Cette thèse porte sur l’appariement des formes, et la recherche par forme clef. Elle décrit quatrecontributions à ce domaine. La première contribution est une amélioration de la méthode des nuéesdynamiques pour partitionner au mieux les voxels à l’intérieur d’une forme donnée ; les partitionsobtenues permettent d’apparier les objets par un couplage optimal dans un graphe biparti. Laseconde contribution est la fusion de deux descripteurs, l’un local, l’autre global, par la règle duproduit. La troisième contribution considère le graphe complet, dont les sommets sont les formes dela base ou la requête, et les arêtes sont étiquetées par plusieurs distances, une par descripteur ;ensuite cette méthode calcule par programmation linéaire la combinaison convexe des distancesqui maximise soit la somme des longueurs des plus courts chemins entre la requête et les objetsde la base de données, soit la longueur du plus court chemin entre la requête et l’objet comparé àla requête. La quatrième contribution consiste à perturber la requête avec un algorithme génétiquepour la rapprocher des formes de la base de données, pour un ou des descripteur(s) donné(s) ; cetteméthode est massivement parallèle, et une architecture multi-agent est proposée. Ces méthodes sontcomparées aux méthodes classiques, et ont de meilleures performances, en terme de précision. / This thesis concerns shape matching and shape retrieval. It describes four contributions to thisdomain. The first is an improvement of the k-means method, in order to find the best partition ofvoxels inside a given shape ; these best partitions permit to match shapes using an optimal matchingin a bipartite graph. The second contribution is the fusion of two descriptors, one local, the otherglobal, with the product rule. The third contribution considers the complete graph, the vertices ofwhich are the shapes in the database and the query. Edges are labelled with several distances,one per descriptor. Then the method computes, with linear programming, the convex combinationof distances which maximizes either the sum of the lengths of all shortest paths from the query toall shapes of the database, or the length of the shortest path in the graph from query to the currentshape compared to query. The fourth contribution consists in perturbing the shape query, to make itcloser to shapes in the database, for any given descriptors. This method is massively parallel and amulti-agent architecture is proposed. These methods are compared to classical methods in the field,they achieve better retrieval performances.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-05-17T14:59:07Z No. of bitstreams: 1 Stevens Brandao de Miranda.pdf: 553197 bytes, checksum: bd5cdbbe7ee482b2fcc3c767d18c8883 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-17T14:59:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Stevens Brandao de Miranda.pdf: 553197 bytes, checksum: bd5cdbbe7ee482b2fcc3c767d18c8883 (MD5) Previous issue date: 2013-08-02 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The potential use of native herbaceous legumes from the Northeast of Brazil as forage are large, among them the genus Stylosanthes spp. is highlighted for its adaptability to the semiarid conditions and for its high nutritive value. This research aimed to identify morphological differences among genotypes and to estimate genetic parameters, also identify characteristics correlated with high production of dry matter with the degree of reliability in the genotypic discrimination above 80% in plants of the Stylosanthes spp. genus. Two trials were made, the first one was developed in the Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE), in the experimental field from the Academic Unit of Serra Talhada (UAST). Were used morphological descriptors to help in the identification of the differences among thirteen accessions of Stylosanthes spp. from the germplasm bank from UAST, these were collected in different areas from the semiarid. In the analyses of main components, was verified that plant size (PS), width of the central petiole (WCP), length of spitule attached to the petiole (LEAP), petiole length (PL) were the descriptors that showed more importance in the eigenvectors. The second trial was developed in a greenhouse in the central campus of UFRPE, were used eight accessions of Stylosanthes scabra Vog. collected in the city of Bom Jardim-PE, also was used morphological descriptors, the data were submitted to the analyses of variance, genetics parameters, Pearson’s correlation and repeatability coefficient. Were observed significant difference (P< 0.05) among the accessions for all characters evaluated, except for the plant height (PH). The characteristics showed values for heritability from 62.78 to 97.70, and for repeatability 0.19 to 0.57. The descriptors: growth habit (GH), flowering (FLO), length of spitule attached to the petiole, branching (BCH), stem diameter (SD), number of leaves (NL), demonstrated positive correlation with dry matter production. Were observed genetic differences among the accessions of the Stylosanthes spp. when in field conditions, expressing the existence of the variability among them. To identify the accessions with better dry matter production at greenhouse conditions, the descriptors: growth habit, length of spitule attached to the petiole, stem diameter, number of leaves, length of central petiole, length of lateral foliole (LLF), hairiness of leaf (HL) and petiole length, were effective, requiring no more than five evaluations to predict its real value (R²=0.80). / O potencial forrageiro das leguminosas herbáceas nativas do Nordeste do Brasil é elevado, entre elas destaca-se o gênero Stylosanthes, por sua adaptabilidade às condições semiáridas e por seu elevado valor nutritivo. Este trabalho objetivou identificar divergências morfológicas entre genótipos de Stylosanthes e estimar parâmetros genéticos, bem como identificar caracteres correlacionados com maior produção de matéria seca, com grau de confiabilidade na discriminação genotípica acima de 80%, em plantas do gênero Stylosanthes. Foram realizados dois experimentos. O primeiro foi conduzido na Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE), na área experimental da Unidade Acadêmica de Serra Talhada (UAST). Foram utilizados descritores morfológicos para auxiliar na identificação da divergência morfológica entre 13 acessos de Stylosanthes spp. do banco de germoplasma da UAST, oriundos de coletas realizadas em diferentes municípios do semiárido. Na análise de componentes principais, verificou-se que, das variáveis avaliadas, o porte da planta (PT), largura do folíolo central (CFL), comprimento da estípula soldada ao pecíolo (CESP) e o comprimento do pecíolo (CP), foram os descritores que apresentaram maior peso nos autovetores. No segundo experimento, realizado em casa de vegetação na (UFRPE), foram utilizados oito acessos de Stylosanthes scabra Vog. coletados no município de Bom Jardim – PE, também foram utilizados descritores morfológicos, os dados foram submetidos à análise de variância, parâmetros genéticos, correlação de Pearson e coeficiente de repetibilidade. Observou-se que, com exceção do descritor altura (ALT), houve diferença significativa (P< 0,05) entre os acessos, para todos os caracteres estudados. Os caracteres apresentaram herdabilidade entre 0,62 e 0,97 e repetibilidade 0,19 a 0,57. Os descritores hábito de crescimento (HB), florescimento (FLOR), comprimento da estípula na parte soldada ao pecíolo (CESP), ramificações (RM), diâmetro do caule (DC) e número de folhas (NF), apresentaram correlação positiva significativa com a produção de matéria seca. Observou-se divergência genética entre os acessos de Stylosanthes spp em condições de campo, o que mostra a existência de variabilidade entre os acessos. Para identificar os acessos com maior produção de matéria seca, dentre os acessos avaliados em casa de vegetação, os descritores hábito de crescimento (HB), comprimento da estípula na parte soldada ao pecíolo (CESP), diâmetro do caule (DC), número de folhas (NF), comprimento do folíolo central (CFC), comprimento do folíolo lateral (CFL), pilosidade da folha (PLF) e comprimento do pecíolo (CP), foram eficazes, necessitando de, no máximo, cinco avaliações para predizer seu valor real (R²=0,80).

Made available in DSpace on 2015-04-11T13:55:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Wanderleia Goncalves Ribeiro.pdf: 2671517 bytes, checksum: 05eb8fe34a413f7c6e4ed8a366450e51 (MD5) Previous issue date: 2012-07-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Studies on genetic diversity are an important tool for the use and conservation of plant genetic resources. One of the main reasons for the limited use of new germplasm is the lack of adequate documentation, characterization and evaluation of the material. Using this argument the objective of this study was to characterize morphological subsamples of snake gourd (Trichosanthes cucumerina L.), as well as develop a list of descriptors for the species and determine the genetic divergence among subsamples. The subsamples were collected in seven cities of Amazonas state Parintins (PIN I), Urucará (URU), Apuí (APU), Urucurituba (UTB), Itacoatiara (ITA), Manaus (MAO) and Iranduba (Ilha da Marchantaria - IMI), and one city of Pará state Terra Santa (TSA). Parintins was the only subsample that provided two subsamples (PIN II). The establishment of morphological characteristics that define the descriptors and the proposed methodology was made using lists for others cucurbits and adapted for the characteristics of snake gourd. Genetic variability was verified by multivariate analysis techniques expressing the multiples information in measures of similarity, thus the subsamples were grouped by the hierarchical method of average distances called UPGMA and graphic dispersion made by the method of principal coordinates analysis (PCO). The characterization of subsamples allowed establishing a list of 39 descriptors for Trichosanthes cucumerina referring to the flower, fruit and seed. The list was divided into characteristics (descriptors), classes, ranges and codes. The descriptors that exhibited the greatest variation were immature fruit color and shape of the ripe fruit, and the descriptors that not varied were number of flowers per raceme and shape of the seed. Analyze of genetic variability selected 14 descriptors that showed greater variation. The subsamples were more divergent APU and URU, and more similar were UTB and PIN I. The information from UPGMA and PCO showed the same results indicating no relationship between geographic distance and phenotypic similarity of snake gourd subsamples. The characterization and analysis of genetic variability indicated the existence of variability among the accessions evaluated of Trichosanthes cucumerina. / Os estudos sobre diversidade genética são uma importante ferramenta para o uso e conservação dos recursos genéticos vegetais. Uma das principais razões para a pouca utilização de novos germoplasmas é a falta de adequada documentação, caracterização e avaliação do material. Apoiado neste argumento, o objetivo deste estudo foi caracterizar morfologicamente subamostras de quiabo-de-metro (Trichosantes cucumerina L.), assim como elaborar uma lista de descritores morfológicos para a espécie e verificar a divergência genética entre as subamostras. As subamostras foram adquiridas nos municípios amazonenses de Parintins (PIN I), Urucará (URU), Apuí (APU), Urucurituba (UTB), Itacoatiara (ITA), Manaus (MAO) e Iranduba (Ilha da Marchantaria - IMI), e no município paraense de Terra Santa (TSA), sendo que apenas Parintins forneceu duas subamostras (PIN II). O estabelecimento das características morfológicas que definiram os descritores e da metodologia proposta foi feito a partir da consulta em listas para espécies pertencentes às cucurbitáceas e adaptadas de acordo com as características da planta de quiabo-de-metro. A variabilidade genética foi verificada através de técnicas de análises multivariadas, onde as informações múltiplas foram expressas em medidas de similaridade, a partir das quais as subamostras foram agrupados pelo método hierárquico das médias das distâncias, conhecido como UPGMA, e a dispersão gráfica feita pelo método da análise de coordenadas principais (PCO). Após a caracterização das subamostras, foi aperfeiçoada e estabelecida uma lista com 39 descritores para a espécie Trichosanthes cucumerina referentes à flor, fruto e semente. A lista foi dividida em características (descritores), classes, intervalos e códigos. Dos 39 descritores avaliados, os que apresentaram maior variação foram cor do fruto imaturo e formato do fruto maduro. Entre os descritores que não variaram ficaram número de flores por racimo e formato da semente. Para análise da variabilidade genética foram selecionados os 14 descritores que mais variaram. As subamostras mais divergentes foram APU e URU, e as mais similares foram UTB e PIN I. As informações geradas pelo UPGMA e PCO apresentaram os mesmos resultados, indicando que não há relação entre distância geográfica e similaridade fenotípica dos subamostras de quiabo-de-metro. A caracterização e a análise da variabilidade genética indicaram a existência de variabilidade entre as subamostras avaliadas de Trichosanthes cucumerina.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-18T14:03:13Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Gabriella Queiroz de Almeida - 2015.pdf: 4102376 bytes, checksum: bb3f5b9209a4e57ae49a1ae2383e6652 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-18T14:03:35Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Gabriella Queiroz de Almeida - 2015.pdf: 4102376 bytes, checksum: bb3f5b9209a4e57ae49a1ae2383e6652 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T14:03:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Gabriella Queiroz de Almeida - 2015.pdf: 4102376 bytes, checksum: bb3f5b9209a4e57ae49a1ae2383e6652 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-08-28 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / This study aimed to characterize the Mangaba (Hancornia speciosa Gomes) Germplasm Collection owned by the Universidade Federal de Goiás, by measuring 40 morpho-agronomic characters. The collection was designed in randomized blocks with 57 treatments (progenies) and four replications, totaling 192 individual accesses, which represent 29 natural populations and four botanical varieties. The variance components estimation was done using random model, and REML procedure, considering the effects of botanical varieties, populations within varieties, progenies within populations and individuals within progenies. Considering 40 morpho-agronomic characters, it was observed that there is significant genetic variability in seven characters among the progenies, 24 characters among the populations and 18 characters among botanical varieties. In addition, individual heritability was higher than 50% in 21 of them. The highest percentual individual selection gain was estimated for the character number of fruits produced by each plant. Significant correlation in some biometric characters between young and adult plants was noticed, including their productivity, which suggests the possibility of early selection. Among the 55 genetic correlations among the agronomic characters, 25 were significative. The fruit production peak occurred between June and October, H. speciosa var. cuyabensis being the most productive one. Multivariate analyses results showed that H. speciosa var. speciosa is the most genetically different in comparison with the others. The characters suggested as minimum quantitative descriptors for the Mangaba tree were: leaf length and width, petiole length and diameter, length between the knot, corolla diameter, flower peduncle diameter, fruit length and diameter, number of fruits, plant height and first branching height / Objetivou-se neste estudo caracterizar a Coleção de Germoplasma de Mangabeira (Hancornia speciosa Gomes) da Universidade Federal de Goiás, mediante medições de 40 caracteres morfoagronômicos. A coleção está implantada em delineamento em blocos casualizados com 57 tratamentos (progênies), com quatro repetições, totalizando 192 acessos individuais, que representam 29 populações naturais e quatro variedades botânicas. A estimativa dos componentes de variância foi realizada utilizando modelo aleatório pelo método REML, considerando os efeitos de variedades botânicas, populações dentro de variedades, progênies dentro de populações e indivíduos dentro de progênies. Dos 40 caracteres morfoagronômicos avaliados constatou-se que existe variabilidade genética significativa entre progênies para sete destes caracteres, para 24 caracteres entre populações e 18 caracteres entre variedades botânicas. Foi detectada herdabilidade individual acima de 50% para 21 dos caracteres avaliados. O maior ganho de seleção percentual em nível de indivíduos foi estimado para o número de frutos por planta. Foi constatada correlação significativa para alguns caracteres biométricos de plantas jovens com as plantas adultas, como a produção, sugerindo a possibilidade de seleção precoce. Das 55 correlações genéticas entre os caracteres agronômicos, 25 foram significativas. A maior produção de frutos ocorreu de junho a outubro, com destaque para a H. speciosa var. cuyabensis. Os resultados de análises multivariadas demonstraram que H. speciosa var. speciosa é a que mais se distancia das demais. Os caracteres sugeridos como descritores quantitativos mínimos foram: comprimento e largura foliar, comprimento e diâmetro do pecíolo, comprimento do entre nó, diâmetro da corola, diâmetro do pedúnculo floral, comprimento e diâmetro do fruto, número de frutos, altura da planta e altura da primeira ramificação.

Este trabalho apresenta uma metodologia para inspeção de lentes oftalmológicas orgânicas esféricas durante seu processo de polimento. A metodologia consiste na obtenção de uma imagem em uma câmera de vídeo CCD, usando-se luz ultravioleta, da lente a ser inspecionada, e posterior processamento desta imagem para discriminar a presença de riscos de outros artefatos que poderão aparecer na imagem capturada. Para a detecção da presença de riscos foram utilizados os descritores de Fourier. Atenção especial foi dada à iluminação da lente, que é fator determinante na obtenção de uma boa qualidade de imagem. Os resultados mostram a eficiência do método e permitem sua utilização durante o processo de fabricação de lentes. / This work presents a methodology for inspection of spherical organic ophthalmic lenses during the polishing process. The methodology encompasses the capture of an ultraviolet image of the lens under inspection by a CCD video camera and associated processing of the image to discriminate between scratches on the lens and artifacts that can appear on the image. Fourier descriptors were used to detect the existence of scratches. Special attention was given to illumination which is a determining factor in grabbing an image with good quality. The results show that the method is efficient and that it can be used in the lens manufacturing process.

Os recursos genéticos vegetais apresentam um valor real e potencial para a agricultura em razão da sua importância em programas de melhoramento e conservação. Este estudo teve como objetivo principal caracterizar a diversidade genética e química do germoplasma de gengibre do Departamento de Genética da ESALQ/USP, por meio de 18 descritores fenotípicos, 13 combinações de marcadores AFLP e análise da composição química do óleo essencial. O germoplasma foi formado por acessos procedentes de distintos estados brasileiros, além de algúns acessos introduzidos da Colômbia. Durante as coletas, foram entrevistados 34 agricultores de três estados: São Paulo (SP), Espírito Santo (ES) e Paraná (PR), constatando-se que esta espécie é cultivada principalmente por agricultores familiares cuja fonte principal de renda é a agricultura. Na análise da composição química, um total de 61 compostos foram identificados, sendo que os acessos apresentaram variabilidade química segundo a análise de variância. O óleo essencial foi rico em monoterpenos (82,35%), destacando-se geranial (20,41%) e neral (13,36%) como os compostos mais abundantes. Os compostos &alpha;-zingibereno, 1,8-cineol, linalol e &beta;-felandreno, foram importantes na análise da diversidade química e, portanto, determinantes no agrupamento baseado no método de ligação completa (LC-VD) que classificou o germoplasma em dois grupos de acessos: cultivares e cultivares locais. Na caracterização agromorfológica, pouca variação foi observada para variáveis qualitativas, enquanto que para variáveis quantitativas houve moderada a baixa variabilidade, embora alguns acessos divergentes foram identificados. A análise de componentes principais explicou 82% da variação total nos primeiros três componentes, sendo que a distribuição dos acessos no gráfico de dispersão foi congruente com os agrupamentos formados pelo método de otimização de Tocher, destacando-se os acessos Gen-18, Gen-24, Gen-65 e Gen-42 como os mais divergentes do germoplasma fenotípicamente. Na caracterização molecular, 13 combinações de primers AFLP geraram, em média, 113,5 locos polimórficos, com uma proporção de 96,85% de polimorfísmo na coleção global. As estimativas de diversidade genética de Nei (Hj), índice de Shannon (I) e número efetivo de alelos (ne), foram superiores nos acessos colombianos (0,501; 0,396 e 1,508, respectivamente), em relação aos acessos brasileiros. A AMOVA mostrou que a maior parte da variação (63%) ocorreu entre os dois países e o índice FST=0,153 corroborou este resultado, indicando alta diferenciação genética entre eles. Os agrupamentos fornecidos pelo Structure e o dendrograma baseado no complemento do coeficiente de Jaccard, foram consistentes entre si e demonstraram que a maioria dos acessos brasileiros são altamente similares, sendo que não há influência da procedência geográfica no padrão dos agrupamentos químicos, fenotípicos e moleculares. A introdução de novos materiais genéticos no Brasil, certamente contribuirá para uma base genética mais ampla deste cultivo. / Plant genetic resources exhibit a true and potential value for agriculture due to their importance in breeding and conservation programs. This study aimed to characterize the genetic and chemistry diversity of ginger germplasm of Genetics Department of the ESALQ/USP, through 18 phenotypic descriptors, 13 AFLP markers combinations and chemical composition analysis of essential oil. The germplasm was combined by accessions coming from diferent Brazilian states, along with some accessions introduced from Colombia. During the collection, 34 farmers were interviewed in three states: São Paulo (SP), Espírito Santo (ES) and Paraná (PR). Ginger is mainly cultivated by small farmers whose main income source is agriculture. In the chemical composition analysis, a total of 61 compounds were identified. The accessions presented chemical variability according to the analysis of variance. The essential oil was rich in monoterpenes (82.35%), being the geranial (20.41%) and the neral (13.36%), both referred to as citral, the most abundant compounds. The &alpha;-zingiberene, 1,8-cineole, linalool and &beta;-phellandrene compounds were relevant in the chemical diversity analysis of the accessions, while the dendrogram based on the complete linkage method (LC-VD) classified the germplasm into two groups: landraces and cultivars accessions. In the agro-morphologic characterization, qualitative traits showed little variation, while moderate to low variability was observed for quantitative traits, although some divergent accessions were identified. The principal component analysis explained 82% of the total variation in the first three components, wherein the accessions distribution on the scatter plot was consistent with the groups formed by the Tocher method, with the Gen-18, Gen -24, Gen-65 and Gen-42 accessions as the most divergent ones from the phenotypically germplasm. In the molecular characterization, 13 AFLP markers combinations generated an average of 113.5 polymorphic loci, with a ratio of 96.85% of polymorphism in the overall collection. Estimates of Nei genetic diversity (Hj), Shannon index (I) and alleles effective number (ne) were higher in Colombian accessions (0.501; 0.396 and 1.508, respectively). The AMOVA showed that most of the variation (63%) occurs between the two countries and the FST=0.153 index suportted this result, indicating high genetic differentiation between Brazilian and Colombian accessions. The groupings provided by Structure and the dendrogram based on Jaccard coefficient complement were consistent with each other and showed that Brazilian accessions are genetically similar. In general, there is no influence of the accesses geographic origin in the chemical, phenotypic and molecular grouping pattern. The introduction of new genetic materials in Brazil, will certainly contribute to a broader genetic basis of this species.

Orientador: Márcia Miguel Castro Ferreira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-18T23:41:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Barbosa_EuzebioGuimaraes_D.pdf: 4420345 bytes, checksum: e9da09f02df7f4d6c0756041fc40eb36 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: LQTA-QSAR é uma metodologia computacional para QSAR-4D desenvolvida pelo Laboratório de Quimiometria Teórica e Aplicada implementada em um software de acesso livre. O método permite considerar simultaneamente as vantagens da representação molecular multiconformacional e os descritores de campos de interação. Esta tese apresenta a evolução da proposta inicial da metodologia LQTA-QSAR independente de receptores para uma abordagem dependente de receptores. Sua aplicação é demonstrada na construção de modelos de QSAR-4D para a previsão da atividade inibitória de compostos fenotiazínicos da enzima tripanotiona redutase. Foi obtido um modelo com bom poder de previsão (Qprev = 0,78) e com descritores de fácil interpretação. Tal modelo pode ser usado para a proposição de compostos que poderão vir a ser usados para o tratamento da doença de chagas. Para a filtragem e seleção de descritores foi necessário o desenvolvimento de um protocolo completamente distinto daquele disponível na literatura. Foi proposto um procedimento automatizado para identificar e eliminar descritores irrelevantes quando a correlação e um algoritmo que elimina descritores com distribuição díspar em relação à atividade biológica. Foram introduzidos também testes de validação de modelos QSAR nunca antes usados para modelos que utilizam descritores de campo de interação. O protocolo completo foi testado em três conjuntos de dados e os modelos obtidos tiveram capacidade de previsão superior aos da literatura. Os modelos mostraram ser bastante simples e robustos quando submetidos aos testes leave-N-out e y-randomization / Abstract: The New Receptor-Dependent LQTA-QSAR approach is proposed as a new 4D-QSAR method. The RD-LQTA-QSAR is an evolution to the receptor independent LQTA-QSAR. This approach make use of the simulation package GROMACS to carry out molecular dynamics simulations and generate a conformational ensemble profile for each compound. Such ensemble is used to build molecular interaction field based QSAR models, as in CoMFA. To verify the usefulness of the methodology it was chosen some phenothiazine derivatives that are specific competitive T. cruzi trypanothione reductase inhibitors. Using a combination of molecular docking and molecular dynamics simulations the binding mode of 38 phenotiazine derivatives was evaluated in a simulated induced fit approach. The ligands¿ alignment, necessary to the methodology, was performed using both ligand and binding site atoms hereafter enabling unbiased alignment. The obtained models were extensively validated by Leave-N-out cross-validation and y-randomization techniques to test robustness and absence of chance correlation. The final model presented Q LOO of 0.87 and R of 0.92 and suitable external prediction = 0.78. It is possible to use the obtained adapted binding site of to perform virtual screening and ligand structures based design, as well as using models descriptors to design new inhibitors. In the process of QSAR modeling, the relevance of correlation and distribution profiles were tested in order to improve prediction power. A set of tools to filter descriptors prior to variable selection and a protocol for molecular interaction field descriptors selection and models validation are proposed. The algorithms and protocols presents are quite simple to apply and enable a different and powerful way to build LQTA-QSAR models / Doutorado / Físico-Química / Doutor em Ciências

Orientador: Ricardo da Silva Torres / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-19T05:33:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bueno_LucasMoutinho_M.pdf: 2058716 bytes, checksum: f240d03556434e5a689f39f7e2bc197f (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Descritores locais de imagens são amplamente utilizados em diversas aplicações de reconhecimento de objetos ou de cenas. Muitos descritores locais foram propostos na literatura para caracterizar pontos de interesse em imagens. Entre eles destacam-se: PCA-SIFT, SIFT, GLOH, SURF, DAISY. Pontos de interesse em imagens são determinados por detectores. Exemplos de detectores são Harris-Affine, Hessian-Affine, Fast Hessian, MSER, DoG. O objetivo deste trabalho é investigar o uso de descritores locais no contexto de recuperação de imagens semi-réplicas por conteúdo, usando centenas de milhares de imagens. Recuperação de imagens por conteúdo consiste em achar imagens na base de dados usando o conteúdo de outra imagem como consulta, normalmente usando descritores. Imagens semi-réplicas são determinadas pela deformação de uma imagem original a partir de transformações geométricas, radiométricas ou oclusões. Devido ao grande úmero de pontos de interesse calculados sobre cada uma das centenas de milhares de imagens da base de dados, técnicas exaustivas de busca não são viáveis em larga escala. Assim, métodos, tais como Multicurves, LSH e Min-Hash, foram criados para melhorar a velocidade de recuperação de imagens semi-réplicas. Esse trabalho contribui para o estado da arte em dois aspectos principais. Primeiro, uma análise de descritores locais é realizada de modo a avaliar escalabilidade deles. Segundo, um sistema inovador por busca Bayesiana é proposto para diminuir significantemente a quantidade de pontos de interesse usados na recuperação de imagens semi-réplicas, sem perda significativa de acurácia / Abstract: Local image descriptors are widely used in various applications for recognition of objects or scenes. Many local descriptors have been proposed in the literature to characterize points of interest in images. Among them are: PCA-SIFT, SIFT, GLOH, SURF, DAISY. Points of interest in images are determined by the detectors. Examples of detectors are Harris-Affine, Hessian-Affine, Fast Hessian, MSER, DoG. The objective of this work is to investigate the use of local descriptors in the context of content-based near-duplicate image retrieval, using hundreds of thousands of images. Content-based image retrieval aims at finding images in the database using the content of another image as a query, typically using descriptors. Near-duplicate images are determined by the deformation of an original image from geometric or radiometric transformations or occlusions. Due to the large number of points of interest computed on each of the hundreds of thousands images from database, exhaustive search techniques are not feasible on a large scale. Thus, methods such as Multicurves, LSH and Min-Hash, are designed to improve the speed of near-duplicate image retrieval. This work contributes to the state of the art in two major aspects. First, an analysis of local descriptors is carried out to evaluate the scalability of them. Second, an innovative system using Bayesian search is proposed to significantly decrease the amount of points of interest used in near-duplicate image retrieval, without significant loss of accuracy / Mestrado / Ciência da Computação / Mestre em Ciência da Computação

Atrial fibrillation is a common arrhythmia encountered in the emergency department. In the United States, newly diagnosed cases of atrial fibrillation is projected to be 2.6 million cases in 2030 and the annual prevalence of atrial fibrillation is expected to be 12.1 million in 2030 (Colilla et al., 2013). Patients may present to the emergency department for treatment of atrial fibrillation with a variety of symptoms and therefore makes diagnosing atrial fibrillation based on symptomatology challenging for the clinician. The primary goal of this Doctor of Nursing Practice (DNP) project is to describe symptoms of atrial fibrillation in patients that seek medical treatment in the emergency department. Methods: This descriptive study contains secondary analysis of existing data derived from structured interviews that took place at two academic medical centers. This analysis included 74 patients that presented to the emergency department with symptoms suspected of acute coronary syndrome and were later diagnosed with atrial fibrillation. Descriptive statistics were used to synthesize data, while inferential statistics (bivariate tests) were used to compare symptoms between the age groups. Results: The mean age of subjects was 70 + 13 years, ranging 31 to 92 years. The majority of subjects were men (75.7%) and whites (90.5%). The most common symptoms reported by study subjects included chest discomfort (n = 50; 67.6%), followed by generalized weakness (n = 39; 52.7%) and shortness of breath (n = 39; 52.7%), and palpitations/ funny beating of the heart (n = 36; 48.6%) and unusual fatigue/ tiredness (n = 36; 48.6%). Sweating was the only symptom that was statistically significant in the younger adult group than in the older adult age group. Conclusion: The symptoms identified in this DNP project can be used to aid in identifying patients that present to the emergency with symptomatic atrial fibrillation. Further efforts for the assessment of atrial fibrillation should focus on the dissemination of common although nonspecific symptoms to facilitate the inclusion of atrial fibrillation as part of the differential diagnosis.

This thesis focuses on novel video retrieval scenarios. More particularly, we aim at the Known-item Search scenario wherein users search for a short video segment known either visually or by a textual description. The scenario assumes that there is no ideal query example available. Our former known- item search tool relying on color feature signatures is extended with major enhancements. Namely, we introduce a multi-modal sketching tool, the exploration of video content with semantic descriptors derived from deep convolutional networks, new browsing/visualization methods and two orthogonal approaches for textual search. The proposed approaches are embodied in our video retrieval tool Enhanced Sketch-based Video Browser (ESBVB). To evaluate ESBVB performance, we participated in international competitions comparing our tool with the state-of-the-art approaches. Repeatedly, our tool outperformed the other methods. Furthermore, we show in our user study that even novice users are able to effectively employ ESBVB capabilities to search and browse known video clips. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)