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Desfechos clínicos em neutropenia febrilRosa, Regis Goulart January 2015 (has links)
Neutropenia febril (NF) constitui complicação frequente do tratamento quimioterápico do câncer e está associada a altas taxas de morbimortalidade. O reconhecimento dos principais fatores associados ao desenvolvimento de desfechos clínicos desfavoráveis na NF é fundamental, uma vez que estes podem ser utilizados como marcadores prognósticos ou alvos terapêuticos. Este estudo objetiva determinar os principais fatores associados com mortalidade, tempo de hospitalização, incidência de bacteremia por patógenos multirresistentes e incidência de choque séptico no início da febre em pacientes hospitalizados com NF secundária à quimioterapia citotóxica para o câncer. Na presente coorte prospectiva composta por 305 episódios consecutivos de NF (em 169 pacientes com câncer) realizada em um hospital terciário no período de outubro de 2009 a agosto de 2011, as seguintes questões de pesquisa foram avaliadas: impacto do tempo de início da antibioticoterapia na mortalidade em 28 dias; fatores relacionados com tempo de hospitalização; impacto dos fatores microbiológicos da bacteremia no desenvolvimento de choque séptico no início do episódio de NF; fatores de risco para bacteremia por patógenos multirresistentes; impacto da bacteremia por Staphylococcus coagulase-negativo na mortalidade em 28 dias. Em 5 publicações distintas, os seguintes resultados foram notados: o atraso do início da antibioticoterapia está associado a maiores taxas de mortalidade em 28 dias; neoplasia hematológica, regimes quimioterápicos de altas doses, duração da neutropenia e bacteremia por Gram-negativos multirresistentes estão associados com períodos prolongados de internação por NF; infecção de corrente sanguínea polimicrobiana, bacteremia por Escherichia coli e bacteremia por Streptococcus viridans estão associados a choque séptico no início do episódio de NF; idade avançada, duração da neutropenia e presença de cateter venoso central estão associados com bacteremia por patógenos multirresistentes; bacteremia por Staphylococcus coagulase-negativo está associada a menores taxas de mortalidade em 28 dias quando comparado à bacteremia por outros patógenos. / Febrile neutropenia (FN) is a common complication of cancer chemotherapy and is associated with high morbidity and mortality rates. Recognition of the main factors associated with the development of adverse clinical outcomes in FN is crucial, given that these factors can be used as prognostic markers or therapeutic targets. This study aims to determine the main factors associated with mortality, length of hospital stay, incidence of bacteremia by multidrug-resistant pathogens and incidence of septic shock at the onset of fever in hospitalized patients with FN secondary to cancer cytotoxic chemotherapy. In the present prospective cohort of 305 FN episodes (in 169 cancer patients) conducted at a tertiary hospital from October 2009 to August 2011, the following research questions were evaluated: impact of time to antibiotic administration on 28-day mortality; factors associated with length of hospital stay; impact of microbiological factors of bacteremia on the development of septic shock at the onset of FN; risk factors for bacteremia by multidrug-resistant pathogens; impact of coagulasenegative Staphylococcus bacteremia on 28-day mortality. In 5 distinct publications, the following results were noted: delay of antibiotic administration is associated with higher 28-day mortality rates; hematologic malignancy, high-dose chemotherapy regimens, duration of neutropenia and bacteremia by multidrug-resistant Gram-negative bacteria are associated with prolonged length of hospital stay; polymicrobial bloodstream infection, bacteremia by Escherichia coli, and bacteremia by viridans sreptococci are associated with septic shock at the onset of FN; advanced age, duration of neutropenia and presence of indwelling central venous catheters are associated with bacteremia by multidrug-resistant pathogens; coagulase-negative Staphylococcus bacteremia is associated with lower 28-day mortality rates compared with bacteremia by other pathogens.
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Caracterização molecular dos mecanismos de resistência aos carbapenêmicos de isolados clínicos de Enterobacter aerogenes e Enterobacter cloacae / Molecular characterization of mechanisms of resistance to carbapenems in clinical isolates of Enterobacter aerogenes and Enterobacter cloacaeJuliana Ferraz Rosa 26 October 2015 (has links)
INTRODUÇÃO: Nas últimas três décadas E. aerogenes e E. cloacae vem sendo reportado como importante patógeno de infecção relacionada a assistência à saúde e vem cada vez mais apresentando resistência a vários antibióticos incluindo os carbapenêmicos. Poucos estudos, entretanto, avaliaram os mecanismos de resistência aos carbapenêmicos em espécies de Enterobacter no Mundo e no Brasil. OBJETIVO: Avaliar a presença de genes codificadores de carbapenemases, genes de ?- lactamases de espectro estendido e de bomba de fluxo AcrAB-TolC e alteração de proteínas de membrana externa de 44 isolados de E. aerogenes e 8 isolados de E. cloacae resistentes aos carbapenêmicos de 03 hospitais brasileiros. MATERIAL E MÉTODOS: Para determinar a Concentração Inibitória Mínima (CIM), foi realizado o teste de microdiluição em caldo, com os antibióticos: Imipenem, Meropenem, Ertapenem, Cefepima, Tigeciclina e Polimixina B e para Fosfomicina foi realizado o teste de diluição em ágar, segundo CLSI. Foi realizado PCR para identificar os genes codificadores de Serino Beta-lactamase da Classe A de Ambler (blaKPC, blaIMI e blaGES), de Metalo-beta-lactamase da Classe B de Ambler (bla IMP, blaVIM, blaGIM, blaSIM, blaSPM e blaNDM), de Oxacilinases da Classe D de Ambler (bla OXA-48), as ESBL (blaTEM, blaCTX e blaSHV) e da bomba de efluxo AcrAB-TolC. A tipagem molecular foi feita pela técnica de PFGE, as proteínas de membrana externa pelo método de SDS-PAGE e a atividade da bomba de efluxo por meio da determinação da CIM dos carbapenêmicos com e sem inibidor Carbonyl cyanide mchlorophenylhydrazone (CCCP). RESULTADOS: No período de 2005 a 2011, foram analisados, 130 isolados de Enterobacter spp, 105 (80,8%) dos isolados foram identificados como Enterobacter aerogenes, destes 44 (41,9%) apresentaram resistência ao Imipenem, Ertapenem ou Meropenem e 25 (19,2%) foram identificados como Enterobacter cloacae, destes 8 (32,0%) apresentaram resistência aos carbapenêmicos. Os isolados de E. aerogenes apresentaram CIMs que variaram de 2 a 128ug/mL para Imipenem, 4 a 64ug/mL para Meropenem e para Ertapenem 1 a >=128 ug/mL e os isolados de E. cloacae apresentaram CIMS que variaram de 8 a 64?g/mL para Imipenem, 2 a 16ug/mL para Meropenem e 8 a 64 ug/mL para Ertapenem. Todos isolados foram sensíveis a Fosfomicina, Polimixina B e Tigeciclina. A única carbapenemase identificada foi KPC, que estava presente em ambos isolados e em todos hospitais estudados. Os 39 isolados de E. aerogenes apresentaram 5 clones diferentes, sendo o clone A predominante. Os 5 isolados de E. aerogenes do Hospital de Itapecerica da Serra pertenciam ao mesmo clone. Os 8 isolados de E. cloacae apresentaram 2 clones diferentes. E a maioria dos isolados analisados apresentarou mecanismos de resistência aos carbapenêmicos como: gene blaKPC associado com o gene blaTEM e/ou blaCTX, associado com diminuição ou ausência de proteína 35-36kDa e 39 kDa. CONCLUSÃO: Em nosso estudo foi observado alta resistência aos carbapenêmicos nos isolados de E. aerogenes e E. cloacae nos 3 hospitais estudados. Os mecanismos observados que contribuíram para a resistência aos carbapenêmicos foram: a presença de KPC, ESBL e impermeabilidade da membrana para os isolados de E. aerogenes e para os isolados de E. cloacae foi observado também como mecanismo o gene da bomba de efluxo AcrART. Para os isolados de E. aerogenes, não foi observado o gene da bomba de efluxo, mas todos isolados analisados apresentaram atividade da bomba de efluxo para os carbapenêmicos, possivelmente nos indicando a presença de outra bomba de efluxo ainda não identificada / INTRODUCTION: In the last three decades, E. aerogenes and E. cloacae have been reported as important opportunistic pathogens in humans. They have been showing an increase resistance to multiple antibiotics including carbapenem. Few studies, however, evaluated the mechanisms of resistance to carbapenem in Enterobacter species in the world and in Brazil. OBJECTIVES: To evaluate the presence of genes encoding carbapenemases, genes of beta- lactamases of extended spectrum and AcrAB TolC- efflux pump and amendment of outer membrane proteins of 44 isolates of E. aerogenes and 8 isolates of E. cloacae carbapenems resistant of 03 Brazilian hospitals. METHODS: To determine the minimum inhibitory concentration (MIC), microdilution broth test was performed for the followings antibiotics: Imipenem, Meropenem, Ertapenem, Cefepima, Tigecycline and Polymyxin B and agar dilution for Fosfomycin, according to CLSI. PCR was performed to identify the genes encoding Serino Beta-lactamase Class A Ambler (blaKPC, blaIMI and blaGES) of Metallo-beta-lactamase Class B Ambler (blaIMP, blaVIM, bla GIM, blaSIM, blaSPM and blaNDM) of Oxacilinases Class D Ambler (blaOXA-48), the ESBL (blaTEM, blaSHV and blaCTX) and efflux pump AcrAB-TolC. Molecular typing was performed by PFGE, outer membrane proteins by SDS-PAGE method and the activity of the efflux pump by carbapenem´s MIC by agar diluition with and without inhibitor Carbonyl cyanide m-chlorophenylhydrazone (CCCP). RESULTS: In the period from 2005 to 2011, 130 isolates of Enterobacter spp were analyzed, 105 (80.8%) isolates were identified as Enterobacter aerogenes, of these 44 (41.9%) were resistant to Imipenem, Meropenem or Ertapenem and 25 (19.2%) were identified as Enterobacter cloacae, and 8 (32.0%) showed resistance to carbapenems. The isolated E. aerogenes presented MIC ranging from 2 to 128?g /ml for Imipenem, 4 to 64ug /ml for Meropenem and Ertapenem 1 to >= 128 mg /mL. E. cloacae isolated showed MIC ranged from 8 to 64ug / ml for Imipenem, 2 to 16ug / ml for Meropenem and 8 to 64 mg / mL to Ertapenem. All isolates were susceptible to fosfomycin, polymyxin B and tigecycline. The only carbapenemase identified was KPC, which was present in both isolated and in all hospitals studied. The 39 isolates of E. aerogenes presented five different clones, the clone A being predominant. The five isolates of E. aerogenes in the Hospital of Itapecerica da Serra belong to same clone. Eight isolates of E. cloacae showed two different clones. Most of the isolates analyzed showed resistance mechanisms to carbapenems like: blaKPC gene associated with blaTEM gene and / or blaCTX associated with a decreased or absent protein 35- 36kDa and 39 kDa. CONCLUSION: In our study, we observed high carbapenem resistance in isolates of E. aerogenes and E. cloacae in the three studied hospitals. The observed mechanisms that contributed to resistance to carbapenems were: the presence of KPC, ESBL and impermeability of the membrane in E. aerogenes and in E. cloacae isolates. E. cloacae presented also that gene of the efflux pump AcrART. Among E. aerogenes, the gene wasn´t observed, but all isolates analyzed demonstrated active efflux pump to carbapenems possibly indicating the presence of other efflux pump still unidentified
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Desfechos clínicos em neutropenia febrilRosa, Regis Goulart January 2015 (has links)
Neutropenia febril (NF) constitui complicação frequente do tratamento quimioterápico do câncer e está associada a altas taxas de morbimortalidade. O reconhecimento dos principais fatores associados ao desenvolvimento de desfechos clínicos desfavoráveis na NF é fundamental, uma vez que estes podem ser utilizados como marcadores prognósticos ou alvos terapêuticos. Este estudo objetiva determinar os principais fatores associados com mortalidade, tempo de hospitalização, incidência de bacteremia por patógenos multirresistentes e incidência de choque séptico no início da febre em pacientes hospitalizados com NF secundária à quimioterapia citotóxica para o câncer. Na presente coorte prospectiva composta por 305 episódios consecutivos de NF (em 169 pacientes com câncer) realizada em um hospital terciário no período de outubro de 2009 a agosto de 2011, as seguintes questões de pesquisa foram avaliadas: impacto do tempo de início da antibioticoterapia na mortalidade em 28 dias; fatores relacionados com tempo de hospitalização; impacto dos fatores microbiológicos da bacteremia no desenvolvimento de choque séptico no início do episódio de NF; fatores de risco para bacteremia por patógenos multirresistentes; impacto da bacteremia por Staphylococcus coagulase-negativo na mortalidade em 28 dias. Em 5 publicações distintas, os seguintes resultados foram notados: o atraso do início da antibioticoterapia está associado a maiores taxas de mortalidade em 28 dias; neoplasia hematológica, regimes quimioterápicos de altas doses, duração da neutropenia e bacteremia por Gram-negativos multirresistentes estão associados com períodos prolongados de internação por NF; infecção de corrente sanguínea polimicrobiana, bacteremia por Escherichia coli e bacteremia por Streptococcus viridans estão associados a choque séptico no início do episódio de NF; idade avançada, duração da neutropenia e presença de cateter venoso central estão associados com bacteremia por patógenos multirresistentes; bacteremia por Staphylococcus coagulase-negativo está associada a menores taxas de mortalidade em 28 dias quando comparado à bacteremia por outros patógenos. / Febrile neutropenia (FN) is a common complication of cancer chemotherapy and is associated with high morbidity and mortality rates. Recognition of the main factors associated with the development of adverse clinical outcomes in FN is crucial, given that these factors can be used as prognostic markers or therapeutic targets. This study aims to determine the main factors associated with mortality, length of hospital stay, incidence of bacteremia by multidrug-resistant pathogens and incidence of septic shock at the onset of fever in hospitalized patients with FN secondary to cancer cytotoxic chemotherapy. In the present prospective cohort of 305 FN episodes (in 169 cancer patients) conducted at a tertiary hospital from October 2009 to August 2011, the following research questions were evaluated: impact of time to antibiotic administration on 28-day mortality; factors associated with length of hospital stay; impact of microbiological factors of bacteremia on the development of septic shock at the onset of FN; risk factors for bacteremia by multidrug-resistant pathogens; impact of coagulasenegative Staphylococcus bacteremia on 28-day mortality. In 5 distinct publications, the following results were noted: delay of antibiotic administration is associated with higher 28-day mortality rates; hematologic malignancy, high-dose chemotherapy regimens, duration of neutropenia and bacteremia by multidrug-resistant Gram-negative bacteria are associated with prolonged length of hospital stay; polymicrobial bloodstream infection, bacteremia by Escherichia coli, and bacteremia by viridans sreptococci are associated with septic shock at the onset of FN; advanced age, duration of neutropenia and presence of indwelling central venous catheters are associated with bacteremia by multidrug-resistant pathogens; coagulase-negative Staphylococcus bacteremia is associated with lower 28-day mortality rates compared with bacteremia by other pathogens.
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Caracterização de betalactamases de espectro ampliado e KPC em Enterobacter cloacae e Enterobacter aerogenes isoladas de casos de infecções relacionadas aos cuidados com a saúde em pacientes atendidos em hospitais da cidade de São / Characterization of extended spectrum beta-lactamases and KPC in Enterobacter cloacae and Enterobacter aerogenes cultivated from cases of healthcare-associated infections in patients from hospitals in the city of São PauloJorge Luiz Mello Sampaio 30 August 2011 (has links)
INTRODUÇÃO: O tratamento das infecções relacionadas à assistência à saúde, causadas por enterobactérias, representa um desafio crescente, em função do aumento da prevalência de resistência aos betalactâmicos, em particular às cefalosporinas de terceira e quarta gerações e carbapenêmicos. Os mecanismos de resistência mais relevantes a essas classes de antimicrobianos, em enterobactérias, é a produção de betalactamases de espectro ampliado e carbapenemases. Os objetivos do estudo foram: (1) determinar a frequência e caracterizar betalactamases de espectro ampliado (ESBL); (2) determinar a frequência e caracterizar o gene blaKPC-2; (3) avaliar a relação clonal entre isolados produtores de ESBL ou KPC, uma coleção de isolados do gênero Enterobacter cultivadas de casos de infecções relacionadas aos cuidados com a saúde diagnosticadas em pacientes atendidos em hospitais da cidade de São Paulo. MÉTODOS: Foram estudadas 141 isolados do gênero Enterobacter quanto à produção de ESBL pelo método de Jarlier e colaboradores, concentrações inibitórias mínimas para cefotaxima, cefepima e ceftazidima pelo método da diluição em ágar, halo de inibição para ertapenem pelo método de Kirby-Bauer e presença de genes que codificam ESBL ou KPC, por PCR. RESULTADOS: A frequência de isolados produtores de ESBL, quando utilizado o método de Jarlier e colaboradores foi de 22,7%. Os genes que codificam cefotaximases foram detectados em 34,4% dos isolados com teste fenotípico positivo para ESBL, e houve predomínio do grupo da CTX-M-8, enquanto os genes que codificam variantes SHV foram detectados em 18,7% dos produtores de ESBL. Os genes blaTEM-1 e blaOXA-1 foram detectados em 62,5%; 12,5% dos isolados com teste fenotípico positivo para ESBL, mas não são ESBLs. Não houve detecção do gene que codifica a enzima BES-1 na amostragem. O gene blaKPC-2 foi detectado em três dos 15 isolados produtores de ESBL e resistentes ao ertapenem. Os perfis obtidos por ERIC-PCR sugerem a disseminação de um clone de E. aerogenes entre instituições hospitalares. CONCLUSÕES: Os determinantes genéticos de ESBLs predominantes na amostragem analisada são derivados de blaCTX-M. A presença de grupos clonais em instituições hospitalares distintas, evidencia disseminação entre hospitais. A presença de KPC em Enterobacter é reportada pela primeira vez em São Paulo / INTRODUCTION: The treatment of healthcare associated infections caused by enterobacteria represents a growing challenge due to the increasing prevalence of beta-lactam resistance, particularly to third and fourth generations cephalosporins and carbapenems. The main mechanisms of resistance to these antimicrobial classes are the production of extended spectrum beta-lactamases and carbapenemases. The objectives of this study were: (1) determine the frequency and characterize extended spectrum beta-lactamases; (2) determine the frequency and characterize blaKPC; (3) evaluate the clonal relation among ESBL or KPC producers, in a collection of Enterobacter isolates cultivated from cases of healthcare associated infections in patients from hospitals located in the city of São Paulo. METHODS: A total of 141 Enterobacter isolates were studied concerning ESBL production using the method from Jarlier and colleagues, minimum inhibitory concentrations for cefotaxime, ceftazidime and cefepime by agar dilution method, inhibition zone for ertapenem by by Kirby-Bauer method and the presence of genes coding for ESBLs or KPCs, by PCR. RESULTS: The frequency of ESBL producers using Jarlier´s method was 22.7%. Genes coding for cefotaximases were detected in 34.4% of isolates with a positive test for ESBl and CTX-M-8 group was predominant, but blaSHV variants were also detected in 18.7% of the ESBL producres. blaTEM-1, and blaOXA-1 genes were detected in 62.5%; 12.5% of all isolates with a positive phenotypic test for ESBL, but there are not ESBLs. The blaKPC-2 gene was detected in three among 15 ESBL producers that were also resistant to ertapenem. ERIC-PCR profiles suggest the dissemination of an E. aerogenes clone among hospitals. CONCLUSIONS: The predominant ESBL determinants in the sample analyzed derive from blaCTX-M. The presence of the same clonal groups in different hospitals indicates inter-hospital dissemination. The presence of KPC producing Enterobacter is reported for the first time in São Paulo
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Estudo do perfil de resistência de bactérias Gram-negativas em infecções urinárias de origem comunitária : influência da legislação atuante no controle de venda de antimicrobianos / Gram-negative bacterial resistance in community acquired urinary tract infections : influence of an active control law for the sale of antimibrobialsMattos, Karen Prado Herzer, 1985- 12 November 2014 (has links)
Orientadores: Patrícia Moriel, Carlos Emílio Levy / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-26T14:28:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2014 / Resumo: As Infecções de Trato Urinário (ITUs) são definidas como colonizações microbianas com invasão tecidual de qualquer parte do trato urinário, desde a uretra até os rins, considerada a doença infecciosa extra intestinal de origem comunitária mais comum em todo mundo. As ITUs em sua maioria são causadas por bactérias Gram-negativas, sendo a Escherichia coli o micro-organismo invasor mais comum, isolado em cerca de 80% a 90% das infecções agudas de origem comunitária. Neste início de terceiro milênio, a resistência bacteriana é um dos desafios globais de saúde pública a ser enfrentado e sabe-se que, a intensidade de exposição ao antimicrobiano é um importante parâmetro relacionado à seleção e à manutenção de bactérias resistentes. Em 2010 o Brasil vivia uma situação na qual estavam sendo observados vários focos de infecções hospitalares causadas por micro-organismos multirresistentes como a Klebsiella pneumoniae produtoras de carbapenemase (KPC). Em função do preocupante cenário, em 2010 foi implantada a Resolução da Diretoria Colegiada (RDC) nº 44 da Agência Nacional de Vigilância Sanitária (ANVISA) que possui, dentre outros objetivos, a diminuição da resistência bacteriana aos antimicrobianos. Objetivo: Estudar o perfil de resistência de bactérias Gram-negativas relacionadas às ITUs de origem comunitária e analisar a influência da legislação atuante no controle de venda de antimicrobianos. Métodos: População de pacientes de demanda espontânea aos hospitais da Universidade Estadual de Campinas entre 2009 e 2013 com hipótese-diagnóstica de ITU de origem comunitária, de ambos os sexos, independente de raça e idade. As amostras de urina dos pacientes foram encaminhadas ao Laboratório de Microbiologia Clínica da instituição e foram incluídas no estudo as uroculturas com resultado positivo para os agentes etiológicos Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae e Proteus mirabilis. Os antimicrobianos foram agrupados em 5 classes: Aminoglicosídeos, Fluorquinolonas, Sulfonamidas, Beta-lactâmicos e Nitrofurano . Foi realizada análise estatística descritiva e o nível de significância adotado foi de 5%. Resultados e discussão: Os dados demográficos demonstraram prevalência média de 75% de ITU's em mulheres. A idade média dos casos de ITU foi de 40 ± 1,8 anos. A E. coli foi o patógeno mais frequente (83%) nos exames de urocultura para casos de ITU. O relatório estatístico não apontou diferenças significantes entre a variação dos percentuais de resistência bacteriana para E. coli e P. mirabilis, além de não apontar uma tendência linear. Apenas a K. pneumoniae apresentou resultado estatístico significante na análise geral quando foi observado aumento das taxas de resistência e tendência linear crescente. A E. coli apresentou queda do percentual de resistência bacteriana e tendência linear decrescente com relação às fluorquinolonas. Estudo de 2013 da Universidade de São Paulo analisou o consumo extra hospitalar de antimicrobianos e observou queda de 7% do consumo geral, além de queda de 28% da venda de norfloxacino, o que suporta nossos resultados. Conclusão: Sugere-se que a RDC nº 44/2010 influenciou na queda das taxas de resistência bacteriana entre a classe das fluorquinolonas, principalmente o ciprofloxacino, para ITU¿s de origem comunitária / Abstract: Introduction: Community-acquired urinary tract infections (UTIs) are extra intestinal infectious diseases, causing microbial colonization and tissue invasion in the urinary tract. Gram-negative bacteria, especially Escherichia coli, are the most common invasive microorganisms causing UTIs; they are isolated in 80%¿90% of acute infections of community origin. Bacterial resistance is currently a global public health challenge. The intensity of bacterial exposure to antimicrobials is an important parameter affecting the selection and maintenance of resistant bacteria. In 2010, Brazil witnessed several outbreaks of nosocomial infections caused by multidrug-resistant microorganisms such as Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC). Collegiate Board Resolution (CBR) no. 44 was introduced by the National Health Surveillance Agency with the goal of reducing bacterial resistance to antimicrobials. Objectives: To study the resistance profile of gram-negative bacteria causing community-acquired UTIs and to analyze the influence of the legislation promoting active control of the sale of antimicrobials. Methods: Patients of different gender, ethnicity, and age, admitted at the State University of Campinas Hospital between 2009 and 2013, with a diagnosis of suspected community-acquired UTI were included in the study Patients with urine cultures positive for Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, and Proteus mirabilis were included in the study. The antimicrobial classes used were aminoglycosides, fluoroquinolones, sulfonamides, beta-lactams, and nitrofuran. Descriptive statistical analysis was performed, and the level of significance was set at 5%. Results and Discussion: Demographic data showed the average prevalence of UTIs among women to be 75%. The average age of the affected individuals was 40 ± 1.8 years. E. coli was the most common pathogen (83%) detected in urine culture tests for UTI cases. The percentage of variation of bacterial resistance was not significant between E. coli and P. mirabilis and did not indicate a linear trend. Only K. pneumoniae showed a statistically significant result in the overall analysis, showing increasing rates of resistance and an increasing linear trend. E. coli demonstrated a decrease in the percentage of bacterial resistance and a decreasing linear trend in fluoroquinolone resistance. The 2013 study from the University of Sao Paulo discussed the extra-hospital antimicrobial consumption, and observed a 7% decline in overall consumption and a 28% decline in the sale of norfloxacin, which supports our results. Conclusion: It is suggested that CBR nº 44/2010 influenced the decline in the rate of bacterial resistance towards fluoroquinolones, especially ciprofloxacinin community-acquired UTIs / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestra em Ciências Médicas
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Fenotipske i genotipske karakteristike makrolid rezistentnog Streptococcus pneumoniae / Phenotypic and genotypic characterization of macrolide resistant Streptococcus pneumoniaeHadnađev Mirjana 24 July 2015 (has links)
<p><em>Streptococcus pneumoniae</em> (pneumokok) je jedan od vodećih uzroka morbiditeta i mortaliteta širom sveta, kada su u pitanju infektivne bolesti. Pretežno izaziva infekcije gornjih respiratornih puteva (sinuzitis, otitis) i konjunktivitis. Vodeći je uzročnih vanbolničkih pneumonija, bakterijskog meningitisa i sepse. Lekovi izbora u terapiji pneumokoknih bolesti su beta laktamski antibiotici i makrolidi. Iako se makrolidni antibiotici uveliko koriste u lečenju pneumokoknih infekcija širom sveta, porast rezistencije na makrolide bi mogao da kompromituje njihovu upotrebu. Rezistencija pneumokoka na makrolide je posredovana putem dva glavna mehanizma: modifikacija ciljnog mesta delovanja leka i aktivni efluks leka. Metilaciju 23S ribozomalne ribonukleinske kiseline (rRNK) obavlja enzim metilaza, čiju sintezu kodira<em> ermB</em> gen. Kod ovog tipa rezistencije dolazi do ukrštene rezistencije na makrolide (M), linkozamide (L) i streptogramine B (Sb). Ovakav vid rezistencije se ispoljava kao MLS<sub>b</sub> - fenotip i karakteriše ga visok nivo rezistencije. Može se javiti kao konstitutivni (cMLS) i inducibilni (iMLS). Drugi mehanizam rezistencije na makrolide je aktivni efluks leka, kodiran od strane <em>mefA</em> gena. Efluks antibiotik a determiniše rezistenciju samo na 14-člane i 15-člane makrolide, bez ukrštene rezistencije. Ispoljava se kao M-fenotip, a karakteriše ga niži stepen rezistencije. Cilj ove studije je bio da se odredi u čestalost makrolidne rezistencije <em>Streptococcus pneumoniae</em> među invazivnim i neinvazivnim izolatima kod dece i odraslih, da se odrediti u čestalost korezistencije i multiple rezistencije kod makrolid rezistentnih sojeva <em>Streptococcus pneumoniae</em>, da se fenotipski odredi tip rezistencije na makrolide i da se ispita genska osnova makrolidne rezistencije (detektovati prisustvo <em>ermB</em> i <em>mefA</em> gena). Analizirani su podaci o 326 sojeva <em>Streptococcus pneumoniae</em> rezistentnih na makrolide (MRSP) sakupljenih širom Srbije u periodu od januara 2010. do decembra 2012. godine. Sakupljeni MRSP izolati su transportovani u Nacionalnu referentnu laboratoriju za streptokok radi daljih ispitivanja. Identifikacija je vršena na osnovu mikroskopskih, kulturelnih i biohemijskih osobina. Konzervacija je vršena u moždano-srčanom bujonu sa 10% sadržajem glicerola na -80°C. Dvostruki disk difuzioni test, kombinovani difuzion odilucioni test i automatizovani VITEK 2 sistem su korišćeni za određivanje fenotipova rezistencije na makrolide. Geni koji kodiraju rezistenciju na makrolide su detektovani PCR metodom. Ukupna rezistencija sojeva <em>S.pneumoniae</em> na makrolide u Srbiji je iznosila 34%. Sojevi <em>S.pneumoniae</em> rezistentni na makrolide su češće bili izolovani kod dece (36%) u odnosu na odrasle (29%) osobe, i češće su izolovani iz neinvazivnih (35,5%) u odnosu na invazivne (27,4%) materijale. Dominantan fenotip rezistencije na makrolide je bio MLS<sub>b</sub> fenotip (78,5%). Konstitutivan MLS fenotip je bio zastupljen kod 73,9%, a inducibilan MLS kod 4,6% MRSP izolata. Potvrđena je udruženost <em>mefA</em> gena i M fenotipa; <em>ermB</em> gena i iMLS fenotipa, kao i <em>ermB</em> gena i cMLS fenotipa. Prisustvo oba ermB i mefA gena rezistencije je potvrđeno kod 43,9 % izolata. Svi izolati sa koji su imali oba gena rezistencije su ispoljili MLS<sub>b</sub> fenotip. Istovremena neosetljivost na penicilin je bila zastupljena kod 16% MRSP sojeva. Visok nivo rezistencije na penicilin je imalo svega 5,8% MRSP izolata. Među MRSP sojevima je bio prisutan visok nivo rezistencije na tetraciklin (81,3%) i trimetoprim-sulfametoksazol (74,3%). Multirezistenti sojevi, koji su bili rezistentni na tetracikline i trimetoprim-sulfametoksazol su predstavljali dve trećine (66,1%) MRSP izolata. Zastupljenost udružene rezistencije MRSP na tetraciklin i trimetoprim-sulfametoksazol je bila veća kod sojeva sa MLS fenotipom (73,1%) u odnosu na sojeve sa M fenotipom (36,7%). Zastupljenost istovremene rezistencije na makrolide i druge antibiotike među kojima su penicilin, amoksicilin, cefotaksim, tetraciklin, trimetoprim-sulfametoksazol, kao i multirezistentnih sojeva je bila veća kod pedijatrijskih izolata pneumokoka u odnosu na sojeve dobijene kod odraslih. U čestalost istovremene rezistencije na makrolide i druge antibiotike među kojima su tetraciklin i ofloksacin je bila više prisutna među neinvazivnim u odnosu na invazivne MRSP izolate. Invazivni MRSP izolati iz likvora su pokazivali veću rezistenciju na beta laktamske antibiotike u odnosu neinvazivne sojeve. MRSP sojevi su pokazali veoma visok nivo osetljivosti na levofloksacin (99,6), telitromicin (98,4%), cefotaksim (93,5%), i mipenem (97,3%). MRSP sojevi su u potpunosti bili osetljivi na vankomicin, linezolid, moksifloksacin, sparfloksacin, rifampicin i pristinamicin. Među invazivnim sojevima <em>S.pneumoniae</em> rezistentnim na makrolide je nađeno 12 različitih serotipova. Polovina izolata je pripadala serotipovima 19F (25%) i 14 (23%), dok su sledeći po učestalosti bili 6A (10,4%) i 23F (8,3%). Istovremena rezistencija na makrolide, penicilin, tetracikline i trimetoprim-sulfametoksazol je nađena kod serotipova 19F, 14 i 23F, dok su serotpovi 12F i 31 bili neosetljivi samo na makrolide. Naše istraživanje predstavlja prvu detaljnu analizu fenotipskih i genotipskih osobina sojeva pneumokoka rezistentnih na makrolidne antibiotike u Srbiji. Dobijeni rezultati ukazuju na potrebu za aktivnim nadzorom nad pneumokoknim infekcijama u Srbiji.</p> / <p><em>Streptococcus pneumoniae</em> (pneumococcus) is one of the leading morbidity and mortality causes all over the world with respect to infectious diseases. <em>Streptococcus pneumoniae</em> is a leading cause of upper respiratory tract infections ( sinusitis, otitis) and conjunctivitis. It is also the most common cause of community-acquired pneumonia, bacterial meningitis and sepsis. Beta lactam and macrolide antibiotics remained a first choice for empirical treatment of pneumococcal infections. Although macrolides are widely used for treatment of pneumococcal infections, an increase in macrolide resistance might compromise their use. Pneumococcal macrolide resistance is mediated by two major mechanisms: target site modification and active drug efflux. Methylation of the 23S ribosomal ribonucleic acid (rRNA) is performed by the enzyme methylase, encoded by the<em> ermB </em>gene. Modification of ribosomal targets leads to cross-resistance to macrolides (M), lincosamides (L) and streptogramins B (Sb). It is expressed as the MLS<sub>b</sub> –phenotype, which confers a high-level resistance. This phenotype can be either constitutively (cMLS) or inducibly (iMLS). expressed. Another macrolide resistance mechanism is the active drug efflux, encoded by the <em>mefA </em> gene. The drug efflux confers resistance to 14- and 15-membered macrolides only, with no cross-resistance. It is expressed as the M-phenotype, which confers low-level resistance. The objective of this study was : 1) to examine the prevalence of macrolide resistant <em>Streptococcus pneumoniae </em>(MRSP) among invasive and noninvasive isolates in children and adults, 2) to examine the prevalence of coresistance and multiple-resistance among MRSP strains, 3) to examine the prevalence of macrolide resistant phenotypes, and 4) to examine the prevalence of macrolide resistant genotypes (detect the presence of the <em>ermB</em> and <em>mefA</em> gene). A total of 326 MRSP strains were analyzed, which were collecte dall over Serbia in the period from January, 2010 - December, 2012. The collected MRSP isolates were referred to the National Reference Laboratory for streptococci and pneumococci for further investigation. Identification based on microscopic, culture and biochemical features of the isolates. Conservation was performed in the brain-heart infusion broth with a 10% glycerol content at -80°C. Macrolide resistance phenotypes were determined by a double disc diffusion test, combine d diffusion-dilution test and automatized VITEK 2 system. Macrolide resistance genes were determined by PCR. Overall, macrolide nonsusceptibility rate in Serbia was 34%. MRSP isolates were more prevale nt among children (36%) than adults (29%), and were more prevalent among noninvasive (35.5%) than invasive (27.4%) samples. Predominant macrolide resistance phenotype was the MLS b phenotype (78.5%), from which 73.9 % belonged to cMLS and 4.6% to iMLS phenotype. All the strains assigne d to the MLS<sub>b</sub> phenotype harbored<em> ermB</em> gene, while all the strains with M phenotype had the mefA gene. The presence of both ermB and mefA resistance genes was confirmed in 43.9 % of isolates. All the isolates which harbored both resistance genes expressed the MLS<sub>b</sub> phenotype. Among macrolide resistant strains, penicillin nonsusceptiblility was observed in 16% . A high level resistance was confirmed in 5. 8% of MRSP isolates. MRSP strains showed high resistance rates to tetracyclin (81.3%) and trimethoprim-sulfamethoxazole (74.3%). Multiresistant strains, resistant to tetracyclines and trimethoprim-sulfamethoxazole, made two thirds (66.1 %) of MRSP isolates. Among MRSP, co-resistance to tetracycline and trimethoprim-sulfamethoxazole was more prevalent among MLS phenotypes (73.1%) than M phenotypes (36.7%). Co-resistance strains to macrolides and other antibiotics including penicillin, amoxicillin, cefotaxime, tetracyclin, trimethoprim-sulfamethoxazole and multiresistant strains were more prevalent among children than adult. Coresistance to macrolides and other antibiotics including tetracycline and ofloxacin was more prevalent among noninvasive than invasive strains. Invasive MRSP isolates from the cerebrospinal fluid showed a higher resistance rate to beta lactam antibiotics than noninvasive strains. MRSP strains had a high susceptibility rates to levofloxacin (99.6), telithromycin (98.4%), cefotak sime (93.5%) and imipenem (97.3%). MRSP strains were fully susceptible to vancomycin, linezolid, moxifloxacin, sparfloxacin, rifampicin a nd pristinamycin. Among macrolide resistant <em>S.pneumoniae</em> strains, 12 different serotypes were identified. One half of these isolates belonged to the 19F (27.1%) and 14 (22. 9%) serotype, followed in frequency by the 6A (10.41%) and 23F (8.3%) serotype . Multiresistant strains (macrolides, penicillin, tetracyclines and trimethoprim-sulfamethoxazole) belonged to serotypes 19F, 14 and 23F, while the 12F and 31 serotype were resistant to macrolides only. This in vestigation represents the first detailed analysis of phenotypes and genotypes of macrolide resistant pneumococcal strains in Serbia. The obtained results suggest the need for an active surveillance of pneumococcal infections in Serbia.</p>
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Caracterização molecular de isolados de Staphylococcus aureus resistentes à meticilina (MRSA) obtidos de colonização e infecção de pacientes hepatopatas e transplantados hepáticos / Molecular characterization of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolates obtained from colonized and infected patients with liver diseases and liver transplantedvan der Heijden, Inneke Marie 30 October 2014 (has links)
MRSA é um importante agente de colonização e infecção em pacientes hepatopatas e transplantados de fígado. Este estudo tem como objetivo avaliar a clonalidade e a virulência de isolados MRSA de pacientes hepatopatas atendidos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. De agosto de 2010 a janeiro de 2012, foram coletados swabs nasais e inguinais de 190 pacientes (126 pré-transplante e 64 de pós-transplante). Isolados de MRSA foram identificados fenotipicamente e foi realizada detecção de genes de virulência, caracterização do tipo de SCCmec, análise de polimorfismo genômico por PFGE e técnica de microarranjo. Além disso, determinou-se a CIM para dez antimicrobianos pelo método de microdiluição em caldo. MRSA foi detectado em 20% dos pacientes pelo método de cultura e em 82% por PCRs. Apenas três pacientes colonizados desenvolveram infecção após o transplante. Entre os 69 isolados de MRSA, 42,0% (29/69) apresentaram SCCmec tipo II, 20,3% (14/69) SCCmec tipo I, 20,3% (14/69) SCCmec tipo III, 13,0% (9/69) SCCmec tipo IVa, 2,9% (2/69) SCCmec tipo IV e 1,5% (1/69) SCCmec tipo V. O gene tst foi detectado em 5,8% (4/69) dos isolados MRSA e todos eles foram definidos como SCCmec tipo I. Outros genes identificados por PCR foram: lukD (89,9%; 62/69), lukE (89,9%; 62/69), clf (91,3%; 63/69) e fnbA (89,9%; 62/69). A análise por PFGE dos 69 isolados mostrou a presença de um clone predominante chamado cluster A em 36,2% (25/69) e este cluster apresentou 84,6% de similaridade com o clone NewYork/Japan (BK2464). O dendrograma demonstrou também a presença de um cluster relacionado com BEC (Clone Endêmico Brasileiro) HSJ216. Atualmente o tipo de SCCmec mais prevalente em nosso hospital é o tipo II. Neste estudo, observou-se a presença de isolados virulentos tanto em pacientes hepatopatas como em pacientes transplantados. Nossos resultados mostraram que o clone predominante (cluster A) apresentou diferentes genes de virulência (genes fnbA, clf e lukD-lukE) e foi resistente a pelo menos seis diferentes drogas, além de ser caracterizado como HA-MRSA SCCmec tipo II. Em conclusão, a técnica de microarranjo permite a genotipagem e detecção de genes estafilocócicos clinicamente relevantes, e pode, na maioria dos casos, ser utilizada como uma importante ferramenta para a triagem da virulência e resistência a antimicrobianos em isolados de MRSA / MRSA is an important agent of colonization and infection in patients with liver disease and liver transplant. This study aims to evaluate clonality and virulence of MRSA isolates from liver diseases patients treated at Hospital of Clinics Faculty of Medicine from University of Sao Paulo. From August 2010 to January 2012, we collected nasal and groin swabs from 190 patients (126 pre-liver and 64 post-liver). MRSA isolates were identified phenotypically and the detection of virulence genes, characterization of SCCmec type, microarray and genomic polymorphism analysis by PFGE were done. In addition, it was determined the MIC for ten antibiotics by broth microdillution method. MRSA was detected in 20% patients by culture method and 82% by PCR. Only three patients colonized developed infection post-transplantation. Among the 69 MRSA isolates, 42.0% (29/69) had type II SCCmec, 20.3% (14/69) SCCmec type I, 20.3% (14/69) SCCmec type III, 13.0% (9/69) SCCmec type IVa, 2.9% (2/69) SCCmec type IV and 1.5% (1/69) SCCmec type V. The tst gene was detected in 5.8% (4/69) of MRSA isolates and all of them were defined as SCCmec type I. Other genes were identified by PCR: lukD (89.9%; 62/69), lukE (89.9%; 62/69), clf (91.3%; 63/69) and fnbA (89.9%; 62/69). The PFGE analysis of 69 isolates showed the presence of a predominant cluster named cluster A in 36.2% (25/69) and this cluster had 84.6% similarity with New York/Japan clone (BK2464). Dendrogram also demonstrated presence of one cluster related with BEC (Brazilian Endemic Clone) HSJ216. Currently the most prevalent SCCmec type in our hospital is type II. In this study, we observed virulent isolates in pre and post-transplantation patients. Our results showed that the predominant clone (cluster A) had different virulence genes (genes fnbA, clf and lukD-lukE) and was resistant to at least six different drugs, in addition to being characterized as HA-MRSA SCCmec type II. In conclusion, microarray profiling allows genotyping and detection of clinically relevant staphylococcal genes, and can, in most cases, be used as an important tool to screening virulence and antibiotic resistance genes in MRSA isolates
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Staphylococcus spp. em úlceras venosas na perspectiva clínica e microbiológica / Staphylococcus spp. in venous ulcers ont he clinical and microbiological perspectiveMARTINS, Marlene Andrade 05 April 2012 (has links)
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Previous issue date: 2012-04-05 / INTRODUCTION: In recent years, there has been the emergence of multidrug-resistant strains from patients seen in primary lesions with venous ulcers. OBJECTIVES: To determine the frequency and susceptibility profile of Staphylococcus sp.; verify the prevalence of methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and minimum inhibitory concentration (MIC) of isolates; detect MLSB resistance in Staphylococcus sp. isolated from venous ulcers; describe the frequency of clinical signs and symptoms indicative of infection of venous ulcers (2005); identify the clinical stage of infection, to determine the relationship between clinical signs and symptoms of infection and culture results found for Staphylococcus sp. METHODS: Were evaluated 69 people with 98 ulcers in the period of October/09 to October/2010. The isolates resistant to cefoxitin and/or oxacillin (disk diffusion) were subjected to confirmatory test for detection of MIC, using tapes of oxacillin (E-test ®). The phenotypic detection of the inducible resistance to the MLSB group was performed by the D-test. The clinical signs and symptoms were investigated in accordance with criteria established by the document Identifying criteria for wound infection (EWMA, 2005). Were used the software Statistics Package for Social Sciences for Windows ® (SPSS 17.0) for data processing. For association analysis were used the Chi-square or Fisher's exact tests, adopting a significance level of 5% (α = 0.05). Legal ethical aspects have been respected. RESULTS: The prevalence of S. aureus was 83% and 15% of CoNS. Were identified 28% of MRSA and 47% MRCoNS. Among S. aureus, 69.6% were resistant to erythromycin, 69.6% to clindamycin, 69.6% to gentamicin and 100% to ciprofloxacin. 74% of MRSA showed high level resistance to oxacillin, MIC ≥ 256 μg/mL, and in 65.2% predominated MLSBc constitutive resistance. Of the two MRSA isolates with sensibility to clindamycin, just one was positive for D-test. Signs and symptoms of infection more frequent were: discoloration of the wound and increase the volume of exudate. The stage III of infection was identified in 70 (71.4%) ulcers. An association among friable granulation tissue and cultures positive for Staphylococcus sp. (P = 0.004) and increase the local temperature of the skin and multiresistant Staphylococcus (p = 0.002). CONCLUSIONS: Staphylococcus sp. multidrug-resistant were isolates of venous ulcers in people treated in primary care. The results confirm that the MRSA isolates, beyond resistance to beta-lactams, also exhibit cross-resistance to other antimicrobials such as clindamycin, erythromycin, ciprofloxacin, and gentamicin. Remain a challenge to find indicators of infection for venous ulcers / INTRODUÇÃO: Nos últimos anos, tem sido observada a ocorrência de cepas multirresistentes provenientes de pacientes atendidos na atenção primária com lesões de etiologia venosa. OBJETIVOS: Determinar nos isolados de úlceras venosas a frequência e o perfil de suscetibilidade de Staphylococcus spp. aos antimicrobianos e, assim determinar a concentração inibitória mínima (MIC); detectar a resistência MLSB e correlacionar a positividade das culturas com os sinais e sintomas clássicos de infecção. Adiciona-se a classificação do estágio clínico de infecção das úlceras segundo critérios de EWMA, 2005. MÉTODOS: Foram avaliadas 69 pessoas com 98 úlceras no período de outubro/09 a outubro/2010. Os isolados resistentes a cefoxitina e/ou oxacilina (disco-difusão) foram submetidos ao teste confirmatório para detecção da CIM, empregando fitas de oxacilina (E-test®). Realizou-se a detecção fenotípica da resistência induzível ao grupo MLSB por meio do D-test. Utilizou-se o software Statistics Package for the Social Sciences for Windows® (SPSS 17.0), para processamento dos dados. A análise de associação envolveu os testes Qui-quadrado ou Exato de Fisher s, adotando-se o nível de significância de 5% (α=0,05). Aspectos éticos legais foram atendidos. RESULTADOS: A prevalência de S. aureus foi de 83% e de 15% de CoNS. Identificou-se 28% de MRSA e 47% de MRCoNS. Entre o S. aureus, 69,6% apresentaram resistência a eritromicina, 69,6% a clindamicina, 69,6% a gentamicina e 100% a ciprofloxacina. 74% dos MRSA apresentaram elevado nível de resistência a oxacilina, MIC ≥ 256 μg/mL, e em 65,2% predominou a resistência constitutiva MLSBc. Dentre os dois isolados MRSA com sensibilidade à clindamicina, apenas um foi positivo para o D-teste. Os sinais e sintomas de infecção mais frequentes foram: descoloração do leito da lesão e aumento do volume do exsudato. O estágio III de infecção representou 70 (71,4%) das úlceras. Verificou-se associação entre tecido de granulação friável e culturas positivas para Staphylococcus spp. (p=0,004) e, aumento da temperatura local da pele com a ocorrência de Staphylococcus multirresistentes (p=0,002). CONCLUSÕES: Staphylococcus multirresistentes foram isolados de úlceras venosas em pessoas atendidas na atenção primária. Os resultados apresentados confirmam que os isolados MRSA, além da resistência aos beta-lactâmicos, também apresentam resistência cruzada a outros antimicrobianos. Cabe a preocupação com o aumento dessa resistência microbiana o que exige além da vigilância epidemiológica, também a priorização das políticas publicas em saúde por meio de programas efetivos de prevenção e controle. Ainda, permanece o desafio acerca dos indicadores de infecção para as úlceras venosas.
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Enterococci in Swedish intensive care units : studies on epidemiology, mechanisms of antibiotic resistance and virulence factors /Hällgren, Anita, January 2005 (has links) (PDF)
Diss. (sammanfattning) Linköping : Linköpings universitet, 2005. / Härtill 5 uppsatser.
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Surveillance of antibiotic consumption and antibiotic resistance in Swedish intensive care units /Erlandsson, Marcus, January 2007 (has links) (PDF)
Diss. Linköping : Linköpings universitet, 2007.
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