Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciencias Agrarias / Made available in DSpace on 2016-01-08T16:35:50Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 1990 / Um total de 175 amostras de pescado e produtos do mar foram analisados quanto à presença de Escherichia coli e Staphylococcus aureus. As metodologias recomendadas oela apha e speck para o isolamento de E. coli foram comparadas e 317 cepas desta espécie testadas quanto a capacidade de produção de toxina ST e LT. Apenas uma cepa (0,32%) apresentou resultado positivo para a toxina ST. Foi verificado também a capacidade de produção de toxina em 109 cepas de S. aureus isoladas a partir das amostras, sendo uma amostra produtora de toxina D, quatro de toxina A e quatro de toxina AB.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2013-06-25T19:45:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 305452.pdf: 813250 bytes, checksum: a9e250eae236169fb2aefeb1e98fc252 (MD5) / Poli-hidroxialcanoatos (PHAs) são uma família de polímeros biodegradáveis que muitos micro-organismos são capazes de sintetizar, sendo os mesmos considerados uma alternativa futura aos plásticos convencionais. O Poli(3-hidroxibutirato) (P(3HB)) é o PHA mais estudado. Técnicas de engenharia genética vem sendo desenvolvidas em Escherichia coli, um micro-organismo naturalmente não produtor de PHAs, para se estabelecerem processos de produção microbiana através das técnicas de DNA recombinante. Porém, antes de se submeterem determinadas linhagens a essas técnicas, é necessário que estas estejam bem caracterizadas. Desta forma, estudaram-se linhagens de E. coli, JM101 e DH5a, com os genes para a biossíntese de P(3HB) de C. necator, utilizando glicose como fonte de carbono. Para a linhagem DH5a as velocidades específicas máximas de crescimento foram de 0,79 h-1, para a cepa selvagem, e 0,21 h-1 para a recombinante. Os fatores de conversão de substrato em células foram de 0,32 e 0,20 (g.g-1), os fatores de conversão de oxigênio em células foram de 3,94 e 1,65 (g.g-1) e as velocidades específicas de consumo de oxigênio para manutenção celular foram 52,59 e 25,72 (g.g-1.h-1) para E.coli DH5a selvagem e recombinante, respectivamente. Os níveis de acúmulo de P(3HB) em E. coli DH5a alcançaram valores em torno de 56 %, com produtividade máxima de 0,23 g.L-1.h-1. Para a linhagem JM101 as velocidades específicas máximas de crescimento foram de 0,91 h-1 para a cepa selvagem e 0,72 h-1 para a recombinante. E. coli JM101 apresentou duas fases distintas de consumo de açúcares redutores. Assim, os fatores de conversão de substrato em células observados na primeira fase foram de 7,55 e 1,32 (g.g-1) e na segunda fase foram de 0,069 e 0,072 (g.g-1), os fatores de conversão de oxigênio em células foram de 2,95 e 2,85 (g.g-1) e as velocidades específicas de consumo de oxigênio para manutenção celular foram 55,23 e 58,89 (g.g-1.h-1) para E.coli JM101 selvagem e recombinante, respectivamente. Os níveis de acúmulo de P(3HB) em E. coli JM101 alcançaram valores em torno de 34 %, com produtividade máxima de 0,10 g.L-1.h-1. Com a análise conjunta dos dados experimentais é possível concluir que a inserção do plasmídeo pBHR68 em E. coli JM101 e DH5a afetou o desempenho celular, visto a diferença dos parâmetros cinéticos de crescimento e de respiração microbiana das cepas antes e depois da transformação. Os resultados observados sugerem que E. coli DH5a recombinante é mais adequado para produção de P(3HB), em meio LB adicionado de glicose, que E. coli JM101 recombinante, devido ao maior percentual de acúmulo (56 %) e maior produtividade de polímero (0,23 g.L-1.h-1). / Polyhydroxyalcanoates (PHAs) are a family of biodegradable polymers synthesized for several bacteria. These polymers are considered a future alternative for conventional plastics. Poly(3-hydroxybutyrate) is the most widely studied PHA. Techniques of genetic engineering has been developed in Escherichia coli, a naturally non-producing PHAs microorganism, to establish processes of microbial production of P(3HB) through the techniques of recombinant RNA. However, before submitting E. coli strains to these techniques, it is necessary to investigate the strains and culture strategies. The present work examines two different strains of E. coli, JM101 and DH5a, a control strain and a P(3HB)-synthesizing strain, with the genes for biosynthesis of P(3HB) from C. necator, using glucose as a carbon source. The strain E. coli DH5a had a maximum specific growth rate of 0.79 h-1 for the control strain, and 0.21 h-1 for the recombinant strain, the carbon yield were 0.32 and 0.20 (g.g-1), the oxygen yield were 3.94 and 1.65 (g.g-1) and the oxygen consumption for maintenance were 52.59 e 25.72 (g.g-1.h-1), for the control strain and the recombinant strain, respectively. The P(3HB) accumulation in E. coli DH5a reached values around 56 %, with productivity of 0.23 g.L-1.h-1. For the strain E. coli JM101 the maximum speed of growth were 0.91 h-1 for the control strain and 0.72 h-1 for the recombinant. E. coli grows in two distinct phases, the carbon yield in the first phase were 7.55 and 1.32 (g.g-1) and in the second phase were 0.069 and 0.072 (g.g-1), the yield factors of oxygen in cells were 2.95 e 2.85 (g.g-1) and the oxygen consumption for maintenance were 55.23 and 58.89 (g.g-1.h-1) for the control strain and the P(3HB)-synthesizing strain, respectively. The P(3HB) accumulation in E. coli JM101 reached values around 34 %, with productivity of 0,10 g.L-1h-1.With this information it is possible to conclude that the insertion of the plasmid pBHR68 in E. coli JM101 and DH5á affected the metabolic. This fact was confirmed by the difference in growth parameters and microbial respiration of the strains before and after the transformation.

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-27Bitstream added on 2014-08-13T17:59:58Z : No. of bitstreams: 1 000768326.pdf: 417220 bytes, checksum: f010ef190b0548a2bbadaa27034a0255 (MD5) / O presente estudo investigou a ocorrência de Escherichia coli, Rhodococcus equi, Salmonella sp., Coronavírus e Rotavírus nas fezes de Passeriformes e Psitaciformes pertencentes à fauna nacional, de 29 diferentes espécies, sem sinais entéricos. Foram investigados também marcadores de virulência nas linhagens de E. coli (cnf1, hly, papC, papGI, papGII, papGIII, fimH, afa, sfa, iucD, usp, vt1, vt2, eae, k88) e R. equi (genes vapA e vapB). As aves utilizadas no estudo foram provenientes do Centro de Medicina e Pesquisa em Animais Silvestres (CEMPAS) FMVZ - UNESP/ Botucatu, SP, do Parque Zoológico Municipal “Quinzinho de Barros” (PZMQB) de Sorocaba, SP e de criadores particulares com aves registradas no Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Renováveis (IBAMA) da região de Botucatu, SP. Do total de 152 amostras avaliadas foram isoladas 46 (30,26%) linhagens de E. coli das quais 37 (80%) foram provenientes de amostras de Psitaciformes e 9 (20%) de Passeriformes. Houve diferença significante (p<0,05) entre os grupos para o maior isolamento de E. coli nos Psitaciformes. Dentre os marcadores de virulência de E. coli foram detectados os genes fim H (58,69%) e eae (4,34%). Foram isoladas 2 (1,32%) linhagens de R. equi, todas de Psitaciformes. Nestes isolados de R. equi não foram identificados os genes vapA e vapB associados à virulência. Foi encontrado material genético de Rotavírus bovino em três (1,97%) amostras de Psitaciformes. Salmonella sp. e Coronavírus não foram identificados nas aves amostradas. A presença de E. coli, R. equi e Rotavírus em amostras de fezes de aves silvestres, sem sinais entéricos, reforça o potencial destas espécies de servirem como reservatórios de patógenos de eliminação entérica para os humanos, devido à presença destes animais no ambiente domiciliar e peridomiciliar / The present study investigated the occurrence of Escherichia coli, Rhodococcus equi, Salmonella sp., Coronavirus and Rotavirus in the feces of Passeriformes and psittaciformes belonging to Brazilian wildlife, from 29 different species, without enteric signs. Virulence markers were also investigated in strains of E. coli (cnf1, hlyA, papC, papGI, papGII, papGIII, fimH, afa, sfa, iucD, usp, vt1, vt2, eae, k88) and R. equi (vapA and vapB genes). The birds used in the study came from the Centro de Medicina e Pesquisa em Animais Silvestres (CEMPAS) FMVZ - UNESP / Botucatu, SP, Parque Zoológico Municipal Quinzinho de Barros (PZMQB) Sorocaba, SP and private breeders with birds recorded in Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Renováveis (IBAMA) from Botucatu region, SP. Of the total 152 fecal samples evaluated were isolated 46 (30.26%) strains of E. coli. From these, 37 (80%) were from psittaciformes samples and 9 (20%) of Passeriformes. There was a statistical difference (p <0.05) between groups with greater isolation of E. coli in psittaciformes. Among the virulence markers of E. coli were detected the genes fimH (58,69%) and eae (4,34%). Were isolated 2 (1.32%) R. equi strains, all from psittaciformes. Among these R. equi isolates any vapA and vapB genes associated with virulence were founded. Genetic material of bovine Rotavirus was found in three (1.97%) psittaciformes samples. Salmonella sp. and Coronavírus weren’t identified in any of the sampled birds. The presence of E. coli, R. equi and Rotavirus in fecal samples of wild birds without enteric signs from Brazil wildlife, reinforces the potential of these birds as a reservoirs of pathogens of enteric elimination for humans, due to the presence of these animals in the domestic and peridomestic, environment of human

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-graduação em Ciências Animais, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-03-31T19:15:49Z No. of bitstreams: 1 2016_StefaniaMarciadeOliveiraSouza.pdf: 2180397 bytes, checksum: 0f55f37201f6120b4d1f766b89669421 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-04-17T19:33:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_StefaniaMarciadeOliveiraSouza.pdf: 2180397 bytes, checksum: 0f55f37201f6120b4d1f766b89669421 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-17T19:33:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_StefaniaMarciadeOliveiraSouza.pdf: 2180397 bytes, checksum: 0f55f37201f6120b4d1f766b89669421 (MD5) / A utilização do ozônio na indústria de alimentos é alvo de pesquisas desde que o composto foi considerado seguro por associações internacionais como a FDA (Food and Drug Administration), com efetiva ação contra bactérias Gram positivas e Gram negativas, fungos e vírus. Essa pesquisa foi conduzida em duas etapas que objetivaram avaliar a interferência de substratos orgânicos na ação do ozônio sobre microrganismos deteriorantes e benéficos, a eficácia do ozônio e da água ozonizada refrigerada sobre patogênicos. Na primeira adotaram-se como substratos orgânicos, leites com diferentes composições (integral homogeneizado com lactose, integral homogeneizado sem lactose, desnatado homogeneizado com lactose, desnatado homogeneizado sem lactose integral sem homogeneização) que foram inoculados com cepas de Escherichia coli (ATCC® 11229™) e Lactobacillus sakei subsp. sakei (ATCC® 15524™); também, avaliou-se a água como um substrato parâmetro de comparação. O gás ozônio foi utilizado nas concentrações de 21 e 31 mg/L por períodos de exposição de 0, 5, 15 e 25 min. Na segunda etapa, foi avaliado o efeito da aplicação direta (gás) e indireta (água ozonizada) do ozônio sobre Escherichia coli O157:H7 (ATCC® 43890™); na aplicação direta utilizou-se os mesmos substratos, concentrações de ozônio e períodos de exposição da primeira etapa. Para a obtenção da água ozonizada, a concentração utilizada do gás foi de 31 mg/L e o período de exposição de 15 min; adotou-se um período de contato de 5 min do inóculo com a água ozonizada que era mantida estocada sob refrigeração (7oC ±1oC) por 0; 0,5; 1,0; 1,5; 3,0 e 24 h. Em ambas as etapas o efeito do ozônio foi determinado por meio das contagens dos microrganismos inoculados, antes e após a ozonização. Para as contagens de E. coli utilizou-se o sistema Petrifilm™ EC; para contagens de Lb. sakei utilizou-se o ágar De Man Rogosa e Sharpe (MRS) e, para E. coli O157:H7 foi utilizado o ágar Violet Red Bile (VRB). Por fim, buscou-se observar possíveis alterações das características físico-químicas dos leites submetidos à ozonização. Aplicou-se o Delineamento Inteiramente Casualizado, com três repetições. Na primeira etapa verificou-se que a composição do substrato interfere na ação do ozônio sobre as contagens de E. coli e Lb. sakei. Observou-se que as maiores reduções nas contagens desses microrganismos ocorreram quando em água e em leite desnatado homogeneizado sem lactose. Em água, tanto para E. coli quanto para Lb. sakei, as reduções médias nas contagens foram maiores que 3 ciclos log, em todas as combinações de concentração do gás e período de exposição. Quando o substrato foi leite desnatado homogeneizado sem lactose, as reduções nas contagens de E. coli, independentemente do tempo, permaneceram entre 3,1 e 3,36 ciclos log, enquanto que para Lb. sakei, a maior redução foi de 1,49 ciclos log e na concentração de 31 mg/L por 25 min. No substrato leite integral homogeneizado, as reduções na contagem de Lb. sakei foram inferiores a 0,1 ciclo log. Na segunda etapa, também se constatou que a ação do ozônio sobre E. coli O157:H7 foi influenciada pela composição dos substratos. No leite desnatado homogeneizado sem lactose foram obtidas reduções de 1,53 e 1,54 ciclos log para períodos de exposição de 25 min. nas concentrações de 21 e 31 mg/L, respectivamente. Nos substratos leite integral homogeneizado com lactose e leite desnatado homogeneizado com lactose, as reduções nas contagens de E. coli O157:H7 foram inferiores a 0,40 ciclo log, em ambas as concentrações de ozônio e em todos os períodos de exposição ao gás. Já na avaliação da eficiência da água ozonizada sobre E. coli O157:H7 os resultados mostraram redução média de aproximadamente, 4,5 ciclos log em todos os ensaios realizados. Não foram observadas alterações significativas nas características físico-químicas nos diferentes leites submetidos à ozonização. Os resultados dessa pesquisa permitem concluir que substratos orgânicos gordura e lactose, como os principais componentes do leite, interferem na ação do ozônio sobre E. coli e E. coli O157:H7 diminuindo a sua eficácia como sanitizante e reforçando a necessidade de remoção adequada de matéria orgânica nos processos de limpeza. Por outro lado, as baixas reduções nas contagens de Lb. sakei indicam que o seu desenvolvimento é pouco afetado pelo ozônio, quando inoculado em substratos orgânicos. A água ozonizada refrigerada por até 24 h é eficaz no controle de E. coli O157:H7, podendo representar uma alternativa a outros sanitizantes. E por fim, a aplicação de ozônio no leite, nas concentrações avaliadas, não causa alterações importantes nas características físico-químicas do leite de vaca de diferentes composições. / The use of ozone in the food industry has been the subject of research since the compound was considered safe by international associations such as an FDA, with effective action against Gram-positive and Gram-negative bacteria, fungi and viruses. This research was conducted in two stages that aimed to evaluate an interference of organic substrates in the action of ozone on a deteriorating and beneficial microorganism and an efficacy of refrigerated ozonated water on pathogens. In the first stage, organic milk substrates (lactose homogenized homogenate, lactose-free homogenized skim milk, lactose homogenized skim milk, lactose-free homogenized skim milk and whole without homogenization) were used as organic substrates and were inoculated with strains of Escherichia coli 11229 ™) and Lactobacillus sakei subsp. Sakei (ATCC® 15524 ™); Also, water was evaluated as a substrate parameter for comparison. Ozone gas was used at concentrations of 21 and 31 mg / L for periods of exposure of 0, 5, 15 and 25 min. In the second stage, the effect of direct and indirect ozone application on Escherichia coli O157:H7 (ATCC® 43890 ™) was evaluated; the direct application consisted of applying the same substrates, ozone concentrations and exposure periods according to the first step. To obtain ozonated water, the gas concentration was 31 mg / L and the exposure period was 15 minutes. A 5-minute contact period was used to evaluate the efficacy of ozonated water stored under refrigeration (7°C ± 1°C) by 0; 0,5; 1,0; 1,5; 3,0 and 24 h in the control of E. coli O157: H7. In both stages the ozone effect was determined by the counts of the inoculated microorganisms, before and after the ozonation. For the counts of E. coli the Petrifilm ™ EC system was used; For Lb. sakei counts. (MRS) and E. coli O157:H7, the Violet Red Bile agar (VRB) was used. Finally, it was possible to observe possible changes in the physical-chemical characteristics of the milks submitted to ozonization. A completely randomized design was used, with three replicates. In the first step it was found that the substrate composition produces effects on ozone action on E. coli and Lb. Sakei counts. It was observed that the greatest reductions in the counts of these microorganisms occurred when in water and skim milk homogenized without lactose. In water, for both E. coli and Lb. sakei, mean counts reductions were greater than 3 log cycles in all combinations of gas concentration and exposure period. When the substrate was non-lactose homogenized skim milk, the reductions in E. coli counts, regardless of the time, remained between 3,1 and 3,36 log cycles, whereas for Lb. Sakei, the largest reduction was 1,49 log cycles and the concentration of 31 mg/L for 25 minutes. And when the substrates for homogenized whole milk, such as reductions in Lb. sakei count were less than 0,1 log cycle. In the second step, it was also found that an ozone action on E. coli O157:H7 was influenced by the composition of the substrates. In non-lactose homogenized skim milk, reductions of 1,53 and 1,54 log cycles were obtained for 25 minutes exposure periods. At concentrations of 21 and 31 mg / L, respectively. On the substrates homogenized milk with lactose and skim milk homogenized with lactose, the reductions in the counts of E. coli O157: H7 were lower than 0,40 log cycles, in both the concentration of ozone and in all periods of exposure to the gas. In the evaluation of the ozonated water efficiency on E. coli O157:H7 the results showed an average reduction of approximately 4,5 log cycles in all tests performed. No significant changes were observed in the physicochemical characteristics of the different milks submitted to ozonization. The results of this research allow us to conclude that organic substrates, such as the main components of milk, interfere with the action of ozone on E. coli, and E. coli O157:H7 decreasing its effectiveness as a sanitizing agent and reinforcing the need for adequate removal of organic matter cleaning processes. On the other hand, the low reductions in Lb. sakei indicate that their development is poorly affected by ozone when inoculated on organic substrates. The refrigerated ozonated water for up to 24 hours is effective in the control of E. coli O157:H7, and may represent an alternative to other sanitizers. Finally, the application of ozone in milk, at the concentrations evaluated, does not cause important changes in the physical-chemical characteristics of cow's milk of different compositions.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Departamento de Nutrição, 2007. / Submitted by Aline Jacob (alinesjacob@hotmail.com) on 2010-01-26T13:46:03Z No. of bitstreams: 1 2007_HelissadeOliveiraMMoreira.pdf: 132907 bytes, checksum: ec5a4471266e7d2a151cb101bde8f8ee (MD5) / Approved for entry into archive by Carolina Campos(carolinacamposmaia@gmail.com) on 2010-01-26T16:10:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_HelissadeOliveiraMMoreira.pdf: 132907 bytes, checksum: ec5a4471266e7d2a151cb101bde8f8ee (MD5) / Made available in DSpace on 2010-01-26T16:10:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_HelissadeOliveiraMMoreira.pdf: 132907 bytes, checksum: ec5a4471266e7d2a151cb101bde8f8ee (MD5) Previous issue date: 2007-07-10 / Embora a Escherichia coli seja um organismo comensal que reside dentro do Trato Gastrintestinal dos mamíferos, algumas cepas (por exemplo, O 157: H7) produzem toxinas, E. coli sendo, portanto, patogênicas. Os bovinos são reservatórios naturais assintomáticos de O 157: H7. Produtos cárneos de origem bovina têm sido frequentemente associados à infecção por E. coli. A resistência à acidez parece ser um fator de patogenicidade na transmissão de E.coli de bovinos para humanos. Pesquisadores têm debatido a relação da alimentação bovina com a disseminação de E. coli ácido-resistente. Em vários estudos, quando o ruminante mudou abruptamente de uma dieta rica em grãos para uma dieta rica em E. coli reduziram em número, e a habilidade deste microrganismo para feno, as populações de sobreviver em choque ácido similar ao estômago gástrico humano também diminuiu. Por outro lado, existem pesquisas em que a ingestão de feno não apresentou efeito ou até mesmo E. coli. Neste estudo, trinta e nove bovinos foram aumentou o número e/ou virulência de usados para receberem três tipos de dieta. As amostras fecais dos animais foram coletadas durante 4 meses. As amostras foram cultivadas para a detecção de E.coli ácido-resistente. Os bovinos que se alimentavam de capim tiveram menos culturas positivas para E.coli ácido- resistente do que aqueles que ingeriram as dietas com concentrado e silagem. Os resultados indicam que a mudança da alimentação do bovino reduz populações de E.coli ácido- resistente. __________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Although Escherichia coli is commensal organism that reside within the gastrointestinal tract of the mammals, some strains (for example O157:H7) produce toxins and are pathogenic. Cattle are assymptomatic natural reservoirs of E. coli O157:H7. These animals have often been implicated in E. coli infection. Acid resistance appears to be a E. coli from cattle to humans. Researchers have to debate factor in the dissemination of the relationship between the feeding cattle and the dissemination of acid-resistant E. coli . In several studies, when cattle were abruptly switched from a high grain diet to a E. coli populations declined and the ability of this microbe to survive an forage diet, acid shock similar to the human gastric stomach also decrease. On the other hand, there are researches hat forage feeding had no effect on increased the number and/or E. coli. This study, thirty nine cattle were used in tree diet design virulence of experiment. Fecal samples were collected for four months. Samples were cultured for detection of acid- resistant E.coli. Cattle fed forage diet had less culture positive for E.coli than cattle fed a grain diets. Results indicate that switching cattle acid- resistant from grain to forage reduce populations acid- resistant E.coli.

A Escherichia coli é um microorganismo pertencente à flora bacteriana entérica de animais e seres humanos, estando amplamente disseminada na natureza. A colonização intestinal ocorre logo após o nascimento, sendo que 10 a 20% das E. coli podem ser potencialmente patogênicas para as aves. Esta bactéria representa um problema econômico na indústria avícola, pois é responsável por causar as colibaciloses. Este termo refere-se a qualquer tipo de infecção, localizada ou sistêmica, causadas total ou parcialmente por amostras patogênicas de E. coli. Como exemplos, podem-se citar os problemas respiratórios, como aerosaculite e pneumonias, além de peritonite, onfalite, salpingite e sinovite, entre outros. Além disso, a E. coli é o agente mais freqüentemente isolado nos casos de celulite aviária, provocando lesões cutâneas que levam as carcaças à condenação total ou parcial no momento do abate, provocando relevantes prejuízos. O objetivo deste trabalho foi verificar o perfil bioquímico de 261 amostras de E. coli, obtidas a partir de diferentes materiais de origem aviária, coletados no Rio Grande do Sul. Posteriormente, estes resultados foram associados com os Índices de Patogenicidade (IP) de cada amostra, verificando a possibilidade de relacioná-los. Além do teste de hemólise, foram realizadas 21 provas bioquímicas, sendo dez variáveis para E. coli. Dentre os testes variáveis, a melibiose, o sorbitol e a ramnose foram considerados positivos para as bactérias analisadas, pois mais de 90% das amostras fermentaram estes carboidratos. A salicina, a sacarose, a rafinose, o adonitol e o dulcitol, bem como a arginina e a ornitina continuaram apresentando-se como testes variáveis para E. coli. Os demais testes tiveram resultados positivos ou negativos de acordo com o esperado para E. coli. Constatou-se que as amostras positivas para arginina, dulcitol, rafinose e sacarose têm maiores Índices de Patogenicidade que as negativas. Por outro lado, as amostras negativas para a salicina e para o teste de indol também possuem IP’s mais altos que as positivas. Os resultados dos testes também foram analisados agrupando-se as amostras de acordo com a sua origem (quadros respiratórios, camas de aviários e lesões de celulite), apontando-se diferenças nos IP ao compará-los entre si. / The Escherichia coli are microorganisms that belong to the enteric bacterial flora of animals and humans, and are widespread in the nature. The intestinal colonization occurs right after de birth, as 10 to 20% could be potentially pathogenic to birds. The E. coli represents an economic trouble in the poultry industry, as it’s the responsible for causing the colibacilosis. This term refers to any kind of infection, localized or systemic, caused entirely or partly by pathogenic E. coli. As examples, it’s possible to quote the respiratory problems, as aerosaculitis and pneumonia, yonder peritonitis, onfalitis, salpingitis and sinovitis, among others symptoms. Besides that, E. coli is the most frequently isolated agent in avian cellulitis cases, promoting cutaneous lesions that brings the carcasses to total or partial condemnation in the abattoir, resulting in relevant prejudices. The objective of the present work was to verify the biochemical profile of 261 E. coli samples, obtained from different avian materials, collected in Rio Grande do Sul. Later, these results were associated to the Pathogenic Index (PI) of each sample, to verify if it was possible to relate them. Besides the hemolysis test, 21 biochemical’s tests were done, as ten were variable for E. coli. Among the variable tests, the melibiose, sorbitol and rhamnose were considered positive for the analyzed samples, as more than 90% fermented these carbohydrates. The salicin, sucrose, raffinose, adonitol and dulcitol, as arginine and ornithine still variable to E. coli. The results of the rest of the tests (positives and negatives) agree with what were expected for E. coli. It was noticed that the samples that were positive for arginine, dulcitol, raffinose and sucrose have higher Pathogenic Indexes than the others. On the other hand, the samples that were negative for salicin and indole test also possess high PI’s. The results of those tests were also analyzed aggregating the samples according to their origin (respiratory symptoms, avian litter and celullitis lesions), pointing to differences in the PI when comparing to each other.

A Escherichia coli (E. coli), que foi por muito tempo esquecida como potencial patógeno, começa a ser vista sob nova ótica devido aos prejuízos econômicos que gera. No Brasil, entre 2001 e 2005, somente a condenação de carcaças, gerou um prejuízo estimado em 58 milhões de dólares à avicultura (Brasil/Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, 2006). Deste total, 19 milhões foram devido à presença de lesões cutâneas de celulite e 39 milhões ocorreram por lesões sistêmicas. Os avanços nas pesquisas e nas ferramentas utilizadas vêm resultando no maior entendimento dos mecanismos de patogenicidade das E. coli e cada vez mais é demonstrada a grande importância da interação dos diversos fatores de virulência na determinação da patogenicidade. Entretanto, a diferenciação de cepas virulentas e avirulentas continua sendo um problema no diagnóstico e, por conseqüência, na tomada de decisão pelos veterinários de campo. Nesta tese constam quatro Artigos científicos. O Artigo 1 trata dos fatores de virulência de 63 amostras de E. coli isoladas de frangos de corte com problemas respiratórios. Estas cepas foram examinadas para a presença de fatores de virulência, tendo sido analisadas as propriedades de resistência aos antimicrobianos, produção de hemolisinas, motilidade, capacidade de hemaglutinação, presença do operon pap, produção de colicinas e resistência sérica. A capacidade de hemaglutinar hemácias de cobaio foi verificada em 84,1% das amostras. Em 76,4% das amostras, foi detectada a presença o operon pap. A produção de colicinas foi observada em 87,3% e em 88,9% foi verificada a expressão da resistência sérica. No Artigo 2, 238 amostras de E. coli, isoladas de cama de aviário e lesões de celulite, foram testadas através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), para detecção de sete genes de virulência responsáveis pela capacidade de adesão, fimbria P (papC) e fimbria F11 (felA), produção de colicinas (cvaC), presença de aerobactina (iutA), resistência sérica (iss), hemaglutinina temperatura sensível (tsh) e presença de dois antígenos capsulares K1 e K5 (kpsII). O gene cvaC foi detectado em 31,3% das amostras de celulite e em 11,5% das isoladas de fezes. Nos dados obtidos neste estudo 80,6% das amostras de celulite e 53,8% das de fezes apresentaram o gene iss. Para o kps a positividade foi evidenciada em 27% das cepas de celulite e em 7% das isoladas de fezes. O gene iutA, foi detectado em 51,3% das amostras de celulite e em apenas 19,2% nas isoladas de fezes. O gene papC ocorreu em 46,9% das amostras de celulite e em 30,8% das de fezes. Nas amostras de celulite estudadas, 3,8% apresentaram positividade para gene felA, enquanto nas amostras de fezes este percentual foi de 1,3%. O gene tsh foi detectado em 83% dos isolados de lesão em 14% nos de fezes%. Em seis genes, cvaC, iss, iutA, kpsII, papC e tsh foi detectada diferença estatística significativa entre os isolados de lesões de celulite e cama. No Artigo 3 um total de 61 amostras de E. coli, isoladas de frangos de corte com problemas respiratórios foram testadas através da PCR, para a presença dos genes responsáveis pela capacidade de adesão, fimbria P (papC) e fimbria F11 (felA), produção de colicinas (cvaC), presença de aerobactina (iutA), resistência sérica (iss), hemaglutinina temperatura sensível (tsh) e presença dos antígenos capsulares K1 e K5 (kpsII). O gene iss foi detectado em 73,8%, tsh em 55,7%, iutA em 45,9%, felA em 39,3%, papC em 24,3%, cvaC em 23% e kpsII em 18%. No Artigo 4 são apresentadas três redes neurais artificiais que foram desenvolvidas através da análise dos genes papC, felA, cvaC, iutA, iss, tsh e kpsII, da motilidade e do índice de patogenicidade (IP) para realizarmos a predição ou classificação de patogenicidade de cepas de E. coli sem a necessidade da utilização de animais. Na Rede 1, utilizando 11 categorias de IP obtivemos 54,27% de acerto. No intuito de melhorar o desempenho do modelo foi criada uma segunda rede, utilizando 3 categorias de IP obtendo-se a classificação correta em 80,55%. Na tentativa de melhorar ainda mais seu desempenho, passamos a trabalhar com apenas duas categorias construindo, desta forma, a Rede 3. Com esta nova configuração a classificação correta do IP foi de 83,96%. / Escherichia coli (E. coli), which has been forgotten as a potential pathogen for a long time, is now being seriously considered due to the economical losses it generates. In Brazil from 2001 to 2005 the condemnation of carcasses represented a loss of about 58 million dollars to the poultry industry (Brasil/ Ministerio da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, 2006). From this total 19 million dollars were due to skin lesions and 39 million dollars to systemic lesions. There have been improvements in the comprehension of the mechanisms of pathogenicity. However, the differentiation of virulent from non-virulent samples is still a problem for veterinarians to come to a diagnosis and, as a consequence, to make decisions. Article 1 is about factors of virulence in E. coli isolates from chicken flocks presenting respiratory problems. The samples from litter were probed for the presence of factors of virulence and antimicrobial resistance. The following properties were analyzed: hemolisin production, motility, operon pap presence, colicin production and serum resistance. The capacity of hemagglutination was verified in 84.1% of the samples. In 76.4% of the samples operon pap presence was detected. Colicin production was observed in 87.3% and in 88.9% serum resistance was verified. In article 2, 238 E. coli samples were probed by Polimerase Chain Reaction (PCR) for the presence of seven virulence genes responsible for adhesion capacity, P fimbriae (papC) and F11 fimbriae (felA), colicin production (cavC), aerobactin presence (iutA), serun resistence (iss) temperature-sensitive hemmaglutinin (tsh) and presence of K1 and K5 capsular antigens (kpsll). The CvaC gene was detected in 31.3% of the cellulitis samples and in 11.5% of feces samples. In the present study 80.6% of the cellulitis samples and 53.8% of feces samples presented the iss gen. The kps was positive in 27% of the cellulitis and in 7% of the feces samples. The papC gene occurred in 46.9% of cellulitis and in 30.8% in feces samples. In cellulitis samples 3.8% were positive for the felA gene whereas in feces samples were 1.3%. The tsh gene was positive in 83% of the isolates from lesions and in 14% of feces samples.For cmvaC, iss, iutA, kpsll ,papc and tsh genes significant statistical differences were detected for isolates from lesions and litter. In article 3 an amount of 61 Escherichia coli isolates from chicken flocks with respiratory problems were probed by the Polimerase chain Reaction PCR) for the presence of the genes which are responsible for the adhesion capacity, P fimbria (papC) and F11 fimbria (felA), colicin production (cvaC), aerobactin presence (iutA), serum resistance (iss), temperature-sensitive hemmaglutin (tsh) and presence of K1 and K5 capsular antigens (kpsII). The iss gene was detected in 73.8%, the tsh in 55.7%, the iutA in 45.9%, the felA in 39.3%, the papC in 24.3%, the cvaC in 23% and kpsII in 18%. Article 4 presents three neural nets of artificial intelligence which were developed through the analysis of papC, felA, cvaC, iutA, iss, tsh and kpsII genes, motility and pathogenicity index (PI) in order to establish predictions and classifications of the pathogenicty of E. coli litter without using animals. Net 1 obtained 54.27% of correctness using 11 categories of IP. In order to improve the performance of the model, a second net was created using 3 categories of IP the correct classification of 80.55%. Trying to get an even better performance, we worked with only two categories, building this way the third net. With this new configuration the correct classification was 83.96%.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2017. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-05-03T17:13:16Z No. of bitstreams: 1 2017_DalilaJulianaSilvaRibeiro.pdf: 2929027 bytes, checksum: 1b32a05c986132c8e68368e458010955 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-05-16T17:10:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_DalilaJulianaSilvaRibeiro.pdf: 2929027 bytes, checksum: 1b32a05c986132c8e68368e458010955 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-16T17:10:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_DalilaJulianaSilvaRibeiro.pdf: 2929027 bytes, checksum: 1b32a05c986132c8e68368e458010955 (MD5) Previous issue date: 2017-05-16 / Infecções por Escherichia coli (E. coli) ainda são um problema de saúde pública graças ao seu alto potencial zoonótico e ao fato de que em muitos países ainda existem altos índices de mortalidade. Sistemas de secreção são descritos como importantes aparatos celulares para que bactérias sejam capazes de translocarem proteínas efetoras para células hospedeiras. Dentre as proteínas efetoras que compõe o sistema de secreção do tipo VI (SST6), destacam-se ClpV e IcmF, por sua importância em manter o SST6 funcional. Desta forma, o objetivo do presente trabalho foi analisar o papel do SST6 bacteriano, via ClpV e IcmF, na ativação dos inflamassomas durante a resposta imune inata. Através dos resultados observamos que o SST6 é crucial para a replicação intracelular de E. coli em macrófagos, modulando a secreção de citocinas, o metabolismo redox da célula e a ativação dos inflamassomas através da clivagem de caspase 1. As proteínas NLRP3 e as caspases 1 e 11 são necessárias para o aumento da secreção de IL-1β induzida por E. coli. Demonstramos que a presença das caspases 1 e 11, bem como do receptor NLRP3 podem atuar em outros processos e mecanismos celulares ativados durante a infecção por E. coli, como a apresentação de antígenos lipídicos, geração de espécies reativas de oxigênios, produção de óxidos nítrico e outras citocinas pró-inflamatórias. A ausência de componentes do inflamassoma favoreceu a replicação intracelular bacteriana assim como a colonização de órgãos vitais em camundongos como o fígado e o baço. Investigamos também o papel do metabolismo lipídico durante a infecção através da análise da biogênese de corpúsculos lipídicos e ainda constatamos que a replicação intracelular bacteriana está relacionada com a presença da enzima ácido graxo-sintase. Portanto o presente trabalho caracterizou os diferentes mecanismos celulares envolvidos durante a ativação da resposta imune inata frente à infecção com uma linhagem patogênica de E. coli focando no papel do sistema de secreção do tipo VI, através do uso de cepas onde suas proteínas efetoras são ausentes, e ainda a relevância de componentes do inflamassoma nesse processo. / Escherichia coli (E. coli) infections remains a public health problem since its higher zoonotic power and the fact that in a lot of countries there are still cases with mortality risk. Secretion systems are described as important cellular apparatus to make bacteria capable of translocate effectors proteins to the host cell. Among all proteins constituent of type six secretion system (T6SS) effectors proteins, ClpV and IcmF are highlighted due to their importance to maintain T6SS functional. Therefore, the aim of the present work was to analyze the role of T6SS through ClpV and IcmF in inflammasome activation during innate immune response. Taken together, odemonstrated that T6SS is crucial to control intracellular bacterial replication in macrophages by modulating cytokines release, cell redox metabolism and inflammasome activation through caspase 1 cleavage. The NLRP3 receptor, as well as caspases 1 and 11, are necessary to increase IL-1β release induced by E. coli. We showed that the presence of caspases 1 and 11 and NLRP3 can influence in other process and cellular mechanisms active during E. coli infection, such as, lipid antigen presentation, generation of oxygen reactive species, nitric oxide and other pro-inflammatory cytokines production. The absence of inflammasome components improved bacterial intracellular replication and the colonization of the liver and spleen in mice. We also investigated the role of lipid metabolism during infection through analyses of lipid droplet biogenesis and verified that intracellular bacterial replication can be associated with fatty acid synthase. Therefore, this work characterized the different mechanisms involved during innate immune response activation upon infection with a pathogenic strain of E. coli focusing in the role of bacterial T6SS, using strains where its effector proteins are absent, and the relevance of inflammasome components in this process.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Biologia, Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2017. / Submitted by Raiane Silva (raianesilva@bce.unb.br) on 2017-07-20T17:50:06Z No. of bitstreams: 1 2017_ElanePriscillaMaciel​.pdf: 1934684 bytes, checksum: 86424beedbeaa3ca6047a04bf26106ab (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-09-06T23:00:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_ElanePriscillaMaciel​.pdf: 1934684 bytes, checksum: 86424beedbeaa3ca6047a04bf26106ab (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-06T23:00:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_ElanePriscillaMaciel​.pdf: 1934684 bytes, checksum: 86424beedbeaa3ca6047a04bf26106ab (MD5) Previous issue date: 2017-09-06 / As infecções do trato urinário são uma das principais causas de busca por atendimento médico, se definem como a invasão microbiana de qualquer órgão do trato urinário, que tem natureza estéril, desde a uretra até os rins. Escherichia coli, uma bactéria gram-negativa, comensal aos humanos, é o agente mais comum isolado em torno de 75 a 95% das infecções urinárias agudas de origem bacteriana. As células dendríticas (DCs) são células apresentadoras de antígenos profissionais (APCs), essenciais nos eventos iniciais da infecção por atuarem como sentinelas e servirem de ponte entre a resposta imune inata e adaptativa do hospedeiro. Assim, realizamos experimentos para entender a interação de DCs e UPECs. Para tal, DCs foram obtidas de monócitos do sangue periférico de doadores saudáveis, cultivadas na presença de IL-4 e GM-CSF e infectadas com as cepas V27 e J96 de UPECs por 24 horas. Observamos a capacidade das UPECs em infectar as DCs. Então as células foram analisadas por citometria de fluxo para avaliação da expressão de moléculas de superfície CD11c, CD1a, CD83, CD62L, CCR7, CD209, HLA-DR, CD86, CD80, CD40 e CD274. Após a interação DCs-UPECs observou-se diminuição de CD11c, diminuição de CD209 (DC-SIGN), tendência à diminuição da porcentagem e MFI da expressão de HLA-DR, aumento de CD80 e diminuição da média de espressão de CD86. A avaliação de morte celular demonstra que aparentemente a cepa V27 induz a morte por apoptose ou um processo de apoptose mais tardio nas DCs. Já a cepa J96 parece estimular uma tendência à morte por necrose ou apoptose tardia. Em conclusão, as UPECs regulam negativamente a expressão de DC-SIGN, moléculas co-estimulatórias como o CD86, além de regularem de forma diferente, a sobrevivência dessas células. / Urinary tract infections are one of the main causes of seeking medical attention, defined as the microbial invasion of any organ of the urinary tract, which has a sterile nature, from the urethra to the kidneys. Escherichia coli, a gram-negative bacterium commensal to humans, is the most common agent isolated in 75-95% of acute urinary tract infections of bacterial origin. Dendritic cells (DCs) are professional antigen presenting cells (APCs), essential in the early events of the infection by acting as sentinels and bridging the innate and adaptive immune response of the host. Thus, we perform experiments to understand the interaction of DCs and UPECs. To that end, DCs were obtained from peripheral blood monocytes from healthy donors cultured in the presence of IL-4 and GM-CSF and infected with the VEC and J96 strains of UPECs for 24 hours. We observed the ability of UPECs to infect DCs. Cells were then analyzed by flow cytometry to evaluate the expression of surface molecules CD11c, CD1a, CD83, CD62L, CCR7, CD209, HLA-DR, CD86, CD80, CD40 and CD274. After the DCs-UPECs interaction, CD11c decreased, CD209 (DC-SIGN) decreased, tendency to decrease in percentage and MFI of HLA-DR expression, increase of CD80 and decrease in mean CD86 expression. Evaluation of cell death demonstrates that apparently the V27 strain induces death by apoptosis or a later apoptosis process in DCs. On the other hand, strain J96 seems to stimulate a tendency towards death by necrosis or late apoptosis. In conclusion, UPECs negatively regulate the expression of DC-SIGN, costimulatory molecules such as CD86, in addition to regulating the survival of these cells differently.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Saúde Animal, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-11-20T15:58:20Z No. of bitstreams: 1 2017_DiegoMauésCostaRibeiro.pdf: 855191 bytes, checksum: f7b130b8db733a39aedb391962011ac6 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-01-05T22:11:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_DiegoMauésCostaRibeiro.pdf: 855191 bytes, checksum: f7b130b8db733a39aedb391962011ac6 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-05T22:11:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_DiegoMauésCostaRibeiro.pdf: 855191 bytes, checksum: f7b130b8db733a39aedb391962011ac6 (MD5) Previous issue date: 2018-01-05 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). / A diarreia, considerada uma síndrome multifatorial, é uma das principais causas de morte em bezerros. Tem como maiores agentes causadores a bactéria Gram negativa Escherichia coli, os parasitas Giárdia intestinalis e Eimeria spp., importantes enteropatógenos que causam perdas econômicas em diferentes setores do agronegócio dentre eles na bovinocultura. Comumente cepas de Escherichia coli são divididas em patotipos baseados na presença de genes que, se expressos, contribuem para a codificação de proteínas que auxiliam na aderência e patogenicidade da bactéria. E.coli enterotoxigênica (ETEC), E.coli enteropatogênica (EPEC), E.coli enterohemorrágica (EHEC), E.coli produtora de toxina shiga (STEC) e E.coli necrotoxigênica (NTEC) são os principais patotipos que causam diarreia em bezerros. Além desses, outros patotipos estão associados à diarreia nos humanos principalmente em crianças e em pessoas imunodeprimidas como E.coli enteroinvasiva (EIEC), E.coli difusamente aderente (DAEC) e E.coli enteroagregativa (EAEC). Essas cepas possuem genes que são reconhecidos como fatores de virulência, pois são codificadores de proteínas que garantem a aderência e toxigenicidade bacteriana, aderindo na mucosa e alterando o fluxo de sinalizações dos enterócitos. Foram coletadas 83 amostras de fezes de bezerros, de ambos os sexos, no Distrito Federal de novembro e março de 2015 e de 2016, época das águas. As amostras foram submetidas ao exame parasitológico (no Laboratório de Parasitologia e Doenças Parasitárias) cultivadas em ágar sangue (no Laboratório de Microbiologia Médica Veterinária) realizado testes bioquímicos, extração do DNA e pesquisa dos genes LT-I, stx1, K99 e eae responsáveis por conferir patogenicidade a cepas de E.coli. Foram visualizados, cistos de Giardia spp., ovos de Eimeria spp., ovos de estrongilídeos e ovos de estrongiloides em 18 (21,7%), 30 (36,1%), 28 (33,7%) em apenas 8 (9,6%) respectivamente. Quantos aos genes, foram amplificados em cepas isoladas de E.coli 16 (19,3%) para eae, 6 (7,2%) para o gene de shiga toxina (stx1) e 5 (6,0%) para ambos os genes eae e stx1. / Diarrhea, considered a multifactorial syndrome, is one of the main causes of death in calves and has the Gram negative bacteria Escherichia coli, parasites: Giardia intestinalis and Eimeria spp., important enteropathogens that cause economic losses in different agribusiness sectors, among them dairy and beef cattle. Commonly strains of Escherichia coli are divided into pathotypes based on their presence of genes that are expressed and contribute to proteins coding that aid in the adherence and pathogenicity of the bacteria. Enterotoxigenic E. coli (ETEC), enteropathogenic E. coli (EPEC), enterohemorrhagic E. coli (EHEC), producing shiga toxin E. coli (STEC) and necrotoxigenic E. coli (NTEC). In addition, other pathotypes are associated with diarrhea in humans especially in children immunocompromised, they are enteroinvasive E. coli (EIEC), diffusely adherent E.coli (DAEC) and enteroaggregative E.coli (EAEC). These diarrheogenic strains have genes that encode virulence factors that guarantee adherence and toxigenicity to the bacteria by attaching to the mucosa and altering the flow of enterocyte information. 83 calves faeces of both sexes were collected in the Distrito Federal during November 2015 to March 2016 during the water seasons. These samples were submitted to parasitological examination at the Laboratory of Parasitology and Parasitic Diseases, cultivated in blood agar in the Laboratory of Veterinary Medical Microbiology, biochemical characterization, DNA extraction and genes research responsible for conferring pathogenicity to strains of pathogenic E. coli already found in other papers. Cysts of Giardia spp., Eimeria spp. oocysts strongylid eggs and strongyloid eggs in 18 (21.7%), 30 (36.1%), 28 (33.7%) in only 8 9.6%), respectively. As for the genes, they were amplified in strains isolated from E. coli 16 (19.3%) to eae, 6 (7.2%) to the shiga toxin gene (stx1) and 5 (6.0%) to both Genes eae and stx1.