Submitted by JACIARA CRISTINA ALMEIDA DO AMARAL (jaciaramaral@ufpa.br) on 2018-09-05T18:43:54Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) HugoCMCosta_PPGZool_final.pdf: 1725195 bytes, checksum: 715add28d999d7e654be25f08f26314d (MD5) / Approved for entry into archive by JACIARA CRISTINA ALMEIDA DO AMARAL (jaciaramaral@ufpa.br) on 2018-09-05T18:44:39Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) HugoCMCosta_PPGZool_final.pdf: 1725195 bytes, checksum: 715add28d999d7e654be25f08f26314d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-05T18:44:39Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) HugoCMCosta_PPGZool_final.pdf: 1725195 bytes, checksum: 715add28d999d7e654be25f08f26314d (MD5) Previous issue date: 2014-04-01 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O pulso de inundação é o principal fator para a estruturação e diferenciação das comunidades ecológicas de florestas de terra firme e de várzea na Amazônia, uma vez que são requeridas adaptações exclusivas para sobreviver às prolongadas enchentes anuais. Desta forma, as várzeas e a terra firme constituem um mosaico espaço-temporal da disponibilidade de recursos, o qual provavelmente resulta em um movimento lateral e sazonal na fauna terrestre entre esses dois ambientes adjacentes. Apesar das importantes implicações desta dinâmica sazonal para a ecologia e conservação da biodiversidade este fenômeno ainda é pouco conhecido. Nós testamos a hipótese de movimentação sazonal entre dois tipos florestais adjacente em duas reservas de uso sustentável na Amazônia ocidental, investigando os efeitos do nível da água bem como características da paisagem e de distúrbio antropogênico sobre a riqueza, composição e abundancia de nove guildas tróficas de vertebrados terrestres. A riqueza de espécies se diferenciou entre as fases seca e cheia do pulso de inundação, florestas de terra firme apresentaram maior riqueza do que as florestas de várzea. Encontramos uma clara diferença na composição de espécies tanto entre as duas fases do pulso de inundação quanto entre os dois tipos florestais. Os modelos lineares generalizados mostram que o nível da água é a principal variável para explicar a variação na abundancia de todas espécies e de três guildas tróficas em particular. As caraterísticas da paisagem e variáveis de distúrbio antopogenico, incluindo distância para o centro urbano mais próximo, elevação e área de várzea no entorno de cada armadilha fotográfica apresentaram uma variedade de efeitos sobre a assembleia de vertebrados terrestres. A biomassa total apresentou uma relação positiva com a distância do centro urbano mais próximo. Nossos resultados indicam que a persistência de populações viáveis de grandes vertebrados terrestres em regiões adjacentes aos grandes rios Amazônicos, requer grandes paisagens bem conectadas e que englobem diferentes formações florestais para assegurar os movimentos laterais d fauna terrestre. / The flood pulse is the main factor structuring and differentiating the ecological communities of Amazonian unflooded (terra firme) and seasonally-flooded (várzea) forests as they require unique adaptations to survive the prolonged annual floods. Therefore, várzea and terra firme forests hammer out a spatio-temporal mosaic of resource availability, which may result in landscape scale seasonal movements of terrestrial vertebrates between adjacent forest types. Yet the lateral movements of terrestrial vertebrates between hydrologically distinct neighbouring forest types exhibiting staggered resource availability remains poorly understood, despite the important implications of this spatial dynamic for the ecology and conservation of forest wildlife. We examined the hypothesis of seasonal movements between two adjacent forest types at two contiguous sustainable-use forest reserves in Western Brazilian Amazonia, investigating the effects of water level, landscape and anthropogenic disturbance on the overall species richness, composition, and abundance of nine major vertebrate trophic guilds. Species richness differed in neighboring terra firme forests between the high-and low-water phases of the flood pulse and terra firme forests were more species rich than várzea forests. There were clear differences in species composition between both forest types and seasons. Generalized Linear Models showed that water level was the main factor explaining aggregate abundance of all species and three trophic guilds. Anthropogenic disturbance and geographic setting of camera trap stations, including distance to the nearest urban center, the number of residents of the nearest community, elevation and the surrounding area of várzea of each camera trap station, had a variety of effects on the terrestrial vertebrate assemblage. Overall vertebrate biomass increased with distance from the nearest urban center. Our results indicate that the persistence of viable populations of large terrestrial vertebrates adjacent to major Amazonian rivers requires large, wellconnected forest landscapes encompassing different forest types to ensure large-scale lateral movements by forest wildlife.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-08-02T20:49:48Z No. of bitstreams: 2 Dissertacao_ComposicaoDiversidadeEspecies.pdf: 2901458 bytes, checksum: d0ceda9cf160d14dc3b8ca9720ca80c6 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-08-16T15:47:14Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_ComposicaoDiversidadeEspecies.pdf: 2901458 bytes, checksum: d0ceda9cf160d14dc3b8ca9720ca80c6 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-08-16T15:47:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_ComposicaoDiversidadeEspecies.pdf: 2901458 bytes, checksum: d0ceda9cf160d14dc3b8ca9720ca80c6 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 1999 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O presente estudo compara a composição da anurofauna dos 4 principais habitats (mata de terra firme, capoeira, igapó e vegetação aquática) existentes nas áreas de dois igarapés de água preta (igarapé Arauá e Laranjal), pertencentes a Estação Científica Ferreira Penna (ECFPn), localizada na Floresta Nacional de Caxiuanã (FLONA de Caxiuanã), Pará, Brasil. As amostragens nas duas áreas foram feitas através de transectos medindo 850 m de comprimento por 10 m de largura. As duas áreas dos igarapés foram amestradas nos quatro períodos do ano relacionados à precipitação (período de transição chuva/seca, seca, transição seca/chuva e chuva). Para a comparação entre as áreas e entre os habitats foram utilizados os índices de diversidade de Shannon-Weiner e índice de similaridade de Jaccard. No total das amostragens foram registrados 924 indivíduos pertencentes a 29 espécies, distribuídas em 15 gêneros e 5 famílias. Quanto aos habitats a mata de terra firme apresentou maior diversidade. O número de espécies registradas foi maior no período de chuvas. Este estudo associado aos estudos de Ávila-Pires e Hoogmoed (1997), contabilizam 41 espécies de anuros para a região, um número muito alto para Amazônia oriental, reforçando a hipótese de que a baixa diversidade de espécies de anuros normalmente associada a esta região possa ser fruto do baixo número de inventários realizados até o presente. / This study compares the composition of the anurofauna of the four principal habitats (terra firme forest, capoeira, igapô and aquatic vegetation) in the areas of two black water streams (igarapé Arauá and Laranjal), at the "Ferreira Penna Scientific Station" (Estação Científica Ferreira Penna (ECFPn)), located in the "Caxiuanã National Forest (FLONA de Caxiuanã)", Pará, Brazil. The samples of the areas were conduct using transects measuring 850 m in length and 10 m in width. Both areas were studied in the four periods of the year and related to annual rainfall seasonality (period of transition rainy/dry season, dry season, transition dry/rainy season, and rainy season). Shannon-Weiner índex of diversity and Jaccard index of similarity were used to compare the two areas and the habitats. Samples of anurans totalled 924 individuais belonging to 29 species distributed in 15 genera and 5 families. Hylidae was the most abundant, followed by Leptodactylidae, Dendrobatidae, Bufinidae and Pipidae. Terra firme forest showed the highest diversity. The number of species recorded was highest in the rainy season. This study and those of Ávila-Pires and Hoogmoed (1997) indicate a total of 41 species of frogs for this region, a quite high number for eastern Amazonia, reinforcing the hypothesis that the low diversity of the species of frogs normally related to this region is at least partially a result of the low number of herpetological inventories carried out up to now.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Na Colômbia ocorrem 787 espécies de anfíbios. Por causa da preocupação com o estado de conservação de muitas dessas espécies, tem se sugerido que na Colômbia deveriam-se priorizar as pesquisas em taxonomia e ecologia em regiões sub-amostradas a fim de intensificar o conhecimento e conservação dos anfíbios colombianos. Baseados em uma análise cienciométrica de 319 trabalhos sobre a ecologia dos anfíbios colombianos publicados entre 1840 e 2014 (No Capítulo 1), identificamos as tendências nos esforços realizados em distintos temas de pesquisa, e a distribuição regional e taxonômica desses estudos. A maioria dos estudos (67%) foi realizada na região Andina colombiana em comparação com outras regiões naturais da Colômbia. Apenas 46% das espécies de anfíbios ocorrendo na Colômbia foi tratada nos estudos analizados, e a maioria (58%) delas é da região Andina. Entre as publicações analizadas identificamos 14 temas de pesquisa em ecologia, dos quais ecologia reprodutiva (26%), conservação de espécies (23%) e dieta (14%) foram os mais pesquisados. Nossos dados mostraram que na Colômbia há um considerável avanço na pesquisa sobre a ecologia dos anfíbios do país, mas ainda são necessários esforços para cobrir muitos vazios de informação para muitas regiões e para muitas espécies de anfíbios que possuem dados incipientes. No sudoeste da Cordilheira Ocidental colombiana há pouca informação ecológica sobre os anfíbios ali ocorrendo. A fim de saber alguns aspectos ecológicos dessas espécies, desenvolvimos três estudos sobre a diversidade e ecologia de anfíbios presentes na Reserva Natural Río Ñambí (a seguir RNRÑ). No Capítulo 2 apresentamos uma análise sistemática do gênero Andinophryne (Família Bufonidae), composto por três espécies, A. atelopoides, A. colomai (presente na RNRÑ) e A. olallai. As filogenias mostraram que Andinophryne está incorporado dentro de Rhaebo. Portanto, sinonimizamos Andinophryne sob Rhaebo e discutimos as sinapomorfias morfológicas putativas para Rhaebo. Além, fornecemos informações ecológicas e sobre o estado de conservação das três espécies incluídas na nova combinação taxonômica. No Capítulo 3 apresentamos uma lista de 19 espécies de anfíbios pertencentes a oito famílias, com uma dominância numérica da família Craugastoridae e do gênero Pristimantis. As espécies com a maior abundância relativa (> 25%) foram Pristimantis labiosus e P. verecundus. Sete diferentes modos de reprodução foram reconhecidos, com a maioria das espécies (68%) possuindo desenvolvimento direto de ovos. Cinco (26%) das espécies registradas estão classificadas dentro das categorias de maior ameaça de extinção. Reportamos para sete espécies a extensão da faixa de distribuição geográfica latitudinal na Colômbia. No Capítulo 4 comparamos a dieta de jovens e adultos de P. labiosus para identificar se houve uma mudança ontogenética no tamanho de presa consumido com o aumento na largura da boca. A dieta foi composta por 19 categorias de presas (> artrópodes), com as duas classes de idade consumindo um similar espectro de categorias. Os jovens têm um nicho trófico maior (0,45) do que os adultos (0,25), com uma sobreposição de nicho relativamente baixa (0,39) entre eles. Apesar da diferencia na largura da boca entre jovens e adultos, não houve uma correspondente mudança ontogenética no tamanho de presa consumida. Consideramos P. labiosus como um predador generalista que parece consumer uma ampla gama de tipos e tamanhos de presas / Colombia harbors 787 species of amphibians. Because of concerns with the conservation status of many of these species, it has been suggested that in Colombia should prioritize research in taxonomy and ecology in undersampled regions in order to enhance the knowledge and conservation of Colombian amphibians. Based on a scientometric analysis of 319 works on ecology of Colombian amphibians published between 1840 and 2014 (Chapter 1), we identified trends in the efforts made in different research topics, and both regional and taxonomic distribution of these studies. Most studies (67%) was conducted in the Colombian Andean region compared to other natural regions of Colombia. Only 46% of amphibian species occurring in Colombia was included in the reviewed studies, and the most of them (58%) is from the Andean region. Among the reviewed publications, we identified 14 research topics in ecology, of which reproductive ecology (26%), species conservation (23%), and diet (14%) were the most investigated. Our data showed that in Colombia, there is a considerable advance in research on amphibian ecology, but we need further efforts to fill many gaps in information for many regions and for many amphibian species possessing incipient data. In southwestern of the Colombian western Andes there is little information about the species occurring there. In order to know some ecological aspects of these species, we conducted three studies on diversity and ecology of the amphibians present in the Reserva Natural Río Ñambí (hereafter RNRÑ). In the Chapter 2, we show an analysis of the systematics of the genus Andinophryne (Family Bufonidae), composed by three species, A. atelopoides, A. colomai (present in the RNRÑ) and A. olallai. The phylogenies showed that Andinophryne is embedded within Rhaebo. Therefore, we synonymize Andinophryne under Rhaebo and we discussed the putative morphological synapomorphies for Rhaebo. In addition, we provide ecological informations and on the conservation status of the three species included in the new taxonomic combination. In the Chapter 3, we show a list of 19 amphibian species from eight families, with a numerical dominance of the Family Craugastoridae and of the genus Pristimantis. The species with the highest relative abundance (>25%) were Pristimantis labiosus and P. verecundus. Seven different reproductive modes were recognized, with most species (68%) presented direct development of eggs. Five (26%) of the species recorded are classified in the categories of greatest threat of extinction. We report for seven species an extension of the latitudinal distribution range in Colombia. In the Chapter 4, we compared the diet of juveniles and adults of P. labiosus in order to identify if there was an ontogenetic shift in the prey size consumed as mouth width increases. The diet was composed of 19 prey categories (> arthropods), and the two age-classes consumed a similar array of prey categories. Juveniles had a broader trophic niche (0.57) than adults (0.25), with a relatively low trophic overlap among them (0.39). Although we found differences in mouth width between juveniles and adults, we did not observe a corresponding ontogenetic shift in prey size consumption. We consider that P. labiosus is a generalist predator, consuming a wide range of prey types and sizes

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2016-12-07T14:24:56Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_VariacaoDetectabilidadePadroes.pdf: 1230126 bytes, checksum: 2b747aa9d01339bfc9a5aa657738c85e (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2016-12-19T16:55:55Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_VariacaoDetectabilidadePadroes.pdf: 1230126 bytes, checksum: 2b747aa9d01339bfc9a5aa657738c85e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-19T16:55:55Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_VariacaoDetectabilidadePadroes.pdf: 1230126 bytes, checksum: 2b747aa9d01339bfc9a5aa657738c85e (MD5) Previous issue date: 2015-01-04 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A dificuldade em se encontrar padrões consistentes de distribuição nos estudos com anuros é frequente. No entanto, não sabemos quanto da dificuldade de detectar padrões é relacionada à baixa influência da variação ambiental na distribuição desses animais ou ao processo de amostragem. Para minimizar esse problema, a amostragem foi baseada na forma proposta em trabalhos de ocupação, que inclui visitas repetidas a cada um dos locais amostrados. Adotamos um desenho amostral que permite avaliar a influência de variáveis ambientais sobre os padrões de distribuição dos anuros levando em conta a influência da detectabilidade das espécies sobre esses padrões. Nossa hipótese é que há variação na probabilidade de detecção entre espécies de anuros, e em diferentes ocasiões para uma mesma espécie, e que essa variação pode ser importante nos modelos de ocupação de espécies. Testamos modelos de ocupação para as 10 espécies mais abundantes e avaliamos seu ajuste aos dados usando o Critério de Informação de Akaike (AIC) e o peso do Akaike (AICwgt). Para todas as espécies, entre os modelos que melhor se ajustam aos dados estão incluídos aqueles que têm probabilidade de ocupação influenciada pela distância do igarapé e cuja probabilidade de detecção varia entre os levantamentos realizados. Das 10 espécies analisadas oito incluíram a probabilidade de detecção entre os três modelos de melhor ajuste. Além disso, a probabilidade de detecção também variou entre as espécies, indicando que é importante que essas variações na detecção sejam consideradas na interpretação dos padrões de ocupação das espécies. Este é o primeiro trabalho, no Brasil, que analisa os padrões de distribuição de anuros levando-se em conta a probabilidade de detecção das espécies. / Difficulty in finding strong distribution patterns in studies with frogs is frequent. However, we do not know how much of the difficulty in detecting patterns are related to the low influence of environmental variation in the distribution of the animals or to the sampling process itself. To minimize this problem, the sampling was based on the proposal form in occupation of studies, including repeated survey to each of the sampling occasions. This sample design allows to evaluate the influence of environmental variables on the distribution patterns of frogs taking into account the influence of the detectability of species on these patterns. Our hypothesis is that there is variation in the probability of detection among frogs species, and at different times for the same species, and that this variation may be important in models of occupancy of these species. We tested eight models for the 10 most abundant species and assess their fit to the data using the Akaike Information Criterion (AIC) and the weight of the Akaike (AICwgt). For all species, among the models that best fit the data its is included one that is likely to occupation influenced by the distance of the stream (variable “Dist”) and whose probability of detection varies between surveys (variable "Survey"). Of the 10 species analyzed eight included the variable "Survey" between the three models of best fit. In addition, the probability of detection also varied among species, indicating that it is important that these variations in detection are considered when interpreting the occupancy patterns of species. This is the first work in Brazil, which analyzes the frogs distribution patterns taking into account the probability of detection of the species.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2016-12-14T13:28:55Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_TurnoverAnurosAmazonia.pdf: 2963259 bytes, checksum: 608aa6a17c99f9fa29c4789ad9d75aad (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2016-12-22T13:34:51Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_TurnoverAnurosAmazonia.pdf: 2963259 bytes, checksum: 608aa6a17c99f9fa29c4789ad9d75aad (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-22T13:34:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_TurnoverAnurosAmazonia.pdf: 2963259 bytes, checksum: 608aa6a17c99f9fa29c4789ad9d75aad (MD5) Previous issue date: 2015-03-31 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Entender os processos envolvidos na distribuição espacial das espécies e as razões que levam a dissimilaridades na composição entre locais (turnover) têm sido objeto de diversos estudos em diferentes escalas e hábitats. Neste estudo, investigamos os fatores responsáveis pelo turnover de anfíbios anuros sob três diferentes perspectivas. No primeiro capítulo dessa tese, intitulado “Anuran beta diversity in a mosaic anthropogenic landscape in transitional Amazon”, nós testamos de que forma cinco diferentes ambientes, classificados de acordo com a pressão antrópica, podem estruturar o turnover de anuros. As unidades amostrais para este primeiro capítulo estão localizadas em um ecótono entre os biomas Amazônia e Cerrado, numa região denominada como arco do desflorestamento. Observamos que a conversão de áreas florestadas (matas ciliares) em ambientes mais abertos (monocultura de grãos e seringal) resulta na mudança da composição de espécies original e na diminuição do turnover, algo que podemos chamar de homogeneização da fauna. Porém, a ideia de mudança no turnover ao se comparar ambientes estruturalmente diferentes não é novidade, ainda mais quando apresentam graus de degradação tão distintos como os encontrados na área de estudo. Dessa forma, no segundo capítulo da tese, “Species turnover in Amazonian frogs: Low predictability and large differences among terra firme forests”, buscamos identificar o quanto variações ambientais e espaciais contribuem para a estruturação das comunidades em florestas de terra firme na Amazônia. As unidades amostrais para este segundo capítulo estão localizadas em três unidades de conservação da Amazônia brasileira (Florestas Nacionais do Amapá, Caxiuanã e Tapajós). Detectamos que, embora sejam áreas em teoria similares (terra firme), cada uma das comunidades responde a um conjunto específico de variáveis ambientais. Ao testarmos os fatores estruturando o turnover entre escalas distintas, observamos que tanto a porção explicada pelo ambiente quanto pelo espaço apresentaram maior poder de explicação (r2) em escalas regionais quando comparados com cada uma das localidades (escala local). Outro resultado interessante foi que o componente espacial não apresentou influência significativa sobre a comunidade de Caxiuanã, onde somente 3% do turnover foi explicado por qualquer um dos fatores ambientais medidos. Por último, o terceiro capítulo intitulado “How differences in anuran reproductive modes can affect their turnover: comparing scales and 10 habitat”, aborda como anuros com diferentes atributos reprodutivos respondem a variações ambientais e espaciais, comparando esses processos em florestas de terra firme e várzea. Adicionalmente, avaliamos a probabilidade de ocorrência das espécies mais comuns ao longo dos gradientes ambientais mensurados. As unidades amostrais deste capítulo estão localizadas em três áreas de floresta de terra firme (as mesmas do capítulo 2) e duas áreas de várzea (Reserva de Desenvolvimento Sustentável de Mamirauá e Amanã). Espécies com oviposição aquática foram predominantes nas áreas de várzea, enquanto houve maior proporção de ovipositores na vegetação em Caxiuanã e mais espécies com reprodução terrestre no Amapá e Tapajós, quando comparadas com as demais áreas. Ao dividir as espécies de acordo com seus modos reprodutivos, padrões mais claros de resposta puderam ser observados. Podemos afirmar ainda que mudanças nas características ambientais aparecem como importantes estruturadoras do turnover em diferentes escalas, enquanto a distância espacial é mais evidente em escalas maiores. Assim, podemos concluir que em áreas impactadas o turnover entre as comunidades diminui pela homogeneização da fauna, em decorrência da conversão de florestas em áreas antropizadas. Por outro lado, observamos também que mesmo em áreas dentro de uma mesma classificação fitofisionomica e sem distúrbios antrópicos, há grandes diferenças nos padrões de partição do turnover, que podem ser atribuídos a conjuntos de fatores ambientais e espaciais específicos de cada área, além de espécies com diferentes atributos reprodutivos. / Understanding the processes involved in the species spatial distribution and the reasons leading to compositional dissimilarities among sites (turnover) have been studied on different scales and habitats. In the present study, we investigated the factors affecting frogs turnover from three different perspectives. In our first chapter of this thesis, entitled "Anuran beta diversity in the mosaic anthropogenic landscape in transitional Amazon", we tested how five environments, classified according to their human pressure, can structure frogs turnover. Sampling units (SU) on this first chapter are located in a ecotone between the Amazon and Cerrado biomes, also known as "Arc of deforestation". We observed that the conversion of forested areas (riparian forests) in open environments (monoculture of grains and rubber tree) result substitution of the original species and low turnover rates, something we can call faunal homogenization. However, the concept that turnover may change over structurally different environments is not new, specially if they have a strong degradation gradient, as found in the study area. Thus, in the second chapter of this thesis, "Species turnover in Amazonian frogs: Low predictability and large differences among terra firme forests", we seek to identify how environmental and spatial variation contribute to structure communities in well preserved terra-firme forests in Amazonia. The SU for this second chapter are located over three conservation units (National Forests of Amapá, Caxiuanã and Tapajós). We observed that, despite considered within the same class (terra firme), each community responds to a singular set of environmental variables. Testing the factors influencing species turnover over different scales, we observed that both the portion explained by environment and space had greater explanatory power (r2) in regional scales when compared within each of the areas (local scale). Another interesting result was that the spatial component showed no significant influence on Caxiuanã community, where only 3% of turnover was accounted for by any of the measured environmental factors. Finally, on third chapter titled "How differences in anuran reproductive modes can affect their turnover: Comparing scales and habitats", we discusses how frogs with different reproductive modes respond to environmental and spatial variations, comparing these processes in terra firme and varzea forests. Additionally, we evaluated species probability of occurrence along measured environmental gradients. The SU in this chapter are located in three areas of terra firme 12 forest (the same as in Chapter 2) and two areas of varzea (Sustainable Development Reserve Mamirauá and Amana). Species with aquatic oviposition were prevalent in varzea, while there was a higher proportion species laying on the vegetation in Caxiuanã and more species with terrestrial reproduction in Amapá and Tapajós when compared to the other areas. By dividing the species according to their reproductive modes, clearer response patterns were observed. Also, we can assert that changes in environmental characteristics appear as major turnover driver and are important in all scales, while the spatial distance is more evident at larger scales. Thus, we can conclude that in disturbed areas faunal homogenization decreases species turnover, due to the conversion of forests into open and less heterogeneous areas. Moreover, we also observed that even in areas within the same classification and without human disturbances, there are great differences in turnover partitioning patterns, which can be assigned to a specific set spatial and environmental factors inherent to each area, in addition to species with different reproductive modes.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Na Colômbia ocorrem 787 espécies de anfíbios. Por causa da preocupação com o estado de conservação de muitas dessas espécies, tem se sugerido que na Colômbia deveriam-se priorizar as pesquisas em taxonomia e ecologia em regiões sub-amostradas a fim de intensificar o conhecimento e conservação dos anfíbios colombianos. Baseados em uma análise cienciométrica de 319 trabalhos sobre a ecologia dos anfíbios colombianos publicados entre 1840 e 2014 (No Capítulo 1), identificamos as tendências nos esforços realizados em distintos temas de pesquisa, e a distribuição regional e taxonômica desses estudos. A maioria dos estudos (67%) foi realizada na região Andina colombiana em comparação com outras regiões naturais da Colômbia. Apenas 46% das espécies de anfíbios ocorrendo na Colômbia foi tratada nos estudos analizados, e a maioria (58%) delas é da região Andina. Entre as publicações analizadas identificamos 14 temas de pesquisa em ecologia, dos quais ecologia reprodutiva (26%), conservação de espécies (23%) e dieta (14%) foram os mais pesquisados. Nossos dados mostraram que na Colômbia há um considerável avanço na pesquisa sobre a ecologia dos anfíbios do país, mas ainda são necessários esforços para cobrir muitos vazios de informação para muitas regiões e para muitas espécies de anfíbios que possuem dados incipientes. No sudoeste da Cordilheira Ocidental colombiana há pouca informação ecológica sobre os anfíbios ali ocorrendo. A fim de saber alguns aspectos ecológicos dessas espécies, desenvolvimos três estudos sobre a diversidade e ecologia de anfíbios presentes na Reserva Natural Río Ñambí (a seguir RNRÑ). No Capítulo 2 apresentamos uma análise sistemática do gênero Andinophryne (Família Bufonidae), composto por três espécies, A. atelopoides, A. colomai (presente na RNRÑ) e A. olallai. As filogenias mostraram que Andinophryne está incorporado dentro de Rhaebo. Portanto, sinonimizamos Andinophryne sob Rhaebo e discutimos as sinapomorfias morfológicas putativas para Rhaebo. Além, fornecemos informações ecológicas e sobre o estado de conservação das três espécies incluídas na nova combinação taxonômica. No Capítulo 3 apresentamos uma lista de 19 espécies de anfíbios pertencentes a oito famílias, com uma dominância numérica da família Craugastoridae e do gênero Pristimantis. As espécies com a maior abundância relativa (> 25%) foram Pristimantis labiosus e P. verecundus. Sete diferentes modos de reprodução foram reconhecidos, com a maioria das espécies (68%) possuindo desenvolvimento direto de ovos. Cinco (26%) das espécies registradas estão classificadas dentro das categorias de maior ameaça de extinção. Reportamos para sete espécies a extensão da faixa de distribuição geográfica latitudinal na Colômbia. No Capítulo 4 comparamos a dieta de jovens e adultos de P. labiosus para identificar se houve uma mudança ontogenética no tamanho de presa consumido com o aumento na largura da boca. A dieta foi composta por 19 categorias de presas (> artrópodes), com as duas classes de idade consumindo um similar espectro de categorias. Os jovens têm um nicho trófico maior (0,45) do que os adultos (0,25), com uma sobreposição de nicho relativamente baixa (0,39) entre eles. Apesar da diferencia na largura da boca entre jovens e adultos, não houve uma correspondente mudança ontogenética no tamanho de presa consumida. Consideramos P. labiosus como um predador generalista que parece consumer uma ampla gama de tipos e tamanhos de presas / Colombia harbors 787 species of amphibians. Because of concerns with the conservation status of many of these species, it has been suggested that in Colombia should prioritize research in taxonomy and ecology in undersampled regions in order to enhance the knowledge and conservation of Colombian amphibians. Based on a scientometric analysis of 319 works on ecology of Colombian amphibians published between 1840 and 2014 (Chapter 1), we identified trends in the efforts made in different research topics, and both regional and taxonomic distribution of these studies. Most studies (67%) was conducted in the Colombian Andean region compared to other natural regions of Colombia. Only 46% of amphibian species occurring in Colombia was included in the reviewed studies, and the most of them (58%) is from the Andean region. Among the reviewed publications, we identified 14 research topics in ecology, of which reproductive ecology (26%), species conservation (23%), and diet (14%) were the most investigated. Our data showed that in Colombia, there is a considerable advance in research on amphibian ecology, but we need further efforts to fill many gaps in information for many regions and for many amphibian species possessing incipient data. In southwestern of the Colombian western Andes there is little information about the species occurring there. In order to know some ecological aspects of these species, we conducted three studies on diversity and ecology of the amphibians present in the Reserva Natural Río Ñambí (hereafter RNRÑ). In the Chapter 2, we show an analysis of the systematics of the genus Andinophryne (Family Bufonidae), composed by three species, A. atelopoides, A. colomai (present in the RNRÑ) and A. olallai. The phylogenies showed that Andinophryne is embedded within Rhaebo. Therefore, we synonymize Andinophryne under Rhaebo and we discussed the putative morphological synapomorphies for Rhaebo. In addition, we provide ecological informations and on the conservation status of the three species included in the new taxonomic combination. In the Chapter 3, we show a list of 19 amphibian species from eight families, with a numerical dominance of the Family Craugastoridae and of the genus Pristimantis. The species with the highest relative abundance (>25%) were Pristimantis labiosus and P. verecundus. Seven different reproductive modes were recognized, with most species (68%) presented direct development of eggs. Five (26%) of the species recorded are classified in the categories of greatest threat of extinction. We report for seven species an extension of the latitudinal distribution range in Colombia. In the Chapter 4, we compared the diet of juveniles and adults of P. labiosus in order to identify if there was an ontogenetic shift in the prey size consumed as mouth width increases. The diet was composed of 19 prey categories (> arthropods), and the two age-classes consumed a similar array of prey categories. Juveniles had a broader trophic niche (0.57) than adults (0.25), with a relatively low trophic overlap among them (0.39). Although we found differences in mouth width between juveniles and adults, we did not observe a corresponding ontogenetic shift in prey size consumption. We consider that P. labiosus is a generalist predator, consuming a wide range of prey types and sizes

A descrição de padrões, i.e., tendências ou arranjos não aleatórios em comunidades, possui um longo histórico em ecologia vegetal. Comumente, a estrutura e diversidade de comunidades vegetais são descritas a partir de sua distribuição em classes de tamanho (SDD), distribuição espacial (SSD) e de sua distribuição abundância de espécies (SAD). Isto porque há um pressuposto de que padrões existentes nestes descritores de comunidades são assinaturas de processos fundamentais na sua organização e funcionamento. Assim, a descrição de padrões é com frequência o primeiro passo para gerar ou testar hipóteses sobre esses processos que regulam a estrutura e diversidade de comunidades. Organizada em diferentes capítulos, esta tese teve como objetivo central descrever e comparar padrões em diferentes comunidades arbóreas Neotropicais, buscando gerar hipóteses sobre os processos que regulam sua organização e funcionamento. Para tanto, buscou-se utilizar uma abordagem de inferência baseada no ajuste e seleção de modelos, que foi realizado usando máxima verossimilhança estatística. Em todos os capítulos, os dados sobre as comunidades arbóreas são oriundos de diferentes parcelas florestais permanentes, quatro delas com 10,24 hectares, localizadas no Brasil, e outra com 50 hectares, localizada no Panamá. Além da introdução geral sobre os conceitos e técnicas utilizadas nesta tese (Capítulo 1), foram avaliados e comparados: (i) os descritores básicos da estrutura florestal (i.e. abundância, área basal e riqueza de espécies por sub-parcela - Capítulo 2); (ii) a SAD e como ela varia com o aumento da escala e tamanho amostral (Capítulo 3); (iii) a SDD e como ela se relaciona com a demografia das espécies (Capítulo 4.1 e 4.2); e, por fim, (iv) a SSD e como ela varia entre parcelas permanentes (Capítulo 5). Apenas a relação entre a SDD e a demografia das espécies foi realizada como os dados da parcela panamenha, enquanto que os demais capítulos se referem as quatro parcelas brasileiras. Cada capítulo utilizou métodos e modelos probabilísticos distintos para a descrição e comparação das variáveis de interesse. O Capítulo 2 mostrou que os descritores básicos florestais foram muito diferentes entre as quatro parcelas brasileiras. Estes descritores foram raramente normais nas escalas estudadas e as diferenças entre as parcelas foram mais evidentes quando a variância é considerada, fornecendo informações extras sobre os processos geradores de variabilidade dentro das parcelas. O Capítulo 3 mostrou que a mudança no formato da SAD com o aumento da escala é predominantemente um efeito indireto do tamanho da amostra. Assim, pode haver um efeito de escala, mas esse efeito é pequeno e parece depender do grau de similaridade de espécies entre amostras. No capítulo 4.1, foi necessária uma combinação de quatro diferentes distribuições de probabilidade para descrever a ampla gama de SDD, visto que os modelos candidatos raramente foram adequados para a maioria das espécies. No capítulo 4.2, verificou-se que o crescimento e recrutamento determinam o formato da SDD, o que não aconteceu com a mortalidade. No geral, curvas decrescentes de crescimento por diâmetro (i.e., maior crescimento juvenil) levaram à SDD menos íngremes, enquanto que taxas altas de recrutamento estiveram relacionadas à SDD mais íngremes. Apesar das previsões da teoria de equilíbrio demográfico terem apresentado relações positivas com as SDD observadas, houve muita variação, fazendo com que as previsões fossem pouco confiáveis. No capítulo 5, confirmou-se que a grande maioria das espécies se distribui de maneira agregada no espaço. No entanto, as parcelas apresentaram diferentes padrões de intensidade e tamanho de agregação. As diferenças nestes padrões entre parcelas foram, em geral, similares àquelas encontradas ao comparar populações de uma mesma espécie entre parcelas. Assim, as parcelas permanentes brasileiras apresentaram padrões bem distintos umas das outras, tanto em termos de estrutura quanto de diversidade de espécies, padrões estes que provavelmente foram determinados pelas condições ambientais as quais estas comunidades estão sujeitas. Diferentes padrões também foram encontrados em relação à distribuição espacial das espécies (i.e. frequência, intensidade e tamanho de agregação). Contudo, os resultados sugeriram que estes padrões estiveram mais ligados a heterogeneidade ambiental interna das parcelas do que com condições de clima e solo as quais estas comunidades estão sujeitas. Por outro lado, os padrões de distribuição espacial das espécies parecem ter influenciado os padrões de diversidade das comunidades. Não houve, entretanto, um número suficiente de parcelas sob as diferentes combinações de condições ambientais para testar estas sugestões ou para fazer generalizações para cada formação florestal, sendo necessário o confronto destas sugestões com outros estudos realizados em condições similares. Já na parcela panamenha, foi confirmada a expectativa teórica de que distribuições diamétricas refletem a demografia das espécies, em especial os padrões de crescimento e recrutamento. Mas, houve grande variação entre as espécies, dificultando a inferência precisa de padrões demográficos passados das espécies a partir de SDD atuais. Por fim, a abordagem analítica baseada no ajuste e seleção de modelos por máxima foi uma alternativa viável, flexível e apropriada, principalmente em relação à comparação simultânea de diferentes modelos e à busca de processos por trás dos padrões encontrados. Apesar de algumas limitações de cunho operacional, a abordagem baseado em modelos é uma alternativa adequada para a descrição de comunidades arbóreas, podendo ser utilizada de maneira consorciada com outras abordagens (e.g. testes de hipóteses) para descrever padrões e para gerar ou testar hipóteses sobre esses processos fundamentais que regulam a estrutura e diversidade destas comunidades. / Pattern description - search for trends or non-random arrangements in communities, has a long history in plant ecology. Commonly, the structure and diversity of plant communities are described based on their size class distribution (SDD), spatial distribution (SSD) and species abundance distribution (SAD). This is because there is an underlying assumption that the existing patterns in these community descriptors are signatures of key processes determining their organization and functioning. Thus, pattern description is often the first step to generate or test hypotheses about the processes governing community structure and diversity. Organized in different chapters, the main goal of this thesis was to describe and compare different patterns in Neotropical tree communities and to generate hypotheses about the processes that regulate them. To do so we used an approach based on model selection, which was performed using maximum likelihood. In all chapters the data on tree communities came from different permanent forest plots, four of them of 10.24 ha located in Brazil and another 50 ha located in Panama. In addition to the general introduction of key concepts and techniques used along the thesis (Chapter 1), it was evaluated and compared: (i) the basic forest descriptors (i.e. abundance, basal area and species richness per subplot - Chapter 2), (ii) the SAD and how it varies with increasing sample size and scale (Chapter 3), (iii) the SDD and how it relates to species demography (Chapter 4.1 and 4.2) and, finally, (iv) the SSD and how it varies between plots (Chapter 5). Only the relationship between SDD and species demography o was performed using the Panama plot data, while the remaining chapters relate the four Brazilian plots. Each chapter used different methods and probabilistic models for the description and comparison of the variables of interest. In Chapter 2, it was found that basic forest descriptors were very different between the four Brazilian plots. These descriptors were rarely normal at the studied scales and differences between plots were more evident when variance is accounted for, which seems to provide information on processes generating within-plot variability. Chapter 3 showed that the change in shape of the SAD due to increasing scale is predominantly an indirect effect of sample size. Thus, there may be an effect of the scale, but this effect is minor and seems to depend on the degree of species turnover between samples. In Chapter 4.1, it was shown that the combination of four different probability distributions was necessary to describe the wide range of SDD, since models were rarely appropriate for the majority of tree species. In Chapter 4.2, it was found that growth and recruitment, but not mortality, shape the SDD. On average, decreasing growth-diameter curves (i.e. higher juvenile growth) were associated to less steep SDD, whereas high recruitment rates were related to steeper SDD. Although the predictions of demographic equilibrium theory were positively related to the observed SDD, there was lots of variation, making predictions quite unreliable. In Chapter 5, it was confirmed that the great majority of species had clumped spatial distributions. However, the results of intensity and size of clumps showed that the patterns of aggregation were different among plots. Species shared between two plots generally showed patterns of spatial distribution that matched the patterns found for individual plots. Therefore, the Brazilian plots presented very distinct patterns, both in terms of structure and species diversity, which were most probably determined by the environmental conditions to which these communities are subjected. Different patterns among plots were also found in respect to species spatial distribution (i.e. frequency, intensity and size of aggregation). However, the results suggested that these patterns were more connected to within-plot environmental heterogeneity than with climate and soil conditions. On the other hand, the spatial distribution of the species seems to have influenced the patterns of diversity of communities. There was not, however, a sufficient number of plots under different combinations of environmental conditions to test these suggestions or to make generalizations for each forest type, being necessary to confront these suggestions with other studies conducted in similar conditions. In the Panamanian plot, it was confirmed the theoretical expectation that diameter distributions reflect the demographics of the species, in particular the patterns of growth and recruitment. But there was great variability among species, making it difficult to infer past demographic patterns from current SDD. Finally, the analytical approach based on model fit and selection by maximum likelihood was a viable, flexible and appropriate approach, particularly in respect to the simultaneous comparison of different models and to the search for mechanisms underlying patterns. Despite some more operational limitations, the model-based approach is an appropriate alternative for the description of tree communities and can be jointly used with other approaches (e.g. hypothesis testing) for pattern description and to generate and test hypotheses on the fundamental processes that determine the structure and diversity of these communities.