram uma radiação recente e que apresentam pouca descontinuidade morfológica entre os táxons, como a tribo Andropogoneae (Poaceae). A presente tese utiliza sequências de DNA, como genes nucleares de cópia-única (low-copy nuclear loci) e sequenciamento completo do plastoma, para resolver a circunscrição de complexos de espécies em Andropogoneae, particularmente dos gêneros Saccharum e Eriochrysis, bem como para investigar o posicionamento filogenético dos mesmos em relação aos demais gêneros da tribo. Aspectos filogenéticos, taxonômicos e nomenclaturais foram investigados. Do ponto de vista nomenclatural, foi possível esclarecer que Andropogoneae Dumortier é o nome correto para a tribo, e não Sacchareae Martinov, como recentemente sugerido por diversos autores. As análises filogenéticas realizadas corroboram a hipótese de uma diversificação inicial rápida em Andropogoneae e a não monofilia da subtribo Saccharinae. A origem alopoliploide do gênero Saccharum foi demonstrada a partir de evidências de genes nucleares. Saccharum s.l. é polifilético e Tripidium deve ser reconhecido como um gênero distinto. As análises filogenéticas também foram capazes de resolver a circunscrição interna de Saccharum s.l., confirmando a ocorrência de três espécies nativas na América do Sul: S. angustifolium, S. asperum e S. villosum. A ocorrência de híbridos naturais entre S. villosum e S. angustifolium foi documentada. As análises filogenéticas de Eriochrysis confirmaram a monofilia do gênero e resolveram a circunscrição de suas espécies: E. villosa é um táxon distinto de E. cayennensis, bem como E. laxa é uma espécie distinta de E. warmingiana. Híbridos naturais entre E. laxa e E. villosa também foram documentados. Eriochrysis villosa é citada pela primeira vez para o Uruguai e E. laxa para o estado do Rio Grande do Sul. A presente tese demonstrou a eficiência dos genes nucleares de cópia única na delimitação de espécies e gêneros da tribo Andropogoneae, mesmo na presença de poliploidia, evolução reticulada e radiação recente. O sequenciamento completo do plastoma também se mostrou uma ferramenta extremamente promissora para inferências filogenéticas em Andropogoneae. / Species delimitation is a vital issue concerning evolutionary biology and conservation of biodiversity. However, delimiting species based on morphology is a difficult task especially in plant groups with an evolutionary history involving rapid radiation and little morphological discontinuity between taxa, as the tribe Andropogoneae (Poaceae). The present thesis uses DNA sequences, such as low-copy nuclear genes and complete plastome sequencing, to resolve the taxonomic circumscriptions of species complexes in Andropogoneae, particularly from genera Saccharum and Eriochrysis, and to investigate their phylogenetic affinities to other genera of the tribe. Phylogenetic, taxonomic, and nomenclatural aspects were investigated. We clarified that Andropogoneae Dumortier is the correct name for the tribe, rather than Sacchareae Martinov, as recently suggested by several authors. The present phylogenetic analyses support the hypothesis of an initial rapid diversification in Andropogoneae and the non-monophyly of subtribe Saccharinae. The allopolyploid origin of Saccharum was demonstrated using evidence from nuclear genes. Saccharum s.l. is polyphyletic and Tripidium should be recognized as a distinct genus. The phylogenetic analyses were also able to define the circumscriptions of the species of Saccharum s.l., confirming the occurrence of three native species in South America: S. angustifolium, S. asperum and S. villosum. The occurrence of natural hybrids between S. villosum and S. angustifolium was documented. The phylogenetic analyses of Eriochrysis confirmed the monophyly of the genus and resolved the circumscriptions of its species: E. villosa is distinct from E. cayennensis, and E. laxa is distinct from E. warmingiana. Natural hybrids between E. laxa and E. villosa were also documented. Eriochrysis villosa is reported here for the first time for Uruguay and E. laxa for the State of Rio Grande do Sul. The present thesis has demonstrated the efficiency of low-copy nuclear genes in the delimitation of species and genera from tribe Andropogoneae, even in presence of polyploidy, reticulate evolution and recent radiation. The complete plastome sequencing is also a promising tool for phylogenetic inferences in Andropogoneae.

A delimitação de espécies é um aspecto de fundamental importância dentro da Biologia Evolutiva, bem como para a conservação da biodiversidade. No entanto, delimitar espécies com base em morfologia é extremamente complicado, especialmente em grupos que tiveram uma radiação recente e que apresentam pouca descontinuidade morfológica entre os táxons, como a tribo Andropogoneae (Poaceae). A presente tese utiliza sequências de DNA, como genes nucleares de cópia-única (low-copy nuclear loci) e sequenciamento completo do plastoma, para resolver a circunscrição de complexos de espécies em Andropogoneae, particularmente dos gêneros Saccharum e Eriochrysis, bem como para investigar o posicionamento filogenético dos mesmos em relação aos demais gêneros da tribo. Aspectos filogenéticos, taxonômicos e nomenclaturais foram investigados. Do ponto de vista nomenclatural, foi possível esclarecer que Andropogoneae Dumortier é o nome correto para a tribo, e não Sacchareae Martinov, como recentemente sugerido por diversos autores. As análises filogenéticas realizadas corroboram a hipótese de uma diversificação inicial rápida em Andropogoneae e a não monofilia da subtribo Saccharinae. A origem alopoliploide do gênero Saccharum foi demonstrada a partir de evidências de genes nucleares. Saccharum s.l. é polifilético e Tripidium deve ser reconhecido como um gênero distinto. As análises filogenéticas também foram capazes de resolver a circunscrição interna de Saccharum s.l., confirmando a ocorrência de três espécies nativas na América do Sul: S. angustifolium, S. asperum e S. villosum. A ocorrência de híbridos naturais entre S. villosum e S. angustifolium foi documentada. As análises filogenéticas de Eriochrysis confirmaram a monofilia do gênero e resolveram a circunscrição de suas espécies: E. villosa é um táxon distinto de E. cayennensis, bem como E. laxa é uma espécie distinta de E. warmingiana. Híbridos naturais entre E. laxa e E. villosa também foram documentados. Eriochrysis villosa é citada pela primeira vez para o Uruguai e E. laxa para o estado do Rio Grande do Sul. A presente tese demonstrou a eficiência dos genes nucleares de cópia única na delimitação de espécies e gêneros da tribo Andropogoneae, mesmo na presença de poliploidia, evolução reticulada e radiação recente. O sequenciamento completo do plastoma também se mostrou uma ferramenta extremamente promissora para inferências filogenéticas em Andropogoneae. / Species delimitation is a vital issue concerning evolutionary biology and conservation of biodiversity. However, delimiting species based on morphology is a difficult task especially in plant groups with an evolutionary history involving rapid radiation and little morphological discontinuity between taxa, as the tribe Andropogoneae (Poaceae). The present thesis uses DNA sequences, such as low-copy nuclear genes and complete plastome sequencing, to resolve the taxonomic circumscriptions of species complexes in Andropogoneae, particularly from genera Saccharum and Eriochrysis, and to investigate their phylogenetic affinities to other genera of the tribe. Phylogenetic, taxonomic, and nomenclatural aspects were investigated. We clarified that Andropogoneae Dumortier is the correct name for the tribe, rather than Sacchareae Martinov, as recently suggested by several authors. The present phylogenetic analyses support the hypothesis of an initial rapid diversification in Andropogoneae and the non-monophyly of subtribe Saccharinae. The allopolyploid origin of Saccharum was demonstrated using evidence from nuclear genes. Saccharum s.l. is polyphyletic and Tripidium should be recognized as a distinct genus. The phylogenetic analyses were also able to define the circumscriptions of the species of Saccharum s.l., confirming the occurrence of three native species in South America: S. angustifolium, S. asperum and S. villosum. The occurrence of natural hybrids between S. villosum and S. angustifolium was documented. The phylogenetic analyses of Eriochrysis confirmed the monophyly of the genus and resolved the circumscriptions of its species: E. villosa is distinct from E. cayennensis, and E. laxa is distinct from E. warmingiana. Natural hybrids between E. laxa and E. villosa were also documented. Eriochrysis villosa is reported here for the first time for Uruguay and E. laxa for the State of Rio Grande do Sul. The present thesis has demonstrated the efficiency of low-copy nuclear genes in the delimitation of species and genera from tribe Andropogoneae, even in presence of polyploidy, reticulate evolution and recent radiation. The complete plastome sequencing is also a promising tool for phylogenetic inferences in Andropogoneae.

O Brasil abrange grande diversidade de espécies da família Orchidaceae, onde o gênero Cattleya se destaca devido a reconhecida importância horticultural e espécies altamente relacionadas de difícil delimitação taxonômica. Anteriormente, Cattleya loddigesii e C. harrisoniana foram reconhecidas como espécies distintas devido à descontinuidade morfológica, fenológica e distribuição geográfica. Entretanto, esses critérios não são suficientes para determinar com clareza a delimitação dessas espécies, uma vez que existem populações com características morfológicas e fenológicas intermediárias consideradas introgredidas. Com o intuito de esclarecer o relacionamento entre C. loddigesii e C. harrisoniana, a relação das populações introgredidas, a estruturação das populações, bem como padrões filogeográficos envolvidos, análises filogeográficas baseadas em sequencias de DNA de cloroplasto (cpDNA) e DNA nuclear ribossomal (ITS) foram utilizadas. No total, foram amostrados 130 indivíduos das duas espécies distribuídos em 17 populações. Os resultados obtidos suportam a distinção entre as plantas, onde a árvore de estimativa de tempo de divergência para ITS separou mais evidentemente em clados distintos as duas espécies, corroborando a alta estruturação encontrada pela AMOVA (&Phi;CT = 0,597), distribuição haplotípica e análises bayesianas. Apesar disso, os resultados para cpDNA não evidenciaram claramente essa distinção. Os resultados obtidos pelo software Migrate também suportam a distinção das espécies e, ainda, sugerem que as populações introgredidas são mais relacionadas com C. loddigesii. Ademais, os dados sugerem que a estruturação populacional encontrada segue o modelo de isolamento por distância, assim como sugeriram as análises de clados aninhados - NCPA e bayesiana. Ademais, os resultados de estruturação para ambas as regiões, e as possíveis incongruências entre os resultados de cpDNA e ITS estão indicando que existe maior número de indivíduos híbridos e introgressão, necessitando de novos estudos para corroborar essas evidências. Uma das possíveis razões pelo amplo compartilhamento de haplótipos, principalmente para cpDNA, pode ter sido devido à conectividade mantida através das populações introgredidas. Além disso, a reprodução alogâmica, a dispersão por abelhas e a dispersão de sementes pelo vento a longas distâncias podem também ter contribuído para a conexão entre elas. Os resultados da reconstrução filogeográfica, bem como o número de migrantes sugerem que as populações se dispersaram em direção ao Norte-Sul em períodos glaciais do Pleistoceno. Além disso, a alta diversidade e a diferenciação das populações do extremo Sul de SP indicam indícios de uma possível zona de refúgio neste local. / Brazil covers a wide range of species of the orchid family, where the Cattleya genus stands out due to a recognized horticultural importance and highly related species difficult taxonomic delimitation. Previously, Cattleya loddigesii and C. harrisoniana were recognized as distinct species due to morphological, phenological and geographical distribution discontinuity. However, these criteria are not sufficient to determine clearly the identification of these species, as there are populations with intermediate morphological and phenological characteristics considered introgressed. In order to clarify the relationship between C. loddigesii and C. harrisoniana, the ratio of introgressed populations, the population structure and the phylogeographic patterns involved, phylogeographic analyses based on chloroplast DNA sequences (cpDNA) and ribosomal nuclear DNA (ITS), were used. Overall, we sampled 130 individuals of the two species distributed into 17 populations. Results support the distinction between plants, where the tree of divergence time estimate for ITS separated the two species more clearly into distinct clades, corroborating the high structure found by AMOVA (&Phi;CT = 0.597), haplotype distribution and Bayesian analyses. Nevertheless, the results for cpDNA did not demonstrated that distinction clearly. The results obtained by the Migrate software also support the species distinction and suggest that the introgressed populations are more closely related to C. loddigesii. Furthermore, the data suggest that the population structure found follows the isolation by distance model, as also suggested in the nested clades - NCPA and Bayesian analyses. Furthermore, the population structure results for both regions, plus possible inconsistencies between the cpDNA and ITS results, may indicate that there is a greater number of hybrid individuals and introgression, requiring new studies to corroborate this evidence. One of the possible reasons for the broad sharing of haplotypes, especially for cpDNA, may have been due to connectivity maintained through introgressed populations. Furthermore, the allogamous reproduction, the dispersal by bees and dispersal of seeds by wind over long distances may also have contributed to the connection between them. The results of phylogeographic reconstruction, as well as the number of migrants suggest that the population is dispersed towards North-South in glacial periods of the Pleistocene. In addition, the high diversity and differentiation of populations of the Southern tip of SP indicate evidence of a possible refuge zone at this area.