L'équation intégrale du champ électrique (EFIE) est très utilisée pour résoudre des problèmes de diffusion d'ondes électromagnétiques grâce à la méthode aux éléments de frontière (BEM). En domaine fréquentiel, les systèmes matriciels émergeant de la BEM souffrent, entre autres, de deux problèmes de mauvais conditionnement : l'augmentation du nombre d'inconnues et la diminution de la fréquence entrainent l'accroissement du nombre de conditionnement. En conséquence, les solveurs itératifs requièrent plus d'itérations pour converger vers la solution, voire ne convergent pas du tout. En domaine temporel, ces problèmes sont également présents, en plus de l'instabilité DC qui entraine une solution erronée en fin de simulation. La discrétisation en temps est obtenue grâce à une quadrature de convolution basée sur les méthodes de Runge-Kutta implicites.Dans cette thèse, diverses formulations d'équations intégrales utilisant notamment des conditions d'impédance aux frontières (IBC) sont étudiées et préconditionnées. Dans une première partie en domaine fréquentiel, l'IBC-EFIE est stabilisée pour les basses fréquences et les maillages denses grâce aux projecteurs quasi-Helmholtz et à un préconditionnement de type Calderón. Puis une nouvelle forme d'IBC est introduite, ce qui permet la construction d'un préconditionneur multiplicatif. Dans la seconde partie en domaine temporel, l'EFIE est d'abord régularisée pour le cas d'un conducteur électrique parfait (PEC), la rendant stable pour les pas de temps larges et immunisée à l'instabilité DC. Enfin, unerésolution efficace de l'IBC-EFIE est recherchée, avant de stabiliser l'équation pour les pas de temps larges et les maillages denses. / The Electric Field Integral Equation (EFIE) is widely used to solve wave scattering problems in electromagnetics using the Boundary Element Method (BEM). In frequency domain, the linear systems stemming from the BEM suffer, amongst others, from two ill-conditioning problems: the low frequency breakdown and the dense mesh breakdown. Consequently, the iterative solvers require more iterations to converge to the solution, or they do not converge at all in the worst cases. These breakdowns are also present in time domain, in addition to the DC instability which causes the solution to be completely wrong in the late time steps of the simulations. The time discretization is achieved using a convolution quadrature based on Implicit Runge-Kutta (IRK) methods, which yields a system that is solved by Marching-On-in-Time (MOT). In this thesis, several integral equations formulations, involving Impedance Boundary Conditions (IBC) for most of them, are derived and subsequently preconditioned. In a first part dedicated to the frequency domain, the IBC-EFIE is stabilized for the low frequency and dense meshes by leveraging the quasi-Helmholtz projectors and a Calderón-like preconditioning. Then, a new IBC is introduced to enable the development of a multiplicative preconditioner for the new IBC-EFIE. In the second part on time domain,the EFIE is regularized for the Perfect Electric Conductor (PEC) case, to make it stable in the large time step regime and immune to the DC instability. Finally, the solution of the time domain IBC-EFIE is investigated by developing an efficient solution scheme and by stabilizing the equation for large time steps and dense meshes.

Les contraintes liées au système de signes véhiculés par le comportement humain multiplient les difficultés face à toutes les formes d‘analyses, particulièrement celles qui se fondent sur l‘observation. Par exemple, les jeux sportifs peuvent, par leur richesse et leur complexité, restreindre le jugement de l‘observateur, notamment lorsqu‘il s‘agit d‘étudier des conduites et des prises de décisions motrices in situ, là où le pratiquant évolue dans un rapport consubstantiel avec son environnement. C‘est à ce niveau que les recherches en praxéologie proposent l‘analyse de la logique interne des situations ludosportives à travers une démarche systémique et structurale et une classification de pratiques sportives et ludomotrices en huit domaines d‘action motrice distincts. Les poutres maîtresses de ces domaines d‘action sont : la nature du rapport du sujet avec le milieu physique (milieu certain ou incertain) ainsi que la présence d‘interaction motrice liée à la présence d‘adversaires et/ou de partenaires. Nous avons mené une méta-analyse de trois domaines d‘action motrice au coeur desquels les sportifs pratiquent dans un milieu domestiqué, dont un domaine psychomoteur (agir en solo) et deux domaines sociomoteurs (agir contre des adversaires et agir avec des partenaires et des adversaires). Nous avons adopté une démarche méthodologique qui fait appel à l‘outil de modélisation électronique et numérique. Ce travail s‘articule autour de la science de l‘action motrice, des sciences de l‘Éducation, de la didactique des APS et des sciences de l‘ingénierie électronique et numérique. La problématique tente de mettre en évidence les effets potentiels d‘une pratique motrice régulière de trois domaines d‘action distincts sur les conduites et les prises de décision motrices. Autrement dit, chaque domaine d‘action motrice comprend des activités ludomotrices homogènes au regard de leurs traits de logique interne, influençant ainsi certains schémas d‘actions spécifiques sur la conduite motrice du pratiquant, propices au façonnage d‘habitus moteurs. Les investigations se construisent autour d‘un modèle expérimental spécifique appelé « B-percept® », modèle créé à partir d‘un jeu ludomoteur traditionnel, le « jeu des Quatre coins ». Ce système de mesures innovant et évolutif est utilisé pour évaluer et comparer les conduites de sportifs des trois domaines précités et de non-sportifs. Le protocole B-percept® mesure la vitesse de réaction simple et complexe, tant visuelle que sonore des pratiquants. Par ailleurs, outre les observations des sportifs agissants, nous avons proposé des tests de prédictions de score et d‘estime de soi (PSPP) et un entretien post-test avec les sujets, ceci afin de mieux appréhender et comprendre les conduites motrices exécutées. Les résultats obtenus ont montré qu‘une pratique sportive influencerait de manière positive le temps de réaction simple et complexe des sportifs par rapport aux non-pratiquants de sports. De surcroit, elle pourrait développer significativement leur sentiment d‘auto-efficacité, ce qui se traduirait par une meilleure capacité de prédiction des scores dans les tests B-percept®. Globalement, on relève aussi des résultats plus tranchés entre les domaines sociomoteur et psychomoteur, notamment dans la prise de décision au cours des situations complexes. Ces résultats ont été vérifiés à travers une méta-analyse par domaines, par algorithme moteur et par habitus moteurs. Fort de ces résultats, le modèle B-percept® pourra trouver des extensions dans le domaine de l‘enseignement en éducation physique et sportive, de l‘entrainement sportif et dans les centres de formation des élèves à besoins spécifiques. Dans le champ de l‘EPS, notre objectif est de contribuer à la réflexion et à la conception des contenus et de la programmation des activités physiques et sportives en ciblant, de façon pertinente et cohérente, les choix des situations motrices selon les domaines d‘action ludomotrice. / In sports and physical activities, gestures often carry an affective connotation. However the constraints due to their complexity when used in the communication process as signs system produced by human behavior could multiply difficulties on the of scientific analyses and studies. Thus, methods used to interpret the human movements and gestures have evolved in last decades, due to an increasing use of quantitative data. Nowadays researchers are working on decision-making by collecting behavioral significant information, especially during human-interactions in sports activities. Thus, since more than forty years, researches such as in motor praxeology analysis the internal logic of sports practices through systemic and structural analyses. Consequently a classification of sports activities was raised and gave eight different domains of motor action. These domains are based on the nature of physical environment (certain or uncertain environment), the attendance of opponents and/or partners. The aim of this thesis is to propose a systemic and structural methodological approach by comparing through a meta-analysis the impact of a regular sports practice in three different domains of motor activities on motor-behavior and decision-making. Our approach is built on an experimental model previously established by modeling the paradoxal game called the ―four corners game‖. Thus a smart wireless system for modeling visual and auditory searching behavior was conceived for measuring simple and complex reaction time. B-percept® helps as well to make observations, self-efficacy survey, test score-predictions and personal self-physical profile. This research allowed us to find relevant results. However, we need to be cautious about their generalization. Indeed, we have found that practicing sport positively influences the simple and complex reaction times and significantly increases self-efficacy of sports practitioners. Moreover, they could have a better ability to predict their scores at B-percept® tests. Meta-analysis through sports specialties and habitus were proceeded to improve results‘ analyzes, however, we still needing several investigations through future researches to propose a generalization of the equation model of B-percept®. In the near future, this experimental new model will be available for researchers in physical education and sports, teachers and coaches. It could also be proposed to training centers for students with special needs (handicap). We are looking forward helping to improve scholar programs made from sports activities as to be classified through the domain of actions.

Comment devrait être assurée, de façon efficiente, la protection des données à caractère personnel dans le domaine de la recherche scientifique ? Telle est la problématique de cette thèse. Question cruciale à l'heure où les traitements de données sont appelés à multiplier à l'avenir dans tous les domaines de recherche, et dont les finalités ne sont pas toujours clairement définies ni perçues. A cette question, l'application de la loi Informatique et Libertés, loi à vocation généraliste pour l'encadrement des traitements de données à caractère personnel, a laissé apparaître, dès son adoption, de nombreuses difficultés dans le domaine de la recherche scientifique. Diverses modifications et adaptations sont intervenues – 1986, 1994, 2004 – à l'aune desquelles, il fallait déterminer l'encadrement des traitements de données personnelles à des fins de recherche scientifique. De cette investigation, il résulte que la loi Informatique et Libertés pose les principes de base de la protection des données traitées dans le domaine de la recherche scientifique en prévoyant un encadrement a priori de la collecte des données et un suivi et un contrôle a posteriori de la mise en œuvre du traitement. L'encadrement a priori vise principalement à la garantie de la qualité scientifique des projets de recherches. Inhérent à la finalité scientifique du traitement des données, le suivi a posteriori tend, quant à lui, à garantir le respect de certaines règles comme la compatibilité des réutilisations des données, la présentation et l'utilisation des résultats de la recherche dans des conditions ne devant pas porter atteinte aux personnes. Parce que ne pouvant pas relever de la seule intervention du responsable du traitement, le suivi a posteriori se complète d'un contrôle a posteriori opéré autant par la personne concernée, la CNIL, les juridictions. Dans le domaine de la recherche scientifique, ces différents contrôles pourraient opportunément se compléter par une intervention de la communauté des chercheurs en question. Il s'agit de l'autorégulation. En définitive, une protection efficiente des données à caractère personnel résultera d'un système de régulation à plusieurs niveaux et acteurs dont chacun doit effectivement utiliser les moyens d'action qui lui sont reconnus. / How should the protection of personal data in scientific research be efficiently ensured ? This is the main question of this dissertation. Important issue at a time personal data processing are to be increased in the future in all scientific research fields, but whose aims are neither clearly defined nor always clearly perceived. To this question, the enforcement of data protection act which is a general law for the management of personal data processing has shown, since its adoption, many problems in scientific research. Many changes and adaptations have been made in 1986, 1994 and 2004, on the basis of which it was necessary to determine the management of personal data processing to scientific research purposes. This investigation reveals that data protection act lays the basic principles of the protection of personal data processed in scientific research by forecasting an a priori data gathering, a follow-up and an a posteriori control of the data processing implementation. The a priori management mainly aims at guaranteeing the scientific quality of research projects. As for the a posteriori follow-up which is inherent in scientific aim of data processing, its objective is to guarantee the enforcement of some rules such as the accountancy of data reuse, the presentation and the use of the research results in conditions that should not be harmful to people. As it cannot depend on the sole intervention of the responsible for the processing, the a posteriori follow-up is completed by an a posteriori control carried out by the affected person as well as the CNIL and the courts. In scientific research, these different controls could opportunely complement one another by an intervention of the community of researchers in question. This is self regulation. At the end, an efficient protection of personal data will result from a multiple step regulation system in which participants and everyone must actually use the means of actions which are acknowledged to them.

Le but de ce travail de thèse consiste à étudier les propriétés physico-chimiques des verres chalcogénures afin de pouvoir les utiliser comme membranes de capteurs chimiques destinés pour le dosage des ions Hg²⁺. Dans un premier temps, les propriétés macroscopiques des systèmes vitreux AgY-As₂S₃ (Y = Br, I), HgS-GeS₂, AgI-HgS-As₂S₃ et AgI-HgS-GeS₂, telles que les densités et les températures caractéristiques (Tg et Tc) ont été mesurées et analysées selon les compositions des verres. Puis, dans un second temps, les propriétés de transport ont été étudiés à l'aide de la spectroscopie d'impédance complexe d'une part, ou d'autre part, par des mesures de la résistivité. Ces dernières montrent que les verres de chalcogénures dopés à l'halogénure d'argent présentent deux différents régimes de transports au-dessus du seuil de percolation xc ≈ 30 ppm : (i) domaine de percolation critique, et (ii) domaine contrôlé par modificateur. Vient ensuite la troisième partie, elle consiste à déchiffrer les relations composition/structure/propriété grâce à plusieurs études structurales. Des mesures par spectroscopie Raman, par diffraction de neutrons et de rayons X haute énergie, par diffusion des neutrons sous petits angles (SANS), ainsi que des modélisations RMC/DFT et AMID ont été réalisées. Enfin, la dernière partie de ce travail était une étude préliminaire des caractéristiques des nouveaux capteurs chimiques. Il a été consacré à l'étude des relations entre la composition et la sensibilité des membranes ainsi qu'aux limites de détection qui les définissent. / The aim of the thesis is to study the physicochemical properties of the silver halide doped chalcogenide glasses for the possibility to use them as chemical sensors for quantitative analysis of Hg²⁺ ions. First, the macroscopic properties of AgY-As₂S₃ (Y = Br, I), HgS-GeS₂, AgI-HgS-As₂S₃ and AgI-HgS-GeS₂ glassy systems such as the densities and the characteristic temperatures (Tg and Tc) were measured and analyzed according to the glass compositions. Second, the transport properties were studied using complex impedance and dc conductivity. Measurements show that the silver halide doped chalcogenide glasses exhibit two drastically different ion transport regimes above the percolation threshold at xc ≈ 30 ppm : (i) critical percolation, and (ii) modifier-controlled regimes. Third, to unveil the composition/structure/property relationships, various structural studies were carried out. Raman spectroscopy, high-energy X-ray diffraction, neutron diffraction and small-angle neutron scattering experiments, together with RMC/DFT and AMID modelling were employed. Finally, the last part was a preliminary study of the characteristics of new chemical sensors. It was devoted to study the relationship between the membranes' composition and sensitivity but also detection limits.

Depuis une dizaine d’années, les personnes publiques prennent conscience du potentiel économique que représente leur "patrimoine immatériel". A l’analyse, celui-ci présente une grande diversité dans sa composition et comprend ainsi tout à la fois des éléments non appropriés et des éléments appropriés, qualifiables de "propriétés publiques immatérielles". Les personnes publiques doivent impérativement trouver un équilibre entre différents impératifs dans la valorisation qu’elles opèrent de leur "patrimoine immatériel". Elles doivent en effet pouvoir en tirer de nouvelles ressources financières en les exploitant tout en en assurant une protection adéquate. Les éléments non appropriés du "patrimoine immatériel" font souvent l’objet de régimes juridiques autonomes qui, dans l’ensemble, permettent aux personnes publiques d’en envisager une valorisation équilibrée. Quant aux propriétés publiques immatérielles, la démonstration se concentrera sur les difficultés rencontrées pour les faire bénéficier du régime de la domanialité – qu’elle soit publique ou privée –, puis sur les options envisageables pour mettre un place un régime juridique susceptible d’en assurer une valorisation optimale. / Over the past decade, public entities have become aware of the economic potential of their "intangible assets". Upon analysis, such assets are highly diversified and include both irrelevant and relevant items, which can be described as "intangible public properties". It is critical for public entities to achieve a balance between different constraints when promoting their "intangible assets". They must be able to generate new financial resources from such assets by exploiting them while ensuring its adequate protection. Irrelevant elements usually included in the "intangible assets" are often subject to autonomous legal regimes which, taken altogether, allow public entities to contemplate a balanced valuation. As for intangible public properties, the analysis will focus on the challenges faced while incorporating them into the domain regime - whether public or private - and then on the available options to implement a legal regime capable of ensuring an optimal valuation.

La domanialité des biens de l'administration publique à l'épreuve des régimes fonciers traditionnels pose le problème de la situation juridique du domaine au Mali. Il s'agit de donner la photographie des biens de l'administration publique ainsi que leur évolution par rapport aux régimes fonciers coutumiers. Cette étude passe naturellement par un aperçu historique des biens de l'Etat et des collectivités territoriales. Nous aborderons en même temps la situation juridique des biens au sens traditionnel de l'expression. Il sera notamment question de l'étude des biens pendant la période précoloniale, coloniale et postcoloniale. Avant la colonisation,le domaine tel que connu aujourd'hui n'existait pas et le mode de détention des biens était collectif. On ne parlait pas de domaine mais bien plutôt de propriété collective. Aussi, ce ne sont pas les lois qui ont établi les modes de tenure traditionnelle mais plutôt les principes quazi religieux. Les biens qui constituent aujourd'hui le domaine de l'Etat et des collectivités locales appartenaient, non pas aux hommes mais aux divinités. Ils étaient la propriété de la collectivité et étaient gérés le chef de terre ou le Dji tigui (propriétaire de l'eau). Ces derniers étaient les dépositaires d'une partie de la souveraineté divine et en même temps les délégués des puissances supérieures. Plus qu'ils ne les possédaient, la terre et l'eau étaient les propriétaires du chef de terre net du Dji tigui. Leurs obligations étaient dictées par les croyances ancestrales amoindries certes par le temps et les interprétations partisanes. Ces biens n'étaient pas dans le commerce juridique, ils étaient inaliénables. La propriété individuelle existait certes, mais elle n'était pas très repandue. Elle ne concernait ni la terre ni les cours d'eau. Cette propriété individuelle au sens du code civil ne pouvait concerner que certains biens biens mobiliers à l'exception de ceux qui constituaient la fortune mobilière indispensable des collectivités indigènes. A l'entame de la colonisation, l'Etat colonial décidait, non sans opposition, de mettre en place le système expérimenté en Australie du Sud par les anglais à savoir l'Act Torrens. Les indigènes avaient leur propre régime juridique et ne voulaient aucune bouleversements de leurs habitudes millénaires. Mais, dans la perspective de développer l'agriculture et l'industrie dans la nouvelle possession française, il importait d'introduire dans l'arsenal juridique de la colonie le principe de domanialité des biens. Pour ce faire, l'administrationdevait jouer toute sa partition. En conséquence, elle devait avoir les moyens de sa politique par la constitution, en premier lieu, d'un domaine public et privé. Cette constitution de domaine passait forcément par des spoliations de biens appartenant aux collectivités autochtones. A l'accession du pays à l'indépendance, la problématique est restée entière. Les textes coloniaux ont continué à régir le domaine jusqu'à l'adoption d'un code domanial et foncier en 1986. Les droits coutumiers désormais reconnus et magnifiés à la faveur de la valorisation des traditions séculaires contestent la primauté du droit écrit. Ce dernier reconnaît, qu'avant son avènement, les rapports juridiques et économiques entre individus et groupements d'individus étaient bien organisés. C'est d'ailleurs pourquoi le colonisateur n'a pas entendu faire table rase des coutumes précoloniales encore moins les nouvelles autorités. Pour autant, des problèmes de constitution et de gestion ont persisté. De nos jours encore, de nombreuses difficultés demeurent par rapport à la gestion du domaine qu'il soit public ou privé, qu'il appartienne à l'Etat ou aux collectivités territoriales. / The state ownership of assets of public administration to the test traditional land tenure raises the question of the legal situation of the area in Mali. This is to give the photograph the property of the government and their evolution in relation to customary land tenure. This study course with a historical overview of state assets and local authorities. We will discuss together the legal status of goods in the traditional sense of the term. The tropics adressed include the study of the property during the precolonial, colonial and postcolonial. Before colonization, the area as known today did not exist and the mode of holding property was collective. They spoke not domain but rather of collective awnership. Also, these are not laws that established the traditional tenure bur rather quasi-religious principles. The goods, which are now the domain of state and local government, belonged not to men but to the gods. They were owned by the community and were managed either by the land chief or dji tigui (owner of the water). Thes were the custodians of a part of God's sovereignty and at the same time delegates from higher powers. More than they possessed them, earth and water were the owners of the land chief and dji tigui. Their bonds were dictated by the ancestral beliefs certainly diminished bye time and biased interpretations. Thes goods were not in the lega trade, they were inalienable. Individualownership was true, but it was not widespresd. It did not concern either the land or waterways. This individual property within the meaning of the french Civil Code could only relate to certain personal property except those who were truly essential property of indigenous community. At the start of colonization, the colonial state decided, not without opposition, to implement the experimenced en South Australia by the English to know the Torrens Act. Indeed, the natives had their own legal system and did not want any disruption in their habits millennia. But, in view of developing agriculture and industry in the french possession, it was important to introduce into the legal arsenal of the colony the principle of state ownership of property. To do this, government should play itd full score. Consequently, it must be adequate means of its policy by establisheing, first, a public and private domain.This domain constitution necessarily spent by the spoliations of property belonging to indigenous communities. At the country attained independence, the problem remained large. The colonial tested continued to govern the field until the adoption of a code Land Law in 1986. Customary rignts recognized and magnified now thanks to the recovery of ancient traditions challenge the rule of written law. The latter recognizes that before his accession, economic and legal relationships between individuals and groups of individuals were well organized. This is why the colonizers did not intend to make a clean sweep of pre-colonial customs let alone the new authorithies. However, problems of formation and management persisted. Even today, many challenges remain in relation to the management domain whether public or private, whether owned by the state or local authorithies.

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Les travaux de thèse présentés dans ce manuscrit portent sur l’étude d’électrodes de silicium, matériau prometteur pour remplacer le graphite en tant que matériau actif d’électrode négative pour accumulateur Li-ion. Les mécanismes de (dé)lithiation du silicium sont d’abord étudiés, par Spectroscopie des Electrons Auger (AES). En utilisant cette technique de caractérisation de surface, qui permet d’analyser les particules individuellement dans leur environnement d’électrode, nos résultats montrent que la première lithiation du silicium s’effectue selon un mécanisme biphasé cr-Si / a-Li3,1Si tandis que les processus de (dé)lithiation suivants apparaissent complètement différents et sont du type solution solide. Ces mécanismes d’insertion / désinsertion du lithium conduisent à des variations volumiques importantes des particules de matériau actif lors du cyclage, à l’origine d’une détérioration rapide des performances électrochimiques. En combinant plusieurs techniques de caractérisation, les mécanismes de dégradation d’une électrode de silicium sont étudiés au cours du vieillissement. En utilisant en particulier la spectroscopie d’impédance électrochimique et des analyses par porosimétrie mercure, une véritable dynamique de la porosité de l’électrode est mise en évidence lors du cyclage. Un modèle de dégradation, mettant en cause principalement l’instabilité de la Solid Electrolyte Interphase (SEI) à la surface des particules de silicium, est proposé. Pour tenter de stabiliser cette couche de passivation et ainsi améliorer les performances électrochimiques des électrodes de silicium, l’influence de deux paramètres est étudiée : l’électrolyte et le « domaine de lithiation » du silicium, ce dernier paramètre étant associé à l’évolution de la composition du matériau actif lors du cyclage. A l’issue de ces travaux, des performances prometteuses sont obtenues pour des accumulateurs Li-ion comprenant une électrode de silicium. / The work presented here focuses on electrodes made of silicon, a promising material to replace graphite as an anode active material for Li-ion Batteries (LIBs). The first part of the manuscript is dedicated to the study of silicon (de)lithiation mechanisms by Auger Electron Spectroscopy (AES). By using this technique of surface characterization, which allows investigating individual particles in their electrode environment, our results show that the first silicon lithiation occurs through a two-phase region mechanism cr-Si / a-Li3,1Si, whereas the following (de)lithiation steps are solid solution type process. Upon (de)alloying with lithium, silicon particles undergo huge volume variations leading to a quick capacity fading. By combining several techniques of characterization, the failure mechanisms of a silicon electrode are studied during aging. In particular, by using electrochemical impedance spectroscopy and mercury porosimetry analyses, an impressive dynamic upon cycling of the electrode porosity is shown. A model, which mainly attributes the capacity fading to the Solid Electrolyte Interphase instability at the silicon particles surface, is proposed. To try to stabilize this passivation layer and thus improve silicon electrodes electrochemical performances, the influence of two parameters is studied: the electrolyte and the “lithiation domain” of silicon; the latter is associated with the evolution of the active material composition upon cycling. Finally, by using these last results, promising performances are obtained for silicon electrode containing LIBs.

Cette thèse présente: 1) le développement d'une nouvelle approche pour trouver des associations directes entre des paires d'éléments liés indirectement à travers diverses caractéristiques communes, 2) l'utilisation de cette approche pour associer directement des fonctions biologiques aux domaines protéiques (ECDomainMiner et GODomainMiner) et pour découvrir des interactions domaine-domaine, et enfin 3) l'extension de cette approche pour annoter de manière complète à partir des domaines les structures et les séquences des protéines. Au total, 20 728 et 20 318 associations EC-Pfam et GO-Pfam non redondantes ont été découvertes, avec des F-mesures de plus de 0,95 par rapport à un ensemble de référence Gold Standard extrait d'une source d'associations connues (InterPro). Par rapport à environ 1500 associations déterminées manuellement dans InterPro, ECDomainMiner et GODomainMiner produisent une augmentation de 13 fois le nombre d'associations EC-Pfam et GO-Pfam disponibles. Ces associations domaine-fonction sont ensuite utilisées pour annoter des milliers de structures de protéines et des millions de séquences de protéines pour lesquelles leur composition de domaine est connue mais qui manquent actuellement d'annotations fonctionnelles. En utilisant des associations de domaines ayant acquis des annotations fonctionnelles inférées, et en tenant compte des informations de taxonomie, des milliers de règles d'annotation ont été générées automatiquement. Ensuite, ces règles ont été utilisées pour annoter des séquences de protéines dans la base de données TrEMBL / This thesis presents: 1) the development of a novel approach to find direct associations between pairs of elements linked indirectly through various common features, 2) the use of this approach to directly associate biological functions to protein domains (ECDomainMiner and GODomainMiner), and to discover domain-domain interactions, and finally 3) the extension of this approach to comprehensively annotate protein structures and sequences. ECDomainMiner and GODomainMiner are two applications to discover new associations between EC Numbers and GO terms to protein domains, respectively. They find a total of 20,728 and 20,318 non-redundant EC-Pfam and GO-Pfam associations, respectively, with F-measures of more than 0.95 with respect to a “Gold Standard” test set extracted from InterPro. Compared to around 1500 manually curated associations in InterPro, ECDomainMiner and GODomainMiner infer a 13-fold increase in the number of available EC-Pfam and GO-Pfam associations. These function-domain associations are then used to annotate thousands of protein structures and millions of protein sequences for which their domain composition is known but that currently lack experimental functional annotations. Using inferred function-domain associations and considering taxonomy information, thousands of annotation rules have automatically been generated. Then, these rules have been utilized to annotate millions of protein sequences in the TrEMBL database

Cette étude intéresse la région du Haut-Chablais/Faucigny, à l ' arrière du massif allochtone des Préalpes du Chablais . A. TROIS ENSEMBLES D'ORIGINES PALEOGEOGRAPHIQUES DIFFERENTES SONT DISTINGUES. 1°- un ensemble delphino-helvétique Issu d 'un bassin sédimentaire en position externe, à sédimentation relativement calme, cet ensemble comprend des terrains allant du Trias à l'Oligocène moyen - supérieur. Ses séries terminales, à partir de l'Urgonien , sont seules évoquées ici : elles sont remarquables en particulier par leurs séries gréseuses de l'Oligocène inférieur (grès du Val d'Illiez et de Taveyannaz) et par l 'existence d'un olistostrome sommital à matériel ultra qui a livré une nannoflore de l' Oligocène moyen. Cet ensemble comprend en fait trois unités structurales superposées - l'unité des Dents du Midi, à grès du Val d ' Illiez (prolongation de la nappe de Morcles), reposant sur l'autochtone des Aiguilles Rouges (et sur sa "Molasse rouge" oligocène) ; - l'unité de Sixt-Haut Giffre, à grès de Taveyannaz (parallèlisable avec la nappe des Diablerets, en particulier du point de vue de ses séries cénozoïques) ; - à ces deux unités vient se superposer l'"olistostrome décollé" ,représentant la partie sommitale de la série delphino- helvétique interne arrachée et entraînée par l'avancée de nappes supérieures (nappe de la Brèche ... ). 2°- la nappe de la Brèche Dotée d'une puissante série sédimentaire riche en niveaux bréchiques et détritiques, allant du Norien au Priabonien , cette nappe présente des affinités sédimentaires avec les domaines subbriançonnais et briançonnais comme avec le domaine piémontais. Son domaine paléogéographique originel est sans doute une zone charnière sur la marge européenne de la Téthys : on le qualifie généralement de "Prépiémontais". 3°- la nappe des Gets Cette dernière unité, considérée comme la plus élevée des Préalpes, appartient à l'ensemble des "Préalpes supérieures". Elle n'a pas de série sédimentaire à proprement parler : c 'est un olistostrome comprenant des lambeaux de séries très internes (liguro- piémontaises : nappes de la Simme et des Dranses... , ligures de type "Apennin septentrional", lombarde ... ) ainsi que des débris de série ophiolitique (gabbros, pillow-lavas, brèches diabasiques hématitiques... ) et de roches cristallines acides (granite ... ). La matrice de cet olistostrome n'a pu être datée avec certitude: tout au plus peut - on remarquer qu'elle doit être post-campanienne (une nannoflore campanienne y a été trouvée) . La structuration de cet olistostrome peut être placée : - soit au cours du Crétacé supérieur: il s'agit alors d'une structuration in situ, dans le domaine liguro-piémontais ; - soit plus tardivement: un âge priabonien étant avancé. Il s'agit alors de la formation d'un olistostrome accompagnant la marche des nappes internes. B. DU POINT DE VUE STRUCTURAL, La reglon a été affectée par plusieurs phases tectoniques se superposant dans Le temps : 1°- au Priabonien-Ologocène inférieur, une phase à mécanisme gravitaire est responsable de la mise en place de la nappe des Gêts sur l'unité de la Brèche encore en position prépiémontaise . 2°- A l'Oligocène supérieur, une phase tangentielle majeure au cours de laquelle s'est structuré le domaine delphino- helvétique et mis en place l'essentiel des Préalpes. En fait, deux mécanismes se succèdent durant cette phase : - le premier s 'effectue de manière souple, par voie humide, l 'avancée des nappes s'accompagnant de la formation d'un olistostrome Oligocène moyen à supérieur ; - le second s' effectue à sec, l'avancée final des unités charriées du Chablais se faisant par cisaillements plats sur coussins de cargneules. 3° -Au Mio-Pliocène, une phase tardive de "wrench-faulting" lors de laquelle des accidents décrochants à composante globale sénestre hachent la région. Ceux- ci se relaient par l'intermédiaire de petits chevauchements qui débitent le massif en écailles . 4° -Au Plio-Quaternaire, une phase finale de bombements transverses à large rayon de courbure détermine de larges synclinaux (tel la cuvette des Gêts) et anticlinaux de nappes largement entaillés par l'érosion (cluse des Gêts) et anticlinaux de nappes largement entaillés par l'érosion (cluse du Rhône valaisan).