Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Física, Programa de Pós-Graduação em Física, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-08-19T20:03:40Z No. of bitstreams: 1 2016_CarolineSilvaRochaCosta.pdf: 8897837 bytes, checksum: d30610cb36048450a15f18281ce44d61 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-09-05T20:55:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_CarolineSilvaRochaCosta.pdf: 8897837 bytes, checksum: d30610cb36048450a15f18281ce44d61 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-05T20:55:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_CarolineSilvaRochaCosta.pdf: 8897837 bytes, checksum: d30610cb36048450a15f18281ce44d61 (MD5) / Neste trabalho, analisamos o efeito Casimir para bósons e férmions em um hipertoros para ambos os casos à temperatura zero e à temperatura finita. Mostramos que, à temperatura zero, existe uma transição de valores negativos para valores positivos de pressão que dependem altamente dos parâmetros de compactificação. Com o implemento da temperatura, à baixas temperaturas, uma mudança na relação entre comportamento da pressão e os parâmetros de compactificação é observada, embora, para altas temperatura, devido à predominância do termo de radiação de corpo negro na pressão, essa mudança se torna irrelevante. Em seguida, utilizamos esses resultados para considerar um modelo não massivo e não interagente da Cromodinâmica Quântica e estimar a possível contribuição do efeito de Casimir para a temperatura crítica de deconfinamento dos quarks. _________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / In this work we analyse the Casimir effect for bosons and fermions on a hypertorus for both cases at zero and finite temperature. We find that at zero temperature there is a transition from negative to positive values of pressure which depends heavily on the magnitude of the compactification parameters. When low temperatures are considered, a change in the relation between the pressure behaviour and the compactification parameters is observed. In contrast, at high energies, due to the dominance of the black-body radiation term in the pressure, this change becomes insignificant. We then use these results to consider a non-interacting massless QCD model and estimate the possible contribution of the Casimir effect for the critical temperature of quarks deconfinement.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas, 2016. / Submitted by Camila Duarte (camiladias@bce.unb.br) on 2016-09-12T19:56:50Z No. of bitstreams: 1 2016_ViníciusAlvesFernandes.pdf: 4594049 bytes, checksum: 48f78b5328fa30fbeae24f268a04373c (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-09-20T21:41:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_ViníciusAlvesFernandes.pdf: 4594049 bytes, checksum: 48f78b5328fa30fbeae24f268a04373c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-20T21:41:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_ViníciusAlvesFernandes.pdf: 4594049 bytes, checksum: 48f78b5328fa30fbeae24f268a04373c (MD5) / A cromatina é essencial para manutenção da fisiologia celular por desempenhar papel-chave na regulação da transcrição, reparo e replicação do DNA. Para tanto, esta deve ser altamente dinâmica, permitindo alterações entre estados compactados e relaxados. O primeiro nível de compactação da cromatina é o nucleossomo, formado pelo DNA e um octâmero de histonas. Moléculas que se ligam ao nucleossomo tem potencial para modular a cromatina. Diversas evidências apontam para o colesterol, lipídio importante para o funcionamento basal das células, como uma molécula ligante de cromatina. Recentemente, foi demonstrado que o colesterol pode modular a estrutura das fibras de cromatina reconstituídas in vitro. Juntos, estes dados sugerem que o colesterol possui um efeito modulador da arquitetura da cromatina por se ligar diretamente ao nucleossomo. Entretanto, os detalhes moleculares da ação do colesterol sobre a estrutura da cromatina ainda não foram esclarecidos. O objetivo deste estudo foi investigar, in silico, a ligação do colesterol ao nucleossomo e observar seu impacto ao nível atômico. Logo, metodologias capazes de tratar interações moleculares com resolução atomística são fundamentais, como a dinâmica molecular (DM) e docking molecular. Aqui identificamos vários sítios de ligação do colesterol distribuídos pelo nucleossomo. Após 200 ns de DM, seis moléculas de colesterol amostradas permaneceram ligadas ao nucleossomo. Para cada sítio investigado, a energia livre de ligação, estimada pelo método LIE (Linear Interactions Energy), indica o favorecimento do complexo entre o colesterol e o nucleossomo. Foi observado um impacto nas flutuações atômicas de vários aminoácidos formadores dos sítios de ligação. Dentre estes, alguns são conhecidamente importantes para modulação da estrutura da cromatina. Além disso, houve redução significativa do número de moléculas de água nas interfaces de interação colesterol-nucleossomo, especialmente em regiões hidrofóbicas essenciais para a manutenção estrutural do nucleossomo. Esses resultados sugerem que o colesterol pode afetar a arquitetura da cromatina através da interação direta com o nucleossomo nos múltiplos sítios de ligação. _______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Chromatin is essential for maintenance of cell physiology playing a key role in transcription regulation, DNA repair and replication. Therefore, it must be highly dynamic, allowing changes between compacted and relaxed states. The first level of chromatin compaction is the nucleosome, formed by DNA and histone octamer. Molecules that bind to the nucleosome have the potential to modulate chromatin. Several evidences indicate that cholesterol, important lipid for cell function, may bind to chromatin. Recently, it was demonstrated that in vitro cholesterol may modulate the structure of reconstituted chromatin fibers. Together, these data suggest that cholesterol may modulate chromatin architecture by direct binding to the nucleosome. However, the molecular details of cholesterol’s action on chromatin structure remain unclear. The aim of this study was an in silico investigation of the cholesterol binding to the nucleosome and its impact at the atomic level. Therefore, methodologies capable of handling molecular interactions with atomistic resolution are critical, such as molecular dynamics (MD) and molecular docking. Here, we identified several cholesterol binding sites distributed over the nucleosome. After 200 ns of MD, six sampled cholesterol molecules remained bound to the nucleosome. For every site, the estimated absolute free energies obtained by the LIE method, favour cholesterol binding thus explaining the stability of the molecular complex. Cholesterol impacts the atomic fluctuations of several amino acids forming the binding sites. Among these, some are well-known to modulate the chromatin structure. Furthermore, a significant reduction in the number of water molecules in cholesterol-nucleosome interfaces was observed, especially at key hydrophobic regions for nucleosome structural maintenance. These results suggest that cholesterol may affect the chromatin's architecture via direct interaction with the nucleosome through multiple binding sites.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Humanas, Departamento de Geografia, Programa de Pós Graduação em Geografia, 2016. / Submitted by Camila Duarte (camiladias@bce.unb.br) on 2017-01-24T13:32:24Z No. of bitstreams: 1 2016_MichelRezendedaSilveira.pdf: 8073441 bytes, checksum: 2af151fd29eba09e2a03421e850d1722 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-03-23T22:36:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_MichelRezendedaSilveira.pdf: 8073441 bytes, checksum: 2af151fd29eba09e2a03421e850d1722 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-23T22:36:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_MichelRezendedaSilveira.pdf: 8073441 bytes, checksum: 2af151fd29eba09e2a03421e850d1722 (MD5) / Nessa pesquisa se debateu o tema agronegócio no Brasil, compreendido através do par dialético modernização e desigualdade, no intuito de discutir a centralidade do município de Rio Verde, desde 1990 até a atualidade. Processo que causa novas dinâmicas territoriais como o aprofundamento das desigualdades socioespaciais regionais, observadas na microrregião do sudoeste de Goiás. Em relação à centralidade, nossa tese é que existem dois processos em curso na microrregião do sudoeste de Goiás: 1) consolidação do “Eixo de Produção Regional do Agronegócio” - disposto numa hierarquia Rio Verde > Jataí > Mineiros; 2) captura do rural dos municípios com populações pequenas para a produção de cana-de-açúcar. Estes dois processos formarão a rede econômica da microrregião, em que o município de Rio verde pode ser considerado um nó, os municípios de Jataí e Mineiros pontos - os três formam o Eixo de Produção Regional do Agronegócio -, e os municípios com populações pequenas manchas das redes agroindustriais com circuitos espaciais de produção globalizada. Sobre as desigualdades socioespaciais da microrregião do sudoeste de Goiás se observou que a entrada do agronegócio em Rio Verde causou o aumento da concentração da riqueza nas mãos de poucas pessoas. / This research is focused on agribusiness in Brazil, analyzed through the lens of the dialectic between modernization and inequality to discuss the centrality of the Rio Verde municipality, from 1990 to current days, which caused new territorial dynamics like the deepening of regional socialspacial inequalities, observed through the micro-region in Southeast Goiás. In relation to the centrality, our thesis is that there are two processes in course in Southeast Goiás micro-region: 1) Consolidation of the "Agribusiness Regional Production Axis" - laid out hierarchically Rio Verde > Jataí > Mineiros; 2) Rural seizing of the small population municipalities for the production of sugarcane. These processes will form the economic network of the micro-region, in which the Rio Verde municipality can be seen as a knot, the municipalities of Jataí and Mineiros as dots and the small population municipalities as blots of the agroindustrial networks with global spacial circuits of production. Regarding the social-spacial inequalities of the micro-region in the Southeast of Goiás, it has been proven that the entry of agribusiness in Rio Verde has led to an increase in its Gini index, pointing towards the accumulation of wealth in the hands of few.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Física, Programa de Pós-Graduação em Física, 2017. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-07-20T16:38:43Z No. of bitstreams: 1 2017_NádiaMeloBorges.pdf: 7243878 bytes, checksum: b3014e3c4560fc6a4a0b56d8c0e5eb0d (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-07-20T19:35:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_NádiaMeloBorges.pdf: 7243878 bytes, checksum: b3014e3c4560fc6a4a0b56d8c0e5eb0d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-20T19:35:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_NádiaMeloBorges.pdf: 7243878 bytes, checksum: b3014e3c4560fc6a4a0b56d8c0e5eb0d (MD5) Previous issue date: 2018-07-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). / A doença de Alzheimer é a forma mais comum de demência irreversível entre as pessoas idosas. A diminuição dos níveis de acetilcolina no cérebro de pacientes com a doença está relacionada com a fisiopatologia da doença. A hipótese colinérgica é baseada no aumento do nível de acetilcolina pela inibição reversível da enzima acetilcolinesterase. O objetivo principal deste trabalho é abordar o desempenho de métodos de triagem virtuais com base no ligante e na estrutura da proteína afim de encontrar novos candidatos a inibidores da acetilcolinesterase. Além disso, um protocolo foi desenvolvido para identificar e propor novos inibidores promissores da AChE a partir do banco de dados ZINC com 10 milhões de compostos disponíveis comercialmente. Neste sentido, busca por similaridade 3D usando similaridade por forma e eletrostática além do método de docagem para uma série de compostos foram utilizados para recuperar inibidores da AChE a partir de uma coleção de banco de dados. Simulação por dinâmica molecular foi realizada para estudar os melhores compostos docados. Alguns resíduos importantes foram identificados como indispensáveis para formação do duplo modo de interação entre os compostos selecionados e o sítio de interação da enzima. Todos os resultados indicam o relevante uso do método de similaridade eletrostática combinado com estratégias de docagem para identificar novos possíveis inibidores, e sete novas estruturas foram selecionadas como potentes candidatos anticolinesterásicos. / Alzheimer's disease is the most common cause of irreversible dementia among the elderly. The decrease of acetylcholine levels in the brain of patients with the disease is related to the pathophysiology of the disease. The cholinergic hypothesis is based on increasing the level of acetylcholine by the reversible inhibition of the enzyme acetylcholinesterase. The main purpose of this study is to address the performance of virtual screening methods based on ligands and the protein structure of acetylcholinesterase in order to retrieve novel hAChE inhibitors. In addition, a protocol was developed to identify novel hit compounds and propose new promising AChE inhibitors from ZINC database with 10 million commercially available compounds. In this sense, 3D similarity searches using Rapid Overlay of Chemical Structures and similarity analysis through comparison of electrostatic overlay of docked hits were used to retrieve AChE inhibitors from collected databases. Molecular dynamics simulation of 100 ns was carried out to study the best docked compounds from similarity search. Some key residues are identified as crucial for the dual binding mode of inhibitor with interaction site. All results indicated the relevant use of EON and docking strategy for identifying novel hit compounds as promising potential anticholinesterase candidates, and seven new structures were selected as potential hAChE inhibitors.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Departamento de Biologia Celular, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2018. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-07-17T19:50:58Z No. of bitstreams: 1 2018_LetíciaStockVieira.pdf: 37362496 bytes, checksum: 68c3a25c71170b7b1b388d4fd0cc1795 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-07-20T21:34:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_LetíciaStockVieira.pdf: 37362496 bytes, checksum: 68c3a25c71170b7b1b388d4fd0cc1795 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-20T21:34:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_LetíciaStockVieira.pdf: 37362496 bytes, checksum: 68c3a25c71170b7b1b388d4fd0cc1795 (MD5) Previous issue date: 2018-07-17 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq); Fundação de Apoio à Pesquisa do Distrito Federal (FAPDF) e Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes). / Anestesia geral é um recurso fundamental na medicina moderna. Em contraste com o uso de anestésicos há mais de 100 anos, seus alvos e mecanismo de ação moleculares ainda são largamente desconhecidos. Porquanto não se descarte a hipótese de que essas moléculas exerçam seus efeitos por meio de alterações de propriedades físico-químicas de membranas celulares, um conjunto crescente de evidências sugere um cenário alternativo. Neste, o estado de anestesia seria induzido pela modulação direta de múltiplos receptores proteicos. Entre os potenciais receptores, estudos de eletrofisiologia e em modelos animais demonstram que o canal iônico neuronal dependente de voltagem de mamíferos Kv1.2 é modulado diretamente pelo anestésico geral sevoflurano. Esses estudos sugerem que sevoflurano se liga a múltiplos sítios em Kv1.2, resultando em um aumento na probabilidade de abertura do canal, e em um aumento da sua condutância máxima. Nesse contexto, o presente trabalho se propõe a identificar sítios de ligação de sevoflurano nas conformações aberta e fechada de Kv1.2 e investigar quanto da modulação da proteína pode ser explicada pela ligação direta do anestésico, no contexto de um modelo de dois estados. Preambular a essa investigação, no entanto, está o desenvolvimento do arcabouço teórico necessário ao tratamento concentração-dependente da interação de pequenas moléculas a múltiplos sítios de ligação saturáveis, para que se possa quantificar o impacto do modulador no equilíbrio entre conformações da proteína. Da forma como foram descritas, as equações são gerais e facilmente transponíveis a diferentes sistemas de interação proteína-ligante. O estudo mostra, sob uma perspectiva atomística molecular, que sevoflurano se liga com dependência conformacional a Kv1.2. A estabilização do estado aberto promovida pela ligação da molécula anestésica é capaz de recapitular o aumento da probabilidade de abertura do canal verificado experimentalmente. Ademais, os sítios de ligação de sevoflurano a Kv1.2 sugeridos pela estratégia aqui desenvolvida se encontram próximos a resíduos de aminoácido identificados como relevantes à modulação por meio de estudos de mutagênese e marcação com ligantes fotoativos. Em conjunto, os resultados apresentados corroboram a hipótese da modulação direta e contribuem uma perspectiva microscópica para se compreender os efeitos causados por sevoflurano. / Anesthetics are routinely used in medical procedures for almost two centuries. Despite its ubiquity, the molecular mechanism leading to the endpoint of anesthesia remains unknown. While anesthetics might also act by altering cellular membranes’ physicochemical properties, recent studies favor direct allosteric modulation of multiple proteins targets. One such target, evidenced by electrophysiology and in vivo experiments, is the voltage-gated channel Kv1.2. Investigations on sevoflurane, a major general anesthetic, suggest the molecule potentiates Kv1.2 by binding to multiple independent sites, causing a left-shift to the open probability curve (increasing open probability), while also increasing its maximum conductance. Here, we set out to identify Kv1.2 sevoflurane binding sites and quantify the impact of direct modulation in Kv1.2 potentiation. For that, we have developed an original theoretical framework to investigate concentration-dependent interaction of small ligands to multiple saturable protein binding sites which allow for thorough calculation of the functional impact of such binding to equilibrium between well-known conformational states, i.e. open and closed Kv1.2 structures. Anesthetic’s local distribution and binding affinities are evaluated by a combination of docking and free-energy-perturbation calculations. The results suggest sevoflurane binds Kv1.2 in conformationdepend manner. Also, the calculated ligand-effected open-conformation stabilization agrees with experimental measurements, successfully recovering open-probability leftward shift from microscopic data alone. Key binding sites identified by the docking-FEP strategy are also found to be in close proximity to residues identified as relevant by recent photolabeling and mutagenesis experiments. Altogether, results support the direct modulation hypothesis and contributes to understanding sevoflurane effects from a molecular standpoint. Moreover, the theory developed in this work is general and could be applied to various ligand-receptor systems.

Orientador: Roberto André Kraenkel / Banca: Fernando Fagundes Ferreira / Banca: Sabrina Camargo / Resumo: A modelagem matemática é uma ferramenta presente nos campos da ecologia teórica e da biologia ma- temática. Porém tais modelos que tentam reproduzir parte da dinâmica natural são limitados, o que rapidamente esgota as possibilidades de investigações e exploração dos dados. Visando contornar isso partimos para o contexto da reconstrução de espaços-de-fase, pois queremos obter outras informações sobre aquilo que temos em mãos, a observação da natureza, o dado. De posse dessa nova aplicação da teoria de sistemas dinâmicos, é nos possibilitado uma nova inferência sobre o fenômeno observado, bem como suas causas que, através do modelo estavam ocultas. A técnica do mapeamento cruzado convergente, entre atratores gerados pela reconstrução de espaços-de-fase, através da representação do espaço-de-fase original num espaço euclidiano formado pela série temporal original e seus atrasos, pos- sibilita uma inferência de causalidade mais pragmática e mais efetiva para sistemas que obedeçam uma dinâmica não-linear, o caso para as muitas séries ecológicas e biológicas de interesse. / Abstract: Mathematical modeling is an almost omnipresent tool in the fields of theoretical ecology and mathematical biology. However, such models that try to partially reproduce the natural dynamics are limited, which quickly runs out possibilities for data-driven investigation and exploration. Aiming to circumvent this, we set out to the context of phase-space reconstruction, since we want to obtain other information on what is in hands, an observation of nature, the data. In possession of the new application of the theory of dynamical systems, are enabled to us a new type of inference on the observed phenomenon, and its causes, until now hidden by the models. The technique of convergent-cross mapping, among attractors generated by phase-space reconstruction through the representation of the original phase-space in a Euclidean space formed by the original time series and its delays, enables us a more pragmatic inference of causality and more effective for systems that obey a nonlinear dynamics, the case for many ecological and biological series of interest / Mestre

Orientador: João Carlos Ferreira Costa / Banca: João Nivaldo Tomazella / Banca: Marcelo José Saia / Resumo: O objetivo deste trabalho é estudar a equivalência de contato topológica dos germes de aplicações diferenciáveis tendo como plano de fundo o estudo da equivalência de contato clássica (ou C∞-K-equivalência). Neste sentido, apresentamos inicialmente uma análise detalhada sobre alguns invariantes e propriedades clássicas da equivalência de contato e, em seguida, introduzimos o estudo da versão topológica desta relação de equivalência. A equivalência de contato topológica (ou C0-K-equivalência) é um tema que recentemente ganhou o interesse de vários pesquisadores por se tratar de uma relação de equivalência cujos invariantes, propriedades e classi cações são pouco conhecidos ou inexistentes. Sob esta ótica, investigamos se alguns invariantes encontrados no caso clássico poderiam ser reproduzidos ou adaptados para o caso topológico. Como parte principal do trabalho, apresentaremos um invariante completo para a equivalência de contato topológica introduzido por T. Nishimura [22]. Este invariante é dado para germes de aplicações nitamente determinadas cujas dimensões da fonte e da meta coincidem / Abstract: The goal of this work is to study the topological contact equivalence of smooth map germs having as background the study of the classical contact equivalence (or C∞-Kequivalence). In this sense, we rstly present a detailed analysis of some invariants and classical properties of the contact equivalence, and then we introduce the study of the topological version of this equivalence relation. Recently several researchers have been interested in this subject because it is an equivalence relation whose invariants, properties and classi cations are unknown or nonexistent. In this work we investigate if some invariants of contact equivalence could be reproduced or adapted for the topological case. In chapter 3 we present a complete invariant for the topological contact equivalence introduced by T. Nishimura [22]. This invariant is given to nitely determined map germs whose dimensions of the source and target are equal / Mestre

Made available in DSpace on 2016-11-30T14:54:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 109594_Cleder.pdf: 1677912 bytes, checksum: bba3267fcfda94b795950ed103a658e3 (MD5) license.txt: 214 bytes, checksum: a5b8d016460874115603ed481bad9c47 (MD5) Previous issue date: 2014 / Diante dos problemas subjacentes ao processo de ensino e aprendizagem em Física, nos propomos refletir sobre o mesmo: estudar o Caderno Pedagógico de Física publicado pela Secretaria de Estado da Educação de Santa Catarina no ano de 2012. Assim, este constitui a fonte de dados, mais especificamente, a atividade intitulada Princípios de dinâmica e inércia. O problema central da pesquisa é: qual a lógica que fundamenta movimento conceitual proposto na atividade intitulada Princípios de dinâmica e inércia apresentada no Caderno Pedagógico de Física publicado pela Secretaria de Estado da Educação de Santa Catarina? Partimos da hipótese que a referida atividade proposta no já mencionado Caderno Pedagógico de Física não expressa os fundamentos teóricos e metodológicos da Teoria Histórico-Cultural, e que o movimento conceitual não se desenvolve a partir da lógica dialética, conforme seus autores anunciam, uma vez que a Teoria Histórico-Cultural, por meio de seus pressupostos, busca a formação de uma sociedade cujo objetivo não coincide com aqueles pretendidos pelo sistema econômico vigente. Nosso objetivo consistiu em analisar movimento conceitual segundo a lógica formal e a lógica dialética e, consequentemente, revelar qual destas lógicas fundamenta a atividade proposta pelo Caderno Pedagógico de Física. A metodologia utilizada privilegia a pesquisa qualitativa e foi desenvolvida por meio de um estudo documental. Os resultados da investigação revelam que o movimento conceitual proposto na atividade analisada está em consonância, em alguns aspectos, com as exigências lógico-formais do pensamento humano; em outros, contudo, está aquém destas. Deste modo, nossa hipótese foi confirmada, pois a atividade analisada não atende sequer aos pressupostos da lógica formal tradicional. Este distanciamento é ainda maior em relação à Teoria Histórico-Cultural, contrariando o que seus autores advogam. / Given the problems underlying the teaching and learning process in Physics, we propose a reflection on it: studying the Physics Pedagogical Book, published by the State Education Secretary of Santa Catarina in 2012. It is the source of data, more specifically the activity entitled Principles of dynamics and inertia. The central research problem is: which is the logics that underlies the process of elaboration of the concepts in the activity entitled Principles of dynamics and inertia found at the Physics Pedagogical Book published by the State Education Secretary of Santa Catarina? We hypothesized that the activity, in the terms proposed by Pedagogical Physics Books does not express the theoretical and methodological foundations of Historical-Cultural Theory, and the process of conceptual development does not follow from the dialectical logics as the authors announce, once the Historical-Cultural Theory, through their assumptions, seeks the formation of a society whose goal does not match those intended by the current economic system. Our goal was to analyze the process of elaboration of the concepts according to formal and dialectical logics and, therefore, revealing which of these logics grounds the activity proposed by the Physics Pedagogical Book. The methodology focuses on qualitative research and has been developed through a documentary study. Research results show that the process of conceptual development proposed in the activity analyzed is consistent, in some aspects, with the logical-formal requirements of human thought; in other cases, it falls short of these. Hence, our hypothesis was confirmed as the activity does not meet even the assumptions of traditional formal logics. Such a gap is even greater in relation to the Historical-Cultural Theory, contrary to what the authors advocate.

Submitted by LETÍCIA APARECIDA DE MORAES (leticiaobragacity@hotmail.com) on 2017-03-31T11:52:33Z No. of bitstreams: 1 TESE FINAL LETICIA .pdf: 1728661 bytes, checksum: 9410eb82ac8ca46e2fbadd1b1fe5124f (MD5) / Rejected by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: Incluir o número do processo de financiamento nos agradecimentos da dissertação/tese. Corrija esta informação e realize uma nova submissão com o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-04-11T17:58:42Z (GMT) / Submitted by LETÍCIA APARECIDA DE MORAES (leticiaobragacity@hotmail.com) on 2017-04-12T13:59:40Z No. of bitstreams: 1 TESE LETICIA.pdf: 1675791 bytes, checksum: 14b1fe1f9317d43e938e1a5b555bcd46 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-04-12T14:23:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 moraes_la_dr_bot.pdf: 1675791 bytes, checksum: 14b1fe1f9317d43e938e1a5b555bcd46 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-12T14:23:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 moraes_la_dr_bot.pdf: 1675791 bytes, checksum: 14b1fe1f9317d43e938e1a5b555bcd46 (MD5) Previous issue date: 2017-01-23 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae), é um complexo composto por pelo menos 37 espécies crípticas e representa uma das mais importantes pragas agrícolas do mundo, já que é um inseto altamente polifago e considerado um supervector de vírus, uma vez que sozinho é capaz de transmitir mais de 300 espécies, como os begomovírus (gênero Begomovirus, família Geminiviridae) e crinivírus (gênero Crinivirus, família Closteroviridae). Mais de duas décadas depois que a espécie B. tabaci Middle East Asia Menor 1 (MEAM1, biótipo B) invadiu e se estabeleceu no Brasil através de plantas ornamentais, a presença da B. tabaci especie Mediterranean (MED, biótipo Q) foi relatada pela primeira vez no Rio Grande do Sul em 2014, e, recentemente, nos estados de São Paulo e Paraná. Em 2015, espécimes de moscas-brancas coletadas em cultivos comerciais protegidos de begônias, hortênsias, petúnias e poinsettias em São Paulo, bem como de begônias e poinsetias de floriculturas e Capsicum spp. associado a Emilia fosbergii em estufas usadas anteriormente para poinsettia no Paraná, foram todos identificados como pertencentes a espécie MED. Adicionalmente, os endosimbiontes secundários identificados foram Arsenophonus, Hamiltonella e Rickettsia foram detectados por PCR e confirmados por sequenciamento e análise de FISH, divergindo dos encontrados nas moscas MED do Rio Grande do Sul, as quais abrigavam Hamiltonella e Cardinium. Em 2015, portanto, a primeira pesquisa no Estado de São Paulo revelou que a espécie MED estava presente apenas em cultivos protegidos de ornamentais e floriculturas, ou seja, associadas a ornamentais. Em 2016, no entanto, uma segunda e mais extensa pesquisa realizada em São Paulo e Paraná mostraram que MED se espalhou por várias e importantes hortaliças, não somente em estufas, mas também para campos abertos localizados próximos de onde MED foi detectada em plantas ornamentais previamente. Os conjuntos de endossimbiontes, cujos sets foram compostos por Arsenophonus, Hamiltonella, Rickettsia e Wolbachia são diferentes também tanto da MED de São Paulo e Paraná de 2015, como da MED detectada no Rio Grande do Sul em 2014. Através da análise filogenética do gene mtCOI usando o banco de dados global de mosca-branca, os espécimes representam diferentes haplótipos divididos em dois grupos dentro da espécie MED. Além disso, neste trabalho houve o primeiro relato da presença do endossimbionte Arsenophonus infectando B. tabaci MEAM1. / Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae), it is a complex consisting of at least 37 cryptic species and is one of the most important agricultural pests worldwide, since it is a highly polyphagous insect and considered a virus supervector once it alone transmits more than 300 species, such as begomovirus (genus Begomovirus, Geminiviridae family) and crinivirus (genus Crinivirus, Closteroviridae family). More than two decades after the species B. tabaci Middle East Asia Minor 1 (MEAM1, biotype B) invaded and settled in Brazil through ornamental plants, the presence of B. tabaci Mediterraneann species (MED, biotype Q) was first reported in Rio Grande do Sul in 2014, and recently in São Paulo and Paraná States. In 2015, specimens of whiteflies collected in commercial greenhouses of begonias, hydrangeas, petunias and poinsettias in São Paulo, as well as begonias and poinsettias from flower shops and Capsicum spp. associated with Emilia fosbergii in greenhouses used previously for poinsettia in Paraná, they were all identified as belonging to MED species. In addition, the identified secondary endosymbionts were Arsenophonus, Hamiltonella and Rickettsia were detected by PCR and confirmed by sequencing and FISH analysis, diverging from the set of MED from Rio Grande do Sul, which harbored Hamiltonella and Cardinium. In 2015, therefore, the first research in São Paulo revealed that the MED species was present only in greenhouses of ornamentals and flower shops, associated with ornamental. In 2016, however, a second and more extensive research conducted in São Paulo and Paraná showed that MED has spread to several important vegetables, not only in greenhouses, but also to open fields located close to where MED was detected in ornamental plants previously. The endosymbionts, whose sets were composed of Arsenophonus, Hamiltonella, Rickettsia and Wolbachia are also different from both the MED of São Paulo and Paraná in 2015, and the MED of Rio Grande do Sul in 2014. Through phylogenetic analysis of gene mtCOI using the whitefly global database, specimens has shown to represent different haplotypes divided into two groups within the species MED. In addition, this study was the first report of Arsenophonus endosymbiont present infecting B. tabaci MEAM1. / FAPESP: 2014/21773-0

Orientador: Ricardo Paupitz Barbosa dos Santos / Banca: Edson Denis Leonel / Banca: Pedro Alves da Silva Autreto / Resumo: Na presente disserta c~ao analisamos potenciais reativos (Terso, Brenner, AIREBO, COMB e ReaxFF) e investigamos algumas estruturas derivadas de grafeno, com arquitetura de nanotubos, s~ao elas: Carbono Bifenileno (BPC), Grafeno Poroso (PG) e Octografeno (OG) com diferentes quiralidades. Cada um desses nanotubos derivados de grafeno possui tr^es tipos: armchair, zigzag e chiral, com exce c~ao do OG que possui apenas dois tipos: chiral e n~ao-chiral. Os par^ametros do ReaxFF se mostraram mais adequados para os prop ositos desta pesquisa. Utilizamos din^amica molecular (DM) cl assica para simular um aumento gradativo de temperatura (observando as quebras de liga c~oes) e o espectro de vibra c~oes destas estruturas. As estruturas que tem como base o BPC, tiveram parte de suas liga c~oes qu micas dissociadas a temperaturas por volta de 1500 K e colapso a 1800 K, seguidas das estruturas derivadas do OG que dissociaram a 2500 K e colapsaram a 2700 K, as de PG apresentaram as quebras de liga c~oes por volta de 3000 K e colapso a 3300 K. Com rela c~ao aos espectros de vibra c~oes, as estruturas de PG apresentaram picos de frequ^encia bem de nidos se comparados com as de OG e BPC / Abstract: In this work we analyze reactive potentials (Terso, Brenner, AIREBO, COMB and ReaxFF) and investigate some structures derived from graphene, with nanotube architecture, they are: Biphenylene Carbon (BPC), Porous Graphene (PG) and Octographene (OG) with di erent chirality. Each of these derivatives of graphene nanotubes has three types: armchair, zigzag and chiral, with the exception that OG has only two types: chiral and non-chiral. The ReaxFF parameters were more suitable for the purposes of this study. We use classical molecular dynamics (MD) to simulate a gradual increase of temperature (noting the bonds dissociation) and vibrational spectra of these structures. The structures which is BPC based, had part of their chemical bonds dissociated at temperatures around 1500 K and collapse to 1800 K, followed by structures derived from OG which dissociated at 2500 K and collapsed to 2700 K, the PG showed bond breaks around 3000 K and collapse to 3300 K. When we analyzed the vibrational spectra, PG structures showed well de ned frequency peaks as compared with OG and BPC / Mestre