Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 452888.pdf: 4945977 bytes, checksum: d8d5439b275ed26962a56fcdf0f3a9e9 (MD5) Previous issue date: 2013-03-26 / Background: The contemporary genetic diversity of species and populations is a product of climatic oscillations over deeper timescales and/or anthropogenic factors over recent times. These forces caused alterations in the effective population size of fauna and flora, thus affecting not only their evolutionary potential but also species spatial distributions. Consequently, a need exists for assessing the historical demography of species at different population levels. The origin of the contemporary genetic diversity of cheetahs is thought to be the result of a severe decline around the Last Glacium Maximum (8,000 - 20,000 years ago, ya), followed by an expansion around the mid-Holocene ( 5,000 years) and a subsequent bottleneck within the past century due to a combination of anthropogenic factors and weather variability. Alternative hypotheses include that of a metapopulation structure and the persistence at a low effective size due to a high reproductive variance associated with a polygynous mating system. However, these three remain largely untested despite advances in molecular analytical tools over the past decades. Likewise, the effects of anthropogenic factors on population viability merit quantification as well as trends in abundance and density using robust surveying techniques. This study aims to contribute novel information on these aspects; information deemed of high significance for comprehensive conservation measures that do not underestimate the true risk of extinction the species is facing. First, we explored the historical demography of the largest free-ranging cheetah population over the past 60,000 years. Second, we assessed the population s genetic viability and its sensitivity to perturbations on vital rates and uncertainties on current population size and carrying capacity estimates. Lastly, we assessed trends in density, abundance, and behavioural ecology aspects of cheetahs. Methods: To explore the historical demography, we stratified periods during the last 60,000 years and contrasted evolutionary models assuming stability, decline and expansion using approximate Bayesian computation methods. We estimated the population s contemporary effective size using four genetic estimators and population viability analysis (PVA). Sensitivity analyses of the susceptibility of viability estimates to perturbations were also performed using a PVA approach. To estimate density and abundance, we used a combination of Bayesian spatial capture, recapture and non-spatial methods. Results: First, demographic scenarios indicated that the population has a complex demographic history, characterised by periods of decline intercalated with periods of stability with no signal of expansion contrived during the past 60,000 ya. The population seems to have been stable over the past 300 years. Additionally, scenarios modeled on abrupt reductions had low levels of support in relation to models assuming gradual reductions. Second, we found the present population to be viable, although susceptible to perturbations such as the proportion of breeding females, adult female survival rates, and uncertainties in current abundance estimates and on carrying capacity. These parameters also influenced the total population size. However, the direction of the impact was related to perturbation levels. Lastly, and mostly applicable for males, we observed density estimates of 5 to 20 km-3 that were largely similar across most of the six multi-year surveys. Furthermore, male cheetahs showed high site fidelity, utilising scent-marking locations for up to four consecutive years with possible temporal avoidance. Overall individuals displayed a nocturnal activity pattern. Discussion: First, the study shows that the population s contemporary genetic diversity (and possibly that of other populations to which our population is genetically connected) is the result of a gradual decline, likely caused by fluctuations and reductions of suitable habitat due to Pleistocene and Holocene climatic oscillations, as well as recent increases in aridification in Namibia. Second, that the population viability is largely dependent on aspects related to females, and that threshold values seem to exist beyond which certain conservation actions may have a negative influence on viability. Lastly, male density seems to be regulated by home range dynamics, as density remained similar across surveys except during periods of social instability caused by vacant home ranges. The instability caused by removals may lead to higher reproductive variance. Conclusions: Overall, the study shows that a realistic estimate of the risk of extinction faced by this population requires an integration of results obtained with several analytical approached, and that long-term conservation plans should incorporate such a body of information. The observation that viability is susceptible to different biological and social factors highlights the relevance of this assessment, which is integrated to the other themes investigated in this study. In a broader context, the results presented here are potentially relevant for assessments targeting other species facing similar threats of extinction. / Contexto: A diversidade gen?tica contempor?nea de esp?cies e popula??es ? resultante da intera??o entre aspectos ecol?gicos e biol?gicos das mesmas em rela??o aos efeitos de processos hist?ricos naturais, bem como ao efeito atual dos humanos. Essas for?as causaram altera??es no tamanho efetivo da popula??o de muitos elementos da fauna e flora, afetando n?o s? os seus potenciais evolutivos, mas tamb?m suas distribui??es geogr?ficas. Conseq?entemente, existe uma necessidade de caracterizar a hist?ria demografica de esp?cies em diferentes n?veis. A baixa diversidade gen?tica contempor?nea de guepardos ? usualmente considerada como o resultado de um severo gargalo gen?tico em torno do ?ltimo M?ximo Glacial (8.000 - 20.000 anos atr?s), seguido por endogamia, uma expans?o em meados do Holoceno (5.000 anos) e finalmente um gargalo durante o ultimo s?culo devido a a uma combina??o de fatores humanos e varia??es clim?ticas. Hip?teses alternativas incluem uma estrutura de metapopula??o e persist?ncia de tamanho efetivo baixo, devido ? ocorr?ncia de poliginia, gerando uma alta vari?ncia reprodutiva. Apesar dos avan?os em ferramentas moleculares nas ?ltimas d?cadas, estas hip?teses permanecem ainda largamente inexploradas. Da mesma forma, os efeitos de fatores humanos sobre a viabilidade da popula??o, precisam ser quantificados, assim como ? necess?rio determinar as tend?ncias temporais em abund?ncia e densidade utilizando robustas abordagens sistem?ticas. Neste contexto, o objetivo prim?rio deste estudo foi obter novas informa??es sobre estes aspectos, as quais s?o consideradas significantes para que medidas de conserva??o abrangentes sejam colocadas em pr?tica. Especificamente, exploramos a historia demografica da maior popula??o de guepardos ao longo dos ?ltimos 60 mil anos. Segundo, avaliamos a viabilidade gen?tica desta popula??o e sua sensibilidade a perturba??es e incertezas sobre o tamanho da popula??o atual, bem como estimativas da sua capacidade suporte. Por fim, avaliamos as tend?ncias em densidade e abund?ncia, assim como certos aspectos ecol?gicos comportamentais de uma popula??o local. Ferramentas: M?todos Bayesianos foram aplicados para avaliar e contrastar cen?rios evolutivos de estabilidade, decl?nio e de expans?o em diferentes per?odos nos ?ltimos 60 mil anos. Para estimar o tamanho efetivo contempor?neo da popula??o, foram utilizadas quatro estimativas gen?ticas e uma baseada em simula??es de viabilidade. Simula??es foram realizadas para avaliar a sensibilidade da estimativa de tamanho efectivo a perturba??es nas taxas vitais, incertezas no tamanho da popula??o e capacidade suporte. Por fim, o tamanho populacional de censo e a densidade populacional foram estimados atrav?s de m?todos espaciais e n?o espaciais de captura-recaptura. Resultados: Primeiro, os cen?rios demogr?ficos indicaram que a popula??o tem uma hist?ria demogr?fica complexa, caracterizada por per?odos de decl?nio populacional, intercalados por per?odos de estabilidade, sem sinal de expans?o detectado desde 60.000 mil anos. Um sinal de estabilidade foi detetado para os ultimos 300 anos. Adicionalmente, cen?rios modelados que assumiram redu??es abruptas tiveram taxas baixas de suporte em rela??o a modelos de redu??o gradual. Segundo, estimativas de tamanho efetivo baseadas em simula??es indicaram que a popula??o ? vi?vel, por?m suscet?vel a perturba??es como a propor??o de f?meas reprodutoras, as taxas de sobreviv?ncia de adultos do sexo feminino, e incertezas em estimativas de abund?ncia e de capacidade de suporte. O tamanho de censo da popula??o tamb?m foi influenciado por estes par?metros. No entanto, a influ?ncia em ambos os par?metros ? condicionada aos n?veis de perturba??es. Terceiro, as estimativas de densidade, principalmente de machos adultos, variaram entre 5 - 20 km-3 e foram semelhantes entre os levantamentos realizados no decorrer dos seis anos de amostragem. Os guepardos machos mostraram uma fidelidade de at? quatro anos de uso consecutivo de s?tios de marca??o (scent-marking sites) dentro de suas ?reas pr?prias, evidenciando tamb?m um padr?o de atividade predominantemente noturno. Discuss?o: Primeiro, o estudo mostra que a diversidade gen?tica contempor?nea da popula??o (e possivelmente de outras popula??es com as quais est? geneticamente ligada) ? resultante de um decl?nio gradual, provavelmente causado por flutua??es e redu??es de habitat adequado devidas a oscila??es clim?ticas no Pleistoceno e Holoceno, bem como aumentos no nivel de aridez em tempos mais recentes na Nam?bia. Segundo, que a viabilidade da popula??o ? em grande parte dependente de aspectos relacionados com f?meas, e que parecem existir valores limiares al?m dos quais certas perturba??es podem ter uma influ?ncia negativa sobre a viabilidade. Por ?ltimo, a densidade de machos parece ser resultado da din?mica das ?reas de vida, visto que a densidade permaneceu semelhante, exceto durante os per?odos de instabilidade social causada por ?reas vagas. A instabilidade causada por remo??es antropog?nicas pode, portanto, levar a maior vari?ncia reprodutiva. Conclus?es: O estudo indica que uma estimativa realista do risco de extin??o desta popula??o requer a integra??o de resultados obtidos por diversas abordagens anal?ticas, e que planos de conserva??o de longo prazo devem incluir tal conjunto de informa??es. A observa??o de que a viabilidade ? sens?vel a diferentes fatores biol?gicos e sociais ressalta a import?ncia desta avalia??o, a qual se integra aos demais temas investigados neste estudo. De forma mais ampla, os resultados aqui apresentados s?o potencialmente relevantes para diversas outras esp?cies que enfrentam amea?as de extin??o semelhantes.

O estudo de demografia de árvores foi realizado em uma parcela permanente de 1ha, em trecho de Floresta Pluvial Tropical Atlântica na Ilha do Cardoso, São Paulo, Brasil (25º03'05'-25º18'18'S e 47º53'48'-48º05'42'W). As árvores foram medidas em dois levantamentos (1987-89 e 1995), num intervalo de tempo médio de 6,8 anos. A análise da estrutura da floresta foi realizada considerando, no primeiro levantamento, 727 árvores de 108 espécies, para o componente dominante (DAP > 9,9cm), e 402 árvores de 64 espécies no sub-bosque (2,5 < DAP < 9,9cm). No segundo levantamento, de 756 árvores de 109 espécies foram medidas no componente dominante e 377 de 60 espécies no sub-bosque. As mudanças observadas em relação ao número absoluto dos indivíduos e das espécies foram relativamente pequenas. Concomitantemente a estas mudanças, houve aumento na área total dos caules do componente dominante (de 43,48 para 45,57m2/ha) e redução na do sub-bosque (1,03 para 0,97m2/ha). Para os cálculos das taxas médias anuais de crescimento, recrutamento e mortalidade, consideraram-se 716 árvores em 1ha do componente dominante (DAP > 9,9cm), no primeiro levantamento, e 844, no segundo, envolvendo um total de 111 espécies; e 368 árvores em 0,25ha do sub-bosque (2,5 < DAP < 9,9cm), no primeiro levantamento, e 430, no segundo, envolvendo 65 espécies. As espécies foram classificadas como raras, ocasionais, ou abundantes de acordo com o número de árvores presentes no primeiro levantamento, classes de diâmetro das árvores, síndromes de dispersão, e características sucessionais. As taxas médias anuais de crescimento, de recrutamento e de mortalidade, incluindo todas as espécies, foram de 0,19cm, de 2,43% e de 2,05%, respectivamente, para o componente dominante, e de 0,10cm, de 2,30% e de 2,38%, respectivamente, para o sub-bosque. Excluindo as palmeiras, as taxas médias anuais de crescimento, de recrutamento e de mortalidade, para o componente dominante, foram de 0,23cm, de 1,95% e de 1,45%, respectivamente, e para o sub-bosque, de 0,08cm, de 1,68% e de 2,08%, respectivamente. Estes valores aproximam-se daqueles obtidos em outros estudos de demografia de árvores realizados em parcelas permanentes em trechos preservados de Florestas Pluviais Tropicais. O trecho estudado é de floresta natural, que possui uma dinâmica própria, com mudanças em pequena escala; que está sujeita às perturbações de origem natural, que ocorrem de maneira esporádica, com impacto de certa forma moderado, e que pode ser considerada como uma floresta climácica, cuja dinâmica interna responde às mudanças observadas. / Demography of trees studies were carried out in a permanent plot of 1 ha, in the Atlantic rain forest of Cardoso Island, São Paulo, Brazil (25º03'05'-25º18'18'S and 47º53'48'-48º05'42'W). The trees were measured in two inventories (1987-89 and 1995), in a 6.8-year mean period. The forest structure was analyzed considering, in the first inventory, 727 trees with DBH > 9.9 cm (dominant component) of 108 species, and 402 trees with 2.5 < DBH < 9.9 cm ('sub-bosque') of 64 species. In the second inventory, 756 trees of 109 species of the dominant component, and 377 trees of 60 species of the 'sub-bosque' were analyzed. The changes observed in relation to absolute number of trees and species were relatively small. Concomitantly to these changes, there was an increase in total basal area of trees with DBH > 9.9 cm (from 43.48 to 45.57 m2/ha) and reduction in trees with 2.5 < DBH < 9.9 cm (1.03 to 0.97 m2/ha). To calculate the annual growth, recruitment and mortality rates, 716 trees of the dominant component were considered in the first inventory, and 844 trees in the second one, involving 111 species; 368 trees of the 'sub-bosque' in the first inventory, and 430 trees in the second one, involving 65 species. The species were classified as rare, occasional, or abundant according to the number of trees present in the first inventory, diameter classes of the trees, dispersal syndromes, and successional characteristics. The annual growth, recruitment and mortality rates for the community, considering all species and all trees with DBH > 9.9 cm (dominant component) were 0.19 cmy-1, 2.43 %, and 2.05 %, respectively; considering all species and all trees with 2.5 < DBH < 9.9 cm ('sub-bosque') were 0.10 cmy-1, 2.30 %, and 2.38 %, respectively. Excluding the palms, the annual growth, recruitment and mortality rates for the dominant component were 0.23 cmy-1, 1.95 %, and 1.45 %; for the 'sub-bosque', 0.08 cmy-1, 1.68 %, and 2.08 %, respectively. These values are approximately the same as those obtained in other studies of demography of trees carried out in permanent plots in preserved tropical rain forest. The area studied is a natural forest with its own dynamics, with changes in small scale, under moderate and sporadical natural disturbances; this area could be considered as a climactical forest, whose internal dynamics answer to changes observed.

O grupo Bothrops neuwiedi é composto por serpentes neotropicais que desempenham grande impacto na saúde pública, em decorrência de acidentes ofídicos. O grupo apresenta ampla distribuição ao longo da diagonal seca de formações abertas, desde o nordeste do Brasil até o noroeste da Argentina. A taxonomia atual, baseada principalmente em dados morfológicos qualitativos, não recupera as linhagens evolutivas apontadas pelas abordagens moleculares. O objetivo deste trabalho foi investigar o grupo B. neuwiedi utilizando análises filogenéticas, filogeográficas, biogeográficas, estimativa de datação e delimitação de espécies em um total de 276 indivíduos amostrados ao longo de toda a sua distribuição, incluindo representantes do Brasil, Bolívia, Argentina, Paraguai e Uruguai. As análises contemplaram três genes mitocondriais, dois nucleares, dois introns e 33 locos de microssatélites obtidos por sequenciamento de nova geração. Estimou&minus;se, por meio do método de delimitação de espécies e análises filogeográficas, que o grupo B. neuwiedi possui ao menos 14 espécies, das quais oito já são reconhecidas (B. erythromelas, B. lutzi, B. mattogrossensis, B. marmoratus, B. neuwiedi, B. pauloensis, B. pubescens e B. diporus) e seis possíveis espécies (Bothrops sp. 1 a Bothrops sp. 6). O grupo teria se originado durante o Mioceno e diversificado durante o Plio-Pleistoceno. As flutuações climáticas do Pleistoceno, decorrentes dos ciclos glaciais e interglaciais, desempenharam um importante papel na diversificação das espécies e suas populações. Adicionalmente, eventos tectônicos que ocorreram durante este período também teriam influenciado na estruturação espacial da diversidade genética. Foi revelada uma intrincada relação do domínio biogeográfico Chaquenho (áreas abertas) com os domínios do Sudoeste da Amazônia e do Paraná (áreas de floresta). Nuances na temperatura e aridez, ora permitiram a expansão do Cerrado sobre as florestas, ora possibilitaram a expansão do Chaco sobre o Cerrado, levando à interrupção da conexão entre as populações de manchas de Cerrado nestes domínios florestais. Os resultados evidenciaram a complexidade da diversificação das serpentes na diagonal seca de formações abertas e, dependendo da linhagem, diferentes padrões puderam ser observados. A Linhagem Leste&minus;Oeste (B. marmoratus, B. neuwiedi, Bothrops sp. 1) apresentou elevado grau de diversidade genética e elevada estruturação espacial, concordante com unidades geomorfológicas do relevo. Nas linhagens do sul do Brasil (B. pubescens e B. diporus) verificou&minus;se um padrão de diversificação consistente com espécies incipientes em estágios iniciais do processo de especiação. Na região central do Cerrado, propõe&minus;se que as espécies B. marmoratus, B. pauloensis e B. mattogrossensis apresentam forte estruturação no DNAmt e baixa estruturação nos marcadores nucleares em decorrência de fluxo gênico desigual mediado por machos. Baseado nas informações obtidas neste trabalho, sugerimos fortemente que o grupo Bothrops neuwiedi seja revisado sob uma perspectiva multidisciplinar. / The Bothrops neuwiedi group is composed of Neotropical snakes that have a serious impact on Brazilian public health, as they are responsible for a large number of snakebite accidents. The group is widespread along the dry diagonal of open formations in South America (Chacoan dominion), since northeast Brazil to northwest Argentina. Current taxonomic arrangement is based on blotches and color pattern, which does not represent the evolutionary lineages uncovered in molecular analyses. This study aims to investigate the B. neuwiedi group using phylogenetic analyses, biogeography, phylogeography, estimates of divergence, and species delimitation. A total of 276 representatives of the B. neuwiedi group were obtained throughout the geographic distribution of the group, including samples from Brazil, Bolivia, Argentina, Paraguay, and Uruguay; in addition, three mitochondrial and two nuclear genes, two introns, and 33 microsatellite loci were used. According species delimitation and phylogeographic approach, 14 species in the B. neuwiedi group could be delimited as follows: eigth species already recognized (B. erythromelas, B. lutzi, B. mattogrossensis, B. marmoratus, B. neuwiedi, B. pubescens, B. diporus, and B. pauloensis) and six other putative species (Bothrops sp. 1 to Bothrops sp. 6). Estimates of divergence placed the origin of the B. neuwiedi group in the Miocene and diversification in the Plio&minus;Pleistocene. Climatic fluctuations and tectonic events during the Pleistocene probably played an important role in the species and populations diversification. An intricate network was revealed with Chacoan dominion (open area) and South-west and Paraná dominion (forested areas). Nuances in temperature and aridity, sometimes allowed the expansion of the Cerrado on forests, sometimes allowed the expansion of the Chaco on the Cerrado, leading to the interruption of the connection between the populations of Cerrado patches of forest in these areas. The results showed the complexity of the diversification of snakes in the dry diagonal of open formations and depending on the lineage studied, different patterns were observed. East&minus;West Lineage (B. marmoratus, B. neuwiedi, Bothrops sp. 1) presented high genetic diversity and high genetic and spatial structure associated with Brazilian geomorphology. B. pubescens and B. diporus revealed a pattern consistent with incipient species in the early stages of speciation. B. marmoratus, B. pauloensis and B. mattogrossensis presented strong structure in mtDNA and and weak structure in nuclear markers due to male&minus;biased gene flow.

Mestrado (dissertação)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Saúde Coletiva, 2015. / A Atenção Básica vem ampliando sua cobertura populacional de forma acelerada desde sua implantação no Brasil, na década de 1990. Em 20 anos, a Estratégia de Saúde da Família estendeu sua cobertura de 5% para 60%, mas a capacidade de formação de médicos para ocupar tais posições não se desenvolveu na mesma velocidade, assim como não se desenvolveram tecnologias suficientes para o planejamento adequado de recursos humanos em saúde. Neste contexto é lançado o Programa Mais Médicos em julho de 2013 com ênfase na vinda de milhares de médicos estrangeiros para atuar na Atenção Básica, causando grande reação negativa das entidades médicas com inúmeras disputas ideológicas e judiciais. Este trabalho se propõe a lançar um olhar sobre os elementos de tensão entre Entidades Médicas e Governo no processo de implantação do Programa Mais Médicos e estudar o processo de evolução da regulação da formação de especialistas no país, na modalidade Residência Médica. Para tanto, optou-se por uma abordagem qualitativa no formato de estudo exploratório, utilizando-se de pesquisa bibliográfica e documental, assim como uma abordagem quantitativa na análise dos números de vagas de residência médica no país, com análise estatística descritiva dos dados. Os resultados apontam para melhora na capacidade de regulação de vagas para formação de especialistas no Brasil nos últimos cinco anos, sobretudo com o advento do PRÓ-RESIDÊNCIA e outras políticas de incentivo de abertura de vagas. A Lei nº12.871/2013 também aponta para importante evolução nas ferramentas de gestão de recursos humanos em saúde, além de mudanças e maior rigor na aplicação das Diretrizes Curriculares Nacionais para formação de médicos no país, com importante ênfase na Atenção Básica. Os resultados também sugerem uma falta de compreensão, por parte dos médicos, do Programa Mais Médicos em sua totalidade que não somente a provisão imediata de médicos, assim como a compreensão do papel regulador do Estado para cumprir a Constituição, cuja uma das missões é o acesso universal à saúde. É preciso ficar atento ao desenvolvimento do Programa para que ações estruturantes previstas em seu arcabouço legal, como as mudanças curriculares, a criação do Cadastro Nacional de Especialistas e o investimento na restruturação de unidades básicas de saúde não fiquem em segundo plano em relação à política de provisão. Além do mais, importantes desafios deverão ser enfrentados para a ampliação de vagas de residência de qualidade, como a necessidade de investimento em campo de prática adequado, formação de preceptores em número que atenda à expansão prevista e política de valorização desta competência pedagógica. / The population coverage of Primary Care has increased rapidly since its implementation in Brazil in the 1990s. Over 20 years, the Family Health Strategy extended its coverage from 5% to 60%, but the ability to train doctors to occupy such positions did not develop at the same rate, and sufficient technology for the proper planning of human resources for health has not evolved. In this context, the Mais Médicos Program was launched in July 2013 with emphasis on the coming of thousands of foreign doctors to work in Primary Care, causing an overwhelmingly negative reaction by medical organisations with numerous ideological and legal disputes. This paper aims to cast an eye on the elements of tension between Medical Entities and Government in the implementation process of the Mais Médicos Program and to study the process of development of the regulations of training specialists in the country, in Medical Residency. Therefore, we chose a qualitative approach in the exploratory format of the research, using bibliographic and documentary research, as well as a quantitative approach in the analysis of the numbers of medical residency positions in the country, with descriptive statistical analysis. The results indicate improvement in the capacity to regulate positions for training specialists in Brazil in the last five years, particularly with the advent of PRO-RESIDÊNCIA and other vacancy incentive policies. Law no. 12.871/2013 also points to important developments in human resource management tools in health, as well as changes and stricter application of the National Curriculum Guidelines for training doctors in the country, with major emphasis on Primary Care. The results also suggest a lack of understanding, on the part of doctors, regarding the Mais Médicos Program in its entirety, not only in the immediate provision of doctors, but also in the comprehension of the role of the State regulator to comply with the Constitution, one of the missions of which is universal access to healthcare. It is necessary to be attentive to the development of the Programme so that structuring actions provided for within the legal framework, such as curriculum changes, the creation of the National Register of Experts and the investment in primary healthcare units, do not remain in the background in relation to the provision of policy. Furthermore, significant challenges need to be tackled for the expansion of quality residency positions, such as the need for investment in appropriate fields of practice, tutor training of a number that meets the expected growth and valuation policy of this pedagogical competence.

This Ph.D. Dissertation inferred the historical processes that seem to have built the avian community assemblage restricted to the Amazonian floodplains based on their patterns of diversification and geological and climatic data. We analyzed three species complexes widely distributed over the Amazon Basin and specialists of river edge forests, Myrmoborus lugubris, Thamnophilus nigrocinereus/T. cryptoleucus, and Myrmotherula assimilis. In order to access their genetic diversity and perform phylogenetic and demographic analyses, we captured and sequenced ~2,300 Ultra Conserved Elements. This Dissertation was subdivided into three chapters that discuss distinct diversification aspects of these taxa. In Chapter 1, we explored the effects of microevolutionary processes in M. lugubris, especially gene flow and incomplete lineage sorting in phylogenetic reconstructions of its populations. We demonstrated the potential bias of estimating species tree without accommodating gene flow in recent scenarios of divergence. Additionally, we explored the evolutionary history of this lineage, supporting the presence of gene flow between nonsister populations and a hybrid zone with potential heterosis. In Chapter 2 we performed a comparative phylogeographic study including all three species complexes. The results indicated that climatic oscillations during the Quaternary that altered the pattern of sedimentation and formation of river edge forests seem to have promoted cyclical periods of allopatry and secondary contact. In the third chapter we explored how the genetic diversity of populations restricted to the Solimões river is currently distributed in space and if historical demographic alterations could be related to geographic range expansions. A signal of range expansion was detected only for T. cryptoleucus but not for M. lugubris and M. assimilis, suggesting that at the intra-populational scale species-specific ecological variables may promote distinct patterns of genetic diversity. However, despite the absence of a shared pattern of range expansion the genetic diversity of each of the three taxa is heterogeneously distributed in the landscape. The data presented in this Dissertation allowed an unprecedented test of diversification hypotheses for the bird community that occurs throughout the Amazonian floodplains, suggesting that organisms from environments poorly explored by phylogeographic studies may reveal new facets about the diversification of the Amazonian diversity / Nesta Tese foram inferidos os processos históricos que podem ter influenciado a evolução da comunidade de Aves restritas às planícies alagadas amazônicas baseado na análise de seus padrões de diversificação associados a dados geológicos e climáticos. Foram selecionados três complexos de espécies amplamente distribuídos pela bacia Amazônica e intimamente associados às florestas de beira de rio, Myrmoborus lugubris, Thamnophilus nigrocinereus/T. cryptoleucus e Myrmotherula assimilis. Para acessar a diversidade genética e realizar análises filogenéticas e demográficas das espécies foi realizada a captura e sequenciamento de ~2.300 Elementos Ultra Conservados. A Tese foi dividida em três capítulos que abordam aspectos distintos sobre a diversificação desses organismos. No Capítulo 1, M. lugubris foi estudado com o intuito de explorar os efeitos de processos microevolutivos, em particular fluxo gênico e sorteamento incompleto de linhagens, na reconstrução filogenética das populações deste complexo. Esse estudo demonstrou a problemática em se estimar árvores de espécies em cenários recentes de diversificação utilizando métodos que não acomodam fluxo gênico como um parâmetro, e explorou o histórico evolutivo desse complexo de espécies, mostrando a presença de fluxo gênico entre populações não irmãs e a presença de uma zona de hibridação com um potencial cenário de heterose. No Capítulo 2 foi realizado um estudo filogeográfico comparado dos três complexos de espécies que sugeriu que ciclos climáticos ocorridos ao longo do Pleistoceno, que parecem ter alterado o padrão de sedimentação e formação de florestas de beira de rio, tiveram importante papel na diversificação deste conjunto de organismos, promovendo períodos de alopatria seguidos de contato secundário. No terceiro Capítulo da Tese exploramos como a atual diversidade genética de populações restritas ao Rio Solimões está distribuída no espaço e se alterações demográficas históricas poderiam estar relacionadas à expansão nas distribuições geográficas. Nesse estudo encontramos sinal de expansão geográfica para T. cryptoleucus, mas não para M. lugubris e M. assimilis, sugerindo que em uma escala intrapopulacional variáveis ecológicas intrínsecas aos táxons estudados devem promover padrões distintos de diversidade genética. Ainda nesse estudo foi encontrado que a atual diversidade genética desses complexos espécies está distribuída de forma heterogênea na paisagem. Os dados apresentados nesta Tese permitiram testar de forma inédita hipóteses de diversificação para a comunidade de Aves que ocorre ao longo de toda a bacia Amazônica, sugerindo que organismos de ambientes pouco explorados por estudos filogeográficos podem revelar novas facetas sobre a diversificação da elevada diversidade Amazônica

Pretende-se interpretar a organização espacial do desenvolvimento ao nível local, observando de que modo se estão a alterar as estruturas económicas, demográficas, e os modos de vida, num concelho do Douro Sul: Tarouca. A análise inclui o papel que as associações e o poder local/regional podem desempenhar, se articulados entre si, num processo de desenvolvimento.

Se analiza el proceso salud/enfermedad/atención como espía de las desigualdades y violencias del sistema social guatemalteco a través de la conformación de la ciudadanía política y social, las políticas gubernamentales, el modelo biomédico y las relaciones en los servicios públicos de salud. Ello sirve de contexto para un estudio de caso sobre los aportes y limitaciones en la implementación por una organización no gubernamental del Programa “Hacia un Primer Nivel de Atención en Salud Incluyente –bases y lineamientos-” que entra en abierta paradoja al querer incidir en el Ministerio de Salud y el poder médico en una Guatemala excluyente. Los auxiliares de enfermería locales se convierten en la prueba de inclusión/exclusión de sus experiencias y saberes desde sus conocimientos situados y sus usos como ciudadanos de segunda por indígenas y de la base de la pirámide institucional como auxiliares a la vez que mediadores del Programa con la población. / The health/illness/care process is analized as a detector of inegualities and violence in the Guatemalan social system through the make up of the political and social community, government policies, the biomedical model and the relationships within the public health system. This context serves for the case study on the contributions and limitations in the introduction of the program, “ Towards the First Level of Care in Inclusive Health, fundamentals and alignments”, by a non- governmental organization. This program represents a clear paradox, hoping to affect the Ministery of Health and the medical system in an exclusive Guatemala. The local nurses aides become proof of inclusion/exclusion of their experience and know-how based on situated knowledge and used as second-class citizens, being natives, at the base of the institutional pyramid as nurses aides and at the same time mediators between the Program and the population.

DE LA TESIS DOCTORAL, Las industrias de guerra de Cataluña durante la guerra civil.F. Javier de Madariaga Fdez.En Cataluña durante la guerra civil, prácticamente toda la industria química y sidero- metalúrgica fue reconvertida para el sector bélico.Esa adaptación se realizó con medios y recursos exclusivamente autóctonos, que fueron puestos en movimiento con prontitud y celeridad. En total 229 centros de trabajo que ocupaban a 55.692 trabajadores.En la creación de la industria bélica se generó una red fabril estructurada e integrada, dirigida por la Comisión de Industrias de Guerra (CIG) que producía al máximo de sus posibilidades. Las carencias más destacadas en ese conglomerado se intentaron cubrir por parte de la Generalitat a base de rehabilitar viejas instalaciones y construir otras de nueva planta con su propia financiación. Así se levantaron quince centros productivos cuyos resultados combinaron éxitos con fracasos.En paralelo a ese conglomerado se levantó un aparato técnico-administrativo que lejos de trabar la marcha de los asuntos con profusión de normas y aparato burocrático, fue vital para su creación y desarrollo. Y eso teniendo en cuenta que uno de los problemas más agudos era la poca disponibilidad de especialistas y personal cualificado en cualquier área de trabajo.La CIG era un organismo de dirección directa de toda la estructura. Su funcionamiento democrático permitía todo tipo de opiniones e ideas en pos del objetivo compartido de fabricar armamento. Era un organismo eminentemente civil, pero con la particularidad de que algunos de sus vocales eran militares y que toda su orientación general le venía de la Consejeria de Defensa.La Comisión estuvo a punto de ser barrida con la crisis de gobierno de septiembre de 1936, pero al salir de ella fortalecido Tarradellas, aprovechó para anclar su existencia a la Presidencia de la Generalitat. Ese fue el punto decisivo a partir del cual, como presidente a su vez de la CIG, pudo desplegar el poder suficiente para consolidarla políticamente. Él fue su artífice, gestor, y su máximo dirigente.La estabilidad de su composición durante el primer año de guerra, fue factor básico para poder realizar su tarea; pero la continuidad hasta el mes de agosto de 1938, de prácticamente el mismo equipo humano, también indica una solidez de relaciones políticas y personales entre sus miembros.Ese entendiemiento en la CIG entre dirigentes de ERC y la CNT se le ha reprochado muchas veces a Tarradellas desde posiciones favorables al Gobierno central. Pero por lo que se refiere a este campo, no hubo ni una sola concesión a medidas o normas que pudieran considerarse de un nuevo orden socio-político. La Comisión funcionaba con criterios de efectividad capitalista, y con un solo objetivo, sometida al Govern, y ligada a la Consejería de Defensa, todo lo cual descarta cualquier control revolucionario. La colaboración entre esas fuerzas, lejos de ser perjudicial, dio el fruto incuestionable de una red de industrias de guerra que producía todo lo que podía; dentro de las innumerables limitaciones que no eran responsabilidad de la CIG, y a veces ni del Gobierno.En octubre de 1937, el PSUC, dentro de su política de apoyar la centralización que impulsaba el Gobierno, había elegido desarrollar otra alternativa, que para mayor confusión y oportunismo se denominó Comisión de Industrias de Guerra "de Cataluña".La CIG representaba una red organizativa centralizada que movía día a día la industria, y su cese repentino significaba parar la producción y esperar a que un nuevo organismo estuviera en condiciones de ponerla en marcha. La incautación de la industria particular en octubre de 1937 y el sucesivo hundimiento general de la producción, dan idea de la incapacidad del aparato de la Subsecretaría para dirigir técnica y administrativamente todo el sector. Tarragona, julio 2003. / OF THE DOCTORAL THESIS, The war industry of Catalonia during the Spanish civil war.Francisco Javier de Madariaga FernándezDuring the Spanish civil war in Catalonian, almost the entire chemistry and steel-and-iron industry was converted into manufactures for the war sector. Such restructuring was made possible exclusively by means of local resources from the autonomous government "la Generalitat". On the whole there were 229 producting premises employing 55.692 workers.With such an industrial adjustment, all the factories were integrated into a production net that was led by the War Industry Commission (Comisión de Industrias de Guerra, CIG) through which they worked and yielded efficiently.Despite their adequate performance, the Generalitat tried to tackle the main gaps in this industrial system, on the one hand by refurnishing some old industrial buildings and on the other hand by raising new ones. Thus, 15 new factories were paid and run directly by the Generalitat. Besides, a technical and management structure, which was vital for its existence, was established to develop this industrial group.One main problem at that time in any area was the lack of staff not only of qualified workers, but also specialist ones. The CIG run directly the whole organization. Its democratic working order let all kind of opinions and ideas pursue the shared target of manufacturing arms.Essentially it was a civilian organization, but it had the singularity of having among its members some militar carrer men. In addition its general line of production was settled by the autonomous department of Defence.The Commission nearly disappeared with the government crisis in September 1936. But its president Josep Tarradellas was able to cope with the situation and became strong enough to anchor its existence to the Presidency of the Generalitat. He was the one who designed it, directed it, and its utmost leader.Due to its stability during the first year of war, it became an steady organization which was very important to succeed in its goal. Apart from that, the continuity of nearly the same human group until august 1938, also showed a strong link of political and personal relationship among its members.As far as the central government is concerned, they blamed Tarradellas for the understanding and collaboration between leaders of Catalonian Republican Left, (Esquerra Republicada de Cataluña, ERC) and those from the Work National Confederation (Confederación Nacional del Trabajo, CNT). But concerning this field of the civil war, that is to say, the arm industry, there was no concession to measures or rules that may be considered as a new socio-political order.The Commission worked under capitalistic criteria, subjected to the autonomous government and bound to the autonomous department of defense. Three features which implied no revolutionary control at all.The cooperation among these political forces, far from being harmful, proved to be successful in making an undeniable net for war industry that produced everything it could. All that among the countless restrictions of supplies beyond either the CIG or the central government responsibility.In october 1937, the Catalonian Unified Socialist Party (Partido socialista Unificado de Catalunya, PSUC) that backed the central government's policy of general centralization, decided to develop a new entity which was equally and confusedly named CIG, but this time "of Catalonia".The CIG (the former one) involved a centralizad organization that boosted the industry day after day. The seizure of the entire Catalonian industry, with the exception of the 15 factories belonging to the Generalitat, in October 1937 meant to stop the production. The subsequent general collapse of the structure and production convey the idea of the state military department's incapability to handle the management and the technical assistance of the whole sector.

Charles III's decision to open Alfacs harbour to foreign trade with America.in 1778 led to the development of a series of projects in the area of Ràpita which culminated in the founding of a new village. It was planned the fortification of the bay by building three gun batteries and opening a navigable channel between Ràpita and Amposta to facilitate trade along the Ebre river. Due to the land claims of the peasantry, nobility, clergy and bourgeoisie, the structure of land ownership in the Delta de l ‘ Ebre changed. All the building works and the project of the new village were stopped by Charles IV’s command in 1795. However, the village did not disappear and the people who were living in Sant Carles settled down thanks to agriculture and fishing. / La decisió de Carles III d’obrir el port dels Alfacs al comerç amb Amèrica l’any 1778 va propiciar el desenvolupament d’una sèrie de projectes a la zona de la Ràpita que van culminar amb la fundació d’una nova població. Es va idear la fortificació de la badia mitjançant la construcció de tres bateries de canons, i l’obertura d’un canal navegable entre la Ràpita i Amposta per facilitar el comerç pel riu Ebre. A causa de les sol•licituds de terres de la pagesia, noblesa, burgesia i clero, l’estructura de la propietat de la terra al Delta de l’Ebre va canviar. Totes les obres, igual que el projecte urbanístic de la nova població, van quedar paralitzades per ordre de Carles IV el 1795. No obstant, la població no va desaparèixer i els habitants que s’hi van instal•lar van continuar vivint a Sant Carles gràcies a l’agricultura i la pesca

Malignant tumours of the brain represent one of the most difficult to treat types of cancer due to the sensitive organ they affect. Clinical management of the pathology becomes even more intricate as the tumour mass increases due to proliferation, suggesting that an early and accurate diagnosis is vital for preventing it from its normal course of development. The standard clinical practise for diagnosis includes invasive techniques that might be harmful for the patient, a fact that has fostered intensive research towards the discovery of alternative non-invasive brain tissue measurement methods, such as nuclear magnetic resonance. One of its variants, magnetic resonance imaging, is already used in a regular basis to locate and bound the brain tumour; but a complementary variant, magnetic resonance spectroscopy, despite its higher spatial resolution and its capability to identify biochemical metabolites that might become biomarkers of tumour within a delimited area, lags behind in terms of clinical use, mainly due to its difficult interpretability. The interpretation of magnetic resonance spectra corresponding to brain tissue thus becomes an interesting field of research for automated methods of knowledge extraction such as machine learning, always understanding its secondary role behind human expert medical decision making. The current thesis aims at contributing to the state of the art in this domain by providing novel techniques for assistance of radiology experts, focusing on complex problems and delivering interpretable solutions. In this respect, an ensemble learning technique to accurately discriminate amongst the most aggressive brain tumours, namely glioblastomas and metastases, has been designed; moreover, a strategy to increase the stability of biomarker identification in the spectra by means of instance weighting is provided. From a different analytical perspective, a tool based on signal source separation, guided by tumour type-specific information has been developed to assess the existence of different tissues in the tumoural mass, quantifying their influence in the vicinity of tumoural areas. This development has led to the derivation of a probabilistic interpretation of some source separation techniques, which provide support for uncertainty handling and strategies for the estimation of the most accurate number of differentiated tissues within the analysed tumour volumes. The provided strategies should assist human experts through the use of automated decision support tools and by tackling interpretability and accuracy from different angles / Els tumors cerebrals malignes representen un dels tipus de càncer més difícils de tractar degut a la sensibilitat de l’òrgan que afecten. La gestió clínica de la patologia esdevé encara més complexa quan la massa tumoral s'incrementa degut a la proliferació incontrolada de cèl·lules; suggerint que una diagnosis precoç i acurada és vital per prevenir el curs natural de desenvolupament. La pràctica clínica estàndard per a la diagnosis inclou la utilització de tècniques invasives que poden arribar a ser molt perjudicials per al pacient, factor que ha fomentat la recerca intensiva cap al descobriment de mètodes alternatius de mesurament dels teixits del cervell, tals com la ressonància magnètica nuclear. Una de les seves variants, la imatge de ressonància magnètica, ja s'està actualment utilitzant de forma regular per localitzar i delimitar el tumor. Així mateix, una variant complementària, la espectroscòpia de ressonància magnètica, malgrat la seva alta resolució espacial i la seva capacitat d'identificar metabòlits bioquímics que poden esdevenir biomarcadors de tumor en una àrea delimitada, està molt per darrera en termes d'ús clínic, principalment per la seva difícil interpretació. Per aquest motiu, la interpretació dels espectres de ressonància magnètica corresponents a teixits del cervell esdevé un interessant camp de recerca en mètodes automàtics d'extracció de coneixement tals com l'aprenentatge automàtic, sempre entesos com a una eina d'ajuda per a la presa de decisions per part d'un metge expert humà. La tesis actual té com a propòsit la contribució a l'estat de l'art en aquest camp mitjançant l'aportació de noves tècniques per a l'assistència d'experts radiòlegs, centrades en problemes complexes i proporcionant solucions interpretables. En aquest sentit, s'ha dissenyat una tècnica basada en comitè d'experts per a una discriminació acurada dels diferents tipus de tumors cerebrals agressius, anomenats glioblastomes i metàstasis; a més, es proporciona una estratègia per a incrementar l'estabilitat en la identificació de biomarcadors presents en un espectre mitjançant una ponderació d'instàncies. Des d'una perspectiva analítica diferent, s'ha desenvolupat una eina basada en la separació de fonts, guiada per informació específica de tipus de tumor per a avaluar l'existència de diferents tipus de teixits existents en una massa tumoral, quantificant-ne la seva influència a les regions tumorals veïnes. Aquest desenvolupament ha portat cap a la derivació d'una interpretació probabilística d'algunes d'aquestes tècniques de separació de fonts, proporcionant suport per a la gestió de la incertesa i estratègies d'estimació del nombre més acurat de teixits diferenciats en cada un dels volums tumorals analitzats. Les estratègies proporcionades haurien d'assistir els experts humans en l'ús d'eines automatitzades de suport a la decisió, donada la interpretabilitat i precisió que presenten des de diferents angles.